AMNO ASTLER VE PEPTTLER

Amino asit tanm Amino asitler, yaplarnda hem amino grubu (NH2) hem de karboksil grubu (COOH) ieren bileiklerdir. Doada 300 kadar farkl amino asit bulunmaktadr. Amino asitlerin standart amino asitler diye bilinen 20 tanesi, karakteristik say ve dizili srasnda bir dz zincirde birbirlerine kovalent olarak balanarak proteinleri olutururlar. Standart amino asitler, DNA tarafndan kodlanan ve proteinleri oluturan birimlerdir. Bir standart amino asit polipeptit zinciri yapsna girdikten sonra bir modifikasyona urarsa Nonstandart amino asitler diye bilinen baz amino asitler oluabilir. rnein prolin, kollajen ierisinde hidroksiproline okside olur. Birok enzim aktivitesi, serin, treonin ve tirozin birimlerinin fosforilasyonu ile dzenlenir. Glikoproteinlerde serin, treonin, asparajin amino asitlerine, galaktoz, glukoz, mannoz, dier ekerler veya oligosakkaritler balanmtr. Tirogloblin yapsndaki tirozin, tiroit hormonlarna (T3 ve T4) dntrlr. Proteinlerin yapsnda bulunmayan fakat hcrede ok deiik biyolojik fonksiyonlara sahip amino asitler de vardr. Standart amino asitler Standart amino asitler, ayn karbon atomuna balanm bir amino grubu ve bir karboksil grubu ierirler. Fizyolojik pHda, amino grubu proton tar ve pozitif ykldr; karboksil grubundan ise proton ayrlmtr ve negatif ykldr:

Standart amino asitlerde amino ve karboksil gruplarnn bal olduu karbon atomu -karbon atomu diye anlr. R grubu bir zincirde ek karbonlar ieriyorsa bu karbonlar , , , gibi harflerle belirtilirler. Standart amino asitler, harfli ksaltmalar ve tek harfli sembollerle gsterilirler: Amino asit Glisin Alanin Valin Lsin zolsin Prolin Fenilalanin Tirozin Triptofan Serin Ksaltma Gly Ala Val Leu Ile Pro Phe Tyr Trp Ser G A V L I P F Y W S Amino asit Treonin Sistein Metiyonin Asparajin Glutamin Aspartat Glutamat Lizin Arjinin Histidin Ksaltma Thr Cys Met Asn Gln Asp Glu Lys Arg His T C M N Q D E K R H

Amino asitlerin sembolleri, proteinlerdeki amino asitlerin kompozisyonunu ve srasn gstermek iin stenografi olarak kullanlr:

Standart amino asitlerin snflandrlmalar Standart amino asitler birbirlerinden yan zincirlerindeki yani R gruplarndaki yap, byklk, elektrik yk, amino asidin sudaki znrlne etkisi bakmndan farkldrlar. Baz amino asitler, fizyolojik pHda, amino grubundaki pozitif yke ve karboksil grubundaki negatif yke ek olarak yan zincirde de bir yk tamaktadrlar. Baz yan gruplar polar iken baz yan gruplar nonpolardr. Amino asitlerin fonksiyonlar ve protein yapsndaki rolleri, yan zincirlerinin kimyasal zellikleri ile balantldr. Standart amino asitler, R yan gruplarnn yapsal zelliklerine gre yedi snfa ayrlrlar:

Standart amino asitler, kimyasal zelliklerinin kolay anlalmas iin, R yan gruplarnn zellikle polarite veya biyolojik pHda su ile etkilemeye eilim zelliklerine gre de be snfa ayrlrlar:
2

