Professional Documents
Culture Documents
Małgorzata Marcinkowska-Swojak*
ORCID: 0000-0001-8809-335X
Ireneusz Stolarek*
ORCID: 0000-0002-1100-2138
Michał Zeńczak
ORCID: 0000-0003-1539-4658
Luiza Handschuh
ORCID: 0000-0001-9803-6877
Marek Figlerowicz
ORCID: 0000-0002-6392-0192
*autorzy równorzędni
autor korespondujący
144 MAŁGORZATA MARCINKOWSKA-SWOJAK I INNI
Wstęp
i człowiek, miała dwie córki. Jedna z nich została przodkiem szympansów, zaś druga
jest prababką całej ludzkości. U podstaw tego podziału musiały leżeć zmiany w prze-
kazywanej z pokolenia na pokolenie informacji genetycznej zakodowanej w czą-
steczkach kwasu deoksyrybonukleinowego (DNA).
Do niedawna źródłem wiedzy o historii człowieka były analizy antropologiczne
szczątków ludzkich oraz archeologiczne badania znalezisk materialnych stanowią-
cych wytwory kultury i technologii rozwijających się na przestrzeni wieków. Wadą
uzyskiwanych w taki sposób informacji jest ich subiektywność, gdyż nie dotyczą
one bezpośrednio obiektu prowadzonych badań, a jedynie efektów jego działania.
Z upływem czasu kolejne dziedziny nauki zaczęły włączać się w badania przeszło-
ści człowieka. Dzięki właściwym sobie podejściom dostarczają nowych informacji
i weryfikują już istniejącą wiedzę, co przekłada się na pełniejszy opis historii czło-
wieka. W ostatnim czasie również techniki biologii molekularnej, której obiektem
badawczym jest DNA i genom człowieka, zostały włączone w nurt badań przeszłości
gatunku ludzkiego. Pierwsze eksperymenty wykorzystujące biologię molekularną do
poznania historii biologicznej człowieka miały miejsce ponad 40 lat temu i koncen-
trowały się na analizie zmienności grup krwi w układzie AB0, dzięki czemu można
było pogrupować populacje człowieka w skali kontynentów. Prawdziwa rewolucja
jednak nastąpiła na przełomie wieków wraz z rozwojem technik masowego sekwen-
cjonowania DNA. Pierwsze analizy genetyczne współczesnych populacji człowieka
doprowadziły do podzielenia H. sapiens s na 5 grup: Zachodni Euroazjaci, Wschodni
Azjaci, rdzenni Amerykanie, Nowogwinejczycy oraz Afrykanie. Badania w takim
zakresie określa się mianem archeogenetyki, czasem paleogenetyki. Istnieje szereg
przykładów ukazujących jak dziedzina ta przyczyniła się do zweryfikowania hipotez
i poglądów odnoszących się do przeszłości gatunku ludzkiego [1–3]. W ostatniej
dekadzie doszło do dalszego rozwoju technik izolacji, wzbogacania i sekwencjono-
wania DNA, co umożliwiło prowadzenie analiz w większej skali, tak pod względem
liczby badanych osobników, jak i ilości generowanych danych. Sprawiło to, że ar-
cheogenetyka stopniowo przekształciła się w dziedzinę o szerszym zakresie badań
– archeogenomikę.
Rycina 1. Ludzki genom zorganizowany jest w 23 pary chromosomów, w tym 22 pary autoso-
mów (o numerach 1–22) i jedną parę chromosomów płci (XX lub XY). Człowiek jest organi-
zmem diploidalnym, dlatego każda komórka somatyczna składa się z dwóch zestawów 23 chro-
mosomów, jednego dziedziczonego od ojca (zielony) i jednego dziedziczonego od matki (żółty).
Genom mitochondrialny (MT) występuje w wielu kopiach w mitochondriach komórek. Chro-
mosom Y jest dziedziczony od ojca, a genom mitochondrialny od matki.
