Professional Documents
Culture Documents
Bioinformatica Opgaven
Bioinformatica Opgaven
WEEK 1.......................................................................................................................................................... 2
Opdracht 1...........................................................................................................................................................2
Opdracht 2...........................................................................................................................................................2
Opdracht 3...........................................................................................................................................................3
WEEK 2.......................................................................................................................................................... 4
Opdracht 4...........................................................................................................................................................4
Opdracht 5...........................................................................................................................................................5
WEEK 3.......................................................................................................................................................... 7
Opdracht 6...........................................................................................................................................................7
Opdracht 7a.........................................................................................................................................................7
Opdracht 7b.........................................................................................................................................................7
WEEK 4.......................................................................................................................................................... 7
Opdracht 9...........................................................................................................................................................7
Opdracht 10.........................................................................................................................................................9
Opdracht 11.......................................................................................................................................................11
WEEK 5........................................................................................................................................................ 13
Opdracht 12.......................................................................................................................................................13
Opdracht 13.......................................................................................................................................................16
Opdracht 14.......................................................................................................................................................16
WEEK 6........................................................................................................................................................ 17
Opdracht 15.......................................................................................................................................................17
WEEK 1
Opdracht 1
a) G^AATTCEcoRI en CAYNN^NNRTGMslI
b) Y = pyrimidine, C of T
R = purine, G of A
N = A, C, G of T
c) EcoRI 1 keer en MslI 7 keer
d) 1570 bp
e)
Opdracht 2
a) Start 86 en stop 1276 bp
b) Start op 4153 en stop op (4153-861) = 3292 (streng omdraaien van pRed, ervoor staan,
find next)
c)hATGAGTATTCAACATTTCCGTGTCGCCCTTATTCCCTTTTTTGCGGCATTTTGCCTTCCTGTTTTTGC
TCACCCAGAAACGCTGGTGAAAGTAAAAGATGCTGAAGATCAGTTGGGTGCACGAGTGGGTTACAT
CGAACTGGATCTCAACAGCGGTAAGATCCTTGAGAGTTTTCGCCCCGAAGAACGTTTTCCAATGATG
AGCACTTTTAAAGTTCTGCTATGTGGCGCGGTATTATCCCGTGTTGACGCCGGGCAAGAGCAACTCG
GTCGCCGCATACACTATTCTCAGAATGACTTGGTTGAGTACTCACCAGTCACAGAAAAGCATCTTACG
GATGGCATGACAGTAAGAGAATTATGCAGTGCTGCCATAACCATGAGTGATAACACTGCGGCCAACT
TACTTCTGACAACGATCGGAGGACCGAAGGAGCTAACCGCTTTTTTGCACAACATGGGGGATCATGT
AACTCGCCTTGATCGTTGGGAACCGGAGCTGAATGAAGCCATACCAAACGACGAGCGTGACACCAC
GATGCCTGCAGCAATGGCAACAACGTTGCGCAAACTATTAACTGGCGAACTACTTACTCTAGCTTCCC
GGCAACAATTAATAGACTGGATGGAGGCGGATAAAGTTGCAGGACCACTTCTGCGCTCGGCCCTTCC
GGCTGGCTGGTTTATTGCTGATAAATCTGGAGCCGGTGAGCGTGGGTCTCGCGGTATCATTGCAGCA
CTGGGGCCAGATGGTAAGCCCTCCCGTATCGTAGTTATCTACACGACGGGGAGTCAGGCAACTATG
GATGAACGAAATAGACAGATCGCTGAGATAGGTGCCTCACTGATTAAGCATTGGTAA
Opdracht 3
de sequentie tussen EcoRI en SmaI is weggehaald, daartussen zit als eerst:
-EcoRV met de herkenningssequentie van GATATC
-TaqI met de herkenningssequentie van TCGA
-NotI met de herkenningssequentie van GCGGCCGC
-HaeIII met de herkenningssequentie van GGCC
-SaII met de herkenningssequentie van GTCGAC
-ScaI met de herkenningssequentie van AGTACT
Multiple cloning site:
WEEK 2
Opdracht 4
a)
ja
nee
b)
Opdracht 5
1.
2.
4.
