Ląstelės biofizika.

Įvadas
LĄSTELĖ - pagrindinis struktūrinis ir funkcinis gyvybės vienetas. Arba visi žinomi gyvi organizmai
sudaryti iš ląstelių. Žmogaus kūną sudaro 10^(13) ląstelių. Galime suskirstyti į 200 skirtingų tipų.
Ląstelė yra mažiausias autonominis gyvybės vienetas, užimantis tarpinę vietą tarp molekulinės ir
makroskopinės skalės. Norint suprasti kaip sudarytos gyvos sistemos ir kaip jos funkcionuoja, mums
iš pradžių reikėtų suprasti fizikinius principus, kurie sąlygoja ląstelės organizuotumą ir funkcijas. Visų
pirma ląstelė gali suteikti natūralią erdvės ir laiko koordinačių sistemą, į kurią mes galime įvesti ir
integruoti visą genomo, transkriptomo, proteomo, struktūrinę ir biofizikinę informaciją apie
molekules, kurios sudaro gyvas sistemas. Skirstomos pagal tai ar turi branduolį (prokariotinės ir
eukariotinės).

Eukariotinės ląstelės skirstomos į augalų ir gyvūnų ląsteles. [skirtumai: • Augalų ląstelėse ląstelių
sienelė supa ląstelių membraną, o gyvūnų ląstelėse - tik ląstelių membrana. • Augalų ląstelėse yra
chloroplastų.• Gyvūnų ląstelės turi mažas vakuoles, palyginti su augalų ląstelėmis, turinčiomis didelę
vakuolę.]

Ląstelės funkcijos:

• Ląstelės verčia cheminę energiją į mechaninę sintetindamos energiją saugojančias molekules. •

Ląstelės sintetina baltymus ir kitas molekules: cukrus, lipidus ir nukleinines rūgštis. • Dauguma
ląstelių dauginasi pasidalindamos. • Ląstelės palaiko pastovią aplinką ir tūrį - "ląstelių homeostazė"

Tipinis ląstelės dydis apie 10 μm. Tipinė ląstelės masė 1 nanogramas. Didžiausia ląstelė tūris/svoris
stručio kiaušinis (15 x 13 cm, 1.4 kg) Ilgiausia ląstelė -neuronas (aferentinis žirafos aksonas nuo
kanopos iki kaklo apie 4.5 m). Mažiausios ląstelės yra mikoplasmos, skersmuo 0.4 μm.
Archaebacteria ir eubacteria sudaro pusę Žemės biomasės. Ląstelės forma dažniausiai priklauso nuo
citoskeleto.

Ląstelių dydis apibrėžtas ir limituotas - didėjant ląstelei, ilgėja medžiagų pernašos kelias. Paviršiaus
ploto-tūrio santykis: didėjant ląstelei, tūris didėja 10x greičiau už paviršiaus plotą.

Ląstelei sienelė reikalinga, kad galėtų išlaikyti vidinį citoplazmos slėgį.

Ląstelės dydis: Bakterijos - 1 μm ( 10−6 m); Eukariotinės ląstelės – 10-100 μm (Branduolys 3-10 μm);
DNR ilgis kiekvienoje ląstelėje 1 metras;

Kokio ilgio (skersmens) bus susivijusi DNR? 1 DNR metras turi tilpti 3-10 μm! (branduolio
skersmuo)

MIKROSKOPAI

 Šviesiniai 200nm. Gyvos ląstelės neturi pakankamai kontrasto, vidinės struktūros skaidrios ir
bespalvės. Dažymas ląsteles dažniausiai nužudo.
 Elektroninai 0.2nm.
 Konfokalinis , kai svarbi 3D struktūra.

