Professional Documents
Culture Documents
alapjai
Nyitray Lszl
Pl Gbor
Tartalom
Elsz .......................................................................................................................................... x
1. ltalnos bevezet ...................................................................................................................... 1
1.1. A biokmia f tmakrei ................................................................................................... 1
1.1.1. Szerkezeti biokmia ............................................................................................... 1
1.1.2. Bioenergetika s enzimolgia ................................................................................... 1
1.1.3. Molekulris biolgia .............................................................................................. 2
1.2. Az lvilg egysge, az llnyek felptsnek, mkdsnek kzs vonsai, alapelvei ................ 2
1.2.1. A sejt, mint mkdsi alapegysg ............................................................................. 3
1.2.2. Az llnyek alacsony entrpij llapotot tartanak fent ................................................ 3
1.2.3. Az llnyek elemi kmiai sszettele hasonl ............................................................ 4
1.2.4. Az llnyek alapvet molekulris sszettele ............................................................ 5
1.2.5. Az llnyekre legjellemzbb makromolekulk: a kombinatorikus ptkezs alapelve ......... 5
1.2.6. Specifikus, dinamikus molekulris felismersek msodlagos ktsekkel ........................... 7
1.2.7. Az llnyekben a kmiai reakcikat enzimek katalizljk ............................................. 7
1.2.8. A sejtek molekulris felptse hierarchikus ................................................................ 7
1.2.9. Az rkletes informci trolsnak s kifejezsnek kzs alapelve ............................... 8
1.2.10. nreprodukci s vltozatossgteremts ................................................................... 8
1.2.11. A makromolekulris nszervezds alapelve ............................................................. 8
1.2.12. Az ATP, mint energiavaluta .................................................................................... 9
1.2.13. Molekulris motorok s molekulris gpek ............................................................... 9
1.3. Dimenzik a biokmiban .................................................................................................. 9
1.3.1. A fizikai kiterjeds mrettartomnya ........................................................................ 10
1.3.2. Idtartamok sklja .............................................................................................. 11
1.3.3. A biokmia terletre jellemz energiatartomnyok .................................................... 12
1.3.4. A biokmia terletre es tmegrtkek ................................................................... 13
1.3.5. Az llnyek genomjnak informcitartalma ........................................................... 14
2. Kmiai alapok .......................................................................................................................... 16
2.1. Az l szervezetek alapvet vegylettpusai ......................................................................... 16
2.1.1. Az atomokbl kmiai ktsek rvn vegyletek jnnek ltre ........................................ 16
2.1.2. A szn kzponti szerepe ........................................................................................ 17
2.1.3. Funkcis csoportok .............................................................................................. 17
2.1.4. A molekulk, funkcis csoportok brzolsa ............................................................. 20
2.2. A szerves vegyletek hromdimenzis szerkezete: konformci s konfigurci ......................... 21
2.2.1. Konfigurci I.: geometriai (cisz-transz) izomria ...................................................... 22
2.2.2. Konfigurci II.: kirlis centrumok s optikai izomria ................................................ 22
2.2.3. Konformci ....................................................................................................... 26
2.3. Az l szervezetekben lejtszd f reakcitpusok ............................................................... 27
2.3.1. Oxidci-redukci ................................................................................................ 29
2.3.2. Szn-szn kts hasadsa nukleofil szubsztitcival ................................................... 30
2.3.3. Molekuln belli csoporttrendezds ...................................................................... 33
2.3.4. Csoporttranszfer reakcik ...................................................................................... 34
2.3.5. Kondenzcis reakcik vzkilpssel ....................................................................... 35
2.4. A msodlagos klcsnhatsok (ktsek). ............................................................................ 36
2.4.1. A msodlagos klcsnhatsokrl ltalnossgban ....................................................... 36
2.4.2. A msodlagos klcsnhatsok tpusai ....................................................................... 37
2.4.3. Molekulris felismers gyenge msodlagos ktsekkel ................................................ 43
2.5. A vz alapvet tulajdonsgai s biokmiai szerepei ................................................................ 45
2.5.1. A vz f fizikokmiai adatai ................................................................................... 45
2.5.2. A vz, mint oldszer ............................................................................................. 46
2.5.3. A hidrofb hats (effektus) .................................................................................... 47
2.5.4. Ionegyenslyok vizes kzegben .............................................................................. 50
2.5.5. Sav-bzis reakcik vizes kzegben .......................................................................... 52
2.5.6. Puffer-hats ........................................................................................................ 56
2.5.7. Biolgiai pufferek ................................................................................................ 58
2.5.8. Biokmiai ksrletekben hasznlt pufferek ................................................................ 60
iii
iv
vi
vii
viii
ix
Elsz
Ezt az elektronikus tanknyvet azrt rtuk, hogy szilrd alapot nyjtsunk a biokmia s molekulris biolgia
csodlatos vilga irnt rdekld olvas szmra. Termszettudsok generciinak kutatsai nyomn a biokmia
s molekulris biolgia terletre sorolhat ismeretanyag olyan hatalmasra ntt, hogy annak teljes, rszletekbe
men sszefoglalsa, illetve az olvas oldalrl tekintve annak befogadsa lehetetlen feladat lenne. Egy tanknyvnek
termszetesen nem is az a clja, hogy az sszes ismeretet az olvas el trja. A cl sokkal inkbb az adott szakterlet
(aktulis szemllet szerint) legfontosabb tnyanyagnak s az egyes tnyek kztt fellelhet sszefggseknek,
ltalnos trvnyszersgeknek az ismertetse.
A biokmia s molekulris biolgia teljes spektrumt fellel, gazdagon illusztrlt, nagyalak angolszsz tanknyvek
terjedelme meghaladja az ezer oldalt. A szles spektrumon kvl a nagy terjedelem msik oka az, hogy a legtbb
ilyen tanknyv rendkvli rszletessggel trgyalja az egyes tmaterleteket.
A biokmia s molekulris biolgia alapjai cm elektronikus tanknyvet egy, a fentiekhez hasonlan tfog s
rszletes, tbbktetes m els rsznek sznjuk. Cmhez hven s szndkaink szerint ez az els knyv a
legalapvetbb krdseket tekinti t, amivel megalapozza a biokmiai jelleg trgyakat tanul hallgatk szmra
a ksbbi tanulmnyaikat. Termszetesen kisebb terjedelemben, egyktetes formban is trgyalhat lenne a
biokmia s molekulris biokmia, amennyiben az ismeretek teljes spektrumt megtartjuk, de minden terletrl
csak felsznes informcit nyjtunk. Egy ilyen ismeretterjeszt megkzeltsnek is megvannak az elnyei. Szlesebb
palettt knl az olvasnak azzal a szigor kiktssel, hogy alaposabb tuds tadsa, mlyebb megrts biztostsa
helyett inkbb az rdeklds felkeltsre szolgl.
Mivel egyetemi tanknyvet ksztettnk, mi inkbb azt a megkzeltst vlasztottuk, hogy a szles spektrumbl
az els ktet szmra kiemeltk az ltalunk legfontosabbnak tartott tmkat, s ezekrl alapos ismereteket
igyekeztnk nyjtani. A clunk az volt, hogy minden fejezet megalapozott, rthet legyen, s az egyes fejezetek
logikus rendben, egymsra plve kvessk egymst. Ez az elektronikus tanknyv ezltal lerakja a ksbb megrand
ktetek alapjait.
A ksbbi rszekben ismertetsre kerl majd a klasszikus biokmia f terlete, az anyagcsere is. Ezen kvl
ksbb a biokminak s molekulris biolginak azokat a specilis terleteit is ismertetjk majd, amelyek
meggyzdsnk szerint az egyetemi hallgatink tovbbi molekulris szint tanulmnyaihoz nyjtanak majd
segtsget. Kln fejezetet szentelnk a motorfehrjk mkdsnek, rszletesebben trgyaljuk a membrn csatornk
s pumpk mkdst, a jeltovbbt tvonalak egyes tpusait, az rzkels molekulris httert, a sejtciklus s az
apoptzis molekulris biolgijt, a molekulris evolci alapvonsait, vgl betekintst nyjtunk a
farmakobiokmiba is.
A tudomnyos megkzelts egyik alapvet jellemzje, hogy minden tudomnyos llts igazsgtartalma
megkrdjelezhet. Minden lltst csak addig fogadunk el, amg az sszhangban van a tapasztalatokkal. Ezrt
arra sztnzzk az olvast, hogy minden kijelentst fogadjon egyfajta egszsges kritikval, s gondolkozzon el
azon, hogy vajon az nem mond-e ellent az addigi ismereteinek. ltalnos tmutatknt fontosnak tartjuk megjegyezni
azt is, hogy mivel a biokmia szmos olyan terlettel foglalkozik, amely a szles kzvlemny szmra is izgalmas
(betegsgmechanizmusok feltrsa, gygyszerkutats, orvosi s igazsggyi diagnosztika, evolcikutats stb.),
ezrt az elsajttand ismeretek egy rsze mr nem szakmai forrsokbl is ismert, esetleg trivilis is lehet. Ennek
ellenre arra biztatjuk az olvast, hogy mg a mr ismersnek tn informcikat is kezelje jknt, gondolkozzon
el azok mlyebb jelentsgn, vegye szre, hogy milyen hatalmas intellektulis eredmny volt azok feltrsa, s
prblja meg ezeket az ismereteket is egy nagyobb, egysges ismeretanyagon bell logikailag elhelyezni. Ennek
elsegtsre a knyv szmos fejezetben igyekeztnk a puszta informcin kvl azt is bemutatni, hogy az adott
ismeretanyagot milyen ksrleteken keresztl sikerlt feltrni, bizonytani. Ezen fell arra is trekedtnk, hogy
felhvjuk a figyelmet a klnbz fejezetekben lert ismeretek szlesebb sszefggseire.
Elektronikus tanknyvrl lvn sz, igyekeztnk a szvegben minl tbb kereszthivatkozst elhelyezni, amelyek
megknnytik az olvas szmra a mr emltett sszefggsek knnyebb megtallst s megrtst. Nhny
tmakrhz animci kapcsoldik, amely angol nyelven mutat be egy-egy molekulris biolgiai folyamatot s a
gntechnolgiban fontos mdszert. A biokmia s molekulris biolgia megrtshez elengedhetetlen a
makromolekulk trszerkezetnek vizualizcija, a molekulris grafikai programok legalbb alapszint ismerete.
Errl a tmakrrl a biokmia mdszertannak gyakorlatorientlt bemutatsval egytt rszletesebb ismeretek
Elsz
tall az olvas az ELTE Biokmiai Tanszk szerzgrdja ltal rt kt msik elektronikus tanknyvben (Bevets
a biokmiba gyakorlati jegyzet s Gntechnolgia s fehrjemrnksg).
Egy igazn j tanknyv tl azon, hogy hasznos ismereteket tartalmaz, logikusan szerkesztett s knnyen kvethet,
a tnyek s sszefggsek ismertetsn fell gondolatokat is breszt az olvasban, felkelti annak kvncsisgt,
s j ismeretek szerzsre inspirl.
Azt, hogy ez a tanknyv mennyire felel meg a fenti kritriumoknak, csak az olvask dnthetik el.
Pl Gbor s Nyitray Lszl
xi
ltalnos bevezet
fel a sejt a r jellemz sszetettebb molekulkat, s ehhez a lebont folyamatokban keletkez ATP-t s a reduklt
koenzimeket hasznlja fel. A kt folyamat teht szorosan sszefgg, egymst felttelezi.
A bioenergetika, az anyagcsere kutats f clja az, hogy feltrja az adott llnyben lejtszd kmiai reakcikat,
az ezek egymsutnjbl szervezd tvonalakat, megllaptsa ezek funkcijt s a szablyozsuk mikntjt.
Szintn a bioenergetika foglalkozik a biokmiai reakcik termodinamikai httervel. A biokmikus arra kvncsi,
hogy milyen reakcik s folyamatok mennek vgbe az l rendszerekben spontn, mihez szksges kls
energiaforrs, s hogyan, milyen talakulsok sorn teremti el a sejt a biokmiai folyamatokhoz hasznosthat
energit.
A kmiai talakulsok vizsglatval kapcsolatos msik tudomnyterlet, az enzimolgia ezzel szemben mindig
egy-egy konkrt reakcira, vagy reakci tpusra fkuszl. Ezek idbeni lefutst az enzimolgia rszterlete, az
enzimkinetika vizsglja. Mint emltettk, minden sejtben egyidejleg kmiai reakcik szzai, ezrei jtszdnak le.
Ezek a reakcik a kmikus szemszgbl nzve alacsony hmrsklet ellenre nagy sebessggel jtszdnak le,
radsul preczen szablyozottak. Amikor ppen szksg van rjuk, akkor vgbemennek, amikor nincs rjuk
szksg, esetleg ppensggel krt okoznnak, akkor sznetelnek. A nagy reakcisebessg s a szablyozhatsg
kzs okra vezethet vissza. A sejtekben zajl kmiai reakcikat enzimek, dnt tbbsgben fehrjk, nhny
esetben RNS molekulk katalizljk. Az enzimolgia f clja az, hogy feltrja, az egyes enzimek milyen
mechanizmussal gyorstjk az ltaluk katalizlt kmiai reakcit. Ugyancsak fontos enzimolgiai krds, hogy az
egyes enzimek hogyan szablyozdnak. Mint lthat, az enzimolgia s a bioenergetika szorosan sszefgg
terletek, hiszen a bioenergetika ltal feltrand kmiai reakcik mindegyikt, st, a biolgiai folyamatok
mindegyikt enzimek katalizljk.
ltalnos bevezet
Mindezen kzs vonsok oka Charles Darwin vilgrenget evolcis elmlete, vagyis a fajok kzs eredete alapjn
ma mr trivilisnak tnik. A kzs alkotelemek s mkdsi mechanizmusok oka az, hogy az sszes ma ltez
llny egyetlen, tbb millird ve kialakult llny leszrmazottja. Az evolcis szemllet thatja a biolgia
minden gt, gy a biokmit s a molekulris biolgit is.
A molekulris biolgia kialakulsnak egyik, ha nem els mrfldkve a DNS kettsspirl szerkezetnek, majd a
genetikai kdnak a megfejtse volt. Kiderlt, hogy az rkletes informci egyszer, digitlis mdon troldik a
DNS-ben, s egy szablyrendszer alapjn kdol fehrjket. Az evolci molekulris szinten, kvantitatv mdon
tetten rhet a DNS genercirl genercira trtn rkletes megvltozsban. Az egyes fajok evolcis tvolsga
szmszersthetv vlt. A molekulris biolgia vvmnyai j utakat nyitottak az evolci mechanizmusainak
rtelmezsben, a fajok leszrmazsi tjainak rekonstrulsban. A fenti eredmnyeket nem kis rszben a
gntechnolgiai s bioinformatikai mdszertani forradalomnak ksznhetjk, melynek rszleteirl a mr emltett
Gntechnolgia s fehrjemrnksg e-knyvben tjkozdhatnak az olvask.
Ebben az alfejezetben rszletesebben is ttekintjk a minden llny felptsre, mkdsre kzsen jellemz
tulajdonsgokat, alapelveket.
ltalnos bevezet
ltalnos bevezet
Az 1.1. tblzat a klibaktrium (Escherichia coli) molekulris sszettelt foglalja ssze. Egyetlen vegylet, a
vz ltvnyosan kiemelt szereppel br, hiszen a baktriumsejt tmegnek mintegy 70%-t adja. Ugyanez igaz
brmely ms llny sejtjeire is. A tbbi, a vzzel nagyjbl azonos mrettartomnyba es kismolekulbl csak
nhny szzfle van. A tblzatbl azonnal kitnik, hogy a fehrjk s a nukleinsavak, teht a makromolekulk
jelenthetik az lvilg vltozatossgnak a f forrst, hiszen ezekbl mg egy baktrium esetben is tbb ezerfle
van. Radsul ezek adjk a baktriumsejt szrazanyagtartalmnak mintegy hromnegyedt.
ltalnos bevezet
ltalnos bevezet
rsze jelzi, a monomerek sorrendje informcit hordoz, az egyes elemek kicserlse megvltoztatja az informci
jelentst.
Az evolci sorn egy-egy megvltozott informci az adott krnyezetben hasznosnak bizonyulhat, fennmaradhat,
elszaporodhat.
ltalnos bevezet
ltalnos bevezet
ltalnos bevezet
Termszetbl fakadan a biokmia elssorban a mikrovilggal foglalkozik. Ebben a vilgban a fizikai kiterjeds
mretei, a vizsglt objektumok tmege, a lejtszd tipikus folyamatok idtartama, illetve a folyamatokhoz tartoz
energik rtke jelentsen eltr a htkznapi letben tapasztaltaktl. rdemes emiatt megvizsglni, hogy az egyes
fizikai paramterek tekintetben milyen mrettartomnyokban vizsgldik a biokmia, s ezek kztt a tartomnyok
kztt milyen sszefggsek fedezhetk fel (lsd 1.3. bra).
10
ltalnos bevezet
A rszletek azonban zmmel rejtve maradnak. A biokmia rdekldsi tartomnyba es legtbb objektum mrete
lnyegesen kisebb ennl a felbontsi hatrnl. A legtbb szupramolekulris komplex, mint pldul a riboszma,
a nhnyszor tznanomteres tartomnyba esik. Ezek lekpezshez a lthat fny helyett egy annl jval kisebb
hullmhossz sugrzst kell alkalmazni. Az els olyan technika, ami a fnymikroszkpnl lnyegesen nagyobb
felbontst eredmnyezett, az elektronmikroszkpia volt. Az itt alkalmazott elektronnyalbok hullmhossza akr
100 ezerszer is rvidebb lehet, mint a lthat fny, gy a felbontsi hatr nhny nanomteres. Ezzel a felbontssal,
s klnbz, itt nem rszletezett eljrsokkal (pldul krio-elektronmikroszkpia) mr a riboszmk, s egyb
szupramolekulris komplexek alakja, ezek egyes rszletei is lthatv vltak.
Az atomok, s a kmiai ktshosszak mrettartomnya azonban a tizednanomteres tartomnyba esik. A szerves
molekulban lv sznatomok kztti kovalens kts hossza nagyjbl 0,15 nm. Ennek a tartomnynak a
knyelmesebben hasznlhat, br nem SI mrtkegysge az Angstrm, ami a nanomter egytized rsze. Az
atomok tvolsga a molekulkban teht az Angstrm () tartomnyba esik. A szupramolekulris komplexek (~300
) a makromolekulk (~50 ) s a kismolekulk (~5 ) atomi felbonts lekpezse csak olyan technikkkal
lehetsges, amelyek felbontsi hatra az Angstrm tartomnyban van.
Mint ksbb kicsit rszletesebben ltni fogjuk, kt f technika biztost ilyen atomi felbontst. Az egyik a
rntgendiffrakci, amely akr 1 alatti hullmhosszsg elektromgneses sugrzst alkalmaz. A vizsglt
mintban az objektumok (kismolekulk, makromolekulk, vagy akr szupramolekulris komplexek) szablyos
elrendezdssel kristlyt alkotnak. A molekulkban lv atomok relatv trbeli elrendezdst a kristlyra irnytott
rntgensugr szrdsi kpbl matematikai eljrsokkal rekonstruljk (rntgenkrisztallogrfia). Az eljrs
nagyon nagy felbontst eredmnyez, s a vizsglt objektum mrete a kismolekulktl a hatalmas komplexekig
terjedhet. A mdszer f korltai a kristlyosts felttelbl fakadnak. Egyrszt nem minden molekulbl sikerl
kristlyt kpezni. Alternatv megolds lehet, ha a makromolekula legalbb rostokat kpez; ilyen n. rostdiffrakcis
technikval vizsgltk elszr a DNS trszerkezett, s ilyen ksrleti adatok felhasznlsval alkotta meg Watson
s Crick a DNS ketts spirl modelljt. Egy msik elkerlhetetlen krds, hogy a kristlyban meghatrozott szerkezet
azonos-e a molekula oldatban mutatott szerkezetvel.
A mgneses magrezonancia (NMR) spektroszkpia, mint szerkezetvizsgl eljrs rviden azon alapul, hogy
az egymshoz kzeli atomok magjainak mgneses tulajdonsgai fggnek a krnyezetkben lv egyb atomok
magjainak milyensgtl s mgneses llapottl. Ennek a fggsnek nagyon szigor tvolsgfggse van, s ezen
keresztl a molekula egyes atomjainak egymshoz kpesti tvolsga meghatrozhat. Megfelel mennyisg s
minsg tvolsgadatbl egyfajta hromdimenzis trkpszeti eljrssal az egyes atomok egymshoz viszonytott
pozcija meghatrozhat. A mdszer hatalmas elnye, hogy kristlyosts nlkl, oldatban vizsglja a molekulkat,
s a molekulban zajl mozgsokrl is informcit szolgltat. A htrnya az, hogy egyelre a legnagyobb
vizsglhat molekulk mrete a kisebb fehrjk mretnek felel meg.
Az emltett eljrsokkal teht optikai, vagy egyb fizikai s matematikai eljrsokkal lekpezhetk, lthatv
tehetk az egyes molekulk. Ennek felbecslhetetlen rtke van a megismers folyamatban. Az emberi elme
nagyrszt a ltson keresztl szerez informcikat a klvilgrl. Egy objektum ltvnya hatalmas segtsget ad
ahhoz, hogy megrtsk, az hogyan mkdhet. A molekulk szerkezetvizsglatnak eredmnyei nagyban
hozzjrulnak ahhoz, hogy megrtsk a makromolekulk klcsnhatsainak mikntjt vagy az enzimek
hatsmechanizmust. A szerkezet ismerete abban is nagy segtsget nyjt, hogy terpis szempontbl fontos
tmadsi pontok, pldul egyes betegsgekben bizonyos tlmkd fehrjk ellen gtlszereket fejlesszenek.
11
ltalnos bevezet
nanoszekundumos skln zajlik, teht msodpercenknt akr egymillirdszor is megtrtnhet. A DNS kt szlnak
loklis szttekeredse a mikroszekundumos (egy milliomod msodperc) skln zajlik, s a leggyorsabb
enzimreakcik is nagyjbl ilyen skln mennek vgbe. Ezzel kapcsolatban rdemes megjegyezni, hogy az
enzimreakcik sorn szmos ktsnek kell egyms utn elmozdulnia, az enzim oldalrl domn mozgsok is
szksgesek lehetnek, ezrt a leggyorsabb reakci is lassabb kell, hogy legyen, mint az azt megalapoz, a
pikoszekundumos s nanoszekundumos skln zajl elemi mozgsok. A legtbb enzimreakci ugyanakkor a
milliszekundumos skln, vagy ennl lassabban zajlik. Figyelemre mlt, hogy ez a tartomny mr a mindennapi
letnk egyes kilezett helyzeteiben is jelentkezik, pldul egyes sportgakban mr ezredmsodperces idbontsban
kell mrni ahhoz, hogy eldnthet legyen, ki nyert. Az emberi reakciid a tizedmsodperces skln mozog,
sszhangban azzal, hogy az szlelstl a cselekvssorig szmos, ezredmsodperces skln zajl molekulris
trtnsnek (pl. membrntranszportok, akcispotencil vgighaladsa, motorfehrjk mkdse) kell megtrtnnie.
Az aminosavak riboszma ltali sszekapcsolsa a tizedmsodperces skln zajlik (eukaritkban 6-9 aminosav
pl be a lncba msodpercenknt), gy egy nagyobb fehrje szintzise akr percekig is eltart. Ez mr sszemrhet
idtartam pl. egy intenzven osztd baktrium genercis idejvel (20-30 perc) amelynek sorn a kt j sejt
ltrehozshoz fehrjk znt kell ellltani, s le kell msolni a tbb milli nukleotid egysgbl ll genomot
(a replikci sebessge prokaritkban 1-2 ezer nukleotid msodpercenknt, az eukaritkban ennl lassabb,
mintegy 100 bzispr/sec).
A kiterjedsre vonatkoz mrettartomnyoknl mr megemltettk a hierarchikus felplssel mutatott prhuzamot.
Ezt az id esetben is rdemes megjegyezni. Az llnyekben zajl folyamatok az id tekintetben egyfajta
hierarchiba rendezhetk. A legalapvetbb s leggyorsabb ktsrezgsekbl illetve ktsek krli forgsokbl
szervezdnek ssze a nagyobb lptk sszerendezett mozgsok, amelyek a makromolekulk s a szupramolekulris
komplexek mkdsre jellemzek.
12
ltalnos bevezet
A tblzat az egyes objektumok legnagyobb tmrjt is feltnteti. Ezzel kapcsolatban rdemes megjegyezni, hogy
az egyes objektumok kztti, a mret s a tmeg oszlopokban jelentkez arnyok nem azonosak. Ha kt objektum
alakja azonos, akkor amennyiben az tmrk arnya x, gy a tmegek arnya kzel x3 rtknek vrhat. Ennek
oka, hogy amg az tmr csak egy trdimenziban, a trfogat 3-dimenziban rvnyesl. Azonos alak esetn teht
egy 2-szer nagyobb tmrj test 23-szor, azaz 8-szor nagyobb trfogat lesz a msiknl, ami azonos srsg
esetn nyolcszoros tmeget jelent. A tmeg SI mrtkegysge a kilogramm, de az atomok s molekulk vilgban
ez a mrtkegysg tlontl nagy egysget jelent a knyelmes hivatkozshoz. Ezrt bevezettk a Dalton (Da)
mrtkegysget. Definci szerint a 12C sznizotp tmegnek 1/12-ed rsze egy Da. Mivel a 12C sznizotp 6
13
ltalnos bevezet
protont, 6 neutront s 6 elektront tartalmaz (mely utbbi tmege elhanyagolhat), ezrt a Da egysg tulajdonkppen
a proton s a neutron tmegnek az tlaga. Azokat a molekulkat, amelyeknek a tmege meghaladja az 1000 Dat, definci szerint makromolekulknak nevezzk. Ezek esetben a Da helyett a kilodalton (kDa) egysget szoktuk
hasznlni. A vrusok, sejtalkotk, sejtek tmegt mr nem praktikus Da egysgekben kezelni, a tblzat ezek
esetben a gramm billiomod (1/1012) rszben, pikogrammban adja meg a tmeget.
Alulrl felfel haladva elsknt a Haemophilus influenzae baktrium szerepel, amelynek 1,8 Mbp (1,8 milli
nukleotid monomer tagszm) genomja az egyik legkisebb ismert genom. Ez a genom mindssze 1700 gnt hordoz.
Ehhez kpest egy msik baktrium, a modellllny Escherichia coli majdnem ktszer annyi, 3200 gnnel
rendelkezik, a genommrete 4,6 Mbp. A klibaktrium legtbb trzse egyfajta szimbizisban l melegvr llatok
blrendszerben, de ismertek olyan trzsei is, amelyek a krnyezetben nllan, gazdaszervezet nlkl lteznek.
A H. influenzae ugyanakkor egy sejten bell lskd parazita. Az lskd letmd rvn ez utbbi baktrium
a fggetlenebb letmdhoz szksges mintegy 3000 gn felt az evolci sorn elveszthette, mivel az ezek ltal
kdolt funkcik vagy egyltaln nem szksgesek egy eukarita sejt belsejben, vagy ha igen, akkor azt az eukarita
gazdaszervezet biztostja. A klibaktrium gnjeinek szma teht azt jelzi, hogy egy autonm mkdsre kpes,
nem extrm krlmnyek kztt l prokarita szervezet nagyjbl ennyi gnnel kpes a vltoz krlmnyek
kztt letben maradni, szaporodni.
A soron kvetkez plda szintn egy modellllny, a srleszt (Saccharomices cerevisiae), amely letmdjt,
anyagcserjt tekintve hasonlt a klibaktriumra. Szintn egysejt, de felptst tekintve mgis lnyegileg
klnbzik, hiszen eukarita. Ebben a baktriumoknl bonyolultabb bels felpts llnyben, amelyben az
organellumoknak egytt kell mkdnik, ktszer annyi gnt tallunk (6300 gn), mint az E. coli-ban, s a
genommrete (12 Mbp) is tbb mint duplja a klinak (4,6 Mbp).
A listban a kvetkez modellllat az ecetmuslica (Drosophila melanogaster). rdemes megfigyelni, hogy ennek
a tbbsejt, valdi szvetekkel rendelkez, az egysejteknl ltvnyosan sszetettebb felpts llnynek az
14
ltalnos bevezet
eukarita egysejt leszthz kpes tbb mint ktszer annyi gnje van. A tbbsejt lt lnyegesen tbb informci
kdolst kveteli meg a genomban. Egyrszt az egyes sejteknek egymssal kommuniklniuk kell, ami olyan
fehrjket ignyel, amik az egysejtekben alig fordulnak el. Msrszt egy valdi szvetekkel rendelkez llny
klnbz sejtjei jelents mrtkben klnbznek egymstl annak megfelelen, hogy melyik milyen funkcit
tltenek be. Mrpedig egy tbbsejt llny minden sejtje ugyanazt a genomot tartalmazza, csak a genombl
sejttpusonknt ms s ms informcirszlet fejezdik ki. Ez a tny, a szvetspecifikus gnkifejezdst s a
komplex egyedfejldst lehetv tev sszetett szablyozsi mechanizmusok szmos j fehrje kialakulst
ignyeltk.
Azt is rdemes megfigyelni, hogy az ecetmuslica gnjeinek a szma ugyan csak kb. ktszeresen haladja meg az
lesztt, de genomjnak bzisprban kifejezett mrete mintegy tzszer nagyobb. Vagyis egy gnre tlagosan tszr
annyi DNS jut, mint az leszt esetn. Ennek az oka termszetesen nem az, hogy minden gn, s ezzel kapcsolatban
minden fehrje vals informcitartalma, teht mrete megtszrzdtt. A drasztikus DNS mennyisg nvekeds
egyrszt abbl fakad, hogy a gnek j rsze a vgleges RNS produktumba be nem kerl, az elsdleges RNS
tiratbl fizikailag eltvoltd szakaszokat, intronokat is kdol. A vgleges RNS tiratba csak az exonnak nevezett
szakaszok kerlnek be. A gnmennyisg nvekedst meghalad mrtk DNS mennyisg nvekeds msik oka
az, hogy a gnek kztti, ltszlag funkci nlkli szakaszok mrete drasztikusan megn (ezt a nem lineris
sszefggst az evolcibiolgiban C-rtk paradoxonnak nevezik).
rdemes megfigyelni, hogy a tblzatban szerepl tbbi faj (a fonalfreg, Caenorhabditis elegans, a ldf,
Arabidopsis thaliana s az ember, a Homo sapiens gnszma mr nem mutat nagysgrendi eltrst az
ecetmuslichoz kpest, de a fizikai genommretk annl inkbb eltr. A komplexits teht itt mr nem arnyos
a gnek szmval. A nvekv komplexitst valsznleg az evolci sorn egyre sszetettebb vl szablyozsi
mechanizmusok kialakulsa tette lehetv, semmint a gnek puszta szmnak nvekedse. A komplexits
elssorban a fehrje klcsnhatsok szmval mutat sszefggst. A fehrje klcsnhatsok szmnak nvekedse
maga utn vonja a szablyozsi lehetsgek s vgs soron a komplexits nvekedst. (Egy faj sszes molekulris
klcsnhatst egyttesen manapsg az interaktom kifejezssel jellik. A komplexebb llnyekben az interaktom
mrete nagyobb.)
Az emberi (s a tbbi gerinces) genomnak a tbbi, a tblzatban szerepl fajhoz viszonytott nagysgrendekkel
nagyobb mrete a nem-kdol DNS szekvencik (belertve az intronok mrett is) megnvekedett mretre
vezethet vissza. Ezeknek a nagyobb rszt ismtld szekvencikat tartalmaz DNS szakaszoknak a funkcijt
ma mg pontosan nem ismerjk. A fehrjket kdol szekvencik a teljes genom mindssze ~1%-t teszik ki.
Megemltjk vgl, hogy a gerincesek genommrete nem a legnagyobb az lvilgban, mivel pldul egyes
ktltek s nvnyek genommrete akr 1011 bzispr is lehet (az emberi genom 3,2109, egy tdshal genomja
1,31011, a legnagyobb virgos nvny pedig 1,51011bzisprbl ll). A humn DNS informcitartalmt a 3.
animci mutatja be.
15
16
Kmiai alapok
2.2. bra: A szn mind a ngy f biogn elemmel stabil kovalens ktst kpez
17
Kmiai alapok
molekulk gy is felfoghatak, mintha egy csak sznbl s hidrognbl ll molekula megfelel hidrogn atomjait
helyettestennk az adott funkcis csoportokkal (lsd 2.3. bra).
18
Kmiai alapok
19
Kmiai alapok
A csak nitrognbl, sznbl s hidrognbl ll guanidino-csoport viszonylag ers bzis, ami semleges kmhats
kzegben protont vesz fel. Ezt a csoportot tbbek kztt az arginin aminosav funkcionlis csoportjaknt talljuk
meg a szervezetben. A heterociklusos gyrt tartalmaz imidazol-csoport legjellegzetesebb elfordulsi helye a
hisztidin aminosav oldallnca. Ez a csoport tbbek kztt azrt nevezetes, mert a protonltsgi llapotnak vltozsa
a semleges krli pH tartomnyban megy vgbe. A semlegesnl kiss alacsonyabb pH-n protonlt, s ilyenkor
sav-bzis reakcikban gyenge savknt viselkedik, e feletti pH-n viszont nincs protonlva, teht ekkor sav-bzis
reakcikban bzisknt protont tud felvenni. Az imidazol-csoport ezen fell fmek s fmionok koordincis
ktsben is szerepet jtszik.
A szulfhidril-csoport (SH) lnyegesen reaktvabb, mint az oxigntartalm alkoholos hidroxil prja. A szulhidrilcsoport oxidatv krnyezetben diszulfidot kpez. Tipikus plda erre a fehrjk esete. A sejten belli,
citoplazmatikus tr reduktv kzeg, gy az itt mkd fehrjk zme nem tartalmaz diszulfidhidat. A sejten kvlre
szlltott, vagy a sejt kls felletn mkd fehrjk j rsze azonban diszulfidhidakat tartalmaz. A szulfhidrilcsoport a redoxfolyamatok mellett azrt is emltsre mlt, mert gyakran vesz rsz fmek koordinlsban is. A
mr emltett tioszter-csoport rszeknt is tallkozunk vele.
A klnbz anhidridek (karbonsav-anhidrid, foszforsav-anhidrid, vegyes sav-anhidrid) aktivlt llapotot kpvisel
bomlkony molekularszletek. Foszforsav-anhidrid csoportokat tallunk pldul az ATP molekulban, ilyen csoport
sznik meg ATP-ADP vagy ATP-AMP talakulsok sorn. Az ATP-ADP talakuls sorn egy foszforilcsoport
tvitele trtnik meg. Ha ez a csoport kzvetlenl vzre kerl, gy a reakcit hidrolzisnek hvjuk, s ekkor ADP
mellett szervetlen foszft keletkezik. Hidrolzis trtnik pldul az ATP-vel mkd molekulris motorok, pldul
a miozin esetben, ahol a felszabadul energia egy rsze mechanikai munkra foghat. Az ATP azonban szmos
egyb mdon is talakulhat, pldul gy, hogy a foszforilcsoport vz helyett egy msik molekulra kerl. A glkz
lebontshoz vezet folyamat, a glikolzis els lpsben a foszforilcsoport pldul a glkz 6-hidroxiljra kerl,
gy glkz-6-foszft keletkezik.
20
Kmiai alapok
A molekulkat leginkbb valszeren bemutat trkitlt modellben a molekult alkot atomok a rjuk jellemz
van der Waals sugar gmbknt kerlnek brzolsra, az identitsukat pedig egyezmnyes sznekkel szoks
jelezni (pl. a szn fekete, a hidrogn fehr, az oxign piros, a nitrogn kk, a kn srga stb.). A 2.5. bra a
legegyszerbb aminosav, a glicin trkitlt brzolst mutatja.
Ahol kt atom kztt kovalens kts van, ott a kt atom megfelel gmbje egymssal tfed. Az gy kialakul
felszn nagyjbl megmutatja a molekula van der Waals felsznt. Ez az brzolsi md jl mutatja a molekult
alkot atomok relatv mreteit illetve az egyes molekulk egymshoz viszonytott mrett. Ugyanakkor egy ilyen
brzolsban a kovalens ktsek hossza, azok egymssal bezrt szge nem jl lthat. Annak rdekben, hogy
ezek a tulajdonsgok is ltszdjanak, bevezettk a goly-plcika modellt, amelyben minden atom van der Waals
sugart azonos arnyban lecskkentettk. gy a klnbz atomok egymshoz viszonytott mretarnya megrzdik,
mikzben a kzttk ltrejv ktsek is jl jelezhetv vlnak.
2.5. bra: A glicin trszerkezete, az atomokat van der Waals sugar gmbknt brzolva
Amikor az atomok mretviszonyait s a ktshosszakat nem kvnjuk brzolni, egy tovbbi egyszerstssel
szerkezeti kpleteket rhatunk fel. Ebben az esetben az egyes atomokat az egybets kdjuk mutatja, a kzttk
lv, bemutatni kvnt kovalens ktseket s ezek szmt (egyszeres, ktszeres vagy hromszoros kts) megfelel
szm vonallal jelezzk, valamint a ktsek egymssal bezrt hozzvetleges szgt is brzolhatjuk. A molekula
trbeli elrendezdst ebben az brzolsi mdban is jelezni lehet. Ehhez azokat a ktseket, amelyek a lap skjbl
az olvas fel es trrszbe mutatnak teli hromszggel, mg a htrafel es trrszbe mutatkat cskozott
hromszggel jelezzk.
A trbeli elrendezdsnek komoly jelentsge van. Az egyes funkcis csoportok milyensgn s kapcsoldsi
rendjn kvl ezek trbeli elrendezdse is befolysolja a molekula fizikokmiai tulajdonsgait. Amennyiben az
egyik trbeni elrendezdsbl a msikba csak kovalens kts(ek) ideiglenes felszaktsn keresztl vezet az t,
gy az egyes trbeni llapotok klnbz molekulkat (izomereket) jelentenek (lsd 2.2. fejezet).
21
Kmiai alapok
2.6. bra: A geometriai (cisz-transz) izomria bemutatsa a maleinsav s a fumrsav pldjn keresztl
A geometriai izomria az atomok kztti ktsek krli szabad rotci hinybl fakad. Ennek legtipikusabb esete
a kettsktssel fgg ssze. A kettskts krl nincs szabad rotci. Ahhoz, hogy a kettskts tengelye krl
a molekula kt rsze egymshoz kpest elforduljon, a kettskts kt ktse kzl az egyiknek, a pi ktsnek
ideiglenesen fel kell bomlania, majd jra ki kell alakulnia. Szigoran rtelmezve a cisz-transz izomrit arra az
esetre vezettk be, amikor a kettsktssel sszekttt kt atomhoz ugyanaz a ktfle funkcis csoport kapcsoldik
(a pldaknt bemutatott esetben mindketthz egy hidrognatom, s egy karboxilcsoport). Ha a kt azonos funkcis
csoport a kettskts azonos oldaln van, akkor ezek egymshoz kpest cisz helyzetben vannak, s ez lesz a cisz
izomer, ha tellenes oldalon helyezkednek el, akkor transz helyzetben vannak, ami a transz izomernek felel meg.
Mint lthat, ebben a konfigurci tpusban az izomerek azonos sszettellel, azonos szerkezeti kplettel s azonos
funkcis csoportokkal rendelkeznek, de ezeknek a funkcis csoportoknak az egymstl mrt tvolsga, az egymshoz
viszonytott trllsa eltr. gy termszetesen az izomerek alakja is eltr lesz, ami miatt az izomerek molekulris
klcsnhatsai is eltrek lesznek. Radsul az amgy azonos funkcis csoportok kmiai krnyezete a ktfle
izomerben eltr, ami a csoportok fizikokmiai tulajdonsgait az egyes izomerekben eltrv teszi.
Hasonl, kovalens kts felbomlsa nlkl nem megvalsthat rotci, s gy cisz-transz izomria jelentkezhet
gyrs vegyletekben is. Mindkt esetben igaz, hogy a kt eltr konfigurcihoz tartoz molekula olyannyira
eltr tulajdonsgokkal br, hogy hagyomnyos vegyletnevk is eltr, esetnkben maleinsav (hivatalos, IUPAC
elnevezse (Z)-butndisav) s fumrsav (IUPAC neve (E)-butndisav).
22
Kmiai alapok
2.8. bra: Az optikai izomerek egyrtelm elnevezse a klnbz rang funkcis csoportok relatv trbeli
helyzete alapjn
A rangok egyrtelm kioszthatsga teszi teht lehetv az enantiomerek egyrtelm megnevezst. A megfelel
azonosts rdekben a legalacsonyabb rang funkcis csoportot htra helyezzk el a trben. Az elre kerl,
egy skot definil hrom eltr, 1., 2. s 3. rang funkcis csoport esetben megnzzk, hogy azok milyen
irnyban olvashatk ssze ebben a sorrendben. Ha az sszeolvasshoz az ramutat jrsval egyez irnyban
kell haladnunk, akkor az enantiomer jellse R (a latin rectus, jobb oldali kifejezsbl), ha pedig az ramutat
jrsval ellenttesen kell haladnunk, akkor S (latinul sinister: bal).
Egyetlen kirlis centrum esetn kt sztereoizomer ltezik, mg n kirlis centrum esetn 2n-fle sztereoizomer
van. Ezek rendre enantiomer prokat alkotnak (lsd 2.9. bra).
23
Kmiai alapok
24
Kmiai alapok
25
Kmiai alapok
2.2.3. Konformci
Mint emltettk, a konformci a molekuln belli atomok olyan trbeli elrendezdse, amely kmiai ktsek
felbontsa nlkl, pusztn ktsek krli elfordulsokkal megvltoztathat. Az egyes konformcis llapotokat
konformcis izomereknek, rviden konformereknek is nevezik. Mivel az egyes llapotok kztt ktsek krli
rotcival lehet kzlekedni a rotamer elnevezs is hasznlatos. Plda gyannt nzzk meg az etn konformcis
llapotait (lsd 2.12. bra).
26
Kmiai alapok
kialakulhatnak viszonylag stabil konformer llapotok. Ennek rszben termodinamikai, rszben kinetikai okai
vannak. Az egyes konformer llapotokhoz, mint mr az etn pldjn is lttuk, eltr szabadentalpia szintek
tartoznak. Minl alacsonyabb ez a szabadentalpia szint, a molekulknak annl nagyobb hnyada lesz abban az
llapotban.
Tegyk fel, hogy van kt megklnbztethet konformcis llapot, amelyekhez azonos szabadentalpia szint
tartozik. Ezek 1:1 arnyban lesznek jelen. Tegyk fel azt is, hogy valamilyen fizikokmiai eljrssal el tudjuk
vlasztani a kt konformert egymstl. Amennyiben a kt llapot kztt rendkvl gyors az tmenet, gy az
elvlaszts vgre jra egy 1:1 arny keverket kapunk, hiszen mr a szeparci sorn bellna az j egyensly.
Ha azonban az egyik llapotbl a msikba egy magas aktivcis szabadentalpij kztes llapoton keresztl vezet
csak az t, akkor az j egyensly csak nagyon lassan ll be, gy a kt konformer (ideiglenesen) elvlaszthat
egymstl.
27
Kmiai alapok
ill. IUBMB: International Union of Biochemistry and Molecular Biology) hat csoportra osztotta az l szervezetben
eddig feltrt enzimeket a biokmiai reakcitpusok alapjn. Az enzimek az EC (Enzyme Commission) nevezktan
alapjn trtn csoportostst (lsd 8.4. tblzat), valamint enzimkatalzis tpusait s mechanizmusait a 8.
fejezetben trgyaljuk rszletesen, ebben a fejezetben a kmia reakcitpusok bemutatsra szortkozunk.
A klnbz reakcitpusok trgyalsa eltt rviden t kell tekintennk nhny alapvet fogalmat. Ilyen az
elektronegativits fogalma, amely segtsgvel jl jellemezhet, hogy egy kmiai kts milyen termszet, ionos
vagy kovalens, s ha kovalens, akkor apolros vagy polros-e.
Az elektronegativits (X; grg bet, ejtsd:kh), a ktsben lv atom elektronvonz kpessgt jellemz paramter.
Ezt a fogalmat tbben is kidolgoztk. Robert S. Mulliken 1934-ben kzztett defincija alapjn X = (EI -EA)/2,
ahol EI az ionizcis energia, vagyis a legknnyebben leszakthat elektron eltvoltshoz szksges energia, mg
EA az elektronaffinits, vagyis a negatv tlts ion kpzdsnl felszabadul (negatv eljel) vagy az ehhez
elhasznld (pozitv eljel) energia. Ez a megkzelts rendkvl logikus, hiszen egy ktsben lv atom esetben
minl nagyobb energia rn szabadul meg az atom az els eltvolthat elektronjtl, s minl szvesebben (minl
nagyobb felszabadul energia rn) fogad be egy extra elektront, annl nagyobb az atom elektronvonz kpessge.
Mrsi nehzsgek miatt azonban inkbb egy msik elektronegativitsi skla terjedt el (lsd 2.2. tblzat), amelyet
Linus Pauling vezetett be szintn a harmincas vekben, tapasztalati, ktsi energikbl meghatrozott rtkek
alapjn.
2.2. tblzat: Elektronegativitsi rtkek
A Pauling-skln a nemesgzok elektronegativitsi rtke a legalacsonyabb, zr. Az alkli fmek 0,7-1,0 rtkek
kztti, a hidrogn 2,1, a szn 2,5 a halognek pedig 2,2-4,0 ahol a 4,0 egyben a skla legmagasabb rtke. A
Pauling-fle elektronegativitsi skla remekl hasznlhat a kmiai ktsek osztlyozsra.
Ha kt atom elektronegativitsi rtknek a klnbsge X < 0,6, akkor a kzttk kialakul kts kovalens, s
apolros, vagyis a kt atom kzel azonos mrtkben birtokolja a kzs elektronokat (lsd pl. H2, O2, Cl2, CH4).
Ha 0,6 < X < 2,1, akkor a kts egy polros kovalens kts (pl. HCl, H2O, CCl4), amelyben a kt atom ltal
kzsen birtokolt elektronok nagyobb valsznsggel tartzkodnak a nagyobb elektronegativits atom kzelben,
mint a kisebb elektronegativits kzelben. Emiatt a nagyobb elektronegativits atom rszleges negatv, a kisebb
elektronegativits atom rszleges pozitv tltst hordoz.
Amennyiben X 2,1, gy a kmiai ktsionos, teht az elektron (vagy elektronok) teljes mrtkben a nagyobb
elektronegativits atomhoz tartozik (illetve tartoznak), gy az teljes negatv tltst (vagy tltseket) nyer, teht
anion lesz. Ennek megfelelen a kisebb elektronegativits atom teljes mrtkben megvlik az elektronjtl, s
teljes pozitv tltst hordoz. J pldk erre a NaCl, HF, MgCl2 amelyek ionos vegyletek.
28
Kmiai alapok
Ezt a gondolatmenetet jra felvesszk a msodlagos klcsnhatsok trgyalsnl is, de elbb a kmiai
reakcitpusok ismertetsnl hasznljuk fel.
2.3.1. Oxidci-redukci
Az oxidci s a redukci egymstl elvlaszthatatlan folyamatok, valjban egyetlen, elektrontmenettel jr
folyamat kt oldalt jelentik. Amikor egy atom, vagy molekula oxidldik, vagyis elektronokat veszt, akkor a
reakciban rsztvev msik fl elektronokat nyer, vagyis redukldik. E miatt az elvlaszthatatlansg miatt ezeket
a reakcikat redoxreakciknak is nevezik. Nevvel ellenttben egy ilyen reakciban nem felttlenl vesz rszt
oxign, de az els ilyen reakcikat az oxign, mint tipikus oxidlszer esetben rtk le. A redoxreakcik
megrtsnek elfelttele az oxidcis fok, az oxidcis szm fogalmnak ismerete. Ezeket a fogalmakat az elbb
bevezetett elektronegativits fogalmval lehet rtelmezni.
Amint az elektronegativits kapcsn az mr szerepelt, ha a kt atom elektronegativitsi klnbsge, X 2,1,
akkor a nagyobb elektronegativits atom teljes mrtkben tveszi az elektront a kisebb elektronegativitstl,
lsd pl. a NaCl kpzds esett. Ebbl, s a fenti lersbl lthat, hogy a ntrium reakcija klrral egy redoxreakci,
amelyben a ntrium oxidldik, mg a klr redukldik. Ezt ltvnyosan jelzi a ntriumatom ltal teljes mrtkben
elvesztett, illetve a klratom ltal teljes mrtkben tvett elektron.
A biokmia terletn ritka az ilyen, teljes mrtk, ionokhoz vezet elektrontads, hiszen a szerves vegyleteket
alkot elemek kztt nincs ekkora elektronegativitsi klnbsg. Amikor az elektronegativitsi klnbsg kisebb,
akkor a redoxreakci eredmnyeknt a nagyobb elektronegativits atom rszben vonja csak el az elektront a
kisebb elektronegativits atomtl, rszleges tltseket generl, polarizlt kovalens kts lesz a vgeredmny.
Definci szerint, s az albbi lersbl is kvetkezen az elemi llapot anyagokban (pl. He; H2, O2, elemi szn)
az atomok oxidcis szma 0. Az oxidciszm kiszmolsakor a kmiai ktsben lv atomok elektronegativitsi
adataibl pronknt megllaptjuk, hogy a vizsglt atom jobban, vagy kevsb birtokolja-e az elektront, mint a
vele ktsben lv msik atom.
A tbbfle atombl ll vegyletekben az oxidcis szm kiszmtsi mdja fggetlen attl, hogy ionos kts vane a kt atom kztt, vagy polarizlt kovalens kts. Amelyik atomhoz inkbb tartozik az elektron, annak gondolatban
teljesen tadjuk az elektront, gy annak oxidcis szma eggyel cskken (negatv irnyba vltozik). Ezzel
sszhangban, amelyik atomhoz kevsb tartozik az elektron, attl gondolatban teljesen elvonjuk azt, gy annak az
atomnak az oxidcis szma eggyel n (pozitv irnyba vltozik). Vgeredmnykppen az oxidcis szm minden
atom esetben egsz szm lesz. A teljes molekult tekintve az azt alkot atomok oxidcis szmnak sszege nulla
lesz, amennyiben a molekula nem rendelkezik ered tltssel. Ha rendelkezik ered tltssel (molekula-ion), akkor
az sszeg megegyezik a tltssel.
A biokmiban leggyakrabban a szerves, szntartalm vegyletek oxidciival tallkozunk. Ezzel kapcsolatban
rdemes megvizsglni a sznatom lehetsges oxidcis llapotait, amit az oxidcis szmmal jellemezhetnk.
A csak sznbl s hidrognbl felpl alknok esetben az oxidcis szm -4 s 0 kztti egsz szm lehet
(lsd 2.3. tblzat).
2.3. tblzat: A sznatom oxidcis szma klnbz vegylettpusokban
29
Kmiai alapok
A metnban a sznatom ngy hidrognatommal van kovalens ktsben. Mivel a szn nagyobb elektronegativits,
mint a hidrogn, mind a 4 hidrognatom elektronjt a sznatomhoz rendeljk, gy a sznatom oxidcis szma -4
lesz. Ha egy elgaz sznlnc alknban egy olyan sznatomot vizsglunk, amely 4 msik sznatommal van
kovalens ktsben, akkor ennek a kzponti sznatomnak az oxidcis szma 0 lesz. Azoknl a sznatomoknl,
amelyek mind hidrognatommal, mind sznatommal is ktsben vannak, az oxidcis szm -4 s 0 kztti egsz
szm lesz, minden hidrognnel kialaktott kapcsolat eggyel cskkenti az oxidcis szmot.
Azokban a vegyletekben, amelyekben a szn oxignnel is kovalens ktsben van, ott az elektront az oxignhez
rendeljk. Egyszer szmts alapjn lthat, hogy az alkoholokban a szn oxidcis szma -1, aldehidekben +1,
karbonsavakban +3, mg legoxidltabb llapotban, a szndioxidban +4.
Amikor egy szerves vegylet oxidldik, akkor abban a szn oxidcis szma nvekszik, mg a reakciban rsztvev
msik vegyletben valamely atom oxidcis szma cskken. Mint emltettk, az oxidciban nem felttlenl vesz
rszt oxign.
J plda erre a tejsav s a piroszlsav kztt lezajl reverzibilis redoxreakci (piruvt + NADH + H+ laktt +
NAD+). Amikor (egy enzim katalizlta folyamatban) a tejsav oxidldik, a reakciban rsztvev sznatom 2
elektront veszt, gy az oxidcis szma 2 egysggel megn. A reakciban nem oxign, hanem a NAD koenzim
az elektronakceptor. A reakci sorn a redukld koenzimben 2 sznatomnak 1-1 egysggel cskken az oxidcis
szma. Lthat, hogy a reakci sorn nem csak elektronok, de protonok is taddnak a tejsav molekulrl, vagyis
a molekula vgs soron kt hidrognt veszt. (A NAD koenzim szereprl a 20.10. fejezetben lesz sz).
30
Kmiai alapok
31
Kmiai alapok
A nukleofil helyettests a reakci pontosabb mechanizmusa alapjn ktflekppen mehet vgbe. Az els, SN1
reakci els lpsben kilp a tvoz csoport, s csak ezt kveten lp be az azt helyettest belp csoport. A
heterolitikus hasads ennl a csoportnl egyrtelmen tetten rhet, hiszen kztes llapotknt karbokation keletkezik.
A biokmia trgykrben sokkal gyakoribb az SN2 reakcitpus (lsd 2.14. bra). Ennl a belp csoport egyfajta
tmadcsoportknt szerepel. Elektron-gazdag csoportjval nukleofil tmadst vgez a hasad kts egyik, elektronban
szegny sznatomja ellen. Ennek eredmnyeknt kialakul egy pentakovalens tmeneti llapot, amelyben a
megtmadott sznatom t funkcis csoporttal van ktsben. Ez az tmeneti llapot hasad fel gy, hogy a nukleofil
tmad csoport marad ktsben, mg a gyengbb nukleofil csoport tvozik.
32
Kmiai alapok
33
Kmiai alapok
34
Kmiai alapok
35
Kmiai alapok
36
Kmiai alapok
gztrvnyekkel. Az idelis gzokra vonatkoz gztrvnyek statisztikai fizikai lersa hatalmas intellektulis
teljestmny volt. A lers azon alapult, hogy a gzt alkot rszecskk egymssal tkletesen rugalmasan tkznek,
egyb, pldul vonz klcsnhats nincs kzttk. Amennyiben ez a valdi gzok esetben is gy lenne, gy a
gzokat nem lehetne htssel, vagy nagy nyoms alkalmazsval folyadkfzisba vinni.
Mrpedig a valsgban minden molekula, gy a gzt alkot molekulk kztt is vannak vonz klcsnhatsok,
csak a gzok esetben ezek kisebb energijak, mint az adott hmrskletre jellemz, a hmozgsban megtestesl
tlagos kinetikai energia. Emiatt a hmozgs lekzdi ezeket a klcsnhatsokat. Hts, teht a hmozgsban
rejl energia cskkentse rvn ezek a klcsnhatsok ltvnyoss vlnak, hiszen a molekulk egyms kzelben
maradnak, kialakul a folyadkfzis.
Az l rendszerekben a msodlagos klcsnhatsok tipikus ktsi energia tartomnya ~ 0,5-40 kJ/mol. Ez a
tartomny tfed a hmozgsban rejl energiartkkel. A hmozgs energijnl alacsonyabb rtk vonz
klcsnhats is elegend mr ahhoz, hogy ltala az egymst vonz molekulk az idejk egy kis hnyadban
sszekapcsoldjanak egymssal. Minl nagyobb mrtkben haladja meg a kztk lv klcsnhats energija
rtke a hmozgsban rejl energit, annl hosszabb ideig tart ez az sszekapcsoldott llapot. A lnyeg, hogy
a msodlagos klcsnhatsok eredmnyeknt a molekulk dinamikus asszocicira kpesek, a kisenergij
klcsnhatsok rvidlet, a nagyobb energijak hosszabb letidej (stabilabb) komplexeket eredmnyeznek.
Mint ltni fogjuk, minden nem-kovalens klcsnhats vgs soron elektrosztatikus jelleg, s a Coulombtrvny alapjn rtelmezhet.
37
Kmiai alapok
38
Kmiai alapok
2.1. egyenlet
E a klcsnhatsi energia, k egy arnyossgi tnyez, q1, q2: a kt tlts (azonos tltseknl E pozitv, taszts,
ellentteseknl E negatv, vonzs), mg D: a kzeg dielektromos llandja (rnykolsi kpessge). A dielektromos
lland vkuumban D = 1,0, mg vzben D = kb. 80 (!).
Vegyk szre, hogy a szmunkra legkznsgesebbnek tn, az let szmra nlklzhetetlen kzegnek, a vznek
milyen hatalmas elektrosztatikus rnykol kpessge van. A vz a vkuumra jellemz klcsnhatshoz kpest
nyolcvanad rszre cskkenti a vonzs mrtkt!
A teljes rtk tltseket hordoz rszecskk, ms nven ionok kztt kialakul vonz klcsnhats az ion-ion
klcsnhats, amelynek a szakirodalomban knyelmi okokbl gyakran hasznlt, br pongyola elnevezse shd,
vagy skts.
Ennek a klcsnhatsnak a leghtkznapibb pldja a NaCl kristly, vagyis a konyhas. A jl ismert konyhas
egy szilrd anyag, amelyben a ntriumionok s kloridionok szablyos rendben helyezkednek el, a kzttk lv
39
Kmiai alapok
ktsi energia tetemes mrtk, amit jl jellemez, hogy a konyhas mintegy 800C-on olvad meg. Mgis, mint
kztudott, a NaCl remekl olddik vzben, ahol ez az amgy rendkvl stabil kristlyszerkezet knnyedn felbomlik.
Ez a plda jl mutatja, hogy a vz rendkvl magas dielektromos llandja milyen nagymrtkben cskkenti az
elektrosztatikus klcsnhatsok energijt.
Szmos funkcis csoport hordoz teljes tltst. Semleges kmhatson az aminosavak karboxilcsoportja egyszeres
negatv, mg aminocsoportjuk egyszeres pozitv tltst hordoz. Az argininban is megtallhat guanidino-csoport
szles pH tartomnyban hordoz egyszeres pozitv tltst. A DNS cukorfoszft gerincben minden egyes monomerre
egy negatv tlts jut a foszftcsoport miatt. Az egymssal komplementer kt szl emiatt tasztja egymst. Ezt a
tasztst a foszftcsoportokhoz ionos ktssel kapcsold magnziumionok cskkentik.
Szintn tipikus plda az eukarita DNS nukleoszms szerkezetnek kialakulsa. Ennek sorn a DNS hiszton
fehrjkbl ll komplex kr tekeredik. A hiszton fehrjk nagy szzalkban (~25%) tartalmaznak pozitv tlts
aminosavakat, amelyek ionos klcsnhatsba kerlnek a DNS cukorfoszft gerincben lv negatv tltsekkel.
Ezek az ionos klcsnhatsok meghatroz szerepet jtszanak a nukleoszms szerkezet kialaktsban.
Mint az a Coulomb egyenletbl lthat, az ion-ion klcsnhats energia 1/r szerint fgg a tvolsgtl. Ms szval,
ha egy adott tvolsgnl a ktsi energia rtke X, akkor ktszeres tvolsgnl az energia rtke X/2. Ez viszonylag
enyhe tvolsgfggst jelent, az ion-ion klcsnhats a msodlagos klcsnhatsok kzl a legnagyobb hattv.
Ez praktikusan azt jelenti, hogy sajt mretkhz kpest a molekula-ionok mr nagy tvolsgbl kpesek vonzani
egymst.
A klcsnhats ktsi energija, mint emltettk, ersen fgg a kzeg dielektromos llandjtl. Vizes oldatban
sokkal gyengbb, mint apolros kzegekben. A tipikus ktsi energia tartomny vzben ~ 5-20 kJ/mol. Az ionion klcsnhats olyan rtelemben nem irnyfgg, hogy a rszecske (ion) brmely irnyban egyformn hat
klcsn a krnyezetvel.
A Coulomb-trvny gyakorlati alkalmazsval kapcsolatban szmos problma merl fel. Az egyik az, hogy
nagypontossggal csak pontszer tltsekre alkalmazhat. Atomok, atomcsoportok esetben a szmolt energia
csak ezek mretnl jval nagyobb tvolsgok esetn pontos, az atomok mrettartomnyba es rvid tvolsgok
esetn mr nem. A msik problma az, hogy az egyenletben szerepl dielektromos lland szigoran csak absztrakt,
tkletesen homogn kzegre vonatkoztathat. Amikor atomi felbonts lerst szeretnnk alkalmazni, mr
figyelembe kell venni, hogy a helyi krnyezet soha nem homogn.
40
Kmiai alapok
ktsek polrosak, de a molekula szimmetrikus a szerkezet (pl. CCl4). Az apolros molekulknak teht nincs
lland diplusmomentumuk, de mint nemsokra ltni fogjuk, induklhat bennk diplus.
Az ion-diplus klcsnhatsok teht teljes rtk ionok, s lland diplusmomentummal rendelkez molekulk
illetve csoportok kztt alakulnak ki. A klcsnhats sorn a diplusmomentummal rendelkez molekula az ion
tltsvel ellenttes tlts rszvel orientldik az ion fel. Az ionnal ellenttes tlts rsze gy kzelebb kerl
az ionhoz, mint az ionnal azonos tlts rsze, gy a Coulomb-trvny alapjn belthat, hogy a vonz klcsnhats
fellmlja a taszt klcsnhatst, teht vgl elektrosztatikus vonzs jn ltre. Erre j plda a NaCl mr emltett
olddsa vzben. A vz diplus molekula, amely negatv oldalval a ntriumionok, pozitv oldalval a kloridionok
fel fordul. A vzmolekulk mindkt iont krbevve rnykoljk az ionok kztti vonz klcsnhatst.
Ennek a klcsnhatsnak az energija teht a diplus oldalrl tekintve irnyfgg. A klcsnhatsi energia
tvolsgfggse 1/r2, teht a tvolsg nvelsvel ersebben cskken, mint az ion-ion klcsnhats (a tvolsg
duplzsval negyedre cskken).
41
Kmiai alapok
azon bell pedig egy dipl-dipl klcsnhats. Rszben klnleges jellege, rszben (az ettl nem fggetlen) kiemelt
fontossga miatt ezt a klcsnhatst rszletesebben, s az tlagos dipl-dipl klcsnhatsoktl kln trgyaljuk.
A hidrognhidas klcsnhats kt csoport sszesen hrom atomja kzremkdsvel jn ltre (lsd 2.21. bra).
42
Kmiai alapok
szablyos konformcis llapotai, teht a fehrjk msodlagos szerkezete elssorban a szablyos rendben kialakul,
a gerinc csoportok kztti hidrognhd ktsek eredmnye (lsd 4.4. fejezet).
Kztudott, hogy a kettsszl DNS-ben az egymst kiegszt kt szl egymssal szemben lv bzisai kztt
hidrognhd ktsek vannak. Amint azt ksbb szintn ltni fogjuk, a hidrognhd klcsnhatsnak a vz
tulajdonsgai szempontjbl is kiemelked jelentsge van.
43
Kmiai alapok
2.3. egyenlet
A mondandnkat jobban illusztrland nzzk most meg azt, hogy a stabilizl ktsek energiartknek
fggvnyben az sszes ligandum (LT) hanyadrsze lesz kttt formban. Egyszer algebrai talaktsok
eredmnyeknt ezt a negyedik sor mutatja (lsd 2.3. egyenlet).
Helyettestsnk be ebbe az egyenletbe egysgenknt nvekv energiartkeket, s szmoljuk ki, hogyan alakul az
[Lk]/[LT] arny. Legyen az energiaklnbsg, teht a komplexet stabilizl gyenge klcsnhats rtke E = 4,2
kJ/mol (1 kcal/mol), s a vizsglt eset vonatkozzon szobahmrskletre (T = 298 K). Ezen a hmrskleten a
hmozgsban rejl tlagos kinetikai energia, RT 2,4 kJ/mol (ahol R, az egyetemes gzlland rtke, 8,3 J/mol/K).
A vizsglt ktsi energia teht csak 75%-kal haladja meg a hmozgsban rejl energit. A gzlland, a hmrsklet,
s a ktsi energia ismeretben kiszmolt [Lk]/[LT] arny 0,84-nek addik. Ez azt jelenti, hogy a ligandumok 84%a komplexben lesz. (Az hogy melyik van ppen komplexben, s melyik szabadon, termszetesen egy dinamikus
egyensly szerint pillanatonknt vltozik).
Amennyiben a ligandum egyszerre kt azonos energij msodlagos ktssel ktdik, gy ez az arny mr 0,97re (97%), mg 3 egyforma gyenge klcsnhats esetn 0,994 (99,4%)-ra emelkedik.
A pldban azt feltteleztk, hogy az egyes klcsnhatsok egymstl fggetlenl alakulnak ki, teht sem nem
segtik, sem nem gtoljk egyms kialakulst. A hatsuk gy egyszeren sszeaddik (additv hats).
A pldbl jl lthat, hogy gyenge klcsnhatsok sszeaddva exponencilisan nvelik a komplexbe kerl
molekula arnyt. Ennek htterben egyszer kombinatorika ll. Ahhoz, hogy a ligandum szabadd vljon,
egyszerre mind a 3 gyenge klcsnhatsnak meg kell sznnie. Ha az egyes klcsnhatsok egymstl fggetlenek,
akkor llapotaik (ltezik-e, vagy felbomlott-e a klcsnhats) szabadon kombinldnak. Minl tbb gyenge
klcsnhats addik ssze, annl ritkbban alakul ki az az llapot, amikor ezek mindegyike egyszerre ppen
felbomlott). Ez a rendkvl egyszer plda jl mutatja, hogy sok gyenge klcsnhats egytt egyenrang lehet egy
ers klcsnhatssal. Ugyanakkor, mint a lenti gondolatmenetben kifejtjk, a klcsnhats specifikussgnak a
szempontjbl a sok kis elemi klcsnhatsbl trtn ptkezs elnysebb.
44
Kmiai alapok
45
Kmiai alapok
halmazllapotban mintegy 15%-kal kevesebb hidrognhd alakul ki, idtlagban minden vzmolekula ~3,4
hidrognhd ktst ltest. Ez a mg mindig kimagaslan magas klcsnhatsi arny rendhagyan magas forrsponttal
jr. Ugyanakkor a folyadkfzis vz rendkvl dinamikus szerkezet. Benne a hidrognhidas kapcsolatok
msodpercenknt mintegy tvenmillirdszor cserlnek gazdt.
Amikor a vzmolekulk szilrd halmazllapotban tetraderesen helyezkednek el, egysgnyi mennyisg molekulra
nagyobb trfogat jut, mint folyadk halmazllapotban. A jg srsge teht kisebb, mint a folykony vz (a vz
srsge 4C-on a legnagyobb). A legtbb ismert anyagnl ez ppen fordtva van. A vz ilyetn tulajdonsgnak
a Fld lvilgra nzve nmagban is hatalmas jelentsge van. Amikor az lvizek megfagynak, a folykony
vznl kisebb srsg jg nem sllyed le, hanem a felsznen marad, s hszigetel rteget alkot. Amennyiben a
jg srsge nagyobb lenne a folykony vznl, gy az lvizek fenkig befagyhatnnak.
Jelents diplus momentuma miatt a vznek kiemelkeden magas a dielektromos llandja, teht erteljesen
rnykolja az elektrosztatikus klcsnhatsokat.
2.24. bra: A polros s apolros csoportok szma s elrendezdse szerint a molekulk lehetnek polrosak,
apolrosak, vagy amfipatikusak
A polros molekulkkal (amelyekben az alkot atomok kztti kovalens ktsek polrosak, s maga a molekula
nem-szimmetrikus szerkezet) a vz dipl-dipl klcsnhatsokat alakt ki. Ezen bell azokkal a csoportokkal,
amelyek erre kpesek, hidrognhd ktseket ltest (lsd 2.25. bra).
46
Kmiai alapok
Az apolros molekulkkal (amelyekben az alkot atomok kztti kovalens ktsek vagy apolrosak, vagy ha
polrosak, akkor maga a molekula szimmetrikus szerkezet) a vz csak gyenge, dipl-induklt dipl klcsnhatsokat
tud kialaktani. Rszben ennek ksznheten de, mint a kvetkez fejezetben (lsd 2.5.3. ) ltni fogjuk, fleg
entrpival kapcsolatos okok miatt, az apolros molekulk inkbb egymssal kerlnek klcsnhatsba, semmint
vzzel, mintegy kiszorulnak a vzbl. Emiatt a vzutl viselkedsk miatt az apolros molekulkat vagy
csoportokat hidrofbnak is szoktk nevezni.
A molekulk egy harmadik tpusban (amfipatikus) a polros s az apolros funkcionlis rszek egymstl jl
elklntetten helyezkednek el a molekuln bell. Egy ilyen esetben a vz kedvez klcsnhatsokat tud ltesteni
a polros csoportokkal, mg az apolrosakkal nem. Ennek eredmnyekppen az apolros csoportok egyms fel
fordulnak, a polrosok a vz fel fordulnak, s micellk, vagy kettsrteg membrnok alakulnak ki (lsd 11.5.
fejezet). Erre a jelensgre a hidrofb hats (lsd lent) ad magyarzatot.
2.25. bra: A vz polros csoportokkal dipl-dipl klcsnhatsokat, lehetsg szerint hidrognhd ktst
ltest
47
Kmiai alapok
Termszetesen ez a szerkezet sem lland, de jval kevsb dinamikus, s jval rendezettebb, mint a tiszta vzben
kialakul szerkezetek. A vzmolekulknak ez a rendezdse a termodinamika fogalomrendszervel kifejezve azt
jelenti, hogy a klatrtban lv vzmolekulk rendezettebb llapota miatt a rendszer entrpija a tiszta vzhez
kpest cskken, ami nveli a rendszer szabadentalpijt. Mint ksbb ltni fogjuk, a spontn, munkavgzs
nlkl, teht maguktl vgbemen, visszafordthatatlan folyamatokra az jellemz, hogy ltalunk cskken a rendszer
szabadentalpija.
48
Kmiai alapok
49
Kmiai alapok
2.28. bra: Az amfipatikus molekulk vzben szerkezetktl fggen micellkat, vagy membrn kettsrteget
kpeznek
A biolgiai membrnok, pldul a sejtmembrn, vagy az eukaritk szmos organellumnak a membrnjai
dnten foszfolipidekbl llnak. A foszfolipidek olyan amfipatikus molekulk, amelyek apolros rsznek tmrje
nagyjbl akkora, mint a polros feji rsz tmrje. Ez a szerkezeti oka annak, hogy a foszfolipidek membrn
kettsrteget kpeznek.
Teht a biolgiai membrn kettsrtegek is a hidrofb effektus kvetkeztben alakulnak ki. Ezek a lipid
kettsrtegek, (lsd sejtmembrn, vagy klnbz organellumok, vakulumok membrnja), gmbszeren zrt
kpzdmnyeket alkotnak, gy a sknak nincsenek lezratlan, a vz fel apolros rszeket mutat szlei, a vz fel
csak polros rszek fordulnak.
A hidrofb hatsnak a DNS kettsspirl szerkezet stabilizlsban is fontos szerep jut. A lncban egymst
kvet bzisok egymssal tfedve egymsra lapoldnak, apolros rszk a vztl elzrva szoros trkitlts bels
trrszt alakt ki.
50
Kmiai alapok
2.4. egyenlet
A vz teht protonra s hidroxidionra bomlik. A proton pillanatszeren reagl egy vzmolekulval, s hidroxnium
iont kpez. Ezzel kapcsolatban rdemes megjegyezni, hogy a pozitv tlts gyorsabban vndorol vzben, mint azt
hidroxnium ionok vndorlsa lehetv tenn. A jelensg htterben az ll, hogy a hidroxnium ionok a hlzatos
hidrognhd rendszer miatt knnyen tadjk a protonjukat, s ezltal hidroxnium ion llapotukat a szomszdos
vzmolekulknak. Ez a proton-ugrls (proton jumping) jelensge (lsd 2.29. bra). A proton-ugrls miatt a
hidroxnium ionok vndorlsn fell a hidroxnium ion llapot maga is terjed, mgpedig gyorsabban, mint maguk
a hidroxnium ionok.
2.5. egyenlet
51
Kmiai alapok
teht nmagban praktikusan nem befolysolja a semleges vzmolekulk koncentrcijt, teht a vzion szorzatban
jogosan tekintjk a vz koncentrcijt llandnak.
Mivel ilyen kis koncentrcival nem praktikus szmolsokat vgezni, ezrt a protonkoncentrci kifejezsre
definciszeren bevezettk a pH fogalmt:
2.7. egyenlet
A vzion szorzat llandsgbl kvetkezik, hogy amilyen arnyban nvekedik a protonkoncentrci a vzben (pl.
savak beoldsa miatt), olyan arnyban cskken a hidroxidion koncentrcija, s fordtva.
A 2.30. bra mutatja, hogy a pH skla egszszm rtkeihez milyen protonkoncentrci s hidroxidion koncentrci
tartozik. rdemes megjegyezni, hogy a pH bevezetsvel analg mdon a pOH fogalom is bevezetsre kerlt, de
ez a biokmia gyakorlatban nem hasznlatos. A 2.30. bra azt is mutatja, hogy klnbz testnedvekben, illetve
egyb, htkznapi letnkbl ismers folyadkokban mekkora a pH rtke.
A pH fogalomkre rendkvl fontos a biokmiban. A letfolyamatokban rsztvev molekulk nagy hnyadban
vannak olyan funkcionlis csoportok, amelyek kpesek protont felvenni, illetve leadni. Egy ilyen proton felvtel,
vagy leads termszetesen tltsvltozssal jr. Ha a protont lead csoport egyszeresen pozitv volt, akkor semleges
tlts lesz, ha semleges volt, akkor negatv tltsv vlik, a protont felvevk esetben pedig mindennek az
ellenkezje igaz.
A msodlagos klcsnhatsoknl mr lttuk, hogy milyen nagy jelentsge lehet annak, hogy egy molekula hordoze tltst (ionos-e) vagy sem. Egy egyszer protonleads vagy felvtel komoly mrtkben meghatrozhatja, hogy
az adott csoport milyen molekulkkal kpes majd klcsnhatsba kerlni, s alapveten befolysolhatja az adott
csoport kmiai reakcikban val rszvtelt is. A protoncservel kapcsolatos reakcik a sav-bzis reakcik.
2.30. bra: A megfelel hidroxnium s hidroxidion koncentrcikhoz tartoz pH illetve pOH rtkek, s
egyes kzismert folyadkok pH rtkei
52
Kmiai alapok
az rtelmben csak azok az anyagok lennnek bzikusak, amelyek hidroxidiont tartalmaznak, az ammnia pldul
nem lenne bzis.
Johannes Brnsted s Thomas Lowry 1923-ban egymstl fggetlenl j defincival szolgltak. Eszerint sav
az, ami protont kpes tadni egy msik molekulnak, mg bzis az, amelyik proton tud felvenni. A
defincijukbl kvetkezik, hogy a sav, illetve a bzis szerep csak konkrt, protontmenetes reakcikban, teht
sav-bzis reakcikban definilhat.
A sav-bzis reakcikban teht kell, hogy szerepeljen egy sav, s kell, hogy szerepeljen egy bzis is, ezek felttelezik
egymst. Ugyanaz az anyag az egyik reakciban szerepelhet savknt, egy msikban pedig bzisknt attl fggen,
hogy mi a reakcipartnere. (Ez a viszonylagossg s egymsrautaltsg analg azzal, amit az elektrontmenettel
kapcsolatos redoxreakciknl lttunk. Ha valami oxidldik, akkor valami msnak redukldnia kell. Az, hogy
egy ilyen reakciban egy anyag redukldik, vagy oxidldik-e, fgg a reakcipartnertl).
Kezdetben a sav-bzis gondolatkr elvlaszthatatlan volt az oldds gondolatkrtl. Brnsted s Lowry azt is
megllaptottk, hogy az, hogy egy anyag mennyire ers sav (milyen mrtkben kpes protont leadni), vagy bzis
(milyen mrtkben kpes protont felvenni), fgg az oldszertl. Az oldszer teht mint protont felvev (sav) vagy
mint protont lead (bzis) molekula rszt vesz a reakciban. A korbbi gondolatmenetnek megfelelen az egyes
rsztvevk szerepe s erssge attl fgg, hogy milyen molekulval, az utbbi pldban milyen oldszerrel
lpnek reakciba.
A krdskr matematikai lershoz rdemes bevezetni az ltalnos sav fogalmt, ami a felrt reakciban savknt
viselkedik majd. Ennek jele: HA, a H jelzi, hogy a molekula protont tud majd leadni. Ha ez az ltalnos sav protont
ad le, akkor a visszamarad molekula, a savmaradk az A jelet kapja. Mindenekeltt fontos kiemelni, hogy ez
az ltalnos jelzs nem jelenti azt, hogy a sav felttlenl semleges, a savmaradk pedig felttlenl negatv tlts
kne, hogy legyen. A lnyeg, hogy amikor a savknt szerepl reakcipartner lead egy protont, a tltse egy egysggel
kisebb lesz. Ha semleges volt, akkor egy negatv tltse lesz, ha korbban egy pozitv tltse volt, akkor semlegess
vlik.
Vegyk szre azt is, hogy egy reverzibilis sav-bzis reakciban a szerepek a reakci sorn megvltoznak. Ami
savknt protont adott le, az bziss vlik, ami pedig protont vett fel, az savv. Az eredeti felrsban savknt szerepl
molekula deprotonlt formja a sav konjuglt bzisa, mg az eredeti felrsban bzisknt szerepl molekula protonlt
formja a bzis konjuglt sava lesz.
