Bài giảng

Sinh học Phân tử

Mục tiêu học tập: Sau khi học xong chương này, người học có thể:
1. Phân biệt được cấu trúc phân tử và chức năng của mARN, rARN, và tARN.
2. Trình bày được sao chép ADN ở vi khuẩn và sinh vật eukaryot (xem: giáo trình Sinh học đại
cương);
3. Trình bày được phiên mã tổng hợp mARN, rARN và tARN ở sinh vật prokaryot và eukaryot.
4. Trình bày được dịch mã ở sinh vật prokaryot và eukaryot.
5. Nêu được các thành phần tham gia và vai trò của chúng trong điều hòa biểu hiện gen ở
prokaryot mức độ phiên mã bằng các mô hình: Operon Lac và Operon Tryptophan ở E. coli;
6. Nêu được các thành phần trong mô hình điều hòa biểu hiện gen ở sinh vật eukaryot và giải
thích được sự điều hòa gen trong biệt hóa tế bào.

1. Các ARN

Các acid ribonucleic (ARN) có cấu trúc bậc một (mạch thẳng) giống với ADN, trừ
hai đặc điểm sau: đường ribose của ARN chứa nhóm –OH tại vị trí 2’, và ARN chứa
bazơ uracil thay vì thymin trong ADN. Hầu hết ARN của tế bào có dạng mạch đơn
và mang cấu hình không gian khác nhau. Sự khác biệt trong cấu hình không gian
của nhiều loại ARN giúp chúng thực hiện các chức năng chuyên hóa đặc hiệu trong
tế bào. Cấu trúc bậc hai đơn giản nhất của ARN sợi đơn được tạo thành khi các bazơ
bắt cạp bổ sung. Cấu trúc “kẹp tóc” (hairpin) được tạo ra khi các bazơ bị ngắt quãng
khoảng 5 đến 10 nucleotid bắt cặp với nhau và “vòng uốn” (loop) được hình thành
khi các bazơ nằm cách nhau từ 10 đến vài trăm nucleotid. Các cấu trúc gấp nếp đơn
giản như vậy có thể kết hợp với nhau tạo nên cấu trúc bậc ba phức tạp hơn gọi là các
“nút giả” (pseudoknot).
Các miền ARN gấp nếp không chỉ có cấu trúc giống với xoắn ở protein mà một số
ARN có hoạt tính xúc tác gọi là các ribozym. Các ribozym thường là ARN kết hợp
với protein (protein làm bền cấu trúc), còn ARN đóng vai trò là thành phần xúc tác.
Một số ribozym có khả năng xúc tác cho phản ứng cắt và ghép phân tử ARN khác
(các ARN nhỏ trong nhân và hạch nhân tế bào, small nuclear RNA - snARN và small
nucleolar RNA - snoARN). Thông thường, quá trình này diễn ra để tạo thành phần
lớn các phân tử mARN có chức năng của sinh vật nhân thực đa bào, ở một số vi

1
khuẩn và eukaryot đơn bào (nấm men). Một số nhóm ARN khác có khả năng tương
tác và điều khiển hoạt động của gen ở các mức độ khác nhau, ví dụ, điều hòa biểu
hiện gen ở mức độ sau dịch mã (micro RNA – miARN), ở mức độ sau phiên mã
(small interference RNA – siARN),v.v...
Trong tất cả các sinh vật, ba loại ARN phổ biến là ARN ribosom, ARN vận chuyển
và ARN thông tin.

1.1. ARN thông tin (mARN)

ARN thông tin (messenger RNA, mARN) có cấu trúc dạng mạch đơn, là sản phẩm
được tổng hợp từ khuôn ADN và mang thông tin di truyền đó để tổng hợp protein.
Thông tin được mã hóa trong mARN được “đọc” theo từng nhóm ba nucleotid, gọi
là các codon. Mỗi codon được “dịch” thành một acid amin đặc hiệu sau quá trình
dịch mã. Tỷ lệ mARN trong tế bào chiếm khoảng 5 ~ 10% khối lượng ARN tổng số
trong tế bào.

1.2. ARN vận chuyển (tARN)

Phân tử ARN vận chuyển (transfer RNA, tARN) là phân tử “chìa khóa” để giải mã
các codon trong mARN. Chúng chiếm tỷ lệ khoảng 10 ~ 15% khối lượng ARN tổng
số trong tế bào. Mỗi tARN có cấu trúc lập thể rõ ràng trong dung dịch, chi tiết quan
trọng trong tổng hợp protein. Tương ứng với mỗi loại acid amin là một tập hợp tARN
riêng. Mỗi tập hợp tARN này gắn với một loại acid amin được mã hóa bằng codon
đặc hiệu trên mARN, và mang acid amin này tới gắn vào mạch peptid đang ở vị trí
đang được tổng hợp trong quá trình dịch mã. tARN mang acid amin được đọc – dịch
một cách chính xác tại mỗi bước nhờ vào trình tự ba nucleotid gọi là codon đối mã
– anticodon – nằm trên nó. Codon đối mã này bắt cặp đặc hiệu với codon bổ sung
trên mARN.
Ở đầu 3’ của phân tử kết thúc bằng bộ ba CCA, còn đầu 5’ – phosphate thường kết
thúc bởi gốc guanylate. Mỗi phân tử thường có 4 đoạn tạo bởi liên kết hydro giữa
các bazơ bổ sung nội chuỗi, còn tại 4 vùng lồi các bazơ không bổ sung nên chỉ tạo
thành các vòng. Như vậy, đầu 3’ có dạng CCA – OH. Các acid amin luôn gắn ở đầu
3’ của bazơ A cuối cùng.

2
 Hình 4.1. Sơ đồ tARN ở nấm men

Vùng lồi đầu 3’ chứa 7 cặp bazơ không bổ sung nên không tồn tại liên kết hydro và
sự liên kết với ribosom có thể xảy ra tại vùng này. Với vùng lồi kế tiếp, còn gọi là
vùng lồi phụ, nằm ở đầu 3’, độ lớn không cố định.
Vùng lồi thứ ba chứa 7 bazơ không bổ sung trong đó có 3 bazơ chủ yếu liền nhau
gọi là anticodon (bộ ba đối mã) bổ sung với bộ ba tương ứng trên mARN. Nhờ sự
bổ sung liên phân tử, các acid amin được xếp đúng vị trí trên chuỗi peptid tương ứng
với trình tự mã hóa các bộ ba ở mARN. Hình 4.1 mô tả một tARN điển hình (ở nấm
men): vùng lồi thứ ba chứa bazơ inosin (I), một dẫn xuất purin có thể tạo liên kết bổ
sung với cả A, U và C.
Vùng lồi kế tiếp cuối (thứ tư) chứa 8 ~ 12 bazơ không bổ sung, còn gọi là vùng lồi
D (D – loop).
1.3. ARN ribosom (rARN)
Ribosom là phức hệ bao gồm ARN nằm trong ribosom (rARN) kết hợp với nhiều
protein. Các ribosom sẽ di chuyển dọc theo chiều dài mARN, xúc tác cho quá trình
lắp ráp các acid amin thành chuỗi polypeptid. Ribosom gắn với tARN và các protein
bổ trợ cần thiết cho quá trình dịch mã. Hiệu quả dịch mã tăng nhiều lần khi phức
mARN/ aminoacyl-tARN/ ribosom được hình thành. Các thí nghiệm đánh dấu

3
phóng xạ tự ghi in vitro có sử dụng ribosom tinh sạch cho thấy acid amin có thành
phần phóng xạ gắn vào ribosom trước khi gắn với chuỗi peptid đang kéo dài. Khi
dịch mã xảy ra, ribosom trượt trên khung đọc, dọc theo chiều dài mạch mARN từ
đầu 5’ → 3’, đồng thời tương tác với các yếu tố protein và tARN khác nhau để kéo
dài chuỗi peptid đang được tổng hợp.
Mỗi ribosom bao gồm tiểu phần lớn và tiểu phần nhỏ, mỗi tiểu phần chứa rARN
riêng biệt cho từng loại (hình 4.2). Tỷ lệ các rARN chiếm phần lớn nhất (khoảng
75% khối lượng ARN tổng số) trong các loại ARN của tế bào.

Hình 4.2. Cấu tạo ribosom ở sinh vật.

Ở vi khuẩn, thông thường rARN gồm ba loại:

+ Tiểu đơn vị nhỏ 16S;
+ Tiểu đơn vị lớn 23S và thành phần 5S.
Ở eukaryot, thành phần rARN phổ biến trong ribosom bao gồm:
+ Tiểu đơn vị nhỏ 18S;
+ Tiểu đơn vị lớn 28S và 5,8S.

4
2. Khái niệm cơ bản
2.1. Học thuyết Trung tâm của Sinh học phân tử

Quan niệm đơn giản là ADN mã hóa cho protein, vậy điều gì tạo nên tính chất phức
tạp của các phân tử ARN trung gian? Một trong các nguyên nhân có thể là một phân
tử ARN trung gian sẽ tạo nên một cấp điều hòa gen khác, ví dụ như thông qua phân
hủy phân tử mARN mã hóa cho một protein không cần thiết nào đó. Một lý do khác
có thể là cấu trúc của phân tử ARN là duy nhất về mang thông tin quy định các trình
tự bazơ của nó và là một phức hệ, một cấu trúc không gian gập lại có hoạt tính xúc
tác; nói cách khác, ARN có thể được xem như là một loại phân tử vừa mang thông
tin di truyền để truyền đi vừa có chức năng xúc tác. Qua tiến hóa, chức năng lưu
truyền thông tin di truyền trở thành vai trò chính của các phân tử ADN còn chức
năng xúc tác thuộc về các protein. Tuy vậy, các ARN vẫn nằm giữa hai hướng của
dòng chảy di truyền, truyền thông tin di truyền và tổng hợp protein. Giả thuyết này
ngụ ý rằng sự tham gia của ARN vào tổng hợp protein là dấu vết còn sót lại trong
các bước sơ khai nhất của sự tiến hóa – một mẫu vật “phân tử hóa thạch”. Vì vậy,
giả thuyết trên đã được chứng minh qua nhiều thực nghiệm. Đó là (1) sự khởi phát
sao chép ADN cần có sự tham gia của phân tử ARN (mồi ARN), (2) mỗi một phân
tử ARN là cần thiết tại các đầu mút nhiễm sắc thể, và (3) một số phân tử ARN hoạt
động xúc tác các phản ứng thiết yếu trong quá trình tổng hợp protein.
Nội dung cơ bản của học thuyết Trung tâm của sinh học phân tử là ADN không mã
hóa trực tiếp cho các protein, mà gián tiếp lần lượt thông qua quá trình phiên mã và
dịch mã (Hình 4.3). Do đó, quá trình sử dụng thông tin chứa trong ADN hoạt động
thông qua một phân tử trung gian là acid ribonucleic (ARN). Cấu trúc của ARN
tương đồng với ADN nhưng chúng không giống nhau hoàn toàn, khác nhau về thành
phần đường ribose thay cho deoxyribose, ARN thường tồn tại ở trạng thái sợi đơn
trong khi ADN thường ở dạng mạch kép, và ARN chứa bazơ uracil (U) thay vì
thymin (T) ở ADN. Ngoài ra, mỗi một loại ARN sẽ tham gia vào một bước trong
quá trình biểu hiện gen – tổng hợp protein.

5
 Hình 4.3. Học thuyết trung tâm của sinh học phân tử.

2.2. Gen
Gen là toàn bộ trình tự ADN mang thông tin mã hóa cho mARN hoặc chuỗi
polypeptid. Như vậy, gen là đơn vị chức năng của vật chất di truyền. Mỗi gen thường
chứa các trình tự phân chia theo chức năng, bao gồm:
+ Vùng điều khiển: nằm ở đầu 3’ mạch làm khuôn, không được phiên mã, chức năng
giúp enzym ARN polymerase nhận biết và gắn vào khởi động phiên mã gen đó;
+ Vùng kết thúc: ở đầu 5’ của mạch khuôn ADN;
+ Vùng mã hóa: chứa thông tin di truyền.