(z ojca na syna), podczas gdy mtDNA jest zawsze przekazywany przez matkę, ale potomstwu
obojga płci. W efekcie rodzeństwo biologiczne ma ten sam mtDNA. Identyczny posiada też mat-
ka, babcia, prababcia, itd., ze strony matki. Z kolei syn, ojciec, dziadek i pradziadek mają ten sam
chromosom Y, lecz inne mtDNA, ponieważ każdy z nich ma inną matkę. (B) Chromosomy au-
tosomalne (autosomy) przekazywane są potomstwu zarówno przez ojca jak i przez matkę w rów-
nych proporcjach. Każdy człowiek jest więc mozaiką genetyczną swoich przodków i nie jesteśmy
w stanie w prosty sposób określić, która część naszego genomu pochodzi od którego z nich. Na
rysunku dla uproszczenia osoby w linii pradziadków zaznaczono jednolitym kolorem, ale należy
pamiętać, że oni także byli mozaiką DNA swoich przodków. Warto również mieć świadomość, że
w tej mozaice nie ma równego udziału DNA wszystkich, zwłaszcza bardzo odległych przodków.
Jak wyjaśniono w tekście, materiał genetycznych części z nich jest bezpowrotnie tracony.
ze szczątków osób zmarłych. Pierwsze tego typu badania przeprowadzono w roku 1988.
Analizie poddano DNA wyizolowany ze szczątków ludzkich datowanych na około 7 ty-
sięcy lat temu i pochodzących z Florydy [10]Stwierdzono, że zidentyfikowany haplotyp
mtDNA nie występuje współcześnie w puli genowej rdzennych Amerykanów, jest nato-
miast obecny u współczesnych Europejczyków, choć stosunkowo rzadko. Eksperyment
ten sugerował, że badania genetyczne kopalnych próbek stwarzają unikatową szansę na
poznanie historii biologicznej populacji człowieka. Późniejsze analizy wykazały, iż ta
pierwsza obarczona była bardzo poważnym błędem. Zidentyfikowany mtDNA był bo-
wiem zanieczyszczeniem pochodzącym najprawdopodobniej od badacza.
Mimo kontrowersyjnych początków badań kopalnego DNA i ograniczeń, jakimi
są obarczone dane archeologiczne i genomiczne, archeogenomika stanowi obecnie
niezastąpione źródło wiedzy na temat procesów, które ukształtowały współczesną
strukturę genetyczną populacji ludzkich. Badania te nie są łatwe, gdyż aDNA róż-
ni się pod wieloma względami od DNA wyizolowanego z materiału pobranego od
żywego osobnika. Po śmierci organizmu struktury komórkowe ulegają dezintegra-
cji, a materiał genetyczny stopniowej dekompozycji [11]Procesy degradacji DNA
postępują najszybciej w pierwszym roku po śmierci [12] głównie w wyniku dwóch
procesów: fragmentacji łańcuchów DNA oraz modyfikacji tworzących je nukleoty-
dów [13]. Dodatkowo szczątki są zasiedlane przez mikroby. Mogą one pochodzić
zarówno z mikrobiomu badanej osoby jak i ze środowiska, w którym znalazły się
szczątki. W konsekwencji izolowany aDNA jest pofragmentowany, zanieczyszczo-
ny obcym materiałem genetycznym oraz zawiera wiele zmodyfikowanych/uszko-
dzonych nukleotydów. Inną cechą aDNA jest specyficzna akumulacja modyfikacji,
głównie deaminacji zmieniających cytozynę na uracyl (~90% modyfikacji), które
mogą blokować jego amplifikację metodą PCR lub prowadzić do błędnego wprowa-
dzania nukleotydów podczas przygotowywania bibliotek sekwencyjnych.
Czynnikami wspierającymi obserwowany w ostatnich latach intensywny rozwój
badań archeogenomicznych (rycina 4) jest wzrost wiedzy na temat aDNA oraz po-
wstawanie coraz to doskonalszych metod sekwencjonowania kwasów nukleinowych.