WEEK 3
Opdracht 6
Opdracht 7a
Zie andere laptop
Opdracht 7b
Alleen dendritische cellen meten, de dot plots moeten allemaal hetzelfde zijn met dezelfde
regio zodat over hetzelfde deel vergeleken kan worden. De histogrammen zijn dan om te
kijken of de cellen fluoresceren. De controle zonder antilichamen hebben we cellen (zelfde
als andere 2) in dotplot maar heeft andere/geen fluorescentie.
WEEK 4
Opdracht 9
a) De multiple cloning site ligt achter de origin of replication van het GFP gen
b) De stop codon veranderd omdat je nu anders moet lezen; je moet nieuwe drietallen
maken waardoor de sequentie anders wordt gelezen: er ontstaat een frameshift.
c)
forward
5’ ttcgaataaatgtcacttcttttgaaacgattaagtccagtcgac 3’
reverse
3’ aagcttatttacagtgaagaaaactttgctaattcaggtcagctg 5’
5’ gtcgactggacttaatcgtttcaaaagaagtgacatttattcgaa 3’
Restriction site SalI en BstBI
10 a 5391 bp groot
Opdracht 10
a)
b)
c)
d)
e)
Opdracht 11
a)
GFP-pGlo
ATGGCTAGCAAAGGAGAAGAACTTTTCACTGGAGTTGTCCCAATTCTTGTTGAATTAGATGGTGATG
TTAATGGGCACAAATTTTCTGTCAGTGGAGAGGGTGAAGGTGATGCTACATACGGAAAGCTTACCCT
TAAATTTATTTGCACTACTGGAAAACTACCTGTTCCATGGCCAACACTTGTCACTACTTTCTCTTATGG
TGTTCAATGCTTTTCCCGTTATCCGGATCATATGAAACGGCATGACTTTTTCAAGAGTGCCATGCCCG
AAGGTTATGTACAGGAACGCACTATATCTTTCAAAGATGACGGGAACTACAAGACGCGTGCTGAAGT
CAAGTTTGAAGGTGATACCCTTGTTAATCGTATCGAGTTAAAAGGTATTGATTTTAAAGAAGATGGA
AACATTCTCGGACACAAACTCGAGTACAACTATAACTCACACAATGTATACATCACGGCAGACAAAC
AAAAGAATGGAATCAAAGCTAACTTCAAAATTCGCCACAACATTGAAGATGGATCCGTTCAACTAGC
AGACCATTATCAACAAAATACTCCAATTGGCGATGGCCCTGTCCTTTTACCAGACAACCATTACCTGTC
GACACAATCTGCCCTTTCGAAAGATCCCAACGAAAAGCGTGACCACATGGTCCTTCTTGAGTTTGTAA
CTGCTGCTGGGATTACACATGGCATGGATGAGCTCTACAAATAA
GFP-10aa
ATGGCTAGCAAAGGAGAAGAACTTTTCACTGGAGTTGTCCCAATTCTTGTTGAATTAGATGGTGATG
TTAATGGGCACAAATTTTCTGTCAGTGGAGAGGGTGAAGGTGATGCTACATACGGAAAGCTTACCCT
TAAATTTATTTGCACTACTGGAAAACTACCTGTTCCATGGCCAACACTTGTCACTACTTTCTCTTATGG
TGTTCAATGCTTTTCCCGTTATCCGGATCATATGAAACGGCATGACTTTTTCAAGAGTGCCATGCCCG
AAGGTTATGTACAGGAACGCACTATATCTTTCAAAGATGACGGGAACTACAAGACGCGTGCTGAAGT
CAAGTTTGAAGGTGATACCCTTGTTAATCGTATCGAGTTAAAAGGTATTGATTTTAAAGAAGATGGA
AACATTCTCGGACACAAACTCGAGTACAACTATAACTCACACAATGTATACATCACGGCAGACAAAC
AAAAGAATGGAATCAAAGCTAACTTCAAAATTCGCCACAACATTGAAGATGGATCCGTTCAACTAGC
AGACCATTATCAACAAAATACTCCAATTGGCGATGGCCCTGTCCTTTTACCAGACAACCATTACCTGTC
GACtggacttaatcgtttcaaaagaagtgacatttaTTCGAAAGATCCCAACGAAAAGCGTGACCACATGGTCCT
TCTTGAGTTTGTAACTGCTGCTGGGATTACACATGGCATGGATGAGCTCTACAAATATGAATTCGAGC
TCGGTACCCGGGGATCCTCTAGAGTCGACCTGCAGGCATGCAAGCTTGGCTGTTTTGGCGGATGA
b)
c)
GFP-10-aa
GFP
d)
e)
WEEK 5
Opdracht 12
a) start: de plek waar de left primer bindt
lenght: lengte van de primer in bp
Tm: de temperatuur waarop de primer bindt
GC: de kans dat de primer bindt
Any: hoe groot de kans is dat de primer aan zichzelf bindt
3’Stab:
b) je krijgt andere primers
c) dan bestaan er geen primers
-Max Poly-X: Equivalente parameter van PRIMER_MAX_POLY_X voor het interne oligo.
