Professional Documents
Culture Documents
com 71
İlk ve tek tus portalı
BİYOKİMYA
ATP
ATP, 1 mol adenin, 1 mol riboz ve üç fosfor grubu içeren bir nükleozid trifosfattır.. Yapısında Mg++
bulundurur. Adenin ve riboz glikozidik bağ ile, Fosfat grupları ise fosfodiester bağı ile bir bağlanır.
ADENOZİN 5’ TRİFOSFAT
Fosfat taşıyan bileşiklerin biyoenerjetik derecelendirilmesinde ATP orta sıralarda yer alır. Alt
bölümdeki maddeler için bir yüksek enerjili fosfat vericisi, ayrıca ADP halinde iken, ATP’nin
üzerindeki maddelerden fosfat alıcısıdır. Gerçektende ATP/ADP döngüsü fosfor kullanan olaylarla
fosfor üreten olayları birbirine bağlar. Yani ATP kesintisiz olarak tüketilip yeniden üretilmektedir.
Total ADP/ATP havuzu son derece küçük olduğu ve bir dokuyu ancak bir kaç saniye beslemeye
yettiği için bu olay son derece yüksek hızda gelişmektedir.
Hücre içinde fosfat gruplarını öncelikle ATP’ye taşımadan direkt olarak çok yüksek enerjili
vericiden, düşük enerjili olanlara taşıyan hiçbir enzim yoktur.
• Glukoz, yağ asidi gibi enerjiden zengin moleküller sonunda CO2 ve H2O oluşan bir dizi
oksidasyon reaksiyonu ile metabolize olurlar. Bu reaksiyonların metabolik ara ürünleri
elektronlarını özelleşmiş koenzimler olan NAD ve FAD’ye vererek, enerjiden zengin
indirgenmiş koenzimler NADH+H ve FADH2 oluştururlar. Bu indirgenmiş koenzimler ETZ
denilen bir grup özelleşmiş elektron taşıyıcılarına bir çift elektron verirler. Elektronlar
ETZ’de ilerledikçe, serbest enejilerinin büyük kısmını kaybederler. Bu enerjinin bir kısmı ATP
olarak tutulabilir. Bu işlem de oksidatif fosforilasyondur. Bu kaynak drtus.com’da
yayınlanmaktadır.
DrTus.com 73
İlk ve tek tus portalı
BİYOKİMYA
Mitokondri:
Mitokondri dış zarı bir çok iyon kanalı ve küçük moleküllerin geçişi için gerekli olan bir çok porlar (MW <
1000 dalton olan her molekül porinler sayesinde mitokondri dış zarını geçip intermembraner aralığa
geçiş yapabilir) taşırken, mitokondri iç zarı H+, Na++, K++ da dahil olmak üzere küçük iyonların çoğuna,
ATP, ADP, pirüvat gibi küçük moleküllere ve mitokondri fonksiyonu için gerekli olan diğer metabolitlere
geçirgen olmayan özelleşmiş bir yapıdır. Miotokondri iç zarını yalnız H2O, CO2 ve birkaç mono- ve
dikarboksilik asid taşıyıcısız rahatlıkla geçebilir. Bu moleküller özelleşmiş taşıyıcı ve mekik sistemlerine
gereksinim gösterir. Örnek: ATP/ADP translokaz kompleksi ADP’nin mitokondri içine girmesini ve ATP’nin
dışarı çıkmasını sağlar.
Membran transport sistemleri:
Mitokondri iç çift katmanlı lipid zarı H2O, CO2, NH3 gibi yüksüz küçük moleküllerle 3-hidroksibütirikasit,
asetoasetikasit ve asetik asit gibi monokarboksilik asitlere serbest geçirgendir. Uzun zincirli yağ asitleri
mitokondriye karnitin sistemi ile taşınır. Ve keza pirüvat için, mitokondrinin dışından içine doğru olan H
74 DrTus.com
İlk ve tek tus portalı
BİYOKİMYA
gradiyentini kullanan özgül bir taşıyıcıda bulunur. Öte yandan dikarboksilat ve trikarboksilat anyonlar ve
aminoasitler zar üzerinde taşınmasını kolaylaştıracak özgül taşıyıcı sistemler gerektirir.
Mitokondri iç zarı NADH+H için taşıyıcı protein içermez. Bu iş için kullanılan iki mekik sistemi vardır.