Po pierwsze, zaobserwowano, że pewne fragmenty szczątków szkieletowych zawierają
więcej endogennego aDNA niż inne. Początkowo DNA izolowano z kości długich lub
z zębów. Obecnie, o ile to możliwe, DNA izoluje się z kości skalistej osłaniającej ucho
wewnętrzne. Ilość DNA zachowana w kości skalistej może być nawet 100 razy większa
niż w zębach – drugim najczęściej wykorzystywanym w archeogenomice materiale ko-
stnym [14]. Po drugie, opracowywane są nowe, efektywniejsze metody izolacji aDNA,
a stare są nieustannie optymalizowane. Szczególnie cenną jest metoda wzbogacania
HISTORIA BIOLOGICZNA POPULACJI HOMO SAPIENS 153
Rycina 4. Postęp w badaniach kopalnego DNA. (A) Wykres pokazujący dynamiczny przyrost
liczby poznawanych kopalnych genomów oraz kamienie milowe w badaniach archeogenomicz-
nych (B) Wykres obrazujący podział poznanych do tej pory kopalnych genomów ze względu na
region świata, z którego pochodziły oraz ich procentowy udział.
154 MAŁGORZATA MARCINKOWSKA-SWOJAK I INNI
wszystkich Homininae była Afryka, w której około 2–3 milionów lat temu pojawili
się pierwsi przedstawiciele rodzaju Homo, w tym najstarszy H. habilis i jego następca
H. erectus, który rozpoczął wędrówki poza Afrykę oraz H. heidelbergenisis, prawdo-
podobny przodek H. sapiens, neandertalczyków i denisowian.
Do niedawna powszechnie przyjmowało się, że początków H. s. sapiens nale-
ży doszukiwać się w Afryce Wschodniej około 200 tysięcy lat temu. Tymczasem
ostatnie znalezisko najstarszych szczątków szkieletowych przypisanych H. s. sapiens
pochodzi z Afryki Północnej, Jebel Irhoud, Maroko (~300 tysięcy lat temu) [25].
Tym samym pojedyncze odkrycie przesunęło szacowany czas powstania H. s. sapiens
o niemal 100 tysięcy lat, a także wymusiło zweryfikowanie hipotez dotyczących
umiejscowienia kolebki ludzkości na mapie Afryki. Ponadto rezultaty datowania
szczątków wskazują, że w czasie, gdy w Afryce rozwijał się wczesny Homo sapiens,
w jej południowej części żyła inna archaiczna forma, Homo naledi (236–335 tysię-
cy lat temu), zaś w Indonezji niezwykle długo przetrwał Homo floresiensis (50–190
tysięcy lat temu). Z uwagi na fakt, że wiele z archaicznych form człowieka współist-
niało ze sobą wydaje się, że wszystkie przeszłe formy człowieka były częścią dużej,
krzyżującej się ze sobą populacji. Scenariusz taki w świetle najnowszych badań ar-
cheogenomicznych jawi się jako bardzo prawdopodobny [26–28].