Ebben a fejezetben a vz szerept trgyaljuk, gy a sav-bzis reakcikat is vizes kzegben vizsgljuk meg. A fenti
defincik alapjn az albbi ltalnos sav-bzis reakci rhat fel vizes kzegben:
2.8. egyenlet
Az ltalnos sav egy egyenslyra vezet folyamatban protont ad le a vznek. Ebben a reakciban a vz bzisknt
mkdik. Az ltalnos savbl kialakul annak A konjuglt bzisa, mg a bzisknt szerepl vzbl kialakul a
H3O+ konjuglt sav. A fordtott reakciban ezek a konjuglt molekulk reaglnak egymssal. Az egyenslyra
vezet folyamathoz tartozik egy egyenslyi lland is, az albbiak szerint:
2.9. egyenlet
Az egyenletben szerepl egyenslyi lland termszetesen az eredeti felrs szerinti termkek molris
koncentrcijnak szorzata osztva a kiindulsi anyagok molris koncentrcijnak szorzatval. Ennek az egyenletnek
az egyszer algebrai trendezse egy sokatmond emeletes trtet eredmnyez. Ebben a kt konjuglt sav-bzis
pr koncentrciarnyai vannak egymssal elosztva.
53
Kmiai alapok
Mit is jelent ez? Ez az emeletes trt termszetesen tovbbra is az egyenslyi llandt adja meg, de egyben
megvilgtja az egyenslyi lland egyik fontos jelentst is. Az egyenslyi lland azt mutatja meg, hogy a
reakciban szerepl ltalnos sav, mennyire ers a vzbl keletkez savhoz, vagyis a hidroxnium ionhoz kpest.
Defincis szerint azokat hvjuk ers savaknak, amelyeknl ez az arny, teht az egyenslyi lland nagyobb, mint
egy. Teht azok az ers savak, amelyek ersebbek, mint a hidroxnium ion. Elsre meglep lehet ez a kis szmrtk,
de vizsgljuk meg, hogy vajon a hidroxnium ion ers sav-e. Mivel a vzben csak minden 555 milliomodik
vzmolekula van hidroxnium ion llapotban, ezrt nyilvnval, hogy a hidroxnium ion rendkvl ers sav, ami
nagyon nagy hnyadban adja le a protonjt vznek.
A saltromsav Keq rtke pldul 1,2; a knsav 103, mg a ssav 107. Ez egyben azt is mutatja, hogy az ers
savak vzben oldva azok, amelyek gyakorlatilag teljes mrtkben disszocilnak, teht amelyeknek gyakorlatilag
minden molekulja leadja a protonjt. Gyakorlati rtelemben az ers savaknl teht csak formalits az egyenslyi
lland felrsa, az ers savak vzzel val reakcija szinte tkletesen a disszocicija irnyban van eltolva.
Nzzk meg, hogy ezzel szemben milyen trvnyszersgek vonatkoznak a gyenge savak hg vizes oldataira.
Mivel a hidroxnium ion koncentrci proton koncentrciknt is felrhat, ezrt a korbbi egyenslyi llandn
apr formai mdostst hajthatunk vgre az albbiak szerint:
2.10. egyenlet
Szorozzuk meg mind a kt oldalt a vz molris koncentrcijval. Fontos, hogy ez a szorzs csak akkor jelent
lland rtkkel val szorzst, ha gyenge savak hg oldataira vonatkozik az egyenlet. Ebben az esetben ugyanis a
vz 55,5 M koncentrcijhoz kpest elenysz lesz az a koncentrci cskkens, ami abbl fakad, hogy a
vzmolekulk egy rsze protont felvve hidroxnium ionn alakul. Ers, teljesen disszocil savaknl, illetve
gyenge savak magas koncentrciinl ez az elhanyagols mr nem tehet meg.
Ha gyenge savak hg oldatairl van sz, akkor ez a szorzs teht egy konkrt (lland) 55,5 M koncentrci rtkkel
val szorzst jelent. A Keq s a vzkoncentrci szorzata gy maga is egy lland lesz, amit savi disszocicis
llandnak neveznk.
2.11. egyenlet
Ez egy nagyon jl hasznlhat paramter, amennyiben a mr emltett mdon, csak gyenge savak hg oldataira
alkalmazzuk, s helyesen rtelmezzk. Amennyiben nem vesszk figyelembe, hogy hogyan jutottunk a savi
disszocicis lland fogalmval, az egyenlet formja nmagban flrevezethet bennnket. A Ksav ugyanis pusztn
az egyenlet formja alapjn ltszlag egy olyan reakcit jellemez, amelyben a HA sav minden reakcipartner
nlkl (vkuumban) spontn bomlik. Ez, mint mr trgyaltuk, nem gy van, a reakcipartner a vz, a Ksav rtke
kizrlag a vzzel val klcsnhatsra vonatkozik. Ms, protonfelvtelre kpes oldszer esetben a reakci, s gy
a Ksav rtke is eltr lenne. Az mindenestre nyilvnval, hogy egy adott oldszer esetben minl magasabb a Ksav
rtke, annl ersebb a sav.
A Ksav definilshoz vezet egyenlet kis algebrai talaktssal egy rendkvl hasznos, ezrt kiemelten fontos
egyenlethez, az gynevezett Henderson-Hasselbalch egyenlethez vezet.
Elszr is definiljuk a pKsav fogalmt a kvetkezkppen: pKsav = log10Ksav. Mivel minl ersebb a sav, annl
nagyobb a Ksav rtke, s mivel a pKsav a Ksav negatv tzes alap logaritmusa, ezrt minl ersebb egy sav, annl
alacsonyabb lesz annak pKsav rtke.
Ezek utn vegyk a savi disszocicis llandt definil egyenlet mindkt oldalnak negatv eljel, tzes alap
logaritmust, gy az albbi egyenlethez jutunk:
54
Kmiai alapok
2.12. egyenlet
2.13. egyenlet
Elszr vizsgljuk meg, hogy mi a pKsav rtk praktikus jelentse. Amennyiben a pH rtke ppen megegyezik
a pKsav rtkvel, gy az egyenlet jobb oldaln szerepl sszeads msodik tagjnak rtke nulla. A log[A]/[A-]
tag akkor lehet nulla, ha az [A-]/[HA] hnyados rtke 1. A pKsav rtknek gyakorlati jelentse teht a kvetkez:
megadja azt a pH rtket, amelyen a gyenge sav ppen 50-50%-ban van disszocilt illetve nem-disszocilt
llapotban.
Mirt is hasznos ez az egyenlet? Amennyiben a pKsav rtke mr ismert, gy brmilyen pH rtk esetben egyszeren
kiszmthat, hogy a gyenge savknt mkd, disszocicira kpes csoport milyen arnyban van protonlt (sav)
s deprotonlt (konjuglt bzis) llapotban.
Az is knnyen belthat, hogy a pH az oldatban lv savak s bzisok arnytl fgg. Az angol nyelv
szakirodalomban a Ksav lland elnevezse Ka, ahol az a az acid szra utal. A pKsav megfelelje emiatt a pKa.
(Mivel a Ka rvidts sszetveszthet az asszocicis lland jellsvel, ezrt a szvegben mindenhol a Ksav
kifejezst alkalmaztuk. A pKa rvidts ugyanakkor teljesen egyrtelm, s a nemzetkzi irodalomban annyira
ltalnos, hogy a jegyzet tbbi rszben, gy a most kvetkez brn is ezt alkalmazzuk.)
A 2.31. bra foglaltuk ssze nhny jellemz funkcis csoport illetve molekula pKa rtkeit.
Az bra azt is mutatja, hogy vannak csoportok, amelyek csak egy protont tudnak leadni, teht egyrtk savak, de
vannak olyanok is, amelyek kettt (ktrtk savak) illetve hrmat is (hromrtk savak). A tbbrtk savaknl
minden egyes proton leadshoz tartozik egy kln pKa rtk.
Az ecetsavban lv karboxilcsoport pKa rtke 4,76. Ebbl kvetkezik, hogy pH = 4,76 rtken az oldatban lv
ecetsav molekulk felnek van a karboxilcsoportja disszocilt llapotban (karboxilt formban).
A Henderson-Hasselbalch egyenletbl kvetkezen egyszeren kiszmthat, hogy a pKa rtknl egy egysggel
magasabb pH-n az [A]/[HA] arny 10:1, kt egysggel magasabb pH-n 100:1, hrom egysggel magasabb pH-n
1000:1. Ha a pH egy, kett, illetve hrom egysggel alacsonyabb, akkor az [A]/[HA] arny rendre 1:10; 1:100
illetve 1:1000 lesz. Ezek alapjn vilgos, hogy a pKa rtknl 2-3 rtkkel magasabb pH-n mr szinte csak a
disszocilt (konjuglt bzis) forma van jelen, mg a pKa rtknl 2-3 rtkkel alacsonyabb pH-n mr szinte csak a
nem disszocilt (sav) forma van jelen.
2.31. brn lthat pldk jl mutatjk, hogy az ltalnos lersban szerepl HA sav lehet semleges, (pl. ecetsav
karboxil), hordozhat egy pozitv tltst (lsd ammniumion), de lehet egyszeresen, vagy ktszeresen negatvan
tlttt is (lsd dihidrogn-foszft s hidrogn-foszft).
55
Kmiai alapok
2.31. bra: Nhny, a biokmia terletn fontos vegylet illetve funkcis csoport pKa rtke
2.5.6. Puffer-hats
Amennyiben egy vzben gyakorlatilag teljes mrtkben disszocil, teht ers savat kevernk a vzhez, a pH a sav
koncentrci nvekedsvel meredeken cskken. Ha ers bzist oldannk be, akkor a pH a bzis koncentrci
nvelsvel meredeken nvekedne. Ha azonban ezeket az anyagokat nem tiszta vzbe adagoljuk, hanem a savat
egy gyenge bzis oldatba, a bzist pedig egy gyenge sav oldatba, akkor merben mshogy alakul a koncentrcipH fggvny. Ezt a 2.32. bra illusztrlja.
56
Kmiai alapok
2.32. bra: Pufferhats: az ecetsav oldathoz adott ntriumhidroxid az ecetsav pKa rtknek krnyezetben
tomptott mrtkben nveli az oldat pH rtkt
Az brn illusztrlt ksrletben 0,1 M-os ecetsavat (gyenge sav) titrlunk 0,1 M-os NaOH-val, (ers bzis), s
mrjk a pH-t. A 0,1 M-os ecetsav oldat pH rtke kiszmolhat a Ksav defincijbl kiindulva.
Az ecetsav pKa rtke 4,76, ezrt a Ksav rtke 10-4,76 = 1,76 10-5 M. A savi disszocicis egyenletbl kiindulva
tegyk fel, hogy az ecetsav molekulkbl X M koncentrcinyi disszocilt, teht (0,1X) M maradt disszocilatlan.
Mivel a vz sajt disszocicijbl szrmaz 10-7 M proton elhanyagolhat a beoldott ecetsav koncentrcijhoz
kpest, gy gy vesszk, hogy a protonok mind a disszocilt ecetsavbl szrmaznnak, vagyis a proton koncentrcija
is X.
2.14. egyenlet
A tovbbi szmols egy msodrend egyenlethez vezet, amelynek vals gyke X, vagyis a protonkoncentrci =
1,3210-3 M. Ennek a koncentrcinak a negatv eljel tzes alap logaritmusa megadja a pH rtkt, ami 2,88.
A grbe kt vgn az ecetsav illetve az acettion vzzel val reakcijbl szrmaz pH-t olvashatjuk le, ebbl az
egyik rtket az ecetsav vonatkozsban ki is szmtottuk.
A grbe szlektl eltr tbbi rsze esetben viszont gy gondolkodhatunk, hogy amennyi hidroxidion kerlt
beoldsra, ppen annyi acettion keletkezik:
2.15. egyenlet
Tegyk fel, hogy y az ecetsav kezdeti mennyisge (nem koncentrcija!), s x a hozzadott hidroxid mennyisge,
akkor a disszocilt forma (esetnkben acett) s a nem disszocilt forma (esetnkben ecetsav) koncentrcii az
albbiak szerint szmolhatk ki:
2.16. egyenlet
illetve:
2.17. egyenlet
2.18. egyenlet
Teht a 2.18. egyenlet rja le a 2.32. brn lthat grbt, amelynek kiindulsi rtke a titrls elejn pH ~2,9, a
pH az els nhny tized egyenrtknyi NaOH adagolsra meredeken emelkedik, majd az emelkeds mrtke
cskken.
Az ekvivalencia pont felnl (lsd x = y/2) a titrlsi grbnek inflexis pontja van. Itt teht a pH emelkedsnek
loklis minimuma van, e feletti NaOH adagolsnl a pH egyre meredekebben emelkedik. Az ekvivalencia pont
57
Kmiai alapok
felnl feleannyi hidroxidot oldottunk be, mint amennyi ecetsav volt beoldva. Mivel az ecetsav acett iont kpezve
elreagl a bemrt hidroxidionnal, ebben a pontban az ecetsav fele van ppen acett ion formban disszocilva,
vagyis ez a pH rtk mutatja az ecetsav pKa rtkt.
rdemes megfigyelnnk, hogy a pKa rtk +/ 1 pH egysg tartomnyban a pH csak gyengn, csaknem linerisan
emelkedik a hidroxid bevitelvel. Az oldatban lv gyenge sav mintegy tomptja a hidroxidionok hatst. Eredetileg
a nmet nyelvterleten a puffer elnevezst a vagonok vgn lv rugs tkzkre vezettk be, amelyek tomptottk
az tkzs hatst. Ennek analgijra vezettk be a puffer elnevezst a kmia terletre a gyenge savak illetve
bzisok pH-vltozst tompt viselkedse miatt. A puffer-hats prhuzamos egyenslyok eredmnye, amelyeknek
egyidejleg teljeslnik kell.
Amikor ecetsav oldatba hidroxidionok kerlnek, a vzion-szorzat llandsga miatt a protonkoncentrci le kell,
hogy cskkenjen olyan mrtkben, hogy a hidroxidion koncentrci s a protonkoncentrci szorzata 10-14 M2
legyen. Ha azonban cskken a protonkoncentrci, akkor az kihat a savi disszocicis llandval jelzett egyenslyra
is. Ennek az egyenslynak is vltoznia kell, msklnben cskkenne a Ka (Ksav) lland rtke. Az lland azrt
marad elnevezshez hven vltozatlan, teht a rvonatkoz hnyados rtke azrt marad lland, mert a szmllban
szerepl, cskken protonkoncentrcit a nevezben szerepl ecetsav disszocicija rszben kompenzlja. Vgs
soron ebben a trtben a szmll s a nevez rtke azonos arnyban cskken.
A 2.33. bra szerint leegyszerstve gy is jellemezhet a folyamat, hogy a bevitt hidroxidionok kzvetlenl
ecetsavval reaglnak, gy az ecetsav egyfajta protonraktrknt mkdve mrsklik a protonkoncentrci cskkenst.
Teljes mrtkben nem kompenzlhat az ecetsav, hiszen elreaglva nveli az acett ionok koncentrcijt, amelyek
egy rsze bzisknt a vztl proton vesz fel.
58
Kmiai alapok
Az ember vrben a pH ~7,4-es rtken van, s ez az rtk aktv folyamatok rvn stabilizldik. Passzv mdon
mindazon puffer rendszerek rdemben hozzjrulnak ennek a pH rtknek a stabilitsban, amelyek gyenge sav
komponensnek a pKa rtke kzel semleges pH rtk. Ebbl a szempontbl kitntetett szerepe van a szrum
magas foszftkoncentrcijnak, hiszen a dihidrogn-foszft / hidrognfoszft pufferben a dihidrogn-foszft
6,86-os pKa rtke ebben a tartomnyban van, illetve a szrum nagyon magas fehrjekoncentrcija miatt a fehrjk
felsznn lv hisztidin oldallncoknak is, amelyek pKa rtke ~6,0 (lsd 2.34. bra).
59
Kmiai alapok
2.36. bra: A biokmiai ksrletekben gyakran hasznlt, nem biolgiai eredet pufferek
60
Kmiai alapok
61
62
A termodinamika alapjai
A rendszernek hrom, jl elklnthet tpusa van. Attl fggen, hogy a rendszer s a krnyezete kztti
hatrfelletnek milyen jellemzi vannak, a rendszer lehet nylt, zrt, vagy izollt (lsd 3.1. bra).
63
A termodinamika alapjai
A magasabb hmrsklet testbl az alacsonyabb hmrskletbe energia ramlik t, amit hnek neveznk. A
magasabb hmrsklet test energija, teht munkavgz kpessge nagyobb, mint az ugyanolyan, de alacsonyabb
hmrsklet test. Amikor a rendszer ht ad le a krnyezetnek, az energija cskken, amikor ht vesz fel a
krnyezettl, akkor az energija nvekszik.
A htads (a munkavgzssel szemben) rendezetlen formj energiaramls. (rdemes megjegyezni, hogy
a termodinamikai hmrsklet fogalom, ppen a fenti jelensgen keresztl kerlt bevezetsre. A nulladik fttelnek
nevezett trvny szerint azok a rendszerek, amelyek kztti a hatrfellet lehetv teszi a htadst, de amelyek
kztt nem trtnik hcsere, egy termodinamikai paramterkben megegyeznek. Ez a paramter a hmrsklet.)
A rendszer s a krnyezete kztti hatrfellet htereszt kpessge szerint megklnbztetnk adiabatikus s
diatermikus hatrfelletet. A rendszer s krnyezete kztti hatr adiabatikus, ha htadst nem tesz lehetv,
s diatermikus, ha a htadst lehetv teszi.
Szintn a hvel kapcsolatban a rendszerben zajl folyamatok (pl. fzistalakuls, vagy kmiai reakci) is ktflk
lehetnek. A rendszerben lezajl folyamat exoterm, ha annak sorn h szabadul fel. Adiabatikus hatrfellet esetn,
(teht amikor a rendszer nem tudja leadni a ht a krnyezetnek), a rendszer hmrsklete emelkedik. Diatermikus
hatrfellet esetn ugyanakkor a rendszer hmrsklete (legalbbis az egyensly belltval) nem lesz magasabb,
a rendszer a ht a krnyezetnek adja le.
A rendszerben lezajl folyamat (pl. fzistalakuls, vagy kmiai reakci) endoterm, ha annak sorn a rendszer
energijnak egy rsze h-abszorbcival (elnyeldssel) vltozik. Adiabatikus esetben a rendszer hmrsklete
ilyenkor cskken, diatermikus esetben a rendszer hmrsklete (az egyenslyt elrve) nem vltozik, mert a rendszer
a krnyezetbl ht vesz fel.
Bels energia (U)
A rendszer teljes energija a bels energia (U), ami megegyezik azzal az energival, ami az adott rendszer
ltrehozshoz szksges. A bels energia tartalmazza a rendszer sszes molekuljnak mozgsi energijt
(halad mozgs, forgs, rezgsek) s helyzeti energijt (amelyek klnbz formi kzl szmunkra a kmiai
ktsekben rejl potencilis energia lesz relevns). A bels energia egy absztrakt fogalom. Pontos mennyisge
ltalban nem meghatrozhat, de ltalban nem is fontos a szmunkra. Amivel ellenben a termodinamika jellemzen
foglalkozik, az a bels energia megvltozsa, ami viszont mrhet. A bels energia llapotfggvny, vagyis
kizrlag a rendszer pillanatnyi llapottl fgg, attl, hogy milyen mdon kerlt az adott llapotba, fggetlen.
Ezzel sszefggsben egy folyamatnl a bels energia vltozst (U) megkapjuk, ha a vgs bels energibl
levonjuk a kezdetit: U=Uvgs-Ukezdeti.
A bels energia extenzv tulajdonsg, mert fgg az anyag-mennyisgtl (ugyangy, ahogy pldul a tmeg s a
trfogat is). Az extenzv tulajdonsgok sszeaddnak, szemben az anyagmennyisgtl fggetlen intenzv
tulajdonsgokkal, amilyen pl. a hmrsklet, a nyoms, vagy a srsg. Ez utbbi tulajdonsgok nem sszeaddnak,
hanem kiegyenltdnek.
64
A termodinamika alapjai
Br errl mr korbban is esett sz, alapvet jelentsg a termodinamikban bevezetett eljel-konvenci, amely
az energiacsert a rendszer bels energia vltozsnak tkrben rtkeli. A munka pozitv eljel (w > 0), ha a
krnyezet vgez munkt a rendszeren, illetve a h pozitv eljel, (q > 0), ha a krnyezet kzl ht a rendszerrel.
Ezekben az esetekben ugyanis az energiatads nveli a rendszer belsenergijt. Ennek megfelelen a munka
negatv eljel, (w < 0), ha a rendszer vgez munkt a krnyezeten, illetve a h negatv eljel (q < 0), ha a rendszer
kzl ht a krnyezettel. Ezekben az esetekben ugyanis a rendszer belsenergija cskken.
65
A termodinamika alapjai
3.2. bra: Azonos kmiai reakci sorn eltr mennyisg h szabadul fel attl fggen, hogy a reakci
lland trfogaton, vagy lland nyomson zajlik-e le
Az lland trfogaton vgbemen kmiai reakci eredmnyeknt a rendszer ht ad le a krnyezetnek, de
munkavgzsre nem kerl sor, hiszen nem trtnik semminem anyagelmozduls valamifle er ellenben. Ebben
az els esetben teht: w = 0; U = q.
A konkrt pldban a rendszer ltal leadott (negatv eljel!) h alapjn: U = q = 9941,4 kJ.
Az lland nyomson vgbemen kmiai reakci eredmnyeknt a rendszer szintn ht ad le a krnyezetnek. A
konkrt pldban ennek mrtke: q = 9958,7 kJ. A msodik esetben teht ugyanaz a kmiai reakci 17,3 kJ-lal
nagyobb mrtk hleadst eredmnyezett! Mrpedig a kt esetben a kt rendszer bels energija ugyanolyan
mrtkben kellett, hogy megvltozzon, hiszen egymssal sszehasonltsban azonos kiindulsi anyagokbl azonos
vgtermkek keletkeztek.
A msodik ksrletet sorn, a kezdeti s a vgs llapot sszehasonltsbl kiderl, hogy a folyamat vgn bell
egyenslyban a tartly trfogata kisebb, mint kezdetben volt (ez a 3.2. brn nem ltszik, mivel kicsi a
trfogatklnbsg, de ksrletesen jl mrhet). A kls (lland) lgnyoms teht benyomta a dugattyt. Ez azt
jelenti, hogy a krnyezet munkt vgzett a rendszeren, teht nvelte annak bels energijt! Vajon mi ennek a
trfogatcskkensnek az oka? A kiindulsi llapotban a 23 mlnyi gz volt jelen oxignmolekulk formjban. A
vgllapotban ugyanakkor csak 16 mlnyi gz van jelen szndioxid formjban. Ez a klnbsg eredmnyezi a
dugatty benyomdst.
A msodik mrsi elrendezsnl teht az ltalnos U = q + w esetet kell figyelembe vennnk. A krnyezetnek
leadott h az elzekben emltett mdon mrhet, s mint lthattuk, 17,3 kJ-lal meghaladta az lland trfogat
mrs sorn kapott rtket. Krds, hogy a rendszeren vgzett munka hogyan hatrozhat meg. A klvilg ltal
vgzett munka a munka defincijbl fakadan az er, s az ervel szembeni elmozduls szorzata: w = F r.
A negatv eljel azrt szksges, mert az r a rendszer szempontjbl nzve cskken, teht r negatv, mikzben
a rendszer szempontjbl a rajta vgzett munka pozitv eljel. A fenti egyenletet knnyen talakthatjuk, hogyha
figyelembe vesszk, hogy az er felrhat a nyoms (ebben az esetben a kls lgnyoms) s a fellet (ebben az
esetben a dugatty fellete) szorzataknt:
66
A termodinamika alapjai
w = p A r = p V.
A korbban az elmozdulsra vonatkoz negatv eljel ebben az talaktott formban mg inkbb nyilvnval: a
rendszer trfogata a folyamat sorn cskkent, teht a trfogatvltozs negatv eljel. A p V tagot teht 1-el
meg kell szorozni ahhoz, hogy a termodinamikai eljel koncepcival egyezen a rendszeren a krnyezet ltal
vgzett munka pozitv legyen. Az gy definilt p V munka termszetesen mrhet, s 17,3 kJ-nak addik.
A bels energia vltozsa lland nyomson:
U = q + w = q + (pV) = 9958,7 kJ + 17,3 kJ = 9941,4 kJ
Ez azt jelenti, akr lland trfogaton, akr lland nyomson ment vgbe, ugyanaz a kmiai reakci ugyanakkora
bels energia vltozssal jrt. A bels energia vltozs h s munka-komponense ugyanakkor a kt esetben eltrt.
Az lland nyomson vgbement reakci esetben ppen annyival tbb ht adott le a rendszer, mint amekkora
munkt vgzett rajta a krnyezet.
Vajon mi is ezek alapjn az elnye annak, hogy bevezettk az entalpia belsenerginl sszetettebb fogalmt?
Ksrletesen legegyszerbben a hcsere mrhet, de mint lttuk, hcsere nem mindig adja meg a bels energia
vltozst, hiszen a munkavgzst (pl. trfogati munkt) is figyelembe kell venni. A reakcikat egyszerbb lland
nyomson lejtszatni, mint lland trfogaton. Olyan llapotfggvnyt rdemes bevezetni, aminek vltozsa
lland nyomson megegyezik a jl mrhet hcservel, ha a trfogati munkn kvl nincs msfajta munka.
Ez az llapotfggvny nem ms, mint az entalpia.
Az entalpia definci szerint: H = U + pV. lland nyomson az entalpia megvltozsa gy rhat fel: H = U +
pV. Ezt trendezve: U = H pV. Mint lttuk, a trfogati munka gy rhat fel: w = pV. Ebbl kvetkezen
teht: U = H + wtrf.
Mivel az els fttel szerint: U = q + w, ezrt lland nyomson, ha nincs ms munka, mint trfogati:
H = q.
Mivel U, p s V llapotfggvnyek, ezrt H is llapotfggvny, teht rtke nem fgg attl, hogy hogyan jutott a
rendszer az adott llapotba. Ebbl kvetkezen megvltozsa egyszeren kifejezhet az albbiak szerint: H =
Hvgs Hkezdeti. Mivel H rtknek vltozsa pusztn a kezdeti s vgllapotok klnbsge, az lland nyomson
kalorimetrisan meghatrozott H reakcih szempontjbl mindegy, hogy az elz pldban szerepl palmitinsav
milyen reakci tvonalon oxidldik.
Az lland nyoms kalorimterben meghatrozott H rtk teht rvnyes a sejtben, lland nyomson lezajld
folyamatra is, hiszen a vgtermkek (szndioxid s vz) azonosak! Mindez annak ellenre igaz, hogy a mrs sorn
a palmitinsav kzvetlenl reaglt oxignnel, mg a sejtekben a palmitinsav egy rendkvl sszetett, soklpses
folyamatban alakul t vgs soron szndioxidd s vzz. A palmitinsav (s brmely ms szerves anyag) sejtes
oxidcira vonatkoztathat kalriatartalma teht egyszer fizikokmiai mrssel meghatrozhat! Ez az rtk
vgs soron azt mutatja meg, hogy az llnyekre is jellemz lland nyomson lezajl kmiai reakcit ksr
bels energiavltozsnak mekkora az a rsze, amely nem trfogati munkaknt jelentkezik. Ez az adat a biokmia
szmra klnsen fontos, mivel a trfogati munkt az llnyek nem tudjk hasznostani (az llnyek nem
hergpek!). Ezrt az gy meghatrozott energiamennyisg egy fels korltot ad arra, hogy a kmiai reakci sorn
felszabadul energibl legfeljebb mennyi fordthat trfogati munktl eltr, hasznos munkra. Amint azt a
termodinamika msodik fttele kapcsn nemsokra ltni fogjuk, az entalpiavltozsnak csak egy rszt lehet
nem-trfogati munkra fordtani. Ezt a hnyadot hvjuk majd szabadentalpinak.
67
A termodinamika alapjai
Az els fttel egyfajta knyveli energiamrleg, ami semmit nem mond az energia ramlsnak lehetsges
irnyairl. Nem foglalkozik pldul azzal, hogy ramolhat-e spontn folyamatban h az alacsonyabb hmrsklet
rendszerbl a magasabb hmrsklet fel. Egyszeren azt konstatlja, hogy amennyiben ramolna, mekkora lenne
a kt rendszer bels energia vltozsa. Az els fttel egyenlete azt is sugallja, mintha a h s a munka tkletesen
egyenrtk lenne. Mrpedig tapasztalati tny, hogy a munka formjban kzlt energia ugyan tkletesen hv
alakulhat, de fordtva nem gy van. A h formjban tadott energinak mindig csak egy bizonyos szzalka
fordtdhat munkavgzsre, a folyamat hatsfoka soha nem szz szzalkos.
Tapasztalati tny, hogy vannak nmaguktl vgbemen, szakszval spontn folyamatok, s vannak olyanok, amik
vgbemenetelhez energia-befektets kell. A spontn folyamatok irreverzibilisek, csak egyik irnyban zajlanak
le. Vajon mi szabja meg ezeknek a folyamatoknak az irnyt? Alacsonyabb bels energia (U) fel trekvs? Ez
rszben igaz, de van egy msik faktor is. Ez a msik faktor legnyilvnvalbban olyan spontn folyamatok sorn
rhet tetten, amelyeket nem ksri a bels energia vltozsa, mgis egyirnyak, megfordthatatlanok. A 3.3. bra
egy ilyen folyamatot illusztrl.
3.3. bra: Az entrpia statisztikus alapon trtn bevezetse egy belsenergia vltozssal nem jr, spontn
vgbemen, visszafordthatatlan folyamat pldjn
A pldban egy V trfogat, hg cukoroldatra rtegeznk V trfogat vizet. Tapasztalati tny, hogy a cukormolekulk
idvel tkletesen egyenletesen oszlanak el a 2V trfogat oldatban. Ez egy spontn vgbemen, irreverzibilis
folyamat. A fordtott folyamat, teht az, hogy az sszes cukormolekula spontn sszegyljn az eredeti als
trrszbe, nem zajlik le. A folyamatot nem ksri a bels energia vltozsa, hiszen sem hcsere, sem munkavgzs
nem trtnik. Vajon mi hajtja ezt a folyamatot? Mi vltozik a folyamat sorn?
Rszletesebben megvizsglva a krdst belthat, hogy a cukormolekulk egyenletes eloszlsnak egyszer
statisztikai oka van. Az, hogy a fele lent, fele fent llapot sokkal tbbflekppen valsulhat meg, mint az, hogy
az sszes cukor molekula lent van. Olyan nagymrtkben haladja meg az egyenletes eloszls valsznsge a
rendezett eloszlst, hogy praktikusan soha nem ll jra el semmilyen, a tkletesen egyenletes, rendezetlen
eloszlstl eltr llapot. Ez matematikailag szabatosan kifejezhet az albbiak szerint:
Az egyszersg kedvrt csak a kt emltett trrszt vegyk figyelembe, s tegyk fel, hogy N db cukormolekula
van. Ekkor ezek mikroszkopikus szinten 2N klnbz mdon rendezdhetnek el a kt trrsz kztt, hiszen minden
egyes molekula vagy ppen fent van, vagy ppen lent van, s az egyes molekulk ktfle elhelyezkedsi
lehetsgt kell egymssal N-szer sszeszorozni.
Mivel a cukormolekulk egyformk, ezrt jval kevesebb, sszesen N + 1 makroszkopikusan megklnbztethet
llapot lehetsges, amelyekben rendre 0, 1, 2, ..., N 1, vagy N db molekula van ppen lent (mg a tbbi ppen
fent van).
Az az llapot, amelyben mindegyik molekula lent van, csak egyflekppen valsulhat meg. Az az eset, amikor
1 db van fent, N-fle mdon valsulhat meg. ltalnossgban az albbi egyenlettel szmolhat ki, hogy
hnyflekppen valsulhat meg, hogy L darab van az egyik trflben, s N-L darab a msikban:
68
A termodinamika alapjai
3.1. egyenlet
A WL mrszm teht azt mutatja meg, hogy egy adott makroszkopikus elrendezds mgtt hny mikroszkopikus
elrendezds lehetsges. Egy adott elrendezds valsznsgt a WL/2N hnyados adja meg, amelyben az adott
makroszkopikus elrendezdst lehetv tv mikroszkopikus elrendezdsek szmt elosztjuk az sszes lehetsges
mikroszkopikus elrendezdsek szmval.
Nagy N esetn az L = N/2 makroszkopikus llapothoz tartoz WL/2N valsznsg minden egyb lehetsges
makroszkopikus elrendezds valsznsgnl nagyobb, mgpedig olyan jelents mrtkben nagyobb, hogy
praktikusan csak ez az llapot jn ltre.
69
A termodinamika alapjai
Vizsgljuk meg ezt az egyenletet. Ezek szerint egy rendszerben lezajl folyamat cskkentheti a rendszer
entrpijt, de csak akkor, ha a folyamat sorn a krnyezet entrpija azzal egyenl mrtkben (reverzibilis
folyamat esetn) vagy annl nagyobb mrtkben (irreverzibilis folyamat estn) nvekszik!
Ez az sszefggs rvilgt arra, hogy az llnyek csak olyan folyamatokkal rhetik el magas rendezettsg, teht
alacsony entrpij llapotukat, amely folyamatok eredmnyeknt krnyezetk entrpija folyamatosan nvekszik!
3.4. egyenlet
3.4. bra: A hidrogn reakcija oxignnel a rendszer entrpijt cskkenti, de mivel a krnyezetnek leadott
h a krnyezet entrpijt ennl nagyobb mrtkben nveli, a reakci spontn vgbemegy
70
A termodinamika alapjai
Reverzibilis folyamatban, melyben a vilgegyetem entrpija nem vltozik, a krnyezet entrpia vltozsa egyenl
a krnyezetnek leadott h s a krnyezet hmrskletnek hnyadosval. Amennyiben a folyamat irreverzibilis,
gy a krnyezet entrpia vltozsa ennl a hnyadosnl nagyobb, az univerzum entrpija pedig nvekszik.
Ez az sszefggs termszetesen a fordtott irnyra, illetve a krnyezet mellett a rendszerre is igaz. Teht a
krnyezettl felvett h cskkenti a krnyezet entrpijt, s nveli a rendszer entrpijt.
Nzzk meg egy tipikus pldn, hogyan is rja le a folyamatokat az gy bevezetett entrpia.
Legyen a rendszernk egy vegedny, amelyben flig fagyott vz van. Ennek hmrsklete 0C, teht 273 K. Az
edny krnyezete legyen egy nagymret, 20C-os, teht 293 K hmrsklet szoba, amely legyen egyben egy
izollt rendszer. A szoba mrete legyen olyan nagy, hogy annak hmrsklett a folyamat sorn llandnak
tekinthessk. A szobbl, mint krnyezetbl h addik t a rendszerbe. Az id elrehaladtval a jg elolvad, de
amg ez nem kvetkezik be teljes mrtkben, addig az ednyben lv vz s jg keverknek hmrsklete 273 K
marad. Vizsgljuk a folyamatot addig a vgpontig, amikor az sszes jg ppen elolvadt. A pldban teht sem a
szoba, sem az edny hmrsklete nem vltozik. Mitl irreverzibilis ez a folyamat?
Legyen a krnyezetbl felvett h mennyisge q. A krnyezet entrpia vltozsa negatv, hiszen ht adott le. rtke
Skrnyezet = q/293 J/K. Az edny, mint rendszer entrpija nvekedett, hiszen ht vett fel. Ennek rtke Srendszer
= q/273 J/K. A teljes, izollt rendszernk entrpia vltozsa a kt entrpia vltozs sszege: Ssszes = q/273 J/K
q/293 J/K. Vegyk szre, hogy a kapott rtk pozitv, teht az izollt rendszer entrpija a msodik fttelnek
megfelelen nvekedett. Ez pusztn annak a tapasztalati tnynek ksznhet (amit a nulladik fttel mond ki),
hogy a h mindig a magasabb hmrsklet testbl ramlik az alacsonyabb hmrsklet irnyba. Egy ilyen
htads viszont minden esetben nveli a vilgegyetem entrpijt!
Amennyiben h addik t egy magasabb hmrsklet helyrl egy alacsonyabb hmrsklet helyre, az mindig
pozitv entrpiavltozst jelent a rendszer + krnyezet egyttesre nzve.
Folytassuk az elzleg bevezetett egyenletet, s alaktsuk t arra az esetre, amikor a vizsglt folyamat lland
nyomson zajlik, s a trfogati munkn kvl nincs msfajta munkavgzs (lsd az entalpia bevezetsnl). Ekkor
felrhat, hogy:
3.5. egyenlet
3.6. egyenlet
Ezt az egyenletet kombinlva az entrpia vltozsok sszegre vonatkoz 3.3. egyenlettel az albbi egyenlethez
jutunk:
3.7. egyenlet
Szorozzuk meg mind a kt oldalt a rendszer minden esetben pozitv rtk hmrskletvel:
3.8. egyenlet
Szorozzuk meg mindkt oldalt mnusz eggyel (a relci ilyenkor termszetesen megfordul).
71
A termodinamika alapjai
3.9. egyenlet
Amint az a 3.9. egyenletbl lthat, a TSvilgegyetem tag rtke minden spontn irreverzibilis folyamatra negatv
kell, hogy legyen, hiszen ezekre Svilgegyetem pozitv eljel (lsd msodik fttel), T pedig mindig pozitv. Ez a
TSvilgegyetem tag teht egy folyamat-irnyjelz! Kiemelt fontossga miatt ez az irnyjelz nevet is kapott,
szabadentalpia-vltozsnak hvjuk, s G-vel jelljk.
A G rtke fgg a hmrsklettl, ezrt az egyenlet csak lland hmrskletre rtelmezett, s mint korbban
emltettk, a nyoms is lland, hiszen ezrt vezethettk itt be az entalpit (H). Vgs soron az albbi egyenlethez
jutottunk:
3.10. egyenlet
Az egyenlet a Gibbs-fle szabadentalpia (G) megvltozst rja le. A szabadentalpia is llapotfggvny, csakgy,
mint a bels energia, az entalpia, vagy az entrpia. A jells Josiah Willard Gibbs tiszteletre kerlt bevezetsre,
aki elsknt vezette be 1873 krl az lland hmrskletre s nyomsra vonatkoz, a szabadentalpival azonos
available energy fogalmat. Megjegyzend, hogy az angol nyelv szakirodalom kizrlag a Gibbsfree energy
vagy rviden csak free energy kifejezst hasznlja.
Az egyenlet szerint minden lland nyomson s hmrskleten lezajl spontn, irreverzibilis folyamatra
igaz, hogy annak eredmnyeknt a szabadentalpia vltozs kisebb, mint nulla. G akkor egyenl nullval,
ha a folyamat reverzibilis, vagy ha termodinamikai egyensly ll fenn.
Vegyk szre, hogy a G rtke csak a rendszerre vonatkoz entalpia s entrpia tagokbl szrmazik, ezrt nem
kell a teljes univerzumra figyelnnk!
A klnbz letfolyamatok esetben, az lland nyoms s hmrsklet kritriuma az esetek tlnyom rszben
fennll, ezrt ez az egyenlet kivlan alkalmazhat a biokmia ltal tanulmnyozott folyamatokra is! Mivel a
szabadentalpia is llapotjelz, ezrt egy-egy folyamat (pl. kmiai reakci) esetn csak a kezdeti s a vgs llapot
szmt, az nem, hogy milyen utat jrt be a folyamat a kt llapot kztt.
Az egyenletbl azonnal addik, hogy olyan folyamat, amelynek sorn a rendszer entrpija cskkenne (a Srendszer
tag negatv, teht a TSrendszer tag pozitv), mikzben a rendszer ht venne fel, (a Hrendszer tag is pozitv) nem
jtszdhat le, hiszen az pozitv G rtkkel jrna.
A spontn lejtszd irreverzibilis folyamatok hrom csoportba oszthatk a rendszerre vonatkoz H s TS
szerint (lsd 3.1. tblzat):
3.1. tblzat: A reakcik ngyfle tpusa az entalpikus s entrpikus tagok eljele alapjn
Nzznk meg hrom jellemz pldt a spontn lejtszd reakcikra (lsd 3.5. bra).
72
A termodinamika alapjai
3.5. bra: Egy-egy jellemz plda a hromfle, spontn lejtszd folyamat tpusra
Az els folyamat a glkz mikrobilis fermentlsa etanoll. Ebben a jl ismert folyamatban 1 mlnyi szlcukorbl
2 ml etanol s 2 ml szndioxid keletkezik. A molekulk szma teht nvekszik, radsul a szndioxid gz
halmazllapot, ezrt a rendszer entrpija nvekszik. A folyamat ismert mdon exoterm, vagyis a rendszer ht
ad le, ami szintn kedvez a folyamatnak, hiszen azt mutatja, hogy a krnyezet entrpija is nvekszik.
A msodik pldnk az etanol teljes oxidcija. A folyamat sorn 1 ml etanol 3 ml oxignnel reaglva 2 ml
szndioxidot s 3 ml vizet eredmnyez. Ennl a reakcinl krds, hogy milyen hmrskleten zajlik. Ha az
alkoholt kzvetlenl getnnk el oxignnel, akkor a termkek mind gz halmazllapotak lennnek, s a folyamat
entrpikusan is kedvez lenne. Ha az l szervezetben lezajl oxidcirl van sz, ami alacsony hmrskleten
zajlik, akkor a keletkez vz folyadk halmazllapot. Ebben az esetben a folyamat entrpikusan kedveztlen, s
attl lesz spontn, hogy a negatv entalpikus tag dominl (a folyamatot az entalpiavltozs hajtja). A rendszer
entrpia cskkenst ilyenkor bven fellmlja a krnyezet entrpia nvekedse.
A harmadik esetnk, a szilrd halmazllapot nitrogn-pentoxid spontn bomlsa nitrogndioxidra s oxignre.
A folyamat endoterm, vagyis ennek sorn a rendszer ht vesz fel a krnyezetbl. A krnyezet entrpija teht
cskken, de a rendszer entrpija ennl nagyobb mrtkben nvekszik, mivel szilrd halmazllapot anyagbl
annl nagyobb ml-szm gz keletkezik.
73
A termodinamika alapjai
A wsszrev rszben trfogati, rszben minden egyb munkt (pl. tlts sztvlaszts, anyagszllts
koncentrcigradiens ellenben stb.) jelent reverzibilis folyamatban:
3.14. egyenlet
3.17. egyenlet
Elsre taln nem knny rtelmezni a fenti kijelentst, ezrt hasznosnak bizonyulhat egy szemlletesebb plda, a
fajlagos trfogat esete. Egymssal elegyed folyadkok esetben jl ismert tny, hogy ezek trfogata nem felttlenl
addik ssze. Krds, hogy egy adott tbbkomponens elegyben mekkora rsz-trfogatot foglalnak el mlonknt
az egyes komponensek. Ezt egy gondolatksrletben gy is meglehetne hatrozni, hogy vesznk egy kzel vgtelenl
nagy, de ismert trfogat elegyet, adunk hozz 1 mlt az adott komponensbl, s megmrjk a trfogat nvekedst.
A kzel vgtelenl nagy trfogat azrt fontos, hogy az egy ml anyag hozzadsa praktikusan ne vltoztassa meg
az elegy sszettelt. A trfogat nvekeds praktikusan meg fogja adni, hogy egy ml adott komponens mekkora
trfogatot foglal el az elegyben adott sszettel esetn. Az adott komponens mljainak szmt ismerve az is
kiszmolhat lesz, hogy az adott komponens sszesen mekkora trfogatot foglal el az elegyben. Ugyanez a
gondolatmenet vonatkoztathat a kevsb szemlletes kmiai potencil, illetve parcilis molris szabadentalpia
esetre.
74
A termodinamika alapjai
3.18. egyenlet
Adott sszettel elegy szabadentalpija teht megadhat a komponensek szabadentalpia hozzjrulsainak
sszegeknt, ahol ezek a hozzjrulsok a komponensenknti parcilis molris szabadentalpia rtkek s a
komponensenknti molris mennyisgek szorzata.
Nzzk meg, hogy hogyan vezethet le mindebbl a kmiai reakcikat ksr szabadentalpia vltozs. Legyen az
ltalnos, oda-vissza lejtszd kmiai reakci smja a kvetkez:
3.19. egyenlet
Vajon adott A, B, C, D koncentrcikon milyen irnyban zajlik majd a nett reakci? Tbbek kztt ezt fogjuk a
tovbbiakban megvizsglni. Kmiai reakcinl az egyes komponensek egymsba alakulnak. A reakcit ksr
szabadentalpia vltozs ltalnossgban gy rhat fel:
3.20. egyenlet
A fenti reakcira vonatkoztatva, s balrl jobbra halad reakci esetn, amikor rendre nA A s nB B fogy, mikzben
nC C s nD D keletkezik, ez az albbi egyenlet szerint rhat fel:
3.21. egyenlet
Az elegy szabadentalpija teht a keletkez komponensek hozzjrulsaival n, mg az eltn komponensek eredeti
hozzjrulsval cskken.
Ha a fenti, balrl jobbra felrt egyenlethez tartoz reakci G rtke negatv, akkor a reakci valban abban az
irnyban megy spontn vgbe, ahogy azt felrtuk. Ha a G rtke pozitv, akkor a reakci ppen a fordtott irnyban
zajlik le spontn, ha pedig a G rtke ppen nulla, akkor termodinamikai egyensly van, minden komponensbl
idegysgenknt ugyanannyi alakul t, mint amennyi keletkezik.
Amint az a 3.21. egyenletbl lthat, az, hogy mi trtnik, az egyes parcilis molris szabadentalpiktl, vagyis
az egyes kmiai potenciloktl fgg. A kmiai potencil rtkek ugyanakkor kt tnyeztl fggnek. Az adott
komponens anyagi minsgtl (lsd lejjebb, mint standard molris szabadentalpia) s az adott komponens
koncentrcijtl. Egyenslyban minden komponens azonos kmiai potencilon van, az alacsonyabb standard
molris szabadentalpij anyagok magasabb koncentrciban lesznek, mint a magasabb standard molris
szabadentalpij anyagok.
Az itt bevezetett modellben, a fels irnyban nA mlnyi A s nB mlnyi B fogy, mikzben nC mlnyi C s nDmlnyi
D keletkezik gy, hogy ekzben mindegyik komponens koncentrcija lland marad. Ez ktflekppen is
elkpzelhet. Az egyik lehetsg, hogy olyan nagymennyisg keverket vizsglunk, amelyben a fent emltett
mennyisg anyagtalakuls csak elhanyagolhat mrtkben vltoztatja meg a koncentrcikat. A msik lehetsg,
ami kivlan vonatkoztathat l rendszerekre is, hogy egy olyan nylt rendszert vizsglunk, amelyben az elfogy
komponensek folyamatosan ptldnak, mg a keletkez komponensek folyamatosan eltvoltdnak. Ebben az
esetben a rendszer stacionrius (steady-state) llapotban van. A sejtben, vagy a sejt kztti llomnyban szmos
anyag koncentrcija gy marad lland, hogy kzben az adott anyag adott temben folyamatosan fogy, de
ugyanolyan temben ptldik is. J plda a szinte lland vrcukorszint. A vrbl folyamatosan glkz jut a
sejtekbe. A cskken vrcukorszint hatsra egy hormonlis szablyozs keretben a mj glkzt rt a vrbe,
teht ptolja a vrbl eltvoltott glkzt.
Nzzk meg, hogy hogyan fgg a kmiai potencil a koncentrcitl. Az elegy egyes komponenseinek kmiai
potenciljt kzs standard llapotra (pl. p = 1atm, T = 298 K) jellemz standard kmiai potenciljaikhoz
viszonytjuk. A standard kmiai potencil az adott vegylet elemeibl val kpzdshez tartoz standard
75
A termodinamika alapjai
molris kpzdsi szabadentalpia. Ehhez az anyagminsgtl fgg standard rtkhez adjuk hozz minden egyes
komponensnl a koncentrcitl fgg tagot.
3.22. egyenlet
3.23. egyenlet
3.27. egyenlet
Az egyenletben [A] s [B] a kiindulsi anyagok, [C] s [D] a termkek aktulis, teht nem egyenslyi
koncentrcija. Mindegyik koncentrci a kmiai reakcira jellemz sztchiometriai egytthatra van emelve.
Az emltett aktulis koncentrcik teht a vizsglat pillanatban megvalsul koncentrcik. Az egyenletben
szerepl, az aktulis koncentrcikat tartalmaz hnyadost reakcihnyadosnak is szoktk nevezni, jele Q (mint
quotient).
Az egyenletet rszben arra fogjuk majd hasznlni, hogy megllaptsuk, egysgnyi, konkrtan 1 mlnyi
anyagmennyisg talakulst mekkora szabadentalpia vltozs ksri. Ez az egyenlet csak akkor alkalmazhat, ha
az anyagtalakuls ellenre a komponensek mr emltett aktulis koncentrcija a reakci sorn nem vltozik,
lland marad! Hogyan lehetsges ez? Pldul gy, hogy olyan nagy mennyisgben van jelen az sszes komponens,
hogy egy mlnyi anyagtalakuls (fogys s keletkezs) csak elhanyagolhat mrtkben vltoztatja meg a
koncentrcikat. A msik, korrektebb eset a stacionrius rendszer, amelyben a keletkezett anyagokat folyamatosan
eltvoltjuk, az elfogy anyagokat pedig folyamatosan ptoljuk, gy a koncentrcik egyltaln nem vltoznak.
76
A termodinamika alapjai
Az egyenletben G0 a reakcira jellemz lland, mint mr emltettk ez a standard krlmnyek kztt
zajl reakci szabadentalpia vltozsa.
Nzzk meg, hogyan olvashat ez ki a vgs egyenletbl, mikor egyezhet meg a G0 rtke a G rtkvel. A
G0 = G eset akkor kvetkezhet be, ha az egyenlet jobboldalnak msodik tagja nulla. Ahhoz, hogy ez a tag nulla
legyen, az kell, hogy a logaritmusjelet kvet hnyados rtke 1 legyen, hiszen 1 brmilyen alap logaritmusa 0.
A hnyados termszetesen akkor 1, ha a szmll rtke megegyezik a nevez rtkvel. Erre egy trivilis megolds
az, ha a hnyadosban szerepl [A], [B], [C] s [D] koncentrcik mindegyike ppen 1 M, hiszen ekkor akrmilyenek
a sztchiometriai egytthatk, a hnyados rtke csak 1 lehet. Nos, emlkezznk vissza, hogy a standard
krlmnyeket gy vlasztottuk meg, hogy az egymssal reakciba lp anyagok (reaktnsok) koncentrcija 1
M legyen.
A G0 rtknek van azonban egy msik jelentse is, rtke szorosan sszefgg a kmiai reakci egyenslyi
llandjval. Ennek levezetshez vizsgljuk meg, hogy mi vonatkozik arra a kmiai reakcira, amelyik egy
termodinamikai egyenslyban zajlik. (Ez termszetesen egy fbl vaskarika megfogalmazs, hiszen termodinamikai
egyensly esetn mindkt irnyban azonos temben zajlik a reakci, vagyis nincs nett anyagtalakuls.)
Termodinamikai egyensly esetben kt fontos kijelentst tehetnk. Az egyik, hogy a reakcit ksr szabadentalpia
vltozs rtke nulla. A msik, hogy egyenslyban a reakcihnyadosban szerepl koncentrcik egyenslyi
koncentrcik, teht ilyenkor (s csak ilyenkor!) a reakcihnyados megegyezik az egyenslyi llandval.
Egyenslyban teht:
3.28. egyenlet
Az egyenletet trendezve:
3.29. egyenlet
Ennek az sszefggsnek rendkvl nagy jelentsge van, a kvetkezk miatt. Amennyiben egy kmiai reakcira
vonatkozan az egyenslyi koncentrcik mrsn keresztl meghatroztuk az egyenslyi llandt, vagy msok
kzlsbl mr ismerjk azt, gy ezltal egyben ismerjk a standard szabadentalpia vltozs, teht a G0 rtkt
is. Ennek ismeretben pedig brmilyen aktulis reaktns koncentrcik esetre ki tudjuk szmolni az adott
koncentrciviszonyokra jellemz G szabadentalpia vltozst! A szabadentalpira korbban levezetett
sszefggsek kvetkeztben a G ismeretben kt elemi fontossg informci jut a birtokunkba: merre indul el
a kmiai reakci, s molris anyagtalakulsra vonatkoztatva legfeljebb mekkora nem-trfogati munkt lehet
vgeztetni a reakcival. Amennyiben a G negatv, gy a reakci abban az irnyban zajlik, ahogy azt felrtuk,
teht az apriori kiindulsi anyagoknak nevezett molekulk fogynak, s az apriori termkeknek nevezett anyagok
keletkeznek. Ha a G pozitv, akkor az adott koncentrciviszonyok kzepette a reakci ppensggel fordtott
irnyban zajlik le spontn, teht a kiindulsi anyagok keletkeznek, s a termkek fogynak.
77
A termodinamika alapjai
Azoknak a reakciknak az esetben, ahol egyes reaktnsok koncentrcii lnyegesen eltrnek a tbbitl, a
hagyomnyos G0 nem ad j tjkoztatst a reakci vrhat kimenetelrl. Amennyiben az emltett reaktnsok
kirvan magas, vagy ppen alacsony koncentrcija lland, mint pldul a vz, vagy egy adott pH mellett a
hidroxnium-ion esetben, hasznos bevezetni egy olyan tovbbfejlesztett standard G-t, amely az adott reaktns
tekintetben nem a hagyomnyos 1 M-os, hanem a vals koncentrcira vonatkozik. A biokmiban ezt hvjuk
transzformlt standard szabadentalpia vltozsnak.
Teht annak rdekben, hogy a standardunk jobban tkrzze a valsgot, a biokmiban a mr emltett kt esetben,
valamint a magnziumion esetn a sejtre jellemz aktulis koncentrcikat nevezzk ki standard koncentrciknak.
(Minden, ATP-t vagy ms nukleozid-foszft rszvtelvel zajl reakciban a Mg2+ koncentrcit is figyelembe
kell vennnk, mert a sejtben a nukleotidok mindig Mg2+-komplex formjban vannak jelen.) Az emltett
komponensek esetben az j standard koncentrcik figyelembevtelvel szmoljuk ki az j standard krlmnyekre
jellemz G0 rtket, amit ezrt transzformlt standard szabadentalpia vltozsnak, hvunk, s G0-knt jellnk
(a szakirodalom egy rszben a jells G0). A biokmiban hasznlt standard llapotban teht: [H2O] = 55,5
M; [H+] = 10-7 M; [Mg2+] = 1 mM.
Ekkor nem tesznk mst, mint hogy az adott X komponensre vonatkoz RTln[X] tagot (amely termkek esetben
pozitv, kiindulsi anyagok esetben negatv eljel, lsd 3.25. egyenlet) kivonjuk a koncentrcifgg tagok
kzl, s hozzadjuk az eredeti G0 rtkhez. Ezek utn a koncentrcikat tartalmaz msodik tagban teht mr
nem szabad szerepeltetni az rintett komponensre vonatkoz koncentrciadatot, hiszen az mr szerepel a
transzformlt standard rtkben.
A tnyleges reakci G rtke termszetesen nem fgg a vlasztott viszonytsi krlmnyektl, de az gy bevezetett
transzformlt standard G0 llandnak az rtke a valsgos krlmnyeket jobban megkzelti. (A pontos adatot
azonban csak a tbbi reaktns koncentrciinak figyelembevtelvel lehet meghatrozni az alapegyenlet szerint).
Az egyenslyi lland rtke s a transzformlt standard szabadentalpia vltozs rtkei egymsbl szmolhatak
(lsd 3.2. tblzat).
3.2. tblzat: Az egyenslyi lland s a standard szabadentalpia vltozs kapcsolata
A G szemlletesen nem ms, mint a transzformlt standard krlmnyek kztt a termkek szabadentalpia
tartalmnak s a kiindulsi anyagok szabadentalpia tartalmnak klnbsge.
Ha ilyen krlmnyek kztt a termkek szabadentalpia tartalma kisebb, akkor a reakci spontn lezajlik. Ha
nagyobb, akkor a reakci az ellenkez irnyban zajlik le spontn, de mindez csak akkor rvnyes, ha ppen a
standard krlmnyeken vagyunk. Minden ms esetben az aktulis koncentrcikkal kiszmolt G mondja meg,
hogy mi trtnik.
78
A termodinamika alapjai
3.6. bra: Egymst kvet, kzs intermedierrel rendelkez reakcik szabadentalpia vltozsa sszeaddik
Elsknt nzzk meg az albbi reakcit, br elre jelezzk, hogy ez nem egy valdi kapcsolt reakci. A glkz
lebontshoz vezet glikolzis els lpseknt a glkz molekula 6. sznatomjhoz kapcsold hidroxil helyre
egy foszftcsoport kerl, glkz-6-foszft jn ltre (a reakcit a hexokinz enzim katalizlja). Formlisan
legegyszerbben ez az albbiak szerint mehetne vgbe: glkz + Pi glkz-6-P + H2O, ahol a Pi az inorganikus
foszft. Csakhogy ez a reakci endergonikus, a G0 rtke 13,8 kJ/mol, teht spontn nem megy vgbe. A reakci
nem is gy zajlik, a glkz nem inorganikus foszfttal, hanem ATP-vel reagl, s az ATP ADP-v alakul az albbiak
szerint: ATP + glkz ADP + glkz-6-P.
Vajon hogyan tudnnk ismert adatokbl eldnteni, hogy a fenti folyamat exergonikus-e?
Az ATP hidrolzise (ATP + H2O ADP + Pi) exergonikus, a G rtke -30,5kJ/mol. A glkz-6-foszft
keletkezse, br a valsgban nem gy zajlik, felrhat kt egymst kvet reakciknt is:
1. glkz + Pi glkz-6-P + H2O
2. ATP + H2O ADP + Pi
G0 =13,8 kJ/mol
G0 = -30,5 kJ/mol
Az ered reakci: ATP + glkz ADP + glkz-6-P (ami mint lttuk a valsgban is gy megy vgbe). Az ered
G = 13,8 kJ/mol + -30,5 kJ/mol = -16,7 kJ/mol, teht az ered reakci exergonikus, s ez egy kpzeletbeli
kapcsolt reakcibl levezethet. A fenti kpzeletbeli reakcisor a valsgban enzim nlkl nem lenne energetikailag
kapcsolt. A kapcsolst az enzim (hexokinz) hozza ltre, azltal, hogy az enzim aktv helyn az ATP hidrolzise
helyett egy n. foszforilcsoport reakci zajlik le (lsd 2.3.4. fejezet). Ha az ATP az oldatban lv hatalmas
koncentrciban lv vzzel spontn hidrolizlna, az nem segten el a glkz foszforilcijt.
A szabadentalpia vltozs kiszmolsa szempontjbl ugyanakkor nem szmt, hogy milyen tvonalra vgezzk
el a szmtst, hiszen a szabadentalpia llapotjelz tulajdonsga miatt csak a kezdeti s a vgllapot szmt.
Nzznk egy msik pldt, amiben valban kapcsolt reakcirl van sz. A glutamin keletkezse glutaminsavbl
pldul ilyen (lsd 3.7. bra).
79
A termodinamika alapjai
3.7. bra: Plda egy kapcsolt reakcira, amelyben az ATP-ADP talakulshoz kapcsolva megy vgbe egy
nmagban vgbe nem men kmiai reakci
Formlisan ehhez a reakcihoz a glutaminsavnak ammnival kne reaglnia vzkilps kzben. Ez a reakci
azonban endergonikus lenne. A valsgban a glutaminsav els lpsben ATP-vel reagl. Az ATP-rl egy
foszforilcsoport kerl a glutaminsav karboxil csoportjra (enzim jelenltben). gy egyik termkknt ADP s egy
kztes termkknt egy vegyes savanhidrid keletkezik. Ez utbbi magas szabadentalpia szinten van, reakcija
ammnival exergonikus. A msodik lpsben a vegyes savanhidrid bomlik, glutamin s inorganikus foszft
keletkezik. Ez teht egy valdi kapcsolt reakci. Az els lpsben az ATP-vel trtn kmiai reakci egy magas
szabadentalpia szint, ms szval aktivlt kztestermket eredmnyez, amely a msodik lpsben talakul.
Mindkt emltett reakciban specifikus enzim katalizlja a folyamatot, de ennek a reakcit ksr szabadentalpia
vltozs szempontjbl nincs jelentsge.
80
81
82
4.3. bra: Az enantiomerek nevezktannak Emil Fischer ltal bevezetett eljrsa a glicerinaldehid alapjn
83
A 4.1. tblzat az egyes aminosavakat alapvet fizikokmiai tulajdonsguk szerint csoportostja. rdemes kiemelni,
hogy mg a legegyszerbb osztlyozs szerint is legalbb 5 tpust rdemes elklnteni (pl. apolros alifs,
aroms, polros, tltst nem hordoz; polros, negatv tltst hordoz; polros, pozitv tltst hordoz). Az
aminosavak teht fizikokmiai tulajdonsguk tekintetben nagyfok eltrseket mutatnak, a teljes 20-tag kszlet
komoly vltozatossgot kpvisel.
A disszocicira kpes csoportok tekintetben elssorban az oldallncokat rdemes kiemelnnk, hiszen a minden
aminosavban jelen lv -amino s -karboxilcsoportok a fehrjben (az 1-1 amino-, illetve karboxiterminlis
kivtelvel) mr nincsenek jelen. Ht aminosav oldallnca esetben kell szmolnunk disszocicival. Ezek kzl
5 esetben nyilvnval, hogy az llnyekben jellemz pH tartomnyban nagyrszt disszocilt formban vannak
jelen.
Az aszparaginsav s a glutaminsav neutrlis kzegben 1-1 protont teljes mrtkben leadnak, gy ezek egysgnyi
negatv tltst hordoznak. A tblzatban jelzett rtkek (3,64 illetve 4,25) a semleges tlts forma, mint sav pKa
rtkei.
A lizin s az arginin neutrlis kmhats kzegben extra protont vesznek fel, praktikusan teljes mrtkben
protonltak, teht egysgnyi pozitv tltst hordoznak. A tblzatban jelzett rtk (~10,5 s ~12,5) a pozitv tlts
forma, mint sav pKa rtkei. A hisztidin pKa rtke is a pozitv tlts formra vonatkozik. A 6,0 rtk jelzi, hogy
semleges kmhats kzegben a hisztidin oldallncok zme pozitv tlts, de a hisztidin oldallncok mintegy
tizede semleges (lsd Henderson-Hasselbalch egyenlet, 2.5.4. fejezet).
A szabad (nem diszulfidhdban lv) cisztein s a tirozin is kpesek leadni a protonjukat. Br mindkt aminosav
neutrlisan semleges tpus tagjaknt kerlt felsorolsra, fontos tudnunk, hogy a pH fggvnyben akr tetemes
arnyban is tltssel rendelkez formban lehetnek jelen. A pKa rtkek alapjn lthat, hogy a cisztein esetben
(pKa ~8,2) mr semleges kmhatson, a tirozin esetben (pKa ~10,5) csak lgos kzegben szmottev a deprotonlt,
negatv tlts forma arnya.
84
85
86
87
88
4.10. bra: Az aminosavak egyik lehetsges, egyszerre sokfle fizikai-kmiai szempont szerinti csoportostsa
Egy tovbbi klnleges tulajdonsga miatt a ciszteinnel rdemes kln is foglalkozni. A ciszteinek szabad
szulfhidrilcsoportjai oxidci sorn diszulfid-hidakat kpeznek. A reverzibilis reakciban az SH csoport valjban
a disszocilt, S formban vesz rszt, ezrt a reakci lgos kzegben gyors, mg savas kzegben szinte egyltaln
nem zajlik le. Savas kzegben konzervlni lehet az egyenslyra jellemz llapotot, teht a szabad s
diszulfidhdban lv csoportok helyzett. Fehrjk savas hidrolzisekor a diszulfidhdban lv Cys-Cys csoportokat
cisztinknt lehet izollni, mg a diszulfidhidat nem alkotkat cisztein aminosavknt. Az SH csoport
polarizlhatsga miatt a cisztein reaktv oldallnccal rendelkezik, amely szmos enzimreakciban kzponti
jelentsg funkcionlis csoportknt szerepel.
89
90
91
92
93
4.16. bra: A polipeptidnek irnyultsga van, a flnc monoton szerkezet, a vltozatossgot az oldallncok
sorrendje jelenti
Mivel az aminosavak nem szimmetrikus molekulk, ezrt a bellk ltrejv polipeptidlncnak irnyultsga
van. A lncnak van egy aminocsoportot tartalmaz vge (amino-lncvg, N-terminlis) s egy karboxil csoportot
tartalmaz vge (karboxil-lncvg, C-terminlis).
A polipeptidlncban szerepl egysgeket aminosav maradkoknak hvjuk, hiszen nem a teljes aminosavak, hanem
a vzkilps utni maradkok (residue) plnek ssze a lncban. Az aminosav maradkokat peptidktsek ktik
ssze. A peptidkts szerkezetvel a kvetkez alfejezet foglalkozik.
A polipeptidlncban az eredeti aminosavak oldallncai vltozatlan formban jelen vannak, ezek lesznek a polipeptid
oldallncai. Az oldallncokon kvli rszt flncnak (vagy peptidgerincnek) hvjuk.
A polipeptid vza, vagyis a flnca teht (a prolin csoportokat leszmtva) egy azonos, ismtld egysgekbl
felpl, homogn struktra. Az aminosav egysgenknti vltozatossgot a lncban egymst kvet oldallncok
sorrendje jelenti. Az egyes peptidek savas, ill. bzikus jellegt, oldhatsgt, kmiai reakcikban val viselkedst
dnten a bennk lv oldallncok kmiai jellege hatrozza meg. A 4.17. bra egy tetrapeptid, azaz ngy
aminosavbl ll peptid szerkezett mutatjuk be.
94
Ennek a tblzatnak a tanulsgai rszleteiben csak a ksbbi fejezetek ismereteinek fnyben lesznek majd vilgosak.
Nhny tanulsgot azonban az rdekessg kedvrt elre megemltnk.
A citokrm-c, a ribonuklez-A vagy a lizozim mind kismret enzimek. Ezek egy olyan mrettartomnyban
vannak, amelynl lnyegesen kisebb mretben valsznleg nem jhet ltre hatkony enzim. Kisebb mret fehrjk
95
96
97
98
4.21. bra: A peptidkts cisz s transz konfigurcij llapota ltalnos esetben, illetve a prolin esetben
4.22. bra: A flnc konformcija egyrtelmen megadhat az N-C ktsek krli , illetve a C-C ktsek
krli torzis szgekkel
Annak rdekben, hogy egyrtelm legyen a , szgek jelentse, a 4.23. bra segtsgvel rszletesen is
bemutatjuk a torzis szgek defincijt.
A torzis szget ngy, egymst a molekuln bell sorban kvet, atom vonatkozsban definiljuk. A 2. s 3. atom
kztti kts krli elforduls mrtkt adjuk meg. A torzis szg az mutatja meg, hogy a 2., 3. s 4. atom ltal
definilt sk hny fokkal van elfordulva az 1., 2. s 3. atom ltal definilt skhoz kpest. Ha ez az elforduls az
ramutat jrsval megegyez, akkor a szget pozitv eljelnek, ha az ramutat jrsval ellenttes, akkor
negatv eljelnek tekintjk, gy az sszesen 360 fokot egy 0 s plusz 180 fok, valamint egy 0 s mnusz 180 fok
99
100
4.25. bra: A 0/0 / szgprhoz tartoz konformci sztrikus tkzs miatt nem valsulhat meg
101
102
103
4.29. bra: Az -hlixben H-hidak jnnek ltre az aminosav csoportok karbonil-oxignje s a szekvenciban
4 csoporttal tvolabb es aminosav maradk N-H csoportja kztt
Az ismert fehrje trszerkezetek alapjn az -hlixek tlagos hossza ~12 aminosavnyi (18 ).
A peptidkts sajt diplus momentuma miatt az azonos irnyban ll peptidktsek a hlixnek ered diplus
momentumot klcsnznek (lsd 4.30. bra).
Az amino-terminlis vgnl savas, a karboxil-terminlis vgen bzikus aminosavak stabilizlhatjk a diplust. A
H-hidak elrendezdsnek logikja miatt az -hlixben lv els 4 aminosav egysg peptidil N-H csoportja, illetve
az utols 4 aminosav egysg C=O csoportja szmra nincs gerinc eredet hidrognhd partner. Ezt kompenzland,
az eddig megismert fehrjeszerkezetekben gyakran tallhatk a -hlixek kt vgt szeglyez olyan szekvencik,
104
4.30. bra: peptidktsek sajt diplus momentum a hlixnek ered diplus momentumot klcsnz
105
4.31. bra: A -lemezben az egyms melletti lncok lehetnek parallel s antiparallel lefutsak
Ahogyan azt a 4.32. bra s 4.33. bra mutatjk, a -lemezek skja, legyen sz akr parallel, akr antiparallel
(vagy vegyes) lemezrl, paravnszeren hajtogatott (redztt). Az egyms mell rendezd szlakban az egyms
mell kerl aminosav egysgek oldallncai azonos irnyba mutatnak, s gy a sknak mindig azonos oldalra
kerlnek. A szekvenciban egymst kvet oldallncok, a szekvenciban haladva rendre hol a sk egyik oldaln,
hol a sk msik oldaln helyezkednek el.
106
4.4.4. -kanyarok
A hlixek s -lncok egyirnyba halad szerkezetek. A globulris fehrjkben ezekbl a szerkezetekbl vissza
kell kanyarodni ahhoz, hogy egy gmbszer hromdimenzis szerkezet jjjn ltre. A visszakanyarods trtnhet
nagyon rvid szakasz ignybevtelvel, hajtszeren. Ennek a megoldsnak a szablyos szerkezeti elemei a
-kanyarok, amelyekre a 4.34. brn ltunk kt pldt. Az brn az egyes aminosav csoportokat gmbk jellik.
A II. -kanyar tpus harmadik aminosav-csoportja mindig glicin.
107
4.35. bra: Az egyes gyakori msodlagos szerkezeti elemek pozcija a Ramachandran diagramon
Az brn szerepel nhny olyan vltozat vagy tpus, amelyek mg nem kerltek megemltsre. A -lemezekkel
kapcsolatban eddig azt az esetet trgyaltuk, amikor a lemez egy skban van. A globulris fehrjkben lv -lemezek
azonban tipikusan nem sk, hanem hajltott, tekered lapot kpeznek. A 4.35. bra illusztrlja a jobbra csavarod
-lemez szerkezetet, s jelzi azt a diagram terletet is, ami az ehhez a szerkezethez tartoz torzis szgproknak
felel meg.
Eddig csak jobbmenetes -hlixekrl ejtettnk szt. A flnc azonban ellenkez irnyban is tekeredhet gy, hogy
a peptidgerinc csoportok szablyos hidrognhd ktseket hoznak ltre. Ez egy balmenetes -hlixet eredmnyezne.
A balmenetes -hlixben az oldallncok rszlegesen tkznnek a flnc ms csoportjaival, ezrt a fehrjkben
nem igazn jnnek ltre ilyen hlixek. A Ramachandran brzols mgis jelli ezt a tpust. Ennek az oka az, hogy
br kiterjedt balmenetes hlixek nem jhetnek ltre, egy-egy nhny aminosav csoportot tartalmaz rvid szakasz
mgis felvehet balmenetes hlix szerkezetet.
A 4.35. bra jelez egy kollagn tripla-hlix szerkezetet is, amellyel a fibrillris fehrjkkel foglalkoz fejezetben
tallkozunk (lsd 4.5.3)
Nzzk meg egy globulris fehrje, a szrumalbumin Ramachandran diagramjt (lsd 4.36. bra).
Az bra a polipeptidgerinc sszes torzis szgeit megjelenti egyetlen Ramachandran diagramon. Ami elsre
szembetl, hogy az aminosav-csoportok elspr tbbsgnek konformcis llapota a diagram zlddel jelzett,
teht az alaninokra vonatkoz elmleti szmtsok alapjn funkcis csoport tkzsekkel nem jr, megengedett
terletre esik. Az is ltszik, hogy a csoportok legnagyobb hnyada -hlix konformciban van, mg maradk
zme -lemezeket alkot. Csak elvtve tallunk olyan csoportot, amely konformcija tiltott znra esik. Az ilyen
csoportok ltezsre kt f magyarzat van. Az egyik, hogy ezek glicinek, amelyek szmra nagyobb megengedett
konformcis fellet ll rendelkezsre a Ramachandran diagramon, mint alanin rszre. Ezrt az adott konformci
nem jr szerkezeti feszltsggel.
108
4.37. bra: Az egyes aminosavak eltr arnyban szerepelnek klnbz msodlagos szerkezeti elemekben
Az 4.37. bra a 20 fehrjealkot aminosavat az alapjn csoportostja, hogy milyen gyakorisggal fordulnak el
-hlix szerkezetben. Az aminosavak fellrl lefel cskken gyakorisg szerint kerltek felsorolsra. -hlix
szerkezetben leginkbb azok az aminosavak fordulnak el, amelyek oldallnca elg nagymret ahhoz, hogy vdje
109
4.5.1. A keratin
A keratin nagy tmegben van jelen a br elszarusod felhmjban, s annak kpzdmnyeiben (haj, szr, szaru).
Korbban -keratinnak neveztk, mivel az -hlix dominl benne. A keratin kt jobbmenetes -hlix balmenetes
szuperhlixe. A szuperhlix (angolul coiled-coil, azaz csavart csavarods) egy krbeforduls sorn 5,1 -t
emelkedik.
A keratin lnc aminoterminlis s karboxiterminlis vge egy-egy kismret globulris fejet kpez. Ezeket
leszmtva a fehrje aminosavsorrendjre az jellemz, hogy a kvetkez mintzat ismtldik benne nagyon nagy
szmban: (abcdefg)n, ahol az a s d aminosavak hidrofb termszetek. Ez a heptd ismtlds -hlix kpzdst
segti el, de ezen fell egy msik fontos tulajdonsgot is diktl. A szekvenciban egymst szablyos mintzat
szerint kvet hidrofb oldallncok az -hlix oldaln szablyos rendben jelennek meg (lsd 4.38. bra).
4.38. bra: A keratint alkot kt -hlix kztti trrszbe apolros aminosavak helyezkednek el
A 4.38. bra fellnzetben mutat kt -hlix-et. Mindkt hlixben egy oldalra kerlnek a hidrofb oldallncok.
Ezek a hlixek a hidrofb oldalukkal egyms fel fordulva a hidrofb effektusnak ksznheten sszetapadnak.
Trben brzolva mg jobban ltszik a szerkezet kialakulsnak mdja (lsd 4.39. bra). Az -hlixben egymst
periodikus rendben kvet apolros aminosavak egyfajta hidrofb hullmvonalat kpeznek. A keratin szerkezetben
kt jobbmenetes -hlix tekeredik egyms kr balmenetes szuperhlixet alkotva gy, hogy hidrofb hullmvonalaik
fedsbe kerlnek, s gy egyetlen kzs hidrofb varrat alakul ki a kt lnc kztt. Felmerlhet a krds, hogy
mirt hetes periodicits figyelhet meg a coiled-coil szerkezetben? A vlasz abbl addik, hogy az -hlix egy
110
4.39. bra: A keratin szuperhlix (coiled-coil) trszerkezete a hidrofb varrattal. A baloldali brn csak a
flnc szerepel, a jobboldali brn az oldallncok is. gy lthat, hogy melyik az a trrsz, amelyben a hidrofb
oldallncok egymssal klcsnhatst ltestenek.
A ktlnc keratin molekulk a 4.40. brn illusztrlt mdon protofilamentumokba rendezdnek. A keratin
szekvencijban nagy szmban fordul el cisztein. Az egyms mell rendezd dimerek kztt diszulfidhidak
alakulnak ki. A lgy keratinban, mint ami pldul a felhmban lv sejtekben tallhat, kisebb arnyban van
cisztein, mint a kemny keratinban, amely pl. a hajban, vagy a krmben fordul el.
Kt protofilamentum egyms mell rendezdve protofibrillumot alkot, mg ngy protofibrillum egyttese
mikrofibrillumot hoz ltre.
Vizsgljuk meg, milyen jellegzetes tulajdonsgai vannak a keratinnak, s hogyan kvetkeznek ezek a szekvencijbl,
illetve szerkezetbl. Alighanem a keratin a legellenllbb fehrje. Vzben praktikusan nem oldhat, ami jl
magyarzhat egyrszt a zmmel hidrofb sszettelvel, msrszt a diszulfidhidakkal stabilizlt komplex
szerkezetvel.
111
4.40. bra: A keratin szerkezet egy tbbszrsen sszetett struktra, a mikrofibrillum alapeleme
A keratintartalm struktrk, mint pldul a haj, kevss nyjthat. Ez is a diszulfidhidaknak tudhat be.
Reduklszerek hatsra azonban a hajszl mintegy ktszeres hosszsgra nyjthat. Ilyenkor a szuperheliklis
illetve az -hlix szerkezet megsznik, s ideiglenesen -lemezes szerkezet alakul ki. Ezt a hatst hasznljk ki a
dauerols sorn (lsd 4.41. bra).
112
113
114
4.44. bra: A kollagn szuperhlix keresztmetszeti kpe a glicin egysgenknt kialakul hidrognhidakkal
A hidroxilcsoportokat kialakt enzimek koenzimknt aszkorbinsavat hasznlnak. Aszkorbinsav tarts hinyban
emberben egy slyos betegsg, skorbut alakul ki, amelyet a ktszvet szerkezetnek gyenglse okoz. Ez a mr
emltett mdon azrt alakul ki, mert a kollagn molekulk szerkezete az utlagosan kialaktand hidroxilcsoportok
hinyban nem stabil.
115
116
117
118
5.3. bra: A mgneses magrezonancia (NMR) jelensge. Kls mgneses trbe helyezett, ered spinnel rendelkez
atommagok ktfle spin llapotnak energija eltr. Az eltrs mrtke egyenesen arnyos a mgneses trervel.
