CEV 203–Çevre Mikrobiyolojisi

CEV203-ÇEVRE MİKROBİYOLOJİSİ
2019-2020-GÜZ

1
CEV 203–Çevre Mikrobiyolojisi

Enzimler-Katalizörler

Bir kimyasal reaksiyonun, kendileri kullanılmadan veya yapılarında

bir değişiklik yapmadan, hızını arttıran ve aktivasyon enerjisi
ihtiyacını azaltan maddelere ENZİMLER veya KATALİZÖRLER
denmektedir.

En gelişmiş katalizörler –enzimler canlı sistemlerinde bulunur.

Kendi kendine yürümeyen veya zorlukla yürüyen reaksiyonlar

katalizörlerle çok daha kolayca yürüyebilir. Bu katalizörlere ENZİMLER
denmektedir.

Canlı hücrelerde enzimler biyolojik katalizörler olarak görev yaparlar.

Reaksiyonları 10-1010 kez daha hızlandırmalarına ilave olarak enzimler

reaksiyonlarda oldukça seçici davranırlar.

Katalizörler olarak tüm enzimler tipik olarak kimyasal reaksiyonları

hızlandırırlar.
2
CEV 203–Çevre Mikrobiyolojisi

Enzimin 3 boyutlu yapısına

bakıldığında bir Aktif Bölgesi
olduğu görülür. Aktif Bölge ancak
kendisine özel bir madde ile
bağlantı kurabilir.
Her bir katalizör sadece bir active site
substrat üzerinde aktiftir ve
sadece bir reaksiyonu katalizler
ve bu maddeye ENZİMİN
SUBSTRATI denir. Enzimler
protein yapıdaki çok özel
yapılardır ve özel maddelerle veya
özel bir grup maddelerle
reaksiyon verirler ve bu
maddelere SUBSTRAT
denmektedir.
Örneğin, sukroz sukraz
enziminin substratıdır.

3
CEV 203–Çevre Mikrobiyolojisi

Enzimler substratı reaksiyona hazırlar ve reaksiyonun oluşması

ihtimali arttırır. Oluşan bu enzim-substrat kompleksi (ES) geçici
olarak oluşturulan enzimle substrat arasındaki bağ ile sağlanır ve
reaksiyonun aktivasyon enerjisini düşürerek daha etkili bir
çarpışmalara (reaksiyona) neden olur.
Enzimler reaksiyonların hızını arttırırken sıcaklığın yükselmesi
canlıların sistemleri üzerinde çok önemli rol oynar. Bilindiği gibi
sıcaklığın önemli veya kritik seviyelerde artması hücre
proteinlerinin parçalanmasına veya denatürasyonuna neden olur ki
bu durumda gerekli fonksiyonlar yerine getirilemez.

Enzimlerin en önemli fonksiyonlarından birisi de biyokimyasal

reaksiyonları hücrenin normalde çalışılabilir sıcaklık aralıklarında
hızlandırmasıdır.
Enzimler katalizör olarak reaksiyonlarda rol alır ve sonra
kendilerini yenileyerek (regenerasyon) diğer reaksiyonlarda tekrar
görev alırlar.
4
CEV 203–Çevre Mikrobiyolojisi

ENZİMLERİN SPESİFİKLİĞİ VE ETKİNLİĞİ

Enzimler oldukça yüksek olan seçiciliği ve özelliği sayesinde
(spesifikliği) substratlarıyla “kilit ve anahtar” benzetmesi gibi,
enzimlerin çok özel olan şekillerine bağlı olarak birleşir.

Enzimlerin spesifikliği muhtemelen yapılarının özelliğinden

kaynaklanmaktadır. Enzimler genelde büyük, yuvarlağımsı, moleküler
ağırlıkları 10 000 – 1 000 000’lara ulaşan proteinlerdir. Bilinen binlerce
enzimlerin her birisi 3-boyutlu şekilleri ve spesifik yüzey
konfigürasyonları onların karakteristik birincil, ikincil ve üçüncül
yapılarını ortaya çıkarır.

Her bir enzimin kendine özgü konfigürasyonu hücre içerisinde bulunan

çok sayıdaki ve çeşitteki moleküller (substratlar) içerisinden enzimin
doğru substratı bulmasını mümkün kılar. 5
CEV 203–Çevre Mikrobiyolojisi

Enzim kendine özgü olan substratı onun moleküler yapısıyla

tanır ve bağlanarak enzim-substrat kompleksi oluşturur.

Bu enzim-substrat kompleksi daha sonra birbirinden ayrılarak

bir veya daha çok sayıda orijinal substrattan farklı maddeleri,
yani ürünleri oluşturur. Bu arada enzim değişmeden kalır ve
sonraki reaksiyonları katalizlemek için hazır halde
reaksiyondan çıkar.

