Η εφαρμογή της rWGS (rapid Whole Genome Sequencing) στην

εξατομικευμένη ιατρική σε νεαρές ηλικίες

Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων
Τμήμα Ιατρικής

Εργασία στα πλαίσια του προπτυχιακού μαθήματος

επιλογής

ΙΑΕ509: Επιλεγμένα Θέματα Βιοφυσικής

Η εφαρμογή της RWGS (Rapid Whole

Genome Sequencing) στην εξατομικευμένη
ιατρική σε νεαρές ηλικίες

Ναταλία Γεωργία Κωσταδήμα (ΑΜ: 6932)

Ιωάννινα, Φεβρουάριος 2023

Εργασία στο μάθημα Επιλεγμένα Θέματα Βιοφυσικής (ΙΑΕ509, Ε’ εξάμηνο) i

 Η εφαρμογή της rWGS (rapid Whole Genome Sequencing) στην
εξατομικευμένη ιατρική σε νεαρές ηλικίες

Εγκρίνω την μεταφόρτωση της εργασίας στο διαδίκτυο �

Εργασία στο μάθημα Επιλεγμένα Θέματα Βιοφυσικής (ΙΑΕ509, Ε’ εξάμηνο) ii

 Η εφαρμογή της rWGS (rapid Whole Genome Sequencing) στην
εξατομικευμένη ιατρική σε νεαρές ηλικίες

Περίληψη

Οι γενετικές διαταραχές είναι ο βασικός παράγοντας θνητότητας νεογνών στις

νεογνολογικές και παιδιατρικές κλινικές. Καθότι η διάγνωση και η αποτελεσματική
αντιμετώπιση των νοσημάτων αυτών αποτελεί μία μεγάλη πρόκληση για την ιατρική
κοινότητα, γίνεται κατανοητό πως η εξατομικευμένη ιατρική προσέγγιση κάθε πάσχοντος
νεογνού μέσω ανάλυσης του γονιδιώματός του κρίνεται απαραίτητη για τη βέλτιστη
δυνατή κλινική του πορεία. Η μέθοδος αλληλούχισης όλου του γονιδιώματος (rWGS)
αποτελεί ένα πολύτιμο εργαλείο στη φαρέτρα των θεράποντων ιατρών για τη διάγνωση
γενετικών νοσημάτων, το οποίο θα συμβάλει στην ορθή διαμόρφωση του θεραπευτικού
σχήματος των νεογνών σε επίπεδο φαρμάκων, χειρουργικών επεμβάσεων, διατροφικών
συνηθειών, καθώς και στον περιορισμό των νοσοκομειακών δαπανών κυρίως χάρη στη
μείωση του διαστήματος νοσηλείας των νεογνών στο νοσοκομείο. Όλα αυτά καθιστούν
την rWGS μία από τις καταλληλότερες πρωταρχικές διαγνωστικές μεθόδους στην
προσπάθεια αντιμετώπισης των νεογνικών γενετικών διαταραχών.

Λέξεις – Κλειδιά

Εξατομικευμένη ιατρική
RWGS
Νεογνά
Γενετικά νοσήματα
Γονιδίωμα
Κλινική χρησιμότητα

Εργασία στο μάθημα Επιλεγμένα Θέματα Βιοφυσικής (ΙΑΕ509, Ε’ εξάμηνο) iii

 Η εφαρμογή της rWGS (rapid Whole Genome Sequencing) στην
εξατομικευμένη ιατρική σε νεαρές ηλικίες

Abstract

Genetic disorders are a leading factor to neonate mortality in pediatric and neonatal
intensive care units. Considering the fact that diagnosis and effective treatment of such
diseases remains a challenging project for the medical community, presicion medicine
implemented on acutely ill infants possibly syffering from genetic disorders is becoming
more and more important in order to achieve the best possible clinical progress. Rapid
Whole Genome Sequencing (rWGS) has proven to be a valuable tool for the diagnosis of
genetic disorders, thus contributing in the application of the most suitable regimen for
each infant, in terms of medication, surgical procedures and dietary habits. Moreover,
rWGS plays an important role in the reduction of health care costs for those infants,
mainly because of a considerable decreace in the length of their hospital course.
Consequently, rWGS is one of the most effective methods to be considered early in
padiatric health care units for the diagnosis and treatment of neonate genetic disorders.

Keywords

Precision Medicine
RWGS
Infants
Genetic disordes
Genome

Clinical utility

Εργασία στο μάθημα Επιλεγμένα Θέματα Βιοφυσικής (ΙΑΕ509, Ε’ εξάμηνο) iv

 Η εφαρμογή της rWGS (rapid Whole Genome Sequencing) στην
εξατομικευμένη ιατρική σε νεαρές ηλικίες

