Professional Documents
Culture Documents
Lab. Bioteknologi, Jurusan Biologi, Fakultas MIPA, Universitas Tadulako, Palu 94118
ABSTRACT
Lore Lindu National Park in Central Sulawesi has high litter productivity, so it relies on
the presence of soil microorganisms in decomposing it into nutrients used by plants. Primary
forest conditions that still natural can support the growth and diversity of soil
microorganisms, mainly bacteria. This study aims to identify the types of soil bacteria in the
forest around the Lake Kalimpa'a in Lore Lindu National Park area. This research was
conducted from October to December 2016 at the Laboratory of Biotechnology Department
of Biology, Faculty of Basic Science Tadulako University. Bacteria were isolated from the
rhizosphere soil samples taken at random in a few small areas, using enrichment and spread
plate method to obtain isolates. The isolate was then purified by streak plate method then
identified based on microbiological and biochemical tests. From samples of land forest
around Lake Kalimpa'a was isolated 5 selected bacterial isolates with isolates code of DKL 1,
DKL 2, DKL 3, DKL 4 and DKL 5. Based on the phenotypic identification, selected isolates
were a member of Gram-negative bacterias with cell shape coccus and bacil, there were
motile and non-motile, and capable of using carbohydrates as a source of energy through a
fermentation process.
Keywords: Isolation, Identification, Soil Bacteria, Forest, Lore Lindu National
Park.
ABSTRAK
Taman Nasional Lore Lindu Sulawesi Tengah memiliki produktivitas serasah yang
tinggi, sehingga sangat bergantung pada keberadaan mikroorganisme tanah untuk
mendekomposisinya menjadi unsur hara yang dimanfaatkan oleh tumbuhan. Kondisi hutan
primer yang masih alami dapat mendukung pertumbuhan dan keanekaragaman
mikroorganisme tanah terutama bakteri. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi jenis-
jenis bakteri tanah di hutan sekitar Danau Kalimpa’a kawasan Taman Nasional Lore Lindu.
Penelitian ini dilakukan pada bulan Oktober sampai Desember 2016 di Laboratorium
Bioteknologi Jurusan Biologi FMIPA Universitas Tadulako. Bakteri diisolasi dari sampel
tanah rizosfir yang diambil secara random di beberapa area kecil, menggunakan metode
enrichment dan spread plate untuk memperoleh isolat. Isolat dimurnikan dengan metode
streak plate kemudian diindentifikasi berdasarkan uji mikrobiologis dan uji biokimiawi. Dari
sampel tanah hutan di sekitar Danau Kalimpa’a Kawasan Taman Nasional Lore Lindu
berhasil diisolasi 5 bakteri isolat terpilih dengan kode isolat DKL 1, DKL 2, DKL 3, DKL 4
dan DKL 5. Berdasarkan hasil identifikasi secara fenotipik, isolat terpilih merupakan anggota
kelompok bakteri Gram negatif dengan bentuk sel coccus dan bacil, ada yang bersifat motil
dan non motil, serta mampu menggunakan karbohidrat sebagai sumber energinya melalui
proses fermentasi.
Kata Kunci: Isolasi, Identifikasi, Bakteri Tanah, Hutan, Taman Nasional Lore
Lindu.
Isolasi dan Identifikasi Bakteri Tanah di Hutan Sekitar Danau Kalimpa’a, Kawasan
Taman Nasional Lore Lindu, Sulawesi Tengah
(Orryani Lambui dan Magfirahtul Jannah)
74
Online Journal of Natural Science Vol 6(1) :73 – 82 ISSN-p: 2338-0950
Maret 2017 ISSN-e : 2541-1969
tanah yang terdapat pada hutan di sekitar
spatula dan disimpan dalam kotak es
Danau Kalimpa’a kawasan TNLL. Hasil
(Saraswati dkk, 2007). Seluruh proses
penelitian ini diharapkan dapat menambah
pengambilan sampel dilakukan dalam
database keanekaragaman hayati Sulawesi
keadaan steril.
Tengah dan informasi tersebut dapat
Isolasi Bakteri Tanah
dimanfaatkan oleh peneliti dan stake holder
Isolasi bakteri tanah dilakukan
dalam pengelolaan sumber daya hayati
dengan metode enrichment (Lambui dkk,
secara berkelanjutan.
