Amino Asitler

Amino asitler, yaplarnda hem amino grubu (NH2) hem de karboksil grubu (COOH) ieren bileiklerdir.

Prof. Dr. Fidanc

Fizyolojik pHda, amino asitlerin amino grubu proton tar ve pozitif ykldr; karboksil grubundan ise proton ayrlmtr ve negatif ykldr.

Prof. Dr. Fidanc

Amino asitlerin yapsnda bir karbon atomunun drt valansna drt farkl grup balanmtr. Bu gruplardan (-COOH, -NH2 ve -H) deimez. Karbon atomunun 4. valansna balanan R grubu ise deierek eitli amino asitlerin tremesini salar. R grubuna amino asidin yan zinciri denir. Amino asitler, amino grubunun karboksil grubuna gre bulunduu pozisyona bal olarak - - ve amino asit eklinde adlandrlrlar R-CH-COOH NH2 -amino asit R-CH-CH-COOH NH2 -amino asit R-CH-CH2-CH2-COOH NH2 -amino asit

Prof. Dr. Fidanc

D- ve L-Amino Asitler
D ve L simgeleri amino asitlerin polarize saa yada sola evirdikleri anlamna gelmez, sadece D ve L-gliseraldehide benzerliklerine gre amino asitlerin D ve L serisine dahil olduklarna iaret eder. Doal olanlar L-serilerdir ve canl organizmalar daima L-amino asitleri kullanrlar. Bitkisel ve hayvansal proteinlerin kuruluuna sadece L-amino asitler katlrlar. D-amino asitleri ise genellikle bakterilerin hcre duvarlarnda bulunurlar (D-glutamik asit vb). Baz insekt larvalarndan yada krizalitlerinden elde edilen D-alanin ve yer solucanndan elde edilen D-serin dier rnekleri olutururlar
Prof. Dr. Fidanc

COOH H C H2N R D-amino asit

COOH H2N C H R L-amino asit

Doada 300 kadar farkl amino asit bulunmaktadr.

Standart Amino Asitler Nonstandart Amino Asitler Proteinlerin Yapsnda Bulunmayan Amino Asitler

Prof. Dr. Fidanc

Standart Amino Asitler

Protein yapsnda yer alan 20 amino asit doada yaygn olarak bulunur.

Amino asit Glisin Alanin Valin Lsin zolsin Prolin Fenilalanin Tirozin Triptofan Serin

Ksaltma Gly Ala Val Leu Ile Pro Phe Tyr Trp Ser

G A V L I P F Y W S

Amino asit Treonin Sistein Metiyonin Asparajin Glutamin Aspartat Glutamat Lizin Arjinin Histidin

Ksaltma Thr Cys Met Asn Gln Asp Glu Lys Arg His

T C M N Q D E K R H

Prof. Dr. Fidanc

Amino asitlerin standart amino asitler diye bilinen 20 tanesi, DNA tarafndan kodlanan ve proteinleri oluturan birimlerdir.

Prof. Dr. Fidanc

Amino asitlerin snflandrlmas

Serin Threonin Lizin Arginin Histidin Prolin Fenilalanin Tirozin Triptofan

Basit Dallanm Kkrtl Diasit

ve amin trevleri

Glisin Alanin Valin Lsin Izolsin Sistein Methionin Aspartik asit Glutamik asit Asparagin Glutamin
Prof. Dr. Fidanc

Hidroksilli

Bazik Halka yap

Aromatik

Glisin Gly (G)

Alanin Ala (A)

Valin Val (V)

Lsin Leu (L)

Prof. Dr. Fidanc

Izolsin Ile (I)

Proline Pro (P)

Serin Ser (S)

Threonin Thr (T)

Prof. Dr. Fidanc

10

Sistein Cys (C)

Methionin Met (M)

Asparajin Asn (N)

Prof. Dr. Fidanc

Glutamin Gln (Q)

11

Fenilalanin Phe (F)

Tirozin Tyr (Y)

Triptofan Trp (W)

Prof. Dr. Fidanc

Lizin Lys (K)

12

Arginin Arg (R) Histidin His (H)