6
CEV 203–Çevre Mikrobiyolojisi

Enzim + Substrat Enzim-Substrat Kompleksi Enzim + Ürün

E+S ES EÜ E+Ü

Enzim ile substrat biribirlerine hidrojen, elektrostatik ve Van

der Waals bağları gibi non kovalent (zayıf) bağlarla bağlanır.

Bir enzim yalnızca spesifik substratı üzerinde faaliyet gösterir ve

birbirleriyle anahtar-kilit yapısına uyarak enzim-substrat kompleksi
oluşturur. Sonra enzim-sübstrat kompleksi ayrılarak enzim ve
ürünleri ortaya çıkarır.

Enzim reaksiyonun sonucunda değişmez ve tekrar reaksiyon

verebilmek için serbest kalır.

Enzimler çok etkili ve verimlidir. Optimum koşullar altında

reaksiyonları enzim bulunmayan reaksiyonlara göre hızlarını 108 - 1010
defa daha hızlı yürümesini sağlayabilirler.
7
CEV 203–Çevre Mikrobiyolojisi

Enzimlerin dönüşüm sayısı (tekrar kullanım sayısı) (turn-over number)

genelde 1-10,000 arasında değişmekle birlikte 500,000 kadar da
kullanılabilir. Dönüşüm sayısı enzim tarafından birim zamanda (1
saniyede) ürüne çevrilen substrat molekülü sayısıdır.

Örneğin DNA Polimeraz Enzimi (DNA sentezinde görev alır) dönüşüm

sayısı 15 iken, Laktat Dehidrojenaz Enzimi (laktik asitten hidrojen
atomlarını ayırır) dönüşüm sayısı 1000 olabilmektedir.

Pek çok enzim hücrede aktif ve inaktif şekillerde bulunur. Enzimlerin

hızları hücre ortamında bu formlara bağlı olarak değişiklik gösterir.
Apoenzim :Enzimin protein kısmı
Kofaktör :Enzimin protein olmayan (nonprotein) kısmı, inorganik kısmı
Prostetik Grup :Koenzim, enzim proteinine kovalent bir bağ ile bağlanmıştır
Holoenzim :Enzim + Kofaktör/Koenzim
Substrat :Enzim ile reaksiyona giren molekül
Ürün :Enzimatik reaksiyon sonucunda ortaya çıkan
Aktif merkez :Substratın enzime bağlandığı bölge veya reaksiyonun
meydana geldiği yer

8
CEV 203–Çevre Mikrobiyolojisi

ENZİMLERİN İSİMLENDİRİLMESİ

Enzimler ne yaptıklarına, görevlerine bağlı olarak isimlendirilir

ve sonlarına –az- (-ase) eki alır.

Örneğin parçalama işleminde kullanılan mide enzimleri

proteinleri parçalar ve mide proteinaz (gastric proteinase)
ismini alır.

“Gastric” mide içerisinden kaynaklandığını ve “proteinaz” ise

protein moleküllerini parçaladığını gösterir. Bu enzimin genel
bir diğer ismi ise PEPSİN, (Klasik isim dışında) dir.

Bir diğer örnek, Oksidoredüktaz enzim sınıfı oksidasyon–

redüksiyon reaksiyonlarını katalizler. Bu sınıf enzimleri
substrattan hidrojeni çıkararak uzaklaştırır ve bu yüzden
dehidrojenazlar ve moleküler oksijeni (O2) substrata ilave
edenlere ise oksidazlar denmektedir.

9
 Enzimlerin isimlendirilmesi ve Örnekler
Madde Hidroliz Enzimi
Nişasta(Amilon) Amilaz
Yağ (Lipos) Lipaz
Protein Proteaz
Üre Üreaz

Bu kurala uymayanlar:
Pepsin (midede), tripsin(pankreasta), pityalin(tükürükte)

10
CEV 203–Çevre Mikrobiyolojisi

ENZİMLERİN ELEMANLARI
Enzimlerin bazıları tamamen proteinlerden oluşmuşsa da bir çok grubu
protein olmayan grupları da içerir. Protein kısmına apoenzim ve protein
olmayan kısmına ise kofaktör denmektedir.

Örneğin; demir, çinko, magnezyum, kalsiyum iyonları kofaktör lerdir.

Eğer kofaktör organik bir molekül ise bunlara koenzim denmektedir.

Koenzimler genelde protein yapısında değildirler. Vitaminlerin bazıları
önemli koenzimlerdir.

Apoenzimler kendi başlarına inaktiftirler. Apoenzimler kofaktörlerce aktif

hale getirilir. Eğer kofaktör uzaklaştırılırsa apoenzim fonksiyon göstermez.

Apoenzim ve kofaktör
birlikte holoenzimleri
oluşturur ve bunlar
aktif enzimlerdir.

11
CEV 203–Çevre Mikrobiyolojisi
Niasin-B3
NAD+/NADP+
Koenzimler; enzimlere sübstrattan
çıkarılan atomları alarak (accepting)
veya sübstratın ihtiyacı olan atomları
vererek (donating) yardımcı olurlar.

