 Epigenetiğin tam olarak ne olduğunu anlamamız için ilk

önce kabaca genetik değişikliği tanımlamamız gerekir.

Genetik değişiklik, bir genin ana yapısında ya da
promötör bölgesinde meydana gelen ve fenotipik
varyasyonlara yol açan DNA dizisindeki değişikliklerdir.
Epigenetik ise DNA dizilerinden kaynaklanmayan fakat
gen ifadelenmesinde meydana gelen değişikliklerdir.
Diğer bir deyişle, kalıtımsal olup genetik değişikliklerden
kaynaklanmayan fenotipik farklılıklardır.
6.1.1.Doğrudan Gen İfadelenmesini Kontrol
Eden Mekanizmalar
6.1.1.1.DNA Modifikasyonları

 DNA metilasyonu: Ökaryotlarda gen ifadelenmesi

birçok farklı yol ile kontrol edilmektedir. Bu yollardan
bir tanesi de epigenetik düzenlemeler içerisinde yer alan
DNA metilasyonudur. DNA metilasyonu ökaryotlarda
genin transkripsiyonunu durduran yani geni “ kapalı
(off)” periyoduna alan bir olaydır.
 Ökaryot DNA’sında bulunan sitozin bazı DNA metil
transferaz enziminin katalize ettiği bir reaksiyon ile 5-
metilsitozine (m5C) dönüşür. Bu durum genin ifadelenme
yeteneğinin azalmasına neden olur.
 Histon Modifikasyonları
 Asetilasyon: Histon proteinlerinin –C terminal ucunda
bulunan lizin ve arjinin kalıntılarına asetil gruplarının
bağlanması olayına asetilasyon adı verilir. Bu bağlanma
reaksiyonunu histon asetil transferaz (HAT) katalize eder.
Asetilasyon olayı 4. histonda meydana gelir. Asetilasyon
DNA ifadelenmesini pozitif yönde etkiler. Bir anlamda
genin “ açık (on)” pozisyonunda çalışmasını sağlar.
Bunun tam tersi olan deasetilasyon reaksiyonunu ise
histon deasetilaz enzimi (HDAC) katalizler ve
transkripsiyonu negatif yönde etkiler. Bu da genin “kapalı
(off)” pozisyonunda çalışmamasını sağlar.
 Histon metilasyonu histonun yapısında bulunan
aminoasitlere bir veya daha fazla sayıda metil grubunun
bağlanmasına denir. Genelde bu metil grubunun
bağlanması 3. histonda meydana gelir.
 Metilasyon histonda yer alan 3. ve 9. lizin amino
asitlerinde meydana gelir. L3’e metil bağlanması DNA
sarmalının açılmasını sağlar ve replikasyon,
transkripsiyon gibi aktiviteleri pozitif yönde etkiler. L9’a
metil bağlanması da bunun tam tersi olarak aktiviteleri
negatif olarak etkiler.
 Ubikitinasyon: Ubikitin (Ub) histonlarda yer alan lizin
kalıntılarına bağlanabilen küçük bir proteindir.
Ubikitinasyon olayı sonucunda proteinler yıkılım için
proteozom kompleksine girerek parçalanırlar.
 Sümoylasyon: SUMO adı verilen bir proteinin,
proteinlerde yer alan lizin kalıntılarına bağlanarak, bu
proteinlerin parçalanmasını engellemesi olayıdır.
 Dolaylı Yoldan Gen İfadelenmesini Kontrol Eden
Mekanizmalar

 RNA modifikasyonları
mikroRNA’ların Fonksiyonları
ve Tanı Aracı Olarak
Potansiyelleri

Prof. Dr. Kemal Özdem ÖZTABAK

İstUniVB
mikroRNA nedir?

Bu sorunun tam olarak cevabı bugün size sunacağım

sunumumun konusunu oluşturmaktadır.