2015) dan spread plate. Sebanyak 10 g
BAHAN DAN METODE
sampel tanah dimasukkan ke dalam 90 ml
Sterilisasi Alat dan Medium medium NB, kemudian diinkubasi 1-2 hari
Seluruh alat gelas yang digunakan pada suhu 37°C, dilanjutkan dengan
dibungkus dengan kertas, lalu disterilisasi pengenceran menggunakan NaCl fisiologis
menggunakan oven pada suhu 170-180ºC 0,8% hingga 10-12. Masing-masing
selama 2-3 jam dan menggunakan autoklaf pengenceran 10-8-10-12 diambil 0,1 ml untuk
pada suhu 121ºC dengan tekanan 2 atm disurface spread plate pada medium NA
selama 15 menit. Medium Nutrient Agar dan diinkubasi pada suhu 37°C selama 1-2
(NA), Nutrient Broth (NB) dan Lactosa hari. Koloni bakteri yang tumbuh terpisah
Broth (LB) ditakar sesuai kebutuhan, selanjutnya dimurnikan
kemudian dipanaskan sampai larut. menggunakan metode streak plate pada
Medium disterilisasi menggunakan autoklaf medium NA. Isolat murni kemudian
pada suhu 121ºC dengan tekanan 2 atm diidentifikasi berdasarkan karakteristik
selama 15 menit (Cappuccino and yang mengacu pada Bergey’s Manual of
Sherman, 2008). Determinative of Microorganism (Sneath et
Pengambilan Sampel al., 1986).
Pengambilan sampel tanah dilakukan Identifikasi Isolat Terpilih
secara random di beberapa area kecil. Identifikasi secara fenotipik
Permukaan tanah dibersihkan kemudian dilakukan dalam 2 tahapan, yaitu uji
dilakukan pengukuran pH dan kelembaban mikrobiologis dan uji biokimiawi.
tanah menggunakan soil tester. Sampel 1. Uji mikrobiologis meliputi pengamatan
tanah diambil pada bagian tanah rizosfir morfologi secara makroskopis dan
dengan kedalaman 5 cm menggunakan bor mikroskopis. Pengamatan makroskopis
tanah. Sampel tanah dimasukkan ke dalam dilakukan dengan mengamati secara
wadah pastik steril, diaduk menggunakan langsung ciri-ciri koloni bakteri isolat
Isolasi dan Identifikasi Bakteri Tanah di Hutan Sekitar Danau Kalimpa’a, Kawasan
Taman Nasional Lore Lindu, Sulawesi Tengah
(Orryani Lambui dan Magfirahtul Jannah)
75
Online Journal of Natural Science Vol 6(1) :73 – 82 ISSN-p: 2338-0950
Maret 2017 ISSN-e : 2541-1969
menggunakan colony counter, meliputi:
seluruh media, tidak hanya pada
ukuran, warna, bentuk, margin, dan
daerah tusukan.
elevasi koloni (Lay, 1994).
2. Uji biokimiawi meliputi uji
Pengamatan mikroskopis dilakukan
pembentukan gas dari fermentasi
dengan mengamati bentuk sel bakteri
karbohidrat, yang dilakukan berdasarkan
yang telah diwarnai melalui pengecatan
metode kerja Trimulyono (2010). Isolat
Gram dan uji motilitas.
yang diperoleh diinkubasi selama 24 jam
a. Pengecatan Gram dilakukan
pada medium LB berisi tabung durham
berdasarkan cara kerja Joetono dkk
yang dipasang terbalik. Satu tabung
(1980). Sebanyak 1 ose suspensi
tanpa sumber karbon diinokulasi dengan
bakteri diletakkan pada gelas benda
1 ml kultur yang telah diinkubasi selama
dan difiksasi di atas api. Selanjutnya
24 jam. Inkubasi dilakukan pada suhu
secara berturut-turut diberikan larutan
30°C selama 1,3 atau 5 hari tergantung
kristal violet (Gram A) selamat 1
dari tumbuhnya kultur. Terbentuknya
menit, larutan Mordan (Gram B) 1
gas terjadi bila terdapat gelembung gas
menit, larutan aseton-alkohol (Gram
pada tabung durham.
