Docking

No Ligan Reseptor Binding energy
(kcal/mol) (HEX)
1 Thymoquinone (TQ) SARS-CoV-2 S -81.6
2 p-Cymene Omicron Spike -77.3
3 Dithymoquinone (nigellone) (DTQ) B.1.1.529 -142.9
4 Thymohydroquinone (THQ) -79.4
5 Thymol (THY) -80.3
6 Kontrol ligan: Bisoxatin -128.7
7 Thymoquinone (TQ) ACE-2 -179.8
8 p-Cymene -159.3
9 Dithymoquinone (nigellone) (DTQ) -238.7
10 Thymohydroquinone (THQ) -168.4
11 Thymol (THY) -174.3
12 Kontrol ligan: Bisoxatin -266.1
13 SARS-CoV-2 S Omicron Spike ACE-2
14 SARS-CoV-2 S Omicron Spike + Bisoxatin ACE-2
15 SARS-CoV-2 S Omicron Spike + TQ ACE-2
16 SARS-CoV-2 S Omicron Spike + DTQ ACE-2
17 SARS-CoV-2 S Omicron Spike + THQ ACE-2
18 SARS-CoV-2 S Omicron Spike + THY ACE-2
19 SARS-CoV-2 S Omicron Spike + p-Cymene ACE-2
ACE2 +
Bisoxatin
ACE2 +
TQ
ACE2 + p-
Cymene
ACE2 +
DTQ
ACE2 +
THQ
ACE2 +
THY
Interaction Point Interactions Distance Type Category Binding energy