Az NMR spektroszkpiban alkalmazott mgneses trerk esetn a kt llapothoz tartoz energiaklnbsg mrtke
az elektromgneses sugrzs rdihullm-tartomnyba esik. Megfelel frekvencij rdihullmmal a spin a
119
magasabb energiaszint llapotra gerjeszthet. Adott mgneses trer esetn a gerjesztshez szksges rdihullm
frekvencija jellemz az adott atommagra, s annak kmiai krnyezetre.
A mgneses magrezonancia egy fizikai jelensg: kls mgneses trbe helyezett (megfelel) atommagok kpesek
elektromgneses sugrzst elnyelni, majd jra kibocsjtani. Az elnyelt elektromgneses sugrzs frekvencija fgg
a kls mgneses tr erssgtl, s az atommag mgneses tulajdonsgtl. Ez utbbi attl fgg, hogy az atommag
mely elem mely izotpjhoz tartozik.
A neutronok s a protonok rtk sajt forgsmomentummal, ms nven spinnel rendelkeznek. Azoknak az
izotpoknak az atommagjai, amelyek pros szm protonbl s pros szm neutronbl llnak, a Pauli fle kizrsi
elv miatt nem rendelkeznek ered spinnel, mert nem lehet egyetlen protonjuknak illetve neutronjuknak sem
tkletesen azonos a kvantumllapota. A pros szm protonok illetve a pros szm neutronok spinjei ezrt
pronknt ellenttes rtkek, kioltjk egymst. Ezzel szemben minden olyan izotp atommagja rendelkezik nem
nulla rtk spinnel, s ezzel arnyos mrtk sajt mgneses momentummal, amelyben a protonok s / vagy a
neutronok szma pratlan. Ilyen izotpok pl. a 1H, 13C, 15N, 31P.
A ktfle spin energijnak klnbsge arnyos a kls mgneses trervel. Adott erssg kls mgneses tr
alkalmazsa mellett megfelel frekvencij (ltalban a rdihullm frekvenciatartomnyba es) elektromgneses
sugrzs elnyelse tjn a spin az alacsonyabb energijbl a magasabb llapotba gerjeszthet. Az alapllapotba
val visszatrskor az elektromgneses sugrzs kibocsjtdik.
A spin energia-tmenethez szksges rdihullm frekvencija fgg az adott atommag kmiai krnyezettl, az
azt krlvev elektronok rnykol hatsa miatt. A modellvegylethez kpesti frekvenciaeltoldst, ms nven
kmiai eltoldst a frekvencia milliomodrsz mrtkben (ppm: parts per million) fejezik ki. A kmiai eltolds
miatt egy sszetettebb molekulban az egyes atommagok eltr krnyezetk miatt egyedileg azonosthatk.
Az egyik spin szelektv gerjesztse az gynevezett nukleris Overhauser-effektus (NOE) kvetkeztben
megvltoztathatja a trben kzel lv ms spinek gerjeszthetsgt. Ezen alapul a trbeni kapcsolatok feltrkpezse.
sszefoglalva, az NMR mrsekkel egy bizonyos mret (40 kDa) alatti makromolekulk oldatban mutatott
trszerkezete meghatrozhat a makromolekulban lv atommagok azonostsa s egymshoz kpesti tvolsguk
mrse rvn (lsd 5.4. bra).
5.4. bra: A fehrje trszerkezete megfelel mennyisg, atommagok kztti tvolsgadat, mint
knyszerfelttel-rendszer alapjn NMR spektroszkpiai adatokbl meghatrozhat.
Megfelel NMR vizsglatok a szerkezet meghatrozson fell a szerkezetre vonatkoz dinamikai adatokkal is
szolglhatnak. Megmutathatjk, hogy a molekula egyes csoportjai milyen temben vltoztatjk a pozcijukat.
A PDB adatbankban jelenleg mintegy 8800 olyan fehrjeszerkezet van, amelyet NMR-rel oldottak meg. A jelenlegi
statisztikk szerint teht az ismert szerkezetek mintegy 90%-t rntgendiffrakcival, 10 %-t NMR spektroszkpival
hatroztk meg. A kt technika jl kiegszti egymst. A rntgendiffrakcinl nincs mretkorlt, s ltalban kevs
fehrje kell hozz, de a kristlyosts nem minden fehrje esetn sikeres. A kristlyosts sikertelensgnek egyik
oka lehet az, hogy a fehrje tl kicsi (nem alakul ki elg klcsnhats a molekulk kztt), s/vagy tl mozgkony
a szerkezete. ppen az ilyen fehrjk idelisak NMR vizsglatokra, amelyekbl kiderlhet a fehrje oldatban
mutatott szerkezetn kvl a szerkezet dinamikai viselkedse is.
120
5.5. bra: A mioglobin trszerkezetnek tbbfle molekulris grafikai brzolsa. Az eltr vizualizcis
mdok a trszerkezet eltr tulajdonsgait emelik ki. (PDB:1MYO).
Kiderlt, hogy a molekula belsejben nincsenek regek, a nagyrszt apolros bels rszben gyakorlatilag tkletes
a trkitlts (trkitltsi knyszer). Nem csak regeket nem talltak, de a bels rszben vzmolekulk sem voltak
jelen.
121
Egy globulris fehrje esetben magtl rtetden lehetetlen, hogy a gmbszer objektum belsejbe csak oldallncok
kerljenek. A flncnak is t kell haladnia a bels rszen. Mivel a flnc polros, ezrt elkerlhetetlen, hogy a
szerkezet belsejnek egy rsze polros legyen.
A szerkezet vizsglatakor kiderlt, hogy az sszes, az oldszer szmra nem hozzfrhet, hidrognhidas
klcsnhatsokra kpes csoport tnylegesen H-hidakat kpez. Ms szval a molekula belsejben a H-hidak szma
maximlis. Ezt az 5.6. bra mutatja be a hemoglobin pldjn keresztl.
Az els fehrjeszerkezet arra is felhvta a figyelmet, hogy a fehrjk trszerkezete sokkal komplexebb, mint brmely
mr, addig megismert molekul. A szerkezet vizulis befogadsa, megrtse hossz idt ignyelt. Akkoriban
mg nem lltak rendelkezsre szmtgpek, amelyek klnbz szmtsokbl ered grafikai trkkkkel ki tudtak
volna emelni bizonyos fontos szerkezeti aspektusokat. A trkoordintk alapjn fizikailag a valsgban felptettek
egy goly-plcika modellt. Ma mr szmos ingyenesen elrhet szmtgpes program ll rendelkezsre ahhoz,
hogy a PDB adatbzisbl szabadon elrhet atomi trkoordintk alapjn a makromolekula szerkezetet megjelentsk
(molekulris grafika, lsd 5.5. bra).
5.6. bra: Hidrognhidak a hemoglobin belsejben. A molekula belsejbe temetett, hidrognhd kpzsre kpes
polros csoportok mindegyike tnylegesen hidrognhidas szerkezetben van (lsd kk vonalak), a hidrognhidak
szma teht maximlis (PDB:163N).
A vizualitson keresztli jobb megrts rdekben szmos szerkezeti tulajdonsgot ki lehet hangslyozni, be lehet
mutatni. Kiszmthat, s megjelenthet, hogy mely csoportok kztt alakulnak ki hidrognhidak. Kirajzolhatk
a msodlagos szerkezeti elemek, megmutatva a fehrjeszerkezet egyfajta bels szervezdst. Megjelenthet a
szerkezet trkitlt modellel is, ami kihangslyozza az egyes molekulris csoportok egymssal val klcsnhatst.
Klnbz szmtsok alapjn kirajzolhat a fehrje oldszer, vagy akr konkrtabban a vzmolekula szmra
hozzfrhet rsze, teht egyfajta felszne. Be lehet mutatni sznkdolssal a felszn tltsviszonyait, vagy hidroptis
indext s gy tovbb.
122
A fentiek miatt ebben az elektronikus knyvben trekedtnk arra, hogy minl tbb molekulris grafikai brzolssal
segtsk az olvast a hromdimenzis mveltsg elsajttsban, ami nlkl a makromolekulk hromdimenzis
vilga nehezen rthet meg.
(Az e-knyvben szerepl sszes fehrjeszerkezeti bra az interneten elrhet adattrban (PDB: Protein Data Bank)
szerepl atomi koordintk alapjn kszlt, amelynek az azonost kdjt az brafeliratokban feltntetjk (a
mioglobin esetben ez pldul 1MYO, a hemoglobinnl 1GZX).)
123
124
5.2.4. Domnek
Szmos globulris szerkezet fehrjben felismerhetek kompakt, nmagukban is globulris jelleg szerkezeti
egysgek. Ezeket domneknek nevezzk. A domnek jelentik a msodlagos s harmadlagos szerkezeti szint kztti
legmagasabb tmeneti szintet. (A domnek teht egyetlen polipeptidlncon bell elklnl egysgek, nem
keverendk ssze az eltr polipeptidlncok alkotta alegysgekkel). Egyrtelm definci ltezik arra, hogy mit
tekinthetnk domnnek. A domn a fehrjemolekuln bell jl elklnl, msodlagos s harmadlagos szerkezeti
szint kztti szerkezeti egysg, amely autonm, vagyis a fehrje tbbi rsztl fggetlen feltekeredsre kpes.
A domnnek nem felttlenl van, de esetenknt lehet jl elklnthet funkcija (pl. egy membrn-kttt receptor
valamelyik extracellulris domnjnek lehet ligandum-kt funkcija). Az 5.9. bra baloldali kpn a trkitlt
brzols egyrtelmen jelzi, hogy a kalmodulin fehrje szerkezete kt jl elklnl domnbl ll. A jobboldali
kpen a fehrje szalagmodellje lthat, melyben az is ltszik, hogy mindkt domn kt Ca2+-kt hellyel rendelkezik
(amelyek EF-kz szerkezetek).
A domnek tipikus mrete ~40-100 aminosav. Ltezskre elszr az hvta fel a figyelmet, hogy globulris fehrjk
fehrjebont enzimmel trtn kezelsekor els lpsben nha jl definilt rszekre esett szt a fehrje (limitlt
proteolzis), s az gy keletkez rszek sokkal lassabban emsztdtek tovbb. Kiderlt, hogy ilyenkor a polipeptidlnc
domnekre emsztdtt szt. A domnek kztti gyakran flexibilis sszekt szakasz a protezok szmra
knnyebben hasthat, mint a domnen belli polipeptidlnc.
125
f) Membrn s sejtfelszni fehrjk, amelyek vagy a membrnba gyazdnak, vagy a membrn felletre
rgzlnek (lsd 5.15. bra - 5.19. bra).
g) Kisfehrjk, amelyeknek nincs klasszikus hidrofb magjuk, trszerkezetket diszulfidhidak vagy fmionok
stabilizljk (lsd 5.20. bra).
5.10. bra: Nhny plda az alfa-heliklis fehrjeszerkezeti tpusra. (Zrjelben tntettk fel a PDB kdokat.)
126
127
128
Az 5.15. bra egy ht transzmembrn hlixet tartalmaz n. 7TM-tpus fehrjt mutat oldalnzetben. Ezek a
fehrjk egy hatalmas fehrje csaldot reprezentlnak, tbbsgk valamilyen G-fehrje kapcsolt jeltviteli tvonalon
receptorknt (GPCR) mkdik (lsd 11.5.2. fejezet). Nhny kivteltl eltekintve ezek a fehrjk nem kpeznek
membrnon tvezet csatornt. Ahogyan a fellnzeti kp (lsd 5.16. bra) jelzi, a hlixek szorosan egyms mell
rendezdnek. Az ilyen fehrjkben a membrnon tvel -hlixek a membrn apolros rsze fel nz felszne
apolros, mg a membrn polros feji egysgei melletti rsze polros (amfipatikus hlix).
5.15. bra: Egy ht transzmembrn hlixet tartalmaz fehrje, a bakteriorodopszin szerkezete (PDB:1C3W)
129
130
5.20. bra: Nhny kisfehrje, amelyek szerkezett hidrofb mag hinyban diszulfidhidak stabilizljk
5.21. bra: A globulris fehrjk natv szerkezetnek stabilitst meghatroz entrpia s entalpia tagok.
131
Az itt kifejtett stabilits olyan termodinamikai rendszerre vonatkozik, amelyben a rendszer egy klnll globulris
fehrje. A natv szerkezet nhny kivteltl eltekintve a legalacsonyabb szabadentalpia szint szerkezet.
Ugyanakkor fontos megrtennk, hogy a klnll fehrje molekulkbl natv, vagy nem-natv fehrje-aggregtumok
is kpzdhetnek. Az gy ltrejv, az elztl eltr rendszernek a szabadentalpiaszintje alacsonyabb lehet, mint
a natv fehrj. Mint hamarosan ltni fogjuk, a nem-natv aggregtumok kialakulsa ellen specilis dajkafehrjk
mkdnek az l szervezetekben.
Nzzk meg, mi jellemz a szabadentalpia szint szempontjbl a letekeredett szerkezetre. A letekeredett, teht
egyfajta statisztikus gombolyag szerkezetben lv fehrje nagyfok konformcis entrpival rendelkezik. Ez
azt jelenti, hogy szmos azonos szabadentalpia szint trszerkezeti llapotban lehet. A magas konformcis entrpia
kedvez a letekeredett llapot kialakulsnak. Ugyanakkor a teljesen letekeredett szerkezetben a fehrje hidrofb
oldallncai szabadon hozzfrhetek a vz szmra. A hidrofb oldallncok krl a vz alacsony entrpij klatrt
szerkezetet hoz ltre. Ez az alacsony entrpiaszint klatrt szerkezet a letekeredett llapot ellen hat. A letekeredett
fehrje polros rszei a vzmolekulkkal kedvez H-hidas klcsnhatsban vannak, ugyanakkor fontos figyelembe
vennnk, hogy a vzmolekulk kztti klcsnhatsok mg inkbb kedvezek.
Nzzk meg ezek utn, hogy milyen tnyezk szabjk meg a natv szerkezet szabadentalpia szintjt. A natv
szerkezet alacsony konformcis entrpit jelent, hiszen ha nem is egyetlen, de egy szk konformci-sereg jellemzi
a natv llapotot. Ez az alacsony entrpia a natv llapot ltrejtte ellen hat. A natv llapot fehrje felszni polros
rszei vzzel H-hidas kapcsolatban vannak, mg az eltemetett polros rszek egymssal vannak H-hidas kapcsolatban.
Az apolros rszek zme eltemetett, ezek rvidtv msodlagos kterkkel kapcsoldnak ssze.
A natv szerkezet f stabilitsi tnyezje, a feltekereds f oka a hidrofb hats. A letekeredett szerkezet
feltekeredse, a folding (a feltekereds, felgombolyods kifejezsek mellett ezt az angol szt is hasznlhatjuk a
magyar nyelv szakirodalomban) folyamata sorn az apolros csoportokat krlvev szablyos vz-szerkezet
megsznik, a vzmolekulk entropikusan kedvezbb helyzetbe kerlnek. A natv szerkezet kialakulst teht
elssorban a vzmolekulk entrpia nvekedse hajtja!
Klnbz biofizikai mrsekkel a natv szerkezet stabilitsa, teht a natv s a letekeredett llapotok szabadentalpia
klnbsge mrhet. Ennek rtke tlagosan nagyjbl -40 kJ/mol rtknek addik (tlagos mret fehrjkre),
vagyis csak nhny hidrognhd ktsnyi! Ez ltszlag ellenttben ll azzal a tnnyel, hogy a natv szerkezetben
akr tbb szz hidrogn hd is lehet.
A ltszlagos ellentmondst az az imnt ismertetett tny oldja fel, hogy a stabilits nem a natv szerkezet nll
tulajdonsga, hanem a natv s a letekeredett llapotok szabadentalpia szintjeinek klnbsge. A letekeredett
szerkezet esetben is nagyszm hidrogn hd alakul ki, csak ppen az oldszerrel. A natv szerkezet
hidrognhidainak szma teht nmagban nem mrvad. A natv llapot megannyi stabilizl s destabilizl
tnyez eredjeknt jn ltre.
A fent emltett stabilitsrtk egy tlag. Vannak fehrjk, amelyek az tlagnl jval stabilabbak, s termszetesen
vannak, amelyek jval kevsb stabilak. Ismertek olyan mikrobk, amelyek hforrsokban lnek. Az ilyen llnyek
fehrji termszetesen jval stabilabbak az tlagnl.
132
5.23. bra: Egy globulris fehrje denaturcis grbje. A denaturlszer koncentrcijnak nvelsvel, illetve
a hmrsklet emelsvel egyre n a letekeredett fehrjk arnya. Ez az arny egy szk koncentrci- illetve
hmrsklettartomnyban meredeken emelkedik. A legegyszerbb modell szerint a fehrje trszerkezete vagy
teljes mrtkben natv, vagy teljes mrtkben letekeredett, a kett kztt nincs tmenet. Az 50%-os letekeredsi
szint esetben teht a fehrjemolekulk 50%-a tkletes natv, msik 50%-a tkletesen letekeredett szerkezet.
A szerkezet szk tartomnyon belli sszeomlsa azt jelzi, hogy a natv szerkezet egy bizonyos destabilizl hatst
mg tolerl, majd egy hatr felett sszeomlik. Ez arra utal, hogy a natv szerkezetet egymssal egyttmkd,
kooperatv klcsnhatsok stabilizljk. Amint ezek egy rsze felbomlik, gy az azonnal meggyengti a
fennmarad klcsnhatsokat, s a teljes rendszer sszeomlik.
Ennek megfelelen a legegyszerbb minden vagy semmi modell szerint a fehrje trszerkezete vagy teljes
mrtkben natv, vagy teljes mrtkben letekeredett, a kett kztt nincs tmenet. Az 5.23. bra diagramjt teht
133
gy kell rtelmezni, hogy pldul az 50%-os letekeredsi szint esetben a fehrjemolekulk fele tkletes natv
szerkezetben van, a msik fele tkletesen letekeredett llapot.
5.5.2. Az Anfinsen-ksrlet
Christian Anfinsen az 1960-as vek elejn bizonytotta, hogy egy kismret, globulris enzim fehrje, az RN-z
(ribonuklez, RNS-bont enzim; a trszerkezett, kiemelve a 4 diszulfidhidat, lsd 5.24. bra) tkletesen
reverzibilisen renaturlhat (lsd 5.25. bra).
A ksrlet lnyege rviden a kvetkez: az RN-z enzimaktivitsa jelzi a natv szerkezet megltt, ezrt ezen
keresztl mrhet, hogy a jelenlv RN-z molekulk hanyadrsze van natv llapotban. Az RN-z fehrje
diszulfidhidakat is tartalmaz, azrt teljes denaturlshoz nem elegend denaturlszert, uret adni, a
diszulfidhidakat valamilyen reduklszerrel, pldul merkaptoetanollal fel kell nyitni. Urea s merkaptoetanol
hozzadsra az RN-z fehrje letekeredett, az aktivitsa teljesen megsznt.
5.24. bra: Az RN-z enzim trszerkezete. (vilgoskk: -lemez, barna: -hlix, srga: diszulfidhd; PDB: 2AAS)
A ksrlet lnyegi rsze ezutn kvetkezett. Amint az uret s a merkaptoetanolt dialzissel eltvoltotta, a fehrje
minden klnleges segdanyag nlkl visszanyerte az aktivitst, feltekeredett (lsd 5.25. bra). Az is kiderlt,
hogy amennyiben a merkaptoetanolt gyorsan, s teljes mrtkben eltvoltotta, a feltekereds alacsony hatkonysg
volt. Ha azonban nagyon alacsony koncentrciban hagyott az oldatban merkaptoetanolt (a teljes reduklshoz
szksgesnl sokkal alacsonyabb koncentrciban), akkor a feltekereds hatkonysga rendkvli mrtkben
megntt.
134
135
Az Anfinsen ksrlet azt mutatja meg, hogy nincsen elvi akadlya annak, hogy egy fehrje a szekvencijban
kdolja a trszerkezett, s autonm mdon kpes legyen feltekeredni. Ez azonban nem jelenti azt, hogy az l
szervezetben ne lenne a legtbb fehrje szmra hasznos a feltekereds folyamatnak segtse, katalizlsa. Ismert
tny, hogy a sejtekben szmos olyan fehrje mkdik, amely javtja a feltekereds hatkonysgt. Ezek a
dajkafehrjk (chaperon-ok).
A sejtben hatalmas koncentrciban vannak jelen a fehrjk. Amikor a polipeptidlnc szintetizldik, a mg el
nem kszlt lnc az oldat fel fordul apolros rszei miatt aggregldhat. A dajkafehrjk egyik tpusa
(chaperonin-ok) hatalmas fehrje komplexet alkot, amely egyfajta kalitkba zrja a letekeredett fehrjt (Anfinsen
tiszteletre ezt Anfinsen-kalitknak neveztk el), s ATP bontsbl szrmaz energival segti a feltekeredst. A
segts fleg az aggreglds megakadlyozsn keresztl trtnik.
A klibaktrium GroEL/GroES chaperonin komplexnek szerkezett az 5.26. bra illusztrlja. A GroEL s a
GroES fehrjk tbb alegysgbl llnak, teht negyedleges szerkezettel brnak (lsd 5.6. fejezet).
A GroEL sszesen 14 darab, 57 kDa mret alegysgbl alakul ki. Szerkezete kt gyrbl pl fel, mindkt
gyrt 7 alegysg alkotja. A 14-alegysges fehrje gy D7-es szimmetrival rendelkezik. (A szimmetrik ltalnos
lerst lsd 5.6). A kt gyr egy hengert alkot. A GroES 7 darab, 10 kDa mret alegysgbl ll, s sapkaszeren
lezrja a henger egyik oldalt. gy jn ltre az Anfinsen-kalitka.
Ms dajkafehrjk konformcis csapdkbl segtik kijutni a feltekered fehrjt. Az eukaritk endoplazms
retikulumban mkd protein-diszulfid-izomerz pldul az Anfinsen-ksrletben kis koncentrciban alkalmazott
merkaptoetanollal analg mdon segti a feltekeredst: elsegti a hibs diszulfidhidak bomlst. (A els proteindiszulfid-izomerz enzimet magyar kutat, Venetianer Pl rta le.) Szintn konformcis csapdbl segti kijutni
a feltekered fehrjt a peptidil-prolin cisz/transz izomerz enzim is, amely a nem natv konfigurcij prolinok
talakulst katalizlja.
Elmleti szempontbl a dajkafehrjk lte teht nmagban nem mond ellent az Anfinsen-ksrletbl levont
kvetkeztets univerzlis rvnynek. Ugyanakkor a mai ismeretek szerint a fehrjk egy kis hnyada kizrlag
dajkafehrjk segtsgvel kpes feltekeredni. A trszerkezeti informci ezek esetben is a primer szerkezetben
kdolt, de nllan nem tud rvnyre jutni, csak dajkafehrjk segtsgvel. Mskppen fogalmazva, br a
feltekeredsnek termodinamikai gtja nincs, kinetikailag (teht idben) a natv szerkezet elrse (a termodinamikai
egyensly bellta) csak nagyon lassan trtnne meg segtfehrjk nlkl.
136
137
5.27. bra: A folding tlcsr. A folding tlcsrt a feltekereds termodinamikai htternek illusztrlsra vezettk
be, ennek rszleteit lsd a fszvegben.
Az egyik ismeret, hogy a natv szerkezet a legalacsonyabb szabadentalpia szint szerkezet. A hromdimenzis
trben a fggleges tengely (a mint ltni fogjuk tlcsrszer kpzdmny magassga) feleljen meg a
szabadentalpia szintnek. Az alakzatunknak teht kell, hogy legyen egy legals pontja, ami a natv llapotnak felel
meg.
Teljesen rendezetlen, teljesen letekeredett konformcis llapot csillagszati szm lehet, s ezekhez tartozik a
legmagasabb szabadentalpia rtk. Teht az alakzatnak kell, hogy legyen egy maximlis magassga, amelyhez
maximlis szm pont tartozik. A kt vglet kztt rszben rendezetett szerkezet, kztes szabadentalpia szinten
lv llapotok tartoznak majd. Az egyre alacsonyabb szabadentalpia szintekhez egyre kevesebb konformcis
llapot, teht egyre kevesebb pont tartozik.
Ezek a kritriumok egyttesen egy tlcsrszer felletet eredmnyeznek (lsd 5.27. bra). A fggleges tengely,
mint emltettk, a szabadentalpia szintet jelzi. Minden szabadentalpia szintnl elmetszhetjk a tlcsrt egy
vzszintes skkal. Az gy kapott zrt alakzat kerlete (a tlcsr kerlete) reprezentlja a konformcis entrpit.
A tlcsr tetejn a kerlet maximlis, jelezve, hogy a teljesen letekeredett llapotokbl van a legtbbfle, ezek
rendelkeznek egyttesen a legnagyobb konformcis entrpival.
Ebben az brzolsmdban a feltekereds folyamata gy illusztrlhat, hogy egy-egy teljesen letekeredett llapothoz
tartoz pont mintegy legurul a tlcsr aljra. A pont lefel haladsa termszetesen konformcis llapotok sorn
trtn thaladst jelent. A feltekeredst a cskken szabadentalpia szint hajtja. Emlkezznk vissza, spontn
folyamatnl a rendszer szabadentalpija cskken, ez hajtja a folyamatot. A tlcsr peremrl rendkvl sokfle
tvonalon haladhat lefel a pont, de ahogy egyre lejjebb jut, az ltala reprezentlt feltekered polipeptidlnc egyre
kevesebb fajta konformci kzl vlaszthat. Ezt jelzi az alakzat egyre szkl, tlcsr alakja.
Az 5.27. bra jobb oldaln szerepl sszetettebb kp azt is mutatja, hogy a tlcsr felsznn hegyek, s gdrk
lehetnek. A hegyek olyan szabadentalpia gtakat illusztrlnak, amiken akadlyozott az tjuts. Ezek lasstjk a
feltekeredst. A gdrk loklis szabadentalpia minimumokat illusztrlnak, amikben hosszabb-rvidebb idt
eltlthet a polipeptidlnc. Az itt lv pontok ideiglenesen felszaporod, rszben rendezett llapot szerkezeteket,
szakszval folding intermedier-eket reprezentlnak.
Ez az elegns lers nagyban segti, hogy el tudjuk kpzelni, mit jelenhetnek a feltekeredsi tvonalak, vagy a
folding intermedierek, de nem rszletezi a feltekereds molekulris mechanizmust. Ezzel kapcsolatban csak
rviden megemltjk, hogy a folding mechanizmusra alapveten kt f, egymsnak ellentmond elmlet szletett.
Az egyik a vzszerkezet-modell (framework model), a msik a hidrofb sszeomls modell (hydrophobic collapse
model).
A vzszerkezet modell szerint a feltekereds viszonylag korai szakaszban ltrejnnek a natv llapotra jellemz
msodlagos szerkezeti elemek, majd ezek egymssal msodlagos klcsnhatsokba lpve alaktjk ki a natv
138
szerkezetet a hidrofb maggal. A hidrofb sszeomls modell szerint a sorrend fordtott, a feltekereds egyik korai
szakaszban kialakul egy hidrofb mag (az ebben az llapotban lv szerkezetet moltenglobule-nak, megolvadt
gombcnak nevezik), majd ezek utn alakulnak ki a msodlagos szerkezeti elemek.
5.28. bra: Kt, ciklikus szimmetrij negyedleges szerkezet. Ciklikus szimmetria esetn az egyes protomerek
egyetlen tengely krli elforgatssal fedsbe hozhatk egymssal
Ennl sszetettebb a dideres szimmetria. Ennl minden protomer tforgathat brmelyik msikba legfeljebb kt
klnbz tengely krli forgatssal. A kt tengely kzl az egyik mindig ktfogs (lsd 5.29. bra).
Az 5.29. bra kt pldt mutat be dideres szimmetrira. Az egyik esetben mindegyik tengely ktfogs, (a
szimmetria jele D2) a msik esetben kt tengely ktfogs, a harmadik ngyfogs (jele D4).
139
5.29. bra: Kt, dideres szimmetrij negyedleges szerkezet. Dideres szimmetria esetn egynl tbb
szimmetriatengely van. Minden protomer tforgathat brmelyik msikba legfeljebb kt klnbz tengely krli
forgatssal. A kt tengely kzl az egyik mindig ktfogs
A hemoglobin pl. egy heterotetramer, ami 22 lncokbl ll. Egyetlen pr alkot egy protomert, amibl a ciklikus
szimmetria miatt egyetlen ktfogs tengely krli elforgatssal megkapjuk a msik protomert, teht a hemoglobin
C2 szimmetrival br (lsd 5.30. bra).
140
A tbb-alegysges szerkezeti forma egy msik elnye, hogy ltala az evolci a korbbinl nagyobb hatkonysggal
lett kpes ltrehozni j fehrjket. Egy-egy mr meglv fehrje apr megvltozsa helyett (mellett) lnyegileg
eltr mdon keletkezhettek j fehrjk azltal, hogy egy-egy fehrje eredeti nllsgt elvesztve alegysgknt
szmos ms fehrje rszv vlt.
J plda erre egy eukarita intracellulris fehrje, a kalmodulin, amely Ca2+-ionokat kt (lsd 5.9. bra). Ez a
fehrje tulajdonkppen egy kalciumion szenzor a sejtben. A kalciumion jeltviv anyag. Amikor a sejten belli
Ca2+ koncentrci megemelkedik, a kalmodulin Ca2+-ot kt, s jelents konformcivltozson megy t. Megjelenik
rajta egy hidrofb fellet, amelyen keresztl Ca2+-kttt llapotban kpes szmos fehrjhez ktdni, s
megvltoztatni azok funkcijt (lsd 17.1. fejezet). Ugyanakkor a kalmodulin stabil, lland alegysge is szmos
fehrjnek. Ezekben a fehrjkben szintn Ca2+-rzkelknt mkdik, de mint alegysg. A Ca2+ -kts hatsra
konformcit vltoztat, s megvltoztatja annak a tbb-alegysges fehrjnek a konformcijt is, amelynek maga
is rsze.
J plda erre a glikogn anyagcsere szablyozsban fontos foszforilz-kinz enzim, amely a kalmodulin alegysgn
keresztl rzkeli a sejtben lv Ca2+-szintet. Magas Ca2+ -szint esetn aktivldik s foszforillja a glikognfoszforilz enzimet, amely ezltal aktivldik, s elkezdi mobilizlni a sejt glikognraktrt.
Az alegysgek tbbfle fehrjben trtn felhasznlsa j pldja az l szervezet modulris ptkezsnek.
rdemes szrevenni, hogy ennek analgijra a modern ipar is hasonl mdon hoz ltre j termkeket, amikor jl
bevlt modulokat kombinl ahelyett, hogy egymodulos termkeket alaktgatna.
141
142
6.1. egyenlet
6.2. egyenlet
A fnyelnyels jelensge egy msik, mint ltni fogjuk hasznosabb matematikai formban is kifejezhet az extinkci
(ms nven abszorbancia), E fogalmval. Definci szerint:
6.3. egyenlet
Az extinkci egy dimenzi nlkli mrszm. Ha nincs fnyelnyels, akkor az E rtke nulla. Ha a fny egytizede
megy t a mintn, akkor az E rtke 1, ha 99% nyeldik el, akkor az E = 2.
Az extinkci s a transzmittancia kapcsolatt az albbi egyenlet rja le:
6.4. egyenlet
6.5. egyenlet
143
6.2. bra: A NAD koenzim reduklt s oxidlt formja jellegzetesen eltr spektrumot ad.
Az oxidlt s a reduklt forma egyarnt rendelkezik egy adenin gyrvel, emiatt mindkt formnak van 260 nm
kzelben egy elnyelsi cscsa. A reduklt forma azonban egy 340 nm krli extra csccsal is rendelkezik, ami a
redukci kvetkezmnyeknt megjelen, a nikotinsavamid rszletet rint kinoidlis szerkezetnek ksznhet.
Az aminosavak kzl a triptofn, a tirozin s a fenilalanin pldul UV tartomnyban jellegzetes spektrummal
rendelkeznek, 280 nm krnykn maximlis elnyelst mutatnak. A fehrjk tlnyom tbbsgben jelen vannak
ezek az aminosav csoportok, gy a fehrjk tlnyom tbbsgnek 280 nm krl elnyelsi maximuma van. A
fehrjk 220 nm krl is komoly elnyelsi csccsal rendelkeznek. Ez a peptidktsnek tulajdonthat.
A nukleinsavak a pirimidin s purin bzisok miatt 260 nm krnykn rendelkeznek abszorpcis maximummal,
ezt az adenin rszlet elnyelse rvn mr a NAD/NADH spektrumval kapcsolatban (lsd 6.2. bra) mr emltettk.
144
6.3. bra: Oldott anyagok abszorbancija arnyos az anyag koncentrcijval, s a fnyt hosszval
A Lambert-Beer trvny szerint egy fnyelnyel anyag oldatkoncentrcija, s az oldat extinkcis rtke kztt
lineris sszefggs ll fenn az albbi egyenlet szerint:
6.6. egyenlet
ahol E az extinkci, c az oldott anyag koncentrcija, l a fny kvettban megtett tja cm mrtkegysgben, mg
az extinkcis egytthat (koefficiens). Az pontos megnevezse s mrtkegysge a koncentrci
mrtkegysghez igazodik. A koncentrcit leggyakrabban molaritsban (M) adjuk meg. Ilyenkor az -t molris
extinkcis egytthatnak nevezzk, mrtkegysge M-1 x cm-1.
Az szmrtke megegyezik a vizsglt anyag 1 mlos oldatnak extinkcijval, ha a fnyt 1 cm. (Ez termszetesen
egy elmleti rtk, a valsgban egy fnyelnyel anyag 1 mlos oldatnak elnyelsi rtke olyan magas lenne,
hogy az nem lenne mrhet).
Az egyenletbl c rtke kifejezhet:
6.7. egyenlet
A molris extinkcis egytthat s a fnyt ismeretben teht egy anyag koncentrcija megmrhet az extinkci
meghatrozsn keresztl.
A Lambert-Beer egyenlet rvnyessgnek szigor felttelei vannak: az sszefggs kizrlag monokromatikus
fnyre vonatkozik; az oldszer a mrshez hasznlt hullmhosszon nem nyelhet el; a vizsglt anyag fizikokmiai
llapota nem fgghet a koncentrcijtl (egyes anyagok pldul magasabb koncentrciban aggregldnak).
A fotometria teht egy rendkvl szleskren hasznlhat eljrs oldott anyagok azonostsra, s koncentrcijuk
mrsre.
145
6.2.2. Sejtfrakcionls
A sejtfrakcionls f clja az, hogy a feltrt sejtek egyes alkotit egymstl elklntsk, izolljuk. A frakcionlst
megelz sejtfeltrs mdszernek intenzitst ennek megfelelen optimalizlni kell. A sejtfeltrs kellen intenzv
kell, hogy legyen, hogy a sejtek jelents rsze feltrdjon, de ugyanakkor fontos, hogy a sejtalkotk zme p
llapotban maradjon. A sejtek feltrsa sorn a plazmamembrn sztesik, s kis membrn hatrolt rszecskket,
vezikulkat kpez. Ezek, s a tbbi sejten belli organellum, illetve a citoszl oldott fehrji s egyb anyagai
alkotjk azt a homogentumot, amelybl az egyes frakcikat izolljuk. Az egyes frakcik elvlasztsnak f
mdszere a centrifugls, ezrt a kvetkezkben ennek alapelvt s f eljrsait ismertetjk.
6.2.3. Centrifugls
Ha egy objektumot fonlon tartva prgetnk, a fonalat hznunk kell ahhoz, hogy a test krplyn maradjon. Ezltal
akadlyozzuk meg, hogy a test egy rint egyenes mentn, egyenes vonal egyenletes mozgst vgezzen. Az az
er, amivel a tengely fel hzzuk fonalat, a centripetlis er. Az ezzel ppen ellenttes irny, a test tehetetlensgbl
fakad fiktv er, amellyel a test a fonlon keresztl hzza a keznket, a centrifuglis er (Fc).
Az egyszersg kedvrt az oldatok centrifuglsa sorn lezajl folyamatokat az Fc ervel szoktk lerni.
Az ismert Newton-fle alapegyenlet szerint:
6.8. egyenlet
Centrifugls sorn a gyorsuls a szgsebessg ngyzetnek s a sugrnak a szorzata:
6.9. egyenlet
A fiktv centrifuglis gyorst er, Fc vkuumban teht:
6.10. egyenlet
A sugr s a szgsebessg-ngyzet szorzata nem ms, mint a centrifugls sorn jelentkez gyorst potencil. Ezt
hagyomnyosan (s taln kiss megtveszt mdon) a fldi gravitcis trerbl fakad nehzsgi gyorsuls (g)
146
arnyban adjk meg. Teht a centrifugban bred gyorsulsi potencil mrtkt gy adjk meg, hogy az
hnyszorosa a g rtknek.
Ennek a jellsmdnak az indoka az, hogy a rszecskk a fldi gravitci miatt is lepednek. A centrifugls sorn
is leptjk a rszecskket, de ekkor a gravitcibl ered gyorst potencilnak sokszorost, akr tbb
szzezerszerest is el tudjuk rni. Ez a fajta lers teht azt mutatja meg, hogy a centrifuglssal hnyszor
hatkonyabban leptnk a Fld gravitcis potenciljhoz kpest.
Amikor oldatokat centrifuglunk, akkor az oldatban lv rszecskk vkuum helyett egy adott srsg kzegben
vannak. Termszetesen erre a kzegre is hat a centrifuglis er. Amennyiben a rszecske srsge ppen megegyezik
a kzeg srsgvel, gy a rszecske a kzeghez kpes nem mozog, vagyis a sugrirny elmozdulsa nulla lesz.
Ha a rszecske srsge nagyobb, mint a kzeg, akkor sugr irnyban elindul kifel (mikzben az ltala kiszortott
kzeg a sugr fel halad), ha pedig a srsge kisebb a kzegnl, akkor elindul sugrirnyban a tengely fel
(mikzben az ltala kiszortott kzeg kifel halad).
Ennek a jelensgnek a lerst szolglja a lebegsi faktor bevezetse:
6.11. egyenlet
6.12. egyenlet
Ebbl az egyenletbl jl lthat, hogy a centrifugls sorn az adott rszecskre hat er fgg a rszecske tmegtl,
a kzeghez viszonytott srsgtl, a szgsebessgtl, s a tengelytl val tvolsgtl.
Ezek kzl magra a rszecskre jellemz tnyezk, amelyek eltr rszecskk elvlasztsra adnak lehetsget,
a rszecske tmege, s a srsge. Mint ltni fogjuk, kt alapvet, centrifuglson alapul elvlaszts ltezik. Az
egyik esetben a tmeg s a srsg egyfajta kombincija alapjn zajlik az elvlaszts, mg a msik esetben
kizrlag a srsg alapjn.
Amint a rszecskket a centrifugls sorn elkezdjk gyorstani, s azok elkezdenek sugr irnyban mozogni, a
mozg rszecskre a vndorlsval ellenttes irny, a sebessgvel (az itt jellemz alacsony sebessgek esetben)
egyenesen arnyos mrtk kzegellenllsi er (Fk) lp fel. Az arnyossgi tnyez nem ms, mint a
kzegellenllsi egytthat, f, amelynek rtke Stokes trvnye szerint fgg a kzeg viszkozitstl, s a rszecske
mrettl, illetve alakjtl az albbiak szerint:
6.13. egyenlet
Ahol a kzegre jellemz viszkozits, gmb alak rszecskk esetben r pedig a rszecske sugara. Nem gmb
alak rszecskk esetben r a Stokes sugr, amely egy olyan gmb alak rszecske sugara, amely azonos diffzis
viselkeds, mint a vizsglt, nem gmb alak rszecske. rdemes szrevenni, hogy a rszecskt mozgsban
akadlyoz kzegellenllsi tnyez egyenesen arnyos a rszecske sugarval.
A centrifugls folyamata sorn a rszecske sebessge csak addig nhet, amg a mozgssal ellenttes irny, az
lepedsi sebessggel arnyos, a rszecskt lasst Fk er rtke ppen elri a rszecskt gyorst Fc er rtkt.
Egy igen rvid id elteltvel a kt ellenttes irnyba hat er rtke teht megegyezik.
147
6.14. egyenlet
A rszecske emiatt adott, r jellemz, lland sebessggel vndorol. (Egybknt egy msfajta gyorst er, de
azonos jelleg kzegellenllsi er hatsra kialakul analg jelensget lthatunk az elektroforzis esetben is.)
Az elz egyenletbe behelyettestve az Fc ert ler sszefggst, az albbi egyenletet kapjuk:
6.15. egyenlet
Ha a fenti egyenletet gy rendezzk t, hogy a rszecske sebessgt elosztjuk a centrifuga ltal ltrehozott gyorst
potencillal, akkor egy, a rszecske lepthetsgre vonatkoz hasznos adatot kapunk. Ez az 1/s (reciprok
msodperc) mrtkegysg adat jellemzi, hogy egysgnyi gyorst potencilra a rszecske mekkora lepedsi
sebessggel reagl. A rszecske lepthetsgt a szedimentcis egytthatval lehet jellemezni, amely Theodor
Svedberg nyomn a Svedberg egytthat elnevezst kapta:
6.16. egyenlet
Az egyenlet szmlljban szerepelnek mindazon tnyezk, amelyek pozitv mdon befolysoljk az lepthetsget.
Minl nagyobb a rszecske tmege, s minl nagyobb a kzeghez viszonytott srsge, annl nagyobb sebessggel
lepedik egysgnyi gyorst potencilra vonatkoztatva. Egy adott srsg rszecske tmege termszetesen
egyenesen arnyos a rszecske trfogatval, ms szval egyenesen arnyos a rszecske sugarnak a harmadik
hatvnyval.
A nevezben szerepel az a tnyez, amely negatv rtelemben befolysolja az lepthetsget. Minl nagyobb a
kzegre s rszecskre kzsen jellemz kzegellenllsi egytthat, annl kisebb sebessggel reagl a rszecske
egysgnyi gyorst potencilra. Mint lttuk, a kzegellenllsi egytthat egyenesen arnyos a rszecske sugarval.
Mivel a gyorst er a rszecske sugarnak harmadik hatvnyval, mg a lasst er a rszecske sugarnak csak
az els hatvnyval arnyos, gy vgs soron a rszecske sebessge a sugr ngyzetvel lesz egyenesen arnyos.
Azonos srsg rszecskk esetben teht minl nagyobb egy rszecske tmege, annl gyorsabban lepedik,
mgpedig egy ngyzetes sszefggs alapjn. Ezt hasznljuk ki a differencil centrifugls eljrs sorn.
148
149
150
151
Amennyiben az izollni kvnt fehrje olyan enzim, amelyre nincs szelektv aktivitsmr mdszernk, illetve a
fehrje nem enzim, gy a szelektv kimutats alapja lehet egy, az adott fehrjre specifikus anyag (pl. receptor
esetben a ligandum) ktdse is. Clszer valamilyen spektroszkpiai mdszerrel detektlhat, pldul fluoreszcens
csoporttal jellt ligandumot hasznlni.
Amennyiben specifikus ligandum sem ll rendelkezsre, gy egyfajta ltalnos megoldsknt a ligandum helyett
az izollni kvnt fehrje ellen ellltott, arra specifikus ellenanyag is hasznlhat (Western-blot eljrs). Vgl,
ha ilyennel sem rendelkeznk, de ismerjk az izolland fehrje molekulatmegt, akkor egy kevsb specifikus,
de ltalnos mdszerrel, SDS-PAGE eljrssal kvethetjk a tisztts folyamatt.
A durva frakcionlsi mdszerek elssorban oldhatsgi s mret szerinti klnbsgeken alapulnak.
152
153
6.8. bra: Egy hatrig a nvekv ioner nveli a fehrjk oldhatsgt, ez a beszs jelensge
Amint azt az oldhatsg pH-fggsnl is lthattuk, a fehrjk oldhatsgt cskkenti, ha a fehrjemolekulk a
felsznkn lv tltssel rendelkez csoportokon keresztl vonz ionos klcsnhatsokat ltesthetnek egymssal.
Az oldatba kerl kismret ionok ellenionknt mkdve kpesek lernykolni a fehrjk felsznn lv tltseket,
s ezltal cskkenteni a fehrjk kztt kialakul ionos klcsnhatsokat. Ez magyarzza a beszs jelensgt.
Amennyiben az ionok koncentrcijt egy bizonyos az adott fehrjre jellemz rtk fl emeljk, a fehrje
oldhatsga a nvekv ionkoncentrci fggvnyben cskkenni fog. A cskken oldhatsg miatt megfelelen
magas fehrjekoncentrci esetn a natv fehrjemolekulk egy rsze csapadkba kerl.
Ezt a jelensget kiszsnak (angolul salting-out) nevezik. A jelensg oka elssorban az, hogy az oldatba vitt
ionok krl hidrtburok alakul ki. Tiszta vzben a vzmolekulk koncentrcija ~55,5 M. Amennyiben az oldott
ionok koncentrcija mr a mlos koncentrcitartomnyban van, az eredetileg szabad vzmolekulknak tetemes
rsze kerl az ionok krl ltrejv hidrtburokba. A vzmolekulknak ez a hnyada mr nem vesz rszt a
fehrjemolekulk oldatban tartsban. Ms szval a fehrjemolekulkat eredetileg krlvev hidrtburok
elvkonyodik, gy a fehrjk kztti apolros klcsnhatsok felersdnek.
Kiszsra elssorban egyrtk kationok sit hasznljk. Az egyik legelterjedtebb kiszsra hasznlt s az
ammniumszulft. Mivel a klnbz fehrjk oldhatsga eltr mrtkben fgg az ionkoncentrcitl, a kiszs
mdszervel egy fehrjekeverk frakcikra bonthat.
J plda erre az ammniumszulftos frakcionls. Amennyiben egy izolland fehrje oldhatsga tlagos
mrtben fgg az ammniumszulft koncentrcijtl a kvetkez mdon lehet rszlegesen izollni. A
fehrjekeverk oldathoz az ionkoncentrcit lassan nvelve ammniumszulftot adagolunk egy olyan koncentrci
rtkig, amelyen az izolland fehrjnk mg ppen oldatban van, mg szmos egyb szennyez fehrje mr
kicsapdik. (Az ammniumszulft koncentrci nvelst clszer nem szilrd anyag, hanem telitett
ammniumszulft oldat hozzadsval kivitelezni.)
A kicsapdott fehrjket centrifuglssal leptjk. Az sszecsapd fehrjkbl kpzd aggregtumok
rszecskemrete hatalmas, gy a kicsapdott fehrjk rendkvl gyorsan lepednek. A fellszt megrizzk,
s tovbb adagoljuk az ammniumszulftot, egy olyan koncentrcirtkig, amelyen az izolland fehrjnk mr
- termszetesen szmos egyb fehrjeflesggel egyttesen - kicsapdik. A csapadkot centrifuglssal leptjk,
a fellszt lentjk. Ezltal megszabadulunk a fellszban marad szennyez fehrjktl. A tovbbi izollsi
lpseket a csapadk visszaoldst kveten vgezzk el.
Irreverzibilis kicsapsi mdszerek
154
Mint mr emltettk, a denaturlds s az oldhatsg kapcsolata sszetettebb annl, mint ahogyan az a kztudatban
elterjedt. Natv llapot globulris fehrjk esetben az apolros oldallncok zme a fehrje hidrofb magjban
tallhat, br a fehrje zmmel polros csoportokat tartalmaz felsznn is elfordulhatnak kisebb-nagyobb apolros
rszletek. Amikor egy globulris fehrje valamilyen hatsra letekeredik, az apolros oldallncok felsznre kerlnek.
Az apolros csoportok krl a vz alacsony entrpij klatrt szerkezetet hoz ltre (lsd 2.5.3. fejezet). A rendszer
alacsonyabb szabadentalpia szintet rhet el, ha a klatrt szerkezet megsznik, hiszen ezltal a rendszer entrpija
nvekedhet. Amennyiben a felsznre kerlt apolros csoportok egymssal lpnek gyenge msodlagos klcsnhatsba,
a klatrt szerkezetek szma lecskken, a rendszer entrpija megn.
Teht a termodinamikai bevezetben ms ismertetett hidrofb hatsnak nevezett termodinamikai jelensg ll annak
htterben, hogy a letekeredett fehrjk az esetek tlnyom rszben kicsapdnak az oldatbl.
Megjegyzend ugyanakkor, hogy szmos kzkedvelt fehrjedenaturl szer ppensggel ragyog oldszere is a
denaturlt fehrjknek. Ilyen az urea, vagy a ntrium-dodecilszulft (SDS). Ezek hasznlatakor teht a denaturldst
nem ksri kicsapds.
A globulris fehrjk denaturlsa kivlthat pldul magas hmrsklet (hdenaturls), vagy extrm pH
alkalmazsval. Amennyiben az izolland fehrjnk valamilyen kicsapdst okoz, denaturl hatsnak az
tlagosnl jobban ellenll, pldul hstabil, vagy savtr, gy ez a tulajdonsga kiaknzhat az izolls sorn.
Megfelelen magas hmrsklet, vagy extrm pH rtk alkalmazsval a szennyez fehrjk j rsze denaturldott
llapotban kicsapdik, centrifuglssal eltvolthat, mg az izolland fehrjnk (rendszerint ms fehrjkkel
egytt) oldatban marad.
155
6.2.4.3. Liofilizls
Fehrjeoldatokat az ultraszrsen kvl gy is tmnythetnk, hogy az oldatbl a vizet, s egyb illkony
komponenseket elprologtatjuk. Br elvileg a beprlst egyszeren az oldat melegtsvel is gyorsthatnnk, a
fehrjk natv llapotban tartsa szempontjbl ennl kmletesebb eljrst szoktak alkalmazni. Ilyen eljrs a
fagyasztva szrts, vagy ms nven liofilizls.
Ennek sorn az oldatot lefagyasztjuk, s nagyon alacsony nyoms, lgritka trbe helyezzk, amelyben egy
folyamatosan httt spirlt is elhelyeznek. Az illkony anyagok a mintbl szublimlnak, s rfagynak a httt
spirlra. A szublimls ht von el, s folyamatosan hti a kifagyasztott mintt. Amennyiben kellen nagy felleten
fagyasztottuk ki az oldatot, gy elegenden intenzv ez a hts ahhoz, hogy a minta fagyott llapotban maradjon
mindaddig, amg az sszes illkony komponens eltvozik.
A folyamat vgre a fehrje szilrd halmazllapotban marad htra az egyb nem illkony komponensekkel egytt.
Liofilizls sorn figyelembe kell venni, hogy milyen nem-illkony komponensek vannak a kiindulsi oldatban.
Nem illkony savak vagy lgok szlssges kmhatst okozhatnak a visszaoldott mintban. A liofilizls nem
csak fehrje oldatok tmnytsre szolgl, de egyben kivl mdja lehet annak is, hogy egy mr homogn llapotra
tiszttott fehrjt szrtott llapotban hossz idkre stabilan trolhassunk.
156
6.10. bra: A kationcsers s az anioncsers kromatogrfia sorn alkalmazott tipikus funkcis csoportok
Nzzk meg az eljrs lnyegt a kationcsers kromatogrfia pldjn keresztl (lsd 6.11. bra).
A fehrjekeverket a kationcserl oszlopra tltve azok a fehrjk alkotnak tbb-kevsb stabil komplexet az
oszlop negatvan tlttt funkcis csoportjaival, amely fehrjk az adott pH-n rendelkeznek pozitv tlts
oldallncokkal. Minl tbb ilyen oldallnc van a fehrjn, annl stabilabb lesz ez a klcsnhats.
Azok a fehrjk, amelyek egyltaln nem kpesek vonz klcsnhatst ltesteni az oszloptltettel, egyszeren
tramolnak az oszlopon, s az gynevezett tfoly frakciban jelennek meg, gyakorlatilag akkora trfogat
frakciban, amekkora trfogat az eredeti fehrjeoldat volt.
6.11. bra: Az kationcsers kromatogrfia smja. Az oszloptltetet kialakt gyngyk (szrke gmbk)
felsznn kovalensen kttt negatvtlts funkcis csoportok vannak. Az egyes fehrjk (piros s kk gmbk)
eltr felszni tltseik miatt eltr mrtkben kpesek vonz klcsnhatst kialaktani a gyngykkel, gy
elvlaszthatk egymstl.
A ktd fehrjk e helyett az oszlop egy szeletben egy korongban kitapadnak az oszlopon (sznes fehrjk
esetn ez jl lthat). Ez a korong vndorol az oszlop vge fel, ahogy a puffert ramoltatjuk. A fehrjk ilyenkor
folyamatosan disszocilnak a felsznrl, s nmi vndorls utn jra ktdnek a felsznre. Minl ersebben ktdik
egy fehrje a felszni funkcis csoportokhoz, annl lassabban vndorol a neki megfelel korong. Az egyes
fehrjk korongjai teht elvlnak egymstl. A legegyszerbb, gynevezett izokratikuseljrs esetn lland
sszettel pufferrel mossuk az oszlopot. Ilyenkor az ersen ktd fehrjk korongja csak nagyon nagy
trfogatnyi puffer tramoltatsa utn rkezik le az oszloprl.
Az elterjedtebb eljrstpusban valamilyen puffersszetevnek a koncentrcijt fokozatosan nveljk. Egy olyan
puffersszetevjt, amely elsegti a fehrjk s a tltet kztti klcsnhats megsznst. Ioncsere esetn a
leggyakoribb megolds egy oldott s koncentrcijnak a folyamatos nvelse (s-gradiens). Az oldott ionok
157
versengenek az elektrosztatikus klcsnhatssal. Minl stabilabban ktdik egy fehrje az oszloptltethez, annl
magasabb ionkoncentrcinl trtnik meg a fehrje elcija. Egy ilyen eljrsnl azt ltnnk, hogy az egyes
korongok csak bizonyos ionkoncentrci esetn vndorolnak mrhet sebessggel az oszlopon. A gradiensnek
ez az ionkoncentrcija mintegy vgigspri az adott fehrjt az oszlopon. Ez az eljrs mind anioncsere, mind
kationcsere esetn alkalmazhat.
A msik lehetsg a pH-gradiens. Ennek sorn gy vltoztatjuk fokozatosan az elul puffer pH-rtkt, hogy a
tltethez ktd fehrjk fokozatosan elvesztsk a ktdst biztost tltsket. Anion-csere esetn a pH-t
folyamatosan cskkentve a fehrjk negatv tlts oldallncai pKa rtkknek megfelelen fokozatosan protont
vesznek fel, gy elvesztik tltsket. Kation-csere esetn a pH-rtket folyamatosan nvelve a ktst biztost
pozitv tlts fehrje oldallncok deprotonldnak, s semlegess vlnak.
158
6.3.4. Affinits-kromatogrfia
Szmos olyan fehrje ismert, amely biolgiai szerepe kapcsn nagy szelektivitssal ktdik egyetlen msik
fehrjhez, vagy ppen kismolekulhoz. A receptorok pldul szelektven ktdnek a megfelel hormonhoz, az
enzimek a szubsztrtjukhoz, stb. Az affinits-kromatogrfia sorn az ilyen nagy szelektivits molekulris
felismerst aknzzuk ki. A komplexet kpz molekulk kzl az egyiket az oszlop szemcsihez rgztjk, s gy
egyetlen elvlasztsi lpsben sikeresen izollhat a szelektv ktpartner akr hatalmas feleslegben lv egyb
fehrjk keverkbl (lsd 6.13. bra).
159
6.13. bra: Az affinits-kromatogrfia szelektv molekulris felismers alapjn vlaszt el egyetlen molekula
tpust nagyszm szennyez molekultl
160
6.20. egyenlet
A rszecske elektroforetikus mozgkonysga () megmutatja, hogy az adott rszecske (adott kzegben) egysgnyi
trer esetn mekkora sebessggel vndorol. Ez egyenesen arnyos a tltsvel, s fordtottan arnyos az adott
kzegre s a rszecskre egyttesen jellemz kzegellenllsi egytthatval.
Az eltr mozgkonysg tlttt rszecskk elektroforzis sorn egymstl elvlaszthatk, hiszen azonos kzegben
azonos elektromos trer alkalmazsval eltr sebessggel vndorolnak.
161
162
A klnbz fehrjk egy adott pH rtken ms-ms tltssel rendelkeznek. Radsul az egyes fehrjk mrete
s alakja is eltr. Ha vizes oldatban elektromos ertr alkalmazsval a fehrjket vndorlsra ksztetjk, az egyes
fehrjk eltr tltsk, mretk s alakjuk miatt klnbz sebessggel mozognak, s ez alapjn egymstl
elvlaszthatk. Mivel az elvlaszts egyszerre tbbfle elven zajlik, ezrt ugyan nagyhatkonysg, de pusztn
egy-egy elvlaszts alapjn nem tudjuk meghatrozni, hogy egy adott fehrje mirt vndorol gyorsabban egy
msiknl: elssorban azrt, mert nagyobb a tltse, vagy azrt, mert kisebb a mrete. A fent mr emltett, ksbb
ismertetend PAGE vltozatokat ppen azrt fejlesztettk ki, hogy a fehrjk kizrlag mret, vagy ppensggel
kizrlag izoelektromos pont alapjn vljanak el (lsd ksbb).
A poliakrilamid gl ltrehozsa: az akrilamid vizes oldatban, megfelel kataliztorok s inicitorok jelenltben
gyks polimerizcira kpes, s a reakci sorn nagy molekulatmeg, lineris polimer, n. poliakrilamid
keletkezik. Mivel az akrilamid rkkelt s mutagn, alkalmazsnl megfelel vatossg szksges. A polimer
forma azonban mr nem mrgez. Ez utbbi vizes oldata nagy viszkozits. Ha megfelel keresztkt genst,
N,N-metilnbiszakrilamidot is alkalmazunk, a hossz poliakrilamid lncok kztt "hidak" kpzdnek, s trhls
szerkezet gl jn ltre (lsd 6.15. bra). Az elektroforzis sorn az ionokat (nukleinsavakat vagy fehrjket)
ebben a glben vndoroltatjuk.
Mint arrl mr sz esett, az eljrs klnlegesen nagy felbontkpessggel rendelkezik, a glben a molekulk
sebessgre tltsk, mretk, illetve alakjuk is befolyssal br. A gl mret szerinti molekulaszr hatst a gl
tlagos prusmrete szabja meg. A prusmret az akrilamid monomer koncentrcijnak s a trhlst
metilnbiszakrilamid szzalkos arnynak alkalmas megvlasztsval tg hatrok kztt vltoztathat. A gl
mechanikus tulajdonsgai kb. 4-20% akrilamid koncentrci-tartomnyban kedvezek. A keresztkt
metilnbiszakrilamid mennyisge az alkalmazott akrilamid monomernek rendszerint 1-3%-a. A poliakrilamid
rendelkezik mindazon mr emltett tulajdonsgokkal (hidrofil, nem hordoz tltseket, kmiailag stabil), amik az
elektroforzis sorn elnysek. Ezeken fell tovbbi fontos tulajdonsga, hogy az elvlasztand fehrjkkel nem
lp semmilyen fehrje-specifikus klcsnhatsba, s nem zavarja a fehrjk detektlsra szolgl festsi reakcikat
sem. Ha az elektroforzist natv (nem-denaturl) kzegben, alacsony hmrskleten vgezzk, szmos enzim
megrzi natv szerkezett s gy enzimaktivitst, ami alapjn ezek a glben specifikusan kimutathatk.
163
el. A kataliztor ltalban peroxidszulft, mely vizes kzegben spontn bomlik, ami ltal szabad gykk keletkeznek.
Ezek a szabad gykk azonban nmagukban nem kpesek az akrilamid molekula ketts ktst felhastva elindtani
a gyks polimerizcit, viszont gerjesztik az inicitor molekulkat. Ez utbbiakbl ekkor olyan szabad gykk
alakulnak ki, amelyek mr kivltjk a polimerizcit. A leggyakrabban hasznlt inicitor a tetrametil-etiln-diamin
(TEMED). A kataliztor s az inicitor koncentrcijt gy vlasztjuk meg, hogy a polimerizci, gy a gleseds
10-30 perc alatt teljes mrtkben vgbemenjen.
Az elektroforzis "geometrija" szerint ktfle eljrs hasznlatos. Az elsknt kidolgozott mdszer esetben a
pufferrel, kataliztorral, inicitorral sszekevert akrilamid / metilnbiszakrilamid oldatot egy az egyik vgn lezrt
vegcsbe ntik. Az gy ltrejv gloszlopban csak egyetlen mintt lehet futtatni. A jelenleg elterjedt eljrsokban
a fent emltett oldatot kt, egymssal prhuzamos veglap kz tltjk (lsd 6.16. bra). gy egy gl lemez alakul
ki, amelyben egyidejleg, egyms mellett, azonos krlmnyek kztt szmos mintt futtathatunk, melyek ily
mdon egymssal knnyen sszehasonlthatk. Ez nagyban megknnyti az elektroforzis eredmnynek
kirtkelst.
Az elektroforzis sikert dnt mrtkben befolysolja a gl akrilamid koncentrcija s a pH helyes megvlasztsa.
Fehrjk esetn rendszerint az izoelektromos pontnl magasabb pH-n dolgozunk. Ekkor a fehrjk negatv tltsek,
gy az and fel vndorolnak. A puffer szerepe nemcsak abban ll, hogy az elektroforzis ideje alatt a pH-t lland
rtken tartja, hanem a puffer ionjai vgzik az ram vezets legnagyobb rszt is. Normlis esetben a fehrjeionok
az ram vezetsben csak elhanyagolhat mrtkben vesznek rszt, vagyis a fehrjk tviteli szma kicsi. Ha
azonban a puffer koncentrcija tl alacsony, megn a fehrjk szerepe az ram vezetsben, ami ltalban
elkendtt fehrjesvokat eredmnyez. Az optimlisnl magasabb puffer koncentrci esetn viszont tl kicsi lesz
a fehrjk mobilitsa, ami szintn rontja az elvlaszts minsgt, mivel a megnvekedett idigny miatt a diffzira
is tbb id jut.
6.16. bra: A vertiklis elrendezs poliakrilamid glelektroforzis (PAGE). A natv PAGE eljrs sorn a
fehrjk mrete s tltse egyarnt befolysolja a vndorls sebessgt, mg az SDS PAGE eljrs a fehrjket
kizrlag mret szerint vlasztja el egymstl.
Az alkalmazott puffer rendszerek szempontjbl a glelektroforetikus technikkat kt nagy csoportba oszthatjuk.
Folytonos (kontinuus)puffer rendszerrl beszlnk, amikor ugyanazt a puffert alkalmazzuk a glben, mint az
elektrdokat tartalmaz puffer-tankokban. Ennek a mdszernek az elnye az egyszersgben rejlik, viszont a
felbontkpessge valamivel rosszabb, mint a bonyolultabb n. diszkontinuus puffer rendszerek.
A diszkontinuus elektroforetikus technikk kt klnbz koncentrcij glt, s hrom klnbz puffer rendszert
alkalmaznak. A futtat (ms nven szeparl) gl fl egy n. koncentrl (ms nven: tmrit) glt polimerizlunk.
Ennek akrilamid koncentrcija a futtat glnl jval alacsonyabb, olyannyira, hogy itt a molekulaszr hats
mg nem rvnyesl. A hrom klnbz puffer rendszerben kt klnbz aniont alkalmaznak. Mindkt glben
a puffer anion komponense egy ers sav maradka, melynek disszocici foka gyakorlatilag nem fgg a kzeg
pH-jtl, vagyis tltse szles pH tartomnyban lland. Ez a komponens ltalban a kloridion. Tank pufferknt
viszont olyan puffer rendszert alkalmaznak, melynek anion komponense egy gyenge sav savmaradka, pl. glicintanion. A tankpufferben a pH 8,3.
A kistrfogat fehrjemintt a koncentrl gl felsznre rtegezzk. Feszltsg hatsra a fehrjeionok s a tank
puffer anionjai belpnek a koncentrl glbe. A koncentrl glben a pH 6,8, ami alig magasabb, mint a glicin
164
izoelektromos pontja (6,5). Ilyen pH-n a glicin molekula csak parcilisan negatv (az id nagy rszben nett
semleges ikerionos llapotban van), elektroforetikus mobilitsa alacsony, gy loklisan cskken a tltssel rendelkez
molekulk koncentrcija. Ez helyileg megnveli az elektromos ellenllst. Minthogy az elektromos krben az
ramerssg lland kell, hogy legyen, (nincs makroszkopikus tltssztvls), Ohm trvnynek megfelelen az
ellenllssal arnyosan megn a trer is, ezrt a fehrjk vndorlsa felgyorsul, amg el nem rik az ionokban
gazdag, kis elektromos ellenlls kloridion frontot. Minthogy a kloridion frontban az ellenlls, s gy a trer
kicsi, a fehrjk sebessge cskken, s a front mgtt mintegy sszetorldva igen vkony svban vndorolnak a
futtat gl felsznig.
A futtat, vagy ms nven szeparl glben a helyzet megvltozik. A szeparl gl pH rtke 8,8-9,0 kztt van.
Ezen a pH-n a glicinben lv aminocsoportok egy rsze elveszti az extra protonjt, gy elveszti a pozitv tltst.
A glicint-ion parcilis negatv tltse emiatt megn, ezrt mobilitsa is megnvekedik. gy a glicint tltshinybl
ered koncentrl hats megsznik, a fehrjk a tovbbiakban klnbz tltsk miatt eltr sebessggel
vndorolnak. Radsul a futtat gl akrilamid koncentrcijt mr gy vlasztjuk meg, hogy a molekulaszr hats
is rvnyesljn, s a gl az elvlasztani kvnt fehrjk mrettartomnyban a lehet legnagyobb mrtkben
szeparljon mret szerint is.
Az elektroforetikus eljrsok tbbsgnl a futtats sorn jelzfestket alkalmazunk, amit a mintba kevernk. Ez
a kis molekulatmeg, negatv tlts festk rendszerint gyorsabban vndorol a glben, mint az elvlasztand
makromolekula-ionok (pl. fehrjk). A festk mintegy lthatv teszi a futsi frontot, gy egyrtelmv vlik,
mikor tekinthet az elvlaszts befejezettnek. A leginkbb hasznlatos jelzfestk a brmfenolkk.
A tovbbiakban ismertetjk az egyes PAGE eljrsokat, a legegyszerbbtl az egyre sszetettebb fel haladva.
6.4.2.2. Natv-PAGE
A natv-PAGE fehrjk elvlasztsra szolgl eljrs. Ennek sorn igyeksznk olyan krlmnyek kzepette
vndoroltatni a fehrjket, hogy azok megtartsk natv trszerkezetket. Az elektroforzist teht nem-denaturl
kzegben, s rendszerint alacsony hmrskleten vgezzk. Ilyen krlmnyek kztt szmos enzim megrzi
natv szerkezett s gy enzimaktivitst. Ezltal ezek az enzimek a glben specifikusan kimutathatk mg akkor
is, ha nagyon nagy mennyisgben vannak jelen ms fehrjk is. Egy ilyen festsi eljrs sorn a glt egy olyan
szubsztrt oldatba ztatjuk, amelyet a kimutatni kvnt enzim szelektven alakt t, s amelynek termke sznes
s oldhatatlan. gy ahol a glben az adott enzim megtallhat, ott annak helyt sznes csapadk jelzi.
Ezen fell a natv-PAGE kivlan alkalmas arra is, hogy egy olyan, alaposan megtiszttott fehrjeprepartum
esetn, amely csak egyetlen fehrjt tartalmaz, megnzzk, hogy az valban homogn-e. Egyetlen les cskot csak
akkor kaphatunk, ha a fehrjnk homogn. Amennyiben a tisztts sorn a fehrjemolekulk egy rsze kmiailag
mdosult, (pl. dezaminldott, vagy diszulfidhd trendezdsen ment t), esetleg aggregldott, gy egynl tbb
cskot kapunk. A natv-PAGE arra is kivlan alkalmas, hogy detektljuk vele kt vagy tbb fehrjekomponens
egymssal alkotott komplexnek kialakulst. A kovalens ktsekkel, vagy ppen msodrend klcsnhatsokkal
ltrejv alegysgszerkezet, vagy kt nll fehrje (pl. enzim-inhibitor, receptor-ligandum) kztt kialakul
komplex ugyanis a natv elektroforzis sorn stabilan egytt marad, egytt vndorol.
A natv elektroforzisek sorn klnsen gyelni kell arra, hogyan viszonyul egymshoz a glben alkalmazott
puffer pH rtke s az elvlasztani kvnt fehrje, vagy fehrje-komplex izoelektromos pontja, hiszen ez szabja
meg a fehrje vndorlsi irnyt.
6.4.2.3. SDS-PAGE
Az SDS-PAGE is fehrjk elvlasztsra hasznlt mdszer, csakhogy itt a fehrjket denaturlt llapotukban
vndoroltatjuk. Az ltalnos bevezetben lertak szerint a hagyomnyos (natv) akrilamid-glelektroforzis sorn
a szeparci a fehrjk tltstl, alakjtl s mrettl egyarnt fgg, ezrt els megkzeltsben nem alkalmas
pl. fehrje molekulatmeg meghatrozsra. Arra sem ad vlaszt, hogy egy mr tiszttott mintban lv fehrje tbb
alegysges-e, hiszen natv krlmnyek kztt az alegysgek egytt maradnak. Ezen krdsek megvlaszolsra
a poliakrilamid gl elektroforetikus technikk leginkbb elterjedt vlfaja, az SDS poliakrilamid glelektroforzis
bizonyult alkalmasnak (lsd 6.17. bra).
165
166
6.18. bra: Ismeretlen fehrje molekulatmegnek meghatrozsa SDS-PAGE eljrssal ksztett kalibrcis
egyenes alapjn
6.2. tblzat: Az egyes akrilamid glkoncentrcik eltr fehrjemret-tartomnyokhoz idelisak
Az SDS poliakrilamid gl elektroforzis a leginkbb elfogadott mdszer annak eldntsre, hogy egy fehrje, ill.
enzimprepartum homogn-e. Klnsen jl alkalmazhat bonyolultabb fehrje-asszocitumok, multienzim
komplexek vizsglatra. A denaturl SDS-PAGE sorn ezek a komplexek alkotikra esnek szt, s az egyes
polipeptidlncok kln-kln vndorolnak a glben. A fehrjk glben trtn megfestsvel mennyisgi
meghatrozsra is lehetsg nylik, gy nem csak azt lehet megllaptani, hogy egy alaposan megtiszttott,
sokkomponens komplex hnyfle alegysgbl ll, de meg lehet hatrozni az egyes alegysgek szmnak egymshoz
viszonytott arnyt is.
167
168
Mikzben a fehrje a vltoz pH rtk kzegben vndorol, a tltse is vltozni fog. Ha negatv tltsknt az
and fel vndorol, gy az egyre savasabb kzegben egyre tbb protont vesz fel egszen addig, mg a rajta lv
negatv s pozitv tltsek szma megegyezik, vagyis elri az izoelektromos pontjt. Ekkor a fehrjre nem hat
ered elektromos er, ezrt nem vndorol tovbb. Ha a spontn diffzi miatt mgis kzelebb kerl az andhoz,
akkor jabb protonok felvtele miatt pozitv tltsv vlik, s visszafel vndorol a katd fel. Ugyanilyen gondolat
mentn, ha az adott fehrje pozitv tltsknt a katd fel vndorolt, akkor az egyre magasabb pH rtk
tartomnyon t haladva fokozatosan protonokat ad le, mg elri izoelektromos pontjt, s megll. Ha diffzival
kzelebb kerl a katdhoz, akkor protonokat ad le, s az elektromos er jra az and fel vndoroltatja. Teht a
fehrjk mindegyike a sajt IEP rtknek megfelel pH rtk gl-tartomnyba fkuszldik, a fehrjk IEP
rtkk alapjn vlnak el egymstl (lsd 6.20. bra). A fenti folyamatok logikjbl kvetkezik, hogy rdektelen,
hogy a fehrjt a gl mely pontjn visszk a rendszerbe, ettl fggetlenl megtallja az IEP rtknek megfelel
pontot.
169
Izoelektromos fkuszlsnl kizrlag IEP alapjn igyeksznk elvlasztani a fehrjket, ezrt a gl kizrlag a
keveredses folyadkramls megakadlyozst szolglja, teht nem szabad molekulaszrknt viselkednie. Ennek
rdekben kifejezetten alacsony akrilamid koncentrcij, nagy prusmret gleket alkalmaznak. Emiatt ritkbban
ugyan, de ennl a techniknl agarz glt is alkalmaznak. Az eljrst leggyakrabban vzszintesen elhelyezett
glekben folytatjk intenzv hts mellett.
6.21. bra: Ktdimenzis (2D) elektroforzis: izoelektromos fkuszls s SDS PAGE kombinlsa
Amint az els dimenziban megtrtnt az elvlaszts, ezt a gl-cskot SDS oldattal itatjk t, s egy SDSpoliakrilamid gl egyik szlre illesztik. Az elektrdok megfelel elrendezsvel az IEP alapjn elvlasztott
fehrjket az eredeti elvlasztsi irnyra merlegesen vndoroltatjk a poliakrilamid glbe, s vgrehajtanak egy
mr ismertetett SDS-PAGE elvlasztst. Ennl a lpsnl teht konkrt, s tvitt rtelemben is egy msik dimenzi
szerint zajlik az elvlaszts. Egyrszt az elz elvlasztsi irnyra merleges, msodik trdimenziban vlnak el
a komponensek, msrszt az elzekben alkalmazott tulajdonsgtl (IEP) teljesen fggetlen msodik tulajdonsg,
a molekulamret szerint trtnik ez az elvlaszts.
170
Teht amennyiben az izoelektromos fkuszls sorn egy-egy trrszben mg tbb, azonos IEP rtk fehrje volt
jelen, gy ezek most mret szerinti elvlhatnak egymstl. rdemes megjegyezni, hogy erre a msodik elvlasztsra
mindaz rvnyes, amit az SDS-PAGE esetben mr lertunk. Azok a msodlagos klcsnhatsok, amik az
izoelektromos fkuszlsnl esetleg mg egyben tartottak fehrje alegysgeket megsznnek, s az egyes alegysgek
elvlnak egymstl. A diszulfidhidak felbontshoz termszetesen itt is redukl szert kell alkalmazni. Ebben a
msodik dimenziban teht elklnlt polipeptidlncok vndorolnak. Teht amennyiben az izoelektromos
fkuszlsnl egy adott trrszben egy adott tbb-alegysges fehrje volt jelen, gy a msodik dimenzi szerinti
elvlasztsban most mr annak alegysgei vndorolnak. Ha eltr mret alegysgekbl ll a fehrje, gy ezek az
alegysgek a msodik dimenziban elvlnak egymstl
.
A 6.22. bra jobb oldaln egy vals 2D elektroforzis eredmnyt ltjuk, amelyben a klibaktrium fehrjit
vlasztottk el egymstl.
171
A kvantitatv mrs cljbl a mai mdszerekben az aminosav keverket olyan fluoreszcens vegylettel reagltatjk,
ami minden aminosavval reagl, s stabil vegyletet kpez. Ilyen pldul a fluorescamine, amely a minden
aminosavakon lv amin csoporttal reagl (lsd 6.23. bra). (A lizin egyszerre kt fluorescamine molekulval
jelldik).
172
173
174
175
176
mennyisge is meghatrozhat. Mivel a kzeg savas, ezrt hiba van jelen feleslegben fenil-izotiociant, az nem
reagl az j N-terminlissal. A reagenseket, a jellt aminosavat s az eggyel rvidebb fehrjt egymstl elvlasztjuk,
s jra vgrehajtjuk a fent lert lpseket.
Ez a megkzelts oldatban is mkdik, de minden ciklust kveten nagyhatkonysg elvlasztsi lpseket
ignyel.
Edman mdszernek hatkonysgt tovbb nvelte az az jts, melynek sorn a reakcit oldatfzis helyett
szilrdfzison hajtottk vgre. A fehrjt egy megfelel szilrd hordozra ktttk. A magas pH-n vgrehajtott
fenil-izotiociantos jellst kveten a szilrd fzisrl egyszeren lemoshat a fenil-izotiociant felesleg. Az
oldatkrnyezet is knnyen lecserlhet savasra, s a felszabadul mdostott aminosav knnyen lemoshat. A
szilrd fzison trtn vgrehajts knnyen automatizlhatv tette az eljrst. Az Edman mdszerrel mintegy 50
aminosavnyi szakaszok szekvencijt lehet nagy biztonsggal meghatrozni.
A fehrjk tlnyom rsze tbb szz aminosavbl ll. A teljes szekvencia rekonstrulshoz ezrt a fehrjt
szekvencia-specifikus mdon kell hastani, a keletkez peptideket el kell vlasztani egymstl, s kln-kln
meg kell szekvenlni. Ha pl. tripszinnel emsztjk meg a fehrjt, akkor minden lizint s arginint kvet peptidkts
hidrolizl, s egymssal szekvencilisan t nem fed peptideket kapunk, amelyek C-terminlisn csak lizin, vagy
arginin lehet (az eredeti C-terminlist tartalmaz peptid kivtelvel). Ha csak tripszinnel hastott peptideket
szekvenlnnk, akkor nem tudnnk az eredeti sorrendbe rendezni ket.
A megolds az, hogy egy msik, a tripszintl eltr szelektivits protezzal is hastjuk a fehrjt. Pldul
kimotripszinnel, ami triptofn, tirozin s fenilalanin utn hast. Az gy kapott peptideket is megszekvenljuk. A
tripszines s kimotripszines peptidek tfed informcit tartalmaznak, gy az sszehasonltsukbl egyrtelmen
rekonstrulhat az eredeti szekvencia, amelybl szrmaztak (lsd 6.27. bra)
6.27. bra: Kt eltr specifits protezzal hastva a fehrjt, tfed peptidek keletkeznek, amelyek klnkln meghatrozott szekvencijbl a teljes szekvencia rekonstrulhat
177
178
7. fejezet - A fehrjemkds
paradigmja: mioglobin s hemoglobin
(szerz: Pl Gbor)
A fehrjk szinte felsorolhatatlanul sokfle funkcit tltenek be az l szervezetben. Ugyanakkor vannak olyan,
a mkdskkel kapcsolatos ltalnos jellegzetessgek, amelyek majdnem minden fehrje esetben tetten rhetk.
