Ang Pangulo ng Amerika sa pananakop nito sa Pilipinas ay William Mckinley, isang
Republikano (mapanakop na partidong pampulitika) ng Ohio. Ang teritoryo ng mga mapanakop na sugar barons (na nagnais ng malaking Mercado at pagkukuhanan pa ng mas maraming asukal) na naglunsad ng pagpapalawak ng kolonya, ang planong Manifest Destiny. Ito diumano ay lumabas sa kanyang panaginip ang dakilang anghel na si Gabriel at sinabihan siya nito na magpalaganap ang Amerika ng kanyang emperyo’t kapangyarihan sa tawid ng dagat Pasipiko. Ito ay isasagawa sa “pinakasibilisado at matahimik” diumanong pamamaraan kung kaya’t tinawag nila itong Benevolent Assimilation. Isa rin patunay na kaiba ang kanilang pamamahala sa mga kastila ay tinawag nila ang kanilang pamahalaan na Civil Government. Ang una rito ay si William Howard Taft, nagpapakilala na unang Civil Governor sa Pilipinas ngunit ito’y magandang palamuti lamang pala ito sa militar na pananakop na tunay na lumupig at pumatay ng napakaraming Pilipino para maging matagumpay ang isinagawang Benevolent Assimilation.
Militarisasyon sa Islas Filipinas
Luzon- ipinadala si Gen. Franklin Bell upang patayin ang mga taga-Balayan Batangas. Ang mga balayanons ay pinaniwalaan na tagasuporta ni Hen. Miguel Malvar, isa sa mga tapat na heneral ni Gat Andres Bonifacio. Ang pagpapakita ng suporta ng balayanons ay ang pagbibigay ng pagkain sa mga rebolusyonaryo habang dumadaan sa bayang ito. Ang klarong paliwanag na ito ay pagpapakita lamang ng kulturang Pilipino na “Filipino Hospitality” na di maintindihan ng mga Amerikano ang naging dahilan na isipin na ang mga balayanon ay lahat kalaban nila. Ang eksperto sa Reconcentration Zone o Military Cordon na si Gen Franklin Bell ang ipinadala ni Taft para lupigin ang mga balayanon. Naglunsad si Bell ng 31 Memorandum Orders of Death sa buwan ng Disyembre, taong 1901. Sa bawat araw ng Disyembre ay may kautusan na maaaring ikamatay ng libo bawat araw. Isa sa mga magaan na utos ay ang huwag kang aalis sa bayan mo o ikakamatay mo, huwag kang lalabas sa bahay mo o ikakamatay mo, kukunin lahat ng alagang hayop sa labas ng bahay mo, kukuhanin ang lahat ng makakain mo sa loob ng bahay mo. Sa araw araw na utos na mga ito ay nangamatay ang mahigit kumulang 33000 katao dahil sa sistemang Benevolent Assimilation ni Taft. Ang mga batis pangkasaysayan ay mula kay Dr. Luis Dery, First Philippine Army. Visayas-ang naipadala ni Taft sa Balangiga, ang masasabing ang pinakamalupit sa lahat. Siya ay pinadala sa isang lugar na dati ay matahimik, ang Balangiga, Samar. Ito ay may kampong military ngunit walang maligalig na kalaban ng pamahalaan kung kaya’t ang mga walang kalaban na mga Amerikanong sundalo ay malimit lasing at kinukuha ang mga babaeng nagtitinda sa palengke sa labas ng kanilang moog upang maging aliwan. Mahigit dalawang dosena ang babaeng nagahasa sa nasabing kampo na labing-isa diumano ang namatay mula sa edad na 7-60 anyos. Nagalit ang mga kalalakihan ng bayang ito at ipinangakong paghihigantihan nila ang yumurak at pumatay sa kanilang minamahal. Sila ay nagbihis babae at nagbuhos ng dugo ng manok kung kaya’t tinawag silang Pulahanes. Sila ay nagdala ng bayong na sa loob at may upot patola ngunit nakapaloob sa gitna ay ang kanilang Talibong o mahabang bolong matalim. Ito ay ginamit nila sa pagpugot ng ulo ng mga natutulog na sundalong Amerikano. Mahigit liman daan Pulahanes ang nagsagawa nito. Ngunit hindi ito hinayaan ng mga Amerikano kahit na ang pang-aabuso ay sila ang nagpasimula. Ipinadala si Hen Jacob “Howling” Smith, ang beteranong heneral ng Indian Expeditionary Force, kilabot na heneral na pumatay ng mga mandirigmang Indian sa America. Inutusan nia ang kanyang mga tauhan na lahat ng nakakatayo ay “Scalp them dead,” pupungusan at hayaang lumabas ang utak ng mga taga-Balangiga bilang parusa sa mga Pulahanes na pinaniniwalaang pitong libo ang namatay sa bayang ito. Kasama sa nawala sa bayang ito ay ang kanilang batingaw na dinala ng mga Amerikano bilang war booty.Si Smith diumano ay na Court Martial sa Amerikano dahil sa kawalang hiyaan ginawa sa digmaan ngunit sa Pilipinas ay binigyan parangal pa siya ni Taft. Mindanao-sa mga Tausug ng Sulu, ang pagkakaroon ng mga armas ay karaniwan lamang sapagkat sila ay mandirigma. Ngunit ang panahon ng mga Amerikano kahit na tinawag nila itong Civil Government ay nagbabalat-kayong panahong militar na maaaring higit pa sa panahong Kastila. Nagbigay ng kautusan ang mga Amerikano na bawal magdala ng armas ang mga mandirigmang Tausug kung kayat ang mga pumuputok na armas ay isinuko nila ngunit ang mga matalim na armas ay kailangan ibigay din daw isuko sa mga Amerikano. Nagalit naman ang mga Tausug kung kaya’t minarapat nila na umakyat ng bundok na Bud Dajo at Bud Bagsak (ang Bud ay bundok sa mga Tausug) upang magtago sa mga Amerikanong sundalo. Pinadala ang Heneral na si William Pershing na nagdala ng kanyang paboritong instrumentong pandigma, ang Howitzer. Ang bagong kanyon na ginamit ng mga Amerikano sa bundok ng Sulu upang malupig ang mga Tausug. Ang labis na paglusob ng matatapang na mga Tausug na di diumano mapigilan ng mga .38 revolver ng mga Amerikano kung kaya’t naimbento nila ang .45 caliber pistol noong 1911. Isa pang naimbento nila ay sa patuloy na paglusob sa mga Kabundukan ng Sulu ay nadagdag sa kanilang salita ang Boondock. Cure for Rebelliousness Water Cure- isa sa torture na ginagawa ng mga Amerikano sa mga rebolusyonaryong Pilipino. Ang mga napapaghinalaan ng mga Amerikano ay pinapahiga at tatalian at bubuhusan ng gallon-galong tubig. Kapag nailuluwa na ng rebelde ang tubig ay may malaking Amerikano na aakyat sa hagdan at tatalunan ang sikmura ng pinaghihinalaan. Paulit ulit itong gagawin. Electric Cure- isa pang uri ng torture ng mga Amerikano ay ang pagpapadaloy sa hubot hubad na katawan ng pinaghihinalaan at babasain ng tubig upang lalong maramdaman ang hirap hanggang tuluyan mamatay ang rebeldeng ito.