Περιεχόμενα

Περίληψη.............................................................................................................................iii
Abstract................................................................................................................................iv
Περιεχόμενα..........................................................................................................................v
Συντομογραφίες - Ακρωνύμια..............................................................................................vi
1. Εισαγωγή...........................................................................................................................1
1.1 Έρευνα για την χρησιμότητα της rWGS στην υγεία και νοσηλεία των νεογνών.......3
1.1.1 Έρευνα του Rady Children’s Hospital-San Diego (RCHSD)..............................3
1.1.2 Project Baby Bear.................................................................................................3
1.2 Αποτελέσματα.............................................................................................................5
1.2.1 Αποτελέσματα στη διάγνωση και θεραπεία των νεογνών...................................5
1.2.2 Αποτελέσματα στον περιορισμό κατανάλωσης των νοσοκομειακών πόρων......7
1.3 Συζήτηση................................................................................................................9
1.4 Συμπεράσματα......................................................................................................10
Βιβλιογραφία.......................................................................................................................11
Παράρτημα Α: Πηγές..........................................................................................................12

Εργασία στο μάθημα Επιλεγμένα Θέματα Βιοφυσικής (ΙΑΕ509, Ε’ εξάμηνο) v

 Η εφαρμογή της rWGS (rapid Whole Genome Sequencing) στην
εξατομικευμένη ιατρική σε νεαρές ηλικίες

Συντομογραφίες – Ακρωνύμια

rWGS: rapid Whole Genome Sequencing (ταχεία αλληλούχιση όλου του γονιδιώματος)
PCR: Polymerase Chain Reaction (μέθοδος αλυσιδωτής αντίδρασης πολυμεράσης)
A: Αδενίνη
T: Θυμίνη
G: Γουανίνη
C: Κυτοσίνη
PBB: Project Baby Bear
RCHSD: Rady Children’s Hospital-San Diego

Εργασία στο μάθημα Επιλεγμένα Θέματα Βιοφυσικής (ΙΑΕ509, Ε’ εξάμηνο) vi

 Η εφαρμογή της rWGS (rapid Whole Genome Sequencing) στην
εξατομικευμένη ιατρική σε νεαρές ηλικίες

1. Εισαγωγή

Σύμφωνα με στατιστικά δεδομένα, περίπου το 7-10% των νεογνών στις ΗΠΑ εισάγονται
στο νοσοκομείο ή εξειδικευμένες νεογνολογικές/ παιδιατρικές κλινικές πάσχοντας από
κάποια οξεία νόσο. Το 15% εξ αυτών εκδηλώνει συμπτώματα λόγω κάποιας γενετικής
νόσου την οποία φέρει. Αποδεδειγμένα, τα βρέφη που νοσηλεύονται λόγω κάποιας
γενετικής πάθησης, νοσηλεύονται για πολύ μεγάλα χρονικά διαστήματα και συνεπώς
απαιτούν και την κατανάλωση πολύ περισσότερων νοσοκομειακών πόρων. Εκτός αυτού,
οι γενετικές παθήσεις αποτελούν την συχνότερη αιτία θανάτων στις νεογνολογικές
κλινικές. Η εφαρμογή της rWGS (ταχεία αλληλούχιση όλου του γονιδιώματος) θεωρείται,
με βάση τις τελευταίες έρευνες, ότι μπορεί να προσφέρει καθοριστικής σημασίας
πληροφορίες για τα νεογνά πάσχοντα από σοβαρές γενετικές νόσους. Κατά συνέπεια, θα
μπορέσει να συμβάλλει στην βελτίωση του θεραπευτικού σχήματος για κάθε νεογνό
ξεχωριστά, στα πλαίσια της εξατομικευμένης ιατρικής, ενώ παράλληλα θα μειώσει και τις
νοσοκομειακές δαπάνες νοσηλείας τους.

Γονιδίωμα DNA Τμηματοποίηση και Αλληλούχιση Ανάλυση δεδομένων

σήμανση των τμημάτων
που προκύπτουν

Εικόνα 1: Στάδια της rWGS

Η αλληλούχιση rWGS είναι μία διαδικασία που μπορεί να πραγματοποιηθεί ακόμα και σε
1ng DNA ιστικού ή κυτταρικού δείγματος (τα στάδιά της φαίνονται συνοπτικά στην
Εικόνα 1). To DNA συλλέγεται, αποσπώνται μεταξύ τους οι δύο αλυσίδες του δίκλωνου
μορίου και στη συνέχεια υφίστανται in vitro κλωνοποίηση, μέσω της διαδικασίας PCR για

Εργασία στο μάθημα Επιλεγμένα Θέματα Βιοφυσικής (ΙΑΕ509, Ε’ εξάμηνο) -1-

 Η εφαρμογή της rWGS (rapid Whole Genome Sequencing) στην
εξατομικευμένη ιατρική σε νεαρές ηλικίες

την ενίσχυση του κάθε μορίου DNA, διότι οι μέθοδοι μοριακής ανίχνευσης που
χρησιμοποιούνται δεν είναι αρκετά ευαίσθητες για την αλληλούχιση ενός μόνο μορίου. Τα
κλωνοποιημένα μόρια DNA στη συνέχεια κατακερματίζονται σε μικρότερα τμήματα και
στα άκρα κάθε τμήματος εφαρμόζονται μόρια σήμανσης. Το σύνολο των τμημάτων DNA
αναλύονται στη συνέχεια σε ένα ειδικό μηχάνημα αλληλούχισης. Ο συνδιασμός των
νουκλεοτιδικών βάσεων (A, T, C, G) προσδιορίζεται σε κάθε τμήμα ώστε να βρεθεί η
αλληλουχία του. Τα αλληλοεπικαλυπτόμενα τμήματα DNA στοιχίζονται μεταξύ τους
ώστε με τον συνδιασμό όλων να βρεθεί τελικά η νουκλεοτιδική αλληλουχία ολόκληρου
του γονιδιώματος.
Τα δεδομένα αυτά μπορούν να εξεταστούν περαιτέρω για την εξαγωγή συμπερασμάτων.

