Metabolizma nedir?

• Güneş enerjisinden veya çevredeki enerjice zengin

besinlerin yıkımından kimyasal enerji elde etmek
• Besin maddelerini, makromolekül sentezi için gerekli
öncüller dahil hücreye özgü lmoleküllere
dönüştürmek
• Moleküler öncülleri makromoleküllere dönüştürmek
• Zar lipitleri, hücre içi haberciler ve pigmentler gibi
özelleşmiş hücresel etkinlikler için gerekli
biyomolekülleri sentezlemek ve yıkmak için birçok
çoklu enzim sisteminin birlikte çalıştığı eşgüdümlü
bir hücresel faaliyettir
• Çoğu ototrofik organizma fotosentetiktir ve
enerjisini güneş enerjisinden alır
• Hetetrofik organizmalar ise enerjisini ototrofların
üretmiş olduğu organik besinlerin yıkımından elde
ederler
• Ototroflar atmosforik CO2’ kullanarak organik
biyomolekülleri, bazıları yanısıra H2O’dan O2
üretirken, heterotroflar ise organik bileşikleri
kullanır ve CO2 üretirler, bazı yükseltgenme
tepkimelerinde ise O2 kullanılarak su oluşturulur
• Böylece karbon, su ve oksijen sürekli olarak
heterotrotrofik ve ototorofikler arasında
çevrimdedir
• Katabolizma organik besin moleküllerinin daha küçük
ve laktik asit, CO2, NH3 gibi basit son ürünlere
dönüştürüldüğü yıkımsak fazdır
• Katabolik yolaklar enerji açığa çıkarır
• Bu enerjinin bir kısmı ATP ve indirgenmiş elektron
taşıyıcılarının (NADH, NADPH ve FADH2) sentezi ile depo
edilir
• Anabolizma küçük ve basit öncüllerden yağlar,
polisakkaritler , proteinler ve nükleik asitler gibi büyük
moleküllerin oluşturulduğu biyosentez reaksiyonlarıdır
• Anabolik reaksiyonlar enerjiye ihtiyaç duyarlar
• Bu enerji genellikle ATP’den fosforil grubunun
aktarılması ve NADH, NADPH ve FADH2 moleküllerinin
indirgeme gücünden karşılanır.
• Bazı metabolik yolaklar doğrusaldır

• Bazıları ise basit bir öncülden birçok yararlı ürün

oluşturabilen ya da birkaç başlangıç materyalinden
tek bir ürüne dönüştürülen dallanmış bir yapı söz
konusu olabilir

• Katabolik yolaklar bir noktada birleşirler

• Anabolik yolaklar ise bir noktadan dallanır

• Bazı yolaklar ise çevrimseldir

Eşleşmiş katabolik ve anabolik
yolaklar yaygın olarak farklı
hücre bölmelerinde
gerçekleştirilir
Biyoenerjetik ve Biyokimyasal
Tepkime Türleri
• Tepkime sistemi belirli bir fiziksel ve kimyasal
değişime uğrayan madde topluluğudur
• Tepkime sistemi ve çevresi evreni oluşturur
• Canlı sistemler açık sistemler olup çevreleri ile
hem madde hem de enerji alışverişinde
bulunurlar
• Canlı sistemler hiçbir zaman çevresi ile denge
halinde değildir
 Gerçek Serbest Enerji Değişimleri Tepkimeye
Girenlerin ve Ürünlerin Derişimine Bağlıdır

• Gerçek serbest enerji değişimi (G) tepkime

sırasında oluşan sıcaklık, girenlerin ve ürünlerin
derişiminin bir işlevidir

•  Kütle etki oranı (Q) olarak

adlandırılır ve eşitlik aşağıdaki şekilde yazılır
G= G’ + RT lnQ
• Tepkime eilerledikçe girenlerin derişimi azalırken
ürünlerin derişimi de artar. Bu durumda G değeri
de giderek 0’a yaklaşır. Dengede ise G=0 olur

