PROTEİNLERİN YAPISI

Dr. Öğr. Üyesi Nihal ÇİFTÇİ

İAÜ Sağlık Bilimleri Fakültesi

Hemşirelik Bölümü
 AMİNO ASİTLER

. Aminoasitler, proteinlerin temel

yapıtaşıdır.
. Doğada 300 kadar farklı amino asit
bulunmaktadır.
. Amino asitlerin standart amino
asitler diye bilinen 20 tanesi,
karakteristik sayı ve diziliş sırasında
bir düz zincirde birbirlerine kovalent
olarak bağlanarak proteinleri
oluştururlar. (2)
Standart Amino Asitler
 Proteinlerde bulunan 20 standart amino asidin
hepsi de α-aminoasittir.
 α-karbon atomuna bağlı, bir karboksil grubu ve
bir amino grubuna sahiptir.

 Birbirinden, amino asitlerin sudaki

çözünürlüğünü etkileyen elektrik yükü,
büyüklük ve yapısal yönden farklı olan yan
zincirleri veya R gruplarıyla ayrılır.

 Proteinlerdeki bu 20 aminoasit, proteinler

sentezlendikten sonra modifiye olan bazı
aminoasit kalıntılarından ve canlı
organizmalarda bulunan, ancak proteinlerde
bulunmayan diğer pek çok amino asitten ayırt
etmek için bunlara standart amino asitler
denilmektedir. (1)
 . Fizyolojik pH’da, amino grubu proton
taşır ve pozitif yüklüdür; karboksil
grubundan ise proton ayrılmıştır ve
negatif yüklüdür.

. Pozitif ve negatif yükün her ikisini de

taşıyan bir aminoasit yapısına ikiz
iyon (zwitterion) denir.

. Bu yüklü kimyasal grupların su

molekülleriyle hidrojen bağları
yapabilmesi nedeniyle tüm bu
aminoasitler fizyolojik pH ‘ta suda
çözünürler.
Standart amino asitler, üç harfli kısaltmalar ve tek harfli sembollerle
gösterilirler:
Standart amino asitler, üç harfli kısaltmalar ve tek
harfli sembollerle gösterilirler
 Amino Asitlerin Sınıflandırılması

Amino asitler R gruplarına göre

sınıflandırılabilir:

 Nonpolar, alifatik R gruplu amino asitler

 Nonpolar, aromatik R gruplu amino asitler
 .
Polar, fakat yüksüz R gruplu amino asitler
 Negatif yüklü R gruplu amino asitler
 Pozitif yüklü R gruplu amino asitler
Nonpolar, alifatik R gruplu amino asitler
Nonpolar, aromatik R gruplu amino asitler
Polar, fakat yüksüz (nötr) R gruplu amino asitler

Sistein: 3D modeli
Negatif yüklü R gruplu amino asitler
Pozitif yüklü R gruplu amino asitler
Fenilalanin (Phe, F), metil grubuna fenil grubu
bağlanmış alanin yapısında amino asittir.

Tirozin (Tyr, Y), fenil grubuna hidroksil grubu

bağlanmış fenilalanin yapısında amino asittir.
Tirozin amino asidi hidrofobik (suyu
sevmeyen) olmakla birlikte içerdiği hidroksil
grubuyla hidrojen bağı oluşturabilir ve bazı
enzimlerin aktivitesinde tirozinin hidroksil
grubu önemli bir fonksiyonel grup olarak
etkili olur.

Triptofan (Trp, W), indol halkası içeren amino

asittir.