Aspartat Asp (D) Glutamat Glu (E)

Prof. Dr. Fidanc 13

Proteinin yapsna giren prolin ve hidroksiprolin serbest amino grubu yerine -karbon atomunda imino grubu tar. Bu nedenle amino asit deil esasnda imino asittirler.
Pro

OH CH

Hyp

Prof. Dr. Fidanc

14

Standart Amino Asitlerin Snflandrlmas

Amino asitler yan zincirlerine gre yk tayan (pozitif veya negatif ykl), aromatik zincir tayan, alifatik zincir tayan amino asitler olarak snflandrlabilir. Nonpolar, alifatik R gruplu amino asitler Genellikle nonpolar, aromatik R gruplu amino asitler Polar, fakat yksz R gruplu amino asitler Negatif ykl R gruplu amino asitler Pozitif ykl R gruplu amino asitler

Prof. Dr. Fidanc

15

onpolar R Gruplu Amino Asitler

Glisin, alanin, valin, lsin, izolsin, alifatik yan zincirli; Metionin, kkrt ieren; Prolin, siklik; Fenilalanin ve triptofan aromatik yan zincirlidir.

Prof. Dr. Fidanc

16

Polar R Gruplu Amino asitler

Asparajin ve glutamin, srasyla aspartik asit ve glutamik asidin amidi; Serin, treonin ve tirozin hidroksil gruplu; Sistein kkrt ieren amino asittir.

Prof. Dr. Fidanc

17

Sistein, sistin diye adlandrlan bir kovalent balanm dimerik amino asit ekline okside olabilir. Sistinde iki sistein molekl bir dislfit kprs vastasyla birbirine balanmtr.

Prof. Dr. Fidanc

18

Sistindeki gibi dislfit kprleri, birok proteinde meydana gelir ve proteinin yapsn stabilize ederler.

Prof. Dr. Fidanc

19

Asidik R Gruplu Amino Asitler

Prof. Dr. Fidanc

20

Bazik R Gruplu Amino Asitler

Prof. Dr. Fidanc

21

Prof. Dr. Fidanc

22

Standart Amino Asitlerin zellikleri

Glisinden (Gly, G) baka btn standart amino asitlerde -karbon atomu asimetriktir.

Prof. Dr. Fidanc

23

Glisinden (Gly, G) baka btn standart amino asitler optike aktif iki stereoizomere veya enantiyomere sahiptirler.

Prof. Dr. Fidanc

24

Protein molekllerindeki amino asitler, L-stereoizomerlerdir. D-amino asitler, yalnzca bakteriyel hcre duvarlarnn kk peptitlerinde ve baz peptit antibiyotiklerde bulunurlar.

Prof. Dr. Fidanc

25

Bir tek amino grubuna ve bir tek karboksil grubuna sahip standart amino asitler, ntral sulu zeltilerden zwitterion olarak bilinen, tam olarak iyonlam ekillerde kristalize edilebilirler.

Prof. Dr. Fidanc

26

Bir standart amino asit, kendisi iin karakteristik olan izoelektrik nokta deerine eit pH ortamnda net elektrik yk tamaz. Bu nedenle bir elektrik alannda hareketsiz kalr.

(-) Katot

(+) Anot

Prof. Dr. Fidanc

27

Bir amino asit, izoelektrik nokta deerinden yksek pH ortamnda bazik anyon eklinde; izoelektrik nokta deerinden dk pH ortamnda asit katyon eklinde bulunur.

Prof. Dr. Fidanc

28

Bir amino asit, izoelektrik nokta deerinden yksek pH ortamnda bazik anyon eklinde bulunduundan elektrik alannda anoda ger.

(-) Katot
Prof. Dr. Fidanc

(+) Anot
29

Bir amino asit, izoelektrik nokta deerinden dk pH ortamnda asit katyon eklinde bulunduundan elektrik alannda katoda ger.

(-) Katot
Prof. Dr. Fidanc

(+) Anot
30

Bir standart amino asit, hem proton donr (asit) hem proton akseptr (baz) olarak davranabilir.