Örneğin: Bazı koenzimler elektron

taşıyıcısı olarak hareket ederken;
sübstrattan uzaklaştırarak aldıkları
elektronları bir ardışık reaksiyondaki
moleküllere verirler.

Koenzimlerin çoğu vitaminlerden

oluşur.

Hücre metabolizmasında bulunan en

önemli 2 koenzim nikotinamit adenin
dinükleotit (NAD+) ve nikotinamit
adenin dinükleotit fosfat (NADP+) dir.
Pantotenik asit -B5

CoA 12
CEV 203–Çevre Mikrobiyolojisi

Her iki koenzimde (NAD+ ve NADP) B vitamininin yan ürünleri (derivatifleri)

olup elektron taşıyıcıları olarak fonksiyon gösterirler.

*NAD+ öncelikle katabolik (enerji üreten) reaksiyonlarda görev yapar,

**NADP+ ise öncelikle anabolik (enerji tüketen) reaksiyonlarda görev yapar.

Flavin koenzimi flavin adenin dinükleotit (FAD), B vitamini riboflavin yan

ürünlerini içerir ve elektron taşıyıcısıdır.

Diğer bir önemli koenzim KOENZİM A (CoA) dır ve pantotenik asit derivatifini
içerir ki o da başka bir B vitaminidir. Bu koenzim yağların sentezinde ve
parçalanmasında ve bir seri oksidasyon reaksiyonunun olduğu Krebs
Devresinde önemli rol alır.

13
CEV 203–Çevre Mikrobiyolojisi

Bazı Vitaminler ve Koenzimatik Fonksiyonları

14
CEV 203–Çevre Mikrobiyolojisi

Bazı kofaktörler; metal

iyonları - demir, bakır,
mağnezyum, manganez,
çinko, kalsiyum ve kobalt dır.

Bu kofaktörler sübstrat ile

enzim arasında bir köprü
oluşturarak bir reaksiyonun
katalizlenmesine yardımcı
olur.
Örneğin,
Mağnezyum (Mg2+) pek çok fosforilasyon enzimlerince (enzimler ATP
den transfer ettikleri fosfat grubu diğer bir sübstrata taşımakta)
gereksinim duyulur. Mg2+ ATP molekülü ve enzim arasında bir bağlantı
oluşturabilir.
Pek çok iz elemente hücre enzimlerinin aktivasyonu için canlılarca
gereksinim duyulur.

15
CEV 203–Çevre Mikrobiyolojisi

Enzimler 6 sınıfa ayrılırlar:

1) Hidrolazlar

2) Oksidoredüktazlar

3) İzomerazlar

4) Transferazlar

5) Liazlar

6) Sentetazlar veya Ligazlar

16
CEV 203–Çevre Mikrobiyolojisi

Hidrolaz Enzimleri
Su molekülü ilavesi yaparak polimerlerden basit monomerlere doğru
oluşmaya yardımcı olurlar. Enerji verici gıdaların 3 ana grubu (insan ve
hayvanların yedikleri) : karbohidratlar, proteinler ve yağlar dır.

İnsanların yediği kompleks karbohidratlar genelde disakkaritler (sukroz

veya toz şeker) ve polisakkaritler (nişasta) dir. Bunlar basit şekerlerin,
C6H12O6 birleştirilmesi ile yani su molekülünün çıkarılmasıyla (dehidrasyon
sentezi) oluşturulur.

Proteinler amino asitlerin kondensasyonuyla oluşturulur ve bu arada yine

her bir bağ oluşumunda bir molekül su çıkarılır. Yağlar ve esterler, gliserol ve
yağ asitlerinin bağlanmasıyla oluşturulur. Protein, karbohidrat ve yağlar
oluşturulurken her bir bağda bir molekül su çıkarılır. Bu maddelerin yiyecek
olarak kullanılması için büyük kompleks moleküllerin tekrar parçalanarak
basit yapıya döndürülmesi gerekir ki bu durumda hücre zarlarından
geçebilmeleri sağlanır ve hücrenin kimyasal reaksiyonlarında rol alabilirler.
Bu tersine işlemler hidroliz enzimleri (Hydrolases) tarafından yürütülür.

17
CEV 203–Çevre Mikrobiyolojisi

Oksidoredüktazlar
Oksidasyon ve redüksiyon canlılarda enerji değişimleri için
temel reaksiyonlardır. Hücre solunumu bir oksidasyon
reaksiyonudur ve bir karbohidrat, C6H12O6 enerjisini serbest
bırakarak karbon dioksit ve suya ayrışır.

Uzun karbon zincir bileşikleri parçalanma reaksiyonlarıyla

su ve toprakta mikroorganizmaların faaliyetiyle CO2’e kadar
biyolojik parçalanmaya uğrar.