Öncelikle mikroRNA(miRNA)’ların hangi konu başlığı

ve moleküller içerisinde değerlendirildiğini tespit
edelim.

İstUniVB
miRNA’lar RNA interferans (RNAi) sistemi içerisinde
Epigenetiğin bir konusu olarak yer almaktadırlar.

Bu durumda önce epigenetiğin ne olduğuna bakalım ve

sonra RNA interferans sistemini inceleyelim

İstUniVB
Epigenetik nedir?

İstUniVB
Epigenetik DNA dizileri üzerindeki değişikliklerden
kaynaklanmayan fakat gen ifadelenmesinde meydana
gelen değişiklikleri inceleyen bilim dalıdır.

Diğer bir deyişle, kalıtımsal olup genetik olmayan

fenotipik varyasyonları incelemektedir.

Bu değişiklikler hücreyi ya da organizmayı doğrudan

etkilemektedir ancak, DNA dizisinde hiçbir değişiklik
gerçekleşmemektedir.

İstUniVB
İstUniVB
DNA ve RNA molekülleri arasında farklılıkları
sıraladığımızda en önemli maddelerden biri olarak
«DNA molekülü çift zincirli iken RNA zinciri tek
zincirlidir» maddesini sayarız.

İstUniVB
Fakat RNA interferans sistemi içinde yer alan RNA
molekülleri bu bilgimizin aksine çift zincirlidirler. Bu
çift zincirli RNA’lar oldukça kısadır (ortalama 15-25nt).
Bu RNA molekülü tek zincir üzerinde birbirinin
komplementeri olan RNA dizilerinin katlanması
sonucunda oluşurlar.

İstUniVB
1998 yılında Andrew Fire ve Craig C. Mello isimli
araştırmacılar RNA interferans sistemi ile ilgili
çalışmaları başlatmışlar ve 2006 yılında Tıp ve Fizyoloji
Nobel Ödülünü almışlardır.

İstUniVB
Bu durumda RNA interferans sisteminin ne olduğuna
kısaca bir göz atarsak miRNA’ları daha iyi
anlayabiliriz.

İstUniVB
Ökaryot genomunda yer alan DNA’nın büyük bir
bölümü, RNA kodlamasına rağmen bu genomun çok
küçük bir miktarı (yaklaşık olarak % 3) fonksiyonel
proteinlerin sentezlenmesinde kullanılmaktadır.

Yakın zamana kadar genomun geri kalan kısmının çok

az önem içerdiği düşünülmekteydi.

İstUniVB
Fakat bu görüş, küçük RNA moleküllerinin keşfi ile
ortadan kalkmış oldu. Bu küçük RNA moleküllerinin
görev aldığı RNA interferans (RNAi) sistemi, post-
transkripsiyonel gen susturulması:
mRNA molekülünün diziye özgü yıkıma uğraması yada
translasyona girememesine neden olan bir sistemdir.

İstUniVB
RNAi molekülleri bitkiler aleminden hayvanlar
alemine, mayalardan memelilere kadar geniş bir canlı
skalasında gen aktifitesinin etkin bir şekilde
düzenlenmesini sağlar.

İstUniVB
Genom yapısının ve işlevinin düzenlenmesinde önemli
rol oynayan, keşfedilmeyi bekleyen işlevsel bakımdan
farklı birçok küçük RNA sınıfları olduğu görülmektedir.

İstUniVB
Gen ifadesinin susturulmasını sağlayan RNAi
mekanizmasında 3 tip RNA molekülü görev almaktadır.

small interfering RNA (siRNA)

short hairpain RNA (shRNA)
mikro RNA (miRNA/miR)

İstUniVB
Mikro RNA (miRNA) sentezi

MikroRNA (miRNA)’lar yaklaşık 21-25 nükleotitten

oluşan küçük endojen tek zincirli protein kodlamayan
RNA’lardır.
Bu küçük RNA’lar hayvanlarda transkripsiyon
sonrasında (post-transkripsiyonal) gen ifadelenmesini
translasyonu baskılıyarak yada mRNA degradasyonunu
indükleyerek negatif olarak düzenlerler.

