Pengembangan Deteksi Antigen Virus SARS-CoV-2

Berbasis Surface Plasmonic Resonance (SPR)

Perkembangan SPR dalam deteksi virus

Isa Anshori, PhD

Biomedical Engineering Department, ITB
 TFRIC-19: Pengembangan Deteksi Dini COVID-19 Berbasis Microchip
Surface Plasmon Resonance (SPR)

Desain, Simulasi, dan

1
Pengujian Bioreseptor
(aptamer/protein/antibody)

2 Fungsionalisasi Sensor
dan Imobilisasi
Bioreseptor

• Trial & Optimasi Deteksi Covid-

3
19 di Non-BSL Lab
• Trial Deteksi Dini Covid-19 di
BSL Lab (Juli 2020)
• Rilis produk reagen sample
• Pengembangan prototipe alat sejumlah 100 kit
SPR akan dilakukan oleh tim (Awal/pertengahan Agustus
yang berbeda sesuai 2020)
DOI:
10.1016/j.snb.2016.11.113
kepakarannya.
 Biosensor parts: Breaking down the components
Samples Bioreceptors Interfaces Transducer Signal
Processing
Bacterium
Target
Nanowires array
Electrochemical
Urine

Optical
Cells

Nanoparticles Electrochemistry
DNA Colorimetric
Blood

Mass

Magnetic
Antibody Nanotubes Magnetic
Saliva SARS-CoV-2 virion is approximately
50–200 nanometres in diameter
Surface
Plasmon DOI: 10.1056/NEJMoa2001017
Resonance

Enzyme Electrodes Optical

Sweat
 SPR mechanism

Metal property: “Sea” of electrons

Sea wave

Plasmonic excitation of metallic surface when the torch

lit inside the cup

Surface plasmon resonance (or propagating plasmon):

Collective oscillation of conduction electrons induced by
an electromagnetic wave
*Xantec bioanalytics
 SPR mechanism

A. Surface plasmon polariton (or B. Localized SPR: when using gold nanopa
propagating plasmon): General SPR

*Nicoyalife
 Dasar deteksi SPR

The change in refractive index Δnd arisen within a layer of thickness h

can be calculated as

Δnd = (dn/dc)vol ΔΓ/h

where (dn/dc)vol is the increase of refractive index n with the volume

concentration of analyte c, and ΔΓ is the concentration of the bound
target on the surface.
*Bionavis
 Biosensor needs bioreceptor

2. Desain
1. Template
❏Bioreceptor = aptamer
protein yang didesain dari Bioreceptor #1
antibodi manusia survivor
SARS yang sudah
tersedia struktur kristalnya
di big data Protein Data
Bank.
3. Produksi Protein
Protein S Rekombinan
❏Protein ini dirancang
Virus
untuk dapat diimobilisasi SARS-COV2
pada perangkat SPR, dan
dapat menangkap virus
dalam sampel. Protein S (bagian
terluar virus)

❏Desain protein dilakukan

dengan teknik Bioreceptor
bioinformatika struktur dan berbasis
simulasi biomolekul Virus SARS- aptamer
Bioreceptor #2
COV2 protein siap
digunakan
Binding bioreceptor to SPR chip

http://www.sbs.ntu.edu.sg/interactions/Pages/Surface-
Plasmon-Resonance.aspx
Binding model:
Ka = association constant B = ligand Molecular binding analysis using SPR
Kd = dissociation constant A = analyte

Association:
Rt = Response at t
Rmax = Response at max

Dissociation:
R0 = Response at end
of association

https://doi.org/10.1155/2012/816032
(Our works) Hint for using SPR as a biosensor:
Correlate concentration & response signal

*Xantec bioanalytics
Contoh data plot SPR & setup alat

[1] [2] [3]

Reagen dan sampel non-covid: Optimasi parameter Reagen dan sampel covid: Deteksi RBD
 Beberapa metode deteksi Covid 19
Deteksi bagian gen Virus SARS-Cov 2 dengan qRT-PCR
(real time Reverse transcription polymerase chain reaction)
Deteksi antibodi dengan menggunakan RDT
Deteksi bagian virus dengan menggunakan Chip SPR
(Surface Plasmon Resonance)
• Gold Standar
• Deteksi bagian gen virus
• Sampel swab oso-nosopharing
• Waktu pengerjaan normal dengan ekstraksi RNA ± 6 jam
(bottle neck biasanya ada pada proses ekstraksi)
• Memerlukan standar ruangan khusus
• Memerlukan tenaga ahli
• Estimasi biaya pengujian (bahan baku, operator, dan
analisis): > Rp 1.000.000/sampel
• Reagen PCR sudah ada yang produksi dalam negeri
• Deteksi antibodi
• Waktu pengerjaan ±15 menit
• Produksi dalam negeri sedang dikembangkan
• Alternatif deteksi bagian virus (protein spike virus atau
nukleocapsis virus)
• Sampel dari swab atau saliva (sedang dipertimbangkan)
• Waktu pengerjaan ± 1-2 jam
• Reagen dalam negeri sedang dikembangkan dengan
estimasi biaya: ± Rp 250.000/sampel
• 1 Chip SPR dapat untuk beberapa sampel pengujian
• Estimasi biaya pengujian (bahan baku, operator, dan
analisis) ditargetkan lebih murah dari PCR
Fitur utama SPR Mitra produksi kit reagen SPR:
1. Deteksi antigen (bagian dari virus) • PT. Tekad Mandiri Citra
2. Sampel pasien bisa langsung diuji tanpa proses tambahan
3. Alat analisa untuk menghitung jumlah ikatan/interaksi yang
terjadi antara biosensor dengan antigen.
Jobdesk: Produksi antibody IgY dari hewan
untuk bioreseptor SPR
*Contoh perangkat SPR komersial (manual system) dan chip
sensor dari substrat kaca berlapis emas
• PT. Pakar Biomedika Indonesia

Jobdesk: Packaging & selling reagen kit

*Contoh perangkat SPR komersial (automated system) dan

chip sensor dari substrat kaca berlapis emas Calon lab pengujian :
• BSL3 UNPAD

• Balitbangkes
Need for investment
3 main SPR components:
• SPR Reader
• Gold chip
• SPR reagent kit (our team will supply)

*An example of SPR machine

and gold chip from Affinite
instrument DOI: 10.1371/journal.pone.0107978
“Molecules do not act if they are
not bound.”

-Paul Ehrlich. Nobel Prize winner 1908 in

physiology or medicine. A pioneer in the
fields of hematology and immunology,
and the father of chemotherapy.
Terima Kasih