Standart amino asitler, amfoterik maddeler (amfoterik elektrolit veya amfolit)tirler.

Prof. Dr. Fidanc

31

yonize olabilen bir yan zincir iermeyen bir amino asit titre edilirse iki adet pKa deeri gzlenir. Birinci deer (pKa1) -karboksil grubuna, ikinci deer (pKa2) -amino grubuna aittir.

Prof. Dr. Fidanc

32

Amino asitler, hem karboksil grubu hem amino grubunun proton vermek zere iyonlamas nedeniyle, karakteristik titrasyon erileri verirler.

Prof. Dr. Fidanc

33

zeltideki bir amino asit molekl zerinde net ykn sfr olduu pH deeri, izoelektrik nokta (pI) olarak adlandrlr. pI = (pKa1 + pKa2)/2

Prof. Dr. Fidanc

34

yonize olabilen R gruplu amino asitlerin titrasyon erileri daha komplekstir.

Prof. Dr. Fidanc

35

Prof. Dr. Fidanc

36

Btn amino asitler infrared blgedeki absorbe ederler.

Prof. Dr. Fidanc

37

Tirozin ve triptofan, daha az derecede de fenilalanin, ultraviyole absorbe ederler.

Prof. Dr. Fidanc

38

Proteinlerdeki amino asit kalntlarnn karekteristik NMR spektrumlar vardr.

Prof. Dr. Fidanc

39

Standart Amino Asitlerin Kimyasal Tepkimeleri Amino asitlerin amino gruplar ile verdikleri tepkimeler Amino asitlerin karboksil gruplar ile verdikleri tepkimeler Amino asitlerin amino ve karboksil gruplarnn birlikte verdikleri tepkimeler Amino asitlerin R gruplar ile verdikleri tepkimeler (renk tepkimeleri) Amino asitlerin tm gruplarnn katlm ile verdikleri tepkime

Prof. Dr. Fidanc

40

Amino asitlerin amino gruplar ile verdikleri reaksiyonlara dayanan tanmlama deneyleri: Van Slyke deneyi: Nitrz asitle azot gaz k Amino asitlerin amino ve karboksil gruplarnn birlikte verdikleri reaksiyonlara dayanan tanmlama deneyleri: Ninhidrin deneyi: Ninhidrin ile mavi-meneke renk Amino asitlerin renk reaksiyonlarna dayanan tanmlama deneyleri: Fenil halkas iin Ksantoprotein deneyi: Konsantre nitrik asit ile stma sonucu sar renk

Prof. Dr. Fidanc

41

Amino Asitlerin Amino Gruplar ile Verdikleri Tepkimeler 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. Asitamid (peptit) oluumu Metillenme ile betainlerin oluumu Sanger tepkimesi Van Slyke reaksiyonu Srensen titrasyonu Aldehitlerle Schiff baz olumas Deaminasyon ile -keto asitlerin olumas

Prof. Dr. Fidanc

42

1 - Pepditler
Bir amino asidin NH2 grubu ile bir baka amino asidin COOH grubu arasndan su kyla iki amino asit arasnda peptit ba oluur ve bylece peptitler meydana gelir.

Prof. Dr. Fidanc

43

2 - Metillenme ile betainlerin oluumu

Amino asitler zwitterion durumunda iken, NH3+ grubundaki 3 hidrojenin yerine CH3 gruplar geerek betainler oluur.

Prof. Dr. Fidanc

44

3 - Sanger tepkimesi

Amino asitlerin amino gruplar, 1-fluoro-2,4-dinitrobenzen ile ak sar bir bileik olan 2,4-dinitrofenilamino asit oluturur. Bu tepkime Sanger tepkimesi olarak bilinir.

Prof. Dr. Fidanc

45

4 - Van Slyke reaksiyonu

Amino asitler, nitrz asitle reaksiyona girerek azot gaz aa kmasna neden olurlar. Bu tepkime Van Slyke reaksiyonu olarak bilinir.

Prof. Dr. Fidanc

46

5 - Srensen titrasyonu
Amino asitler, ntral veya hafif alkalik zeltilerde formaldehit ile reaksiyona girerek mono- veya dimetilol trevleri meydana getirirler. Bu tepkime Srensen titrasyonu olarak bilinir.