Powstanie i pierwszy okres istnienia AMH wciąż jest przedmiotem debaty, w której
hipoteza zakładająca jedno miejsca powstawania gatunku ściera się z poglądem wska-
zującym na kilka populacji AMH ewoluujących niezależnie od siebie w różnych czę-
ściach Afryki, przy czym w obu przypadkach mowa jest o współwystępowaniu oraz
sukcesywnym wymieraniu form nie-AMH. Również czas, szlaki oraz liczba wyjść AMH
z Afryki są przedmiotem licznych dyskusji. Obecnie najszerzej wspierana jest hipoteza
zakładająca dwie migracje AMH. Wydaje się, że pierwsza migracja AMH poza Afrykę
wiodła przez Lewant. Lewant był też miejscem pierwszych kontaktów między AMH
a neandertalczykami. Ponadto określenie „wyjście z Afryki” niekoniecznie oznaczać
musi pojedyncze wydarzanie. Był to raczej proces ciągły, trwający dziesiątki tysięcy
lat. Co więcej, znaleziska archeologiczne dowodzą, że początkowa ekspansja AMH nie
ograniczała się do Bliskiego Wschodu. Drugie wyjście z Afryki, inaczej niż w przypadku
pierwszego, doprowadziło do ekstynkcji wszystkich wcześniejszych archaicznych form
człowieka, tj. neandertalczyków, denisowian oraz Homo floresiensis. Na podstawie ana-
liz czasu koalescencji wyznaczonych dla wybranych fragmentów genomów kopalnych
osobników paleolitycznych łowców zbieraczy ustalono, że drugie wyjście z Afryki miało
miejsce około 70 tysięcy lat temu. Wynika z tego, że od niemal 40 tysięcy lat człowiek
współczesny jest jedynym żyjącym przedstawicielem rodzaju Homo.
156 MAŁGORZATA MARCINKOWSKA-SWOJAK I INNI
oraz ANE (ang. Ancient North Eurasians). Ostatnia z grup łowców zbieraczy, SHG
powstała przez domieszkę genową WHG oraz EHG.
Na terenach zajętych przez łowców zbieraczy wkrótce zaczęto wprowadzać rol-
nictwo. W Europie proces ten był silnie związany z przemianami demograficznymi
prowadzącymi do utworzenia nowej struktury genetycznej. Tak zwani wcześni rol-
nicy neolityczni (EEF, ang. Early European Farmers wywodzili się z dwóch różnych
populacji. Grupa, która dotarła na Bałkany była spokrewniona z rolnikami z ob-
szaru Anatolii, natomiast grupa osiadła w południowej Grecji była spokrewniona
z rolnikami z Iranu. Następnie rolnicy bałkańscy migrowali dalej dwoma ścieżka-
mi: śródziemnomorską w kierunku Półwyspu Iberyjskiego oraz naddunajską do
Europy Środkowej. W początkowych etapach zmiany demograficzne towarzyszące
neolityzacji przebiegały w odmienny sposób w różnych częściach Europy. W Euro-
pie Zachodniej i Środkowej dochodziło do postępującej admiksji genowej między
rdzennymi WHG oraz nowo napływającymi EEF. Z kolei w Europie Wschodniej
na obszarach współczesnej Ukrainy i państw bałtyckich zachowana została ciągłość
genetyczna. Powszechny w Europie Środkowej genetyczny komponent EEF jest
nieobecny w próbkach pochodzących z Ukrainy i państw bałtyckich. Wyniki te
dowodzą, że grupy łowiecko-zbierackie w północno wschodniej Europie przejęły
rolniczy tryb życia. Do kolejnej istotnej zmiany w strukturze genetycznej Europy
doszło około 6 tysięcy lat temu w czasie Środkowego Neolitu. Zaobserwowano, że
populacje człowieka żyjące w tym okresie w Europie Środkowej charakteryzowały
się zwiększonym udziałem genetycznego komponentu WHG oraz typowych dla
WHG haplogrup mtDNA. Zjawisko to jest wiązane z migracją ludności ze Skandy-
nawii w obszar Europy Środkowej.
