MITOHONDRIJ

JEZGRA
DNA
Jelena Benčić ©
Katedra za Medicinsku biolog iju
Medicinski f akultet Sveu čilišta u Zag rebu
ak. god. 2021./2022.
MITOHONDRIJ

• funkcija:
stvaranje E
• građa:
V membrana – puno transportnih proteina
U membrana – puno proteina, ali ograničene
permeabilnosti
• kardiolipin (FL): nepropusnost za ione
• kriste – nabori (↑P za enzime staničnog disanja)
matrix – enzimi za:
• metabolizam piruvata (oksidacija Glc do acetil-CoA)
• ß oksidaciju masnih kiselina (oksidacija lipida do acetil-
CoA)
• ciklus limunske kiseline (oksidacija acetil-CoA do ATP-a)
intermembranski prostor
ribosomi – 70S! (prokarioti)
DNA MITOHONDRIJA VS. JEZGRE

D N A M I T O H O N D RI J A D N A J E Z G RE
• kružna • linearna
• nema histone
• nema introne → svaka mutacija sigurno
• histoni
pogađa kodirajuću regiju
• introni
• ne kodira za sve mitohondriju potrebne
proteine (već za njih 13)
geni za ostale proteine su u jezgri → slobodni MITOHONDRIJ SE NA POTOMSTVO PRENOSI
ribosomi → ulaz u mitohondrij
• prolaze proces odmatanja prije ulaska u mitohondrij ISKLJUČIVO PREKO MAJKE (MATERNALNI NAČIN
(heat-schock proteini)
NASLJEĐIVANJA!)
• kodira i za:
2 rRNA
MITOHONDRIJ SE U SPERMIJU NALAZI U REPU
16 mRNA
22 tRNA
(kako bi osigurao E za pokretanje repa, a time i spermija), A
ON NE SUDJELUJE U OPLODNJI!
S T VA R A N J E E N E R G I J E ( E )

• E se dobiva iz lipida (pohrana u adipocitima) i Glc (pohrana u

ctioplazmi = glikogen)
Glc i/ili lipidi (iz hrane ili iz pohrane)
oksidacija glikoliza ili lipoliza (u citosolu)
acetil – CoA
oksidacija Krebsov ciklus = ciklus limunske kiseline
(u citosolu)
CO2 + NADH + FADH2
+ O2 (elektroni oksidativna fosforlacija (na
padaju na kisik) respiracijskom lancu)
ATP + H2O
• NADH i FADH2 = čuvaju visokoenergetske elektrone
O K S I DAT I V N A F O S F O R L I A C I J A

• 4 transmembranska proteina (NADH + FADH2 → ATP):

kompleks I
kompleks II
kompleks III
kompleks IV
• LOKACIJA:
U membrana mitohondrija
 2.

… ti e- se predaju na ubikinon…
1.
Putem također nastaju H+ koji se pumpaju u IM prostor…
Kompleks I prima NADH koji se oksidira do
NAD+. Pritom nastaju i H+ i 2e-. H+ se
pumpa iz matrixa u intermembranski prostor
(zašto???), a 2e-…

Na isti način kompleks II prima FADH2,

oksidira ga do FAD. Nastaju 2e- koji … 3.

NAD+ i FAD ponovno će se iskoristiti u … ti e- se predaju na citokrom c (dio kompleksa III)…

glikolizi i Krebsovom ciklusu da nastanu Putem također nastaju H+ koji se pumpaju u IM prostor…
NADH i FADH2.
4.
… citokrom c nosi e- do kompleksa IV…
Putem također nastaju H+ koji se pumpaju u IM prostor…
6.
5.
… na kompleksu IV e- padaju na O2 i nastaje H2O.
Putem također nastaju H+ koji se pumpaju u IM prostor…
Svi H+ nakupljeni u IM prostoru sada stvaraju
gradijent (iz IM prostora prema matrixu) →
prolaze kroz ATP-sintazu i, zbog EK gradijenta
H, nastaje ATP.
Smeđe masno tkivo sadrži mitohondrije s posebnim
enzimom, termogeninom (umjesto ATP-sintaze).Taj
enzim koristi EK gradijent elektrona za dobivanje
topline (Q), a ne ATP-a. Nalazi se u životinja koje
hiberniraju i novorođenčadi.
( A N T I ) O K S I DA N S I