Prof. Dr. Fidanc

47

6 - Aldehitlerle Schiff baz olumas

Amino asitlerin aldehitlerle reaksiyonu sonucunda Schiff baz (N=CH) oluur.

Prof. Dr. Fidanc

48

7 - Deaminasyon ile -keto asitlerin olumas

Amino asitlerin deaminasyon ile -keto asitler oluur.

Prof. Dr. Fidanc

49

Amino Asitlerin Karboksil Gruplar ile Verdikleri Tepkimeler Asitamid (peptit) oluturma Tuz oluturma Amid oluturma Ester oluturma Dekarboksilasyon

Prof. Dr. Fidanc

50

Amino asitlerin karboksil grubundan karbondioksit kmasyla biyojen aminler oluur. Histidinden histamin, Lizinden kadaverin, Ornitinden putressin, Tirozinden tiramin, Triptofandan triptamin

oluumu nemlidir
Prof. Dr. Fidanc 51

Amino Asitlerin Amino ve Karboksil Gruplarnn Birlikte Verdikleri Tepkimeler:

Ninhidrin tepkimesi Cu2+, Ni2+, Co2+ gibi ar metal katyonlaryla kompleks tuzlar olumas Diketopiperazin trevleri ve polimerler olumas

Prof. Dr. Fidanc

52

Ninhidrin zeltisi ile kaynatlan bir -amino asit, mavi-meneke renkli bir kompleks verir.

Prof. Dr. Fidanc

53

Amino Asitlerin R Gruplar ile Verdikleri Tepkimeler (Renk Tepkimeleri):

Ksantoprotein tepkimesi aromatik halka Millon tepkimesi fenil Pauly tepkimesi fenil veya imidazol Nitroprussiyat tepkimesi slfhidril Ehrlich tepkimesi indol Kurun slfr oluumu tepkimesi tiyol (SH) veya dislfit (SS)
Prof. Dr. Fidanc 54

Ksantoprotein Tepkimesi

Yapsnda aromatik halka bulunan fenilalanin ve triptofan gibi amino asitler iin karakteristiktir. Byle bir amino asit veya protein zeltisi zerine konsantre nitrik asit ilave edildiinde nce beyaz bir tortu, stlrsa sar bir renk meydana gelir. Daha sonra alkali ilave edilmesi halinde sar renk koyu portakal sars veya turuncu diyebileceimiz renge dnr.

Prof. Dr. Fidanc

55

Millon Tepkimesi

Yapsnda fenil grubu bulunan fenilalanin ve tirozin gibi amino asitler, eser miktarda nitrz asit ieren nitrik asitte zlm cva nitrat ile stmakla krmz renk verirler.

Prof. Dr. Fidanc

56

Pauly Tepkimesi

Yapsnda fenil ya da imidazol grubu bulunan fenilalanin, tirozin, histidin gibi amino asitler, alkali ortamlarda sulfanilik asit ve sodyum nitrit karm ile tepkimeye girerlerse krmz renk verirler.

Prof. Dr. Fidanc

57

itroprussiyat tepkimesi: Yapsnda serbest slfhidril grubu bulunan sistein gibi amino asitler, seyreltik amonyum hidroksitte zlm sodyum nitroprussiyat ile krmz renk verirler.

Ehrlich tepkimesi: Yapsnda indol grubu bulunan triptofan gibi amino asitler, slfrik asitte zlm pdimetilaminobenzaldehit ile reaksiyona sokulursa krmzms pembe bir renk oluur.

Prof. Dr. Fidanc

58

Kurun slfr oluumu tepkimesi: Yapsnda tiyol (SH) veya dislfit (SS) grubu bulunan amino asitler NaOH ile kaynatldnda H2S veya Na2S oluur; ortama kurun asetat zeltisi ilave edildiinde siyah renkli PbS ker.

