Proteinlerin Yapı ve İşlevlerine Giriş

Dr. Öğr. Üyesi Elif YAVUZ DOKGÖZ

Eczacılık Fakültesi
1 Biyokimya Anabilim Dalı
 Protein nedir? Aminoasit nedir? Yapısı ?
Nasıl sınıflandırılırlar?
Biyolojik Fonksiyonları Nelerdir?
Hangi bağlar ile polimerleşirler ?
Proteinlerin Düzeyleri nelerdir?

2
3
  Hayvan Hücre Modeli

4
 Vücudun Kuru Ağırlığı Oranı

Diger
25%

Amino Asitler
Amino
Diger
Asitler
75%

 Proteinler, organizmada en yüksek oranda Yetişkin bir insan vücudunun su haricindeki kuru
bulunan makromoleküllerdir. ağırlığının %75’ni amino asitler teşkil eder.
5
Molecular Biology of the Cell. Albert. 6th Edition. 6
İnsan İnsülin Yapısı

7
 Farklı insan proteinlerinin tüm primer yapıları, genetik kod ile belirlenen amino
asitlerden sentezlenir.

8
9
10
 Proteinler
 Canlılarda bulunan dört makromolekülden biridir.
 Birçok farklı işleve sahiptirler.
 Neredeyse her yaşamsal süreç, proteinlere bağlı olarak gerçekleşir.
 Amino asit adı verilen alt birimlerden oluşurlar.

https://www.youtube.com/watch?v=wvTv8TqWC48

11
 Protein İşlevleri
 Kataliz (Enzimler)
 Metabolizmada gerçekleşen kimyasal tepkimeler için gerekli aktivasyon enerjisini
düşürerek, tepkimenin gerçekleşmesini hızlandırırlar.

12
 Protein İşlevleri
 Taşıma
 Maddelerin dolaşım sisteminde taşınması (Hemoglobin, lipoproteinler …)
 Maddelerin hücre dışı ortamdan hücre içine alınması (İyonlar, su, monosakkaritler …)

13
 Protein İşlevleri
 İletişim
 Hormonlar, farklı dokuların belirli bir iş uyarımında
görev alırlar.
 Reseptörler, hücreye gelen sinyallerin algılanmasında
ve hücresel yanıtın oluşmasında görev alırlar.

14
 Protein İşlevleri
 Yapısal Elemanlar
 Sitoiskelet
 Kas Yapısı
 Saç, Tırnak

15
16
  https://www.youtube.com/watch?v=wvTv8TqWC48

 (Protein Yapı ve Fonksiyonu --> 4.18 dk )

17
  Hücreler Neden Hareket Eder?
 Hücreler Nasıl Hareket Eder?

18
  Hücre yüzeyinde reseptör
 Hücre dışında ise reseptörlerin tanıdığı proteinler

Olmalı ki hücreler bir yere tutunabilmeli ve ardından hareket edebilmelidir.

https://www.youtube.com/watch?v=wJyUtbn0O5Y

19
 Hücre İçinde ne tür hareketler olabilir ?

 Organellerin yer değiştirmesi

 Endositoz
 Ekzositoz
 Nukleustan çıkan mRNA’nın sitoplazmaya hareketi

Tıpki, proteinlerin taşınımı gibi organeller de taşınır.

En fazla mitokondri organelinin transport faaliyeti görülür.

İnsanda- iskelet sistemi- rijit

Hücre İskeleti- sürekli yapılan ve sürekli yıkılan dinamik bir süreçten bahsedilir.
20
21
 Polimerizasyon +
Depolimerizasyon -

Silia
Flagella (Protozoa)
Mitotic spindle

22
 Melanoma cell – 20 min
Fibroblast – 3h

Fibroblast – 2h Keratocyte – 4min

23
*Prof.Dr. Gürkan Öztürk’e ait Deneysel Görüntüler
 Actin + Myosin Actin
24
*Prof.Dr. Gürkan Öztürk’e ait Deneysel Görüntüler
 Aktin Polimerleşmesi

25
*Prof.Dr. Gürkan Öztürk’e ait Deneysel Görüntüler
 Mikrotübüllerin Polarizasyonu
Video of a fish fibroblast that was transfected with GFP-tubulin and Ds-Red zyxin (to label adhesion sites) and imaged alternately in the green and red fluorescent channels. Microtubule-adhesion site targeting
interactions are circled.

26 *Prof.Dr. Gürkan Öztürk’e ait Deneysel Görüntüler

 Biyolojik Fonksiyonları

Proteinlerin, yapıya katılma (kollajen),

biyokimyasal reaksiyonlar (enzim),
düzenleyici (G-protein),
transport ve depolama ( hemoglobin),
hareket (aktin, miyozin) ve
savunma (antikor) gibi birçok hücre ve
dokuda yaşamsal öneme sahip çok
değişik fonksiyonları vardır.

