Machine Translated by Google

Nghiên cứu vi sinh 173 (2022) 103915

Danh sách nội dung có sẵn tại ScienceDirect

Nghiên cứu vi sinh vật

trang chủ tạp chí: www.elsevier.com/locate/resmic

Ôn tập

Chẩn đoán nhiễm nấm e Quá khứ, hiện tại và tương lai

1 1
Alexandre Mendonça , Helena Santos , Ricardo Franco-Duarte* , Paula Sampaio
CBMA (Trung tâm Sinh học Phân tử và Môi trường), Khoa Sinh học, Đại học Minho, Braga, Bồ Đào Nha

thông tin bài viết trừu tượng

Lịch sử bài viết: Bất chấp những tiến bộ khoa học được quan sát thấy trong những thập kỷ gần đây và sự xuất hiện của các
Nhận vào ngày 16 tháng 8 năm 2021
phương pháp mới, việc chẩn đoán nhiễm nấm toàn thân vẫn là một vấn đề nan giải. Nuôi cấy nấm, phương pháp
Được chấp nhận ngày 26 tháng 11 năm 2021
tiêu chuẩn cho phép chẩn đoán đã được chứng minh, có nhiều nhược điểm như độ nhạy thấp (chỉ 50% bệnh nhân
Có sẵn trực tuyến vào ngày 1 tháng 12 năm 2021
nuôi cấy nấm dương tính) và thời gian phát triển dài. Đây là những yếu tố làm trì hoãn việc điều trị của
bệnh nhân và do đó dẫn đến chi phí bệnh viện cao hơn. Để cải thiện độ chính xác và nhanh chóng của chẩn đoán
Từ khóa:
nhiễm nấm, một số phương pháp mới cố gắng được triển khai trong các phòng thí nghiệm vi sinh lâm sàng. Hầu
Chẩn đoán nhiễm nấm
hết các phương pháp cải tiến này đều độc lập với việc phân lập mầm bệnh, điều đó có nghĩa là việc chẩn đoán
Chẩn đoán đã được chứng minh
không được coi là đã được chứng minh là có thể xảy ra. Mặc dù có ưu điểm là không phụ thuộc vào văn hóa
Chẩn đoán có thể
Phương pháp tiêu chuẩn vàng nhưng phần lớn các phương pháp đều thiếu tiêu chuẩn hóa. Các phương pháp dựa trên PCR ngày càng được sử dụng
Phương pháp dựa trên PCR phổ biến, điều này đã giúp chúng có một vị trí quan trọng trong các phòng thí nghiệm của bệnh viện. Điều này
có thể được nhận thấy ngay bây giờ, vì các phương pháp dựa trên PCR đã được chứng minh là một công cụ thiết
yếu để chống lại đại dịch COVID-19. Đánh giá này nhằm mục đích thực hiện các bước chính trong chẩn đoán
nhiễm nấm toàn thân, từ phân loại chẩn đoán, thông qua các phương pháp được coi là “tiêu chuẩn vàng”, đến
các phương pháp phân tử hiện đang được sử dụng và cuối cùng đề cập đến một số phương pháp tiếp cận tương lai
hơn. © 2021 Viện Pasteur. Được
xuất bản bởi Elsevier Masson SAS. Đã đăng ký Bản quyền.

1. Giới thiệu các loài mới và thường khó hiểu trong các chi nấm như Aspergillus và Fusarium, đồng

thời sửa lại tên cho các loài hiện có, như Pichia kudriavzevii (trước đây là Candida

Trong suốt nhiều năm, ước tính số lượng loài nấm trên khắp thế giới đã tăng krusei). Mặc dù C. krusei đã được đổi tên nhưng do các bác sĩ lâm sàng vẫn miễn

trưởng bùng nổ. Năm 2015, dựa trên các đặc điểm hình thái, sinh lý và phân tử, ước cưỡng sử dụng nó và phần lớn các bộ dụng cụ bán trên thị trường vẫn đề cập đến C.

tính này đã lên tới 100.000 loài nấm [1]. Cùng năm đó, Bộ luật Danh pháp Quốc tế krusei, nên chúng tôi sẽ chỉ ra tên được mô tả trên thị trường.

(ICN) báo cáo rằng có khoảng 1000 đến 1500 loài nấm được mô tả và xác định mỗi năm.

Đến năm 2020, số lượng loài nấm được xác định là 140.000, chỉ chiếm 12 đến 1% số Ngày nay, con người được hưởng lợi từ sự tiến bộ của y học, giúp tăng tuổi thọ

loài nấm ước tính hiện diện trên Trái đất [2]. Mặc dù có số lượng lớn các loài nấm trung bình cũng như cải thiện phương pháp điều trị các bệnh khác nhau. Tuy nhiên,

được mô tả, người ta ước tính có hơn 700 loài có liên quan đến con người, dưới dạng sự phát triển của y học cũng làm tăng tính nhạy cảm của con người với các bệnh

hội sinh hoặc gây bệnh [3e5]. nhiễm trùng, bao gồm cả nhiễm nấm, đặc biệt là do sử dụng các liệu pháp ức chế miễn

dịch. Những bệnh nhiễm trùng này, dù do nấm cơ hội gây ra hay do mầm bệnh nguyên

phát, đều được chia thành các bệnh nấm bề ngoài, các bệnh dị ứng và các bệnh nấm có

tính chất xâm lấn [7,8]. Nhiễm nấm tiếp tục bị cả người dân và các tổ chức y tế

Trong thập kỷ qua, những tiến bộ trong phương pháp phát sinh chủng loại phân tử công cộng đánh giá thấp và đánh giá thấp. Các bệnh do động vật nguyên sinh, vi

để xác định nấm đã dẫn đến những thay đổi đáng kể trong phân loại/danh pháp nấm. khuẩn và vi rút gây ra đã được công nhận là một vấn đề sức khỏe cộng đồng trong

Borman và cộng sự. [6] đề cập đến các cập nhật phân loại gần đây đối với các loại nhiều thế kỷ, nhưng nhiễm nấm toàn thân chỉ được coi là một vấn đề có liên quan kể

nấm có liên quan đến lâm sàng, bao gồm từ những năm 19800 [ 9].

* Đồng tác giả.

Địa chỉ email: alexandremendonca.1997@gmail.com (A. Mendonça), helenaipsantos@hotmail.com Quỹ hành động toàn cầu về nhiễm nấm báo cáo rằng, hàng năm, hơn 300 triệu người
(H. Santos), ricardofilipeduarte@bio.uminho.pt (R. Franco-Duarte), psampaio@bio.uminho.pt (P.
bị nhiễm nấm toàn thân và trong số này, khoảng 1,5 triệu người không chịu nổi bệnh
Sampaio).
1 nấm.
Cả hai tác giả đều đóng góp như nhau.

https://doi.org/10.1016/j.resmic.2021.103915
0923-2508/© 2021 Viện Pasteur. Được xuất bản bởi Elsevier Masson SAS. Đã đăng ký Bản quyền.
Machine Translated by Google
A. Mendonça, H. Santos, R. Franco-Duarte và cộng sự.
nhiễm trùng [10]. Nấm gây bệnh phổ biến nhất ở các nước kém phát triển
là Cryptococcus spp. và Pneumocystis spp., thường liên quan đến AIDS,
nhưng ở các nước phát triển, các bệnh nhiễm trùng xâm lấn được chẩn đoán
thường xuyên nhất là do Candida spp., Aspergillus spp. và cả Cryptococcus
spp [11]. Blas-tomyces, Histoplasma, Paracoccidioides và Coccidioides là
những loại nấm đặc hữu có thể gây nhiễm trùng cục bộ, tuy nhiên chúng có
thể tiến triển thành hệ thống và có ý nghĩa lâm sàng nghiêm trọng hơn
nhiều ở những bệnh nhân có nguy cơ cao. Hầu hết các loại nấm trong nhóm
đặc hữu này đều lưỡng hình, phát triển dưới dạng nấm mốc truyền nhiễm
trong môi trường nhưng chuyển sang dạng nấm men hoặc dạng khác trong mô
để gây nhiễm trùng. Chúng khác với các loại nấm cơ hội ở khả năng gây bệnh
ở những người khỏe mạnh trước đây, nhưng bệnh phổ biến nghiêm trọng nhất
vẫn xảy ra ở những cá nhân bị suy giảm miễn dịch [12].
Vào năm 2021, mối lo ngại ngày càng gia tăng liên quan đến đại dịch COVID-19 do vi rút
SARS-CoV-2 gây ra. Theo Sharma và đồng nghiệp [13], nhiễm SARS-CoV-2 dẫn đến giảm tế bào T, cụ
thể là CD4þT và CD8þT, dẫn đến hệ thống miễn dịch suy yếu khiến bệnh nhân dễ bị nhiễm nấm hơn.
Một trong những bộ nấm thường liên quan đến nhiễm trùng sau COVID-19 là Mucorales, Rhizopus
arrhizus chịu trách nhiệm cho hầu hết các trường hợp mắc bệnh mucormycosis trên toàn thế giới
[14,15], tiếp theo là Rhizomucor pusillus, Apophyso-myces, variabilis và Lichtheimia corymbifera
[16]. Từ ngày 5 tháng 5 đến ngày 3 tháng 8 năm 2021, khoảng 47.508 trường hợp và 4425 trường
hợp tử vong do bệnh nấm mucormycosis do nhiễm trùng liên quan đến COVID-19 đã được báo cáo ở
Ấn Độ [17]. Cũng trong thời gian đó, số bệnh nhân nhập viện chăm sóc đặc biệt mắc bệnh nấm
niêm mạc liên quan đến COVID-19 đã tăng từ 2 bệnh nhân mỗi tháng lên 600 bệnh nhân mỗi tháng
[18]. Tỷ lệ mắc bệnh và tử vong cao này đã khiến Chính phủ Trung ương Ấn Độ tuyên bố đây là
một dịch bệnh [18]. Bệnh Mucormycosis kết hợp với nhiễm COVID-19 dẫn đến tình trạng nhiễm nấm
mạnh hơn, do đó dẫn đến tỷ lệ tử vong cao hơn. Những nguyên nhân đó có thể là do hệ thống y tế
quá tải, vệ sinh kém trong môi trường chăm sóc sức khỏe, chẩn đoán muộn và hệ thống miễn dịch
của bệnh nhân suy yếu dẫn đến nhiễm nấm nghiêm trọng hơn [19]. Các steroid glucocorticoid cụ
thể, như methylprednisolone và dexametha-sone, đang được sử dụng cho bệnh nhân COVID-19 có
liên quan đến tác dụng ức chế miễn dịch [20], cũng như làm tăng lượng đường trong máu [21],
khiến bệnh nhân bị nhiễm nấm.
Đại dịch COVID-19 có thể đã làm tăng khả năng lây truyền các bệnh nhiễm
nấm bệnh viện khác, giống như những bệnh do Candida auris gây ra, được coi
là mối đe dọa sức khỏe toàn cầu nghiêm trọng. Mầm bệnh mới nổi này có thể
gây nhiễm trùng xâm lấn nghiêm trọng và thậm chí tử vong, đặc biệt ở những
bệnh nhân mắc các bệnh đi kèm khác. Kể từ khi được xác định lần đầu tiên
vào năm 2009, các đợt bùng phát C. auris đã được báo cáo ở một số cơ sở
chăm sóc sức khỏe [22,23], gây ra mối lo ngại lớn do khả năng kháng thuốc
kháng nấm cao thường xuyên và lây truyền nhanh chóng trong môi trường bệnh
viện. Có các yếu tố nguy cơ phổ biến dẫn đến nhiễm trùng do SARS-CoV-2 và
C. auris gây ra, chẳng hạn như bệnh tiểu đường, tiếp xúc với hệ thống đặt
nội khí quản, thở máy và tiếp xúc với kháng sinh phổ rộng. Do đó, sự bùng
phát C. auris đã được báo cáo ở các đơn vị chăm sóc đặc biệt về COVID-19
[24e26]. Bayona và các đồng nghiệp đã báo cáo sự gia tăng số ca nhiễm nấm
candida C. auris trong thời gian xảy ra đại dịch tại một bệnh viện ở Tây
Ban Nha.
Từ năm 2019 đến tháng 3 năm 2021, tỷ lệ tử vong trong 28 ngày đối với bệnh
nấm candida C. auris tăng từ 33,3% lên 57,1% [25].
Để ngăn ngừa dịch bệnh, có vẻ rõ ràng là các tổ chức y tế công cộng
cần coi nhiễm nấm toàn thân là vấn đề đương thời và thực sự, như đã được
quan sát trước đây trong các mô hình bệnh truyền nhiễm khác. Ngoài ra, vì
những bệnh nhiễm trùng này ít được biết đến và gây ra bởi các mầm bệnh ít
được nghiên cứu hơn nên chúng có nguy cơ cao hơn đối với sức khỏe cộng
đồng và cần được chú ý nhiều hơn [27].
2
Nghiên cứu vi sinh 173 (2022) 103915
2. Chẩn đoán nhiễm nấm
Tổ chức Hợp tác Nghiên cứu và Điều trị Ung thư/Nhiễm nấm xâm lấn Châu
Âu (EORTC) và Nhóm Nghiên cứu Mycoses e Hiệp hội Giáo dục & Nghiên cứu
(MSG-ERC) đã thiết lập các định nghĩa kết hợp các thông số chẩn đoán nhiễm
nấm ở cấp độ lâm sàng. Chúng cực kỳ hữu ích cho các nhà nghiên cứu tiến
hành nghiên cứu dịch tễ học, xét nghiệm chẩn đoán và thử nghiệm lâm sàng
thuốc chống nấm. 3 cấp độ phân loại chẩn đoán Nhiễm nấm xâm lấn (IFI) đã
được chứng minh, có thể xảy ra và có thể xảy ra [28e30]. Những định nghĩa
này, được thành lập vào năm 2002, chỉ bao gồm chẩn đoán nhiễm nấm liên
quan đến bệnh nhân ghép tế bào gốc bị suy giảm miễn dịch, ung thư và tạo
máu [28]. Nhưng vào năm 2019, một bản sửa đổi và cập nhật mới về các định
nghĩa đồng thuận đã xác định rằng phân loại IFI đã được chứng minh có thể
được áp dụng cho bất kỳ bệnh nhân nào (có bị suy giảm miễn dịch hay không)
và các phân loại có thể xảy ra và có thể chỉ được dự kiến cho những bệnh
nhân bị suy giảm miễn dịch [30].
Chẩn đoán đã được chứng minh đòi hỏi phải phát hiện nấm gây bệnh thông
qua phương pháp mô bệnh học hoặc nuôi cấy từ các vị trí vô trùng [29,30].
Để xác định chẩn đoán có thể xảy ra và có thể xảy ra, phải phân tích 3
biến số: (i) các yếu tố vật chủ, có liên quan đến nguy cơ nhiễm nấm của
bệnh nhân, do đó đánh giá một số thông số, chẳng hạn như tiền sử bệnh gần
đây. giảm bạch cầu trung tính, được ghép tế bào gốc dị thân, sử dụng
corticosteroid kéo dài, điều trị bằng thuốc ức chế miễn dịch và tình trạng
suy giảm miễn dịch cố hữu; (ii) các dấu hiệu, triệu chứng lâm sàng liên
quan đến nhiễm nấm nên cần lưu ý một số biểu hiện lâm sàng như viêm khí
phế quản, nhiễm trùng xoang và nhiễm trùng hệ thần kinh trung ương; (iii)
bằng chứng về nấm học, kèm theo kết quả dương tính của xét nghiệm chẩn
đoán, xét nghiệm thông thường, phân tử hoặc hình ảnh [29,30].
Một chẩn đoán có thể xảy ra được cho là của bệnh nhân khi có các thông
số của các yếu tố vật chủ, dấu hiệu lâm sàng và bằng chứng về nấm. Trong
trường hợp này, khi đạt được bằng chứng dương tính về nấm học thông qua
các phương pháp phân tử, chẳng hạn như phương pháp dựa trên Phản ứng chuỗi
Polymerase (PCR) hoặc xét nghiệm huyết thanh học, chẩn đoán có thể xảy
ra ngay lập tức. Mặt khác, chẩn đoán có thể được quy cho những bệnh nhân
đáp ứng 2 trong 3 biến số; các yếu tố vật chủ và dấu hiệu lâm sàng cho
thấy rõ ràng tình trạng nhiễm nấm xâm lấn, nhưng thông số bằng chứng về
nấm vẫn âm tính [29].
Việc xác định nấm gây bệnh có thể thu được thông qua một số phương
pháp, từ nuôi cấy nấm truyền thống đến phương pháp dựa trên PCR [29,30].
Có nhiều loại xét nghiệm khác nhau và tốt nhất là nên áp dụng nhiều loại
xét nghiệm cho bệnh nhân nếu nghi ngờ nhiễm nấm xâm lấn để đạt được chẩn
đoán hiệu quả và chính xác hơn. Các phương pháp phân tử cho phép giảm đáng
kể thời gian hoàn thành bằng cách đưa ra các phương pháp cho phép thu
được kết quả cụ thể, hiệu quả, nhanh chóng và chính xác hơn. Điều này có
nghĩa là quá trình chẩn đoán tổng thể nhanh hơn, cho phép phác họa đầy đủ
và kịp thời kế hoạch điều trị, tăng tỷ lệ sống sót. Theo một nghiên cứu
được phát triển ở Hoa Kỳ , điều này cũng dẫn đến việc giảm số người nhập
viện vào các đơn vị chăm sóc đặc biệt, có thể mang lại cho bệnh viện
khoảng 30.000 USD cho mỗi bệnh nhân.
Với đánh giá này, chúng tôi dự định cung cấp một khuôn khổ để lựa chọn
tối ưu trong số các phương pháp phân tử hiện có. Vì vậy, những ưu điểm
và nhược điểm, mức tiêu thụ thời gian, độ nhạy, tính đặc hiệu và tính tự
động hóa của các phương pháp được sử dụng thường xuyên nhất sẽ được cung
cấp. Vì các yếu tố vật chủ, dấu hiệu và triệu chứng lâm sàng không nằm
trong phạm vi của bài đánh giá này nên chúng tôi sẽ tập trung vào các
phương pháp tìm bằng chứng nấm học. Để phân tích sâu hơn về các tham số
trước đó, một số đánh giá có sẵn. Zhang và cộng sự [32] đã phân tích đặc
điểm lâm sàng của 145 trường hợp xâm lấn
Machine Translated by Google

A. Mendonça, H. Santos, R. Franco-Duarte và cộng sự. Nghiên cứu vi sinh 173 (2022) 103915

nhiễm nấm. Webb và các đồng nghiệp [33], đã phân tích tỷ lệ mắc, đặc 4. Các phương pháp được sử dụng để chẩn đoán đã được chứng minh

điểm lâm sàng và kết quả của nhiễm nấm xâm lấn trong mạng lưới chăm
sóc sức khỏe của Hoa Kỳ, theo 3374 đợt ở 3154 bệnh nhân.
3. Khung chẩn đoán lâm sàng
Chẩn đoán nhiễm nấm là một quá trình lâu dài, đặc biệt là do
những điểm tương đồng về triệu chứng giữa nhiễm trùng do vi khuẩn và
nấm. Hình 1 cung cấp một khuôn khổ đơn giản hóa xem xét các bước chẩn
đoán nhiễm nấm toàn thân. Khi một bệnh nhân có dấu hiệu nhiễm trùng
lâm sàng không đáp ứng với điều trị bằng kháng sinh (Hình 1A), nhiễm
nấm xâm lấn nên được đưa vào chẩn đoán phân biệt của bệnh nhân (Hình
1 B và C).
Các yếu tố vật chủ và dấu hiệu lâm sàng được xác định bởi EORTC và
MSG-ERC sẽ được phân tích (Hình 1 D) và các phương pháp có sẵn cho
bằng chứng nấm học phải được lựa chọn cho phù hợp. Có một số phương
pháp có sẵn cho bằng chứng nấm học nhưng điều quan trọng cần lưu ý là
loại phương pháp được sử dụng sẽ quyết định phân loại chẩn đoán (Hình
1E). Các phương pháp có khả năng phát hiện mầm bệnh nấm thông qua
phương pháp mô bệnh học hoặc nuôi cấy từ các vị trí vô trùng cung cấp
chẩn đoán đã được chứng minh.
Tuy nhiên, nếu bằng chứng dương tính về nấm học đạt được thông qua
các phương pháp phân tử, chẳng hạn như phương pháp dựa trên PCR hoặc
xét nghiệm huyết thanh học, thì chẩn đoán có thể xảy ra. Tuy nhiên,
điều quan trọng nhất là phải đạt được các nhận dạng cụ thể để thiết
lập kế hoạch điều trị phù hợp nhất, điều này có thể dẫn đến tỷ lệ
sống sót cao hơn và giảm chi phí bệnh viện (Hình 1F).
Để thu thập bằng chứng về nấm học nhằm đưa ra chẩn đoán chính xác
đã được chứng minh, nuôi cấy nấm, kính hiển vi và xét nghiệm mô bệnh
học vẫn là phương pháp tiêu chuẩn vàng để xác định nấm gây bệnh (Bảng
1). Ưu điểm chính của các kỹ thuật này là khả năng thu được nấm gây
bệnh, điều này không chỉ cho phép xác định thêm loài mà còn đánh giá
khả năng kháng nấm (Bảng 1). Những nhược điểm chính bao gồm thời gian
xử lý dài và độ nhạy nuôi cấy nấm thấp (Bảng 1). Ngay cả khi có sẵn
các kỹ thuật hiện đại hơn, các phương pháp truyền thống này vẫn tiếp
tục được sử dụng để so sánh và xác nhận [34].
4.1. Nuôi cấy nấm
Nếu các yếu tố của vật chủ và các dấu hiệu, triệu chứng lâm sàng
cho thấy nhiễm nấm xâm lấn thì việc bắt đầu là cố gắng phân lập nấm
gây bệnh. Đối với điều này, các chất lỏng vô trùng, chẳng hạn như
máu, nước tiểu và/hoặc dịch não tủy sẽ được thu thập. Khi vi sinh vật
nuôi cấy trong các chất lỏng này có thể phát triển được thì chẩn đoán
đã được chứng minh. Mặt khác, khi sử dụng chất lỏng không vô trùng,
như dịch phế quản phế nang, cần phải xem xét hội chứng hội sinh và/
hoặc ô nhiễm môi trường. Mặc dù canh tác là phương pháp tiêu chuẩn
vàng nhưng phương pháp này có độ nhạy thấp. Độ nhạy tổng thể của cấy
máu đối với nấm men là khoảng 50-95%, và đối với nấm mốc, tình hình
thậm chí còn phức tạp hơn, thể hiện giá trị độ nhạy là 1e5% [35,36].

Hình 1. Khung chẩn đoán nhiễm nấm toàn thân. Khi bệnh nhân không đáp ứng với điều trị bằng kháng sinh (A), nhiễm nấm toàn thân nên được đưa vào chẩn đoán phân biệt (BeC). Sau khi
đánh giá 3 thông số được xác định bởi EORTC và MSG-ERC (D) (yếu tố vật chủ, biểu hiện lâm sàng và bằng chứng về nấm) và nếu có bằng chứng mạnh mẽ về nhiễm nấm toàn thân thì nên
đánh giá bằng chứng về nấm (E). Mục tiêu chính là phương pháp được sử dụng để xác định nấm gây bệnh mang lại kết quả nhanh và chính xác, từ đó đưa ra kế hoạch điều trị tốt hơn
và giảm chi phí bệnh viện (F). Chữ viết tắt: EORTC, Tổ chức Nghiên cứu và Điều trị Ung thư/Nhóm Hợp tác Nhiễm nấm xâm lấn Châu Âu; MSG-ERC, Nhóm nghiên cứu Mycoses e Hiệp hội
nghiên cứu & giáo dục; NMR, Cộng hưởng từ hạt nhân; CÁ, lai huỳnh quang tại chỗ; CAGT, Xét nghiệm kháng thể ống mầm Candida albicans; MALDI-TOF, Giải hấp thụ/Ion hóa bằng Laser
được hỗ trợ bằng ma trận và Thời gian bay.

3
Machine Translated by Google

A. Mendonça, H. Santos, R. Franco-Duarte và cộng sự.

Bảng 1

Tổng quan về ưu điểm và nhược điểm của các phương pháp được sử dụng phổ biến nhất để tìm bằng chứng nấm học.