Amino asit snf Nonpolar, alifatik R gruplu amino asitler

Snfn yesi amino asitler

Genellikle nonpolar, aromatik R gruplu amino asitler

Polar, fakat yksz R gruplu amino asitler

Negatif ykl R gruplu amino asitler

Pozitif ykl R gruplu amino asitler

Glisin (Gly, G), R grubu H olan amino asittir; amino asitlerin en basit yapls ve en az interaktif olandr. Glisin, proteinlere, bulunduu yerde, dier amino asitlerden daha fazla fleksibilite verir. Alanin (Ala, A), R grubu metil olan amino asittir. Valin (Val, V), Lsin (Leu, L), zolsin (Ile, I), dall yan zincirli amino asitlerdir. Bunlarn byk yan zincirleri, dierlerinden farkl ekilleriyle protein yaplar iinde hidrofobik etkileimi kolaylatrmada nemlidir. Prolin (Pro, P), yapsndaki amino grubu imino grubu (-NH) halinde ve bir halkal yap iinde olan amino asittir. Prolin, halkal yaps nedeniyle proteinin yapsal fleksibilitesini azaltr. Fenilalanin (Phe, F), metil grubuna fenil grubu balanm alanin yapsnda amino asittir. Tirozin (Tyr, Y), fenil grubuna hidroksil grubu balanm fenilalanin yapsnda amino asittir. Tirozin amino asidi hidrofobik (suyu sevmeyen) olmakla birlikte ierdii hidroksil grubuyla hidrojen ba oluturabilir ve baz enzimlerin aktivitesinde tirozinin hidroksil grubu nemli bir fonksiyonel grup olarak etkili olur. Triptofan (Trp, W), indol halkas ieren amino asittir. Fenilalanin, tirozin ve triptofan, aromatik yan zincirleriyle nisbi olarak nonpolardrlar; tirozin hidroksil grubu ve triptofan indol halkasnn azotu nedeniyle fenilalaninden anlaml olarak daha polardrlar. Fenilalanin, tirozin ve triptofandaki aromatik gruplar, farkl protein zincirleri arasnda gl hidrofobik etkileim gsterirler:

Tirozin ve triptofan, daha az derecede de fenilalanin, ultraviyole absorbe ederler.

Serin (Ser, S), metil grubuna hidroksil grubu balanm alanin yapsnda amino asittir. Treonin (Thr, T), serin gibi hidroksil grubu ieren amino asittir. Sistein (Cys, C), slfhidril (tiyol) grubu ieren amino asittir. Sistein, sistin diye adlandrlan bir kovalent balanm dimerik amino asit ekline okside olabilir; sistinde iki sistein molekl bir dislfit kprs vastasyla birbirine balanmtr:
4

Sistindeki gibi dislfit kprleri, birok proteinde meydana gelir ve proteinin yapsn stabilize ederler. Metiyonin (Met, M), kkrt ve ayn zamanda metil grubu ieren amino asittir. Asparajin (Asn, N), Aspartatn amididir. Glutamin (Gln, Q), Glutamatn amididir. Serin, treonin, sistein, metiyonin, asparajin ve glutaminin R gruplar, su ile hidrojen balar oluturan fonksiyonel gruplar ierdiinden suda nonpolar amino asitlerden daha fazla znrler. Serin ve treonindeki hidroksil gruplar, asparajin ve glutamindeki amid gruplar, bu amino asitlerin birbirleriyle, su ile veya proteine bal dier polar bileiklerle hidrojen ba oluturmalarn salar; hidrofilik (suyu seven) olan bu amino asitler, sulu zeltilerde, globler proteinlerin su ile etkileim gsterebildikleri yzeylerinde bulunurlar. Sistein ve metiyonin de polardrlar, her biri kkrt atomu ierir; ancak yer aldklar amino asit grubu iinde dier amino asitlere gre daha hidrofobik (suyu sevmeyen)dirler. Aspartat (Asp, D), -pozisyonunda ikinci bir karboksil grubu ieren amino asittir. Glutamat (Glu, E), - pozisyonunda ikinci bir karboksil grubu ieren amino asittir. Aspartat ve glutamat, asidik amino asitler olarak da bilinirler; ikinci karboksil gruplaryla pH 7de net negatif ykl R gruplarna sahip amino asitlerdir. Aspartat ve glutamat, asparajin ve glutaminin ana bileikleridirler. Lizin (Lys, K), alifatik zincirde -pozisyonunda ikinci bir amino grubu ieren amino asittir. Arjinin (Arg, R), pozitif olarak ykl guanidino grubu ieren amino asittir. Histidin (His, H), imidazol grubu ieren amino asittir. Lizin, arjinin ve histidinin yan zincirleri, ierdikleri azot atomlarnda protonlanarak pozitif ykle yklenebilir; bu amino asitler, bazik amino asitler olarak da bilinirler. Histidindeki imidazol grubunun yk, pH deerlerindeki kk deiiklikler veya lokal evre ile deiebilir:

Standart amino asitlerin zellikleri 1) Glisinden (Gly, G) baka btn standart amino asitlerde -karbon atomu asimetriktir; karbon atomuna bir amino grubu (NH2), bir karboksil grubu (COOH), bir R grubu ve bir H atomu olmak zere drt farkl grup balanmtr; standart amino asitlerin -karbon atomu, asimetrik merkez olarak tanmlanr. Asimetrik -karbon atomu ieren standart amino asitler optike aktif iki stereoizomere veya enantiyomere sahiptirler.