(Å) (kcal/
mol)
A:LYS441:HZ1 2.70 Conventional
Hydrogen Bond
- :LIG1:O Hydrogen Bond
A:LYS441:NZ - :LIG1 3.48 Pi-Cation Electrostatic
A:THR276:HG1 3.05 Pi-Donor
ACE-2 + Hydrophobic
- :LIG1 Hydrogen Bond -266.1
Bisoxatin
A:LEU370:CD1 3.91
Pi-Sigma Hydrophobic
- :LIG1
A:PHE274 - :LIG1 4.87 Pi-Pi T-shaped Hydrophobic
:LIG1 - A:LYS441 4.97 Pi-Alkyl Hydrophobic
ACE-2+ TQ A:SER47:HG 1.69 Conventional
Hydrogen Bond
- :LIG1:O Hydrogen Bond
A:TRP349 - :LIG1 4.78 Pi-Pi Stacked Hydrophobic
A:TRP349 - :LIG1 3.56 Pi-Pi Stacked Hydrophobic
:LIG1:C - A:LEU351 4.37 Alkyl Hydrophobic -179.8
A:PHE40 - :LIG1:C 4.70 Pi-Alkyl Hydrophobic
A:TRP349 - :LIG1:C 4.93 Pi-Alkyl Hydrophobic
ACE-2 + p- A:HIS345 - :LIG1 4.20 Pi-Pi Stacked Hydrophobic
Cymene A:HIS345- :LIG1:C 3.74 Pi-Alkyl Hydrophobic
A:PHE504- :LIG1:C 4.74 Pi-Alkyl Hydrophobic
A:PHE504- :LIG1:C 4.95 Pi-Alkyl Hydrophobic -159.3
A:HIS505- :LIG1:C 3.92 Pi-Alkyl Hydrophobic
A:HIS505- :LIG1:C 5.07 Pi-Alkyl Hydrophobic
A:TYR510- :LIG1:C 3.22 Pi-Alkyl Hydrophobic
ACE-2 + A:ASP206:HN 2.47 Conventional
Hydrogen Bond
DTQ - :LIG1:O Hydrogen Bond
A:TYR202 - :LIG1:C 4.31 Pi-Alkyl Hydrophobic
-238.7
ACE2+ : A:HIS345 - :LIG1 4.15 Pi-Pi Stacked Hydrophobic
THQ A:HIS345 - :LIG1:C 3.96 Pi-Alkyl Hydrophobic
-168.4
A:HIS505 - :LIG1:C 4.29 Pi-Alkyl Hydrophobic
ACE2+ A:PHE390 - :LIG1 4.50 Pi-Pi Stacked Hydrophobic
THY A:PHE40 - :LIG1 4.71 Pi-Pi T-shaped Hydrophobic
:LIG1:C - A:ARG393 4.10 Alkyl Hydrophobic
A:PHE40 - :LIG1:C 5.35 Pi-Alkyl Hydrophobic -174.3
:LIG1 - A:ARG393 5.05 Pi-Alkyl Hydrophobic
SARS-CoV-2
Omicron
Spike +
Bisoxatin
SARS-CoV-2
Omicron
Spike + TQ
SARS-CoV-2
S Omicron
Spike + p-
Cymene
SARS-CoV-2
S Omicron
Spike + DTQ
SARS-CoV-2
S Omicron
Spike + THQ
SARS-CoV-2
S Omicron
Spike + THY
(Å) (kcal/
mol)
SARS-CoV-2 :LIG1:H - C:LEU24:O 1.86 Conventional Hydrogen Bond -128.7
Omicron Hydrogen Bond
Spike + C:PHE77 - :LIG1 4.09 Pi-Pi Stacked Hydrophobic
Bisoxatin C:PHE77 - :LIG1 4.79 Pi-Pi T-shaped Hydrophobic
:LIG1 - C:LEU24 5.06 Pi-Alkyl Hydrophobic
:LIG1 - C:PRO80 5.09 Pi-Alkyl Hydrophobic
SARS-CoV-2 C:ALA955 - :LIG1:C 3.71 Alkyl Hydrophobic -81.6
Omicron C:ALA955 - :LIG1:C 3.69 Alkyl Hydrogen Bond
Spike + TQ C:TYR1004 - :LIG1:C 4.92 Pi-Alkyl Hydrophobic
SARS-CoV-2 C:PHE65 - :LIG1 4.53 Pi-Pi Stacked Hydrophobic -77.3
Omicron :LIG1:C - C:LEU24 4.88 Alkyl Hydrophobic
Spike + p- :LIG1:C - C:PRO26 4.33 Alkyl Hydrophobic
Cymene :LIG1:C - C:PRO80 4.82 Alkyl Hydrophobic
:LIG1:C - C:PRO80 4.46 Alkyl Hydrophobic
C:PHE65 - :LIG1:C 4.84 Pi-Alkyl Hydrophobic
SARS-CoV-2 C:ARG352:NH2 -:LIG1:O 3.04 Conventional Hydrogen Bond -142.9
Spike + DTQ C:ARG463:NE - :LIG1:O 3.12 Conventional Hydrogen Bond
Hydrogen Bond
C:ARG463:NH2 - :LIG1:O 2.80 Conventional Hydrogen Bond
Hydrogen Bond
:LIG1:C - C:TRP350 3.69 Pi-Sigma Hydrophobic
:LIG1:C - C:LYS421 4.23 Alkyl Hydrophobic
C:TRP350 - :LIG1:C 4.16 Pi-Alkyl Hydrophobic
C:TYR393 - :LIG1:C 4.28 Pi-Alkyl Hydrophobic
SARS-CoV-2 C:SER727:OG - :LIG1:O 2.91 Conventional Hydrogen Bond -79.4
Spike + THQ :LIG1:H - C:ASP864:OD1 2.13 Conventional Hydrogen Bond
Hydrogen Bond
C:PRO1054:CA -:LIG1:O 3.70 Carbon Hydrogen Hydrogen Bond
Bond
C:HIS1055:N - :LIG1 4.12 Pi-Donor Hydrogen Hydrogen Bond
Bond
C:HIS1055 - :LIG1 4.74 Pi-Pi T-shaped Hydrophobic
:LIG1:C - C:VAL726 4.26 Alkyl Hydrophobic
C:HIS1055 - :LIG1:C 4.42 Pi-Alkyl Hydrophobic
:LIG1 - C:ILE867 5.38 Pi-Alkyl Hydrophobic
Spike + THY :LIG1:H - C:ASP864:OD1 2.13 Conventional Hydrogen Bond
Hydrogen Bond
C:PRO1054:CA - :LIG1:O 3.69 Carbon Hydrogen Hydrogen Bond
Bond
Bond
(Å) (kcal/
mol)
SARS-CoV-2 :LIG1:H - C:LEU24:O 1.86 Conventional Hydrogen Bond -128.7
Spike + C:PHE77 - :LIG1 4.09 Pi-Pi Stacked Hydrophobic
Bisoxatin C:PHE77 - :LIG1 4.79 Pi-Pi T-shaped Hydrophobic
SARS-CoV-2 C:ALA955 - :LIG1:C 3.71 Alkyl Hydrophobic -81.6
Omicron C:ALA955 - :LIG1:C 3.69 Alkyl Hydrogen Bond