Lizin (Lys, K), alifatik zincirde ε-

pozisyonunda ikinci bir amino grubu içeren
amino asittir.
Asparajin (Asn, N),Aspartatın amididir.
Glutamin (Gln, Q), Glutamatın amididir.
Aspartat (Asp, D), β-pozisyonunda ikinci
bir karboksil grubu içeren amino
asittir.
Glutamat (Glu, E), γ- pozisyonunda ikinci
bir karboksil grubu içeren amino
asittir. (5)
 Aspartat ve glutamat, asidik amino
asitler olarak da bilinirler; ikinci
karboksil gruplarıyla pH 7’de net
negatif yüklü R gruplarına sahip amino
asitlerdir. Aspartat ve glutamat,
asparajin ve glutaminin ana
bileşikleridirler. (6)
Sistein (Cys, C)

 Polar özelliktedir, ancak

fizyolojik pH'da yüksüzdür.
 20 aminoasit arasında sadece
sistein yan zincirinde fonksiyonel
bir thiol grubu bulundurur.
 Thiol gruplarının okside olmasıyla
iki sistein arasında bağı
oluşturulabilir.
 Sistein kolaylıkla, kovalent bağlı
dimerik amino asit olan sistine
oksitlenir.
 Sistin iki sistein molekülünün veya
kalıntısının disülfit bağıyla
bağlanmış.
 Özellikle hücre dışında fazlaca
fiziksel ve kimyasal etki altında
kalan proteinlerin karmaşık
yapılarını korumaları, bu disülfit
köprüleri sayesinde olur.
α-Amino Asitlerdeki Stereoizomerizm
 Glisin hariç tüm amino asitlerde
α-karbonu, kendisine dört farklı grup
bağlanmış ve D veya L
konfigürasyonunda bulunabilen
asimetrik bir karbon atomudur.klinki
Bu iki form bir tür stereoizomer olup,
enantiyomerler olarak tanımlanır.

 Bu moleküller optikçe aktiftir; yani

düzlemsel polarize ışığı çevirirler. (2)

 Tarihsel olarak benzer şekilde l ve d

adlandırmaları levorotator (ışığı sola
çeviren) ve dekstrorotator (ışığı sağa
çeviren) olarak adlandırılırdı. (1)
Amino Asitlerin Titrasyon Eğrisi
Bir monoamino monokarboksilik
α-amino asit, tam olarak
protonlandığında bir diprotik
asittir; hem karboksil grubu
hem amino grubu proton
içermektedir; bu haliyle her iki
grup da proton vermek üzere
iyonize olabilir: (1)
Amino asitler, hem
karboksil grubu hem
amino grubunun proton
vermek üzere iyonlaşması
nedeniyle, karakteristik
titrasyon eğrileri
verirler.
İyonize olabilen bir yan
zincir içermeyen bir
amino asit titre edilirse
iki adet pKa değeri
gözlenir; birinci değer
(pKa1) α-karboksil
grubuna, ikinci değer
(pKa2) α-amino grubuna
aittir:
 Çözeltideki bir amino asit
molekülü üzerinde net yükün
sıfır olduğu pH değeri,
izoelektrik nokta (pI) olarak
adlandırılır; pI = (pKa1 +
pKa2)/2. pH değeri pI
değerinden itibaren de
artmaya devam ederse bu
defa amino grubundaki
proton ayrılır.

 İyonize olabilen R gruplu

amino asitlerin titrasyon
eğrileri daha komplekstir. (1)
 PEPTİTLER
. Peptitler, kuramsal olarak bir
amino asidin karboksilik asit
grubundan –OH, diğer amino
asidin amino grubundan H
ayrılmasıyla meydana gelen
poliamitlerdir. (3)

. Termodinamik olarak tepkime

oldukça uygundur ve karboksil
grubu kimyasal olarak
aktifleşip veya modifiye olup,
hidroksil grubunu kaybeder.

