BİYOFİZİKSEL KİMYA

1. hafta

PROF. DR. GÜL FATMA YARIM

 Kimya Biyoloji
Atom ve moleküller Hücre Doku Organ

Organ sistemleri Organizma

Yapı, ilişki, sentez

Yapı ve ilişkiler
 Biyokimya

Temel bilimler üstü

Yaşam kimyası Yaşam bilimi

Biyokimyanın kapsadığı konular

1. Biyolojik moleküller ve yapılanmalar; kimyasal ve üç boyutlu

yapıları, özellikleri, işlevleri
2. Enzimler ve kataliz mekanizmaları

Protein-protein ilişkisi, işleyişi ve regülasyonu

Hücre içi ve hücre dışı bilgi alış-verişi

3. Genetik bilginin açılımı, aktarımı
4. Biyolojik moleküllerin sentezi
5. Hücre ve organizmada biyokimyasal reaksiyonların
kontrolü ve koordinasyonu

6. Hücre ve organizmanın üremesi, büyümesi ve

farklılaşması
 Makromoleküler yapılaşma

Protein amino asit dizini

a.a.1-a.a.2-a.a.3- ………

Nükleik asitler Nükleotit dizini

A-G-T-C-A-C-……..

Polisakkarit Monosakkarit dizini

(Glu-Glu)n
-Glu-Fru-Man- Glu-…..
Gal
Biyolojik polimerler, monomer birimlerden oluşurlar ve monomer
çeşitliliğinde sınırlama vardır

Makromolekül Monomer çeşitliliği

Proteinler 20

Polisakkaritler 8

Nükleik asitler 4
Biyolojik moleküllerin pek çok görev aldığı fonksiyon
bulunur

Amino asitler: Peptit, polipeptit, protein

Nörotransmitter
Hormon
Toksin

Adenin: ATP
Nükleik asit
Nörotransmitter
Koenzim
 HÜCRE VE BİYOFİZİKSEL KİMYA OLAYLARI

HÜCRE
Organizmanın özel yapı ve fonksiyonlara sahip küçük birimidir.
Temel yapıları bakımından 2 tiptirler:
1. Prokaryotik Hücre: Çekirdekçiği, çekirdek membranı ve
sitoplazma organelleri olmayan, çekirdeği tek bir DNA
molekülünden oluşmuş hücrelerdir. Ör. Bakteriler, mavi-yeşil
algler gibi...
2. Eukaryotik Hücre:Membranla çevrilmiş bir çekirdeği vardır.
Mantarlar, Yüksek bitkiler, protozoonlar, hayvanlar gibi…
 BİYOFİZİKSEL KİMYA
*Biyofiziksel kimya, Biyokimya ile Fizik’in ortak
konularını inceler. Bütün bu olaylar, sulu ortamda
protoplazmada gerçekleşir

*Su hayatın vazgeçilmez bir faktörüdür. Total vücut

suyu miktarı her organizma için sabittir. Düzenleme
mekanizmaları bu sabiteyi korurlar

*Canlı ne kadar yüksek derecede organize olmuşsa,

vücut suyundaki dalgalanmalar da o kadar az olur
 Su molekülünün yapısı

• Su molekülündeki hidrojen atomları, elektronları düzensiz

dağıldığından asimetrik yerleşmişlerdir. Bu nedenle dipol
karakterdedir.
• 1 su molekülü 4 su molekülü ile koordine olarak
tetrahidral bir yapı teşkil eder.
• Hakiki bir çözeltide su molekülleri anyonları artı,
katyonları eksi kutbu ile sararak onu çepeçevre kapatır ve
eritir.
Su tetrahidral moleküldür
İki su molekülü arasındaki bağ

polar kovalent bağ

 Su, polar bileşikler için iyi bir çözücüdür
• Hidrofilik= suda çözünen
Glukoz

• Hidrofobik= nonpolar, suda çözünmeyen

Parafin

• Amfipatik
Fosfotidilkolin
Çözünen-çözünen H bağları

çözünen-su hidrojen bağlarıyla yer değiştirir

Çözünen maddelerin molekülleri arasındaki

elektrostatik etkileşim perdelenir

17
 Su, yüksek dielektrik sabiteye sahiptir
Dielektrik sabiti : Bir çözücüdeki dipollerin sayısını yansıtan sabitedir

Q1.Q2
F=
Ɛ.r2

F: İyonik etkileşimin gücü

Q: Yüklerin büyüklüğü
r: Yüklü gruplar arasındaki uzaklık
Ɛ: içinde etkileşimlerin olduğu çözücünün dieletrik sabiti

Su Ɛ: 78,5
benzen Ɛ: 4.6
Polar olmayan gazlar suda çok az çözünür
O2, N2, CO2

Özel taşıma sistemleri Proteinler (Hemoglobin,

Miyoglobin)