Spike + TQ C:TYR1004 - :LIG1:C 4.92 Pi-Alkyl Hydrophobic
SARS-CoV-2 C:PHE65 - :LIG1 4.53 Pi-Pi Stacked Hydrophobic -77.3
Omicron :LIG1:C - C:LEU24 4.88 Alkyl Hydrophobic
Spike + p- :LIG1:C - C:PRO26 4.33 Alkyl Hydrophobic
Cymene :LIG1:C - C:PRO80 4.82 Alkyl Hydrophobic
SARS-CoV-2 C:ARG352:NH2 -:LIG1:O 3.04 Conventional Hydrogen Bond -142.9
Spike + DTQ C:ARG463:NE - :LIG1:O 3.12 Conventional Hydrogen Bond
Hydrogen Bond
C:ARG463:NH2 - :LIG1:O 2.80 Conventional Hydrogen Bond
Hydrogen Bond
:LIG1:C - C:TRP350 3.69 Pi-Sigma Hydrophobic
:LIG1:C - C:LYS421 4.23 Alkyl Hydrophobic
C:TRP350 - :LIG1:C 4.16 Pi-Alkyl Hydrophobic
C:TYR393 - :LIG1:C 4.28 Pi-Alkyl Hydrophobic
Spike + THQ :LIG1:H - C:ASP864:OD1 2.13 Conventional Hydrogen Bond
Hydrogen Bond
C:PRO1054:CA -:LIG1:O 3.70 Carbon Hydrogen Hydrogen Bond
Bond
Bond
Spike + THY :LIG1:H - C:ASP864:OD1 2.13 Conventional Hydrogen Bond
Hydrogen Bond
Minyak (essential oil) biji jintan hitam (N. sativa) tersusun atas kandungan senyawa bioaktif yang bersifat volatile,
seperti senyawa fenol berupa thymoquinone (TQ) dan monoterpene berupa p-cymene, thymol (THY), dithymoquinone
(DTQ), dan thymohydroquinone (THQ) (Amin dkk., 2016; Kamal dkk., 2010). Berdasarkan hasil analisis chromatography-
mass spectrometry (GC-MS), komponen utama dari essential oil N. sativa adalah thymoquinone (TQ) sebesar 37.6% yang
diikuti oleh p-cymene dan thymohydroquinone (THQ) dengan persentase 31.2% dan 3.4% secara berurutan (Singh dkk.,
2014). Komposisi ini tentunya bervariasi karena dipengaruhi oleh berbagai faktor, seperti wilayah geografis, metode dan
lokasi budidaya, serta usia panen biji (Pinto dkk., 2021).
thymohydroquinone (THQ) a revealed that thymoquinone binds to residues ILE291 and PHE438 of ACE2
Simulasi in silico menunjukkan bahwa kelima senyawa pada essential oil black cumin menunjukkan kemampuan binding
dengan ACE-2 (Angiotensin-Converting Enzyme 2) maupun protein spike virus SARS-CoV-2 S varian Omicron
(B.1.1.529). Interaksi ini terjadi melalui ikatan hidrofobik dan ikatan hidrogen dengan dominasi ikatan hidrogen pada
interaksi antara senyawa bioaktif essential oil black cumin dengan ACE-2 maupun spike SARS-CoV-2 varian Omicron.
Hal ini mengindikasikan terbentuknya ikatan kuat dengan kedua protein ini sehingga memungkinkan terjadinya konformasi
yang stabil oleh binding senyawa bioaktif essential oil black cumin.
Binding energi terendah dimiliki oleh senyawa dithymoquinone (DTQ) sebesar -238.7 dan -142.9 kcal/mol terhadap ACE-2
dan protein spike virus SARS-CoV-2 varian Omicron secara berurutan. Rendahnya binding energy ini merepresentasikan
terbentuknya ikatan yang lebih kuat. Hal serupa juga ditemukan pada bisoxatin – repurposed drug yang menghambat viral
entry. Interaksinya dengan ACE-2 dan protein spike virus SARS-CoV-2 varian Omicron menunjukkan binding energy
sebesar -266.1 dan -128.7 kcal/mol secara berurutan. Drug ini memiliki afinitas yang lebih tinggi terhadap protein ACE-2
sehingga menjadi inhibitor bagi binding protein spike virus SARS-CoV-2. Dithymoquinone (DTQ) sendiri memiliki
afinitas yang lebih rendah terhadap ACE2 jika dibandingkan dengan bisoxatin, namun afinitas DTQ lebih tinggi terhadap
protein spike virus SARS-CoV-2 varian Omicron. Dalam interaksi ini, kedua senyawa ini sama-sama terbentuk
unfavorable bond yang terjadi pada interaksi dengan ACE-2 serta bisoxatin. Adanya fenomena ini dapat menganggu
kestabilan obat.
Simulasi interaksi protein spike virus SARS-CoV-2 varian Omicron dengan RBD menunjukkan bahwa ….
Bisoxatin sendiri merupakan Bisoxantin is a compound that binds to the RBD domain in the RBD-ACE2 interaction
significantly so that ACE2 binds to the Covid-19 virus spike protein (Unni et al., 2020).
This bisoxatin will attach to the RBD domain of the receptor-binding domain during the interaction between RBD and
