Egyes ábrákat és feladatokat a Lehninger Principles of Biochemistry by D. L.

Nelson, M.M. Cox, 5th ed. című könyvből vettünk át.

Bevezetés a
biokémiába
2018/19

Biokatalízis 1.
A fehérjék szerkezete

oldalláncok
(fölül)

oldalláncok
(alul)

…-Ala-Phe-Tyr-Gly-Ala-Cys-Gly-Ser-Ala-Trp-Pro-Phe-Gln-Lys-Ala-Val-Cys-Ile-Phe-Glu-…

2
A fehérjék szerkezete

3
A hisztonok az eukarióta sejtek magjaiban találhatók, és erősen kötődnek a
foszfátcsoportokat tartalmazó DNS molekulákhoz. A hisztonok pI értéke nagyon
magas, kb. 10,8. Ez alapján mely aminosavak fordulnak elő viszonylag nagy
számban a hisztonokban? Hogyan járulnak hozzá ezek az aminosav-oldalláncok
a hisztonok DNS-hez való erős kötődéséhez?

4
 Mi a katalízis?

Mennyi ideig tartana felírni a neved egy levegőben függő

papírra?

Használj asztalt!!! Az asztal itt az írás katalizátora:

részt vesz a folyamatban, gyorsítja a folyamatot,
az asztal egy kis része kifeszíti a papírt, az asztal
változatlanul marad a folyamat végén. Új utat nyit
meg az írás számára, de nem befolyásolja az írás
végeredményét
(mi a végeredménye egy folyamatnak? →
az EGYENSÚLY).

5
 Enzim történelem
• 1836 Charles Cagniard-Latour és Theodor Schwann: az alkoholos erjedés
élesztősejtek munkája
• 1867 W. KÜHNE megalkotja az „en ZYM” = élesztőben kifejezést
• 1897 Eduard BUCHNER; az erjedés a sejtből kivont anyag jelenlétében,
sejtmentes környezetben is lejátszódik; az erjedést kémiai anyag hozza létre →
”a biokémia születési éve: 1897”
• ~1900 E. Fisher: „enzim-szubsztrát komplex, mint kulcs a zárba” (mára már
túlhaladott elmélet.)
• 1906 A. Harden és W.J. Young koenzimek, cukorfoszfátok felfedezése az
erjedésben
• H.K. Euler-Chelpin: az erjedés több egymást követő reakcióból áll, konszekutív
• 1926. J.B. SUMNER: ureáz előállítása kristályosítással, a „modern” biokémia
megszületése, módszere az enzimek kristályos (tiszta) izolálását és így
tanulmányozásukat tette lehetővé. (Előtte főként csak amorf formában
tudták kivonni az enzimeket; 9 év munkájával sikerült ezt az eredményt elérni.) 6
 Az enzim

• BIOMOLEKULA katalizátor.
• Kémiai folyamatokat (A → B) és energiaformák egymásba alakulását
katalizálják (pl. fényből → ATP: fotoszintézis; elektrokémiai energiából → ATP:
mitokondrium; ATP-ből → mozgási energia: izom összehúzódás; elektrokémiai
energiából → hő: barna zsírszövet)
• Nevük -áz ra végződik (enoláz, hexokináz, izomeráz stb.)
• Az adott folyamatot katalizált reakciótípusról kapják a nevüket. (pl. mire utal a
szénsav anhidráz, ureáz)
• Kolloid rendszerek (nagy méret miatt, M = 5 000 – 300 000 g/mol)
• Molekulatömegüket hagyományosan Daltonban (Da) fejezzük ki; Da = g/mol;
35 kDa = 35 000 g/mol

7
 Az enzimosztályok
Az enzimeket katalizált reakció típusa szerint nevezzük el.
7 fő osztályba soroljuk őket
• ezen belül alosztályok,
• azon belül csoportok
• majd maguk az egyes enzimek számozása következik

Minden egyes enzimet négy szám határoz meg.

pl. hexokináz: EC 2.7.1.1 http://www.enzyme-database.org/class.php

8
 osztály a reakció típusa fontos alosztályok
redukáló ekvivalens dehidrogenázok
oxidázok, peroxidázok
oxido- reduktázok
reduktázok monooxigenázok
dioxigenázok

C1-transzferázok
transzferázok glikoziltranszferázok
aminotranszferázok
foszfotranszferázok

