LAKTAT DEHDROGENAZ

HAZIRLAYANLAR: Ebru UURLU (040559030) Prof. Dr. Figen ERKO Gazi Eitim Fakltesi GAZ NVERSTES

LAKTAT DEHDROGENAZ
Sitoplazmik bir enzimdir. Glikoliz metabolizmas sonucu oluan pirvat laktata reversibl olarak dntren enzimdir. 4 polipeptid zincirinden olumu bir polimerdir. Aktif formu bir homotetramerdir, yani 4 subniteden olumutur. Her subunite, 334 amino asitlik tek bir peptit zincirinden olumutur. Tetramerde, subniteler eit pozisyonlar igal edip; her monomerde bir aktif blge bulunur.

 Tetramer
http://www.cryst.bbk.ac.uk/PPS95/course/9_quaternary/ldh.gif

http://class.fst.ohiostate.edu/FST605/lectures/Lect10.html

The enzyme, Lactate Dehydrogenase, provides an example of quaternary structure. Four chains come together to form the complex shown in the back bone and cartoon form. In the following cartoon, the color scheme has been changed so that each separate chain is a different color. Many foods contain far more complex quarternary structures that will be discussed at the appropraite time

URL 1 (aklama iin kaynaklara baknz)

URL 2 (aklama iin kaynaklara baknz)

Tm dehidrogenazlar, redkleyiici kuvvetlerin transferi iin koenzimlere ihtiya duyar. LDH, nikotinamid adenin dinkleotide (NAD+)a ihtiya duyar. NAD+, 5-AMP ve baz olarak nikotinamid ieren nkleotitden oluur. LDH, NADH dan piruvata veya laktattan NAD+ye redkleyici edeerlerin transferini katalizler. Piruvat + NADH + H+ Laktat + NAD+ Reaksiyonun dengesi saa dorudur. Ancak yksek laktat ve NAD+ konsantrasyonlar varlnda, laktatn piruvata oksidasyonu da mmkndr. LDH, reaksiyonu her iki ynde katalizler ancak tm enzimler gibi kimyasal dengeyi etkilemez.

Crystal structure of lactate dehydrogenos a from

Plasmodium vivax:
complex with NADH.

http://www.epidna.com/structure.php?start=840

NAD - lactate dehydrogenase (LDH) complex. The NAD (coloured) is bound in a bent conformation: Only part of the LDH enzyme is shown. The alphahelices are displayed as bands, the beta - pleated sheets as arrows. Amino acid side chains that are in direct contact with NAD are outlined.

NAD- laktat dehidrogenaz kompleksi

http:// www.biologie.uni-hamburg.de/bonline/e19/19b.htm

 http://www.chem.uwec.edu/Webpapers2001/clare ymm/Pages/III/mech3.html

http://www.biochem.arizona.edu/classes/bioc462 /462b/glycolysis.html

 LDHnn katalitik ara rnlerinin mrleri son derece ksadr;bu sebeple deneysel olarak belirlenmeleri oldukca zordur. Bir ok amino asit birimi, LDHnn aktif merkezinde rol oynar. Substrat ve koenzimin balanmasnda grev alr veya katalitik reaksiyon basamaklarnn birinde dorudan rol oynarlar. En nemli yan zincir: Arjinin-171in art ykl guanidinium grubu, substratn karboksilat grubunu elektrostatik etkileimlerle balar. Histidin-195in imidazol grubu, asit-baz katalizinde rol alr. Arjinin-109un yan zinciri gei evresinin stabilasyonu iin nemlidir.

ki nemli arjinin birimi, kataliz srasnda kalc olarak protonlanrken, His-195 ykn deitirir.
http://www.bioc.aecom.yu.edu/labs/calllab/highlights/LDH.htm

http://www.siu.edu/departments/biochem/bmb_cours es/mbmb451b/sample_problems/mbmb451b_spsol_ 05.html