Amino asitlerin stereoizomerlerinin snflandrlmas ve isimlendirilmesi, asimetrik olan karbon atomuna ekli drt yapnn mutlak konfigrasyonuna dayanr. Bunun iin, bir trioz olan gliseraldehit referans alnr; amino asidin amino grubu (NH2) ile gliseraldehidin hidroksil grubu (OH) ayn tarafta ise, amino asit ile gliseraldehit ayn seridendirler:

Protein molekllerindeki amino asitler, L-stereoizomerlerdir; D-amino asitler, yalnzca bakteriyel hcre duvarlarnn kk peptitlerinde ve baz peptit antibiyotiklerde bulunurlar. 2) Bir tek amino grubuna ve bir tek karboksil grubuna sahip standart amino asitler, ntral sulu zeltilerden zwitterion olarak bilinen, tam olarak iyonlam ekillerde kristalize edilebilirler.

Bir standart amino asit, kendisi iin karakteristik olan izoelektrik nokta deerine eit pH ortamnda net elektrik yk tamaz; bu nedenle bir elektrik alannda hareketsiz kalr. zeltideki bir amino asit molekl zerinde net ykn sfr olduu pH deeri, izoelektrik nokta (pI) olarak adlandrlr. Bir standart amino asit, hem proton donr (asit) hem proton akseptr (baz) olarak davranabilir. Hem proton donr (asit) hem proton akseptr (baz) olarak davranan maddelere amfoterik maddeler, amfolitler, amfoterik elektrolitler denir. Standart amino asitler, amfoterik maddeler (amfoterik elektrolit veya amfolit)tirler:

Bir amino asit, izoelektrik nokta deerinden yksek pH ortamnda bazik anyon eklinde; izoelektrik nokta deerinden dk pH ortamnda asit katyon eklinde bulunur:

(bazik anyon)

(asit katyon)

Bir monoamino monokarboksilik -amino asit, tam olarak protonlandnda bir diprotik asittir; hem karboksil grubu hem amino grubu proton iermektedir; bu haliyle her iki grup da proton vermek zere iyonize olabilir:

Amino asitler, hem karboksil grubu hem amino grubunun proton vermek zere iyonlamas nedeniyle, karakteristik titrasyon erileri verirler. yonize olabilen bir yan zincir iermeyen bir amino asit titre edilirse iki adet pKa deeri gzlenir; birinci deer (pKa1) -karboksil grubuna, ikinci deer (pKa2) -amino grubuna aittir:

Amino asitlerin pK1 deeri (COOH grubunun pKs), 1,8-2,4 arasnda deiir; pK2 deeri (NH3 grubunun pKs) da 8,8-11,0 arasnda deiir. pKa1den dk pH deerlerinde amino asidin her iki grubu da proton tar; amino grubu pozitif yk tarken karboksil grubu sfr yk tar ve dolaysyla molekl zerindeki net yk pozitifdir. pH arttka karboksil grubundan proton ayrlr, yk sfrdan negatife deiir; pHn pKa1e eit olduu durumda, sfr ykl karboksil gruplar ile negatif ykl karboksil gruplarnn says birbirine eittir. pH artmaya devam ederse negatif ykl karboksil gruplarnn says da artar ve pH pKa1 ile pKa2 arasnda bir pI deerine ulatnda negatif ykl karboksil gruplarnn says, pozitif ykl amino gruplarnn saysna eit ve dolaysyla molekl zerindeki net yk sfr olur. zeltideki bir amino asit molekl zerinde net ykn sfr olduu pH deeri, izoelektrik nokta (pI) olarak adlandrlr; pI = (pKa1 + pKa2)/2. pH deeri pI deerinden itibaren de artmaya devam ederse bu defa amino grubundaki proton ayrlr. yonize olabilen R gruplu amino asitlerin titrasyon erileri daha komplekstir:

yonize olabilen R gruplu amino asitlerin izoelektrik noktas, amino asitteki iyonize olabilen R gruplarnn tipini yanstr:

Glutamat, iki karboksil grubuna sahiptir; izoelektrik noktas, bu karboksil gruplarnn pKa deerlerinin ortalamasna eittir (3,22) ve glisininkinden daha dktr. Histidin, protonlandnda pozitif ykl iki gruba sahiptir; izoelektrik noktas, bu gruplarn pKa deerlerinin ortalamasna eittir (7,59) ve glisininkinden daha yksektir.