Phương pháp luận Thuận lợi Nhược điểm Người giới thiệu

Chẩn đoán đã được chứng minh
Nuôi cấy nấm - Phát hiện mầm bệnh nấm; - Phát hiện - Thời gian quay vòng dài; đối với nấm men, tối đa là năm ngày [35,50,173]
tình trạng kháng nấm; - Nhận dạng ở cấp và nấm mốc là bốn tuần; - Năng lực lựa
độ loài. chọn phương tiện phù hợp; - Điều trị trúng đích
muộn; - Dễ bị ô nhiễm; - Độ nhạy thấp
đối với bệnh thiếu máu và bệnh

kính hiển vi - Hình dung cấu trúc nấm; - Phân tích
hình dạng, theo dõi chuyển động, phân loại vi sinh vật; - Hình
dung sự hình thành màng sinh học của
nấm.
Mô bệnh học - Phát hiện sự xâm nhập của nấm vào mô; - Phát
hiện phản ứng của vật chủ hoặc hoại tử mô.
aspergillosis.
- Không cho phép xác định chi, loài nấm; - Hình dạng tương tự [34,35,174]
dưới kính hiển vi của một số loại nấm.
- Hình dạng mô bệnh học tương tự của một số loại nấm; [34,35]
- Việc sử dụng vết bẩn không phải lúc nào cũng mang lại kết quả chính xác

xác định ở cấp độ loài; - Độ nhạy

hạn chế.
Phương tiện nhiễm sắc - Phát hiện trong các mẫu đa vi sinh vật; - Khó phân biệt giữa Candida non albicans [59,62,63]
- Một số môi trường tạo màu có bán trên thị trường; giống loài;

- Phát hiện và định danh Candida tại loài - Khó phân biệt các loài Candida gây bệnh mới nổi như C. auris;
mức độ;

- Nhanh chóng và tiết kiệm chi phí. - Sự tương đồng về kiểu hình giữa các loài liên quan có thể cản
trở sự phân biệt ở cấp độ loài.
Lai huỳnh quang tại chỗ - Nhận dạng chính xác Candida spp. nhiễm trùng; - Tiết kiệm - Giới hạn phát hiện cao; [34,175]
(FISH) thời gian, so sánh với các phương pháp thông thường; - Độ đặc - Giảm số lượng đầu dò axit peptide nucleic (PNA) có sẵn trên
hiệu và độ nhạy cao. thị trường.
Laser hỗ trợ ma trận - Xác định tác nhân gây bệnh theo giống, loài, cấp độ chủng; - Cần phải thực hiện bước chiết trước; [34,35,77,79e81,176]
Thời gian ion hóa giải hấp của - Không có khả năng định lượng; - Chi phí dụng
Chuyến bay - Khối phổ - Nhận dạng chính xác và nhanh chóng Candida spp. và Aspergillus cụ ban đầu cao; - Hạn chế mức độ
4

(MALDI-TOF) spp.; bao phủ loài trong cơ sở dữ liệu tham khảo về nấm của các hệ
- Tính phù hợp cao với các phương pháp thông thường; - thống MS MALDI-TOF hiện có; - Cơ sở dữ liệu yêu cầu
Hiệu suất dễ dàng; - cập nhật liên tục để bao gồm những điều hiếm nhất
Giảm chi phí cho mỗi lần phân và các loài nấm mới nổi.
tích; - Có khả năng ứng dụng rộng rãi trên nhiều loại vi
sinh vật; - Phân biệt các loài có quan hệ gần
gũi; - Tiềm năng lớn cho việc thử nghiệm độ nhạy cảm với thuốc kháng nấm.
Kiểu hình sinh hóa - Giam gia; - Cho - Phương pháp tốn nhiều công sức và thời gian; - [64,66e69,72,73,177]
Hệ thống nhận dạnga phép thông tin định lượng và định tính; - Nhận dạng chính Kết quả chỉ được cung cấp sau vài ngày; - Độ nhạy
xác một mẫu chưa biết; - Một số nền tảng thương mại có thấp để xác định và phân biệt các loài gây bệnh mới nổi như C.
sẵn. auris.
Chẩn đoán có thể 1,3 bD-glucan - Phát hiện các loại nấm gây bệnh có liên quan; - Xét nghiệm nấm không đặc hiệu; [35,106,107,166,178]
(Phương pháp - Không xâm lấn; - Độ nhạy thấp hơn và số lượng dương tính giả cao
huyết thanh học) - Kết quả nhanh kết quả;

chóng; - NPV cao rất tốt cho nhiễm nấm xâm lấn - Một số loại nấm sản sinh ít bD-glucan (Cryptococcus spp.)
sàng lọc; hoặc không sinh bD-glucan (Blastomyces spp. và nấm nhầy);

Nghiên cứu vi sinh 173 (2022) 103915

- Thiếu tính đặc hiệu để
chẩn đoán bệnh nấm địa phương.
Kháng nguyên mannan và - Hiệu suất tốt nhất khi kết hợp hai dấu ấn sinh học; - Không xâm - Độ đặc hiệu hạn chế do hội sinh bình thường hoặc [35,166,178,179]
kháng thể antimannan lấn; - Thuộc sự xâm chiếm của loài Candida;
kinh tế; - Mang lại - Độ nhạy hạn chế của xét nghiệm kháng thể đối với
kết quả nhanh bệnh nhân suy giảm miễn dịch; - Độ
chóng. nhạy thấp hơn đối với C. krusei và C. parapsilosis.
Galactomannan - Dấu ấn sinh học tốt để phát hiện xâm lấn - Độ nhạy thấp để chẩn đoán sớm. [35,124e126,178,179]
bệnh aspergillosis; - Phản ứng chéo với Fusarium spp. và Histoplasma
- Hữu ích cho việc đánh giá đáp ứng với thuốc kháng nấm spp.;
liệu pháp. - Giảm độ nhạy đối với Aspergillus fumigatus.
Dựa trên kháng thể - Độ chính xác cao hơn các dấu hiệu huyết thanh tiêu chuẩn - Giảm độ nhạy đối với người bị suy giảm miễn dịch [35,127,130,131,133,174]
(Miễn dịch huỳnh quang, ELISA, đã đề cập ở trên; người bệnh;
- Giá thấp; - Tính đặc hiệu hạn chế;
Machine Translated by Google

A. Mendonça, H. Santos, R. Franco-Duarte và cộng sự. Nghiên cứu vi sinh 173 (2022) 103915

Đối với bệnh nấm candida xâm lấn, phương pháp tiêu chuẩn vàng để phát hiện nấm

men là cấy máu. Độ nhạy của kỹ thuật này thay đổi từ 50 đến 70%, khi các khuyến nghị

lấy mẫu phù hợp với hướng dẫn của Viện Tiêu chuẩn Lâm sàng và Phòng thí nghiệm (40-60

mL máu) [37]. Ericson và các đồng nghiệp [38] đã đánh giá hiệu quả của một số lọ nuôi

[34,35,82,136,143,149]
cấy máu có bán trên thị trường trong việc phát hiện các loài Candida. Lọ BacT/Alert FA

đã phát hiện 144 trong số 179 mẫu (80,45%), chứng tỏ hiệu quả nhất khi so sánh với
[93,95,96]

Bactec Mycosis IC/F và BacT/Alert FN.

Nghiên cứu này cũng báo cáo rằng lọ kỵ khí (BacT/Alert FN) không thành công đối với

Candida spp. tăng trưởng, nhưng phát hiện thấy sự tăng trưởng của Candida glabrata (8

trong số 179 mẫu) [38]. Ngoài ra, phần lớn các lọ cấy máu mất khoảng 14-72 giờ mới có

kết quả dương tính [39]. So sánh giữa Candida albicans, Candida dubliniensis, C.

krusei, C. lusitaniae, Candida parapsilosis và Candida tropicalis về thời gian phát

triển, cho thấy không có sự khác biệt đáng kể bất kể môi trường nuôi cấy được sử dụng

(40 he57 h). Tuy nhiên, C. glabrata có thời gian tăng trưởng tổng thể thấp hơn (12

he37 h) và lọ nuôi cấy là một yếu tố quan trọng vì đã quan sát thấy sự khác biệt đáng

kể về thời gian tăng trưởng (Bactec Mycosis IC/F 12 h và BacT/Alert FN 37 h) [ 38].

Candida spp. trong máu (candemia) có liên quan đến khoảng 40-68% trường hợp nhiễm

nấm candida (sự hiện diện của loài Candida trong đường tiết niệu) [40,41]. Do đó,

trong trường hợp nghi ngờ nhiễm nấm huyết, việc sử dụng cấy nước tiểu cũng có thể được
scedosporiosis).
(mucormycosis,

xem xét [42]. Một lần nữa, môi trường nuôi cấy có ảnh hưởng đáng kể đến hiệu suất phát
fusariosis

trùng,
thuật;
khuếch

Panfungal

hiện. Cấy nước tiểu tiêu chuẩn (thạch máu và MacConkey) chỉ cho thấy 37% khả năng phát
chẳng
không
hoạch;
thể.

BAL.
biệt
mẫu,
bệnh

ứng;
phản
kiện
điều
đại;
hiệu;

nguyên-

như
hạn
mẫu
đặc
các
nấm
mầm

DNA
phương
Phương

truyền

nhiễm;

Phương
dấu

cụ

vô
là
và

kỹ
thức;
người
kháng

lượng
không
thống

chuẩn
Thiếu

không
chứng
triệu
không

kế
từng
dụng
Việc
hình
đoán
chẩn
chưa
pháp

định
phép

phân
việc
tiêu

thận
chọn

tiêu
điều
phép

dụng
trên
pháp
sàng
nhân
bệnh
thận
tích
Phân

chế
hạn
còn
tạo
ảnh
Cần
một
với
đối
vẫn
thể

cho
PCR

nấm
DNA
lập
hóa

hóa
tối
mồi
các
cẩn
Lựa

mục
trị
cho
PCR

một
với
đối
khó
thể
PCR
dựa

hiện trong khi môi trường nuôi cấy nấm (thạch Sabouraud dextrose) cho thấy phát hiện
lâm
với
đối
cẩn

và
sử
đa
số
có

ưu
và

số
áp
có
có

Ô
-

-
-

98% Candida spp. trong nước tiểu [43].

Nuôi cấy mẫu dịch não tủy (CSF) thường được sử dụng trong các trường hợp nghi ngờ

nhiễm nấm trên hệ thần kinh trung ương nhưng nó phát hiện chủ yếu là Cryptococcus và

Candida [44,45]. Môi trường thích hợp nhất cho mầm bệnh phát triển từ CSF là Sabouraud

4% dextrose và đĩa thạch máu cừu [44]. Những mầm bệnh này thường mất khoảng 3-7 ngày

để phát triển, độ nhạy rất tốt đối với Cryptococcus, >95%, trong khi đối với Candida

chỉ 37% [35,46]. Tuy nhiên, do nguy cơ liên quan đến việc thu thập CSF, bao gồm tổn

thương thần kinh, khả năng nhiễm trùng, khó chịu và/hoặc đau và chảy máu vào tủy sống,

nuôi cấy CSF không phải là lựa chọn đầu tiên trong việc lấy mẫu [47].

Bất chấp những tiến bộ trong nuôi cấy nấm, phần lớn nấm mốc hiếm khi được phân

lập từ CSF hoặc cấy máu, tuy nhiên trong trường hợp nhiễm trùng lan rộng, Fusarium
không
thống
trong
trích
chuẩn
nhiễm
biệt;
Panfungal

spp. cấy máu thường dương tính [36,45,48]. Vì vậy, đặc biệt đối với bệnh aspergillosis
kháng

bẩn.
kín,
khép
toàn
lại,
xuất
mẫu,
việc
lấn;
khác
nấm.
pháp
liệu
nhân
bệnh
phản

quả
kết
DNA
xâm
nấm
gian;
với
của
ứng
khuếch
trùng,

chung,

hệ
bộ
và
bị
từ
sự
thời
POC).
chóng
nhanh

trong
lượng
ngắn;
nhiễm
triển
điểm;
Thông
dụng
dàng
suất
Hiệu

thực
định
phép
qPCR
cao;
hiệu
nhạy
điều
gian
Thời
cũng
tiến
Theo
thời
tổng
sẵn;
hình
chọn

bước
năng
tảng
đoán
chẩn
hoặc
loại
loài
định
phép

xâm lấn (IA), việc phát hiện Aspergillus spp. từ dịch phế quản phế nang (BAL) thường
cho
thể
(có

đại
DNA
cho
đặc
trị
như
của
dõi
một
tại
thể
tin
ảnh
tùy
Một

các
gồm
bao
khả
mới
Nền
trừ
thể
PCR
nội
xác
Cho
áp
và
dễ

tế
độ
và
Độ
sự
có
số

có
và
-

được sử dụng. Guegan và cộng sự [49] đã xử lý 1555 mẫu BAL từ 1336 bệnh nhân, trong

đó có 61 mẫu được chẩn đoán mắc bệnh aspergillosis xâm lấn (1 mẫu đã được chứng minh,

37 mẫu có thể xảy ra và 23 mẫu có thể). Đối với bệnh nhân nhiễm aspergillosis xâm lấn,

việc phát hiện Aspergillus spp. từ nuôi cấy BAL làm tăng cơ hội phát hiện mầm bệnh nấm

từ 1,6% lên 47,4% (18/38 đã được chứng minh hoặc có thể xảy ra) [49]. Điều quan trọng

là phải xem xét ô nhiễm môi trường tại địa phương cách ly khi sử dụng mẫu BAL.

Để cải thiện việc phát hiện nấm mốc bằng nuôi cấy, Bao et al. [50] đã phân tích
latex)
nghiệm

Phương
ngưng

Nhiễm

ảnh hưởng của các môi trường nuôi cấy khác nhau và thời gian ủ bệnh của 1821 loại nấm
bên,
chảy
dòng

Hình

trên
pháp
kết
xét
Xét

lấn
xâm
nấm

ảnh

PCR
dựa

mốc (hyaline, dematiaceous, Onygenales và Mucorales) được phân lập từ 1687 bệnh nhân.

Về môi trường, các môi trường thạch ức chế nấm mốc (IMA), Sabouraud dextrose agar

Emmons (SDAE) và malt-yeast agar (MYA) đã được thử nghiệm và kết quả cho thấy 55,6%

nấm mốc được phân lập bằng IMA, 18,5% sử dụng SDAE và chỉ 3,2. % với MYA [50]. Nghiên

cứu này cho thấy SDAE, môi trường nuôi cấy thường được sử dụng để phân lập nấm mốc,

không đáp ứng được mong đợi. IMA có hiệu suất tốt nhất, điều này có thể liên quan

đến thực tế là môi trường này ức chế sự phát triển của vi khuẩn [50]. Về thời gian ủ
phương

bệnh, Mucorales có thời gian sinh trưởng nhanh nhất, đạt đỉnh sinh trưởng ở
bệnh.
phân
dạng
nhận
được
pháp
gây
nấm
lập
khi
sau
thể
đạt
Các
cụ
để
đoán
Chẩn
thể
có

Một

5
Machine Translated by Google
A. Mendonça, H. Santos, R. Franco-Duarte và cộng sự.
ngày thứ 3. Nấm mốc Hyaline phát triển mạnh nhất vào ngày thứ 4, 85,4%
Aspergillus fumigatus hầu hết được phân lập sau tuần đầu tiên và 97,3% sau
hai tuần. Ngược lại, các chủng phân lập Histoplasmacapsu-latum và
Trichophyton được phân lập trong tuần tăng trưởng thứ 4 [50]. Liên quan đến
nhiệt độ, Tarrand và cộng sự [51] đã chứng minh rằng ủ 10.062 mẫu lâm sàng
được nuôi cấy (đờm, rửa phế quản hoặc rửa đường hô hấp) từ các bệnh nhân
có các bệnh lý khác nhau, chỉ có 344 (3,4%) cho thấy sự phát triển của nấm
thuộc loài Aspergillus. . Tuy nhiên, các mẫu nuôi cấy được ủ ở 35 C mang
lại tỷ lệ dương tính với Aspergillus cao hơn so với ủ ở 25 C (tăng 31%).
Điều này được giải thích bởi thực tế là có sự tương đồng lớn hơn giữa môi
trường ủ bệnh và môi trường bên trong vật chủ, nơi chúng vừa được phân lập
ở 35 C [51].
Mặc dù là phương pháp tiêu chuẩn vàng, nuôi cấy nấm có một số nhược
điểm, trong đó rõ ràng nhất là thời gian xử lý lâu làm trì hoãn việc điều
trị cho bệnh nhân, dễ bị nhiễm bẩn và giá trị độ nhạy thấp. Tuy nhiên,
phương pháp này cung cấp chẩn đoán đã được chứng minh và nó có thể dẫn đến
các xét nghiệm và xác định tính nhạy cảm với thuốc chống nấm ở cấp độ loài
(Bảng 1).
4.2. Kính hiển vi trực tiếp và mô bệnh học
Kính hiển vi trực tiếp được sử dụng để tìm kiếm cấu trúc hình thái của
nấm trong một phần mô hoặc chất lỏng sinh thiết bị nhiễm bệnh. Điều này cho
phép đánh giá xem liệu nhiễm trùng được kích hoạt bởi nấm mốc có vách ngăn
(chẳng hạn như Aspergillus spp.), nấm mốc không có vách ngăn (ví dụ như
Mucorales) hay nấm men (ví dụ như Candida spp.) [52].
Trong suốt quá trình hình dung sự xuất hiện của nấm trong phần mô và xác
định các kiểu hình thái cụ thể, có thể phân biệt giữa các chẩn đoán mô bệnh
học khác nhau liên quan đến nhiễm nấm xâm lấn. Tuy nhiên, việc hình dung
riêng các cấu trúc đó không cung cấp nhận dạng cụ thể vì các cấu trúc được
phân tích tương tự nhau ở các loài nấm khác nhau [53]. Ngoài ra, điều rất
quan trọng là đánh giá sự xâm lấn mô để hiểu tầm quan trọng của chủng phân
lập (nấm gây bệnh/hệ vi sinh vật bình thường/ô nhiễm môi trường). Việc hình
dung các cấu trúc nấm bằng mô bệnh học và kỹ thuật soi vi mô trực tiếp có
thể được cải thiện thông qua việc sử dụng các vết bẩn, chẳng hạn như bạc
methenamine của Gomori, phản ứng acideSchiff tuần hoàn [53], hoặc mực Ấn
Độ [54], và chất tăng trắng huỳnh quang, chẳng hạn như như Calco-fluor
trắng [55].
Các mẫu sinh học từ các bệnh nhân được chẩn đoán lâm sàng về bệnh
cryptococcosis (mẫu CSF) có thể được kiểm tra trực tiếp về sự hiện diện của
nấm men được đóng gói bằng cách chuẩn bị mực Ấn Độ.
Tuy nhiên, sự thống nhất giữa việc phát hiện trực tiếp các tế bào nấm men
được bao bọc bằng mực Ấn Độ và nuôi cấy nấm (“tiêu chuẩn vàng”) là khác
nhau, Martins et al. [56] cho thấy tỷ lệ 80% (8 với xét nghiệm mực Ấn Độ
trong số 10 mẫu cấy nấm dương tính), Sato và đồng nghiệp [57] chỉ cho thấy
44% (7 trên 16), trong khi Silva et al. [54] trình bày 95% (46 trên 48).
Phép lai huỳnh quang tại chỗ (FISH) cũng có thể được sử dụng trực tiếp
trong các mẫu CSF. Trong kỹ thuật này, các đầu dò huỳnh quang liên kết với
các mục tiêu cụ thể trên RNA ribosome cho phép hiển thị trực tiếp dưới kính
hiển vi từng tế bào nấm. Silva và cộng sự. Nghiên cứu của [54] chỉ ra rằng
FISH được sử dụng trực tiếp trên các mẫu CSF cho thấy sự phù hợp 100% với
kết quả PCR khi phát hiện Cryptococcus.
Một nghiên cứu hồi cứu kéo dài 10 năm, phân tích đánh giá bệnh lý phẫu
thuật từ những bệnh nhân đồng thời nuôi cấy nấm mốc và nấm men dương tính,
không có tiền sử nhiễm nấm, cho thấy độ chính xác 79% của chẩn đoán mô học
về nhiễm nấm so với nuôi cấy [58]. Tuy nhiên, việc nhận dạng cụ thể chỉ dựa
trên hình dung của các cấu trúc đó là khó khăn. Các chẩn đoán khác nhau
bao gồm việc xác định sai các sinh vật sợi nấm có vách ngăn và không có
vách ngăn và các dạng nấm men, cũng như từ việc mô phỏng hình thái học, sử
dụng thuật ngữ không phù hợp và kiến thức không đầy đủ về nấm học.
6
Nghiên cứu vi sinh 173 (2022) 103915
[53,58]. Tuy nhiên, những kỹ thuật này rất hữu ích để tránh kết quả âm tính
giả từ nuôi cấy nấm hoặc các trường hợp nấm không thể nuôi cấy được và
việc thực hiện định dạng báo cáo tiêu chuẩn sẽ cải thiện độ chính xác chẩn
đoán và ngăn ngừa kết quả bất lợi [58]. Tuy nhiên, kính hiển vi đòi hỏi một
nhà nấm học được đào tạo để phân biệt các loài khác nhau, hoặc thậm chí là
chi, đặc biệt là do hình dạng hiển vi tương tự của một số loại nấm (Bảng 1).
5. Phương pháp định danh sau phân lập mầm bệnh
Việc phân lập mầm bệnh nấm từ môi trường nuôi cấy cho phép đánh giá một
số thông số liên quan như khả năng kháng thuốc chống nấm và xác định loài
của chúng [55]. Bất chấp sự phát triển của nấm gây bệnh, môi trường nuôi
cấy chỉ cung cấp thông tin về sự hiện diện/vắng mặt của nấm. Do đó, để có
thể xác định các loài nấm gây nhiễm trùng, có các phương pháp bổ sung để
đạt được nhận dạng cụ thể, từ đó đưa ra kế hoạch điều trị tốt hơn.
5.1. Môi trường tạo màu
Xem xét các tình huống lâm sàng không đặc hiệu của nhiễm nấm, việc phát
hiện sự hiện diện hay vắng mặt của mầm bệnh nấm thường là không đủ, do đó
môi trường tạo màu có thể được sử dụng để khắc phục hạn chế này [59]. Môi
trường tạo màu đã được sử dụng rộng rãi trong vi sinh lâm sàng để phát hiện
và xác định mầm bệnh vi khuẩn hoặc nấm [60] đang được sử dụng để xác định
Candida từ năm 1994. Chúng cho phép sự phát triển của một vi sinh vật cụ
thể và với việc bao gồm enzyme tạo màu hoặc huỳnh quang sẽ loại bỏ hắc ín.
thu được enzyme vi sinh vật, môi trường như vậy có thể nhắm mục tiêu mầm
bệnh với độ đặc hiệu cao [59]. Những môi trường nuôi cấy này phù hợp với
các mẫu không vô trùng vì chúng kích thích sự phát triển của một loại vi
sinh vật cụ thể, ức chế sự phát triển của các vi sinh vật khác [34]. Có một
số môi trường tạo màu có sẵn để phát hiện nấm men và những môi trường này
thường bao gồm chất nền tạo màu cho b- hexosaminidase, cho phép phân biệt
loài phổ biến nhất và quan trọng về mặt lâm sàng, C. albicans. Kết hợp các
chất nền tạo màu, các khuẩn lạc từ các loài khác nhau có màu sắc khác nhau,
tăng cường khả năng phân biệt các loài nấm men.
CHROMagar® Candida Plus (CHROMagar, Paris, Pháp), chromID™ Candida Agar
(CCA, bioMerieux, Marcy-l ' Etoile, Pháp), HiCrome®
Candida (HiMedia, Mumbai, Ấn Độ), CandiSelect™ 4 (CS4, Bio-Rad, Marnes-la-Coquette, Pháp) và
Brilliance™ Candida Agar (BCA, Oxoid, Basingstoke, UK) là những ví dụ về môi trường chọn lọc
và vi sai có bán trên thị trường tạo điều kiện thuận lợi cho việc phân biệt các loài Candida,
cụ thể là C. albicans, C. tropicalis, C. glabrata, C. parapsilosis và C. krusei, trên cơ sở
màu sắc và hình thái khuẩn lạc [59,61].
Mặc dù môi trường tạo màu có thể cung cấp khả năng nhận dạng nhanh chóng
và trực tiếp bằng quan sát màu sắc và hình thái khuẩn lạc, nhưng chúng
không thể phân biệt được các loài Candida mới nổi, chẳng hạn như C. auris,
cho đến rất gần đây. Vào năm 2020, Borman và cộng sự. [62] đã thực hiện một
nghiên cứu nhằm kiểm tra khả năng phát hiện C. auris và tính đặc hiệu của
CHROMagar™ Candida Plus mới, sử dụng 52 loài nấm men được thu hồi từ các
mẫu lâm sàng. Các tác giả báo cáo rằng CHROMagar™ Candida Plus có thể phân
biệt thành công C. auris với tất cả các loài khác được thử nghiệm do vẻ
ngoài khác biệt của khuẩn lạc màu kem nhạt với quầng màu xanh lam, ngoại
trừ Candida diddensiae, có vẻ ngoài tương tự như C. auris [62]. De Jong và
các đồng nghiệp [63] đã so sánh năm môi trường tạo màu có sẵn trên thị
trường, bao gồm hai công thức tạo màu mới được thiết kế để phân biệt C.
auris, CHROMagar™ Candida Plus và thạch chọn lọc HiCrome C. auris MDR
(HAMA) chỉ cho phép sự phát triển của C. auris đa kháng thuốc [63]. Môi
trường CHROMagar™ Candida Plus có hiệu suất tốt hơn trong việc phân biệt
C. auris
Machine Translated by Google

A. Mendonça, H. Santos, R. Franco-Duarte và cộng sự. Nghiên cứu vi sinh 173 (2022) 103915

từ các loài Candida khác được thử nghiệm, với độ chính xác (91,8%) so với 32,7-87,8% và bởi MALDI-TOF MS và được xác nhận bằng trình tự DNA. MALDI-TOF MS có thể xác định

của các môi trường khác được nghiên cứu. Tuy nhiên, Candida vulturna và Candida chính xác 89% loài, trong khi nuôi cấy thông thường chỉ đạt được 69% nhận dạng chính

pseudohaemulonii cho thấy những điểm tương đồng về kiểu hình với khuẩn lạc C. auris xác [74]. Lau và đồng nghiệp [75] đã phát triển cơ sở dữ liệu quang phổ dựa trên 249

[63]. Do đó, môi trường tạo màu mới CHROMagar™ Candida Plus được coi là công cụ có phân lập nấm, được sử dụng để xác định 421 phân lập lâm sàng, thông qua MALDI-TOF.

giá trị để phát hiện và xác định C. auris và các loài nấm men khác trong bối cảnh lâm Cơ sở dữ liệu này có thể xác định chính xác khoảng 90% các chủng phân lập khi so sánh
sàng. Do thỉnh thoảng xuất hiện các kiểu hình khuẩn lạc tương tự nên có thể cần phải với kết quả thu được từ giải trình tự DNA.

có các phương pháp xác nhận bổ sung.

