DHF 158-23

Enzim Katalizi
İçerik-Amaçlar
Enzimler nasıl çalışır?
1. Katalizlenmeyen reaksiyonlar
2. Enzim-katalizli reaksiyonlar
3. Enzim katalizinin temelleri
4. Aktif bölge
5. Kofaktör, koenzim, prostetik grup
• Enzimler oldukça etkili katalizördür.
• Katalizledikleri reaksiyonların hızını ≥1015
oranda arttırırlar.
• Enzim katalizindeki mekanizmaları
kavrayabilmek için katalizlenmemiş
reaksiyonları da anlamak önemlidir.
1- Katalizlenmeyen reaksiyonlar

• A + B → C + D reaksiyonu
örnek olarak kullanılırsa;
• Bir çözeltide bulunan A ve B
reaktanları su
moleküllerinden oluşan bir
kabuk ile çevrilidir
(hidrasyon kabuğu) ve ısı
uyarımına bağlı olarak
rastgele yönlerde hareket
ederler.
• Bunlar sadece uygun yerleşim olduğunda
birbiriyle etkileşirler. Bu durum çok nadiren
olur.
• C + D ürünleri oluşmadan önce, «çarpışma
kompleksi A – B» geçiş durumuna ulaşır, geçiş
durumu için yüksek düzeyde aktivasyon
enerjisi (Ea) gereklidir.
• Sadece az miktarda A – B kompleksi bu
enerjiyi üretebildiği için, üretken geçiş durumu
çarpışma kompleksine göre daha az oranda
oluşur.
• Çözelti içinde, aktivasyon enerjisinin büyük
kısmı A ve B arasındaki hidrasyon kabuğunun
uzaklaştırılması için gereklidir.
• Bununla birlikte, reaktantlar arasında yük
değişimleri ve diğer kimyasal süreçler de rol
oynar.
• Bu kısıtlamaların sonucu olarak, katalist
yokluğunda, reaksiyon termodinamik olarak
olası olsa dahi (ör. ∆G < 0 olduğunda)
dönüşüm nadiren gerçekleşir ve reaksiyon hızı,
v, düşüktür.
 • Enzim katalizi olmadan:

Çarpışma Geçiş
Reaktanlar Çarpışma Ürün
kompleksi 1 durumu
kompleksi 2
2- Enzim-katalizli reaksiyonlar

• Burada A ve B substratların bağlandığı ve

sırasıyla C ile D ürünlerinin ‘sıralı salındığı
mekanizma’ gösterilmiştir.
A+B→C+D

• Ayrıca ‘ping-pong mekanizması’ olarak

adlandırılan bir reaksiyon sırası ile de
gelişebilir.
• Enzimler spesifik olarak aktif merkezleri ile
reaktanları (substratlarını) bağlar:

a) Bu süreçte, substratlar geçiş durumunun oluşumu

için gerekli optimal yerleşime ulaşmak için birbiriyle
etkileşim halinde bulunurlar. Dolayısıyla
substratların birbirine yakınlığı ve yerleşimleri ürün
oluşturacak A-B kompleksinin gelişimini büyük
oranda arttırır.
b) Bununla birlikte, substratların bağlanması bunların
hidrasyon kabuklarının uzaklaşmasını sağlar. Suyun
uzaklaştırılması sonucu, kataliz sırasında enzimin
aktif merkezine çok farklı koşullar uygulanır.
c) Üçüncü önemli faktör proteinlerin amino asit
rezidüleri ve substrat arasındaki
etkileşimlerin sonucu olarak oluşan geçiş
durumunun stabilizasyonudur.
• Reaksiyonda sıklıkla koenzimler ve kofaktörler
yer alır. Bunlar da geçiş durumunu oluşturmak
için gerekli aktivasyon enerjisini düşürürler.

d) Bununla birlikte, pek çok enzim subtratından

grupları alır veya kataliz sırasında bunları
substratlarına transfer eder.
• Proton transferleri genellikle yaygındır.
Enzimler tarafından yapılan bu asit-baz katalizi
çözeltide asit ve bazlar arasındaki proton
değişimlerinden daha etkilidir.

e) Çoğu durumda, katalitik döngüde kimyasal

gruplar enzimin amino asit rezidülerine geçici
olarak kovalent bağlıdır. Bu etki kovalent
kataliz olarak tanımlanır (açil enzimler, Schiff
bazları; ör. transaminazlar).
• Enzim katalizi ile;