• Bir tepkimenin kendinden olabilirliğini G’ değil

G değeri belirler. Pozitif bir G’ değerine sahip
bir tepkime G değeri negatif ise ileri yönde ilerler
• Bu ancak RT lnQ değeri negatif ve G’’den oldukça
büyük olduğunda geçerlidir
• Termodinamik olarak elverişli bazı tepkimeler (G’ si
büyük ve negatif ) ölçülebilir hızda gerçekleşmez.
• Örn ; Odun yanma tepkimesinin aktifleşme enerjisi
oda sıcaklığında mevcut olan enerjiden daha
büyüktür. Yeterli enerji sağlandığında ( kibritle
yakıldığında) yanma başlar. Odun daha kararlı
ürünler olan CO2 ve H2O’ ya dönüşür ve enerji ısı ve
ışık enerjisi olarak yayılır
• Canlı sistemlerde ise katalizlenmediğinde yavaş
ilerleyen tepkimeler enzimler ile aktivasyon
enerjisinin düşürülmesi ile hızlandırılır
Standart Serbest Enerji Değişimleri Toplanabilir

• İki sıralı kimyasal tepkimelerde her bir tepkime

kendine özgü denge sabitine ve standart serbest
enerji değişimine sahiptir
• Sıralı tepkimelerin standart serbest enerji
değişimleri toplanabilir
• Bu ilke termodinamik açıdan elverişli olmayan bir tepkimenin
ortak bir ara ürün üzerinden oldukça ekzotermik bir tepkime
ile eşleştirilerek ileri yönde yürütülmesini açıklamaktadır
• Toplamları üçüncü bir tepkimeyi veren iki tepkimeye
ait denge sabitleri çarpılabilir
 Karbon-karbon bağlarını oluşturan ya da yıkan
tepkimeler
• C-C bağlarının yıkılması ile bir karboanyon ve bir
karbokatyon oluşur
• Tersi olarak C-C bağlarının oluşumu için ise bir nükleofilik
karboanyon ve bir elektrofilik karbokatyon birleşir
• Bu tepkimelerde elektronegatif atomlar (N ve O) içeren
işlevsel gruplar önemlidir
• Karbonil grubu C-C bağlarının oluştuğu/yıkıldığı üç ana
sınıf tepkimede yer alır
aldol kondensasyonu
claisen ester kondensasyonu
dekarboksillenme
Molekül içi yeniden düzenlemeler
• Elektronların yeniden dağılımının molekülün toplam
yükseltgenme durumunda değişiklik olmaksızın farklı
türde değişime neden olduğu molekül içi yeniden
düzenlemelerdir
• Çift bağlardaki grupların cis-trans yeniden düzenlenmeleri
• Çift bağların konumlarının değişmesi

Ayrılma reaksiyonu
İzomerleşme ve Ayrılma Tepkimeleri
Serbest Radikal Tepkimeleri
• Kovalent bağların homolitik kırılmaları sonucunda
serbest radikaller oluşturulmaktadır

• Örn: 5’-deoksiadenozil radikali ile başlatılan

adenozilkarbolamin (vit B12)
• S-adenozil-metiyoninin kullanıldığı tepkimeler
• Belirli radikal başlatıcı dekarboksilleme tepkimeleri
• Redüktaz Tepkimeleri-Ribonükleotid redüktaz gibi
• Yer değiştirme tepkimeleri-DNA Fosfoliyaz
Grup Aktarma Tepkimeleri