Tuy nhiên, khi ghi lại sơ đồ gen, trình tự mạch không làm khuôn (sense strand) được
dùng để chỉ ra trình tự gen trên mạch mARN bổ sung với sợi khuôn. Do đó, trong
các sơ đồ biểu diễn trình tự của một gen nào đó, vùng điều khiển sẽ ở đầu 5’ của gen
và vùng kết thúc nằm ở đầu 3’ của gen. Vùng điều khiển và kết thúc không mang
mã di truyền cho sợi ARN hoặc chuỗi peptid có chức năng. Ngoài ra, các cấu trúc
ADN khác cũng tồn tại trong gen như các trình tự tăng cường enhancer, trình tự dập

6
tắt silencer, vùng ADN hoạt hóa activator, v.v… Vùng điều khiển không được phiên
mã mà chỉ có chức năng giúp phức hệ phiên mã và enzym ARN polymerase nhận
biết để thực hiện sự phiên mã một cách chính xác.
2.3. Bộ gen (genome)

Bộ gen của mỗi tế bào chứa toàn bộ thông tin di truyền và các chương trình cần thiết
cho tế bào hoạt động. Đối với sinh vật eukaryot, khoảng 99% hệ gen nằm trong nhân
tế bào, phần còn lại nằm ở ADN bào quan (ty thể, lạp thể). Đa số genome vi khuẩn
và ADN bào quan có dạng vòng kép khép kín. Ngược lại, phần genome trong nhân
thường rất lớn và được tổ chức thành các nhiễm sắc thể dạng thẳng. Do đó, thông
tin di truyền không chỉ khác nhau về trình tự các nucleotid mà còn ở cấu hình không
gian nhiễm sắc thể. Gen của sinh vật nhân thực chỉ chiếm phần tỷ lệ rất nhỏ so với
kích thước hệ gen. Ngược lại, gen của prokaryot thường có kích thước không lớn và
nằm sát nhau. Ngoài ra, các gen này thường chỉ có một bản sao và không bị gián
đoạn bởi các ADN không mã hóa cho protein.

Bảng 4.1. So sánh kích thước bộ gen một số sinh vật.

Sinh vật Kích thước Số lượng Mật độ gen TB Số lượng

bộ gen (bp) gen NST

Homo sapiens
3.2 x 109 ~25,000 1 gen /100,000 bazơ 46
(người)
Mus musculus
2.6 x 109 ~25,000 1 gen /100,000 bazơ 40
(chuột nhắt)
Drosophila melanogaster
137 x 106 13,000 1 gen / 9,000 bazơ 8
(ruồi giấm)

Arabidopsis thaliana
100 x 106 25,000 1 gen / 4000 bazơ 10
(thực vật)

Caenorhabditis elegans
97 x 106 19,000 1 gen / 5000 bazơ 12
(giun tròn)

Saccharomyces cerevisiae
12.1 x 106 6000 1 gen / 2000 bazơ 32
(nấm men)

Escherichia coli
4.6 x 106 3200 1 gen / 1400 bazơ 1
(vi khuẩn)
Haemophilus influenzae
1.8 x 106 1700 1 gen /1000 bazơ 1
(vi khuẩn)

7
Phân tích hệ gen của một cá thể có thể giúp nâng cao hiệu quả tác dụng của một
thuốc trên cơ thể đó. Ngành khoa học nghiên cứu sự ảnh hưởng của các gen tới phản
ứng của người sử dụng đối với các thuốc được gọi là Gen Dược học, còn ở mức độ
quần thể là Hệ Gen Dược học (Pharmacogenetics và Pharmacogenomics). Lĩnh vực
khá mới mẻ này kết hợp với Dược lý học (khoa học nghiên cứu về thuốc) và hệ gen
(genomics, khoa học nghiên cứu về toàn bộ gen của một cơ thể và chức năng của
các gen đó) nhằm tìm ra các phương pháp điều trị một cách an toàn và có hiệu quả,
cũng như điều chỉnh tốt liều lượng thuốc dựa trên đặc tính di truyền của một người.

2.4. Mã di truyền

Trình tự các nucleotid trên phân tử ADN quy định trình tự acid amin trên chuỗi
peptid tương ứng. Có tất cả 4 loại nucleotid trên phân tử ADN, nếu các bazơ xếp
thành từng nhóm hai hay mỗi acid amin do hai nucleotid quy định thì tất cả chỉ có
tối đa 16 tổ hợp acid amin. Hiện nay, các nghiên cứu thấy có 20 acid amin thiết yếu
tồn tại trong tế bào và được mã hóa do sự kết hợp của 4 loại nucleotid ở phân tử
ADN. Do đó, tế bào sử dụng mã di truyền bộ ba, có nghĩa là mỗi trình tự ba nucleotid
liên tiếp được gọi là một codon sẽ được “đọc – dịch” từ một vị trí khởi đầu nằm trên
mARN. Trong số 64 codon của mã di truyền, 61 codon có tính đặc hiệu cho các acid
amin và 3 codon còn lại đóng vai trò tín hiệu kết thúc trong tổng hợp protein. Trình
tự kéo dài từ codon khởi đầu đến codon kết thúc được gọi là khung đọc. Khung đọc
bao gồm các cụm, mỗi cụm gồm 3 nucleotid đặc hiệu cho một acid amin của chuỗi
peptid mới được tổng hợp cũng như các codon kết thúc ở cuối mỗi khung đọc. Phần
lớn các mARN chỉ được dịch mã theo một khung đọc.
- Đặc tính của mã di truyền:
• Mã di truyền không có dấu phẩy, nghĩa là thông tin di truyền theo từng cụm
3 nucleotid được đọc, dịch một cách liên tục, không bị ngắt quãng;
• Thông tin được đọc theo một chiều và bắt đầu từ một điểm xác định;
• Mọi sinh vật đều dùng chung mã di truyền. Đặc điểm này được gọi là tính
phổ biến của mã di truyền.
• Mã di truyền có tính chất thoái hóa, nghĩa là một acid amin có thể do một
vài bộ ba mã hóa, trừ trường hợp của methionin (AUG) và tryptophan
(UGG).
• Mã di truyền có các tín hiệu khởi đầu và kết thúc đặc hiệu. Mã khởi đầu luôn
là methionin (AUG), còn các mã kết thúc là UAG, UAA, UGA.

8
 Bảng 4.2. Bảng quy định mã di truyền bộ ba.

3. Phiên mã – tổng hợp ARN

Quá trình tổng hợp phân tử mARN từ phân tử ADN làm khuôn được gọi là phiên
mã. Thông tin di truyền đươc lưu giữ và truyền qua các thế hệ sinh vật nhờ ADN,
nhưng phân tử này không trực tiếp làm khuôn để tổng hợp nên các protein. Ngoài ra,
ADN chỉ tập trung trong nhân tế bào, còn sự kiện tổng hợp protein lại diễn ra ở tế
bào chất của eukaryot.
Năm 1957, sau khi mô phỏng chính xác được cấu trúc ADN, F. Crick đã đưa ra ý
niệm về một chất trung gian – ARN – đóng vai trò chuyển hóa thông tin từ ADN để
tạo thành protein. Dự đoán này đã được khẳng định nhờ các kết quả nghiên cứu
chứng minh sự liên quan về mặt cấu trúc của ARN gần với ADN và được tổng hợp
từ khuôn ADN. Ba nhóm ghiên cứu độc lập đã tách chiết được ARN polymerase,
enzym tổng hợp ARN trên khuôn ADN vào năm 1960. Đến 1961, Benjamin Hall và
Sol Spiegelman đã tách và tinh sạch được ARN và ADN của thực khuẩn thể T2
(Phage T2). Trong thí nghiệm này, ADN của phage T2 đã bị biến tính và tách thành
hai sợi đơn. Khi tiếp xúc với ARN của phage T2, sợi đơn ADN kết hợp với ARN tạo
phân tử lai mạch kép ADN/ARN. Với sợi đơn ADN của sinh vật khác, ARN phage
T2 không hình thành phân tử lai. Điều này chứng tỏ rằng ARN của phage T2 phải có
mối liên hệ bổ sung với một trong mạch đơn của phân tử ADN T2, kết quả là hình

9
thành phân tử lai nói trên. Mặt khác, nhiều bằng chứng cho thấy ARN chủ yếu tồn
tại trong tế bào chất của eukaryot.

3.1. Phiên mã ở Prokaryot

Hình 4.4. ARN polymerase và hoạt tính nhận biết vùng khởi đầu phiên mã ở prokaryot.
(Theo Inroduction to Genetic Analysis, 10th edition (2012), W. H. Freeman and Company).

- ARN polymerase
Chỉ có một loại ARN Polymerase ở sinh vật nhân sơ với vai trò xúc tác cho quá trình
tổng hợp cả ba loại ARN: mARN, tARN và rARN. Trong đó, ARN Polymerase của
E. coli đã được nghiên cứu một cách đầy đủ.

Bảng 4.3. Các tiểu đơn vị trong ARN polymerase của E. coli.

Tiểu Số lượng Trọng lượng phân tử Vai trò

đơn vị (kDa)
σ 1 70 Nhận biết ADN promoter
β 1 150 Kéo dài mạch ARN
β’ 1 160 Liên kết với ADN khuôn
Liên kết các tiểu phần β và β’ khởi
α 2 42
động phiên mã
Làm bền enzym và giúp lắp ráp các
ω 1 11
tiểu phần khác
ρ 6 46 Kết thúc phiên mã
Nus A 1 70 Kéo dài và kết thúc phiên mã

ARN polymerase của E. coli, có cấu trúc bậc bốn của protein và gồm hai hợp phần
chính là protein lõi và nhân tố sigma (σ). Nhân tố sigma phổ biến nhất ở vi khuẩn
thực có trọng lượng phân tử 70 kDa (σ70) và tồn tại độc lập với enzym lõi. Enzym

10
lõi được tạo thành từ năm chuỗi polypeptid: 2 chuỗi alpha – α (αI và αII), hai chuỗi
beta – β (β và β’), và một chuỗi omega – ω. Ngoài ra, enzym lõi còn có nhân tố phiên
mã Rho (ρ) và Nus nằm tách rời enzym lõi nên thường không thu nhận được khi tinh
sạch enzym lõi. Các sợi polypeptid trong enzym lõi không liên kết cộng hóa trị mà
chỉ tạo thành các liên kết thứ cấp. Một số đặc điểm quan trọng của các thành phần
enzym lõi ARN polymerase của E. coli được tóm tắt trong bảng 4.3.
Trong khi chuỗi β’ liên kết với mạch ADN khuôn thì β có tác dụng xúc tác tạo thành
liên kết phosphodiester. Trong khi đó, chuỗi có vai trò liên kết hai tiểu phần lớn β
và β’ góp phần khởi sự phiên mã. Nhân tố σ70 làm cầu nối giữa ARN polymerase và
trình tự promoter trên ADN.
- Nhận biết promoter của gen vi khuẩn
Vị trí nucleotid đầu tiên trên ADN được phiên mã được đánh dấu là +1 trên trình tự
gen, hay điểm khởi đầu phiên mã, còn nơi σ70 nhận biết và gắn vào là trình tự
nucleotid dài khoảng 6 ~ 7 nucleotid và nằm ở vị trí -10 và một đoạn khác dài khoảng
7 nucleotid ở vị trí -35. Như vậy, nhân tố σ70 tiếp cận trình tự promoter ở các vị trí -
10 và -35. Vùng -10 được gọi là trình tự Klenow. Tuy nhiên, ARN polymerase của
E. coli lại gắn với dải trình tự ADN thuộc vùng promoter trải dài từ vị trí -50 tới +20
nhờ các tương tác ADN không phụ thuộc trình tự. Ngoài ra, nhân tố σ70 cũng giúp
ARN polymerase tách các mạch ADN tại vị trí khởi động phiên mã, đưa mạch mang
mã (sợi có nghĩa) vào trung tâm hoạt động của enzym lõi để khởi đầu phiên mã chính
xác tại vị trí +1. Nhiều nghiên cứu đã khái quát được trình tự promoter đáp ứng tối
ưu với nhân tố σ70 – ARN polymerase, và được gọi là các promoter mạnh, được đặc
trưng bởi việc quy định tốc độ khởi đầu phiên mã cho gen tương ứng cao. Ngược lại,
các promoter yếu quy định tốc độ khởi đầu phiên mã thấp. Ví dụ như Lac operon ở
E. coli là mọt promoter yếu và khác biệt với các promoter mạnh ở một số vị trí khác
nhau.

Hình 4.5. Trình tự nhận biết promoter ở vi khuẩn.