Hiệu suất của một số hệ thống MALDI-TOF MS có bán trên thị trường, chẳng hạn như

Phương tiện tạo màu có khả năng mang lại kết quả nhanh chóng theo cách tiết kiệm VITEK MS (bioMerieux, Marcy l 'Etoile, Pháp), MALDI Biotyper (Bruker Daltonics,

chi phí. Có nhiều xét nghiệm có sẵn trên thị trường, một số trong số đó có khả năng Bremen, Đức) và Autof MS 1000 (Autobio Diagnostics, Zhengzhou, Trung Quốc) có được

phát hiện các mẫu đa vi khuẩn, cung cấp nhận dạng ở cấp độ loài. Tuy nhiên, có một số đánh giá. Ví dụ, Teke và cộng sự. [76] đã tiến hành một nghiên cứu so sánh về hiệu

khó khăn trong việc phân biệt các loài Candida không phải albicans và các loài mới suất của VITEK MS và MALDI Biotyper để xác định 157 chủng phân lập, đại diện cho 23

nổi, chẳng hạn như C. auris (Bảng 1). loài nấm men (Candida không phải albicans và các loài nấm men hiếm), và cả hai hệ

thống đều cho thấy độ nhạy cao trong việc xác định nấm men (96,8% và tương ứng là

98,7%). Yi và cộng sự. [77] cũng so sánh hiệu suất của hệ thống Autof MS 1000 và

5.2. Hệ thống xác định kiểu hình sinh hóa Vitek MS để xác định nấm men trong các phức hợp loài có liên quan chặt chẽ gây nhiễm

nấm xâm lấn.

Một số hệ thống kiểu hình sinh hóa đã được phát triển và có sẵn trên thị trường

để xác định vi sinh vật. Các hệ thống này đánh giá khả năng của vi sinh vật trong

việc đồng hóa các loại chất dinh dưỡng khác nhau trong giếng vi mô, bao gồm đường và Nghiên cứu này bao gồm việc đánh giá 1228 chủng nấm men đại diện cho 14 loài khác

axit hữu cơ, chất nền cho các hoạt động enzym cụ thể và các chất kháng khuẩn. Đây là nhau. Độ chính xác nhận dạng của tất cả các phức hợp loài lần lượt dao động từ 98,9%

các phương pháp đo độ đục được tổ chức trong các thẻ với các giếng vi thể khác nhau đến 100% và từ 79,1% đến 96,3% đối với Autof MS 1000 và VITEK MS. Cả hai hệ thống đều

và kết quả được mã hóa và so sánh với cơ sở dữ liệu. Tuy nhiên, trước khi thực hiện cho thấy hiệu suất tốt trong việc xác định C. auris [77].

các phương pháp này, cần phải thu được môi trường nuôi cấy thuần khiết của mầm bệnh

[64]. Xem xét các bệnh nhiễm nấm, các hệ thống này phù hợp nhất với các loài nấm MALDI-TOF MS hiện nay thường được sử dụng làm phương pháp nhận dạng bước đầu cho

men, ví dụ như API 20C UX thủ công và thẻ ID VITEK® 2 YST tự động (bioMerieux, Marcy- các loại nấm men thông thường. Tuy nhiên, việc xác định nấm sợi gây bệnh vẫn còn khó

l' Etoile, Pháp). Hệ thống API 20C Aux xác định chính xác khoảng 97% các loài được khăn. Nấm mốc thường phát triển bên trong môi trường rắn, khiến cho việc thu hoạch

phát hiện phổ biến nhất [65,66]. rất khó khăn, dẫn đến ô nhiễm quang phổ của thạch và cản trở việc xác định MALDI-TOF

MS. Bằng cách này, một môi trường nuôi cấy mới, đĩa ID Fungi (Conidia, Quincieux,

Pháp) đã được phát triển để cho phép thu hoạch các chủng phân lập dễ dàng hơn và

nhanh hơn [78]. Nhìn chung, nấm men và nấm mốc thông thường hầu hết đều được đề cập

Độ chính xác của hai hệ thống này (VITEK® 2 và API 20C Aux) để phát hiện nấm men đầy đủ trong cơ sở dữ liệu thương mại sẵn có, nhưng điều tương tự không xảy ra đối

đối với các loài thường được phát hiện (76e95% đối với VITEK® và 96% đối với API) so với các loài mới, hiếm hơn hoặc khó hiểu. Có vẻ như cách tiếp cận tốt nhất để cải

với các loài nấm men không phổ biến (58e78% đối với VITEK® 2 và 72). % cho API) thiện việc nhận dạng các loài này là liên tục cập nhật cơ sở dữ liệu thương mại hoặc

[66e69]. Việc xác định sai hoặc nhận dạng hầu hết được phát hiện đối với C. bổ sung chúng bằng các thư viện tham khảo tự tạo và các cơ sở dữ liệu trực tuyến

parapsilosis, C. glabrata, C. dubliniensis, C. norvegensis và C. pelliculosa [66,67]. khác, chẳng hạn như MicrobeNet (do CDC phát triển) và Khối phổ Nền tảng nhận dạng [79].

Cơ sở dữ liệu hệ thống VITEK® 2 gần đây đã được cập nhật (phiên bản 8.01) để bao gồm

C. auris, giúp tăng độ chính xác trong việc xác định mầm bệnh mới nổi này. Tuy nhiên,

phiên bản cập nhật cho thấy khả năng phân biệt giữa C. auris và các loài liên quan

chặt chẽ còn hạn chế, chỉ xác định chính xác khoảng 52% số phân lập C. auris [70,71]. Ngoài việc xác định mức độ loài, việc đánh giá khả năng kháng nấm là điều cần

Các xét nghiệm sinh hóa này đưa ra nhận dạng không chính xác về C. auris, nhầm lẫn thiết để lựa chọn phương pháp điều trị kháng nấm phù hợp nhất. Một số nghiên cứu đã

loài này với C. haemulonii, Rhodotorola glutinis, C. famata hoặc C. sake [72,73]. chứng minh rằng MALDI-TOF MS có khả năng được điều chỉnh để thử nghiệm độ nhạy cảm

với kháng sinh. Vatanshenassan và các đồng nghiệp gần đây đã giới thiệu xét nghiệm

nhanh về độ nhạy cảm với kháng sinh MALDI Biotyper (MBT ASTRA) để phát hiện các chủng

C. albicans, C. glabrata và C. auris kháng echinocandin [80,81].

5.3. Giải hấp/ion hóa bằng tia laser được hỗ trợ bằng ma trận e Thời gian bay MALDI-TOF MS có một số ưu điểm như khả năng xác định mầm bệnh ở cấp độ chi và

(MALDI-TOF MS) loài với kết quả chính xác và nhanh chóng, xử lý dễ dàng và giảm chi phí. Nó có thể

áp dụng cho nhiều loại vi sinh vật và cho phép phát hiện tính nhạy cảm với thuốc

Trong những thập kỷ gần đây, các phương pháp dựa trên khối phổ đã trở nên phổ chống nấm. Tuy nhiên, nó không có khả năng định lượng và phạm vi cơ sở dữ liệu sẵn có

biến trong các phòng thí nghiệm vi sinh vì chúng cung cấp khả năng nhận dạng nhanh còn hạn chế, do đó phải cập nhật liên tục để bao quát các loài quý hiếm nhất và mới

chóng với chi phí thấp, dễ tiếp cận và có khả năng ứng dụng cao đối với một số vi nổi (Bảng 1).

sinh vật. Để xác định các loài nấm, biến thể của phép đo phổ khối được sử dụng rộng

rãi nhất là giải hấp/ion hóa bằng laser được hỗ trợ bằng ma trận (MALDI-TOF MS), dựa

trên việc xác định dấu vân tay của các protein được chiết xuất, chủ yếu là protein

ribosome và protein màng. Hồ sơ protein thu được cho mỗi phân lập được so sánh với cơ 5.4. Lai huỳnh quang tại chỗ (FISH)

sở dữ liệu hồ sơ phổ quát, cho phép xác định ở cấp độ loài và chi [34,35].

Kỹ thuật FISH cũng đã được sử dụng rộng rãi trong các phòng thí nghiệm vi sinh

để phát hiện các vi sinh vật gây bệnh từ cấy máu dương tính. Hiện tại, kỹ thuật này

không được sử dụng thường xuyên nhưng nó vẫn hữu ích cho một số ứng dụng nhất định

Becker và các đồng nghiệp [74] đã xác định được 290 chủng nấm phân lập ở cấp độ [54]. Mặc dù các đầu dò FISH dựa trên PNA đắt tiền hơn đang xuất hiện thường xuyên

loài, bao gồm nấm sợi và nấm men, thuộc 69 loài khác nhau, thông qua các phương pháp hơn trên thị trường so với các đầu dò FISH dựa trên DNA vì chúng

nuôi cấy thông thường.

7
Machine Translated by Google
A. Mendonça, H. Santos, R. Franco-Duarte và cộng sự.
tính bổ sung có ái lực và độ đặc hiệu cao hơn, đồng thời có khả năng
chống thoái hóa cao hơn [82]. Silva và cộng sự [54] đã đánh giá tiềm
năng của phương pháp FISH trong việc xác định các loài nấm từ cấy
máu. Họ cho thấy kết quả thu được khi phân tích FISH hoàn toàn phù
hợp với nuôi cấy nấm. Tuy nhiên, việc nhận dạng bằng kính hiển vi
sau nuôi cấy cần có phòng khám chuyên khoa thực hiện và tốn thời
gian (3-10 ngày). Ngược lại, phương pháp FISH cho kết quả tương tự
trong vòng 5 giờ [54]. Do đó, nền tảng PNA-FISH® phát hiện một số
chuỗi vi sinh vật gây bệnh, chẳng hạn như Staphylococcus aureus,
nhiều loại Entero-coccus spp., vi khuẩn gram âm và một số Candida
spp. đã được sử dụng trong quy trình của bệnh viện [82]. Gần đây
hơn, một nền tảng PNA FISH mới, Yeast Traffic Light PNA FISH (AdvanDx,
Inc., Woburn, MA; YTL PNA FISH), đã được phát triển kết hợp nhận
dạng 5 Candida spp. với độ nhạy cảm của chúng với fluconazole, theo
các loại thuốc nhuộm huỳnh quang khác nhau. Các đầu dò PNA FISH cho
thấy huỳnh quang màu xanh lá cây tượng trưng cho khả năng điều trị
bằng fluconazole (C. albicans và C. parapsilosis), màu vàng có nghĩa
là phải sử dụng liều fluconazole cao hơn (C. tropicalis) và màu đỏ
có nghĩa là có khả năng đề kháng tự nhiên với fluconazole (C. krusei
và C. glabrata) [83]. Một nghiên cứu sử dụng nền tảng mới này cho
thấy trong số 137 bệnh nhân cấy máu dương tính mà không điều trị bằng
thuốc kháng nấm, YTL PNA FISH có thể nhắm mục tiêu chính xác vào
việc điều trị cho 132 bệnh nhân (96,4%) và phân biệt giữa vi khuẩn
và nấm men khi phát triển đồng thời (95,8). %) [83]. Các nền tảng
này có khả năng hiển thị kết quả trong vòng 2 giờ, với giá trị độ
nhạy và độ đặc hiệu cao (trên 95%) [82]. Trong các phòng thí nghiệm
vi sinh, xét nghiệm này đã được thay thế bằng các phương pháp hiệu
quả hơn, đặc biệt là vì nền tảng FISH có giới hạn phát hiện cao và
số lượng đầu dò PNA có sẵn trên thị trường đã giảm (Bảng 1).
5.5. Phương pháp dựa trên PCR
Hiện có rất nhiều phương pháp dựa trên PCR để xác định nấm gây
bệnh sau khi thu được mẫu nấm phân lập.
FilmArray® (bioMerieux, Marcy l 'Etoile, Pháp) là các nền tảng kết
hợp hoàn toàn tự động kết hợp các bước từ chuẩn bị mẫu đến khuếch
đại PCR đa kênh và phát hiện/xác định mầm bệnh trong khoảng 1 giờ
[82,84,85]. FilmArray® là sản phẩm đầu tiên được phát triển, cho
phép phát hiện các vi sinh vật gây bệnh, theo các bảng khác nhau,
tương ứng với các loại mẫu. Bảng cấy máu đầu tiên, Bảng nhận dạng
cấy máu, cho phép phát hiện 19 loài vi khuẩn, 5 loài Candida (C.
albicans, C. glabrata, C. krusei, C. parapsilosis và C. tropicalis)
và 3 loài kháng khuẩn gen kháng thuốc, có độ nhạy >96% và độ đặc
hiệu 99% [84]. Nó cũng có hiệu quả trong việc xác định các bệnh nhiễm
trùng hỗn hợp, có thể phát hiện tất cả các vi sinh vật trong 71%
mẫu. Hệ thống đèn pin BioFire® FilmArray® là phiên bản mới của nền
tảng này cho phép bao gồm 2e12 mô-đun, sử dụng cùng các Bảng được
phát triển, cung cấp tối đa 264 mẫu mỗi ngày với 12 mô-đun [82].
Ngoài ra, phiên bản cập nhật của Bảng cấy máu, Bảng Nhận dạng Nuôi
cấy Máu BioFire® FilmArray® 2 cung cấp kết quả cho 26 loại vi khuẩn,
7 loài nấm men (có bổ sung các phức hợp loài C. auris và Cryptococcus
gattii/C. neoformans) và 10 gen kháng kháng sinh [86,87].
Việc xác định vi sinh vật thông qua bảng này mang lại giá trị độ
nhạy và độ đặc hiệu cao hơn (tương ứng >98% và >99%) khi so sánh với
nuôi cấy [87].
Sepsis Flow Chip (Master Diagnostica, Tây Ban Nha) là một nền
tảng kết hợp PCR ghép kênh với kỹ thuật lai dot blot ngược để phát
hiện các mầm bệnh phổ biến nhất trong các bệnh nhiễm trùng hệ thống,
từ cấy máu dương tính [82,88]. Phương pháp này có thể xác định được
36 loài vi khuẩn, 20 gen kháng kháng sinh, C. albicans và Candida
spp. (không phải albicans), trong 3 giờ [89]. Trong nó
số 8
Nghiên cứu vi sinh 173 (2022) 103915
thử nghiệm xác nhận và xác minh, nền tảng này thu được giá trị độ
nhạy và độ đặc hiệu cao đối với các loài Candida: lần lượt là 93 và
100% [88]. Nó cũng cho thấy kết quả tuyệt vời khi xác định các mẫu
cấy có nhiều hơn một mầm bệnh, với độ nhạy 89%. Xét nghiệm chẩn
đoán này đã được tối ưu hóa để sử dụng các mẫu trực tiếp từ cấy máu
mà không cần trích xuất DNA trước đó [88]. Hệ thống ePlex® (GenMark
Diagnostic, USA) là một nền tảng hoàn toàn tự động, kết hợp tất cả
các bước cần thiết để phân tích kết quả cấy máu dương tính. Nó có
một hệ thống chuẩn bị mẫu, tiếp theo là hệ thống khuếch đại PCR đa
kênh và cuối cùng là phân tích khuếch đại thông qua kiểm tra điện
hóa [82,90,91].
Nó có một số bảng cho phép phát hiện các mầm bệnh khác nhau như vi
khuẩn gram âm và gram dương cũng như các loài nấm từ cấy máu. Các
mầm bệnh nấm mà nhóm này xác định là các loài Candida (C. albicans,
C. auris, C. dubliniensis, C. famata, C. glabrata, C. guilliermondii,
C. kefyr, C. lusitaniae, C. parapsilosis và C. tropicalis C. krusei)
Cryptococcus neoformans sensu lato, C. gattii sensu lato, Fusarium
spp, và Rhodotorula spp [90,91]. Độ nhạy của hệ thống ePlex® từ cấy
máu dao động từ 99,8 đến 100% đối với mầm bệnh nấm và độ đặc hiệu là
100% [91,92].
Các phương pháp dựa trên PCR có thời gian quay vòng ngắn, có khả
năng cung cấp kết quả nhanh và chính xác. Tuy nhiên, một số phương
pháp dựa trên PCR không cho phép định lượng DNA được khuếch đại,
điều này có thể rất quan trọng để giải thích mức độ nghiêm trọng của
nhiễm trùng, hơn nữa, ô nhiễm có thể xảy ra nếu nền tảng PCR không
xảy ra trong một hệ thống khép kín và cả thiết kế của sơn lót phải
được thực hiện cẩn thận (Bảng 1).
6. Chẩn đoán có thể
Khi không thể phát hiện được nấm gây bệnh thông qua phương pháp
mô bệnh học hoặc nuôi cấy từ các vị trí vô trùng mà chỉ phát hiện
được dấu vết của mầm bệnh thì chẩn đoán có thể được đưa ra. Các kỹ
thuật huyết thanh, phân tử và các kỹ thuật mới hơn hiện có sẵn để
thu thập bằng chứng về sự hiện diện của nấm gây bệnh. Tuy nhiên, để
xác định được chẩn đoán có thể xảy ra, một số khía cạnh phải được
xem xét, chẳng hạn như các dấu hiệu và triệu chứng lâm sàng của bệnh
nhân và các yếu tố vật chủ (có bị suy giảm miễn dịch hay không).
Về bằng chứng nấm học, cần có kết quả cuối cùng phù hợp giữa ít nhất
hai phương pháp khác nhau. Một số phương pháp này cũng có thể được
sử dụng sau khi cấy máu dương tính để xác định loài.
6.1. Hình ảnh nhiễm nấm xâm lấn
Có rất nhiều lợi ích liên quan đến hình ảnh trong chẩn đoán nhiễm
nấm xâm lấn, vì thông qua phương pháp này có thể theo dõi sự tiến
triển của nhiễm trùng, cũng như phản ứng của bệnh nhân với điều trị
[93,94]. Tuy nhiên, theo hướng dẫn của EORTC và MSG-ERC, các phương
pháp hình ảnh liên quan đến nhiễm nấm xâm lấn chỉ phù hợp với chẩn
đoán có thể xảy ra và có thể xảy ra [30]. Một số kỹ thuật hình ảnh
có sẵn để hỗ trợ chẩn đoán nhiễm nấm xâm lấn, bao gồm chụp X quang
ngực (CXR), chụp cắt lớp vi tính (CT), cộng hưởng từ (MR) và chụp
cắt lớp phát xạ posi-tron (PET) được sử dụng phổ biến nhất [95].
Nhiễm trùng với những sinh vật này thường bắt đầu ở phổi và trở
nên toàn thân ở những người nhạy cảm, lây lan qua đường máu đến não
và các cơ quan nhạy cảm.
Nhiễm trùng hệ thần kinh trung ương (CNS) rất hiếm, thường liên
quan đến bệnh nhân suy giảm miễn dịch và thường do Cryptococcus,
Candida spp, nấm Mucorales và Asper-gillus spp gây ra. Các biểu hiện
thần kinh trung ương phổ biến nhất do các mầm bệnh này gây ra là
viêm màng não và các khối khu trú như u não.
Machine Translated by Google

A. Mendonça, H. Santos, R. Franco-Duarte và cộng sự. Nghiên cứu vi sinh 173 (2022) 103915

áp xe và u hạt. Khi nghi ngờ viêm màng não, CT ban đầu có thể được sử dụng để quan sát xét nghiệm thường được sử dụng trong môi trường bệnh viện, tuy nhiên xét nghiệm beta-

sự suy giảm khả năng hấp thu dịch não tủy do mầm bệnh gây ra. MR là phương thức được Glucan đã có sẵn trên thị trường ở Châu Âu. Xét nghiệm Fungitell cho thấy các giá trị

ưa thích, giúp thấy rõ sự tăng quang màng não dày ở nền sọ [93]. Nhiễm trùng xoang độ nhạy và độ đặc hiệu lần lượt là 69,9e100% và 73e97,3% đối với bệnh nấm candida xâm

thường liên quan nhất đến nấm Mucorales, đặc biệt là các loài Rhizopus và Rhizomucor lấn [99e102] và đối với bệnh aspergillosis xâm lấn cho thấy giá trị độ nhạy và độ đặc

và Aspergillus spp., có thể gây hủy xương và lan sang các khu vực khác, như mô mềm và hiệu là 81e93,3% và 77,2e99,5% [99,103,104]. Mặt khác, xét nghiệm BetaeGlucan cho thấy

thậm chí đến khoang nội sọ. giá trị độ nhạy và độ đặc hiệu lần lượt là 42,5e98,7% và 98e98% đối với bệnh nấm

candida xâm lấn và đối với giá trị aspergillosis xâm lấn là 80e80,3% và độ đặc hiệu

tương ứng là 97,3% [99,105,106] .

Ban đầu, CT thường được sử dụng để phân tích sự phá hủy xương trong khi MR được áp

dụng để đánh giá sự lan rộng của nhiễm trùng xoang khoang nội sọ [93]. Liên quan đến

bệnh aspergillosis phổi, các sinh vật thường liên quan là các loài Aspergillus, Mặc dù xét nghiệm huyết thanh (1e3)-bD- glucan là một chất đánh dấu nấm hiệu quả

Candida, Nocardia và Acti-nomyces, cũng như các loại nấm Mucorales, Pneumocystis để hỗ trợ sàng lọc và chẩn đoán các bệnh nhiễm nấm xâm lấn, một vấn đề lớn là số lượng

jirovecii, các loài Histoplasma và các loài Cryptococcus. Đối với nhiễm trùng phổi, dương tính giả cao. Racil và cộng sự. [107] đã báo cáo giá trị 75% dương tính giả

có thể quan sát thấy nhiều đặc điểm khác nhau, chẳng hạn như các nốt sần, xâm lấn khi phân tích 1143 mẫu và hầu hết các kết quả dương tính giả được cho là do nhiễm

thành ngực và đông đặc thùy phổi. CT thường được áp dụng để hình dung các nốt nhu mô khuẩn huyết đồng thời, sử dụng phương pháp thẩm phân máu hoặc điều trị liên quan đến

hoặc sự đông đặc với khu vực xung quanh, được gọi là CT “quầng sáng”, liên quan đến việc sử dụng globulin miễn dịch ở người.

nhiễm aspergillosis phổi xâm lấn mạch máu, nhiễm nấm Candida spp., Coccidioides và

Cryptococcus. Ngược lại, bệnh nấm niêm mạc phổi có liên quan đến “quầng sáng ngược” Mennink-Kersten và cộng sự. [108] đã báo cáo rằng các vi khuẩn như Alcali-genes

trên CT (sự đông đặc bao quanh vùng mờ trung tâm) faecalis, Streptococcus pneumoniae và Pseudomonas aerugi-nosa cho thấy khả năng phản

ứng b-(1,3)-D-glucan với xét nghiệm Fungitell, có thể cho kết quả dương tính giả. Theo

Hammarstrom và các đồng nghiệp [ 109], những bệnh nhân được điều trị bằng pegylat
€

[93]. Về nhiễm trùng đường tiêu hóa và đường sinh dục, mầm bệnh nấm liên quan nhiều asparaginase và bệnh nhân ICU được điều trị bằng huyết tương, albumin hoặc các yếu tố

nhất là C. albicans. Khi sử dụng hình ảnh CT và MR, những bệnh nhiễm trùng này thường đông máu cho thấy nồng độ b-(1,3)-D-glucan tăng cao, có nhiều khả năng cho kết quả xét

biểu hiện các áp xe nhu mô tương tự [93]. nghiệm dương tính hơn. cho các xét nghiệm b-glucan.

Các phương pháp hình ảnh thường được sử dụng để đánh giá và chẩn đoán nhiễm nấm Ngoài ra, một số loại thuốc (lentinan, crestin, scleroglucan và schizophyllan) được sử

xâm lấn là CT hoặc MRI, vì chúng cung cấp thông tin tổng thể trong thời gian ngắn hơn dụng trong các đơn vị chăm sóc đặc biệt có chứa glucans cũng có thể gây ra kết quả xét

[95]. Tuy nhiên, cần có hình ảnh đa phương thức để khắc phục những hạn chế tồn tại đối nghiệm dương tính giả. Do đó, do các giá trị tiên đoán âm tính tuyệt vời của xét

với việc sử dụng riêng lẻ từng phương pháp hình ảnh (Bảng 1) [96]. nghiệm (90,57-99,8%) [106,107] và tỷ lệ dương tính giả cao, xét nghiệm Fungitell phục

vụ tốt nhất để xác định những bệnh nhân không bị nhiễm nấm xâm lấn thay vì xác định

những người đã thực sự bị nhiễm nấm. được phát hiện.

6.2. Phương pháp huyết thanh học

Mặc dù xét nghiệm b-(1,3)-D-glucan cung cấp kết quả nhanh chóng về việc phát hiện

Sự phát triển của các dấu hiệu sinh học trong phòng thí nghiệm và triển khai xét nhiều loại nấm gây bệnh theo cách tiết kiệm chi phí và không xâm lấn. Nó có hiệu quả

nghiệm kháng nguyên đã cải thiện việc chẩn đoán nhiễm nấm xâm lấn một cách nhanh hơn trong việc loại trừ nhiễm nấm xâm lấn hơn là chẩn đoán nó. Mặc dù vậy, đây là

chóng và hiệu quả. Các kháng nguyên nấm, chất chuyển hóa hoặc kháng thể do hệ thống một xét nghiệm diệt nấm không đặc hiệu, có giá trị độ nhạy thấp và một số vấn đề liên

miễn dịch của vật chủ tạo ra có thể được phát hiện trong một số mẫu huyết thanh, cũng quan đến kết quả dương tính giả. Hơn nữa, một số loài nấm sản xuất ít bD-glucan hơn,

như trong nước tiểu và dịch phế quản [53]. Trong bài đánh giá này, các kỹ thuật được như Cryptococcus spp, hoặc thậm chí bất kỳ loại nấm Blastomyces và Mucorales nào như

sử dụng thường xuyên nhất sẽ được trình bày. vậy (Bảng 1).

