ENZİMLER

Prof.Dr. Nesrin Emekli (2022)

 Tüm enzimler proteindir ve substratını
yapısal özellikleri sayesinde tanır.
 Ribozom üzerinde sentezleme
sürerken bir kısım proteinler ayrılır.
Kimi proteinler tam sentezlendikten
sonra modifikasyonla değişime uğrar.
Proteinler üzerinde yapılan bu
düzenlemeler proteinlerin
görevlerini yapabilmeleri için
gereklidir.
Proteinlerdeki değişime örnekler
 1-Fosforilasyon: Fosforlanma işlemi proteinde -0H grubu içeren
serin, treonin ve daha az sıklıkla tirozin amino asidleri aracılığıyla
gerçekleşir. Bu reaksiyon protein kinazlarla katalizlenir. Protein
fosfatazlar bu reaksiyonu geri döndürür. Reaksiyonların hızı
fosforilasyonla artırılıp azaltılabilir.
 2-Glikozilasyon: Bu şekilde gerçekleştirilen enzimatik
glikozilasyon hücre zarına, lizozomlara ya da hücre dışına salınacak
proteinler için gereken bir postransyonal modifikasyondur.
(Diyabetin komplikasyonlarına neden olan HbAıc’yi düşünün)
 3-Hidroksilasyon: Kollagenin alfa zincirindeki prolin ve lizin
kalıntıları hidroksillenirler (Skorbüt hastalığını düşünün).
 4-Karboksilasyon: Bazı koagulasyon proteinleri gibi kimi
proteinlerin K vitamini aracılığı ile gama pozisyonuna bir –COOH
eklenmesi, oral antikoagulan tedavisinin keşfi gibi…
Proteinlerdeki değişime örnekler
Polipeptid zincirlerinin boylarının
kısaltılması:
İnsülin, koagulasyon proteinleri gibi bazı
proteinler aktif olmayan büyük öncül
moleküller halinde sentezlenir, bir kısmı
koparıldıktan sonra aktif hale geçer
(proinsülin-insülin, tripsinojen-tripsin,
pepsinojen-pepsin)
Enzimlerin isimlendirilmesi
 Enzimler etkili oldukları substratın
sonuna
–az eki getirilerek (ÜREAZ, AMİLAZ,
ARJİNAZ, PROTEAZ, LİPAZ) veya
katalizledikleri tepkimeyi tanımlayan
(Laktat Dehidrogenaz, Adenilat
Siklaz) isimleri kullanılarak
adlandırılmıştır.
Enzimlerin özellikleri
 Enzimler normal atmosfer basıncında optimum
pH da,37 C de işlev görürler.
 Enzimlerle olan katalizör etki milyon kattan
milyon kata kadar değişebilir (10 -12)
 Seçicilik: Enzimler de işlerini doğru yapabilmek
için doğru kimyasalları tanıyarak (moleküler
tanıma) onlara doğru işlemleri yapmalıdır.
 Enzimler reaksiyon öncesi ve sonrasında
kalitatif ve kantitatif değişime uğramazlar.
Enzim Kinetiği
Enzim kinetiği, enzimlerin
katalize ettikleri reaksiyonların
hızlarını inceler. Isı yükseldikçe
enzim aktivitesi artmaktadır.
Ateşli hastalıklarda metabolizma
hızlanmaktadır.
Enzim reaksiyonuna etki eden
faktörler
1- SICAKLIK
2- ZAMAN
3- pH
4- ENZİM KONSANTRASYONU
5- SUBSTRAT KONSANTRASYONU
6- DİĞER FAKTÖRLER
1-) SICAKLIK: Enzimatik tepkimelerde sıcaklığın
artması ile moleküller arası, çarpışmanın artışına
bağlı olarak genellikle tepkimenin hızı
artmaktadır.Ancak maksimum bir hıza ulaşıldıktan
sonra sıcaklığın artışı ile hızda tekrar bir azalma
gözlenmektedir. Maksimum hıza ulaşıldığındaki
sıcaklığa optimal sıcaklık adı verilmektedir.
 Enzimler protein yapısında oldukları için bu sıcaklık
üzerinde yapıyı oluşturan bağlar parçalanmakta ve
molekül denatürasyona uğramaktadır. ES oluşumu
bozulduğu için tepkimenin hızı azalmaktadır.
Optimum sıcaklık insanlar için 37 o C, bazı
mikroorganizmalar için daha yüksek olabilmektedir.
Isı ve enzimler
Sıcaklık artışıyla enzimatik
reaksiyonun hızındaki artış,
sıcaklık belli bir değere
yükselinceye kadar devam eder;
daha yüksek sıcaklıklarda enzim
denatüre olarak aktivitesini
kaybeder ve reaksiyon hızı azalır
Substrat konsantrasyonu
 Sabit enzim konsantrasyonunda, enzim
reaksiyonunun hızı belirli bir noktaya kadar
substrat konsantrasyonu ile artar.Bundan sonra
substrat konsantrasyonunun artması ile artık
reaksiyon hızı değişmez.
 Başlangıçta artan [S], enzim molekülleri ile
bağlanarak [ES] kompleksi oluşturmaktadır.
Maksimum kapasiteye ulaşıldığında enzimde
substrat bağlayacak tüm boş yerler
dolduğundan, eklenen substrat artık [ES]
kompleksi oluşturamayacağı için enzimatik
tepkimenin hızı Vmax değişmemektedir.
DİĞER FAKTÖRLER:
Bunlar reaksiyon sonunda oluşan ürün,
ortamdaki iyonların tabiatı,
konsantrasyonları, allosterik etki, ışık ve
diğer fiziksel faktörler, hormonlar ve diğer
biyokimyasal faktörler olarak söylenebilir.
Enzimlerde kofaktör
Kofaktör, ya 2+
Fe , 2+
Mg ,
Mn2+, Zn2+ gibi bir veya daha
fazla inorganik iyon ya da
koenzim denen kompleks bir
moleküldür
Enzimin aktif bölgesi
Aktif Bölgeler: Enzim moleküllerinde aktif
bölge denilen özel bir cep ya da yuva
bulunur. Aktif bölge, substrata
komplementer olan üç boyutlu bir yüzey
yaratan amino asit yan zincirleri içerir.
 Aktif bölge, substratı bağlayarak ES
kompleksi meydana getirir. ES, sonradan
enzim ve ürüne parçalanan EP’ye dönüşür.
Aktif merkez için E-S bağlanmasını
açıklayan iki model öne sürülmektedir.
Enzim substrat ilişkisi
 Enzim molekülü saniyede
100-1000 substrat
molekülünü ürüne çevirme
yeteneğine sahiptir.
AKTİVATÖR VE İNHİBİTÖRLER