C6H12O6 + 6O2  6CO2 + 6H2O + Enerji

18
CEV 203–Çevre Mikrobiyolojisi

Gerçekte canlı sistemlerinde böylesine karışık reaksiyonlar kendi içerisinde

bir seri tekil reaksiyon adımlardan meydana gelmektedir. Bu
reaksiyonlardaki adımların bazıları oksidasyon içerir. Serbest oksijenin
varlığında yürütülen bu enzimlere oksidazlar denmektedir. Genel olarak
biyolojik oksidasyon-redüksiyon reaksiyonları oksidoredüktaz enzimlerince
katalizlenir.

Yukarıda bahsedilen enzim çeşitleri dışında canlı sistemlerinde çeşitli

görevleri yürüten bir çok enzim bulunur. Bunlara en iyi örnek izomerazlar dır
ve bunlar belli bileşiklerin izomerlerini oluştururlar.

Örneğin: Pek çok çeşit basit şekerler içerisinde sadece glikoz hücrede
doğrudan kullanılabilir. Glikozun izomerleri izomeraz enzimlerince glikoza
çevrilerek kullanıma sunulur.

Fruktoz izomeraz
Glikoz- 6-fosfat Fruktoz-6-fosfat

19
CEV 203–Çevre Mikrobiyolojisi

Transferaz enzimleri kimyasal grupları bir molekülden diğerine taşırlar. Bir

substrattan diğerine kimyasal grupları taşıyan (Hidrojen hariç) enzimlere
Transferaz denmektedir. Örneğin ATP molekülünün bir fosfat grubu
hekzokinaz enziminin varlığında hekzos şekere bağlanır. Bu yüzden
hekzokinaz tranferazlar enzimi olarak sınıflandırılır.

Liaz Enzimleri hidroliz yapmadan bir kimyasal grubu uzaklaştırır ve C=C

bağlarının oluşmasını (çift bağ) veya böyle bağlı grupların ilavesini yürütür. Bu
enzimler makromoleküllerin daha küçük moleküllere parçalanmasında su,
H2O, molekülü ilavesi yapmaksızın katalizleyen enzimlerdir.

Ligaz Enzimleri ATP (adenozin trifosfat, bir yüksek-enerjili molekül)

molekülünü C-C ve C-S bağları oluşturarak bir araya getirirler.

20
CEV 203–Çevre Mikrobiyolojisi

Katalizlenen Kimyasal Reaksiyon Tipine Göre Enzimlerin Sınıflandırılması

21
 ENZİMLERİN SINIFLANDIRMASI
(Enzyme Classification, EC)
EC 1 Oksidoredüktazlar: yükseltgenme/indirgenme
(redoks) tepkimelerini katalizler
EC 2 Transferazlar: Fonksiyonel grupların (örn. bir metil
veya fosfat grubunun) transferini katalizler
EC 3 Hidrolazlar: çeşitli bağların hidrolizini katalizler
EC 4 Liyazlar: Hidroliz ve yükseltgenme harici yollar ile
çeşitli bağları keser
EC 5 İzomerazlar: Tekil bir
molekülde izomerizasyon değişikliklerini katalizler
EC 6 Ligazlar: İki molekülü kovalent bağlarla birleştirir.

CEV 203– Çevre Mikrobiyolojisi 22

CEV 203–Çevre Mikrobiyolojisi

Enzimlerin Kontrolü

Enzim faaliyetleri bir çok şeyden etkilenebilir.

En önemli parametrelerden bir tanesi enzimlerin toksik

maddelerden etkilenmesidir.

Zehirliliğin ana mekanizması; toksik madde enzimin

yapısını bozarak değiştirilmesidir. Örneğin; siyanür, ağır
metaller veya organik maddeler (pestisitler gibi, örneğin
böcek öldürücü, insektisidal Paration) toksik
maddelerdir.

Eğer enzim böyle bozulursa (toksik etki ile) istenilen

fonksiyonunu gösteremez, ya tamamen foksiyonunu
kaybeder veya istenilen kalitede ürün oluşturulamaz.
23
CEV 203–Çevre Mikrobiyolojisi

ENZİM İŞLEYİŞİNİN MEKANİZMASI

Enzimler kimyasal reaksiyonların aktivasyon enerjisi ihtiyacını azaltırlar.
Bu grafik enzimli (kırmızı
çizgili) ve enzimsiz (siyah
çizgili) bir reaksiyonun
ilerleyişini göstermektedir.
AB  A + B

Enzimin varlığı reaksiyonun

aktivasyon enerjisini
düşürür. Böylece reaksiyona
giren “AB” maddesi A ve B
ürünlerine dönüştürülür.
Enzimsiz AB maddesi daha
fazla aktivasyon enerjisi
ihtiyacı duyar ve elde edilen
son ürünler yine aynidir.