. İki amino asit molekülü peptit

bağı adı verilen bir amit
bağıyla kovalent bağlanabilir
ve sonuçta dipeptit oluşur. (1)
 . Üç amino asit, iki peptit bağıyla
bağlanırsa tripeptit, benzer şekilde
amino asitlerin bağlanmasıyla
tetrapeptitler ve pentapeptitler
meydana gelir.
. Bu şekilde az sayıda amino asidin
bağlanmasıyla oluşan yapıya
oligopeptit, çok sayıda amino asidin
bağlanmasıyla oluşan yapıya da
polipeptit adı verilir.
. Çoğu zaman ‘protein’ ve ‘polipeptit’
terimleri birbirinin yerine
kullanılmakla birlikte polipeptitler
genel olarak moleküler ağırlığı
10.000’ in altında olanlardır. (1)
 PROTEİNLER
 Proteinler, aminoasitlerin dehidrate (su
kaybetmiş) polimerleridir, her bir amino asit
kalıntısı yanındakine özel bir tip kovalent bağ
ile bağlanmaktadır.
 Burada kalıntı terimi; bir amino asidin
diğeriyle bağlanırken su kaybetmesini
yansıtır. Proteinler çok çeşitli yöntemlerle
yapısal aminoasitlerine yıkılabilir.
(hidrolizlenebilir.)
. Biyolojik olarak aktif peptitler ve
polipeptitler çok geniş bir büyüklük
sınırına sahiptir. Ticari olarak
sentezlenen Aspartam veya
NutraSweet olarak bilinen dipeptit
L-aspartil-L-fenilalanin metil esteri
buna örnek verilebilir.(7)
 Protein moleküllerinin yapısı ve konformasyonu
. Proteinler gibi büyük
makromoleküller için,
yapıyı tanımlamak ve
anlamak üzere bir çeşit
derecelendirilmeyle
düzenlenmiş çeşitli
komplekslik
düzeylerinden
yaklaşılmıştır.
. Başlıca dört protein yapı
düzeyi tanımlanmıştır.
Bunlar birincil (primer),
ikincil (sekonder),
üçüncül (tersiyer) ve
dördüncül (kuarterner)
yapılardır.
 Birincil (Primer) Yapı
. Kovalent bağlarla bağlanmış amino
asit kalıntılarının oluşturduğu
polipeptit zinciri birincil yapıdır.(1)
. Amino asitlerin polipeptit zinciri
üzerinde nitel ve nicel sıralanışlarını,
protein molekülünün bir veya daha
fazla sayıda polipeptit zincirinden
oluşup oluşmadığı hakkında bilgi veren
yapıdır. (5)
 İkincil (Sekonder) Yapı
. Amino asit kalıntıları kısmen kararlı
düzenlemelerle tekrarlayan yapısal
modeller oluşturur.

. İkinci yapılar α-heliks şeklinde olabilir.

α-heliks zayıf hidrojen bagı, bir peptit
bagındaki elektronegatif azot atomuna bağlı H
atomu ile bu peptit bagından sonraki dördüncü
amino asidin karbonil grubunun oksijen atomu
arsında oluşmaktadır.
Üçüncül (Tersiyer) Yapı
Polipeptidin tüm üç boyutlu
katlanmalarının dizisidir. (1)
Dördüncül (Kuarterner) Yapı
Bir protein iki veya daha çok sayıda
polipeptit altbirimi içerdiğinden
uzaysal düzeni dördüncül yapı olarak
tanımlanır. (1)
Proteinleri Ayırma ve Saflaştırma
 Bir proteinin özelliklerini, amino asit
birleşimini ve dizisini tanımlayabilmek
için önce saf olarak elde edilmesi
esastır.
 Hücreler binlerce farklı çeşit
protein içermektedir ve bunlardan
sadece bir tanesi nasıl saflaştırılır?
 Bir proteinin diğerinden farklı
özelliklerinin olması saflaştırma
yöntemleri için avantajdır.
 Örneğin, pek çok protein özgül olarak
başka biyomoleküllerle başlanır ve bu
bağlanma özellikleriyle proteinler
ayrıştırılabilir. (1)
 Protein kaynağı genellikle doku veya
mikrobiyal hücrelerdir.
 Protein saflaştırmadaki ilk basamak
bu hücreleri parçalamak ve ham özüt
adı verilen çözeltiye proteinlerin
geçmesini sağlamaktır.
 Gerekirse, althücre fraksiyonları
hazırlamak veya özgül organelleri
izole etmek için diferansiyal
santrifüjleme yapılabilir.
 Özüt veya organel bir kez elde
edildikten sonra, protein saflaştırıcı
bir veya birkaç yöntem
bulunmaktadır. (1)
Proteinleri Saflaştırma ve Ayırma Yöntemleri
Proteinleri, çözünürlüklerine göre ayırıp
saflaştırma yöntemleri