észterázok
hidrolázok glikozidázok
peptidázok
amidázok

C-C-liázok
liázok C-O-liázok
(szintázok) C-N-liázok
C-S-liázok
epimerázok
cisz-transz-
izomerázok izomerázok,
intramolekuláris
transzferázok
C-C-ligázok
ligázok C-O-ligázok
(szintetázok) C-N-ligázok
C-S-ligázok
H+ transzlokázok
szervetlen kation
7 transzlokázok membrán transzlokázok,
aminosav transzlokázok
9
szénhidrát transzlokázok
 Az enzim felépítése
• HOLOENZIM = APOENZIM + KOFAKTOR: a teljesen működőképes enzim
• KOFAKTOROK: KOENZIM (szerves) vagy FÉMION (szervetlen)
Az adott reakció elengedhetetlen tényezői, „faktorai”, de nem minden reakció
igényel faktorokat.

• APOENZIM: a koenzim vagy

fémion eltávolítása után maradó
fehérjerész.

PROSZTETIKUS CSOPORT: olyan kofaktor, amely nagyon erősen, akár

kovalensen kötődik a fehérjéhez (lehet koenzim vagy fémion is).
10
 Domén: a 3 dimenziós enzim azon bármely részlete, amely önálló funkcióval
rendelkezik (pl. szubsztrátkötő-, katalitikus-, regulátoros-, transzmembrán-,
kapcsolódási- stb. domén)

ENZIM (fehérjelánc) SZUBSZTRÁTKÖTŐ

DOMÉN

KATALITIKUS
DOMÉN SZUBSZTRÁT
(ÁTALAKÍTANDÓ
AKTÍV MOLEKULA;
CENTRUM az átalakítandó
szubsztrát egy része az
enzim fehérjeláncának
takarásában van, ezért
homályos)

pl. REGULÁTOROS
pl.
DOMÉN
SZUBSZTRÁTKÖTŐ HELY KAPCSOLÓDÁSI
(MÁSODLAGOS KÖLCSÖNHATÁSOK) DOMÉN
11
 A leggyakoribb kofaktorok
koenzim röv. Funkció enzim
(P: prosztetikus csoport)
nikotinsavamid-adenin- dinukleotid NAD+ 2H atom (vagy hidrid anion vagy dehidrogenázok
(niacinszármazék) 2e- és 2H+) transzfer
nikotinsavamid-adenin- dinukleotid-foszfát NADP+ 2H atom (vagy hidrid anion vagy dehidrogenázok
(niacinszármazék) 2e- és 2H+) transzfer
flavin-mononukleotid (P) FMN 1 vagy 2H atom transzfer
(riboflavin, B2-vitamin- származék)
flavin-adenin- dinukleotid (P) FAD 1 vagy 2H atom transzfer dehidrogenázok
(riboflavin, B2-vitamin- származék)
koenzim Q Q 2H atom (vagy hidrid anion vagy
2e- és 2H+) transzfer
tiamin-pirofoszfát (P) TPP -CO-(CH2)n-CH3 (acil) transzfer PDH,
(tiamin, B1-vitamin-származék) transzketoláz
koenzim-A (pantoténsavszármazék) Ko-A, -CO-CH3 (acetil, ritkábban acil)
Co-A transzfer
liponsav (P) -CO-(CH2)n-CH3 (acil) transzfer PDH
kobalamid (P) (kobalamin, B12-vitamin-szárm.) -CH3 (metil) transzfer
biotin (P) (B-vitamin-csoport) CO2 beépülés
piridoxál-foszfát (P) PLP -NH2 átvitel transzaminázok
(piridoxin, B6-vitamin- származék) dekarboxilálás
tetrahidro-folsav (P) (folsav-származék) THF -CH3; -CH2-; -CHO; -CH=NH timidilát-szintáz
transzfer
vas-protoporfirin IX (P) HEM elektronszállítás citrokrómok 12
 Az enzim működése

átmeneti állapot (‡)

(aktivált komplexum)
Általános reakció: S→P

szabadentalpia, G
(S = kiindulási anyag, szubsztrát;
nem kat.
P = végtermék, product)

kat

reakciókoordináta
Egyszubsztrátos enzimatikus reakcióra:
E + S → ES → EP → E + P
(E = enzim; S = szubsztrát; ES = enzim-szubsztrát komplex köztitermék;
EP = enzim-termék komplex köztitermék, P = végtermék, product)

13
Egy enzim a következő egylépéses reakciót katalizálja:

k1 P
S P ahol K =
S
k2

Az enzim hozzáadására hogyan változik meg:

• a K értéke?
• a k1 értéke?
• a k2 értéke?
• a ΔG⁰ értéke?
• a ΔG értéke?
• a ΔG‡ értéke?