O K S I D A NS I ( = S L O B O D NI
RA D I K A L I ) A NT I O K S I D A NS I
• sve molekule koje izgube barem 1 elektron • „zaštitne” molekule koje sprječavaju
u vanjskoj ljusci
djelovanje oksidansa
• nestabilne (lako stupaju u reakcije s drugim
molekulama i time ih oštećuju) i opasne vitamin C
• nastaje zbog cca 3% e- koji se izgube vitamin E
prolaskom kroz respiracijski lanac
ß karoten
• oštećuju sve biološki važne molekule! (Koje
su to?) glutation

U organizmu fiziološki (aka zdravo stanje) postoji balans između

oksidansa i antioksidansa. Kad se poveća količina ili aktivnost
oksidansa, govorimo o oksidativnom stresu. Takvo stanje nastaje kod
izlaganja UV zračenju, ionizirajućeg zračenju (npr. Rtg zrake), teškim
metalima, …
JEZGRA

• funkcija:
pohrana i replikacija DNA
transkripcija i obrada RNA
kontrola cijele stanice
• građa ovojnice (DVOSTRUKA JE):
V – nastavak ER-a
U – uz nuklearnu laminu, vezana za heterokromatin
• nuklearna lamina – daje čvrstoću jezgrinoj membrani, građena od IF (lamin, NE LAMININ)
• kao i stanična membrana, sadrži pore (= mjesto spajanja V i U membrane + mjesto
komunikacije jezgre i citoplazme)
• osnovna jedinica pora = NUKLEOPORIN (×8 = PORA)
• da bi molekula mogla ući u jezgru, mora biti obilježena = NUCLEAR LOCALIZATION SIGNAL
(poseban slijed aminokiselina): NLS
• isto vrijedi i za izlazak = NUCLEAR EXPORT SIGNAL: NES
S M J E R T O K A M O L E K U L A K RO Z J M

I Z C I T O P L A Z M E U J E Z G RU I Z J E Z G RE U C I T O P L A Z M U
• histoni • obrađena mRNA
• DNA polimeraza • ribosomske podjedinice
• RNA polimeraza • tRNA
• TF
• splicing faktori ( iako se sintetiziraju u
citosolu na slobodnom ribosomu, tek ulaskom
u jezgru dobivaju svoju funkciju ) za
prekrajanje RNA
• ribosomski proteini
T R A N S P O RT K RO Z J E Z G R I N U
MEMBRANU
• potrebno je:
importin/eksportin (ulazni/izlazni receptor)
RAN protein – veže GDP

• KORACI U TRANSPORTU U JEZGRU:

1. protein + NLS
2. NLS prepoznaje importin
3. importin se veže za nukleoporin (za tzv. FG
mjesto) i ulazi u stanicu (potrebna E –
GTP/GDP s RAN proteina je osigurava)
 K RO M AT I N

• pravilo broja 3
• DNA
…
% kromatina
• HISTONI
mali proteini, evolucijski konzervirani (doživjeli
DNA jako malo promjena)
33% 34%
H2A, H2B, H3 i H4 – namataju se oko DNA
histon + H1 = nukleosom

nehistonski kromosomski
• NEHISTONSKI REGULATORNI
proteini (regulatorni i PROTEINI
strukturni proteini)
niz enzima (proteini!) za replikaciju DNA,
33%
ekspresiju gena, kostur jezgre, topoizomeraze
 K RO M AT I N
• vrste kromatina:
EUKROMATIN
• manje kondenzirana ( zgusnuta ) regija kromosoma
• transkripcijski aktivan