Mỗi bazơ trong trình tự đáp ứng (được nhận biết bởi σ70 và liên kết với nhân tố đó)
trong vùng -35 và -10 có tần số bắt cặp cao nhất, và độ lớn chữ cái trong trình tự thể
hiện mức rất quan trọng của trình tự đó (Hình 4.5). Trình tự nucleotid này mô phỏng
mạch ARN được tổng hợp theo chiều 5’ → 3’ (giống với trình tự trên mạch ADN

11
bổ sung với mạch làm khuôn, còn gọi là sợi ADN có nghĩa). Ban đầu nhân tố σ70 –
ARN polymerase gắn với ADN mạch kép rồi được giải phóng ra khỏi phức hợp
enzym lõi sau khi mạch mARN được tổng hợp dài vài chục nucleotid. Vì thế, σ70
đóng vai trò là yếu tố khởi đầu phiên mã, đóng vai trò vô cùng quan trọng cho quá
trình này. Khi thiếu hụt nhân tố σ, enzym lõi sẽ khởi đầu phiên mã tại vị trí không
chính xác ở vi khuẩn E. coli. Có khoảng 6 loại nhân tố σ đã biết khác nhau về khối
lượng phân tử ở E. coli, đều có chức năng phát hiện và gắn vào trình tự nhận biết
promoter trên ADN. Phân tích dựa trên hơn 100 hệ gen vi khuẩn thật (Eubacteria)
cho thấy kỷ lục về số lượng gen mã hóa cho yếu tố σ thuộc về Streptomyces
coelicolor. Hầu hết các σ thay thế có chức năng và cấu trúc tương đồng với σ70.
Ngoài ra, ARN polymerase cần có ion Mg2+ trong hoạt động của nó.

- Quá trình phiên mã

Mỗi mARN của tế bào prokaryot đều là một phân tử chứa mọi thông tin di truyền
dưới dạng phân tử mã hóa cho nhiều polypeptid được tổng hợp đồng thời (đa bản
sao – polycistronic mRNA).
Một cách khái quát, quá trình phiên mã gồm 3 giai đoạn chính:

• Khởi động: Yếu tố σ70 – ARN Polymerase nhận biết và gắn vào trình tự đặc hiệu
trên promoter để khởi đầu phiên mã. Tiếp theo, ARN polymerase gắn vào trình tự
liên kết ở vị trí -35 rồi trượt dọc theo chiều dài phân tử mARN đến khoảng vị trí -
10 thì mở xoắn độ dài từ 12 đến 17 nucleotid để bắt đầu phiên mã tại vị trí +1.
Sự kiện tách khỏi phức ARN polymerase của yếu tố σ70 sau khi kéo dài chuỗi mARN
được vài chục nucleotid đánh dấu giai đoạn phiên mã tiếp theo. Còn σ70 lại tiếp tục
kết hợp với enzym lõi khác để khởi đầu sự phiên mã mới.
• Kéo dài: Ngay sau khi tách khỏi phức enzym lõi, protein NusA gắn vào ADN
để enzym ARN polymerase tiếp tục chuyển dịch dọc theo gen, làm giãn xoắn mạch
ADN và kéo dài chuỗi mARN đang được tổng hợp theo nguyên tắc bổ sung. Sự
khác biệt là uracil thay thế cho thymin trong nguyên tắc tạo mạch bổ sung với ADN
khuôn trên mạch mARN mới.
Sau khi mạch đơn ADN đã được “đọc” bởi ARN polymerase sẽ tái xoắn và trở lại
cấu trúc liên kết với mạch bổ sung của nó như ban đầu.
• Kết thúc: Mạch ADN làm khuôn chứa mã kết thúc phiên mã để dừng quá trình
phiên mã ở điểm xác định. Enzym ARN polymerase dừng kéo dài chuỗi mARN,

12
 giải phóng phân tử mARN này ra khỏi phức enzym lõi và ADN khuôn cùng lúc
với sự tách enzym ra khỏi mạch khuôn ADN để đến trình tự khởi động mới khác.
Có hai kiểu kết thúc phiên mã. Kiểu thứ nhất đặc trưng bởi sự kiện enzym ARN
polymerase tiếp xúc với nhân tố dừng phiên mã Rho (ρ), còn gọi là dừng phiên mã
phụ thuộc nhân tố ρ. Kiểu thứ hai là kết thúc phiên mã không phụ thuộc ρ. Tuy nhiên,
chúng ta chưa rõ yếu tố ρ tác động ra sao trong sự dừng phiên mã một cách chi tiết.
Trong kiểu kết thúc phiên mã thứ nhất, cấu trúc đoạn ADN khuôn thường thiếu hụt
trình tự poly-Adenin trước điểm kết thúc cũng như không chứa các trình tự đối xứng
bổ sung để có thể hình thành dạng mạch kép. Ngược lại, ở kiểu kết thúc phiên mã
thứ hai, không phụ thuộc ρ, các trình tự mạch khuôn ADN nằm trước điểm kết thúc
có hai trình tự đối xứng bổ sung và trình tự poly-Adenin. Nhờ cầu trúc hai trình tự
đối xứng bổ sung, cuối mạch mARN đang được kéo dài hình thành nên một mạch
kép dạng vòng, là kết quả của sự bắt cặp bổ sung giữa các nucleotid trên hai trình tự
đó. Cấu trúc này có dạng “kẹp tóc” và ngăn không cho ARN polymerase kéo dài
mạch mARN cũng như làm sợi mARN đó tách ra khỏi phức hệ enzym với sợi khuôn.
Do đó, quá trình tổng hợp mARN dừng lại ở đoạn poly-U của nó.

Hình 4.6. Sơ đồ biểu diễn cấu trúc dạng “kẹp tóc” dừng tổng hợp mARN.

Phân tử mARN ở prokaryot được tổng hợp trong tế bào chất nên quá trình phiên mã
và dịch mã xảy ra đồng thời.
3.2. Phiên mã ở sinh vật nhân thực
- Các ARN polymerase

13
Trong các tế bào eukaryot đã được khảo sát, ba loại ARN polymerase tồn tại và được
ký hiệu lần lượt là ARN polymerase I, II và III. Chúng khác nhau về độ tích điện và
phản ứng với α–amanitin (chất độc octapeptid do một số nấm lớn tiết ra). Mỗi loại
ARN polymerase xúc tác phiên mã cho một loại phân tử ARN. ARN polymerase I
(pol I) nằm trong nhân và tham gia phiên mã các gen mã hóa phân tử tiền rARN.
rARN sau đó được chế biến thành các đơn vị rARN 28S, 5,8 S và 18S. ARN pol III
tham gia phiên mã gen mã hóa cho tARN, 5S rARN và một loạt các ARN nhỏ, bền
vững bao gồm ARN cắt nối phân tử mARN (U6) và ARN thành phần của phức nhận
biết tín hiệu vận chuyển protein tới lưới nội chất. Còn ARN pol II vừa tham gia phiên
mã cho mọi gen mã hóa cho protein, tạo thành các phân tử tiền mARN, vừa tổng
hợp các ARN nhỏ trong nhân (small nuclear RNA - snARN) cắt nối các tiền mARN
cũng như các miARN (micro RNA) tham gia quá trình dịch mã, và các phân tử ARN
can thiệp kích thước nhỏ (small interference RNA - siARN).
Cả ba loại ARN pol đều có cấu trúc phức tạp hơn phân tử ARN pol của E. coli, và
đều chứa tiểu phần lớn và 10 -14 tiểu phần nhỏ. Trong đó, một số tiểu phần nhỏ có
ở cả hai hoặc cả ba loại ARN pol. Nghiên cứu ARN pol rõ nhất được biết là ở nấm
men S. cerevisiae bằng cách phân tích kiểu hình nấm men khi xóa đi từng gen mã
hóa cho mỗi tiểu phần tương ứng cũng như về cấu trúc lập thể phân tử ARN pol II.
Các ARN pol ở các cơ thể eukaryot khác cũng rất tương đồng với cấu trúc này ở
nấm men. Riêng ở thực vật, hai loại ARN pol khác (IV và V) cũng được biết thêm
với tiểu phần lớn rất đặc trưng và các tiểu phần nhỏ khác biệt. Chúng kìm hãm sự
phiên mã dưới sự điều khiển của siARN nhân tế bào thực vật.
Trong cấu trúc lõi của ba loại ARN pol eukaryot, tiểu phần lớn có cấu trúc và vai trò
giống với hai tiểu phần β và β’ ở E. coli. Cũng như vậy, mỗi ARN pol eukaryot cũng
chứa một tiểu phần giống yếu tố ω và hai tiểu phần giống yếu tố α ở E. coli. Tuy
nhiên, ba loại ARN pol nấm men còn chứa 4 tiểu phần phụ nhỏ không có ở vi khuẩn.
Ngoài ra, ARN pol trong nhân eukaryot còn chứa các tiểu phần nhỏ đặc hiệu riêng
mà không có trong hai phân tử còn lại.
Promoter dành cho các ARN pol I và II thường nằm trước vùng +1, còn đối với ARN
pol III lại nằm trong vùng chứa mã di truyền (sau vị trí +1). Cùng hoạt động với các
ARN pol còn có các nhân tố cần thiết cho sự tổng hợp ARN, có thể chia làm ba loại:
o Các nhân tố kết hợp cùng ARN pol tạo phức nhận biết vị trí phiên mã.
o Các protein bám vào vùng ADN điều khiển nằm trước vị trí đầu tiên được
phiên mã.

14
 o Các nhân tố làm nhiệm vụ điều khiển quá trình phiên mã theo thời gian và
không gian. Chúng được tổng hợp và hoạt hóa tại những thời điểm nhất định
trong từng mô, tế bào đặc hiệu. Các nhân tố đó được gọi là các nhân tố kích
thích và bám vào các trình tự đặc hiệu trên gen gọi là các nhân tố đáp ứng RE
(Response Element).

Hình 4.7. Các phân đoạn ARN polymerase eukaryot được tách trên cột sắc ký với đặc tính mẫn cảm
khác nhau đối với α-amanitin. Ba loại ARN Pol được phân tách qua cột sắc ký DEAE-Sephadex
(Diethyl-aminoethyl sephadex: cột sắc ký trao đổi anion). Protein hấp phụ (đường màu đen) được rửa
giải trong điều kiện nồng độ muối NaCl tăng dần. Đường hoạt tính (màu đỏ) của ba phân đoạn ARN
pol trong điều kiện tế bào so với hoạt tính của từng phân đoạn khi có mặt α–amanitin 1ug/mL (vùng
màu xanh) cho thấy sự kìm hãm mạnh của α–amanitin đối với pol II, trong khi không ảnh hưởng tới
pol I và III. (R.G. Roeder (1974). J. Biol.Chem. 249: 241).

Phiên mã ở eukaryot khác biệt với ở prokaryot ở một số điểm quan trọng. Thứ nhất,
promoter ở eukaryot có trình tự nhận biết khác biệt với ở prokaryot và cần nhiều yếu
tố tham gia vào khởi động phiên mã. Các yếu tố này (thường là protein) không nằm
trong enzym ARN pol, và được gọi là các yếu tố phiên mã chung (TF – transcription
factor) bởi vì chúng cần cho hầu hết các promoter do ARN pol II phiên mã (các nhân
tố phiên mã TFIIA, TFIIB… đều có các tiểu phần là protein). Chúng có thể tương
tác với nhau hoặc với các thành phần của enzym phiên mã cũng như tương tác với
ADN. Protein lớn nhất là TFIID, gồm một protein gắn với promoter ở vị trí hộp
TATA (TBP – TATA Box Binding Protein) và 13 yếu tố TAF gắn vào TBP (TAF
– Transcription Activator Factor: nhân tố hoạt hóa phiên mã). Thứ hai, phân tử
mARN của eukaryot được tổng hợp trong nhân, sau đó, mARN này phải trải qua

