Bendroji ir fizikinė chemija

18 TEMA
Gintaras Valinčius
GYVYBĖS MOKSLŲ CENTRAS
2021
Temos turinys

• Katalizė ir inhibicija.
• Katalizatorių veikimo mechanizmai.
• Fermentinė katalizė.
• Michaelis-Menten lygtis ir biokatalizės duomenų analizės
algortmai.

Literatūra savarankiškam darbui:

Gordon Hammes. Thermodynamics and Kinetics
for the Biological Sciences. Chapter 4. Chemical Kinetics
 Katalizė ir inhibicija
Katalizė – bendras pavadinimas proceso, kurio metu cheminės (biocheminės) reakcijos greitis padidinamas
specialaus reagento, vadinamo katalizatoriumi, pagalba.

Katalizatorius sudarydamas tarpinį reakcijos produktą, pakeičia reakcijos kelią.

Be katalizatoriaus: R P

Su katalizatoriumi: R + K  RK  P + K

R – reagentas, K – katalizatorius, P – produktas, RK – reagento-katalizatoriaus tarpinis kompleksas. Kataitinėje rakcijoje

katalizatorius nesusinaudoja, jis regeneruojamas po kiekvienio katalitinio ciklo

Yra du pagrindiniai katalitinių reakcijų tipai: homogeninė ir heterogeninė katalizė.

Homogeninės katalizės atveju, tiek reagentas, tiek katalizatorius yra toje pačioje fazėje. Tokiai grupei priklauso daugelis
fermentinių biocheminių reakcijų. Heterogeninė katalizė yra tokia, kurios reagentai ir katalizatoriai yra skirtingose fazėse.
Pavyzdys - katalizatoriai , naudojami pramonėje įvairiems sintetiniams produktams gauti, taip pat automobiliuose
naudojami katalitiniai konverteriai. Heterogeninės katalizės procesai vyksta fazių sąlyčio riboje.
 Bendrieji katalizės dėsningumai
Katalizatorius, sudarydamas tarpinį kompleksą su reagentu, pakeičia reakcijos kelia tokiu būdu, kad reakcijos
aktyvacinis barjeras žymiai sumažėja.
#
∆𝐸𝑅
Be katalizatoriaus 𝑘= 𝑘0 𝑒 − 𝑅𝑇
ER#
Laisvoji energija

#
ER# ∆𝐸𝑅𝐾
ERK# Su katalizatoriumi 𝑘𝑘𝑎𝑡 = 𝑘0 𝑒 − 𝑅𝑇
ER+EK ERK# # #
Katalitinis efektas
𝑘𝑘𝑎𝑡 ∆𝐸 −∆𝐸
− 𝑅 𝑅𝑇 𝑅𝐾
ER =𝑒
𝑘
EP+EK
EP

Reakcijos kelias
Inhibicija
Inhibicija – bendras pavadinimas proceso, kurio metu cheminės (biocheminės) reakcijos greitis sumažinamas
specialaus reagento, vadinamo inhibitoriumi.

Inhibitorius, sudarydamas tarpinį reakcijos produktą, pakeičia reakcijos kelią taip, kad reakcijos produktas nesusidaro,
arba jo susidarymo greitis žymiai sumažėja.

Be inhibitoriaus: R P

Su inhibitoriumi: R + I  RI  P

Inhibicija, kaip ir katalizė gali būti homogeninė arba heterogeninė. Homogeninė inhibicija būdinga daugeliui
biocheminių procesų, heterogeninės inhibicijos pavyzdys – elektrocheminė metalų apsauga, pvz., plieno gaminių
cinkavimas, kuris blokuoja geležies oksidacijos procesus.
Fermentų inhibicija
Biocheminiuose procesuose susiduriama su inhibicija, kurios metu inaktyvuojamas fermentas, tai yra
sumažinamas fermento katalitinis poveikis. Tai gali vykti įvairiais būdais:
Homogeninės katalizės pavyzdžiai

CO2 pašalinimas iš kraujotakos, katalizuojamas karboninių anhidrazių

CA
HCO3- + H+  CO2 + H2O (plaučiuose)
CA
CO2 + H2O  HCO3- + H+ (audiniuose)
PDB 1MOO

Esterių hidrolizė:
H+
CH3COOC2H5 + HOH  CH3COOH + C2H5OH
By Bilal.bhatti96 - Own work, CC BY-SA 4.0
Heterogeninės katalizės pavyzdžiai

Insulinu aktyvuojamas fosfoinozitolio kinazė katalizuoja

fosfoinozitolio cukraus grupės fosforilinimą ATP:
Heterogeninė katalizė (neorganinės reakcijos)

Amoniako sintezė:

Haber- Bosch procesas N2 + 3H2  2NH3

Katalizatoriumi naudojama aktyvuotas Fe paviršius

 Fermentinė katalizė
Fermento E katalizuojamas biocheminis substrato S virsmo į P procesas užrašomas taip:

k1 kcat
E + S  ES  E + P (1)
k-1

Formaliosios kinetikos požiūriu, tai – grįžtamas nuoseklusis procesas su negrįžtamąja fermentinės konversijos stadija

Bendra kinetinė lygtis gali būti gaunama, sprendžiant formaliosios kintetikos uždavinį, tačiau dažniausiai biochemijoje
Naudojamas sprendinys, pasiūlytas Michaelis ir Menten, turinti tokį analitinį pavidalą:

[𝑆] 𝐸 [𝑆]
𝑣𝑐𝑎𝑡 = 𝑣𝑚𝑎𝑥 × = 𝑘𝑐𝑎𝑡 (2)
𝐾𝑚 + [𝑆] 𝐾𝑚 + [𝑆]
Fermentinė kinetika
Michaelis –Menten lygtis:

[𝑆] 𝐸𝑏𝑒𝑛𝑑𝑟 [𝑆]

𝑣𝑐𝑎𝑡 = 𝑣𝑚𝑎𝑥 × = 𝑘𝑐𝑎𝑡
𝐾𝑚 + [𝑆] 𝐾𝑚 + [𝑆]

Svarbūs du ribiniai atvejai:

16

14
1) Kai [S]<<Km, tada
12
𝑘𝑐𝑎𝑡
Reakcijos greitis, nM/s

10
maksimalus greitis - 15 nM/s 𝑣𝑐𝑎𝑡 = 𝐸 [𝑆]
8
Km = 7 nM
𝐾𝑚 𝑏𝑒𝑛𝑑𝑟
6
Fermentinė reakcija vyksta, kaip pirmojo laipsnio pagal [S]
4

2
2) Kai [S]>>Km, tada
0
0 20 40 60 80 100 120 140 160
𝑣𝑐𝑎𝑡 = 𝑘𝑐𝑎𝑡 𝐸𝑏𝑒𝑛𝑑𝑟
Substrato koncentracija, nM

Fermentinė reakcija vyksta, kaip nulinio laipsnio pagal [S]

kcat – katalitinė konstanta, s-1 (apsukų skaičius) 𝑘𝑐𝑎𝑡
Fermento efektyvumas M-1 s-1
Km – Michaelis konstanta, M 𝐾𝑚