For LDH, His195 serves as a general base catalyst by removing a H+ from the C2 hydroxyl group of lactate

zoenzimler iki gen lokusu tarafndan belirlenirler. Bunlar:

H-tip (heart=kalp) M-tip (muscle=kas tipi) H, zellikle kalp kasndan izole edilen alt birimi, M ise iskelet kasndaki alt birimi ifade eder. LDH izoenzimlerinin kompozisyonu ve bulunduu dokular;
zoenzim LDH1 LDH2 LDH3 LDH4 LDH5 Tetramerin kompozisyonu HHHH HHHM HHMM HMMM MMMM H4 H3M H2M2 HM3 M4 Bulunduu doku Kalp ve eritrosit iin spesifik Kalp kas Trombositler iin spesifik skelet kas ve karacierde skelet kas ve karacier iin spesifik

Kontrol fare dokularndan elde edilen LDH izozimlerinin doal jel elektroforezi. LDHnn 5 izoenzimi vardr ve elektroforetik alanda anoda doru hareketlerinin hzlarna gre numaralandrlr.

http://www.molvis.org/molvis/v11/a85/acosta-fig3.html

En fazla bulunduu dokular sras ile;

Kalp Karacier skelet kas Eritrosit Trombositler

Elektroforezde en hzl g eden izoenzim LDH1 Elektroforezde en yava g eden izoenzim LDH5 Plazmada en fazla bulunan izoenzim LDH2 Kalpte en fazla bulunan izoenzim LDH1 Trombositlere spesifik izoenzim LDH3 Bbrekte en fazla bulunan izoenzim LDH1 Barsakta en fazla bulunan izoenzim LDH3 Konjestif hepatomegalide en fazla artan izoenzim LDH5 LDH1 izoenzimi karacier ve iskelet kasnda bulunmaz.

URL 3 (aklama iin kaynaklara baknz)

Fig. 2. A ribbon diagram of the structure of LDH in the vicinity of the active site. The protein is shown in grey with the 'mobile' loop shown in purple and its two Arg residues shown in red; the loop closes over the binding pocket after both NADH and substrate are bound and Arg109 of the mobile loop comes in contact with bound substrate. NADH is shown with the its adenosine (yellow), pyrophosphate (blue), and nicotinamide (green) moieties. Bound substrate is not shown, but its location is located at the end of the nicotinamide moiety of NADH.

Adenosine Arg Pyrophosphate Hareketli halka nicotinamide Protein

http://www.bioc.aecom.yu.edu/labs/calllab/highlights/LDH.htm

http://pagespersoorange.fr/jeanjacques.auclair/trava ux/exper/ldh/compar. htm

LDH

G3PHD

http://pagesperso-orange.fr/jeanjacques.auclair/travaux/exper/ldh/transnad.htm

http://www.chem.uwec.edu/Webpapers2001/clare ymm/Pages/III/exmp3.html

Lactate Dehydrogenase is a tetramer composed of two different 35kD subunits, M and H. The H type is found predominantly in the heart while the M type is found primarily in muscle and the liver. The M and H subunits associate to form five different tetramers. These tetramers, called isozymes, can be composed of the following subunit combinations: H4, H3M1, H2M2, H1M3 and M4. The M4 subunit is optimized to convert pyruvate to lactate

LDHnn art hastalklar;

Akut MI.. LDH1 / LDH2 > 2 Megaloblastik anemi.. LDH1 / LDH2 oran artar Viral hepatit, siroz, tkanma sarl.. LDH5 artar Kanser metastaz, mskler distrofi.. LDH5 ve LDH5 artar Pulmoner emboli, pnmoni, lenfositoz, akut pankreatit ve karsinom. LDH3 art n plandadr. Akut lsemi. LDH2 ve LDH3 artar skelet kas ve karacier hasar ok Myokarditis Hepatik konjesyon Testis tmrleri, lenfoma, lsemi