6.2.1. Xét nghiệm b-(1,3)-D-glucan 6.2.2. Phát hiện kháng nguyên Mannan và kháng thể antimannan

b-(1,3)-D-glucan là một polysaccharide có trong thành tế bào của một số loại nấm, Mannan là một trong những thành phần chính của thành tế bào Candida đã được sử

và việc phát hiện dấu hiệu kháng nguyên này có thể chỉ ra nhiều loại bệnh nhiễm dụng làm dấu ấn sinh học chẩn đoán bệnh nấm candida xâm lấn. Có một số xét nghiệm

trùng, từ nhiễm nấm candida xâm lấn, đến nhiễm aspergillosis xâm lấn và cả P. viêm huyết thanh học có bán trên thị trường để phát hiện kháng nguyên mannan và kháng thể

phổi do jirovecii [35]. Các xét nghiệm được phát triển đặc biệt để đo b-(1,3)-D-glucan kháng mannan, chẳng hạn như Platelia™ Candida Ag/Ab Plus (Bio-Rad, Pháp), là xét nghiệm

của nấm thường phụ thuộc vào sự hoạt hóa, bởi yếu tố G zymogen protease serine, của được nghiên cứu kỹ lưỡng nhất và Xét nghiệm kháng nguyên Serion ELISA (Serion) GmbH,

dòng thác đông máu có trong lysate lysate tế bào amip (LAL). Các xét nghiệm được phát Đức) [110,111]. Trong một số nghiên cứu với thiết kế và đối tượng khác nhau, giá trị

triển sử dụng các mẫu huyết thanh và dựa vào sự kích hoạt của dòng đông máu LAL mà lâm sàng của xét nghiệm phát hiện mannan cho thấy độ nhạy thay đổi (52%e85%) và độ đặc

cuối cùng tách ra một chất tạo màu, p-nitroanilide, từ một peptide tổng hợp trong beta- hiệu (86,8%e98%) [111e113]. Độ đặc hiệu và độ nhạy phát hiện kháng thể kháng mannan

glucan LAL, chuyển sang màu vàng. Tuy nhiên, người ta đã quan sát thấy rằng các mẫu dao động từ 57,7 đến 80,4% và độ đặc hiệu từ 60 đến 87% [112,113].

huyết thanh vốn có màu vàng có thể đánh giá quá cao việc định lượng, do đó, một biến

thể của xét nghiệm b- (1,3)-D-glucan sử dụng dẫn xuất diazo của p-nitroanilide mà khi

phân tách có màu tím [ 97]. Hiện có một số xét nghiệm b-(1,3)-D-glucan để chẩn đoán in

vitro nhiễm nấm xâm lấn trong các mẫu lâm sàng: Fungitell (Associates of Cape Cod, Các xét nghiệm huyết thanh học này có một số nhược điểm (Bảng 1), chẳng hạn như

East Fal-mouth, USA), Fungitec-G (Seikagaku Biobusiness, Nhật Bản), Thử nghiệm beta- độ đặc hiệu hạn chế do sự hiện diện của các loài Candida trong hệ vi khuẩn bình thường

Glucan (Waco Pure Chemical Industries, Nhật Bản) và Thử nghiệm b-Glucan BGSTAR (Maruha, của vật chủ, độ nhạy hạn chế của xét nghiệm kháng thể đối với các bệnh nhân bị suy

Nhật Bản), có các phương pháp đo và giá trị ngưỡng khác nhau. Các giá trị độ nhạy và giảm miễn dịch có nguy cơ cao và độ nhạy cũng khác nhau đối với các loài khác nhau

độ đặc hiệu tổng thể của các xét nghiệm này lần lượt nằm trong khoảng từ 58 đến 100% (thấp hơn đối với các loài khác nhau). C. krusei và C. parapsilosis).

và 57e100% [98e100]. Tuy nhiên, chỉ có Fungitell được FDA chấp thuận và nó được

6.2.3. Xét nghiệm kháng thể ống mầm Candida albicans (CAGTA)

Đối với các loài Candida, cũng có sẵn một loạt các xét nghiệm huyết thanh học, ví

dụ như CAGTA [35]. Nhiễm nấm candida xâm lấn CAGTA IFA IgG (Vircell Microbiologist SL,

Tây Ban Nha) là bộ kit miễn dịch huỳnh quang gián tiếp có bán trên thị trường để phát
hiện kháng thể

9
Machine Translated by Google
A. Mendonça, H. Santos, R. Franco-Duarte và cộng sự.
chống lại các kháng nguyên trên bề mặt thành tế bào của sợi nấm C.
albicans, trong huyết thanh hoặc huyết tương người. Thử nghiệm này sau đó
được điều chỉnh phù hợp với xét nghiệm phát quang hóa tự động, Xét nghiệm
nhiễm nấm candida xâm lấn (CAGTA) VirCLia® IgG Monotest (Vircell
Microbiologist SL, Tây Ban Nha), cho kết quả nhanh hơn [114]. Đối với bệnh
nấm candida xâm lấn, xét nghiệm CAGTA IFA IgG cho thấy các giá trị độ nhạy
nằm trong khoảng từ 51,7 đến 69,2% và các giá trị độ đặc hiệu từ 75 đến
80,3%, trong khi đối với VirCLia®, các giá trị này lần lượt là 76,9% và
75,8% [115,116]. Wei và cộng sự. đã thực hiện phân tích tổng hợp dữ liệu
từ 7 nghiên cứu khác nhau, sử dụng xét nghiệm CAGTA IFA IgG và kết quả cho
thấy độ nhạy gộp là 66% và độ đặc hiệu là 76%, kết luận rằng xét nghiệm
này có độ chính xác vừa phải để chẩn đoán bệnh nấm candida xâm lấn [117].
Xét nghiệm CAGTA mặc dù dễ xử lý, có hiệu suất nhanh với chi phí thấp,
nhưng xét nghiệm này là một trong số ít xét nghiệm dựa trên kháng thể có
độ nhạy và độ đặc hiệu thấp trong chẩn đoán nhiễm nấm candida xâm lấn,
điều này cuối cùng trở thành một nhược điểm rất lớn (Bảng 1).
6.2.4. Xét nghiệm Galactomannan (GM)
Đối với bệnh aspergillosis xâm lấn, GM là kháng nguyên thành tế bào
chính được phát hiện trong huyết thanh, trong dịch phế quản phế nang hoặc
dịch não tủy. Các giá trị độ nhạy và độ đặc hiệu tổng thể của xét nghiệm
GM dao động lần lượt từ 67 đến 100% và 86e100% [118e121]. Xét nghiệm
thương mại hiện có để phát hiện GM, xét nghiệm ELISA Platelia Aspergillus™
(Bio-Rad, USA), được sử dụng thường xuyên nhất trong bối cảnh lâm sàng để
chẩn đoán bệnh aspergillosis xâm lấn và được tối ưu hóa cho huyết thanh.
Xét nghiệm ELISA Platelia Aspergillus™ cho thấy các giá trị độ nhạy nằm
trong khoảng từ 44% đến 100% và độ đặc hiệu từ 78,6% đến 100% [122,123].
Xét nghiệm này có độ nhạy cao hơn đối với các loài Aspergillus không phải
fumigatus, điều này hóa ra lại là một nhược điểm vì A. fumigatus là mầm
bệnh phổ biến trong bệnh aspergillosis xâm lấn [35].
Mặc dù GM có mặt trong thành tế bào của Histoplasma spp. và Fusarium spp.,
xét nghiệm phát hiện kháng nguyên này được đề cập như một phương pháp đặc
hiệu cho Aspergillus [124e126]. Tuy nhiên, bộ dụng cụ này có thể là một
công cụ hữu ích để chẩn đoán các bệnh nhiễm trùng do Fusarium spp., vì
không có xét nghiệm kháng nguyên đối với loài gây bệnh này [125], cũng
như đối với bệnh histoplasmosis, vì Histoplasma spp. có thể mất tới 4 tuần
để phát triển trong môi trường nuôi cấy [50,124,126]. Xét nghiệm GM có thể
là một dấu ấn sinh học hữu ích để chẩn đoán bệnh aspergillosis xâm lấn.
Tuy nhiên, mặc dù là xét nghiệm được sử dụng thường xuyên nhất ở bệnh viện
đối với bệnh aspergillosis xâm lấn, xét nghiệm này có độ nhạy thấp để chẩn
đoán sớm và thiếu độ đặc hiệu (Bảng 1).
6.2.5. Thiết bị dòng bên
Thiết bị dòng bên phát hiện kháng thể, kháng nguyên hoặc chất chuyển
hóa trong huyết thanh, mẫu hô hấp hoặc thậm chí nước tiểu, được áp dụng
để chẩn đoán các bệnh nhiễm trùng có thể xảy ra. Do hiệu suất dễ dàng,
các thiết bị này có thể được áp dụng để thử nghiệm tại điểm chăm sóc
(POC), cho kết quả sau 15 phút [127]. Gần đây, một xét nghiệm POC để phát
hiện bệnh aspergillosis đã được phát triển, xét nghiệm LFA-IMMY™ (IMMY, Norman, khác hiện có, đặc biệt là CyptoPS vì nó có điểm mù trong việc phát hiện
Oklahoma).
Phương pháp này đặc hiệu với Aspergillus và phát hiện gal-actomannan
trong bất kỳ mẫu hô hấp nào, tuy nhiên, nó không phân biệt các loại
aspergillosis khác nhau mà chỉ khi có Aspergillus hiện diện trong các mẫu
hô hấp [128]. Độ chính xác của phương pháp này được so sánh với các phương
pháp thông thường, chẳng hạn như nuôi cấy và kính hiển vi, sử dụng 398
mẫu hô hấp. Người ta đã chứng minh rằng xét nghiệm LFA-IMMY™ đạt được độ
chính xác 92% trong việc xác định Aspergillus. Nói cách khác, xét nghiệm
LFA-IMMT™ mang lại 48 kết quả dương tính thật, 44 kết quả âm tính thật, 4
kết quả tái âm tính giả và 4 kết quả dương tính giả, cho thấy các giá
trị độ nhạy nằm trong khoảng từ 86 đến 96% và độ đặc hiệu. là 84% [128].
Một nghiên cứu khác đã đánh giá độ chính xác của LFA-IMMY™ trong 179 mẫu
huyết thanh và xét nghiệm thực hiện tốt hơn một chút, đạt độ nhạy 96,6%
và độ đặc hiệu 98% [128,129].
10
Nghiên cứu vi sinh 173 (2022) 103915
Các xét nghiệm dòng chảy bên có sẵn để phát hiện và chẩn đoán các bệnh
nhiễm nấm khác, ví dụ như bệnh histoplasmosis. MiraVista Di-agnostics gần
đây đã trình bày một phương pháp mới, nhanh chóng và không xâm lấn để chẩn
đoán bệnh histoplasmosis, đó là MVista LFA. Đây là xét nghiệm định tính
sử dụng kháng thể đa dòng để phát hiện kháng nguyên Histoplasma trong mẫu
nước tiểu trong vòng 30 phút và khi so sánh với các môi trường nuôi cấy
đã được chứng minh, độ nhạy và độ đặc hiệu lần lượt là 93,1% và 96,1%
[130,131] So sánh xét nghiệm MVista LFA với xét nghiệm miễn dịch enzyme
truyền thống trong chẩn đoán bệnh histoplasmosis sử dụng 352 trường hợp
(44 trường hợp nhiễm histoplasmosis đã được chứng minh, 22 trường hợp
nhiễm trùng có thể xảy ra và 286 trường hợp đối chứng) cho kết quả chẩn
đoán tổng thể phù hợp giữa hai phương pháp [130]. Độ chính xác chẩn đoán
bằng MVista LFA cao hơn ở những bệnh nhân đã mắc bệnh đã được chứng minh
(93,2%), khi so sánh với những bệnh nhân có khả năng mắc bệnh (78,6%).
Tuy nhiên, MVista LFA đã chứng minh khả năng phản ứng chéo 85%-30% với
các bệnh nhiễm nấm đặc hữu khác, chẳng hạn như blastomy-cosis,
paracoccidioidomycosis và coccidioidomycosis. Mặc dù phương pháp mới này
cung cấp cho các nước đang phát triển một cách dễ dàng và hiệu quả để chẩn
đoán bệnh histoplasmosis [130,131].
CrAg® LFA, do IMMY phát triển là một xét nghiệm mới, cũng dựa trên
phân tích dòng chảy bên nhằm phát hiện kháng nguyên Cryptococcus (CrAg)
trong việc hỗ trợ chẩn đoán nhiễm trùng cryptococcal. Xét nghiệm này cung
cấp kết quả nhanh hơn (10 phút), với giá trị độ nhạy và độ đặc hiệu cao
hơn lần lượt là 100% và 93% khi so sánh với xét nghiệm miễn dịch enzyme
Meridian [132]. Một nghiên cứu thử nghiệm 4627 mẫu từ 3969 bệnh nhân mắc
CrAg® LFA cho kết quả 55 trường hợp dương tính. Trong số này, 38 bệnh nhân
không có tiền sử bệnh cryptococcus trước đó, trong đó 20 bệnh nhân được
xác nhận nuôi cấy dương tính (chẩn đoán đã được chứng minh), 5 bệnh nhân
có ngưỡng giới hạn cao hơn giới hạn giá trị (chẩn đoán có thể) và 13 bệnh
nhân có giá trị ngưỡng trong giới hạn, khiến họ coi những bệnh nhân này
là dương tính giả (tỷ lệ 34% dương tính giả) [133]. Vì vậy, để tránh chẩn
đoán sai, kết quả từ bệnh nhân không có tiền sử bệnh cryptococcus cần
được phân tích cẩn thận. Có các loại LFA khác có bán trên thị trường để
hỗ trợ chẩn đoán nhiễm trùng cryptococcal, tuy nhiên chúng không được đánh
giá nhiều như CrAg® LFA. Shi và các đồng nghiệp [134] đã đánh giá tính
hiệu quả của các LFA có bán trên thị trường khác trong việc phát hiện
Cryptococcus spp., chẳng hạn như CryptoPS (Biosynex, Illkirch-Graffenstaden,
Pháp), kháng nguyên cryptococcal LFA (Công nghệ sinh học Dynamiker, Thiên
Tân, Trung Quốc) và poly-capsular cryptococcal. phát hiện saccharide K-set
(FungiXpert, Genobio Pharmaceutical, Thiên Tân, Trung Quốc) và kết quả
được so sánh với kết quả được trình bày bởi CrAg® LFA. Để làm điều này,
40 chủng cryptococcus đã được sử dụng, đại diện cho tất cả 7 loài được
công nhận, và các giống lai giữa các loài cũng đã được thử nghiệm. Kết
quả cho thấy CrAg® LFA và K-set phát hiện polysaccharide dạng nang
cryptococcal có thể phát hiện thành công tất cả 7 loài. Kháng nguyên
cryptococcal LFA không thể phát hiện được một chủng C. bacillisporus và 2
chủng C. tetragattii. CyptoPS không thể phát hiện một chủng C.
bacillisporus, một chủng C. deuterogattii và không phát hiện được chủng
C. tretagattii nào. Điều này có nghĩa là CrAg® LFA và bộ K phát hiện
polysaccharide dạng nang cryptococcal nên được sử dụng thay vì hai LFA
C. tretagattii. Ưu điểm chính của LFD là nó có thể được sử dụng trong POC,
có khả năng cung cấp kết quả sau 15 phút với chi phí thấp. Tuy nhiên, phần
lớn LFD có bán trên thị trường thiếu tính đặc hiệu vì có phản ứng chéo với
các loài nấm khác và một số kết quả cần được phân tích cẩn thận ở những
bệnh nhân không có dấu hiệu lâm sàng (Bảng 1).
7. Phương pháp phân tử axit nucleic
Một số nghiên cứu cho thấy việc xác định nhanh chóng tác nhân lây
nhiễm sẽ dẫn đến kế hoạch điều trị thích hợp, dẫn đến tỷ lệ tử vong thấp
hơn [31,82,135]. Từ năm 1990, hàng ngàn nghiên cứu đề cập đến việc chẩn
đoán nhiễm nấm thông qua phân tử
Machine Translated by Google

A. Mendonça, H. Santos, R. Franco-Duarte và cộng sự. Nghiên cứu vi sinh 173 (2022) 103915

các phương pháp đã được công bố. Tuy nhiên, việc sử dụng các kỹ thuật này
trong môi trường bệnh viện trong một số năm đã bị cản trở do thiếu tiêu
chuẩn hóa và công nhận [136]. Các phương pháp phân tử cũng đã phát triển
để hoàn toàn độc lập với sự phát triển của vi sinh vật trong nuôi cấy máu.

Phần lớn các phương pháp phân tử được sử dụng trong bối cảnh lâm sàng
lần đầu tiên được phát triển trong các phòng thí nghiệm nghiên cứu và được
gọi là “chỉ sử dụng cho nghiên cứu” (RUO) [136]. Để tiếp cận được các
phòng thí nghiệm công nghiệp sinh học và lâm sàng, những phương pháp đó
phải trải qua một quá trình xác minh và xác nhận nghiêm ngặt do một số tổ
chức kiểm soát [137e139]. Trong suốt quá trình xác minh, phương pháp mới
được xác định, mô tả và so sánh với phương pháp tiêu chuẩn vàng, xem xét
căn bệnh hoặc tình trạng mà phương pháp này hướng tới để chẩn đoán. Quá
trình này cho phép trung tâm nghiên cứu đánh giá những hạn chế, rủi ro sai
sót và khả năng gây ra những thay đổi trong cách giải thích kết quả xét
nghiệm hoặc quyết định điều trị. Quá trình xác nhận kết hợp kiểm soát chất
lượng phương pháp luận, được đánh giá trong thời gian nó có sẵn trên thị
trường, để đảm bảo rằng nó hoạt động theo cách dự định [137e139]. Có mối
quan tâm đặc biệt liên quan đến việc xác nhận và xác minh các phương pháp
phân tử đối với nhiễm nấm xâm lấn vì các kỹ thuật tiêu chuẩn vàng cho
thấy kết quả không nhất quán, liên quan đến tỷ lệ độ đặc hiệu và độ nhạy
thấp hơn. Vì vậy, so sánh phương pháp phân tử mới với tiêu chuẩn vàng, ví
dụ như nuôi cấy trong môi trường thích hợp, có thể dẫn đến kết luận rằng
phương pháp mới không phù hợp [35,136,137].

7.1. Phương pháp dựa trên PCR

Về mặt lâm sàng, các phương pháp dựa trên PCR thường liên quan đến
việc sử dụng trực tiếp các mẫu từ các vị trí vô trùng như máu toàn phần
và dịch não tủy, hoặc từ các vị trí không vô trùng như rửa phế quản phế
nang, để phát hiện DNA của nấm (Hình 2).
Các phương pháp dựa trên khuếch đại axit nucleic bao gồm các quá trình
enzym trong đó một hoặc nhiều enzym có thể tổng hợp các bản sao của trình
tự đích. Điều đó đạt được thông qua một cặp mồi liên kết đặc biệt với
trình tự đích, dẫn đến sự khuếch đại của trình tự đó. Hạn chế lớn nhất của
các phương pháp này là nhiễm bẩn, có thể dẫn đến khuếch đại các chuỗi
Hình 2. Khung phương pháp dựa trên PCR để chẩn đoán nhiễm nấm và PCR định lượng thời gian thực bằng cách sử dụng thuốc nhuộm xen kẽ có thể yêu cầu kết
không mong muốn [136]. PCR là phương pháp khuếch đại axit nucleic đầu tiên Một

quả tan chảy. b

được phát triển. Trong suốt nhiều năm, các biến thể mới và phức tạp hơn phân tích đường cong của bộ khuếch đại QPCR dựa trên đầu dò sử dụng các đầu dò có độ huỳnh quang cụ

của PCR thông thường đã được phát triển, đó là PCR lồng nhau, PCR phiên thể để phân biệt các bộ khuếch đại khác nhau, lý tưởng cho các tình huống ghép kênh. Từ viết

mã ngược và PCR thời gian thực. Về phát hiện mầm bệnh nấm, PCR thông
thường và PCR thời gian thực được sử dụng rộng rãi nhất, có độ nhạy cao,
xử lý dễ dàng và cho phép xác định mầm bệnh trong thời gian ngắn
[35,136,140].
Trong một vài năm, cộng đồng khoa học đã phải đối mặt với một số trở
ngại liên quan đến việc vận dụng các phương pháp PCR trong phòng thí
nghiệm vi sinh của bệnh viện. Ví dụ, gánh nặng nấm liên quan đến nhiễm
nấm xâm lấn được coi là rất gần với giới hạn phát hiện của các phương pháp
PCR, vì vậy việc trích xuất DNA là một bước quan trọng trong chẩn đoán
[35,136]. Nấm, đặc biệt là nấm mốc, có thành tế bào cứng, gây trở ngại cho
việc phân lập và phát hiện DNA của nấm. Một biến chứng khác là sự hiện
diện khắp nơi của nấm làm tăng nguy cơ ô nhiễm và cho kết quả dương tính
giả. Ngoài ra, DNA của con người và các thành phần khác trong các mẫu lâm
sàng có thể ức chế hoặc cản trở phản ứng PCR [35].
Bất chấp những thách thức phải đối mặt, những trở ngại cuối cùng đã
vượt qua.
tắt: PCR, Phản ứng chuỗi Polymerase; CÁ, lai huỳnh quang tại chỗ; RFLP, đa hình chiều dài đoạn
giới hạn.
của các sản phẩm PCR, ngăn cản sự phân biệt giữa sự xâm chiếm hội sinh và
nhiễm trùng đang hoạt động [35].
Phân tích khuếch đại sau PCR thông thường có thể được thực hiện thông
qua (i) giải trình tự - các sản phẩm khuếch đại được giải trình tự để xác
định nấm gây bệnh ở cấp độ loài hoặc chi [136,141]; (ii) CÁ - phương pháp
này được sử dụng để phân tích khuếch đại bằng cách thêm các đầu dò DNA
huỳnh quang cụ thể vào các sản phẩm PCR, được hiển thị bằng kính hiển vi
huỳnh quang [54]; (iii) đa hình thái chiều dài đoạn giới hạn (RFLP) - PCR-
RFLP cho phép phân biệt nhanh chóng các loài nấm, thông qua việc phân tích
các mẫu thu được và kích thước của sản phẩm PCR sau khi tiêu hóa sản phẩm
PCR bằng các enzyme giới hạn, chẳng hạn như MspI [34,142]; và (iv) điện
di mao quản - các đoạn PCR được phân tích theo kích thước của chúng. Các
sản phẩm có kích thước gần nhau có thể được phân biệt bằng cách dán các
nhãn huỳnh quang khác nhau vào một trong các lớp sơn lót [65].

Trong bối cảnh lâm sàng, việc sử dụng PCR thông thường để phát hiện và PCR định lượng thời gian thực (qPCR) cho phép theo dõi và định lượng
xác định các vi sinh vật gây bệnh có liên quan đến một bước bổ sung để DNA trong quá trình khuếch đại, nghĩa là dữ liệu được thu thập và hiển thị
phân tích sản phẩm PCR, làm tăng nguy cơ ô nhiễm bởi các yếu tố bên ngoài. khi phản ứng PCR tiến hành. Phương pháp này diễn ra hoàn toàn trong một
Một nhược điểm khác là thiếu định lượng hệ thống khép kín,