Aktif merkez

Serbest enzim E Geçiş durumu

3- Enzim katalizinin temelleri
• Bireysel katalitik etkilerin katkılarının kantitatif
olarak değerlendirilmesi zor olsa da enzimlerin
geçiş durumlarının stabilizasyonu en önemli
faktördür.
• Bu nedenle, katalistin etkinliği için substratın
sıkı bağlanmış olması yerine –bu durum
reaksiyon için gerekli aktivasyon enerjisini
azaltmak yerine arttırır- geçiş durumuna
bağlanma daha önemlidir.
a) Substratların yaklaşmaları ve
konumlanmaları Geçiş durumu
b) Suyun çıkarılması
c) Geçiş durumunun sabitlenmesi
d) Grup transferi EA kompleksinin
sabitlenmesi

Geçiş durumunun
sabitlenmesi
• Bu sonuç pek çok enzimin geçiş durumu
analoglarına oldukça yüksek ilgi göstermesi ile
desteklenir.
• Basit bir mekanik benzerlik bu durumu
açıklamaya yardımcı olabilir (şekil).
• Metal topları (reaktanlar) EA yerinden
(substrat durumu) daha yüksek-enerji geçiş
durumu olan EP’ye transfer etmek için,
mıknatıs (katalist) çekim gücü EA yerine geçiş
durumuna yönlendirilmiş olmalıdır.
4- Aktif bölge

Enzim moleküllerinde aktif bölge denilen özel

bir cep ya da yuva bulunur.

Aktif bölge substratı bağlayarak bir enzim-

substrat (ES) kompleksi meydana getirir.

ES, sonradan enzim ve ürüne parçalanan enzim-ürün

(EP)'e dönüşür.

E + S ↔ ES ↔ EP ↔ E + P
İndüklenmiş Uyum – substrat bağlandığında, enzim
aktif bölgesinde konformasyonel değişim olur.
Bu durum sistemin enerjisine katkı sağlamanın
yanısıra aktif bölgede katalitik grupların
düzenlenmesini sağlar.

İNDÜKLENMİŞ UYUM MODELİ

Bağlanmadan sonra
konformasyon değişimi
* Enzimler bir veya birkaç belli substratla
etkileşir ve sadece tek tip kimyasal
reaksiyon katalizler
• yani spesifiktirler
5- Kofaktörler ve Koenzimler
Bazı enzimler, enzimatik aktivite için mutlak
varlığı gereken protein-dışı bileşiklere
ihtiyaç duyarlar.

Bu bileşik enzimine kuvvetli (kovalent) bağ ile

bağlanmışsa “prostetik grup” (1)
(örneğin, karboksilazların biyotini);

zayıf (kovalent olmayan) bağlarla bağlanmışsa

“koenzim” (2) adını alır.
Koenzimler genelde NAD+, FAD, tiamin
pirofosfat gibi vitamin türevleri olan
karmaşık organik bileşiklerdir.

“Kofaktör” (3) ise enzim katalizine katılan Mg,

Fe, Zn, Mn gibi metal iyonlar ve basit
organik bileşiklerdir.
Bir enzimin protein kısmı “apoenzim”,
katalitik aktif olan tüm işlevsel enzime
“holoenzim” denir.
Kofaktör veya koenzim ile bağlı enzim = haloenzim

Holoenzim = apoenzim + koenzim/kofaktör

Koenzim uzaklaştıktan sonra kalan protein

kısmı yani “apoenzim” katalitik olarak
inaktiftir.
Kofaktör veya koenzim ile bağlı olmayan enzim = apoenzim
 Çoğu Vitamin Enzim Kofaktörü veya Koenzimi
Olarak Görev Yapar

Vitamin Koenzim
Tiamin (B1) Tiamin Pirofosfat
Riboflavin (B2) Flavin Mononükleotid (FMN)
Flavin Adenin Dinükleotid (FAD)
Pridoksin (B6) Pridoksal Fosfat
Nikotinik Asit (Niasin) Nikotinamid Adenin Dinükleotid (NAD)
Nikotinamid Adenin Dinükleotid Fosfat (NADP)
Pantotenik Asit Koenzim A (KoA)
Biotin Karboksilazlara kovalent bağlı
Folik Asit Tetrahidrofolik asit

Vitamin B12 Deoksiadenozil Kobalamin

Vitamin C (askorbik asit) Ko-substrat- Prolin hidroksilasyonu