HETEROKROMATIN
• manje kondenzirana regija kromosoma
• transkripcijski neaktivan
funkcija?
• održava strukturu kromosoma
KONSTITUTIVNI
• nikad se ne prepisuje (uvijek heterokromatičan)
• telomere, centromere, sateliti
Y kromosom u M praktički nema
gena, da bi se smanjila ta razlika u
genima između Ž i M (jer žene imaju
cijeli X kromosom više), jedan se od
njih inaktivira. U svim stanicama žene
nije uvijek inaktiviran isti X
kromosom (problem je kad je inaktiviran onaj
koji nosi nemutirane gene).

FAKULTATIVNI
• može biti i eukromatičan i heterokromatičan
• Barrovo tjelešce – 1 od 2 X kromosoma u žena je
inaktivan KROMATIN SE NAMATA DO KROMOSOMA!
K RO M O S O M

• telomera: TTAGGG (× 1000n)

daju stabilnost kromosomu
svakom replikacijom se skraćuju do kritične točke
→ nema diobe
TELOMERAZA: Tm stanice, hematopoetske
matičke stanice (ponovno sintetizira telomere)
• ishodišta replikacije
• geni
• centromera: drži dvije kromatide zajedno
na nju se veže kinetohora, a na nju diobeno vreteno

• telomere, centromere, sateliti ( B3…) – repetitivna

DNA (geni za rRNA i histone)
centromera se nalazi između satelita
(= geni za rRNA oko kojih se
formira jezgrica)
CENTRALNA DOGMA MOLEKULARNE
BIOLOGIJE

Od DNA do proteina postoji puno točaka regulacije (što ih je više, veći je stupanj kontrole).
Jedna od tih točaka je stvaranje puno mRNA iz samo jedne DNA (koja ostaje zaštićena u
jezgri), a mRNA se onda dodatno provjeravaju i odlučuje se koja će dati protein.
S T RU K T U R A D N A fosfodiesterska veza

• 4 dušične baze (RNA: uracil umjesto timina)

• PURETINA GAVRILOVIĆ
• - naboj molekule DNA
 REPLIKACIJA DNA

• semikonzervativna (1 lanac = kalup, 1 lanac = novi)

1. odvajanje lanaca enzimima:
• DNA helikaz a (odvaja lance, cijepa H vezu, treba
ATP = E) → nastaju replikacijske rašlje
• oblika slova Y
• eukarioti – 2 rašlje vs. prokarioti – 1 rašlja
• SSB proteini (single strand binding) – vežu
jednolančanu DNA i sprječavaju uvijanje i ponovno
spajanje lanaca
2. RNA primaz a stvara primer = početnicu = klicu (i to
nekoliko njih)
3. DNA polimeraz a nadodaje nukleotide na primere (=
OKAZAKI F RAGMENTI): kasnije će te primere
također ukloniti DNA polimeraza
• labavo vezana za DNA → kližuća stezaljka ( sliding
clamp ) (ona i DNA polimeraza idu skupa po DNA)
4. DNA ligaz a na praznim mjestima (gdje su bili primeri)
dodaje nukleotide
• TOPOIZOMERAZE
sprječavaju zamotanje jednostrukog lanca (cijepaju fosfodiesterske veze)
• tip I – na jednom lancu
• tip II – na oba lanca
ANTIBIOTICI: inhibiraju topoizomerazu i sprječavaju replikaciju bakterija
CITOSTATICI: inhibiraju topoizomerazu i sprječavaju diobu tumorskih
stanica

• DNA polimeraza
uvijek u smjeru 5’ → 3’
velika točnost!
funkcija:
• replikacija DNA
• popravak DNA (= lektorska = urednička sposobnost DNA)
KRAJ :)
TRANSKRIPCIJA
&
TRANSLACIJA