24
CEV 203–Çevre Mikrobiyolojisi

Enzim fonksiyonlarının sırası genelde aşağıdaki gibidir:

1) Substrat yüzeyi enzim molekülünün spesifik olan aktif bölgesine temas eder.

2) Enzim-substrat kompleksi (ES) denen bir geçici ara madde oluşur.

3) Substrat molekülü mevcut atomlarının tekrar düzenlenmesiyle şekli

değiştirilerek bozundurulur veya diğer moleküllerle birleştirilir.

4) Yeni şekil kazandırılmış substrat molekülleri şeklinin değişmesinden dolayı

enzim tarafından bırakılır çünkü bu yeni substrat (ürün) (P) enzimin aktif
bölgesine artık uyum gösteremez.

5) Bir değişikliğe uğramayan enzim ise serbest kalarak diğer substrat

molekülleriyle birleşmeye hazır hale gelmiş olur.

Bu olay serisinin sonucunda enzim kimyasal reaksiyonun hızını arttırmış olur.

25
CEV 203–Çevre Mikrobiyolojisi

Enzim-Sübstrat Reaksiyon Serisi

26
CEV 203–Çevre Mikrobiyolojisi

Enzimlerin kendilerine ait özel spesifik sübstratları

vardır.

Enzimlerin bu özelliği 3-boyutlu yapılarından

kaynaklanmaktadır. Enzimin aktif bölgesi sübstrata
uygundur ve sübstratla anahtar-kilit şeklinde birleşir.

27
CEV 203–Çevre Mikrobiyolojisi

Sübstrat ve aktif bölgenin yapısı bir miktar esnektir ve bir şekilde

benzer yapılı maddelerin şekline kendilerini ayarlayabilirler.
(İndüklenmiş uyum)

Genelde sübstrat enzimden çok daha küçüktür ve birkaç enzimin

amino asitleri aktif bölgeyi oluşturur.
Bazı maddeler birden fazla enzim için sübstrat olabilir ve farklı
reaksiyonları katalizlerler. Bu yüzden maddenin akibeti üzerindeki
enzime bağlı olarak değişir ve farklı ürünlerle sonlanabilir.

Örneğin;
Glikoz-6-fosfat hücre metabolizması için önemli bir moleküldür
(sübstrat) ve üzerinde en az 4 farklı enzim etkili olabilir ve
sonucunda her bir reaksiyondan farklı ürünler elde edilir.

28
CEV 203–Çevre Mikrobiyolojisi

ENZİM FAALİYETLERİNİ ETKİLEYEN FAKTÖRLER

Enzimler bir çok hücresel kontrolün etkisi altındadır. Enzimlerin
kontrolü iki yolla olmaktadır: Enzim sentezi ve Enzim aktivitesinin
kontrolü (ne kadar enzim mevcut ve ne kadarı aktiftir).

Enzim aktivitesini bir çok faktör etkilemektedir.

En önemli faktörler;

1) Sıcaklık

2) pH

3) Sübstrat konsantrasyonu

4) Enzim konsantrasyonu

5) İnhibitörlerin varlığı ve yokluğu

6) Diğerleri (Çalkalama, Işınlar, Dondurup Eritme, Üre, Solventler.,

v.d.)
29
CEV 203–Çevre Mikrobiyolojisi

1) SICAKLIK

Kimyasal reaksiyonların çoğunda sıcaklık arttıkça hızı da artmaktadır

(Belli bir sıcaklığa kadar). Moleküller düşük sıcaklıklarda yüksek
sıcaklıklara göre daha yavaş hareket ederler. Bu yüzden kimyasal
reaksiyonu yürütecek kadar yeterli enerjiye sahip olamazlar.

Ancak bununla birlikte belli bir

değere kadar sıcaklıkla enzimatik
reaksiyonların hızını belirli bir
seviyeye kadar arttırır. Optimum
sıcaklık denen belirli bir sıcaklık
değerine kadar enzim aktivitesinin
hızı artar, bu değerin altında ve
üstündeki değerlerde azalmaya
neden olur.

30
CEV 203–Çevre Mikrobiyolojisi

İnsanda hastalığa neden olan bakterilerin optimum sıcaklığı 35°C - 40°C dir
(Mezofilik). Optimum değerlerin altındaki sıcaklıklarda reaksiyonun hızı
azalır. Bunun nedeni enzimlerin denatüre (enzimin orijinal aktivitesini
kaybetmesi) olarak 3- boyutlu karakteristik yapısının bozulmasıdır.

31
CEV 203–Çevre Mikrobiyolojisi

Sıcaklık enzim faaliyetleri için kritiktir. İnsan vücudundaki enzimler en iyi

çalışma aralığı yaklaşık 37°C dir ve bu değer normal vücut sıcaklığıdır.
Enzimleri 60°C sıcaklığa kadar ısıtmak kalıcı olarak aktivitelerini ve
fonksiyonlarını kaybetmesine neden olur (denatürasyon).