-Max End GC: Het maximumaantal G's of C's toegestaan in de laatste vijf 3' bases van een
linker of rechter primer.
-Max Self Complementarity: beschrijft de neiging van een primer om zich aan zichzelf te
binden.
-TH: Max Hairpin: Dit is de meest stabiele monomeerstructuur van intern oligo berekend
door thermodynamische benadering.
-Max Template Mispriming: De maximaal toegestane gelijkenis met ectopische sites in de
sjabloon. Een negatieve waarde betekent niet controleren.
-Max End Stability: De maximale stabiliteit voor de laatste vijf 3' bases van een linkse of
rechtse primer. Grotere getallen betekenen stabielere 3'-uiteinden.
a) De linker primer start bij 21 bp in het gen, heeft een lengte van 20 bp> voldoet aan eis>
18-30 bp, heeft een smelt temperatuur van 60,3 graden> voldoet aan eis boven 60 graden,
bestaat voor 55 % uit G en C> voldoet aan eis tussen de 40 en 60 %, ANY is nul dus er is geen
kans dat de primer paren binden of dat de primer aan zichzelf bindt. 3’ stab??
b)
c) Als % GC te hoog is dan wordt de Tm ook hoger en is er meer kans op een hairpin> interne
baseparing binnen de primers.
Max poly-X is de maximale herhaling van een mono nucleotide> AAAAA> wanneer die hoger
is dan het maximale kan dit ook weer zorgen voor een misprime
Als de primer meer complementair is aan zichzelf dan het maximum kan zorgen voor self
dimers of hairpins
Bij teveel G’s of C’s kan er niet-specifieke annealing aan GC-rijke sequenties (mispriming)
optreden of werk je primer-dimeren in de hand (zie punt 6 en 7).
Opdracht 13
Opdracht 14
Opdracht 15
Primers van 5’ naar 3’
Leest van 3 naar 5 en bouwt van 5 naar 3
3’ ------------------------------- 5’
5’ --------- (zelfde als bovenste, complementair aan onderste: forward)
3’ ------------------------------- 5’
5’ ---------
5’ aag^acgtcctaggcacacatctgttgtgc 3’
Met bindingsplaatsen met extra nucleotide voor goede binding van de restrictie-enzymen.
Primer lees je van 5 naar 3
b)
CDS DFR gen:
atggttagtcagaaagagaccgtgtgtgtaaccggcgcttcgggtttcatcggttcatggctagtgatgcgattactagaacgtggtta
ctttgttcgtgccaccgttcgagatcccggtaatttgaagaaagtacaacatcttcttgatttgccaaacgccaagacgctactcacttt
atggaaggctgatttatctgaggaaggaagctacgatgatgccataaacggatgtgacggtgttttccacgtggcaacacccatgga
ttttgaatcaaaagatcctgagaacgaagtgataaagccgacagtgaatggaatgttggggataatgaaagcatgtgttaaggcaa