15
một chuỗi sự kiện biến đổi rồi mới được dùng làm khuôn cho quá trình tổng hợp
protein trong tế bào chất. Do đó, quá trình phiên mã trong nhân tế bào xảy ra hoàn
toàn tách biệt cả về thời gian lẫn không gian đối với quá trình dịch mã - tổng hợp
protein, không giống như ở prokaryot. Thứ ba, phân tử mARN của eukaryot hầu hết
là các đơn bản sao (monocistronic RNA). Một phân tử mARN chỉ mang mã di truyền
để tổng hợp một chuỗi peptid nhưng có thể có một hay nhiều vị trí bắt đầu tổng hợp
protein (điều này giống với ở mARN của prokaryot). Cuối cùng, quá trình phiên mã
ở eukaryot vẫn còn tồn tại giả thiết về vị trí dừng tổng hợp ARN. Các gen mã hóa
cho protein eukaryot thường vượt qua vị trí đặc biệt có trình tự -AATAAA- (thường
gọi là polyA) khoảng 500 ~ 2.000 nucleotid. Thí nghiệm loại bỏ vị trí đặc biệt nói
trên ở nấm men cho kết quả là ARN pol không dừng tổng hợp đúng vị trí được và
cho ra sản phẩm là các mARN rất dài.
Promoter của eukaryot có chứa các đoạn nucleotid ngắn có tính bảo toàn nằm ở vị
trí -10 (giống với ở hầu hết prokaryot) và ở vị trí từ -30 đến -25 phía trước nucleotid
đầu tiên được phiên mã. Đoạn này được gọi là hộp T82A97T93A87 (TATA box – với
các chữ số chỉ tần số xuất hiện trong vùng promoter được nghiên cứu). Qua phân
tích hơn 150 promoter ở bộ gen động vật và thực vật, các đoạn nucleotid ở vị trí -75
(CCAAT) và -90 (GGGCGG) đóng vai trò quan trọng để nhận biết điểm khởi đầu
phiên mã (vị trí +1). Các đoạn này thường tương tác với các nhân tố phiên mã chung.
Bên cạnh các trình tự nhận biết vị trí phiên mã, một số đoạn nucleotid ở gần (khoảng
100 nucleotid) hoặc xa vị trí +1 (5.000 ~ 40.000 nucleotid) có vai trò tăng hiệu quả
phản ứng tổng hợp mARN. Các trình tự này có thể nằm trước điểm khởi đầu phiên
mã (vùng ngược dòng – upstream) hoặc sau điểm khởi đầu phiên mã (vùng xuôi
dòng – downstream). Chúng liên kết với các protein làm thay đổi cấu trúc ADN, làm
bộc lộ vị trí promoter khiến sự liên kết giữa mạch khuôn ADN với ARN polymerase
tăng lên. Do đó, phản ứng tổng hợp mARN khởi phát một cách dễ dàng hơn.
+ Quá trình gắn mũ, hình thành đuôi poly-Adenin ở đầu 3’- OH, và quá trình cắt
ghép (cắt bỏ các intron – nối các exon) sau phiên mã
Phân tử mARN của eukaryot mang cấu trúc mũ m7Gppp ở đầu 5’. Các phân tử
mARN thu được từ các thí nghiệm trên sinh vật nhân thực đều có 7-methylguanylat
(m7G) liên kết 5’ – 5’ với nucleotid đầu tiên của mARN. Đầu 5’ của phân tử mARN
ở sinh vật nhân chuẩn được sửa đổi bằng cách gắn thêm một nucleotid bị cải biến là
7-methylguanosin (7-mG); quá trình đó được gọi là sự lắp mũ. Mũ 7-mG được gắn
nhờ enzym guanyltransferase nối GTP với nucleotid đầu tiên của mARN bằng liên
kết 5’- 5’ triphotphat bất thường. Sau đó enzym methyl transferase sẽ gắn thêm

16
nhóm -CH3 vào nitơ số 7 của vòng guanin; đồng thời thường gắn thêm cả vào
nhóm 2’- OH của đường ribose của hai nucleotid kế tiếp. Việc tạo mũ giúp bảo vệ
đầu 5’ của mARN không bị phân hủy bởi exonuclease trong tế bào chất, đồng thời
mũ m7G giúp ribosom nhận biết mARN trong tổng hợp protein.
Đuôi polyA được thêm vào đầu 3’ của các phân tử mARN eukaryot. Độ dài đuôi
polyA khác nhau và tùy thuộc loài, cá thể riêng biệt, hoặc thậm chí giữa các gen
trong cùng một sinh vật. Phân tử ADN không chứa đuôi poly-A, cũng như không có
ở các phân tử tARN, rARN. Sau khi được gắn đuôi polyA, các mARN được chuyển
ra tế bào chất. Ở đó, đuôi này bị cắt ngắn, còn lại 30 - 150 nucleotid. Sự hình thành
đuôi polyA đóng vai trò quan trọng trong vận chuyển mARN từ nhân tế bào ra tế
bào chất. Ngoài ra, độ dài đuôi này cũng ảnh hưởng tới độ bền của phân tử mARN.
Các mARN không có hoặc đuôi polyA ngắn thường bị phân hủy nhanh. Tuy nhiên,
đây không phải là nguyên tắc áp dụng cho mọi sản phẩm phiên mã mARN. Phân tử
mARN mang mã di truyền của protein Histon ở nhím biển không có đuôi poly-A.
Vai trò khác của đuôi poly-A là tách các mARN ra khỏi hỗn hợp với rARN và tARN
nên được áp dụng triệt để trong sắc ký cột chứa poly-U hoặc poly-T. Các mARN sẽ
bị giữ lại trên cột do có liên kết bổ sung ở đuôi poly-A. Sau đó, các phân tử mARN
được rửa giải và tách khỏi cột trong điều kiện nồng độ ion thấp để không tồn tại liên
kết giữa A với U hoặc T.

Hình 4.8. Cải biến ở mARN eukaryot.

Sau khi phân tử mARN được thêm mũ m7G ở đầu 5’ và đuôi polyA ở đầu 3’, chúng
sẽ trải qua giai đoạn cắt các intron và nối các exon. Khoảng 30 ~ 40 nucleotid ở ranh

17
giới giữa các intron và exon quy định sự cắt bỏ các intron một cách chính xác vì thí
nghiệm xóa bỏ trình tự ở trung tâm intron cho thấy không ảnh hưởng tới tính chính
xác này. Các nucleotid 5’ – GU và AG – 3’ của mỗi intron có vai trò quyết định cắt
bỏ intron trong các phân tử mARN tiền thân và được bảo toàn ở mọi intron eukaryot.
Phản ứng cắt bỏ intron cần sự tham gia của một số phân tử ARN kích thước nhỏ
nhân tế bào (snARN) liên kết với các protein để hình thành phức lai
Ribonucleoprotein (snRNP), gọi là các phức cắt bỏ intron (các spliceosome). Một
snRNP có kích thước tương tự ribosom, thường bao gồm 1 phân tử ARN và khoảng
10 protein khác nhau. Trong đó, một vài protein đặc hiệu cho từng phức snRNP còn
một số khác lại có mặt ở hầu hết các snRNP (phức RiboNucleoProtein kích thước
nhỏ trong nhân tế bào). Mỗi snARN tạo liên kết bổ sung với các vùng biên 5’ và 3’
ở giữa các exon và intron hoặc liên kết chặt với intron. Phản ứng cắt bỏ thường theo
trình tự các bước sau:
o Cắt tại biên giới exon – intron tại đầu 5’ của tiền mARN để đầu 5’ của exon
được giải phóng;
o Nucleotid 5’- pG ở đầu intron vừa bị cắt gắn với 2’ – OH Adenin nằm cách đầu
kia (3’) khoảng 25 nucleotid khiến intron tạo cấu trúc vòng;
o Cắt ở biên giới intron – exon đầu 3’ của mARN. Intron bị loại bỏ, còn hai exon
được nối với nhau.
Phản ứng cắt bỏ intron còn có thể xảy ra nội phân tử mà không đòi hỏi protein hay
snRNP nào, còn gọi là phản ứng tự cắt (self – splicing). Điểm thú vị khác là các exon
của phân tử mARN này có thể nối với các exon của phân tử mARN khác (hiện tượng
trans – splicing) quan sát được ở quá trình tổng hợp thụ thể bề mặt của Trypanosoma
như sau:
- Phân tử pre-mARN được cắt ở vị trí nối với exon ở phía đầu 5’ và một nucleoid
G gắn vào vị chí cắt này.
- Intron được cắt ở vị trí nối tại đầu 3’.
- Hai exon liền kề được nối lại với nhau.
- Phần intron được cắt ra đóng vòng tạo thành một phân tử ARN dạng vòng.
Quá trình tự cắt của intron nhóm do chính ARN tự xúc tác, và các ARN có hoạt tính
như vậy được gọi là ribozym. Tuy nhiên, không giống như enzym protein, các phân
tử snARN (small nuclear RNA: các ARN nhỏ trong nhân) không trở về dạng ban
đầu sau khi phản ứng kết thúc.

18
Việc tìm ra ARN có hoạt tính xúc tác gần giống với protein đã làm thay đổi quan
điểm về nguồn gốc sự sống. Trước đây, người ta cho rằng protein là thành phần thiết
yếu để sao chép các nucleotid. Nhưng lý thuyết mới gần đây cho rằng các acid
nucleic đầu tiên có khả năng tự sao chép là nhờ có hoạt tính kiểu ribozym.

4. Dịch mã – tổng hợp protein

Quá trình tổng hợp chuỗi polypeptid dựa trên thông tin chuyển giao từ mARN về
thứ tự các acid amin cấu thành gọi là dịch mã. Các thành phần tham gia dịch mã ở
sinh vật nói chung bao gồm: các acid amin, enzym tham gia trong vận chuyển acid
amin và hình thành liên kết peptid, ribosom và các ARN chuyên hóa (tARN). Hướng
dịch mã đều bắt đầu từ đầu 5’ đến đầu 3’ của mARN. Ở prokaryot, sự dịch mã xảy
ra đồng thời với phiên mã và đều ở tế bào chất. Ngược lại, quá trình dịch mã ở
eukaryot xảy ra độc lập cả về thời gian lẫn không gian so với quá trình phiên mã với
sự tham gia của nhiều yếu tố phức tạp hơn so với ở prokaryot. Về cơ bản, quá trình
dịch mã đều cần trải qua các bước như sau:

4.1. Hoạt hóa và vận chuyển các acid amin

Các phân tử tARN vận chuyển các acid amin cho quá trình kéo dài chuỗi peptid đang
được tổng hợp. Mỗi acid amin do một tARN chuyên trách. Các acid amin (ví dụ:
Ala – alanin) được hoạt hóa nhờ enzym aminoacyl-tARN synthetase lấy năng lượng
từ ATP. Enzym này gắn lần lượt từng acid amin vào đầu 3’ của phân tử tARN. Bộ
ba mã hóa cuối cùng ở tARN là 3’-CCA. Trong khi đó, nhóm carboxyl của acid amin
đó sẽ tạo liên kết đồng hóa trị với gốc đường ribose ở nucleotid cuối. Quá trình
chuyển hóa với sản phẩm trung gian là acid amin – AMP tồn tại rất ngắn. AMP
nhanh chóng được thay thế bằng tARN tương ứng với acid amin này hình thành
phức acid amin-tARN và giải phóng AMP, rồi được tái sử dụng để tạo thành ATP
cho chu trình mới. Ví dụ đối với vận chuyển acid amin alanin (Ala) như sau:

Việc các acid amin luôn được gắn vào tARN tương ứng chính xác cho thấy rằng
trong enzym aminoacyl-tARN synthetase tồn tại phân vùng chức năng nhận biết cơ

19
chất (acid amin mà nó vận chuyển). Như vậy, phải có ít nhất 20 phân tử tARN tương
ứng với 20 loại acid amin thiết yếu được tổng hợp đã biết.
- Về hướng đọc mã trên mARN và hướng kéo dài các sợi polypeptid
Trong quá trình dịch mã, sợi peptid được kéo dài theo chiều chuyển động của
ribosom dọc theo phân tử mARN từ đầu 5’ → 3’ OH và dừng tổng hợp khi gặp bộ
ba kết thúc. Sợi polypeptid được tổng hợp từ đầu chứa nhóm amin (NH2 -) cho đến
đầu chứa nhóm carboxyl (-COOH).
- Về nhận biết trình tự khởi đầu dịch mã
Thành phần rARN của ribosom 16S ở prokaryot nhận biết và tạo một vùng bổ sung
với trình tự Shine-Dalgarno (-AGGA-) nằm ở đầu 5’ trước AUG đầu tiên trên sợi
mARN. Đối với eukaryot, việc chọn đúng AUG đầu tiên nhờ vào trình tự một nhóm
nucleotid đặc hiệu nằm xung quanh nó, gọi là trình tự Kozak thường có trình tự –
ACCAUGG- (tên gọi trình tự đặt theo tên người tìm ra vùng trình tự này, Marilyn
Kozak). Một cách khái quát, A nằm trước và G nằm sau bộ ba AUG có ảnh hưởng
lớn nhất tới khởi đầu dịch mã.