* HCO3- oluşumu

NH3, H2S, NO polar, çözünür

19
 Sulu ortamda 4 farklı zayıf etkileşim mevcuttur

H bağları

İyonik etkileşimler

Hidrofobik etkileşimler

Van der Waals etkileşimleri

20
 SUYUN BİYOLOJİK GÖREVLERİ

1. Makromoleküllerin yapı taşıdır

2. Küçük moleküllü maddeler için iyi bir çözücüdür
3. İyi bir substrat ve ko-substrattır. Hidrolazlar ve
hidratazlar suya gereksinim duyarlar
4. İyi bir ısı regülatörüdür
5. Bir hareket olmaksızın proton transportu ile
enerjiyi düzenler
 SUYUN BİYOLOJİK GÖREVLERİ

1. Su makromoleküllerin yapı taşıdır

Polisakkarit , protein ve nükleik asit vb.

makromoleküller suyu düzenli tutma
yeteneğine sahiptir
Makromolekül ile su molekülü hidrojen bağları
ile bağlanır
 SUYUN BİYOLOJİK GÖREVLERİ

2. Su, küçük moleküllü maddeler için iyi bir

çözücüdür

Su, metabolik yollarda kullanılan ve oluşan,

substratların taşındığı, metabolik pek çok
ürünün atılmasını sağlayan bir çözücüdür
 SUYUN BİYOLOJİK GÖREVLERİ

3. Su, iyi bir substrat ve ko-substrattır

• Metabolizmada seyreden çoğu reaksiyonda su

görev alır.
• Hidrolazlar ve hidratazların ko-substratı sudur
• Oksidazlar ve solunum enzimlerinin reaksiyon
ürünü sudur (oksidasyon suyu)
 SUYUN BİYOLOJİK GÖREVLERİ
4. Su, iyi bir ısı regülatörüdür
• Su yüksek bir ergime noktasına ve buharlaşma ısısına
sahiptir
• 1 g suyu 0°C’ den 100°C’ye ulaştırmak için 100 kalori
gerekirken
• 1 g kaynar suyun buhar hale gelmesi için 540 kalori gerekir
• Özetle, organizmada az miktar suyun buharlaşması çok
miktarda ısı kaybına yol açar (terlemenin vücudu serinletici
etkisi)
• Deri ve akciğer yoluyla su buharının çıkması, ısı
regülasyonunda önemlidir
 SUYUN BİYOLOJİK GÖREVLERİ

5. Su, bir hareket olmaksızın proton transportu

ile enerjiyi düzenler

• Hidratize yapılarda hidrojen bağları kovalent

bağlara değişebilir veya

• kovalent bağlar hidrojen bağlarına dönüşebilir

 VÜCUT SUYUNUN FONKSİYONEL DAĞILIMI

Başlıca iki kompartıman halindedir.

*Hücre içi sıvısı: Organizma suyunun % 70’idir
• Hücre içi sıvısının başlıca katyonu K’dur. Na ve Mg da
bulunur. Anyonları P ve proteinattır

• *Hücre dışı sıvısı: Organizma suyunun % 30’udur

• Hücre dışı sıvısının başlıca katyonu Na’dur. K, Ca, Mg da
bulunur. Anyonları Cl ve HCO3- tır.
Hücrelerarası (interstisyel): % 20
Damar içi (intravazal): % 10
 ORGANİZMADA SUYUN BULUNUŞU

1. Serbest su
Kan, lenf, BOS, sinovyal sıvıda bulunur
2. Bağlı su
Hidrat Suyu
İyonlara, protein, karbonhidrat gibi
makromoleküllere H köprüleri ile bağlı olan sudur
İntermoleküler su
Lifler ve zarlar arasındaki akışkan olmayan sudur
 SU METABOLİZMASI

Ekzojen su: Besin

maddeleri ve sıvılarla
vücuda alınan sudur

Ekzojen su sindirim
kanalında izotonikleşir

Çoğu ince barsaktan,

kalanı kolondan emilir

Kan dolaşımına alınan su

dokulara taşınarak
interstisyel sıvı olarak
bulunur
 SU METABOLİZMASI

Ekzojen su

• Ruminantlar, bol sulu otlarla beslendikleri için

su içmeden de yaşayabilirler
• Orta irilikteki bir spor atı günde 40 L suya
ihtiyaç duyar
 SU METABOLİZMASI

Endojen su: Metabolizma olaylarında oluşan sudur.

= metabolizma suyu = metabolik su
Organik maddelerdeki hidrojenin oksitlenmesi ile
oluşur
Oluşan su miktarı alınan gıdanın yapısına bağlıdır
Formül yapılarında daha fazla hidrojen bulunan
moleküllerden daha fazla su oluşur
 SU METABOLİZMASI

• Su, vücuttan başlıca idrar olarak atılır

• Bunun yanında dışkı, ter, tükürük, göz yaşı,

burun salgıları, genital salgılar ve solunum ile
de atılır

• Laktasyondaki hayvanlardan önemli miktarda

su süt ile atılır
 VÜCUT SUYUNUN KOMPARTIMANLAR
ARASINDA HAREKETİNİ ETKİLEYEN GÜÇLER

• Ozmotik basınç
• Onkotik basınç (Kolloid ozmotik basınç)
• Hidrostatik basınç
 Ozmotik basınç
• Suyun, yarı geçirgen bir zarı (suyu geçiren, erimiş
maddeleri geçirmeyen) geçerek çözeltiye katılmasına
Ozmoz denir