11
Machine Translated by Google
A. Mendonça, H. Santos, R. Franco-Duarte và cộng sự.
không chuyển mẫu, không bổ sung thuốc thử hoặc điện di [35,136,143]. Một
số phóng viên huỳnh quang được sử dụng để theo dõi các phản ứng qPCR, được
chia thành thuốc nhuộm xen kẽ và qPCR dựa trên đầu dò [136,144].
Thuốc nhuộm xen kẽ trở nên huỳnh quang khi có mặt DSDNA.
Lượng DNA có trong mẫu tỷ lệ thuận với huỳnh quang phát ra và quan sát
được trên màn hình. Tuy nhiên, thuốc nhuộm xen kẽ, như SYBR Green và
EvaGreen, liên kết với bất kỳ dsDNA nào, đây cũng là trường hợp của mồi-
dimer. Tuy nhiên, những thuốc nhuộm này có chi phí thấp và không cần phải
dùng đến thiết kế thăm dò [136,144e146]. Nhược điểm chính liên quan đến
thuốc nhuộm xen kẽ qPCR là cần thêm một bước để thực hiện phân tích khuếch
đại, đó là phân tích đường cong nóng chảy, cần thêm thời gian để thực
hiện. Phân tích đường cong nóng chảy (MCA) là một phương pháp có thể được
thực hiện tự động sau phản ứng qPCR, với các giá trị có độ nhạy cao, dựa
trên sự kết hợp của các bộ khuếch đại khác nhau với các nhiệt độ nóng
chảy khác nhau. Nhiệt độ nóng chảy chủ yếu được xác định bởi hàm lượng
guanine và cytosine, cũng như kích thước của bộ khuếch đại [136,147]. MCA
thường đi kèm với việc sử dụng thuốc nhuộm xen kẽ như SYBR Green, vì nó
liên kết với tất cả DSDNA có trong mẫu, tất cả các bộ khuếch đại sẽ được
phân tích thông qua MCA và vì lý do này, nó đòi hỏi phải phân tích cẩn
thận hơn [136,141,147].
Cách tiếp cận này không được chỉ định nhiều nhất cho chẩn đoán y tế và do
đó, hiện tại để theo dõi nghiêm ngặt quá trình khuếch đại trong thời gian
thực, qPCR dựa trên đầu dò được sử dụng thay thế.
Các kỹ thuật qPCR dựa trên đầu dò có tính đặc hiệu cao vì chúng kết
hợp các đặc tính của mồi và đầu dò, đồng thời do có sẵn các loại thuốc
nhuộm khác nhau nên chúng cũng có thể được sử dụng trong hệ thống ghép
kênh [144e146]. Hiện có một số loại đầu dò: (i) Đầu dò thủy phân (TaqMan)
có liên quan đến hiện tượng truyền năng lượng cộng hưởng huỳnh quang
(FRET) giữa chất phóng thích và chất khử chất có trong đầu dò. Chúng có
thể liên kết với trình tự mục tiêu và vì chất phóng xạ và chất khử chất ở
gần nên không phát ra huỳnh quang. Khi DNA polymerase bắt đầu tổng hợp
kích thước một chuỗi mới, đầu dò được tách ra và chất báo cáo và chất khử
chất được tách ra, và do đó huỳnh quang phát ra từ chất báo cáo được thiết
bị phát hiện [136,141]; (ii) Đèn hiệu phân tử (đầu dò harpin) cũng được
kết hợp với bộ thu tín hiệu và chất khử chất khử để theo dõi huỳnh quang
nhưng trái ngược với đầu dò thủy phân, chúng không bị phân hủy. Các đầu
dò này tạo thành các hệ thống kẹp tóc mà khi ở cấu trúc thứ cấp, chất báo
cáo và chất khử gần nhau và không phát ra huỳnh quang, nhưng do trình tự
của đầu dò bổ sung cho trình tự đích nên khi đầu dò biến tính và lai hóa
sẽ phát ra huỳnh quang [136,145]; (iii) Mồi Scorpion cũng được kết hợp với
chất chuyển lại và chất khử để theo dõi huỳnh quang. Các đầu dò này cũng
tạo thành một vòng, tuy nhiên vòng kẹp tóc được liên kết trực tiếp với đầu
50 của mồi. Sự mở rộng của mồi cho phép vòng kẹp tóc mở ra và liên kết
với trình tự bổ sung, bằng cách này huỳnh quang không còn bị dập tắt và
có thể đo được [136,145,148].
Kỹ thuật qPCR dựa trên đầu dò có thể được áp dụng trong các tình
huống ghép kênh, mặc dù chúng phụ thuộc vào khả năng của thiết bị để đọc
huỳnh quang ở các bước sóng khác nhau [136]. Trong trường hợp này, mỗi đầu
dò sẽ liên quan đến việc phát hiện một mục tiêu cụ thể, với huỳnh quang
cụ thể và thiết bị sẽ phải có khả năng phát hiện đồng thời các huỳnh quang
khác nhau [136,147].
Phương pháp PCR có thể được sử dụng để phát hiện tất cả các loại nấm
(Panfungal PCR) bằng cách sử dụng các đoạn mồi phổ quát cho các vùng được
bảo tồn cao được gửi trước trong tất cả các bộ gen của nấm, do đó có thể
phát hiện bất kỳ DNA nấm nào trong một mẫu, ngay cả những loài hiếm nhất.
Việc xác định cụ thể mầm bệnh nấm có thể đạt được bằng cách giải trình
tự, điều này làm tăng nguy cơ ô nhiễm hoặc bằng PCR cụ thể [141,149].
Thông thường, thủ tục y tế nghi ngờ nhiễm nấm toàn thân
12
Nghiên cứu vi sinh 173 (2022) 103915
nhiễm trùng, là thực hiện xét nghiệm PCR Candida hoặc Aspergillus cụ thể.
Tuy nhiên, trong trường hợp kết quả âm tính, chỉ có xét nghiệm panfungal
mới loại bỏ giả thuyết nhiễm nấm và sau đó hướng chẩn đoán sang nhiễm vi
khuẩn [136,149]. Trong một nghiên cứu được thực hiện bởi Camp và đồng
nghiệp [149], độ chính xác tổng thể của Xét nghiệm nấm (PCR panfungal thời
gian thực) được so sánh với nuôi cấy nấm. Trong nghiên cứu này, 265 mẫu
lâm sàng (máu, CSF, BAL và mô) đã được sử dụng và đã quan sát thấy sự đồng
thuận 55,1% giữa Xét nghiệm Nấm và nuôi cấy nấm (146 trên 265). Các mẫu
máu cho kết quả tốt nhất về sự phù hợp giữa Xét nghiệm nấm và nuôi cấy
nấm, 43 trên 59 (72,9%), trong khi các mẫu CSF, Mô và BAL cho thấy tỷ lệ
phù hợp thấp hơn, 60% (36 trên 60), 60% (30 trên 60). là 50) và 38,5% (37
trên 96), tương ứng. Xét nghiệm nấm có thể phát hiện 3 mẫu máu dương tính
thật, trong khi nuôi cấy nấm vẫn âm tính [149]. Nghiên cứu này chỉ ra rằng
Xét nghiệm Nấm có tiềm năng lớn trong chẩn đoán các trường hợp có bằng
chứng rõ ràng về nhiễm nấm, mang lại kết quả tốt hơn với các mẫu máu.
Do các phương pháp PCR thời gian thực định lượng là những phương pháp
được chấp nhận sử dụng lâm sàng, Bảng 2 tóm tắt các phương pháp có sẵn
trên thị trường, xem xét các đặc điểm quan trọng nhất của chúng (mục tiêu
PCR, loài và kháng thuốc được phát hiện, mẫu vật được sử dụng, thời gian
xét nghiệm, độ nhạy và độ đặc hiệu).
Các phương pháp dựa trên PCR được áp dụng trực tiếp vào các mẫu lâm
sàng có một số ưu điểm, giúp đưa ra chẩn đoán có thể xảy ra, chẳng hạn như
thời gian quay vòng ngắn và nhận dạng chính xác với các giá trị độ nhạy
và độ đặc hiệu cao, đặc biệt là trong các mẫu máu. qPCR cho phép định
lượng DNA khuếch đại, điều này có thể rất quan trọng trong phân tích mức
độ nghiêm trọng của nhiễm trùng. Các nền tảng mới có khả năng bao gồm tất
cả các bước trong phân tích này, từ chuẩn bị mẫu lâm sàng đến hiển thị kết
quả, bằng cách chỉ thêm mẫu, giúp giảm ô nhiễm do không cần thêm thông
tin đầu vào của kỹ thuật viên và mạch được đóng lại ( Bảng 1).
Quy định sắp tới về thiết bị y tế chẩn đoán trong ống nghiệm (EU IVDR
2017/746) sẽ thực hiện những thay đổi đáng kể và thay thế hoàn toàn Chỉ
thị 98/79/EC về thiết bị y tế chẩn đoán trong ống nghiệm (IVDD) vào ngày
26 tháng 5 năm 2022. Kể từ ngày đó trở đi , các thiết bị của nhà sản xuất
IVD ở Châu Âu phải tuân thủ các yêu cầu của IVDR để đạt được chứng nhận
“Conformite Europ eenne” (CE) [150].
EU IVDR nhằm mục đích quản lý CE-IVD (sẽ phải được chứng nhận bởi các cơ
quan được thông báo và trình bày dữ liệu hiệu suất sau khi đưa ra thị
trường) và bao gồm việc phân loại (tái) cả IVD hiện tại và IVD mới bằng
cách sử dụng hệ thống dựa trên rủi ro, nằm trong khoảng từ Loại A (rủi ro
thấp nhất) đến Loại D (rủi ro cao nhất). Ngoài ra, khả năng sản xuất và
triển khai IVD nội bộ (IH-IVD) của phòng thí nghiệm sẽ bị hạn chế hơn theo
IVDR của EU, quy định này sẽ chỉ cho phép sử dụng IH-IVD khi không có CE-
IVD tương đương. BioMed Alli-ance (đại diện cho 36 hiệp hội chuyên môn y
tế Châu Âu), phối hợp với Hiệp hội Huyết học Châu Âu và Liên đoàn Hóa
học Lâm sàng và Y học Phòng thí nghiệm Châu Âu, đã đưa ra một tuyên bố
chỉ ra một số lo ngại về việc triển khai IVDR mới của EU sắp tới [ 151].
Tuyên bố này trình bày chi tiết những lo ngại về tác động của quy định mới
của EU đối với sự sẵn có của các xét nghiệm chẩn đoán y tế thiết yếu trong
phòng thí nghiệm và nhấn mạnh vai trò quan trọng của IH-IVD trong việc bổ
sung cho IVD có dấu CE. Do đó, kêu gọi Ủy ban Châu Âu và các Quốc gia
Thành viên đảm bảo sự sẵn có của mọi xét nghiệm chẩn đoán y tế thiết yếu
trong phòng thí nghiệm và cung cấp hướng dẫn thích hợp cho các phòng thí
nghiệm làm việc hướng tới việc tuân thủ IVDR của EU [151].
Quy định này sẽ có tác động rất lớn đến chẩn đoán phân tử và vì hầu
hết các quyết định y tế đều dựa trên các xét nghiệm chẩn đoán, nó có thể
mang lại những hậu quả đáng kể cho hệ thống chăm sóc sức khỏe và chăm sóc
bệnh nhân của Châu Âu [150,151].
Machine Translated by Google

A. Mendonça, H. Santos, R. Franco-Duarte và cộng

ban 2

Danh sách các xét nghiệm dựa trên PCR thời gian thực có sẵn trên thị trường để phát hiện nấm.

Sản phẩm (Nhà sản xuất) Phương pháp khảo nghiệm Mục tiêu PCR Loài được phát hiện Phát hiện kháng cự Mẫu vật Thời gian khảo nghiệm Độ nhạy/Độ đặc hiệua Tài liệu tham khảo
đột biến

SeptiFast LightCycler Ghép kênh thời gian thực vùng ITS - Candida albicans e

WB 6e7 giờ 60e86%/ [180e183]

(Roche) PCR (đường cong tan chảy DNA) - Candida nhiệt đới 96.1e100%

Phân tích) - Bệnh parapsilosis do Candida

-Candida Krusei

- Candida glabrata
- Một loại nấm thuộc chi Aspergillus

Magicplex Nhiễm trùng thực sự Ghép kênh thời gian thực không xác định - Một loại nấm thuộc chi Aspergillus
e

WB 6 giờ 29%/95% [184,185]

Kiểm tra thời gian điện tử (Seegne) PCR - Candida albicans (kể cả ADN
- Candida glabrata khai thác)
-Candida Krusei

- Bệnh parapsilosis do Candida

- Candida nhiệt đới

Tiến hóa sinh học A. fumigatus PCR thời gian thực vùng ITS1 - Một loại nấm thuộc chi Aspergillus
e

BAL <80 phút 81%/100% [186,187]

(Tiến hóa sinh học) (không bao gồm ADN
khai thác)
MycAssay Aspergillus PCR thời gian thực với 18 S rDNA 18 loài Aspergillus
e

huyết thanh 4 giờ 80e100%/ [180,187e189]

(Myconostica) đèn hiệu phân tử bao gồm: BAL (sau mẫu 82,4e98,6%

bộ sưu tập)
- Một loại nấm thuộc chi Aspergillus

- Aspergillus flavus
- Aspergillus terreus
- Aspergillus niger
AsperGenius® Ghép kênh thời gian thực 28 S rRNA Aspergillus spp. bao gồm: Gen Cyp51 A: BAL <3 giờ 65,5e88,9%/ [180,187,190e193]
(PathoNostics) PCR - Axit TR34/L98H huyết thanh (sau mẫu 77,8e93,3%

- Một loại nấm thuộc chi Aspergillus thay thế axit Huyết tương bộ sưu tập)
13

- Aspergillus terreus - TR46/Y121F/T289A Sinh thiết

axit amin Dịch não tủy

sự thay thế

Fungiplex® Aspergillus và Ghép kênh thời gian thực không xác định - Một loại nấm thuộc chi Aspergillus Gen Cyp51: WB 2 giờ 60%/91,2% [194,195]
Fungiplex® Aspergillus PCR - Aspergillus flavus - Axit TR34/L98H huyết thanh (không bao gồm ADN
Azole-R (Bruker - Aspergillus niger thay thế axit Huyết tương khai thác)
Daltonics) - Aspergillus terreus - TR46/T289A và BAL
Axit amin Y121F
sự thay thế

Aspergillus spp. ELITe MGB® Định lượng thời gian thực 18 S rDNA Aspergillus spp. bao gồm:
e

BAL NA 90e100%/ [196,197]

Bộ sản phẩm (ELITechGroup) PCR ba 97e97,8%

- Aspergillus niger
- Aspergillus nidulans
- Aspergilus terreus
- Aspergillus flavus
- Aspergillus nhiều màu

Nghiên cứu vi sinh 173 (2022) 103915

- Aspergillus glaucus
MycoReal Aspergillus PCR thời gian thực (làm tan chảy vùng ITS2 - Một loại nấm thuộc chi Aspergillus
e

BAL NA NA [189,198,199]
(Ingenetix) đường cong - Aspergillus flavus Máu

Phân tích) - Aspergillus nidulans Dịch não tủy

- Aspergillus niger khăn giấy

- Aspergillus terreus
MycoGENIE® Aspergillus Thời gian thực gấp bốn lần 28 S rRNA Aspergillus spp. bao gồm: Đột biến TR34/L98H Huyết thanh NA 71e100%/ [195,200,201]
Loài và PCR BAL 84,6e100%

MycoGENIE® Aspergillus - Một loại nấm thuộc chi Aspergillus Sinh thiết

fumigatus và sức đề kháng

TR34/L98H (Ademtech)
AspID (OlmDiagnostics) Ghép kênh thời gian thực không xác định Aspergillus spp. bao gồm: e BAL 94,1%/76,5% [200e202]
PCR

(tiếp tục trên trang tiếp theo)

Machine Translated by Google

A. Mendonça, H. Santos, R. Franco-Duarte và cộng

Bảng 2 (tiếp theo)

Sản phẩm (Nhà sản xuất) Phương pháp khảo nghiệm Mục tiêu PCR Loài được phát hiện Phát hiện kháng cự Mẫu vật Thời gian khảo nghiệm Độ nhạy/Độ đặc hiệua Tài liệu tham khảo
đột biến

- Aspergillus terreus 90 phút

(không bao gồm ADN

khai thác)
CandID® và AurisID® Ghép kênh thời gian thực không xác định Thật thà: e

Thật thà: 45 phút Thật thà: [185,203]

(OlmChẩn đoán) PCR - Candida albicans Huyết tương (không bao gồm ADN NA
- Candida dubliniensis BAL tổng hợp khai thác) AurisID:

- Candida glabrata AurisID: 96,6%/100%

- Candida krusei Máu

- Bệnh parapsilosis do Candida

- Candida nhiệt đới

AurisID:
- Candida auris

FungiPlex® Ghép kênh thời gian thực không xác định - Candida albicans e

WB <2 giờ 98,4e100%/ [183,185]

Candida (Bruker Daltonics) PCR - Bệnh parapsilosis do Candida huyết thanh (không bao gồm ADN 94,1e99,8%
- Candida dubliniensis Huyết tương khai thác)
- Candida nhiệt đới
- Candida glabrata
- Candida krusei
PneumoGenius PCR thời gian thực ty thể - Pneumocystis jirovecii Đột biến DHPS: BAL <3 giờ 70%/82% [202,203]
(PathoNostics) ribosome lớn - codon 55 (sau mẫu
tiểu đơn vị (rLSU) và - codon 57 bộ sưu tập)
hai Đột biến điểm:

dihydropteroat - 165 (Thr55Ala)

tổng hợp (DHPS) - 171 (Pro57Ser)
đột biến gen
AmpliSens Pneumocystis PCR thời gian thực Ty thể lớn - Pneumocystis jirovecii
e

BAL 130 phút 100%/83% [204]

14

jirovecii (carinii)-FRT tiểu đơn vị ba (không bao gồm ADN

(Bộ khuếch đại) ribosome (rLSU) Sinh thiết khai thác)
gen ARN
Bác sĩ điều trị bệnh phổi jiorovecii PCR thời gian thực không xác định - Pneumocystis jirovecii
e

BAL 80 phút 72e95%/ [204,205]

Tiến hóa sinh học (Bio-Evolution) ba (không bao gồm ADN 82e100%

Sự tiến hóa) khai thác)

PneumID® Ghép kênh thời gian thực không xác định - Pneumocystis jirovecii
e

BAL 45 phút -/90% [206]

(OlmChẩn đoán) PCR ba (không bao gồm ADN
khai thác)
MucorGenius® PCR thời gian thực không xác định - Rhizopus spp.
e

BAL <3 giờ 75e90%/ [207e209]

(PathoNostics) - Mucor spp. Sinh thiết (sau mẫu 97,9%

- Lichtheimia spp. huyết thanh bộ sưu tập)

- Cunninghamella spp.
- Rhizomucor spp.

Chữ viết tắt: BA, hút phế quản; BAL, rửa phế quản phế nang; CSF, dịch não tủy; WB, máu toàn phần; NA, không có sẵn.
Một

Độ nhạy và độ đặc hiệu khác nhau tùy theo mẫu bệnh phẩm, cũng như bối cảnh lâm sàng của bệnh nhân.

Nghiên cứu vi sinh 173 (2022) 103915

Machine Translated by Google

A. Mendonça, H. Santos, R. Franco-Duarte và cộng sự. Nghiên cứu vi sinh 173 (2022) 103915

8. Kết hợp các phương pháp mới nhân tố. Các kết quả thu được thông qua phương pháp này cho thấy một số lợi thế khi

so sánh với các phương pháp nuôi cấy truyền thống.

Gần đây, sự kết hợp các khía cạnh sáng tạo và tích cực nhất của các phương pháp Phương pháp tế bào học pha rắn có giới hạn phát hiện thấp (4 tế bào trên m3 ) và cung

khác nhau đã xuất hiện để đảm bảo chẩn đoán nhanh chóng và hiệu quả [82,143]. Những cấp kết quả trong vòng 24 giờ [155].

tiến bộ khoa học, được cảm nhận rõ ràng trong những thập kỷ gần đây, là động lực Hiệu quả của phương pháp tế bào học pha rắn được phân tích trong 16 mẫu lâm sàng,

chính đằng sau sự xuất hiện của các phương pháp kết hợp này, tập hợp một số lợi thế với mục tiêu xác định các tế bào Candida có trong máu toàn phần của bệnh nhân được

trong một phương pháp duy nhất. Một số ví dụ là nền tảng Sepsis Flow Chip (PCR thời chẩn đoán hoặc nghi ngờ mắc bệnh thiếu máu [154]. Mặc dù số lượng mẫu lâm sàng được

gian thực kết hợp với lai dot blot ngược) và ePlex® (PCR kết hợp kiểm tra điện hóa), sử dụng trong nghiên cứu này thấp, nhưng một số ưu điểm của phương pháp này khi so

đã được mô tả trước đây trong tổng quan này. sánh với cấy máu là phương pháp tế bào học ở pha rắn có thể cho kết quả nhanh hơn (4

giờ) và cũng định lượng chính xác các tế bào Candida, vì tất cả các bệnh nhân được

chẩn đoán mắc bệnh thiếu máu trước đó đều cho kết quả dương tính. Phương pháp này

Tuy nhiên, các phương pháp mới để chẩn đoán các loài nấm tiếp tục xuất hiện, một số cũng có thể xác định các bệnh nhiễm trùng hỗn hợp, xuất hiện ở 5 trong số 16 mẫu lâm

phát triển từ những khía cạnh tích cực của các phương pháp trước đó và một số khác có sàng được sử dụng, điều này cho thấy rằng đây là một hiện tượng phổ biến hơn so với

đặc điểm hoàn toàn đổi mới. hiện tượng chẩn đoán thông qua cấy máu [154].

8.1. Bảng Candida và bảng nấm sợi

Bảng Candida và bảng nấm sợi là một kỹ thuật gần đây được đề xuất bởi Carvalho- 8.3. Hồng ngoại biến đổi Fourier (FTIR)

Pereira et al. [152] dựa trên phương pháp PCR ghép kênh kết hợp với điện di mao quản

để phân tách các sản phẩm PCR và xác định kích thước sản phẩm bằng Gen-eScan. Bảng Phương pháp hồng ngoại biến đổi Fourier (FTIR) dựa trên các nguyên tắc quang phổ.

Candida sử dụng các đoạn mồi cụ thể để xác định 5 loài phổ biến nhất liên quan đến Chức năng của phương pháp này dựa trên việc truyền bức xạ hồng ngoại qua mẫu, tại

nhiễm trùng do Candida (C. albicans, C. glabrata, C. tropicalis, C. parapsilosis và đó một số bức xạ sẽ bị hấp thụ. Máy dò của thiết bị tạo ra quang phổ đại diện cho dấu

C. krusei), và Bảng điều khiển nấm Fila-mentous sử dụng các đoạn mồi cụ thể xác định vân tay phân tử của mẫu được phân tích. Về mặt lâm sàng, các vi sinh vật khác nhau sẽ

các loài phổ biến nhất trong các bệnh nhiễm trùng do Aspergillus spp. tạo ra các dấu vân tay khác nhau và có thể phân biệt chúng thông qua phân tích quang

phổ được tạo ra [156].

(A. fumigatus, Aspergillus flavus, Aspergillus terreus và Aspergillus niger) và R.

arrhizus. Chẩn đoán được thực hiện thông qua hình ảnh trực quan của bảng, dựa trên

phân tích các đỉnh có sự kết hợp của các trọng lượng phân tử và huỳnh quang khác Potocki và đồng nghiệp [157] đã sử dụng phương pháp FTIR với mục tiêu chính là

nhau. Đặc điểm đổi mới của công việc được phát triển là việc sử dụng các đoạn mồi cụ phân biệt các loài Candida không phải albicans với các loài C. albicans, vì các loài

thể mang lại độ dài khuếch đại cụ thể và khác nhau cho từng loài kết hợp với các chất không phải albicans hầu hết có liên quan đến khả năng kháng các chất chống nấm được

huỳnh quang khác nhau. Các bảng được thiết kế cho phép diễn giải kết quả một cách sử dụng. FTIR đã được sử dụng trên 25 chủng phân lập lâm sàng của Candida spp. và sự

thực tế và trực tiếp bằng cách trực quan hóa/nhận dạng các bộ khuếch đại cụ thể trong khác biệt của từng chủng phân lập là có thể do sự đa dạng của quang phổ do mỗi loài

bảng. Phân tích cũng cho phép xác định bất kỳ đỉnh nào không ở đúng vị trí/phát quang tạo ra. Phương pháp này cũng tỏ ra đầy hứa hẹn trong việc tìm kiếm các gen kháng nấm,

so với bảng, hỗ trợ giải thích các kết quả dương tính giả. Mặc dù chưa có trên thị vì các loài kháng thuốc sẽ tạo ra quang phổ khác với các loài không kháng thuốc [157].

trường nhưng phương pháp này cho thấy độ nhạy 89% và độ đặc hiệu 100% khi sử dụng máu

toàn phần hoặc huyết thanh [152].

Theo Erukhimovitch [158], sự khác biệt giữa nhiễm trùng do vi khuẩn và nấm vẫn còn

là một vấn đề, đặc biệt là do những điểm tương đồng về triệu chứng. Do đó, phương

pháp FTIR được coi là một công cụ sàng lọc tuyệt vời trong những tình huống này vì

vi khuẩn và nấm tạo ra quang phổ hoàn toàn khác nhau. Nghiên cứu này đã sử dụng các

chủng nấm và vi khuẩn để đánh giá khả năng ứng dụng FTIR trong việc loại bỏ các mầm

8.2. Tế bào học pha rắn bệnh này và kết quả cho thấy có thể phân biệt được chỉ trong 1 giờ, đây hóa ra lại

là một lợi thế rất lớn [158].

Phương pháp tế bào học pha rắn xuất hiện từ việc sử dụng kết hợp hai phương pháp

hiện có, kính hiển vi huỳnh quang và phương pháp tế bào học dòng chảy. Phương pháp

cải tiến này cho phép phát hiện và định lượng các vi sinh vật khác nhau, chẳng hạn

như nấm và vi khuẩn [153]. Phương pháp này mang lại kết quả nhanh chóng, theo cách 8.4. Tán xạ Raman tăng cường bề mặt (SERS)

hoàn toàn tự động, trực tiếp thông qua các mẫu lâm sàng. Tuy nhiên, phương pháp tế

bào học pha rắn vẫn phải đối mặt với một số trở ngại trong các phòng thí nghiệm vi Tán xạ Raman tăng cường bề mặt (SERS) là sự kết hợp giữa quang phổ Raman và việc

sinh lâm sàng, đặc biệt là liên quan đến việc xác nhận và xác minh phương pháp [153]. sử dụng các hạt nano, trước đây được sử dụng để phát hiện một số sinh vật gây bệnh,

bao gồm cả nấm. Kỹ thuật này cung cấp phân tích định tính và định lượng, cho phép

theo dõi các phân tử sinh học có liên quan đến lâm sàng và thiết lập các cấu hình

Cho đến khi có kết quả cuối cùng về việc xác định vi sinh vật, mẫu sẽ trải qua phân tử có thể quan trọng để xác định mức độ nghiêm trọng của nhiễm nấm [159]. Hơn

một loạt các bước [154]. Mẫu đầu tiên được lọc trên màng và sau đó các tế bào được nữa, một nghiên cứu gần đây được thực hiện bởi Hu et al. [160] nhằm mục đích phát

giữ lại sẽ được dán nhãn huỳnh quang. Các tế bào huỳnh quang được phân tích bằng máy hiện và xác định trực tiếp các loài Candida trong huyết thanh, bằng cách kết hợp các

đo tế bào pha rắn, trong đó tín hiệu nền được phân biệt với các tín hiệu cụ thể đề hạt nano, phổ SERS và phân tích thống kê đa biến OPLS-DA. Trong thí nghiệm này, hạt

cập đến các tế bào đích. Cuối cùng, mẫu được phân tích bằng kính hiển vi huỳnh quang nano từ tính Fe3O4@- PEI cho thấy hiệu quả bắt giữ tế bào Candida trong huyết thanh

để xác nhận và kiểm tra các tế bào đích [153,154]. cao do lực hút tĩnh điện, tạo ra phức hợp Fe3O4@PEICandida. Sau đó, các hạt nano bạc

tích điện dương (AgNPsþ) được sử dụng làm chất nền cho SERS, để tăng cường cường độ

tín hiệu. Phương pháp này được mô tả là nhanh chóng,

Trong một nghiên cứu được thực hiện bởi Lies et al. [155], phương pháp đo tế

bào pha rắn đã được sử dụng để xác định A. fumigatus trong các mẫu không khí,

vì việc kiểm soát bào tử trong không khí là một xét nghiệm dịch tễ học quan trọng.

15
Machine Translated by Google

A. Mendonça, H. Santos, R. Franco-Duarte và cộng sự. Nghiên cứu vi sinh 173 (2022) 103915

giá cả phải chăng và không phá hủy, vì không yêu cầu nuôi cấy thuần khiết, ly giải mẫu cấy máu cũng có thể nhận được kết quả trong vòng một giờ và không cần thực hiện

thành tế bào hoặc tách chiết DNA. Phương pháp này cho độ chính xác trung bình là 99,8% các bước trước đó như tách chiết DNA [167].

và hiệu suất thu giữ Fe3O4@PEI trong các mẫu huyết thanh lần lượt là 95,9%, 98,0% và

79,6% đối với C. albicans, C. tropicalis và C. krusei [160] .