 Çoğu enzimlerin maksimum aktivite için

spesifik iyonlara ihtiyacı vardır. Heksokinaz gibi
bütün fosfat transfer eden enzimlerin Mg+2
iyonlarına ihtiyacı vardır.Diğer metal iyon
aktiviteleri de Mn+2 ,Ca+2, Zn+2, Fe+2 ,K+ dir.
Bazı enzimlerinde maksimum aktivite için
birkaç iyona birden ihtiyaçları vardır.Her
durumda aktivatörün optimal konsantrasyonu,
substrat konsantrasyonu da optimal olduğu
zaman belirlenmelidir.
İnhibitörler
 bir enzimin katalitik aktivitesini azaltan
maddelerdir.Bir çok inhibitör tipi ve birkaç
inhibisyon sınıfı vardır. İnhibitörler, kelat teşkil
ederek bir enzimin aktivitesini ortadan
kaldırabilirler.
 Ör; Ca+2 ve Mg+2 nin etkisini EDTA ortadan
kaldırır.Hekzokinazın inhibisyonu da okzalat
tarafından gerçekleştirilir. Bunlar etkilerini
substratla yarışarak aktif yere bağlanarak
gösterebildikleri gibi, enzim aktivitesinde etkili
olan allosterik yer gibi bir yerde kompleks
oluşturarak ta gösterebilirler.
İnhibitörler, başlıca 3 gruba
ayrılırlar;
1-Kompetatif inhibitörler
2-Kompetatif olmayan
inhibitörler(Unkompetative)
3-Non kompetatif inhibitörler
KOMPETATİF (Yarışmalı) İNHİBİTÖRLER