• İntervazal, interstisyel ve sellüler kompartmanların

ozmotik basıncı, ozmotik etkiye sahip belirli taneciklerin
konsantrasyonundan ileri gelir ve bütün kompartmanlarda
300-400 mEq/L’ye ulaşır

• 0.15 (%0.85) M NaCl= Vücut sıvılarının ozmotik basıncı

• Böyle çözeltilere izotonik ya da izoozmotik çözelti denir
 Ozmotik basıncın önemi
• İnsan ve hayvanlarda hücre içi ve hücre dışı sıvılarının
ozmotik basınçları % 0,9’ luk (% 0,85) NaCl çözeltisinin
ozmotik basıncına eşittir
• Hücreler ve kan hücreleri normal fonksiyonlarını bu
ozmotik basınca yakın ortamlarda devam ettirebilirler
• Hastalara uygulanan serumların ve damar içi
enjeksiyonlarının ozmotik basınca sahip çözeltiler olması
şarttır
• Göz ve burun boşlukları gibi hassas membranların ilaçla
tedavisinde su yerine serum fizyolojik kullanılması
hassasiyet oluşmasını engeller
 Kolloid ozmotik basınç
• Yarı geçirgen zardan geçemeyen kolloid
maddelerin oluşturduğu basınca onkotik basınç
ya da kolloid ozmotik basınç denir
• Plazmada bulunan proteinli maddeler hücre
zarından geçemezler ve plazmada proteinlerin
derişimi hücrelerarası sıvıdan beş kat daha
fazladır
• Kılcal damarlardaki ozmotik basıncın bir bölümü
bu proteinlerce oluşturulur
 Hidrostatik basınç
• Bir sıvı içinde bulunan bir cisme bu sıvının kütlesi
tarafından etki eden basınç hidrostatik basınç
olarak adlandırılır
• Damarlar ve dokuların interstisyel boşluğu
arasında devamlı bir sıvı akışının neden olduğu
hidrostatik basınç dalgalanması bulunur
• Arteriyel tarafta hidrostatik basınç büyük olduğu
için kan dokuya doğru filtre olur (filtrasyon)
venöz tarafta ise hidrostatik basınç küçük olduğu
için dokudan kana absorpsiyon olur
 SU DENGESİNİN BİLANÇOSU
• Vücuttan atılan günlük su miktarı, vücut ağırlığına
bağlı ise de kg başına atılan su miktarı yaşlandıkça
azalır, yani suyun biyolojik yarı ömrü büyür. Yaşlı
vücut suyu daha ekonomik kullanır

• Vücuttan suyun atılmasını düzenleyen organlar

böbrek, barsak, deri ve akciğerdir

• Böbreklerde yaklaşık olarak 1 kg vücut ağırlığı

başına 1 saatte 1 ml idrar çıkarılır
 SU DENGESİNDEKİ BOZUKLUKLAR
• Polihidri: Vücut suyunun mutlak artışıdır (ödem, kalp
yetmezliği, hipoproteinemi)

• Oligohidri: Vücut suyunun mutlak azalışıdır (kusma,

ishal, aşırı terleme, idrara çıkma)

• Hiperhidri: Vücut suyunun nisbi artışıdır. (Aşırı su

alınması, böbrek üstü bezlerinin yetersizliğinde
elektrolitçe fakirleşme)

• Hipohidri: Vücut suyunun nisbi azalışıdır (Elektrolit

miktarını artıran durumlar)
 DİFÜZYON

• Bir eriyikte moleküllerin, kendiliğinden

eriyiğin her tarafına eşit olarak yayılmasıdır.

*Bu olayda parçacıklar küçüldükçe ve ısı

arttıkça difüzyonun hızı artar.

• Difüzyon tek yönlüdür, yön çok yoğundan az

yoğuna doğrudur. Ör: Oksijenin havadan kana,
kandan dokulara, besin maddelerinin kandan
dokulara, ilaçların enjekte edildikleri noktadan
etraftaki dokulara geçmesi vb.
 DİFÜZYON
Difüzyon organizmada maddelerin kısa mesafede
taşınmasını sağlar, çünkü hızı oldukça düşüktür
Suda erimiş besin maddelerin daha uzun
mesafelere taşınmasına konveksiyon denir

Ör: glukoz
kan plazmasından eritrositlere difüzyon ile
karaciğerden dokulara konveksiyon ile
geçer
 OZMOZ VE OZMOTİK BASINÇ

• Suyun, yarı geçirgen bir zarı (suyu geçiren,

erimiş maddeleri geçirmeyen) geçerek
çözeltiye katılmasına Ozmoz denir.
 DİYALİZ

• Küçük basit moleküllerin, sudan başka basit

molekülleri ve iyonları da geçiren bir dializ
zarından geçerek daha büyük kompleks
moleküllerden ayrılmasına Diyaliz denir.

• Ör. Albumin ve tuz çözeltisinin ayrılması vb.