Εργασία στο μάθημα Επιλεγμένα Θέματα Βιοφυσικής (ΙΑΕ509, Ε’ εξάμηνο) -2-

 Η εφαρμογή της rWGS (rapid Whole Genome Sequencing) στην
εξατομικευμένη ιατρική σε νεαρές ηλικίες

1.1 Έρευνα για την χρησιμότητα της rWGS στην υγεία και νοσηλεία
των νεογνών

Για την εξακρίβωση της χρησιμότητας της rWGS τόσο στη διάγνωση και την
αναδιαμόρφωση του θεραπευτικού σχήματος στα νεογνά, αλλά και την μείωση των
νοσοκομειακών δαπανών που αντιστοιχούν στα νεογνά αυτά έχουν πραγματοποιηθεί
έρευνες σε διάφορα παιδιατρικά/ νεογνολογικά κέντρα νοσηλείας. Η παρούσα εργασία
έχει στηριχθεί στα δεδομένα δύο εξ αυτών.

1.1.1 Έρευνα του Rady Children’s Hospital-San Diego (RCHSD)

Κατά τη συγκεκριμένη έρευνα υποβλήθηκαν σε rWGS 42 οικογένειες νεογνών για την

αιτολογική διάγνωση γενετικών διαταραχών των νεογνών τους. Η χρονική περίοδος στην
οποία τα νεογνά είχαν εισαχθεί στο νοσοκομείο με οξεία συμπτωματολογία κυμαινόταν
μεταξύ Ιουλίου 2016 και Μαρτίου 2017. Η πλειοψηφία των βρεφών αυτών ήταν
τελειόμηνα φυσιολογικού βάρους και σε μεγάλο ποσοστό (71%) εκδήλωναν πολύ σοβαρά
συμπτώματα (συχνά υπήρχε ανάγκη για αναπνευστική ή ινότροπο υποστήριξη). Τα
νεογνά που συμμετείχαν στην έρευνα έπρεπε να βρίσκονται στο πρώτο έτος της ηλικίας
τους και να μην έχουν συγκεκριμένη αιτιολογική διάγνωση, ώστε να είναι πιθανό τα
συμπτώματά τους να οφείλονται σε κάποια γενετική διαταραχή. Κατά βάση για τη
διαδικασία της αλληλούχισης χρησιμοποιήθηκε το DNA των νεογνών σε σύγκριση με το
γενετικό υλικό και των δύο γονέων. Τα αποτελέσματα που ανέδειξε η rWGS
επιβεβαιώθηκαν ύστερα και με πιο συμβατικές μεθόδους, κυρίως μέσω χρωμοσωμικών
μικροσυστοιχιών.
Η χρησιμότητα της rWGS εξετάστηκε πρωτίστως ως προς την έγκυρη διάγνωση μιας
πιθανής γενετικής πάθησης στα νεογνά με απώτερο στόχο τη βελτίωση της θεραπείας και
την καλύτερη πρόγνωση της υγείας τους, καθώς και ως προς την καλύτερη κατανομή και
εξοικονόμηση των νοσοκομειακών πόρων για τα νεογνά αυτά.

1.1.2 Project Baby Bear

Το ερευνητικό πρόγραμμα Baby Bear είναι μια έρευνα που διεξήχθη μεταξύ 184 νεογνών
σε πέντε διαφορετικές παιδιατρικές κλινικές στην Καλιφόρνια των ΗΠΑ και τα
αποτελέσματά του δημοσιεύτηκαν τον Ιούλιο του 2021. Απαραίτητα κριτήρια για τη

Εργασία στο μάθημα Επιλεγμένα Θέματα Βιοφυσικής (ΙΑΕ509, Ε’ εξάμηνο) -3-

 Η εφαρμογή της rWGS (rapid Whole Genome Sequencing) στην
εξατομικευμένη ιατρική σε νεαρές ηλικίες