İstUniVB
Olgun miRNA’lar enzimlerin yardımıyla bir tepkime
zinciri içerisinde üretilirler.
miRNA biyosentezi RNA polimeraz II enziminin
evsahibi genin intronunda yer alan miRNA bölgesinden
Pri-miRNA’nın transkripsiyonu ile başlar.

İstUniVB
Pri-miRNA’larda kararlı bir “stem loop”(sap-ilmik)
yapısına katlanmakta ve böylece miRNA prekürsörü
olan Pri-miRNA’lar oluşmaktadır. Bunların yaklaşık
uzunluğu 100-120nt ‘dir.

İstUniVB
Pri mi-RNA’nın Pre-miRNA’ya dönüşümü nükleusta
meydana gelmekte ve bunu Drosha ve çift zincirli RNA
(dsRNA) bağlayıcı protein (DGCR8)’i içeren bir
“mikroprosesör kompleks” sağlamaktadır.
Pre-miRNA 70-100nt’den oluşmaktadır.

İstUniVB
Daha sonra Pre-miRNA exportin 5 aracılığıyla
nukleustan sitoplazmaya taşınmakta ve sitaplazmada
Dicer adı verilen RNase III benzeri olan bir
endonükleaz ile miRNA dupleks’ine
(miRNA/miRNA*) çevirilmektedir. Bu dupleks 15-
20nt’den oluşmaktadır.

İstUniVB
Bu çift zincirli miRNA’nın bir zinciri pasenger, diğer zinciri ise
guide olarak isimlendirilir.
miRNA daha sonra silencer ve argonaut isimli proteinlerinde yer
aldığı RISC kompleksi ile birleşir.
Bunun ardından pasenger zincirin ayrılır ve tek RNA zincirli
aktif bir kompleks oluşturur.
miRNA- RISC kompleksi hedef genin 3´ UTR bölgesine
bağlanarak mRNA üzerinde deadenilizasyon, destabilizasyon ve
translasyonel represyonlara neden olur.

İstUniVB
İstUniVB
İlk miRNA, lin-4, 1993 yılında C. elegans’da
keşfedilmiş ve ilk miRNA terimi ise 2001 yılında
kullanılmaya başlanmıştır.
İkinci keşfedilen miRNA ise let-7 yine nemotodlarda
keşedilmiştir.

İstUniVB
Bu güne kadar 200’ün üzerinde canlı türünde (virüs,
bitki, hayvan v.b.) 25000’in üzerinde miRNA
keşfedilmiştir. Şu ana kadar insanlarda 1500’nin
üzerinde miRNA kaşfedilmiş ve halen artan sayıda
keşfedilmeye devam edilmektedir.

İstUniVB
Memelilerde türler içerisinde miRNA’lar oldukça
yüksek oranda korunmuş olarak bulunmaktadır.

İstUniVB
Memeli organ ve dokularındaki gen ifadelenmesinin
yaklaşık %30-60 kadarının miRNA’lar tarafından
düzenlendiği tahmin edilmektedir.

İstUniVB
Bu düzenlenmeler tüm fizyolojik ve patolojik süreçleri
kapsamaktadır.
Kök hücre farklılaşmasındaki hemen hemen tüm
hücresel olayları organ gelişim ve şekillenmesi

İstUniVB
Kardiyo vasküler hastalıklar

İstUniVB
kanser hücrelerinin gelişim ve metastazında fizyolojik
ve patofizyolojik tüm aşamalar

İstUniVB
yaşlanma ve metobolik bozuklukları kapsar.

İstUniVB
Bu örneklerin tamamında fizyolojik ve patolajik olayları
kontrol eden genlerin birçok miRNA tarafından
düzenlendiğini gördük.