aktif yere bağlanmada S ile yarışır.

Reversible dır.Artan [S] azaltılabilir.
Vmax etkilenmez çünkü reversibledır.
Km substrat etkilendiğinden artar.
Klinik Tanıda ve tedavinin
takibinde, kreatin kinaz, aspartat
ve amino transferaz(ASTve ALT),
laktikdehidrojenaz (LDH), Gama
glutamil transferaz (-GT),
Glukoz-6-fosfat dehidrojenaz
(G6PDH)… gibi çeşitli enzimler
kullanılır.
Enzim reaksiyonlarında reaksiyon
hızı

A maddesi B maddesine dönüşürken A

maddesi azalırken B maddesi artar.
 Başlangıçta reaksiyon hızı en fazladır.
Reaksiyon hızı nasıl değişir?
 A+B C + D denkleminde reaksiyon
hızını değiştirmenin yolları:
1. Reaktanların konsantrasyonlarının
arttırılması
2. Sıcaklığın arttırılması
3. Katalizör eklenmesi
Reaksiyona giren maddenin hıza
etkisi

Örnek:Evlerine varmaya çalışan insanlar=substrat Taksi=enzim

Substrat konsantrasyonu
 Michaelis Menten Eğrisi
 Sabitkonsantrasyondaki pek çok enzimin
reaksiyon hızı substrat konsantrasyonuna
bağlı olarak artar. Eğer enzimin reaksiyon
hızı (v) substrat (S) konsantrasyonuna göre
grafiklenecek olursa hiperbolik şekilli bir
eğri ortaya çıkar. Michaelis and Menten bu
eğrinin matematik olarak nasıl
değerlendirileceğinini ortaya koymuştur
(1913).
Hiperbolik Eğrinin doğrusalı
 Aşağıdaki hiperbolik eğrinin logaritması
alınıp doğruya çevrildiğinde Lineweaver
Burk grafiği elde edilir, Michaelis Menten
eşitliği bir doğru denklemine dönüşür.
Lineviever Burk eğrileri
 ENZİM-SUBSTRAT SPESİFİKLİĞİ

Dr.Ozlem İmamoglu, Muğla Üniversitesi,BiyolojiBölümü,Biyokimya Lab.

Enzim terimleri
 Enzim reaksiyonlarında; kofaktör olarak
inorganik iyonlar (Zn, Fe..), koenzim
olarak genellikle vitamin türevi olan
(NAD+,FAD,CoA) organik moleküller
reaksiyonun hızını arttırmak için yer alırlar.
Holoenzim enzimin kofaktörü ile birlikte
anılmasıdır. Holoenzimin protein kısmı
apoenzim olarak ifade edilir.
Metal iyonu Prostetik grup

 Geleneksel isimlendirme : katalitik etkisini

gösterdiği substratın sonuna -az eki getirilir.
Her zaman pratik değildir.

 Üreaz, Arjinaz
 Koenzim: Enzimin etkinliği için gerekli olan
ve nonkovalent bağlanan organik
moleküllerdir.