Sıcak su kaplıca ve kaynaklarında tespit edilen bazı öbakteriler ve arkaik

bakteriler enzim aktivitelerini en iyi (optimum aktivitelerini) kaynayan su
sıcaklığında (100 0C ve üzerinde) göstermekte ve yaşantılarını
sürdürebilmektedirler (Termofilik).

Diğer soğuk seven bakterilerin (psikrofilik) enzimleri ise suyun donma

noktasına adapte olmuşlardır.

Colwellia (Bakteri) Pyrococcus (Archae) Archeoglobus (Archae)

Optimum sıcaklığı 5 °C Optimum Sıcaklığı 100 °C Optimum Sıcaklığı 85 °C
32
CEV 203–Çevre Mikrobiyolojisi

2) pH
Enzimler en iyi aktivite gösterebilmeleri için belli
bir hidrojen iyonu konsantrasyonuna (pH)
gereksinim duyarlar. Her bir enzimin optimum ve
maksimum faaliyet gösterdiği özel bir pH değeri
bulunmaktadır.
Bu değerin altındaki veya üstündeki pH
değerlerinde enzim aktivitesi ve sonuç olarak
reaksiyonun hızı azalır.
Örneğin gastrik proteinaz iyi çalışması için asidik
pH ortam gerektirir ki bu mide de
sağlanmaktadır. Mideden sonra çok daha az
asidik olan incebağırsağa geçen bu enzim
aktivitesini kaybeder. Bu durum aslında olması
gereken bir olaydır ve enzimin incebağırsak
duvarlarının parçalamasının önüne geçilmiş olur.
Ortam H+ konsantrasyonu (pH) çok fazla değişirse, proteinin 3- boyutlu yapısı
değişir. pH’ın çok fazla değişmesi denatürasyona neden olur. Asitler ve bazlar
proteinlerin 3- boyutlu yapılarını değiştirir bunun nedeni H + (veya OH-) enzimin
hidrojen ve iyonik bağları için yarışmaya girer ve denatürasyona neden olurlar.
33
CEV 203–Çevre Mikrobiyolojisi

3) SÜBSTRAT KONSANTRASYONU
Bir spesifik reaksiyonu katalizleyen belli
miktardaki enzimin maksimum hızı vardır. Bu
maksimum hıza ancak sübstrat
konsantrasyonunun çok fazla miktarda olduğu
zamanda ulaşılabilir. Yüksek sübstrat
konsantrasyonu koşulları altında enzimlerin
doymuş (saturated) olduğu söylenebilir. Bu
durumda enzimin aktif bölgesi sürekli
sübstratça doldurulmuş veya kaplanmış olur. Bu
koşullar altında sübstrat konsantrasyonunun
daha da fazla arttırılması reaksiyonun hızını
değiştiremez, bunun nedeni enzimlerin aktif
bölgelerinin tamamen dolu olması dolayısıyla
sübstratın bağlanacağı boş enzim
kalmamasıdır. Normal hücre koşulları altında,
enzimler sübstratla doyurulmuş olmazlar.
Hücrede, herhangi bir zamanda enzim
moleküllerinin bir çoğu sübstrat olmadığından
inaktifdir. Bu nedenle reaksiyonun hızı sübstrat
konsantrasyonu yüzünden etkilenir.
34
CEV 203–Çevre Mikrobiyolojisi

4) İNHİBİTÖRLER
Bazı zehirler örneğin siyanür, arsenik ve civa enzimlerle birleşerek onların
fonksiyonlarını önlerler. Bunun sonucunda hücrenin fonksiyonları durur,
yavaşlar ve/veya ölür.

Enzim inhibitörleri

1) geriye dönüşümlü (reversible)

a) yarışmacı (competitive)
b) yarışmacısız (uncompetitive)
c) yarışmacısız (noncompetitive)
inhibitörler olarak ve

2) geriye dönüşümsüz (irreversible)

inhibitörler
olarak sınıflandırılır.

35
CEV 203–Çevre Mikrobiyolojisi

1) Geriye dönüşümlü (reversible)

A) Yarışmacı (Competitive) inhibitörler: Bu inhibitörler enzimin
aktif sitesini doldurarak enzimin sübstratının bağlanmasını
engellerler.

• İnhibitör (İ) enzimin (E) aktif bölgesine sübstratla yarışarak

bağlanmaktadır, (Eİ)

• İnhibitör molekülünün yapısı sübstrat molekülünün yapısına

benzediğinden dolayı enzim ile inhibitör kolaylıkla birbirine
bağlanabilmektedir ancak ürün oluşmaz

• Ortamda sübstrat moleküllerinin arttırılması ile enzimin

inhibitöre olan ilgisi azalmakta ve inhibisyon ortadan
kalkmaktadır

• Vmax değişmez, KM değeri büyür

36
CEV 203–Çevre Mikrobiyolojisi

Bazı yarışmacı inhibitörler geriye dönüşümsüz (irreversible) olarak enzim

amino asitlerine aktif bölgede bağlanır ve sübstrat ile bir reaksiyon ve bağlantı
yapılmasını engeller.