agaccgtacgaagattcgtatttacttcatctgccggaaccgttaatgtagaagaacatcagaagaatgtctatgatgaaaatgattg
gagtgatcttgagtttatcatgtccaaaaagatgacaggatggatgtatttcgtgtcaaaaacgttagcggagaaagcagcgtggga
tttcgccgaagagaaaggattagatttcattagtattattccaacattggtggtcggtccattcatcacaacgtctatgccgcctagcctt
atcaccgcgctctctcctatcactcggaacgaggcgcattactcgatcataagacaaggacagtatgtgcatttggacgacttatgca
acgctcatatcttcttatacgaacaagcagccgccaagggacgttatatttgttcctctcatgatgcaaccattcttactatctccaaatt
tctcaggccaaaataccccgaatataacgtaccttcaacgtttgaaggtgttgatgagaatctaaagagcattgaattcagttccaag
aagctgacggacatggggtttaacttcaagtatagtctcgaggaaatgtttattgaatctattgagacatgtcgtcaaaagggttttctc
ccggtttcattatcgtaccaatccatatcggagatcaagactaagaatgaaaacattgacgtcaaaaccggagatggtttaaccgat
ggtatgaagccatgtaacaagacagaaacggggataaccggcgagagaaccgatgctcccatgctagcacaacagatgtgtgcct
ag
c)
Vector pQE-32> omdat die 1 nucleotide erbij heeft zodat het juiste open reading frame
wordt gelezen en de ATG wordt gelezen
5’ aaaa^agcttatggttagtcagaaagagaccgtg 3’ > nu leest ie agc tta tgg wanneer 1 nucleotide
erbij> bijvoorbeeld gag ctt atg > startcodon wordt wel gelezen
d) vector:
CTCGAGAAATCATAAAAAATTTATTTGCTTTGTGAGCGGATAACAATTATAATAGATTCAATTGTGAG
CGGATAACAATTTCACACAGAATTCATTAAAGAGGAGAAATTAACTATGAGAGGATCTCACCATCAC
CATCACCATGGGATCCGCATGCGAGCTCGGTACCCCGGGTCGACCTGCAGCCAAGCTTAATTAGCTG
AGCTTGGACTCCTGTTGATAGATCCAGTAATGACCTCAGAACTCCATCTGGATTTGTTCAGAACGCTC
GGTTGCCGCCGGGCGTTTTTTATTGGTGAGAATCCAAGCTAGCTTGGCGAGATTTTCAGGAGCTAAG
GAAGCTAAAATGGAGAAAAAAATCACTGGATATACCACCGTTGATATATCCCAATGGCATCGTAAAG
AACATTTTGAGGCATTTCAGTCAGTTGCTCAATGTACCTATAACCAGACCGTTCAGCTGGATATTACG
GCCTTTTTAAAGACCGTAAAGAAAAATAAGCACAAGTTTTATCCGGCCTTTATTCACATTCTTGCCCGC
CTGATGAATGCTCATCCGGAATTTCGTATGGCAATGAAAGACGGTGAGCTGGTGATATGGGATAGT
GTTCACCCTTGTTACACCGTTTTCCATGAGCAAACTGAAACGTTTTCATCGCTCTGGAGTGAATACCAC
GACGATTTCCGGCAGTTTCTACACATATATTCGCAAGATGTGGCGTGTTACGGTGAAAACCTGGCCT
ATTTCCCTAAAGGGTTTATTGAGAATATGTTTTTCGTCTCAGCCAATCCCTGGGTGAGTTTCACCAGTT
TTGATTTAAACGTGGCCAATATGGACAACTTCTTCGCCCCCGTTTTCACCATGGGCAAATATTATACG
CAAGGCGACAAGGTGCTGATGCCGCTGGCGATTCAGGTTCATCATGCCGTTTGTGATGGCTTCCATG
TCGGCAGAATGCTTAATGAATTACAACAGTACTGCGATGAGTGGCAGGGCGGGGCGTAATTTTTTTA
AGGCAGTTATTGGTGCCCTTAAACGCCTGGGGTAATGACTCTCTAGCTTGAGGCATCAAATAAAACG
AAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTATCTGTTGTTTGTCGGTGAACGCTCTCCTGAGTA
GGACAAATCCGCCCTCTAGAGCTGCCTCGCGCGTTTCGGTGATGACGGTGAAAACCTCTGACACATG