• Açil, Glikozil ve fosforil gruplarının bir nükleofilden

diğerine aktarılmasıdır
• Açil grubu aktarımı açil grubunun karbonil C’una
tetrahedral bir ara ürün oluşturmak üzere bir
nükleofilin ilavesidir. Örn: Kimotripsin tepkimesi
• Glikozil aktarılması bir şeker halkasının C-1
konumundaki nükleofilik yer değiştirmeyi kapsar
• Fosforil grubu aktarılması metabolik yolaklarda önemli
bir reaksiyondur
• İnorganik ortofosfat ve İnorganik pirofosfat nükleofilik
yerdeğiştirme tepkimelerinde iyi ayrılan gruplardandır.
Esterler ve fosforik asit anhidritleri tepkimeler için
etkinleştirilir
• Nükleofilik yer değiştirme –OH gibi zayıf ayrılan bir
gruplara fosforil gruplarının ilavesi ile daha elverişli
hale getirilir
• Fosforil grubunun ayrılan grup olarak görev aldığı
nükleofilik yer değiştirmeler yüzlerce metabolik
tepkimede yer almaktadır
• ATP’ den bir fosforil grubunun alkole aktarımı ile fosfat
esterleri oluşur
• ATP’den bir P grubunun karboksilik aside aktarılması
ile karışık anhidrit oluşur
• ATP’yi verici olarak kullanarak fosforil grubu aktarımını
gerçekleştiren enzim ailesine kinazlar adı verilir.
• Alkoldeki O atomu yerine S içeren tiyoalkoller (tiyoller)
de iyi ayrılan gruplardır
Tiyoller tiyoesterler oluşturarak karboksilik asitleri
etkinleştirir ( yağların sentezi)
Yükseltgenme-İndirgenme Tepkimeleri
• C elementi elektronunu paylaştığı elementlere bağlı
olarak beş yükseltgenme halinde olabilmektedir
• Çoğu biyolojik yükseltgenmede bir bileşik iki
elektron ve iki H iyonunun kaybeder
• Bu tepkimeler dehidrojenlenme, bu reaksiyonu
katalizleyen enzimlere dehidrogenazlar denilir
• Bazılarında ise C atomu O atomuna kovalent olarak
bağlanır ( enzimler:oksidazlar ve oksigenazlar)
• Her yükseltgenmeye açığa çıkan elektronları tutan
elektron alıcısının indirgenmesi eşlik eder
• Yükseltgenme reaksiyonları genellikle enerji açığa
çıkarır
• Hücresel işlevler için gereken enerji karbohidratlar
ve yağlar gibi metabolik yakıtların yüksetgenmesi ile
elde edilir
Fosforil Grubu Aktarımı ve ATP
ATP’nin Hidrolizi
Oldukça büyük negatif standart serbest enerji
değişimli hidroliz tepkimelerinde ürünler aşağıda
belirtilen nedenlerden dolayı tepkimeye girenlerden
daha kararlı bir yapıya sahiptir.

1- ATP’ de olduğu gibi tepkimeye girenlerde

elektrostatik itme nedeni ile olan gerginlik yükün
ayrılması ile azalır
2-ATP, açil fosfatlar ve tiyoesterlerde olduğu gibi
ürünler iyonlaşma ile daha kararlı halde tutulur
3- PEP örneğinde olduğu gibi ürünler izomerleşme ile
daha kararlı hale getirilir
4- Ya da ürünler rezonans yolu ile kararlı hale getirilir
• Ancak bazı hücresel süreçlerde ATP kovalent bağlanma
yapmaksızın direkt olarak hidrolize edilmektedir.

Örneğin;
• Kas kasılması
• Enzimlerin DNA boyunca hareketi
• Ribozomların mRNA boyunca kaynası
• Helikaz, Rec A ve bazı Topoizomerazların katalizlediği
reaksiyonlar

• ATP hidrolizi ile bazı proteinlerin aktif formu ve aktif

olmayan formu arasında geçiş sağlanmaktadır
• Sinyal yolaklarında yer alan GTP bağlı proteinler
hormonlar veya diğer hücre dışı etkenlerce tetiklenen
sinyalleri sonlandırmak için GTP hidroliz ederler
• Doğrudan elektronlar olarak

• Hidrojen atomları olarak

• Hidrit iyonu olarak
• Doğrudan oksijenle birleşerek