Zymogram of LDH isoenzyme patterns in human prostate cancer cell lines. Note the relatively high expression of isoenzymes LDH-5, -4, -3 and 2 in LNCaP cells (lane 1), but expression of only LDH-5 and 4 in the LNCaP-LN3 cell line (lane 2). Equal amounts of protein were loaded for each of the two cell lines and performed in triplicate. Expression of all five isoenzymes LDH-1, -2, -3, 4 and -5 can be seen in mouse heart (Ht), used as a positive control.

http://www.nature.com/onc/journal/v25 /n20/fig_tab/1209262f7.html

LDHnn katalizledii pirvatn redksiyonunda rol alan ksmi reaksiyonlar: Koenzim NADH balanr. Pirvatn karbonil grubunun ve koenzimin nikotinamid grubunun birbirine gre optimal ynlenmeye ulamas ve bu ynlenmenin sabitlenmesi nemlidir. 98-111 halkas bundan sonra aktif merkez zerine kapanr. Bu, polaritede belirgin bir de yol aar ve bylece gei evresinin oluumunu tevik eder. Gei evresinde, bir hibrit iyonu H-, koenzimden karbonil karbonuna transfer edilir. Oksijen zerindeki geici olarak olumu eksi yk Arg109 ile elektrostatik etkileim ile stabilize edilir.

 Ayn anda, His-195 ten bir proton bu oksijen atomuna transfer edilir ve enzim baml rnler olarak laktat ve NAD+yi oluturur. Bundan sonra halka alr, laktat enzimden ayrlr ve His195in geici olarak yk uzaklatrlm olan imidazol grubu, etraftaki sudan proton balar. Son olarak oksitlenmi koenzim NAD+uzaklatrlr ve enzim orijinal haline geri dner. NOT: Ayn basamaklar laktatn pirvata oksidasyonu srasnda da gerekleir, ancak ters ynde olur. Laktat dehidrogenaz (LDH) aktivitesinin llmesi; indirgenen koenzim NADH+H+ 340 nmde absorblarken, NAD+nn absorblamamasna dayanr.

KAYNAKLAR
1., 6., 12., 25., 26. slayt; Renkli Biyokimya Atlas, Nobel Tp Kitapevleri (Aralk 2002) Jan Koolman Klaus-Heinrich Rhm QU 17 K82e 2003a 17., 18., 23. slaytlar: Biyokimya ve Klinik Biyokimya, Nobel Tp Kitapevleri (ocak 2004) Dr. Ufuk Baal QU 18.2 B297b

 1. slayt; Harpern Biyokimyas 24. bask (1996) Bar Kitabevi QU 4 HAR 1999 dik 15. slayt; Biyokimya Olgu Sunumlu Yaklam, Palme Yaymclk (2000) Montgomery Conway Spector Chappel eviri Editr: Prof. Dr. Nilgn Altan 6. Baskdan eviri

URL 1, URL 2, URL 3 iin; http://mek.oszk.hu/adatbazis/lexikon/phplex/lexikon/nyito.php3 ?u=_H9152&k=39&s=6&nofr=1 bu adrese girince. LDH:EC 1.1.1.27, tejsav dehidrogenz, 2 fle fehrjelncbl llhat M (=muscle, 331 as, Mw 36.557 kD, Human muscle) s H (=heart, 333 as, Mw 36.507 kD, Human), 4 alegysges enzim. gy 5 izoenzime llhat el: LDH1 = HHHH s az LDH2 = HHHM a szvizomra, VVT-re jellemz, mg az LDH5 = MMMM a mjra, vzizomra jellemz. Szerepe a VVT ben, vagy fokozott izommkdskor a glukolzis biztostsa a NAD regenerlsval. A 3. fajta az X tpus (331 as, Mw 36.166 kD, Human testis) csak a spermatozoaban fordul el. Irod. 1i10 LDH tklaynca 4. Slayttaki resim alyor M tklaynca 18. Slayttaki resim alyor 1i10 tklaynca kyor 5. Slayttaki resim alyor.