 Diyalizin önemi
• Artık maddelerin vücuttan atılması kısmen
diyalize dayanır
• Yapay böbrek cihazlarının temelidir
• Elektroforez tekniğinin hazırlayıcı bir
basamağıdır
• Laboratuvarda difteri ve tetanoz antitoksinleri
fazla elektrolitlerinden diyalizle atılır
 DONMA NOKTASININ DÜŞMESİ
Çözünmüş maddeler içinde çözündükleri
çözücünün donma noktasını düşürürler
İyonlaşmayan bir maddenin 1 molekül gramı 1 l
suda çözülürse, suyun donma noktasını 1,86 ⁰C
düşürür
Donma noktası ile ozmotik basınç arasında yakın
ilişki vardır
Bundan yararlanarak maddelerin molekül ağırlıkları
ve çözeltinin basıncı hesaplanabilir
 DONMA NOKTASININ DÜŞMESİ
Ör: İyonize olmayan bir maddenin 50 g’ı 1 l suda
çözündüğünde çözeltinin donma noktasını 0,93
⁰C düşürüyor
Bu maddenin molekül ağırlığı nedir?
Çözeltinin ozmotik basıncı nedir?
0,93 ⁰C 50 g 1,86 ⁰C 22,4 Atm
1,86 ⁰C Xg 0,93 ⁰C X Atm

X = 1,86 . 50 / 0,93 X = 0,93 . 22,4 / 1,86

X = 100 g x = 11,2 Atm
 DONMA NOKTASININ DÜŞMESİ

Donma noktasının düşmesi (DND), hafif

donmaların niçin öldürücü olmadığını
açıklar

DND’den süte su katılması hilesinin

tespitinde yaralanılır. Su 0ºC’de, süt -
0,56ºC’de donar
 YÜZEY GERİLİMİ

• Çözünmüş maddeler, çözücünün yüzey

gerilimini değiştirir. Toplu iğnenin suya
yatay bırakılması, sivrisineklerin durgun
suyun yüzünde batmadan kalması vb.

• Yüzey geriliminin sebebi, çözülmüş

moleküllerin yüzeyde sıkılaşarak adeta bir
film teşkil etmesidir.
 YÜZEY GERİLİMİ
• Yüzey gerilimini anorganik maddeler artırırken,
sabun ve safra gibi organik maddeler azaltırlar

• lipit sindiriminde safranın önemi

• Safra, yağların yüzey gerilimini azaltarak, yağ

taneceklerini, lipazın etkisine açık hale getirir
 Yüzey geriliminin önemi
• Küçük böceklerin su yüzeyinden batmadan
yürüyebilmeleri
• Suyun ince cam borularda ve süzgeç kağıdında
• Gazın lamba fitilinde yükselmesi
• Yüzey gerilimini artıran maddeler: İnorganik
maddeler
• Yüzey gerilimini azaltan maddeler: Yağ,
sabun, safra gibi organik maddeler
 ADSORBSİYON

• Yüzeyde konsantre olmaya adsorbsiyon,

yüzey zarındaki konsantrasyon azalmasına
da negatif adsorbsiyon denir

• Adsorbsiyonun biyokimyada
(kromatografi) ve histolojide (boyamada:
asidik hücre çekirdeği metilen mavisi ile,
bazik dokular eozin ile) geniş kullanım
alanı vardır
 ADSORBSİYON

• Başka maddeleri yüzeylerinde tutma yeteneği olan

maddelere adsorban denir

• Adsorbsiyon metotları karışımlardan belirli maddelerin

ayrılması ve saflaştırılmasında kullanılır

• Büyük moleküllü ve renkli maddeler, hayvansal kömür

ve diğer adsorbanlar tarafından adsorbe edilirler ve
çözeltilerden ayırt edilirler
 ADSORBSİYON
• İdrarın rengi, iyi bir adsorban madde olan
hayvansal kömür ile çalkalanarak yok edilebilir
• Hayvansal kömür: Hayvan kemiklerinin ve başka hayvansal
maddelerin tam olarak yakılmaması sonucu oluşan, kalsiyum
fosfatça zengin, %10 karbon ve %90 inorganik maddelerden
oluşan bir tür kömür.

• Hormonlar ve enzimler Al2O3 tarafından belirli

pH’da adsorbe edilirler ve pH değiştiği zaman
birbirinden ayrılabilirler
 Dispers Sistemler, Koruyucu Kolloidler,
Molar ve Normal Çözeltiler, Yüzde Çözeltiler