Gliserol fosfat mekiğinde her NADH+H için 2 ATP, malat-aspartat mekiğinde ise 3 mol ATP üretilir.
Gliserolfosfat santı beyin, kahverengi yağ dokusu veya iskelet kasında yoğundur. Karaciğer,
böbrek ve kalp mitokondrilerinde temel olarak malat mekiği kullanılır.
DrTus.com 75
İlk ve tek tus portalı
BİYOKİMYA
Gliserol fosfat mekiğinde: Dihidroksiaseton fosfat (DHAP), oluşan NADH+H varlığında, gliserol
3-fosfat dehidrogenaz enzimi ile gliserol 3-fosfata döner. Gliserol 3-fosfat mitokondri membranını geçer
ve iç zarda bulunan gliserol 3-fosfat dehidrogenaz ile dihidroksi aseton fosfata dönerken, 1 mol FADH2
sentezlenir. Bu mekikde 1 mol NADH+H, 1 mol FADH2’ye dönerek ETZ’ye katılmış olur.
Gliserol 3-fosfat dehidrogenaz enziminin 2 tane izoenzimi bulunur. Sitozolik izoenzim NAD’ye bağlıdır ve
NADH+H varlığında DHAP’dan gliserol 3-fosfat sentezler. Mitokondriyal gliserol 3-fosfat dehidrogenaz
enzimi FAD’ye bağlıdır, mitokondri iç zarı dış yüze yerleşmiştir ve gliserol 3-fosfat parçalar ve FADH2 ve
DHAP oluşur. FADH2’nin ETZ’ye katılması ile 2 mol ATP sentezlenir.
Bu mekik sistemi beyin, kahverengi yağ dokusu, kas ve karaciğerde yaygın olarak bulunur.
Ancak enzim eksikliğine bağlı olarak kalpde çalışmaz.
Bu mekikde NADH+H olarak ETZ’ye katılım olur. Bu sayede 3 mol ATP sentezlenir
ETZ reaksiyonları:
• Komplek III koenzim Q’dan gelen elektronlardan bir tanesini ve Fe-S merkezler üzerinden sit c1’e
oradanda sitokrom c’ye transfer ederken, koenzim Q’dan gelen ikinci elektron FeS merkezlerden
sitokrom b’ye geçer ve oradan tekrar koenzim Q’ya döner. Sonra tekrar ilk elektronun izlediği yolu
izleyerek Fe-S merkezler, sitokrom c1 üzerinden sitokrom c’ye iletilir. Bu olaya Q siklusu (Q cycle)
adı verilir.
• Q siklusu oluşturmanın iki nedeni vardır:
1. Q siklusu sayesinde elektronları çift çift taşıyan koenzim Q ile tek tek taşıyan sitokrom c1 ve
sitokrom c arasında uyum sağlanmış olur.
2. Kompleks III bir transmembran proteinidir ve aynı zamanda proton pompası olarak görev
yapar ve intermembraner alana 4 proton pompalanması gerçekleşir. İşte bu 4 protondan 2
tanesi koenzim Q’dan gelen elektronların birinin, Fe-S merkezler, sitokrom c1 üzerinden
sitokrom c’ye geçiş sırasında pompalandığı ve diğer 2 protonun pompalanması içinde Q
siklusuna gereksinim olduğu söylenmektedir.
• BAL ve antimisin A sitokrom c1’den sitokrom c’ye elektron geçişini bloke ederler.
Sit c:
DrTus.com 79
İlk ve tek tus portalı
BİYOKİMYA
• F1 cisimciği bir sapla F0 cisimciğine bağlanır ve mitokondri matriksine doğru uzanır. F1 cisimciği α, β,
γ, δ ve ε olmak üzere 5 alt üniteden oluşmuş bir proteindir. Asıl ATP sentezi F1 cisimciğinde
gerçekleşmektedir.
• F0 kompleksi oligomisin, DCCD ile bloke olur. F1 cismide auroventinle bloke olmaktadır.
• ATPaz olarak da adlandırılır çünkü izole edilen enzim ATP’nin hidrolizini de katalizler.
• e-‘lar ETZ boyunca 1 e- vericisinden, bir alıcısına aktarılmaktadır. e’lar değişik şekillerde aktarılabilir.