συμμετοχή των νεογνών στο συγκεκριμένο πρόγραμμα ήταν η εισαγωγή τους στην
κλινική κατά το διάστημα μεταξύ Νοεμβρίου 2018 και Μαΐου 2020. Τα νεογνά που
συμμετείχαν έπρεπε να μην έχουν συμπληρώσει το πρώτο έτος ηλικίας τους και να
βρίσκονται στην πρώτη εβδομάδα νοσηλείας τους, είτε να έχουν εμφανίσει σε διάστημα
μικρότερο της μίας ενδομάδας κάποια μη φυσιολογική αντίδραση στο προτεινόμενο από
τους γιατρούς θεραπευτικό σχήμα. Τα βρέφη είχαν μεταφερθεί στο νοσοκομείο λόγω
κάποιας οξείας συμπτωματολογίας η οποία δεν αποκλείεται να οφειλόταν σε γενετικά
αίτια.
Τα κλινικά χαρακτηριστικά που ήταν αντιπροσωπευτικά για τη νόσο κάθε παιδιού
προσδιορίζονταν από τους επιβλέποντες γιατρούς. Στη συνέχεια πραγματοποιείται
αλληλούχιση του γονιδιώματος που απομονώνεται από το νεογνό. Στη συγκεκριμένη
περίπτωση κατάβαση εξετάζονταν το γονιδίωμα του βρέφους σε σύγκριση με το
γονιδίωμα ενός εκ των δύο γονέων εκτός από συγκεκριμένες περιπτώσεις που
απαιτούνταν υπερταχεία ανάλυση, οπότε εξεταζόταν το γονιδίωμα και των δύο γονέων.
Όλες οι μεταβλητές που ανέδειξε η rWGS επαληθεύτηκαν με διαδικασίες όπως η
αλληλούχιση κατά Sanger ή χρωμοσωμικές μικροσυστοιχίες.

Τα ευρήματα στη συνέχεια αξιολογήθηκαν με βάση τη διαφοροποίηση στο θεραπευτικό

σχήμα για το κάθε νεογνό και την πιθανή καλυτέρευση της κλινικής του πορείας, καθώς
και με βάση τη μεταβολή τον νοσοκομειακών δαπανών για το κάθε νεογνό.

Η κλινική πορεία του κάθε βρέφους μετά την εφαρμογή της rWGS αξιολογήθηκε χάρη σε
στοχευμένα ερωτηματολόγια που συμπληρώθηκαν από τους επιβλέποντες ιατρούς και
έγινε προσπάθεια σύγκρισης της πορείας των βρεφών αυτών σε σχέση με το τι θα
συνέβαινε αν δεν είχε μεσολαβήσει η rWGS κρίνοντας από παρόμοια κλινικά περιστατικά
που είχαν συμβεί στο παρελθόν. Όσον αφορά την κατανάλωση των νοσοκομειακών
πόρων, αυτή εκτιμήθηκε με βάση τις δαπάνες για διάφορες εξετάσεις, επεμβάσεις και
επιπλέον μέρες νοσηλείας, οι οποίες αποφεύχθηκαν χάρη στην εφαρμογή της rWGS.

Εργασία στο μάθημα Επιλεγμένα Θέματα Βιοφυσικής (ΙΑΕ509, Ε’ εξάμηνο) -4-

 Η εφαρμογή της rWGS (rapid Whole Genome Sequencing) στην
εξατομικευμένη ιατρική σε νεαρές ηλικίες

1.2 Αποτελέσματα

Τα ευρήματα των δύο ερευνών καταλήγουν σε παρόμοια συμπεράσματα σχετικά με τη

χρησιμότητα της rWGS. Η εφαρμογή της αλληλούχισης όλου του γονιδιώματος ως μέσο
διάγνωσης των βρεφών που συμμετείχαν στα εκάστοτε προγράμματα ανέδειξε μία
σημαντική βελτίωση στη θεραπευτική προσέγγισή τους, ενώ παράλληλα κατέδειξε μία
σημαντική μείωση των νοσοκομειακών δαπανών που στοχεύονται στα παιδιά αυτά, σε
σύγκριση με τη χρήση μόνο συμβατικών μεθόδων γενετικής διάγνωσης.

1.2.1 Αποτελέσματα στη διάγνωση και θεραπεία των νεογνών

Από τα 42 νεογνά που υποβλήθηκαν στη διαδικασία αλληλούχισης rWGS κατά το

ερευνητικό πρόγραμμα RCHSD διαγνώστηκαν 19 γενετικές νόσοι σε 18 από αυτά,
μερικές εκ των οποίων δεν μπορούσαν να συσχετιστούν άμεσα με το φαινότυπο των
νεογνών. Παρατηρήθηκε ότι η διαγνωστική ευαισθησία της rWGS ήταν εμφανώς
μεγαλύτερη σε σχέση με αυτή των συμβατικών γενετικών διαγνωστικών δοκιμασιών.
Επίσης σύμφωνα με τους επιβλέποντες ιατρούς καμία από τις διαγνώσεις που
πραγματοποιήθηκαν με τη συγκεκριμένη μέθοδο δεν έδωσε ψευδώς θετικά αποτελέσματα,
συνεπώς το ποσοστό της διαγνωστικής ειδικότητας φτάνει το 100%.

Στο 33% των βρεφών που διαγνώστηκαν με γενετική νόσο (6 στις 18 οικογένειες) η
διάγνωση που πραγματοποιήθηκε μπόρεσε να αποτρέψει το θάνατό τους, ενώ στο 61%
αυτών (11 στις 18 οικογένειες) μπόρεσε να προληφθεί η νοσηρότητα. Συνολικά, στο 31%
των νεογνών που συμμετείχαν στο πρόγραμμα (13 στα 42 νεογνά) πραγματοποιήθηκαν
συγκεκριμένες αλλαγές στην φαρμακευτική ή χειρουργική θεραπευτική τους προσέγγιση.