Około 5 tysięcy lat temu (późny Neolit/Epoka Brązu) struktura genetyczna po-
pulacji żyjącej w Europie ponownie przeszła radykalną zmianę. Jej przyczyną był
napływ ludności ze stepu indoeuropejskiego związanej z kulturą grobów jamowych
(Yamnaya). Ludność Yamnaya była genetycznie różna od tej żyjącej wówczas w Eu-
ropie. Ich przodkami były populacje zamieszkujące dzisiejsze tereny Armenii oraz
Iranu. W konsekwencji Yamnaya byli niemal homogenną mieszanką tych dwóch
grup, podczas gdy współcześni im mieszkańcy Europy byli wynikiem admiksji mię-
dzy EEF z Anatolii oraz WHG. Badania archeogenomiczne wskazują jednoznacznie,
że Yamnaya stanowią źródło trzeciego głównego komponentu genetycznego obec-
nego w dzisiejszej puli genowej Europejczyków. Bezpośrednich dowodów określa-
jących charakter zmian, jakie zaszły w tym czasie w Europie dostarczyły analizy ge-
nomiczne ludzi związanych z kulturą ceramiki sznurowej (CWC, ang. Corded Ware
158 MAŁGORZATA MARCINKOWSKA-SWOJAK I INNI
Culture), która powstała około 4,5 tysiąca lat temu i w krótkim czasie rozprzestrze-
niła się aż po europejską część Rosji. Struktura genetyczna populacji związanych
z CWC wykazywała około 75% genetycznego komponentu Yamnaya, zaś resztę sta-
nowiły obecne już w środkowym neolicie komponenty genetyczne związane z EEF
i WHG. Powstająca i rozprzestrzeniająca się w Europie w podobnym czasie kultura
pucharów dzwonowatych (BBC, ang. Bell Beaker Culture) wg ustaleń archeologii
po raz pierwszy pojawiła się około 5 tysięcy lat temu na Półwyspie Iberyjskim, skąd
rozprzestrzeniła się do Europy Zachodniej, a następnie około 4,5 tysiąca lat temu do
Brytanii. Badania archeogenomiczne dowiodły, że osobniki związane z BBC pocho-
dzące z Iberii nie różniły się genetycznie od poprzedzających ich rolników neolitycz-
nych. Obie populacje nie posiadały domieszki genetycznej Yamnaya. Jednak badania
osobników z innych części Europy (m.in. Francji) wykazały obecność tej domieszki.
Wskazuje to, że ekspansji BBC raz towarzyszyła (ekspansja do Brytanii), a innym ra-
zem nie towarzyszyła (ekspansja w kierunku Europy Środkowej) migracja ludności.
Od tamtego czasu do puli genowej europejskiej populacji człowieka przestały
napływać nowe komponenty. Powstała struktura genetyczna ulegała jedynie zmia-
nom ilościowym w wyniku lokalnych procesów demograficznych lub migracji o nie-
wielkim zasięgu. Tym samym można powiedzieć, że od około 5 tysięcy lat struktura
genetyczna europejskiej populacji człowieka składała się z tych samych elementów,
zmieniają się tylko proporcje pomiędzy nimi. Z tego względu kolejnym istotnym
wyzwaniem jest poznanie historii biologicznej populacji zamieszkujących poszcze-
gólne regiony Europy. Już pierwsze tego typu analizy wykazujące wyraźne różni-
ce pomiędzy indywidualnymi populacjami dowiodły, że zbiorcza charakterystyka
procesów demograficznych jest niewystarczająca dla opisania historii biologicznej
danego regionu. Spostrzeżenie to dotyczy także populacji żyjących na obszarze
współczesnej Polski.
Podsumowanie
Nadesłany: 30 X 2022
Nadesłany po poprawkach recenzyjnych: 15 XII 2022
Zaakceptowany: 30 XII 2022
Résumé
Biological history is a relatively new field of research that utilizes advanced methods and
techniques of molecular biology to understand better the past of both, existing and extinct
species of plants and animals. In this context, the biological history of humans seems par-
ticularly difficult to uncover, as for several or even tens of thousands of years, members of
this species have been writing a series of not always coherent stories, each one claiming to be
the true history of Homo sapiens. Currently, thanks to the development of various branches
of science, including biology and genetics, we can take a fresh look at the anthropocentric
picture of the world that has been created over the years. Analyses of the human genome
provide completely independent information about our ancestors and their migrations. The
application of techniques for sequencing ancient genomes in these studies has resulted in the
emergence of a new interdisciplinary research field called archaeogenomics. For more than
HISTORIA BIOLOGICZNA POPULACJI HOMO SAPIENS 163
a decade, it has allowed us to follow the traces of the past and solve puzzles related to our hi-
story. In this article, we present the basic concepts and assumptions of archaeogenomics and
provide examples of its application in research conducted in Poland and around the world.