8,8. Xét nghiệm hợp chất hữu cơ dễ bay hơi (VOC)

8,5. Công nghệ nano

Xét nghiệm hợp chất hữu cơ dễ bay hơi là một loại phương pháp mới để chẩn đoán

bệnh aspergillosis xâm lấn, với tỷ lệ nhạy trên 90%. Trong xét nghiệm này, một số chất
Công nghệ nano ngày càng đóng góp vào sự phát triển và tiến hóa của các lĩnh vực
chuyển hóa đặc trưng của A. fumigatus được phát hiện từ không khí thở ra của bệnh nhân
liên quan đến sức khỏe. Ví dụ, ứng dụng của hạt nano vàng đã được nghiên cứu chuyên
[35,168].
sâu, được áp dụng trong vắc-xin như tác nhân phòng ngừa, được sử dụng làm hệ thống
Đặc điểm đổi mới của xét nghiệm này là nó sử dụng hệ thống khứu giác nhân tạo để phân
phân phối thuốc trong bệnh ung thư hoặc các liệu pháp điều trị bệnh khác, cũng như
biệt một số VOC do mầm bệnh tạo ra, được gọi là “dấu hơi thở” [168e170]. Phần lớn VOC
trong các phương pháp chẩn đoán [161]. Sojinrin và đồng nghiệp [162] đã phát triển một
do A. fumigatus tạo ra được xác định bằng xét nghiệm này là 3-octanone, 2-pentylfuran,
quy trình để phát hiện sự hiện diện của nấm hình thành bào tử dựa trên các hạt nano
rượu isoamyl, ethanol và các loại khác [171,172]. Tuy nhiên, việc phát hiện các chất
vàng. Về cơ bản, khi các hạt nano vàng tiếp xúc với A. niger chẳng hạn, chúng sẽ chịu
chuyển hóa này thường liên quan đến bệnh aspergillosis ở phổi [170].
đựng những thay đổi về cấu trúc và hình thái, từ hình cầu sang hình ngôi sao và đổi

màu từ đỏ sang xanh. Kỹ thuật này cho thấy độ nhạy 80% và độ đặc hiệu 95% trong chẩn

đoán bàn chân của vận động viên. Đây là phương pháp nhanh chóng, đơn giản và chi phí

thấp nhưng không cho phép xác định cụ thể mầm bệnh [162].
9. Kết luận và nhận xét cuối cùng

Cộng đồng khoa học đã đóng một vai trò rất quan trọng trong việc cải tiến các

phương pháp chẩn đoán nhằm đạt được sự phát hiện và xác định chính xác các mầm bệnh

nấm có liên quan đến lâm sàng.

8.6. Cộng hưởng từ hạt nhân (NMR)
Sự phát triển này chủ yếu là do những tiến bộ công nghệ trong hai thập kỷ qua, nhưng

cũng nhờ vào kiến thức sâu rộng hơn về di truyền phân tử. Một yếu tố cơ bản khác là
Từ năm 2001, NMR đã rất hữu ích trong lĩnh vực vi sinh để xác định và phát hiện
sự tương tác ngày càng tăng giữa con người và động vật hoang dã, làm tăng sự xuất hiện
loài, thông qua việc sử dụng các hạt nano, sau đó phân tích bằng cộng hưởng từ [82].
của các loài gây bệnh mới.
Trong trường hợp này, việc phát hiện sinh vật mục tiêu được thực hiện bằng các hạt có

trình tự bổ sung với DNA của sinh vật đó, cho phép liên kết. Sự liên kết này cho phép
Phương pháp PCR thời gian thực ngày càng có giá trị hơn trong chẩn đoán nhiễm nấm.
tập hợp các hạt, có thể được quan sát thông qua cộng hưởng từ. Các phương pháp NMR có
Sở thích này chủ yếu là do phương pháp xử lý dễ dàng và cũng do phản ứng xảy ra trong
thể được sử dụng một mình hoặc theo phương pháp PCR thông thường để phân tích sản phẩm
một hệ thống khép kín, khiến cho việc ô nhiễm bên ngoài trở nên khó khăn hơn. Vì những
[34,35]. T2Candida® là phương pháp đầu tiên được FDA (Cục Quản lý Thực phẩm và Dược
lý do đó, phương pháp PCR thời gian thực vẫn được sử dụng rộng rãi nhất trong môi
phẩm) xác minh và xác nhận để chẩn đoán bệnh nấm candida xâm lấn. Đây là một nền tảng
trường bệnh viện để chẩn đoán nhiều bệnh truyền nhiễm.
tự động dựa trên NMR, cho phép xác định 5 chủng Candida spp. (C. albicans, C. glabrata,

C. tropicalis, C. parapsilosis và C. krusei) trực tiếp từ các mẫu lâm sàng của máu

toàn phần hoặc huyết thanh, trong vòng 3e5h[82,143].

Liên quan đến việc xác định mầm bệnh nấm, điều quan trọng nhất là phải đạt được

các nhận dạng cụ thể để thiết lập kế hoạch điều trị đầy đủ, tăng cơ hội sống sót cho

bệnh nhân. Trong điều trị nhiễm nấm toàn thân, việc xác định ở cấp độ loài là cần

thiết, bởi vì các loài nấm khác nhau có tính nhạy cảm với kháng nấm khác nhau. Vì
Đầu tiên, mẫu lâm sàng được đưa vào nền tảng, tạo ra quá trình trích xuất DNA tự động,
vậy, nên sử dụng một loại thuốc chống nấm cụ thể, với nồng độ cụ thể. Ví dụ, C. auris
sau đó được phân tích bằng cộng hưởng từ, phát hiện Candida spp gây bệnh [163e165].
có khả năng kháng lại phần lớn các loại thuốc chống nấm, C. glabrata dễ dàng kháng
Trong nghiên cứu thử nghiệm lâm sàng, T2Candida® đã chứng minh độ nhạy 91,1% và độ đặc
lại fluconazole và C. krusei có khả năng kháng nội tại với azole.
hiệu 99,4%, đây là một thành tựu lớn về chẩn đoán phân tử [165].

Sự phát triển của các phương pháp phân tử tự động và phức tạp hơn mang lại kết
8.7. Cảm biến sinh học
quả nhanh hơn thể hiện sự cải thiện to lớn trong việc quản lý lâm sàng các bệnh nhiễm

nấm.
Lĩnh vực nghiên cứu khác đang được phát triển liên tục bao gồm việc sử dụng cảm
Tuy nhiên, còn một chặng đường dài phía trước để đạt được tiêu chuẩn hóa toàn cầu về
biến sinh học. Chúng được thiết kế như những thiết bị di động có thể chuyển đổi thông
các phương pháp như vậy.
tin sinh học và sinh hóa thành tín hiệu phân tích đầu ra [166]. Cảm biến sinh học nấm

được sản xuất để chẩn đoán tại phòng khám phải đáp ứng một số yêu cầu, chẳng hạn như
Kinh phí
lựa chọn cẩn thận dấu ấn sinh học cụ thể của mầm bệnh mục tiêu, phải phù hợp với hệ

thống nhận dạng sinh học và có các đặc điểm có thể đo lường được liên quan đến điều
Công việc này được hỗ trợ bởi UID/BIA/04050/2013 (POCI-01-
kiện bình thường hoặc bị nhiễm trùng [166]. Pla và cộng sự. [167] đã mô tả một cảm
biến nano cải tiến để phát hiện C. auris dựa trên các chất hỗ trợ alumina anodic nano 0145-FEDER-007569) và các chương trình chiến lược UID/BIA/04050/2019, được tài trợ bởi

xốp (NAA) tương thích sinh học, với các lỗ chứa fluorophores và oligonucleotide được quỹ quốc gia thông qua FCT-Fundaç~ ao para a
^

Ciencia e Tecnologia và bởi Quỹ Phát triển Khu vực Châu Âu ERDF thông qua
gắn vào. Các oligonucleotide được chọn lọc đặc biệt để tạo ra cảm biến hoàn toàn đặc
COMPETE2020ePrograma Operacional
hiệu cho C. auris.
Cạnh tranh quốc tế~ ao (POCI) và Sistema de Apoio a Investigaç
~
ao Científica e Tecnologica (SAICT).

Khi mầm bệnh này hiện diện trong một mẫu, oligonucleotide sẽ lai độc quyền với DNA bộ

gen của nó, do đó mở lỗ chân lông và giải phóng fluorophore bị mắc kẹt. Hệ thống này Tuyên bố về lợi ích cạnh tranh

có độ nhạy cao (85%) và độ chọn lọc (100%) để phát hiện C. auris từ

Tất cả các tác giả báo cáo không có xung đột lợi ích liên quan đến bài viết này.

16
Machine Translated by Google

A. Mendonça, H. Santos, R. Franco-Duarte và cộng sự. Nghiên cứu vi sinh 173 (2022) 103915

Người giới thiệu [28] Ascioglu S, Rex JH, De Pauw B, Bennett JE, Bille J, Crokaert F, và những người khác. Xác
định nhiễm nấm xâm lấn cơ hội ở bệnh nhân suy giảm miễn dịch bị ung thư và ghép tế bào
gốc tạo máu: sự đồng thuận quốc tế. Lâm sàng lây nhiễm Dis 2002;34. https://doi.org/
[1] Echavarria M, Robinson CRTA. Phân loại và phân loại nấm. Trong: Cẩm nang vi sinh lâm
10.1086/323335.
sàng. tái bản lần thứ 11. Washington DC: Nhà xuất bản ASM; 2015. tr. 1935e43.
[29] De Pauw B, Walsh TJ, Donnelly JP, Stevens DA, Edwards JE, Calandra T, và những người khác.
Các định nghĩa sửa đổi về bệnh nấm xâm lấn từ tổ chức hợp tác nghiên cứu và điều trị
[2] Xu J. Khái niệm loài nấm trong kỷ nguyên gen. Bộ gen 2020;63. https:// doi.org/10.1139/
ung thư/nhiễm nấm xâm lấn của Châu Âu và nhóm nghiên cứu mycoses của Viện dị ứng và
gen-2020-0022.
các bệnh truyền nhiễm quốc gia (EORTC/MSG) C. Clin Infect Dis 2008; 46. https://doi.org/
[3] Stajich JE, Kahmann R, Boone C, Denning DW, Gow NAR, Klein BS, và những người khác.
10.1086/588660 .
Những mối đe dọa từ vương quốc nấm đối với con người. Động vật hoang dã và Nông nghiệp
2020;11:1e17.
[30] Peter Donnelly J, Chen SC, Kauffman CA, Steinbach WJ, Baddley JW, Verweij PE, và những
[4] Konopka JB, Casadevall A, Taylor JW, Heitman J, Cowen L. Một sức khỏe: nấm gây bệnh ở
người khác. Sửa đổi và cập nhật các định nghĩa đồng thuận về bệnh nấm xâm lấn từ tổ
người, động vật và thực vật. Colloq. Trả lời.; 2019. tr. 1e3.
chức nghiên cứu và điều trị ung thư châu Âu và hiệp hội nghiên cứu và giáo dục nhóm
[5] Truy cập trực tuyến: ngày 17 tháng 11. Nấm lâm sàng. Nấm lâm sàng Atlas. www. lâm
nghiên cứu mycoses. Clin Infect Dis 2020;71. https://doi.org/10.1093/cid/ciz1008.
sàng.org; 2021.
[6] Borman AM, Johnson EM. Thay đổi tên các loại nấm có tầm quan trọng y tế, 2018 đến 2019. J Clin Microbiol
[31] Arnold HM, Micek ST, Shorr AF, Zilberberg MD, Labelle AJ, Kothari S, và những người khác.
2021:59. https://doi.org/10.1128/JCM.01811- 20.
Sử dụng nguồn lực của bệnh viện và chi phí điều trị bệnh candida không phù hợp. Dược
lý 2010;30. https://doi.org/10.1592/phco.30.4.361.
[7] Hawksworth DL, Lücking R. Xem xét lại sự đa dạng của nấm: 2,2 đến 3,8 triệu loài. Quang
[32] Zhang H, Zhu A. Nhiễm nấm xâm lấn mới nổi: đặc điểm lâm sàng và những tranh cãi trong quá
phổ vi sinh vật 2017;15. https://doi.org/10.1128/micro-biolspec.FUNK-0052-2016.Correspondence .
trình chẩn đoán và điều trị. Lây nhiễm kháng thuốc 2020;13. https://doi.org/10.2147/
IDR.S237815.
€

[8] Kohler JR, Casadevall A, Perfect J. Phổ các loại nấm lây nhiễm cho người.
[33] Webb BJ, Ferraro JP, Rea S, Kaufusi S, Goodman BE, Spalding J. Dịch tễ học và các đặc
Cold Spring Harb Perspect Med 2015;5. https://doi.org/10.1101/ cshperspect.a019273.
điểm lâm sàng của nhiễm nấm xâm lấn trong mạng lưới chăm sóc sức khỏe của Hoa Kỳ.
Diễn đàn mở Infect Dis 2018;5. https://doi.org/10.1093/ofid/ofy187.
[9] Nucci M, Marr KA. Bệnh nấm mới nổi. Clin Infect Dis 2005;41. https://
[34] Franco-Duarte R, Cern akov a L, Kadam S, Kaushik KS, Salehi B, Bevilacqua A, et al. Những
doi.org/10.1086/432060.
tiến bộ trong phương pháp hóa học và sinh học để xác định vi sinh vật từ xưa đến nay.
[10] Bongomin F, Gago S, Oladele RO, Denning DW. Tỷ lệ mắc bệnh nấm toàn cầu và đa quốc gia
Vi sinh vật 2019;7. https://doi.org/ 10.3390/microorganisms7050130.
ước tính độ chính xác. J Nấm 2017;3. https:// doi.org/10.3390/jof3040057.

[35] Arvanitis M, Anagnostou T, Fuchs BB, Caliendo AM, Mylonakis E. Các phương pháp chẩn đoán
[11] Janbon G, Quintin J, Lanternier F, d'Enfert C. Nghiên cứu mầm bệnh nấm ở người và nhiễm
phân tử và phi phân tử đối với nhiễm nấm xâm lấn. Lâm sàng vi sinh Rev 2014;27. https://
nấm: sự đa dạng của nấm và sự đa dạng của các phương pháp tiếp cận.
doi.org/10.1128/CMR.00091-13.
Gen miễn dịch 2019;20:403e14. https://doi.org/10.1038/s41435-019-0071- 2.
[36] Badiee P, Alborzi A, Karimi M, Pourabbas B, Haddadi P, Mardaneh J, và cộng sự.
Tiềm năng chẩn đoán của PCR lồng nhau, galactomannan EIA và beta-D-glucan đối với bệnh
[12] Damasceno-Escoura AH, Mora DJ, Cardeal AC, Berto-Nascimento JC, Etchebehere RM, de Meneses
aspergillosis xâm lấn ở bệnh nhi. J Infect Dev Ctries 2012;6. https://doi.org/10.3855/
ACO, et al. Bệnh Histoplasmosis ở bệnh nhân nhiễm HIV: dữ liệu dịch tễ học, lâm sàng và
jidc.2110.
giải phẫu tử thi từ một bệnh viện giảng dạy ở Brazil. Bệnh lý nấm 2020;185:339e46.
[37] Colombo AL, de Almeida Júnior JN, Slavin MA, Chen SCA, Sorrell TC. Candida và bệnh nấm
https://doi.org/ 10.1007/s11046-020-00435-y.
mốc xâm lấn ở bệnh nhân bị bệnh nặng không giảm bạch cầu trung tính và bệnh nhân ung thư
huyết học. Lancet Lây Nhiễm Dis 2017;17. https:// doi.org/10.1016/S1473-3099(17)30304-3.
[13] Sharma S Grover, Bhargava M, S Samdani S, Kataria T. Bệnh nấm mucormycosis sau virus
corona: một sự bổ sung chết người cho phổ đại dịch.
€

[38] Ericson EL, Klingspor L, Ullberg M, Ozenci V. So sánh lâm sàng các lọ cấy máu Bactec
J Laryngol Otol 2021:135.
Mycosis IC/F, BacT/Alert FA và BacT/Alert FN để phát hiện bệnh thiếu máu. Chẩn đoán vi
[14] Gokulshankar S, Bk M. Covid-19 và nấm đen. Khoa học chữa lành J Med Châu Á 2021:
4. sinh vật lây nhiễm Dis 2012;73. https://doi.org/10.1016/j.diagmicrobio.2012.02.020 .

[15] Arora V. Mucormycosis và nấm đen. J Cardiol Cardiovasc Res 2021:25. https://doi.org/
[39] Park BRG, Kim TH, Kim HR, Lee MK. Phân tích so sánh bệnh thiếu máu mô phỏng bằng cách sử
10.37191/mapsci-jccr-2(2)-028.
dụng hai hệ thống nuôi cấy máu khác nhau và xác định nhanh chóng Candida albicans.
[16] Truy cập trực tuyến: 29 tháng 9. Bệnh nấm nhầy liên quan đến COVID-19: mối đe dọa gấp ba
Phòng thí nghiệm khoa học Ann Clin 2011;41.
của đại dịch. https://asm.org/Articles/2021/July/Covid-19- Associated-Mucormycosis-Triple-
[40] Fisher JF. Nhiễm trùng đường tiết niệu Candida - dịch tễ học, sinh bệnh học, chẩn đoán
Threat-of.
và điều trị: tóm tắt. Lâm sàng lây nhiễm Dis 2011;52. https://doi.org/10.1093/cid/cir108.
[17] Truy cập trực tuyến: 29 tháng 9. Phiên họp chung - mầm bệnh mới nổi. https://www.worldmicrobeforum.org/

index.php/program/joint-general-session .
[41] Gajd acs M, Doczi I, Abr ok M, L az ar A, Burian K. Dịch tễ học về nhiễm nấm candida và
nhiễm trùng đường tiết niệu Candida ở bệnh nhân nội trú và ngoại trú: kết quả từ một
[18] Truy cập trực tuyến: 29 tháng 9. Nấm đen Mucormycosis. https:// Governmentstats.com/
cuộc khảo sát hồi cứu 10 năm. Cent Eur J Urol 2019;72. https://doi.org/ 10.5173/
mucormycosis/index.html.
ceju.2019.1909.
[19] Ahmadikia K, Hashemi SJ, Khodavaisy S, Getso MI, Alijani N, Badali H, và những người khác.
[42] Toner L, Papa N, Aliyu SH, Dev H, Lawrentschuk N, Al-Hayek S. Sự phát triển của Candida trong môi
Con dao hai lưỡi của liệu pháp corticosteroid toàn thân trong bệnh viêm phổi do virus:
trường nuôi cấy nước tiểu: một phân tích hiện đại về các loài và hồ sơ nhạy cảm với thuốc chống
một báo cáo trường hợp và đánh giá so sánh giữa bệnh nấm nhầy liên quan đến cúm và bệnh
nấm. Qjm 2016;109. https://doi.org/10.1093/qjmed/ hcv202.
nấm nhầy liên quan đến COVID-19. Mycoses 2021. https://doi.org/10.1111/myc.13256.

[43] Helbig S, Achkar JM, Jain N, Wang X, Gialanella P, Levi M, et al. Chẩn đoán và phản ứng
[20] Chouhan NHƯ. Việc lạm dụng thuốc steroid Methylprednisolone và Dexamethasone (uống)
viêm của bệnh nhân mắc bệnh candida. Xương 2013;23:1e7. https://doi.org/10.1111/
khiến bệnh nhân tiểu đường bị nhiễm Nấm đen trong virus corona. Sys Rev Pharm
j.1439-0507.2012.02201.x.Diagnosis.
2021;12(11):630e4.
[44] Barenfanger J, Lawhorn J, Drake C. Việc nuôi cấy dịch não tủy đối với nấm không có giá
[21] Truy cập trực tuyến: 30 tháng 9. Chống dịch “nấm đen” ở Ấn Độ https://www.pharmaceutical-
trị. J Clin Microbiol 2004;42. https://doi.org/10.1128/JCM.42.1.236-
technology.com/features/fight-indias-black-fungus-epidemia/ .
238.2004.

[45] Schwartz S, Kontoyiannis DP, Harrison T, Ruhnke M. Những tiến bộ trong chẩn đoán và điều
[22] Alfouzan W, Ahmad S, Dhar R, Asadzadeh M, Almerdasi N, Abdo NM, và những người khác.
trị nhiễm nấm hệ thần kinh trung ương. Lancet Neurol 2018;17: 362e72. https://doi.org/
Dịch tễ học phân tử của đợt bùng phát Candida auris tại một bệnh viện chăm sóc cấp hai
10.1016/S1474-4422(18)30030-9.
lớn ở Kuwait. J Nấm 2020;6:1e18. https://doi.org/10.3390/jof6040307.
[46] Cohen-Wolkowiez M, Smith PB, Mangum B, Steinbach WJ, Alexander BD, Cotten CM, và cộng sự.
[23] Theodoropoulos NM, Bolstorff B, Bozorgzadeh Adel, Christina Brandeburg MC, Daly JS, III
Viêm màng não do Candida ở trẻ sơ sinh: tầm quan trọng của các thông số dịch não tủy và
Rte, et al. Sự bùng phát nấm Candida auris liên quan đến những người được ghép gan trong
cấy máu. J Perinatol 2007;27. https://doi.org/ 10.1038/sj.jp.7211628.
phòng chăm sóc đặc biệt bằng phẫu thuật. Cấy ghép Am J 2020;20:3673e9.

[47] Donohue M. Truy cập trực tuyến: Ngày 6 tháng 10. Nuôi cấy dịch não tủy; 2016. https://
[24] Prestel C, Anderson E, Forsberg K, Lyman M, de Perio MA, Kuhar D, và cộng sự.
www.healthline.com/health/cerebrospinal-fluid-culture.
Sự bùng phát của nấm Candida auris tại đơn vị chăm sóc đặc biệt về COVID-19 ở Florida,
[48] Nhiễm trùng Nucci M, Anaissie E. Fusarium ở bệnh nhân suy giảm miễn dịch.
tháng 7 năm 2020. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2021;70:56e7. https:// doi.org/10.15585/
Clin Microbiol Rev 2007;20:695e704. https://doi.org/10.1128/CMR.00014- 07.
mmwr.mm7002e3.
[25] Mulet Bayona JV, Tormo Palop N, Salvador García C, Fuster Escriva B, Chanz a Avin~o M,
[49] Guegan H, Robert-Gangneux F, Camus C, Belaz S, Marchand T, Baldeyrou M, và những người
Ortega García P, et al. Tác động của đại dịch SARS-CoV-2 đối với bệnh nhiễm nấm candida,
khác. Cải thiện chẩn đoán bệnh aspergillosis xâm lấn bằng cách phát hiện Aspergillus
bệnh aspergillosis xâm lấn và sử dụng thuốc chống nấm ở bệnh viện cấp ba. J Nấm 2021;7.
trong dịch rửa phế quản-phế nang: so sánh các xét nghiệm không dựa trên nuôi cấy. J Lây
https://doi.org/10.3390/jof7060440.
nhiễm 2018;76. https://doi.org/10.1016/j.jinf.2017.11.011.
[26] Chowdhary A, Sharma A. Tai họa rình rập của nấm Candida auris đa kháng thuốc trong thời
[50] Bảo JR, Master RN, Jones RS, Clark RB, Moore EC, Shier KL. Sự phục hồi và động lực học
kỳ đại dịch COVID-19. J Glob Antimicrob Chống lại 2020;22: 175e6. https://doi.org/10.1016/
của nấm sợi từ nuôi cấy mẫu bệnh phẩm: một nghiên cứu sâu rộng. Quang phổ vi sinh vật
j.jgar.2020.06.003.
2021;9. https://doi.org/10.1128/spectrum.00080-21.
[27] Rodrigues ML, Nosanchuk JD. Bệnh nấm như mầm bệnh bị lãng quên: lời cảnh tỉnh đối với các
[51] Tarrand JJ, Han XY, Kontoyiannis DP, May GS. Sợi nấm Aspergillus trong mô bị nhiễm bệnh:
quan chức y tế công cộng. PLoS Negl Trop Dis 2020;14. https:// doi.org/10.1371/
bằng chứng về sự thích nghi sinh lý và ảnh hưởng đến quá trình phục hồi nuôi cấy.
journal.pntd.0007964.
J Clin Microbiol 2005;43. https://doi.org/10.1128/JCM.43.1.382-386.2005.