Gyvų ląstelių vaizdinimo technika, fazinio kontrasto mikroskopija, fluorescencijos mikroskopija:

fluorescuojantys proteinai ir floroforai. Galime stebėti procesus.
Vaizdinimo priemonės:

Image Formed Lowest Approx Lower

Technique
By Resolvable Unit Limit
1 μm
Optical Microscopy Light Rays Microns (μm)
(monochromatic light)

Coherent Light .1 μm
Confocal Microscopy Microns (μm)
Source (Laser) (X-Y Direction)
Transmission
Electron Microscopy 2Ǻ
Electrons Angstroms (Ǻ)
(high resolution TEM)
(TEM)

Scanning Electron Nanometers (nm) to 10 nm

Electrons (100 Ǻ)
Microscopy (SEM) Angstroms (Ǻ)
Atomic Force &
Scanning Tunneling Molecular
40 Ǻ
Microscopies Mechanical Angstroms (Ǻ)
(theoretical)
(AFM/STM) Probes

Laiko skalė:

Populiacija, rūšis [102-108 m]

Organizmas [1-103 m]

Ląstelės ciklas/genomo duplikacija [20 min – 48 h]

Transkripcijos greitis [10-20 nukleotidai/s]

Transportinių reakcijų greitis [102 -108 s-1 ]

Proteinų domenų judėjimas [10-8 – 10-1 s]

Laisvojo radikalo sukinio laikas [10-11-10-6 s]

Tirpiklio koreliacijos laikas [10-10-10-11 s]

Retinalio fotoizomerizacija [2·10-13 s]

Kovalentinių jungčių vibracija [6·1012 - 1014 s-1]

Kiekvienos ląstelės procesai: signalų, membranų, citoskeletalo dinamika, genų raiška ar ląstelių
dalijimasis turėtų būti studijuojami integruotai ir kompleksiškai. Kombinatorika. Ląstelės biofizika:
1)aprašo biologines sistemas naudodama fizikinius principus 2) ieško būdų kaip supaprastinti sistemą
ir sumažinti parametrų skaičių iki tiek, kad būtų galima apibrėžti ir aprašyti sistemą.

SISTEMŲ BIOLOGIJA

• Sistemų biologija integruoja eksperimentinius duomenis ir įvairius modelius biologinių sistemų

dinaminių savybių ir struktūros tyrimams.
• Tikslas atlikti eksperimentinių rezultatų kiekybinę analizę ir sukurti prognuozuojamus modelius,
tokiu būdu simuliuoti sistemos veikimą.

• Lastelė ir jos subsistemos gali būti tiriamos šiuo požiūriu

Ląstelė kaip „Bio-Sistema“?

Ryšiai:

 Komponentai(Molekulės, Proteinai, RNA...)

 Tinklo tipo ryšiai (kinetic Rates)
 Substruktūros (mazgai, Moduliai)
 Funkciniai įėjimo-išėjimo ryšiai

Tikslas:

 Rasti veikimo principus (reverse engineering) (atpažinti evoliucines sąsajas)

 Sukurti modelius sistemai aprašyti
 Pratestuoti eksperimentiškai
 Nuspėti sistemos elgesį

SISTEMINIS POŽIŪRIS (understanding in levels)

1. Ląstelių forma, judėjimas ir funkcijos

2. Organelės, citoskeletas ir funkcijos
3. Makromolekulių struktūra (pvz.:aktinas, tubulinas, fermentai ...)

Ląstelės yra per daug sudėtingos, todėl kuriami paprastesni modeliai – izoliuotos membranos, išskirti
baltymai. Sudėtingos reakcijų sąlygos, erdvinė laikinė dinamika. Būdingas heterogeniškumas -
kompartmentai su skirtingu turiniu.

• Transportas ir atskyrimas

• Nuo dydžio priklausantis poveikis difuzijai, kinetikai ir termodinamikai

• Daug komponentų - 5’000 skirtingų genų produktų. Konkretus baltymas galėtų turėti daugiau nei
vieną funkciją, daug baltymų atlieka tą pačią funkciją.

=> Sisteminis požiūris : Ląstelės aprašymas erdvėje (x,y,z) ir laike (t).

Mycoplasma genitalium – urogenitalinė parazitinė bakterija,turinti tik 525 genus, pats mažiausias
savarankiškai besidalijančių ląstelių genomas. Palyginimui bakterija Escherichia coli turi apie 4,000
genų. Kaip ‘paprasčiausia ląstelė ', Mycoplasma labiausiai ištirta biologinė sistema, pilnas molekulinis
aprašas, DNR, RNR, proteinai, metabolitai. Visos ląstelės modeliavimas.

