Bago pa man bumalik sa sariling bayan si Jose Rizal
noong Oktubre 1887, marami ng kasawiang dinanas ang kanyang mga kamag-anakan at kaibigan dahil sa pagkakasulat niya ng Noli Me Tangere. Nang mga panahong yaoy nagdaranas din ng suliranin sa lupa ang mga magsasaka ng Calamba. Ito ay kanilang inilapit kay Rizal na humingi naman ng tulong ang pagdinig sa kasi ng problema sa lupa, napasabay pa sa pagdinig ng kaso ni Rizal ukol sa pagpapalathala ng tinaguriang makamandag na babasahing Noli Me Tangere. Maraming mga tuligsa at pagbabanta ang tinanggap ni Rizal. Ang kanyang pamily ay giniyagis din ng maraming mga panggigipit. Sinimulan ni Rizal and nobelang El Filibusterismo sa harap ng karanasang ito. Magkakabisa sa kanya kaipala ang mga sakit sa loob na dinanas niya at ng kanyng pamilya. Bagaman may mga pagpapalagay na mayplanosi Rizal para sa ikalwang nobela, naiba ito ng mga pangyayaring kinasangkutan niya sa pagbabalik sa sariling bayan. Tuwiran at di-tuwiran, naapektuhan ito ng wala pang anim na buwang pagkamalas niya ng mga kasamaang ginagawa ng mga pari, katulad ng pagpapayaman sa kanilang mga asyenda,
pang-aakit sa mga babae, panggugulo, pagliligpiy
sa mga kaaway atbp. Nilisan ni Rizal ang Pilipinas noong Pebrero 3, 1888 dahil sa pangamba niyang manganib ang buhay ng mga mahal sa buhay. Katakut-takot na liham ng mga pagbabanta na karamihan ay walang lagda ang dumarating at ipinayo ng gobernador na bumalik siya sa ibang bansa. Ani Rizal sa isang sulat na ipinadala niya kay Blumetritt habang naglalakbay.