17
Machine Translated by Google
A. Mendonça, H. Santos, R. Franco-Duarte và cộng sự.
[52] Schelenz S, Barnes RA, Barton RC, Cleverley JR, Lucas SB, Kibbler CC, và những người khác.
Khuyến nghị thực hành tốt nhất của Hiệp hội Nấm học Y tế Anh để chẩn đoán các bệnh nấm
nghiêm trọng. Lancet Infect Dis 2015;15:461e74. https://doi.org/10.1016/S1473-3099(15)70006-
X.
[53] Jensen HE. Mô bệnh học trong chẩn đoán bệnh nấm xâm lấn. Đại diện lây nhiễm nấm Curr 2021. https://
doi.org/10.1007/s12281-021-00412-y.
[54] Da Silva RM, Da Silva Neto JR, Santos CS, Frickmann H, Poppert S, Cruz KS, và những người khác.
Đánh giá phương pháp lai huỳnh quang tại chỗ (FISH) để phát hiện nấm trực tiếp từ cấy máu và dịch
não tủy từ bệnh nhân nghi ngờ nhiễm nấm xâm lấn. Ann Clin Microbiol Antimicrob 2015;14. https://
doi.org/10.1186/s12941-015-0065-5.
[55] Jenks JD, Gangneux JP, Schwartz IS, Alastruey-Izquierdo A, Lagrou K, Thompson III GR, và những người
khác. Chẩn đoán nhiễm nấm đột phá trong phòng thí nghiệm nấm học lâm sàng: tuyên bố đồng thuận của
ECMM. J Nấm 2020;6.
[56] Martins ML, Ferreira AS, Sampaio A, Vieira R, Inacio J. Nhận dạng trực tiếp và cụ thể Cryptococcus
neoformans trong các mẫu sinh học bằng cách sử dụng đầu dò DNA được dán nhãn huỳnh quang. Eur J
Clin Microbiol Infect Dis 2010;29: 571e6. https://doi.org/10.1007/s10096-010-0897-z.
[57] Sato Y, Osabe S, Kuno H, Kaji M, Oizumi K. Chẩn đoán nhanh bệnh viêm màng não do cryptococcus bằng
cách kiểm tra bằng kính hiển vi cặn dịch não tủy ly tâm. J Neurol Sci 1999;164:72e5. https://
doi.org/10.1016/S0022-510X(99)00047-7 .
[58] Sangoi AR, Rogers WM, Longacre TA, Montoya JG, Baron EJ, Banaei N. Chal-lenges và những cạm bẫy
trong việc xác định hình thái học của bệnh nhiễm nấm trong các mẫu vật tế bào học và tế bào học
của ông: đánh giá hồi cứu 10 năm tại một cơ quan duy nhất . Am J Clin Pathol 2009;131:364e75.
https://doi.org/10.1309/ AJCP99OOOZSNISCZ.
[59] Scharmann U, Kirchhoff L, Chapot V le S, Dziobaka J, Verhasselt HL, Stauf R, và những người khác.
So sánh bốn môi trường tạo màu có bán trên thị trường để xác định Candida albicans và các loài
Candida khác có liên quan về mặt y tế.
Mycoses 2020;63:823e31. https://doi.org/10.1111/myc.13119.
[60] Perry JD. Một thập kỷ phát triển của môi trường nuôi cấy tạo màu cho vi sinh lâm sàng trong kỷ
nguyên tác động của chẩn đoán phân tử của tự động hóa phòng thí nghiệm đối với việc sử dụng môi
trường tạo màu. 468. Đánh giá vi sinh vật lâm sàng 2017;30:449e79.
[61] MV Pravin Charles, Kali A, Joseph NM. Hiệu suất của môi trường tạo màu cho Candida trong việc xác
định nhanh chóng các loài Candida từ vật liệu lâm sàng. Dược điển Res 2015;7:S69e73. https://
doi.org/ 10.4103/0974-8490.150528.
[62] Borman AM, Fraser M, Johnson EM. Chromagartmcandida plus: một loại thạch tạo màu mới cho phép xác
định nhanh chóng Candida auris. Med Mycol 2021;59:253e8. https://doi.org/10.1093/mmy/myaa049.
[63] Jong AW De. So sánh hiệu suất của hai môi trường tạo màu mới để xác định Candida Auris đa kháng
thuốc. 2021.
[64] Zuluaga A, Arango-Bustamante K, Caceres DH, Sanchez-Quitian ZA, Vel asquez V, Gomez BL, và cộng sự.
Phân tích sự phù hợp giữa các phương pháp khác nhau được sử dụng để xác định các chủng Candida
phân lập qua đường miệng.
Colombia Med 2018;49:193 e200. https://doi.org/10.25100/cm.v49i3.3774.
[65] Aarstehfar A, Daneshnia F, Kord M, Roudbary M, Zarrinfar H, Fang W, và cộng sự.
So sánh trình tự 21-Plex PCR và API 20CAUX, MALDI-TOF MS và rDNA cho nhiều loại nấm men phân lập
lâm sàng: cải thiện khả năng nhận dạng bằng cách kết hợp 21-Plex PCR và API 20CAUX như một chiến
lược thay thế cho các nước đang phát triển. Tế bào phía trước lây nhiễm vi sinh vật 2019;9.
https://doi.org/10.3389/fcimb.2019.00021 .
[66] Karabiçak N, Uludag Altun H, Karatuna O, Hazirolan G, Aksu N, Adi _loglu A, et al. Đánh giá các hệ thống
thương mại phổ biến để xác định các chủng nấm men trong phòng thí nghiệm vi sinh. Nghiên cứu đa trung
tâm 2015;49: 210e20.
[67] Huang YS, Wang F Der, Chen YC, Huang YT, Hsieh MH, Hii IM, et al. Tỷ lệ xác định nhầm cao các loài
Candida không phổ biến gây nhiễm trùng máu bằng phương pháp kiểu hình thông thường. J Formos Med
PGS 2021;120:1179e87. https://doi.org/10.1016/j.jfma.2020.11.002.
[68] Pulcrano G, Iula DV, Vollaro A, Tucci A, Cerullo M, Esposito M, và cộng sự. Nhận dạng khối phổ MALDI-
TOF nhanh chóng và đáng tin cậy của các chủng Candida không bạch tạng phân lập khỏi nhiễm trùng
máu. Phương pháp vi sinh J 2013;94: 262e6. https://doi.org/10.1016/j.mimet.2013.07.001.
[69] Chao QT, Lee TF, Teng SH, Peng LY, Chen PH, Teng LJ, et al. So sánh độ chính xác của hai phương pháp
kiểu hình thông thường và hai hệ thống MALDI-TOF MS với phương pháp phân tích trình tự DNA để xác
định chính xác các loại nấm men gặp phải trên lâm sàng. PLoS One 2014;9. https://doi.org/10.1371/
tạp chí.pone.0109376.
~
[70] Ambaraghassi G, Dufresne PJ, Dufresne SF, Vallieres E, Munoz JF, Cuomo CA, và cộng sự. Xác định
Candida auris bằng cách sử dụng hệ thống nhận dạng nấm men vitek 2 được cập nhật, phiên bản 8.01:
một nghiên cứu đánh giá đa phòng thí nghiệm. J Clin Microbiol 2019;57. https://doi.org/10.1128/
JCM.00884-19.
[71] Tan YE, Teo JQM, Rahman NBA, Ng OT, Kalisvar M, Tan AL, và những người khác. Candida auris ở
Singapore: dịch tễ học gen, kháng thuốc kháng nấm và nhận dạng bằng hệ thống VITEK2 8.01 được
cập nhật. Đại lý kháng khuẩn Int J 2019;54:709e15. https://doi.org/10.1016/j.ijantimicag.2019.09.016.
[72] Magobo RE, Corcoran C, Seetharam S, NP Govender. Bệnh thiếu máu liên quan đến Candida auris, Nam
Phi. Emerg Infect Dis 2014;20:1250e1. https://doi.org/ 10.3201/eid2007.131654.
[73] Chowdhary A, Sharma C, Duggal S, Agarwal K, Prakash A, Singh PK, và cộng sự. Dòng vô tính mới của
Candida auris, Delhi, Ấn Độ. Emerg Infect Dis 2013;19:1670e3. https://doi.org/10.3201/eid1910.130393.
18
Nghiên cứu vi sinh 173 (2022) 103915
[74] Becker P, Normand AC, Vanantwerpen G, Vanrobaeys M, Haesendonck R, Vercammen F, và những người khác.
Xác định các chủng nấm phân lập bằng phép đo khối phổ MALDI-TOF trong thực hành thú y: xác nhận
ứng dụng web. Điều tra chẩn đoán J Vet 2019;31. https://doi.org/10.1177/1040638719835577.
[75] Lau AF, Drake SK, Calhoun LB, Henderson CM, Zelazny AM. Phát triển cơ sở dữ liệu toàn diện về mặt
lâm sàng và quy trình đơn giản để xác định nấm mốc từ môi trường rắn bằng phương pháp ion hóa giải
hấp bằng laser được hỗ trợ bằng ma trận-Thời gian của phép đo phổ khối bay. J Clin Microbiol
2013;51. https://doi.org/ 10.1128/JCM.02852-12.
[76] Teke L, Barıs¸ A, Bayraktar B. Đánh giá so sánh các hệ thống Bruker Biotyper và Vitek MS thời gian
ion hóa giải hấp bằng laser được hỗ trợ bằng ma trận của phép đo khối phổ bay (MALDI-TOF MS) đối
với Candida không phải albicans và không phổ biến nấm men phân lập. Phương pháp vi sinh J
2021:185. https://doi.org/ 10.1016/j.mimet.2021.106232.
[77] Yi Q, Xiao M, Fan X, Zhang G, Yang Y, Zhang JJ, et al. Đánh giá hệ thống Autof MS 1000 và vitek MS
MALDI-TOF MS trong việc xác định các loại nấm men có quan hệ gần gũi gây bệnh nấm xâm lấn. Tế bào
phía trước lây nhiễm vi sinh vật 2021;11: 1e7. https://doi.org/10.3389/fcimb.2021.628828.
[78] Robert MG, Romero C, Dard C, Garnaud C, Cognet O, Girard T, và những người khác. Đánh giá môi
trường đĩa nấm ID để nhận dạng nấm mốc bằng máy đánh dấu sinh học MALDI. J Clin Microbiol
2020;58:1e8. https://doi.org/10.1128/JCM.01687-19.
[79] Robert MG, Cornet M, Hennebique A, Rasamoelina T, Caspar Y, Ponderand L, và những người khác. MALDI-
TOF MS trong phòng thí nghiệm nấm y tế: trên sân khấu và hậu trường.
2021;9:1e16.
Vi sinh vật https://doi.org/10.3390/vi sinh vật9061283.
€
[80] Vatanshenassan M, Boekhout T, Lass-Florl C, Lackner M, Schubert S, Kostrzewa M, và cộng sự. Bằng
chứng về khái niệm cho MBT ASTRA, thời gian ion hóa giải hấp phụ bằng laser nhanh chóng được hỗ
trợ bằng ma trận của phép đo phổ khối bay (MALDI-TOF MS) - Phương pháp dựa trên cơ sở để phát hiện
tình trạng kháng caspofungin ở Candida albicans và Candida glabrata. J Clin Microbiol 2018;56.
https://doi.org/10.1128/ jcm.00420-18.
[81] Vatanshenassan M, Boekhout T, Meis JF, Berman J, Chowdhary A, Ben-Ami R, và cộng sự. Xác định
Candida auris và xét nghiệm độ nhạy cảm với nấm nhanh chóng đối với echinocandin bằng MALDI-TOF
MS. Tế bào phía trước lây nhiễm vi sinh vật 2019;9. https://doi.org/10.3389/fcimb.2019.00020.
[82] Peker N, Couto N, Sinha B, Rossen JW. Chẩn đoán nhiễm trùng máu từ cấy máu dương tính và trực tiếp
từ mẫu máu: những phát triển gần đây trong phương pháp tiếp cận phân tử. Clin Microbiol Lây nhiễm
2018;24. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2018.05.007 .
€
€
[83] Klingspor L, Lindback E, Ullberg M, Ozenci V. Bảy năm kinh nghiệm lâm sàng với Đèn giao thông nấm
men PNA FISH: hiệu suất xét nghiệm và những tác động có thể có đối với liệu pháp chống nấm.
Mycoses 2018;61. https://doi.org/ 10.1111/myc.12722.
[84] Salimnia H, Fairfax MR, Lephart PR, Schreckenberger P, DesJarlais SM, Johnson JK, và những người
khác. Đánh giá bảng nhận dạng cấy máu FilmArray: kết quả của thử nghiệm có đối chứng đa trung tâm.
J Clin Microbiol 2016;54. https://doi.org/10.1128/JCM.01679-15.
[85] Altun O, Almuhayawi M, Ullberg M, Ozenci V. Đánh giá lâm sàng bảng nhận dạng cấy máu Fil-marray
trong việc xác định vi khuẩn và nấm men từ các chai cấy máu dương tính. J Clin Microbiol 2013;51.
https://doi.org/10.1128/JCM.01835-13 .
[86] Truy cập trực tuyến: ngày 9 tháng 10. Chẩn đoán BioMerieux. https://www.biomerieux- Diagnostics.com/
biofire-bcid-panel.
[87] Burton T, Anderson A, Seare J, Dillon RJ, McCann E. Đánh giá đa trung tâm về bảng nhận dạng cấy máu
BioFire® FilmArray® 2 để phát hiện vi sinh vật và dấu hiệu kháng thuốc trong cấy máu dương tính.
Diễn đàn mở Infect Dis 2019;6:2018e9.
[88] Galiana A, Coy J, Gimeno A, Guzman NM, Rosales F, Merino E, và cộng sự. Đánh giá xét nghiệm Sepsis
Flow Chip để chẩn đoán nhiễm trùng máu. PLoS One 2017;12. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0177627.
[89] Truy cập trực tuyến: ngày 9 tháng 10. MasterDiagnostica. www.masterdiagnostica.com.
[90] Carroll KC, Reid JL, Thornberg A, Whitfield NN, Trainor D, Lewis S, et al.
Hiệu suất lâm sàng của bảng cấy máu ID Gram dương Genmark DX mới. J Clin Microbiol 2020;58.
https://doi.org/10.1128/JCM.01730-
19.
[91] Bryant S, Almahmoud I, Pierre I, Bardet J, Touati S, Maubon D, et al. Đánh giá hiệu suất vi sinh
và tác động lâm sàng tiềm ẩn của bảng nhận dạng cấy máu ePlex® để chẩn đoán nhanh bệnh nhiễm khuẩn
huyết và nhiễm nấm huyết. Tế bào phía trước lây nhiễm vi sinh vật 2020;10. https:// doi.org/10.3389/
fcimb.2020.594951.
[92] Zhang SX, Carroll KC, Lewis S, Totten M, Mead P, Samuel L, và những người khác. Đánh giá đa trung
tâm về hệ thống phát hiện điện hóa và vi lỏng kỹ thuật số dựa trên PCR để xác định nhanh chóng
15 mầm bệnh nấm trực tiếp từ cấy máu dương tính. J Clin Microbiol 2020;58:1e9. https://doi.org/
10.1128/JCM.02096-19.
[93] Orlowski HLP, McWilliams S, Mellnick VM, Bhalla S, Lubner MG, Pickhardt PJ, và những người khác.
Phổ hình ảnh của nhiễm nấm xâm lấn và giống nấm. Chụp ảnh phóng xạ 2017;37:1119e34. https://
doi.org/10.1148/rg.2017160110.
[94] Truy cập trực tuyến: ngày 10 tháng 10. Hình ảnh bên trong. https://blog.radiology.virginia.edu/
Different-imaging-tests-explained/.
[95] Alexander BD, Lamoth F, Heussel CP, Prokop CS, Desai SR, Morrissey CO, và những người khác.
Hướng dẫn về hình ảnh đối với bệnh aspergillosis phổi xâm lấn và bệnh mucormy-cosis: từ nhóm công
tác hình ảnh để sửa đổi và cập nhật các định nghĩa đồng thuận về bệnh nấm từ EORTC/MSGERC. Clin
Infect Dis 2021;72:S79e88. https://doi.org/10.1093/cid/ciaa1855.
Machine Translated by Google
A. Mendonça, H. Santos, R. Franco-Duarte và cộng sự.
[96] van Dyck K, Rogiers O, Vande Velde G, van Dijck P. Hãy cùng làm sáng tỏ vấn đề nhiễm nấm:
hộp công cụ hình ảnh không xâm lấn. PLoS Pathog 2020;16:1e6. https://doi.org/10.1371/
journal.ppat.1008257.
[97] Wright WF, Overman SB, Ribes JA. Xét nghiệm (1-3)-bD-glucan: đánh giá ứng dụng lâm sàng
và phòng thí nghiệm của nó. Phòng thí nghiệm Med 2011;42:679e85. https:// doi.org/
10.1309/LM8BW8QNV7NZBROG.
[98] Akamatsu N, SUGAwara Y, Kaneko J, Tamura S, Makuuchi M. Điều trị trước nhiễm nấm dựa trên nồng độ
(1/3)bD-glucan trong huyết tương sau ghép gan. Nhiễm trùng 2007;35:346e51. https://doi.org/10.1007/
s15010-007-6240-7 . [99] de Carolis E, Marchionni F, Torelli R, Angela MG, Pagano L, Murri R, et al.
Đánh giá hiệu suất so sánh của xét nghiệm Wako b-glucan và xét nghiệm Fungitell trong
chẩn đoán bệnh nấm xâm lấn. PLoS One 2020;15. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0236095.
[100] Ostrosky-Zeichner L, Alexander BD, Kett DH, Vazquez J, Pappas PG, Saeki F, et al. Đánh
giá lâm sàng đa trung tâm về xét nghiệm bD-glucan (1/3) như một công cụ hỗ trợ chẩn
đoán nhiễm nấm ở người. Clin Infect Dis 2005;41. https:// doi.org/10.1086/432470.
[101] Mohr JF, Sims C, Paetznick V, Rodriguez J, Finkelman MA, Rex JH, và những người khác.
Khảo sát triển vọng về (1/3)-bD-glucan và mối quan hệ của nó với bệnh nấm candida xâm
lấn trong môi trường đơn vị chăm sóc đặc biệt bằng phẫu thuật. J Clin Microbiol
2011;49:58e61. https://doi.org/10.1128/JCM.01240-10.
[102] Leon C, Ruiz-Santana S, Saavedra P, Castro C, Loza A, Zakariya I, et al.
Đóng góp của dấu ấn sinh học Candida và phát hiện DNA để chẩn đoán bệnh nấm candida xâm
lấn ở bệnh nhân ICU có tình trạng bụng nghiêm trọng. Chăm sóc Chí mạng 2016;20:1e14.
https://doi.org/10.1186/S13054-016-1324-3.
[103] Sulahian A, Porcher R, Bergeron A, Touratier S, Raffoux E, Menotti J, và những người
khác. Việc sử dụng và các giới hạn của xét nghiệm (1-3)-bD-glucan (fungitell), so với
xét nghiệm galactomannan (platelia Aspergillus), để chẩn đoán bệnh aspergillosis xâm lấn.
J Clin Microbiol 2014;52:2328e33. https://doi.org/10.1128/JCM.03567-13.
[104] Pickering JW, Sant HW, Bowles CAP, Roberts WL, Woods GL. Đánh giá xét nghiệm (1/3)-bD-glucan để chẩn đoán
nhiễm nấm xâm lấn. J Clin Microbiol 2005;43:5957e62. https://doi.org/10.1128/JCM.43.12.5957-5962.2005 .
[105] Carolis E De, Marchionni F, Rosa M La, Pascale G De, Carelli S, Sanguinetti M, et al.
Đánh giá hiệu suất xét nghiệm Wako Beta-Glucan trong chẩn đoán nhiễm nấm xâm lấn. 2019.
[106] Friedrich R, Rappold E, Bogdan C. Phân tích so sánh xét nghiệm wako -glucan và xét nghiệm
nấm để chẩn đoán bệnh thiếu máu và viêm phổi do Pneumocystis jirovecii. J Clin Microbiol
2018;56:1e12.
[107] Racil Z, Kocmanova I, Lengerova M, Weinbergerova B, Buresova L, Toskova M, et al. Khó
khăn trong việc sử dụng 1,3-bD-glucan làm xét nghiệm sàng lọc để chẩn đoán sớm nhiễm
nấm xâm lấn ở bệnh nhân có khối u ác tính về huyết học - tần suất cao cho kết quả
dương tính giả và phân tích của chúng. J Med Vi sinh 2010;59. https://doi.org/10.1099/
jmm.0.019299-0.
[108] Mennink-Kersten MASH. Dorien ruegebrink và PEV. Pseudomonas aerugi-nosa là nguyên nhân
gây ra phản ứng xét nghiệm (1/3)-bD-glucan. Lâm sàng lây nhiễm Dis 2008;46. https://
doi.org/10.1086/588564.
€
[109] Hammarstrom H, Kondori N, Friman V, Wennerås C. Cách giải thích nồng độ beta-glucan trong huyết thanh để
chẩn đoán nhiễm nấm xâm lấn ở bệnh nhân người lớn huyết học có nguy cơ cao: mức giới hạn tối ưu và các
yếu tố gây nhiễu. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 2015;34. https://doi.org/10.1007/s10096- 014-2302-9.
€
[110] Hartl B, Zeller I, Manhart A, Selitsch B, Lass-Florl C, Willinger B.
Đánh giá hồi cứu về bốn xét nghiệm kháng nguyên để phát hiện bệnh nấm candida xâm lấn
ở những bệnh nhân nhập viện có nguy cơ cao. Bệnh lý nấm 2018;183:513e9. https://doi.org/
10.1007/s11046-017-0238-1.
[111] Pappas PG, Kauffman CA, Andes DR, Clancy CJ, Marr KA, Ostrosky-Zeichner L, et al. Hướng
dẫn thực hành lâm sàng để quản lý bệnh nấm candida: Cập nhật năm 2016 của Hiệp hội bệnh
truyền nhiễm Hoa Kỳ. Clin Infect Dis 2015;62: e1e50. https://doi.org/10.1093/cid/civ933.
[112] Ruan H, Xu W, Xia M, Ma Z, Fu S, Chen X. Phân tích đặc điểm lâm sàng và giá trị chẩn
đoán của huyết thanh học nấm ở bệnh nhân nhiễm nấm candida xâm lấn.
Mở J Med Microbiol 2020;10:222e32. https://doi.org/10.4236/ojmm.2020.104019 .
[113] Wang K, Luo Y, Zhang W, Xie S, Yan P, Liu Y, et al. Giá trị chẩn đoán của kháng nguyên
Candida mannan và kháng thể kháng mannan IgG, IgM đối với nhiễm Candida. Mycoses
2020;63:181e8. https://doi.org/10.1111/myc.13035.
[114] Truy cập trực tuyến: ngày 28 tháng 10. Nhà vi trùng học Vircell. https://en.vircell.com/?
fbclid¼IwAR2DazI1X4Gafn7bQGoytjD1llhQz5Fz8-
ZbXPadwK3O9JNPH4h4tYquBc0.
[115] Parra-S anchez M, Zakariya-Yousef Breval I, Castro Mendez C, García-Rey S, Loza Vazquez
A, Úbeda Iglesias A, et al. Kháng thể ống mầm Candida albicans: đánh giá xét nghiệm
tự động mới để chẩn đoán bệnh nấm candida xâm lấn ở bệnh nhân ICU. Bệnh lý nấm
2017;182:645e52. https://doi.org/ 10.1007/s11046-017-0125-9.
[116] Pietro P, Bruna C, Enrico M, Anna C, Claudia V, Mario S, và những người khác. Hiệu suất của kháng thể
ống mầm Candida albicans (CAGTA) và mối liên hệ của nó với (1/3 )-bD-glucan (BDG) để chẩn đoán bệnh
nấm candida xâm lấn (IC). Chẩn đoán vi sinh vật lây nhiễm Dis 2019;93:39e43. https://doi.org/
10.1016/ j.diagmicrobio.2018.07.007.
[117] Wei S, Wu T, Wu Y, Ming D, Zhu X. Độ chính xác chẩn đoán của kháng thể ống mầm Candida
albicans đối với bệnh nấm candida xâm lấn: đánh giá hệ thống và phân tích tổng hợp.
Chẩn đoán vi khuẩn lây nhiễm Dis 2019;93:339e45. https://doi.org/ 10.1016/
j.diagmicrobio.2018.10.017.
19
Nghiên cứu vi sinh 173 (2022) 103915
[118] Ulusakarya A, Chachaty E, Vantelon JM, Youssef A, Tancrede C, Pico JL, và cộng sự.
Giám sát kháng nguyên Aspergillus galactomannan trong máu đối với bệnh aspergillosis
xâm lấn bằng xét nghiệm hấp thụ miễn dịch liên kết với enzyme ở bệnh nhân giảm bạch
cầu được điều trị các khối u ác tính về huyết học. Hematol J 2000;1(2):111e6.
[119] Maertens J, Verhaegen J, Demuynck H, Brock P, Verhoef G, Vandenberghe P, và cộng sự. Đánh giá triển vọng
có kiểm soát bằng khám nghiệm tử thi về sàng lọc nối tiếp để tìm galactomannan lưu hành bằng xét nghiệm
hấp thụ miễn dịch liên kết với enzyme sandwich dành cho các bệnh nhân huyết học có nguy cơ mắc bệnh
aspergillosis xâm lấn. J Clin Microbiol 1999;37:3223e8. https://doi.org/10.1128/jcm.37.10.3223-3228.1999 .
[120] Maertens J, Verhaegen J, Lagrou K, Van Eldere J, Boogaerts M. Sàng lọc galactomannan lưu
hành như một công cụ chẩn đoán không xâm lấn đối với bệnh aspergillosis xâm lấn ở bệnh
nhân giảm bạch cầu kéo dài và người được ghép tế bào gốc: xác nhận triển vọng. Máu
2001;97:1604e10. https://doi.org/10.1182/blood.V97.6.1604 .
[121] Bretagne S, Costa JM, Bart-Delabesse E, Dhedin N, Rieux C, Cordonnier C.
So sánh phát hiện kháng nguyên galactomannan trong huyết thanh và phản ứng chuỗi
polymerase cạnh tranh để chẩn đoán bệnh aspergiliosis xâm lấn. Clin Infect Dis
1998;26:1407e12. https://doi.org/10.1086/516343.
[122] Dichtl K, Seybold U, Ormanns S, Horns H. Đánh giá xét nghiệm hấp thụ miễn dịch liên kết
với enzyme kháng nguyên Aspergillus mới. J Clin Microbiol 2019;57.
[123] Truy cập trực tuyến: ngày 28 tháng 10. Bio-Rad. https://www.bio-rad.com/ SearchResults?
search_api_fulltext¼elisaþplateliaþaspergillus.
[124] Min Z, Baddley JW, Rodriguez JM, Moser SA, Patel M. Phản ứng chéo của Aspergillus