Ezek ltalnos ismertetse helyett azonban didaktikai okokbl clszerbb ezeket egyetlen, jl megvlasztott fehrje
pldjn bemutatni. Ilyen klasszikus plda a hemoglobin esete, amely mintegy llatorvosi lknt szpen pldzza
a kzs jellegzetessgek tbbsgt. A hemoglobin mkdsnek jellemzse mindemellett tudomnytrtnetileg
is kiemelked szereppel brt. A mioglobin utn ez volt a msodik olyan fehrje, amelynek atomi szint trszerkezett
megoldottk, s ezzel sszefggsben ez volt az els olyan fehrje, amelynek mkdsi mechanizmust sikerlt
atomi szinten rtelmezni.
179
ugyanakkor kpes kzvetlenl aminosavakon keresztl komplexet kpezni fmionokkal, amik pedig ragyogan
kpesek megktni az oxignt. A problma azonban az, hogy ez a kts rendszerint nem ll meg egy egyszer
msodlagos klcsnhatsnl, a fmek kmia reakciba lpnek az oxignnel, mikzben reaktv, mutagn gykket
kpeznek.
A fmet teht valahogy gy kellene fehrje molekulba gyazni, hogy az megksse az oxignt, de ne lpjen vele
kmiai reakciba. Erre szolgl a fehrjemolekulhoz ktd, nem-fehrje termszet szerves molekula, a hem. A
hem alapja a porfirin vz, amely 4, egymssal metin csoportokkal sszekttt pirrol gyrbl ll. A konkrt hemtl fggen a pirrol gyrkn gyrnknt kett, teht a hemen sszesen nyolc pozciban klnfle funkcis
csoportok lehetnek jelen (lsd 7.1. bra).
180
7.2. bra: A hem s a proximlis hisztidin ltal koordinlt vas oxign- illetve sznmonoxid-ktse
Ismert tny, hogy a hemoglobin s a mioglobin az oxign mellett a sznmonoxidot is megkti, mgpedig jval
ersebben, mint az oxignt. Izollt hem 20-ezerszer ersebben kti a sznmonoxidot, mint az oxignt. Ezt gy kell
rteni, hogy ahhoz, hogy az oldatban lv hem fele oxign-kttt llapotban legyen, 20 ezerszer akkora oxign
koncentrcira van szksg, mint amekkora sznmonoxid koncentrci kell ahhoz, hogy a hem csoportok fele
sznmonoxidot kssn. A mioglobin illetve hemoglobin fehrjhez kttt hem esetben azonban ez az arny
szzszor kedvezbb, vagyis a fehrjbe gyazott hem mr csak 200-szor ersebben kti a sznmonoxidot, mint
az oxignt. Mivel normlis esetben sznmonoxid csak nyomokban kerl a vrbe, ez a 200-szoros arny azt jelenti,
hogy praktikusan csak az oxign ktdik. Ha azonban a krnyezetbl sznmonoxidot llegznk be, az a hem
tartalm fehrjkhez ktdve letveszlyes llapotot eredmnyez.
Annak, hogy a fehrje az izollt hem esetben tapasztalt affinits arnyokat kt nagysgrenddel megvltoztatja,
szerkezeti okai vannak. Elektronszerkezeti okok miatt a sznmonoxid molekula a hem skjra merleges
orientciban kt a vashoz, mg az oxign molekula ferdn kt be. A mioglobin s a hemoglobin fehrjben
egyarnt van egy disztlis (tvoli) hisztidin (His64, lsd 7.3. bra). Ez tjban ll a sznmonoxidnak, gy a
ktsekor el kell mozdulnia, aminek energetikai ra van. Ez az energetikai r cskkenti a sznmonoxid ktsi
181
energijt. Radsul ugyanez a hisztidin optimlis pozciban van ahhoz, hogy H-hd ktst ltestsen az oxign
molekula vasionnal ktst nem ltest atomjval (lsd 7.3. bra).
7.3. bra: A disztlis hisztidin elsegti az oxign ktdst, mg gyengti a sznmonoxid ktdst
A mio- s hemoglobin tovbbi kzs jellegzetessge, hogy a hem oxignkt felszne mindkt molekulban mlyen
el van rejtve a fehrje bels, hidrofb krnyezetbe. Az oxign csak a fehrjemolekula mozgsa, lgzse rvn
kpes bejutni.
A mioglobin, s a hemoglobin alegysgei az alfa-hliklis fehrjk szerkezeti osztlyba tartoznak (ezt a trszerkezet
tpust globin fold-nak hvjk). Az egyes -hlixeket, s a hlixeket sszekt szakaszokat azonos mdon jellik
a kt fehrjben, A-tl H-ig. Az egyes aminosavak a hlixek alapjn is szmozhatk, ami egyfajta trszerkezeti
informcit is ad. Pldul a His F8 a proximlis hisztidin, mg a His E7 a disztlis hisztidin. Az egyik az F hlix
8. pozcijban, a msik az E hlix 7. pozcijban van (lsd 7.4. bra).
182
7.4. bra: A globin szerkezetben a hlixeket s az azokat sszekt szakaszokat betkkel jellik (PDB:
1MBD)
A mioglobin, a hemoglobin - s a -lnc szekvencijnak sszehasonltsa fontos fehrjeevolcis tanulsgokkal
szolgl.
A mioglobin szekvencija 18%-ban azonos a hemoglobin lncok szekvencijval. Kt egymstl teljesen fggetlen
szekvencia esetn nagyjbl 5% hasonlsg vrhat (mivel 20 aminosav flesg van, 1/20-ad az arnya a vletlen
egybeessnek). Ugyanez a hemoglobin kt lnca kztt 43%. A szekvencik sszehasonltsbl (lsd 7.5. bra)
kitnik, hogy vannak olyan pozcik, amelyeken mind a hrom fehrje lncban ugyanaz az aminosav szerepel.
Ezeket drapp httr emeli ki. Ami mg figyelemremltbb, hogy vannak olyan pozcik is, ahol az adott pozciban
az sszes ismert, a globin csaldba tartoz fehrjben ugyanaz az aminosav fordul el! Ezeket piros httr emeli
ki. Vegyk szre, hogy a mr megismert proximlis s disztlis hisztidin minden globinban jelen van, ami
egyrtelmv teszi, hogy funkcionlisan lnyeges aminosavrl van sz. A tbbi konzervlt (s invarins)
pozcinak szerkezeti szerepe van. (Invarinsnak neveznk egy aminosav pozcit, ha tbb, egymssal
sszehasonltott polipeptidlncban azonosak, mg konzervlt a pozci, ha nem felttlenl azonos, de kmiailag
rokon aminosavakat tallunk az adott pozcikban. Az egyms al/mell rendezst szekvenciaillesztsnek, angolul
alignment-nek hvjuk ez a bioinformatikai eljrs a fehrjeevolci vizsglatnak egyik alapmdszere.)
A szekvencia hasonlsg oka termszetesen az, hogy ezeknek a fehrjelncoknak kzs sk volt. A tvoli mltban
volt egy si globin fehrjt kdol gn, amely minden ma ismert globin fehrje gnjnek a kzs se. Mr ez a
gn is kdolta azokat az aminosav pozcikat, amelyek az sszes ma ltez globin fehrjben kzsek. Ez az sgn az evolci sorn duplikldott, teht abban a sejtben, amelyben csak egy ilyen gn volt, immr kett lett.
Az egyik megtarthatta az eredeti funkcijt, a msik j funkcit nyerhetett. A kt gn teht kln evolcis utat
jrhatott be, s termszetesen a ksbbiekben mindkett szintn duplikldhatott.
183
A sokfle globin fehrje eltr funkcikra adaptldott az evolci sorn, szekvencijuk a sorozatos mutcik s
az adaptv szelekci kvetkeztben eltvolodott egymstl (divergens fehrjeevolci). Elbb a mostani mioglobin
gn se vlt el a mostani hemoglobin gnek kzs stl, majd ksbb a hemoglobin gnek kzs sbl keletkeztek
a ma ismert hemoglobin lncok gnjei.
Ez tkrzdik abban, hogy a hemoglobin lncok szekvencija egymshoz jobban hasonltanak, mint a mioglobinhoz.
A gnduplikci, majd az utdgnek fggetlen evolcija a fehrjeevolci egyik alapmechanizmusa.
A viszonylag alacsony szint szekvencia azonossg ellenre a hemoglobin kt alegysgnek s a mioglobinnak a
trszerkezete rendkvl hasonl (lsd 7.6. bra).
ltalnos megfigyels, hogy a trszerkezet konzervatvabb, mint a szekvencia. A funkcit elssorban a
trszerkezet szabja meg, ezrt a szelekci elssorban a trszerkezet megrzse irnyban hat. Azok a kulcspozcik,
amelyek kiemelt szereppel brnak a trszerkezet kialaktsban, illetve azok, amelyekben csak s kizrlag egyfajta
aminosav kpes az adott trszerkezeti, vagy egyb funkcit elltni, megrzdnek (lsd 7.5. bra). Ms pozcikban
bekvetkezhetnek olyan aminosav cserk, amelyek nem eredmnyeznek lnyeges trszerkezet vltozst. Mindez
nem ellenttes Anfinsen kvetkeztetsvel. A szekvencia szabja meg a trszerkezetet, de kt nagyon eltr szekvencia
is kdolhat szinte megegyez konformcit.
7.1. egyenlet
184
7.2. egyenlet
7.3. egyenlet
Az egyenlet szvegesen kifejezve azt mutatja meg, hogy a komplexlt fehrje s a szabad fehrje arnya egyenesen
arnyos a szabad ligandum koncentrcijval.
Nagyon fontos megllapts, hogy amennyiben az sszes ligandum koncentrcija nagysgrendekkel meghaladja
a fehrje koncentrcijt, gy a szabad ligandum koncentrcija nagysgrendekkel meg fogja haladni a komplexben
lv ligandum koncentrcijt: [L]>>[PL]. A komplexben lv ligandum koncentrcija ugyanis legfeljebb akkora
lehet, mint a fehrje koncentrcija.
Ez viszont azt jelenti, a teljes ligandum koncentrcibl elhanyagolhat mrtk lesz a komplex rszesedse, gy
a teljes ligandum s a szabad ligandum koncentrcija j kzeltssel azonosnak tekinthet: [L] [L]totl. Szmos
biolgiai plda, gy az oxignkt fehrjk esetre is teljesl ez a felttel.
A 7.3. egyenletet trendezve a 7.4. egyenletet kapjuk, amit a kvetkez lpsben felhasznlunk.
7.4. egyenlet
A 7.3. egyenlet s a 7.4. egyenlet kombinlsval a 7.5. egyenletrendszerhez jutunk, amelyben bevezetjk a telts
fogalmt.
7.5. egyenlet
A telts (teta, ) fogalma rendkvl egyszer, ugyanakkor kzponti jelentsg. A telts azt mutatja meg, hogy
az sszes fehrje hanyadrsze van komplexben, teht ligandumkttt llapotban. Vegyk szre, hogy a 7.5.
egyenlet nevezjben a teljes fehrjekoncentrci szerepel, hiszen a szabad fehrje s a komplexben lv fehrje
koncentrcija egyttesen a teljes fehrje koncentrcit adja meg. A telts rtke 0 s 1 kztt lehet.
Ha nincs PL komplex, (mert nincs jelen ligandum), akkor a telts rtke nulla.
Ha pedig az sszes fehrje PL komplexben van, mert vgtelenl nagy a ligandum koncentrcija, akkor a
nevezben lv szabad fehrje koncentrci lesz nulla, a hnyados rtke pedig egy lesz.
Vegyk szre, hogy az egyenletrendszer egyszerstsekor a fehrje koncentrcija kiesik. Elsre ez taln
meglep lehet, hiszen mirt ne fggene a telts mrtke a fehrje koncentrcijtl. A megolds az, hogy az
utolsknt kapott egyenletben a szabad ligandum koncentrcija, s a Kd, teht a disszocicis lland szerepel.
A disszocicis llandban pedig rejtve ugyan, de szerepel a szabad fehrje s a komplexben lv fehrje arnya.
185
Mindenesetre a disszocicis lland ksrletes meghatrozst kveten brmely szabad ligandum koncentrcinl
meg tudjuk mondani, hogy mekkora a telts rtke. Ha a fent mr emltett [L] [L]totl sszefggs fennll, akkor
pedig szmolhatunk a szabad helyett a teljes ligandum koncentrcival, amit ksrletesen mi szabunk meg.
A 7.5. egyenletbl lthat, hogy amikor a szabad ligandum koncentrcija ppen megegyezik a disszocicis
lland szmrtkvel, akkor a telts rtke 0,5. Ez azt jelenti, hogy az sszes fehrjnek ppen a fele van ligandumkttt llapotban (komplexben), a msik fele szabad formban van (lsd 7.7. bra).
7.7. bra: A teltsi grbe: a telts rtknek fggse a szabad ligandum koncentrcijtl
Folyadkban oldott gz esetben dinamikus egyensly ll fenn az oldat s a felette elhelyezked atmoszfrban
lv gz kztt. A folyadkban oldott gz koncentrcija s az atmoszfrban lv gz parcilis nyomsa kztt
egyenes arnyossg van. Ezrt amikor a ligandum egy oldott gz, akkor knyelmi okokbl az oldat koncentrcijt
az azzal arnyos parcilis nyomssal helyettestik (lsd 7.8. bra, ami trtnetesen a mioglobin oxignteltsi
grbjt rja le).
7.8. bra: A mioglobin teltsi grbje gzoknl koncentrci helyett parcilis nyomst alkalmazunk
A fent lertak rtelmben, ahogy azt a 7.8. bra illusztrlja, az oldatkoncentrci helyett a parcilis nyomst
alkalmazzuk, s ennek megfelelen a Kd-t fogalma helyett bevezetsre kerl a p50 fogalma, ami a fl-teltettsghez
tartoz parcilis nyoms.
A 7.5. egyenletnek egy egyszer teltsi grbe felel meg, amely a matematika nyelvn megfogalmazva egy
derkszg hiperbola fggvny. Ennek ltalnos felrsa: Y=P1X/(P2+X), ahol X a fggetlen vltoz a ligandum
186
koncentrci (amit jelen esetben a parcilis nyoms helyettest), Y a fgg vltoz, jelen esetben a telts rtke,
a P1 s P2 pedig a fggvny paramterei. Jelen esetben P1 a maximlis teltsi rtk, vagyis konkrtan 1, a P2 pedig
a disszocicis lland (amit a p50 helyettest). A teltsi grbe azt mutatja, hogy vgtelenl nagy ligandum
koncentrcin az sszes fehrje ligandumot kt.
A mioglobin oxignktst ilyen egyszer, derkszg hiperbola tpus teltsi grbe rja le. (rdemes mr
elre jeleznnk, hogy hasonl teltsi grbe rja le azt, hogy hogyan fgg az enzimkatalizlt reakci sebessge a
szubsztrt koncentrcijtl, lsd 8. fejezet)
7.9. bra: Sem egy ers ligandum-kt, sem egy gyenge ligandum-kt fehrje nem idelis szlltfehrje
A 7.9. bra jelzi, hogy az A helyen, konkrtan a tdben, illetve a B helyen, a szveteknl mekkora az oxign
parcilis nyomsa. Az ezeknek megfelel tartomnyokat piros (td) illetve kk (szvetek) svozs jelzi. A
mioglobin, mint nagyon ers oxignkt fehrje viszonytsknt szerepel az brn.
187
7.10. bra: Az idelis szlltfehrje magas ligandum koncentrcij helyen nagy affinits, alacsony
ligandum koncentrcij helyen kis affinits
Ahogyan a 7.10. bra mutatja, az idelis szlltfehrje teltsi grbjt nem egy egyszer derkszg hiperbola
rja le, hanem egy sszetettebb, gynevezett szigmoid grbe.
A jelensg htterben az gynevezett kooperativits ll.
188
7.6. egyenlet
Vegyk szre, hogy a 7.6 egyenlet a 7.1. egyenletnek egy olyan vltozata, amelyben a fehrjn n kthely van,
s ezek csak egyszerre kthetnek. Ebbl a formalizmusbl ugyanazzal a logikval, amivel a 7.2. egyenlettl a 7.5.
egyenletig jutottunk, az albbi egyenletrendszer kvetkezik.
A 7.7. egyenletben definiljuk az erre az esetre vonatkoz asszocicis llandt.
7.7. egyenlet
7.9. egyenlet
A 7.9. egyenlet a 7.5. egyenlet egy mdosult vltozata, amelyben szmolunk azzal, hogy n kthely van, amelyek
egymssal kooperlnak. Ezt az egyenletet Archibald Hill-vezette be 1910-ben, annak nyomn, hogy a hemoglobin
oxignnel trtn teltsnek grbjt analizlta. A vgs egyenlet ennek emlkre az n. Hill-egyenlet, melyben
n a Hill-egytthat.
Emlkezznk, az egyenletet egy tkletesen kooperatv rendszerre vezettk le, ahol n, teht a Hill-egytthat
megegyezik a fehrje kthelyeinek a szmval.
A krds, hogy amikor az egyenletet konkrt mrsi eredmnyekre vonatkoztatva rtkeljk ki, akkor a Hillegytthat vonatkozsban milyen eredmnyekre juthatunk. Szmos tbb-kthelyes fehrje teltsnek konkrt
mrsvel ksrletesen is meghatroztk a Hill-egytthat rtkt. Az esetek egy rszben kiderlt, hogy a Hillegytthat rtke 1-nek addott. Ez azt jelenti, hogy br a fehrjnek egynl tbb kthelye van, azok egymssal
nem kommuniklnak, a rendszer nem kooperatv. Kooperativits hinyban teht n = 1.
Azt az egyenlet bevezetsnl mr lttuk, hogy tkletes, s ezrt nem realisztikus vgtelen nagymrtk
kooperativits esetn a Hill-egytthat megegyezne a kthelyek szmval.
A valsgban, azokban a rendszerekben, ahol pozitv kooperativits van, a Hill-egytthat rtke 1 s a kthelyek
szmnak szmrtke kztt van. Vgtelen kooperativits teht nincs.
Ez valjban nem meglep, hiszen itt egyfajta informciramlsrl van sz az egyes kthelyek kztt. Az
informci tartalma ktfle lehet. Egy addig ligandumot nem kttt hely zenhet, hogy most ppen ligandumot
kttt, s ezzel a tbbi kthely konformcijt megvltoztatva azokat ersebb kthelly teheti. Olyan mechanizmus
azonban nem ltezhet, amely elrn, hogy amennyiben az egyik hely ppen ligandumot kttt meg, gy a tbbi is
ugyanabban a pillanatban ugyanezt megtegye. Mrpedig ez lenne a tkletesen kooperatv eset.
189
A msik, fordtott zenet az lehet, hogy a kthely ligandum-kttt llapotbl ppen res llapotba kerl, vagyis
elereszti a ligandumot. Ez az esemny azzal kellene, hogy jrjon, hogy a tbbi kthely kisebb affinits kthelly
vljon. Ez az zenet sem lehet azonban olyan, hogy azonnal minden kthely eleressze a ligandumot, csak mert
az egyik ezt megtette. Mrpedig ez lenne tkletes kooperativits esetben.
Nzzk meg, hogy Hill-eredetileg hogyan hatrozta meg az egytthat rtkt. Akkoriban mg nem ltezett
szmtgp, gy olyan mdon transzformlta t az egyenletet egyszer algebrai talaktsokkal, hogy az lineris
alakot ltsn, s n legyen az egyenes meredeksge. gy egyszer egyenes illesztssel meg tudta hatrozni n
rtkt (lsd 7.10. s 7.11. egyenleteket). (A Hill ltal meghatrozott n rtk 3,6 volt.)
Az egyenlet linearizlsnak els lpseknt bevezetsre, majd kifejtsre kerlt a /(1-). (Emlkeztetnk r, hogy
a 7.5. egyenlet szerint, egy kthely esetn = [L]/([L]+Kd).)
7.10. egyenlet
Mivel a ksrletesen mrhet, a /(1-) rtk egyszer szmtssal megkaphat. Az tletes algebrai trkknek
ksznheten, egy egyszer mrsi adat ll szemben egy olyan trttel, amelyben a Hill-egytthat egyelre
kitevben van. A 7.10. egyenletben vesszk a 7.11. egyenlet mindkt oldalnak logaritmust.
7.11. egyenlet
Az oxignkt fehrjre vonatkoztatott 7.11. egyenletben a ligandum koncentrcit az oxign parcilis nyomsa
helyettesti, a disszocicis lland helyett pedig a fl-teltshez szksges oxign parcilis nyoms ll.
190
7.11. bra: A hemoglobin vals teltsi grbje (kzps grbe) szigmoid alak, mkdse sorn a fehrje
kis affinits s nagy affinits llapotok kztt ingzik (szls grbk)
A 7.11. bra kzps grbje kzvetlen mrs eredmnye. A piros sv a tdben uralkod parcilis nyomsnak,
a kk sv a szvetekre jellemz parcilis nyomsnak felel meg. A norml lgkri nyoms nagyjbl 100 kilopascal.
Mivel az oxign a lgkrben 21%-ot tesz ki, az oxign parcilis nyomsa 21 kilopascal. Az brn jelzett, a tdre
vonatkoz rtk ennl kb. 30%-kal alacsonyabb, mintegy 13-14 kilopascal. Az alacsonyabb szint oka, hogy a
tdben a lghlyagocskk terletn az oxign parcilis nyomst ilyen mrtkben cskkenti, hogy az ott jelenlv
gzkeverk vzgzzel teltett, illetve a szndioxid szint is jval magasabb, mint norml lgkrben.
A 7.11. bra azt illusztrlja, hogy a mrsbl szrmaz szigmoidlis grbe annak az eredmnye, hogy az
oxignkoncentrcitl fggen a hemoglobin tvlt egy ersen kt formbl (baloldali grbe) egy gyengn
kt formra (jobboldali grbe).
Nzzk meg a fenti mrsi eredmnyt a 7.11. egyenlet szerinti brzolsban a 7.12. brn, amely egy egyszerstett,
idealizlt Hill-diagramokat mutat be, ahol kontrollknt a mioglobin adatai is szerepelnek, amelyeket a kk vonal
szemlltet. Piros vonal mutatja a hemoglobin mrsi adatait. A mioglobin egy-kthelyes, ezrt nem kooperatv
esetben a vonal meredeksge, teht a Hill-egytthat rtke 1. A vzszintes (szaggatott) tengely metszete megadja
a disszocicis llandnak megfelel pO2 adat logaritmust.
Kvessk most a hemoglobin vonalt az alacsony oxignkoncentrci irnybl. Az oxignmentes hemoglobin
vonala koopercimentes esetet mutat, a Hill-egytthat 1, az extrapollt tengelymetszet egy alacsony affinits
oxignkt fehrjt mutat. Ahogyan emeljk a ksrletben az oxign parcilis nyomst, rdekes jelensget
figyelhetnk meg. A hemoglobin tvlt egy olyan llapotra, amelyben megjelenik a kooperatv mkds, a Hillegytthat krlbell 3, a tengelymetszet egy, az elznl jval nagyobb affinits fehrjnek felel meg. Tovbb
nvelve az oxign parcilis nyomst, a grbe ismt dlsszget vltoztat, a kzel teltett hemoglobin ismt nem
mutat kooperativitst. Az ekkor kapott, 1-es Hill-egytthatval rendelkez egyenes extrapolcijval kapott
tengelymetszet mg a mioglobinnl is nagyobb affinits fehrjre utal.
191
192
193
llapot alegysgeket nem tartalmaz a tbb-alegysges fehrje. A kooperativits ebben a modellben ppensggel
ebben az egyttes konformci-vltsban jelentkezik (lsd 7.13. bra, als panel).
Ligandum nlkl a kis affinits llapot a stabilabb, de a T s R llapotokhoz tartoz szabadentalpia szint
klnbsgnek megfelel arnyban jelen van a nagy affinits konformcis llapot is. A ligandum ktse stabilizlja
a nagy affinits llapotot. Ezltal a ligandum koncentrci emelse ebben a modellben is azzal jr, hogy n a
rendszerben a nagy affinits formk arnya. Ebben a modellben csak pozitv lehet a kooperativits.
194
195
196
197
7.20. bra: Az oxignkts fggvnyben elmozdul F-hlix alapjn a hemoglobin mkdsre a szekvencilis
kooperativitsi modell is vonatkozhat
Az F-hlix az 11 illetve az 22 dimerek hatrfelleteinl helyezkedik el, gy az oxignkts tnye rzkelhet
a szomszdos alegysgek szmra, ami a szekvencilis modell f felttelezse.
7.12. egyenlet
198
7.13. egyenlet
A szndioxid sznsav formjban olddik, a sznsav pedig gyenge savknt rszlegesen hidrognkarbont ionra s
protonra disszocil.
A Bohr-effektus teht elre jelezte, hogy itt egy fontos lettani szablyozsrl lehet sz. Minl intenzvebben
zajlik egy szvetben a biolgiai oxidci, annl alacsonyabb a szvetben uralkod pH. Amikor a szveten tvezet
kapillrisokban a vrsvrtestek thaladnak, a bennk lv hemoglobin krnyezetben is cskken a pH, a
hemoglobin oxignkt affinitsa cskken, ezrt oxignt ad le.
sszefoglalva: minl intenzvebb sejtlgzst folytat egy szvet, annl tbb oxignt ad le szmra a hemoglobin.
Nzzk meg, mi a hemoglobin pH-fgg oxignkt affinitsnak fehrjeszerkezeti alapja. A 7.16. brn mr
bemutattuk, hogy az alacsony oxignkt affinits T hemoglobin konformci egyik f stabilizl klcsnhatsa
csak akkor alakul ki, ha a His-HC3 oldallnca pozitv tltst hordoz. Ez az oldallnc a kulcsa a pH-fgg
szablyozsnak. Cskken pH-n a hemoglobinok egyre nagyobb szzalkban lesz ez a hisztidin protonlva, gy
egyre nagyobb szzalkuk kerl T-konformciba. Minden disszocicira kpes csoport a sajt pKa rtke
krnyezetben vltoztatja legnagyobb mrtkben a pH fggvnyben a protonltsgi llapott (lsd Henderson-
199
Hasselbalch egyenlet a 2.5.5. fejezetben s a 2.13. egyenlet). A hisztidin imidazol csoportjnak pKa rtke ppen
a fiziolgis szempontbl legfontosabb pH 7,4 krl van.
A 7.21. bran bemutatott ksrlet msodik rszben az is kiderlt, hogy nem pusztn a pH rtke szmt, hanem
az is, hogy a pH egy mestersges puffer vegylet miatt volt 7,2 vagy az oldott szndioxid miatt. Ha mestersges
puffer helyett szndioxid beolddsa miatt volt a pH 7,2, akkor a pH azonos rtke ellenre a hemoglobin mg
alacsonyabb affinitssal kttte az oxignt. Az in vitro ksrletek teht azt mutattk, hogy a Bohr-effektus csak
rszben magyarzhat az oldat hidroxnium koncentrcijval, a pH-hatson kvl a szndioxidnak van egy
specifikus sajt hatsa is.
Mint ksbb kiderlt, a hemoglobin nem csak oxignt s sznmonoxidot tud ktni, hanem szndioxidot is (lsd
7.22. bra). Nagyon fontos, hogy megrtsk, hogy a szndioxid nem a hem-hez, hanem a hemoglobin -lncok
N-terminlishoz ktdik kovalens ktssel (karbamt alakul ki), gy azokat negatv tltssel ltja el.
7.22. bra: A szndioxid karbamt ion formjban ktdik a hemoglobin -lncok N-terminlishoz.
Az gy ktdtt szndioxid is a cskken pH irnyba hat, msrszt a negatv tlts -lnc N-terminlisok is
rszt vesznek a T-forma stabilizlsban. A killegzett szndioxid egy rsze teht a hemoglobin tjn, ms rsze
hidrogn-karbontionknt a vrplazmban oldva szlltdik.
Formlisan a szndioxid s az oxign ktse is kizrjk egymst. A szndioxid a pH fggsen fell teht tovbb
ersti az oxign- kipasszroz Bohr-effektust. Fordtva szemllve: a tdben lv magasabb pH segti az
oxignfelvtelt, ekkor viszont a belp oxign segti kipasszrozni a szndioxidot.
200
7.14. egyenlet
7.24. bra: A BPG a hemoglobin ngy alegysge kztti regbe kt a T llapotban. A jobb oldali kinagytott
rszletben a komplex kialaktsban szerepet jtsz aminosav oldallncok is ltszanak (PDB: 1B86)
Hirtelen 4500 m-re utazva az oxign parcilis nyomsa a tdben lnyegesen alacsonyabb lesz, gy a hemoglobin
kevesebb oxignt kpes felvenni, de csak ugyanannyit tud leadni, mint tengerszinten. A leadhat oxign a maximlis
trolkapacits 30%-ra esik a korbbi 38%-rl (lsd 7.25. bra).
201
202
A szletst kveten az jszlttben lell a -lncot kdol gn kifejezdse, s aktivizldik a -lncot kdol
gn. Ezzel szinkronban a magzati vrsvrtestek lebontsra kerlnek, mikzben j, immr, 22 szerkezet
hemoglobint tartalmaz vrsvrtestek keletkeznek.
7.26. bra: Az anyai, s az annl nagyobb oxignaffinits magzati hemoglobin eltr teltsi grbje
7.27. bra: A sarlsejtes anmit egyetlen aminosav csere okozza, amely nveli a hemoglobin molekulk
aggregcis kpessgt
Ez a hidrofb felszn egy kedvez ktfelsznre tall egy msik tetramer hemoglobin -lncn, de csak akkor, ha
az ppen T konformciban van. Mindennek az az eredmnye, hogy fleg ers fizikai megterhelskor, amikor a
203
T konformer arnya emelkedett, a hemoglobin molekulk szablyos rend szerint aggregldnak, s hossz
kristlyszer HbS rudakat alaktanak ki a vrsvrtestekben (lsd 7.28. bra).
A Hb-S nagyon gyengn kpes oxignktsre, ennek lesz a kvetkezmnye az anmia, azaz a vrszegnysg.
(Valjban nem a vr mennyisge, hanem a vr oxignszllt kpessge cskken).
Ennek eredmnyeknt a vrsvrtestek szerkezete sszeomlik, sarlra emlkeztet alakot vesznek fel.
Az aggregci klnsen a mutcira homozigta egyneknl slyos, hiszen ezek kizrlag a hibs -lncot
termelik, vagyis minden hemoglobin molekuljuk hordozza az aminosav csert, s gy rszt tud venni az
aggregldsban. A heterozigtk esetben a hemoglobinok egy rsze vadtpus (azaz nem tartalmaz hibs
szekvencij fehrjelncot), gy az aggregcis hajlam is kisebb.
A sarlsejtes anmia rendkvl slyos betegsg, homozigta esetben korai elhallozst okoz. Ezrt rejtly volt,
hogy vajon mirt maradt fenn viszonylag nagy arnyban az emberi populciban a hibs alll. A rejtly megoldsra
az vetett fnyt, hogy a sarlsejtes anmia elfordulsi gyakorisga azokon a terleteken a legmagasabb, ahol a
malria is a legelterjedtebb. Kiderlt, hogy a sarlsejtes anmiban szenvedk (pontosabban a hibs gnt egy
pldnyban hordoz heterozigta egynek) rszlegesen vdettek a malrit okoz plazmdium fertzssel
szemben. Ez a rszleges vdettsg az oka annak, hogy a malrival fertztt terleteken folyamatosan fennmarad
a sarlsejtes anmit okoz gnvltozat.
7.28. bra: A sarlsejtes anmit vgs soron a hemoglobinok rendezett aggregcija vltja ki
Tudomnytrtneti rdekessg, hogy a sarlsejtes anmia volt az els olyan rkletes betegsg, amelynl kimutattk,
hogy azt egyetlen fehrje egyetlen aminosavcserje okozza. A Linus Paulinghoz s munkatrsaihoz fzd els
eredmnyek 1949-ben szlettek, amikor az akkor bevezetett elektroforzissel sikerlt kimutatni, hogy az eredeti
s a megvltozott hemoglobin formk elektromos tltse eltr. Az tvenes vek vgre klnbz analitikai
vizsglatokkal a tltsklnbsg okt is azonostottk.
A sarlsejtes anmia molekulris httert a 4. animci mutatja be.
204
205
Az enzimmkds alapjai
A szubsztrt-specifits tekintetben azonban az egyes protezok kztt risi klnbsgek vannak, amelyek jl
igazodnak az adott protez biolgiai funkcijhoz. A szubtilizin nev protezt a Bacillus nemzetsgbe tartoz (pl.
Bacillus subtilis) baktriumok termelik, az enzimet a krnyezetkbe rtik. A baktriumok nem tudnak tpllk
gyannt fehrjket felvenni a krnyezetkbl, nem kpesek endocitzisra. A krnyezetbe juttatott szubtilizin szinte
vlogats nlkl kpes az ott lv fehrjket bontani. Mivel ez az enzim pn-specifikus, azaz a legtbb oldallnc
melletti peptidkts hasadst kpes katalizlni, ezrt a reakci eredmnyeknt kispeptidek keletkeznek, amelyek
mr tjutnak a baktrium kls membrnjn.
A magasabbrendek tpllkfehrje emsztst egymssal komplementer specifits enzimek egyttese vgzi. A
vgeredmny itt is az kell, hogy legyen, hogy kis peptidek keletkezzenek, mert csak ezek szvdnak fel a
blrendszerben. A hasnylmirigyben termeld tripszin, kimotripszin s elasztz egyttese hatkony rendszert
kpez. A tripszin csak bzikus, Lys s Arg oldallncok melletti kts hasadst katalizlja, a kimotripszin a
nagymret aroms, Trp, Tyr s Phe oldallncok, mg az elasztz a kismret alifs pl. Ala, Val, Leu mellett
hast. Ezek az enzimek teht mr meglehetsen specifikusak.
A szubsztrt specifitst a szubsztrtkt hely jellege hatrozza meg (lsd 8.1. bra).
8.1. bra: A hrom hasnylmirigy protez eltr ktzsebe jl magyarzza az enzimek eltr specifitst
A rntgendiffrakcis szerkezetmeghatrozsok eredmnyeknt ismerjk a bemutatott peptidzok
szubsztrtkthelyeit. A kimotripszin ktzsebe nagy, s apolros, a tripszin ktzsebe aljn egy negatv tlts
aszpartilcsoport van, az elasztz kthelye pedig a kimotripszinre hasonlt, de a zseb szkebb, mert annak oldalrl
valin oldallncok nylnak befel. Mindez tkletes sszhangban ll ezeknek az enzimeknek az imnt emltett
specifitsval.
A rendkvl preczen szablyozott vralvads folyamatban rsztvev protezok a fent emltett enzimeknl jval
szelektvebbek. A trombin pldul csak az Arg-Gly kztti kts hasadst katalizlja, teht monospecifikus.
ltalnos rvny megfigyels, hogy az enzimek sztereospecifikusak, teht mindig csak az egyik sztereoizomer
forma talakulst katalizljk.
8.2. Kofaktorok
Szmos olyan kmiai reakci van, amely katalzishez nem elegend a hsz aminosav biztostotta kmiai repertor.
(A metabolizmus szempontjbl dnt jelentsg redox-reakcik pldul kizrlag kofaktorok jelenltben
mennek vgbe.) Ezek katalzisben nem-fehrje termszet anyagok, gynevezett kofaktorok mkdnek kzre.
A kofaktorok olyan atomok, ionok vagy szerves molekulk, amelyek sztchiometrikus mennyisgben, kzvetlen
szerepet jtszanak a katalzisben. A kofaktor nlkli, nmagban kmiai katalzisre nem kpes enzimet
apoenzimnek, mg a kofaktorral komplexben lv teljes, funkcikpes formt holoenzimnek nevezik.
Egyes esetekben a kofaktor szerkezetileg is meghatroz eleme az enzimnek, s eltvoltsa csak az enzim
denaturlsval vgezhet el. Az ilyen kofaktorokra a prosztetikus csoport kifejezst alkalmazzk, fggetlenl
attl, hogy a kofaktor kovalensen van-e az enzimhez ktve, vagy sem. Azokat a kofaktorokat, amelyek szerves
molekulk, koenzimek-nek is nevezik. A vitaminok zme koenzim vagy a koenzim prekurzora, kiindulsi
anyaga. A koenzimek is lehetnek prosztetikus csoportok, de lehetnek reverzibilisen ktd ko-szubsztrtok is,
amelyek a reakci vgn levlnak az enzimrl. A redoxreakcikban szerepet jtsz kofaktorok kzl a flavinadenin-dinukleotid (FAD) pldul prosztetikus csoport, mg a nikotinamid-adenin-dinukleotid (NAD) ko-szubsztrt
A legfontosabb fmion-alap kofaktorokat a 8.2. tblzat, mg a szerves molekula alapakat, teht koenzimeket
a 8.3. tblzat foglalja ssze.
206
Az enzimmkds alapjai
A fmek az esetek tbbsgben ionos formban szerepelnek az enzimek katalitikus centrumban. A fmionok, s
klnsen a kismret, tbbrtk fmionok olyan nagy pozitv tltssrsggel rendelkeznek, amilyennel egyetlen
aminosav csoport sem br. ltalban ez a nagy tltssrsg jrul hozz a katalzishez azltal, hogy polarizlja a
reakciban rsztvev csoportok elektronfelhjt.
A koenzimek tipikus csoporttvivk olyan reakcikban, amelyekben valamilyen kmiai csoport kerl t egyik
szubsztrtrl a msik szubsztrtra. A katalzisben rsztvev koenzim a reakci sorn kmiailag mdosul, teht nedik szubsztrt! Az esetek egy rszben tbblpses kmiai reakcirl van sz, s a teljes folyamat vgre a
koenzim a kiindulsi llapotba kerl. Ms esetekben a koenzimet egy, az elztl fggetlen kmiai reakciban
egy msik enzim ltal regenerlni kell.
A 8.3. tblzat a legfontosabb koenzimeknl feltnteti, hogy azok milyen kmiai csoport tvitelben jtszanak
szerepet, s azt is bemutatja, hogy az adott koenzim mely vitamin talakulsval jn ltre. Pldaknt egy-egy, az
adott koenzimmel mkd enzim is megnevezsre kerl. Minden koenzimre igaz, hogy nem egyetlen enzimmel,
hanem hasonl kmiai talakulst katalizl enzimek egy csoportjval mkdik egytt. A NAD koenzim pldul
szmos dehidrogenz enzim kzs koenzime.
8.3. tblzat: Koenzimek s vitaminok
207
Az enzimmkds alapjai
208
Az enzimmkds alapjai
Az enzimek katalogizlsnl egy ngyszint beosztst alkottak, mellyel vgl minden enzim egy ngyjegy
kdszmmal azonosthat. Az els szintet a katalizlt kmiai reakci szerint hat csoportra osztottk fel. Ennek
megfelelen hat enzim osztlyt klntettek el az albbiak szerint: oxidoreduktzok, transzferzok, hidrolzok,
lizok, izomerzok s ligzok.
A beoszts tbbi elvt a hexokinz enzim pldjn mutatjuk be. Az enzim-katalgusban a hexokinz a 2.7.1.1.
sorszmot kapta, mivel ez az enzim egy transzferz, vagyis a 2. osztlyba tartozik, a transzferlt csoport egy
foszforil-csoport (7. tpus), a foszfotranszfer hidroxilra trtnik (1. tpus), s a foszfotranszfer D-glkzra trtnik
(1. tpus).
8.2. egyenlet
Mivel a kmiai reakcihoz a reagl molekulknak tallkozniuk, tkznik kell, intuitvan is belthat, hogy a
reakcisebessg egyenesen arnyos kell, hogy legyen az egymssal reagl molekulk koncentrcijval.
Ktszer akkora koncentrci ktszeresre nveli az tkzs valsznsgt. A koncentrcikon fell van egy msik
szorztnyez is, a k. A k egy, a reakcira jellemz arnyossgi tnyez, a reakci sebessgi llandja.
A reakcinak teht fontos jellemzje ez a sebessgi lland. A reakci sebessge szempontjbl a lnyeget ppen
ez a k rejti, a f krds, hogy mitl fgg ennek az rtke. A lehet legegyszerbb mechanizmus modellt, amely
mr rtelmezni tudja, hogy mitl fgg a k sebessgi lland rtke, a 8.3. egyenlet mutatja.
8.3. egyenlet
Tegyk fel, hogy a kt molekula reakcija sorn egy pillanatszeren gyors, egyenslyra vezet folyamatban kialakul
egy, X* molekula, amely az egymssal reagl molekulkhoz kpest aktivlt llapotban, ms szval magasabb
szabadentalpia szinten van.
Ezt az X* molekult tmeneti llapotnak (angolul transition state) nevezzk (ami annak tkrben, hogy egy
konkrt molekulrl van sz taln szokatlannak hat). Az itt trgyalt lersban ez az X* molekula alakul t P
termkk. Az X* molekult eredmnyez kmiai reakci egyenslyi llandjt (figyelem, ez nem sebessgi
lland!) K*, mg az X*P lpsre vonatkoz sebessgi llandt k jelli. A 8.3. sma a 8.4. egyenlethez vezet.
8.4. egyenlet
209
Az enzimmkds alapjai
A termkkeletkezs sebessge teht vgs soron az tmeneti llapot koncentrcijnak, s egy ltszlag
tovbbi bonyodalomknt jonnan bevezetett sebessgi llandnak, a k-nek a szorzata.
Els lpsknt vizsgljuk meg, hogy mitl fgg az tmeneti llapot koncentrcija. Ez tvezet bennnket a
termodinamika terletre. Az X* egy K* egyenslyi llandval jellemzett egyenslyban van a kiindulsi anyagokkal
a 8.5. egyenlet szerint.
8.5. egyenlet
A K* egyenslyi llandra felrhat a kmiai reakcik egyenslyi llandja s a kmiai reakcit ksr standard
szabadentalpia vltozs kztti sszefggs a 8.6. egyenlet szerint.
8.6. egyenlet
A 8.6. egyenletben szerepl G* az a szabadentalpia klnbsg, amely az alapllapot A s B molekulk s az
aktivlt llapot X* tmeneti llapot szabadentalpia rtkei kztt van. A G* ms nven a reakcira jellemz
aktivlsi szabadentalpia (amit hibsan leegyszerstve gyakran aktivlsi energinak is neveznek).
A 8.6. egyenletbl a K* kt egyszer algebrai talaktssal a 8.7. s 8.8. egyenletek szerint fejezhet ki.
8.7. egyenlet
8.8. egyenlet
A 8.8. egyenlet s a 8.5. egyenlet alapjn addik a 8.9. egyenletsor, amelynek vgeredmnyt a 8.10. egyenlet
mutatja.
8.9. egyenlet
8.10. egyenlet
210
Az enzimmkds alapjai
Teht abban az elmleti esetben, ha a G* rtke 0, s gy az e- G*/RT szorztnyez rtke 1, a reakci maximlis
temben zajlik. Csakhogy mg nem esett sz arrl, hogy mekkora lehet ez a maximlis tem. Az e- G*/RT
szorztnyez ennek az elmleti maximlis temnek a szorzja. Ezt a maximlis lehetsges temet a k sebessgi
lland jelenti.
A fenti modell a k sebessgi lland mibenltre is egyszer magyarzatot ad az albbiak szerint. Ahhoz, hogy
az tmeneti llapot termkk alakuljon, legalbb egy kmiai ktsnek fel kell bomlania. A k sebessgi lland
(kpszerbben megnevezve sebessgi rta, vagyis sebessgi tem) azt fejezi ki, hogy milyen temben, milyen
gyakorisggal (frekvencival) kpes az adott kmiai kts felszakadni.
Ezt a 8.11. egyenlet fogalmazza meg, amelyben a (n) azt a frekvencit jelzi, amellyel az elbomland kts
rezeg, a (kappa) pedig az tviteli egytthat. A azt mutatja meg, hogy a mr kialakult tmeneti llapot milyen
arnyban alakul termkk, illetve alakul vissza kiindulsi anyagokk. Ha a kappa rtke 0,5, akkor az esetek felben
termk irnyba, az esetek msik felben visszafel alakul t, ha a kappa rtke 1, akkor az tmeneti llapot kizrlag
termk irnyba alakul t.
8.11. egyenlet
Az egyszersg kedvrt vegyk azt az esetet, amikor az tviteli egytthat rtke 1.
A kts rezgsnek energija a 8.12. egyenletben szerepl mdon, a Planck trvny szerint fgg a rezgs
frekvencijtl.
8.12. egyenlet
Az egyenletben E a rezg kts energijt, h a Planck llandt jelzi. Az egyenletben szerepl energia ugyanakkor
egy msik mdon is felrhat a 8.13. egyenlet szerint, amelyben kb a Boltzmann llandt, T pedig a Kelvin skln
vett hmrskletet jelzi.
8.13. egyenlet
A 8.11-8.13. egyenleteket kombinlva kapjuk a 8.14. egyenletet.
8.14. egyenlet
A 8.4., 8.10. s a 8.14. egyenletek kombinlsval kapjuk a 8.15. illetve 8.16. egyenleteket, amik kifejtik, hogy
vgl is mitl fgg egy nem katalizlt kmiai reakci sebessge.
8.15. egyenlet
8.16. egyenlet
Mint lthat, a reakci k sebessgi llandja fordtottan arnyos a reakcira jellemz aktivlsi
szabadentalpival, s sszetett mdon fgg a hmrsklettl. A hmrsklet mind a pre-exponencilis
211
Az enzimmkds alapjai
szorztnyezben, mind pedig az exponencilis tag kitevjnek nevezjben szerepel. Mindkt tag jelzi, hogy a
hmrsklet emelse nveli a reakci sebessgi llandjt. A pre-exponencilis tagban, amely a k sebessgi
llandt fejti ki, a hmrskletemels nveli az elboml kts rezgsi frekvencijt, mg az exponencilis tagban
a hmrskletemels nveli azon tkzsek arnyt, amelyek tmeneti llapotot eredmnyeznek. Az egyenlet teht
j sszhangban van azzal az ltalnos rvny megfigyelssel, miszerint a hmrsklet emelse nveli a kmiai
reakcik sebessgt.
Maga a reakcisebessg a 8.4. egyenletben lertak szerint a k sebessgi llandn kvl egyenesen arnyos a reakciba
lp anyagok koncentrcijval is.
A kmiai reakcik sebessgre vonatkoz termodinamikai modellt a 8.2. bra szemllteti.
Az bra grafikusan mutatja be, hogy a szubsztrtoknak egy alapllapotbl egy magasabb szabadentalpia szint
aktivlt tmeneti llapotba kell kerlnik. Az bra azt is mutatja, hogy az egyenslyi llapotban kialakul reagens
arnyok, amelyeket a reakcit ksr standard szabadentalpia vltozs (G) rtke jelez, fggetlenek a reakci
sebessgtl, amit az aktivlsi szabadentalpia (G*) rtke jellemez.
212
Az enzimmkds alapjai
8.3. bra: Az enzimek azltal nvelik a reakci sebessgt, hogy cskkentik a reakci aktivlsi
szabadentalpijt
A krds, hogy alapveten milyen mdokon cskkenthet a G*. Ennek megvlaszolshoz idzzk fel, hogy a
szabadentalpia vltozs minden esetben, gy az aktivlsi szabadentalpia esetben is, felbonthat egy entalpival
kapcsolatos s egy entrpikus tagra a 8.17. egyenlet szerint.
8.17. egyenlet
A reakcisebessg szempontjbl kedveztlen, sebessget cskkent, magas H* tag azt jelenti, hogy az tmeneti
llapothoz (pldul egy energetikailag kedveztlen elektroneloszls miatt) magas energiaszint tartozik, ami egyben
azt is jelenti, hogy az tmeneti llapot nagyon alacsony arnyban jelenik meg. Az enzim azltal cskkenti az
entalpia tagot, hogy stabilizlja az tmeneti llapotot, kedvezbb vonz klcsnhatsokat alakt ki az tmeneti
llapottal, mint a szubsztrttal. Az enzimek teht olyan aktv hellyel rendelkeznek, amely komplementer az
ltaluk katalizlt kmiai reakci tmeneti llapotval. rdemes megjegyezni, hogy azt, hogy az enzimek a
kmiai reakcit az tmeneti llapot stabilizlsn keresztl gyorstjk, elsknt Linus Pauling javasolta. Ezt az
elvet szemllteti a 8.4. bra.
Az brn illusztrlt modell az enzim mkdst ahhoz hasonltja, ahogyan egy mgnessel (pl. nagy energij
elektromgnessel) gyorstani lehetne egy rezg vasplca eltrst.
A modell szerint az enzim-tmeneti llapot komplexben rejl, entalpival kapcsolatos ktsi energia (a pldban
a megfelel alak mgnes, s a meghajltott vasplca kztti klcsnhats) az, ami az aktivlsi szabadentalpia
cskkensre hasznldik fel.
213
Az enzimmkds alapjai
8.4. bra: Az enzimek ktzsebe az tmeneti llapottal komplementer, gy az tmeneti llapotot stabilizlja
Az bra azt is illusztrlja, hogy amennyiben egy enzim rendkvl szorosan illeszkedne a szubsztrthoz (a mgnes
az egyenes vasplchoz), teht nagy ktsi energia tartozna az enzim-szubsztrt komplexhez, akkor az enzim
ppensggel lasstan a reakcit. A szubsztrt a komplexben az alapllapotnl alacsonyabb szabadentalpia szintre
kerlne, s emiatt az aktivlsi szabadentalpia szintje ppensggel emelkedne.
A reakcisebessg szempontjbl kedveztlen negatv S*, tag azt jelzi, hogy az tmeneti llapot lnyegesen
rendezettebb, mint a kiindulsi llapot. A rendezds miatt az tmeneti llapot ltrejttnek magas, entrpival
kapcsolatos (-TS* formban kifejezett) energetikai ra van. Az enzim entrpikus szempontbl oly mdon
gyorsthatja a kmiai reakcit, hogy a ktzsebe egymshoz ppen megfelel tvolsgba s orientciba hozza,
teht rendezi az egymssal reakciba lp molekulkat.
Ezt az entrpival kapcsolatos jelensget enzimkatalzistl fggetlen esetekben is ki lehet mutatni. Ezt az albbi
elegns pldn keresztl nzzk meg.
A 8.5. brn szerepl pldban ugyanaz a fajta kmiai reakci zajlik le azonos kmiai csoportok kztt. Az
egyetlen eltrs az, hogy a reakciban rsztvev kmiai csoportok egymshoz kpest orientlva vannak-e.
Demonstrlhat, hogy egy reakci sebessgt nagymrtkben nveli, ha a reakciba lp csoportok egymshoz
kzel, s megfelel pozciban rgztve vannak (proximits s orientci). A konkrt pldban egy karbonsavszter s egy karbonsav reagl, s egy karbonsav-anhidrid keletkezik.
A 8.5. bra a) pldban a reakci bimolekuls, teht kt molekulnak kell tkznie. A reakci sebessgt a termk
keletkezs temvel (d[P]/dt) fejezzk ki, aminek mrtkegysge M/s, azaz Ms-1-nek addik. Ebben az esetben a
reakcisebessg kt molekula koncentrcijval arnyos. A V=k[A][B] egyenletben szerepl sebessgi lland
mrtkegysge M-1s-1, azrt, hogy a sebessg mrtkegysge a mr emltett Ms-1 legyen.
214
Az enzimmkds alapjai
8.5. bra: Az egymssal reagl csoportok megfelel kzelsgbe s orientciba knyszertse rendkvli
mrtkben nveli a reakci sebessgt
A 8.5. bra b) s c) eseteiben az a) esettel azonos kmiai csoportok kztt, de egyetlen molekuln bell zajlik le
a reakci. Ezrt ebben az esetben a reakci sebessge csak egyetlen molekula koncentrcijval lesz arnyos. A
sebessgi lland mrtkegysge ennek megfelelen nem Ms-1, hanem s-1 lesz. De mirt fontos ez?
A b) s c) esetekben a reakci lnyegesen nagyobb sebessggel zajlik, mint az a) esetben. A sebessgnvekeds
arnya kifejezhet a sebessgi llandk arnyval. Az eltr mrtkegysgek miatt, amikor a b) illetve a c) esetek
sebessgi llandjt elosztjuk az a) eset sebessgi llandjval, az eredmnyt molris koncentrci mrtkegysgben
kapjuk meg. Ennek a hnyadosnak a neve effektv koncentrci. Formlisan azt mutatn meg, hogy milyen
koncentrciban kne, hogy legyenek a bimolekuls reakci komponensei ahhoz, hogy akkora legyen a
reakcisebessg, mint az adott egymolekuls reakciban.
A b) esetben a reakci sokkal gyorsabban zajlik, mint az a) esetben, mivel a kt egymssal reagl funkcis csoport
nem a reakciedny teljes trfogatban diffundlva tallkozik, hanem egy jval kisebb trben mozogva. Ltszlag
teht egy egyszer koncentrcinvekedsrl van sz, ugyanannyi csoport kisebb trfogatban van jelen.
A b) esetben a kt funkcis csoport kzel van egymshoz, de nincsenek egyms fel orientlva. A c) esetben a kt
csoport nem csak kzel van egymshoz, de egymshoz is van irnytva, gy mg a b) esetben ltotthoz kpest is
ezerszer nagyobb a sebessgi lland. A b) s c) esetek azonban nagysgrendileg azonos mret trrszben vannak,
a szmols eredmnyeknt kapott effektv koncentrcik, 105 M illetve 108 M pedig a valsgban nem jhetnek
ltre.
A sebessg nvekedse teht nem foghat fel pusztn valamilyen megnvelt koncentrci hatsnak. Az itt ltott
sebessgnvekedsben a dnt szerepet a konformcis entrpia cskkense, vagyis a preferlt trbeni elrendezds
215
Az enzimmkds alapjai
jtssza. Mg a bimolekuls esetben a reakci vgbemenetelt nagy entrpia cskkens ksri, az egymolekuls
reakcikt nem.
216
Az enzimmkds alapjai
8.8. bra: A sznsavanhidrz aktvhelyn hisztidil oldallncokkal koordinlt cinkion aktivl egy vzmolekult
A reakci sebessgnek pH-fggse mutatja, hogy abban egy pKa7 rtkkel rendelkez disszocicira kpes
funkcis csoport vesz rszt. Ez a cinkion ltal aktivlt vzmolekulnak felel meg (lsd 8.9. bra).
217
Az enzimmkds alapjai
A cinkion ltal aktivlt OH sokkal ersebb nukleofil, mint a vz, ezrt hatkonyabban tmadja a szndioxidot.
A keletkez hidrognkarbont anion egy vzre cserldik, ami jfent protont ad le. Az enzim-katalizlta reakciban
msodpercenknt mintegy egymilli ilyen ciklus jtszdik le (lsd 8.10. bra).
218
Az enzimmkds alapjai
8.12. bra: Az ltalnos sav-bzis katalzis szp pldja a triz-foszft-izomerz enzim mkdse
Az enzim aktvcentrumnak oldallncai rendre kt klnbz szubsztrt-csoporttal reaglnak a reakci sorn.
Ha az egyiktl protont vesznek fel, akkor a protont majd egy msiknak adjk le, illetve ha az egyiknek protont
adnak le, akkor a protont majd egy msiktl veszik fel. gy alakul t a szubsztrt. Az enzimatikus reakci els
lpsben az enzim egyik glutaminsavnak (Glu165) disszocilt karboxilcsoportja funkcionl bzisknt, s egy
hisztidin (His 95) nem-protonlt imidazol csoportja tlti be a sav szerept. (A nem protonlt imidazol ebben az
esetben teht sav, de az ismert esetek nagyobbik rszben bzisknt mkdik).
Az els lpsben a dihidroxiaceton-foszft egyik rsze teht protont veszt, msik rsze protont nyer, s ennek
megfelelen elektronszerkezete trendezdik, egy ndiol tmeneti llapot keletkezik. (Az enzim nlkli reakciban
egy kedveztlenl magas energij tlts-szeparci jnne ltre az tmeneti termkben. A C1 sznatom pozitv
tlts lenne, mg a karbonil oxign negatv.)
A msodik lpsben a negatv tlts imidazol bzisknt protont vesz fel az ndiol C1 sznatomjhoz kapcsold
hidroxilcsoporttl. A negatv tlts megjelense a kt sznatom kztti kettskts felbomlshoz vezet. A
glicerinaldehid-3-foszft kialakulshoz vezet utols lpsben a protonlt Glu165 immr savknt protonlja a
negatv tlts tmeneti llapotot. Tessk felfigyelni r, hogy a hisztidin oldallnca ltalnos savknt s bzisknt
is funkcionl!
219
Az enzimmkds alapjai
nem valsulhatna meg. Erre j plda a szerin-protezok mkdse, amit a kimotripszin mkdsn keresztl
mutatunk be.
Mieltt a rszleteket ismertetnnk, fontos megjegyezni, hogy a hrom felsorolt katalitikus mechanizmus tpus nem
zrja ki egymst. Egyes enzimreakcikban akr mindhrom mechanizmus tetten rhet. A kimotripszin esetben
pldul a kovalens katalzis mellett sav-bzis katalzis is szerepet jtszik.
A kimotripszin a szerin-protezok kz tartozik. A szerin-protezok az l szervezetben peptidktsek hidrolzist
katalizljk. A reakcit szintetikus szubsztrtokkal vizsglva ugyanakkor kiderlt, hogy nem csak peptidkts
(R-CONH-R), de szterkts (R-COO-R) hidrolzist is kpesek katalizlni.
A szerin-protezok a nevket egy klnlegesen reakcikpes szerin oldallncrl kaptk. Amikor kimotripszint
reagltattak diizopropil-fluoro-foszfttal (DFP), azt tapasztaltk, hogy a DFP-kezelt enzim inaktivldott. (A
DFP veszlyes mreg, mert az ingerlettvitelben meghatroz szerepet jtsz acetil-kolin szterzt is gtolja,
mely enzim azt itt ismertetett mechanizmussal analg mdon mkdik.) Ez a totlis gtls arra utalt, hogy az
enzimnek valamelyik, a katalzisben kulcsfontossg csoportja mdosult. A mdosts helyt peptidanalitikai
mdszerekkel hatroztk meg. Kiderlt, hogy a kimotripszinben szelektven csak a Ser195 hidroxilja mdosult
(lsd 8.13. bra).
220
Az enzimmkds alapjai
8.14. bra: A kimotripszin trszerkezete, a katalitikus trid s a szubsztrtkt hely bemutatsa (PDB:
1GCT)
Nzzk meg rszletesen, hogyan katalizlja a kimotripszin a peptidkts hidrolzist (lsd 8.15. bra-8.22. bra).
221
Az enzimmkds alapjai
222
Az enzimmkds alapjai
223
Az enzimmkds alapjai
224
Az enzimmkds alapjai
225
9. fejezet - Enzimkinetika
(szerz: Pl Gbor)
Az enzimreakcik termodinamikai rtelmezsnek s a hromfle katalzis mechanizmusnak bemutatst kveten
ttrnk az enzimkinetika alapvet sszefggseinek lersra. Kifejezetten arra fkuszlunk, hogy miknt lehet
megmrni a katalizlt reakci sebessgt, milyen f kinetikai paramterek jellemzik az enzimatikus reakcit,
mi jellemz a leghatkonyabb enzimekre, s milyen mechanizmusokkal lehet az enzimeket gtolni.
Mivel itt mr kizrlag enzimkatalizlt reakcikrl lesz sz, a kiindulsi anyagunkat szubsztrtnak nevezzk
majd, s S jellssel hivatkozunk r. A termket tovbbra is P bet jelzi.
A korbbi A + B P smval szemben a lehet legegyszerbb, S P esettel foglalkozunk.
Az enzimkinetika tudomnyg kialakulsnak hajnaln az enzimek fizikai mibenltrl, a sebessgnvels lehetsges
mechanizmusairl mg szinte semmit nem tudtak.
A legegyszerbb elsrend kmiai reakcinl a fenti jellseket hasznlva a nem katalizlt S P reakci sebessge
V= d[P]/dt = k[S]. Ms szval a reakci sebessge egyenesen arnyos S koncentrcijval. A sebessg gy elvileg
vgtelensgig nvelhet, annak csak S oldhatsga szabna gtat.
Amennyiben egy enzim katalizlja az talakulst, a reakci nagysgrendekkel gyorsabban zajlik, ugyanakkor
jellegzetesen eltr az [S]-V fggvny. lland [E] esetn kis [S] rtkeknl az [S] nvelsvel a V reakcisebessg
kzel egyenes arnyban, teht linerisan nvekedik, de egyre nagyobb kiindulsi [S] esetn a V egyre kevsb
nvekedik, s egy maximlis rtk fel tart (lsd 9.1. bra jobb oldala). Ez az gynevezett teltsi (vagy
szubsztrtteltsi) grbe.
9.1. egyenlet
226
Enzimkinetika
A fenti, legegyszerbb sma a kvetkez felttelezseken alapul. Az enzim s a szubsztrt kztt pillanatszeren
gyors reakciban kialakul az ES komplex, ezrt ennek a rszreakcinak a sebessgi llandival a modell nem is
foglalkozik. Ezek helyett csak az egyenslyi llandt (KS) (nem-kovalens E-S klcsnhats esetn ez egy
disszocicis lland) definiljk a 9.2. egyenlet szerint.
9.2. egyenlet
A modell szerint az ES komplex termkk bomlsnak teme, a katalitikus sebessgi lland, amelynek jellse
kcat, lnyegesen alacsonyabb rtk, mint az egyenslyi llandban rejl sebessgi llandk. E szerint a modell
szerint a termk irny bomls olyan alacsony tem, hogy (a mrs sorn) praktikusan nem befolysolja az [E],
[S] s [ES] egyenslyi koncentrcikat.
Vezessk le, hogy a fenti reakci sma, s kiindulsi felttelek esetn milyen fggvny szerint fggne a kezdeti
sebessg a szubsztrt koncentrcijtl.
A 9.1. egyenletben szerepl smbl kvetkezik a reakcisebessgnek a 9.3. egyenlete, amely egy elsrend
kmiai reakcit tkrz, amelyben a termkkeletkezs sebessge kizrlag egyfajta anyagnak, az ES komplexnek
a koncentrcijval arnyos.
9.3. egyenlet
A sma nem szmol azzal, hogy az enzimbl s a termkbl a fordtott irny reakcibl szintn ES jhet ltre,
mivel a reakci legelejt vizsgljuk, amikor mg nem keletkezett termk. Ezrt is fontos hangslyozni, hogy az
gy definilt sebessg kezdeti, nulla idpillanathoz tartoz reakcisebessg (ezrt V0 a jellse).
Ahhoz, hogy olyan egyenlethez jussunk, amely ES nem ismert koncentrcija helyett ismert enzim s szubsztrtkoncentrcikat tartalmaz, a 9.2. egyenletet felhasznlva ki kell fejeznnk az ES koncentrcit a ksrletben
belltott, teht ismert koncentrcikkal.
Ehhez vegyk figyelembe, hogy a szabad enzimkoncentrci, a teljes enzimkoncentrci, s az ES komplexben
lv enzimkoncentrci kztt a 9.4. egyenletben felrt, egyszer sszefggs ll fenn:
9.4. egyenlet
A 9.4 egyenletet a 9.2 egyenlettel kombinlva kapjuk a 9.5. egyenletet:
9.5. egyenlet
227
Enzimkinetika
9.8. egyenlet
Vgl mindkt oldalalt elosztjuk [ES] szorzjval, gy a 9.9. egyenlethez jutunk:
9.9. egyenlet
9.10. egyenlet
Vegyk szre, hogy az elrhet legmagasabb, teht maximlis sebessgi rtket, amelynek jellse Vmax, akkor
kapjuk, ha az sszes enzim ES komplexben van. Ebben az esetben a szubsztrt telti az oldatban jelenlv enzim
molekulkat. Ekkor teht [ES] = [ET]. A 9.10. egyenlet jobboldaln a szmllban szerepl kcat ET szorzat teht
nem ms, mint maga a Vmax. Ennek figyelembevtelvel kapjuk a 9.11. egyenletet, ami a legegyszerbb, eddig
trgyalt enzimkinetikai modell vgs egyenlete:
9.11. egyenlet
Ez az egyenlet egy derkszg hiperbola fggvny, amelynek ltalnos felrsa: Y=P1X/(P2+X), ahol X a
fggetlen vltoz, jelen esetben a szubsztrt koncentrci, Y a fgg vltoz, jelen esetben a kezdeti sebessg, a
P1 s P2 pedig a fggvny paramterei, jelen esetben a kt lland, a Vmax s a KS.
Vegyk szre, hogy ez az egyenlet kivl sszhangban van a mr emltett, a 9.3. brn is bemutatott tapasztalati
[S]-V0 sszefggssel az albbiak szerint. Amikor [S]<<KS, akkor [S] a nevezben elhanyagolhat, s a 9.12.
egyenlethez jutunk:
9.12. egyenlet
A 9.12. egyenletben a szubsztrt koncentrci szorzja kt lland hnyadosa, amely hnyados maga is lland.
A Ks rtkhez kpest elhanyagolhatan alacsony szubsztrt koncentrci tartomnyban teht a kezdeti sebessg
228
Enzimkinetika
a tapasztalattal egyezen , lineris fggvnye a szubsztrt koncentrcinak, teht ez egy (szubsztrtra nzve)
elsrend reakci egyenlete.
Amikor [S]>>KS, akkor a 9.11. egyenletben ppensggel a KS lesz elhanyagolhat az [S] rtkhez kpest a
nevezben. Az elhanyagolst elvgezve a 9.13. egyenlethez jutunk:
9.13. egyenlet
Amikor teht a szubsztrt koncentrcija nagymrtkben meghaladja a KS rtkt, a szubsztrt telti az enzimet,
minden enzim ES komplexbe kerl, a kezdeti sebessg elri a maximlisan elrhet rtket, tovbbi szubsztrt
koncentrci nvelsvel a sebessg mr nem nvelhet. Ebben a szubsztrt koncentrci tartomnyban a kezdeti
sebessg teht mr gyakorlatilag nem fgg a szubsztrt koncentrcijtl, a reakci a szubsztrtra nzve nulladrend.
A 9.3. brnszerepl grafikont emiatt szoks teltsi grbnek, vagy szubsztrtteltsi grbnek nevezni.
Amikor a szubsztrt koncentrcija ppen megegyezik a KS szmrtkvel, akkor a reakci kezdeti sebessge
ppen a Vmax rtk fele. Az itt levezetett 9.11. egyenlet teht ler rtelemben jl hasznlhat. Ugyanakkor mgis
alapvet problmkat vet fel. Minl hatkonyabb egy enzim, annl inkbb tarthatatlan az a kiindulsi felttelezs,
hogy az enzimkatalzis sorn a nagysebessggel zajl szubsztrt fogys ne mozdtan be az enzim, a szubsztrt s
az ES komplex kztt az eredeti felttelezs szerint pillanatszeren gyorsan - kialakul egyenslyt. A fenti lers
teht ppen a leghatkonyabb enzimek jellemzsre nem alkalmas.
A msik problma az, hogy a fenti modell ellentmondsban van a termodinamikai bevezetben lertakkal is. A KS
egy disszocicis lland, ami mint ilyen, ktserssg, ms szval affinits jellemzsre is alkalmas. A KS ebben
a modellben megadja, hogy az enzim mennyire stabil klcsnhatst ltest a szubsztrttal, milyen ersen kti
azt. A modell szerint minl alacsonyabb a KS, annl hatkonyabb az enzim, hiszen annl alacsonyabb szubsztrt
koncentrcin ri el a reakci sebessge Vmax rtknek a felt. Csakhogy a valsgban minl stabilabb klcsnhatst
ltest az enzim a szubsztrttal, annl lassabbnak kell lennie a reakcinak, hiszen az enzim ppensggel stabilizln
a szubsztrtot. Az enzimnek termszetesen meg kell ktnie a szubsztrtot, de igazn hatkonyan a rendkvl
instabil tmeneti llapottal kell klcsnhatst ltestenie, azt kell stabilizlnia (lsd 8. fejezet).
9.14. egyenlet
A modell szerint az enzim s a szubsztrt oldatnak sszekeversekor nem egy dinamikus egyensly, hanem egy
stacionrius llapot (angolul steady-state) ll be szinte pillanatszer gyorsasggal. A stacionrius llapotban a
krlmnyektl fggen akr hossz ideig lland lehet az ES komplex koncentrcija. (Pontosabban
megfogalmazva az ES koncentrcija a pillanatszer emelkeds utn folyamatosan cskken, de ez a cskkens
jval kisebb tem, mint a szubsztrt fogysnak vagy a termk keletkezsnek az teme, s a modellben
elhanyagolhat.) Ehhez az kell, hogy az ES komplex kialakulsnak k1 sebessgi llandval jellemzett teme
ppen megegyezzen az ES komplex elbomlsnak temvel. Ezt a 9.2. bra szemllteti.
229
Enzimkinetika
9.2. bra: A stacionrius modell: az ES komplex azonos temben keletkezik s fogy, koncentrcija lland
A reakcit szubsztrt hozzadsval indtjuk. (Az bra arnyai csalnak, hogy egyetlen oldalon be lehessen mutatni
a lnyeget. A stacionrius szakasz valjban mr nhny ezredmsodperc alatt kialakul, s akr percekig is
fennmaradhat. A valsgban az [S] sokkal magasabbrl indul, hiszen [S] >> [E].)
A bomls egyrszt vgbemehet a termk kialakulsnak irnyban k2 sebessgi llandval, illetve ezzel ellenttes
irnyban, szabad enzimet s szubsztrtot eredmnyezve k-1 sebessgi llandval. A stacionrius llapot kialakulst
a 9.2. bra illusztrlja, annak fent krlrt felttelt pedig a 9.15. egyenlet rja le.
9.15. egyenlet
Ezt a felttelezst elsknt G.E. Briggs s James B.S. Haldane javasolta, ennek ellenre az albbiakban kifejtett,
tovbbfejlesztett modellt is Michaelis-Menten kinetiknak, s az abbl fakad egyenletet Michaelis-Menten
egyenletnek hvjuk. Az egyenletben k1[E][S] sebessggel keletkezik az ES komplex, amely visszafel k-1[ES]
sebessggel, termk irnyban pedig k2[ES] sebessggel bomlik. A keletkezs s a ktirny elbomls ered
sebessge, vagyis az ES komplex koncentrcijnak vltozsa nulla.
A kvetkezkben a 9.15. egyenletet rendezzk t tbb lpsben gy, hogy ismt a mrhet, illetve ksrletesen
megszabott [E] s [S] koncentrcik szerepeljenek a vgs egyenletben. Ez a tovbbfejlesztett modell is
alapfelttelknt szabja meg, hogy a szubsztrt koncentrcija nagysgrendekkel haladja meg az enzimkoncentrcit.
A termkkeletkezs teme itt is egyszeren megadhat a 9.16. egyenlet szerint, amely analg az els modell 9.3.
egyenletvel.
9.16. egyenlet
A korbbi modellben kcat nven jelzett sebessgi lland helyett a tovbbfejlesztett smbl szrmaz k2 megnevezst
alkalmazzuk.
A 9.15. egyenletet trendezve kapjuk a 9.17. egyenletet.
9.17. egyenlet
230
Enzimkinetika
9.22. egyenlet
A jobb oldalon a szmllt s a nevezt is elosztjuk a k1 sebessgi llandval, ami a 9.23. egyenlethez vezet.
9.23. egyenlet
A nevezben megjelen trtre a 9.24. egyenletben definciknt bevezetjk a Michaelis-lland (Michaeliskonstans) elnevezst, amelynek rvidtse KM.
9.24. egyenlet
Mint lthat a KM azt mutatja meg, hogy milyen arnyban van az ES komplex ktirny elbomlsnak s egyirny
keletkezsnek az teme. Ms szval azt jelzi, hogy mennyire bomlkony az ES komplex. A 9.1. tblzat nhny
enzim-szubsztrt pr jellemz KM rtkt foglalja ssze.
9.1. tblzat: Nhny enzim Michaelis-konstans rtke
231
Enzimkinetika
9.25. egyenlet
9.26. egyenlet
Ahogy az egyszerbb modell 9.10. egyenlete nyomn mr jeleztk, az elrhet legmagasabb, Vmax sebessgi
rtket akkor kapjuk, ha az sszes enzim ES komplexben van, vagyis [ES] = [E]T. A 9.26. egyenletben szerepl
k2ET szorzat teht nem ms, mint a Vmax. Ennek figyelembevtelvel kapjuk a 9.27. egyenlet a kiemelten fontos
Michaelis-Menten egyenletet, ami a tovbbfejlesztett enzimkinetikai modell vgs egyenlete:
9.27. egyenlet
Vegyk szre, hogy ez az egyenlet formailag megegyezik a korbbi modell 9.11. egyenletvel, ezrt a 9.12. s
9.14. egyenletben ismertetettek szerint ez az egyenlet is sszhangban van a tapasztalattal. Abban a szubsztrt
koncentrci tartomnyban, ahol [S]<<KM, a V0 linerisan fgg [S] rtktl, mg abban a tartomnyban, ahol
[S]>>KM, a reakci mr nem fgg az [S] rtktl, s a maximlis, Vmax sebessggel zajlik.
Amennyiben az [S] rtke ppen megegyezik a KM szmrtkvel, akkor a reakci a Vmax felnek megfelel
sebessggel zajlik.
Formailag teht sok a hasonlsg, de az rtelmezsben lnyegi klnbsgek vannak. Vegyk szre, hogy az egyszer
modell KS llandja, s a tovbbfejlesztett modell KM llandja nem ugyanazt fejezik ki. A 9.28. egyenlet mutatja,
hogy a disszocicis lland jelleg KS egyenslyi lland hogyan szrmaztathat a k1 s k-1 sebessgi llandkbl.
9.28. egyenlet
Mint azt mr rtuk, a KS egyfajta affinitsi jellemz, amely jelzi, hogy az enzim milyen ersen kti a szubsztrtot.
A 9.28. s a 9.24. egyenlet sszehasonltsbl lthat, hogy a KM csak akkor lenne egyenrtk a KS llandval,
ha igaz lenne, hogy k2 << k-1, azaz ha az ES komplex termk irny talakulsnak az teme sokkal alacsonyabb
232
Enzimkinetika
lenne, mint a szubsztrt irny visszabomlsnak az teme. Mrpedig minl hatkonyabb egy enzim, annl inkbb
fordtott a helyzet, annl inkbb igaz, hogy k2 >> k-1.
Teht minl hatkonyabb az enzim, annl kevsb tekinthet a KM egyfajta enzim-szubsztrt affinitsi jellemznek.
Ez a fajta rtelmezs, mint mr emltettk, amgy is ellentmondana az enzimkatalzis termodinamikai lersnak.
Mg a KM s a KS nem feleltethet meg egymsnak, a tovbbfejlesztett modellben szerepl k2 sebessgi lland,
amennyiben az ES komplex valban egyetlen lpsben bomlik enzimre s termkre, megfelel az egyszerbb
modellben bevezetett kcat sebessgi llandnak. (Tbb tmeneti llapoton keresztl zajl, sszetettebb katalzis
mechanizmus esetn a kcat sebessgi llandt olyan egyenlet adja meg, amelyben minden egyes lps sebessgi
llandja szerepel). A kcat tulajdonkppen az enzimnek, mint kmiai kataliztornak a hatkonysgt jellemzi
attl az llapottl kezdve, amikor az ES komplex mr kialakult.
Vizsgljuk meg, hogy a 9.29. egyenlet s 9.30. egyenletek szerint mi a kcat sebessgi lland fizikai jelentse.
9.29. egyenlet
9.30. egyenlet
Mint lttuk, a maximlis sebessg a kcat s a teljes enzimkoncentrci szorzata. A 9.30. egyenlethez gy jutunk,
hogy elosztjuk a termk koncentrcivltozsnak 9.29. egyenletben kifejtett sebessgt a teljes enzim
koncentrcival. Mivel a termk s az enzim azonos oldattrfogatban vannak, az arny mennyisgek hnyadosa
lesz. Azt adja meg, hogy egyetlen enzimmolekula idegysgenknt hny termk molekula keletkezst katalizlja.
A kcat sebessgi llandt emiatt tviteli szmnak is nevezik, dimenzija 1/t, ahol t az idt jelli. A 9.2. tblzat
nhny reprezentatv enzim-szubsztrt prra vonatkoz kcat rtket mutat be.
9.2. tblzat: Nhny enzim tviteli szma
Termszetesen minl magasabb a kcat rtke, annl hatkonyabb az enzimreakci. Vegyk szre, hogy a
tovbbfejlesztett modellben, amennyiben a kcat = k2, ez a sebessgi lland a KM llandt definil trtben is
szerepel, mgpedig a szmllban. A magas kcat rtk teht nveli a KM llandt. Ugyanakkor az is belthat,
hogy minl alacsonyabb a KM rtke, annl hatkonyabb az enzim, annl alacsonyabb szubsztrt koncentrcin
ri el a fl-maximlis sebessget a reakci. Mindezek alapjn krds, hogyan jellemezhet legjobban az enzim
hatkonysga?
A leghatkonyabb enzimtl azt vrjuk, hogy mr nagyon alacsony szubsztrt koncentrcin is magas sebessggel
dolgozik, s magas az tviteli szma is. Mint mr kifejtettk, olyan alacsony szubsztrt koncentrci tartomnyban,
ahol [S]<<KM, a reakcisebessg linerisan fgg a szubsztrt koncentrcijtl. Ezt mutatja a 9.31. egyenlet.
