Supstrat Koenzim Enzim Vrsta reakcije Inibitori Aktivatori Produkt

citrat,
acetil-
NADH,
1 oksalacetat CoA, citrat sintetaza kondenzacija - citrat
sukcinil-
voda
CoA

cis-akonitat,
2a citrat - dehidracija
voda
akonitaza - -
2b cis-akonitat voda hidracija isocitrat

oksalsukcinat,
3a izocitrat NAD+ oksidacija
NADH
izocitrat NADH,
Ca2+, ADP
dehidrogenaza ATP α-
3b oksalsukcinat H+ dekarboksilacija ketoglutarat,
CO2

NADH,
α- NAD+, α-ketoglutarat oksidativna sukcinil-CoA,
4 sukcinil- Ca2+
ketoglutarat CoA-SH dehidrogenaza dekarboksilacija NADH, CO2
CoA

GDP, sukcinil-CoA sukcinat,

5 sukcinil-CoA fosforilacija - -
fosfat sintetaza GTP, CoA-SH

sukcinat fumarat,
6 sukcinat FAD oksidacija - -
deihdrogenaza FADH2

7 fumarat voda fumaraza hidracija - - L-malat

malat oksalacetat,
8 L-malat NAD+ oksidacija - -
deidrogenaza NADH

Stupnjevi Krebsovog ciklusa [uredi]

Svaka podjedinica citrat sintetaze veže jednu molekulu oksalacetata (ljubičasto) i jednu acetil-CoA (bijelo).
Reakcija 1: Citrat sintetaza [uredi]

ΔG'°=-31.4 kJ/mol

Prvi enzim u Krebsovom ciklusu, citrat sintetazakatalizira reakciju kondenzacije acetil-

CoA soksalacetatom iz kojeg nastaje citrat (limunska kiselina). Enzim ima dvije strukturne podjedinice
i svaka od njih sposobna je vezati oba supstrata za svoje aktivno mjesto. Enzim katalizira aktivaciju
acetil-CoA, kako bi povećao afinitet prema oksalacetatu. Nakon povezivanja acetilne skupine na
oksalacetat, tioesterna se grupa (CoA) odvajahidrolizom kako bi se oslobodila limunska kiselina.

Jednadžba reakcije: Acetil-CoA + oksakacetat + H2O → citrat + CоА + H+

Reakcija je vrlo egzoergonska tj. oslobađa energiju (ΔG'°=-31.4 kJ/mol) što sprječava da reakcija teče
u suprotnom smjeru. Limunska kiselina ima i ulogu reguliranja aktivnosti samog enzima, pošto djeluje
kao kompetitivni inhibitor. Sposobnost inhibicije citrat sintetaze je jako bitna za reguliranje cijelog
Krebsovog ciklusa, pošto ona funkcionira kao biokemijski pacemaker.[4]
Struktura akonitaze
Reakcija 2: Akonitaza [uredi]

ΔG'°=+6.3 kJ/mol

Akonitaza katalizira izomerizaciju limunske kiseline (citrata) u izocitrat kroz prijelazno formiranje cis-

akonitata. Citrat prolazi procesdehidracije C3 ugljika i stvaranje međuspoja cis-akonitata, koji se potom
hidrira u C2 formirajući izocitrat. Reakcija može teći i u suprotnom smjeru, ali to se ne događa u
Krebsovom ciklusu zbog zakona o djelovanju masa. Koncentracija citrata je 91%, međuspoja cis-
akonitata je 3%, a izocitrata 6%. Reakcija stoga nepovratno teče prema izocitratu.