Örneğin NAD’ye hidrid iyonları şeklinde, FMN, KoQ ve FAD’ye H atomları şeklinde veya sit’lara e’lar
şeklinde
• Bir maddenin oksidasyonuna (e kaybı) mutlaka 2. Bir maddenin redüksiyonu eşlik eder. NAD ve
NADH-H+ ile ve FAD ve FADH2 redoks çiftlerini meydana getirir.
• Bir çift e’nun NADH’tan ETZ yolu ile O2’ye taşınması ile 3ATP, FADH2’den O2’ye
taşınmakla 2 ATP sentezlenir.
Oksidatif fosforilasyon:
Elektronların ETZ ile NADH’dan oksijene taşınması, direkt ATP sentezi ile sonuçlanmaz. ETZ sonunda
nasıl ATP üretiminin gerçekleştiğini açıklayan birkaç teori vardır. Bunlardan en geçerlisi Kemiosmotik
teori (mitchell hipotezi) dir. Bu hipoteze göre e'’ların ETZ’de oksijene transportu sırasında komplek I,
kompleks III ve kompleks IV proton pompası görevi yaparak intermembraner aralığa proton pompalarlar.
Bu sayede mitokodri içi (-) negatif yüklü, intermembraner aralık (+) pozitif yüklü hale geçer. Bu işlem
mitokondri iç zarı boyunca bir elektriksel fark ve pH farkı yaratır. Bu elektrokimyasal potansiyel farkı
küçük gibi görünse de, yaklaşık olarak her cm için 250.000 volt kadardır.
Bir zarın 2 tarafında bu kadar büyük bir elektriksel fark yaratılırsa zar bir süre sonra parçalanacaktır.
Proton gradiyentini azaltmak ve membran bütünlüğünü korumak için protonlar mitokondri içine dönme
eğilimindedirler. Bunu sağlamak amacı ile zar üzerinde belirli alanlarda protonların mitokondri matriksine
dönüşünü sağlayan delikler bulunur. Bu deliklerin hepsi komplek V’lerin (ATP sentaz kompleksi)
yapısında bulunur. Kemiosmotik teoriye göre; intermembraner alandaki fazla protonlar ATP sentetaz
molekülündeki bir kanaldan geçerek mitokondri matriksine geri döner. Protonların ATP sentazın içinden
hızlı geçişi sırasında da, aynı hidroelektrik santrallerinde olduğu gibi, ATP sentaz kompleksinde
protonların hızlı geçiş enerjisi kullanılarak ADP’lere fosfat eklendiği ve ATP üretildiği ifade edilir. Bu
işlemin aynı zamanda pH ve elektriksel farkı ortadan kaldırdığını ileri sürer.
DrTus.com 81
İlk ve tek tus portalı
BİYOKİMYA
1. ETZ inhibitörleri:
Rotenon, amytal, sekobarbital, piericidin A → FeS merkezden ubikinona elektron taşınmasını bloke
eder (kompleks I).
Malonat → Yapısal olarak süksinata benzer ve kompleks II’yi yani süksinat dehidrogenazı yarışmalı
olarak inhibe eder.
Thenaytrifloroaseton, karboksin → Kompleks II’de elektronların FeS merkezlerden ubikinona
transferini engeller.
BAL (dimerkaprol), antimisin A , miksotiazol, stigmatellin → Sit c1’den c’ye elektron taşınmasını
bloke eder (kompleks III)
Siyanür, CO, hidrojen sülfür, sodyum azid → Sitokrom oksidazı inhibe eder. sitokrom a3’den CuB’ye
elektron geçişini engellerler.
82 DrTus.com
İlk ve tek tus portalı
BİYOKİMYA
Thenaytrifloroaseton Oligomisin
karboksin Venturosidin
DCCD
SitC
AT
2e P
CuA
2e’→ FeS → Sit C1
7FeS Sit a
Sit b560
İç membran
FMNH2
Q Q FeS → SitB Sit a3
ATP Fosfa
7FeS
2e FADH2 CuB
NADH ADP HP H+
Süksinat Q cycle ½ O2 + H2 H2 O
NADH + H dehidrogenaz NA Süksinat fumarat
dehidrogenaz
2H+
BAL
Rotenon Miksantiazol
Amital Antimisin A
Amobarbital Stigmatellin
sekobarbital CO ADP+P ATP
Pierisidin A H2S
Malonat
Siyanür
Auroventin
Sodyum azid
Mitokondri matriksi
SİTOZOL
84 DrTus.com
İlk ve tek tus portalı
BİYOKİMYA