• Bir kolloid sistemde çözücüye Dispersiyon

ortamı

• Kolloidal parçacıklara da Dispers faz denir

• Bu iki faz arasında affinite (birbirine ilgi) yoksa

süspansoid (liyofob, hidrofob), affinite varsa
emülsoid (liyofil, hidrofil) sistem denir
 Dispers Sistemler
• Bir yada daha fazla maddenin bir ortamda
çözülmesiyle oluşup 2 fazı bulunur
• a. İç faz: Çözünen madde
• b. Dispers faz= dış faz = dispersiyon ortamı: İç faz
parçacıklarının çözündüğü ortam olup biyolojik
olaylarda genellikle sudur
• 3 tür dispers sistem vardır:
1. Gerçek çözeltiler
2. Kollaidal çözeltiler
3. Süspansiyonlar
 Gerçek çözelti
İç faz parçacıkları <1 nm
Homojen
Viskozitesi düşük
Ozmotik basınç yüksek
Işıkla çözelti aydınlanır
İç faz parçacıkları görülemez
İç faz parçacıkları moleküler
hareketler yaparlar
İç faz parçacıkları süzgeç
kağıdından süzülerek ya da
zardan diyalizle ayrılmaz
Kolloidal çözelti
İç faz parçacıkları 1-100 nm
Heterojen
Viskozitesi yüksek
Ozmotik basınç düşük
Işıkla sisli görüntü vardır
(Tyndall etkisi)
İç faz parçacıkları elektron
mikroskop ile görülür
İç faz parçacıkları Brown
hareketi yaparlar
İç faz parçacıkları süzgeç
kağıdından süzülerek ayrılmaz kağıdından süzülerek hem de
zardan diyalizle ayrıır
Süspansiyonlar
İç faz parçacıkları >100 nm
Heterojen
Viskozitesi çok yüksek
Ozmotik basınç göstermez
İç faz parçacıkları ışık
mikroskobu hatta gözle
görülür
İç faz parçacıkları yavaş
Brown hareketi yaparlar
İç faz parçacıkları hem süzgeç
zardan diyalizle ayrılır
Brown hareketi Tyndall etkisi
 Kolloidal durum terimleri
Dispers faz Kolloidal çözeltideki çözünen maddenin parçacıkları

Dispersiyon ortamı Kolloidal çözeltideki çözücü sıvı

Suspanoid (liyofobik Dispers fazın, dispersiyon ortamına çekiciliği yok ve gerçek çözelti
sistem) haline geçmeye yönelmiyorsa oluşan sistemdir

Hidrofobik Suspanoidde dispersiyon ortamının su olduğu sistem

Emülsoid (liyofilik sistem) Eğer dispers fazların, dispersiyon ortamına bir çekiciliği varsa ve
onunla birleşmeye yöneliyorsa oluşan sistemdir

Hidrofilik Emülsoidde dispersiyon ortamının su olduğu sistem

 Emülsoidlerin akıcılıkları (vizkozite)

SOL JEL

Vizkozitesi düşük, Vizkozitesi yüksek, peltemsi,

gerçek çözeltiye yakın, akışkanlığı sağlamak için basınç
bir kaptan diğerine akabilen uygulanması gereken kolloidal
kolloidal sistemdir sistemdir

Ör: mürekkep kartuşu Ör: jelatin

 7 tip kolloidal sistem vardır

• Katı-katı içinde: siyah elmas

• Sıvı-sıvı ˝ : kükürt-su içinde
• Katı-gaz ˝ : emülsiyonlar
• Sıvı-katı ˝ : inci
• Gaz-katı ˝ : sünger taşı
• Gaz-sıvı ˝ : köpük
• Sıvı-gaz ˝ : sis
 KORUYUCU KOLLOİDLER

• Emülsoidler, suspansoidlerden daha dayanıklıdır

• Eğer bir emülsoidin az miktarı bir süspansoide

eklenir ise süspansoid daha dayanıklı olur

• Emülsoid, süspanoiddeki parçacıkların etrafında

koruyucu bir tabaka oluşturur ve emülsoid kendi
dayanıklılığının çoğunu bu parçacıklara verir. Bu
emülsoidlere koruyucu kolloid denir
 KORUYUCU KOLLOİDLER

Globulinler hariç çeşitli proteinler koruyucu etkiye

sahiptirler

Kan plazmasındaki suda çözünmeyen birçok

madde, plazmadaki koruyucu kolloidler tarafından
çökmeksizin taşınabilir

Lipitler, proteinlerin etkisiyle kolloid olarak

çözünürler
 KORUYUCU KOLLOİDLER

İdrarda kalsiyum fosfat ve ürik asit gibi

çözünmeyen maddeler, idrardaki koruyucu
kolloidlerin etkisiyle dayanıksız ve aşırı doymuş
çözeltiler halinde çökmeden atılırlar

İdrarın içerdiği koruyucu kolloidlerin azalması ile

ürolitiazis (Üriner sistem taş hastalığı) oluşur
 OZMOTİK REGÜLASYON

• Vücuttaki ozmotik basıncı düzenleme

mekanizmaları, devamlı bozulan vücut sıvıları
izotonisini korumaya çalışır. Tuzlu yemekten
sonra susama, su içme sonu idrara çıkma
gibi...

