第七章 分子动力学和

Monte Carlo模拟

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§7.1 分子动力学
MD — Molecular Dynamics Simulation
用来模拟分子体系与时间有关的性质，基于Newton运动定律，
可通过对Newton方程积分来抽样检测由原子坐标和速度所严格定义
的相空间，可以基于当前分子的位置和速度计算出其未来的位置和速
度。与单点能和构型优化不同，分子动力学模拟计算要考虑热运动，
分子可包含足够的热能来穿越势垒。根据各个粒子运动的统计分析，
可推知体系的各种性质。如可能的构象、热力学性质、分子的动态性
质、溶液中的行为，各种平衡态性质等

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 V
力 Fi  
ri
Fi
加速度 ai 
mi

1 N
动能 K   m i v i2
2 i 1

总能量 H(r, p) = V(r) + K(p)

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7.1.1 分子动力学模拟的一般步骤

A. 给定条件参数(温度、粒子数、时间等)
B. 体系初始化(初始位置和速度)
C. 计算作用于所有粒子上的力
D. 解牛顿运动方程，计算短时间内(Time Step)粒子的新位置
E. 计算粒子新的速度和加速度
F. 重复C~E直至体系达到平衡。体系平衡后，等间隔保存原子的坐
标，这些信息称为Trajectory
G. 继续计算直到取得足够的数据，分析轨线数据，得到体系的统计
性质

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7.1.2 MD中的一些概念和问题

• Time Step 每步计算的时间间隔，即求解牛顿方程积分的时间范

围。时间间隔太大，会导致原子偏离过远，间隔过短则使模拟时
间加长。根据Hyperchem手册建议，一般对AA体系使用0.5~1.0fs，
对UA使用1~2fs
• Simulation Periods MD模拟可以有3个时间和温度段，加热、模
拟和冷却。如果需要了解平衡性质，则只需要两个部分：平衡和
数据采集

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• 初始条件和加热：
MD一般需要有粒子初始的速度，而我们用来进行MD的结构往
往是优化的结果(~0K)，虽可以直接使用模拟温度来直接进行模
拟，但最好通过逐步升温的办法到达模拟温度
• 判断平衡：
一般MD平衡10~20ps即可达到(到达指定温度后)，但也有需要更
长时间的。可通过监测体系势能、总能量等参数来判断是否已达
到平衡

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 60
-1
Etot/kcalmol

50

40

30

20

10

0
0 20 40 60 80 100 120
t/ps
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7.1.3 MD构象搜索

分子动力学对于中等大小分子构象空间的搜索具有很高的效率

• A. 淬火动力学：高温动力学和能量优化结合的方法，使用MD可
升到高温(600~1200K)，这样可以克服分子各构象间的势垒，使
分子在各种可能的构象中自由转化。具体方法：设置5-10ps升温
过程，高温下模拟100ps，在后100ps中选取足够的构象进行优化，
找到各种极小点

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MD 淬火动力学构象搜索

A. 选择力场，构建分子
B. 设置分子动力学参数
C. 设置保存的文件(Snapshots)
D. 设置监视的内容
E. 开始运行，监视内容保存为CSV文件。
F. 运行结束，使用回放功能(playback)观看结果
G. 选择储存的数据进行优化
H. 总结结果

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注意
• 淬火动力学构象搜索不能破坏键或环的结构。
• 由于高温动力学的温度较高，因此原子的速度大，timestep比常
温要小，以避免分子“爆炸”，有时模拟温度要小到0.1fs。
• 有些势函数不适合高温，为避免产生错误结果(如产生手性变化
等)，需要加构型限制条件。
• 研究表明，从多个不同的 构象开始动力学模拟进行构象搜索其
效率要高于从单一构象长时间的搜索。

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B. 模拟退火

• 淬火动力学容易陷入区域极小点，为避免产生这样的问题，可以
缓慢降至室温或更低的温度—使用模拟退火可以得到能量相应比
较低的极小值，具体过程如下：
将升高温度至可以克服分子各构象间势垒，逐渐降温至0K，得到
的构象再进行优化可得到近似全局极小
举例

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7.1.4 溶液的模拟

• 采用周期性边界条件可以模拟溶液体系中分子构象的变化

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7.1.5 实例1 多肽的动力学

1. 构建多肽，优化
• 选择AMBER力场
• Database选择Amino Acids
• 选Beta Sheet, 单击Ser六次，构建六肽
• Database选择Make Zwitterion添加端基，
构建六肽两性离子
• Compute选择Geometry Optimization
• 优化结束，E=166.20 kcal/mol
• 保存为p6.hin