Amino asitlerin kimyasal tepkimeleri Amino asitlerin amino gruplar ile verdikleri tepkimeler 1) Asitamid (peptit) oluumu: Bir amino asidin NH2 grubu ile bir baka amino asidin COOH grubu arasndan su kyla iki amino asit arasnda peptit ba oluur ve bylece peptitler meydana gelir:

2) Metillenme: Amino asitler zwitterion durumunda iken, NH3+ grubundaki 3 hidrojenin yerine CH3 gruplar geerek betainler oluur:

(Glisin)

(Glisin betain)

3) Sanger tepkimesi: Amino asitlerin amino gruplar, 1-fluoro-2,4-dinitrobenzen ile ak sar bir bileik olan 2,4-dinitrofenilamino asit oluturur:

4) Van Slyke reaksiyonu: Amino asitler, nitrz asitle reaksiyona girerek azot gaz aa kmasna neden olurlar:

5) Srensen titrasyonu: Amino asitler, ntral veya hafif alkalik zeltilerde formaldehit ile reaksiyona girerek mono- veya dimetilol trevleri meydana getirirler:

10

Bundan sonra karboksil grubu standart alkali ile titre edilebilir; bylece bir amino asit zeltisinde bulunan karboksil grubu miktar tayin edilir; karboksil grubu tayininden yararlanlarak da bir zeltide bulunan amino asit miktar saptanabilir. 6) Schiff baz oluturma: Amino asitlerin aldehitlerle reaksiyonu sonucunda Schiff baz (N=CH) oluabilir. 7) Aromatik asitlere balanma:

Bylece zararl maddelerin organizmadan atlmas salanr. Hippurik asit, ot yiyen hayvanlarda reden sonra idrarla atlan en nemli azotlu maddedir; benzol trevleri organizmada benzoik asite dnebildiklerinden ve bitkiler benzol trevleri ynnden zengin olduklarndan bitkisel besinlerle beslenmede, hippurik asit atlm yksek dzeyde olur. 8) Amino asitlerin amino gruplarna karbondioksit balanarak karbamino asitler meydana gelir:

Hemoglobinin karbondioksit ile karbamino asit oluturmas, karbondioksitin dokulardan akciere tanmasnda nemlidir. 9) Amino asitlerin amino gruplarna bir re molekl eklenirse ramin asitleri meydana gelir, bu arada bir amonyak molekl ayrlr:

ramin asidindeki amino grubu ile karboksil grubu arasndan bir molekl su ayrlmasyla da hidantoinler oluur:

10) Deaminasyon ile -keto asitlerin olumas.

11

Amino asitlerin karboksil gruplar ile verdikleri tepkimeler 1) Tuz oluturma: Amino asidin karboksil grubundaki hidroksil hidrojeninin yerine Na+ gibi iyonlarn gemesi sonucudur. 2) Amid oluturma: Amino asidin karboksil grubundaki hidroksilin yerine amino grubunun gemesi sonucudur. 3) Asitamid (peptit) oluturma: Bir amino asidin COOH grubu ile bir baka amino asidin NH2 grubu arasndan su kyla iki amino asit arasnda peptit ba oluur ve bylece peptitler meydana gelir. 4) Ester oluturma: Amino asitlerin alkol ile susuz hidroklorik asit eliinde reaksiyona girmelerinin sonucudur:

5) Dekarboksilasyon: Amino asidin karboksil grubundan karbondioksit kmasyla biyojen aminler oluur:

Amino asitlerin dekarboksilasyonunda histidinden histamin, lizinden kadaverin, ornitinden putressin, tirozinden tiramin, triptofandan triptamin oluumu nemlidir. Amino asitlerin amino ve karboksil gruplarnn birlikte verdikleri tepkimeler 1) Ninhidrin tepkimesi: Ninhidrin zeltisi ile kaynatlan bir -amino asit, mavi-meneke renkli bir kompleks verir:

12

2) Amino asitler, Cu2+, Ni2+, Co2+ gibi ar metal katyonlaryla kompleks tuzlar olutururlar:

3) Amino asitler kat halde 200oCye kadar stldklarnda diketopiperazin trevleri ve polimerler meydana gelir:

Amino asitlerin R gruplar ile verdikleri tepkimeler (renk tepkimeleri) 1) Ksantoprotein tepkimesi: Yapsnda aromatik halka bulunan fenilalanin ve triptofan gibi amino asitler iin karakteristiktir. Byle bir amino asit veya protein zeltisi zerine konsantre nitrik asit ilave edildiinde nce beyaz bir tortu, stlrsa sar bir renk meydana gelir; alkali ilave edilmesi halinde sar renk koyu portakal sars veya turuncu diyebileceimiz renge dnr. 2) Millon tepkimesi: Yapsnda fenil grubu bulunan fenilalanin ve tirozin gibi amino asitler, eser miktarda nitrz asit ieren nitrik asitte zlm cva nitrat ile, stmakla krmz renk verirler. 3) Pauly tepkimesi: Yapsnda fenil ya da imidazol grubu bulunan fenilalanin, tirozin, histidin gibi amino asitler, alkali ortamlarda sulfanilik asit ve sodyum nitrit karm ile tepkimeye girerlerse krmz renk verirler. 4) Sakaguchi tepkimesi: Yapsnda guanidin grubu bulunan arjinin gibi amino asitler, alkali ortamda -naftol ve sodyum hipoklorit karm ile tepkimeye girerse krmz renk verirler. 5) Hopkins Cole tepkimesi: Yapsnda triptofan ieren proteinler, glioksalik asitle kartrldktan sonra konsantre slfrik asitle tabakalandrlrsa, iki maddenin temas yzeyinde meneke renkli bir halka meydana gelir. 6) Nitroprussiyat tepkimesi: Yapsnda serbest slfhidril grubu bulunan sistein gibi amino asitler, seyreltik amonyum hidroksitte zlm sodyum nitroprussiyat ile krmz renk verirler. 7) Ehrlich tepkimesi: Yapsnda indol grubu bulunan triptofan gibi amino asitler, slfrik asitte zlm p-dimetilaminobenzaldehit ile reaksiyona sokulursa krmzms pembe bir renk oluur. 8) Kurun slfr oluumu tepkimesi: Yapsnda tiyol (SH) veya dislfit (SS) grubu bulunan amino asitler NaOH ile kaynatldnda H2S veya Na2S oluur; ortama kurun asetat zeltisi ilave edildiinde siyah renkli PbS ker. Amino asitlerin tm gruplarnn katlm ile verdikleri tepkime Amino asitlerin amino gruplar, karboksil gruplar ve varsa SH gruplar, Cu2+, Co2+, Mn2+, Fe2+ gibi birok ar metal iyonlaryla kompleks kelatlar (elatlar) olutururlar:

13

Amino asitleri tanmlama deneyleri Amino asitlerin amino gruplar ile verdikleri reaksiyonlara dayanan tanmlama deneyleri

Amino asitleri Van Slyke yntemi ile tanmlama deneyi

Amino asitlerin, nitrz asit ile reaksiyona girerek stabil olmayan diazo bileii zerinden, azot gaz kyla -hidroksi asit oluturmalar prensibine dayanr. Bir deney tpne 2 mL %10luk NaNO2 zeltisi konur. Tpteki NaNO2 zeltisi zerine 2 mL 2N asetik asit eklenir ve kartrlr. Tpteki karm zerine %0,5lik glisin zeltisi eklenir ve tp alkalanmadan i yzeyinde gaz kabarcklar olutuu gzlenir. Aklama: Deneyin ilk aamasnda NaNO2 ile asetik asidin etkilemesinden nitrz asit (HNO2) oluur. Daha sonra nitrz asit, amino asit ile reaksiyonlar; amino asitteki serbest amino (NH2) grubundan azot gaz meydana gelirken -hidroksi asit oluur. Deney tpnn i yzeyinde gzlenen gaz kabarcklar, aa kan azot gazna aittir. kan azot gaz miktar llerek zeltide ka molekl amino asit olduu da saptanabilir; bu, amino asitlerin kantitatif tayininde kullanlmaktadr. Amino asitlerin amino ve karboksil gruplarnn birlikte dayanan tanmlama deneyleri verdikleri reaksiyonlara