Hình 4.9. Nhận biết của phức khởi đầu dịch mã ở vi khuẩn (trình tự Shine-Dalgarno) và ở
eukaryot (trình tự Kozak).

4.2. Các giai đoạn của quá trình dịch mã

- Khởi đầu
Một phân tử methionin-tARN synthetase khởi phát dịch mã bằng cách gắn acid amin
methionin (Met) vào đầu 3’-tARNMet tạo thành Met – tARNMet. Trong tế bào, hai loại
tARNMet là: loại thứ nhất nhận diện methionin đầu tiên của chuỗi peptid để khởi đầu

20
dịch mã, còn loại thứ hai mang methionin đến các vị trí bộ ba AUG tương ứng bên
trong chuỗi peptid đang được tổng hợp.
Các nhân tố khởi đầu dịch mã (ở vi khuẩn: IF, Initiation Factor, ở eukaryot: eIF do
thêm chữ viết tắt của eukaryotic vào trước ký hiệu) cùng với ribosom tham gia quá
trình khởi đầu dịch mã. Tiểu đơn vị nhỏ của ribosom (30S ở prokaryot, 40S ở
eukaryot) sẽ gắn vào vị trí chuyên hóa trên mARN phía đầu 5’ và cách bộ ba khởi
đầu AUG vài nucleotid. Đồng thời, Met-tARNMet tìm đến và gắn vào vị trí AUG trên
mARN. Ngay sau khi hình thành phức ribosom tiểu đơn vị nhỏ/Met-tARNMet/5’-
mARN, ribosom tiểu đơn vị lớn sẽ gắn với tiểu đơn vị nhỏ hình thành nên một hệ
thống dịch mã (Hình 4.11). Sau đó, các nhân tố khởi động tách ra khỏi hệ để tiếp tục
khởi động cho một quá trình dịch mã khác.

Hình 4.10. Sự kéo dài chuỗi peptid trong quá trình dịch mã.

Năng lượng cần cho quá trình hoạt hóa các nhân tố khởi động được lấy từ GTP
(Guanin Triphosphate). Phân tử mARN gắn vào ribosom tiểu đơn vị nhỏ trong điều
kiện môi trường phải có mặt ion Mg2+.
- Kéo dài
Ribosom có hai vị trí tương tác với tARN chuyển acid amin tới kéo dài chuỗi peptid:
vị trí P (peptidyl) và A (aminoacyl). Phân tử tARN mang methionin đầu tiên đến
bám vào vị trí P – đối diện với bộ ba AUG, tiếp sau là một tARN mang acid amin
thứ hai tương ứng với bộ ba mã hóa thứ hai trên mARN. Tiếp đến, nhóm carboxyl
của acid amin thứ nhất (ở vị trí P) và nhóm amin trên acid amin thứ hai nằm trên
tARN (vị trí A) hình thành liên kết peptid (-CO-NH-) do xúc tác của enzym peptidyl
– tARN transferase. Đồng thời, liên kết giữa acid amin trên tARN ở vị trí P biến mất
để sợi polypeptid đang hình thành gắn với tARN ở vị trí A. Còn trên mạch mARN,

21
ribosom chuyển dịch được một bước làm tARN ở vị trí P bị đẩy ra ngoài cùng lúc
tARN ở vị trí A dịch chuyển sang vị trí P. Tiếp sau, một tARN mới mang acid amin
tiếp nối chuỗi peptid đang được tổng hợp sẽ đến vị trí A và chu kỳ vận chuyển acid
amin được lặp lại với sự hình thành liên kết peptid kéo dài chuỗi cho tới khi gặp bộ
ba kết thúc. Bộ ba này sẽ nằm đối diện vị trí A.
Các tARN mang các acid amin được xếp theo thứ tự ở vị trí A trên ribosom nhờ các
nhân tố kéo dài EF ở vi khuẩn (eEF ở eukaryot) – Elongation Factor– với năng
lượng từ ATP. Liên kết peptid được hình thành do enzym peptidyl transferase xúc
tác. Mỗi bước dịch chuyển của ribosom có độ dài 3 nucleotid.
Chất ức chế kéo dài chuỗi peptid ở eukaryot cũng là nguyên nhân gây ra một số bệnh
nhiễm trùng ở người, ví dụ như bạch hầu. Bạch hầu, một bệnh nhiễm khuẩn cấp tính,
là bệnh vừa nhiễm trùng vừa nhiễm độc, với các tổn thương nghiêm trọng của bệnh
chủ yếu do độc tố bạch hầu gây ra. Độc tố bạch hầu (Diphtheria Toxin: DT) là một
ngoại độc tố gây chết, do vi khuẩn Corybebacterium diphtheriae tiết ra bên ngoài tế
bào, và là sản phẩm của sự kết hợp gen phage vào hệ gen vi khuẩn. Một vùng của
độc tố (mảnh A) xúc tác cho sự thêm nhóm ADP-ribose vào nhân tố kéo dài eEF-2,
từ đó ngăn cản dịch chuyển vị trí của phức hệ dịch mã trên các bộ ba mã hóa ở
eukaryot (nhân tố kéo dài eEF-2 hỗ trợ sự chuyển vị trí của phức hệ Peptidyl tARN-
mARN từ vị trí A sang vị trí P trên ribosom). Kết quả là, các tế bào bị nhiễm độc tố
bạch hầu sẽ chết nhanh chóng do không tổng hợp được protein thiết yếu.
- Kết thúc
Khi vị trí A của ribosom đối diện với bộ ba kết thúc (UAG, UAA, UGA) thì sự vận
chuyển acid amin sẽ dừng lại, đồng nghĩa với sự kéo dài chuỗi peptid kết thúc. Quá
trình dịch mã kết thúc cần có các nhân tố kết thúc dịch mã RF – Release Factor. Các
RF nhận biết các bộ ba kết thúc, làm đứt liên kết giữa chuỗi polypeptid mới hình
thành với tARN cuối cùng để giải phóng sợi peptid. Đồng thời, sợi mARN cũng tách
khỏi hệ thống dịch mã, hai tiểu đơn vị ribosom tách rời không hoạt động để chuẩn
bị cho quá trình dịch mã khác.
Đối với prokaryot như E. coli, ba yếu tố kết thúc đã được biết là RF1, 2 và 3. Trong
đó, RF1 nhận biết các bộ ba kết thúc UAG và UAA, RF2 nhận biết các bộ ba UGA
và UAA. Sau khi nhận biết vị trí các bộ ba kết thúc, các RF làm cho enzym peptidyl
transferase cắt liên kết giữa tARN với chuỗi polypeptid đang kéo dài. Còn RF3 có
thể là protein gắn GTP để kiểm soát tính chính xác trong nhận biết codon của RF1
và RF2.

22
Đối với phản ứng dừng dịch mã ở eukaryot, hai loại protein có vai trò là yếu tố giải
phóng được tìm ra là eRF1 và eRF3 (e: eukaryot). eRF1 có cấu hình giống với tARN,
gắn với ribosom tại vị trí A và trực tiếp nhận biết codon kết thúc. Nhân tố giải phóng
thứ hai, eRF3, là một protein gắn GTP. Phức eRF3-GTP và eRF1 xúc tác cho phản
ứng cắt phân tử peptidyl-tARN khỏi mạch peptid: liên kết peptidyl-tARN đứt ra ở
vị trí P trên ribosom và tARN cắt khỏi mạch polypeptid khi eRF1 nhận biết được
stop codon.

4.3. Polyribosom

Polyribosom là hiện tượng nhiều ribosom cùng bám vào một sợi mARN để thực hiện
dịch mã đồng thời, còn gọi là polysom hoặc polyribosom. Sau khi ribosom đầu tiên
gắn với mARN ở đầu 5’ để dịch mã được một đoạn ngắn, đoạn phía sau nhiều
ribosom cũng bám vào đó và lần lượt thực hiện dịch mã. Mỗi ribosom gắn vào và
thực hiện dịch mã trên một vùng mARN có chiều dài khoảng 80 nucleotid. Do đó,
tốc độ dịch mã tăng lên.
4.4. Ức chế tổng hợp protein là cơ chế hoạt động của một số chất kháng sinh
Khả năng dịch thông tin trong các mARN một cách chính xác thành các protein là
một đặc tính không thể thiếu của mọi dạng sống trên Trái đất. Tuy nhiên, quá trình
tổng hợp protein giữa các sinh vật vẫn có những sự khác biệt. Một số chất kháng
sinh là các chất ức chế quá trình tổng hợp protein ở vi khuẩn mà không phải là tế
bào nhân chuẩn. Đích tác dụng của các kháng sinh này cũng phụ thuộc vào khác biệt
về chức năng và vi cấu trúc giữa các ribosom của vi khuẩn và eukaryot. Do đó,
những hợp chất như vậy có thể được dùng với liều lượng diệt vi khuẩn nhưng ít gây
độc cho con người. Do vị trí tiếp xúc của mỗi loại kháng sinh này với ribosom vi
khuẩn là khác nhau, nên các kháng sinh ức chế tổng hợp protein ở các giai đoạn khác
nhau trong tổng hợp protein vi khuẩn.
Bảng 4.4. Các kháng sinh ức chế sinh tổng hợp ARN hoặc Protein

Tên kháng sinh Tác dụng đặc hiệu

Tetracyclin Gắn vào tiểu phần ribosom 30S, ngăn cản aminoacyl-tARN gắn vào vị trí A
trên ribosom.
Streptomycin Gắn vào tiểu phần ribosom 30S, gây ra đọc thông tin sai trên mARN, ngăn
cản hình thành phức khởi đầu phiên mã.
Chloramphenicol Ức chế hoạt tính peptidyl transferase ở tiểu phần ribosom 50S.
Cyclohexamide Ức chế peptidyl transferase ở eukaryot.

23
 Rifamycin Gắn vào phức hệ enzym lõi ARN polymerase vi khuẩn, ngăn cản sự khởi
đầu phiên mã.
Erythromycin Gắn vào tiểu phần ribosom 50S, ngăn cản sự chuyển vị trí trên ribosom.
Puromycin - Gắn vào vị trí A, hình thành liên kết peptid với chuỗi polypeptid đang kéo
dài, tạo ra chuỗi peptid không hoàn chỉnh do bị cắt ngắn.

- Tác động vào ribosom prokaryot và eukaryot.

Bảng 4.4. liệt kê một số ví dụ về kháng sinh có khả năng ức chế tổng hợp protein ở
vi khuẩn.Trong đó, các kháng sinh streptomycin, tetracyclin, chloramphenicol và
erythromycin ức chế tổng hợp protein ở vi khuẩn do tác động vào ribosom 70S, và
do đó được dùng để điều trị nhiều bệnh nhiễm trùng. Tuy nhiên, ribosom ty thể ở tế
bào eukaryot cũng là 70S và có cùng cơ chế hoạt động giống với ở vi khuẩn, vì vậy,
các hợp chất nói trên cũng ức chế tổng hợp protein ty thể. Trong đó, riêng
chloramphenicol đặc biệt phá hủy ribosom ty thể; cho nên, khi sử dụng nhóm hoạt
chất này phải rất thận trọng.

Ở một ví dụ khác, Ricin, một chất độc có bản chất là glycoprotein trong dầu thầu
dầu (Ricinus communis), cũng là một chất ức chế tổng hợp protein. Ricin có hoạt
tính N-glycosydase, nó chỉ cắt một bazơ Adenin đặc hiệu khỏi rARN 28S trong tiểu
phần ribosom lớn, và giữ nguyên khung đường ribose-phosphat trong cấu trúc phân
tử. Kết quả, sự cắt bỏ này làm mất hoạt tính của ribosom (chủ yếu là mất tiếp xúc
với nhân tố khởi đầu, nhân tố kéo dài dịch mã gắn với ribosom), dẫn đến ngăn cản
sự tổng hợp protein.

Các chất kháng sinh là các hợp chất, ở nồng độ nhỏ, có khả năng ức chế sinh trưởng
và sinh sản của vi khuẩn và nấm. Hầu hết điều trị các bệnh nhiễm trùng đều cần sự
phối hợp của các kháng sinh. Các hợp chất chỉ hạn chế sự sinh sản của vi khuẩn
được gọi là các chất kìm hãm vi khuẩn (bacteriostatic, còn đối với nấm là kìm hãm
nấm- fungistatic). Hầu hết các kháng sinh đều do các vi sinh vật sản xuất- chủ yếu
do các vi khuẩn thuộc chi Streptomyces và một số nấm sợi. Ngoài ra, một số hợp
chất tổng hợp khác có tác dụng kìm hãm vi khuẩn như sulfonamide và các chất ức
chế enzym gyrase.