Je l e n a B e n č i ć ©
K a t e d r a z a M e d i c i n s k u b i o l og i j u
M e d i c i n s k i f a k u l t e t S ve u č i l i š t a u Z a g re bu
ak. god. 2021./2022.
 TRANSLACIJA (BENČIĆ)
DEFINICIJA

TRANSKRIPCIJA I
• TRANSKRIPCIJA = prijepis iz
kalupa DNA u molekulu RNA

• TRANSLACIJA = prijevod s 23
RNA u slijed aminokiselina
proteina

10/28/2021
https://www.youtube.com/watch?v=oefAI2x2CQM&t=1s
 U
CITOSOLU
(prokarioti
T R A N S K R I P C I J A U P RO K A R I O TA

TRANSKRIPCIJA I TRANSLACIJA (BENČIĆ)

nemaju
organele pa
ni jezru)
• u nukleoidu (aka DNA):
promotor – privlači i veže (σ faktor) RNA polimerazu
kodirajuća sekvenca (NE postoji nekodirajuća sekvenca)
terminator – određuje mjesto završetka transkripcije
• formira ukosnicu = odvajanje RNA-DNA vezu 24
• RNA polimeraz a
samo 1 vrsta za sve 3 vrste RNA

10/28/2021
otvara ( dvostruku uzvojnicu ) i prepisuje (5’ → 3’) DNA
T R A N S K R I P C I J A U E U K A R I O TA

TRANSKRIPCIJA I TRANSLACIJA (BENČIĆ)

U JEZGRI
• na DNA:
promotor (TATA box) RAZLIČITE VRSTE RNA:
kodirajuća sekvenca = EGZON • snRNA (small nuclear RNA) – s proteinima
nekodirajuće sekvence = INTRON tvori kompleks za obradu mRNA
• obradom (u citosolu) pre-mRNA introni se odstranjuju
• mRNA (messenger RNA) – kodira 25
• svaki intron:
aminokiselinske sekvence proteina
početak – GU

10/28/2021
kraj - AG • tRNA (transport RNA) – donosi
terminator aminokiseline do ribosoma tijekom translacije

• REZULTAT: pre-mRNA (osim ako nije) • rRNA (ribosomal RNA) – s proteinima tvori
ribosome i katalizatore reakcija
 PODJELA RNA POLIMERAZA

TRANSKRIPCIJA I TRANSLACIJA (BENČIĆ)

tip I – za 5.8S, 18S, 28S rRNA tip II – mRNA
(akrocentrični kromosomi… jezgrica…) • treba i TF
• nastaju cijepanjem prekursora • gljive roda Amanita
45S rRNA (muhara) – amanitin
(inhibira RNA 26
polimerazu II)

10/28/2021
tip III – za tRNA, snRNA,
Ribosomi su građeni od rRNA i proteina – kako nastanu ti proteini?
5S rRNA
• geni za 5S rRNA
nastaju u citosolu → povratak u jezgru → spoj s rRNA → odlazak u citosol
nalaze se IZVAN
JEZGRICE!
• svaka tRNA ima
CCA kraj koji veže
amnokiseline
 TRANSKRIPCIJA

TRANSKRIPCIJA I TRANSLACIJA (BENČIĆ)

MRNA

1. TF II D – prepoznaje i veže se za TATA box (na promotoru)

2. TPB ( TATA binding protein ) – veže se za TATA box

3. TF II A – stabilizira spoj TFII D + DNA

4. TF II B – veže se za DNA i donosi RNA polimerazu II

5. TF II F – pomaže vezanje RNA polimeraze II za DNA (treba

ATP – osigurava je TF II E (djeluje kao ATP-aza!))