Amino asitleri ninhidrin yntemi ile tanmlama deneyi

Amino asitlerin, amino ve karboksil gruplarnn birlikte verdikleri bir reaksiyonda ninhidrin ile mor renkli kompleks oluturmalar prensibine dayanr. Bir deney tpne 1 mL %0,5lik glisin zeltisi konur. Tpteki glisin zeltisi zerine 2 damla ninhidrin reaktifi damlatlr. Tp, kk bir alev zerinde dikkatlice stlr. Tpteki karmn mor bir renk ald gzlenir. Aklama: Ninhidrin, gl bir organik oksidandr. Amino asitler, ninhidrin etkisiyle oksidatif deaminasyona ve dekarboksilasyona urarlar; amino asitten aldehit, amonyak ve karbondioksit oluurken ninhidrin indirgenir. lk sralarda oluan indirgenmi ninhidrin de henz indirgenmemi ninhidrin ve amonyak ile reaksiyona girerek mor renkli bir kompleks oluturur; tpte gzlenen mor renk, oluan bu mor renkli kompleksten ileri gelmektedir. Amino asitlerin renk reaksiyonlarna dayanan tanmlama deneyleri

Amino asitleri ksantoprotein yntemi ile tanmlama deneyi

Fenil halkas ieren amino asitlerin, fenil halkasna nitro gruplarnn girmesiyle sar renkli bileikler oluturmalar prensibine dayanr.
14

Bir deney tpne 1 mL seyreltik serum konur. Tpteki seyreltik serum zerine 1-2 damla konsantre HNO3 damlatlr; tpte beyaz bir kelti oluumu gzlenir. Tp, kk bir alev zerinde dikkatlice stlr; bu srada keltinin sarya dnt ve znerek kaybolduu gzlenir. Tp soutulur ve iindeki karma 3-4 damla NaOH damlatlr; karmn renginin turuncuya dnt gzlenir. Aklama: Deney srasnda nce serumda bulunan proteinler HNO3 etkisiyle denatre olarak kmektedirler. Istma srasnda proteinlerde bulunan ve aromatik halka ieren fenilalanin, tirozin, triptofan amino asitleri ayrlrken bunlardaki aromatik halkaya nitro grubu balanr ve suda znen, sar renkli bileik oluur. Daha sonra ortamn NaOH ile alkalilemesi sonucunda nitro ucuna sodyum da balanr ve krmz renkli bileik oluur.

Amino asitleri kurun asetat yntemi ile tanmlama deneyi

Slfhidril (SH) veya dislfit (SS) grubu ieren amino asitlerdeki slfhidril (SH) ve dislfit (SS) gruplarnn, NaOH ile kaynatma srasnda Na2S veya H2S eklinde ayrlmas ve kurun asetat ile siyah renkli PbS oluturmalar prensibine dayanr. Bir deney tpne 2 mL seyreltik serum konur. Tpteki seyreltik serum zerine 2 mL %40lk NaOH ve 1 mL kurun asetat zeltisi eklenip kartrlr. Tp, kk bir alev zerinde dikkatlice stlr; bu srada tpte siyah renkli bir bulanklk olutuu gzlenir. Aklama: Sistein ve sistin gibi amino asitleri ieren proteinler, kuvvetli alkali ile stma sonucu hidroliz olurlar ve amino asitlerdeki kkrt, Na2S veya H2S eklinde ayrlr. Ortama kurun asetat zeltisi eklendiinde, kurun asetat ile Na2S veya H2Sn tepkimesi sonucunda PbS oluur. PbS, suda znmeyen siyah renkli bir maddedir; tpte gzlenen siyah renkli bulanklk, oluan PbSden ileri gelmektedir.

Sistein amino asidini sodyum nitroprussiyat ile tanmlama deneyi

Slfhidril (SH) grubu ieren sisteinin, serbest slfhidril (SH) grubu vastasyla ar metallerle ve nitroprussiyatla labil, fakat koyu bir renk kompleksi oluturmas prensibine dayanr. Bir deney tpne 2 mL sistein zeltisi konur. Tpteki sistein zeltisi zerine 1 mL %40lk NaOH ve 1 mL sodyum nitroprussiyat zeltisi eklenip kartrlr. Tpteki karmn krmzmor-siyah koyu bir renk ald gzlenir. Aklama: Sistein, ierdii serbest slfhidril (SH) grubu nedeniyle ar metallerle ve nitroprussiyatla labil, fakat koyu bir renk kompleksi oluturur.