Από τα 184 βρέφη που συμμετείχαν στο πρόγραμμα PBB πραγματοποιήθηκε διάγνωση
σπάνιων γενετικών νοσημάτων, η οποία μπορούσε και να εξηγήσει την εισαγωγή των
νεογνών στην κλινική, σε ένα ποσοστό 40% (74 νεογνά), γενετικές αλλαγές οι οποίες
όμως δεν ήταν ιδιαίτερης κλινικής σημασίας βρέθηκαν σε ποσοστό 11% των βρεφών (21
νεογνά), ενώ δεν πραγματοποιήθηκε διάγνωση σε ποσοστό 48% των συμμετεχόντων (89
νεογνά).

Με βάση τα ευρήματα της rWGS, στο 32% των περιπτώσεων (58 νεογνά)
πραγματοποιήθηκε τουλάχιστον μία αλλαγή στο προϋπάρχον θεραπευτικό σχήμα των

Εργασία στο μάθημα Επιλεγμένα Θέματα Βιοφυσικής (ΙΑΕ509, Ε’ εξάμηνο) -5-

 Η εφαρμογή της rWGS (rapid Whole Genome Sequencing) στην
εξατομικευμένη ιατρική σε νεαρές ηλικίες

νεογνών. Οι αλλαγές αυτές μπορούσαν να περιλαμβάνουν διαφοροποιήσεις σε

χειρουργικές επεμβάσεις, στη λήψη φαρμάκων, στις διατροφικές συνήθειες, στο χρόνο
παραμονής τους στην παιδιατρική κλινική. Τα αποτελέσματα των προγραμμάτων
συνοψίζονται στους Πίνακες 1 και 2 αντίστοιχα.

RCHSD Πίνακας 1:
100
Ποσοστά
90
ποσοσστό % των συμμετεχόντων

80 συμμετεχόντων
70
βρεφών στο
60
50 100% (42) πρόγραμμα
40 RCHSD σχετικά
30
20 43% (18) με την διάγνωση
31% (13) 26% (11)
10 14% (6) και θεραπεία τους
0
συμμετοχή διάγνωση 1+ αλλαγή στη αποφυγή αποφυγή
γενετικού θεραπευτική νοσηρότητας θνητότητας
νοσήματος αντιμετώπιση

Πίνακας 2:
PBB
100 Ποσοστά
80
ποσοστό % των συμμετεχόντων

60
100% (184)
συμμετεχόντων
40
20 40% (74)
11% (21)
48% (89)
32% (58) βρεφών στο
0
πρόγραμμα PBB
σχετικά με την
διάγνωση και
θεραπεία τους

1.2.2 Αποτελέσματα στον περιορισμό κατανάλωσης των νοσοκομειακών πόρων

Το πρόγραμμα RCHSD ανέδειξε χαρακτηριστικά παραδείγματα στα οποία η χρήση της
rWGS ως γενετικής διαγνωστικής μεθόδου θα μπορούσε να αποτελέσει καθοριστικής

Εργασία στο μάθημα Επιλεγμένα Θέματα Βιοφυσικής (ΙΑΕ509, Ε’ εξάμηνο) -6-

 Η εφαρμογή της rWGS (rapid Whole Genome Sequencing) στην
εξατομικευμένη ιατρική σε νεαρές ηλικίες

σημασίας παράγοντα για τη μείωση των νοσοκομειακών δαπανών που αντιστοιχούν στο
κάθε νοσηλευόμενο βρέφος.

Ιδιαίτερα γίνεται αναφορά στην περίπτωση νεογνών για τα οποία κρίθηκε απαραίτητη η
δεύτερη εισαγωγή τους στο νοσοκομείο ώστε να διαγνωστεί τελικά μέσω της rWGS η
γενετική πάθηση που έφεραν, παραδείγματα βρεφών τα οποία είχαν πολύπλοκη
χειρουργική και φαρμακευτική υποστήριξη προγραμματισμένη, όμως χάρη στις
διαγνωστική rWGS διαπιστώθηκε ότι η πορεία τους είναι μη αναστρέψιμη και η θεραπεία
έπρεπε να διακοπεί. Σε άλλες περιπτώσεις η μέθοδος αυτή αντικατέστησε μεθόδους ίσης
διαγνωστικής αξίας αλλά πιο χρονοβόρες και κοστοβόρες. Σε κάποια περιστατικά η
διάγνωση μέσω της rWGS απεδείχθη σωτήρια, καθώς είτε συνέβαλε στην αποφυγή
σοβαρών επιπλοκών που θα επέφερε η συμβατική διάγνωση και θεραπεία των νεογνών,
είτε βοήθησε στην ταχύτερη παρέμβαση στη θεραπεία τους, περιορίζοντας έτσι τον
κίνδυνο επιδείνωσης της κατάστασης τους, αλλά και μειώνοντας το χρόνο παραμονής
τους στην παιδιατρική κλινική. Από τα 13 νεογνά στα οποία πραγματοποιήθηκαν αλλαγές
στο θεραπευτικό τους σχήμα μετά τη διαγνωστική rWGS, για τα 7 από αυτά δεν
μπορούσε να εκτιμηθεί η μείωση του κόστους νοσηλείας τους χωρίς κάποια
μακροπρόθεσμη παρακολούθηση τους ή χωρίς σύγκριση με προγενέστερα περιστατικά
παρόμοιας κλινικής εικόνας. Συνεπώς η μείωση των νοσοκομειακών δαπανών χάρη στην
αλληλούχιση rWGS εκτιμήθηκε στα υπόλοιπα 6 νεογνά, για τα οποία υπολογίστηκε ότι η
βελτίωση της θεραπείας τους μείωσε τα έξοδα νοσοκομειακής φροντίδας τους κατά
τουλάχιστον 803.200$. Κατανέμοντας το ποσό αυτό στα 42 νεογνά που συμμετείχαν στο
πρόγραμμα, εκτιμήθηκε ότι συνολικά οι νοσοκομειακές δαπάνες μειώθηκαν κατά
128.555$, λαμβάνοντας υπόψιν πως το συνολικό κόστος για την διεξαγωγή rWGS στις 42
οικογένειες ανήλθε σε 674.645$.