Jednadžba reakcije: citrat → cis-akonitat + H2O → izocitrat

U aktivnom mjestu akonitaze nalazi se skupina željezo-sumpor koja veže supstrat, zajedno s

određenim polarnim aminokiselinama. Prostorna struktura aktivnog mjesta dopušta samo vezivanje
1R,2S citrata, odbijajući suprotni izomer.[5]
Struktura isocitrat deidrogenazeEscherichie coli.
Reakcija 3: Izocitrat dehidrogenaza [uredi]

ΔG'°=-8.4 kJ/mol

Mitohondrijska izocitrat dehidrogenaza je enzim koji je ovisan o NAD+, Mn2+ i/ili Mg2+. U početku enzim

katalizira oksidaciju izocitrata uoksalsukcinat i proizvede jednu molekulu NADH od NAD+. Potom jedan
bivalentni ion (Mn2+ ili Mg2+) veže kisik iz karboksilne skupine i povećava elektronegativnost tog dijela
molekule. Dolazi do preraspodjele elektrona u molekuli, kidanja kemijske veze i oslobađanja
karboksilne skupine. Dekarboksilacijom dolazi do formiranja α-ketoglutarata i oslobađanja jedne
molekule CO2..[6]

Jednadžba reakcije: izocitrat + NAD+ → Oksalsukcinat + NADH + H+; Oksalsukcinat → α-ketoglutarat

+ CO2
Katalitičko aktivno mjesto dihidrolipoamid suciniltransferaze, segmenta enzima α-ketoglutarat
deihdrogenaze Escherichie coli
Reakcija 4: α-ketoglutarat dehidrogenaza [uredi]

ΔG'°=-30.1 kJ/mol

Pretvorba α-ketoglutarata u sukcinil-CoA od strane α-ketoglutarat dehidrogenaze dešava se

putem oksidativne dekarboksilacije. Reakcija predviđa dekarboksilaciju α-ketoglutarata i
formiranje tioesterne veze s koenzimom A uz konačni produkt sukcinil CoA i oslobađanje CO2.
Istovremeno dolazi do redukcije NAD+ u NADH.

Jednadžba reakcije: α-ketoglutarat + NAD+ + CоА-SH → sukcinil CоА + CO2 + NADH + H+

α-ketoglutarat dehidrogenaza je u biti kompleks sastavljen od tri različita enzima. Podjedinica E1 (2-
ketoglutarat dehidrogenaza) i E2 (transsukcinilaza) vrlo su slične podjedinicama prisutnim u jednom
drugom enzimu: piruvat dehidrogenazi. Podjedinica E3 je pak istovjetna podjedinici istog enzima.
Najvjerojatnije jedan enzim evolutivno potječe od drugoga. [7]
Struktura sukcinil-CoA sintetaze izolirane iz svinjskog srčanog mišića
Reakcija 5: Sukcinil CoA sintetaza [uredi]

ΔG°′ = -3.3 kJ mol-1

Sukcinil CoA je tioester visoke kemijske energije (njegova ΔG°′ hidrolize je -33.5 kJ mol-1, slična onoj
ATP -30.5 kJ mol-1). Enzim sukcinil CoA sintetaza koristi ovu energiju za fosforilaciju purinskog
nukleozid difosfata kao GDP u jednoj od ključnih reakcija stvaranja kemijske energije iz Krebsovog
ciklusa.

Energija prisutna u tioesteru se jednostavno pretvori u energiju u obliku fosfatnih veza koje se kasnije
koriste kao univerzalni izvor energije u gotovo svim endoergonskim metaboličkim procesima u cijelom
organizmu. U prvom koraku reakcije enzim eliminira Koenzim A iz sukcinil CoA i nastaje međuspoj
visoke energije sukcinil fosfat. Potom dolazi do primanja fosfata od jedne molekule histidina prisutom u
aktivnom mjestu enzima koji oslobađa sukcinat kao konačni proizvod reakcije i formiranja
fosfohistidina. Fosfohistidin odmah prebacuje fosfat na GDP pretvarajući ga u GTP. To je jedina
reakcija u Krebsovom ciklusu kod koje dolazi do fosforilacije na nivou substrata.[8]