Fenol ieren amino asitleri Millon yntemi ile tanmlama deneyi

Cva ve nitro gruplarnn fenol ieren amino asitlerdeki fenol grubuna balanmasyla krmz renkli cva-nitro tuzu oluturmas prensibine dayanr. Bir deney tpne 1 mL tirozin zeltisi konur. Tpteki tirozin zeltisi zerine 1 mL su ve 1 mL Millon reaktifi eklenip kartrlr. (Millon reaktifi: Konsantre nitrik asit ve cva nitrat karm.) Tp, kk bir alev zerinde dikkatlice stlr; bu srada tpte krmz bir renk olutuu gzlenir. Aklama: Tirozin amino asidi, fenol grubu iermektedir. Tirozin cva nitrat ve konsantre nitrik asit ile stldnda cva ve nitro gruplarnn fenol grubuna balanmasyla krmz renkli cva-nitro tuzu oluur. Tpte gzlenen krmz renk, oluan cva-nitro tuzundan ileri gelmektedir.

15

Nonstandart amino asitler Nonstandart amino asitler, bir standart amino asit bir protein yapsna girdikten sonra bir deiim reaksiyonu sonucu tremi amino asitlerdir. 4-Hidroksiprolin: Prolin trevidir:

4-Hidroksiprolin, bitki hcre duvar proteinlerinde ve ba dokusunun fibrz proteini olan kollajende bulunur. 5-Hidroksilizin: Lizin trevidir:

5-Hidroksilizin, kollajenin yapsnda bulunur. 6-N-metillizin: Lizin trevidir:

6-N-metillizin, kaslarn kontraktil proteini olan miyozinde bulunur. -karboksi glutamat: Glutamat trevidir:

-karboksi glutamat, Phtlama faktr protein olan protrombinde (Faktr II) ve Ca2+ balayan dier belli proteinlerde bulunur. Desmozin: Drt lizin kalnts ierir:

Desmozin, fibrz protein olan elastinde bulunur. Selenosistein: Serinin oksijenden daha ok selenyum ieren trevidir:

16

Selenosistein, glutatyon peroksidaz enziminde ve dier birok proteinde bulunur. Proteinlerin yapsnda bulunmayan amino asitler Hcrelerde, ok deiik biyolojik fonksiyonlara sahip, fakat proteinlerin yapsna girmeyen birok amino asit de vardr. Amino ve karboksil gruplar, bu amino asitlerin bir ksmnda ayn -karbon atomuna balanmlardr; bir ksmnda ise amino grubu, -karbon atomundan baka bir karbon atomuna balanmtr. Proteinlerin yapsnda bulunmayan, fakat memelilerin metabolizmasnda nemli grevleri olan -amino asitlerin bazlar unlardr: Amino asit Ornitin Sitrlin Arjinino sksinik asit Forml Amino asidin fonksiyonu re dngsnde ve arjinin biyosentezinde ara madde re dngsnde ara madde re dngsnde ara madde

Homosistein

Metiyonin metabolizmasnda ara madde

Homoserin

Metiyonin metabolizmasnda ara madde

Sistein slfinik asit

Sistein metabolizmasnda ara madde Katekolaminler ve melaninin n maddesi

Dihidroksifenilalanin (DOPA

17

5-Hidroksi triptofan

Serotoninin n maddesi

Proteinlerin yapsnda bulunmayan, fakat memelilerin metabolizmasnda nemli grevleri olan, amino grubu -karbonda olmayan amino asitlerin bazlar unlardr: Amino asit -alanin Forml Amino asidin fonksiyonu KoAy oluturan pantotenik asitte ve baz dipeptitlerin yapsnda bulunur Beyin dokusunda glutamik asitten oluan bir nrotransmitterdir

-aminobutirik asit (GABA)

Taurin

Sisteinin ykl srasnda oluur; safra asitleri ile konjugat oluturur. Pirimidinlerin srasnda oluur ykl

-aminoizobutirik asit

Peptitler Peptitler, amino asitlerin polimerleridirler. Kuramsal olarak, bir amino asidin -karboksil grubunun OHi ile dier amino asidin -amino grubu arasndan su ayrlarak peptit ba oluur:

Peptit ba, bir amino asidin -karboksil karbonu ile bir baka amino asidin -amino azotu arasnda oluur. Peptit ba oluumu, canl hcrelerde yaygn bir reaksiyon olan kondensasyon reaksiyonunun bir rneidir. ki amino asitten dipeptit, amino asitten tripeptit, 10a kadar olan amino asitten oligopeptit, daha ok amino asitten ise polipeptit meydana gelir; proteinler, yzlerce amino asitten oluan polipeptitlerdir:

18

Bir peptitteki amino asit niteleri, sklkla amino asit kalntlar olarak adlandrlrlar. Peptidin bir ucunda serbest -amino grubuna sahip amino asit kalnts bulunur ki bu uca aminoterminal u veya N-terminal u denir; peptidin dier ucunda ise serbest -karboksil grubuna sahip amino asit kalnts bulunur ki bu uca da karboksil-terminal u veya C-terminal u denir.