Organizmai, išgyvena gamindami tik 4 makromolekules: DNR, baltymai, lipidai (ląstelių membranoje
– riebalai), polisacharidai (angliavandeniai). Kiekviena makromolekulė sudaryta iš mažesnių
struktūrinių elementų. DNR - nukleotidų, Proteinai - amino rūgščių; Lipidai- riebiųjų rūgščių
(paprastai hidrofobinių), angliavandeniai – paprasti cukrai. Nukleino rūgštys, abėcėlė = 4 nukleotidai.
Proteinų abėcėlė = 20 amino rūgščių. Polimerų ilgis gali kisti nuo vieno iki šimtų milijonų monomerų.
Kombinacijų dar daugiau. Biologijoje būna 10 6-108 monomerų polimerai.

Sakykime N lygus 15—labai trumpas polimeras. Abėcėlė = 4, tada 4 15 = 230 = 1 073 741 824 virš
milijardo skirtingų kombinacijų.
Dar daugiau sudėtingumo : izomerai

Tada 2n4n = 8n = 23n= 245 = 35 184 372 088 832 skirtingų polimerų, kai ilgis N=15.

Molekulių tarpusavio sąveikos - Biologiniai tinklai. Lastelės sudėtingumą didina susipynę signaliniai ir
metaboliniai multidimensiniai tinklai. Bet egzistuoja didelė ervinė - laikinė organizacija. Ląstelės,
organelės ir molekulės turi būti sinchronizuotos arba bent jau paruoštos suderinamam
bendradarbiavimui.

Blokinės Sandaros Pranašumai.

 Ląstelė lieka maža, dideliu adsotrofiniu paviršiumi.

 Turi autonominį centralizuotą valdymą.
 Optimalus konstrukcinis elementas, leidžiąs surinkti bet kokias makrodarinius.

Drosophila melanogaster 2346 baltymų sąveikų tinklas.

Pagrindinė molekulinės biologijos dogma teigia, kad DNR ir RNR yra būtinos tam, kad lanksčiai
užtikrintų ląstelės baltymų raišką ir jos kitimus, įvairių signalų poveikyje.

Organizmo sudėtingumą lemia ne genomo DNR kiekis ir ne jo koduojamų baltymų kiekis – jį lemia
nepaprastas baltymų pasaulio sudėtingumas. Baltymo funkcija gali priklausyti nuo to, kuriose
ląstelėse jis ekspresuojamas: (pvz. neuronų kūno neurofilinas gali būti ląstelės paviršiaus receptorius;
endotelio ląstelėse šis baltymas prisijungia kraujagyslių augimo veiksnį ir perduoda signalus naujoms
kraujo ląstelėms, o aksonuose jis yra semaforino III ligandas, padeda nukreipti aksomus);

Ląstelės yra atviros sistemos, veikiančios nepusiausvyroje - išorinė aplinka destabilizuoja vidines
sąlygas. Tačiau skaidant erdvėje ir laike, “vietiniai ir greiti” įvykiai gali būti tiriami kaip pusiausvyriniai.
Pilna pusiausvyra = mirtis

LĄSTELĖS HOMEOSTAZĖ

Sugebėjimas kintančioje aplinkoje išlikti stabilia vadinamas homeostaze. Ląstelės savybė išlaikyti tam
tikrą vidinių parametrų pusiausvyrą, kad būtų užtikrinti fiziologiniai procesai (pvz.: pH). Stabilumu
(homeostaze) pasižymi ląstelės, jų struktūros. Ląstelių membrana (plazmalema) palaiko ląstelių
stabilumą dėl H+, Na+ bei Ca+ jonų pertekliaus pašalinimo iš ląstelės. Tonoplastas lemia jonų
judėjimą iš vakuolės į citoplazmą. Atsarginės medžiagos patenka iš vakuolės, o į jas juda organinių
junginių perteklius iš protoplazmos.

Randy Wayne

Life consists of the ability to move and generate electricity; to take up nutrients and expel wastes;
to perform chemical syntheses of organic molecules at ambient temperatures and pressures, and
therefore grow; to reproduce itself with near perfect fidelity; and to sense and respond to changes
in the external environment in order to maintain itself. The cell is the lowest level of organization
that has the ability to perform all these processes and thus is the basic unit of life

Tolesnės temos: Membranų biofizika. Medžiagų pernaša per membranas. Judėjimas ląstelėse ir
ląstelių judėjimas. Citoskeletas. Bioelektrogenezė. Energetijos virsmai ir darbas ląstelėje.
Informacijos valdymas ląstelėje.