Hiện nay, vấn đề khó khăn cho việc điều trị các bệnh nhiễm trùng là sự gia tăng của
các tác nhân đề kháng kháng sinh, chúng không đáp ứng với các thuốc kháng sinh
đang được sử dụng. Hình 4.11 tóm tắt bằng sơ đồ một số các kháng sinh trong điều
trị và đích tác động của các kháng sinh đó trong trao đổi chất ở vi khuẩn.

24
Một số hợp chất được gọi là hợp chất chèn (chêm vào) (intercalator) như rifamycin
và actinomycin D (H.4.11) hoạt động theo cơ chế gắn vào phân tử ADN mạch kép
và cản trở quá trình phiên mã. Do ADN ở mọi tế bào đều có cấu trúc như nhau, tác
nhân chèn kháng khuẩn cũng gây độc cho cả tế bào eukaryot, nên chúng chủ yếu
được dùng làm nhân tố kìm hãm tế bào. Ví dụ, kháng sinh daunomycin tạo thành
cấu trúc phức với ADN, trong đó, hai phân tử daunomycin chèn vào mạch ADN kép.
Riêng cấu trúc vòng thơm của daunomycin cài xen vào giữa các cặp bazơ G/C, còn
gốc đường của nó chiếm vị trí ở trong rãnh nhỏ của mạch ADN kép. Phức hệ
daunomycin-ADN gây ra sự ADN biến đổi cấu hình cục bộ của mạch ADN kép, dẫn
tới sự ngăn cản quá trình sao chép và phiên mã của gen trên phân tử đó.

Dịch mã

Phiên mã

25
 Phức hệ Daunomycin/ADN Penicillin ức chế tổng hợp thành TB VK

Hình 4.11. Cơ chế tác động của một số kháng sinh lên tế bào vi khuẩn.

Ở một ví dụ khác, các hợp chất chêm kháng khuẩn được tổng hợp hóa học có đích
tác động là enzym ADN topoisomerase II (gọi là các chất ức chế gyrase), hạn chế
sự sao chép ADN vi khuẩn và do đó, kìm hãm quá trình vi khuẩn nhân lên.

5. Điều hòa hoạt động gen

Toàn bộ ADN trong mỗi tế bào hàm chứa đầy đủ thông tin để xây dựng nên một cơ
thể toàn vẹn. Tuy nhiên, mỗi loại tế bào khác nhau trong cơ thể lại cần các thông tin
khác nhau ở từng thời điểm khác nhau trong quá trình phát triển cá thể. Nói cách
khác, mỗi tế bào có chức năng và cấu trúc khác nhau mang đặc tính biểu hiện những
gen nhất định để thực hiện sứ mệnh của tế bào đó. Vì vậy, các cơ chế kiểm soát sự
biểu hiện gen là vấn đề sống còn đối với mỗi hệ gen sinh vật.

5.1. Sự điều hòa biểu hiện gen diễn ra ở nhiều mức độ và theo các cơ chế riêng

Sự điều hòa biểu hiện gen ở prokaryot và eukaryot có những điểm khác biệt bên
cạnh những đặc điểm chung. Một phần quy định sự khác biệt đó là do môi trường
phân bố khác nhau cũng như sự phân hóa chức năng chuyên biệt giữa các tế bào
trong cùng một cơ thể eukaryot. Đối với prokaryot, mỗi tế bào là một cơ thể độc
lập, do đó, chúng phải tự thực hiện mọi chức năng của một cơ thể hoàn chỉnh trong
môi trường luôn biến động và nhiều cạnh tranh.

26
Nói chung, điều hòa biểu hiện gen ở cả prokaryot và eukaryot có thể được kiểm soát
ở những mức độ tương tự nhau và được phân chia thành hai giai đoạn chính: kiểm
soát phiên mã và kiểm soát sau phiên mã. Kiểm soát phiên mã là mức điều hòa sớm
nhất và cũng cần thiết nhất, đồng thời, là sự tổng hợp phân tử trung chuyển thông
tin di truyền ARN dựa trên khuôn ADN (gen). Trong mỗi một tế bào, một nhóm các
protein điều hòa tồn tại, luôn đóng vai trò gắn kết đặc hiệu với các trình tự ADN để
“đóng” và “mở” hoạt động của gen đích. Các protein này có cấu trúc và trình tự acid
amin đặc biệt trong các vùng hoạt động để có thể nhận biết và gắn chính xác vào các
trình tự ADN đặc hiệu với các trình tự đó. Tiếp nữa, đó là sự kiểm soát sau phiên
mã hay còn được xem là cơ chế thứ cấp trong điều hòa biểu hiện của gen. Quá trình
này bao gồm một chuỗi các sự kiện (i) kiểm soát sự cải biến của mARN (nếu có),
(ii) kiểm soát dịch mã hay tổng hợp protein, (iii) kiểm soát phân hủy mARN, và cuối
cùng là (iv) kiểm soát chế biến protein thành dạng có hoạt tính. Trong đó, cơ chế (i)
chỉ xảy ra ở các eukaryot để xác định cách thức và thời điểm bản phiên mã tiền phân
tử mARN (pre-mARN) được cải biến thành dạng hoàn chỉnh hay phân tử mARN
chín để làm khuôn tổng hợp các peptid. Tiếp đến, kiểm soát dịch mã giúp xác định
phân tử mARN nào và tại thời điểm nào được dịch mã thành trình tự các acid amin.
Ngoài ra, cơ chế kiểm soát sự phân hủy mARN tác động đến tính bền vững của phân
tử mARN được đem dịch mã. Cuối cùng, sự kiểm soát hoạt tính protein là để thay
đổi protein mới sinh thành dạng hoạt động cũng như vận chuyển protein đó đến đúng
vị trí nó cần thực hiện chức năng cũng như thời điểm vận hành chức năng tương ứng.
Đối với sinh vật nhân sơ (prokaryot), sự điều hòa hoạt động của gen thường được
kiểm soát theo hai cơ chế chính là kiểm soát âm và kiểm soát dương. Sự kiểm soát
dương tính là cơ chế trong đó sản phẩm của gen điều hòa giúp “mở” hoạt động của
gen đích; ngược lại, sản phẩm của gen điều hòa lại ức chế hay “đóng” hoạt động của
gen đích thì được gọi là cơ chế kiểm soát âm tính. Cả hai cơ chế nói trên đều có sự
tham gia của sản phẩm từ các gen điều hòa (mã hóa cho các protein điều hòa hoạt
động của gen đó).

5.2. Điều hòa hoạt động gen ở vi khuẩn

Các gen ở prokaryot được tổ chức thành cụm quy định theo chức năng gọi là Operon.
Trong nhiều trường hợp, các gen trong cùng một operon mã hóa cho các enzym hoạt
động trong một con đường trao đổi chất. Thứ tự các gen phân bố trong operon cũng
là thứ tự hoạt động của các enzym trong một con đường chuyển hóa đó.
- Các thành phần của operon:

27
 ➢ Gen điều khiển (Operator – O): là vùng ADN nằm trước vị trí gen được
phiên mã đầu tiên. Vùng ADN này có chức năng gắn với nhân tố điều khiển,
như các protein ức chế - trấn áp. Operator hoạt động như một “công tắc” để
“đóng – mở” sự phiên mã và gen chỉ hoạt động khi vị trí O “mở”.
➢ Gen cấu trúc (Structure - S): là vùng ADN mã hóa cho chuỗi peptid hoặc
ARN, nằm ngay sau vị trí O trên chuỗi ADN. Các gen mã hóa cho các sản
phẩm trong cùng một con đường trao đổi chất thường được xếp cạnh nhau
và theo trình tự chuỗi phản ứng sinh hóa trong con đường đó.
➢ Vùng Promoter (P): nơi ARN pol nhận biết và gắn vào trên ADN để khởi
động quá trình phiên mã.
➢ Gen điều hòa (Regulator – R): mã hóa cho protein ức chế (repressor). Khi
protein ức chế gắn vào vị trí O, gen sẽ không được phiên mã. Do đó,
repressor gắn với O đóng vai trò “bật – tắt” phiên mã trong điều hòa hoạt
động của operon.
- Operon cảm ứng Lactose ở E. coli
Operon lac gồm 3 gen cấu trúc Z, Y và A, lần lượt mã hóa cho các enzym theo thứ
tự là β – galactosidase, permease và thiogalactosid transacetylase. Vùng gen điều
khiển O nằm ngay trước gen lacZ, còn vùng gen lacI mã hóa cho protein ức chế
Repressor nằm ngay trước vùng khởi động phiên mã P (promoter).
Khi protein ức chế gen lac gắn vào trình tự điều khiển (O – operator) nằm ngay
trước gen lacZ thì sự phiên mã không thể xảy ra. Ngược lại, trong môi trường chứa
lactose, protein ức chế gắn với lactose và thay đổi cấu hình nên không thể bám vào
vị trí O được. Điều này khiến enzym ARN Pol tự do nhận diện rồi gắn được vào
promoter (P) trên ADN khuôn khởi động quá trình phiên mã gen lacZ. Quy trình
thí nghiệm như sau (Hình 4.12):
+ Hiện tượng: khi nuôi vi khuẩn E. coli trên môi trường không chứa lactose, nồng
độ enzym β – galactosidase và permease do vi khuẩn tiết ra thấp. Ngược lại, khi
môi trường chứa lactose, nồng độ hai enzym này tăng cao. Môi trường có cả
glucose và lactose thì nồng độ hai enzym trên thấp hơn so với ở môi trường chỉ
chứa lactose.
+ Phân tích mARN tổng số trong tế bào vi khuẩn thời điểm trước và sau khi đưa
lactose vào môi trường cho thấy: không có lactose thì không có mARN mã hóa cho
enzym β – galactosidase và permease; bổ sung lactose vào môi trường nuôi →
mARN mã hóa cho hai loại enzym trên xuất hiện.

28
Hình 4. 12. Mô hình Điều hòa theo cơ chế ức chế – repressor và cảm ứng – inducer của F. Jacob &
J. Monod, 1961 (theo A. J. F. Griffiths et al., 1993, An Introduction to Genetic Analysis, 5th ed., W. H.
Freeman and Co., và Jacob, F. & Monod (1961), J. Genetic regulatory mechanisms in the synthesis
of proteins. J. Mol. Biol. 3, 318–356).

+ Giải thích: khi môi trường không có lactose, gen điều hòa R tổng hợp protein ức
chế repressor gắn với vùng O, nên operon lac bị “đóng”. ARN Pol không tiếp cận
được với vùng P để khởi động phiên mã gen lac Z và lacY lần lượt mã hóa cho các
enzym β – galactosidase và permease dẫn đến sản phẩm không được tổng hợp. Trái
lại, khi lactose được bổ sung vào môi trường, permease chuyển lượng rất ít lactose
vào trong tế bào và lactose biến đổi thành allolactose (chứa liên kết β – 1,6). Chất
cảm ứng allolactose có ái lực cao với repressor tạo nên phức liên kết. Phức liên
kết này không có ái lực với vùng O → vùng điều khiển được giải phóng và operon
lac ở trạng thái “mở”. Nhờ đó, enzym ARN pol có thể tiếp cận và gắn vào vùng P
trên ADN để khởi động phiên mã các gen Z, Y, và A chuyển hóa đường lactose.
Lactose chỉ là nguồn carbon thứ yếu, vì tế bào vi khuẩn có xu hướng dùng hết
glucose trong môi trường nếu trong môi trường có cả glucose và lactose. Kiểu điều
hòa này gọi là ức chế dị hóa (Catabolite repression). Để ức chế operon lac, gen bị
điều hòa ở mức thứ cấp. Promoter của operon lac có hai vị trí bám: vị trí thứ nhất
dành cho ARN Pol bám vào, còn vị trí còn lại gắn với phức protein hoạt hóa dị hóa
CAP (catabolite activator protein) và cAMP (cyclic AMP, AMP vòng). Phức
CAP/cAMP bám vào promoter là cần thiết cho sự phiên mã operon lac. Phức này
cũng tồn tại cùng với sự có mặt của glucose trong môi trường nuôi vi khuẩn. Khi
nồng độ glucose môi trường tăng cao thì lượng cAMP trong tế bào giảm đi. Trong

29
trường hợp này, phức CAP/cAMP cũng giảm về số lượng và hệ quả là promoter
không được hoạt hóa, hay operon ở trạng thái “đóng”. Do đó, phức CAP/cAMP đóng
vai trò điều hòa dương tính với sự hoạt động của của operon Lac (Hình 4.13).