Bunların yanı sıra, tek bir miRNA birçok geni ve buna

bağlı olarak çok sayıda fenotipi kontrol edebilir.
Bu duruma örnek olarak meme bezinde ifadelenen, yağ
asidi sentezi ve β-oksidasyondan yağ damlacığı
formasyonuna kadar bir çok geni kontrol eden miR-
103’ü örnek olarak verebiliriz.

İstUniVB
İstUniVB
İstUniVB
Meme tümörü örneği ile miRNA’ların
fonksiyonunu anlamak

miRNA’lar üzerine yapılan çalışmalar meme tümör

gelişiminin patogenezisinde miRNA’ların çok önemli
olduğunu göstermektedir.
Genel olarak tümör pataogenezi ile ilşkili olan
miRNA’lara onkomirler adı verilmektedir.

İstUniVB
Onkomirler etkiledikleri genler dikkate alınarak üç ana
gruba ayrılmıştır.
1-Tümör süpresör miRNA’lar,
2- Onkogenik miRNA’lar,
3- Her iki şekilde etki eden miRNA’lar.

İstUniVB
Tümörsüpressör miRNA’lar: Bu grupta dikkat çenen
miRNA’lar miR-15a, miR16 ve miR145’tir. Bu
miRNA’lar tümörbaskılayıcı etki gösterirler bu
etkilerini tümör oluşumuna neden olan onkogenlerin
ifadelenmesini baskılıyarak yaparlar. Meme
kanserinde bu miRNA’ların ifadelenme düzeylerinin
azaldığı bildirilmiştir.

İstUniVB
Onkogenik miRNA’lar: Bu grupta miR-21, miR29b ve
miR-214 yer almaktadır. Onkogenik miRNA’lar
tümörbaskılayıcı genlerin ifadelenme ürünlerini
degrede ederek onkogenik bir etki göstermiş olurlar.
Yapılan çalışmalar meme kanseri olgularında her iki
miRNA’nında ifadelenme düzeylerinin artmış olduğunu
göstermiştir.

İstUniVB
İstUniVB
Tümör süpressör ve onkogenik miRNA’ların
kombinasyonu: Bu grupta yer alan miRNA’lar belirli
bir tümör olgusunda tümör süpresör etki
gösterirlerken farklı bir tümör olgusunda ise
ongogenik etkiye sahiptirler.

İstUniVB
Örneğin miR181b kronik lefotik lekomia’da Tcl1
onkogeninin ürününü degrede ederek
tümörsüprossör bir etki gösteriken
memede tubular papillar karsinoma olgularında
istatistiki önem arz edecek şekilde ifadelenme
düzeyinin yükseldiği bildirilmiştir.
Bu durumda miR181b’nin meme tümörü olgularında
onkogenik bir etkiye sahip olduğunu
göstermektedir.
Benzer şekilde etki eden miR-17-5p, miR-155 ve let-
7f var olduğu yapılan çalışmalarla bildirilmiştir.

İstUniVB
Tanı aracı olarak miRNA’lar

MiRNA’ların dokulara spesifik oluşu,

serum, plazma, idrar, tükrük seminal sıvı, serobrosipinal
sıvı, intra selüler ve ekstroselüler sıvılar, kolostrum, süt,
başta olmak üzere vücut sıvılarında da tespit edilebilmeleri,

İstUniVB
Hastalıkların patogenezisindeki önemli rollerinin
bulunması

miRNA’ların fizyolojik durumların ve hastalıkların

erken teşhis ve tedavi takibinde non-invazif
biomarkörler olarak kullanılma potansiyellerinin
ortaya çıkmasını sağlamıştır.