Alkanlk olarak ksa peptitler, N-terminal kalnt solda ve C-terminal kalnt sada olmak zere, dizideki amino asitler soldan saa doru belirtilerek isimlendirilirler; ancak, en sadakinden nceki amino asitlerin ismindeki en soneki, il soneki ile deitirilir:

Fizyolojik etkiye sahip dipeptitler Karnozin, -alanil histidin yapsndadr; beyin ve kas dokusunda bulunur. Anserin (metil karnozin), -alanil-Ni-metil histidin yapsndadr; beyin ve kas dokusunda bulunur. Aspartam (Nutrasweet), L-aspartil-L-fenilalanil metil ester yapsndadr:

19

Karnozin ve anserin, nrotransmitter olarak grev yaparlar. Aspartam, yapay tatlandrcdr. Fizyolojik etkiye sahip tripeptitler Glutatyon (GSH; GSSG), -glutamil sisteinil glisin yapsndadr:

Glutatyon, btn canl hcrelerin temel bileiklerinden biridir. Glutatyonun en nemli zellii, indirgeyici zelliidir; bu zellik, yapsndaki sistein tarafndan salanan slfhidril (tiyol) grubu vastasyla gsterilir. Glutatyon, bir bileii indirgediinde kendisi oksitlenir. Glutatyon, dokularda indirgenmi (rede) ve okside (ykseltgenmi) olmak zere iki ekilde bulunur. Rede (indirgenmi) glutatyon, GSH eklinde gsterilir; okside (ykseltgenmi) glutatyon, GSSG eklinde gsterilir. nemli bir indirgeyici ajan ve antioksidan olan glutatyon, hcrenin oksidoredksiyon dengesini srdrp hcreleri endojen ve eksojen kaynakl oksidanlarn zararl etkilerinden korumaktadr. Glutatyon, proteinlerdeki slhfidril (tiyol, SH) gruplarnn korunmas ve amino asitlerin hcre iine tanmasnda rol oynar. Tirotropin salverici faktr, hipotalamusta oluturulur, piroglutamil histidil prolinamid yapsndadr:

20

Fizyolojik etkiye sahip pentapeptitler Fizyolojik etkiye sahip pentapeptitler, ar sezilmesinde etkili beyin peptitleri olan metiyonin enkefalin ve lsin enkefalindir: Metiyonin enkefalin, (Tyr-Gly-Gly-Phe-Met) yapsndadr. Lsin enkefalin, (Tyr-Gly-Gly-Phe-Leu) yapsndadr. Fizyolojik etkiye sahip oktapeptitler Dinorfinler, hipotalamusta oluturulurlar; morfin benzeri aktiviteleri vardr ve itahn dzenlenmesinde rol oynarlar. Fizyolojik etkiye sahip nonapeptitler Oksitosin Vazopressin

Oksitosin ve vazopressin (antidiretik hormon, ADH), hipotalamusta sentezlenirler, aksonlar boyunca hipofizin arka lobuna tanr ve burada depolanrlar. Her ikisi de dz kaslarn kaslmasn uyarr; oksitosinin etkisi uterusta daha belirgindir ve doumun balatlmas iin kullanlabilir. Vazopressinin ayrca bbreklerde suyun geri emilmesini artrc rol vardr. Bradikinin

Bradikinin, hormon benzeri etkileri olan bir peptitdir; inflamatuvar reaksiyonlar inhibe eder.

21

Fizyolojik etkiye sahip dekapeptit Kallidin, lizil bradikinin yapsndadr; kinin aktivitesi gsterir; bbrekte oluur ve bbrek fonksiyonlarn etkiler. *Amanitin gibi baz ar toksik mantar zehirleri ve pek ok antibiyotik de peptit yapsndadrlar. rnein Gramicidin S sirkler yapda ve 2 D-fenilalanin kalnts ieren bir peptitdir:

22