Το Project Baby Bear κατέληξε στα ίδια πορίσματα όσον αφορά τη μείωση του κόστους
νοσηλείας των νεογνών που διαγνώστηκαν μέσω rWGS, επισημαίνοντας ότι ακόμα και η
διάγνωση που θα προκύψει να οδηγήσει σε αυξημένου κόστους θεραπεία, τα έξοδα
νοσηλείας του κάθε βρέφους εν τέλει μειώνονται, καθώς περιορίζεται δραστικά το
διάστημα παραμονής τους στο νοσοκομείο. Τονίζεται ότι σε καμία περίπτωση χρήσης της
rWGS δεν παρατηρήθηκε παράταση του χρόνου νοσηλείας ή ανάγκη για κάποια σοβαρή
χειρουργική επέμβαση, η οποία δεν θα πραγματοποιούνταν ύστερα από μια συμβατική
μέθοδο διάγνωσης.

Εργασία στο μάθημα Επιλεγμένα Θέματα Βιοφυσικής (ΙΑΕ509, Ε’ εξάμηνο) -7-

 Η εφαρμογή της rWGS (rapid Whole Genome Sequencing) στην
εξατομικευμένη ιατρική σε νεαρές ηλικίες

Ανέδειξε ότι η αλληλούχιση ακόμα και ενός γονιδιώματος που δεν μπορεί να προσφέρει
συγκεκριμένη διάγνωση, είναι ικανή βοηθήσει στη μείωση των νοσοκομειακών δαπανών,
καθώς μπορεί να αποκλειστεί η καλυτέρευση ενός νεογνού με ενδονοσοκομειακή
θεραπεία, οπότε η οικογένειά του μπορεί να ακολουθήσει παρηγορητική θεραπεία.

Συνολικά, από τα 58 νεογνά στα οποία πραγματοποιήθηκε τουλάχιστον μία αλλαγή στη
θεραπεία τους, στα 27 δεν παρατηρήθηκε μείωση της περιόδου νοσηλείας τους, ούτε
αποφυγή κάποιας ιδιαίτερα κοστοβόρας επέμβασης, συνεπώς δεν μεταβλήθηκε σημαντικά
και το κόστος νοσηλείας τους. Η εκτιμώμενη μείωση των νοσοκομειακών δαπανών για τα
υπόλοιπα 31 βρέφη ανέρχεται μεταξύ 2.2 με 2.9 εκατομμύρια δολάρια. Αν το ποσό αυτό
γενικευτεί για τα 184 νεογνά που συμμετείχαν συνολικά στο πρόγραμμα PBB,
υπολογίζεται πως το κόστος νοσηλείας για το κάθε νεογνό μειώνεται κατά 12.041$ με
15.78δ6$, ποσό το οποίο ξεπερνά κατά πολύ τα 9.492$ που απαιτούνται για την rWGS σε
κάθε νεογνό.

1+ αλλαγή στη θεραπευτική αντιμετώπιση 58

Χειρουργικές επεμβάσεις 24 Πίνακας 3:
Σύνοψη των
Επιπλέον επεμβάσεις 5 αλλαγών που
Αποφυγή επεμβάσεων 16 προκύπτουν
χάρη στη
Μεταβολή επεμβάσεων 5 διαγνωστική
rWGS στο PBB
Φαρμακευτική αγωγή 23
και ο αριθμός
Επιπλέον φάρμακα 16 των νεογνών που
υποβλήθηκε σε
Παύση χορήγησης φαρμάκων 8 κάθε αλλαγή.
Αλλαγή φαρμάκων 0 Σημειώνεται ότι
κάποια νεογνά
Διατροφικές αλλαγές 9 μπορεί να
ακολούθησαν
Αλλαγή διατροφικών συνηθειών 9
περισσότερες
Χρονικό διάστημα νοσηλείας 30 από ενός είδους
αλλαγές στη
Μείωση του χρόνου νοσηλείας 30 θεραπεία τους.
Παράταση του χρόνου νοσηλείας 0