27
28
 Protein Yapısı

29
 Amino Asitler
 Amino asitler ortak bir iskelete sahiptir. COOH
 Merkez karbon atomu (- karbon)
 Karboksilik asit grubu (COOH) H2N – C – H
 Amino grubu (NH2)
 Radikal grup (Her amino asitte farklı)
R

 Doğada 300’den fazla amino asit bulunur.

 Protein yapısına giren (proteinojenik) amino asit sayısı 20 (+2)

 20 tane, DNA tarafından kodlanan doğal amino asit
 2 tane, özel translasyon mekanizmaları devreye girdiğinde protein yapısına katılan
 2 taneden sadece 1’i ökaryotlarda bulunur (Selenosistein, 21. amino asit)
30
31
NH2’nin kaynağı, havadan
toprağa karışan inorganik
azottur.
Azot, bitkilerde NH3’e
indirgenir. Bu olaya ‘azot
birikimi’ denir.
32
  Bitkide, inorganik azottan oluşan NH2, CO2
ve H20’nun birleşmesi ile amino asitler ve
onlardan da proteinler yapılır.

 Hayvanlar, bitkilerden aldıkları proteinleri

önce amino asitlere ayırırlar ve sonra da bu
amino asitleri birbirine değiştirerek ve
birleştirerek kendi dokularının proteinlerini
yaparlar. İnsanlar, proteini bitki ve hayvan
dokularını yiyerek alır.

33
Beslenme. Hatiboğlu Yayınları. Prof.Dr. Ayşe Baysal. 16. Baskı. 54. Sayfa.
 Amino Asitler
 Protein yapısında bulunan amino asitler L- formundadır.
 İki karbonlu glisin dışındaki amino asitlerde, en
azından molekülde bir asimetrik karbon atomu vardır.

34
 İki karbonlu olan glisin dışındaki amino H
asitlerde, en azından molekülde bir I
asimetrik karbon atomu vardır. H2N—C —COOH
I
H Glisin

H
I
H2N—C —COOH
I
CH3 Alanin
35
 Proteinlerin Yapısında Yer Alan 20 Amino Asit

Kaynak: Molecular Biology of The Cell. 5. Basım.

36
 Amino Asitler

•Doğada 300'den fazla yakın amino asit tanımlanmıştır. Bu amino asitlerden 20 tanesi proteojenik
amino asittir yani protein yapımında kullanılan amino asitlerdir.

•Milyonlarca protein, 20 adet amino asitten meydana gelir. 20 amino asit, farklı sayı
37
ve kombinasyonlarda yan yana gelerek farklı uzunlukta zincirler oluşturur.
Amino asitler, yan zincirlerin yapısal özellikleri ve polaritelerine göre gruplandırılmıştır. 38
 Amino Asitler

39
 Amino Asitler

40
 Amino Asitler

41
 Amino Asitler
 Her bir amino asit için 3 harfli ve tek
harfli kısaltmalar kullanılır.

42
 Esansiyel Amino Asitler
 Histidin, İzolösin, Lösin, Lizin, Metiyonin, Fenilalanin, Treonin, Triptofan, Valin

43
 Amino Asitler ve pH
 Amfoterik moleküller (Hem asit hem de baz gibi davranabilirler)
 Aminoasitler; zayıf asidik α-karboksil grupları ve zayıf bazik α-amino grupları içerirler.
 Buna ek olarak, asidik ve bazik aminoasitlerin her biri yan zincirinde iyonize olabilen bir
grup içerir.

COOH
H2N – C – H
R

44
 Amino Asitler ve pH
 Asidik ortam = Düşük pH = Ortamda H+ fazla
 Bazik ortam = Yüksek pH = Ortamda H+ az

45
Net yükün 0 olduğu nokta = İzoelektrik nokta
 Amino Asitlerin Tampon Etkisi
 Tampon, ortama asit veya baz ilave edildikten sonra pH değişimine direnen bir
çözeltidir.
 Bir tampon, zayıf bir asit (HA) ve onun konjuge bazının (A-) karıştırılmasıyla
oluşturulabilir.
 Tampona HCl gibi bir asit ilave edilirse, A-, HA’ya dönüşerek çözeltiyi nötralize
edebilir.
 Bir bazın eklenmesi durumunda ise, HA, A- ‘ya dönüşerek çözeltiyi yine nötralize
edebilir.