233
Enzimkinetika
9.31. egyenlet
Az egyenletben szerepl kcat/KM hnyados egy msodrend reakci sebessgi llandja. Ez a hnyados mutatja
meg, hogy a legnehezebb szituciban, amikor a szubsztrt koncentrcija nagyon alacsony, mennyire hatkony
az enzim. A kcat/KM hnyadost emiatt katalitikus hatkonysgnak is szoktk nevezni. Ugyanez a hnyados
azt is megmutatja, hogy az enzim milyen mrtkben szelektv egy szubsztrton. Egy olyan oldatban, ahol
azonos, alacsony koncentrciban tbbfle szubsztrt is jelen van, az enzim ezeket a rjuk vonatkoz kcat/KM
rtkek arnyban fogja talaktani. A kcat/KM hnyadost ezrt specifitsi llandnak is szoktk nevezni.
Nzzk meg, hogy a modellnk szerint mi szab hatrt a katalitikus hatkonysgnak, mi jellemz a lehet
leghatkonyabb enzimekre. A 9.32. egyenletsorban 9.31. egyenletben szerepl kcat illetve KM llandkba
helyettestsk be a modellbl, illetve a defincibl add sebessgi llandkat.
9.32. egyenlet
Az egyenletrendszer jobboldali rsze szerint akkor, s csak akkor, ha a k2 >> k-1, a nevezben a k-1 tag
elhanyagolhat lesz, s a k2 taggal egyszersteni lehet. A k2 >> k-1krlmny azt jelenti, hogy az ES komplex
szinte kizrlag termk irnyba bomlik, a fordtott irnyban nem. A reakci kcat/KM rtke ekkor j kzeltssel
megegyezik k1 rtkvel. Ez teht azt jelenti, hogy ekkor kizrlag az enzim s szubsztrt ES komplexhez vezet
tallkozsnak teme szabja meg a reakci sebessgt. Magtl rtetd, hogy ennl gyorsabb a reakci nem is
lehet, hiszen nem keletkezhet nagyobb temben termk, mint amilyen temben ES komplex keletkezik az enzimbl
s a szubsztrtbl.
Els megkzeltsben a leghatkonyabb enzimek mkdsnek teht a diffzi szab hatrt, amely megszabja,
hogy milyen gyakran tallkozhat az enzim s a szubsztrt. A diffzi sebessge jl szmolhat a diffundl
molekulk mretnek s az oldat viszkozitsnak ismeretben. A 9.3. tblzat nhny tkletes enzim termszetes
szubsztrtokon meghatrozott kcat/KM rtkt foglalja ssze. A tblzat adatai arra utalnak, hogy az adott enzimatikus
reakcik sebessgt a diffzi hatrozza meg.
9.3. tblzat: Nhny enzim katalitikus hatkonysga
Egyes enzimreakcik esetben azonban kiderlt, hogy azok nagyobb sebessggel zajlanak, mint a szmolt
diffzi sebessge. Legalbb kt olyan krlmny ismert, amely ilyen jelensget eredmnyezhet. Egyes szubsztrtok
jelents tltssel brnak. Amennyiben az enzim szubsztrtkt felszne szintn jelents, a szubsztrtval ellenttes
tltssel br, gy a viszonylag tvolra hat elektrosztatikus klcsnhats, s annak orientl jellege miatt az
enzim szubsztrtkt helye s a szubsztrt hatkonyabban tall egymsra, mint azt az egyszer diffzi lehetv
tenn.
A msik lehetsget arra, hogy a szubsztrt ne egyszer diffzival tallkozzon az enzimmel, a multienzim
komplexek szolgltatjk. Az anyagcsere folyamatok sorn rendszerint szmos kztes termken keresztl alakul
t egy-egy kiindulsi anyag vgs termkk. Az egyik lpst katalizl enzim termke ilyenkor a soron kvetkez
234
Enzimkinetika
lpst katalizl enzim szubsztrtja. Amennyiben ezek az enzimek egy nagyobb multi-enzim komplex alegysgei,
gy a keletkez kztes termkek enzimrl enzimre adogatdhatnak anlkl, hogy az oldatba kerlve diffzival
jutnnak a soron kvetkez enzimhez.
235
Enzimkinetika
Ebbl kvetkezik, hogy minl alacsonyabb szubsztrt koncentrcin dolgozunk, arnyaiban annl nagyobb
sebessgcskkenst okoz azonos arny (pl. 10%-nyi) szubsztrt koncentrci cskkens. Jval a KM rtk alatti
szubsztrt koncentrci tartomnyban 10 %-os [S] cskkens ~ 10%-os V0 cskkenst eredmnyez, mg jval a
KM rtk feletti tartomnyban ennl lnyegesen kisebb mrtk a V0 cskkens. ltalnosan elfogadott javaslat,
hogy a kezdeti sebessget olyan mdon kell megmrni, hogy a mrs idtartama alatt a szubsztrt
koncentrcija 10%-nl kisebb mrtkben cskkenjen. Ilyen felttel mellett a mrt kezdeti sebessg rtke 10
% alatti hibval lesz meghatrozva.
A f kinetikai paramterek, teht a Vmax s a KM rtkek, meghatrozshoz klnbz kezdeti szubsztrt
koncentrcikon ([S]) mrjk meg a kezdeti sebessg rtkeket. Amennyiben megfelelen vlasztottuk meg
a szubsztrt koncentrci tartomnyt, gy a kezdeti sebessg rtkeket a szubsztrt koncentrci fggvnyben
brzolva a mrsi pontok egy teltsi grbre illeszkednek, ahogy azt a 9.1. bra jobboldalon szerepl grafikonja
illusztrlja.
A kinetikai paramterek minl pontosabb meghatrozshoz a kezdeti szubsztrt koncentrcit szles hatrok
kztt rdemes vltoztatni. Az [S] rtkvel rdemes a ~ 0,2 KM 5 KM tartomnyt legalbb 8 mrsi ponttal
lefedni. Azt, hogy pontosan milyen koncentrci tartomnyban kell mrni, termszetesen csak elzetes prblkozsok
alapjn lehet kiderteni, amelyek sorn becslst adhatunk a KM rtkre.
Miutn a fent emltett sszefggsek figyelembevtelvel meghatroztunk egy sereg [S] rtkhez tartoz V0 rtket,
minden informci rendelkezsnkre ll ahhoz, hogy ezeknek az elsdleges mrsi adatoknak az alapjn
meghatrozzuk a f kinetikai paramtereket, azaz a Vmax, akcat, s a KM rtkt.
Az els kinetikai vizsglatokra mg olyan korszakban kerlt sor, amikor nem lteztek szmtgpek, gy az
adatsorok kirtkelse lnyegesen nagyobb problmt jelentett. A 9.1. bra jobboldaln lthat grafikon esetben
az [S] - V0 fggvny egy teltsi grbe. Pusztn vizulis kirtkelssel termszetesen nem lehet megllaptani,
hogy ez az rtk milyen maximlis, teht Vmax rtkhez tart. Ugyanilyen okbl azt sem lehet ilyen mdon
megllaptani, hogy a Vmax/2 rtkhez tartoz szubsztrt koncentrci, amely megegyezik a KM rtkvel, mekkora.
Szmtgpek hinyban a hiperbolhoz val illeszts igen nehzkes volt.
Az ilyen nem lineris sszefggsek kirtkelsre, tipikus megoldsknt a kvetkez eljrst vezettk be. A
mrt adatokra vonatkoz sszefggs egyenlett gy alaktottk (transzformltk) t, hogy annak formja lineris
legyen, vagyis a szrmaztatott adatok grafikus brzolsakor a pontok egyenesre essenek. gy a problma
leegyszersdtt egy egyenes illesztsi feladatra, amelyet szmtgp nlkl is el lehetett vgezni. A kinetikai
paramterek meghatrozsra ma mr nem ezt a mdszert alkalmazzk (hanem szmtgpes programokkal nemlineris regresszival illesztenek, lsd ksbb), mgis fennmaradt ez az eljrs, mert mint a ksbbiekben ltni
fogjuk, enzim gtlsok esetn a linearizlt egyenletek grafikonjai vilgosan megmutatjk, hogy a vizsglt inhibitor
milyen mechanizmussal gtolja az enzimet.
A Michaelis-Menten kinetikt ler 9.27. egyenlet legelterjedtebb linearizlst Hans Lineweaver s Dean Burk
vezette be. Az ltaluk javasolt transzformls a rluk elnevezett Lineweaver-Burk egyenlethez vezet (lsd 9.35.
egyenlet). A transzformls a kvetkezkppen trtnik.
Vesszk a 9.27. egyenlet mindkt oldalnak reciprokt, ami a 9.33. egyenlethez vezet.
9.33. egyenlet
A 9.34. egyenletet gy kapjuk, hogy felbontjuk a 9.33. egyenlet jobboldaln szerepl trt szmlljt.
9.34. egyenlet
Ekkor a 9.34. egyenlet jobboldaln lv msodik tagban szerepl trtet egyszersteni lehet, ami a 9.35. egyenlethez
vezet.
236
Enzimkinetika
9.35. egyenlet
Az ehhez az egyenlethez tartoz grafikon nem ms, mint a 9.1. bra jobboldali rszn tallhat grafikon
kettsreciprok formja. Mg ott a V0 rtkeket brzoltuk az [S] fggvnyben, itt az 1/V0 rtkeket brzoljuk
a 1/[S] fggvnyben. Mint ahogy azt a 9.3. bra is illusztrlja, a 9.35. egyenlet grafikonja egy egyenes.
Az egyenes ltalnos egyenlete, Y=a*X+b szerint itt Y=1/V0; X=1/[S]; a=KM/Vmax s b=1/Vmax. Az egyenes
meredeksge, a (ami nem ms, mint az egyenes X-tengellyel bezrt szgnek tangense) teht megadja a
KM/Vmax rtket, az Y tengely metszete (ahol X, teht 1/[S] rtke 0) megadja az 1/Vmax rtket, mg az X-tengely
metszete, (ahol Y, teht 1/V0 rtke 0) megadja a 1/KM rtket.
A meredeksg, s brmelyik tengelymetszet alapjn teht mind a Vmax, mind a KM rtk meghatrozhat. Ez a
megolds ugyan elegnsan egyszer, de az ezzel az eljrssal trtn kirtkels komoly hibkhoz vezethet. A
kettsreciprok brzolsban a legkisebb szubsztrt koncentrcikhoz tartoz legkisebb, ezrt hatatlanul a legnagyobb
mrsi hibval meghatrozott, kezdeti sebessgadatok reciprokai lesznek a legnagyobb szmrtk mrsi adatok.
gy ezek befolysoljk legnagyobb mrtkben az illesztett egyenes paramtereit.
Emiatt mind a KM, mind
pedig a Vmax gy meghatrozott rtke pontatlan lehet.
A szmtgpek elterjedsvel j megolds szletett az adatok kirtkelsre. Ez a nem-lineris regresszi. Ennek
sorn az elsdleges, [S] - V0 adatsorhoz illesztnk megfelel szoftver alkalmazsval a 9.27. egyenletnek
megfelelen derkszg hiperbolt. A program egy algoritmus alapjn, iteratv mdon megkeresi azt a Vmax; KM
adatprt, amelyek 9.27. egyenletbe trtn behelyettestsvel kapott fggvnyre a mrsi pontok a legkisebb
eltrssel illeszkednek.
A legtbb kirtkel program ignyli, hogy megadjunk egy-egy Vmax illetve KM rtket, amellyel elindtja az
iteratv optimumkeresst. Amennyiben tudjuk, hogy a mrs sorn mekkora volt a bemrt enzim [E]T koncentrcija,
gy a kirtkels sorn kapott Vmax rtk ismeretben a 9.26. egyenlet alapjn a Vmax rtket az [E]T rtkvel
elosztva megkapjuk az tviteli szmot, vagyis a kcat rtkt is.
rdemes megjegyezni, hogy amennyiben csak a kcat/KM hnyadost, teht a katalitikus hatkonysgot kvnjuk
megmrni, gy az kzvetlenl, akr egyetlen mrssel is meghatrozhat. A 9.31. egyenlethez vezet gondolatmenet
alapjn amennyiben a V0 rtket a KM rtknl nagysgrendekkel alacsonyabb szubsztrt koncentrcin hatrozzuk
meg ismert [E]T bemrsi enzim koncentrcin, gy a 9.31. egyenlet alapjn a kcat/KM hnyados kzvetlenl
237
Enzimkinetika
meghatrozhat. Ezt a fajta mrst azonban csak olyan enzim-szubsztrt proknl lehet elvgezni, amelyeknl a
keletkez termk nagyon nagy rzkenysggel mrhet, hiszen nagyon alacsony szubsztrt koncentrcin mrve
nagyon alacsony termk koncentrcikat kell pontosan meghatroznunk az id fggvnyben.
9.36. egyenlet
A kt egyensly egymstl nem fggetlen, hiszen az azokban kialakul ES s EI komplexek ugyanazzal a szabad
E enzimmel tartanak egyenslyt. Az inhibitor koncentrci nvelsvel az EI koncentrci nvekedse csak az
ES koncentrci cskkensvel valsulhat meg, s fordtva, a szubsztrt koncentrci nvelse csak az EI komplex
koncentrcijnak rovsra nvelheti az ES komplex koncentrcijt. A kompetitv gtls a 9.4. bra szemllteti.
238
Enzimkinetika
9.37. egyenlet
9.38. egyenlet
Jl lthat, hogy inhibitor hinyban az rtke 1, teht visszakapjuk az eredeti egyenletet, mg inhibitor jelenltben
az rtke egy egynl nagyobb szm. Minl nagyobb mrtkben haladja meg az inhibitor koncentrcija a KI
disszocicis lland rtkt, annl nagyobb az rtke. A 9.37 egyenlet vilgosan jelzi, hogy amennyiben a
kinetikai paramtereket kompetitv inhibitor jelenltben hatrozzuk meg, gy az gy kapott Vmax rtk megegyezik
majd az inhibitor tvolltben zajl ksrletekbl kapott rtkkel, mg a KM rtke magasabb lesz, mint inhibitor
hinyban. Mivel ennl a gtlsi tpusnl az inhibitor verseng a szubsztrttal, intuitven belthat, hogy kellen
magas, vgtelen szubsztrt koncentrcin az inhibitor jelenlte elhanyagolhat lesz, teht a Vmax rtk nem
mdosul, ugyanakkor a fl-maximlis sebessghez tartoz szubsztrt koncentrci, amely megadja a KM szmrtkt,
magasabb lesz, mint inhibitor hinyban. A 9.37. egyenlet ppen ezt fejezi ki.
Amennyiben a ketts reciprok brzolshoz trendezzk a 9.37 egyenletet, a 9.35 egyenlet prjaknt a 9.39.
egyenlethez jutunk.
9.39. egyenlet
Az ehhez tartoz, a 9.5. brn bemutatott grafikon vilgosan mutatja, hogy inhibitor jelenltben a ketts reciprok
brzolsban a gtolatlan esethez kpest nagyobb meredeksg egyeneseket kapunk, de az Y-tengely metszete
nem vltozik. A grafikon jl mutatja a ketts reciprok brzols elnyt abban, hogy ltvnyosan jelzi, milyen
gtlsi mechanizmusba tartozik az inhibitor.
239
Enzimkinetika
240
Enzimkinetika
9.40. egyenlet
9.41. egyenlet
A 9.40 egyenletben szerepl jelentse a 9.38 egyenletben szereplvel analg, s a 9.42. egyenlet mutatja.
9.42. egyenlet
9.43. egyenlet
241
Enzimkinetika
meredeksge nem vltozik. Megemltend, hogy, br ez a gtls is reverzibilis, az unkompetitv gtlszer hatsa
nem fggeszthet fel a szubsztrt-koncentrci nvelsvel!
9.44. egyenlet
9.45. egyenlet
242
Enzimkinetika
9.9. bra: A vegyes tpus gtls Lineweaver-Burk fle ketts reciprok brzolsa
Kettsreciprok brzolsban teht mindhrom gtlsi tpushoz jellegzetesen eltr grafikon tartozik. Ezeknek
a grafikonoknak a gtolatlan reakci grafikonjtl val eltrse diagnosztikus rtkkel br, elrulja, hogy milyen
tpus az inhibitor.
Megjegyzend, hogy a vegyes gtls mellett a kevert tpus gtls msik inkbb csak elmletben ltez
varinsa a non-kompetitv gtls. Ez egy olyan eset, amikor az inhibitor azonos affinitssal ktdik a szabad
enzimhez s az ES komplexhez. Ekkor ktfle rtk helyett is csak egyetlen szerepel, gy belthat, hogy a 9.9.
brn szerepl grafikon gy mdosul, hogy a klnbz inhibitor koncentrcikhoz tartoz egyenesek az X-tengelyt
mind egy pontban metszik (hiszen a 1/KM szorzja / =1), mg az Y-tengely metszetek rendre az / Vmax
rtkekre esnek.
Az egyes tpusok esetben az , illetve rtkek termszetesen az egyenletek, illetve grafikonok alapjn
meghatrozhatk, s ezeken keresztl a megfelel gtlsi llandk is kiszmthatak.
243
10.1. Monoszacharidok
Az egyszer cukrok legalbb hrom hidroxilcsoportot tartalmaz aldehidek s ketonok, melyek sejtes krlmnyek
kztt elssorban gyrs piranz vagy furanz formban (intramolekulris hemiacetl s hemiketl) vannak
jelen. Ebben az e-knyvben a nylt lnc formval nem foglalkozunk. Nem trnk ki kln a gyrs formk
konformcis llapotaira sem. brzolsmdjuknl a Haworth-projekcit kvetjk, ami egy egyszer
hromdimenzis perspektivikus szerkezeti kpletet jelent (lsd 10.1. bra).
A poliszacharidokban s az sszetett sznhidrtokban a monoszacharidok hidroxil- s aminocsoportokon keresztl,
kondenzcis reakciban kialakul glikozidos-ktssel kapcsoldhatnak egymshoz illetve az sszetett
sznhidrtokban a fehrjkhez, lipidekhez. A hidroxilcsoporton keresztl ltrejtt ktsek neve O-glikozidos, az
aminocsoporton keresztli pedig N-glikozidos.
A biolgiailag fontos monoszacharidok kzl a 10.1. tblzat sorol fel nhnyat, a rvidtskkel s a biokmiban
hasznlt szimblumukkal egytt. A 10.1. bra nhny hexz cukorszrmazk kplett mutatja.
A 10.1. tblzatban felsorolt monoszacharidok kzl valsznleg nem szksges klnsebben bemutatnunk a
glkzt (aldo-hexapiranz; szlcukor; rvidtse: Glc s nem Glu, hogy ne keverjk ssze a glutaminsav
rvidtsvel), a fruktzt (keto-pentafuranz; gymlcscukor; Fru), a galaktzt (a Glc C-4 epimerje, a tejcukor
egyik komponense; Gal), a ribzt (aldopentz; Rib) s dezoxi-prjt, a dezoxiribzt. Kzlk a legdesebb a
fruktz, majd cskken sorrendben a szacharz, glkz s a galaktz. (Ezt a tulajdonsgot kstol szemlyek
rzkelse alapjn, relatv skln llaptjk meg, melyben az egysg dessge a diszacharid szacharznak van.)
rdekessgknt megjegyezzk, hogy vannak des fehrjk is, pldul egy afrikai gymlcsbl izollt fehrje, a
taumatin 2000-szer desebb a ndcukornl (szacharz).
10.1. tblzat: Nhny biolgiailag fontos monoszacharid
244
Sznhidrtok
A mannz (aldohexz, a Glc C-2 epimerje; Man) elssorban glikoproteinek cukorkomponenseknt ismert. A
beplst katalizl enzim mutcija genetikai betegsget okoz (kongenitlis glikozilcis rendellenessg). Az
arabinz, ellenttben a termszetben preferlt D-cukrokkal (lsd 2.2.2. fejezet) a termszetben a polimerjeiben
(hemicellulz s pektin) is az L-izomer formban van jelen. A xilz egy aldopentz, a szemicellulz elanyaga,
ezltal a biomasszban a legnagyobb mennyisgben elfordul monoszacharid. A ramnz s a fukz dezoxicukrok.
Az elbbi nvnyi poliszacharidokban s a tuberkulzist okoz baktrium kls sejtfalban, az utbbi sejtfelszni
glikoproteinekben fordul el.
245
Sznhidrtok
10.2. Diszacharidok
A fontosabb diszacharidokat a 10.2. bra mutatja be, a glikobiolgiban hasznlt szisztematikus elnevezskkel
egytt.
A cukoregysgek, legyen sz akr di-, akr oligo- s poliszacharidokrl, O-glikozidos ktssel kapcsoldnak
egymshoz. A tejcukorban (laktz) pldul egy -D-galaktz C-1 sznatoma van glikozidos ktsben a -D-glkz
C-4 hidroxiljval, a ltrejtt diszacharid neve: -D-galaktopiranozil-(14)--D-glkopiranz (rvidtve:
Gal(14)Glc).
A maltacukorban (maltz) kt -D-glkz kapcsoldik egymshoz, szintn 14 glikozidos ktssel, ezrt a
szisztematikus elnevezse: -D-glkpiranozil-(14)-D-glkopiranz (Glc(14)Glc).
10.3. Poliszacharidok
A fontosabb homo- s heteropoliszacharidok jellemz tulajdonsgait a 10.2. tblzatban foglaltuk ssze.
10.2. tblzat: Poliszacharidok
246
Sznhidrtok
247
Sznhidrtok
248
Sznhidrtok
10.3.1. Glikzaminoklignok
A glikzaminogliknok (GAG, rgebbi elnevezssel mukopoliszacharidok) ismtld diszacharid egysgekbl
felpl lineris heteropolimerek (lsd a hialuronsav a 10.2. tblzatban), a fibrillris fehrjkkel (kollagn,
elasztz, fibronektin) egytt az extracellulris mtrix fontos sszetevi. A GAG lncok a hialuronsav (hialuront)
kivtelvel, amely akr 50.000 egysgbl is llhat, 20-90 diszacharidbl plnek fel. A diszacharid egyik
komponense mindig GlcNAc vagy GalNAc, a msik pedig ltalban valamilyen karboxilcsoportot tartalmaz
cukorszrmazk (pl. GlcA). Gyakran tartalmaznak szterktssel kialakul szulftcsoportokat is, ami a karboxilokkal
egytt nagy negatv tltst eredmnyez. A molekuln belli taszt klcsnhatsok nyjtott trszerkezetet hoznak
ltre.
A tltsmintzat informcit hordozhat, ami lehetv teszi, hogy specifikusan ktdhessenek fehrjkhez.
Legfontosabb kpviselit a 10.7. bra mutatja be, kln kiemelve a heparin trszerkezett (ami egy termszetes
vralvadsgtl szer, a biomolekulk kztt a legnagyobb negatv tltssrsggel br, s a protez-inhibitor
antitrombin aktivlsn keresztl hat).
249
Sznhidrtok
10.4. Glikokonjugtumok
A cukor s egyb biomolekulk kztt kovalens ktssel ltrejv sszetett polimereket nevezzk
glikokonjugtumoknak.
Az eubaktriumok sejtfalt felpt egyetlen rismolekulban, a peptidogliknokban (rgebbi neve murein)
poliszacharid lncokat ktnek ssze rvid peptidszakaszok. Az extracellulris mtrix egyik f komponense, a
proteogliknok esetben egy kzponti fehrjhez (core protein) kapcsoldnak GAG lncok. A glikoproteineknl
a polipeptidlnchoz vltozatos felpts oligoszacharidok kapcsoldnak. A sejtmembrn kls oldaln tallhatk
(integrns membrnfehrjkben csak az extracellulris oldalon lv polipeptidlnc rszhez kapcsoldnak!), az
organellumoknl viszont a sejtkompartmentum belseje fel nznek. A cukorrszek vltozatossga teszi lehetv,
hogy mind a proteogliknok, mind a glikoproteinek informcihordoz makromolekulk lehessenek. A
glikolipidekkel a 11.2.2. fejezet foglalkozik.
10.4.1. Peptidogliknok
A peptidoglikn GAG lncaiban 14 glikozidos ktssel sszekapcsolt N-acetil-glkzamin (GlcNAc; vagy
NAG) s N-acetil-neuraminsav (Mur2Ac vagy NAM) egysgek vltakoznak. A Mur2Ac protomerekhez kapcsoldik
egy fajspecifikus tetrapeptid lnc (pldul a Staphylococcus aureus-ban: L-Ala-D-Glu-L-Lys-D-Ala), amelyet
egy pentaglicin kereszthd kapcsol egy szomszdos lnchoz, ezzel trhlstva a sejtfalat (lsd 10.8. bra).
Megjegyzend, hogy a murein szintzis utols lpst katalizl transzpeptidz enzimet gtoljk a penicillin
antibiotikum s szrmazkai. (A transzpeptidz a pentaglicin terminlis Gly s a GAG lncra szintetizldott
tetrapeptid terminlis D-Ala aminosav kztti peptidkts ltrejttt katalizlja, ltrehozva a kereszthidakat).
Szintn rdemes megemlteni, hogy a lizozim enzim (a nyl s a knny antibakterilis enzime) a sejtfal GAG
lnct a NAG s NAM egysgek kztti glikozidos kts hidrolzisvel teszi tnkre.
250
Sznhidrtok
10.4.2. Proteogliknok
A proteogliknok jelentsgt mutatja, hogy emlskben legalbb 40-fle fordul el, melyek a kzponti
fehrjeegysgben s a hozz kapcsold GAG lncokban is klnbznek. A GAG lncok ltalban tetraszacharid
linkeren keresztl kapcsoldnak a polipeptidlnc egyik Ser oldallnchoz (O-glikozidos ktssel), mint azt a
10.9. bra szemllteti.
251
Sznhidrtok
10.9. bra: A szindekn s glipikn proteogliknok. Az bra fels rszn a kondroitin-szulft s a linker
oligoszacharid szerkezete lthat.
Az szindekn s a glipikn csald core proteinjei membrnfehrjeknt szintetizldnak, de miutn az extracellulris
rgijukhoz 3-5 heparn-szulft (vagy keratn-szulft) kapcsoldott, az n. ektodomn (extracellulris domn) le
is hasadhat (lsd 10.9. bra). Az bra tansga szerint a szindekn integrns memrnfehrje, mely egy
transzmembrn -hlixszel, mg a glipikn n. membrnhorgonnyal kapcsoldik a membrnhoz (a
membrnfehrjkre visszatrnk a 17.4. fejezetben). A cukorlncokon keresztl mindkt proteoglikn specifikusan
ktdhet sejtfelszni receptorokhoz, n. ko-receptorknt funkcionlhat, vagy az extracellulris mtrix (ECM) egyes
fehrjihez ktdve tlthet be fontos szablyoz, szvetorganizl szerepet.
A proteogliknok hialuronsavhoz kapcsoldva szupramolekulris komplexeket is kpezhetnek. Az aggreknban
egy 250 kDa-os kzponti fehrjhez szmos kondroitin- s heparn-szulft GAG lnc kapcsoldik. Ezek a dekorlt
fehrjelncok kapcsoldnak a hossz hialuronsav lnchoz, ~2 108 Da (200 MDa) molekulatmeg aggregtumokat
ltrehozva (lsd 10.10. bra). Az aggrekn aggregtumok kapcsoldnak a kollagn fibrillumokhoz s ms ECM
komponensekhez, s fleg a porcszvetben tltenek be kiemelt szerepet.
252
Sznhidrtok
10.4.3. Glikoproteinek
A glikoproteinekben egy vagy tbb oligoszacharid lnc (az anomer C-n keresztl) kovalensen ktdik a
polipeptidlnchoz. A cukorrsz a fehrje tmegnek 1-70%-a lehet. Az oligoszacharidok ktfle mdon
kapcsoldhatnak: N-glikozidos ktssel Asn oldallnchoz (N-kapcsolt), O-glikozidos ktssel pedig Ser vagy
Thr hidroxilcsoporthoz (O-kapcsolt) (lsd 10.11. bra).
Az O-kapcsolt aminosav krnyke sok Gly, Val, Pro aminosavat tartalmaz, mg az N-kapcsolt rgi konszenzus
szekvencija: Asn-{Pro}-(Ser, Thr) (a kapcsos zrjel azt jelenti, hogy brmilyen aminosav lehet az adott a
pozciban, ebben az esetben Pro kivtelvel). Az elz kt sszetett sznhidrt csoporthoz kpest a
glikoproteinekben a cukorrszek ugyan kisebb mennyisgben vannak jelen, de ezek sokszor elgazak s tbbfle
monoszacharidot tartalmaznak (lsd cukorkd, 10.5. fejezet).
253
Sznhidrtok
10.12. bra: Az eritropoetin trszerkezete. Az oligoszacharid egysgeket ikonokkal brzoltuk (PDB: 1BUY)
Rviden megemltjk, hogy az ABO vrcsoportok megklnbztetse a vrsvrtestek membrnjban elhelyezked
glikoprotein (s glikolipid) glikncsoportjn alapszik (lsd 10.13. bra).
Az A- s B-antign egy extra monoszacharid-csoportot tartalmaz, ami vagy GalNAc (A) vagy Gal (B). A genetikai
htteret egy glikoziltranszferz enzim allljei adjk: a 0 vrcsoport esetn egy ideltti stop kodon miatt nem
keletkezik aktv enzim. Az A- s B-izoenzim 4 aminosavban klnbzik 354-bl, aminek eltr szubsztrtspecifits
lesz a kvetkezmnye.
254
Sznhidrtok
informcit hordozhatnak ezt nevezik manapsg cukorkdnak. Az informcitartalom mretre egy plda:
20 fle monoszacharidbl 6,4 107 hexamert (ez a glikoproteinek oligoszacharid-csoportjainak tlagos monomer
szma) lehet alkotni.
Az oligoszacharid-csoportoknak szerepk lehet a fehrjk intracellulris clbajuttatsban (targeting), a sejt-sejt
kapcsolatok kialaktsban, a sejt- s szveti differencildsban s ltalban az extracellulris jeltovbbt
rendszerekben.
A cukorkd megfejtst az tette lehetv, hogy az oligoszacharid-csoportokat szekvenlni lehet, azaz a
glikoproteineken (glikolipideken) a cukoregysgek sorrendjt, elgazsait meg lehet hatrozni. A szekvenls
alapja, hogy az olioszacharidokat specilis N- s O-glikozid specifikus glikozilz enzimekkel le lehet hastani a
glikokonjugtumokrl. A hidroliztum komponensei szeparls utn tmegspektrometrival azonosthatk. Az
10.14. bra egy tmegspektrogramot mutat be (a 7 s 19 monomer kztti mret oligoszacharidok tmegt s
sszettelt is feltntettk). Egy organizmus teljes cukorkszletvel, belertve az glikroproteinek glikn-csoportjait
is, a rendszerbiolgia rsze, a glikomika foglalkozik.
255
Sznhidrtok
Sok lektin homotetramer, mint pldul a nvnyi eredet konkanavalin-A. A nvnyi lektinek szerepe nem
teljesen tisztzott (taln a rovarok elriasztsa a magok elfogyasztstl), de glikoprotein-specifitsukat ki lehet
hasznlni gliknok s glikokonjugtumok izollsra affinits-kromatogrfival.
A ricin magjban elfordul ricin az egyik legersebb fehrjemreg. A fl-letlis dzisa (LD50) 1,7 mg/felntt.
(A ricin kt, diszulfidhddal sszekttt lncbl ll. A B-lnc egy lektin, ami elsegti a fehrje sejtekbe jutst.
Az A-lnc egy rendkvl specifikus N-glikozidz, amely egyetlen adenint lehastva az eukarita riboszma 28S
RNS komponensrl inaktivlja a riboszmt. Az utbbi tulajdonsga magyarzza, hogy a RIP, azaz riboszma
inaktvil protin toxinok csaldjba tartozik)
A szelektinek Ca2+-kt sejtadhzis molekulk (CAM: cell adhesion molecule). Szerepkre szp plda a
vrlemezek (platelet) s endotl sejtek felsznn tallhat P-szelektinek (platelet-tpus) s L-szelektinek (leukocitatpus), melyek ketts kapcsolatot ltestenek a vrednyek endotlsejtjei s az rfal mentn grdl neutrofil
limfocitk sejtfelszni glikoproteinjeivel. Ez a klcsnhats, kiegszlve az integrin transzmembrn fehrjk sejtsejt klcsnhatsaival, gyullads szignl hatsra alakul ki, lelltja a kering fehrvrsejtet, amely aktv mozgssal
kiprseldik az endotlsejtek kztt (extravazci), hogy a fertzs helyn gyulladst okozzon.
A szelektinek terminlis szilsavat tartalmaz glikoproteinekhez ktdnek. A szilsav az n. szialil-Lewis-X
tetraszacharid antign (Neu5Ac(23)Gal(14)Fuc(13)GlcNAc) rsze. Ez az antign az tttre hajlamos
tumorsejtek felsznn is megjelenik, ezrt a szelektin-szilsav klcsnhats (lsd 10.15. bra) gtlsa gretes
gygyszerclpont.
10.15. bra: Egy szelektin s a szialil-Lewis-X antign komplexnek trszerkezete. A fehrjt szalaggal, a
ligandumot golykkal brzoltuk. A szilsav piros, a tbbi cukoregysg zld, a ligandumktsben rsztvev Ca2+
srga (PDB: 1G1R).
A fenti folyamat molekulris rszleteit (belertve a sejten belli molekulris trtnseket, a gnaktivcit, a
transzlcit, a citokinek kijutst a sejtbl, a citoszkeleton talakulst, a sejtfelszni CAM fehrjk kapcsoldst)
mutatja be a fggelkben megtekinthet Inner Life of a Cell cm 1. animci.
256
Sznhidrtok
A mannz-6-foszft egy fehrje lokalizcis szignl, a hordozja vgs soron a lizoszmba fog kerlni. A mannz6-foszft-receptor a fehrjk clbajuttatsban (protein targeting) fontos szerepet betlt organellum, a Golgikomplex membrnjban lokalizldik. A receptor extracitoplazmatikus domnje (amely a Golgi-komplex belseje
fel nz) s a cukorcsoport kztti klcsnhatst a 10.16. bra szemllteti. A Man-6-foszft megktsben egy
mangnionnak is szerepe van. Az brn feltntettk a cukorcsoport s a receptor ligandum-kt oldallncai kztt
kialakul H-hidakat. A lizoszmban a ligandum disszocil a receptorrl, mivel, a savany pH-n az egyik hisztidin
(His105) imidazol oldallnca protonldik, ezltal megsznik egy H-hd klcsnhats, ami az affinits cskkensvel
jr.
257
Sznhidrtok
10.17. bra: Influenza vrus s a gazdasejt kapcsolata (A) s hemagglutinin fehrje szerkezete (B) (PDB:
1HGD)
A cukorkd sokoldal szerept a lektinek mkdsben a 10.18. bra foglalja ssze.
258
Sznhidrtok
259
260
Lipidek s biomembrnok
Szmos vizsglat azt mutatja, hogy az omega-6 s az omega-3 PUFA-k arnya az elfogyasztott telekben kihat az
egszsgi llapotra. Minl jobban eltoldik ez az arny az omega-6 zsrok fel, annl magasabb a kardiovaszkulris
betegsgek kialakulsnak veszlye. Az optimlis arny 1:1 s 4:1 kztt van, viszont az tradicionlis eurpai s
amerikai tkezsnl ez az arny 10:1 s 30:1 kztt van. A mediterrn konyha telei (olivaolaj, halolaj) viszont
tbb EPA-t s DHA-t tartalmaznak, ami kedvez lettani hats.
11.2. tblzat: Nhny fontosabb zsrsav
A trigliceridek (neutrlis zsrok) a glicerin mindhrom alkoholos hidroxiljn szterestett szrmazkai, az llatok
s sok nvny (olajos magvak) legnagyobb mennyisgben rendelkezsre ll energiaraktroz vegyletei. A
legtbb triglicerid kevert, azaz hromfle zsrsavat tartalmaz (lsd 11.1. bra).
Mi a zsrok (s olajok) elnye a poliszacharid energiaraktroz vegyletekkel szemben? Egyrszt, mivel
redukltabbak, tbb energit lehet kinyerni bellk a sejtlgzs sorn (a zsr energiatartalma: 37 kJ/g, a sznhidrt:
17 kJ/g). Msrszt hidrofbok rvn nincs hidrtburkuk, kvetkezskppen a trolsuk kevesebb vizet ignyel (1
g glikogn 2 g vizet vesz fel). Ezrt az emlsk sokkal tbbet tudnak trolni zsrbl, mint sznhidrtbl (egy nem
tlslyos ember 15-20 kg zsrt hordoz, amely tbb hnapra elegend energit trol, mg a mj s izom
sznhidrtraktraiban csak egy napra elegend tartalk van).
Emltsnk meg a trigliceridek kapcsn is egy fontos tpllkozsbiolgiai tnyt. A zsrokat s olajokat egyes
esetekben az avasods megakadlyozsa, ms esetekben az olvadsi pont emelse rdekben (a margarin ezrt
szilrd, holott nvnyi olajokat tartalmaz) rszlegesen hidrognezik, mieltt kikerlnek az zletek polcaira.
Nhny teltetlen kts reduklsa mellett a kellemetlen mellkreakci, a cisz-kettsktsek transz-teltetlen
ktss alakulsa, ugyanis ezek a mdostott zsrok szintn kardiovaszkulris betegsgek kialakulshoz vezethetnek.
Negatv hatsukat tbbek kztt azzal fejtik ki, hogy nvelik a vrben a rossz koleszterinszllt lipoprotein, az
LDL (low density lipoprotein) mennyisgt a j koleszterinszllt HDL (high density lipoprotein) rovsra. A
fast food elksztshez hasznlt hidrognezett olajok is a fenti oknl fogva szerepelnek a kerlend lelmiszerek
listjn.
261
Lipidek s biomembrnok
262
Lipidek s biomembrnok
263
Lipidek s biomembrnok
A ceramid szabadon ritkn fordul el, a tbbi szfingolipid szintzisnek kztes termke. A szfingomielinnek, a
foszfatidil-kolinhoz hasonlan (amihez a trszerkezete nagyon hasonlt) a fejcsoportban pozitv tltse is lehet, a
foszftcsoport negatv tltsn kvl. Nagy mennyisgben van jelen a mielinhvellyel rendelkez idegsejtek
membrnjban (innen ered a nevk is).
11.2.2. Glikolipidek
A glikoszfingolipidek fejcsoportjn a cukoregysgek mindig a membrn kls oldala fel nznek, hasonlan a
glikoproteinek cukorcsoportjaihoz (lsd 10.4.3. fejezet).
A cerebrozidokban a cukoregysg az idegsejtek membrnjban galaktz, a tbbi sejttpusnl glkz. Nevezik
ket neutrlis glikolipideknek is, mivel a foszftcsoport hinya miatt a fejcsoporton nincs tlts. A gangliozidok
a legkomplexebb szfingolipidek, mivel oligoszacharid-csoportot tartalmaznak. A cukrok kztt mindig van
terminlis szilsav (a GM tpusokban egy). A GM2 gangliozidban pldul a szfingozinhoz egy tetraszacharid
kapcsoldik, s az gy ltrejv szfingolipid szisztematikus neve: -D-GalNAc-(14)-[-Neu5Ac-(23)]--DGal-(14)--D-Glc-(11)-N-oktadekanoilszfingozin (lsd 11.6. bra).
A glikoszfingolipidek ugyanazokat a vrcsoport antigneket hordozhatjk (pl. AB0), mint a glikoproteinek (lsd
10.4.3. fejezet).
A glikoszfingolipidek a membrn kls rtegben dsulnak fel, s nem csak szerkezeti szerepk van, hanem rszt
vehetnek jeltovbbtsi rendszerekben is. A gangliozidok sszettele jelents vltozson megy keresztl az
egyedfejlds sorn, s rdekes mdon a rkos sejtek felsznn is, akr diagnosztikus jelentsggel br specifikus
gangliozid mintzat jelenhet meg. Lebomlsuk hinya genetikai betegsghez vezethet plda erre az askenzi
zsidsg krben gyakori recesszv rklds Tay-Sachs betegsg, amit a gangliozid cukorcsoportjait lehast
egyik enzim, a hexzaminidz-A hinya vlt ki. Az idegsejtekben felhalmozdik a GM2 gangliozid, ami vgs
soron mentlis leplshez s hallhoz vezet.
264
Lipidek s biomembrnok
11.6. bra: GM2 gangliozid szerkezete. A tetraszacharid-csoport szerkezeti kplett (bal oldali keret) s a standard
smjt is brzoltuk (az ikonok lerst lsd 10.1. tblzat).
A lipopoliszacharidokban a cukoregysgek kzvetlenl zsrsavakhoz kapcsoldnak. Elssorban a Gram-negatv
baktriumok kls membrnjban fordulnak el. A gerinces immunrendszer antitesteket termel ellenk. Egyes
bakterilis lipopoliszacharidok lipid sszetevje endotoxinknt n. toxikus sokk szindrmt okozhat.
11.2.3. Koleszterin
A membrnalkot lipidek harmadik csoportjnak prominens kpviselje a koleszterin, egy szternvzas vegylet.
A szterolok kz tartozik, mivel a gyr 3-as sznatomjn egy hidroxilcsoport tallhat, amely a glicerofoszfolipidek
s szfingolipidek fejcsoportjval lphet nem-kovalens klcsnhatsba. A szteroid gyr 17-es sznatomjhoz egy
nyolc sznatomos alkillnc kapcsoldik. A szerkezetbl kvetkezik, hogy a membrn kettsrtegben a
zsrsavlncokkal prhuzamosan helyezkedik el (lsd 11.7. bra).
A koleszterin szerepe elssorban a membrn fluiditsnak cskkentse: minl nagyobb koncentrciban van
jelen (idegsejtekben ez akr 25% is lehet), annl kevsb flfolykony a membrn (lsd 11.5.1. fejezet), mivel
gtolja a zsrsavcsoportok szabad laterlis mozgst. Ezen kvl szmos szternvzas biomolekula (epesavak, Dvitamin, szteroid hormonok) elanyaga.
Kztudoms, hogy a vr magas koleszterinszintje (hiperkoleszterinmia) relmeszesedshez (ateroszklerzis),
s ezen keresztl klnbz kardiovaszkulris betegsgekhez vezethet. A magas koleszterinszintet okozhatja tlzott
koleszterin bevitel, vagy a koleszterin szintzisnek, szlltsnak illetve feldolgozsnak a zavara. Ez abban is
jelentkezik, hogy a koleszterint (rszben koleszterin-szter formjban) a mjbl az egyb szvetek fel szllt
LDL (low density lipoprotein) rszecskk mennyisge megnvekedik a vrben. A koleszterin s egyb lipidek
lerakdsa az artrik falban, n. ateroszklerotikus plakkok kialakulshoz, s egy immunfolyamat kvetkeztben
krnikus rfal gyulladshoz vezet.
265
Lipidek s biomembrnok
11.2.4. terlipidek
Vgl szlnunk kell a membrnalkot lipidek egy klnleges csoportjrl, az terlipidekrl, amelyekben a zsrsavak
nem szter, hanem terktssel kapcsoldnak a glicerinhez. Az llatokban a plazmalogn a szvizomszvet
membrnjban van jelen nagy mennyisgben, a vrlemezke-akitvl faktor (PAF: platelet-activating factor)
pedig egy jeltovbbt citokin (lsd 11.8. bra).
266
Lipidek s biomembrnok
267
Lipidek s biomembrnok
tromboxnt s leukotrint. Ezek kzl a parakrin hormonok kzl a legszlesebb hatsuk a prosztaglandinoknak
van simaizom-sszehzds, alvs-brenlt ciklus, testhmrsklet emels (lz), gyullads s fjdalom kivlts,
hogy csak nhnyat emltsnk. A vrlemezkk ltal termelt tromboxnoknak szerepk van a vralvadsban, a
vrnyoms emelsben. A leukotrinek (f keletkezsi helykrl, a leukocitkrl kaptk a nevket) legfontosabb
szerepe a simaizom-kontrakci fokozsa, amely tlmkds esetn a tdhlyagocskkban asztms rohamhoz s
anafilaxis sokkhoz is vezethet.
rdemes megjegyeznnk, hogy a leggyakrabban hasznlt, fjdalom- s lzcsillapt, valamint gyulladsgtl
gygyszereink az eikozanoidok szintzisben kulcsszerepet betlt prosztaglandin-H2-szintz (ms nven
ciklooxigenz-1, COX1) enzimet gtoljk. Ezek kz az n. nem-szteroid gyulladsgtl gygyszerek (NSAID:
Non-Steroidal Anti-Inflammatory Drug) kz tartozik pldul az aszpirin s az ibuprofn.
268
Lipidek s biomembrnok
269
Lipidek s biomembrnok
270
Lipidek s biomembrnok
11.5. Biomembrnok
A membrnok kialakulsnak (2.5.3. fejezet) s sszetevinek (11.2. fejezet) bemutatst kveten most ttekintjk
a biolgiai membrnok ltalnos sajtsgait, majd a membrnfehrjk tulajdonsgait s funkciit trgyaljuk rviden.
271
Lipidek s biomembrnok
272
Lipidek s biomembrnok
273
Lipidek s biomembrnok
274
Lipidek s biomembrnok
11.19. bra: Membrnfehrjk Trp s Tyr aminosavainak (piros sznnel) elhelyezkedse (PDB: 1BL8 s
1PHO)
Azt is megemltettk korbban, hogy a membrnon tvel peptidszakaszok az aminosavmaradkok jellegzetessge
miatt a szekvencikbl az n. hidroptis-index (s ms, jabban kifejlesztett bioinformatikai algoritmusok)
segtsgvel megjsolhatk (lsd 11.20. bra).
275
Lipidek s biomembrnok
11.21. bra: Az integrns membrnfehrjk osztlyozsa. (A III tpusnl a ht memrnhlixbl csak t ltszik)
A III-as osztly a legnpesebb ide tartoznak a ht transzmembrn -hlixet tartalmaz, zmkben
receptorfehrjk (lsd 11.22. bra).
Az emberben kzel 800 klnbz G-fehrje kapcsolt receptor (GPCR, ms nven 7TM receptor) mkdik. A
ltsrecepcirt felels rodopszin trszerkezett, a hozz kapcsolt szablyozfehrjvel az n. heteotrimer Gfehrjk kz tartoz transzducinnal egytt a 11.22. bra mutatja be. Ltszik az brn a ht transzmembrn hlix
kz bekeld kofaktor, a retinal, s az is, hogy a transzducin kt lipidhorgonnyal is kapcsoldik a membrnhoz.
276
Lipidek s biomembrnok
piros, kk s srga (az -alegysghez ktd GTP goly modellben ltszik). Az - s a g-alegysgek
membrnhorgonnyal kapcsoldnak a membrnhoz is
A IV-es tpus integrns membrnfehrjk tbb alegysgbl szrmaz transzmembrn -hlixei
membrncsatornt alkotnak. Ebbe az osztlyba tartozik pldul tbbek kztt az ideg-izom ingerletttevdst
kzvett nikotin-szenzitv acetilkolin-receptor (nAcCoA-receptor; lsd 11.23. bra).
11.24. bra: A prosztaglandin-H2-szintz enzim trszerkezete. A krrel jellt hidrofb csatorna aljn van az
enzim aktv helye. A csatornt eltorlaszol inhibitor molekula piros (PDB: 1PTH)
277
Lipidek s biomembrnok
Vgl a VII-as tpusba (ez a 11.21. bra nem szerepel) tartoznak a mr emltett transzmembrn -hord szerkezet
csatornafehrjk (lsd pldul a 11.19. bra).
278
Lipidek s biomembrnok
11.1. egyenlet
Ha tltssel rendelkez rszecskrl vagy ionrl van sz, akkor a koncentrciklnbsg kiegszl az elektorkmiai
potencillal (membrnpotencil),
11.2. egyenlet
ahol a Z a transzportld rszecske tltse, F a Faraday lland (96,5 kJV-1mol-1). A transzport aktv, ha a G
pozitv, passzv ha a G negatv.
Az ATP-z pumpk szerepe tbbek kztt a minden sejtre jellemz membrnpotencil kialaktsa, a kiemelkeden
fontos szablyoz ion, a Ca2+ intracellulris koncentrcijnak alacsony szinten tartsa, valamint egyes kismolekulk
mozgatsa a membrn kt oldala kztt a koncentrcigradienssel szemben.
(rdemes itt egy rvid kitrt tennnk s feltenni a krdst, hogy honnan eredhet a Ca2+ kiemelt szerepe a molekulris
szint szablyozsban? Az evolcinak mr felteheten a korai szakaszban alapvet szerepet kaptak a foszftion
tartalm nukleotidok s nukleinsavak. A sejtek krnyezetben gyakorlatilag mindentt elfordul kalciumion
jelenlte miatt felmerlt viszont egy szervetlen kmiai problma: a kalcium-foszft s igen rossz oldkonysga.
Ezrt a sejteknek ki kellett tallni valamilyen mechanizmust, hogy eltvoltsk a sejten belli Ca2+-ot. A ma l
sejtekben az intracellulris Ca2+ koncentrci ~10-7 M, ami a Ca2+-pumpk mkdsnek ksznhet. A
Ca2+-regulcihoz ezek utn mr csak annyi kellett, hogy megjelenjenek szablyozottan nyithat Ca2+-csatornk
a membrnban, a sejten bell pedig a megemelkedett Ca2+-koncentrcira vlaszolni kpes fehrjk ez utbbiak
kz tartozik a kalmodulin (lsd 5.9. bra).)
Az ATP-z pumpk hrom f csaldja kzl az n. P-tpus Ca2+-pumpt s egy n. ABC-transzportert mutatunk
be rviden. A P-tpus ATP-z pumpk kz tartozik a membrnpotencilt fenntart K+-Na+-ATP-z membrnfehrje
is (egy ATP-t felhasznlva antiporterknt a sejt belsejbl 3 ntriumion pumpl ki s egyidejleg 2 kliumiont
pumpl be a sejtbe).
A pumpk mkdst (de a permezok s rszben a kapuz ioncsatornkt is) egy vzlatos szerkezeti brval lehet
szemlltetni (lsd 11.26. bra). Ezek szerint a membrnfehrje kt konformcis llapotban lehet, gy, hogy a
szlltand ion vagy molekula szmra hol a membrn egyik, hol a msik oldala fel van ktdsi illetve tjrsi
lehetsg. A kt llapot kztt, aktv transzport esetn az ATP-bl szrmaz szabadentalpia fordtdik a konformci
tbillentsre gy, hogy az ion vagy molekula a nagyobb koncentrci fel disszocilhasson a pumprl.
279
Lipidek s biomembrnok
280
Lipidek s biomembrnok
szerepnek ksznhetik. A tumorsejtek elg gyorsan rezisztenss tudnak vlni citotoxikumokkal szemben. Kiderlt,
hogy a jelensg molekulris htterben egy MDR (multidrog resistance) nev ATP-z membrnfehrje
tltermeldse felels. Ezek a fehrjk meglepen szles ligandum-spektrummal rendelkeznek, s pldul a sejt
ltal sosem ltott gygyszereket is, mint xenobiotikumokat (a sejt szmra idegen molekula) ki tudjk pumplni.
Fiziolgisan a csald tagjai sok ms (endogn s exogn) molekula transzportjban is szerepet jtszanak. Kt
szerkezeti llapotukat (nyitott s zrt) a 11.29. bra mutatja be.
11.30. bra: A laktz-permez msodlagos aktv transzporter kt trszerkezeti llapota (PDB: 2Y5Y). Az
brn a laktz ligandum piros, a konformcis tmenetet befolysol Glu s Arg oldallncok zldek.
A legtbb msodlagos transzporter, a laktz-permezhoz hasonlan 12 membrnhlixbl ll, amelyek az evolci
sorn gnduplikcival alakultak ki egy 6 membrnhlixet tartalmaz fehrjbl. Az si csald igen sokrt
281
Lipidek s biomembrnok
feladatot lt el, a klibaktriumban pldul a 4000 gnbl 160 msodlagos transzporter funkcit betlt fehrjt
kdol.
282
283
Nukleinsavak
12.2. bra: A hidrolzisek eredmnybl levont legegyszerbb modell a nukleinsavak kmiai szerkezetre
A legegyszerbb modell szerint teht a nukleinsavak lineris polimerek, amelyekben egy monoton cukorfoszft
gerinc minden cukor rszlethez 1-1 bzis kapcsoldik.
284
Nukleinsavak
A legegyszerbb modellben foszfodiszter ktsek tartjk ssze a szomszdos cukor rszeket. A modell
igazolsban dnt szerepe volt annak, hogy a savas hidrolzis helyett nukleinsav bont enzimek, teht nuklezok
hidrolzisnek eredmnyt is vizsgltk. Az enzimek specifikus mdon kpesek kmiai reakcikat katalizlni, gy
vlhet volt, hogy a savas hidrolzisnl szelektvebb hastsokat lehet velk elrni.
Valban, gy is trtnt. Amikor ugyanannak a DNS mintnak egyik rszt kgymregbl szrmaz foszfodiszterz
enzimmel kezeltk, akkor a termkek olyan nukleotidok voltak, amelyeken a foszftcsoportok rendre a cukor 5hidroxiljval voltak szter ktsben. Amikor azonban szarvasmarha lpbl izollt foszfodiszterzt alkalmaztak,
akkor olyan nukleotidok keletkeztek, amelyekben a cukor 3 hidroxiljt szterestette a foszforsav (lsd 12.3. bra).
12.3. bra: Enzimkatalizlt hidrolzis igazolja a nukleinsavak lineris, el nem gaz szerkezett
Nzzk meg rszletesebben a nukleinsavak egyes alkotvegyleteit. A nukleinsavak cukor rsze egy t-sznatomos
aldz. Az aldehid csoport csak a nyltlnc formn van jelen. A nukleinsavban a gyrs, furanz forma van jelen.
A csak a gyrs forma C1 sznatomjhoz kapcsold glikozidos-OH-helyzet, vagyis a gyr skjhoz kpest
azonos irnyban ll, mint a C4 sznatomhoz kapcsold CH2-OH csoport (lsd 12.4. bra).
12.4. bra: A nukleinsavak cukorrsze egy 5-sznatomos aldz (a kpen a ribz szerepel)
A bzis a csak a gyrs formban meglv glikozidos hidroxilcsoport lecserlsvel kapcsoldik a cukorhoz.
Emiatt a cukor stabilan gyrs formban rgzl, hiszen a hidroxil hinyban nem tud reverzibilisen felnylni
(lsd 12.5. bra).
A nukleinsavak monomer egysge, amelynek ismtelt beplsvel jn ltre a polimer, a nukleotid (lsd 12.5.
bra). A nukleinsavakban lv cukorrsz sznatomjainak szmozsa a cukrok ltalnos szmozst kveti, de a
285
Nukleinsavak
pozci egy vesszjelet is kap, ami megklnbzteti a cukorban lv sznatomokat a bzisban lvktl (mely
utbbiaknl nem alkalmazzk a vesszs jellst).
286
Nukleinsavak
287
Nukleinsavak
12.9. bra: A nukleinsavak informcit hordoz molekulk, az informcit a bzisok sorrendje jelenti
Ezek utn trjnk r a bzisok ismertetsre. A DNS-ben s az RNS-ben elfordul bzisok kmiai felptse
ktfle heterociklusos szerves bzis szerkezetbl vezethet le, az egyik a pirimidin, a msik a purin (lsd 12.10.
bra). A pirimidin s a purin a nukleinsavak bzisainl ersebb bzisok. Mg ezek a bzisok semleges kmhatson
kpesek protont felvenni, a nukleinsavak bzisai fiziolgis pH-n nem vesznek fel protont. A purin vz egyes
atomjainak pirimidintl eltr szmozsi logikjt Emil Fischer vezette be. Ez a szmozs rkldik a nukleinsavak
bzisainl is.
288
Nukleinsavak
A 12.12. bra mutatja be az RNS-ben illetve a DNS-ben elfordul bzisokat azok stabil tautomer formjban.
Az bra jelzi, hogy ebben a formban a bzis egyes funkcis csoportjai milyen szerepet jtszanak hidrognhd
kts kialaktsa sorn. Az brn szerepltl eltr tautomer llapotok eltr hidrognhd mintzatokat jelentennek.
12.12. bra: A nukleinsav bzisok egyes csoportjai H-hidas klcsnhatsban kld, vagy fogad szerepet
jtszhatnak
A 12.1. tblzat sszefoglalva ismerteti a bzisok, nukleozidok s nukleotidok nevezktant mind az RNS,
mind a DNS tekintetben.
12.1. tblzat: Bzisok, nukleotidok, nukleozidok nevezktana
Az elnevezsek nknyesek, ugyanis a bzisok neve izollsukkal kapcsolatos. A guanint pldul elszr
madrrlkbl (guan), a timint pedig a csecsemmirigybl (timusz) izolltk.
A nevezktan elsajttsban gyelni kell arra, hogy a citozin bzis nevnek alakja hasonlt a guanozin s adenozin
nukleozidok nevnek alakjra.
289
Nukleinsavak
A kt purin bzis s a citozin egyarnt RNS- s DNS-alkot, mg az uracil csak RNS-ben, a timin pedig
csakDNS-ben fordul el. (Pontosabban bizonyos RNS-ek esetben az RNS-lncban lehet jelen timin, de az csak
az RNS szintzist kveten, teht utlagos kmiai mdosts eredmnyeknt jelenhet meg.)
Emiatt a nukleozidoknl a timidinnl sokszor lehagyjk a dezoxi eltagot. A timidin abban a ritkbb esetben kap
j nevet, amikor RNS alkotknt szerepel, mint klnlegesen mdosult nukleozid, illetve nukleotid. Ilyenkor a
ribotimidin nevet kapja.
A nukleotidok, lvn savas molekulk, rgies nven savknt is nevezhetk. Pl. az adenozin 5-monofoszft az
adenilsav. Az 5-monofoszft nukleotidok elnevezseit DNS illetve RNS tekintetben a 12.13. bra illetve a 12.14.
bra foglaljk ssze. A szerkezetek a semleges kmhats kzegben elfordul szabad nukleotidokat mutatjk
be, melyeken a foszft kt negatv tltst hordoz. A bzisok a legstabilabb tautomer szerkezetben szerepelnek. A
rzsasznnel kiemelt rszletek a megfelel nukleozidokat mutatjk. Az brkon szerepl, szmozst nem mutat
rvidtsek mindig felttelezik, hogy a foszft az 5 sznen van.
290
Nukleinsavak
291
Nukleinsavak
292
Nukleinsavak
Tovbbi egyszerstsknt, ha egyetlen lnc van, akkor azt megegyezs szerint 5-vgtl 3-vg fel haladva rjuk
fel, gy a terminlisokat sem kell feltntetni, s elrjk a lehet legegyszerbb formt:
pACGTA
A terminlis foszftcsoportot (ha van) termszetesen ilyenkor is jelezni kell.
12.2.1. A Griffith-ksrlet
Frederick Griffith angol bakteriolgus a bakterilis tdgyullads egyik krokozjval, a Streptococcus
pneumoniae-val ksrletezett. Az emltett baktriumot ki lehetett tenyszteni tdgyulladsos betegek szervezetbl.
Tbb eltr trzset is kitenysztettek, amelyeket gynevezett szerolgiai tesztekkel, illetve az agar lemezen
szaporod baktriumok ltal ltrehozott telepek eltr morfolgija alapjn lehetett azonostani. A trzsek kztt
volt betegsget okoz (virulens) gynevezett S-trzs, ami sima felszn (smooth) telepeket kpezett, s betegsget
nem okoz (nem-virulens) R-trzs, ami durva felszn (rough) telepeket kpzett. Ismeretes volt, hogy az S-trzs
egy poliszacharid-alap tokot hoz ltre, mg az R-trzs nem rendelkezik ilyen tokkal. A kt trzs termszetesen
genercirl genercira rktette ezt a tulajdonsgt. Az akkori ismeretek szerint ezek a tulajdonsgok
megvltoztathatatlan sajtjai voltak ezeknek a trzseknek. Griffith azt vizsglta, hogy ez valban gy van-e, vagy
esetleg a kt trzs egymsba alakulhat.
Amikor Griffith az S-trzzsel fertztt egereket, az egerek elpusztultak (lsd 12.18. bra). Ma mr tudjuk, hogy
a tok jelenlte akadlyozta az egr immunrendszernek hatkony vdekez reakcijt. Amikor R-trzzsel fertzte
az egereket, az egerek nem betegedtek meg (mivel az immunrendszerk sikerrel elpuszttotta a tok nlkli sejteket).
Amikor hvel ellt S-trzset juttatott az egerekbe, az egerek tlltek, teht nem valamilyen hstabil toxin okozta
a megbetegedst. Amikor azonban hvel ellt S-trzs s kezeletlen R-trzs keverkt juttatta be az egerekbe, az
egerek egy rsze elpusztult. Az elpusztult egerekbl Griffith ki tudta tenyszteni mind az R-trzset, mind pedig
az S-trzset.
Griffith azt a kvetkeztetst vonta le a ksrletekbl, hogy az ellt S-trzsbl valamilyen rkletes informcit
hordoz anyag tjut az l R-trzs sejtjeibe, s a sejtek egy rszt stabilan S-trzzs alaktja, mintegy
ttranszformlja. A jelensget transzformcinak nevezte el. Mivel akkoriban mr ismert volt a fehrjk
hdenaturcija, Griffith felttelezte, hogy a transzforml anyag nem fehrje, de az anyag kmiai mibenltrl
ennl tbbet nem llaptott meg.
293
Nukleinsavak
294
Nukleinsavak
12.19. bra: Avery, MacLeod s McCarty igazoljk, hogy a Griffith ksrletben szerepl rktanyag DNS
295
Nukleinsavak
12.20. bra: A Hershey-Chase ksrlet: a T2 fg DNS-t juttat a kli sejtbe, ezltal azt T2 fgok gyrtsra
knyszerti
A ksrlet kritikus eleme az volt, hogy a rvididej fertzst kveten valahogyan leszedjk a baktriumok felsznrl
a fgokat, hiszen azt kellett megllaptaniuk, hogy a fgtl megszabadtott baktrium sejtek melyik esetben mutatnak
radioaktivitst: amikor radioaktv knnel jellt fggal lettek fertzve, vagy amikor radioaktv foszforral jellt
fggal.
A sejtekrl a fgokat rendkvl gyors keverssel (amelyhez egy botmixer-szer kszlket hasznltak) tvoltottk
el. A nyrerk lesodortk a fgokat a baktriumokrl, majd a baktriumokat s a fgokat centrifuglssal vlasztottk
el egymstl.
Kiderlt, hogy a baktriumsejtbe csak a foszfor-jellt fgbl jutott be radioaktv anyag. Ezek alapjn a HersheyChase ksrlet is arra az eredmnyre jutott, hogy a genetikai informcit a DNS hordozza. A fgok genetikjval
296
Nukleinsavak
kapcsolatos eredmnyeikrt Alfred Hershey Max Delbrck-kel s Salvador Luria-val megosztva 1969-ben orvosi
Nobel-djat kapott
Az 1952-es ksrlet utn mr szles krben elfogadott vlt az a megllapts, hogy a DNS az rkt anyag. Ennek
megfelelen hatalmas versenyfuts indult el a DNS szerkezetnek megfejtsrt.
A szerkezet megfejtse nem vratott magra sokig, James Watson s Francis Crick egy vvel ksbb megalkottk
a DNS trszerkezetnek kettsspirl modelljt. A modell mindenben megerstette a DNS rkt szerepvel
kapcsolatos korbbi lltsokat, ugyanis azonnal fnyt dertett arra, miknt kpes a DNS az rkletes informcit
trolni, s azt genercirl genercira vltozatlan formban tovbbadni.
A bzisok arnya nem fgg az egyed letkortl, fiziolgis llapottl, vagy a krnyezettl.
Ezekkel a megfigyelsekkel kapcsolatban figyelemremlt, hogy azok tkletesen megfelelnek egy rkt anyaggal
szembeni elvrsoknak.
Ezen fell egy tovbbi, rendkvl rdekes, misztikusnak tn tnyt is feltrtak: brmilyen sejtbl izollt DNS
mintra igaz, hogy az adenin mennyisge megegyezik a timinvel, s a guanin mennyisge a citozinval, teht:
A=T s G=C (ebbl kvetkezen A+G=T+C, illetve A+C=G+T).
Ezeket a megllaptsokat sszefoglalva Chargaff szablyoknak neveztk el.
297
Nukleinsavak
A msik angliai kutathely a londoni Kings College egyetemen mkdtt, ahol John Randall kutatcsoportot
szervezett a DNS trszerkezetnek megfejtsre. Ebben a csoportban Maurice Wilkins egyfajta helyettes vezetnek
szmtott, indtotta el az els ksrleteket, melyekben DNS-rostok rntgenszrst vizsglta. Randall felvette a
kutatcsoportba Rosalind Franklint is, aki ugyanezen a problmn kezdett el dolgozni Wilkinstl fggetlenl.
A szerkezeti modellt vgl Watson s Crick alkottk meg, de ebben nagy segtsget jelentettek szmukra azok a
szerkezeti ismeretek, amelyeket a Kings College kutati trtak fel, s amelyek szmos csatornn keresztl jutottak
el hozzjuk. Rosalind Franklin ksztette el azt a vilghrv vlt rntgendiffrakcis kpet, amely taln a
legnagyobb hozzjrulst jelentette Watson s Crick szmra. Ezt a kpet Wilkins mutatta meg a laboratriumba
ltogat Watsonnak, mgpedig Franklin elzetes hozzjrulsa nlkl.
Crick fizikus vgzettsg volt, s Cambridge-ben eleinte is fehrjeszerkezetek rntgendiffrakcis vizsglatn
dolgozott Max Perutz tmavezetsvel. A fehrjkben lv heliklis struktrk okn Crick tbbekkel egytt a
heliklis szerkezetek rntgenszrsnak matematikai lersn dolgozott. Szmra a londoni kutathelyrl szrmaz
informcik alapjn gyorsan egyrtelmv vlt, hogy a DNS heliklis szerkezet kell, hogy legyen. A szerkezeti
adatokbl az is kiderlt, hogy a DNS molekulban valamilyen komponensek szablyos, periodikusan ismtld
rend szerint 3,4 tvolsgra vannak egymstl.
A helyes modell ltrehozshoz azonban szmos egyb informcira is szksg volt.
Watson s Crick els, 1951-ben megalkotott heliklis DNS modellje alapveten hibs volt. Els modelljkben,
amit nem publikltak, a cukorfoszft gerincet helyeztk bellre, a bzisok a vz fel fordultak. Ezt a modellt tbbek
kztt Rosalind Franklin jogos kritiki nyomn hamar el is vetettk. rdekes mdon tlk fggetlenl Pauling is
egy hasonlan hibs modellt ptett, amelyben radsul hrom lnc alkotott egyetlen kzs hlixet. Ezt a modellt
Pauling 1953-ban publiklta is, mieltt Watson s Crick a sajt, immr helyes modelljket kzltk volna.
A korrekt modell megalkotsban Watson s Crick szmra sokat segtett Erwin Chargaff angliai ltogatsa 1952ben, amelynek sorn vilgoss vlt Watson s Crick szmra, hogy az A=T s C=G szablyt mindenkppen
tkrznie kell a helyes modellnek. Chargaff arra is felhvta Watson figyelmt, hogy vizes oldatban mi az egyes
bzisok vals tautomer szerkezete.
Mindezek alapjn Watson volt az, aki felfigyelt arra, hogy egy megfelel orientciban egyms fel fordtott A-T
pr illetve C-G pr geometriai adatai szinte azonosak, s a bzisok kztt lehetsg nylik hidrognhd ktsekre.
Ezek utn mr egyrtelm volt a megolds: a DNS heliklis szerkezete kt lncbl ll. A modellpts sorn arra
is rjttek, hogy a bzisok kztti kapcsolat akkor lesz megfelel geometrij, ha a kt lnc egymssal ellenttes
irnyban fut, teht a kt lnc egymshoz kpest antiparallel.
James Watson s Francis Crick 1953-ban megalkotta a vilg azta taln legismertebb molekulaszerkezeti
modelljt, a ketts spirlt. Sokan ezt az eredmnyt tekintik a molekulris biolgia szletsi pillanatnak. Az risi
koncepcionlis ttrs annak felismerse volt, hogy a DNS molekult kt, egymst kiegszt lnc egyttese
alkotja. Modelljk azonnal rvilgtott a DNS rkt szerepnek mibenltre is. Eredmnyket a Nature folyiratban
kzltk, s egy intzmnyek kztti megllapods keretben ugyanabban a szmban folytatlagosan Wilkins
csoportja s Franklin csoportja is lerta a DNS-szerkezettel kapcsolatos sajt eredmnyeit. Watson s Crick cikkkben
megemltettk, hogy a modell megalkotsban stimulltk ket Wilkins s Franklin nem publiklt eredmnyei.
Arra is felhvtk a figyelmet, hogy a modelljk kpes magyarzatot adni arra, hogy miknt msoldhat a
DNS-ben trolt genetikai informci. Watson, Crick s Wilkins 1962-ben a DNS szerkezetvel kapcsolatos
felfedezseikrt orvosi Nobel djat kaptak. Bizonyra Rosalind Franklin is joggal szerepelhetett volna a djazottak
kztt, de tragikusan korn, 1958-ban rkbetegsgben elhunyt.
298
Nukleinsavak
299
Nukleinsavak
300
Nukleinsavak
A stabil tautomer szerkezetek ismeretben az is belthat, hogy az adott geometriai knyszerek mellett stabilizl
hidrognhd ktseket kizrlag A-T (T-A) s G-C (C-G) bzisprok alkothatnak. Minden ettl eltr bzisprosods
torztan, s destabilizln a szerkezetet.
Oldalnzetben jl lthat, hogy a kettsspirl klsejn kt rok hzdik vgig csigavonalban (lsd 12.22. bra).
Az egyik keskeny, ezt kisroknak hvjuk, a msik szlesebb, ennek nagyrok a neve. Vajon mirt jn ltre kt
eltr mret rok?
Elszr a DNS-tl elvonatkoztatva, ltalnossgban vizsgljuk meg, hogy egy kettshlix szerkezet esetn mi
befolysolja a kt rok relatv mrett. Ksztsnk a kettshlix tengelyre merlegesen egy metszetet. Ebben
vizsgljuk meg, hogyan helyezkednek el egymshoz kpest az egyes hlixekhez tartoz metszet-pontok, s a
hlixek kzs tengelynek megfelel metszet-pont.
Egyetlen olyan specilis eset van, amikor a kzs tengelyhez tartoz pont a kt hlixhez tartoz 1-1 pont ltal
meghatrozott (a kt hlix adott skban rtelmezett tvolsgt definil) szakasz felez pontja. Ms szval, ebben
a specilis esetben a kt hlix 1-1 pontja a tengelyponthoz kpest diagonlisan helyezkedik el. Ebben a kitntetett
esetben a fent emltett szakasz hossza, vagyis a kt hlix tvolsga, megegyezik a hlixek tmrjvel. Ebben a
specilis elrendezdsben a kettshlix esetn kialakul kt rok mrete megegyezik, vagyis nem klnbztethet
meg egy kisebb s egy nagyobb rok.
Az ltalnos esetben azonban az emltett szakasz nem esik egybe az tmrvel, a hrom emltett pont elrendezdse
nem diagonlis, s emiatt megjelenik egy kisebb, s egy nagyobb rok (lsd 12.24. bra) .
301
Nukleinsavak
302
Nukleinsavak
12.26. bra: A DNS egymssal komplementer szlai elegns msolsi mdot tesznek lehetv
Az informcit a bzisok sorrendje kell, hogy hordozza, gy annak h tadshoz egy olyan j ketts spirlt kell
ltrehozni, melynek bzissorrendje pontosan megegyezik az eredetivel.
Mivel a DNS kt szlnak bzissorrendje egyms ltal klcsnsen meghatrozott, a kt szlat felnyitva, s
mindkett mell j komplementer bzissorrend szlakat ltrehozva az eredeti ketts spirl helyett kt j, az
eredetivel azonos bzissorrend ketts spirl jn ltre, lsd replika (msolat) kszts, vagy replikci.
A komplementer DNS-RNS hibridek lehetsge azt is megmutatta, hogy a DNS-ben lv informci RNS
molekulkra is trhat. A DNS-rl RNS msolat ksztse az trs, a transzkripci.
303
Nukleinsavak
12.28. bra: A natv ktlnc DNS szerkezet hmrsklet emelsre denaturldik, a lncok elvlnak
egymstl
A hmrsklet emelsvel a kt szl elvlik, a szerkezet mintegy megolvad. Az eredmny jl jellemezhet azzal
a hmrsklettel, ahol a duplaszl szerkezetnek ppen a fele denaturldott (a hiperkrm effektus a maximlis
effektusnak ppen a fele). Azt a pontot, ahol a fnyelnyels alapjn az oldatban lv DNS molekulk 50%-a kerlt
egyszl, teht denaturlt llapotba, olvadsi hmrskletnek (pontnak) neveztk el, rvidtse Tm (melting
temperature). Klnbz DNS molekulk klnbz grbket eredmnyeztek eltr olvadsponttal. Ami a
grbkben kzs volt, az a szigmoid alak, s a meredek emelkeds egy szk hmrsklet tartomnyban. A grbk
rendkvl hasonltanak a globulris fehrjk hdenaturcijra jellemz grbkre. Ahogy ott is, a szigmoid alak
itt is arra utal, hogy a natv szerkezetet kooperatv klcsnhatsok stabilizljk. Ha egy-egy klcsnhats
felbomlik, az destabilizlja a maradk klcsnhatsokat.
Mrsekkel sikerlt igazolni, hogy minl magasabb a nukleinsavban a G:C bzisok sszes bzishoz viszonytott
arnya, annl magasabb a DNS olvadsi pontja (lsd 12.29. bra).
12.29. bra: A DNS-denaturcihoz tartoz olvadsi hmrsklet arnyos a DNS G:C tartalmval. A
bettbrn egy DNS elektronmikroszkpos kpe lthat, pirossal jellve az alacsonyabb hmrskleten
megolvadt AT gazdag rszletet.
Ezt ismt jl magyarzta a Watson-Crick modell, hiszen a modell szerint G:C prban hrom, mg az A:T prban
csak kt hidrognhd ltesl a bzisok kztt.
304
Nukleinsavak
Egy nagymret DNS-ben ezrt elszr az AT bzisokban gazdag rszletek olvadnak meg, ami
elektronmikroszkppal demonstrlhat (lsd 12.29. bra).
A reverzibilis renaturci miatt eltr eredet, pl. eltr fajokbl szrmaz denaturlt DNS-ek egymssal
sszekeverve s renaturlva vegyes hibrideket kpeznek. A hibridizci mrtke a hipokrm effektuson keresztl
kvethet. Minl hasonlbb kt llny genetikailag, annl nagyobb mrtk a hipokrm effektus (lsd 12.30.
bra).
12.30. bra: Hasonl szekvencij denaturlt DNS-ek renaturlsakor vegyes heteroduplexek jhetnek ltre
A DNS reverzibilis renaturcijn alapszanak a gntechnolgiban igen hasznos, sokfle clra hasznlhat
hibridizcis technikk is (lsd 19.3. fejezet)
305
Nukleinsavak
Az 1940-es vek vgn elssorban Joshua Lederberg s Edward Tatum eredmnyei nyomn kiderlt, hogy a
baktriumok is kpesek egyfajta ivaros folyamatra: kpesek egymsnak genetikai informcit tadni a konjugcinak
elnevezett folyamat rvn. Edward Tatum s George Beadle emellett Neurospora crassa (kenyrpensz) modellen
vgrehajtott vizsglataikkal kidertettk, hogy az egyes enzimek mgtt jl definilhat gnek llnak, fellltottk
az egy gn egy enzim hipotzist. Lederberg, Beadle s Tatum 1958-ban orvosi Nobel-djat kaptak.
Visszatrve a konjugcira: elsknt ennek a folyamatnak a felismerse tette lehetv a bakterilis gnek egymshoz
kpesti sorrendjnek meghatrozst. A gnek sorrendjnek vizsglata arra a meglep eredmnyre vezetett, hogy
a bakterilis genom egyetlen hatalmas kralak (cirkulris) DNS kell, hogy legyen. Az Escherichia coli genomjnak
mrete kb. 4,6 milli bzispr, gy a 2 nm tmrj B DNS teljes hossza kb. 1,7 mm. Ez valahogy bele van pakolva
a kb. 850-szer kisebb tmrj, 2 m-es kli sejtbe. A kli elektronmikroszkpos vizsglata sorn kiderlt, hogy
az risi DNS molekuln kvl, ahhoz kpest kicsi, kralak, extrakromoszmlis DNS-ek is lehetnek a sejtben.
Ezeket plazmid DNS-nek neveztk el. (Egy baktrium genomja ezek szerint egy millis nagysgrend bzispr
alkotta cirkulris DNS-bl, amit kiss pongyola kifejezssel bakterilis kromoszmnak neveznk, s maximum
100 ezer bzispr mret, szintn cirkulris, plazmid DNS-ekbl llnak. A genetikai informci nagy rszt hordoz
DNS pontos elnevezse kromofr, hogy megklnbztessk a DNS s hisztonok komplexbl szervezd
kromatintl aminek a legkondenzltabb, fnymikroszkppal is lthat formja a kromoszma.)
A ktszl, kralak plazmid DNS-ek nem csak a legegyszerbb kralakot vehetik fel, hanem nmagukra
tbbszrsen feltekert szuperheliklis formkat is (lsd 12.31. bra).
306
Nukleinsavak
sajt tengelye nmaga krl tekeredik, a tengely krl tekered spirlban az egyes menetek egymstl val tvolsga
alig vltozik az eredetihez kpest! Teht a zsinr azltal, hogy szuperhlixet kpez, nagyjbl megrzi az eredeti,
relaxlt geometrira jellemz menetsrsgi llapott.
12.32. bra: Egy relaxlt llapotban spirlis fonal sajt tengelye menti pdrse szuperheliklis szerkezetet
eredmnyez
Vgl a DNS modelljeknt vegynk kt fonalat egy jobbmenetes kettsspirlban (lsd 12.33. bra).