Hình 4. 13. Điều hòa dương tính ở operon Lac của E. coli.

- Điều hòa kìm hãm ở Operon Tryptophan của E. coli:

Khác với operon lac, chất ức chế R (repressor) đơn lẻ ở operon tryptophan không có
ái lực với vùng điều khiển (O) nên không gắn vào vị trí O được. Khi R này kết hợp
với một chất đồng kìm hãm (co-repressor) sẽ gắn với vị trí O và làm ngừng hoạt
động của operon tryptophan.

Hình 4.14. Operon Tryptophan ở E. coli.

30
Khi lượng tryptophan dư thừa trong môi trường nuôi vi khuẩn, operon trp ở trạng
thái “đóng”. Ngược lại, operon “mở” khi thiếu tryptophan. Như vậy, biểu hiện gen
ở các prokaryot chủ yếu được điều hòa ở giai đoạn phiên mã (Hình 4.14).

Cần lưu ý rằng, các operon chịu trách nhiệm tổng hợp các sản phẩm quan trọng cho
tế bào (acid amin) luôn ở trạng thái “mở”, ngược lại, các operon kiểm soát các con
đường trao đổi chất ít quan trọng (operon lac) thường “đóng”. Sở dĩ, trạng thái bình
thường của operon trp thường mở do hàm lượng tryptophan trong môi trường nuôi
vi sinh vật luôn rất thấp.

Con đường kiểm soát operon trp còn theo hướng phiên mã dở dang, còn gọi là điều
hòa phanh hãm (Attenuation regulation – Hình 4.15). Đây là cơ chế điều hòa bổ
sung và chỉ tồn tại ở các operon thường “mở” như operon tryptophan, histidin,
phenylalanin… Cơ chế điều hòa này vận hành dựa trên một đoạn trình tự nằm ở vị
trí phiên mã dở dang trong trình tự dẫn đầu (vùng L – Leader) của phân tử đa cistron
mARN thuộc operon trp. Vùng trình tự L được chia thành bốn vị trí chức năng 1, 2,
3 và 4. Chúng có khả năng tạo cấu trúc “kẹp tóc” gây cản trở phiên mã. Trình tự L
của mARN có bộ ba khởi đầu AUG ở nucleotid thứ 27, nối tiếp là 14 bộ ba mã hóa
với kết thúc là bộ ba UGA ở vị trí nucleotid thứ 68. Trong khung đọc này, một
protein gồm 14 acid amin (14 bộ ba), với 2 bộ ba mã hóa cho tryptophan ở vị trí bộ
ba thứ 10 và 11 với đặc tính là sẽ không được cung cấp khi môi trường thiếu
tryptophan. Hai tryptophan này là chìa khóa giải thích cho sự hình thành cấu trúc
“kẹp tóc” nội phân tử mARN và kiểm soát gen cấu trúc có được phiên mã hay không.
Ở prokaryot nói chung, hiện tượng phiên mã và dịch mã xảy ra đồng thời. Khi dịch
mã, nếu mức độ tryptophan trong tế bào thấp thì ribosom sẽ dừng lại ở bộ ba kết
thúc quy định cho tryptophan - UGG (vùng 1) do số lượng phân tử tryptophanyl-
tARN thấp, tạo điều kiện cho sự tiếp xúc trực tiếp giữa vùng 2 và 3 trên mARN nên
hình thành cấu trúc “kẹp tóc” 2/3. Cấu trúc “kẹp tóc” 2/3 giúp cho ARN pol tiếp tục
phiên mã các gen cấu trúc đi qua vị trí phiên mã dở dang. Ngoài ra, cấu trúc này
cũng ngăn cản tạo “kẹp tóc” giữa vùng 3 và 4. Khi trong môi trường dư thừa
tryptophan, ribosom trượt qua vùng 1 trên mARN tới vùng 2, do đó, cấu trúc “kẹp
tóc” 3/4 hình thành, đồng thời đánh dấu sự ngừng phiên mã.

31
 Hình 4.15. Điều hòa “phanh hãm” ở operon trp.

5.3. Điều hòa hoạt động của gen tế bào eukaryot

- Thay đổi cấu trúc chất nhiễm sắc

Gen được phiên mã khi ADN giãn xoắn tại các vùng hoạt động. Ngược lại, tại các
vùng ADN xoắn chặt với các protein histon (vùng dị nhiễm sắc) thì sự phiên mã
không xảy ra. Các gen hoạt động mạnh thường nằm trên cùng nhiễm sắc thể ở các
eukaryot, do đó, chúng có thuận lợi trong sao chép và phiên mã. Ví dụ: bốn gen mã
hóa hemoglobin.
Ngoài ra, sự thay đổi trong thành phần nucleotid cũng ảnh hưởng tới hoạt động của
gen. Biểu hiện rõ nhất là một số nucleotid đầu 5’ của gen bị methyl hóa khiến gen
bị bất hoạt. Ví dụ điển hình là các gen trên nhiễm sắc thể X ở tế bào soma của người
bị “siêu methyl hóa” và tồn tại ở trạng thái bất hoạt (thể Barr ở các tế bào soma).
- Điều hòa ở giai đoạn phiên mã
➢ Sự có mặt của các trình tự cis trong phần điều khiển (O) của gen và các nhân
tố trans (protein điều hòa): Đoạn ADN nằm ở vùng điều khiển của gen và có
hai phần đối xứng nhau trong cấu trúc được gọi là các trình tự điều hòa cis.
Đây là nơi tiếp nhận các protein điều hòa (trans). Các nhân tố trans là các
protein thường có hai vùng chức năng độc lập với nhau: một là vùng gắn vào

32
 trình tự ADN cis, và hai là vùng tác động vào quá trình phiên mã. Nhân tố
trans gắn vào vùng cis ADN thông qua các liên kết yếu, không những khởi
động quá trình phiên mã mà còn với tốc độ cao. Một protein điều hòa hoặc
một hormon có thể đóng vai trò là nhân tố trans.
➢ Sự có mặt của các trình tự tăng cường hoặc trình tự dập tắt: Trình tự tăng
cường (enhancer) khi có mặt trong trình tự ADN của gen sẽ làm tăng sự phiên
mã. Vị trí của trình tự loại này có thể nằm ở bất cứ vị trí nào trong gen, đầu 5’
hoặc 3’, hoặc có thể trong intron. Ngược lại, gen có thể mang trình tự dập tắt
(silencer) đóng vai trò ức chế quá trình phiên mã. Khi đó, quá trình phiên mã
sẽ không xảy ra. Ví dụ, trong sự điều hòa tổng hợp gal4 và gcn4 ở nấm men
S. cerevisiae, Gal4 và GCN4 đều là protein có vùng gắn với ADN của nấm
men – gọi là domain liên kết với ADN, vùng còn lại trên protein thực hiện
chức năng liên kết với các yếu tố hoạt hóa (protein hoạt hóa), gọi là vùng hoạt
hóa (activation domain).
➢ Promoter chọn lọc: Ở promoter eukaryot thường tồn tại kiểu tương tác cis –
trans để điều hòa sự phiên mã. Ví dụ trong sinh tổng hợp enzym α – amylase.
Nhân tố trans đặc trưng trong từng mô (tuyến nước bọt, gan, tụy) sẽ tương tác
với trình tự cis tương ứng để tổng hợp mARN đặc hiệu cho mô hoặc cơ quan
đó.
- Điều hòa sau phiên mã
Ở eukaryot, phân tử mARN đầu tiên phải trải qua một loạt sự kiện cải biến như tạo
mũ chụp m7G, thêm đuôi polyA, cắt bỏ intron – nối các exon, để hình thành sợi
mARN trưởng thành. Phân tử này sau đó mới được vận chuyển ra tế bào chất và đến
ribosom để tổng hợp protein. Do đó, các điều hòa hậu phiên mã chủ yếu tác động
vào các bước trong quá trình cải biến mARN. Các kiểu cải biến bị thay đổi có thể ở
sự cắt intron và nối các exon khác nhau, độ dài ngắn của đuôi polyA ảnh hưởng tới
thời gian tồn tại của phân tử mARN làm cho lượng protein được tổng hợp cũng bị
thay đổi theo.
- Điều hòa mức dịch mã và sau dịch mã
Ở giai đoạn dịch mã, sự điều hòa biểu hiện gen thường thể hiện sự biến đổi trong
các nhân tố tham gia khởi động dịch mã.
Điều hòa sau dịch mã thường ảnh hưởng tới hoạt tính các protein. Do các chuỗi
peptid thường trải qua các giai đoạn hoàn thiện trước khi thực hiện được chức năng
của chúng, các chuỗi này có thể được gắn thêm các gốc đường, phosphate hay nhóm

33
hữu cơ hoạt động để tạo cấu hình không gian hoặc thay đổi sự sắp xếp nội phân tử
hoặc cắt bỏ hay gắn thêm các peptid để hình thành phân tử protein có hoạt tính.

Điều hòa phiên mã ở gen eukaryot Điều hòa biểu hiện gen bởi các miARN

Hình 4.16. Điều hòa phiên mã gen eukaryot.

Các số liệu thu nhận được cho thấy khoảng 1/3 tổng số gen người có thể được điều
hòa nhờ cơ chế hoạt động của miARN (micro RNA- tiểu ARN). Các miARN được
hình thành từ các phân tử ARN tiền thân dài, mỗi đoạn của phân tử này tự cuộn gấp
và chứa một số cấu trúc “kẹp tóc” (hairpin) được giữ ổn định bởi các liên kết hydro.
Sau khi mỗi cấu trúc “kẹp tóc” được cắt rời khỏi phân tử tiền thân, nó được được cắt
tỉa tiếp bởi một tác nhân enzym gọi là yếu tố xén (Dicer) thành các đoạn ARN sợi
kép ngắn 20 – 22 bp. Một trong hai mạch bị phân giải, mạch còn lại (mạch miARN)
tạp phức với một hoặc một số protein hoặc tiến hành phân giải phân tử mARN đích
để ngăn trở phân tử này được dịch mã. Khi tiêm phân tử ARN sợi kép vào tế bào thì
một gen có trình tự bổ sung với ARN đó bị “tắt” hoàn toàn. Hiện tượng đó được gọi
là ARN nhiễu (interference RNA- iARN). Sau này, cơ chế gây nên hiện tượng trên
được làm rõ, do các phân tử ARN nhiễu có kích thước nhỏ (small interference RNA-
siARN), và có chức năng giống với miARN, cả hai loại phân tử này đều được sản
sinh trong tế bào và tương tác với các protein, tạo ra hiệu ứng tương tự nhau. Chúng
chỉ khác nhau ở bản chất phân tử tiền thân tạo ra chúng, các siARN được tạo ra từ
các ARN sợi kép tiền thân có mạch dài hơn phân tử tiền thân của miARN.
Ngoài tác động tới khả năng dịch mã các mARN, siARN còn gây nên sự tái cấu trúc
chất nhiễm sắc, quyết định sự hình thành chất dị nhiễm sắc ở xung quanh tâm động
của các NST nấm men. Mô hình giải thích hình thành dị nhiễm sắc dựa trên kết quả

34
thực nghiệm trên nấm men đã cho thấy, ADN vùng tâm động được enzym sao chép
thành ARN sợi kép; phân tử ARN này được tiếp tục cắt và hoàn thiện tạo ra các
siARN. Các siARN này phối hợp với một phức hệ protein đặc thù và hoạt động như
một “thiết bị quay về nguồn”, hướng phức hệ về vùng ADN tâm động và huy động
các enzym biến đổi cấu trúc chất nhiễm sắc, chuyển thành vùng dị nhiễm sắc xung
quanh tâm động. Các ARN này cũng hoạt động điều hòa hình thành vùng dị nhiễm
sắc ở các sinh vật khác nhau. Như vậy, các hiện tượng điều hòa gen do miARN và
siARN có thể dẫn đến sự tái cấu trúc chất nhiễm sắc hoặc ngăn cản dịch mã mARN.

5.4. Sự biệt hóa tế bào

- Các tế bào biệt hóa chứa các thông tin giống nhau.
Các cơ thể sinh vật đa bào chứa nhiều loại tế bào khác nhau (ví dụ: da, xương, gan,
thận, cơ, máu). Kỹ thuật lai ADN cho thấy các ADN từ nhiều mô khác nhau của
cùng một sinh vật không bị biến đổi trong quá trình biệt hóa. Nói cách khác, số lượng
của ADN ở tế bào biệt hóa về căn bản giống với ở hợp tử ban đầu về lượng thông
tin di truyền và đủ để hình thành một cơ thể nguyên vẹn.