• Ozmotik basınç molekül büyüklüğüne değil,

sayısına bağlıdır. Amino asitlerin protein,
glukozun glikojen şeklinde depolanması
gibi…
 pH
• pH= Bir çözeltideki mevcut [H+] iyonlarının
konsantrasyonunun eksi logaritmasıdır
• pH=-log [H+]
• Bir çözeltinin pH’sı 7’den küçük ise asit
• 7’den büyük ise baz
• 7 ise nötrdür
• Bir birim pH artışı 10 kat [H+] düşüşüne karşılık
gelir
• Plazmada [H+] hiçbir iyonda olmayan bir şekilde
oldukça dar sınırlar içinde tutulur.
pH skalası
 0,100 M HCl çözeltisinin pH’sını hesaplayalım

HCl H+ + Cl-
0,1 0,1 0,1

pH = - log [0,1]
= - log [1/10]
-1
= - log [10 ]
= - (-1)

pH = 1,0
 0,200 M NaOH çözeltisinin pH’sını hesaplayalım

+ -
NaOH Na + OH
-14
[H].[OH] = 10
-14
[H] = 10 / [OH]
-14
[H] = 10 / 0,200
-14
[H] = 5 x 10
-14
pH = - log (5x10 )

pH = 13,301
 Vücut sıvısı pH değeri
• Plazma 7,38–7,44
• Pankreas salgısı 7,5 –8,0
• Tükürük 6,35 –6,85
• Süt 6,6 –6,9
• İdrar 4,8 –7,5
• Mide özsuyu 0,9–1,6
 pH

Biyolojik makromoleküllerin yapısının ve

etkinliğinin belirlenmesinde
Enzimatik reaksiyonlarda
İlaçların emilimlerinde
Çözünürlükte
 ASİTLER VE BAZLAR

• Asit: Sulu ortamda H+ veren maddelere

veya proton veren maddelere ya da
ortaklanmamış elektron çiftine katılan
maddelere denir

• Baz: Sulu ortamda H+ alan maddelere veya

proton alan maddelere denir
1 litresinde 1.008 g H+ taşıyan çözeltilere 1 N asit

1 litresinde 17.008 g OH- taşıyan çözeltilere

o maddenin 1 N baz çözeltisi

1 lt.sinde 1 eşdeğer gram madde taşıyan çözeltilere

o maddenin 1 N çözeltisi

1 mol g madde taşıyan çözeltilere o maddenin 1 M çözeltisi

denir
• Eşdeğer gram: Formül tartısı
Değerlik

*Asitlerin değerliği H+ sayısı

*Bazların değerliği OH- sayısı kadardır

Normalite Faktörü (F): Çözeltinin ml miktarı ile
çarpıldığında o çözeltinin o miktarının ne kadar
normal çözeltiye denk olduğunu gösterir.

N1 x V1= N2 x V2 (N: Normalite; V: Hacim)

İndikatör: Çözeltilerde ortamın H+

konsantrasyonuna göre renk değiştiren maddelere
denir.

Ör: Fenolftalein pH>8.3’te kırmızıdır.

Dönüm noktası: İndikatörün renk değiştirdiği

noktaya denir.
 AMFOLİTLER

• Hem asitlerle hem de bazlarla tuz yapabilen

maddelere denir.

• Asit ortamda katyon, bazik ortamda anyon

teşkil ederler.

• Bir amfolit belli pH’da aynı sayıda + ve – yük

taşır.
• Bu pH’ya o amfolitin izoelektrik nokta pH’sı
(İEN pH) denir.
 TAMPON ÇÖZELTİLER

• Dışarıdan gelen H+ veya OH- iyonlarına karşı

pH değişmelerini azaltan veya pH değerini
sabit tutan çözeltilerdir

• Zayıf asitler, bazlara karşı, zayıf bazlar da

asitlere karşı tampon etki gösterirler

• Genellikle zayıf asitlerle tuzlarının karışımı iyi

tampon etki yaparlar

• CH3COOH + CH3COO.Na gibi…

 Tampon sistem
İstenilen pH değeri için optimum tamponlama
kapasitesine sahip olmalı
Isı, metal iyon etkisinden az etkilenmeli
Toksik ve inhibitör etki taşımamalı
UV ve görünür ışığı absorbe etmemeli

77
Proteinler
Histidin
Fosfat tampon sistemi ~ pH 6.8

Ekstraselüler sıvılar, stoplazma

H2PO4- H+ + HPO4-2
Bikarbonat tampon sistemi ~ pH 7.4
Kan plazması
Solunum hızı CO2 alma, atma
H2CO3 H+ + HCO3-

CO2 + H2O H2CO3

 -
pH = pKa + log [HCO 3]
[H2CO3]
* Çözünmüş CO2 karbonik aside göre 700-1000 kat daha fazladır

Böbreklerle ,eritrositlerle (karbonik anhidraz)

-
Metabolik kontrol
pH = pKa + log [HCO 3]
[CO2] akciğerlerle
respiratuar kontrol