 Proteinler, çözünürlüklerine göre

ayırılıp saflaştırılabilirler.
 Sodyum sülfat veya amonyum sülfat
ile çöktürme yöntemleri, proteinlerin
ayrılmasında ve saflaştırılmasında
kullanılan en eski yöntemlerdir.
 38oC’de %22,2’lik Na2SO4 (doymuş
sodyum sülfat) çözeltisi, ve yarı
doymuş konsantrasyonda (NH4)2SO4
(amonyum sülfat) çözeltisi globülini
çöktürür; tam doymuş
konsantrasyonda (NH4)2SO4
(amonyum sülfat) çözeltisi albümini
çöktürür. (5)
 Tuzların protein çöktürücü etkisi,
protein moleküllerinin bağladığı suyu
çekmelerinden ileri gelir.

 Ayırma işlemi sırasında proteinlerin

denatüre olmaması için çöktürmeler
soğukta yapılmalıdır.

 Ayrıca çözeltinin pH değeri

değiştirilerek yöntem iyileştirilebilir;
proteinin izoelektrik noktasına eşit
pH’da çözünürlük en azdır. (1)
Proteinleri, elektrik yüklerine göre
ayırıp saflaştırma yöntemleri
Elektroforez, proteinleri, izoelektrik
noktalarından farklı bir pH değerine sahip
elektriksel bir alanda farklı göçme
hızlarına dayanarak ayırma yöntemidir.

Elektroforez işleminde proteinler, pH’ı

belli bir tampon çözelti içinde ve bir
taşıyıcı materyal üzerinde genellikle anoda
doğru göç ettirilirler. (1)

Farklı göçme hızlarına göre taşıyıcı

materyal üzerinde ayrılan proteinler,
boyanarak görünür hale getirilir ve elde
edilen elektroforegram, kantitatif olarak
değerlendirilir. (5)
 İyon değiştirici kolon kromatografisi, sabit faz
olarak pozitif yüklü dietilaminoetil grupları veya
negatif yüklü karboksimetil grupları ile donatılmış
sellüloz preparat içeren bir kolona, karşıt iyonlar
içeren hareketli faz içinde proteinler konur.

 Hareketli faza katılan proteinler, yük durumlarına

göre buradaki karşıt iyonlar ile değiştirilir ve
sabit faz tarafından kolonda tutulurlar.

 Daha sonra hareketli fazın pH’ı değiştirilerek

ayrılmak istenen proteinin izoelektrik noktasına
eşit yapılır.

 Bu durumda kolondaki proteinler dışarıdan yüksüz

gibi görünen formda olduklarından kolonun
altındaki musluğun açılmasıyla eluata geçerek
ayrılırlar.

 Eluattaki protein konsantrasyonu, UV-absorpsiyon

ölçümleri yardımıyla tayin edilir. (5)
Proteinleri, molekül büyüklüklerine
göre ayırıp saflaştırma
Afinite kromatografisi, proteinlerin çok
küçük molekülleri çok spesifik bir şekilde
bağlamaları özelliklerine dayanan ayırma
yöntemidir.
 Bu yöntemde bir substrat molekülü,
kimyasal bir reaksiyon vasıtasıyla
çoğunlukla agaroz gibi bir polisakkarit olan
bir taşıyıcı materyale bağlanır ve bir
kolona yerleştirilir.
Kolondan bir protein karışımı
geçirildiğinde substrat, karışımda bulunan
kendine spesifik proteini yakalar ve tutar;
diğer proteinler kolondan geçerler.
Daha sonra kolondan substrat
geçirilmesiyle protein kolondan sökülür ve
eluat içinde ayrılır. (1)
 PROTEİN YIKIMI
VE
AMİNO ASİT METABOLİZMASI
AMİNO ASİTLERİN METABOLİZMASI

Canlı organizmanın makromolekülleri,

katabolizmaları sonucunda
oluşturdukları son ürüne göre iki
gruba ayrılmaktadır:

1. Tamamen karbondioksit ve suya

dönüşenler (karbonhidrat ve
lipidler)
2. Azotlu son ürün oluşturanlar
(proteinler)

38
  Proteinlerin yapısındaki C ve H
atomlarından son ürün olarak H2O
ve CO2 oluşmaktadır.
 Ayrıca proteinlerde %16 oranında
bulunan azot, sadece proteinlere
özgü olan atılım ürünlerinin
(amonyak ve üre) oluşumuna yol
açmaktadır.
 Amonyak, enerji gerektiren bir
dizi tepkime ile toksik olmayan
üreye dönüştürülerek vücuttan
atılmaktadır.