C) 30 menit, dan larutan Safranin
Pembuatan Stok Bakteri Isolat
(Gram D) 2 menit. Pengamatan
Kultur murni yang berhasil diisolasi
dilakukan di bawah mikroskop,
kemudian disimpan pada NA miring
dimana bakteri Gram positif
dengan 20% gliserol pada suhu 4ºC sebagai
berwarna ungu, sedangkan Gram
koleksi bakteri isolat (Aanniz et al., 2015).
negatif berwarna merah.
b. Uji motilitas dilakukan mengikuti Analisa Data
cara kerja Rahayu dan Margino Data isolasi, karakterisasi dan
(1997). Sebanyak 2 ml medium NA identifikasi bakteri isolat dianalisis secara
(konsentrasi agar 0,5%) dimasukkan deskriptif.
dalam tabung reaksi dan dipadatkan. HASIL DAN PEMBAHASAN
Selanjutnya bakteri isolat diinokulasi Isolasi Bakteri Tanah
dengan cara tusukan tegak pada Isolasi bakteri dari sampel tanah yang
medium NA dan diinkubasi selama berasal dari hutan primer sekitar Danau
24 jam. Bakteri bersifat motil jika Kalimpa’a kawasan TNLL Sulawesi
pertumbuhannya menyebar ke Tengah ditandai dengan terbentuknya
koloni yang melimpah (Gambar 1). Setelah
Isolasi dan Identifikasi Bakteri Tanah di Hutan Sekitar Danau Kalimpa’a, Kawasan
Taman Nasional Lore Lindu, Sulawesi Tengah
(Orryani Lambui dan Magfirahtul Jannah)
76
Online Journal of Natural Science Vol 6(1) :73 – 82 ISSN-p: 2338-0950
Maret 2017 ISSN-e : 2541-1969
melalui tahap pemurnian diperoleh 5 koloni
pengamatan morfologi koloni isolat
bakteri isolat terpilih.
disajikan pada Tabel 1.
Tabel 1. Morfologi koloni bakteri isolat terpilih
Gambar 1. Koloni bakteri sampel tanah pada 4 DKL 4 Putih Sirkulair Lobate Convex
medium NA 5 DKL 5 Putih Sirkulair Lobate Convex
Tahapan isolasi merupakan tahapan
Berdasarkan Tabel 1, kelima isolat
terpenting, diawali dengan perlakuan
terpilih memiliki morfologi koloni yang
enrichment menggunakan medium NB
hampir sama. Khusus untuk isolat DKL 1
untuk mensuplai ketersediaan nutrisi bagi
dan DKL 3 memiliki warna koloni putih
pertumbuhan mikroorganisme tanah.
susu, sedangkan isolat DKL 2, DKL 4 dan
Perlakuan kemudian dilanjutkan dengan
DKL 5 memiliki warna koloni putih. Untuk
menumbuhkan bakteri pada medium NA
bentuk koloni, margin dan elevasi kelima
secara surface spread plate. Setiap koloni
isolat terpilih memiliki bentuk yang sama
yang tumbuh pada medium NA dipilih
yaitu sirkulair, lobate dan convex.
yang mempunyai bentuk koloni tunggal
Dwijoseputro (2005) mengatakan
dan diberi kode isolat DKL. Isolat terpilih
bahwa koloni bakteri memiliki sifat-sifat
diinokulasikan kembali ke medium NA
khusus dalam medium padat, dimana
dalam cawan petri untuk dilakukan
bentuk koloni dapat digambarkan sebagai
pemurnian dengan metode streak quadrant.
titik, bulat atau sirkulair, filamentus dan tak
Koloni tunggal yang tumbuh kemudian
teratur. Permukaan koloni dapat rata,
dipindahkan ke medium NA miring.
timbul rata, melengkung, mencembung,
Pengamatan secara makroskopis pada
membukit dan serupa kawah, sedangkan
medium NA menunjukkan bahwa ciri
tepian koloni dapat berbentuk utuh atau
morfologi koloni bakteri isolat berbentuk
entire, berbelah atau lobate, berbenang atau
sirkulair, berwarna putih, dengan margin
filamentus dan keriting (curled). Pada
(tepian) berbentuk lobate dan elevasi
warna, koloni bakteri sebagian besar
koloni berbentuk convex. Hal ini
berwarna keputihan atau kekuningan.
menunjukkan bahwa koloni isolat dapat
tumbuh baik pada medium. Hasil
Isolasi dan Identifikasi Bakteri Tanah di Hutan Sekitar Danau Kalimpa’a, Kawasan
Taman Nasional Lore Lindu, Sulawesi Tengah
(Orryani Lambui dan Magfirahtul Jannah)
77
Online Journal of Natural Science Vol 6(1) :73 – 82 ISSN-p: 2338-0950
Maret 2017 ISSN-e : 2541-1969
Identifikasi Bakteri Isolat Terpilih
DKL 2, DKL 4 dan DKL 5) bersifat
Kelima bakteri isolat terpilih
nonmotil.
diidentifikasi secara mikroskopis melalui
Pada uji biokimiawi melalui
pengecatan Gram. Hasil pengecatan Gram
pembentukan gas dari fermentasi
kelima isolat menunjukkan bahwa semua
karbohidrat, diperoleh hasil bahwa semua
isolat adalah anggota kelompok bakteri
isolat bakteri terpilih dapat menghasilkan
Gram negatif (Tabel 2), ditandai dengan sel
gelembung gas. Hal ini dibuktikan dengan
bakteri berwarna merah. Bentuk dan
adanya gelembung gas yang terperangkap
susunan sel bakteri didominasi bakteri
dalam tabung durham yang dipasang
berbentuk coccus (bulat) berpasangan atau
terbalik pada tabung reaksi berisi medium
berantai, khususnya pada isolat DKL 1,
LB (Gambar 3).