14
15
 A reakciók iránya

foszfoenol-piruvát
A hidrolízis kísérő ΔG’° (kJ/mol)

kreatin-foszfát
1,3-biszfoszfo-glicerát

Nagy
energiájú
tioészter
vegyületek
Kis
energiájú
glükóz-6- glicerin- vegyületek

16
 Az enzimreakció sebessége függ a szubsztrátum
koncentrációjától [S].
v = k Sx
a termék koncentrációja [P]
kezdeti
sebesség
(v0)

idő
kezdeti sebességek (Vo) (ez az idő-[P] függvényhez illesztett érintő meredeksége a t=0 s időpontban)

vmax meghatározása: magas S-nél, amikor az enzim telített 17

A kezdeti sebesség függése a szubsztrátum koncentrációjától

kezdeti sebesség, V0
(μM/min)
a szubsztrátum koncentrációja, [S] (mM)
A KM érték fogalma
A reakció maximális sebessége Vmax .
A Vmax feléhez tartozó szubsztrátkoncentráció az enzim Michaelis-Menten
konstansa, KM
• Alacsony KM – nagy affinitás a szubsztráthoz
• Magas KM – kicsi affinitás a szubsztráthoz 18
Kettő, kétféle baktériumfajból izolált ezim az X Y reakciót katalizálja.

A két enzimnek azonos a Vmax értéke, viszont különböző Km-értékeket mutatnak X

szubsztrátumra.

Az „A” enzim KM-értéke 2,0 μM, a „B” enzimé 0,5 μM. Az alábbi ábra a kétféle
enzim által katalizált reakció lefutását jellemzi azonos enzimkoncentrációk és
azonos, [X] = 1 μM szubsztrátum koncentráció esetén.

Melyik görbe melyik enzimhez tartozik?

[Y]

idő
19
Az enzimaktivitás

20
 Az enzimaktivitás
SI: Katal (kat): 1 katal az az enzim mennyiség, amely 1 mol szubsztrátumot 1
másodperc alatt alakít át termékké.
kat: mol / másodperc (25oC)
Az 1 katal hatalmas enzimmennyiség!

pl.:
• Az egér hexokináz 110 kDa =110 000 g/mol molekulatömegű.
• 1 mol hexokináz enzim 1 s alatt kb. 200 mol glükóz átalakítására képes
• 1/200 mol hexokináz képes 1s alatt 1 mol glükózt (180 g) átalakítani,
ez 110 000 g/mol x 1/200 mol = 550 g enzimnek felel meg.
• 0,55 kg hexokináz kellene 1 mol (180 g) glükóz átalakításához 1 másodperc alatt
• 1 katal hexokináz 0,55 kg enzimet jelent.
A gyakorlatban csak a nanokatal (10-9) aktivitás használatos.
21
 Az enzimaktivitás
IUBMB: UNIT (U):
1 egység vagy unit (U) az az enzimaktivitás, amikor az enzim hatására 1 mikromól
szubsztrátum alakul át termékké 1 perc alatt, adott körülmények között.
U: μmol / perc (60 s)
pl.:
Az egér hexokinázra (110 kDa):
• 1 mol hexokináz enzim 1 s alatt kb. 200 mol glükóz átalakítására képes
• 1 perc alatt 1 mol hexokináz 12000 mol glükózt átalakít át, ami 1,2 · 1010 μmol
glükóz.
• 1/(1,2 · 1010) mol hexokináz képes 1 perc alatt 1 μmol glükózt átalakítani,
ez 110 000 g/mol x 1/(1,2 · 1011) = 9,17 · 10-6 g enzimnek felel meg.
• kb. 9 μg (8,3 · 10-5 μmol) hexokináz kell 1 μmol (1,8 · 10-4 μg) glükóz
átalakításához 1 min alatt
• 1 U hexokináz kb. 9 μg (8,3 · 10-5 μmol) enzimet jelent.
22
Az orvosi gyakorlatban használt enzimaktivitás egységek:
Térfogati aktivitás: az enzimaktivitást a vizsgálandó minta térfogatára vonatkoztatják
(U/liter vagy mU/ml)
pl. az enzimaktivitás = 33 U/L (pl. vér térfogára vonatkoztatva) 33 mikromol
szubsztrát alakul át egy perc alatt termékké, 1L vérszérumban.
egy vérvizsgálat laboratóriumi lelete:

Specifikus aktivitás: az enzimaktivitás és a minta fehérjetartalmának hányadosa

U mol termék
Specifikus aktivitás  
mg fehérje perc mg fehérje 23