Prof. Dr. Fidanc

59

Amino Asitlerin Tm Gruplarnn Katlm ile Verdikleri Tepkime

Amino asitlerin amino gruplar, karboksil gruplar ve varsa SH gruplar, Cu2+, Co2+, Mn2+, Fe2+ gibi birok ar metal iyonlaryla kompleks kelatlar (elatlar) olutururlar.

Prof. Dr. Fidanc

60

Amino Asitleri Tanmlama Deneyleri

Amino asitlerin amino gruplar ile verdikleri reaksiyonlara dayanan Van Slyke deneyi: Nitrz asitle azot gaz k Amino asitlerin amino ve karboksil gruplarnn birlikte verdikleri reaksiyonlara dayanan Ninhidrin deneyi: Ninhidrin ile mavi-meneke renk Amino asitlerin renk reaksiyonlarna dayanan Ksantoprotein deneyi: Konsantre nitrik asit ile stma sonucu fenil halkasyla sar renk

Prof. Dr. Fidanc

61

Nonstandart Amino Asitler

Nonstandart amino asitler, bir standart amino asit bir protein yapsna girdikten sonra bir deiim reaksiyonu sonucu tremi amino asitlerdir. 4-Hidroksiprolin 5-Hidroksilizin 6-N-metillizin -karboksi glutamat Desmozin Selenosistein

Prof. Dr. Fidanc

62

4-Hidroksiprolin: Prolin trevidir. Bitki hcre duvar proteinlerinde ve ba dokusunun fibrz proteini olan kollajende bulunur.

5-Hidroksilizin: Lizin trevidir. Kollajenin yapsnda bulunur.

Prof. Dr. Fidanc 63

6- -metillizin: Lizin trevidir. kaslarn kontraktil proteini olan miyozinde bulunur.

-karboksi glutamat: Glutamat trevidir. Phtlama faktr protein olan protrombinde (Faktr II) ve Ca2+ balayan dier belli proteinlerde bulunur.

Prof. Dr. Fidanc

64

Desmozin: Drt lizin kalnts ierir. fibrz protein olan elastinde bulunur.

Selenosistein: Serinin oksijenden daha ok selenyum ieren trevidir. Glutatyon peroksidaz enziminde ve dier birok proteinde bulunur.
Prof. Dr. Fidanc 65

Proteinlerin yapsnda bulunmayan fakat hcrede ok deiik biyolojik fonksiyonlara sahip amino asitler de vardr

GABA
Prof. Dr. Fidanc 66

Proteinlerin yapsnda bulunmayan amino asitler: -amino asitler: Ornitin Sitrlin Arjinino sksinik asit Homosistein Homoserin Sistein slfinik asit Dihidroksifenilalanin (DOPA) 5-Hidroksi triptofan Amino grubu -karbonda olmayan amino asitler: -alanin H3N+-CH2-CH2-COO-aminobutirik asit (GABA) Taurin -aminoizobutirik asit

Prof. Dr. Fidanc

67

Prof. Dr. Fidanc

68

Esansiyel ve esansiyel olmayan amino asitler

Esansiyel amino asitler: Vcutta sentezlenemezler, dardan alnmalar
zorunludur.

valin, lsin, izolsin, treonin, metionin, fenilalanin, triptofan, lizin ve gelimekte olanlarda arjinin ile histidin

Esansiyel olmayan amino asitler: Vcutta glikoliz ve sitrat

dngsndeki ara rnlerden sentezlenebilirler.

glisin, alanin, serin, sistein, prolin, tirozin, glutamat, glutamin, aspartat, asparajin ve erikinlerde arjinin ile histidin
Prof. Dr. Fidanc 69

Amino asitlerin hcre iindeki reaksiyonlar

Transaminasyon: Bir amino asidin amino grubunun bir keto aside tanmas (yeni amino asitler oluur) Deaminasyon: Amino asitlerdeki amino grubunun amonyak eklinde ayrlmas (keto asitler oluur) Amino asitlerden metil ve dier 1 karbonlu birimlerin salanmas (eitli bileikler oluur) Dekarboksilasyon: Amino asidin yapsndaki karboksil grubunun CO2 halinde ayrlmas (biyojen aminler oluur)
Prof. Dr. Fidanc 70