DKL 2, DKL 3 dan DKL 5, sedangkan
Fermentasi adalah proses penggunaan
isolat DKL 4 berbentuk bacil (batang).
senyawa makromolekul organik menjadi
Menurut Pelczar and Chan (1986),
senyawa sederhana oleh aktivitas
mekanisme pewarnaan Gram didasarkan
mikroorganisme pada kondisi anaerob.
pada struktur dan komposisi dinding sel
Pada penelitian ini, tampak isolat terpilih
bakteri. Bakteri Gram negatif memiliki
memanfaatkan subsrat laktosa sebagai
dinding sel yang cukup tipis dan komposisi
sumber energinya melalui proses
lipid yang cukup tinggi yaitu 11-22%,
fermentasi, yang ditandai dengan
sedangkan bakteri Gram positif memiliki
terperangkapnya gelembung gas pada
dinding sel yang cukup tebal dan hanya
tabung durham. Menurut McNeil and
memiliki kandungan lipid sebesar 1-4%.
Harvey (2008), mikroorganisme yang
Selain itu, kandungan peptidoglikan pada
berbeda akan menggunakan karbohidrat
dinding sel bakteri Gram negatif lebih
yang berbeda tergantung dari komponen
sedikit dibandingkan kandungan
enzim yang dimilikinya.
peptidoglikan pada dinding sel bakteri
Berdasarkan penelitian yang telah
Gram positif.
dilakukan, bakteri tanah berhasil diisolasi
Berdasarkan uji motilitas diperoleh
dari sampel tanah hutan di sekitar Danau
isolat DKL 3 bersifat motil, ditandai
Kalimpa’a kawasan TNLL dan diperoleh 5
dengan adanya pertumbuhan pada daerah di
isolat terpilih dengan kode isolat DKL 1,
sekitar tusukkan isolat (Gambar 2). Hal ini
DKL 2, DKL 3, DKL 4 dan DKL 5.
berarti bahwa isolat DKL 3 memiliki
Berdasarkan hasil identifikasi secara
flagela. Keempat isolat lainnya (DKL 1,
fenotipik, isolat terpilih merupakan anggota
Isolasi dan Identifikasi Bakteri Tanah di Hutan Sekitar Danau Kalimpa’a, Kawasan
Taman Nasional Lore Lindu, Sulawesi Tengah
(Orryani Lambui dan Magfirahtul Jannah)
78
Online Journal of Natural Science Vol 6(1) :73 – 82 ISSN-p: 2338-0950
Maret 2017 ISSN-e : 2541-1969
kelompok bakteri Gram negatif dengan
lebih lanjut terhadap identifikasi isolat
bentuk sel coccus dan bacil, ada yang
terpilih baik itu secara fenotipik maupun
bersifat motil dan non motil, serta mampu
molekular, sehingga dapat diketahui jenis-
menggunakan laktosa sebagai sumber
jenis bakteri tanah pada hutan di sekitar
energinya melalui proses fermentasi.
Danau Kalimpa’a kawasan TNLL Sulawesi
Kedepannya perlu dilakukan penelitian
Tengah.
Gambar 2. Hasil uji motilitas bakteri isolat DKL 1-5 (dari kiri ke kanan): (-) tes negatif; (+)
tes positif
Gambar 3. Hasil uji biokimiawi melalui fermentasi laktosa bakteri isolat DKL1-5 (dari kiri
ke kanan): (+) terbentuk gas dalam tabung durham
Tabel 2. Morfologi sel koloni bakteri isolat terpilih berdasarkan pengecatan Gram
Isolat Terpilih Morfologi Sel Sifat Gram Bentuk Sel
Isolasi dan Identifikasi Bakteri Tanah di Hutan Sekitar Danau Kalimpa’a, Kawasan
Taman Nasional Lore Lindu, Sulawesi Tengah
(Orryani Lambui dan Magfirahtul Jannah)
79
DKL 2 Negatif coccus