[CO2] = a x pCO2 Henry kanunu: bir gaz bir sıvı içerisinde

çözülürse gazın konsantrasyonu gazın parsiyel
basıncı ile direkt orantılıdır
a=pCO2 nin 37 C°’deki
çözünürlük katsayısı =0,23 kPa
0,03 mmol/L/mmHg
Hemoglobin tampon sistemi
[H+] dengesi = asit-baz dengesi;
• Diyetle alınan H+ miktarı + endojen metabolizma
sonucu oluşan H+ miktarı ile vücuttan atılan H+
miktarının dengeli olmasıyla sağlanır
• Ekstrasellüler ortamın dengesi fizyolojik sınırlar içinde
tutulur ve canlılık devam ettirilir
• asit-baz dengesinin sağlanması için;
• Uçucu asitler solunum ile uzaklaştırılır (CO2)
• H+ ve HCO3- böbreklerle uzaklaştırılır
• Uçucu olmayan H+ kimyasal tamponlar ile kompleks
oluşturur ve atılır
Vücut sıvılarındaki asit-baz dengesi aşağıdaki
3 etki ile bozulabilir

• 1. Kanın pH değeri
• 2. Kandaki karbonik asidin kısmi basıncı
• 3. Kanın bikarbonat konsantrasyonu
 Vücutta pH’yı düzenleyen mekanizmalar

• 1. Sulandırma (seyreltme)
• 2. Solunum CO2 atılması
• 3. Renal mekanizma (fazla asit ve bazın
atılması veya NH3 teşkili)
• 4. Tampon sistemler
 ASİDOZ VE ALKALOZ
• Asidoz: Kanın pH düzeyinin 7,4’ün altına düşmesidir.
• Asidoz türleri;

• 1. Metabolik (Primer HCO3 yetmezliği, şeker

hastalığı, fazla hareket)

• 2. Respiratorik (Primer HCO3 fazlalığı, akciğer

hastalıkları, zehir ve uyuşturucu madde etkisi)

• 3. Deneysel (Deneysel HCO3 yetmezliği)

• Alkaloz: Kanın pH düzeyinin 7,4’ün üstüne
çıkmasıdır.

• Alkaloz türleri;

• 1. Metabolik (Kanda HCO3 artışı, kronik

kusmada HCl kaybı)

• 2. Respiratorik (Kanda primer H2CO3

azalması, ateşli hastalıklar, sıcak banyo,
solunum merkezini uyaran ilaçlar)
 ASİT-BAZ DENGESİNİN DÜZENLENMESİ

Böbreklerle düzenleme

Kanda karbonik asit veya hidrojen iyonu

konsantrasyonunun artması, solunum merkezinin
uyarılmasını ve fazla CO2’nin solunumla atılmasını
sağlar. Bunun tersine bu maddelerin kanda
konsantrasyonunun azalması, solunumun azalmasına
yol açarak, CO2’in normal değere ulaşıncaya kadar
birikimini sağlar.
Böbreklerle Düzenleme

Metabolizmada fazla olarak meydana gelen

asetoasetik asit, fosforik asit ve sülfirik asit
idrarla atılır.

Anorganik asitler kanda genellikle sodyum ve

potasyum tuzu halinde bulunurlar. Bunlar
böbreklerle atılmalarından sonra distal
tubulide hidrojen iyonları ile yer değiştirirler
ve böylece idrarın pH’sı azalır.
Karaciğerle düzenleme

Karaciğer bazı asitlerin başka amaçlarla

kullanılarak etkisiz hale getirilmesini sağlar.

Süt asidinin (laktik asit) glikojen sentezinde

kullanılması, asetoasetik asidin lipid
metabolizmasında daha ileriye metabolize
edilmesi gibi…
 ELEKTROLİT DENGESİ
*Yüksek derecede organize olmuş bütün
canlıların vücut sıvılarında ve dokularında
karakteristik ve sabit bir elektrolit içeriği
vardır.

*Canlı, gelişme yönünden ne kadar geri

kalmış ise vücudundaki elektrolit içeriğinin
deniz suyundakilerle o derece büyük benzerlik
göstermesi, biyokimya bakımından dikkat
çekicidir.
Canlılar gelişmeleri süresince gitgide
farklılaşarak hipotonik ve hipertonik
sıvıların meydana gelmesini sağlayan iyon
seçiciliklerini artırırlar ve elektrolit
içerikleri ile özel görevleri arsında uyum
oluştururlar.
 Organizmada elektrolit miktarları yönünden hücreler ve
diğer sıvı kompartımanları arasında önemli farklar vardır.
Bunun nedenleri;

1. Hücrelerde protein miktarının yüksek olması ve

buna dayalı olarak Gibbs-Donnan etkisinin
kendini göstermesi.
2. Hücre zarının biyolojik bir duvar teşkil etmesi ve
canlı hücrelerin elektrolit konsantrasyonunun
azalmasına karşı iyonları artırması veya hücre
zarından geçişini sınırlaması.
3. Bazı kompleks bağlanmalardan dolayı iyon artışı.
 GİBBS-DONNAN ETKİSİ

Bir boşluk yarı geçirgen bir zarla ayrılırsa bir

elektrolit çözeltisinin iyonları her iki tarafa da
düzenli bir şekilde dağılır.