Jednadžba reakcije: sukcinat-CоА + Pi + GDP → sukcinat + GTP + CоА-SH

Organizam ne koristi direktno GTP kao molekulu visoke energije (GTP ima ulogu signalne molekule).
Njegova je uloga u Krebsovom ciklusu da posluži kao međuspoj koji prebacuje fosfatnu grupu
na ADP kako bi se stvorio ATP. Tu reakciju katalizira enzim nukleozid difosfokinaza.
U završnim fazama Krebsovog ciklusa dolazi do preraspodjele molekula s četiri atoma ugljika do
ponovne regeneracije oksalacetata. Da bi to bilo moguće, metilna grupa prisutna na sukcinatu mora
doživjeti konverziju u karbonilnu grupu. Konverzija nastaje u tri prijelaza: prva oksidacija, pa hidracija,
potom druga oksidacija. Navedeni prijelazi, osim što regeneriraju oksalacetat, omogućavaju
„izvlačenje“ dodatne kemijske energije putem nastanka flavin adenin FADH2 i NADH.

Struktura enzimskog kompleksa sukcinat dehidrogenaze i kompleksa II lanca prijenosa elektrona Escherichia coli

Reakcija 6: Sukcinat dehidrogenaza [uredi]

ΔG'°=0 kJ/mol

Prvu reakciju oksidacije katalizira enzimski kompleks sukcinat dehidrogenaze, jedini enzim iz ciklusa
koji ima FAD kao primatelja vodika umjesto NAD+. FAD je kovalentno vezan za enzim, preko jedne
molekule histidina. Enzim koristi FAD kao primatelj vodika, pošto reakcija ne razvija dovoljno slobodne
energije da reducira NAD+. Enzim katalizira oksidaciju sukcinata ufumarat.[9]

Jednadžba reakcije: sukcinat+ FAD → fumarat + FADH2

Enzimski sustav sukcinat dehidrogenaze je jedini iz cijelog ciklusa koji se nalazi unutar mitohondrijske
membrane. Enzim se nalazi u toj poziciji pošto ulazi i u metabolički put lanca prijenosa elektrona (u
kojem nosi naziv kompleks II). Nakon prijelaza na FAD, enzim ubacuje elektrone direktno u lanac
prijenosa elektrona, koji je prvi dio oksidativne fosforilacije. To je moguće upravo zbog stabilne veze
između enzima i samog kofaktora FAD.

Struktura fumaraze kvascaSaccharomyces cerevisiae[10]

Reakcija 7: Fumaraza [uredi]

ΔG'°=-3.8 kJ/mol

Enzim fumaraza dodaje fumaratu jedan proton i jednu hidroksilnu grupu

(OH-) dobivenu hidrolizomvode i formira malat kao konačni produkt. Enzim može vezati grupu
OH- samo s jedne strane, tako da fumarat prelazi samo u L-malat. [11]

Jednadžba reakcije: fumarat + H2O → malat

Struktura malat dehidrogenaze bakterijeThermus flavus[12]
Reakcija 8: Malat dehidrogenaza [uredi]

ΔG'°=+29.7 kJ/mol

Posljednja reakcija Krebsovog ciklusa predviđaoksidaciju malata u oksalacetat. Time se oksalacetat

regenerira i ulazi u novi ciklus. Enzimmalat dehidrogenaza koji katalizira reakciju koristi još jednu
molekulu NAD+ kao primatelja vodika kako bi proizveo NADH.[13]

Jednadžba reakcije: malat + NAD+ → oksalacetat + NADH + H+

Aktivnost enzima je u potpunosti određena potrošnjom oksalacetata od strane citrat sintetaze (prvog
enzima u Krebsovom ciklusu) i potrošnjom NADH od strane lanca prijenosa elektrona. Kontinuirano
smanjenje koncentracije navedenih spojeva tjera enzim na stalnu proizvodnju novih spojeva.