Bazıları ise geriye dönüşümlü (reversible) olarak bağlanır ve alternatif olarak

aktif bölgeyi doldurur veya ayrılır ve bu enzimin sübstratı ile bağlanmasını
yavaşlatır. Geriye dönüşümlü yarışmacı inhibisyon sübstrat
konsantrasyonunun arttırılmasıyla giderilebilir. Aktif bölge kullanılabilir hale
geldiğinde; daha fazla sübstrat molekülü yarışmacı inhibitörlerden daha çok
olduğundan enzime bağlanması daha hızlıca bağlanır.

37
CEV 203–Çevre Mikrobiyolojisi

Yarışmacı inhibitörlere iyi bir örnek sülfanilamit (sülfa ilacı), olup para-
aminobenzoik asit (PABA) enzimini inhibe eder. PABA pek çok bakteri türü için
folik asit (bir vitamin olup koenzim olarak fonksiyon gösterir) sentezinde
kullanılan temel bir besi maddesidir.

Sülfanilamit bakterilere verildiğinde enzim normal olarak PABA yı folik asite

çevirir ve sülfanilamit ile birleşir. Folik asit sentezlenmezse bakteriler
büyüyemez ve çoğalamaz. İnsan hücreleri PABA yı folik asit yapımında
kullanamaz, sülfanilamit bakterileri öldürür ancak insan hücrelerine zarar
veremez.

Bakterilerin enzimlerini kontrol etmek bakterilerin çoğalmasının kontrolünde

kullanılan etkili bir yoldur.

38
CEV 203–Çevre Mikrobiyolojisi

1) Geriye Dönüşümlü (Reversible) İnhibisyon

B) Yarışmacısız (Noncompetitive) inhibitörler : Bu inhibitörler enzimin aktif

bölgesi için substratla yarışmaz. Bu inhibitörler enzimin aktif bölgesinden
farklı bir yerine yerleşirler. Bu işleme “allosterik inhibisyon” (“başka boşluk”)
denir ve inhibitör enzimin substratın bağlandığı bölgenin dışındaki bir yere
bağlanarak aktif bölgenin şeklinde değişikliğe neden olarak substratın
bağlanmasını engeller. Bağlandıkları bu bölgeye de allosterik bölge denir. Bu
bağlanma ile aktif bölgedeki değişiklik etkisi sonucunda orijinal şekline
tekrar dönebilmesine bağlı olarak dönüşümlü veya dönüşümsüz olabilir.
Bazan allosterik etkileşim enzimi inhibe etmekten öteye aktive edebilir.
Diğer bir tip yarışmacısız inhibisyon da enzimin aktif
olabilmesi için metal iyonlarına gereksinim duyulur ve
bağlanan bu metal iyon aktivatörleri enzimin
aktivitesini önler. Örneğin;
Siyanür demir içeren enzimlerdeki demire bağlanarak
ve yine florür kalsiyuma ve magnezyuma bağlanarak
etkisini gösterir. Siyanür ve florür gibi maddeler
“enzim zehirleri” olarak bilinir ve sürekli olarak
enzimleri inaktive ederler. Florür düşük
konsantrasyonlarda diş çürüğüne neden olan ağız
bakterilerini öldürür. 39
 İnhibitörsüz
VMAX

Yarışmalı
VMAX İnhibitör ile
2
Reaksiyon
hızı (Vo)

Km Km [S]
1
V
o

Yarışmalı
inhibitör ile

1
1 VMAX inhibitörsüz
K
m 1 1
K [S]
CEV 203–Çevre Mikrobiyolojisi

1) Geriye Dönüşümlü (Reversible) İnhibisyon

b) Yarışmacısız (Noncompetitive) İnhibitör:

• Sübstratla yapısal benzerliği olmayan inhibitör, sübstratla ayni bölgeye

bağlanmaz

• Yarışmacısız inhibitör ya serbest enzime yada ES kompleksine bağlanarak

reaksiyonu yavaşlatır, Eİ veya EİS kompleksi yapar, ki ürün oluşturulmaz

• Sübstrat konsantrasyonu arttırılarak inhibisyon ortadan kaldırılmaz

• Vmax değeri küçülür, KM değeri ise değişmez

41
 İnhibitörsüz
VMAX

VMAX Yarışmasız
2 İnhibitör
VMAX

Km [S]
1
V
Yarışmasız
o
inhibitör

1
VMAX

1 inhibitörsüz
VMAX
1 1
Km [S]
CEV 203–Çevre Mikrobiyolojisi

1) Geriye Dönüşümlü (Reversible) İnhibisyon

c) Yarışmacısız (Uncompetitive) İnhibitör:

• İnhibitör ES kompleksine bağlanır

• İnhibitör, Enzim-Substrat kompleksine bağlandığında

(EİS) ürün oluşumu sonlanır

• Vmax ve KM değerleri azalır

43
VMAX

Unkompetitif
VMAX inhibitör
2

½
VMAX
K Km [S]
m 1
V
o

1
VMAX
1 1
K VMAX
m 1 1
K [S]
CEV 203–Çevre Mikrobiyolojisi

2. Geriye Dönüşümsüz (İrreversible) İnhibisyon:

Bu tip inhibisyonda inhibitör enzimin aktif bölgesine kovalent olarak

bağlandığından ve enzim yapısını bozduğundan geriye dönüş olmamaktadır.