İstUniVB
İnsan kanında çeşitli hastalık ve fizyolojik durumlarda
ifadelenmesi değişen 100 adet potansiyel biyomarkör
olarak kullanılabilecek miRNA önerilmiştir ve her
geçen gün yayınlanan yeni makaleler ile bu sayı ve
hastalık grubu artmaya devam etmektedir

İstUniVB
Bu potansiyel biyomarkörler;
prostat, meme, pankras, yumurtalık, kolarektal, gastrik,
sukuamoz hücre karsinomlarından, akçiğer kanseri gibi
bir çok kanser çeşitlerinden
kardiyo vasküler hastalıklar,
karaciğer ve metabolik bozuklukları,
sepsi,
sinir sistemi hastalıkları,
bipolar bozuklukla kadar uzanan geniş bir hastalık
yelpazesini kapsamaktadır.

İstUniVB
miRNA’larda aynı hormonların otokrin, parakrin ve
endokrin etkileri gibi, konumlandıkları genin ürününe
etki edebilirler. Yada kendilerinden çok daha uzakta
yada ayrı bir kromozomda yer alan bir genin ifadelenme
ürünü mRNA’yı degrede edebilirler. Yada farkı bir
dokuda ifadelenmiş mRNA’yı degrede edebilirler.

İstUniVB
miRNA’lar bir hücrede oluşturulduktan sonra eksozom
adı verilen lipid vesiküller içerisinde veya
lipoproteinlerle (HDL) ve RNA bağlayıcı proteinlerle
(AGO2 ve NPM1) kompleks oluşturmuş bir şekilde
dolaşıma verilirler.
Daha sonra etki edecekleri dokuda ulaşırlar ve hücre
içerisine girerek daha önce bahsettiğimiz şekilde olgun
miRNA’lara dönüşerek buradaki hedef mRNA’ları
degrede ederler.

İstUniVB
İstUniVB
 Cancer type Differentially expressed miRNAs

Diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL) miR-21, miR-155, miR-210

Glioblastoma miR-21

Acute myeloid leukemia (AML), Acute lymphoblastic leukemia (ALL) miR-92a

Gastric cancer (GC) miR-17-5p, miR-21, miR-106a, miR-106b, let-7a

miR-17-3p, miR-92

Colorectal cancer miR-29a, miR-92a

69 miRNAs absent in healthy controls

63 miRNAs absent in healthy controls

28 miRNAs absent in lung cancer patients

miR-25, miR-223
Lung cancer
miR-17-3p, miR-21, miR-106a, miR-146, miR-155, miR-191, miR-192, miR-203, miR-205, miR-210, miR-212, miR-

214

miR-1, miR-30d, miR-486, miR-499

miR-184

Oral and squamous cell cancer miR-31

miR-24

miR-155
Breast cancer
miR-195

miR-21, miR-29a, miR-92, miR-93, miR-99b, miR126, miR-127, miR-155

Ovarian cancer
miR-141

miR-16, miR-34b, miR-92a, miR-92b, miR-103, miR-107, miR-197, miR-328, miR-485-3p, miR-486-5p, miR-574-3p,
Prostate cancer
miR-636, miR-640, miR-766, miR-885-5p

miR-21, miR-155, miR-196a, miR-210

Pancreatic cancer
miR-210

Hepatocellular carcinoma miR-500

İstUniVB
miRNA’ların serum ve plazmada doku ve hastalığa
spesifik olarak artmış ifadelenme düzeyini tespit
edilebilir olması başta kanser olmak üzere bir çok
hastalıkta erken teşhisi ve teşhiste yüksek doğruluğa
olanak sağlamaktadır.
Ayrıca non-invazif bir yöntem ile belirleniyor olması da
kritik dokulardan biyopsi örneği alınması veya
amniosentez gibi potansiyel komplikasyona sahip
uygulamalarda riski ortadan kaldırması açısından büyük
önem arz etmektedir.

İstUniVB
Yeni geliştirilecek hızlı ve duyarlı test yöntemleri
sayesinde önümüzdeki yılların rutin tanı araçları olmaya
adaydırlar.

İstUniVB
Beni dinlediğiniz için teşekkür ederim

İstUniVB