ACE2. This causes the spike protein to be unable to attach to ACE2 and binding does not occur (Zain et al., 2021).
Keempat senyawa jinten yang lain, seperti p-cymene, thymol (THY), dithymoquinone (DTQ), dan thymohydroquinone
(THQ) memiliki nilai binding energy yang lebih besar dengan ACE-2 dibandingkan dengan protein spike SARS-CoV-2
varian Omicron. Hal ini juga ditunjukkan pada interaksi ….
Mekanisme ini diprediksi merupakan inhibisi yang dilakukan oleh senyawa-senyawa biokatif pada essential oil black
cumin. Kelima senyawa ini ini memiliki afinitas yang lebih tinggi terhadap protein ACE-2 sehingga menjadi inhibitor bagi
binding protein spike virus SARS-CoV-2.
Pemblokiran viral entry merupakan salah satu strategi untuk mencegah infeksi akibat virus SARS-Cov-2. Hal ini penting
sebab hilangnya fuksi aktivitas ACE2 dapat menyebabkan proteksi bagi integritas sel-sel epitel maupun endotel, terutama
di organ-organ yang kaya akan pembuluh kapiler, seperti paru-paru, ginjal, saluran gastrointestinal, dan otak. ACE-2 yang
non-fungsional menyebabkan terjadinya inhibisi produksi Ang (angiotensin) 1-9 dan Ang1-7 Kurangnya Ang1-7 aktivitas
reseptor MAS/G menjadi berkurang akibat minimnya Ang1-7 sehingga menyebabkan hilangnya fungsi ACE-2 sebagia
protector integritas sel-sel. Selain itu, ketidakseimbangan metabolisme dapat terjadi akibat upregulasi Ang II yang
menyebabkan vasokonstriksi, trombofilia, mikrothrombosis, cedera epitel alveolar, hingga kegagalan pernapasan (Samavati
& Uhal, 2020).
Pengembangan lebih lanjut dapat dikembangkan melalui studi in vitro untuk melakukan uji sitotoksisitas terhadap binding
senyawa senyawa-senyawa bioaktif pada essential oil N. sativa dengan protein reseptor ACE-2 serta melakukan kajian
cellular pathway terkait pengaruh senyawa-senyawa bioaktif essential oil N. sativa terhadap fungsi proteksi lung injury oleh
protein ACE-2.
Amin B, Hosseinzadeh H. Black Cumin (Nigella sativa) and Its Active Constituent, Thymoquinone: An
Overview on the Analgesic and Anti-inflammatory Effects. Planta Med. 2016 Jan;82(1-2):8-16. doi:
10.1055/s-0035-1557838. Epub 2015 Sep 14. PMID: 26366755.
Pinto, T.; Aires, A.; Cosme, F.; Bacelar, E.; Morais, M.C.; Oliveira, I.; Ferreira-Cardoso, J.; Anjos, R.; Vilela, A.; Gonçalves,
B. Bioactive (Poly)phenols, Volatile Compounds from Vegetables, Medicinal and Aromatic Plants. Foods 2021, 10, 106.
https://doi.org/10.3390/foods10010106
Kamal A, Arif JM, Ahmad IZ. Potential of Nigella sativa L. seed during different phases of germination on
inhibition of bacterial growth. E3 J Biotech Pharm Res 2010; 1: 9–13
Singh S, Das SS, Singh G, Schuff C, de Lampasona MP, Catalan CA. Composition, in vitro antioxidant and
antimicrobial activities of essential oil and oleoresins obtained from black cumin seeds (Nigella sativa L.).
Biomed Res Int 2014; 2014: 10
Samavati, L., & Uhal, B. D. (2020). ACE2, Much More Than Just a Receptor for SARS-COV-2. Frontiers in cellular and
infection microbiology, 10, 317. https://doi.org/10.3389/fcimb.2020.00317
FARMAKOKINETIK
Aspek farmakokinetik dari senyawa bioaktif dalam essential oil N. sativa dievaluasi menggunakan Lipinski's
rule of five dan Veber's rules. Berdasarkan kedua aturan tersebut, kelima senyawa tidak menunjukkan adanya
pelanggaran sehingga kelima subtansi ini memiliki sifat druglike molecular (DLM). Absorpsi kelima senyawa
N. sativa ini optimal untuk bioavailabilitas oral karena memenuhi syarat kurang dari lima donor
hidrogen, massa molekuler kurang dari 500 Da, log P (koefisien partisi kelarutan oktana/air) kurang
dari 5, number of rotatable bonds kurang dari 10, serta jumlah atom N dan O kurang dari 10.
Tabel 1. Hasil analisis fisikokimia menggunakan Molinspiration
Lipinski's Rule of 5 Veber's
Rule
Lo Mole. Hydrog Hydrog No. of Total No. of