Allosterik enzimler 2 veya daha fazla sayıda alt birimden oluşur ve her bir alt
birimin kendine özgü aktif bölgesi bulunur. Aktif bölgelerinin dışındaki bir
bölgeye bağlanan aktivatörler enzimin aktif bölgedeki bozukluklarını
ayarlayarak sübstrata daha kolay bağlanmasını sağlarlar.

Allosterik enzimlerde sübstrat ile hız arasındaki hiperbolik eğri sigmoid (S)
şekil kazanır. Düşük konsantrasyonlardaki küçük artışlar hızda çok büyük
artışlar meydana getirir. Veya tersi olarak konsantrasyondaki küçük
miktarlardaki azalmalar hızda çok fazla düşmelere neden olur.

45
CEV 203–Çevre Mikrobiyolojisi

Michael-Menten Eşitliği

46
CEV 203–Çevre Mikrobiyolojisi

Lineweaver–Burk eşitliği Michael-Menten grafiğinin tersini alarak

doğrultmuş, hızları ve konsantrasyonları hesaplamada kolaylık sağlamıştır.

47
CEV 203–Çevre Mikrobiyolojisi

ENZİMLERİN GERİYE DOĞRU KONTROLÜ

VE İNHİBİSYONU (FEEDBACK INHIBITION)
Allosterik inhibitörler geriye doğru
kontrol ve inhibisyon veya son-ürün
inhibisyonu denen bir çeşit
biyokimyasal kontrol yaparlar. Bu
kontrol mekanizması kimyasal
kaynakların ihtiyaçtan fazlasının
üretilerek kullanılmasını (atık
yapılmasını) engeller. Bazı metabolik
reaksiyonlarda son-ürün denen ve bir
çok kademede üretilebilen kimyasal
maddeler vardır. Bu üretimde her bir
kademe ayrı bir enzim ile katalizlenir.
Anabolik arayolların çoğunda bu son
ürün allosterik olarak bir önceki
kademedeki enzimlerden birisinin
aktivitesini inhibe eder. Bu işleme
“geriye doğru inhibisyon” veya
“feedback inhibition” denir.
48
CEV 203–Çevre Mikrobiyolojisi

Geriye doğru inhibisyon genelde bir metabolik arayoldaki ilk enzim

üzerine etki eder. Bir arayol üzerindeki enzimlerden birincisi durdurulur.

Bu durumda ilk arayoldaki enzimatik reaksiyonun yönlendirdiği ürün,

enzim inhibe edildiğinden sentezlenmez.

Sentezlenmeyen bu ürün normalde bir sonraki kademenin sübstratı

(hammaddesi) olduğundan ikinci enzimin bağlanacağı sübstrat
bulunmadığından ikinci reaksiyon durmak zorunda kalır.

Böylece arayoldaki ilk enzim inhibisyonu olduğunda ayni arayol

üzerindeki reaksiyonlar durur ve yeni ürün üretilmez.

İlk enzimin inhibisyonu sonucunda hücre ara kademelerdeki metabolik

ara ürünlerin biriktirilmesini de engellemiş olur.

Mevcut son-ürün kullanılıp tüketildiğinde ilk enzimin allosterik bölgesi

sübstrat (son-ürün) ile bağlı kalamaz, boşaltılmış olur ve yeni reaksiyon
ile ürün sentezlenmesine devam edilir.
49
CEV 203–Çevre Mikrobiyolojisi

Örnek olarak Escherichia coli

bakterisinin hücre çoğalmasında
ihtiyaç duyduğu ve gerekli olan amino
asit izolösinin sentezlenmesinin
“geriye inhibisyonu”gösterilebilir.

Bu metabolik arayolda amino asit

tireonin 5 adımda enzimatik olarak
amino asit izolösine çevrilir. Eğer
izolösin E. coli’nin çoğalma besiyerine
ilave edilirse bu arayoldaki ilk enzimi
inhibe eder ve bakteri izolösin
sentezini durdurur. Bu inhibisyon
izolösinin sistemde azalarak
bitmesine kadar devam eder.

Geriye doğru inhibisyon ayni zamanda

hücrenin diğer amino asitlerin,
vitaminlerin, pürin ve pirimidinlerin
de kontrolünde kullanılır.
50