Hinh 4.17. Điều hòa biểu hiện gen ở TB khác nhau và biệt hóa ở tế bào trung mô.

- Các tế bào biệt hóa tổng hợp các nhóm protein chuyên hóa.
Ngoài các thông tin để tổng hợp các sản phẩm phục vụ cho các quá trình sinh lý-hóa
thiết yếu trong tế bào, các tế bào biệt hóa còn chứa các thông tin riêng. Ví dụ tế bào
cơ được tăng cường tổng hợp vi sợi myosin, tế bào biểu bì tăng cường tổng hợp
keratin… Cùng chứa thông tin di truyền nhưng các tế bào biệt hóa ở mô hoặc cơ

35
quan khác nhau lại được “lập trình” để sử dụng các thông tin có tính chọn lọc và đặc
hiệu với chức năng của phần cơ thể đó.
Có thể nói, hầu hết các bước trong hoạt động của gen được điều khiển chặt chẽ và
đều hết sức quan trọng, nhưng đối với chúng, việc khởi đầu phiên mã là một sự kiện
cần sự điều hòa sớm nên đóng vai trò là điểm kiểm soát quan trọng bậc nhất ở cả
prokaryot và eukaryot. Sự biệt hóa tế bào xương từ các tế bào mầm trung mô được
điều khiển biểu hiện các protein đặc hiệu hình thành các loại tế bào chuyên hóa khác
nhau như các tế bào mỡ, xương hoặc bạch cầu (Hình 4.17).

Hình 4.18. Điều hòa biểu hiện gen myoD trong biệt hóa tế bào cơ.

- Điều hòa biểu hiện gen myoD (Hình 4.18):

‣ Giai đoạn xác định: tín hiệu bên ngoài hoạt hóa gen điều hòa tổng myoD, để
tổng hợp protein MyoD có vai trò là tác nhân hoạt hóa gen khác. Lúc này, tế
bào mầm chuyển sang giai đoạn tế bào tiền sợi (myoblast) và định hướng biệt
hóa thành tế bào mô xương.
‣ Giai đoạn biệt hóa tế bào: Protein MyoD đóng vai trò nhân tố vừa là kích
thích hoạt hóa gen myoD để tạo ra các phân tử đặc hiệu hình thành tế bào cơ,

36
 vừa ngăn tế bào đi vào giai đoạn phân chia trong chu trình tế bào. Do đó, các
tế bào cơ không phân chia nữa mà hòa màng với nhau tạo cấu trúc hợp bào cơ
đa nhân, chính thức hình thành tế bào cơ chuyên hóa về mặt cấu trúc và chức
năng.
Tín hiệu điều khiển sự sinh trưởng định hướng đầu ở Drosophila (hình 4.19):
‣ Nhóm nghiên cứu tại phòng thí nghiệm sinh học Heidenberg, Đức sử dụng kỹ
thuật di truyền đã phát hiện đột biến phôi ấu trùng bị hỏng kiểu phát triển cơ
thể Drosophila. Một số trong chúng là do các đột biến trong các gen của mẹ.
Một gen như vậy được gọi là bicoid, nghĩa là “hai đuôi”, bởi vì đột biến này
dẫn đến hậu quả là ấu trùng có hai đuôi. Nghiên cứu phân tích biểu hiện gen
bicoid dựa trên giả thuyết cho rằng, gen bicoid bình thường (kiểu hình hoang
dại) mã hóa cho một protein tạo hình xác định phần đầu của phôi. Nhóm
nghiên cứu tập trung xác định các mARN và protein do gen này mã hóa có ở
trong trứng sau thụ tinh và ở phôi sớm hay không.
‣ Kết quả cho thấy, mARN Bicoid tập trung ở cùng phần đầu của trứng chưa
thụ tinh. Sau đó, trong quá trình phát triển, protein Bicoid được tìm thấy cũng
tập trung ở phần đầu của phôi.

Hình 4.19. Tín hiệu điều khiển sự sinh trưởng có hướng ở tế bào Drosophila.

5.5. Ứng dụng của nghiên cứu biệt hóa tế bào

Tìm hiểu chức năng các gen quan trọng đối với sinh trưởng và phát triển của cá thể,
nghiên cứu cơ chế điều hòa biểu hiện gen trong điều kiện thường và các rối loạn là
sự biểu hiện gen in vitro trong các giai đoạn biệt hóa khác nhau (điều hòa theo không
gian) và diểu hiện gen theo giai đoạn phát triển cá thể khác nhau (điều hòa theo thời

37
gian). Ví dụ: nghiên cứu các gen biểu hiện đặc hiệu thông qua các mô hình điều hòa
biểu hiện gen Gal4 ở nấm men (hình 4.20), tạo dòng biểu hiện gen đặc hiệu có điều
kiện (conditional gene knockout) ở động vật trong các thí nghiệm dược lý, nghiên
cứu hiệu ứng phân tử các giữa thụ thể và phối tử …

Hình 4.20. Điều hòa UAS biểu hiện gen Gal4 ở nấm men và ứng dụng.

- Yếu tố hoạt hóa kích hoạt phiên mã có nhiều miền chức năng: protein Gal4p ở
nấm men thúc đẩy sự biểu hiện hiện enzym cần cho chuyển hóa lactose. Các UAS
(Upstream Activating Sequence- trình tự hoạt hóa ngược dòng) là các gen do
Gal4p hoạt hóa. Mỗi gen UAS đều chứa một hoặc nhiều bản sao của đoạn trình
tự dài 17 bp, gọi là UASGAL (Hình 4.20). UASGAL thường nằm ngược dòng với
hộp TATA, sau hộp TATA là gen báo cáo LacZ, do đó, khi môi trường chứa
galactose, gen LacZ biểu hiện trong tế bào kiểu dại, nhưng không biểu hiện trong
tế bào mang đột biến Gal4. Như vậy, kết quả trên cho thấy UASGAL là vùng điều
khiển phiên mã do protein Gal4p hoạt hóa trong môi trường có lactose. Cấu trúc
Gal4p gắn với UASGAL gồm hai phần một miền gắn ADN ở đầu N, và miền hoạt
hóa đầu C mang khả năng tương tác với các protein khác để kích hoạt quá trình
phiên mã từ promoter gần đó. Trong nghiên cứu khác, miền hoạt hóa Gal4p được

38
dung hợp với miền gắn ADN từ một protein gắn ADN hoàn toàn không liên quan
tới E. coli, sản phẩm dung hợp Gal4p vẫn hoạt hóa phiên mã gen báo cáo chứa
vị trị nhận biết của protein có nguồn gốc từ E. coli. Theo đó, mô hình này có thể
tạo ra các yếu tố phiên mã từ những tổ hợp hoàn toàn mới của các yếu tố từ sinh
vật prokaryot và eukaryot.
- Điều hòa phân giải glucose và galactose cần protein Gal80p tham gia:
‣ Khi không có galactose, một dimer Gal4p gắn vào vùng UASGAL, cùng
protein Gal80p đóng vai trò ức chế nó, không có sự phiên mã;
‣ Nếu thêm galactose vào môi trường, sản phẩm chuyển hóa được tạo bởi
Gal3p sẽ gắn vào Gal80p, ngăn trở Gal80p liên kết với Gal4p, do đó, giúp
cho Gal4p hoạt hóa các gen GAL7, GAL1 và GAL10.
‣ Gal3p chuyển hóa galactose thành chất cảm ứng (inducer) gắn với Gal80p,
làm Gal80p tách ra khỏi domain hoạt hóa của Gal4p. Gal4p được giải phóng
khỏi gal80p và lộ ra vị trí hoạt hóa phiên mã cho các gen GAL7, GAL1 và
GAL10.
‣ Hệ thống GAL4-UAS: một kỹ thuật điều hòa biểu hiện gen cần nghiên cứu
theo hệ thống 2 phần Gal4/UAS. Gen GAL4 nấm men được chèn ngẫu nhiên
vào các trình tự điều hòa ở Drosophila, tạo ra nhân tố phiên mã là protein
Gal4p, mô hình này được gọi là bẫy tăng cường gen (enhancer-Gal4 trap).
Những cá thể ruồi giấm mang cấu trúc biểu hiện Gal4p được gọi là nòi định
hướng (driver line). Các cá thể ruồi giấm mang cấu trúc UAS-gen X được
gọi là nòi đáp ứng. Bằng cách lai nòi định hướng với nòi đáp ứng, gen
chuyển sẽ được biểu hiện theo không gian (loại tế bào) hoặc thời gian tùy
thuộc vào nòi có GAL4 hoạt hóa Gal4, và được gọi là nòi định hướng Gal4.
‣ Sàng lọc chủng vi khuẩn chuyển gen: trong môi trường chọn lọc chủng E.
coli chuyển gen, IPTG cạnh tranh vị trí gắn với chất ức chế lacI, giải phóng
vùng điều hòa ở operon lac, quá trình phiên mã khởi động để tạo ra các
enzym thúc đẩy phân giải lactose. Tuy nhiên, IPTG không bị enzym –
galactosidase phân giải nên hàm lượng của nó trong môi trường luôn ổn
định. Trong hệ thống kép sử dụng IPTG kết hợp với X-gal (hợp chất màu
xanh lam), được gọi là hệ thống sàng lọc trắng – xanh, các khuẩn lạc mang
gen tái tổ hợp (màu trắng) được chọn và lưu giữ cho các thao tác nhân dòng
gen kế tiếp.

39
Câu hỏi lượng giá
1) Trình bày đặc điểm phân bố và chức năng của 3 loại ARN (thông tin, vận chuyển và
ribosom) trong tế bào sinh vật.
2) Trình bày quá trình sao chép ADN theo khuôn ở vi khuẩn.
3) Trình bày nội dung học thuyết trung tâm của sinh học phân tử bằng sơ đồ/ hình vẽ có chú
thích.
4) Vẽ mô hình cấu trúc của một gen vi khuẩn (có chú thích trong hình). Cho 2 ví dụ về tổ chức
gen của vi khuẩn ?
5) Trình bày những điểm khác nhau trong cấu trúc gen vi khuẩn và gen sinh vật eukaryot.
6) Trình bày đặc điểm về trình tự nucleotid và chức năng của promoter (vùng khởi động phiên
mã) ở vi khuẩn.
7) Trình bày đặc điểm về trình tự nucleotid và chức năng của promoter (vùng khởi động phiên
mã) ở sinh vật nhân thực.
8) Trình bày những điểm khác nhau trong phiên mã (tổng hợp mARN) giữa gen sinh vật
prokaryot và eukaryot.
9) Trình bày quá trình cải biến sau phiên mã của phân tử ARN thông tin (mARN) ở tế bào
nhân thực.
10) Cho biết vai trò của sự cắt bỏ các intron và nối các exon trong quá trình cải biến mARN sau
phiên mã ở sinh vật eukaryot trong sinh trưởng và phát triển ở sinh vật nhân thực đa bào?
11) Trình bày quá trình dịch mã (tổng hợp protein) ở vi khuẩn.
12) Những điểm khác biệt trong quá trình dịch mã ở vi khuẩn và sinh vật eukaryot là gì?
13) Trình bày sự hoạt hóa vận chuyển các acid amin trong quá trình dịch mã (tổng hợp protein)
ở sinh vật prokaryot và eukaryot.

14) Hình vẽ bên mô tả một quá trình biểu

hiện gen trong tế bào. Hãy cho biết:
a- Tên gọi và vai trò của quá trình
được mô tả trong hình;
b- Tên gọi và chức năng của các cấu
trúc số 1, 2, 3, 4 và 5.

15) So sánh cơ chế điều hòa biểu hiện gen vi khuẩn theo mô hình operon lactozơ và operon
tryptophan.
16) Sự khác nhau đặc trưng giữa điều hòa gen vi khuẩn và điều hòa gen của sinh vật eukaryot
là gì?
17) Vẽ mô hình (có chú thích) các cấp điều hòa biểu hiện gen ở sinh vật nhân thực.
18) Ở sinh vật đa bào, phân tích vai trò của sự điều hòa biểu hiện gen phụ thuộc vào thời gian
và không gian đối với sinh trưởng và phát triển của sinh vật đó?

40