C2132 Úvod do bioinformatiky – seminář

Cvičení 8
Predikce základních vlastností proteinů

Úkol 1: Pracujete v laboratoři. Vaším úkolem je pro následné experimenty vybrat peptid,
který při 280 nm nejvíce absorbuje. Jste líní měřit absorbanci vzorků a nechce se Vám ani
použít ProtParam. Jaký peptid vyberete a proč?

Peptid 1
AQQGVFTLPARINFGVTVLVNSAATQHVEIFVDNEPRAAFSGVGTGDNNLGTK

Peptid 2
AQQGVFTLPARINFWVTVLVNSAATQHVEIFVDNEPWAAF

Peptid 3
AQQWVFTLWARINFWVTVW

1) Zdůvodněte výběr Vašeho peptidu.

2) Ověřte Váš výběr pomocí ProtParam (https://web.expasy.org/protparam/) – určete extinkční
koeficient pro všechny peptidy.

Úkol 2: Pracujete v laboratoři. Vaším úkolem je připravit roztoky tří proteinů pro následné
experimenty. Jste líní udělat si vlastní pufr a rozhodnete se použít erární – 20 mM Tris,
250 mM NaCl, pH 7,5. Určete izoelektrický bod proteinů a vyhodnoťte, zda je erární pufr
vhodný pro všechny proteiny. Použijte nástroj ProtParam (https://web.expasy.org/protparam/).

Protein 1
PLLSASIVSAPVVTSETYVDIPGLYLDVAKAGIRDGKLQVILNVPTPYATGNNFPGIYFAIATNQGVVADGCFTY
SSKVPESTGRMPFTLVATIDVGSGVTFVKGQWKSVRGSAMHIDSYASLSAIWGTAAPSSQGSGNQGAETGGTGAG
NIGGGGERDGTFNLPPHIKFGVTALTHAANDQTIDIYIDDDPKPAATFKGAGAQDQNLGTKVLDSGNGRVRVIVM
ANGRPSRLGSRQVDIFKKSYFGIIGSEDGADDDYNDGIVFLNWPLG

Protein 2
GLSDGACWQLVLNVWGKVEADICPGHGQEVLILLFKGHPETLEKFDKCFKHLKCSEDEMKASEDLKKHGATVLTA
CLGGILKKKCGHHEAECIKPLAQDSHATKHKISPVCKYLCEFRISECRCIQIVLQCSKHPGDFGCADAQGAMNKA
LELFRCKDMASNYKELGFQG

Protein 3
AWKGEVLANNEAGQVTSIIYNPGDVITIVAAGWASYGPTQKWGPQGDREHPDQGLICHDAFCGALVMKIGNSGTI
PVNTGLFRWVAPNNVQGAITLIYNDVPGTYGNNSGSFSVNIGKDQS
Úkol 3: Studujete membránové proteiny z nově objevených druhů gramnegativních bakterií
rodu Midichloria. Identifikovali jste tři nové proteiny. Jste líní pracovat se všemi proteiny.
Vyhodnoťte, které proteiny jsou nejspíše membránové a vhodné pro další výzkum. Využijte
BLAST (https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) a PSORTb (https://www.psort.org/psortb/).

>Protein1
AVLLILTGDGQTLYVFITISAWQDNEQAFAPGSVTLAVAQTLGHLPGNSPGKGGLKAQIPAALHESELRNDVDGC
KIVKALSLPRVVIIFVPIIWLPLLVIGGFTPHMMILYAVFLAISIVIAKLFLRARFAVLYMEAAETQLADERLSN
STVLVGLPGDRTSRWPTPFPVGAKELPRFIIPAASGGKAPFEGVATVALVQYIPMFGTVCIRMEQRTEFLVTELS
LPRVVIIFVPIIWLPLLVIGG

>Protein2
AKWSFIAKIVYGQLDQHQKGRSPETTGLVEDIDETVATAEGVCNERVPEHQPFGVVGDWLNELDVIILELAPLYL
VTGKTQNGAFILFLRRDSKANMVKLRFSGYRILAGRIKLKSGEGPEPLISAVMKMMPAATQVRRDILYHTILCND
KCNMESFSDKIYNYVQSDQHGAHEVTPFLFSRNSESRATLAKGSLATAPD

>Protein3
AEIASLTLFVCLWPPLVMLPPWHVDRKLLSGILIRVLKLFIKDNLSRCTWAVLMVLILGICVESEYDCTGVVVML
IPAEWFLRAKDVINHFESRCQIALIRGIQYKQVLRIDCLQYLGHCVVIKFPPDSVEILDPTHAFDLILTDTKILE
NGLTHEIIVDILVLKLPMMVCVWLYLVMLSQESVGLSLVQNYLGLIHLMLFLFCIVLHHTEYVLFLMVTQAMLDM
QLILLNYICKQREWVGILNVWYLLWEKGALYLINYLLLNLLWIVTNHVRDFLCKASTIITAIVLRILLCGLYFVW
WVIPPNMGLQLLMHLPLNVKILFRSIHQ

Úkol 4: Mezi posttranslační modifikace můžeme zařadit i štěpení proteinů. Predikujte

možnou přítomnost štěpícího místa pro proteinasu z koronaviru u uvedených proteinů.
Využijte nástroj NetCorona (https://services.healthtech.dtu.dk/service.php?NetCorona-1.0).
Jaký motiv je nutný pro štěpení?