1.3 Συζήτηση
Όπως προκύπτει από την έρευνα του RCHSD, η ταχεία αλληλούχιση ολόκληρου του
γονιδιώματος είναι διαγνωστική μέθοδος που αναμφίβολα μπορεί να προσφέρει ακριβή

Εργασία στο μάθημα Επιλεγμένα Θέματα Βιοφυσικής (ΙΑΕ509, Ε’ εξάμηνο) -8-

 Η εφαρμογή της rWGS (rapid Whole Genome Sequencing) στην
εξατομικευμένη ιατρική σε νεαρές ηλικίες

και άμεση διάγνωση. Από τη λήψη δείγματος αίματος μέχρι τη διάγνωση χρειάζεται να
μεσολαβήσουν 26 με 48 ώρες. Εν τούτοις, ο μέσος χρόνος στον οποίο συντάσσεται η
τελική αναφορά σχετικά με την κατάσταση ενός νεογνού ήταν 23 μέρες με εύρος από 5
έως 69 μέρες. Αυτό αποδίδεται σε δύο παράγοντες. Πρώτον μετά από κάθε διάγνωση
μέσω της rWGS πραγματοποιούνταν κλινικές εξετάσεις για την επιβεβαίωση των
αποτελεσμάτων και δεύτερον δεν πραγματοποιήθηκαν όλες οι αλληλουχίσεις rGWS με
τον ταχύτερο δυνατό τρόπο καθώς όσο ταχύτερα τόσο και πιο κοστοβόρα. Οι περιπτώσεις
στις οποίες πραγματοποιήθηκε η τελική διάγνωση χωρίς κλινικές εξετάσεις (μέσος χρόνος
7 μέρες με εύρος 3 έως 12 μέρες) αφορούσαν μόνο νεογνά σε κρίσιμη κατάσταση που
έπρεπε να λάβουν κατεπειγόντως θεραπεία, ώστε να αποφευχθεί η πιθανότητα θανάτου
και νοσηρότητας.
Το Project Baby Bear, το οποίο έπεται του προγράμματος RCHSD, φαίνεται να οδήγησε
σε μικρότερη μείωση των νοσοκομειακών δαπανών για τα βρέφη που συμμετείχαν σε
σχέση με το προγενέστερό του πρόγραμμα. Παρόλα αυτά, η διαφοροποίηση οφείλεται στο
γεγονός ότι το πρόγραμμα RCHSD είχε λιγότερες συμμετέχουσες οικογένειες καθώς και
στο γεγονός ότι τα δύο προγράμματα πραγματοποιήθηκαν σε διαφορετικές παιδιατρικές
κλινικές. Το τελευταίο υποδεικνύει ότι η μείωση το κόστος νοσηλείας για κάθε βρέφος
χάρη στην αλληλούχιση rWGS μπορεί να παρουσιάζει διακυμάνσεις μεταξύ των
διαφορετικών νοσοκομείων και κλινικών.
Αξίζει να σημειωθεί ότι υπάρχουν πολλοί περιορισμοί στην ακριβή εκτίμηση της μείωσης
των εξόδων νοσηλείας για τα νεογνά που συμμετείχαν στα προαναφερόμενα
προγράμματα. Οι θεράποντες ιατροί μπορεί να είναι προκατειλημμένοι για το αποτέλεσμα
που θα έπρεπε να αναδειχθεί και κατά συνέπεια να υπερβάλλουν σχετικά με τον
αναμενόμενο χρόνο ή κόστος νοσηλείας στην περίπτωση χρήσης συμβατικών
διαγνωστικών μεθόδων. Στην προσπάθεια περιορισμού του συγκεκριμένου φαινομένου,
ζητήθηκε η γνωμάτευση μιας δεύτερης ομάδας γιατρών επί του θέματος, ώστε να είναι η
εκτίμηση όσο το δυνατόν πιο ρεαλιστική. Εκτός αυτού, είναι αρκετά δύσκολο στα πλαίσια
μιας έρευνας να αξιολογηθούν και τα μακροπρόθεσμα οφέλη μιας γενετικής διάγνωσης
μέσω της rWGS για το νεογνό και την οικογένειά του. Ακόμη η μείωση των εξόδων
νοσηλείας δεν εκτιμάται με τον ίδιο τρόπο μεταξύ όλων των παιδιατρικών και
νεογνολογικών κλινικών. Τέλος, η διακοπή της νοσηλείας ενός νεογνού και η συνέχιση με
παρηγορητική θεραπεία είναι μία απόφαση που δεν λαμβάνεται το ίδιο εύκολα μεταξύ
των διαφόρων πολιτισμών και χωρών και για το λόγο αυτό, η εκτίμηση της μείωσης των
νοσοκομειακών δαπανών δεν μπορεί να γενικευτεί για όλες τις πληθυσμιακές ομάδες.
Στο μέλλον, ίσως υπάρξει δυνατότητα για μία διεθνή ερευνητική προσπάθεια, η οποία θα
συμπεριλάβει περισσότερα νεογνά, ώστε να εκτιμηθεί καλύτερα η θετική επίδραση της
διαγνωστικής rWGS σε επίπεδο υγείας αλλά και ορθής αξιοποίησης των νοσοκομειακών
πόρων, λαμβάνοντας υπόψιν τις ιδιαιτερότητες διαφορετικών πολιτισμικών ομάδων.