39
 Protein metabolizması;

1.Proteinlerin hidrolizi
(sindirim,proteoliz)
2.Hidroliz sonrası açığa çıkan amino
asitlerin yıkılımı
başlıkları altında incelenebilir.

40
 1-BESİNSEL ROTEİNLERİN SİNDİRİMİ
Besinlerle alınan azotun çoğunluğu
protein şeklindedir.
Bir Amerikan diyetinde bu miktar
yaklaşık 70-100g’dır.
Proteinler absorbe edilemeyecek
kadar büyük oldukları için hidroliz
olarak absorbe olabilen amino
asitlere yıkılırlar.

41
 • Proteinlerin yıkımından sorumlu olan
proteolitik enzimler üç değişik
organ tarafından üretilirler:

Mide,
Pankreas
Ve ince bağırsaklar.

42
 A-PROTEİNLERİN MİDE SALGILARIYLA SİNDİRİMİ
Proteinlerin sindirimi midede başlar. Mide özsuyu hidroklorik asit
ve proenzim pepsinojen içerir.

1. Hidroklorik asit: HCl in fonksiyonu bazı bakterileri öldürmek ve

proteinleri denatüre ederek proteazlarla hidroliz olabilecek hale
getirmektir.

2. Pepsin: Aside dayanıklı bir endopeptidazdır. Midenin seröz

hücreleri tarafından inaktif zimojen, pepsinojen, olarak salgılanır.
Zimojenler genel olarak, katalitik olarak aktif olmalarını önleyen
farklı a.a.lere sahiptir. Bu a.a.lerin uzaklaştırılması ile enzim
aktif hale geçer. Pepsinojen HCl veya aktif olan diğer pepsin
moleküllerinin etkisiyle pepsin haline geçer. Pepsin besinsel
proteinlerden peptidleri ve az miktarda serbest amino asitleri
ayrıştırır.
43
B-PROTEİNLERİN PANKREATİK ENZİMLERLE SİNDİRİMİ

İnce barsakların girişinde, midede pepsin aktivitesiyle oluşan

büyük polipeptidler bir grup pankreatik proteazın etkisiyle
oligopeptid ve amino-asit haline dönüşürler.

Pankreatik zimojenlerin salınımı ve aktivasyonu sindirim kanalının

iki polipeptid hormonu olan kolesistokinin ve sekretin tarafından
düzenlenir.

Enteropeptidaz enzimi ince barsak yüzeyindeki fırçamsı kenarlı

membrana ait mukozal hücrelerde sentezlenip bulunur.

Bu enzim tripsinojeni tripsin haline dönüştürür. Tripsin daha sonra

diğer tripsinojen moleküllerine dönüştürür. Tripsin tüm
proteolitik zimojenlerin ortak aktivatörüdür.

44
 C- İNCE BARSAK ENZİMLERİ TARAFINDAN OLİGOPEPTİDLERİN
SİNDİRİMİ

Bağırsakların lüminal yüzeyi

aminopeptidaz içerir.

Bu ekzopeptidaz oligopeptidlerin
aminoterminal birimlerini tekrar
tekrar parçalayarak serbest
aminoasitler ve küçük peptidler
oluşturur.