12.33. bra: Egy duplaszl hlix kt szlnak sztnyitsa menetsrsg nvekedst okoz, ami
szuperhlixekhez vezet
Ezzel a pldval egy, az elzektl kiss eltr jelensget is szemlltethetnk. Rgztsk a duplaszl szerkezet
egyik vgt. A msik vgen a kt szlat kezdjk sztnyitni. A sztnyits a mg szt nem nylt rszen menetsrsg
nvekedssel jr. Az eredeti szm egyms kr tekereds egyre rvidebb szakaszon valsul meg (lsd 12.33.
bra).
DNS esetn az analg esetben a mg szt nem nylt rszen nvekedne az egysgnyi monomerszmra jut menetek
szma, vagy fordtva szemllve cskkenne az egy menetre jut bzisok szma. Ez, ahogy az bra mutatja, balmenetes
szuperhlix kpzdshez vezet. Balmenetes a szuperhlix akkor, ha a szuperhlixet a tengelye irnybl szemllve,
s gondolatban a hlixen tvolodva haladvn a hlix tengelyt az ramutat jrsval ellenkez irnyban kerljk
meg. A balmenetes szuperhlixet pozitv, a jobbmeneteset negatv szuperhlixnek is nevezik.
A sejtben a DNS-nek mkdse sorn gyakran fel kell nylnia, ami energetikailag kedveztlen a fenti torlds
miatt. A felnylst segten, ha a DNS a torlds miatt kialakul balmenetes szuperhlix-szel ellenkez irny,
jobbmenetes szuperhlixben lenne. Egy ilyen szerkezet DNS ugyanis a kinylsakor relaxldna. A jobbmenetes
307
Nukleinsavak
szuperhlix DNS egy menetre tbb bzispr jutna, mint az energia-minimumon lv B DNS-re jellemz 10,4
bp. Teht a jobbmenetes szuperhlixben lv DNS szerkezet is fesztett lenne, ami miatt knnyebb lenne elvlasztani
a kt szlt, mint a norml, relaxlt DNS esetben.
A prokaritkban s az eukaritkban is mkdik olyan mechanizmus, ami ilyen nyitottabb DNS-t eredmnyez,
de a kt alapvet sejttpusnl a nyitottabb forma ellltsa eltr mdon zajlik.
Nzzk meg elszr a prokarita esetet (lsd 12.34. bra).
12.34. bra: Egy kralak duplaszl DNS kt hlixmenett megszntetve ktmenetnyi szuperhlixet kapunk
A prokarita genom s az extra-kromoszmlis plazmid DNS egyarnt kralak, cirkulris. A kvetkez
gondolatksrletben vegynk egy 25-menetet tartalmaz, 10,4 bp-menetes lineris B DNS-t, ami teht 25x10,4=260
bzisprt tartalmaz. A kt vget kovalensen sszektve egy skban kiterthet, relaxlt kralak DNS-t kapunk.
A krben a kt DNS szl 25-szr kerli meg egymst, ennyiszer van egyms kr fonva. Ezt az angol linking
number (sszekapcsoldsi szm) kifejezs alapjn az Lk rtk fejezi ki, teht Lk = 25. A kt szl a kzs
tengelyt is ppen 25-szr kerli meg, ezrt a csavarods rtk,T = 25 (T: twist). A kzs tengely nem tekeredik
nmaga kr, ezrt a tekeredsi rtk, W = 0 (W: writhe). A W rtke adja meg teht a szuperheliklis csavarok
szmt.
Az Lk rtk egy topolgiai fogalom. Kt lncbl ll kr esetben azt fejezi ki, hogy a kt lnc hnyszor van
egymshoz kapcsolva (lsd 12.35. bra).
308
Nukleinsavak
12.35. bra: Az Lk (linking number) rtk azt mutatja meg, hogy kt kr hnyszor van egymshoz kapcsolva
Lthat, hogy ez a szm pusztn a kt kr gyrsvel, hajtogatsval, forgatsval stb. nem vltozhat, mindaddig,
amg a kt szl intakt. Az Lk rtk megvltozshoz legalbb az egyik szlnak tmenetileg fel kell nylnia, ami
DNS esetn kovalens kts hasadsval kell, hogy jrjon. Ez teht mutatja, hogy az Lk egy konfigurcival
kapcsolatos szm. A csak az Lk rtkkben klnbz kralak DNS-ek egymsnak topolgiai izomerjei, rviden
topoizomerei.
Most nyissuk ki a krt, szntessnk meg kt menetet, s zrjuk jra ssze a krt. Ekkor kt extrm vgllapot
lehetsges. 1. A DNS kr skban marad, mindenhol megtartja a B DNS konformcit, kivve ktmenetnyi szakaszon,
ahol teljesen nyitott lesz. 2. A DNS teljes hosszban sszezrdik, mindenhol egyformn, majdnem tkletes B
DNS konformciban marad, de ekkor ktmenetnyi jobbmenetes szuperhlix jelenik meg rajta (lsd 12.35. bra).
A kt emltett forma termodinamikai egyenslyban van, de a szuperheliklis van alacsonyabb szabadentalpia
szinten, ezrt ez lesz a gyakoribb llapot.
A ksrlet elejn egy Lk = 25, T = 25, W = 0 llapot relaxlt krbl indultunk ki, a vgn legstabilabb formaknt
egy Lk = 23, T = 25, W = -2 llapot, kt negatv szuperhlixet tartalmaz formt kaptunk. Vegyk szre, hogy
a hrom paramter kztt az albbi sszefggs ll fenn: Lk = T + W.
A T=25 jelzi, hogy mindkt forma B-DNS konformciban van, a W rtk jelzi a szuperhlixek szmt, s irnyt,
az Lk pedig azt, hogy a lncok hnyszor kerlik meg egymst.
A fenti gondolatksrletben lttuk, hogy kt menet kitekersvel egy 2 Lk rtkkel kisebb topoizomer DNS jn
ltre, ami ktmenetnyi jobbmenetes szuperhlixet indukl. A 12.36. bra azt mutatja be, hogy ugyanezt a
vgllapotot mshogy is elrhetjk.
12.36. bra: Kt szuperhlix menet ltrehozsa a szl ideiglenes elvgsval, s egy msik szakasz tfzsvel
309
Nukleinsavak
Ehhez a DNS kt szlt elvgjuk, s a rsen a msik (duplaszl) DNS-szakaszt megfelel irnyban tfzzk. A
prokarita topoizomerz II enzim ppen ezt teszi, gy kpes jobbmenetes, negatv szuperhlixeket ltrehozni
kralak DNS-ekben. Az enzim egy relaxlt, alacsony szabadentalpia-szint llapotbl egy fesztett, magasabb
szabadentalpia-szint formt hoz ltre. Ez a folyamat nmagban teht szabadentalpia nvekedssel jrna, teht
endergonikus lenne, nem menne vgbe spontn. A reakci azrt megy mgis vgbe, mert egy kapcsolt reakciban
egy nagy negatv szabadentalpia vltozssal jr msik folyamat is lezajlik. Az enzim a mkdse sorn ATP-t is
hidrolizl ADP-re. Az enzim felptst s a folyamatot a 12.37. bra, illetve a 12.38. bra mutatja be.
A topoizomerz II egy ktfogs cirkulris szimmetrival rendelkez homodimer enzim. Az alegysgek
ktdomnesek. Az A domnek kt Tyr oldallncon keresztl hastja a DNS egy-egy foszfodiszter ktst.
A B domnnek ATP-z aktivitsa van, az ATP hidrolzise hajtja termodinamikai rtelemben a reakcit. Az
ATP-ben rejl kmiai energia mechanikai feszltsg ltrehozshoz hasznldik fel, teht a topoizomerz II egy
motorfehrje. (Minden fehrje molekulris motornak tekinthet, ha az ATP kmiai energijt mechanikai feszlsre
vagy elmozdulsra konvertlja.)
12.37. bra: Egy prokarita topoizomerz II enzim szerkezete duplaszl DNS-sel komplexben (PDB:
1BGW)
310
Nukleinsavak
311
Nukleinsavak
12.40. bra: A topoizomerz II ltal ksztett szuperhelikalizlt DNS topoizomerz I ltal relaxlhat. A
klnbz szm szuperhlixet tartalmaz formk ltszlagos mrete eltr, ezrt agarz elektroforzissel
elvlaszthatk egymstl. Az bra egy ilyen glkp rajza. A topoizomerz egyenknt sznteti meg a szuperhlixeket,
ezrt diszkrt intermediereket kapunk.
A maximlisan szuperhelikalizlt DNS a ksrletben a legkompaktabb molekula, amely a glben a leggyorsabban
vndorol (legalul helyezkedik el). Kontrollknt a relaxlt krnek megfelel topoizomert is belekevertk a mintba.
A szuperhlixek szmnak cskkensvel a molekula Stokes-sugara egyre nvekszik, gy minl kevesebb
szuperhlixet tartalmaz a DNS, annl lassabban vndorol a glben. Jl lthat, hogy diszkrt szm eltr forma
ltezik.
Az eukaritk is nyitottabb DNS-t hoznak ltre, de ezt merben eltr mdon teszik. Radsul az eukaritknl
ennek a megoldsnak a funkcija csak rszben a nyitottabb szerkezet ltrehozsa. Msik f funkciknt az eukarita
DNS szuperhelikalizcija egyben a DNS tmrebb sszepakolsnak (kondenzcijnak) els lpst is jelenti.
A prokaritknl ltott jobbmenetes, negatv szuperhlix (amit plektonmnak is neveznek) topolgiailag egyenrtk
egy balmenetes, gynevezett szolenoid szerkezettel (lsd 12.41. bra).
312
Nukleinsavak
313
Nukleinsavak
12.43. bra: A nukleoszma szolenoid szerkezetnek ltrehozsa szerkezeti feszltsget, s emiatt pozitv
szuperhlixeket generlna, amiket az eukarita topoizomerz I szntet meg
A vgtelenl hossz lineris eukarita DNS-re is igaz, hogy a nukleoszms szerkezet kialakulsakor a mg
nem szolenoid szerkezetben lv rszen a szerkezeti feszltsg miatt pozitv szuperhlixek jelennnek meg. Az
eukarita topoizomerz I enzim a prokarita enzimhez hasonlan kpes szuperhlix szerkezetet relaxlni, azzal a
fontos klnbsggel, hogy az eukarita enzimek egy rsze kpes pozitv szuperhlixen dolgozni (mely esetn
ellenkez irnyban kell megkerlnie az elvgott DNS szlnak az p szlat).
Amikor az eukarita topoizomerz I a nukleoszma szerkezet kialakulsa sorn relaxlja a mg nem nukleoszms
szerkezetben lv rszt, akkor vgs soron a prokaritk negatv szuperhlix szerkezetvel analg DNS szerkezet
jn ltre gy, hogy ehhez nem szksges topoizomerz II mkds. A fesztett szerkezetet a DNS s a nukleoszma
mag kztti ktsi energia biztostja.
Az eukarita kromoszmkban a DNS egy, rszben fehrjkbl, rszben RNS-bl ll vzhoz kapcsoldik, s
ahhoz hossz hurkokat kpezve ktdik (lsd 12.44. bra).
314
Nukleinsavak
12.44. bra: Az eukarita DNS magasabbrend szerkezeti szintjei eredmnyezik a kromoszma szerkezetet
A nukleoszms szerkezet csak az els szintje a DNS-fehrje komplexekbl ltrejv kromatin szerkezetek
kialakulsnak. A legmagasabb szerkezeti szint, ami a legnagyobb szerkezeti tmrtst, kondenzcit jelenti, a
fnymikroszkppal is lthat kromoszmkat eredmnyezi. A kromoszma szerkezet fel haladva a nukleoszms
szerkezetbl kiindulva tovbbi, magasabb szerkezeti szintek jnnek ltre, gy a DNS egyre kisebb trfogatrszbe
zsfolhat.
315
Nukleinsavak
Az egyik ilyen szint az gynevezett 30 nm-es fibrillum lehet, ami elektronmikroszkppal megfigyelhet. A 30
nm-es fibrillumbl hurkok kpzdnek, amelyek egy-egy teljes gnt hordozhatnak, s a kromoszma vzszerkezete
krl rendezdnek el.
A jelenlegi modell szerint 6 hurok alkot egy korongszer rozettt, 30 rozetta hozhat ltre egy csavart, s nagyjbl
10 csavar tesz ki egy teljes kromatidt (a replikcit kveten a sejtosztds egy bizonyos szakaszig minden
kromoszma kt duplaszl DNS-t tartalmaz, ezeket a duplaszl DNS-eket hvjuk kromatidnak).
Mint a kvetkez fejezetekben ltni fogjuk, a topoizomerzok fontos szerepet jtszanak a DNS replikciban s
a transzkripciban.
sszefogalskppen a DNS kmiai s trszerkezett, valamint a Chargaff-szablyokat a 5. animci, a DNS
magasabbrend szerkezeti szintjeinek kialakulst pedig 6. animci mutatja be.
316
13.1. bra: Francis Crick centrlis dogmja. A baloldali kp az egyes makromolekula tpusok kztti sszes
elmletileg lehetsges informciramlst mutatja. Informciramlson itt azt rtjk, hogy az egyik makromolekula
monomersorrendje alapjn alakul ki egy msik makromolekula monomersorrendje. A jobboldali brn piros nyl
jelzi a minden llnyben lezajl 3 ltalnos informciramlsi tvonalat, a replikcit, transzkripcit s transzlcit.
Kk szn jelzi a csak egyes organizmusokban (esetleg csak vrusfertztt llnyekben) lezajl folyamatokat, s
szaggatott nyl azokat, amelyek a mai ismereteink szerint nem mennek vgbe.
Francis Crick 1958-ban egy ltalnos smt alkotott arrl, hogy a nukleinsavak s a fehrjk szekvencijban
lv informci hogyan addhat t az egyes makromolekulk kztt. Informciramls alatt specifikusan azt
rtjk, hogy az egyik makromolekula monomersorrendje meghatrozza egy msik makromolekula
monomersorrendjt. Az eredeti smt Crick 1970-ben pontostotta. A smnak a centrlis dogma elnevezst
adta.
A hromfle makromolekula, DNS, RNS s fehrje esetben elmletileg 3x3 = 9 lehetsges informci tads
trtnhet. 1958-ban Crick ezek kzl hrmat tartott olyannak, ami nem valsulhat meg. Ezek mind a fehrje
szekvencia alapjn trtn j polimer keletkezsre vonatkoztak. Teht fehrje szekvencit, mint templtot hasznlva
nem keletkezhet DNS, RNS, vagy fehrje.
317
A maradk 6 utat lehetsgesnek nevezte. Ezek kzl 1970-ben hromrl mr egyrtelmen kijelenthette, hogy
azok a teljesen ltalnos utak. Ez a DNS-alap DNS-szintzis, vagyis a replikci; a DNS-alap RNS-szintzis,
vagyis a transzkripci; valamint az RNS-alap fehrjeszintzis, a transzlci.
A hrom msik elmleti lehetsgbl 1970-ben kettrl mr ismert volt, hogy specilis esetekben vgbemennek.
Az RNS genom vrusok egy rsze olyan enzimmel rendelkezik, amelyik RNS-alap RNS-szintzissel msolja
a genomjt. Ms RNS genom vrusokrl (retrovrusok) pedig kiderlt, hogy az RNS genomjuk alapjn elszr
egy DNS-msolat keletkezik (RNS-alap DNS-szintzis) a reverz transzkriptz enzim ltal, majd errl a DNS
msolatrl kpzdik az RNS genom.
Nhny tanulmny azt lltotta, hogy bizonyos specilis kezelsek hatsra a riboszma kpes egyszl DNS
alapjn fehrjt szintetizlni. Ezt nem sikerlt megbzhatan reproduklni, ezrt a mai ismeretek szerint ez a
mechanizmus, br elmleti alapon nem zrhat ki, a valsgban nem megy vgbe.
A 13.1. bra baloldali kpe az elmletileg lehetsges 9 informci tadsi folyamatot illusztrlja. A 13.1. bra
jobboldali kpn piros nyilak mutatjk a minden llnyben mkd 3 alap informcis utat, a replikci,
transzkripcit s a transzlcit. Kk nyilak mutatjk a specilisabb informcis utakat, amelyek csak az llnyek
(esetleg csak vrusfertztt llnyek) egy rszben mkdnek.
A centrlis dogma elnevezsben a dogma sz hasznlatt sokan, s j okkal kritizltk. A dogma
megkrdjelezhetetlen igazsgot jelent. Mrpedig semmi sem llhat tvolabb a tudomnyos vilgnzettl, mint a
megkrdjelezhetetlensg. Minden tudomnyos llts igazsgtartalma megkrdjelezhet, s amennyiben az
llts nem igaz, gy (elbb, vagy utbb) cfolhat.
Mint ksbb visszaemlkezseiben Crick megrta, amikor ezt a kifejezst vlasztotta, nem volt tkletesen tisztban
annak jelentsvel. gy gondolta, hogy a dogma mindig valami olyasmire vonatkozik, ami kzponti jelentsg,
ugyanakkor nem alapul sszer bizonytson. Amikor az els modellt lerta, az informcis utak zme mg nem
volt bizonytva.
Trjnk vissza a replikcira. Watson s Crick az ltaluk alkotott DNS trszerkezeti modell alapjn egy
koncepcionlisan rendkvl elegns, egyszernek tn replikci modellt javasolt. Mint ltni fogjuk, maga a modell
helytllnak bizonyult, de a konkrt megvalsuls szintjn egy rendkvl sszetett folyamat.
Azt, hogy sszetett kell, hogy legyen mr a folyamat rszleteire vonatkoz els mechanisztikus krdsek zne
is sejttette. Msrszt a klibaktrium genetikai s biokmiai vizsglata alapjn az is kiderlt, hogy mg ebben a
viszonylag egyszer organizmusban is tbb mint 50 gntermk vesz rszt a DNS msolsban, s a DNS-ben
keletkez szekvencia hibk kijavtsban.
318
319
A hrom emltett modellt az klnbzteti meg egymstl, hogy az els, illetve a msodik generciban alapveten
eltr az egyes keletkez DNS-ekben a rgi s az j DNS arnya. Olyan ksrletre volt szksg, amely valahogyan
klnbzv tudja tenni a rgi s az j szlakat, mgpedig olyan mdon, hogy azutn ez a klnbsg fizikai
elvlasztsra is mdot adjon.
Meselson s Stahl az akkori idszak legmodernebb eljrsait kombinlta teljesen jszer mdon. A DNS-ben nagy
arnyban van nitrogn. A nitrogn leggyakoribb izotpja az 14N, vagyis a 14-es tmegszm izotp, amely
atommagjban 7 proton s 7 neutron van. Egy jval ritkbb, nem radioaktv izotp az 15N, amelyben 7 proton s
8 neutron van. Ez az izotp, amely kmiai tulajdonsgaiban termszetesen tkletesen megegyezik az 14N izotppal,
akkor mr elrhet volt tiszttott formban.
Az elksrlet sorn klibaktriumokat tenysztettek 15N, teht nehz nitrogn-tartalm tpoldatban tbb
genercin t. A baktrium minden N-tartalm molekuljba bekerlt a 15N izotp, gy a DNS-be is, vagyis a
sejtek nehz DNS-t tartalmaztak.
Egy prhuzamos ksrletben norml 14N-tartalm tpoldatban is tenysztettek klibaktriumot, amely gy
norml DNS-t tartalmazott, amit a klnbsget kihangslyozand, knny DNS-nek fogunk nevezni.
Az gy ellltott nehz s knny DNS tmege, s ezltal srsge, csak 1%-ban trt el egymstl, ezt az apr
klnbsget kellett detektlni!
Mindkt esetben izolltk a baktriumbl a DNS-t. Ezek utn egy akkoriban jonnan kifejlesztett technikt vetettek
be, a srsggradiens centrifuglst, amelyben egy nagy tmeg/trfogat srsg anyagnak, esetkben a cziumkloridnak az oldatt hasznltk. Ebbl a centrifugacsben gradienst hoztak ltre, a cs alja fel fokozatosan ntt
a czium klorid koncentrcija, s emiatt a kzeg srsge.
Amikor ezzel a technikval centrifugltk az oldat tetejre rtegzett DNS mintt, a DNS molekulk csak addig
lepedtek, amg a krnyezetk srsge ppen megegyezett a sajt srsgkkel. Ezen a ponton meglltak, mintegy
lebegtek. Meselson s Stahl kimutattk, hogy a ktfle tenysztsbl szrmaz DNS srsge kztti eltrs
elegenden nagy ahhoz, hogy a centrifugls vgre eltr svba rtegzdjenek a centrifugacsben. Ha teht a kt
eltr srsg DNS oldatt sszekevertk, akkor ezek utn ezzel a specilis centrifuglssal a kt formt el tudtk
vlasztani egymstl.
Felmerlhet az olvasban, hogy a srsg klnbsg helyett a nehz-DNS s a knny-DNS tmegt is
vizsglhattk volna. Csakhogy ezzel kapcsolatban fontos tudnunk, hogy a DNS az izolls sorn fizikai behatsok
miatt sszetredezik, s egy olyan keverket kapunk, amelyben a legklnbzbb tmeg tredkek vannak. Az
egy mintbl szrmaz, legklnbzbb tmeg darabok srsge azonban azonos, gy a kizrlag srsg alapjn
szeparl technika ezeket egy rtegbe gyjti!
Miutn vilgoss vlt, hogy a kt minta srsg alapjn elvlaszthat egymstl, elindulhatott a ksrlet rdemi
rsze (lsd 13.3. bra).
A ksrlet sorn ismt klibaktriumokat tenysztettek 15N tpoldatban tbb genercin t, majd toltottk a
baktriumok egy rszt norml, 14N-es tpoldatba. Az osztd baktriumsejtek szmt spektroszkpiai mdszerrel
(fnyszrson keresztl) mrtk. Egy sejtosztds utn (teht amikor a sejtszm a kezdeti rtk dupljra ntt)
mintt vettek, a sejteket elltk, izolltk a DNS-t, s srsggradiens centrifuglssal meghatroztk a srsgt.
Ugyanezt megtettk a msodik osztdst kveten is.
Az eredmny a kvetkez volt. Az els osztds utn csak kzepes srsg DNS-t kaptak. Ez kizrta a
konzervatv modellt, amely szerint 50-50%-ban nehz-DNS-t s norml-DNS-t kellett volna kapniuk. Az eredmny
azonban mind a szemikonzervatv, mind a mozaikos modellel sszhangban volt.
A msodik sejtosztdst kvet eredmny szerint a mintban 50-50%-ban volt jelen kzepes srsg, s knny,
azaz normlis srsg DNS. Ez az eredmny a szemikonzervatv modellel sszhangban volt, azonban a mozaikos
modellt kizrta, hiszen 50%-ban megjelent az a forma, amelyben kt, tisztn 14N-es izotpot tartalmaz lnc alkotott
egy kzs duplaszl DNS-t.
A mozaikos modell alapjn mindig homogn srsg DNS-t kellett volna izollniuk, de annak srsge genercirl
genercira haladva egyre jobban kzeltette volna a knny DNS normlis srsgt.
320
A ksrletnek ksbb elvgeztk egy mg knnyebben rtelmezhet vltozatt. Lgos pH-n a DNS denaturlhat,
a kt szl elvlaszthat egymstl. Magas pH-n vgrehajtva a srsggradiens centrifuglst nem duplaszl DNSeket, hanem egyszl DNS-eket kellett megklnbztetnik.
321
13.4. bra: A Meselson-Stahl ksrlet ktszl (pH 7,0) s egyszl (pH 12,0) DNS-sel elvgezve. A DNS
koncentrcijt a centrifugacs tetejtl az aljig fotometris mdszerrel hatroztk meg. Az brn a vzszintes
tengely a srsget, a fggleges tengely a DNS koncentrcit jelenti.
322
rntgenfilmen lehetett detektlni. A viszonylag alacsony szint radioaktivits miatt mintegy 2 hnapos expozcis
idre volt szksg ahhoz, hogy a rntgenfilmen megjelenjen a DNS molekulk kpe (lsd 13.5. bra).
13.5. bra: Cairns radioaktv ksrlete lthatv teszi a DNS szintzis topolgijt
A ~ 1,7 millimteres hosszsg DNS kpe mr kis nagyts mellett is jl vizsglhat volt, de tovbbi nehzsget
jelentett, hogy viszonylag ritkn sikerlt szuperhlix-mentes, teljesen kitertett DNS-t tallni. Amikor azonban ez
sikerlt, Cairns egyrtelmen ki tudta mutatni, amit a bakterilis genetika korbban javasolt. A kli genomja
valban egyetlen, kralak DNS molekula.
A DNS molekulkat klnbz replikcis fzisban rgztve kidertette, hogy a replikci egyetlen ponton indul
el. Ksbb, ms eljrsokkal kombinlva azt is kidertettk, hogy az egyetlen helyen elindul replikci nem
akrhol kezddhet, ez az egyetlen hely a bakterilis kromoszmnak (kromofrnak) egy szigoran meghatrozott
helye, amit replikcis orignak neveztek el.
A klnbz fzisban lefnykpezett llapotokat sorba lehetett rendezni, s gy egy logikus modellt lehetett
fellltani a bakterilis kromoszma msolsnak mechanizmusra. Az orignl a kt szli szl felnylik, egy kis
szakaszon szabadd vlnak a szli szlak. Az autoradiogrfis kpek tanulsga szerint mindkt szli szl mentn
zajlik az j szlak szintzise. A szli szlak folyamatosan nylnak szt, s ezzel lpst tartva keletkezik az j
DNS. Elszr egy kis szem jelenik meg, majd a kpzdmny bubork-ra emlkeztet, ami egyre nagyobb
vlik. Amikor a DNS-nek mintegy a fele lemsoldott, a szerkezet a grg teta betre () emlkeztet.
A DNS szerkezetnek ismeretben, valamint a Cairns ksrletek alapjn megjsolhat volt a replikcis villnak
nevezett struktra, ami a Cairns ksrletben a bubork kt szegletben van (lsd 13.6. bra).
323
A replikcis villt annak a pontnak a krnyezete jelli ki, ahol a szli DNS szlak ppen felnyltak, hogy
templtknt szolglhassanak az j szlak szintzishez. Mivel mindkt szl egyarnt szabadd vlik, elvileg
mindkett mellett egy idben mehet az j szl szintzise.
Cairns az eredeti ksrlett tovbbfejlesztve tovbbi ismeretekhez jutott. Az eredeti ksrletben folyamatos volt a
radioaktv jells, teht a rgi s az j szlak egyarnt jellve voltak.
A tovbbfejlesztett mdszerben Cairns az albbiak szerint jrt el. A baktriumot olyan tptalajon tartotta, ami nem
jellt, s radioaktvan jellt timidin keverkt tartalmazta, de csak alacsony szzalkban tartalmazta a jellst
biztost trcilt timidint. Ennek eredmnyeknt a DNS, belertve a szli DNS-t, gyengn jelldtt, de detektlhat
volt. A 13.6. bra s 13.7. bra ezeket a szakaszokat kk vonallal brzolja.
Ezek utn a baktriumot olyan tpoldatba oltotta t, amelyben nagy szzalkban volt trcilt timidin, ami ezrt
intenzv radioaktv jellst eredmnyezett. Ezt a msodik jellst csak pr msodpercig alkalmazta, s a sejtet
ellve lelltotta a replikcit. Az ersebb jellst a 13.6. bra s 13.7. bra piros szakaszokkal mutatja.
A nagy koncentrcij, rvid pulzusban adott radioaktv timidin az ppen jonnan szintetizld helyekre beplve
ezeket a helyeket intenzvebb jellel ltta el. Kiderlt, hogy a 13.7. brn szerepl replikcis villa mindkt szra
mellett van j szl szintzis. Teht a kt rgi szl sztnylsnak temben mindkt rgi szl mellett egyidejleg
jelennek meg az j szlak. A folyamatot idben kvetve a jells a 13.6. bra szerepl nyilak irnyban halad,
mikzben maga a replikcis villa is erre halad. Figyelem! Csak a jells megjelense ilyen irny, a lncpts
kmiai irnya, mint ltni fogjuk, ettl az egyik lnc esetben eltr.
A replikcis buborknak kt szeglete van, gy nem csak egy, hanem egyszerre kt replikcis villa is lehet. A
pulzusban alkalmazott jellssel Cairns azt is kimutatta, hogy a kli replikcija sorn a bubork mindkt szegletben
aktv replikcis villa mkdik. Mivel a kli kromoszma kralak, ezrt a kt replikcis villa a teljes
kromoszma szempontjbl egyms fel halad (lsd 13.7. bra).
Szmos egyb organizmust megvizsglva kiderlt, hogy a ktirny (bidirekcionlis) replikci az ltalnos,
teht az, amikor a replikcis bubork mindkt szegletben mkdik 1-1 replikcis villa. Ltezik kivtel is, a
mitokondrilis genomban, plazmidok s egyes vrusok replikcijakor pldul a buborkban csak egy replikcis
villa mkdik.
13.7. bra: A replikci a legtbb genom esetben ktirny, de egyes specilis esetekben egyirny
324
Szabad 3-OH vg, amit a templt szlhoz hibridizlt DNS, vagy RNS, a primer biztost.
325
kiderlt, a sejtekben primerknt egy rvid RNS darab szolgl, amit egy RNS-polimerz (primz) kszt el. Az
RNS-polimerzok nem ignyelnek primert az RNS szintzishez. A DNS-polimerzok DNS primert is elfogadnak.
Amikor egy DNS szintzise ideiglenesen megszakad, s a DNS-polimerz levlik, akkor a befejezetlen DNS 3OH vge teszi majd lehetv, hogy egy msik DNS-polimerz folytassa a szintzist. Ilyenkor teht DNS a primer.
A dNTP vegyletek mind 5-nukleozid-trifoszftok.
A primer 3-OH vgnl az albbi lpsekben zajlik a bepls: a dNTP vegyletek kzl az enzim random vlogat.
Amikor olyan dNTP kt a ktzsebbe, amely komplementer a templt szl soron kvetkez nukleotid egysgvel,
teht amikor Watson-Crick bzisprosods jhet ltre a templt s az jonnan beptend monomer kztt, az
enzim preczen koordinlt Mg2+ ionok segtsgvel aktivlja (jobb nukleofill teszi) a primer 3-OH csoportjt,
s tmadhatbb teszi a dNTP -helyzet foszforatomjt. A primer 3-OH csoportja ezltal nukleofil tmadst
vgez a dNTP -helyzet foszforatomjn. Az - foszftcsoportok kztti foszforsavanhidrid kts felbomlik,
felszabadul egy pirofoszft, mikzben kialakul egy j foszftszter kts a primer s a bepl monomer kztt.
A primer (vagy a DNS-lnc) teht egy egysggel hosszabb lesz.
A felszabadul pirofoszft hidrolzist a pirofoszfatz enzim katalizlja, ezltal vlik irreverzibiliss a folyamat.
Az j szl teht szigor rendben a rgi szl komplementereknt keletkezik. A szl 53 irnyban szintetizldik,
teht az 5-vg a legregebb, a 3-vg a legfiatalabb.
Ez a rgztett irny egy klnleges topolgiai problmt vet fel.
A Cairns-fle autoradiogrfik alapjn lthatv vl replikcis villk azt mutattk (lsd 13.5. bra), hogy az
antiparallel elrendezds szli DNS mindkt szla mellett, egyidben zajlik a DNS szintzise. A reakci kmiai
mechanizmusa viszont azt mutatja, hogy az mindig 53 irnyban zajlik, ms szval mindig ebben az irnyban
hosszabbodik a szintetizld szl. Hogyan folyhat teht folytonos lncszintzis az antiparallel szlakbl ll
replikcis villa mindkt templt szla mellett? A vlasz: sehogyan. Pontosabban lesz egy folyamatosan s egy
szakaszosan szintetizld szl. Ennek megrtshez nzzk meg, hogyan fedeztk fel az n. Okazakifragmentumokat.
13.6. Az Okazaki-fragmentumok
Cairns ksrletnek nagy idfelbonts megismtlsvel Reiji Okazaki 1968-ban megoldst tallt az antiparallel
lncok lemsolsnak problmjra. Okazaki kimutatta, hogy csak az egyik j szl szintetizldik folyamatosan.
Termszetesen az, amelyiknek az 53 irny szintzise sorn az jonnan keletkez lnc a replikcis villa
haladsval azonos irnyban nvekszik (lsd 13.9. bra). Ezt a DNS szlat vezet szlnak hvjuk.
A msik szl, amelynek 5-3 irny nvekedse ellenttes irny a replikcis villa haladsval, csak rvidebb
darabokban keletkezhet. Ezt a szlat mindig jra, meg jra el kell kezdeni szintetizlni. Az gy elkezdett darabok
ksbb kapcsoldnak egyetlen folyamatos szll. Ezt a darabokban keletkez szlat kvet szlnak nevezzk.
De vajon hogyan tudta mindezt kiderteni Okazaki? Cairns nyomn is osztd kli sejteket vizsglt. A trcilt
timidines jellst ugyanakkor csak 10 msodpercig alkalmazta. A sejteket azonnal ellte, a DNS kt szlt lgos
kezelssel sztvlasztotta. Centrifuglst hasznlt arra, hogy megvizsglja a keletkezett radioaktv egyszl DNSek mrett. Kt nagyon eltr tpust tallt. Nagyon nagy DNS-eket, s sokkal kisebb, ~1000 monomeregysget
tartalmaz DNS-eket, amiket ksbb rla neveztek el Okazaki-fragmentumoknak. Ksbb az is kiderlt, hogy
ezek 5-vgn rvid RNS darab van. A nagyon hossz DNS-ek a folyamatosan szintetizld szlat jelentettk,
amelyek a jells rvid ideje alatt hosszabb vltak. A rvidebb darabok ahhoz a szlhoz tartoztak, amelyik jra,
meg jra elkezddik, teht szakaszokban keletkezik.
Amikor a jellst 10 msodperc helyett 15 msodpercig alkalmazta, szinte nem tallt ilyen rvid darabokat! Az
t extra msodperc mr elegend volt arra, hogy a szakaszok ne csak elkszljenek, de ssze is pljenek. Okazaki
radsul izollta is azt az enzimet, a DNS-ligzt, amelyik a DNS fragmentumokat sszekapcsolta. Az eukarita
DNS is Okazaki-fragmentumokban keletkezik, de ott a fragmentumok mrete kisebb (100-200 egysgnyi).
326
13.9. bra: A replikcis villban az j szlak szintzise 5-3- irny, az egyik folytonos, a msik szakaszos
13.7. DNS-polimerzok
A most bemutatsra kerl DNS-polimerzokat szabatosabban DNS-fgg DNS-polimerzoknak nevezzk. Ez
a kifejezs azt jelenti, hogy az enzim DNS-templt alapjn katalizlja a komplementer DNS szl szintzist. (Mint
azt a centrlis dogma kapcsn mr emltettk, s ksbb rszletesen is ltni fogjuk, lteznek RNS-fgg DNSpolimerzok is).
Nzzk meg, hogy ltalnossgban mi a szerepe egy DNS-polimerznak, majd ezek utn ismerkednk meg a
klibaktrium kt f DNS-polimerz enzimvel.
A DNS szintzist katalizl enzimnek mind a ngyfle DNS nukleotidot fel kell ismernie, s valahogyan le kell
ellenriznie, hogy vajon a Watson-Crick bzisprosodsnak eleget tv nukleotid pl-e be az jonnan szintetizld
DNS szlba. Az enzimnek rszben a bzisprosods ellenrzsn keresztl meg kell akadlyoznia a nem oda ill
monomer beplst, s el kell segtenie a megfelel monomer beplst.
A bzisprok megfelelsgnl az egyik fontos, de nem elgsges felttel az, hogy legalbb 2 stabil hidrognhd
alakuljon ki a bzisok kztt.
A msik kritrium, hogy mikzben a beptsre vr monomer s a templt szlon lv egysg kztt kialakulnak
a hidrognhidak, a B-DNS szerkezet megrzdjn, ne torzuljon.
A harmadik kritrium az, hogy a kialakul bzispr befrjen az enzim ktzsebbe (lsd 13.10. bra).
327
13.10. bra: Csak Watson-Crick bzisprok (bal oldal) alaktanak gy ki legalbb 2 H-hidat, hogy kzben
elfrnek az enzim ktzsebben
A 13.10. bra bal oldaln szerepelnek a korrekt bzisprok. A httr tglalap illusztrlja sematikusan az enzim
ktzsebnek a mrett. Az bra jobb oldaln hrom olyan bzisprt mutatunk be, melyeknl ugyan megfelel
szm hidrognhd alakulna ki, mgsem plnek be, mert nem frnnek be az enzim kthelyre.
Mint mr emltettk, Arthur Kornberg izollta az els DNS-polimerz aktivitssal rendelkez fehrjt. Ennek
megfelelen az egy alegysges fehrjnek a DNS-polimerz I nevet adta. Kimutatta, hogy az enzim egyszl DNS
templt, primer, s 5-dNTP jelenltben katalizlja a templttal komplementer j DNS szl szintzist.
A DNS-polimerz I enzim hromfle aktivitssal rendelkezik, melyeket elklnlt domnek ltnak el. Az egyik
a polimerz aktivits, amellyel az enzim az j nukleotidok beptst katalizlja. A msik a 35 exonuklez
aktivits, ami lehetv teszi a hibsan beptett nukleotid azonnali eltvoltst (lsd 13.11. bra).
A 35 exonuklez aktivitst hibajavt vagy korrektor (proofreading) funkcinak is nevezzk, hiszen ez
javtja az elrst a DNS szintzise nyomn. Ez a korrektor funkci nagysgrendekkel cskkenti az enzim
hibagyakorisgt.
A 13.11. bra egy olyan esetet mutat be, amikor az enzim azrt pt be a polimerz aktivitsn keresztl egy hibs
monomert, mert a monomer bzisa ppen egy ritka tautomer llapotban van, ami a normlistl eltr hidrognhidas
kapcsolat mintzatot tesz lehetv. Amennyiben a hibsan beptett monomer bzisa mg az eltt visszanyeri
stabilabb, norml tautomer llapott hogy egy jabb monomer beplne, gy az enzim korrektor funkcija
aktivizldhat.
A DNS-polimerz I harmadik aktivitsa szintn egy exonuklez aktivits, amely azonban eltr a korrektor funkcitl.
Ez az 53 exonuklez aktivits, ami egyrszt rszt vesz egy a replikcitl fggetlen, msik tpus hibajavtsban,
msrszt az RNS primerek eltvoltsban jtszik szerepet.
Az 53 exonuklez aktivitst hordoz domn az enzimrl eltvolthat. gy jn ltre az n. Klenow fragmentum,
amelyet a mai napig elszeretettel hasznlnak klnfle in vitro ksrletekben.
328
329
330
Amint az 1970-ben kiderlt, a replikci kzponti enzim-komplexe a DNS-polimerz III (lsd 13.13. bra).
Tudomnytrtneti rdekessg, hogy ezt az enzimet Arthur Kornberg egyik fia, Thomas Kornberg izollta. Msik
fia Roger Kornberg apja nyomdokn haladva szintn Nobel-djas kutat lett, az RNS-polimerz mkdsi
mechanizmusnak feltrsrt kapta a djat.
331
332
333
334
13.17. bra: Az Okazaki fragmentumok RNS rsznek eltvoltsa s a DNS szlak sszekapcsolsa
A DNS-ligz enzim felismeri, s sszekti a szabad 3-OH s a szomszdos 5-foszft csoportot amennyiben
mindkett DNS (s nem RNS) rsze. A nick transzlci egy ilyen, DNS-ligz ltal elfogadott rszlet kialakulshoz
vezet. A ligz reakci energiaignyes, amihez vagy ATP (eukaritk, bakteriofgok) vagyNAD+ hasadsa szksges
(lsd 13.18. bra).
335
336
13.20. bra: A kt egymskr tekered duplaszl DNS-t a topoizomerz IV enzim vlasztja szt
337
338
339
Ugyanakkor viszont nem szmtanak mutcinak azok a bzismdostsok, amelyek nem rintik a bzisprosods
specifitst. Szmos olyan metilci ismert, amely nem vltoztatja meg a bzis prvlasztst. Egy ilyen mdosts
esetn a replikciban a metillt bzis s a nem metillt eredeti formja tkletesen egyenrtk, ugyanaz a
komplementer bzis pl be a velk szemben szintetizld j szlba. Az ilyen DNS mdostsok teht nem
okoznak az DNS szekvencijban maradand vltozst. Ezek a mdostsok ugyanakkor fontos szablyoz jelekknt
mkdnek a DNS-en, s specilis mdon t is kerlhetnek az utdgenerciba, teht vgs soron rkldhetnek.
Ezeket a jeleket epigenetikai jeleknek hvjuk, amelyek epigenetikai mdon rkldhetnek (lsd rviden a 18.3.2.2.
fejezetben.).
Mint ltni fogjuk, egyes esetekben a metilci azonban mutcikat okoz. Ebben a knyvben kifejezetten a
bziscsers mutcikkal foglalkozunk, nem rintjk a nagyobb DNS rgikat rint kromoszmatrseket,
inverzikat, thelyezdseket stb.
A mutcik kzismerten komoly egszsggyi kockzatot jelentenek s az is kzismert, hogy sszefggenek a
rkos betegsgek kialakulsval.
A tbbsejtek sejtosztdsa rendkvl sszetett mdon szablyozott folyamat, hiszen a tbbsejt szervezet sejtjeinek
egytt kell mkdnik. Az osztdst szablyoz faktorok proto-onkognek s anti-onkognek, ms nven tumorszupresszor gnek mutcija elsegti a rkos sejttalakulst. A proto-onkognek olyan sejtosztds szablyozsban
rsztvev fehrjk gnjei, amely gnek mutcija esetn a fehrje aktivitsa s/vagy mennyisge megn, teht
egyfajta funkcinvekeds trtnik, s ez visz a rkos elvltozs irnyba.
A tumor szupresszor gnek, vagy ms nven antionkognek olyan fehrjk gnjei, amelyek negatv szablyzknt
mkdnek. Az ilyen gnek mutcija akkor sodorja a sejtet a rkos elvltozs irnyba, ha az elvltozs a fehrje
mennyisgnek s / vagy funkcikpessgnek cskkensvel jr.
A funkcionlis csoportostsban van egy harmadik gn tpus is, amelynek mutcija klnlegesen veszlyes.
Szmos fehrje f funkcija a sejtben az, hogy ltala a mutcik alacsonyabb frekvencival jjjenek ltre, vagy
ha ltrejttek, nagy arnyban javtdjanak ki. Az ilyen fehrjk gnjben bekvetkez mutci egy pozitv
visszacsatolst hoz ltre. A mutcik elkerlst vagy kijavtst vgz mechanizmusok srlnek, ami miatt a
mutcis gyakorisg megn. Ez megnveli annak az eslyt, hogy tovbbi proto-onkognekben, anti-onkognekben
s DNS hiba-javtsban szerepl gnekben is mutcik keletkezzenek. Ez fokozza a rkos elvltozs kialakulsnak
valsznsgt.
A mutcit indukl anyagok (mutagnek; figyelem, ezek nem gnek, hanem olyan vegyletek, amelyek fokozzk
a mutcik kialakulsnak veszlyt) vagy ionizl sugrzsok a fenti okok miatt nvelik meg a rkos betegsgek
kockzatt. Az ilyen, nyilvnvalan kls eredet mutcikat induklt mutciknak nevezzk. Ezek nagy szerepet
jtszottak a ksrletes genetikai tudomnynak kialakulsban.
Az induklt mutcin kvl azonban spontn mutcik is bekvetkeznek, amelyeket nemigen lehet elkerlni.
Nzzk meg ezek tpusait.
Mutcit (nagyon ritkn) okozhat a replikci sorn a 35 exonulezon alapul, korrektor tpus hibajavtson
is tcssz msolsi hiba. A replikcit kvet spontn (teht nem kvlrl szrmaz mutagn okozta) mutcik
ngy f tpusa, s kialakulsuk f mechanizmusa a kvetkez:
Bzis alkills
rdemes megjegyezni, hogy az induklt mutcik is ugyanezekkel a mechanizmusokkal kvetkeznek be. A mutagn
anyagok zme vagy bzis dezaminldst, vagy bzis alkillst (pl. metills) okoz.
A mutci rendkvli fontossga miatt mr igen korn komoly igny tmadt egy olyan tesztre, amellyel klnbz
anyagok mutagn hatst kvantitatvan ellenrizni lehet. Az els, s a mai napig is alkalmazott egyszer tesztet
Bruce Ames dolgozta ki a hetvenes vek elejn.
340
13.12.1. Az Ames-teszt
Az Ames-tesztben olyan baktrium trzseket alkalmaznak, amelyek hisztidin szintzisben szerepet jtsz egyik
enzime nem mkdik. Az enzim azrt nem mkdik, mert az azt kdol gnben van egy tkletesen ismert tpus
hiba. A hiba jellegtl fggen klnbz trzsek lteznek. Van, amelyikben egy bziscsere miatt funkcikptelen
az enzim, van, amelyikben egy nukleotid egysggel kevesebb van a gnben (delcis mutns), vagy ppen tbb
(inszercis mutns).
Ezek a baktrium trzsek csak olyan tptalajon szaporodnak, amelyben van hisztidin. Az ilyen trzseket, amelyek
csak az adott metabolit kls hozzadsa mellett nvekszenek, auxotrfnak hvjk.
A teszt sorn az adott trzs sejt-szuszpenzijt agar lemezre kenik szt (lsd 13.22. bra).
341
Van azonban egy optimlis tvolsg, ahol a mutagn hats mr lnyegesen megnveli a hibs gn kijavtdsnak
gyakorisgt, de mg nem olyan magas, hogy minden sejtnek egyszerre sok gnje is mutcit szenvedne. A 13.22.
bra az a cssze a negatv kontroll, a b, c s d csszn ugyanaz az anyag szerepel cskken koncentrciban.
Minl kisebb koncentrciban hatsos a vegylet, annl veszlyesebb mutagn. A rkkelt anyagok nagy rsze
pozitv az Ames-tesztben.
Egyes anyagok, amelyek a tesztben veszlyesnek mutatkoznak, valjban az emberi szervezet szmra nem azok,
mert a szervezetbe jut anyagot a mj kmiailag mdostja, s a mdosult anyag mr nem mutagn. Ennek a
fordtottja is ismert, egyes anyagok a tesztben nem mutagnek, de a mj talaktsa sorn azz vlnak. Ezrt az
Ames-tesztet kiegsztettk egy olyan eljrssal, amely sorn a vizsglt vegyletet egy standardizlt mjkivonattal
elkezelik, s ezek utn vgzik el vele a tesztet.
342
343
13.24. bra: A dezaminlds hibs bzisprosodst okoz, javts hjn a replikci mutns DNS-t eredmnyez
A citozin dezamincija uracilt eredmnyez. Az uracil a metilcsoport nlkl azonos a timinnel. Bzisprosods
tekintetben megegyezik vele, ezrt a transzkripci sorn a szintn bzisprosods alapjn szintetizld RNS-be
mindig uracil kerl, amikor a DNS templtban adenin van. Javts hjn ezrt a kvetkez replikcis lpsben
az eredeti citozin helyn szerepl uracillal szemben adenin plne be az eredeti guanin helyett, vgleg
megvltoztatva az utd DNS szekvencijt. Ez lehet a f evolcis elnye annak, hogy a DNS-ben nem uracil
van, hanem timin. Ha ugyanis az uracil DNS-alkot bzis lenne, akkor a citozin dezaminldsa olyan hibs
bzisprhoz vezetne, amelyben mindkt bzis normlis DNS-alkot elem lenne. gy nagyobb problmt jelentene
annak eldntse, hogy egy G:U prban melyik bzis a hibs, melyiket kell kicserlni. Ebben az esetben viszont ez
nem krds, hibs bzispr esetn nylvn a nem DNS-alkot bzist kell eltvoltani. (Mint azt hamarosan ismertetjk,
mind a prokarita, mind pedig az eukarita sejtekben kln hibajavt mechanizmus biztostja a nem DNS-alkot
uracil eltvoltst.)
Azzal, hogy uracil helyett timin van a DNS-ben, a citozin dezamincibl ered problma gyakorisga ersen
cskkent, de nem sznt meg. A citozinnak ugyanis van egy termszetes mdosulata, az 5-metilcitozin. Ez a
mdosts a citozin bzisprosodst nem befolysolja, ugyanakkor epigenetikai jelknt funkcionl. Az 5metilcitozin dezaminldsa hibs G:T bzisprt eredmnyez, amelyben mindkt bzis normlis DNS-alkot. Az
ezt felismer javtmechanizmus a T-t tvoltja el, mert egy ilyen hibajavt mechanizmus tlagosan kevesebb
hibt kvet el, mint egy olyan, ami a G-t cserln A-ra.
344
345
13.26. bra: Az O6-metilguanin a kvetkez generciban G:C helyett A:T prt, teht mutcit eredmnyez
13.27. bra: A bzis spontn hidrolzise az egyik leggyakoribb spontn DNS krosods
Magas hmrsklet, alacsony pH kedvez a folyamatnak. Becslsek szerint az emberi kromoszmban naponta
tbb ezer ilyen hiba keletkezik, s javtdik ki. (A javts mechanizmust lsd ksbb). Ha nem kerlne kijavtsra,
a replikci sorn, amikor a bzishinyos rsz templtknt funkcionl, a bzis nlkli pozcival szembe brmi
beplhet, ami 75%-os mutcis valsznsget jelent.
346
347
348
349
A hibs bzisprosods a B-DNS szerkezet loklis torzulst eredmnyezi. Ezt a konformcivltozst specifikus
fehrjk ismerik fel. Ezek a MutS s MutL fehrjk, amelyek a hibs bzisprt tartalmaz szakaszhoz ktnek.
A MutS-MutL komplex a DNS-t egy ATP-t ignyl folyamatban mindkt oldalrl hzva mintegy tfzi magn.
A MutH fehrje ekzben Dam-metillt szekvencikat kt. Amikor a MutS-MutL egy ilyen metilcsoporthoz
kttt MutH fehrjvel tallkozik, az tfzs abbamarad, a MutH s a MutL sszekapcsoldnak. Ez a ktds
aktivlja a MutH eladdig gtolt endonuklez aktivitst, s a MutH enzim elvgja a nem-metillt szlat.
350
Ha a hasads a hibhoz kpest 5-irnyban van, akkor a hiba visszaemsztsen alapul eltvoltsa 53 exonuklez
aktivitst ignyel. Amennyiben a hasads a hibhoz kpest 3 irnyban van, akkor a javtshoz 35 exonuklez
aktivitsra van szksg. A hibs szlat mindkt esetben helikzok hmozzk le a templt szlrl, az exonuklezok,
amelyek egyenknt tvoltanak el monomereket az egyszl DNS-rl, ezen a felfejtett DNS-en mkdnek. Mindkt
esetben a DNS-polimerz III ptolja a hinyz DNS-t, sszhangban azzal, hogy a replikci sorn bekvetkez
hiba javtsrl van sz, amikor is aktv polimerz III van jelen a sejtben.
Az itt ismertetett hibs bzisprosods javtsi mechanizmust az angol nyelv szakirodalom mismatch
repair-nek hvja.
13.31. bra: A DNS hiba s a metilci relatv helyzete alapjn ktfle metilci-fgg hibajavtsi sma
ltezik
351
kombinlsval hasads thelyezst (nick translation) vgez, s ekzben visszalltja a helyes bzisprosodst. d)
Az thelyezdtt hasadst a DNS ligz sznteti meg.
Vegyk szre, hogy a bziseltvolts utn keletkez AP-hely egy fggetlen, enzimkatalzis nlkli folyamatban
is kialakul a bzisok N-glikozidos ktsnek spontn hidrolzise rvn. Valjban ez a leggyakoribb mutci az
emberi szervezetben. A spontn megjelen AP-helyek javtsa a c) s d) pontokban imnt lertak szerint megy
vgbe.
352
353
kltsges mdja a javtsnak, hiszen egy teljes enzimmolekult fel kell ldozni, amelynek ltrehozsa nagyon sok
energit ignyelt. Az evolci sorn mgis kialakult, s mivel elnyt biztostott, fennmaradt ez a mdszer is. Ez
is jelzi, milyen fontos a sejt szmra a hibk kijavtsa.
A pirimidin-dimerek javtsnak is van egy kzvetlen mdja, ami ltalnosan elterjed (lsd 13.35. bra).
A 200-300 nm-es ultraibolya fny hatsra ltrejv pirimidin dimereket egy olyan enzimatikus appartus javtja
ki, amely 300-500 nm-es (teht lthat) hullmhossz tartomnyban aktivldik.
A reakcit katalizl enzim a DNS-fotoliz, ami egy, az adott lthat hullmhossz tartomnyban gerjeszthet
koenzimmel mkdik. Ilyen koenzim pl. az MTHF-poli-Glu (MetenilTetraHidroFolsav szrmazk). A gerjesztett
koenzim tadja energijt a fotoliz enzim kovalensen kttt FADH koenzimnek, ami ideiglenesen tad egy
elektront a pirimidin-dimernek. Ez az elektron destabilizlja a pirimidin-dimert, ami az elektron visszaadsa kzben
az eredeti pirimidin bzisokra bomlik. Emiatt a rendszer miatt javasoljk az UV lmpzs utni ers, lthat fnnyel
trtn fnyfrdzst.A legjabb ismeretek szerint ugyanakkor a mhlepnyes emlskben, kztk az emberben
nem mkdik fotoliz-alap hibajavts. Ezekben az llnyekben ezek a hibkat kizrlag a nukleotid-eltvolt
mechanizmussal javtdnak. Fotolizzal rokon fehrjk a mhlepnyes emlskben is vannak, de ezek felteheten
a napszakos ciklus szablyozsban jtszanak szerepet.
A fentiekben megtrgyaltuk a centrlis dogma els informci-ramlsi tvonalnak, a replikcinak a
mechanizmust. Ennek a folyamatnak a sorn az informci genercirl genercira addik t, ezrt a msolsnak
rendkvl pontosnak kell lennie. A mr elkszlt DNS-t is folyamatosan karban kell tartani, hogy az eredeti
bzissorrend fennmaradjon.
A kvetkez fejezetben a centrlis dogma egy msik informci-ramlsi tvonalra trnk t, a transzkripcira.
354
355
356
14.1. bra: A DNS-ben, RNS-ben s polipeptidlncban trolt informci viszonya. A DNS baloldali lnca az
rtelmes szl, a jobb oldali a templt vagy rtelmetlen szl. Az aminosav egysgeket mRNS bzishrmasok
(kodonok) kdoljk,
Mivel a replikci s a transzkripci egyarnt templt alap nukleinsav szintzist jelent, ezrt sok a hasonlsg a
kt folyamat kztt. Ugyanakkor a mr emltett eltr funkcik miatt az eltrsek is szmosak. Vegyk sorra a
hasonlsgokat s eltrseket.
357
A transzkripci esetben az RNS molekulk 53 irnyban nvekednek, vagyis a szintzis irnya is megegyez
a kt folyamatban. Vgl, ahogy a replikci, gy a transzkripci is hrom elklnthet fzisban: inicici,
elongci, terminci megy vgbe.
Vannak azonban fontos klnbsgek is a kt folyamat kztt. Mg a DNS szintzishez az azt katalizl enzimnek
primerre volt szksg, gy az RNS lnc szintzist katalizl RNS-polimerzok nem ignyelnek primert, az j
RNS lncot az els nukleotid egysgtl kezdve maguk hozzk ltre. Ezzel a tnnyel mr a replikci sorn is
tallkoztunk, hiszen lttuk, hogy a replikci sorn a DNS-szintzishez szksges primert DNS-fgg RNSpolimerzok hozzk ltre.
Egy msik fontos klnbsg, amit a hasonlatknt emltett knyvtr modellben mr emltettnk, hogy a transzkripci
sorn a DNS-ben trolt informcinak ltalban csak egy rsze, pldul csak egy vagy nhny fehrjre vonatkoz
informci msoldik ki egyszerre. Egy tovbbi klnbsg, hogy mg a replikci sorn mind a kt DNS szl egy
idben templtknt szolgl, addig egy-egy gn tekintetben az trd RNS szmra mindig csak az egyik szl
a templt.
358
Az RNS szintzis kezdpontjt a DNS-en teht a promter jelli ki. A promter felismersnek az alapja egy olyan
klcsnhats, amelyben egy fehrje (az RNS-polimerz alegysge) a DNS szekvencija alapjn ktdik a DNShez.
A promter egy aszimmetrikus (nem palindrom), duplaszl DNS szakasz. Mivel aszimmetrikus, az RNSpolimerz csak egy adott irnyban kpes hozzktdni, teht a promter mintegy irnyba lltja az enzimet. A
polimerz kthelyeknt a promter gy nemcsak az RNS-lnc szintzisnek kezdpontjt jelli ki, de egyben
megszabja a lnc szintzisnek az irnyt is, kijellve azt is, hogy melyik DNS szl szolgl majd templt gyannt
a transzkripci sorn.
Vajon mirt van ilyen sokfle -faktor a klibaktriumban? Mint kiderlt, az egyes eltr -faktorok eltr
promter-tpusokhoz kpesek ktdni (specificitsi faktoroknak is hvjk ket), s eltr krnyezeti hatsokra
termeldnek. Az eltr lethelyzetekben termeld -faktorok olyan gnek transzkripcijt segtik el, amely
gnek termkre ppen abban az lethelyzetben van szksg. Ezeknek a gneknek termszetesen az adott -faktorral
kompatibilis promterk van.
A promterek s -faktorok ilyen klcsns megfeleltetse egy elegns alapszablyozst tesz lehetv. Tbbek
kztt ennek ksznhet, hogy nem rdik t egyszerre az sszes gn, mindig csak azokrl a gnekrl keletkezik
RNS tirat, amelyekre ppen szksg van.
Az egyes -faktorok elnevezse a fehrje mretre utal. A legtbb gn promtere olyan, amit a 70 kDa
molekulatmeg 70 szigma faktor ismer fel. Ezeket a gneket funkcionlisan az kti ssze, hogy tipikusan akkor
van szksg az ltaluk kdolt fehrjre, amikor a baktrium krlmnyei optimlisak. Ezeket a gneket a hasznlati
jellegk miatt hztartsi (housekeeping) gneknek is nevezik.
Ms faktorok pldul hezs, tl magas hmrsklet, vagy nitrognhinyos krnyezet esetn termeldnek, s a
70 faktorral versengve az RNS-polimerzrt olyan gnek trst indtjk el, amelyek az adott stressz-helyzetben
hasznosak. A 32 faktor pldul magas hmrsklet esetn termeldik, s tbbek kztt a denaturlt fehrjk
feltekeredst segt dajkafehrjk gnjeinek trst teszi lehetv.
A faktorok termszetesen csak egy elemi szint szablyozst jelentenek, a gnek j rsze ezen fell egyb,
specifikusabb mdon is szablyozdik (lsd 18.2. fejezet).
Az egyb szablyozsoktl egyelre eltekintve a promter s a megfelel alegysggel elltott RNS-polimerz
klcsnhatsa szabja meg a gntrds ltalnos intenzitst. Ennek kapcsn beszlnk ers s gyenge
promterekrl.
A promterek pozciit sorszmmal ltjk el. A +1 pozci az els RNS nukleotid beptsi helyt jelzi. Ettl a
ponttl szmtva a lncptssel, mint az informci folysval megegyez irny, a downstream irny, mg az
azzal ellenttes irny az upstream irny, mely utbbi esetben az egyes pozcik sorszmt negatv eljellel
ltjk el. (Nulladik pozcit teht nem definiltak).
Amikor olyan gnek szekvencijt hasonltottk ssze, amelyek trst a 70 faktorral elltott RNS-polimerz
vgzi, rdekes jellegzetessgeket trtak fel (lsd 14.3. bra).
359
360
361
14.5. bra: A footprinting eljrssal azonosthat, hogy a nukleinsav mely rszhez ktdnek a szekvenciaspecifikus nukleinsav-kt fehrjk
Az oldatot kettosztjuk, az egyik fl a kezeletlen (-) kontroll lesz. A msikhoz DNS-kt fehrjt kevernk. Ezutn
mindkt oldatot DNz I enzimmel kezeljk. A DNz-I enzim nagyjbl vletlenszeren, ezrt egyenletes eloszlsban
hastja be az egyes DNS-eket.
A DNz enzim / DNS arnyt gy lltjuk be, hogy DNS molekulnknt tlagosan egyetlen hasads trtnjen. A
kezels utn a DNS darabokat izolljuk, s denaturljuk (a kt szlat elvlasztjuk egymstl). A mintt mret
szerint elvlasztjuk poliakrilamid glelektroforzissel.
Csak a radioaktvan jellt DNS-fragmentumokat detektljuk. A kezelt mintbl hinyz cskok azt a DNS szakaszt
jelzik, amit a DNS-kt fehrje letakart a DNz-I-es emszts alatt. A letakart szakasz mrete a glelektroforzis
alapjn meghatrozhat.
Az RNS-polimerz esetben a footprinting vizsglat megllaptotta, hogy az enzim ltal lefedett kt rgi: a -10
s a -35 szakasz (amiket a 70 alegysg ismer fel), valamint az a alegysggel lefedett rsz.
Ezek utn tekintsk t az inicici fzisnak trtnseit. Az inicici maga is kt fzisra bonthat. Az egyik egy
ktfzis ktds, a msik az elongci megkezdshez szksges konformcivltozs.
Els lpsben a -faktorral felszerelkezett RNS-polimerz ktdik a -faktor tpusnak megfelel promterhez.
A ktds els termke egy RNS-polimerz zrt DNS komplex. Ebben a komplexben a DNS kt szla mg
nem vlik el egymstl. Nmi id elteltvel a ktds hatsra a DNS kt lnca elvlik, kialakul egy RNS-polimerz
nyitott DNS komplex. Ebben a komplexben a DNS a promter -10 rgijban nylik fel, a felnyls elri a +3as pozcit, sszesen mintegy 15 bzispr hosszan nylik szt a DNS. A nyitott komplexben a templt szl
hozzfrhetv vlik a komplementer RNS szl szintzise szmra.
A szorosabb rtelemben vett inicicis fzis is (legalbb) kt lpsbl ll. A polimerz konformcivltozson
megy t, a DNS jellegzetesen megtrik, a polimerz bepti az els nhny nukleotidot.
362
A msodik fzisban a polimerz a szintzis folytatsval elhagyja a promter terlett, a -faktor levlik, ezzel
az elongcis fzis elkezddhet.
363
364
14.8. bra: A prokarita transzkripci termincijt a hajtszer szerkezet RNS termk induklja
Az egyik termincis tpusban a kialakul RNS-hajt a Rho (r) fehrje felismer helye. Amennyiben egy ilyen
hajt keletkezik az RNS-ben, s jelen van a Rho fehrje, akkor a Rho fehrje ktdse sorn az RNS-polimerz
levlik, a transzkripci befejezdik. Amennyiben nincs jelen a Rho, az RNS-polimerz egy kis idre megtorpan,
de egy id utn tovbbhalad. A Rho fehrje egy ATP-ignyes folyamatban halad a keletkez RNS-en (lsd 14.9.
bra). Ha elrkezik az RNS-hajthz, lelltja a szintzist.
A msik termincis szignl is hajtt kpez a szintetizld RNS szlban, de ennek mkdshez nem Rho fehrje
kell (Rho-fggetlen transzkripci terminci), hanem az, hogy a hajtt kdol DNS szakaszt kveten a
DNS-ben 3-4 adenozin egysg kvetkezzen, aminek megfelelen az RNS-be hrom-ngy uridin egysg pl be.
14.9. bra: A prokarita transzkripci egyik, Rho fehrjt ignyl mechanizmusa. A Rho fehrje ATP-ignyes
folyamatban 53 irnyban halad az RNS-en, s amikor felismeri a termincis szignlt, lelltja a transzkripcit
E nlkl a szakasz nlkl a hajtkpzs nmagban itt is csak megtorpanst okoz. Ha azonban a hajt mgtt az
RNS-ben megtallhat legalbb hrom U, akkor a gyenge A:U hibridizci miatt a hajt s az A:U szerkezet egytt
mr az enzim levlshoz vezet, s ezltal termincit okoz (lsd 14.10. bra).
365
366
Az eukaritkban legalbb hromfle RNS-polimerz mkdik (RNS-polimerz I, II, III), kln a riboszmlis
rRNS, hrviv mRNS s a szllt tRNS-ek szmra. Ezek alaptulajdonsgait a 14.2. tblzat foglalja ssze.
14.2. tblzat: Eukarita RNS-polimerzok
Arra, hogy egynl tbbfle RNS-polimerz mkdik az eukarita sejtekben a gyilkos galca mreganyaga, az
-amanitin vizsglata kapcsn derlt fny. Ez a mreg alacsony koncentrciban lelltotta az mRNS-ek s a kis
magi RNS-ek szintzist, mikzben az sszes tbbi RNS tovbb keletkezett. Ez jelezte, hogy legalbb ktfle
RNS-polimerz mkdik a sejtben. Magasabb koncentrciban alkalmazva az -amanitint az elz RNS-eken
fell a transzfer RNS-ek s az 5S riboszmlis RNS keletkezse is lellt, mg a riboszmlis RNS keletkezse
folytatdott. Ez jelezte, hogy legalbb hrom eltr RNS-polimerz van a sejtben. Az egyik nagy affinitssal
(alacsony disszocicis llandval) kti az -amanitint, a msik alacsony affinitssal kti, a harmadik nem kti.
Ez a ksrlet ragyog plda arra, hogyan lehet egy komplex rendszerben mkd alrendszerek ltt szelektv
gtlszerekkel feltrni. Hasonl elven ismertk fel egyes hormonok esetben, hogy tbbfle rokon receptoron
keresztl hatnak.
A 14.2. tblzat alapjn lthat, a legtbb eukarita gnt az RNS-polimerz II enzim rja t. Mieltt az RNSpolimerz II mkdst rszleteiben ttekintennk, nagy ltalnossgban vizsgljuk meg a prokarita s az eukarita
mRNS-ek keletkezsnek szablyozst, a ktfle szablyozs f eltrseit.
367
Ugyanakkor mg ez a hatalmas, a riboszma mrett is meghalad komplex is csak nagyon ritkn kpes nmagban
elindtani a transzkripcit. Az alapszint, bazlis transzkripci szintje alacsony. A megfelel szint
transzkripcihoz a preinicicis komplexet aktivlni kell. Az aktivlst fehrje-fehrje klcsnhatsokon
keresztl transzkripcis faktorok, aktivtorok vgzik.
A transzkripcis aktivtorok elssorban egy hatalmas fehrje komplexen, a Meditoron keresztl kommuniklnak
az RNS-polimerz II enzimmel. Ez a Meditor-komplex kzvetlenl ktdik a preinicicis komplexhez, s
kzvetti az aktivtorok (s represszorok) hatst.
Az eddig feltrt mkdsi mechanizmusok mr kpesek magyarzatot adni arra, hogyan lehetsges, hogy egy
tbbsejt szervezet klnbz sejtjeiben szvetspecifikus, illetve fejldsi fzis specifikus mdon eltr gnek
transzkripcija valsul meg annak ellenre, hogy minden sejt (leszmtva az immunrendszer egyes specilis sejtjeit)
tkletesen azonos genommal rendelkezik.
Ugyanakkor a rszletek tekintetben mg ma is rengeteg a nyitott krds, az eukarita transzkripci pontos
mechanizmusnak, s szablyozsnak feltrsa a mai napig intenzven kutatott terlet.
368
369
In vitro, s olyan DNS esetben, amelyen van TATA box, elszr a TBP (TATA-binding protein) ktdik. Ez a
fehrje a kis rkon keresztl kti a DNS-t, s jelents mrtkben meghajltja azt.
In vivo a TBP nem nmagban, hanem komplexben tallhat a hozz ktd fehrjkkel (TBP Associated Factors,
TAFs) egytt. Az in vivo komplex neve TFIID, amely teht a TBP fehrjit s a TAF fehrjket tartalmazza. A
TFIID a legnagyobb mret ltalnos transzkripcis faktor. In vivo adatok alapjn elszr a TFIID (melynek egyik
alegysge a TBP) ktdik a promterhez a TFIIA fehrjvel egytt. Ezek jelenlte klnsen azoknl a
promtereknl fontos, amelyek nem tartalmaznak TATA-box szakaszt. Ilyenkor a TATA-box DNS rszt egyes
TAF fehrjk helyettestik. A TFIIA a TBP-hez ktdve ersti a TBP TATA-box ktst. A TFIIA egyik in vivo
szerepe az lehet, hogy megakadlyozza egyes gtl fehrjk TBP-ktst. In vitro vizsglatokban ez utbbi funkci
nem kell, ezrt in vitro a TFIIA nem esszencilis.
A TBP (vagy TFIID s TFIIA) utn a TFIIB ktdik. A TFIIB f szerepe az, hogy szekvenciaspecifikus DNS
felismers rvn megkeresse a transzkripci kezdpontjt a DNS-en. A TFIIB szerepe analg a prokarita RNSpolimerz -alegysgvel.
Az eddig sszeszereldtt komplex rszben a TFIIB rvn irnytja a polimerzt megfelel orientciban a DNShez. Az RNS-polimerz II a TFIIF ltalnos transzkripcis faktorral komplexben rkezik. A TFIIF ersen
kti az RNS-polimerzt, s gtolja annak nem-specifikus DNS-ktst.
A legtbb gn trshoz kt tovbbi ltalnos transzkripcis faktor jelenlte szksges.
Ezek kzl elszr a TFIIE ktdik, amely megteremti a TFIIH szmra a kthelyet. A TFIIH helikz s kinz
aktivitssal is rendelkezik. Egyrszt ATP bontsa rvn szttekeri a DNS kt szlt a start hely krnykn, msrszt
protein-kinz aktivitsval specifikusan foszforillja az RNS-polimerz II C-terminlis domnjt (CTD). A
CTD foszforillsa elengedhetetlen a transzkripci elindulshoz.
Az RNS-polimerz ebben a preinicicis komplexben, kis aktivitssal ugyan, de mr el tudja kezdeni az RNS
szintzist. Mikzben elindul a DNS-en, a CTD rszre a TFIIH egyre tbb foszftcsoportot kapcsol. A preinicicis
komplex sztesik, a polimerz az elongcis fzisba lphet.
A hatkony transzkripcihoz a preinicicis komplexet aktivlni kell (lsd 14.13. bra).
370
371
A transzkripci gtlsnak egy tovbbi mdja a templtknt hasznlt DNS tmadsn alapul. gy mkdik az
akridin, s hozz hasonlan mindazok a vegyletek, amelyek a DNS kt lnca kz keldve gtoljk a kt lnc
sztvlst. Ezek a szerek termszetesen nem csak a transzkripcit, de a replikcit is gtoljk minden llnyben.
372
Eleinte nem volt vilgos, milyen mechanizmus ll a httrben. Ktfle elvi magyarzat ltezett. Az egyik szerint
a transzkripci sorn a DNS intron szakaszai kihurkoldnak, ezrt nem kerlnek lemsolsra. A msik elkpzels
szerint a teljes szekvencia msolsra kerl, majd az intronok kivgdnak az RNS-bl.
Ez utbbi modell bizonyult helytllnak. A gn transzkripcija sorn mg mind az exon, mind az intron trdik,
ezek informcija teht mg maradktalanul belekerl az retlen mRNS-be, az elsdleges tiratba (pre-mRNS:
precursor mRNA). Az rett mRNS azonban mr csak az exonoknak megfelel rszeket tartalmazza, az intronok
kivgsra kerlnek.
Annak a mechanizmusnak, amely az elsdleges tiratbl kivgja az intronokat, mikzben sszekapcsolja az egymst
kvet exonokat, a splicing elnevezst adtk. Ez az angol kifejezs lineris struktrk elvgst, majd egyes
darabok jra sszeillesztst jelenti, pontos magyar megfelelje sajnos nincsen.
A splicing tnyt igazol mRNS-DNS hibridizlst szmtalan, nem virlis eukarita DNS esetben megismteltk,
s a jelensg ltalnosnak bizonyult. A 14.15. bra az ovalbumin gnnel kapcsolatos ksrletek eredmnyeit
illusztrlja.
14.15. bra: Hibridizcis technikkkal vizualizlhat, hogy az rett ovalbumin mRNS nem tartalmazza a
teljes ovalbumin gn informcijt
Az ovalbumin a tojs egyik legnagyobb mennyisgben jelenlv fehrjje, gy jogosan feltteleztk, hogy az
ovalbumin mRNS is nagy mennyisgben izollhat. Az ovalbumin gn DNS-nek kt szlt hdenaturlssal
elvlasztottk egymstl, s izollt, rett ovalbumin mRNS-t hibridizltak hozz. Az mRNS az exonoknak megfelel
rszeken hibridizlt a DNS-hez, mg a DNS intronoknak megfelel rsze kihurkoldva lthatv vlt. Az egymst
kvet DNS hurkok egymshoz viszonytott mrete megegyezett a gnben DNS-szekvenlssal meghatrozott
egymst kvet intronok egymshoz viszonytott mretvel.
373
A14.16. bra sematikusan brzolja, hogy milyen vltozsokon megy keresztl az ovalbumin gn elsdleges
tirata, mire rett mRNS keletkezik belle.
374
375
376
377
378
379
380
381
382
383
A hinyz CCA rszt egy specilis enzimrendszer ptolja. A bzisok j rsze specifikus mdon mdosul, ami a
jellegzetes tRNS trszerkezet kialakulsnak elengedhetetlen felttele. Intronok csak az eukarita tRNS-ekben
fordulnak el.
Mindkt emltett ribozim hatrozott trszerkezettel br, ahogyan az egy enzimtl el is vrhat. A Thomas Cech
ltal felfedezett nmagt kivg intron egy hatrozott trszerkezet RNS szintn hatrozott trszerkezet eleme
(lsd 14.29. bra).
14.29. bra: A Tetrahymena nmagt kivg intronjt tartalmaz RNS. Az intront aranyszn jelzi
Az egyes sznek eltr domneket jeleznek. A hatrozott trszerkezet RNS-ek esetben is hasznlatos a domn
elnevezs, ami csakgy, mint a fehrjknl, itt is nll feltekeredsre kpes lncrszt jelent.
A 14.30. bra egy RNz P s egy ppen processzld tRNS komplext mutatja be. Vilgoskk jelzi az RNz P
RNS rszt, lila a kismret fehrjekomponens, aminek jelenlte kli RNz P esetben nem szksges felttele az
enzimreakcinak. A narancssrga szn a tRNS-t jelzi.
384
385
386
A genetikai kd feltrse
387
A genetikai kd feltrse
is ltre lehetne hozni. Zamecnik ezt 1960-ra meg is alkotta, s ksbb ez a rendszer alapvet fontossgnak bizonyult
a genetikai kd megfejtsben.
388
A genetikai kd feltrse
Volkin s Astrachan korbbi ksrleteire tmaszkodva, azokat tovbbfejlesztve, Brenner, Monod s Meselson egy
kifinomultabb ksrletsorozatot publikltak 1961-ben.
Baktriumokat tenysztettek 15N s 13C tartalm tpoldatban. A baktriumok riboszmi gy nehz riboszmk
lettek. A sejteket ezek utn izolltk, radioaktv uracilt adtak nekik, T4 fggal fertztk, s mindekzben norml
14
N s 12C tartalm tpoldatba vittk. Rvid id utn czium kloridos egyenslyi srsggradiens centrifugval
izolltk a riboszmkat.
Nem talltk jelt j, teht norml srsg riboszmknak, viszont a rgi bakterilis riboszmkhoz ideiglenesen
hozzktdve megtalltk az jonnan keletkezett RNS radioaktv jelt.
Ezt a radioaktv RNS-t izolltk, s kimutattk, hogy az hibridizl (Watson-Crick bzisprosodson keresztl
ktdik) az egyszl fg genomhoz, de nem ktdik a kli genomhoz.
Az j vrusfehrjk gyrtsra vonatkoz informcit teht nem a riboszmlis RNS hordozta (abbl nem keletkezett
j kszlet), hanem egy msfajta RNS, amit elneveztek hrviv (messenger) RNS-nek, rviden mRNS-nek.
389
A genetikai kd feltrse
390
A genetikai kd feltrse
15.5. bra: Egy DNS szlrl lefordtott mRNS szekvencija elvileg 3 leolvassi keretben is lefordthat lenne
Azonban ez az eljrs is rugalmatlan lenne. Egyetlen pontmutci egyszerre hrom fehrjt is rintene. Msrszt
ekkora mr a mioglobin s a hemoglobin trszerkezete kapcsn ismert volt, hogy a fehrjk komplex felptsek,
1961-ben pedig Anfinsen bizonytotta, hogy a fehrje szekvencija hatrozza meg a trszerkezett s funkcijt.
A hrom, egyenknti elcssztatssal generlt leolvassi keretben az egyes fehrjk szekvencija olyan nagymrtkben
fggene egymstl, hogy nem lenne elegend szabadsg a rendszerben ahhoz, hogy hrom egymstl fggetlen
stabil trszerkezet jhessen ltre.
A hrom lehetsges leolvassi keret kzl teht csak egy lehet rvnyes. Ez azt is jelenti, hogy kell, hogy legyen
egy kezd start triplet. Az is nyilvnval volt, hogy zr tripletnek, teht stop jelnek is lennie kell.
391
A genetikai kd feltrse
Az mr ismert volt, hogy az AAA triplet lizint jelent. Feltve (s ez igaz volt), hogy a lizinhez nem tartozik citozintartalm triplet, a lizin beplsnek mrtkt az AAA kodon gyakorisghoz illeszkedve 100 egysgnek vettk.
A lizinen kivl mg 5-fle aminosav plt peptidbe. A prolin esetben ismert volt, hogy a CCC az egyik kodonja.
A tapasztalt aminosav beplsi arnyokat a legjobban a 15.1. tblzatban szerepl kodon sszettelek magyarztk.