46
 Protein Sentezi
 Sentezlenecek proteininin amino asit dizi
bilgisi, DNA üzerindeki genlerde bulunur.
 Post-translasyonal modifikasyonlar (PTM)

47
 Peptit Bağı
Polipeptit oluşumu esnasında her bir peptit bağı
oluşurken bir su molekülü açığa çıkar (dehidrasyon,
kondenzasyon)

48
 Peptit bağları
 Bir amino asidin karboksil grubu, diğer amino asidin
amino grubu ile etkileşime girerek oluşan
kondensasyon reaksiyonu ile bir peptit bağı meydana
gelir.

 Polipeptid zinciri bir başlangıç ve bir bitiş ucuna

sahiptir. Başlangıç kısmı zincirin ilk amino asidinin
amino grubudur ve N-terminali olarak bilinir.

 Bitiş ucu ise eklenen son amino asidin karboksil

grubudur ve C-terminali olarak bilinir.

 https://www.youtube.com/watch?v=S6aIS2aoy9Q&ab_channel=StudyForce
49
 Peptit Bağı
İsimlendirme
 Zincirde yer alan amino asitlerin sonundaki
«–in» eki yerine «-il» eki getirilir.
 Son amino asit ismi değiştirilmeden bırakılır.

 Valin + Alanin = Valilalanin

 Valin + Alanin + Sistein = Valilalanilsistein

50
 *Peptit bağının özellikleri
 Peptit bağı kısmi çift bağ özelliğine sahiptir, yani tek
bağdan daha kısadır ve bu yüzden sert ve düzlemsel
olduğundan dolayı peptit bağının azotuyla, karbonil
karbonu arasındaki bağın etrafında serbest dönüş
sağlanamaz.

 Ancak, α-karbon ve α-amino veya α-karboksil grubu

arasındaki bağlar serbestçe dönebilir (R-grubunun
büyüklüğü ve özelliğine bağlı)

 Peptit bağları, R gruplarının cis pozisyonundaki sterik

etkileşiminden dolayı genellikle trans bağdır.

51
 Protein Yapısı

Primer Birleşme

Sekonder

SÜREÇ
Katlanma
YAPI

Tersiyer Paketleme

Kuarterner Etkileşim
52
 Protein yapısının dört farklı düzeyi vardır;

 Primer yapı (birincil yapı)

 Sekonder yapı (ikincil yapı)
 Tersiyer yapı (üçüncül yapı)
 Kuaternal yapı (dördüncül yapı)

53
 1-Primer Yapı ( ) 1o
H2N ( )nCOOH
Amino asitler
Protein yapısında
yer alan AA lerin,
cins
bir düzen sayı içerisinde
sıra
peptid bağları ile
bağlanması
54 Protein sekansı
 Primer Yapı = Protein Sekansı
AMİNO ASİT SIRALAMASI
• Her protein için spesifik
• DNA’nın nükleotid sekansına
(genetik bilgi) göre belirlenir
AA dizileri
N-terminal C-terminal
55
yönünde okunur
 2- Sekonder Yapı ( ) 2o

Primer yapıda birbirine yakın

olan AAlerin, molekül içindeki
düzenli ya da düzensiz ilişkileri
sonucunda oluşur
56
57
 Düzenli ilişkiler: periyodik olarak
tekrarlanan yapılar

-heliks
-kırmalı
tabaka
Düzensiz ilişkiler: random coil
(tesadüfi kıvrılmalar)
58
 -Heliks Yapısı
• Çubuğa benzer bir yapı
• Polipeptid zinciri bir ana
eksen etrafında kıvrılarak
devam eder
•Peptid bağları ve -C atomu
(eksene paralel) polipeptid
zincirin iskeletini oluşturur
•-C üzerindeki R grupları,
heliksin merkezinden dışına
59
doğru yer alır
  α- Heliks, standart bir ağaç
vidasındaki gibi aynı yönde dönen bir
sağ el sarmalıdır. R grupları peptid
omurgasından dışarıya doğru uzanır.

 β-pilili tabaka, tamamıyla uzanmış ve

hizalanmış olan iki yada daha fazla
sayıda polipeptid zincirinden oluşur.

 Birçok protein, aynı polipeptid

zincirinde hem α- heliks hemde β-
pilili tabaka bölgelerini içerir.

60
 Beta–kırmalı tabaka
-tabaka bütün peptit bağı
parçalarının hidrojen bağına
katıldığı başka bir ikincil
yapıdır.
Polipeptid zinciri,
7.0 A gergin-gerilmiş
durumdadır.

• AA Rezidü = 3.5 A
Her AA, -kırmalı tabaka
boyunca birbirinden 3.5 A
uzaklıkta bulunur
61
 -tabaka ve -heliks yapılarının karşılaştırılması
 -tabakalar iki veya daha cok peptit zincirinin (-zinciri) veya polipeptit
parcasının neredeyse tamamen uzayarak birleşmesiyle oluşturulur. Ayrıca b-
tabakalarda hidrojen bağlarının polipeptit omurgaya dikey yerleşimli olduğuna
da dikkat edilmelidir.
 Aksine, α-helikste polipeptit sarılır ve hidrojen bağları omurgaya paraleldir.