Bu iki çözeltiden birinde yarı geçirgen zardan

geçemeyen yüklü bir makromolekül
bulunduğunda düzensiz bir iyon dağılımı olur.
İşte Gibbs-Donnan etkisi bu iyon dağılımını
açıklar.
 GİBBS-DONNAN ETKİSİ
A kompartımanı (hücre) B kompartımanı (intersitisyel boşluk)

Denge
bozulunca 1 proteinat- 20 klorür-

10 potasyum+ 20 potasyum

Denge 1 proteinat- 12 potasyum+

oluşunca
18 potasyum+ 12 klorür-

8 klorür-

Şekil: Gibbs-Donnan etkisi

*A tarafında (proteinli taraf) aynı adlı elektrikle yüklü klorür
anyonu sayısı, zıt elektrikle yüklü potasyum katyonu
sayısından daha az bulunur.

Proteinat anyonu aynı adlı elektrikle yüklü klorür anyonunu

yarı geçirgen zardan B tarafına iter.

Buna karşılık B tarafından da potasyum katyonu A tarafına

geçer. Kısaca, biyolojik sıvılarda proteinat anyonu çoksa
klorür anyonu azdır, ya da tersidir.

Ör: Omurilik sıvısında az proteinat çok klorür bulunması…

 GİBBS-DONNAN ETKİSİ

Daha büyük konsantrasyonda protein

bulunması nedeniyle, bir hücre içindeki
anyonlar ve katyonlar toplamının, bunların
hücre içindeki klorür anyonu miktarının
neden daha az olduğunu, hücredeki pH
değerinin neden hücre dışı pH değerinden
daha düşük olduğunu açıklar.
Partisyon katsayısı bir denge sabiti olup bir Z maddesi
birbiriyle karışmayan iki çözücü arasında değişmeden
dağıldığı ve denge kurulduğu zaman, Z maddesinin bir
çözücüdeki konsantrasyonun diğer çözücüdeki
konsantrasyonuna oranıdır
Bir sıvı ya da katının bir çözücü içinde çözünmesinde 2 olay
şekillenir
1. Katının önce moleküller arası çekim kuvvetlerini yenerek
çözücü içerisinde molekül veya iyonlarına ayrışması
2. Bu molekül ya da iyonların çözücü molekülleri tarafından
sarılarak çözünmenin tamamlanmasıdır. Çözücü
moleküllerinin çözünen maddenin molekül veya iyonlarını
sarmasına solvatasyon,
çözücü su ise hidratasyon denir
 Bir maddenin bir çözücü (su) içinde en küçük
birimlerine ayrışacak halde dağılmasına çözünme
denir

 İyonik maddeler suda çözündüklerinde iyonlarına

kadar ayrışırlar

NaCl (k)-------->Na+ (aq)+ Cl-(aq)

CaCl2(k)--------> Ca+2 (aq)+ 2Cl-(aq)
AlCl3(k)-------> Al+3 (aq)+ 3Cl-(aq)
Kovalent yapılı maddeler suda çözündüklerinde
moleküllerine n tane ayrışırlar

İyonlaşmazlar

C6H12O6 (k) --------> C6H12O6 (aq)

1 mol n tane
1. Derişime göre çözeltiler

1.a. Seyreltik çözeltiler: Çözüneni az, çözücüsü

fazla olan çözeltilerdir

1.b. Derişik çözeltiler: Çözüneni fazla,

çözücüsü az olan çözeltilerdir
En seyreltik çözelti hangisidir?
En derişik çözelti hangisidir?

% 10 'luk % 15 'lik % 20 'lik

NaCl NaCl NaCl

1 . Çözelti 2 . Çözelti 3 . Çözelti

2. Doygunluğa göre çözeltiler

2.a. Doymuş çözeltiler: Belli şartlarda, bir

çözücüde, çözünebilen kadar madde
çözünmüştür

2.b. Doymamış çözeltiler: Belli şartlarda, bir

çözücüde, çözünebilenden daha az madde
çözünmüştür

2.c. Aşırı doymuş çözeltiler: Bir çözücüde

çözünebilenden daha fazla madde çözünmüştür
Aşırı doygunluk hali kararsız olup çözeltiyi aşırı
doygun kılan faktörler ortadan kaldırıldığında,
(fazla madde çöker ya da uçar) çözelti tekrar
3. İletkenliğine göre çözeltiler
3.a. Elektrolit çözeltiler: Elektrik akımını ileten
çözeltilerdir

Elektrik akımını iyi iletenler: kuvvetli elektrolitler,

Elektrik akımını zayıf iletenler: zayıf elektrolitler

3.b. Elektrolit olmayan çözeltiler: Elektrik akımını

iletmeyen çözeltilerdir
Temel olarak çözünürlük
Çözünen ve çözeni oluşturan atom/iyonların
birbirlerine olan çekim ilgisi
kuvvetli çekim çözünürlük

İyonik moleküllerin çözünürlüğü farklı

“Latis yapısı”
Latis enerji Çözünürlük
 Çözünme hızı

 Isı; çözünürlük hızını arttırır

 Yüzey alanı; boyut küçüldükçe çözünürlük artar
 Pudra, pellet, kristal
 Mekanik karıştırma
 Çözücü
 Çözenin hacmi