Name gP Wt. en en violati polar rotata
donor accepto ons surfa ble
r ce bonds
area
(Å2)
Thymoquinone 1.9 164. 0 2 0 34.1 1
0 20 4
p-Cymene 3.9 134. 0 0 0 0.00 1

0 22
Dithymoquinon 1.7 328. 0 4 0 68.2 2

e 0 41 8
Thymohydroqui 3.2 166. 2 2 0 40.4 1

none 6 22 6
Thymol 3.3 150. 1 1 0 20.2 1

4 22 3
Bisoxatin 2.6 333. 3 5 0 78.7 2

5 34 9
Lipinski's Rule of 5 Veber's Rule
Log Mole. Hydrogen Hydrogen No. of Total No. of

Name P Wt. donor acceptor violations polar rotatable
surface bonds
area
(Å2)
Thymoquinone 1.90 164.20 0 2 0 34.14 1
p-Cymene 3.90 134.22 0 0 0 0.00 1
Dithymoquinone 1.70 328.41 0 4 0 68.28 2
Thymohydroquinone 3.26 166.22 2 2 0 40.46 1
Thymol 3.34 150.22 1 1 0 20.23 1
Bisoxatin 2.65 333.34 3 5 0 78.79 2

P cymene
Dtq
Thq
Thy
Tq
bisoxatin
Tabel 1
Tabel 2
A B
C D
E F
A B
C D
E F

Docking

Uploaded by

Document Information

Original Description:

Original Title

Copyright

Available Formats

Share this document

Share or Embed Document

Sharing Options

Did you find this document useful?

Is this content inappropriate?

Copyright:

Available Formats

Docking

Uploaded by

Copyright:

Available Formats

No Ligan Reseptor Binding energy

Interaction Point Interactions Distance Type Category Binding energy

Lo Mole. Hydrog Hydrog No. of Total No. of

p-Cymene 3.9 134. 0 0 0 0.00 1

Dithymoquinon 1.7 328. 0 4 0 68.2 2

Thymohydroqui 3.2 166. 2 2 0 40.4 1

Thymol 3.3 150. 1 1 0 20.2 1

Bisoxatin 2.6 333. 3 5 0 78.7 2

Lipinski's Rule of 5 Veber's Rule

Log Mole. Hydrogen Hydrogen No. of Total No. of

Thymoquinone 1.90 164.20 0 2 0 34.14 1

p-Cymene 3.90 134.22 0 0 0 0.00 1

Dithymoquinone 1.70 328.41 0 4 0 68.28 2

Thymohydroquinone 3.26 166.22 2 2 0 40.46 1

Thymol 3.34 150.22 1 1 0 20.23 1

Bisoxatin 2.65 333.34 3 5 0 78.79 2

You might also like