 Koenzimler genellikle NAD+, FAD+, tiamin

pirofosfat(TPP) gibi vitamin türevleri olan
kompleks organik bileşiklerdir.
Enzim nasıl çalışır?
 Enzimler hücrede bir TAKIM halinde çalışır;
 Birinin son ürünü kendisinden sonraki
enzimin substratını yapar, *örneğin, amilaz
enzimi nişastayı iki zincirli maltoza, maltaz
enzimi ise maltozu tek zincirli glikoza
çevirir.

 Bazıenzimler ortama yalnız belirli iyonlar

eklendiğinde etkindirler, örneğin bazı
enzim zincirine ancak Mg++ iyonu
eklenince glikozu laktik aside çevirebilir.
Tükrükteki amilaz nişastayı yalnız Cl
iyonlarının bulunduğu ortamda
parçalayabilir.
Sistematik isimlendirme
 International Union of Biochemistry and
Molecular Biology (IUBMB) birliğinin enzim
komisyonu tarafından kataliz ettikleri
tepkime tipine göre 6 ana grup halinde
sınıflandırılmıştır.
 Ana gruplar daha sonra alt gruplara bölünmüş
olup her enzimin kendisine ait bir Enzim
Komisyon (EC) numarası vardır.

 Her enzime, kısa ve günlük kullanışa elverişli

bir “önerilmiş isim” ve etkinliğini yansıtan
“sistematik isim” verilmiştir.
 ATP + D-Glikoz ADP + D-Glikoz 6P
► Önerilmiş isim :Hekzokinaz
► Sistematik ismi: ATP:Glikoz fosfotransferaz
► Klasifikasyon no: EC.2.7.1.1 Komis.özel seri no

Enzimin ait olduğu alt sınıf alt- alt sınıfını

ana sınıf(Transferaz) (fosfotransferaz) (hidroksil grubunun alıcı
olduğu fosfotransferaz)
1. Oksidoredüktazlar
2. Transferazlar
3. Hidrolazlar
4. Liyazlar
5. İzomerazlar
6. Ligazlar
1.Oksidoredüktazlar
 Yükseltgenme –indirgenme reaksiyonları

Etanol + NAD Asetaldehit +NADH +H

Enzim: Alkol dehidrojenaz (alkol:NAD
oksidoredüktaz)

 Sitokrom oksidaz
 2.Transferazlar
 Fonksiyonel grupların bir substrattan diğer
substrata transferi
ATP + Kreatin ADP + Kreatin Fosfat
E: Kreatin Kinaz (ATP:kreatin
fosfotransferaz)
 Hekzokinaz
 Transaminaz
3. Hidrolazlar
 Molekül içi bağların su girişi ile koparılması
(hidroliz). C-O, C-N veya C-S bağlarını yıkar

 Asetilkolin + H2O Asetik asit + Kolin

E: Asetil kolin esteraz
 Lipaz
 Üreaz
4. Liyazlar
 C-C, C-O ve C-N bağlarını hidroliz ve
oksidasyon dışı yollarla yıkan enzimlerdir.

 Piruvat CO2 + Asetaldehit

E: piruvat dekarboksilaz

 Aldolaz
 Fumaraz
 5. İzomerazlar
 Molekül içi değişikliklerle izomer oluşturma
reaksiyonlarıdır.

Gliseraldehit 3-fosfat Dihidroksiaseton fosfat

E: Trioz fosfat izomeraz

6. Ligazlar
 ATPenerjisi ile iki substrat molekülünün
bağlanması

Amino asit + ATP + tRNA Aminoaçil-

tRNA + AMP + PPi
E:Aminoaçil-tRNA sentetaz
 Asetil KoA karboksilaz
Enzim aktivitesinin ölçülmesi
 Genellikle ya kaybolan ya dönüşen substrat
miktarı yada meydana gelen ürün miktarı
tayin edilerek enzimlerin aktiviteleri ölçülür.
 Enzim aktivite tayininde yöntem seçerken
metodun pratik oluşuna ve kısa sürede
yapılışına, ayrıca hassas oluşuna da özen
göstermek gerekir.