A pontos triplet szekvencia ugyan nem volt megllapthat, de a nukleotid sszettel igen. Pldul egyrtelmen
kiderlt, hogy a hisztidint ebben a keverkben AC2 sszettel triplet kdolja, de azt nem tudjuk, hogy ez CAC,
CCA, vagy ACC. Az is ltszik, hogy hrom aminosavhoz (His, Pro, Thr) is fel kellett ttelezni AC2 sszettel
tripleteket. 1964-re szinte az sszes aminosavra meghatroztk a kdol triplet sszettelt, de mg mindig nagyon
kevs konkrt kodont sikerlt megfejteni.
392
A genetikai kd feltrse
specifikus trinukleotidok jelenltben igen, s ebben az esetben a riboszmhoz ktdve fennakad a szrn (lsd
15.6. bra).
Minden trinukleotidot megvizsgltak mind a 20 aminosav esetben. Ezzel a mdszerrel a 64 lehetsges triplet
kzl 50 esetben meghatroztk, hogy milyen aminosavat kdolnak.
A nagyon gyengn ktd tripletek, illetve a stop kodonok esetre azonban ms eljrs kellett.
393
A genetikai kd feltrse
394
A genetikai kd feltrse
395
A genetikai kd feltrse
396
A genetikai kd feltrse
15.9. bra: A kdsztrban az egyes kodonok nem random mdon vannak aminosavakhoz rendelve, a
hasonl szekvencij kodonok tbbnyire hasonl tulajdonsg aminosavat kdolnak
A genetikai kd teht gy evolvldott, hogy minimalizlja a pontmutcik hatst.
397
A genetikai kd feltrse
Teht 9 aminosavnak 2 kodonja van, 5-nek 4, 3-nak 6, 2-nek 1, s 1-nek 3. A 6 kodonnal br aminosavakat
leszmtva, amikor egy aminosavat tbb kodon hatroz meg, akkor a kodonok kztti klnbsg a harmadik
nukleotid pozciban van. Hat azonos jelents kodon esetben a klnbsg termszetesen egynl tbb pozcit
kell, hogy rintsen.
Mint emltettk, a nem vletlenszer kodon-aminosav kioszts rszben molekulaszerkezeti okokra vezethet vissza.
Ez az ok a kodon-antikodon kapcsolatban keresend.
Az mRNS-en lv kodon a tRNS-en lv antikodonnal lp kapcsolatba. A komplexben a kt nukleinsav lnc
antiparallel elrendezds.
Els rnzsre a legegyszerbb dekdolsi rendszer az lenne, ha a 61 kodont 61 antikodon olvasn ki, s mindhrom
kodon pozciban Watson-Crick bzisprok jnnnek ltre (lsd 15.10. bra).
398
A genetikai kd feltrse
Ekkor a 61 rtelmes kodonnak megfelelen 61-fle antikodon, vagyis legalbb ennyifle tRNS kellene. Csakhogy
hamar kiderlt, hogy a klibaktriumban vagy az lesztben ennl jval kevesebb tRNS van.
Ebbl azonnal kvetkezett, hogy a kiolvass alapja nem lehet mindhrom pozci tekintetben tkletes WatsonCrick bzisprosods. Amikor Robert Holley1964-ben azonostotta az leszt alanin-tRNS-ben az antikodont,
rdekes tnyre hvta fel a figyelmet. Arra, hogy az antikodon 3. s 2. pozcija (C illetve G) hagyomnyos WatsonCrick bzisprt tud kpezni az alanin kodonok 1. s 2. pozcijval (G illetve C), mg az antikodon els, teht 5
pozcijban egy mdosult bzis, inozin van.
A fenti ismeretek alapjn Francis Crick 1966-ban kzlte a ltyg (wobbling) kodon-antikodon kapcsolat
hipotzist. Ebben felttelezte, hogy az els kt kodon pozci minden esetben hagyomnyos Watson-Crick bzisprt
kpez, mg a 3. pozciban az ott lv bzistl fggen eltr megoldsok lehetnek, amelyek miatt 61-nl kevesebb
antikodon is elg lehet a 61 kodon egyrtelm kiolvasshoz.
A kodon harmadik pozcijt rint ltyg kapcsolatban megengedett bzisprosodsokat a 15.11. bra
foglalja ssze.
Teht ha az antikodon els pozcijban C van, az csak G-t, ha A van, akkor az csak U-t ismer fel a kodonon.
Ha az antikodon els pozcijban U van, az A-t s G-t, ha G van, akkor az C-t s U-t ismer fel. (Ez utbbi
magyarzza, mirt lehetnek univerzlisan azonos jelentsek az XYC s XYU kodonok).
Vgl, ha az antikodon els pozcijban I (inozin) van, akkor az U-t, C-t s A-t ismer fel.
sszefoglalva: az els kt kodon pozci mindig tkletes bzisprosodsban van. Az els antikodon pozci
hatrozza meg, hogy hnyfle bzis lehet a harmadik kodon pozciban, teht hnyfle kodont ismer fel az antikodon.
Ebbl kvetkezik, hogy ha egy aminosavnak tbb kodonja van, akkor azok, amelyek az els kt kodon pozciban
klnbznek, mindenkppen klnbz tRNS-t ignyelnek (3 ilyen aminosav van, a Leu, a Ser, s az Arg).
399
A genetikai kd feltrse
A harmadik kodon pozci termszetesen hozzjrul a specifitshoz, de ltygse kiegyenltheti az egyes kodonantikodon kapcsolatok affinitst. A tl ers kapcsolatokat gyengtve, gyorsthatja a disszocicit, gy nvelve a
transzlci sebessgt.
A ltygs ellenre a kodon-antikodon kapcsolat egyrtelm abban az rtelemben, hogy minden kodont csak
egyfle, annak megfelel aminosavat szllt tRNS ismer fel.
Az els kivtelt 1979-ben fedeztk fel. Kiderlt, hogy az emberi mitokondriumban nhny kodonnak ms a
jelentse, mint a standard kdsztrban.
A mitokondriumnak sajt tRNS kszlete van. Egyes tRNS antikodonok megvltozsa tette lehetv a kd varicit.
A mitokondrium genomok nagyon kevs (10-20) fehrjt kdolnak, fehrjik tbbsge a gazdasejt sejtmagjban
kdoldik, ezrt a mitokondrilis tRNS-ek mutcija kevs fehrjt rintett.
jabban egyb, nem mitokondrilis eltrseket is talltak pldul egyes archaekban, ahol a 22. aminosavnak is
nevezett pirrolizin beptsre az egyik stop kodon (UAG) szolgl. Azok az UAG kodonok, amelyek nem stop
jelknt, hanem pirrolizin beplsre szolglnak, specilis szekvencilis krnyezetben vannak, ami ltal egy specilis
400
A genetikai kd feltrse
tRNS segtsgvel szelektven felismersre kerlnek. Az aminosav kszlet bvtshez teht egy specilis tRNSnek, s egy kln enzimnek is ki kellett fejldnie az evolci sorn, amely a pirrolizint a tRNS-hez kapcsolja.
Ezen kvl vannak eltrsek a genetikai kdsztrban egyes protistknl (pl. Tetrachymena) is.
A genetikai kddal kapcsolatos legfbb szablyok teht a kvetkezk. A genetikai kd triplet alap, vesszmentes,
nem tfed, degenerlt, egyrtelm s kzel tkletesen univerzlis.
401
402
Transzlci (fehrjeszintzis)
16.1. bra: Dintzis igazolta, hogy a fehrjeszintzis az N-terminlis fell a C-terminlis fel halad
Ngy perc utn radioaktivits csak a C-terminlis vgi fragmentumban volt kimutathat. Az id nvelsvel a
radioaktivits a C-terminlis fell az N-terminlis fel hzdik. Br a jellds a C-tl az N-terminlis fel terjed,
a ksrlet logikjbl kvetkezen ez a lncpts tekintetben ppen fordtott irnyt jelent.
Dintzis, csak a mr elkszlt, teljes hemoglobinokat vizsglta. Amikor kevesebb idt hagyott a szintzisre, mint
amennyi egy teljes lnc elksztshez kell, csak olyan lncok kerlhettek radioaktv formban a fellszba,
amelyek szintzise folyamatban volt, amikor a radioaktv leucin beadsra kerlt. Ezekben a fehrjkben a jel
beadsig mr elkszlt rsz nem hordozhatott radioaktv jelet, csak az a rsz, amelyik a jel beadsa utn keletkezett.
Az, hogy a jells elszr a C-terminlison jelent meg, majd elre hzdott, teht azt jelentette, hogy a
polipeptidlnc szintzise az N-terminlistl a C-terminlis fel halad.
403
Transzlci (fehrjeszintzis)
16.2. bra: Prokaritkban a mg el sem kszlt mRNS-en lv informcit a riboszmk azonnal elkezdik
leolvasni
404
Transzlci (fehrjeszintzis)
405
Transzlci (fehrjeszintzis)
Egyes aminosavakhoz tartoz tRNS-ek egy tdik, fajonknt eltr mret kart is tartalmaznak, ennek neve
varibilis kar.
Br a tRNS lhere brzolsa szles krben elterjedt, knnyen felismerhet, 1974-ben kiderlt, hogy a molekula
trszerkezete ettl lnyegesen eltr (lsd 16.4. bra).
Nagyjbl egyidben tbb kutatcsoport is megoldotta rntgendiffrakcis eljrssal a tRNS trszerkezett. Kiderlt,
hogy a molekula trben nagyjbl L-alakot lt. Figyelemremlt, hogy az adapter funkci kt kritikus eleme,
vagyis az aminosav-kar s az antikodon hurok a molekula kt kill rszn, egymstl a lehet legtvolabb vannak.
Ezek a molekularszek nem vesznek rszt molekuln belli klcsnhatsokban. Ugyanakkor mindkt rsz kivlan
hozzfrhet molekulk kztti klcsnhats szmra.
406
Transzlci (fehrjeszintzis)
16.5. bra: A kt aminoacil-tRNS-szintetz osztly kt, kiss eltr mdon hozza ltre az amino-acil tRNS-t
Korbban mr emltettk, hogy az aminosav-AMP kztitermket elszr Hoagland s Zamecnik izollta.
A folyamat msodik szakaszban az aminoacil-tRNS-szintetz enzim specifikusan felismeri, s kti az aminosavnak
megfelel tRNS molekult. A felismers egyik eleme ltalban, de nem felttlenl az antikodon hurok, de ms
specifikus tRNS elemek is fontosak.
Az enzim katalizlja a tRNS feltltst a megkttt aminosavval az albbi sma szerint:
aminosav-AMP + tRNS = aminosav-tRNS + AMP.
Az ATP-vel meghajtott aminosav aktivls a kapcsolt reakcik szp pldja! Az aminosav s a tRNS kztt az
szterkts magtl nem jnne ltre, az a reakci nmagban endergonikus lenne. Az ATP rszvtele s exergonikus
talakulsa AMP s PPi termkekre exergonikuss teszi a kt rszreakci sszegt. Emlkeztetnk r, hogy a
407
Transzlci (fehrjeszintzis)
pirofoszft hidrolzise tovbb fokozza a reakci szabadentalpia cskkenst, gyakorlatilag egyirnyv tve a
szintzist. A reakci rszleteit a 16.5. bra mutatja be.
Mint kiderlt, az aminoacil-tRNS-szintetzoknak kt evolcisan elklnl csoportja ltezik. A 20-fle
aminosavbl tzet az I. osztlyba, a msik tzet a II. osztlyba tartoz enzimek tltik tRNS-re. A kt osztly
jellegzetesen eltr egymstl trszerkezet s katalitikus mechanizmus tekintetben. Amg az I. osztly enzimei
elszr a tRNS CCA vgn lv ribz 2 hidroxiljra kapcsoljk fel az aminosavat, majd az tkerl a 3 hidroxilra,
addig a II. osztly enzimei rgtn a 3 hidroxilra helyezik az aminosavat.
A reakci vgeredmnyeknt kialakul szterktst, s annak molekulris krnyezett a 16.6. bra mutatja.
Ahhoz, hogy nagy, pl. 1000 aminosavas fehrjk esetben is a szintetizlt fehrjk 99%-a hibtlan szekvencij
legyen, teht 1 szzalk alatt maradjanak azok, amelyek aminosavsorrendje nem felel meg a genetikai informci
408
Transzlci (fehrjeszintzis)
ltal diktltnak, a hibs aminosav beptsnek gyakorisga nem lehet nagyobb, mint 1:100000, azaz egy a
szzezerhez.
A nagy megbzhatsg kodon-antikodon kapcsolat mellett az alacsony hibaszzalk elengedhetetlen felttele,
hogy az aminoacil-tRNS-szintetzok legfeljebb minden szzezredik katalzis sorn helyezzenek nem megfelel
aminosavat a tRNS-re.
Ezt a specifikus szubsztrt kthely nmagban lehetv teszi azoknak az aminosavaknak az esetben, amelyek
fizikokmiai rtelemben kellen nagymrtkben eltrnek a tbbi 19 aminosavtl. Ilyenkor a megfelel aminosav
ktshez s a nem megfelel aminosavak ktshez tartoz affinitsok kellen nagymrtkben eltrnek. A ktfle
affinits klnbsge, mint G a termodinamika trvnyei szerint meghatroz egy egyenslyi llandt, egy arnyt
a megfelel s nem megfelel komplexek tekintetben, s ez az arny meghaladja a 10000:1 arnyt.
Vannak azonban olyan aminosavak, amelyek esetben ez nem teljesl. A treonin pldul csak egyetlen extra
metilcsoportban tr el a szerintl. A treonil-tRNS szintetz ktzsebe emiatt nagyjbl 100 katalizlt reakcibl
1 esetben szerin aminosavat helyez fel a normlisan treonint szllt tRNS-re.
A 16.7. bra illusztrlja, hogyan kpez komplexet a treonil-tRNS szintetz a treoninnal.
409
Transzlci (fehrjeszintzis)
16.9. bra: Az aktivl- s hibajavt-hely kztti ingzst a tRNS flexibilis karja teszi lehetv
A komplex rntgendiffrakcis vizsglatokbl szrmaz vals trszerkezet a 16.10. bra mutatja be.
410
Transzlci (fehrjeszintzis)
411
Transzlci (fehrjeszintzis)
Ezekbl a pldkbl azt hihetnnk, hogy minden aminoacil-tRNS-szintetz az antikodon hurkon keresztl ismeri
fel a neki megfelel tRNS-eket. Ez egyfell elmleti alapon sem valszn, msfell mr a kutatsok elejn talltak
ellenpldt. Az elmleti megfontols a kvetkez.
Hrom olyan aminosav is van (Arg, Leu, Ser), amelyeknek 6 kodonjuk van. A 6 kodonbl 4 csak a 3. kodon
pozciban tr el egymstl. Ezeket ki lehet olvasni 2 egymstl csak kiss eltr antikodonnal. A msik kt kodon
azonban jelentsen eltr az elbbi ngytl. Ezek kiolvasshoz az elztl jelentsen eltr antikodon kell. Az a
szubsztrt zseb, amelyik az egyik antikodon szettet specifikusan meg tuja ktni, nem ktheti meg a msik szettet.
Elvileg persze lehetne kt eltr kthelye az enzimnek, de nem ez a megolds.
A lnyeg, hogy az azonos aminosavakat szllt tRNS-eken legyen olyan kzs specifikus elem, ami csak
ezekre a tRNS-ekre jellemz, a tbbiben nem fordul el. A megfelel aminosav-tRNS szintetz ezt a specifikus
elemet ismeri fel szelektven. Ez a specifikus elem a tRNS-ek egy rsznl lehet ppensggel az antikodon hurok,
msoknl (lsd pl. Arg, Leu, Ser), ez eleve nem lehetsges.
Arra, hogy a szintetz nem felttlenl az antikodont ismeri fel, mr az elsk kztt megismert tRNS-ek egyike is
meglep pldval szolglt (lsd 16.12. bra).
16.12. bra: A kli alanil-tRNS szintetza a tRNSAla szerkezetben egyetlen G3-U70 bzisprt ismer fel,
ezrt egy mestersges mikro-RNS-t is feltlt alaninnal
A kli alanil-tRNS szintetza a tRNSAla egy apr egyedi rszlett ismer fel, de az antikodon hurokhoz egyltaln
nem kt. Az enzim egy nem Watson-Crick bzisprt ismer fel a tRNSAla aminosav karjn. A G3-U70 bzispr
csak a tRNSAla szerkezetben fordul el, a tbbi tRNS-ben nem. Az alanil-tRNS szintetz szmra egy szintetikus
RNS is megfelel mint szubsztrt, ha tartalmazza a tRNSAla-ra jellemz aminosav kar rszletet (lsd 16.12. bra).
Az enzim ezt a tRNS-re alig emlkeztet molekult alaninnal tlti fel.
412
Transzlci (fehrjeszintzis)
413
Transzlci (fehrjeszintzis)
riboszmt gtolja. A szerkezetek alapjn vlaszt lehet adni egy sor antibiotikum hatsmechanizmusra, st arra
is, hogy miknt vlnak ezek ellen rezisztenss a krokozk.
A 16.14. brn kzpen oldalnzetben szerepel a bakterilis riboszma. A nagy alegysg fell, a kis alegysg alul
helyezkedik el. Az bra baloldaln a nagy, a jobboldaln a kis alegysg lthat. Mindkt alegysg esetn arra a
felsznre tekinthetnk r, amelyik mentn a kt alegysg sszekapcsoldik.
Jl lthat, hogy a riboszma mindkt alegysge esetben az RNS mennyisge lnyegesen meghaladja a fehrje
mennyisgt. A sztszedett llapotot mutat kpen az is ltszik, hogy a kt alegysg kztti terleten, ahol a
folyamatok dnt tbbsge lezajlik, szinte csak RNS tallhat.
A riboszmlis RNS-ek hatalmas mret nukleinsavak, amelyeknek hatrozott trszerkezetk van, amelyen bell
nll feltekeredsre kpes domnek definilhatk.
A kis alegysg f funkcija az mRNS dekdolsa, mg a peptidkts kialakulsnak katalzise a nagy alegysg
terletn zajlik.
Az mRNS a kisebbik riboszma alegysghez ktdik. Ez prokaritknl egy, az mRNS-en tallhat specilis
szekvencin keresztl trtnik (lsd 16.15. bra).
414
Transzlci (fehrjeszintzis)
415
Transzlci (fehrjeszintzis)
416
Transzlci (fehrjeszintzis)
417
Transzlci (fehrjeszintzis)
418
Transzlci (fehrjeszintzis)
A helyes kodon-antikodon kapcsolat ktserssge ugyan nagyobb, mint a hibs, de az affinitsok klnbsgbl
fakad, a termodinamika trvnyei ltal diktlt arny messze nem eredmnyezne ilyen alacsony hibartt.
A megfelel kodon-antikodon kapcsolat egyrszt megfelel geometrit eredmnyez, msrszt azt is jelenti, hogy
bizonyos egymsnak megfelel kmiai csoportok prban jelennek meg. A szerkezet alapjn kiderlt, hogy nem
csak a kodon s az antikodon ismerik fel egymst. A riboszma bizonyos RNS bzisai s aminosav-csoportjai
letapogatjk, hogy a geometria megfelel-e, s hidrognhidak kialaktsa rvn ellenrzik, hogy a helyes kmiai
csoport-prok megvannak-e. Ez a letapogats rendkvl szelektv az els s msodik kodon pozciban, ahol mindig
tkletes Watson-Crick bzisprnak kell kialakulnia, s kevsb szigor a harmadik pozciban, ahol a szably is
lazbb. A riboszma teht ily mdon stabilizlja a helyes kapcsolatokat, s destabilizlja a hibsakat.
A rntgenszerkezetek azt is demonstrltk, hogy amikor a letapogats megfelel kapcsolatot jelez, akkor az A
kthely konformcija egy nyitottabb llapotbl zrtabb vlik. Ez a konformcivltozs a felels azrt, hogy
az EF-Tu GTP-z aktivitsa mkdsbe lpjen.
Amint az EF-Tu hidrolizlta a GTP-t s GDP-kttt llapotba kerlt, konformcivltozson megy keresztl, s
levlik a riboszmrl. Az EF-Tu faktor regenerlst az EF-Ts faktor segti el, amely az EF-Tu-GDP komplexhez
ktdve gyorstja a GDP levlst. A szabadd vl EF-Tu jra GTP-t kt, miltal kszen ll egy jabb aminoaciltRNS megktsre s szlltsra.
A GTP-GDP talakulst ksr negatv szabadenergia vltozs rszben az EF-Tu konformcivltozsra fordtdik,
rszben pedig irreverzibiliss, teht egyirnyv teszi a folyamatot.
419
Transzlci (fehrjeszintzis)
A kmiai rszleteket a 16.22. bra illusztrlja, jelezve, hogy a reakci els lpseknt a nukleofil tmad
aminocsoportot ltalnos bziskatalzis rvn aktivlni kell.
16.23. bra: Formilcsoport hinyban az els aminosav aminocsoportja tmadhatn a msodik aminosav
s a tRNS kztti szterktst
Azt, hogy ez a mechanizmus ltezik-e, a kvetkez mdon teszteltk (lsd 16.24. bra).
420
Transzlci (fehrjeszintzis)
16.24. bra: Amioacil-tRNS-ek aminosavnak kmiai mdostsval kidertettk, hogy a riboszma nem
ellenrzi a tRNS-aminosav kapcsolat megfelelsgt
In vitro folyamatban a megfelel komponensek (aminosav, tRNS, ATP, az adott aminosavra szelektv enzim)
segtsgvel Cys-tRNSCys aminoacil-tRNS-t lltottak el. Ezutn egy kmiai reakcival a ciszteinil csoportot
alanil csoportt alaktottk. Ezltal egy hibs aminosav-tRNS prostst hoztak ltre. Klnbz ksrletekben
megvizsgltk, hogy a riboszma elfogadja-e ezt a hibs szubsztrtot. A vizsglatok egybehangz eredmnye az
volt, hogy a riboszma a ciszteinnek megfelel helyekre pti be az alanint, mgpedig ugyanolyan hatsfokkal,
mintha a tRNS ciszteint hordozna.
A riboszma teht nem ellenrzi az aminosav-tRNS (vagy aminosav-antikodon, illetve aminosav-kodon)
kapcsolat megfelelsgt. A riboszmn kizrlag a kodon-antikodon kapcsolat kerl ellenrzsre.
421
Transzlci (fehrjeszintzis)
16.26. bra: Az EF-G trszerkezete hasonlt egy aminoacil-tRNS-EF-Tu komplex trszerkezetre (PDB:
1DAR)
Ez az gynevezett molekulris mimikri szp pldja. Az EF-G fehrjnek versenyeznie kell az EF-Tu s az
aminoacil-tRNS ltal alkotott komplex-szel az A-helyrt. Az A-hely mind a tRNS-t, mind az EF-Tu-t kti. Csak
egy olyan fehrje tud eredmnyesen versengeni, amelyik mind a kt kapcsolattal verseng. Az EF-G 2 domnje,
kztk a GTP-z domn, homolg az EF-Tu-val, ezrt is lehet a kt fehrje hasonl, de az EF-G tRNS-t imitl
rsze, amely 3 domnbl ll, eltr eredet.
A teljes ciklust a 16.27. bra foglalja ssze. Ez a ciklus ismtldik minden egyes aminosav beptsekor.
16.27. bra: A fehrjeszintzis elongcis szakaszban egymst kvet lpsek sszefoglal bemutatsa
422
Transzlci (fehrjeszintzis)
A keletkez polipeptidlnc egy hossz csatornn, mint egyfajta krtn (szlcsatornn) keresztl tvozik a
riboszmrl (lsd 16.28. bra). A krt helyt az brn zld kr jelzi.
16.29. bra: Egy Release faktor (RF) trszerkezete, a faktor vzmolekult szllt
Az RF1 az UAA s UAG, az RF2 az UAA s UGA stop kodonokat ismer fel. Az RF1 s RF2 fehrjk trjai
fal mdjn mkdnek. Aminosav helyett vzmolekult szlltanak, s segtsgkkel a peptidil-transzferz hely
hidrolizlja P-helyen lv peptidil-tRNS szter ktst. A polipeptid gy eltvozhat.
A htramarad tRNS s az RF1 vagy RF2 tvozst is el kell segteni. Ez az RF3 fehrje feladata, amely az
elz RF fehrjkkel ellenttben egy GTP-z. Az emltett komponensek eltvoltshoz teht GTP hidrolzis
szolgltatja az energit.
423
Transzlci (fehrjeszintzis)
Utols lpsknt a kt riboszmlis alegysg disszocil. Ezt a riboszma reciklizl faktor (RRF) s a mr
megismert EF-G egyttesen idzik el. A kt alegysg sztvlsa utn az mRNS is levlhat, s a rendszer ksz
egy jabb inicicis fzisra.
16.30. bra: A puromicin egy aminoacil-tRNS-t imitl, de szterkts helyett amidktst tartalmaz
424
Transzlci (fehrjeszintzis)
A puromicin, a tRNS CAA vgnek utols adenozin egysgt imitlja, olyan, mintha ahhoz egy metillt fenilalanin
lenne kapcsolva. Ugyanakkor egy normlis aminoacil-tRNS-sel ellenttben, itt nem szterkts van a molekulban,
hanem egy stabil amid kts.
Amikor a peptidil-transzfer segtsgvel a puromicin tveszi az addig keletkezett peptidet az NH2-csoportjra, az
eredmny egy C-terminlis puromicin lesz. Csakhogy ez a lncvg nem folytathat, mert nincs meg benne az az
szterkts, amit a soron kvetkez aminoacil-tRNS aminocsoportja eredmnyesen tmadhatna. A puromicin
emiatt lnctermincit okoz.
A torokgyk krokozja fehrjeszintzis gtlson keresztl fejti ki hatst. A Corynebacterium difteriae egyes
trzsei diftria-toxint termelnek. Ennek a toxinnak egyetlen mikrogrammja (!) hallos lehet a baktriummal
szemben nem immunizlt egyn szmra. Sejtenknt egyetlen molekula toxin elg a sejt pusztulshoz!
Az eukarita elongcis faktor, EF2-t a bakterilis EF-Tu homolgja. Az EF2 poszttranszlcis modifikci
eredmnyeknt hordoz egy specilis mdostott hisztidin oldallncot, ami elengedhetetlen a funkcijhoz. A toxin
egy enzim, ami a megtmadott sejtbe jutva a sejt NAD koenzim kszlett felhasznlva ADP-ribozillja az EF2
mdostott hisztidinjt (lsd 16.31. bra).
Ezltal egyetlen enzimmolekula is kpes lelltani a sejt fehrjeszintzist.
16.31. bra: A diftria-toxin egy mdosult hisztidil-csoporton ADP-ribozillja az EF2 elongcis faktort.
425
426
A fehrjemkds szablyozsa
A fenti megllapods all ltszlag kivtelt kpeznek azok a fehrjk, amelyeknek nincs j meghatrozott 3dimenzis szerkezete. Az utbbi vtized fontos felismerse, hogy meglepen sok fehrje tartozik ebbe a
szakirodalomban az IDP-nek (eredenden rendezetlen fehrje: intrinsically disordered protein) vagy IUP-nek
(szerkezetnlkli fehrje: intrinsically unstructured protein) rvidtett szerkezeti kategriba. Azonban a
szerkezetnlkli fehrjk is klcsnhatsba lpnek ms fehrjkkel, s ekkor vagy az interakciban rsztvev
lncrszlet vagy akr az egsz fehrje jl definilt szerkezetet vehet fel.
A ligandum a fehrje kthelyvel lp klcsnhatsba (az enzimek esetn a szubsztrt is egy ligandum, ami a
szubsztrtkthellyel lp klcsnhatsba, lsd a 8. fejezetben). A fehrjk szelektlnak a krnyezetkben lev sok
ezer molekula kzl, biolgiai jelentsge csak a specifikus (fajlagos) klcsnhatsoknak lesz. A molekulris
felismers alapja, hogy a kthely trben, tltsmintzatt, hidrofb s hidrofil jellegt tekintve komplementer a
ligandummal. A molekulris felismers is teht ugyanolyan gyenge msodlagos ktseken keresztl valsul
meg, mint amilyen klcsnhatsok szerepet jtszanak a fehrje trszerkezet kialaktsban (hidrofb effektus, van
der Waals klcsnhats, hidrogn-hd, skts; lsd 5.5. fejezet). Fontos emlkeztetnnk r, hogy a termodinamikai
stabilitshoz hozzjrul hidrofb effektus entrpikus hats (lsd G = H - TS).
Fontos megemltennk jbl azt a tnyt is, hogy a fehrjk trszerkezete csak kis termodinamikai stabilitssal
rendelkezik. Egy tlagos mret globulris fehrje natv szerkezetnek stabilitsa (G = Gn- Gd -40 kJ/mol).
Ebbl a tnybl az is kvetkezik, hogy a fehrjk flexibilisek, a szerkezetk dinamikus (utalunk pl. a mioglobin
oxignktst elsegt atomi rezgsekre, amit a fehrje lgzsnek neveznk; lsd a 7.3. fejezetben). A
trszerkezet flexibilitsa elfelttele a fehrjk mkdsnek, hiszen ahogy azt kifejtettk, az alakvltozs a
fehrjk gyakorlatilag egyetlen kommunikcis lehetsge. Ennek megfelelen a fehrjemkds szablyozsa
is a trszerkezet s/vagy a trszerkezet dinamikjnak megvltozsn keresztl trtnik, mint azt a tovbbi
alfejezetekben majd bemutatjuk.
A ligandumkts kivltotta konformcivltozsra pldaknt a kalmodulin Ca2+- s clfehrje ktst (17.1. bra),
valamint a hemoglobin oxignktst mutatjuk be, az utbbit a dezoxi-Hb s az oxi-Hb trszerkezetrl kszlt
animci segtsgvel (lsd 17.2. bra).
17.1. bra: A kalmodulin konformcivltozsa ligandumkts hatsra. Apo (ligandum nlkli) kalmodulin
(bal), Ca2+-kttt (kzps), s egy clfehrje, a Ca2+-kalmodulin-fgg kinz ktpeptidvel alkotott komplex
(jobb). A szalagmodellel brzolt polipeptidlnc -hlixei klnbz sznek. A Ca2+-ok zldek, a CaM-kinz
peptid piros (PDB: 1DMO, 1CLL, 1CKK).
427
A fehrjemkds szablyozsa
17.3. bra: Az induklt-illeszkeds modell egy pldja. A hexokinz enzim szerkezete szubsztrt nlkl (bal;
a nyl a ktzsebet mutatja) s glkz jelenltben, ahol a zseb bezrult (jobb; a glkz nem ltszik) (PDB: 1HKG
s 1GLK).
A fehrjeszerkezet dinamikjbl kvetkezik, hogy a fehrje klcsnhatsok jelents rszben a ligandum nem
egyformn ktdik az egymstl kiss eltr konformcij llapotokhoz, mintegy vlogat ezek kzl. Ennek
lersra vezettk be az n. konformci-szelekci (conformation-selection) modellt (elsk kztt magyar kutatk,
Straub F. Brun s Szabolcsi Gertrd vetettk fel ezt a klcsnhatsi mechanizmust 1964-ben).
A fehrjk a kmiai reakcik felgyorstsn kvl kpesek klnbz energiatalaktsokra is. Specilis energitvitel,
n. energiatranszdukci trtnik a motorfehrjk mkdse sorn, melyek az ATP kmiai energijt mechanikai
munkv alaktjk. A fehrjeevolci egyik cscsteljestmnye a forgmotorknt mkd ATP-szintz fehrje
komplex, amely az oxidatv foszforilci sorn a sejtek mkdshez nlklzhetetlen energiavalutt, az ATPt lltja el nagy mennyisgben. Szintn energiatranszdukci trtnik a molekulris pumpk kzremkdsvel,
amelyek ugyancsak az ATP makroerg ktseiben trolt kmiai energit aktv transzportra, teht ozmotikus
munkra fordtjk (lsd 20.5. fejezet).
Ebben a fejezetben a fehrjk aktivitsnak szablyozsrl lesz sz, amely szintn a fehrjk konformcijnak
megvltozsn alapszik, s a fenti gondolatmenetet kvetve informcis transzdukcinak tekinthet. Ebben az
esetben a ligandum ktsi energija konformcivltozso(ko)n keresztl informciv alakul, azaz informcit
kzvett. A szablyoz fehrjk egyik csoportja mintegy binris molekulris kapcsolknt mkdik, bekapcsolt
428
A fehrjemkds szablyozsa
s kikapcsolt szerkezeti llapotban lehet: a bekapcsolt, pldul ligandum kttt llapotban kpes ktdni a
szablyozand clfehrjhez, mg a kikapcsolt llapotban, az apo-formban nem. A 17.1. brn bemutatott
kalmodulin is egy molekulris kapcsol, ahol a Ca2+-kttt forma a bekapcsolt llapot, ktdni kpes a
clfehrjihez. Szintn molekulris kapcsolk az n. G-fehrjk, amelyek a molekulris jeltovbbts, a szignl
transzdukci fontos szablyoz fehrji (lsd pldul a 11.22. bra), amelyek GTP-kttt formban ktdnek a
clfehrjikhez, mg GDP-kttt formban nem (lsd pldul az adrenalin hatsmechanizmust a 17.3.3. fejezetben).
429
A fehrjemkds szablyozsa
430
A fehrjemkds szablyozsa
431
A fehrjemkds szablyozsa
17.8. bra: Az ATC-z enzim trszerkezete. A 2x3 katalitikus alegysg sznei piros s zld rnyalatak. A 3x2
regulcis alegysg vilgoskk s srga. A teljes szerkezetet kt orientciban mutatjuk be felszni brzolssal.
Kln kiemeltnk egy-egy katalitikus s regulcis alegysget szalagbrzolssal, valamint az allosztrikus
gtlszer CTP-t (piros) s a katalitikus alegysghez ktd szubsztrt analgot (PALA; lila) (PDB: 1RAI s 8ATC)
Az ATC-z enzimreakci kezdeti sebessge nem kveti a Michaelis-Menten kinetikt, nem hiperbola, hanem
szigmoid alak, azaz kooperativitst mutat (lsd 17.9. bra).
432
A fehrjemkds szablyozsa
17.9. bra: Az ATC-z allosztrikus enzim szubsztrt teltsi grbje. Az ATP pozitv, a CTP negatv
allosztrikus effektor.
Szubsztrt nlkl a fehrje preferltan a T llapotban van, mg a szubsztrtot az R llapotban kti nagyobb
affinitssal. A szubsztrt ktdse az egyik alegysghez a tbbi alegysgben a TR irnyba tolja el a konformcis
egyenslyt (lsd 17.10. bra). A kooperativits szerkezeti alapja a katalitikus alegysg interakcis felsznek
kztti konformcivltozs, amit a szubsztrtkts kvetkeztben a katalitikus alegysg kt domnjnek zrdsa
(induklt illeszkeds) idz el.
Az enzimet a pirimidin szintzis reakci vgtermke, a citidin-trifoszft (CTP) allosztrikusan gtolja. A CTP
a regulcis alegysghez ktdik s az enzimfehrje konformcis egyenslyt a T llapot fel tolja el (azaz a T
llapothoz kt preferltan). Ezzel szemben az ATP (a purin bioszintzis egyik vgtermke, a sejt magas
energiafeltltttsgnek jele) az ATC-z enzim pozitv allosztrikus effektora.
Ez logikus szablyozsi lps, hiszen egyrszt a sejt a legtbb nukleotidot DNS szintzisre hasznlja, a DNS
molekulban a Chargaff-szablyok alapjn a purin s pirimidin nukleotidok arnya megegyezik, kvetkezskppen
a sejtnek clszer ugyanolyan mennyisgben ellltania ket. Ezen kvl a magas energiaszint a replikcin kvl
a transzkripcihoz is kell, amihez szintn szksg van pirimidin nukleotidokra. Az ATP a regulcis alegysghez
kt, preferltan az enzim R konformcis llapothoz (mskppen fogalmazva a konformcis egyenslyt az R
llapot fel tolja el) (lsd 17.10. bra).
17.10. bra: Az ATC-z T s R konformcis llapota. A CTP, mint negatv allosztrikus effektor, az egyenslyt
a T llapot fel, mg a szubsztrt (pozitv kooperativits) s az ATP az R llapot fel tolja el.
Az enzimek vilgban termszetesen nem csak a metabolikus tvonalak elktelezett lpst katalizl
enzimfehrjkre jellemz az allosztrikus szablyozs. A motorfehrjknl a polimer snt (ami mentn a motor
mozog) felpt fehrjk, az aktin illetve a tubulin allosztrikus effektorknt fokozzk a miozin illetve a kinezin
s a dinein motorokfehrje ATP-z aktivitst. A jeltvitelben (szignl transzdukci) szerepet jtsz enzimeknl
433
A fehrjemkds szablyozsa
a msodlagos hrvivk allosztrikus aktivtorknt bekapcsolnak protein-kinz enzimeket (a cAMP a proteinkinz A, a Ca2+ a protein-kinz C enzimeket; lsd 17.3. fejezet).
A reverzibilis acetilcira plda a hiszton fehrjk mdostsa, amelynek fontos szerepe van az eukarita
transzkripci szablyozsban (lsd 18.3.2.2. fejezet). A funkcionlis csoport az acetil-koenzim-A molekulrl
szrmazik, a reakcit katalizl enzimek a hiszton-acetiltranszferzok (HAT). Az acetil-csoport Lys oldallncra
kerl. A csoport eltvoltst a hiszton-dezacetilzok vgzik. Fontos szrevennnk, hogy a mdostott aminosav
elveszti a pozitv tltst (de negatv tltse sem lesz).
A fehrje metilcirl (pl. a hiszton fehrjk, de az aktin s a miozin is metilldnak poszttranszlcisan) sokig
gy gondoltk, hogy irreverzibilis szablyozs, de ma mr tudjuk, hogy lteznek protein-demetilz enzimek is,
amelyek el tudjk tvoltani ezt a csoportot, ezltal szerepet tlthetnek be pldul a gnexpresszi szablyozsban.
Az ADP-ribozilcinl a NAD ktharmada kerl a fehrje pl. Arg oldallncra. Sokszor nem csak egy funkcis
csoport kerl a fehrjre, hanem n. poli-ADP-ribozilci trtnik, amelyet a PARP (poli-ADP-ribz polimerz)
enzimek katalizlnak. Ez a mdosts igen fontos szerepet tlt be a DNS hibajavtsban, gyulladsos folyamatokban,
az apoptzis szablyozsban.
Az ubiquitinls az intracellulris clzott fehrjedegradci egyik legfontosabb szignlja, amikor egy fehrjre
rkerl egy vagy tbb ubiquitin izopeptid ktssel. Ezek a megjellt fehrjk a proteaszmban lebomlanak. (Az
ubiquitin-fgg fehrjedegradcis tvonal feldertsrt a magyar szrmazs Avram Hershko, Aaron Chachanover
s Irwine Rose trsasgban 2004-ben Nobel-djat kapott.) A reverzibilis ubiquitinls (s a rokon SUMO fehrje
434
A fehrjemkds szablyozsa
ltal kzvettett sumoills) tbbek kztt a transzkripci, a DNS hibajavts, az apoptzis szablyozsban jtszik
szerepet.
A fehrjk aminosav oldallncainak poszttranszlcis kovalens mdostsai kzl a fehrjemkds szablyozsa
szempontjbl a legelerjedtebb a reverzibilis fehrje foszforilci. Becslsek szerint az eukarita fehrjk legalbb
egyharmadra rkerlhet egy vagy tbb foszftcsoport, amely meg tudja vltoztatni a fehrje trszerkezett vagy
a trszerkezet dinamikjt, s ezltal szablyozza az aktivitst.
435
A fehrjemkds szablyozsa
436
A fehrjemkds szablyozsa
437
A fehrjemkds szablyozsa
17.13. bra: A protein-kinz A enzim mkdsnek vzlata. A bal oldali inaktv llapotot az aktv helyhez
ktd pszeudoszubsztrt okozza (intrasztrikus gtls). Az allosztrikus effektor cAMP ktdse aktivlja az
enzimet gy, hogy a katalitikus s regulcis alegysgek disszocilnak (jobb oldal).
Ennek megrtshez elszr nzzk meg mi a PKA clfehrjk konszenzus szekvencija: R(R/K)X(S/T)Z. Ezek
alapjn olyan szekvencit ismeri fel a PKA szubsztrtknt, amelynek az els aminosava Arg, a msodik pozitv
tlts (ezt jelzi a konszenzusszekvencik egybets rsmdja szerint az R vagy K), a harmadik aminosav brmi
lehet (ezt jelzi az X), a negyedik Ser vagy Thr, vgl az tdik aminosav hidrofb karakter (ezt jelzi a Z). Teht
az enzim szubsztrtkt zsebbe egy t aminosavbl ll peptidszakasz illik bele, s a negyedik pozciban lv
Ser vagy Thr hidroxiljra kerl az aktv helyen lv ATP-rl a terminlis foszftcsoport. Fontos emlkeztetnnk
r, hogy az ATP (mint minden ms ATP-t kt enzimnl) Mg2+-komplex formjban (lsd 17.14. bra) ktdik
a fehrjhez. Ennek oka tbbek-kztt, hogy a magnzium jelenltben az ATP hastand P-O ktse ersebben
polarizldik, ezrt knnyebben lezajlik a reakci.
438
A fehrjemkds szablyozsa
17.15. bra: A PKA enzim szerkezete inaktv llapotban. A katalitikus alegysg piros, a regulcis alegysg
vilgoskk szn. Az utbbi N-terminlis rgija, a pszeudoszubsztrt szekvencia kk. Az aktv helyen lv ATPanalg trkitlt brzolssal zld. (PDB: 3FHI)
17.16. bra: Izopeptid kts egy Gly -karboxilcsoport s egy Lys e-aminocsoport kztt.
Vgl megemltjk az n. lipidhorgonyok fehrjkre kerlst (lsd mg 11.5.2 fejezet). Ilyen mdon kerl
pldul szmos jeltviteli folyamatokban szerepet jtsz fehrjre a sejtmembrnhoz trtn lokalizcijukat
biztost lipidcsoport. Kt pldt mutatunk be. Mirisztoil-csoport (C14:0 teltett zsrsav) kerl egy transzferz
enzim segtsgvel, amidktssel pl. a kis G-fehrje, a Ras N-terminlis Gly -aminocsoportjra. A farnezills
sorn pedig egy izoprncsoport kerlhet fehrjkre, mint pldul az Src protein-kinzra.
(A Ras egy kis GTP-z fehrje ami fontos protoonkogn, s tbbek kztt a sejtprolifercis jeltviteli tvonalakban
jtszik szerepet, mg onkogn mutnsai a humn tumorok kzel egyharmadban megtallhatk. Az Src a
sejtszaporodst szablyoz n. szolubilis tirozin-specifikus protein-kinz, szintn protoonkogn fehrje).
439
A fehrjemkds szablyozsa
440
A fehrjemkds szablyozsa
17.18. bra: A protrombin szerkezeti smja s proteolitikus hastsa trombinn. A Gla-domn g-Glu
aminosavakat tartalmaz, a kringle-domn fehrje-fehrje klcsnhatsokban vesz rszt.
A protrombin N-terminlisn egy Gla-domn tallhat, amely poszttranszlcisan kialakul g-glutaminsavakat
tartalmaz (az oldallncban kt karboxilcsoport van; lsd 17.19. bra). Ezt a domnt kt, tipikusan fehrje-fehrje,
domn-domn klcsnhatsokban rsztvev n. kringle-domn (topolgija alapjn egy dn perec utn elnevezve)
kveti, vgl a C-terminlis vgen tallhat a szerin-protez modul. A protez egysg aktivitst a Gla- s a
kringle-domnek a protombinban gtoljk, msrszrl viszont elsegtik a protrombint aktivl Xa-vralvadsi
faktor ktdst. A protrombin aktivci sorn kt peptidkts hasad (lsd 17.18. bra), s ennek eredmnyeknt
szabadul fel a katalitikus rgi a gtls all.
17.19. bra: A protrombin Gla-domn trszerkezete s a Gla (g-Glu aminosav). Ca2+: zld, a g-Glu aminosavak:
piros (PDB: 2PF2)
A trombin, egy tipikus szerin-protez, amely azonos mdon mkdik a korbban ismertetett kimotripszinnel (lsd
8.5.3. fejezet). Szubsztrtspecifitsa ugyan hasonlt a tripszinhez, de jval szkebb, mivel az Arg utni peptidktst
szinte csak Leu-Val-Pro-Arg-Gly-Ser szekvencit megktve, hastja.
A g-glutaminsav szintzist egy K-vitamin-fgg enzim katalizlja. Ennek a poszttraszlcis ton keletkez
aminosav oldallncnak az a jelentsge, hogy az egy karboxilcsoporthoz kpest jval ersebb fmion keltor, ezrt
az rfal srlsekor felszabadul Ca2+-ot koordincis ktssel megkti (lsd 17.19. bra), ezzel a srls helyhez
csalogatja a protrombint, s a zimogn aktivci ott fog megtrtnni, ahol a vralvadsra szksg van.
441
A fehrjemkds szablyozsa
rdekessgknt megjegyezzk, hogy az oldallnc karboxillst vgz enzimet gtolja a kumarin szrmazk
dikumarol s a warfarin (4-hidroxikumarin), amelyek antikoagulns (vralvadsgtl) szerek. Magas
koncentrciban az ilyen szerek bels vrzseket okoznak, az utbbit, ezt kihasznlva patknymregknt is
hasznljk.
Vgl megemltnk nhny egyb pldt az irreverzibilis proteolzissel trtn proprotein/proenzim (zimogn)
aktivlsra: A komplementrendszer proteolitikus kaszkdjt mr emltettk. A prohormonok is limitlt
proteolzissel aktivldnak (pl. proinzulin-inzulin talakuls). A leggyakoribb ktszveti fehrje, a kollagn
prokollagnknt szintetizldik, s irreverzibilis proteolzis utn jnnek csak ltre a kollagn fibrillumok. Az
egyedfejlds sorn szksg lehet a kollagn elbontsra (lsd pldul az ebihal farokszvetnek lebomlsa), amit
a kollagenz enzim katalizl, de csak miutn a zimogn prokollagenz limitlt proteolzissel aktivldott. A
programozott sejthall, az apoptzis egyik tletvgrehajtja a kaszpz enzimcsald, amelynek inaktv zimognjei
a prokaszpzok.
(A kaszpzok angol nevben - caspase - a kezd cbet onnan ered, hogy a cisztein- protezok kz tartoznak,
az asp pedig a szubsztrtspecificitsukat jelzi, mivel Asp oldallnc utn hastjk a peptidktseket. E
protezcsaldban a szerin-protezokhoz hasonl katalitikus appartus vgzi, de Ser, His, Asp trid helyett itt egy
Cys, His did alkotja a katalitikus centrumot.)
442
A fehrjemkds szablyozsa
443
*A sejtekbl izollt teljes mRNS %-ban. Forrs: Science (1995) 270,484; BBRC (2000) 269,110; Stem Cells
(2004) 22, 51.
444
A gnexpresszi szablyozsa
Szablyozsi szempontbl az elbbire plda a klnbz izoformk/izoenzimek expresszija (lsd 17.5. fejezet)
valamint az sszes, a szintn az elz fejezetben trgyalt poszttranszlcis fehrjeszablyozsi mechanizmus,
valamint az ebben az e-knyvben nem trgyalt protein targeting, a fehrjk megfelel kompartmentbe val
juttatsa is. A fehrjk mennyisgt (koncentrcijt) pedig az ellltsuk s a lebontsuk szintjn lehet szablyozni
(lsd 18.1. bra).
A fehrjk szablyozott lebontsval ebben a fejezetben nem foglalkozunk (lsd pldul a proteaszmn keresztl
trtn szablyozott lebomls, amit rviden bemutattunk a 17.4. fejezetben). A fehrjk ellltsnak szablyozsa
viszont a gnexpresszi mindkt szintjn megvalsulhat. Alapveten azt mondhatjuk, hogy a szablyozs
gyakrabban a transzkripci sorn (transzkripcis kontroll), ritkbban a transzlci szintjn (transzlcis
kontroll) valsul meg. Ez szablyozselmleti alapon rthet is, hiszen a transzkripci is energiaignyes folyamat,
gazdasgosabb mr az mRNS szintzist kikapcsolni (vagy nem bekapcsolni), ha az adott gntermkre nincs
szksg (emlkezznk, ugyanez az elv rvnyesl az anyagcsere utak szablyozsnl is, lsd 17.2.2. fejezet).
Lehet szablyozni a gnexpresszi szintjt, legalbbis az eukarita sejteknl, poszttranszkripci szinten is
(poszttranszkripcis kontroll). Az egyik plda a korbban bemutatott alternatv splicing (lsd 14.10. fejezet)
folyamata, a msik lehetsg pedig a nem olyan rgen felismert RNS interferencia jelensge, amelynek sorn a
citoplazmban a mr rett mRNS-ek, mieltt transzlci trtnik rluk, degradldhatnak.
Termszetesen nem minden gn expresszija ll szablyozs alatt. Vannak n. hztartsi (housekeeping; ms
nven konstitutv) gnek, amelyek fehrjetermkre minden sejtnek mindig szksge van. Ide tartoznak pldul
az alapanyagcsere, pldul a glikolzis enzimei, az eukaritkban pedig a sejtvz rszt kpez aktin vagy a
szablyozott fehrjelebontsban szerepet jtsz ubiquitin fehrje (a neve is erre utal: mindentt elfordul).
445
A gnexpresszi szablyozsa
A gnexpresszi, mint minden ms szablyozs lehet pozitv s negatv, aktivci s gtls. Az RNS-szintzist
befolysol regulcis fehrjket ltalnosan transzkripcis faktoroknak (TF) nevezzk. Definci szerint a TFek specifikus DNS-kt fehrjk.
A transzkripci negatv szablyozsa (represszi) inkbb a prokarita gnekre jellemz. A transzkripcit gtl
szablyoz fehrjket represszor proteineknek hvjuk. A pozitv szablyozst (indukci vagy aktivci) vgz
TF-ek pedig az aktivtor proteinek. Az aktivci inkbb az eukarita gnexpresszi szablyozsra jellemz. A
molekulris genetika cisz-elemeknek nevezi a DNS-en tallhat, a transzkripcit befolysol, fehrjk ltal
felismerhet konszenzus szekvencikat (ilyen pldul a promter), mg transz-elemnek a gnexpresszit szablyoz,
de nem a DNS-molekuln tallhat elemeket, amelyek alapveten a TF-ek (azaz fehrjk, amelyeket termszetesen
gnek kdolnak, de azok expresszijt ms transz-faktorok szablyozhatjk).
A transzkripci szablyozsban rsztvev fehrjk msik csoportjba a transzkripcis kofaktorok (korepresszor,
koaktivtor) tartoznak. Definci szerint nekik nincs DNS-kt domnjk, hanem a TF-ekhez ktdve fejtik ki
szablyoz szerepket (plda rjuk a ksbb trgyaland Meditor-komplex).
A gnexpresszi szablyozsnak megrtse szempontjbl az els nagy ttrs 1960-ban trtnt, amikor a Francois
Jacob s Jacques Monod E. coli-val vgzett genetikai ksrleteik alapjn megalkottk az operon modellt.
(rdekessgknt megemltjk, hogy a mkdsi modell logikjnak a kitallshoz dnt mrtkben hozzjrult
Szilrd Le, a nukleris magreakci gondolatt is elszr megsejt magyar atomfizikus.). Mieltt az operonok
mkdst molekulris szinten bemutatjuk, fontos hangslyoznunk, hogy ez a szablyozsi elv, illetve az operon,
mint szablyozsi egysg, mint ksbb kiderlt, csak a prokaritkra igaz ltalnosan (br megjegyzend, hogy
egyszerbb eukarita szervezetekben is lertak operonokat), a sokkal komplexebb eukarita gnexpresszi
szablyozsi elvei ettl eltrnek, s minden rszletben mg ma sem feltrtak.
Elljrban annyit rdemes megjegyezni, hogy a prokarita gnek alapbl bekapcsolt llapotban vannak, s
az operonokra a gnrepresszi a jellemz szablyozs. Ezzel ellenttben az eukarita gnek alapbl (elssorban
a DNS nukleoszmkba s magasabb szint kompakt szerkezetekbe trtn szervezdse miatt) kikapcsolt
llapotban vannak, ezrt a szablyozsban sokkal nagyobb teret kap a gnaktivci.
Fontos mg kiemelnnk az olvas szmra, hogy a tovbbiak egyszerbb megrtse rdekben lapozzon vissza a
transzkripci rszleteit trgyal 14. fejezetre, s jbl olvassa t a promterek felptsre s elssorban a
transzkripci inicicijra vonatkoz alfejezeteket.
446
A gnexpresszi szablyozsa
18.2. bra: A DNS-fehrje klcsnhatsok szerkezeti httere. Az bra bal oldaln a fehrjkkel klcsnhatsba
lp bzispr csoportokat tntettk fel (piros: potencilis H-hd donor vagy akceptor; lila: apolros klcsnhats).
A jobb oldalon a DNS felismersben leggyakrabban szerepl kt aminosav oldallnc klcsnhatsait brzoltuk.
A specifikus DNS-felismer fehrje felsznn a bzisprokkal Asn, Gln, Glu, Lys s Arg oldallncok alaktanak
ki H-hidakat. A kialakul klcsnhatsok nagyon egyediek, nem sikerlt eddig olyan kdot azonostani a fehrje
oldalrl, ami alapjn az adott fehrje ltal specifikusan felismerhet DNS-szekvencik megjsolhatk lennnek.
A DNS-felismershez elegend egy viszonylag kismret fehrjedomn (40-90 aminosav). Sok esetben ez olyan
kicsi mret, hogy a DNS-kt domnnek nmagban nem is lesz stabil trszerkezete, csak ha pldul egy fmion
stabilizlja azt (lsd ksbb a cink-ujj domn esetben).
A transzkripcis faktorokra s kofaktorra jellemz, hogy viszonylag sok rendezetlen trszerkezet rgit
tartalmaznak. Mai ismereteink szerint gy tnik, hogy az eredenden rendezetlen szerkezet fehrjk (IDP:
intrinsically disordered proteins) fleg a molekulris szablyozsi folyamatokban (mint amilyen a transzkripci
szablyozsa is) elnysebbek, mint a hatrozott trszerkezettel rendelkezk.
A specifikus DNS-kthely megtallsa kapcsn fontos kiemelnnk, hogy a DNS-kt fehrjk tbbsgnek
felsznn nett pozitv tlts rgi tallhat (ms szval sokuk bzikus fehrje, lsd pldul a hisztonokat), amely
mr messzirl vonzdik a DNS gerinc negatv tltsfelhjhez (az ionos klcsnhats viszonylag nagy tvolsgbl
is rvnyesl, lsd 2.4.2.2. fejezet). Miutn elrte azt, egydimenzis diffzival, nagy sebessggel vgigcsszik
a DNS mentn, mindaddig, amg nem tall fajlagosan felismerhet szekvencit. Hromdimenzis diffzival
megtallni egy nhny bzispr hosszsg szekvencit egy 108 bzisprbl ll DNS molekula mentn
megoldhatatlan feladat lenne a fehrjk szmra.
A DNS felismerhely sok esetben szimmetrikus vagy rszben szimmetrikus szekvencia (a teljesen szimmetrikus,
azaz a komplementer lncon visszafel olvasva azonos szekvencikat palindromnak hvjuk; ilyen 4-8 bp hosszsg
szekvencikat ismernek fel a gntechnolgiban hasznlatos restrikcis endonuklez enzimek, lsd 19.2.1. fejezet).
Ezeket a szekvencikat fordtottan ismtld (inverted repeat) szekvencinak is nevezik (a lac-opertor szekvencit,
a lac-promterrel egytt a 18.3. bra mutatja be).
18.3. bra: A lac-operon promternek s f opertor rgijnak szekvencija. (kk: rszleges palindrom
szekvencia a szaggatott vonal szimmetriatengely krl)
447
A gnexpresszi szablyozsa
18.4. bra: HTH (hlix-kanyar-hlix) DNS-kt domnek. A lac-represszor HTH s az opertor DNS komplexe
(bal; PDB: 1LCC) s a dimer -represszor s az opertor DNS komplexnek trszerkezete (jobb; 1LMB).
A -represszor a cI gn termke, amely a klit fertz -fg lizogn lettja sorn represszlt llapotban tartja a
ltikus letthoz szksges gneket (lsd 19.2.4.2. fejezet). A kt HTH-domn DNS-felismer hlixe 34 tvolsgra
van egymstl, ami pontosan megegyezik a DNS hlix menetemelkedsvel, azaz a kt egymst kvet nagyrok
tvolsgval.
Szintn HTH motvum tallhat a ksbb ismertetett Trp-represszorban (lsd 18.2.2) s a CRP/CAP fehrjben
is (lsd 18.2.1).
448
A gnexpresszi szablyozsa
A cink-ujj domn elssorban eukarita TF-ekben fordul el. Nem csak TF-ek tartalmaznak cink-ujj domneket,
hanem szmos ms fehrje is. A 18.5. bra bemutatott EGR1 egy emls transzkripcis faktor (hrom cink-ujjal),
mely szerepet jtszhat az idegrendszer plaszticitsban s tumor szupresszor is lehet.
18.5. bra: Egy cink-ujj DNS-kt domn trszerkezete. (EGR1 transzkripcis faktor, PDB: 1AAY)
18.1.1.3. Homeodomn
A homeodomn kizrlag eukarita transzkripcis faktorokban elfordul, a HTH motvumhoz hasonl ~60
aminosavbl ll szerkezeti elem (lsd 18.6. bra).
Hrom -hlix pti fel, melyek kzl a DNS-felismer hlix itt is a nagyrokba kt. A homeodomnt tartalmaz
TF-ek az llatok egyedfejldse sorn a testmintzat kialaktsban rsztvev gneket aktivlnak. Ez utbbiakat
homeobox (hox) gneknek hvjk, s kzjk tartoznak a Drosophilaultrabitorax s antennapedia gnek ill.
fehrjk, melyek a szrnyak s a lbak helyt s szmt hatrozzk meg. A 18.6. bra az ultrabitorax homeodomn
s az ltala felismert DNS motvum komplexnek szerkezett mutatja be.
18.6. bra: Egy DNS-kt homeodomn trszerkezete. (Ultrabitorax transzkripcis faktor; PDB: 1B8I)
Vgl utolsnak bemutatjuk az alfejezet elejn mr emltett TBP (TATA-box kt fehrje) DNS felismerst,
mivel az eddig ismertetett tpusokkal szemben ez a fehrje az eukarita promterek egy rszben megtallhat
TATA-boxot (konszenzus szekvencia: TATAAAA) a kisrok fell ismeri fel. A nyereg-alak fehrje egy konkv
-lemezes szerkezettel ktdik, csak rszben szimmetrikusan a DNS-hez. A kts hatsra a DNS meghajlik, ami
kiss ki is tekeri a kettshlixet. A klcsnhats rszben hidrofb jelleg, amihez a fehrje oldalrl 4 fenilalanin
jrul hozz (lsd 18.7. bra).
449
A gnexpresszi szablyozsa
(Fehrjeevolcis rdekessgknt megemltjk, hogy br a TBP is, mint a DNS-kt fehrjk tbbsge mindkt
lnchoz ktdik, de nem dimer, hanem a polipeptidlnc kt fele homolg egymssal, s a kt domn kt a rszben
szimmetrikus kthelyhez. A TBP gnje is gnduplikcival jtt ltre, mint pldul a hemoglobin a- s -lnca,
de csak a kdol rgi kettzdtt meg, nem az egsz gn promterrel egytt.)
450
A gnexpresszi szablyozsa
18.8. bra: Egy ktlnc bzikus leucin-cipzr DNS-kt domn s dimerizcis szerkezeti motvum. (A
GCN4 leszt transzkripcis faktorbl; PDB: 1YSA)
A bzikus hlix-hurok-hlix (bHTH) dimerizcis domn szintn eukarita transzkripcis faktorokban fordul
el. A ~50 aminosavbl ll motvum rszben a dimerizcirt, rszben a DNS-ktsrt felels. Az N- illetve Cterminlis hlix egy bzikus DNS-kt rgiban illetve egy amfipatikus -hlix rgiban folytatdik (lsd 18.9.
bra). Tipikus pldi a Myc s a Max homo- s heterodimer, protoonkogn TF-ek.
18.9. bra: Egy bzikus hlix-hurok-hlix DNS-kt s dimerizcis szerkezeti motvum. (A humn Max
transzkripcis faktorbl; PDB:1HLO)
451
A gnexpresszi szablyozsa
452
A gnexpresszi szablyozsa
18.11. bra: A prokarita operonok negatv (represszis) s pozitv (aktivci) szablyozsi smja. A
represszor s az aktivtor ktdst egy allosztrikus effektor kismolekula szablyozza. Ha a represszorhoz az
effektor (itt induktor lesz a neve) ktdik, a transzkripci kikapcsolt llapota megsznik (balra fenn; ez negatvnegatv szablyozs, amire plda a lac-represszor). Fordtott is lehet a helyzet, amikor a represszor csak az effektor
jelenltben ktdik az opertorhoz (balra lenn; ez negatv-pozitv szablyozs, pldul a triptofn-represszor
mkdse). Az aktivtor is lehet, hogy csak az allosztrikus effektor jelenltben ktdik a DNS-hez (jobbra lenn;
ez pozitv-pozitv szablyozs, pldul a CAP/CRP aktivtor mkdse), vgl a negyedik lehetsg (jobbra
fenn) ritkbb, amikor az aktivtor az effektor jelenltben nem ktdik a DNS-hez.
453
A gnexpresszi szablyozsa
(A szerkezeti gn a genetikban hasznlt, a biokmiban kiss zavar kifejezs arra utal, hogy nem szablyoz
gnrl van sz, mint amilyen a represszort kdol lacI gn.)
Jacob s Monod itt nem rszletezett ksrletei kidertettk, hogy a lacI gn termke, a lac-represszor fehrje gtolja
a hrom szerkezeti gn trst, mivel ktdik a lac-opertor rgihoz (lsd 18.12. bra). A lacI gn kzvetlenl
a lac-operon eltt (tle upstream irnyban) helyezkedik el, de nem rsze az operonnak, mivel a lac-represszor
fehrje sajt promterrl rdik t. Amennyiben megjelenik a klibaktrium tpkzegben a tejcukor, abbl
valamennyi bekerl a sejtbe, mivel nhny kpia laktz-permez trdik a represszi alatt ll lac-operonrl is.
A sejten bell a szintn nhny pldnyban jelen lev -galaktozidz enzim a laktzt allolaktzz alaktja.
18.12. bra: A laktz-operon mkdsi vzlata. A lac-represszor fehrje f kthelye az o1 opertor rgi, de
ktdik a msik kt opertor egyikhez is. Ennek rszleteit a fszvegben magyarzzuk el (lsd 18.2.1.1. ).
Az allolaktzban a galaktz a(16) ktssel kapcsoldik a glkzhoz (lsd 18.13. bra); a reakcit az enzim n.
minor transzglikozilcis aktivitsa katalizlja. Fontos megjegyeznnk, hogy a negatv szablyozs nem teljes,
mindig trtnik valamennyi szivrgs a represszlt gnekrl, aminek a pldnkban biolgiai jelentsge is van
(azaz a szablyozs gyengesgbl ernyt kovcsolt az evolci).
18.13. bra: Az induktor szerepet betlt allolaktz szintzise. Feltntettnk egy nem-metabolizld laktz
analgot, az IPTG-t is, amit rekombinns fehrjk ellltsnl a gntechnolgiban hasznlnak.
Az allolaktz induktorknt ktdik a lac-represszorhoz, allosztrikusan befolysolja a konformcijt, aminek
az eredmnyekppen a represszor disszocil az opertorrl, az RNS-polimerz ktdik a promterhez s a lacoperon gnjei trdnak. A most mr sok pldnyban megjelen laktz-permez felveszi a krnyezetbl a
tejcukrot, a -galaktozidz pedig hidrolizlja azt. Amint lecskken a tejcukor szintje, lecskken az induktor
454
A gnexpresszi szablyozsa
455
A gnexpresszi szablyozsa
18.15. bra: A lac-represszor tetramer kt opertor rgihoz ktdik, amelyek kztt a DNS kihurkoldik
Nzzk meg, milyen hatssal van az induktor ktdse a represszor szerkezetre (lsd 18.16. bra). A ligandumkt domnben olyan konformcivltozts kvetkezik be, ami megvltoztatja a tetrameren bell a kt DNS-kt
domn helyzett s a stabilitst is. Ennek a vgs kvetkezmnye az lesz, hogy a represszor disszocil az
opertorrl.
A 18.16. bra bal oldaln f opertorszekvencia jelenltben kristlyostott lac-represszor szerkezett brzoltuk
(jl ltszik a ngylnc tetramerizcis hlix-kteg, valamint a kt-kt HTH-domn, amint a kt opertor
szimmetrikus komplementer lncaihoz ktdnek). Az bra jobb oldaln a represszor-IPTG komplex
kristlyszerkezett mutatjuk be. A ligandum-kt s a tetramerizcis domnben csak kis klnbsgek ltszanak,
de a DNS-kt domn eltnt. Valjban a domnek bels flexibilitsa megnvekedett, ezrt a kristlyban nem
ltszanak, nem lehetett ket modellezni. Ez a szerkezeti bizonytka, hogy a ligandum-kttt represszor nem tud
ktdni az opertor DNS-hez.
18.16. bra: A tetramer lac-represszor trszerkezete induktor nlkl (bal) s induktor jelenltben (jobb).
A bal oldali trszerkezet a kt DNS-opertor rgit is tartalmazza, amihez a kt-kt HTH-domnen keresztl
ktdik a represszor (a tetramer fehrje ngy alegysgt klnbz sznnel jelltk). A jobb oldali kristlyszerkezeti
modellben HTH-domnek nem ltszanak, mivel az induktor-ktds (IPTG: piros) hatsra ez a domn mozgkonny
vlt. (PDB: 1LBG, 1LBH)
456
A gnexpresszi szablyozsa
laktzt vagy ms, a krnyezetben jelen lev cukrot fogyasztana a baktriumsejt. Ezrt glkz s laktz jelenltben
hiba sznik meg a lac-represszor gtlsa a mr ismertetett mechanizmussal, a lac-promterrl s ms cukrok
hasznostshoz szksges gneket kdol operonokrl (pl. arabinz-operon) a transzkripci csak flgzzel
folyik. Ezt a jelensget katabolit represszinak hvjuk. (Az elnevezs ne tvesszen meg bennnket, mivel nem
a gnexpresszi gtlsra utal a nv, hiszen a katabolizmushoz szksges operonokrl trtnik expresszi, de
cseklyebb mrtkben.)
Mi lehet a jelensg htterben? A vlasz a promter szekvencijban rejlik (lsd 18.2. tblzat). A lac-promteren
bell ugyanis a -10-es s -35-s rgija is eltr az ers transzkripcit biztost konszenzus szekvencitl,
kvetkezskppen az RNS-polimerz s-alegysge a lac-promterhez gyengbben kt, mint a konszenzus szekvencit
tartalmaz promterekhez. Ezen segt az operon pozitv szablyozsa.
18.2. tblzat: A lac-promter sszehasonltsa az E. coli konszenzus promter szekvencijval
Glkz jelenltben a cAMP szintzis gtldik illetve a cAMP sejtbl trtn eltvoltsa (efflux) fokozdik.
Amint a krnyezetbl a glkz eltnik, a sejten bell a cAMP koncentrci nvekszik. (A cAMP-t a baktriumok
hsgszignljnak is nevezik. Az eukaritkban betlttt msodlagos hrviv szereprl sz volt a 17.3.3.
fejezetben.) A cAMP allosztrikus effektorknt ktdik a CRP/CAP (cAMP receptor protein / catabolite gene
activator protein) aktivtor fehrjhez. A CRP/CAP egy homodimer fehrje, kt HTH-domnt tartalmaz, s a
cAMP-vel komplexben kt a lac-promter aktivtor kthelyhez, ami a -60-as pozci krl helyezkedik el s
az opertorhoz hasonlan rszleges fordtott ismtld szekvencit tartalmaz (lsd 18.17. bra).
457
A gnexpresszi szablyozsa
18.18. bra: A CRP/CAP fehrje ktdse a lac-operon aktivtor kthelyhez. A homodimer CRP/CAp kt
lnca vilgoskk s zld, az allosztrikus effektor cAMP golybrzolssal piros. A fehrjn lila szn jelli az
RNS-polimerzzal klcsnhatsba lp felsznt. (PDB: 1RUN)
A lac-operon pozitv szablyozsnak sszefoglal smjt, a 18.19. bra mutatja be.
Az E. coli genomban sok CRP/CAP kthelyet lehetett azonostani, azaz az aktivtor egyszerre szmos operon
mkdst tudja fokozni. A koordinltan mkd operonokat regulonnak nevezi a szakirodalom.
18.19. bra: A lac-operon pozitv szablyozsnak smja. A CRP/CAP fehrje csak az allosztrikus modultor
cAMP (hsgszignl) jelenltben ktdik az aktivtor rgihoz.
458
A gnexpresszi szablyozsa
bioszintetikus utakat szablyoz operonok ltalban negatv-pozitv szablyozs alatt llnak, azaz a vgtermk,
az adott aminosav szablyozza allosztrikusan az operon represszort, ami csak a jelenltben (pozitv szignl)
ktdik az opertor rgihoz.
A fenti smt kveti a Trp-operon is amely t, a triptofn szintzishez szksges enzimet kdol gn expresszijt
szablyozza. A Trp-represszor 107 aminosavbl ll homodimer, HTH-domnen keresztl ktdik az opertor
rgijhoz, de csak akkor, ha alegysgenknt egy triptofn ktdik hozz (lsd 18.20. bra). A represszi ~70szeres gtlst biztost, azaz a gtolatlan trs 1/70-ed rszre, msfl szzalkra cskken a represszlt gnek
expresszija.
18.20. bra: A Trp-represszor fehrje DNS-kt HTH-domnje s az opertor DNS komplexe (PDB: 1TRO)
Azonban a szablyozs itt nem r vget, ugyanis erre a kizrlag transzkripcis szablyozsra rpl egy tovbbi
negatv, de a transzkripci s a transzlci kapcsoltsgn alapul szablyozsi mechanizmus, az attenuci
(csillapts). Ezzel a msodik szint negatv szablyozssal a transzkripci a bekapcsolt rtk 700-ad rszre
cskken. A ketts szablyozs smjt a 18.21. bra szemllteti.
459
A gnexpresszi szablyozsa
Ha elegend Trp van a sejtben, a transzkripci kezdete utn a megjelen mRNS 5 rgijhoz azonnal hozzkt
egy riboszma, s a vezetpeptidet kdol RNS szakasz gyorsan leolvassra kerl, mint azt a 18.22. bra szemllteti.
A riboszma teht fizikailag elfedi a 2-es rgit, mikzben a 3-es s 4-es rgi ltrejn a transzkripci sorn. Ennek
az lesz a kvetkezmnye, hogy nem a 2:3-as hurok, hanem a 3:4-es hurok alakul ki. Ez utbbi viszont egy tipikus
transzkripcis termincis jel (Rho-protein fggetlen terminci, lsd 14.4. fejezet), ami lelltja a transzkripcit,
mivel az RNS-polimerz disszocil a templtrl.
Ha a sejten belli Trp-szint lecskken, a riboszma ugyan elkezdi a vezetpeptid szintzist, de a Trp kodonokonl
elakad, mivel nincs triptofnnal fellttt tRNS a tovbblpshez. Ebben az esetben a 2. rgi nem feddik el, s a
stabilabb 2:3-as mRNS hurok alakul ki, teht nem jn ltre a transzkripcis termincis jel (antiterminci). Az
RNS-polimerz ezltal tovbbhaladhat s trhatja a Trp szintzishez szksges enzimek gnjeit is (lsd 18.22.
bra).
A legtbb bioszintetikus aminosav-operon szablyozsban rszt vesz az attenuci. Hatkonysgt jelzi, hogy a
His-operonban nincs szksg represszor fehrjre, ez a csillaptsi mechanizmus egyedl is ki tudja kapcsolni
a transzkripcit.
18.22. bra: Attenuci mechanizmusnak sematikus brzolsa. Elegend Trp aminosav jelenltben a vezet
peptid trdik a mRNS 5-rgijrl, mikzben az mRNS-en, mg a szerkezeti gneket kdol rgi eltt
kialakul attenutor struktra transzkripci termincit okoz. Ha nincs elegend Trp, akkor a transzkripcival
egyidben foly transzlci a vezet peptidet kdol RNS Trp kodonjainl elakad (nincs Trp-tRNS a sejtben), az
attenutor hajtkanyar helyett egy termincit nem okoz mRNS hajtkanyar alakul ki, a Trp szintzis gnjei
trdnak.
460
A gnexpresszi szablyozsa
461
A gnexpresszi szablyozsa
18.23. bra: A GAL4 transzkripcis faktor atipikus cink-kt domnekkel ktdik a DNS szablyoz
rgiihoz (PDB: 1D66)
462
A gnexpresszi szablyozsa
A mondandnk szempontjbl az fontos, hogy ezek a szerkezeti homolgit mutat, kismret globulris bzikus
fehrjk random szerkezet farokrszekbl s egy a-heliklis kzponti domnbl llnak. A nukleoszma oktamer
hiszton-magjnak ltrejttben, s a DNS ktsben elssorban az a-heliklis kzponti domnek vesznek rszt, mg
az N-terminlis (s rszben a C-terminlis) farokrszek flexibilis mdon kinylnak a nukleoszma magjbl. A
terminlis farokrszek oldallncaira kerlnek reverzibilis kovalens szablyozssal, poszttranszlcis mdostssal
funkcionlis csoportok (lsd 17.3. fejezet).
18.24. bra: A nukleoszma (fent) s az egyes hiszton komponensek trszerkezete (lenn) (PDB: 1AOI)
A Lys s Arg oldallncok metilldnak, a Lys acetilldik, a Ser s Thr oldallncok foszforilldnak. Az elbbi
kt csoport ubiquitinldhat s sumoilldhat is (lsd 18.25. bra). (A SUMO small ubiquitin-like modulator
az ubiquitinhez hasonl szerep kis fehrje.)
18.25. bra: A hiszton-kd molekulris httere. A nukleoszma mag hisztonok N-terminlis lncvgeinek
az brn jelzett aminosav pozciira acetil-, metil-, s foszforilcsoportok, valamint ubiquitin (s SUMO) fehrje
kerlhet poszttranszlcis mdosulssal. A mdosulsok szablyozzk a nukleoszmhoz ktd DNS rgi
gnjeinek expresszijt.
A metilcit hiszton-metiltranszferzok (HMT) vgzik. A H3 N-terminlis metillt lizinek (Lys4 s Ly36)
kthelyl szolglnak egy hiszton-acetilz enzim (HAT) szmra, amely lizinek e-aminocsoportjt acetillja (lsd
18.26. bra s 18.27. bra).
463
A gnexpresszi szablyozsa
18.27. bra: Egy hiszton-acetiltranszferz enzim trszerkezete. brzoltuk az enzim szubsztrtjait, az acetilkoenzim A-t s a H3 hiszton N-terminlis lncvgt (a Lys, amire az acetilcsoport kerl, vilgoskk) (PDB: 1QSN).
A ltrejtt acetil-Lys csoportoknak mg egy fontos szerepk van, nevezetesen hozzjrulnak egy j klcsnhatsi
felszn kialaktshoz, aminek a hatsra a hisztonokhoz ktdhetnek a ~110 aminosavbl ll n. bromodomnt
tartalmaz transzkripcis faktorok s egyb szablyoz fehrjk. Egy bromodomn trszerkezett acetil-Lys-t
tartalmaz peptiddel egytt a 18.28. bra mutatja.
Bromodomn tallhat pldul a bazlis transzkripcis faktorok kzl a promterhez elszr kt TFIID
komplexben (ennek a komplexnek a rsze a TBP is, lsd 14.6.1. fejezet), aminek a segtsgvel olyan tovbbi
transzkripci aktivtorokat tud a promterhez toborozni, amelyeket a HAT enzimek elzleg acetilltak. Szintn
bromodomnen keresztl kapcsoldik az aktivland kromatinrgihoz - az acetillt hisztonokhoz - az trendezdst
vgz remodelll komplex (lsd 18.3.2.3).
464
A gnexpresszi szablyozsa
18.28. bra: Egy bromodomn trszerkezete. A ktpartner fehrje egy rvid peptidszakaszval komplexben
kristlyostottk a bromodomnt (a peptid lila, az acetil-lizin sttkk) (PDB: 1E6I).
Az ismertetett vltozatos kovalens mdostsok olyan mintzatot eredmnyeznek, amely egyrszt kifinomult
gnexpresszi szablyozst tesz lehetv, msrszt ez a mdostsi mintzat rkldhet is a sejtgenercik sorn.
Ezt az informcit neveztk el a kutatk hiszton-kdnak (amit ma mg teljes egszben nem rtnk). A hisztonkd is rsze lehet az n. epigenetikai rklsnek, ami olyan genercirl genercira terjed informcit jelent,
ami nem a DNS nukleotidok sorrendjben kdolt.
Az epigenetikai informci msik fontos molekulris alapja a DNS posztreplikcis metilcija. Eukaritkban
elssorban a citozin 5-s sznatomja metilldik (lsd 18.29. bra).
465
A gnexpresszi szablyozsa
A kromatin thelyezds egy lehetsges modelljt a 18.30. bra, mg remodelllson keresztl trtn transzkripci
szablyozs ltalnos smjt a 18.31. bra szemllteti.
18.30. bra: A remodelll komplex mkdsnek hipotetikus modellje. A komplex ATP-t felhasznlva a
nukleoszmt krlvev DNS ketts szlat tlcsavarja (negatv szuperhlix), aminek kvetkeztben a hisztonDNS klcsnhats meggyengl, s a relaxld DNS letekeredsi hullma elmozdtja a DNS-t a hiszton maghoz
kpest.