45
Amino asitler ve dipeptidlerin emilimi
Serbest a.a’ler ve dipeptidler barsak
epitel hücrelerinden emilir.
Dipeptidler portal sisteme girmeden
önce sitozolde a.a’lere hidrolize
olur.
Bu a.a’lerin bir kısmı karaciğer
tarafında metabolize edilirken bir
kısmı genel dolaşıma salınır.
Amino asitlerin hücre içine taşınımı
Hücre dışı sıvıdaki serbest a.a
konsantrasyonu hücre içine göre
önemli oranda düşüktür.
Bu konsantrasyon gradienti aktif
transport sistemi ile sürekli korunur
ve böylece hücre dışından içine
a.a’lerin girişi sağlanır.
 Amino asitlerin α-ketoasitlere dönüşümü

Amino asitlerin α-ketositlere

çevrilmesi transaminasyon ve
deaminasyon ile gerçekleşmektedir.

48
 AZOTUN AMİNO ASİTLERDEN UZAKLAŞTIRILMASI
Amino asit yıkılımının ilk aşamasında α-
amino gruplarının transaminasyon ve
oksidatif deaminasyon ile uzaklaştırılarak
amonyak ve daha sonra α-ketoasitleri
oluşturur.

Oluşan amonyağın büyük bir kısmı idrarla

doğrudan atılırken büyük bir kısmıda azotun
vücuttan uzaklaştırılması için kullanılan en
önemli mekanizma olan üre döngüsüne girer.

Aminoasit yıkımının ikinci aşamasıda

α-ketoasitlerin karbon iskeletleri enerji
üreten metabolik yolların önemli bazı ara
ürünlerine çevrilir.
49
 Transaminasyon
Amino asitlerin en büyük kısmının amino
grupları, en sonunda transaminasyon
sonucu -ketoglutarata taşınır ve
glutamat oluşur.

50
  Bu tepkimeyi koenzimi pridoksal
fosfat olan aminotransferazlar
katalizlemektedir.

 Aminotransferazlar özgün amino

grubu vericisine göre adlandırılırlar.
Çünkü amino grubu alıcısı her zaman
α-ketoglutarattır.

 Transaminasyon ile çeşitli amino

asitlerin amino grupları kullanılarak
L-glutamat sentez edilmektedir.

51
  Karaciğer ve kas başta olmak
üzere bütün dokularda yaygın
olarak bulunan aminotransferazlar,
hücrenin mitokondri ve sitozol
fraksiyonlarında yer almaktadır.

 En önemli iki aminotransferaz

reaksiyonu alanin aminotransferaz
ve aspartat aminotransferaz
tarafından katalizlenmektedir.
52
 A- Alanin aminotransferaz (ALT):
 Glutamat-pirüvat transaminaz da denilir.
 Bu enzim alaninin amino grubunu α-
ketoglutarata aktarır ve sonuçta pirüvat ve
glutamat oluşur.
 Glutamat, alaninden azot toplayıcısı gibi
çalışır.
B- Aspartat aminotransferaz (AST):
 Glutamat-okzaloasetat transaminaz da denir.
 Bu enzimin katalizlediği reaksiyon diğer
aminotransferazlardan farklı olarak, glutamat
oluşumu yönünde değil, aspartat oluşumu
yönünde işler.
 Enzim amino gruplarını glutamattan
okzaloasetata transfer eder ve oluşan
aspartat bir azot kaynağı olarak üre
döngüsüne girer.

53
  Aminotransferazlar normalde hücre içi
enzimlerdir.

 Plazmadaki yüksek aminotransferaz

düzeyleri bu enzimlerden zengin hücre
hasarını gösterir.

 AST enziminin mitokondriyal, ALT

enziminin sitozolik kaynaklı doku hasarlarını
serumda yansıttığı kabul edilmektedir.

54
 Deaminasyon
 Bir amino asidin, amino grubunun
amonyak halinde ayrılması
sonucunda α-ketoaside dönüşmesi
deaminasyon olarak tanımlanır.

 Deaminasyon tepkimeleri başlıca

karaciğer ve böbrekte bulunan
çeşitli enzim ve koenzimler görev
almaktadır.

55
 Sitozolde oluşan glutamat, sitozolden
mitokondriye taşınır.

 Glutamat, mitokondride glutamat dehidrojenaz

tarafından katalizlenen oksidatif deaminasyona
uğrar ve böylece amonyak serbestleşir.