Εργασία στο μάθημα Επιλεγμένα Θέματα Βιοφυσικής (ΙΑΕ509, Ε’ εξάμηνο) -9-

 Η εφαρμογή της rWGS (rapid Whole Genome Sequencing) στην
εξατομικευμένη ιατρική σε νεαρές ηλικίες

1.4 Συμπεράσματα
Συνοψίζοντας, η ταχεία αλληλούχιση ολόκληρου του γονιδιώματος είναι μία μέθοδος
ταχύτατης διάγνωσης γενετικών νοσημάτων, με απώτερο στόχο τη βελτίωση του
θεραπευτικού σχήματος, προσαρμοσμένο στις ιδιαιτερότητες του κάθε πάσχοντος
νεογνού, καθώς και στην μείωση της κατανάλωσης των νοσοκομειακών πόρων, κυρίως
χάρη στη μείωση του χρόνου νοσηλείας των νεογνών αυτών. Αξίζει να αναφερθεί, πως η
μέγιστη δυνατή χρησιμότητα της rWGS ως πρωταρχική διαγνωστική τεχνική,
παρατηρείται μόνο όταν αυτή πραγματοποιείται σε πρώιμα στάδια νοσηλείας, καθώς δεν
έχουν πραγματοποιηθεί ακόμα καθοριστικές για την πορεία του βρέφους αποφάσεις και
τυχόν βλάβες μπορεί να είναι ακόμη αναστρέψιμες. Για το λόγο αυτό, κρίνεται
απαραίτητος ο προσδιορισμός των νεογνών υψηλού κινδύνου και η συνεχής
παρακολούθησή τους, ταχεία διάγνωση και άμεση ιατρική παρέμβαση.

Εργασία στο μάθημα Επιλεγμένα Θέματα Βιοφυσικής (ΙΑΕ509, Ε’ εξάμηνο) -10-

 Η εφαρμογή της rWGS (rapid Whole Genome Sequencing) στην
εξατομικευμένη ιατρική σε νεαρές ηλικίες

Βιβλιογραφία

[1] Center for Desease controls and preventions, “Whole Genome Sequencing”
https://www.cdc.gov/pulsenet/pathogens/wgs.html (Ανακτήθηκε στις 20/02/2023)

[2] abm “Whole Genome Sequencing (WGS) Service” https://www.abmgood.com/Whole-

Genome-Sequencing-Service.html#abm-category-section2 (Aνακτήθηκε στις 23/02/2023)

Εργασία στο μάθημα Επιλεγμένα Θέματα Βιοφυσικής (ΙΑΕ509, Ε’ εξάμηνο) -11-

 Η εφαρμογή της rWGS (rapid Whole Genome Sequencing) στην
εξατομικευμένη ιατρική σε νεαρές ηλικίες

Παράρτημα Α: Πηγές

Οι εργασία βασίστηκε στις κάτωθι εργασίες:

1. “Project Baby Bear: Rapid precision care incorporating rWGS in 5 California children’s
hospitals demonstrates improved clinical outcomes and reduced costs of care”
David Dimmock, Sara Caylor, Bryce Waldman, Wendy Benson, Christina Ashburner,
Jason L. Carmichael, Jeanne Carroll, Elaine Cham, Shimul Chowdhury, John Cleary,
Arthur D’Harlingue, A. Doshi, Katarzyna Ellsworth, Carolina I. Galarreta, Charlotte
Hobbs, Stephen F. Kingsmore, Jason Knight, Aaina Kochhar, Richard G. Kronick, Jolie
Limon, Madelena Martin, Katherine A. Rauen, Adam Schwarz, Kathleen Houtchens,
Juliette Hunt, Priscilla Joe, Maries Joseph, Robert H. Kaplan, Suma P. Shankar, Rosanna
Spicer, Mario Augusto Rojas, Ofelia Vargas-Shiraishi, Kristen Wigby, Neda Zadeh and
Lauge Farnaes
Published: The American Journal of Human Genetics, July 1, 2021

2. “Rapid whole-genome sequencing decreases infant morbidity and cost of

hospitalization”

Lauge Farnaes, Amber Hildreth, Nathaly M. Sweeney, Michelle M. Clark, Shimul

Chowdhury, Shareef Nahas, Julie A. Cakici, Narayanan Veeraraghavan, Wendy Benson,
Robert H. Kaplan, Richard Kronick, Matthew N. Bainbridge, Jennifer Friedman1, Jeffrey
J. Gold, Yan Ding, David Dimmock and Stephen F. Kingsmore

Published: npj Genomic Medicine, April 4, 2018

Εργασία στο μάθημα Επιλεγμένα Θέματα Βιοφυσικής (ΙΑΕ509, Ε’ εξάμηνο) -12-