18.31. bra: A kromatin remodellls smja. A gn aktivlshoz szksg van a kromatin trendezdsre
(SWI/SNF remodelll komplex), a hisztonok acetillsra (HAT), a transzkripcis aktivtorok s koaktivtorok
ktdsre s esetenknt a DNS-en bell citozinek metillsra. (forrs:
http://en.wikipedia.org/wiki/File:Luong_LD_SA_F2.jpg; Creative Commons licensz)
466
A gnexpresszi szablyozsa
homodimer formban tudjk kombinatorikus mdon nvelni a szablyozott gnek szmt illetve a szablyozs
finomhangolst.
18.32. bra: Eukarita transzkripcis faktorok modulris felpts. DBD: DNS-kt domn; LBD: ligandumkt (vagy regulcis) domn; TAD: transzaktivcis domn. A funkcionlis modulok sorrendje vltozhat.
A transzaktivcis domnjk (TAD) is sokfle lehet. A szekvencia legjellemzbb aminosavai alapjn csoportostjuk
ket. A GAL4 leszt TF-ben savas, a GCN4-ben hidrofb, az Sp1-ben Gln-gazdag, a CTF1-ben Pro-gazdag a
TAD. A legkisebb mret transzaktivcirt felels motvumcsald mindssze 9 aminosavbl ll (pldul az NFB transzkripcis faktorban).
A TAD vagy kzvetlenl az RNS-polimerz II enzimhez vagy a preinicicis komplex valamelyik komponenshez
ktdik. Sokszor a TAD-on keresztl a transzkripcis aktivtor szmos tovbbi szablyoz fehrjvel kpes
klcsnhatsra lpni, ezzel mintegy toboroz feladatot lt el. Az utbbi fehrjk mintegy hidat kpezhetnek a
TF s az RNS-polimerz II kztt. Ezek a fehrjk mr a transzkripcis kofaktorok kz tartoznak (mivel kzvetlenl
nem ktdnek a DNS-hez; lsd 18.3.3.1).
Egy-egy TF az esetek nagy rszben szmos gn expresszijt tudja befolysolni (ltalban aktivlni). Ne felejtsk
el, hogy a TF-ek nem hztartsi gnek, az expresszijuk is szablyozott, ltalban valamilyen kls vagy bels
jel hatsra expresszldnak. Az utolsnak emltett NF-B (nuclear factor kappa-light-chain-enhancer of activated
B cells) pldul az llatokat r valamilyen srls vagy stressz hatsra expresszldik, s a nevnek megfelelen
az immunvlaszban szerepl gneket aktivl. Hibs mkdse rkos, gyulladsos s autoimmun betegsgekkel is
kapcsolatba hozhat.
Az eukarita TF-ek DNS-kthelye jellemzen, br nem mindig, rszlegesen palindrom szekvencibl ll. Egy
pldt emltve, az Sp1 transzkripcis aktivtor kthelynek konszenzus szekvencija:
5' (G/T)GGGCGG(G/A)(G/A)(C/T)-3' (GC-box-nak is nevezik).
467
A gnexpresszi szablyozsa
18.33. bra: A koaktivtor szerepet betlt Meditor-komplex vzlatos szerkezete (az atomi felbonts
szerkezett mg nem ismerjk)
468
A gnexpresszi szablyozsa
18.34. bra: Az eukarita transzkripci szablyozsi smi (fent aktivci, lent represszi). Az bra bemutatja,
hogy a promtertl tvoli szablyoz helyek (enhanszerek) a DNS kihurkoldsval a Meditoron keresztl hogyan
befolysoljk a transzkripcit. A Meditor ltalban az RNS-polimerz C-terminlis farokrszhez (CTD) ktdik.
469
A gnexpresszi szablyozsa
18.35. bra: Nukleris receptorokhoz ktd, transzkripcis faktorokon keresztl hat szablyoz lipidek.
A feltntetett szteroidok, trijdtrionin, D- s A-vitamin a nevk utn feltntetett nukleris receptorhoz kt.
ltalban homo-, ritkbban heterodimerek, s a transzkripcis faktorokrl eddig ismertetett tnyek nagyrszt igazak
rjuk is. Az N-terminlis domnjk (AF: aktivcis funkci) varibilis; a transzaktivciban vesz rszt, valamint
a transzkripcis kofaktorok rszben ide ktdnek. A DBD cink-ujj tpus, viszonylag kismret, konzervlt
szerkezet domn. Az sztrogn receptor HRE szekvencija:
5-AGGTCANNNTGACCT-3 (rszleges palindrom).
A kt cink-ujj a szomszdos nagyrokhoz kt (lsd 18.36. bra). A tbbi nukleris receptor is 6-6 nukleotidot
ismer fel, de nhol az sszekt DNS szakasz hinyzik.
470
A gnexpresszi szablyozsa
18.36. bra: Az sztrogn receptor transzkripcis faktor ktdse az sztrogn vlaszelemhez. A transzkripcis
faktor cink-ujj domneken keresztl ktdik a DNS-hez (a cinkionok szrkk) (PDB: 1HCQ).
Az LBD a legvltozatosabb szerkezet (a D-vitamin-kt receptorban mindssze 25 aminosavbl, mg a
mineralokortikoid receptorban tbb mint 600 aminosavbl ll), s a kismolekula ligandumokon kvl koaktivtorokat
is kt. Az sztrogn receptor LBD-je a-heliklis harmadlagos szerkezet (hrom rtegbl ll, n. a-heliklis
szendvicset alkot). A 18.37. bra jl ltszik a ligandum (sztradiol) okozta konformcivltozs (csak egy
alegysget brzoltunk).
18.37. bra: Az sztrogn-receptor ligandum-kt domnje (LBD) sztrogn apo formban (bal) s az
sztrogn ligandum jelenltben (jobb). A ligandum-kts (az sztrogn piros) hatsra a C-terminlis hlix
(lila) pozcija jelentsen vltozik (PDB: 1A52 s 1ERE)
A ligandum nlkl a globulris fehrjbl kinyl C-terminlis -hlix sztradiol jelenltben visszahajlik egy
felszni mlyedsbe. A vltozs kvetkeztben hozzfrhetv vlik egy ktfelszn, amelyhez a p160 koaktivtor
fehrjk (pl. SRC-1) ktdnek. rdekes mdon az sztrogn-receptor a hormon ktdse nlkl is felismeri az
sztrogn vlaszelemet, de gnaktivcira csak a ligandum jelenltben kpes, miutn ktdtt hozz egy koaktivtor
(lsd 18.38. bra).
Az sztrogn vlaszelem sok gn promternl megtallhat, amibl az is kvetkezik, hogy az sztrogn hatsa
sejttpus fgg (ez termszetesen igaz az eukarita transzkripcis faktorok zmre).
18.38. bra: Az sztrogn-receptorral a koaktivtor fehrje csak az sztrogn ktdse utn tud
klcsnhatsba lpni, s ezzel fokozni a szablyozott gn aktivitst
Az emlszvet sejtjeinek rkos elvltozsa sok esetben sztrogn-fgg (a mellrkok 70%-a ilyen; az aktivlt
receptor sejtprolifercit fokoz gneket aktivl). Ezeket a betegeket az sztrognnel kompetl, antagonista
gygyszerrel, a tamoxifennel lehet kezelni. A hatsmechanizmust megrthetjk a 18.39. bra alapjn.
A gygyszer ktdse (az sztrogn helyre) megvltoztatja a C-terminlis hlix pozcijt, amely gy elllja az
tjt a koaktivtornak. (rdekessgknt megjegyezzk, hogy a gnexpresszi szablyozs komplexitst jelzi,
471
A gnexpresszi szablyozsa
hogy a tamoxifen az endometrium sejtekben viszont agonista hats, azaz fokozza az sztrogn hatst amibl
az is kvetkezik, hogy csak mellrk esetn van pozitv hatsa.)
472
A gnexpresszi szablyozsa
A sejt vasion szintje a ferritin s a transzferrin-receptor szintzist reciprok mdon szablyozza. Ha nincs
elg vasion, a receptor mennyisge nvekszik, a ferritin cskken. Magas Fe2+ koncentrci esetn fordtott a
helyzet.
18.40. bra: A ferritin trszerkezete. A 24 polipeptidlnc egyikt kiemeltk (piros). Az bra jobb oldaln a
szerkezet tetejt levgtuk, gy ltszik az az reg (piros krben), amiben a vasionok troldnak (PDB: 1IES)
A szablyozst az mRNS molekulk 3- illetve 5-UTR rgijban kialakul hajtkanyarokon, s azt specifikusan
felismer regulcis fehrjken alapszik.
A ferritin 5-UTR-jben van egy vasion-vlaszelem (iron response element), egy hajtkanyar, amihez a 90 kDa
mret IRP (IRE binding protein) ktdik, s ezltal fizikailag gtolja a riboszmk ktdst. Ha a Fe2+
koncentrci megemelkedik, a vasionok ktdni fognak a IRP-hez vas-kn centrumok (4Fe-4S) formjban. Mivel
a kt kthely tfed egymssal, a ferritin mRNS felszabadul a gtls all s a fehrje szintzise beindul (lsd 18.41.
bra).
(Megemltjk, hogy a vas-kn centrumot tartalmaz fehrjkben a vasion nem hem kofaktorhoz, hanem vagy
szervetlen knatomokhoz vagy Cys oldallnchoz ktdik, s tlt be tbbek kztt elektronszllt szerepet, mint
pldul a redukl fehrje ferredoxinban vagy a mitokondrilis elektrontranszportlnc utols komponensben, a
citokrm-oxidz komplexben.)
18.41. bra: Az IRP fehrje trszerkezete. Kiemeltk a vas-kn centrumot (srga s narancs golyk), valamint
vzlatosan mutatja az bra azt is, hogy miknt tudjk a vasionok kiszortani a ferritin mRNS-t (PDB: 1C96)
A transzferrin-receptor mRNS 3-UTR-je t IRE-t tartalmaz (lsd 18.42. bra). Alacsony Fe2+koncentrcinl
az IRP ide is ktdik, azonban ez a klcsnhats az mRNS stabilitst fokozza, ezrt tbb receptor fehrje
szintetizldik. Amint megemelkedett a vasion szintje, a transzferrin receptor mRNS-e gyorsan degradldik.
473
A gnexpresszi szablyozsa
rdemes megjegyezni, hogy a hem bioszintzisben szerepet jtsz gnekrl trdott mRNS-ek is tartalmaznak
IRE-ket.
474
A gnexpresszi szablyozsa
Napjainkra az RNS interferencia a gnmkds tanulmnyozsnak fontos eszkzv is vlt, st vrhat, hogy a
jvben a humn gygyszatban is szerepet kap.
RNS interferencit ktfle kis RNS vlthat ki, kiss eltr tvonalon. Az ltalban exogn eredet ktszl RNS
prekurzorokbl keletkez kis interferl RNS-ek (siRNS; small interfering RNA) a vrusfertzsek, transzpozonok
(ugrl gnek) elleni vdelem rszt kpezik. Ilyen ktszl siRNS molekulkkal lehet (akr kzvetlenl, akr
rekombinns DNS-konstrukcik segtsgvel a sejtbe juttatva ket) az egyes gnek szerept vizsglni a
gncsendestsnek (gene silencing, geneknockdown) nevezett gntechnolgiai mdszerrel (lsd 19.9.2. fejezet).
A msik kis RNS endogn gnekrl keletkez, egyszl mikro-RNS (miRNS). A humn genom ~1000 mikroRNS gnt tartalmaz, s mai becslsek szerint ezek az sszes gn ~60%-nak expresszijt szablyozhatjk. Elssorban
transzlcis represszin keresztl hatnak, de pldul a nvnyi miRNS-ek transzkripcis faktorknt is mkdhetnek.
Ki kell emelnnk, hogy jabban a miRNS-eket szmos betegsg, gy tumorok kialakulsval is kapcsolatba hoztk.
A miRNS gnek vagy fehrjt kdol gnek intronjain bell vagy gnek kztt (intragnikus rgikban)
helyezkednek el, tbbsgket az RNS-polimerz II rja t. A primer transzkriptumrl (pri-miRNS) az 5-sapka s
a poliA-farok egy endonuklez komplex (Drosha/Pasha) segtsgvel mg a sejtmagon bell lehasad, majd a premiRNS a citoplazmba kerl (lsd 18.43. bra).
A tovbbi molekulris trtnsek sorn elszr a pre-miRNS-t s az exogn eredet ktszl RNS-t is a Dicer
nev enzim endonuklez aktivitssal hastja. A hasts eredmnyekppen 20-25 (leggyakrabban 21) nukleotidbl
ll ktszl siRNS-ek keletkeznek, amelyeket Watson-Crick bzisprok tartanak ssze, gy hogy, a vgeken kt
3-tlnyl nukleotid marad. A pre-miRNS-bl a Dicer egyszl miRNS-t llt el.
A siRNS s a miRNS is vgl bepl a RISC (RNA-induced silencing complex) komplexbe, ahol bzisprosodik
a komplementer mRNS szllal. A komplex Argonauta nev komponense az mRNS szlat tbb helyen elhastja
(lsd 18.43. bra).
18.43. bra: Az RNS interferencia kt tvonalnak vzlatos smja. Az exogn ketts-szl RNS (dsRNS)-t
s a gnekrl trt, a sejtmagban rszben processzld pre-mikro-RNS-t is a Dicer endonuklez processzlja
tovbb a citoplazmban. A ktszl siRNS s az egyszl miRNS is a RISC enzim komplexre kerl, ahol a vele
komplementer mRNS szlakkal bzisprosodik s fragmentldik. A RISC endonuklez komponense az Argonauta
fehrje.
A miRNS s a clszekvencia kztt csak rszleges a bzisprosods, ezrt egy miRNS tbb mRNS transzlcijt
is represszlhatja. Ezzel szemben az siRNS irnyt (guide) szla csak teljes komplementarits esetn ktdik cl
mRNS-hez, ezrt ezen az tvonalon csak egyfle mRNS degradldik. Ezrt lehetsges a gncsendestssel
(knockdown) egyenknt vizsglni a gntermkek hatst sejtkultrkban s in vivo modell organizmusokban is (C.
elegans, Drosophila, Arabidopsis).
A Dicer s az Argonauta fehrjk kristlyszerkezett a 18.44. bra mutatja be.
475
A gnexpresszi szablyozsa
476
Egy specifikus DNS-szakasz (pl. egy gn) felszaportsa. Erre kt lehetsg van: a gazdasejtet ignyl
molekulris klnozs (in vivo mdszer) s az in vitro kivitelezhet polimerz lncreakci.
A klnozott DNS informcitartalmt meg lehet hatrozni. Ez a DNS-t felpt nukleotidok sorrendjnek
megllaptsa, teht a DNS-szekvenlsa. Korbban mr rtunk rla, hogy a fehrjk aminosavsorrendjt manapsg
egyszerbb az ket kdol gnek szekvenlsval meghatrozni. A DNS-szekvenls segtsgvel ma mr teljes
genomok informcitartalmt is ki lehet nyerni (genom projektek).
Rekombinns fehrjket lehet ellltani, azaz valamilyen gazda llnyben kifejeztetni (expresszlni) a
vizsgland fehrje gnjt egy rekombinns DNS konstrukcirl. A rekombinns fehrjt aztn ugyanazokkal a
mdszerekkel lehet vizsglni, amiket 6. fejezetben megismertnk. Fontos tudnunk, hogy a rekombinns fehrje
szekvencija pontosan megegyezhet a termszetes forrsbl izollt fehrjvel, teht a rekombinns DNS-sel
ellenttben itt nem klnbz eredet polipeptidlnc szakaszok kapcsoldnak ssze.
A gneket s az mRNS tiratokat is specifikusan tnkre lehet tenni egyes llnyekben. A gneket a
gnkits-nek (KO: knock out), az mRNS-eket a gncsendests-nek (gene knock down) nevezett mdszerrel
lehet inaktivlni.
Gneket lehet egyenknt bejuttatni brmilyen llnybe, s az gy ellltott transzgenikus llatokat, nvnyeket,
mikrobkat (ezek GMO-k: genetikailag mdostott organizmusok) kutatsi clra felhasznlni vagy valamilyen
alkalmazott tudomnyg szolglatba lltani, illetve a gyakorlatban is alkalmazni gondoljunk csak a vitkra s
parlamenti hatrozatokra a GMO-nvnyek eurpai s hazai termesztsrl.
A legambicizusabb gntechnolgiai alkalmazs hibs humn gnek, genetikai betegsgek kijavtst clozza
meg (gnterpia).
477
A gntechnolgia alapjai
478
A gntechnolgia alapjai
az adott trzsbl hnyadiknak izolltk az adott enzimet. Pldul a BamHI enzim a Bacillus nemzetsg
amyloliquefaciens faj H trzsnek els izoltuma, az EcoRI az Escherichia nemzetsg coli faj R trzsnek els,
mg az EcoRV az tdik izoltuma.
A restrikcis endonuklezok (rviden restrikcis enzimek) dimer fehrjk, a ktszl DNS molekulk
foszfodiszter ktseit hidrolizl enzimek. Az enzimek tbbsge kzppontosan szimmetrikus palindrom
szekvencit ismer fel. Ha a DNS kt szlnak elhastsa egymssal szemkzti foszfodiszter-ktseknl trtnik,
n. tompa vgek (blunt end) keletkeznek. Ha azonban egymshoz kpest elcssztatva, nhny bzissal tvolabb
van a felismerhely a szimmetriatengelytl, gy ragads vgek (sticky end) jnnek ltre.
A 19.1. bra az egyik leggyakrabban hasznlt restrikcis endonuklez, a ragads vgeket eredmnyez EcoRI
felismerhelyt s a homodimer enzim trszerkezett mutatja be. A GAATTC palindrom szekvencit felismer
enzim a guanozin s adenozin nukleotidok kztt hastja el a cukorfoszft gerincet (egyszer felrssal: G/AATTC),
ezltal 5-tlnyl ragads vgek jnnek ltre.
19.1. bra: Az EcoRI restrikcis endonuklez felismerhelye s trszerkezete. A dimer enzim szimmetrikusan
ktdik a palindrom felismerhelyhez, ezltal mindkt szlon ugyanazt a ktst tudja elhastani. Ez a szimmetria
jl ltszik az aktv hely mkdshez szksges magnziumionok (lila) pozcijn (PDB: 1ERI).
A 19.1. tblzatban nhny ragads illetve tompavget kialakt enzimet s felismerhelyket tntettk fel.
19.1. tblzat: Nhny restrikcis endonuklez s felismerhelyk
479
A gntechnolgia alapjai
19.2. bra: DNS fragmentumok agarz elektroforzissel elvlasztva s a DNS festk etdium-bromid szerkezete
480
A gntechnolgia alapjai
19.3. bra: In vitro rekombinci. Kt klnbz eredet DNS hastsa EcoRI restrikcis endonuklezzal. A
ltrejv DNS fragmentumok egymst felismer ragads vgekkel rendelkeznek. sszekapcsolsuk DNS-ligz
segtsgvel trtnik. Amennyiben a kt klnbz eredet DNS-vg kapcsoldik ssze, in vitro rekombinci
trtnik.
A molekulris klnozs in vitro szakaszban jn ltre a rekombinns DNS. A hordoz DNS leggyakrabban egy
cirkulris plazmid vektor (a klnoz vektorokat a 19.2.4. alfejezetben mutatjuk be), mg a vizsgland DNS
lehet egy eukarita kromoszma DNS egy fragmentuma. Pldaknt egy olyan klnozsi stratgit mutatunk be,
ahol az inszertet a kromoszmlis DNS-bl kt klnbz restrikcis enzimmel hastottk ki. Ha a vektort s a
klnozand DNS-t ugyanazon kt restrikcis enzimmel linearizljk (a cirkulris DNS molekulbl lineris DNS
fragmentumok keletkeznek), s a tiszttott hastsi termkeket sszekeverik, a DNS-ligz a kmcsben lezajl
reakci sorn gyakorlatilag csak ezt a ktfle eredet DNS-t kpes egymshoz kapcsolni, ezltal rekombinns
DNS jn ltre, mint azt a 19.4. bra mutatja.
A folyamat molekulris grafikai brzolst, kiemelve egy restrikcis enzim, az EcoRI s a DNS-ligz mkdst,
a 11. animci mutatja be.
A kromoszmlis (genomilis) DNS-t hastva egy-egy enzimre nzve megbecslhet a keletkez DNS fragmentumok
vrhat tlagos mrete. Ez az enzim felismerhelynek hossztl fgg. A fragmentumok tlagos mrete 4n, ahol
n a felismerhely bzispr-szma. Egy hatos felismerhelynl 46 = 4096 az tlagos fragmentumok mret.
481
A gntechnolgia alapjai
19.4. bra: Rekombinns DNS ltrehozsa irnytott klnozssal. A plazmid vektort s a kromoszmlis DNSt is ugyanazzal a ktfle restrikcis enzimmel hastjuk. Az egyik vgn "ragads" (EcoRI), a msik vgn "tompa"
vg (DraI) DNS molekulkat a DNS-ligz kovalens sszekapcsolja, ezzel ltrejn a rekombinns DNS.
482
A gntechnolgia alapjai
19.5. bra: A molekulris klnozs elvi vzlata. A rekombinns DNS-t transzformcival juttatjuk az E. coli
gazdasejtbe, ahol az a baktriumsejt kromoszmjtl (amit nem brzoltunk) fggetlenl replikldik s tbb
kpiban lesz jelen az utdsejtekben, ezzel is hozzjrulva a DNS kln felszaportshoz (amplifikci). A klnbz
inszerteket tartalmaz baktriumok egyedi klnok. A kromoszma egszt darabokban tartalmaz E.coli klnok
sszessge a genomilis knyvtr (ld. 19.2.5.1).
A szelekcihoz leggyakrabban hasznlt antibiotikum a penicillin szrmazk ampicillin, egy bta-laktm vegylet
(lsd 19.6. bra), amely ktdik s n. ngyilkos szubsztrtknt gtolja a sejtfal peptidoglikn szintzisben szerepet
jtsz transzpeptidz enzimet, s ezltal gtolja a baktrium nvekedst (lsd 10.4.1. fejezet). Az ampicillin elleni
rezisztencit a bta-laktamz enzim biztostja, amely kpes elhastani a bta-laktmgyrt, ezltal hatstalantja
a molekult.
483
A gntechnolgia alapjai
Albb felsorolunk nhny tovbbi, a transzformci sorn szelekcira hasznlt antibiotikumot s rezisztencia
gnjeiket:
A kloramfenikol bakteriosztatikus kpessgnek molekulris httere, hogy a riboszma komplex 50S alegysghez
kt, gy gtolja a fehrjeszintzist. A kloramfenikol rezisztencia gn egy kloramfenikol-acetiltranszferz
enzimet kdol, amely gy kpes inaktivlni az antibiotikumot, hogy egy acetilcsoportot helyez r. Egy msik
fehrjeszintzis gtl antibiotikum a tetraciklin, egy poliketid tpus termszetes antibiotikum. Az aminoaciltRNS mRNS-riboszma komplexhez val ktdst gtolja a 30S alegysghez ktdve. A tetraciklin rezisztencit
egy 40 kDa-os membrnfehrje biztostja, amely aktv mdon kipumplja az antibiotikumot a sejtbl. A
kanamicin s a vele rokon neomicin szintn a prokarita riboszma 30S alegysghez kt, s ott transzlcis
hibt indukl, amellyel gtolja a fehrjk trdst. Mindkt antibiotikum aminoglikozid tpus szer, inaktivlsukat
egy acetil-transzferz enzim vgzi.
19.7. bra: Egy klnoz vektor trkpe s multiklnoz helye. Mivel a plazmid vektorok cirkulris DNS-ek, a
vektor trkp egy kr, amin feltntetik a DNS-ben tallhat gneket, szablyoz elemeket (ori: replikcis orig,
promter) valamint a klnozhelyeket. AmpR: ampicillin rezisztencia gn; MCS: multiklnoz hely.
Az ori az nll replikcit biztost replikcis origt jelli. Ez nem egyezik meg az E. coli kromoszma
replikcis origjval (lsd 13.4. fejezet), aminek a fontos kvetkezmnye az lesz, hogy a vektor DNS a kromoszma
DNS-tl fggetlenl replikldik, s tbb pldnyban is jelen lehet a baktriumsejtben. Az ampR az ampicillin
484
A gntechnolgia alapjai
antibiotikum elleni rezisztencia gnt, a szelekcis markergnt jelli. Az MCS-t az E. coli lac-operon lacZ gnjnek
5-rgijba illesztettk be. Ennek a jelentsgt ksbb magyarzzuk el.
A vektorok msik nagy csoportjba az expresszis vektorok tartoznak. Ezek a DNS konstrukcik olyan szablyz
elemeket tartalmaznak, amelyek lehetv teszik, hogy a bennk trolt DNS informci (az inszert) kpes legyen
fehrjeknt kifejezdni, expresszldni. Az expresszis vektoroknak tartalmazniuk kell a klnoz hely eltt egy
promter rgit, ahonnan a transzkripci elindulhat. A promter milyensge hatrozza meg az expresszlt fehrje
mennyisgt, de az is kulcsfontossg a gyakorlatban, hogy a transzkripci szablyozhat legyen, - ennek
segtsgvel a kvnalmaknak megfelelen lehet elindtani a rekombinns fehrje termelst. Az egyik legismertebb
s leginkbb alkalmazott szablyz mechanizmus az E. coli lac operon elemeire pl (lsd 18.2.1. fejezet).
A vektor DNS eredete alapjn megklnbztetnk plazmid s bakteriofg (bakterilis vrus) alap vektorokat,
az elbbi kett kombinlsval ltrehozott tpusokat (pl. fgmid) s mestersges kromoszmkat. Az expresszis
vektorokra a 19.7. fejezetben trnk vissza.
19.8. bra: A pBR322 vektor trkpe. A vektor mretn tl az egyedi restrikcis felismerhelyeket tntettk fel.
A plazmid vektorok a legltalnosabb klnoz vektorok. A ma hasznlatos tpusoknl (mint a 19.7. bra bemutatott
pUC csald tagjai) mindig poliklnoz helyet hasznlnak, amely akr tucatnyi egyedi restrikcis enzim
felismerhelyt tartalmazza. Ezen kvl sok vektort alkalmass tettek egy msodlagos szelekcira, ami arra
alkalmas, hogy a transzformcival a sejtekbe kerlt res plazmid vektort tartalmaz sejtkolniktl meg tudjuk
485
A gntechnolgia alapjai
19.9. bra: A -galaktozidz enzim trszerkezete. A homotetramer enzim ngy lnct ms-ms sznnel jelltk.
Az -komplementcirt felels -peptidszakaszt narancsszn golykkal emeltk ki (PDB: 3MUY).
A szelekci sorn az enzimnek ezt a spontn, fragmentumaibl trtn sszeszereldsi kpessgt hasznljuk ki
oly mdon, hogy az -peptidet (-fragmentumot) a plazmid kdolja, mg az -fragmentumot a gazdasejt genomja.
Mivel a cl az inszert beplsnek a vizsglata, a vektorban a multiklnoz hely (MCS) az -fragmentumot
kdol szakaszba van beptve. Vagyis sikeres klnozs esetn az -fragmentumot kdol szakasz elromlik,
s az -fragmentum nem fejezdik ki. Ebben az esetben teht az IPTG-vel val indukci eredmnyeknt az
inszert ltal kdolt fehrje fog expresszldni, s a telepek fehrek lesznek. Az res vektort tartalmaz baktriumok
IPTG indukci hatsra az enzim mindkt fragmentumt szintetizljk, ami azt eredmnyezi, hogy egy kromogn
szubsztrt, az 5-brm-4-klr-3-indolil--D-galaktozid (X-gal) jelenltben kk szn baktrium telepek
keletkeznek. (lsd 19.10. bra).
486
A gntechnolgia alapjai
19.10. bra: A kk-fehr szelekci molekulris httere. Az bra fels rsze egy olyan lac-operon vzlatos
szerkezett mutatja, amibl a lacZ gnben delci van, a -galaktozidz a-peptidje (a 11.-tl a 42. aminosavig)
nem rdik t. A -galaktozidz -fragmentuma (srga) IPTG jelenltben a gazdasejtben termeldik, de inaktv
marad, mg a vektorban kdolt -peptid (piros) ki nem egszti, s aktvv nem teszi (a kt fragmentum msodlagos
ktsekkel kapcsoldik egymshoz, s gy is kialakul az aktivits szksges konformci). Ez az -komplementci
jelensge. Az aktv enzim az X-gal nev szubsztrtot bontja, kk csapadk keletkezik, ami kk sznv teszi a
telepeket is. Ha az inszerci sikeres, akkor az -fragmentum nem termeldik (a kdol rgijt valsznleg
tnkreteszi az inszert), gy a kolnia fehr szn marad.
A plazmid vektorok nem alkalmasak 10 kbp-nl nagyobb inszertek stabil fenntartsra. A beplt DNS a
plazmidbl gyakran kivgdik, s az gy kisebb vl plazmid gyorsabban szaporodik. Az eukarita genomok
risiak, az emberi pl. kb. 3,2 millird bzisprnyi informcit hordoz (mivel 23 klnbz kromoszmnk van,
egy-egy kromoszma DNS mrete 100 milli bp krl van). Minl nagyobb DNS darabokat sikerl egy-egy
vektorban fenntartani, annl kevesebb kln kpes reprezentlni a teljes n. genomilis knyvtrat (a knyvtrakat
a 19.2.5. fejezetben mutatjuk be). Egy 10 kilobzis / kln kapacits plazmid knyvtr esetn kb. 1,5 milli kln
reprezentln a teljes emberi genomot! (Ha egy Petri-csszn 1000 kln fr el, akkor 1500 Petri cssze kellene!)
A fenti ok s a plazmid alap vektorok alacsony transzformlsi hatkonysga vezettek arra, hogy a bakteriofg
genomjbl kiindulva jabb tpus vektorokat lltottak el.
487
A gntechnolgia alapjai
szksges enzimeket, azok szablyz fehrjit, valamint burokfehrjket. A vrus lineris genomja kpes
cirkularizldni a gazdasejten bell, ezt a DNS szlak vgn tallhat kt ragad cos rgi biztostja. Az -fg
ktfle letciklust mutat. A ltikus letciklus sorn a vrus rktanyaga miutn bejutott a gazdasejtbe, ott tbbszr
replikldik, majd a fej s farok struktrt kpz fehrjk expresszijt kveten j vrusrszecskk kpzdnek,
amik a gazdasejt elpusztulsa utn tovbbi sejteket fertznek. Ezzel ellenttben a lizogn letciklusba akkor lp
a fg, amikor az rktanyaga bepl az E. coli kromoszmjba, azzal egytt replikldik. A sejt osztdsval
tovbb rkld, ltens fgot profgnak nevezzk (lsd 19.11. bra).
19.11. bra: A -fg kt lettja. A lizogn letthoz szksges gnek nlkl ltikus mdon tud szaporodni a
vrus, ezrt ezek a gnek helyettesthetk idegen DNS-sel.
A -fg-alap vektorok kzl leginkbb az n. helyettestvektorokat hasznljk. A lineris DNS-en bell tallhat
egy "kitlt" (stuffer) szekvencia (amely rgi a vrus ltikus letciklushoz nem esszencilis gneket tartalmaz),
amit elsknt ki kell vgni a vektorbl s annak helyre tudjk bepteni az idegen gnszakaszt. A -fg helyettest
vektorokban az inszert maximlis mrete 23 kbp, s fleg genomilis knyvtrak ellltsra hasznljk. Egy
helyettest -fg vektor konstrukcit mutat be a 19.12. bra.
A lambda-fg DNS kt vgn olyan szakaszok vannak, melyeket a fgfehrjk felismernek, s kpesek a DNS-t
fgrszecskbe pakolni. Ez sejtmentes kzegben in vitro is vgbemegy. Az in vitro pakols sorn minden olyan
DNS fg virionba kerl, melynek kt vgn jelen van a szksges lambda fg szekvencia (a cos rgi). Az in vitro
ltrehozott fg rszecskk sokkal nagyobb hatkonysggal viszik be a DNS-t a kli sejtbe, mint a transzformls
a plazmidokat.
488
A gntechnolgia alapjai
19.2.4.3. Fgmidok
A fonalas fgok szaporodsi mechanizmusra plnek a ketts termszet fgmid vektorok. A fgmid nv a
fonalas (bakterio)fg s plazmid kombincijra utalt. Ebbl addan jellemzi az elbbi kett tulajdonsgainak
keverke.
Egyrszrl tartalmaznak egy plazmid replikcis origt, msrszrl megtallhat bennk az M13 rokon f1 fgbl
szrmaz f1 orig is. Ez utbbi biztostja (az M13 fg origval megegyez mdon) azt, hogy a fgmidrl egyszl
DNS is trdjon, majd az virionba pakoldva, a ksbbi gazda organizmusba tvihet legyen. A fgrszecskbe
csomagolshoz szksg van n. segt (helper) fgra is, amely az egyszl DNS replikcijt biztostja s a virionba
val pakolshoz szksges gneket kdolja. A fgmidok, a fonalas fgokhoz hasonlan nem ltikusak, teht
489
A gntechnolgia alapjai
kiszabadulsukkor nem lik meg (nem lizl) a gazdasejt, hanem a sejtet folyamatosan j vrusrszecskk
kivlasztsra kszteti.
A fgmidokat a gyakorlatban ltalnos klnoz vektorknt hasznljk, illetve olyan clra, ahol egyszl templtra
van szksg: szekvenlsra (lsd 19.5) s irnytott mutagenezishez (lsd 19.6) (ma mr inkbb csak az utbbi
clra). A 19.13. bra egy fgmidba trtn klnozs smjt s az egyszl templt DNS-t, amivel a bemutatott
ksrletben helyspecifikus mutagenezist vgeznek (lsd 19.6. ).
19.13. bra: Klnozsi sma fgmid vektorral s egyszl templt DNS ellltsa helyspecifikus
mutagenezishez (ld. 19.6. fejezet)
Az egyik legismertebb klnoz fgmid a pBlueScript vektor (lsd 19.14. bra), amely a pUC vektorcsaldra
(lsd 19.7. bra) nagyon hasonlt, de tartalmaz egy f1 replikcis origt is.
490
A gntechnolgia alapjai
491
A gntechnolgia alapjai
492
A gntechnolgia alapjai
A rekombinns DNS knyvtrbl a vizsglni kvnt gnt tartalmaz klnt vagy klnokat klnbz, ksbb
rszletezett technikk segtsgvel ki lehet vlasztani, s a tbbi klntl el lehet klnteni. Ez az eljrs a
knyvtrak szrse (angol eredet kifejezssel szkrnels). Ezltal a vizsglatokat tiszta klnokon lehet elvgezni.
Az egsz DNS knyvtr vagy az egyes kivlasztott klnok a megfelel gazda rendszerben szaporthatak, azaz a
DNS knyvtr bizonyos rtelemben lland forrsa a specifikus klnoknak is.
493
A gntechnolgia alapjai
19.17. bra: Az gynevezett plakk-hibirdizcival lehet egyedi klnokat azonostani egy gnknyvtrban
Hogyan lehet megtallni a knyvtrban olyan gneket, aminek nem ismerik a szekvencijt? Ha az adott gn ltal
kdolt fehrje legalbb rszleges fehrjeszekvencija ismert, akkor a genetikai kd ismeretben, visszafel
tfordthat az aminosavak sorrendje kodonok sorrendjre. Egy aminosavszekvencit a kdsztr degenerltsga
miatt ugyan tbbfle oligonukleotid szekvencia kdolhat, de ez nem problma, mert redundns oligonukleotid
keverket is knnyen el lehet lltani szintetikusan mdon, s ezek hasznlhatk prbaknt a knyvtr szkrnelsre
(lsd 19.18. bra).
19.18. bra: Aminosav szekvencia alapjn a bemutatott mdon lehet szintetikus nukleinsav prbt kszteni
494
A gntechnolgia alapjai
Mg egy fajbl csak egyfl genomilis knyvtr, viszont nagyon sokfle cDNS knyvtr kszthet. Gondoljunk
bele, minden sejttpus ms s ms gneket expresszl, azon kvl egy soksejt szervezet a fejldse sorn, klnbz
fiziolgis krlmnyek kztt, egszsges s kros llapotban is klnbz mRNS kszlettel rendelkezik ezrt
egy llnybl szmtalan klnfle cDNS knyvtr llthat el.
A cDNS knyvtr ksztsnek els, az eddigiektl eltr lpse a reverz transzkripci. Ha eukarita cDNS
knyvtr ltrehozsa a cl, elszr az sejtekbl kivont teljes RNS mintbl izollni kell a csak nhny szzalkot
kpvisel mRNS-t. Egy igen hatkony elvlasztsi md az eukarita mRNS-ekre ltalnosan jellemz 3-vgi
poli-A farok kihasznlsa egy lpsben affinits kromatogrfival (lsd 6.3.4. fejezet), egy poli-T oligonukleotiddal
mdostott kromatogrfis tlteten lehet szeperlni az mRNS molekulkat. (Jegyezzk meg, hogy RNS-ekkel
nehz a laboratriumban dolgozni, mert igen knnyen degradldik a prepartum a mindentt jelen lev s szinte
tnkretehetetlen ribonuklez enzimek miatt. Inaktivlsukra specilis, itt nem ismertetett eljrsokat dolgoztak
ki.)
A cDNS knyvtrak elksztsnek egy smjt a 19.19. bra mutatja be. A reverz transzkriptz (RT-z), a
retrovrusok enzime, egy RNS-fgg DNS-polimerz, teht szksge van egy indt primerre. A cDNS szintzisnl,
amennyiben eukarita mRNS-sel dolgoznak, ez oligodezoxitimidin (oligo-dT). Az RT-z egy RNS/DNS hibrid
molekult szintetizl, amirl egy ribonuklez (RN-z-H) s egy DNS-polimerz segtsgvel kszlnek el a cDNS
molekulk, amiket restrikcis helyeket tartalmaz n. linkereknek a vgekre trtn liglsa utn lehet bepteni
a megfelel vektorba.
A cDNS knyvtrakhoz ltalban expresszis vektort hasznlnak, azaz a sejtekben az inszertek egy promterrl
trdnak. Ezt a tnyt lehet kihasznlni a cDNS knyvtrak n. expresszis szrsre. Ennek sorn az in situ, a
sejtekben termeld fehrjket specifikus antitestek segtsgvel mutatjk ki.
Az izollt cDNS szekvencikbl jellt prbk kszthetk. A prbk segtsgvel vizsglhat az adott gn
expresszijnak szintje klnbz szvetekben, vagy az expresszi megvltozsa patolgis llapotban vagy
klnbz kezelsek, beavatkozsok hatsra. Ezeket a vizsglatokat valamilyen hibridizcis mdszerrel vgezik,
amelyeket a kvetkez fejezetben ismertetnk.
495
A gntechnolgia alapjai
A hibridizci sorn a vizsglt minta a templt, ehhez tapad hozz a Watson-Crick bzisprosodsi szablyoknak
megfelel komplementer prba. A minta lehet DNS vagy RNS, a prba elvileg brmilyen jellt nukleinsav, amit
ha oligonukleotid mret, akkor szintetikusan, automatizlt szilrdfzis oligonukleotid szintzissel
(szintetiztorban) lltanak el. A jelenlegi technolgival maximum kb. 100 nukleotid hosszsg, tetszleges
szekvencij DNS llthat el. Ezeket nem csak keres prbaknt hasznljk, hanem in vitro DNS szintzishez
primer-knt olyan mdszereknl, mint a DNS-szekvenls, irnytott mutagenezis s a polimerz lncreakci
(lsd 19.4.).
Amennyiben a minta DNS fragmentumokat tartalmaz, akkor a hibridizcit Southern-lenyomat (blot) mdszerrel,
ha a minta RNS, akkor viszont Northern-lenyomat mdszerrel vgzik. Szlunk a fejezetben rviden a DNS-chip
technolgirl is, ami egyszerre nagyszm minta vizsglatt teszi lehetv. Ebben a knyvben nem ismertetjk
a fehrjk kimutatsra szolgl Western-blot mdszert, amellyel specifikus fehrjket antitestekkel lehet kimutatni,
miutn a poliakrilamid glben sztvlasztott mintt blottolssal immobilizltk.
496
A gntechnolgia alapjai
19.21. bra: Restrikcis fragmentum hossz polimorfizmus (RFLP) kimutatsa Southern-blot mdszerrel.
A pldban egy bntny elkvetjt az RFLP mintzat egyedisge alapjn lehetett azonostani.
Az eljrs sorn teljes genombl indulnak ki, melyet restrikcis endonuklezokkal kezelnek. A hasts utn kapott
DNS fragmentumok szma az enzim ltal felismert szekvencik szmtl, mrete pedig ezek tvolsgtl fgg.
A restrikcis fragmentumokat ezt kveten glelektroforzissel szeparljk, s Southern-blot hibridizcival
detektljk. RFLP abban az esetben jelenik meg, ha a vizsglt DNS szlon tallhat inszerci, delci vagy SNP
egy meglv restrikcis helyet tnkretesz vagy egy jat hoz ltre. Ilyenkor glelektroforzissel eltr hosszsg
DNS fragmentumokat kapnak. Az RFLP analzis volt az els DNS ujjlenyomatot feltrkpez, szles kren
elterjedt technika (DNA profiling, DNS tipizls), amelyet bevezettek az igazsggyi orvostani s a brsgi
gyakorlatba is. Az RFLP technika nagyon fontos eszkz volt a genomok fizikai trkpezsben, klnbz mutcik
kimutatsban. Ezzel a mdszerrel klnbz betegsgek, vagy az azokra val hajlam is kimutathat.
A Southern-blottal rokon technika a Northern-blot, csak ebben az esetben DNS helyett RNS molekulkat
analizlunk. Ez az eljrs jval nagyobb elvigyzatossgot ignyel, mivel az RNS rendkvl bomlkony (lsd
fentebb). Segtsgvel megllapthat egy adott sejt pillanatnyi gnexpresszis llapota s annak vltozsa pldul
differencilds sorn vagy patolgis esetekben.
A Southern- s Northern-blot mdszer helyett ma mr egy sokkal tbb minta egyidej analzisre alkalmas
hibridizcis mdszer is a kutatk rendelkezsre ll a kvetkez fejezetben bemutatott DNS-chip technika.
497
A gntechnolgia alapjai
498
A gntechnolgia alapjai
A PCR-t hrom, ciklusosan ismtld lpsben hajtjk vgre. Elszr a templt DNS-t tartalmaz mintt 90C
fl melegtve a kt DNS szl elvlik (denaturcis fzis), majd az oldatot lehtve kb. 50C-ra a nagy
koncentrciban alkalmazott primerek mindkt szlhoz hibridizlnak (anelllsi fzis). A harmadik lpsben a
mintt 72C-ra felmelegtve, ezen a hmrskleten nagy felesleg dNTP jelenltben egy DNS-polimerz mindkt
szlra megszintetizlja az j, komplementer DNS szlat (polimerizcis vagy elongcis fzis). A reakciban
olyan DNS-polimerzt (pl. Taq-polimerz) hasznlnak, mely hforrsokban l baktriumbl (pl. Thermus
aquaticus) szrmazik, s hmrskleti optimuma 72C-on van, st, 90C-on sem denaturldik. Vgl a mintt
jbl 90C-ra melegtik, ahol a kt ktszl DNS ngy szlra esik szt, s a ciklus kezddik ellrl. A hrom
hmrsklet, 90-50-72C ciklikus vltogatsval egy olyan DNS-termk szaporodik exponencilis temben,
melynek kt vgt az alkalmazott primerek jellik ki. 25 ciklus utn kb. egymilliszor annyi adott szekvencij
DNS molekula keletkezik, mint amennyi a templtban volt! A vgtermk neve az amplikon (br megjegyzend,
hogy a szakirodalomban nha a PCR-hez hasznlt kiindulsi DNS-t is amplikonnak nevezik). A mdszer hallatlanul
rzkeny, mivel a kiindulsi mintban elegend egyetlen DNS molekula, az amplifikci akkor is megtrtnik.
Az eljrs smjt a 19.23. bra s a 12. animci mutatja be.
499
A gntechnolgia alapjai
19.5. DNS-szekvenls
Egy rekombinns DNS akkor hasznlhat tovbbi gntechnolgiai eljrsokhoz, ha mr ismert az informcitartalma,
azaz szekvenltk. Definci szerint a DNS-szekvenls az a folyamat, melynek sorn meghatrozzk a DNS
molekula nukleotidsorrendjt.
Napjainkban a DNS-szekvenls a molekulris biolgia egyik legmeghatrozbb eszkzv vlt. A modern
szekvenl technikkkal mr szmos llny teljes genomjt, kztk az embert is sikeresen meghatroztk
(klnbz llnyek genommrett, amelyeket mr szekvenltak, lsd a 1.3. tblzatban).
Az 1970-es vektl kezdve kt mdszert fejlesztettek ki, amelyek kzl a Sanger-fle lnctermincis
(enzimatikus) mdszer szinte egyeduralkodv vlt (lsd 19.5.1). A fluoreszcens detektls megjelensvel s
automatizlsval knnyebb s gyorsabb vlt a DNS-szekvenls (lsd 19.5.2). Vgl az ezredforduln jelentek
500
A gntechnolgia alapjai
501
A gntechnolgia alapjai
502
A gntechnolgia alapjai
503
A gntechnolgia alapjai
504
A gntechnolgia alapjai
505
A gntechnolgia alapjai
506
A gntechnolgia alapjai
A gazdasejt nem csak baktrium lehet, hanem eukarita leszt (pl. S. cerevisiae) vagy ms eukarita sejtvonal
vagy akr transzgenikus llat s nvny is. Ezek a gazdasejtek is kpesek heterolg expresszira, vagyis arra,
hogy nem a sajt, hanem ms fajbl szrmaz fehrjket termeljenek. Mindegyik rendszernek vannak elnyei s
htrnyai, valamint megvannak a sajt expresszis vektorai. Hozztesszk mg, hogy lteznek in vitro expresszis
rendszerek is, ahol sejtmentes rendszerben, de sejtkivonatokbl szrmaz riboszmk segtsgvel lehet
rekombinns fehrjket ellltani, br az in vivo mdszereknl kisebb mennyisgben (st, ezek a rendszerek
idben megelztk a heterolg rendszereket, lsd a genetikai kd feltrsnl hasznlt kli sejtkivonatot).
507
A gntechnolgia alapjai
508
A gntechnolgia alapjai
szakaszt ptenek be, ami lehetv teszi, hogy a riboszmn trtn szintzis utn a kt lnc nllan tekeredjen
fel s mindkett funkcikpes legyen az adott gazdasejtben.
19.31. bra: A GFP (zld fluoreszcens fehrje) trszerkezete. A hrom aminosavbl autokatalzissel kialakul
fluorofrt zld golykkal jelltk (PDB: 1EMA)
Lteznek olyan vektorok is, amelyek a GFP hely-specifikus mutagenezissel ellltott, klnbz szn varinsait
(pl. YFP: srga, CFP: cinkk szn), illetve a GFP-vel nem rokon, ms szn fluoreszcens fehrjt (pl. DsRed:
vrs) kdoljk fzis cmkeknt. Ezek a fzis cmkk ms-ms hullmhossz fnnyel gerjeszthetk, s mshol
van az emisszijuk. Segtsgkkel akr kt klnbz sznnel jellt fehrje egyttes expresszija (koexpresszija)
s a sejten belli lokalizcija, akr klcsnhatsuk (kolokalizci) knnyen nyomon kvethet. Egy ilyen ksrlet
eredmnyt (egy zld- s egy vrs-fzis fehrje kolokalizcija, ami a kpen srga sznnel jelenik meg) mutatja
be a 19.32. bra.
19.32. bra: Kt, klnbz fluoreszcens festkkel megjellt fehrje sejten belli kolokalizcija. A bal oldali
s a kzps brn a kt fehrjt kln-kln transzfektltk egy emls sejtvonalba. A jobb oldali brn koexpresszit
vgeztek, s a kt szn keverke a kt fehrje egyttes lokalizcijra utal.
509
A gntechnolgia alapjai
lehet juttatni nhny pikoliter DNS-t (lsd 19.33. bra), s az vletlenszeren beplhet a genomba. Egerek
petesejtjvel elvgezve a ksrletet, a sejtek kb. 2%-ban az j gn bepl valamelyik kromoszmba. Nhny
osztds utn a transzgnt tartalmaz korai embrit egy lvemhes nstny mhbe ltetik, amelybl szerencss
esetben transzgenikus llat szletik. A transzgn beplst a fiatal egr levgott farokvgbl izollt DNS-sel
vgzett Southern-lenyomat ksrlettel ellenrzik.
19.33. bra: Megtermkenytett petesejt mikroinjektlsa (balra tmaszt pipetta, jobbra kapillris, a
transzgn DNS oldattal; a DNS-t a hm pronukleuszba injektljk)
Az els transzgenikus llatot Brinster s Palmiter 1982-ben lltottk el, amikor is egy egr megtermkenytett
petesejtjnek pronukleuszba mikroinjektlssal patkny nvekedsi hormon (GH) transzgnt juttattak. A
hres egr ikerpr a Nature folyirat cmlapjra is rkerlt (lsd 19.34. bra). 1985-re nyl, brny illetve serts
megtermkenytett petesejtjbe is sikerlt mikroinjektlssal transzgnt bevinni.
Megjegyzend, hogy a patkny GH transzgnt tartalmaz egr nem azrt lett nagyobb, mert a patkny GH az llat
mrett szabja meg, hanem az n. dzishats miatt, azaz tbb patkny transzgn plt be vletlenszeren az egr
genomba. A transzgnt a nehzfmekkel szablyozott metallotionein gn promtere mg ptettk be a
rekombinns DNS konstrukciba.
19.34. bra: A patkny nvekedsi hormon transzgnt tartalmaz egr (bal) s vad tpus testvre (jobb) a
Nature folyirat cmlapjn (Vol. 300,1982. december 16 ; a Nature Publishing Group engedlyvel)
A mdszer teht lehetsget teremtett arra, hogy brmilyen gnt bejuttassanak az llatok genomjba gy, hogy az
minden szvetben s sejtben jelen legyen. Az gy mdostott organizmusban a gnt szablyoz rgik megfelel
megvlasztsval lehetsges induklt, vagy konstitutv fehrjeexpresszit ltrehozni, akr szvet-, vagy sejtspecifikus
mdon.
Szmos rekombinns fehrjt termelnek emlmirigy specifikus promterrel rendelkez gnkonstrukcikkal
transzgenikusemlsben (kecskben, juhban, sertsben). Az gy termelt -antitripszin (az emfizma, tdtguls
gygyszere lehet), antitrombin-III (vralvadsi gygyszer) s a szveti plazminogn aktivtor (TPA; tbbek kztt
szvinfarktus utn kzvetlenl a vrrgk feloldsra szolgl gygyszerfehrje) gygyszerknt trtn alkalmazst
mr engedlyeztk vagy engedlyezs alatt llnak.
510
A gntechnolgia alapjai
511
A gntechnolgia alapjai
2000-ben lltottk el az els olyan transzgenikus nvnyt, az aranyrizst, melynek a tprtkt sikerlt javtani.
Nevt srgs sznrl kapta, mely -karotin termelsnek ksznhet. A cl a fleg a harmadik vilgot rint Avitamin hiny miatti nagyfok elhallozs (s vaksg) visszaszortsa volt. Habr humanitrius clokat szolgl,
negatv visszhangot vltott ki a kzvlemnyben elssorban transzgenikus volta miatt. (A -karotin ellltshoz,
ami az A-vitamin prekurzora (lsd 11.3.2. fejezet), kt enzim hinyzik a rizs termsbl, ezeket vittk be
transzgnknt.)
19.8.3. Gnterpia
A gnterpia clja, hogy genetikailag hibs testi sejtek genomjt mdostsa emberben, a helyes gn bevitelvel
ptolva az elromlott gn szerept. Az emberi zigta, vagy az ivarsejtek genetikai mdostsa etikai normkat
srt, ezrt a gnterpia csak a szomatikus sejtek genetikai llomnyt clozza meg. Ktfle szomatikus sejttpust
hasznlhat a gnterpia: ssejteket s differencilt, nem osztd sejteket.
A gnterpia legfontosabb krdse, hogy milyen hordoz vektorral juttassk be a terpis gnt a clsejtekbe. Erre
a clra tbbfle vrus-alap vektorral ksrleteznek, amelyek kzl megemltjk a retrovrusokat, adenovrusokat
s az adeno-asszocilt vrusokat.
Az ssejtek esetben a terpis gnt hordoz vektor ltalban retrovrus, ami bepl a genomba, gy osztdst
kveten is jelen van az utdsejtekben. Gnterpira jelenleg ktfle forrsbl szrmaz ssejtet hasznlnak, az
egyik a csontvelbl szrmaz hematopoetikus ssejt, a msik egy, a br als rtegben tallhat ssejttpus. Ezek
az ssejtek viszonylag knnyen hozzfrhetek, s ex vivo is fenntarthatk. A gnterpia msik clpontja differencilt, nem osztd sejtek - esetben, a vektor nem felttlenl kell, hogy bepljn a genomba, ezrt a
retrovrus vektorok mellett DNS vrusokkal is ksrleteznek.
A retrovrusok egyszl RNS genommal rendelkeznek, mely a fertztt sejtben a virlis reverz transzkriptz
s integrz enzimek segtsgvel ktszl DNS-s rdik, s bepl a fertztt sejt genomjba. A terpia egyik
eleme egy olyan vektor DNS, melyben fontos virlis gneket cserlnek le a terpis gn beptsekor (rekombinns
vrus). A vektor teht nll vrusknt nem funkcionl. A msik elem egy helper (segt) vrus, mely kpes
termelni az sszes szksges virlis fehrjt (reverz transzkriptz, integrz, burokfehrjk stb.), de hinyzik a
genomjbl egy szakasz, ami a genom virlis rszecskbe pakolshoz kell. A kt elem egyttes alkalmazsval
olyan vrusok keletkeznek, melyek tartalmazzk a terpis gnt, hordoznak reverz transzkriptzt s integrzt, vagyis
a DNS beplhet a genomba, de a beplt vektor DNS mr nem funkcionl tbb vrusknt.
A jelenleg rendelkezsre ll retrovrus vektorok esetben a vektor genomba integrldsa nem specifikus, s a
vletlenszer bepls ms gnek tnkremenetelhez vezethet. A vletlenszeren beplt vektor rintetlenl hagyja
512
A gntechnolgia alapjai
az eredeti hibs gnt, vagyis csak akkor gretes a terpia, ha a hibs gn funkcikiesst jelentett, nem pedig
funkcivltozst. A helyspecifikus rekombinci lehetv tenn a hibs gn cserjt, teht megoldan ezt a gondot
de egyelre ilyen vektorok nem llnak rendelkezsnkre.
Az els gnterpis ksrletet 1990-ben vgeztk, egy adenozin-dezaminz (ADA) enzimhinyos, slyos
kombinlt immundeficiencia (SCID: severe combined immunodeficiency) betegsgben szenved pcienssel. A
betegbl eltvoltott csontveli ssejteket retrovrus konstrukcival fertztek, amely funkcionlis ADA gnt
tartalmazott, majd a sejteket visszajuttattk a szervezetbe. Azta sok szz hasonl, retrovruson alapul gnterpit
alkalmaz klinikai tesztrl szmoltak be, klnbz, elssorban immunsejtek kros mkdsvel sszefgg
betegsgek gygytsval kapcsolatban, egyelre felems eredmnnyel, a mr jelzett okok miatt.
A adenovrusok ktszl DNS genommal rendelkeznek s nem plnek be a genomba. A sejtmagban
extrakromoszmlisan tmenetileg fennmaradnak, de a sejtosztds utn kihgulnak, teht az ilyen alap vektor
konstrukcikat folyamatosan jra be kell juttatni szervezetbe. Elnyk viszont, hogy a nem-specifikus integrci
miatti problmk ennl a vektor tpusnl nem llnak fenn. Egy ilyen, adenovrussal-kzvettett gnterpis ksrletet
mutat be a 19.37. bra. A rekombinns vrus receptor-kzvettett endocitzissal jut be a sejtekbe. A sejt belsejben
a vezikulum lebomlik, a vrusvektor kiszabadulsa utn a sejtmag prusaihoz asszocildik. A sejtmagba a
rekombinns vrus DNS-rl a terpis gn trdik, a mRNS visszajut a citoplazmba s szintetizldik a terpis
cl fehrje.
19.37. bra: Egy lehetsges gnterpis hordoz vektor, az adenovrus clsejt fertzsi lpsei (forrs:
http://en.wikipedia.org/wiki/File:Gene_therapy.jpg)
Az adeno-asszocilt vrus viszont egy adott helyre integrldik a 19-es kromoszmn. Ezzel a betegsget nem
okoz s csak gyenge immunvlaszt kivlt vektorral szintn szmos gnterpis ksrletet hajtottak mr vgre.
Az egyszl DNS genommal rendelkez vrusbl olyan vektorokat hoztak ltre, amelyekbe (itt nem ismertetett
mdon) helper vrusok segtsgvel lehet bevinni a terpis gnt. A vrus klnbz szerotpusai klnbz s
mr nem osztd gazdasejteket fertznek mind a kt tulajdonsguk gretes gnterpis vektorr teszi ket.
Vgl megemltnk egy olyan lehetsget is, ahol vrus-alap gnbejuttats helyett a terpis gnt transzpozonnal
viszik be a gazdasejt genomjba. A magyar kutatk kzremkdsvel kifejlesztett Sleeping Beauty (Csipkerzsika)
nev transzpozon is gretes gnterpis eszkz lehet. (A transzpozonok olyan genetikai elemek, ugrl gnek
amelyek mindssze egy gnt tartalmaznak, a transzpozzt, ami kpes kivgni a transzpozont a genombl s
thelyezni akr sok kpiban is a genomban. Barbara McClintock fedezte fel ket kukoricban 1951-ben, de csak
jval ksbb trtk fel, hogy az lvilgban ltalnosan elterjedtek. Ezzel is magyarzhat, hogy a felfedez csak
1983-ban kapott Nobel-djat.)
513
A gntechnolgia alapjai
514
A gntechnolgia alapjai
19.38. bra: A homolg rekombincira alkalmas, egy pozitv (antibiotikum rezisztencia gn) s egy negatv
(rzkenyt gn) szelekcis markert tartalmaz rekombinns DNS konstrukcis s a rekombinci smja
A nem-clzott gnbevitellel ellenttben, amire a transzgenikus llatok ltrehozsnl lert megtermkenytett
petesejtbe trtn mikroinjektls a plda a clzott gnmdostshoz pluripotens embrionlis ssejtteket (ES:
embryonic stem cells) hasznlunk sejttenyszetben (a ktfle mdszer sszehasonltst a 19.39. bra mutatja be).
Ezek a sejtek egrbl szrmaznak, mivel mr jeleztk, hogy technikailag az emlsk kzl KO egeret a legknnyebb
s a leghatkonyabb ellltani. Az ES sejtekbe a DNS konstrukcit elektroporlssal vagy liposzmkba csomagolva
juttatjuk be.
Hogyan kell megtervezni az n. targeting (clz) rekombinns DNS-t? Elszr is lineris DNS konstrukcira
van szksg, mivel a prokaritkkal ellenttben itt nem egy autonm replikld DNS-t kell a sejtbe juttatni, hanem
egy nll replikcira nem kpes DNS-t, aminek be kell plnie az eukarita sejtek genomjba. A homolg
rekombinci lineris DNS-sel jobb hatsfokkal megy vgbe. A homolg rekombinci rdekben a clgn mindkt
oldaln viszonylag hossz (1-2 kbp) homolg szakaszoknak kell lennie. A pozitv szelekcit a kt homolg kar
kz helyezett antibiotikum rezisztencia gn biztostja. A rezisztencia gnnek legalbb egy exont kell a tnkretenni
tervezett gn kdol rgijbl helyettestenie.
Olyan antibiotikumot kell hasznlni, ami emls sejtekben is hatkony (pl. genticin). A pozitv szelekcis marker
azonban nmagban nem elegend. A homolg karokon tlnyl vgekre kell legalbb egy negatv szelekcis
marker, hogy a jval gyakoribb nem-homolg rekombincis esemnyeket megprbljk kiszrni. A homolg
rekombinci a rezisztencit hordoz kazetta kt vgn lv homolg karokon fog bekvetkezni, gy a negatv
szelekcis marker, az rzkenyt gn ilyenkor kiesik (lsd 19.38. bra).
A leggyakrabban hasznlt rzkenyt gn emls rendszerekben a herpeszvrus timidilt-kinz (TK), ami
ganciklovir jelenltben a sejtek pusztulshoz vezet. A ganciklovir egy dezoxi-guanidin analg, ami a sejtben
dGTP-analgg alakul, kompetitv mdon gtolja a norml dGTP beplst, s vgs soron a sejt szaporodst
gtolja (ezzel a TK gnt nem-homolg rekombincival felvett sejteket ki lehet szelektlni).
A kvetkez lpsben az embrionlis ssejteket 3,5 napos blasztociszta stdium embrikba mikroinjektljk
(lsd 19.39. bra), majd lvemhes befogad nstny egr mhbe ltetik be.
515
A gntechnolgia alapjai
19.39. bra: Clzott gnmdosts, gnkits (bal oldal) s clzs nlkli gnmdosts ltrehozsa egrben
(jobb oldal). Az utbbi eljrssal transzgenikus egeret hoznak ltre.
A szlet kisegerek genetikai kimrk lesznek, amelyek szerencss esetben a csravonalukban is hordozzk a
mdostott sejtek utdait. Az egerek proztatsval, majd (szksg esetn) beltenysztsvel hozhatak ltre a
tisztn KO egerek (az llatokat termszetesen genotipizlni kell, pl. Southern-blottal vagy PCR-rel).
516
A gntechnolgia alapjai
517
A gntechnolgia alapjai
518
b) Tpanyag molekulk talaktsa a sejtre jellemz kismolekulkk, pl. a makromolekulk szintzisnek kiindulsi
molekuliv (prekurzorokk).
c) Monomer kiindulsi anyagokbl (prekurzorokbl) specifikus makromolekulk: fehrjk, nukleinsavak,
poliszacharidok szintzise.
d) Specilis sejtfunkcikhoz szksges egyb molekulk (pl. membrn lipidek, sejten belli hrviv molekulk
stb.) ellltsa.
Az llnyek a hasznostott sznforrs szempontjbl kt nagy csoportra oszthatk. Az autotrfok szerves
vegyleteket el tudnak lltani kizrlag szndioxidbl, mint sznforrsbl. A heterotrf llnyek (pl. a legtbb
mikroba s az llatvilg tagjai) ezzel szemben sznforrsknt komplex vegyleteket, mint pl. a szlcukor,
ignyelnek.
Az autotrf llnyek zme fotoszintetizl (fotoautotrf), vagyis napfnybl nyer energit (pl. fotoszintetizl
prokaritk vagy magasabbrend nvnyek), kisebb hnyaduk kemoszintzissel jut energihoz (kemoautotrfok).
Ezek az llnyek az gy szerzett energia rvn a szerves molekulik sznvzt szndioxidbl kiindulva lltjk
el. A legtbb autotrf gy nagyjbl nellt.
A heterotrfok ezzel szemben komplex szerves vegyletek lebontsbl nyernek energit is, teht ms llnyek
ltal ksztett szerves molekulkat ignyelnek. Vgs soron a heterotrfok ltal felhasznlt szerves vegyletek,
teht mind a szerves szn, mind az energia az autotrf llnyekbl szrmaznak.
A szndioxid s oxign a bioszfrban globlis ciklusban mozog az autotrf s a heterotrf llnyek kztt.
vente kb. 400 millird tonna szn halad keresztl ezen a cikluson. Ezt az risi anyagramlst a fotoszintetizl
autotrfok ltal elnyelt hatalmas mennyisg fnyenergia biztostja.
Az anyagcsere minden energiatalaktsi lpse szabadenergia cskkenssel, teht a rendszer + krnyezet egyttesre
nzve entrpia nvekedssel jr, spontn mdon s visszafordthatatlanul megy vgbe. Ezrt amg az anyagramls
ciklikus, az energiaramls egyirny (lsd 20.1. bra).
519
520
A kt alapvet anyagcsereirny teht kiegszti egymst. A lebont folyamatok ltal szolgltatott ATP s reduklt
koenzimek kerlnek felhasznlsra az energiaignyes felpt folyamatokban (lsd 20.2. bra).
20.2. bra: A lebont s felpt folyamatok kiegsztik, felttelezik egymst. Az ltalnos folyamatbrn jelzett
prekurzorok minden llny szmra hasznosthatk, de az autotrfok ezeknl jval egyszerbb szervetlen
prekurzorokbl (is) kpesek ptkezni.
Az anyagcsere tvonalak lehetnek egyenesek, vagy elgazk, amikor egy prekurzor talaktsa tbb hasznos
termkhez is vezet, illetve tbb prekurzor is sszeplhet egyetlen vgtermkben.
Nagy ltalnossgban a lebont folyamatok konvergensek, vagyis sokfle prekurzorbl nhnyfle vgtermkre
vezetnek, mg a felpt folyamatok divergensek, hiszen nhny kiindulsi vegyletbl szmos eltr vegyletet
hoznak ltre (lsd 20.3. bra).
521
522
Mind az nmagukban is exergonikus lebont folyamatokban, mind pedig a kapcsolt reakcikkal exergonikuss
tett felpt folyamatokban legalbb az egyik lps termodinamikailag nagyon kedvez, nagy negatv G-vel jr,
gyakorlatilag irreverzibilis.
A lebont folyamatoknl ezek azok a lpsek, amelyek sorn ATP keletkezhet ADP-bl.
A felpt folyamatoknl ezek ltalban azok a lpsek, amelyek sorn ATP felhasznlsval vlik az adott lps,
s ezen keresztl a teljes folyamat exergonikuss, irreverzibiliss. A lebont s felpt folyamatok regulcijnak
f mdja az ilyen eltr, nagy negatv G-vel jr lpsek regullsa az ezeket katalizl enzimek szablyozsa
ltal.
523
20.5. bra: Az allosztria pozitv homotrp szablyozsi tpusa erteljesebb teszi a kezdeti sebessg
szubsztrt-koncentrci fggst a fl-maximlis sebessghez tartoz szubsztrt-koncentrci krnykn
A homotrp hatstl eltren heterotrp hatsrl, illetve heterotrp modultorrl akkor beszlnk, amikor egy, a
szubsztrttl eltr molekula ktdik reverzibilisen az enzim aktvhelytl eltr rszhez gy, hogy ezltal
megvltoztatja az enzim konformcijt, s ezen keresztl az aktivitst.
524
Korbban lertuk (lsd 17.2. fejezet), hogy az allosztrikus fehrjket ler modellek kt szerkezeti llapotot
feltteleznek, amit R s T betvel jelltnk. A modultor vagy az aktvabb R formt stabilizlja, s akkor
heterotrp allosztrikus aktivtor, vagy a kevsb aktv T formt stabilizlja, s akkor heterotrp allosztrikus
inhibitor (lsd 20.6. bra).
20.6. bra: Egy allosztrikus enzim szablyozsa heterotrp allosztrikus aktivtorral, illetve inhibitorral
A 20.6. bra mutatja, a heterotrp aktivtor az R-forma, az inhibitor a T forma fel tolja el az egyenslyt.
A hemoglobin esetben ltott BPG egy tipikus heterotrp allosztrikus modultorknt cskkentette a hemoglobin
oxignkt affinitst.
A heterotrp modultorok (effektorok) szerkezete egyltaln nem kell, hogy hasonltson a szubsztrt, illetve termk
szerkezethez (lsd 20.7. bra). Valjban ennek ksznhet, hogy az allosztrikusan szablyozott enzimek az
anyagcsere utak f regultorai.
525
A 20.7. bra fels blokkjban egy lineris anyagcsere utat ltunk. Ez az tvonal egy A kiindulsi anyagbl 4
enzimkatalizlt lpsben egy E termket kpez. Az E termk egyb utakon felhasznlsra kerl. Ha az E termk
koncentrcija egy bizonyos rtket meghalad, az jelzi, hogy kisebb temben hasznldik fel, mint ahogyan
keletkezik. A homeosztzis fennmaradshoz a keletkezs temt teht vissza kell fogni.
Az bra azt mutatja, hogy az E termk a reakcisor els enzimatikus lpst gtolja azltal, hogy az azt katalizl
enzim negatv allosztrikus modultora. Mivel az E termk koncentrcijnak az emelkedse maga a jel arra, hogy
az tvonal tlmkdik, rendkvl konomikus megolds az, hogy maga az E termk legyen a szablyoz molekula.
Ahogy az E koncentrcija emelkedik, gy tudja telteni az ltala szablyozott enzim E-kthelyt.
Vegyk szre, hogy az is egy rendkvl gazdasgos megolds, hogy az E termk ppen az els enzimatikus lpst
gtolja. Ezltal nemcsak az E termk nem keletkezik feleslegesen, de mindazon intermedierek sem, amiken keresztl
az E termk kialakulna.
Az allosztrikus szablyozst az teszi univerzliss, s rendkvl rugalmass, hogy az E s az A molekulknak
egyltaln nem kell hasonltaniuk ahhoz, hogy ez a szablyozs ltrejhessen. A szablyoz E molekula ugyanis
nem az A molekult felismer szubsztrt kthelyhez kt.
Ez a szablyozs egy allosztrikus termkgtlson keresztl megvalsul negatv visszacsatols (feedbackgtls).
A 20.7. bra msodik blokkja, egy komplexebb esetet illusztrl. Ebben a pldban az A-bl kiindul anyagcseret
ktfle vgtermkhez (F s I) vezet, mivel a C molekulnl elgazik. Egy ilyen szerkezet anyagcsere tvonalnl
a leghatkonyabb szablyozsi megolds az, amikor az F s az I molekulk gtoljk a kizrlag a sajt
keletkezskhz vezet, teht az elgazs utni szakasz els lpst, mikzben aktivljk az elgazs utni msik
tvonal els lpst.
Ha teht az F termk koncentrcija emelkedik, akkor cskkenti a sajt keletkezsnek temt, mikzben nveli
a msik termk keletkezsnek az temt, s mindez reciprok mdon fordtott relciban is igaz.
526
527
528
529
Jl lthat, hogy ebben a reakciban foszforil transzferre kerl sor, a glutaminsav egy vegyes karbonsav-foszforsav
anhidrid intermedier keretben kerl aktivlt llapotba.
Amikor a transzlci els szakaszban az aminosavak ATP-felhasznlsval aktivlsra kerlnek, els lpsben
adenilil csoport kerl tvitelre, s egy aminoacil-adenilt keletkezik. Ebben az esetben is egy vegyes karbonsavfoszforsav anhidrid kts keletkezik az intermedierben (lsd 20.12. bra).
530
531
Ugyanakkor a sejtben vannak olyan egyb foszforillt vegyletek is, amelyek hidrolzist mg nagyobb (negatv)
szabadentalpia vltozs ksri, ezeknek a vegyleteknek a foszforilcis potencilja teht az ATP-nl is magasabb
(lsd 20.14. bra).
Ebbl kvetkezen ezek a vegyletek kpesek ADP-nek foszforilcsoportot tadni. Az ATP rszben ilyen utakon
keresztl keletkezik ADP-bl. Ezt az ATP-keletkezsi mdot szubsztrt szint foszforilcinak nevezzk.
J plda erre a foszfoenol-piroszlsav (PEP) talakulsa piroszlsavv (lsd 20.14. bra).
532
20.10. Redoxreakcik
A foszforilcsoport transzfer mellett bioenergetikai szempontbl kiemelkeden fontos a sejten belli oxidcisredukcis folyamatok sorn lezajl elektrontranszfer is.
Amikor a lebont folyamatok (katabolizmus) sorn a komplexebb szerves vegyletek oxidldnak, vgs soron
vz s szndioxid keletkezik. Ezek a vegyletek egyrszt a kiindulsi szerves vegyleteknl oxidltabbak, msrszt
minden egyes leboml szerves molekulbl tbb molekula oxidlt termk keletkezik.
Az oxidlt vgtermkekben lv kovalens ktsek ersebbek, mlyebb energiaszinten vannak. Rszben ez, rszben
a termkek kiindulsi anyagokhoz kpesti nagyobb molris mennyisgbl fakad entrpia nvekeds hajtja a
533
szerves vegyletek teljes oxidcijt. A felszabadul energia egy rsze radsul hleadssal a krnyezetbe tvozik,
ami nveli a krnyezet entrpijt.
A lebont reakcikat, a katabolizmust teht egyrszt a stabilabb vegyletek kialakulsa (entalpikus tnyez),
msrszt a termkek megnvekedett szma, s a krnyezetnek leadott h (entrpikus tnyezk) hajtja.
A szerves vegyletek oxidlsnak exergonikus folyamata sorn az energia egy rsze ATP s reduklt koenzimek
formjban troldik.
Az l szervezetben csak a terminlis oxidci sorn trtnik olyan, kzvetlenl oxign rszvtelvel lezajl
oxidci, ami energetikai szempontbl relevns.
Br vannak a szervezetben olyan kmiai reakcik, amelyek sorn klnbz oxigenz enzimek segtsgvel a
szerves molekula kzvetlenl oxignnel reagl, de ezek a reakcik nem a kmiai energia felszabadtsval s
felhasznlsval kapcsolatosak.
A tpanyag molekulkrl az elektronokat s protonokat, vagyis vgs soron a hidrogn atomokat specilis
koenzimek veszik t. A reakcit dehidrogenz enzimek katalizljk. Az oxidci teht kis elemi lpsekben
trtnik, s reduklt koenzimek keletkeznek.
Ebben a soklpses folyamatban teht az oxign vgs soron hidrognnel reagl, s vz keletkezik. A szndioxid
nem gy keletkezik, hogy oxign reaglna sznatommal. Ehelyett az egyre tbb hidrognt veszt, egyre oxidltabb
llapot szenet tartalmaz vegyletekbl dekarboxilezdssel keletkezik a szndioxid. Az oxign egy rsze
ilyenkor az eredeti szerves molekulbl szrmazik, msik rszt pedig vz szolgltatja, amelyik kettsktsre
addcionldva lp be.
Ahogyan azt a redoxreakcik lersnl mr trgyaltuk, az oxidci elrehaladottsga jl kvethet az egyes
molekulkban lv sznatomokhoz rendelhet elektronok szmval, ha az egyes kzs elektronokat mindig teljes
mrtkben a nagyobb elektronegativits molekulhoz rendeljk, teht az oxidcis szmmal (lsd 20.1. tblzat).
20.1. tblzat: A sznatom oxidcis szma klnbz vegyletekben
A koenzimek kzl kiemelendk a NAD+s reduklt formja a NADH+H+ (lsd 20.16. bra) s a FAD s a
reduklt FADH2 (illetve ez utbbiak FMN vltozatai) (lsd 20.17. bra). A legtbb redoxreakciban ugyanis ezek
a koenzimek szerepelnek.
534
535
Az elektron akceptor koenzimek msik kt fontos tagja a flavin-mononukleotid (FMN) illetve flavin- adenindinukleotid (FAD). Ezek a koenzimek egy, illetve kt elektron + proton felvtelre egyarnt kpesek. Ezek a
koenzimek szorosan, prosztetikus csoportknt ktnek a dehidrogenz enzimhez, gy nem diffundlnak szabadon
egyik enzimrl a msikra. Az egy illetve kt hidrogntranszfer lehetsge miatt tbbfle kmiai reakciban vesznek
rszt, mint a NAD+ ill. NADP+.
536
20.12. sszefoglals
Az llnyek termodinamikailag az egyenslytl tvol es, nylt rendszerek, ezrt fennmaradsukhoz lland
anyag- s energiaramls szksges. Az univerzlis energiatviv az ATP (br egyes reakcikban specifikusan
ms nukleozid trifoszft szerepelhet). A tpanyagok lebontsa sorn, vagy fototrfok esetn rszben a
537
fotofoszforilci sorn ATP keletkezik, az ATP-ben trolt kmiai energia hasznldik fel az energiaignyes
folyamatokban.
A tpanyagok oxidcija sorn a legfontosabb proton s elektron akceptor a NAD s a FAD oxidoredukcis
koenzimek, amelyek reduklt feltltttllapota hasonlan ms feltlttt aktivlt hordoz-koenzimhez szintn
nagyenergijnak tekinthet. A reduktv bioszintetikus lpsek sorn a legfontosabb proton s elektron donor
a NADPH.
A lebont folyamatok konvergensek, a sznhidrtok, zsrok s fehrjk lebontsa sorn nhny kzs intermedier
keletkezik, amelyek a citrt-ciklushoz csatlakoznak.
A felpt folyamatok divergensek, viszonylag kisszm kiindulsi anyagbl kszl minden sszetett szerves
molekula.
A lebont s felpt utak minden esetben tbb- kevsb eltrnek egymstl, gy az elklnlt utak eltren
szablyozhatk. A szablyozs gyakran az ATP/ADP/AMP szintek rzkelsn, az energiatltttsg belltsn
keresztl, allosztrikus mdon valsul meg (lsd 17.2.2. s 20.3. fejezetek).
538
A. fggelk - Fggelk
Az e-jegyzethez kapcsold animcik
Egy sejt bels lete (Inner Life of a Cell, 2006 President and Fellows of Harvard College. Created by Alain
Viel, PhD and Robert Lue, PhD in collaboration with XVIVO, LLC and John Liebler, Lead Animator). Az animcit
a szerz bocsjtotta a rendelkezsnkre s a Harvard Egyetem szves hozzjrulsval mutatjuk be (lsd 1. animci).
Az animci egy, a vrerek bels faln vgiggrdl fehrvrsejt mkdsbe enged bepillantst. Az intracellulris
folyamatok kzl a sejtmembrn s a sejtvz dinamikja, egy motorfehrje (a kinezin transzport motor mozgsa
egy mikrotubulus mentn) mkdse, valamint a transzlci lpsei s egy extracellulris szablyoz fehrje
exocitzisa kerl bemutatsra a rsztvev fehrjk vals trszerkezeti modelljei felhasznlsval.
Az animci online megtekinthet itt: http://multimedia.mcb.harvard.edu/
539
Fggelk
540
Fggelk
541
Fggelk
542
Fggelk
543