56
  Karaciğer ve diğer organlarda oluşan

amonyağa ek olarak bağırsak bakterileri

tarafından salgılanan bakteriyel deaminaz

ve bakteriyel üreaz etkisiyle diyetteki

proteinlerden ve gastrointestinal kanal

içine salgılanan sıvılar içinde bulunan

üreden, oldukça büyük miktarda amonyak

oluşturulur.

57
  Amonyak, hayvansal dokular için
oldukça toksiktir.

 Hayvanların çoğunda amonyak,

ekstrahepatik dokulardan kana ve
oradan da karaciğer ve böbreklere
gönderilmeden önce nontoksik
bileşik haline dönüştürülür.

58
  Amonyağın organlar
arasında taşınması işinde
glutamin önemli rol
oynar.

 Beyin dahil birçok dokuda

amonyak, glutamin
sentetaz etkisiyle
glutamat ile kombine
olarak glutamin
oluşturur.
59
  Amonyak, böbreklerde H+ iyonları
ile birlikte atılır.

 Bu da asit-baz dengesinin
sağlanması için önemlidir.

60
  Amonyak, karaciğerde üre döngüsüne
girer ve üreye dönüştürülür.

61
 Üre Döngüsü
 Üre amino asitlerden elde edilen amino gruplarının esas atılış
şeklidir ve idrarın azot içeren bileşenlerinin %90 ını oluşturur.

 Üre molekülünün içerdiği azotlardan birisi serbest amonayktan

diğeri aspartattan elde edilir.

 Glutamat amonyak ve aspartat amino asidinin prekürsörüdür.

 Amonyak azotunu glutamat dehidrogenazın katalizlediği

oksidatif deaminasyon, aspartat azotunu aspartat
aminotransferazın katalizlediği okzaloasetatın transaminasyonu
reaksiyonundan elde eder.
62
  Üre döngüsü, hepatositlerin
mitokondrilerinin iç kısmında
başlar.

63
 Döngünün reaksiyonları

 Üre sentezinin ilk iki reaksiyonu

mitokondride gerçekleşir.

 Döngünün diğer enzimleri

sitozoldedir.

64
 1. Karbamoil fosfat oluşumu:

 Karbamoil fosfat sentaz-I ’in kataliziyle

Karbamoil fosfat oluşumu iki molekül ATP
harcanarak gerçekleşir.

 Karbamoil fosfata katılan amonyak glutamatın

oksidatif deaminasyonu ile elde edilir. Bu
amonyaktan elde edilen azot daha sonra üre
molekülünün azotlarından birini oluşturur.

 Karbamoil fosfat sentaz-I ’in aktivitesi için

N-asetilglutamata ihtiyaç vardır.

65
 2. Sitrüllin oluşumu

 Ornitin ve sitrülin üre döngüsüne katılan

esas amino asitlerdir.

 Ornitin üre döngüsü reaksiyonlarında her

seferinde tekrar rejenere olur.

 Reaksiyon sonucu oluşan sitrüllin daha

sonra sitozole geçer.

66
 3. Argininosüksinat sentezi:

 Sitrüllin aspartatla birleşerek

argininosüksinatı oluşturur.

 Aspartatın α-amino grubu üre molekülünün

ikinci azot atomunu sağlar. Bir molekül
ATP harcanır.

 Üre oluşumunda üçüncü ve son ATP

molekülüde harcanmış olur.

67
 4. Argininosüksinatın parçalanması:

 Argininosüksinat parçalanarak arginin ve

fumarata dönüşür. Bu reaksiyon sonucu
oluşan arginin ürenin prekürsörüdür.

 Fumarat, malata dönüşerek mitekondriye

girer ve TCA döngüsüne katılır.

 Veya malat oksaloasetata okside olarak

aspartat veya glukoza dönüşebilir.

68
 5. Argininin ornitin ve üreye parçalanması

 Arginaz arginini ornitin ve üreye parçalar.

 Arginaz yalnızca karaciğerde sentezlenir.

 Bu nedenle diğer dokularda arginin sentez

edebilmelerine karşılık yalnızca karaciğer

arginini parçalayarak üre sentezleyebilir.