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2. 动力学模拟
• Compute选择Molecular Dynamics
• 设置模拟温度300K, 模拟时间(Run Time)
1ps, 步长0.001ps, 加热、冷却时间为0；
• 按snapshots，保存动力学轨迹文件名为
p6-md.hin，保存周期为1个数据步，OK
• 设置数据采集周期为1，屏幕刷新周期为
10(动力学计算时可节省时间)
• 按Averages, 选EKIN, EPOT ETOT至
avg&graph OK
• 按Proceed开始模拟，出现Molecular
Dynamics Averages窗口，按Rescale可调
整坐标至合适范围
• 模拟结束，结果如右
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3. 动力学数据回放
• 打开p6-md.hin，系统提示如右
• Compute选择Molecular Dynamics
• 选playback
• 按Proceed开始回放
• 如按Sanpshots, 可选择回放的时间范围(如二
者一致则选定某个时间)

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4. 动力学数据采集
• 动力学模拟时已存有p6-md.csv，记录的是各时
间下的Ekin, Epot Etot，可直接用来画图
• 如需要监视动力学过程中键长(距离)、键角等的
变化，可选择相应原子，SelectName Selection,
“Other”填上名字如L1
• Compute选择Molecular Dynamics
• 选playback，Average，将L1纳入平均的数据
• 按Proceed开始回放，结束后p6-md.csv中有需要
的数据

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 -130
-1
Epot / kcalmol

-140

-150

-160

-170
0.0 0.2 0.4 0.6 0.8 1.0
t / ps 3.0

2.8

2.6
L1 / Å

2.4

2.2

2.0

1.8
0.0 0.2 0.4 0.6 0.8 1.0
t/ps
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 t E
5. 淬火动力学构象搜索 0.1 -180.76
0.2 -173.21
a. 打开p6-md.hin， 0.3 -176.44
b. Compute选择Molecular Dynamics 0.4 -180.85
c. 选playback 0.5 -180.85
0.6 -179.14
d. 按Sanpshots, 可选择回放的时间起止均为0.1ps 0.7 -178.74
e. Proceed, 回放到0.1ps, Compute Geometry 0.8 -178.83
Optimization E=180.76kcal/mol 保存结构为p6- 0.9 -255.54
md-a1.hin 1.0 -195.05
f. 重复b~e，分别选不同时间，优化

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6. 溶液动力学模拟
• 打开p6-md.hin，
• SetupPeriodic Box打开对话框
• 设置箱子大小20×20×40Å
• 力场选项中分别设置内、外的Cutoff
• 溶剂箱条件下，Dielectric选Constant
• 预优化至Gradient<1
• 设置动力学参数，进行动力学模拟。

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§7.2 Monte Carlo模拟
Mont Carlo模拟基于给定温度下的Boltzmann分布所得到的随机
数值来抽样检测相空间，以概率统计理论为基础，以随机抽样为主要
手段。首先建立一个概率(或随机过程)模型，使它的参数等于问题的
解。然后通过对模型(或过程)的抽样试验来获得有关参数的统计特征
解的近似值及精度估计。Mont Carlo模拟常用来计算一个分子或分子
体系的平均热力学性质，并可扩展到研究分子结构以及液体/溶液的平
衡性质
如一个分子，随机选取其某一个构象角可得到许多可能的构象，
如果取样足够多，则可以用Boltzmann分布来验证，给出统计的结果

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Mont Carlo模拟一般步骤如下：
① 给出体系中各原子的初始位置；
② 计算体系的能量；
③ 对体系随机选择一个试验动作(可以对所有原子或仅对一个原子/分子的)，
产生一个新的分子构型；
④ 计算体系新状态的能量；
⑤ 根据新旧能量哪个更符合Boltzmann分布决定是否接受新状态(若新状态的
能量低，则接受新状态；若新状态的能量高，则计算Boltzmann常数，同时
产生一个随机数，若该随机数小于所计算的Boltzmann因子，接受这个构型，
反之放弃这个构型)，进而决定保留新状态还是将原子移动回原来的位置；
⑥ 重复③~⑤，直到体系平衡；
⑦ 连续重复收集数据计算相应的性质，性质的期望值是其重复数目的平均值

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