Bibliografia/Bibliography
13. Dabney J., M. Meyer, S. Paabo, Ancient DNA damage. Cold Spring Harb Per-
spect Biol, 2013, 5(7).
14. Pinhasi R., D. Fernandes, K. Sirak et al., Optimal Ancient DNA Yields from
the Inner Ear Part of the Human Petrous Bone. PLoS One, 2015. 10(6):
p. e0129102
15. Green R.E., J. Krause, S.E. Ptak et al., Analysis of one million base pairs of Ne-
anderthal DNA. Nature, 2006. 444(7117): p. 330–336
16. Mathieson I., I. Lazaridis, N. Rohland et al., Genome-wide patterns of selection
in 230 ancient Eurasians. Nature, 2015. 528(7583): p. 499–503
17. Lazaridis I., N. Patterson, A. Mittnik, et al., Ancient human genomes suggest
three ancestral populations for present-day Europeans. Nature, 2014. 513
(7518): p. 409–413
18. Martiniano R., A. Caffell, M. Holst et al., Genomic signals of migration and
continuity in Britain before the Anglo-Saxons. Nat Commun, 2016. 7: p. 10326
19. Lipson M., P. Skoglund, M. Spriggs et al., Population Turnover in Remote Oce-
ania Shortly after Initial Settlement. Curr Biol, 2018. 28(7): p. 1157–1165 e7
20. Stolarek I., A. Juras, L. Handschuh et al., A mosaic genetic structure of the hu-
man population living in the South Baltic region during the Iron Age. Sci Rep,
2018. 8(1): p. 2455
21. Stolarek I., L. Handschuh, A. Juras et al., Goth migration induced changes in
the matrilineal genetic structure of the central-east European population. Sci
Rep, 2019. 9(1): p. 6737
22. Philips A., I. Stolarek, B. Kuczkowska et al., Comprehensive analysis of micro-
organisms accompanying human archaeological remains. Gigascience, 2017.
6(7): p. 1–13
23. Luhmann N., D. Doerr, C. Chauve, Comparative scaffolding and gap filling
of ancient bacterial genomes applied to two ancient Yersinia pestis genomes.
Microb Genom, 2017. 3(9): p. e000123
24. Zhur K.V., V.A. Trifonov, E.B. Prokhortchouk, Progress and Prospects in Epige-
netic Studies of Ancient DNA. Biochemistry (Mosc), 2021. 86(12): p. 1563–
–1571
25. Hublin J.J., A. Ben-Ncer, S.E. Bailey et al., New fossils from Jebel Irhoud, Mo-
rocco and the pan-African origin of Homo sapiens. Nature, 2017. 546(7657):
p. 289–292
26. Reich, D., et al., Denisova admixture and the first modern human dispersals
into Southeast Asia and Oceania. Am J Hum Genet, 2011. 89(4): p. 516–528
HISTORIA BIOLOGICZNA POPULACJI HOMO SAPIENS 165
27. Reich D., N. Patterson, M. Kircher et al., Genetic history of an archaic hominin
group from Denisova Cave in Siberia. Nature, 2010. 468(7327): p. 1053–1060
28. Hajdinjak M., Q. Fu, A. Hubner et al., Reconstructing the genetic history of late
Neanderthals. Nature, 2018. 555(7698): p. 652–656
29. Fernandes D.M., D. Strapagiel, P. Borowka et al., A genomic Neolithic time
transect of hunter-farmer admixture in central Poland. Sci Rep, 2018. 8(1):
p. 14879
30. Tassi F., S. Vai, S. Ghirotto et al., Genome diversity in the Neolithic Globular
Amphorae culture and the spread of Indo-European languages. Proc Biol Sci,
2017. 284(1867)