69
  Oluşan üre karaciğerden kana geçerek

böbreklere taşınır ve süzülüp idrarla atılır.

 Karaciğerde sentezlenen ürenin bir kısmı

kandan barsaklara diffüze olur ve

bakteriyel üreazla CO2 ‘e ve NH3 ‘a

parçalanır.

 Kısmen de kana reabsorbe olur.

70
71
 NAGS: N-asetilglutamat sentaz
CPSI: Karbamoilfosfat sentaz I
OCT: Ornitin
karbamoiltransferaz
C-OT: Sitrülin-ornitin translokaz
AS: Arjininosüksinat sentaz
AL: Arjininosüksinat liyaz
A: Arjinaz
72
 •Karbamoil fosfat sentetaz I, asetil-

CoA ve glutamattan sentezlenen N-

asetil glutamat tarafından allosterik

olarak aktive edilir; arjinin de N-

asetilglutamat sentazı aktive ederek

N-asetil glutamat oluşumunu artırır.

73
 Üre döngüsü, fumarat vasıtasıyla sitrik asit
döngüsüne bağlanır.
Sitrik asit döngüsü
de aspartat-
arjininosüksinat
şantı vasıtasıyla
üre döngüsüne
bağlanır.

74
  Üredeki iki azotun biri glutamat veya
glutaminden, karbamoil fosfat üzerinden;
diğeri ise glutamattan, transaminasyonla
oksaloasetata aktarılma suretiyle oluşan
aspartat üzerinden yapıya girmektedir.

 Ürenin karaciğerde sentezlenmesinin nedeni,

üre döngüsünde görevli enzimlerin özellikle
arjinazın başlıca karaciğerde bulunmasıdır.

 Böbrek, beyin, meme, testis ve deride de az

miktarda arjinaz bulunur.

75
  Üre döngüsü vasıtasıyla azot
akımı, diyetin bileşimi ile değişir.

 Diyet başlıca protein ise yakıt için

amino asitler kullanılır ve amino
gruplarından fazla miktarda üre
oluşur.

 Şiddetli açlık sırasında da kas

proteinin yıkılması metabolik
yakıtın çoğunu karşılar ve üre
oluşumu artar.
76
 Amino asitlerin karbon iskeletinin durumu

 Amino asitlerden amino grubu

transaminasyon veya

deaminasyon olayları sonucunda

ayrıldıktan sonra oluşan α-

ketoasitler, amino asitlerin

karbon iskeletidirler.

77
  Amino asitlerin karbon

iskeletinden, pirüvat,

sitrik asit döngüsünün ara

maddeleri veya asetil-KoA

meydana gelir.

78
  Pirüvat ve sitrik asit döngüsünün

ara maddeleri glikoneogenez

yolunda glukoza dönüşebilirler.

 Karbon iskeleti pirüvat ve sitrik

asit döngüsünün ara maddelerini

oluşturan amino asitlere

glikoplastik veya glikojenik amino

asitler adı verilir.

79
80
  Asetil-KoA ve asetoasetat

üzerinden yağa dönüşebilen

amino asitlere ketoplastik

veya ketojenik amino asitler

denir.

81
82
83
  İzolösin, lizin, fenilalanin,

tirozin ve triptofanın yer aldığı

bir grup amino asit,

glikoketojeniktir (hem

glikojenik hem ketojenik).

84
 3 karbonlu pirüvat veren amino asitler

85
86
 5 karbonlu α-ketoglutarat veren amino
asitler

87
 Süksinil-KoA veren amino asitler

88
89
  Amino asitlerin karbon iskeletlerinin durumu,
amino asidin yıkıma uğradığı dokunun ve bireyin
fizyolojik durumuna göre değişkenlik gösterir.

 Açlıkta, karaciğerde amino asitlerin karbon

iskeletleri, şeker, keton cisimleri ve CO2
oluşturur;

 toklukta ise karaciğer, amino asit

metabolizmasındaki ara maddeleri, glikojen ve
trigliseridlere dönüştürür.

90
TEŞEKKÜRLER