CAGCTCCCGGAGACGGTCACAGCTTGTCTGTAAGCGGATGCCGGGAGCAGACAAGCCCGTCAGGGC
GCGTCAGCGGGTGTTGGCGGGTGTCGGGGCGCAGCCATGACCCAGTCACGTAGCGATAGCGGAGT
GTATACTGGCTTAACTATGCGGCATCAGAGCAGATTGTACTGAGAGTGCACCATATGCGGTGTGAAA
TACCGCACAGATGCGTAAGGAGAAAATACCGCATCAGGCGCTCTTCCGCTTCCTCGCTCACTGACTC
GCTGCGCTCGGTCGTTCGGCTGCGGCGAGCGGTATCAGCTCACTCAAAGGCGGTAATACGGTTATCC
ACAGAATCAGGGGATAACGCAGGAAAGAACATGTGAGCAAAAGGCCAGCAAAAGGCCAGGAACCG
TAAAAAGGCCGCGTTGCTGGCGTTTTTCCATAGGCTCCGCCCCCCTGACGAGCATCACAAAAATCGA
CGCTCAAGTCAGAGGTGGCGAAACCCGACAGGACTATAAAGATACCAGGCGTTTCCCCCTGGAAGC
TCCCTCGTGCGCTCTCCTGTTCCGACCCTGCCGCTTACCGGATACCTGTCCGCCTTTCTCCCTTCGGGA
AGCGTGGCGCTTTCTCATAGCTCACGCTGTAGGTATCTCAGTTCGGTGTAGGTCGTTCGCTCCAAGCT
GGGCTGTGTGCACGAACCCCCCGTTCAGCCCGACCGCTGCGCCTTATCCGGTAACTATCGTCTTGAGT
CCAACCCGGTAAGACACGACTTATCGCCACTGGCAGCAGCCACTGGTAACAGGATTAGCAGAGCGA
GGTATGTAGGCGGTGCTACAGAGTTCTTGAAGTGGTGGCCTAACTACGGCTACACTAGAAGGACAG
TATTTGGTATCTGCGCTCTGCTGAAGCCAGTTACCTTCGGAAAAAGAGTTGGTAGCTCTTGATCCGGC
AAACAAACCACCGCTGGTAGCGGTGGTTTTTTTGTTTGCAAGCAGCAGATTACGCGCAGAAAAAAAG
GATCTCAAGAAGATCCTTTGATCTTTTCTACGGGGTCTGACGCTCAGTGGAACGAAAACTCACGTTAA
GGGATTTTGGTCATGAGATTATCAAAAAGGATCTTCACCTAGATCCTTTTAAATTAAAAATGAAGTTT
TAAATCAATCTAAAGTATATATGAGTAAACTTGGTCTGACAGTTACCAATGCTTAATCAGTGAGGCAC
CTATCTCAGCGATCTGTCTATTTCGTTCATCCATAGTTGCCTGACTCCCCGTCGTGTAGATAACTACGA
TACGGGAGGGCTTACCATCTGGCCCCAGTGCTGCAATGATACCGCGAGACCCACGCTCACCGGCTCC
AGATTTATCAGCAATAAACCAGCCAGCCGGAAGGGCCGAGCGCAGAAGTGGTCCTGCAACTTTATCC
GCCTCCATCCAGTCTATTAATTGTTGCCGGGAAGCTAGAGTAAGTAGTTCGCCAGTTAATAGTTTGCG
CAACGTTGTTGCCATTGCTACAGGCATCGTGGTGTCACGCTCGTCGTTTGGTATGGCTTCATTCAGCT
CCGGTTCCCAACGATCAAGGCGAGTTACATGATCCCCCATGTTGTGCAAAAAAGCGGTTAGCTCCTTC
GGTCCTCCGATCGTTGTCAGAAGTAAGTTGGCCGCAGTGTTATCACTCATGGTTATGGCAGCACTGC
ATAATTCTCTTACTGTCATGCCATCCGTAAGATGCTTTTCTGTGACTGGTGAGTACTCAACCAAGTCAT
TCTGAGAATAGTGTATGCGGCGACCGAGTTGCTCTTGCCCGGCGTCAATACGGGATAATACCGCGCC
ACATAGCAGAACTTTAAAAGTGCTCATCATTGGAAAACGTTCTTCGGGGCGAAAACTCTCAAGGATC
TTACCGCTGTTGAGATCCAGTTCGATGTAACCCACTCGTGCACCCAACTGATCTTCAGCATCTTTTACT
TTCACCAGCGTTTCTGGGTGAGCAAAAACAGGAAGGCAAAATGCCGCAAAAAAGGGAATAAGGGC
GACACGGAAATGTTGAATACTCATACTCTTCCTTTTTCAATATTATTGAAGCATTTATCAGGGTTATTG
TCTCATGAGCGGATACATATTTGAATGTATTTAGAAAAATAAACAAATAGGGGTTCCGCGCACATTTC
CCCGAAAAGTGCCACCTGACGTCTAAGAAACCATTATTATCATGACATTAACCTATAAAAATAGGCGT
ATCACGAGGCCCTTTCGTCTTCAC
e)