>Protein1
MQTVVTILQEQNINAHFYCVNFADLHKSDLEKNGHHRHLRDMMNGRYVAIIFITCKACDSAEHEPVFGKGQAELD
DMCKCPGDIRAGLQYSSIQICISYLQSLRVDQGFYLNRHRQMINTPEEPGPPHFATPIMNFEFQDMCVRTYLMHR
ITSKQEVSSSARAMPMKYPCYNTNIKHNFRQGRPIHFNGYMTYLTVPVFCYKMEVETFLKDDKKYSDFSDGCCTM
PAELGEGVPSQANCHRCYVAQTKYH

>Protein2
MVPKLFTSQICLLLLLGLLAVEGSLHVKPPQFTWAQWFETQHINMTSQQCTNAMQVINNYQRRCKNQNTFLLTTF
ANVVNVCGNPNMTCPSNKTRKNCHHSGSQVPLIHCNLTTPSPQNISNCRYAQTPANMFYIVACDNRDQRRDPPQY
PVVPVHLDRII
>Protein3
MQRSPLEKASVVSKLFFSWTRPILRKGYRQRLELSDIYQIPSVDSADNLSEKLEREWDRELASKKNPKLI
NALRRCFFWRFMFYGIFLYLGEVTKAVQPLLLGRIIASYDPDNKEERSIAIYLGIGLCLLFIVRTLLLHP
AIFGLHHIGMQMRIAMFSLIYKKTLKLSSRVLDKISIGQLVSLLSNNLNKFDEGLALAHFVWIAPLQVAL
LMGLIWELLQASAFCGLGFLIVLALFQAGLGRMMMKYRDQRAGKISERLVITSEMIENIQSVKAYCWEEA
MEKMIENLRQTELKLTRKAAYVRYFNSSAFFFSGFFVVFLSVLPYALIKGIILRKIFTTISFCIVLRMAV
TRQFPWAVQTWYDSLGAINKIQDFLQKQEYKTLEYNLTTTEVVMENVTAFWEEGFGELFEKAKQNNNNRK
TSNGDDSLFFSNFSLLGTPVLKDINFKIERGQLLAVAGSTGAGKTSLLMVIMGELEPSEGKIKHSGRISF
CSQFSWIMPGTIKENIIFGVSYDEYRYRSVIKACQLEEDISKFAEKDNIVLGEGGITLSGGQRARISLAR
AVYKDADLYLLDSPFGYLDVLTEKEIFESCVCKLMANKTRILVTSKMEHLKKADKILILHEGSSYFYGTF
SELQNLQPDFSSKLMGCDSFDQFSAERRNSILTETLHRFSLEGDAPVSWTETKKQSFKQTGEFGEKRKNS
ILNPINSIRKFSIVQKTPLQMNGIEEDSDEPLERRLSLVPDSEQGEAILPRISVISTGPTLQARRRQSVL
NLMTHSVNQGQNIHRKTTASTRKVSLAPQANLTELDIYSRRLSQETGLEISEEINEEDLKECFFDDMESI
PAVTTWNTYLRYITVHKSLIFVLIWCLVIFLAEVAASLVVLWLLGNTPLQDKGNSTHSRNNSYAVIITST
SSYYVFYIYVGVADTLLAMGFFRGLPLVHTLITVSKILHHKMLHSVLQAPMSTLNTLKAGGILNRFSKDI
AILDDLLPLTIFDFIQLLLIVIGAIAVVAVLQPYIFVATVPVIVAFIMLRAYFLQTSQQLKQLESEGRSP
IFTHLVTSLKGLWTLRAFGRQPYFETLFHKALNLHTANWFLYLSTLRWFQMRIEMIFVIFFIAVTFISIL
TTGEGEGRVGIILTLAMNIMSTLQWAVNSSIDVDSLMRSVSRVFKFIDMPTEGKPTKSTKPYKNGQLSKV
MIIENSHVKKDDIWPSGGQMTVKDLTAKYTEGGNAILENISFSISPGQRVGLLGRTGSGKSTLLSAFLRL
LNTEGEIQIDGVSWDSITLQQWRKAFGVIPQKVFIFSGTFRKNLDPYEQWSDQEIWKVADEVGLRSVIEQ
FPGKLDFVLVDGGCVLSHGHKQLMCLARSVLSKAKILLLDEPSAHLDPVTYQIIRRTLKQAFADCTVILC
EHRIEAMLECQQFLVIEENKVRQYDSIQKLLNERSLFRQAISPSDRVKLFPHRNSSKCKSKPQIAALKEE
TEEEVQDTRL

Nepovinný úkol: Vyzkoušejte, jak absorbujete při 280 a 205 nm. Použijte Protein Calculator
(https://spin.niddk.nih.gov/clore/Software/A205.html). Je predikce přesná nebo Vás nástroj ošidí
o některé aminokyseliny?

Příklad:

Pro zajímavost:
https://www.microbiologyresearch.org/content/journal/ijsem/10.1099/ijs.0.64386-0
A jiný symbiont:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3787670/