6. TF II H – donosi helikazu i odmata lanac

7. TF II S – inhibira prerani završetak transkripcije

27
10/28/2021
 TRANSLACIJA (BENČIĆ)
TRANSKRIPCIJA I
28

10/28/2021
https://www.youtube.com/watch?v=EMDuf_kBJcs
 O B R A DA P R E – M R N A

TRANSKRIPCIJA I TRANSLACIJA (BENČIĆ)

splicing = obrada pre-mRNA obrada 3’ kraja
obrada 5’ kraja i dodavanje izrezivanje introna
kape • dodaje se poli-A
• snRNA + proteini = rep (stabilnost
• kapa = CH3 – G snRNP
(metil gvanozin) mRNA)
• ti proteini, kao i ribosomski,
omogućava razlikovanje najprije nastanu u citosolu, 29
mRNA od tRNA i odlaze u jezgru, vezuju
snRNA pa se taj kompleks
rRNA koje nemaju kapu vraća u citosol

10/28/2021
• prepoznaju 5’ i 3’ kraj
introna te branch point
TEK POTPUNO OBRAĐENA mRNA ULAZI U
CITOSOL KROZ JEZGRINE PORE AKTIVNIM
TRANSPORTOM!
TRANSLACIJA

TRANSKRIPCIJA I TRANSLACIJA (BENČIĆ)

U
CITOSOLU
• potrebno je:
RIBOSOMI
tRNA – nosi antikodone (komplementarne kodonima na mRNA) i aminokiseline
mRNA
aminokiseline 30
• enzim: aminoacil tRNA sintetaz a (vezuje tRNA za aminokiselinu)
UGA – U Go Away

10/28/2021
• KODON = slijed 3 baze
START = AUG (Met)
STOP = UAA / UAG / UGA
UAA – U Are Away
UAG – U Are Gone
 RIBOSOMI

TRANSKRIPCIJA I TRANSLACIJA (BENČIĆ)

• 2 podjedinice (proteini + RNA)
mala podjedinica – veže mRNA (metil – G
kapa!)
velika podjedinica
31
• P mjesto – nosi tRNA (na sebi nosi rastući
protein) = peptidil - tRNA

10/28/2021
• A mjesto – nosi tRNA (na sebi donosi sljedeću
aminokiselinu koja će se nadodati na rastući
protein) = aminoacil - tRNA
• E mjesto – za odvajanje nastalog lanca
 TRANSLACIJA

TRANSKRIPCIJA I TRANSLACIJA (BENČIĆ)

1. INICIJACIJA
a. mRNA se veže za malu podjedinicu ribosoma
b. tRNA (nosi Met) veže se za svoj START kodon (AUG)
svojim antikodonom (UAC)
c. velika i mala podjedinica se spajaju i tvore ribosom
d. tRNA nalazi se na P mjestu 32
2. ELONGACIJA = dodaju se jedna po jedna kiselina
a. tRNA s novom kiselinom dolazi na A mjesto

10/28/2021
b. lanac na tRNA na P mjestu prebacuje se na novu
aminokiselinu (na tRNA na A mjestu): enz m PEPTIDIL
TRANSF ERAZA
c. tRNA na P mjestu ostaje prazna (bez lanca eIF2 važan je translacijski (!)
aminokiselina) i odlazi na E mjesto
faktor koji donosi tRNA, koja
d. mRNA se pomiče i oslobađa A mjesto, a popunjava se P donosi metionin, kako bi mogla
mjesto
početi translacija. Mnogo
bakterija može blokirati eIF2 i
time dovodi do oštećenja
ljudskih stanica.
3. TERMINACIJA
• NE postoji tRNA koja prepoznaje STOP kodon, nego ih
prepoznaju TERMINACIJSKI FAKTORI
• vezanjem tog faktora, mijenja se aktivnosti peptidil transferaze: 33
katalizira adiciju vode na tRNA na P mjestu → odvaja se C kraj
lanca od tRNA i lanac aminokiselina se otpušta

10/28/2021
• kada je STOP kodon na A mjestu, otpušta se tRNA s P mjesta i
od nje se odvaja protein
 34

TRANSKRIPCIJA I TRANSLACIJA (BENČIĆ)

KRAJ :)
10/28/2021