galactomannan ở một bệnh nhân nhiễm HIV mắc bệnh histoplasmosis.
Đại diện trường hợp Med Mycol 2012;1. https://doi.org/10.1016/j.mmcr.2012.10.009.
[125] Tortorano AM, Esposto MC, Prigitano A, Grancini A, Ossi C, Cavanna C, và cộng sự.
Phản ứng chéo của Fusarium spp. trong xét nghiệm hấp thụ miễn dịch liên kết với enzyme
Aspergillus galactomannan. J Clin Microbiol 2012;50. https://doi.org/ 10.1128/
JCM.05946-11.
[126] Vergidis P, Walker RC, Kaul DR, Kauffman CA, Freifeld AG, Slagle DC, và những người khác.
Xét nghiệm Aspergillus galactomannan dương tính giả ở những người tái ghép tạng rắn
mắc bệnh histoplasmosis. Transpl Infect Dis 2012;14. https://doi.org/ 10.1111/
j.1399-3062.2011.00675.x.
[127] PL trắng, Parr C, Thornton C, Barnes RA. Đánh giá PCR thời gian thực, xét nghiệm hấp
thụ miễn dịch liên kết với enzyme gal-actomannan (ELISA) và một thiết bị dòng chảy bên
mới để chẩn đoán bệnh aspergillosis xâm lấn. J Clin Microbiol 2013;51. https://doi.org/
10.1128/JCM.03189-12.
€
[128] Lass-Florl C, Lo Cascio G, Nucci M, Camargo dos Santos M, Colombo AL, Vossen M, et al.
Các mẫu bệnh phẩm hô hấp và độ chính xác chẩn đoán của xét nghiệm dòng chảy bên
Aspergillus (LFA-IMMYTM): dữ liệu thực tế từ một nghiên cứu đa trung tâm. Clin
Microbiol Lây nhiễm 2019;25. https://doi.org/10.1016/ j.cmi.2019.08.009.
[129] White PL, Price JS, Posso R, Vale L, Backx M. Đánh giá hiệu quả của xét nghiệm dòng chảy
bên IMMY sona Aspergillus galactomannan khi xét nghiệm huyết thanh để hỗ trợ chẩn đoán
bệnh aspergillosis xâm lấn. J Clin Microbiol 2020;58: 1e7. https://doi.org/10.1128/
JCM.01006-20.
[130] Abdallah W, Myint T, LaRue R, Minderman M, Gunn S, Wheat LJ, và những người khác.
Chẩn đoán bệnh histoplasmosis bằng cách sử dụng xét nghiệm miễn dịch định tính kháng
nguyên MVista Histoplasma galactomannan dựa trên dòng chảy: một nghiên cứu đa trung tâm.
Diễn đàn mở Infect Dis 2021;8. https://doi.org/10.1093/ofid/ofab454.
[131] Truy cập trực tuyến: ngày 7 tháng 10. Chẩn đoán MiraVista. https://miravistalabs.com/
thiết bị/.
[132] Truy cập trực tuyến: ngày 8 tháng 10. IMMY. https://www.immy.com/crag.
[133] Dubbels M, Granger D, Theel ES. Hiệu giá kháng nguyên cryptococcus thấp được xác định
bằng xét nghiệm dòng chảy bên nên được giải thích một cách thận trọng ở những bệnh nhân
chưa được chẩn đoán trước về nhiễm cryptococcus. J Clin Microbiol 2017;55: 2472e9.
https://doi.org/10.1128/JCM.00751-17.
[134] Shi D, Haas PJ, Boekhout T, Hahn RC, Hagena F. Việc bỏ qua sự đa dạng di truyền cản trở
việc chẩn đoán kịp thời các bệnh nhiễm trùng cryptococcus. J Clin Microbiol 2021;59:1e3.
https://doi.org/10.1128/JCM.02837-20.
[135] Benedict K, Jackson BR, Chiller T, Bia KD. Ước tính chi phí chăm sóc sức khoẻ trực tiếp
của bệnh nấm ở Hoa Kỳ. Clin Infect Dis 2019;68. https://doi.org/10.1093/cid/ciy776 .
[136] Gebhart C. Phát hiện phân tử và xác định mầm bệnh nấm. Trong: Vi sinh phân tử: nguyên
tắc chẩn đoán và thực hành. tái bản lần thứ 2. Washington DC: Nhà xuất bản ASM; 2014.
tr. 489e500.
[137] Jones Mark, Marengo S. Phương pháp chẩn đoán vi sinh vật phân tử. Học viện.
Nhấn; 2016. tr. 107e33.
[138] Marilyn M, Lowery-Nordberg LM, Melissa M, Sue RC, Rothberg P. Bản cập nhật xác thực xét
nghiệm chẩn đoán phân tử cho sách trắng xác thực xét nghiệm chẩn đoán phân tử AMP năm
2009. 2014.
[139] Miller SA. Xác nhận và xác minh các xét nghiệm đa axit nucleic. lần 2
biên tập. Phòng khám. Phòng thí nghiệm. Đứng. Inst.; 2020. tr. 13e62.
[140] Li J, Macdonald J, Von Stetten F. Đánh giá: một bản tóm tắt toàn diện về sự phát triển
trong một thập kỷ của quá trình khuếch đại recombinase polymerase. Nhà phân tích
2019;144. https://doi.org/10.1039/c8an01621f.
[141] Zeller I, Schabereiter-Gurtner C, Mihalits V, Selitsch B, Barousch W, Hirschl AM, et al.
Phát hiện mầm bệnh nấm bằng xét nghiệm PCR thời gian thực phạm vi rộng mới nhắm vào
vùng ITS2 của nấm. J Med Vi sinh 2017;66. https://doi.org/10.1099/jmm.0.000575.
[142] Jafari Z, Motamedi M, Jalalizand N, Shokoohi GR, Charsizadeh A, Mirhendi H.
So sánh giữa CHROMagar, PCR-RFLP và PCR-FSP để xác định các loài Candida. Curr Med Mycol 2017;3. https://
doi.org/10.29252/ cmm.3.3.10.
Machine Translated by Google
A. Mendonça, H. Santos, R. Franco-Duarte và cộng sự.
[143] PL trắng, Alanio A, Cruciani M, Gorton R, Millon L, Rickerts V, et al. Công cụ
axit nucleic để chẩn đoán bệnh nấm xâm lấn. Đại diện lây nhiễm nấm Curr
2020;14. https://doi.org/10.1007/s12281-020-00374-7.
[144] Somogyvari F, Horvath A, Serly J, Majoros H, Vagvolgyi C, Peto Z. Phát hiện mầm bệnh nấm xâm lấn
bằng PCR thời gian thực và phân tích nóng chảy độ phân giải cao , tập. 26. Brooklyn: Ở Vivo;
2012.
[145] Gudnason H, Dufva M, Bang DD, Wolff A. So sánh nhiều loại thuốc nhuộm DNA cho PCR thời gian
thực: ảnh hưởng của nồng độ thuốc nhuộm và thành phần trình tự lên quá trình khuếch đại DNA
và nhiệt độ nóng chảy. Axit nucleic Res 2007;35. https://doi.org/10.1093/nar/gkm671.
[146] Bonab MM, Alimoghaddam K, Talebian F, Ghaffari SH, Ghavamzadeh A,
Nikbin B, và cộng sự. Sổ tay PCR thời gian thực. Chip phòng thí nghiệm 2015;4:10e3.
[147] Wen X, Chen Q, Yin H, Wu S, Wang X. Xác định nhanh chóng các loại nấm xâm lấn phổ biến trên
lâm sàng thông qua phân tích đường cong nóng chảy phản ứng chuỗi polymerase huỳnh quang thời
gian thực đa kênh. Med (Hoa Kỳ) 2020;99. https://doi.org/10.1097/MD.0000000000019194 .
[148] Thelwell N, Millington S, Solinas A, Booth J, Brown T. Phương thức hoạt động và ứng dụng của
mồi Scorpion để phát hiện đột biến. Axit nucleic Res 2000;28:3752e61. https://doi.org/10.1093/
nar/28.19.3752.
[149] Trại I, Manhart G, Schabereiter-Gurtner C, Spettel K, Selitsch B, Willinger B.
Đánh giá lâm sàng xét nghiệm PCR thời gian thực liên quan đến nấm trong nhà để phát hiện mầm bệnh nấm.
Nhiễm trùng 2020;48. https://doi.org/10.1007/s15010-020-01395-7 .
[150] Cay đắng WM, Dongen Jjm Văn. Quy định mới của EU về chẩn đoán in vitro.
2021.
[151] Truy cập trực tuyến: ngày 12 tháng 10. Liên minh BioMed. https://www.biomedeurope.
org/.
[152] Carvalho-Pereira J, Fernandes F, Araújo R, Springer J, Loeffler J, Buitrago MJ, et al. Chiến
lược dựa trên Multiplex PCR để phát hiện dna của mầm bệnh nấm ở những bệnh nhân nghi ngờ nhiễm
nấm xâm lấn. J Nấm 2020;6. https://doi.org/10.3390/jof6040308 .
[153] Vanhee LME, D'Haese E, Cools I, Nelis HJ, Coenye T. Phát hiện và định lượng vi khuẩn và nấm
bằng phương pháp tế bào học pha rắn. NATO Sci Peace Secur Ser A Chem Biol 2010. https://
doi.org/10.1007/978-90-481-8544-3_2.
[154] Vanhe LME, Meersseman W, Lagrou K, Maertens J, Nelis HJ, Coenye T. Định lượng nhanh chóng và
trực tiếp các loài Candida khả thi trong máu toàn phần bằng cách sử dụng phương pháp tách từ
miễn dịch và đo tế bào pha rắn. J Clin Microbiol 2010;48. https://doi.org/10.1128/JCM.00035-10.
[155] Vanhee LME, Nelis HJ, Coenye T. Phát hiện và định lượng nhanh chóng Aspergillus fumigatus trong
các mẫu không khí môi trường bằng phương pháp tế bào học pha rắn. Công nghệ khoa học môi
trường 2009;43. https://doi.org/10.1021/es803435a.
[156] Bayu A, Nandiyanto D, Oktiani R, Ragadhita R. Cách đọc và giải thích FTIR
quang phổ hữu cơ. Vật liệu. Indones J Sci Technol 2019;4.
[157] Potocki L, Depciuch J, Kuna E, Worek M, Lewinska A, Wnuk M. FTIR và hồ sơ sinh hóa dựa trên
quang phổ Raman phản ánh sự đa dạng về gen của các chủng nấm candida lâm sàng có thể hữu ích
cho việc chẩn đoán và điều trị nhắm mục tiêu bệnh nấm candida. Int J Mol Khoa học 2019;20.
https://doi.org/10.3390/ijms20040988 .
[158] Erukhimovitch Vitaly, Pavlov Valentina, Talyshinsky Marina, Yelena Souprun MH. Kính hiển vi FTIR
như một phương pháp xác định nhiễm trùng do vi khuẩn và nấm. J Pharmaceut Biomed Hậu Môn
2014;3.
[159] Chisanga M, Muhamadali H, Ellis DI, Goodacre R. Tăng cường chẩn đoán bệnh: ứng dụng y sinh của
tán xạ Raman tăng cường bề mặt. Ứng dụng khoa học 2019;9. https://doi.org/10.3390/app9061163.
[160] Hu S, Kang H, Gu F, Wang C, Cheng S, Gong W, et al. Phương pháp phát hiện nhanh Candida gây
bệnh bằng hạt nano từ tính và được xác định bằng SERS thông qua AgNPsþ. Int J Nanomed
2021;16:941e50. https://doi.org/ 10.2147/IJN.S285339.
[161] Zhang J, Mou L, Jiang X. Hóa học bề mặt của hạt nano vàng cho các ứng dụng liên quan đến sức
khỏe. Hóa khoa học 2020;11:923e36. https://doi.org/10.1039/ c9sc06497d.
[162] Sojinrin T, Conde J, Liu K, Curtin J, Byrne HJ, Cui D, và những người khác. Các hạt nano vàng
plasmonic để phát hiện nấm và nhiễm nấm da ở người.
Hóa chất sinh học hậu môn 2017;409:4647e58. https://doi.org/10.1007/s00216-
017-0414-7.
[163] Zervou FN, Zacharioudakis IM, Kurpewski J, Mylonakis E. T2 cộng hưởng từ để chẩn đoán nấm.
Phương pháp Mol Biol 2017;1508. https://doi.org/ 10.1007/978-1-4939-6515-1_18.
[164] Neely LA, Audeh M, Phùng NA, Min M, Suchocki A, Plourde D, et al. Cộng hưởng từ T2 cho phép
phát hiện nhanh chóng can-diemia qua trung gian hạt nano trong máu toàn phần. Khoa học dịch
thuật Med 2013;5. https://doi.org/10.1126/scitranslmed.3005377 .
[165] Mylonakis E, Clancy CJ, Ostrosky-Zeichner L, Garey KW, Alangaden GJ, Vazquez JA, và những người
khác. Xét nghiệm cộng hưởng từ T2 để chẩn đoán nhanh bệnh thiếu máu trong máu toàn phần: một
thử nghiệm lâm sàng. Clin Infect Dis 2015;60. https://doi.org/10.1093/cid/ciu959 .
[166] Hussain KK, Malavia D, Johnson EM, Littlechild J, Winlove CP, Vollmer F, và cộng sự.
Cảm biến sinh học và chẩn đoán để phát hiện nấm. Bản phát hành J Contr 2020;6.
[167] Pla L, Santiago-Felipe S, Tormo-Mas MA, Ruiz-Gait an A, Pem an J, Valentín E, et al. Cảm biến sinh học
alumina anốt nano có lớp phủ oligonucleotide được làm công cụ chẩn đoán để phát hiện nhanh chóng và
chính xác Candida auris trong các mẫu lâm sàng. Lây nhiễm vi khuẩn mới nổi 2021;10:407e15. https://
doi.org/10.1080/ 22221751.2020.1870411.
[168] De Heer K, Van Der Schee MP, Zwinderman K, Van Den Berk IAH, Visser CE, Van Oers R, et al. Công
nghệ mũi điện tử phát hiện xâm lấn
20
Nghiên cứu vi sinh 173 (2022) 103915
bệnh aspergillosis phổi trong tình trạng giảm bạch cầu do hóa trị liệu kéo dài: một nghiên
cứu chứng minh nguyên tắc. J Clin Microbiol 2013;51. https://doi.org/10.1128/ JCM.02838-12.
[169] Lewis NS. So sánh giữa khứu giác của động vật có vú và khứu giác nhân tạo dựa trên mảng máy dò
hơi hỗn hợp carbon đen-polymer. Acc Chem Res 2004;37. https://doi.org/10.1021/ar030120m.
[170] Gerritsen MG, Brinkman P, Escobar N, Bos LD, De Heer K, Meijer M, et al.
Lập hồ sơ các hợp chất hữu cơ dễ bay hơi được tạo ra bởi các phân lập Aspergillus lâm sàng
bằng phương pháp sắc ký khí khối phổ. Med Mycol 2018;56. https://doi.org/10.1093/mmy/myx035.
[171] Chambers ST, Syhre M, Murdoch DR, McCartin F, Epton MJ. Phát hiện 2-Pentylfuran trong hơi thở
của bệnh nhân nhiễm Aspergillus fumigatus. Med Mycol 2009;47. https://doi.org/
10.1080/13693780802475212.
[172] Perl T, Jünger M, Vautz W, Nolte J, Kuhns M, Borg-von Zepelin M, et al. Phát hiện các chất
chuyển hóa đặc trưng của các loài Aspergillus fumigatus và Candida bằng phương pháp quang phổ
di động ion - lập hồ sơ trao đổi chất bằng các hợp chất hữu cơ dễ bay hơi.
Mycoses 2011;54. https://doi.org/10.1111/j.1439-0507.2011.02037.x.
[173] Lion T. Xác định mầm bệnh nấm ở người: phương pháp và quy trình, tập.
1508; 2017.
[174] Jenks JD, Gangneux J, Schwartz IS, Alastruey-izquierdo A. Chẩn đoán nhiễm nấm đột phá trong
phòng thí nghiệm nấm học lâm sàng: tuyên bố đồng thuận của ECMM. J Nấm 2020;6.
[175] Florio W, Morici P, Ghelardi E, Barnini S, Lupetti A. Những tiến bộ gần đây trong chẩn đoán vi
sinh các bệnh nhiễm trùng máu. Crit Rev Microbiol 2018;44. https://doi.org/
10.1080/1040841X.2017.1407745.
[176] Dingle TC, Butler-wu SM. Phép đo khối phổ MALDI-TOF để xác định vi sinh vật. Phòng thí nghiệm
lâm sàng Med 2013;33. https://doi.org/10.1016/ j.cll.2013.03.001.
[177] Truy cập trực tuyến: 29 tháng 10. Ghi chú của vi khuẩn. https://microbenotes.com/categories/
biochemical-test/ .
[178] Lass-fl C, Samardzic E, Knoll M. Huyết thanh học anno 2021-nhiễm nấm: từ xâm lấn đến mãn tính.
Clin Microbiol Lây nhiễm 2021;27(9):1230e41.
[179] Mikulska M, Calandra T, Sanguinetti M, Poulain D, Viscoli C. Việc sử dụng kháng nguyên mannan
và kháng thể kháng mannan trong chẩn đoán bệnh nấm candida xâm lấn: khuyến nghị từ Hội nghị
Châu Âu lần thứ ba về Nhiễm trùng bệnh bạch cầu. Chăm sóc quan trọng 2010;14. https://doi.org/
10.1186/cc9365.
[180] Wickes BL, VQG Wiederhold. Chẩn đoán phân tử trong nấm học y tế. Nat
Cộng đồng 2018;9. https://doi.org/10.1038/s41467-018-07556-5.
~
[181] Sancho-Tello S, Bravo D, Borras R, Costa E, Mu noz-Cobo B, Navarro D. Hiệu suất của lightCycler
septiFast test cấp M trong việc phát hiện mầm bệnh vi khuẩn trong chất lỏng có mủ. J Clin
Microbiol 2011;49:2988e91. https://doi.org/10.1128/JCM.00359-11 .
[182] Steinmann J, Buer J, Rath PM. Phát hiện Aspergillus fumigatus trong các mẫu máu từ bệnh nhân
nguy kịch tại các đơn vị chăm sóc đặc biệt bằng cách sử dụng xét nghiệm septifast. J Clin
Microbiol 2016;54:1918e21. https://doi.org/10.1128/ JCM.00478-16.
€
[183] Fuchs S, Lass-Florl C, Posch W. Hiệu suất chẩn đoán của xét nghiệm PCR ghép kênh mới đối với
bệnh thiếu máu ở bệnh nhân ICU. J Nấm 2019;5. https:// doi.org/10.3390/jof5030086.
[184] Zboromyrska Y, Cilloniz C, Cobos-Trigueros N, Almela M, Hurtado JC, Vergara A, và cộng sự. Đánh
giá xét nghiệm thời gian thực về nhiễm trùng huyết MagicplexTM để chẩn đoán nhanh các bệnh
nhiễm trùng máu ở người lớn. Tế bào phía trước lây nhiễm vi sinh vật 2019;9:1e8. https://
doi.org/10.3389/fcimb.2019.00056.
[185] Trại I, Spettel K, Willinger B. Các phương pháp phân tử để chẩn đoán bệnh nấm candida xâm lấn.
J Nấm 2020;6:1e14. https://doi.org/10.3390/ jof6030101.
[186] Truy cập trực tuyến: ngày 15 tháng 3. Tiến hóa sinh học. https://www.bio-evolution.net/
index.php/en/mycology/17-aspergillus-fumigatus.
[187] Denis J, Forouzanfar F, Herbrecht R, Toussaint E, Kessler R, Sabou M, và những người khác.
Đánh giá hai bộ kit PCR thời gian thực thương mại để phát hiện DNA Aspergillus trong dịch rửa
phế quản phế nang ở bệnh nhân mắc bệnh aspergillosis phổi xâm lấn. Chẩn đoán J Mol
2018;20:298e306. https://doi.org/ 10.1016/j.jmoldx.2017.12.005.
~
[188] Guinea J, Padilla C, Escribano P, Munoz P, Padilla B, Gij trên P, et al. Đánh giá MycAssayTM
Aspergillus để chẩn đoán bệnh aspergillosis phổi xâm lấn ở bệnh nhân không bị ung thư huyết
học. PLoS One 2013;8. https://doi.org/ 10.1371/journal.pone.0061545.
[189] Rath PM, Steinmann J. Tổng quan về các xét nghiệm PCR thương mại hiện có để phát hiện Aspergillus
spp. DNA trong mẫu bệnh phẩm. Mặt trận Vi sinh 2018;9. https://doi.org/10.3389/fmicb.2018.00740.
[190] Chong GLM, Van De Sande Wwj, Dingemans GJH, Gaajetaan GR, Vonk AG, Hayette MP, et al. Xác nhận
xét nghiệm PCR thời gian thực Aspergillus mới để phát hiện trực tiếp Aspergillus và tính kháng
azole của Aspergillus fumigatus trên dịch rửa phế quản phế nang. J Clin Microbiol
2015;53:868e74. https://doi.org/10.1128/JCM.03216-14 .
[191] Chong GM, van der Beek MT, von dem Borne PA, Boelens J, Steel E, Kampinga GA, et al. Phát hiện
đột biến Aspergillus fumigatus Cyp51A dựa trên PCR khi rửa phế quản phế nang: xác nhận đa
trung tâm đối với xét nghiệm AsperGenius® ở 201 bệnh nhân mắc bệnh về huyết học bị nghi ngờ
mắc bệnh aspergillosis xâm lấn. J Hóa chất kháng khuẩn 2016;71:3528e35. https://doi.org/10.1093/
JAC/DKW323.
[192] Truy cập trực tuyến: ngày 20 tháng 3. Bệnh học. www.pathonostics.com%0A/prod-uct/aspergenius%0A.
[193] PL trắng, Posso RB, Barnes RA. Đánh giá phân tích và lâm sàng của xét nghiệm aspergenius bệnh
lý để phát hiện bệnh aspergillosis xâm lấn và
Machine Translated by Google
A. Mendonça, H. Santos, R. Franco-Duarte và cộng sự.
kháng thuốc kháng nấm azole trực tiếp từ mẫu huyết tương. J Clin Microbiol 2017;55:2356e66.
https://doi.org/10.1128/JCM.00411-17.
[194] Truy cập trực tuyến: ngày 17 tháng 3. Bruker. www.bruker%0A.com/en/products-and-solutions/
microbiology-and-diagnostics/molecular-diagnostics/fungiplex-aspergillus.html%0A.
[195] Scharmann U, Kirchhoff L, Hain A, Buer J, Koldehoff M, Steinmann J, và cộng sự.
Đánh giá ba xét nghiệm PCR thương mại để phát hiện Aspergillus fumigatus kháng azole
từ các mẫu hô hấp của bệnh nhân bị suy giảm miễn dịch. J Nấm 2021;7:1e10. https://
doi.org/10.3390/jof7020132.
[196] Truy cập trực tuyến: ngày 22 tháng 3. ElitechGroup.elitechgroup.com%0A/product/ aspergillus-
elite-mgb-kit%0A.
[197] Grancini A, Orlando A, Lunghi G, Consonni D, Pozzi C, Rossetti V, et al.
Đánh giá PCR thời gian thực Aspergillus spp. trong các mẫu rửa phế quản phế nang. Vi
sinh vật mới 2018;41:67e70.
[198] Truy cập trực tuyến: ngày 30 tháng 3. Ingenetix. https://www.ingenetix.com/produkt/human/
Aspergillus/ .
[199] Kidd SE, Chen SCA, Meyer W, Halliday CL. Kỷ nguyên mới trong chẩn đoán phân tử đối với
bệnh nấm xâm lấn: chúng ta đã sẵn sàng chưa? Mặt trận Vi sinh 2020;10:1e20. https://
doi.org/10.3389/fmicb.2019.02903.
[200] Dannaoui E, Gabriel F, Gaboyard M, Lagardere G, Audebert L, Quesne G, và những người khác.
Chẩn đoán phân tử bệnh aspergillosis xâm lấn và phát hiện tình trạng kháng azole bằng
bộ PCR mới được thương mại hóa. J Clin Microbiol 2017;55:3210e8. https://doi.org/10.1128/
JCM.01032-17.
[201] Jenks JD, Spiess B, Buchheidt D, Hoenigl M. Phương pháp phát hiện tình trạng kháng
Aspergillus fumigatus trong các mẫu lâm sàng. Đại diện lây nhiễm nấm Curr 2019;13:129e36.
https://doi.org/10.1007/s12281-019-00342-w.
[202] Prattes J, Hoenigl M, Zinke SEM, Heldt S, Eigl S, Johnson GL, và những người khác. Đánh
giá xét nghiệm phản ứng chuỗi polymerase AspID mới để phát hiện Aspergillus
21
Nghiên cứu vi sinh 173 (2022) 103915
loài: một nghiên cứu thí điểm. Mycoses 2018;61:355e9. https://doi.org/10.1111/ myc.12757.
[203] Mulet Bayona JV, Salvador García C, Tormo Palop N, Gimeno Cardona C.
Xác nhận và triển khai xét nghiệm PCR thời gian thực thương mại để phát hiện trực tiếp
Candida auris từ các mẫu giám sát. Mycoses 2021: 1e4. https://doi.org/10.1111/myc.13250.
[204] Huh HJ, Lim KR, Ki CS, Huh K, Shim HJ, Song DJ, và những người khác. Đánh giá so sánh
giữa bộ PCR RealStar Pneumocystis jirovecii và Bộ PCR AmpliSens Pneumocystis jirovecii
(carinii)-FRT để phát hiện P. Jirovecii ở bệnh nhân suy giảm miễn dịch không nhiễm HIV.
Ann Lab Med 2019;39:176e82. https://doi.org/10.3343/alm.2019.39.2.176.
[205] Montesinos I, Delforge ML, Ajjaham F, Brancart F, Hites M, Jacobs F, et al.
Đánh giá xét nghiệm PCR thời gian thực thương mại mới để chẩn đoán bệnh viêm phổi do
Pneu-mocystis jirovecii và xác định các đột biến dihydropteroate synthase (DHPS). Chẩn
đoán vi sinh vật lây nhiễm Dis 2017;87:32e6. https://doi.org/ 10.1016/
j.diagmicrobio.2016.10.005.
[206] Truy cập trực tuyến: ngày 28 tháng 3. OlmDiagnostics. http://olmdiagnostics.com/products/
pneumid/ .
[207] Mercier T, Reynders M, Beuselinck K, Guldentops E, Maertens J, Lagrou K.
Phát hiện nối tiếp DNA niêm mạc lưu hành trong bệnh nấm niêm mạc xâm lấn: đánh giá đa
trung tâm hồi cứu. J Nấm 2019;5:1e10. https://doi.org/ 10.3390/jof5040113.
[208] Guegan H, Iriart X, Bougnoux ME, Berry A, Robert-Gangneux F, Gangneux JP.
Đánh giá xét nghiệm MucorGenius® mucorales PCR để chẩn đoán bệnh nấm niêm mạc phổi. J
Lây Nhiễm 2020;81:311e7. https://doi.org/10.1016/ j.jinf.2020.05.051.
[209] Truy cập trực tuyến: 23 tháng 3. Bệnh học. https://www.pathonostics.com/
sản phẩm/mucorgenius.