62
 Tesadüfi kıvrılmalar
((Random coil)
• Proteinlerin, heliks, kırmalı tabaka veya -bend
yapmayan bölgeleri, gelişi güzel
helezonlar, kıvrılmalar şeklindedir.
• Düzlemler arasında belirli bir
ilişki ve H bağları yoktur
• Biyolojik fonksiyon bakımından,

diğer sekonder yapılarla aynı

öneme sahiptir

63
 Sekonder Yapıyı Oluşturan Bağlar
- Disülfid Bağları
- Hidrojen Bağları

Disülfid Bağı: Sistein rezidüleri

arasında kovalent bağ

64
 Özel bir bağ: Disülfit bağı (S-S bağı)

65
 İnsülin ve disülfit bağı

66
 3 -Tersiyer Yapı
-Heliks / -kırmalı tabaka
yapıları, üstüste katlanarak,
sarılarak veya kendi etrafında kıvrılarak
şekillerde
• yuvarlak Tersiyer Yapıyı
• elipsoid oluşturur
67
 Tersiyer Yapı
Primer yapıda birbirinden
uzakta bulunan AAler,
tersiyer yapıda komşu
olabilirler
Tersiyer yapı, proteinin
fonksiyonel karakterini belirler
Mevcut proteinlerin çok büyük kısmı,
68
tersiyer yapıya sahiptir
 Tersiyer yapıyı oluşturan bağlar
• Hidrojen bağları (12-30 kJ/mol)

• Disülfid bağları( 460 kJ/mol)

• İyonik (tuz) bağlar (20 kJ/mol)

(elektrostatik etkileşimler)
• nonpolar etkileşimler (<40 kJ/mol)

• van der Waals bağları (0.4-4 kJ/mol) (çok zayıf dipol?…)

69
 4 - Kuarterner Yapı
Primer, sekonder ve tersiyer yapıları bulunan polipeptid zincirlerinin non-kovalent

bağlarla bir arada tutulması

Proteinlerin
polimerizasyonu

70
Protein-protein kompleksi: OLİGOMER
 1. Primer Yapı (1o)
2. Sekonder Yapı (2o)

3. Tersiyer Yapı (3o)

4. Kuarterner Yapı (4o)

71
https://www.youtube.com/watch?v=piXHivrTT-E&ab_channel=Aasoka
 Oligomer kuarterner yapıda protein
multimer
monomer
protomer oligomeri oluşturan
subünite polipeptidlerin her biri
dimer 2 polipeptid içeren oligomer
homodimer aynı 2 polipeptid
heterodimer farklı 2 polipeptid

tetramer 4 polipeptid içeren oligomer

73
(homo- veya hetero-)
74
 Kuarterner Yapıda Protein
Ör: Hemoglobin dış görünüş modeli
zincir modeli

Hem
4 Globin Zinciri
protein-protein
(tetramer) bağlanma bölgesi

75
 Dört tane katlanmış polipeptit alt birimlerinden oluşmuş
olan hemoglobin bu alt birimlerin bir araya gelerek
oluşturdukları dördüncül yapıya örnek verilebilir.

76
 PROTEİNLERİN FİZİKSEL VE KİMYASAL
ÖZELLİKLERİ
Proteinlerin İyonizasyonu
Asidik ve bazik AAler nedeniyle, AMFOTERİK

+ +
+ + OH-
+ + + OH-
+
+ +
+
+ + +
+
+ + +
pH = pI*
Asidik pH Net yük 0 Bazik pH
Net yük + Net yük -
Tüm özellikler minimal seviyede Proteinler presipite edilebilir.
77
*pI: isoelectric point
 DENATURASYON

•Proteinlerin primer yapısı değişmez

(peptid bağları mevcut)
• Diğer yapılar bozulur(nonkovalent bağlar kopar)
• Biyolojik aktivite kaybolur
Kuarterner Yapıda denaturasyon:
• Subüniteler birbirinden ayrılır
• Subünitelerin tersiyer yapıları bozulur,
tesadüfü kıvrılmalar, bükülmeler meydana gelir
78
 Denaturasyona neden olan faktörler
• 50-60º C’ nin üstünde sıcaklık
• pH4 ve pH10 ; asitler, bazlar
• Alkol, aseton, eter gibi organik çözücüler
• Üre, guanidin HCl, vb kaotropik maddeler
(H bağları kopar)
• Ağır metaller
• u.v. fiziksel etkenler
• İyonik deterjanlar (SDS)

RENATURASYON: Reversibl Denaturasyon ( Biyolojik

aktivitenin yeniden kazanılması)

79