1

Σηµειώσεις Βιοχηµείας Α (2007-2008)

Ενζυµα: Βασικές αρχές και κινητική

1. Κύρια σηµεία

• Τα περισσότερα ένζυµα είναι πρωτεϊνες

• Τα ένζυµα χαρακτηρίζονται από:
• Μεγάλη εξειδίκευση
• Μεγάλη καταλυτική ισχύ
• Πολλά ένζυµα χρησιµοποιούν συµπαράγοντες (συνένζυµα) για την δράση τους
• Τα έζυµα κατατάσσονται σε 6 κατηγορίες ανάλογα µε την κύρια αντίδραση που καταλύουν
• Η ενζυµική κατάλυση επιτελείται σε µια ειδική περιοχή του ενζύµου που καλείται «ενεργό κέντρο»
• Θερµοδυναµική της ενζυµικής κατάλυσης
• Τα ένζυµα επηρεάζουν µόνο την ταχύτητα και όχι την ισορροπία µιας αντίδρασης
• Ενζυµική κινητική
• Εξίσωση Michaelis-Menten
• Σηµασία κινητικών σταθερών
• Ενζυµική αναστολή (συναγωνιστική-µη συναγωνιστική)
• Η ενεργότητα των ενζύµων υπόκειται στα εξής είδη ρύθµισης:
• Αλλοστερική ρύθµιση
• Οµοιοπολική ρύθµιση (αντιστρεπτή)
• Μη αντιστρεπτή ρύθµιση (ενεργοποίηση ζυµογόνων)
• Υπαρξη ισοενζύµων (ιστο-εξειδίκευση, διαµερισµατοποίηση)

2. Βασικές έννοιες

Τα ένζυµα είναι ειδική τάξη πρωτεϊνών που δρουν σαν βιοκαταλύτες, µε την πρόσδεση των
υποστρωµάτων στο ενεργό κέντρο και την µετατροπή τους σε προϊόντα. Μια γενική αντίδραση που
καταλύεται από ένα ένζυµο είναι η παρακάτω: k1 k3
Όπου: Ε = Ενζυµο, S = υπόστρωµα [1] Ε + S ES E+P
k2
ES = σύµπλοκο ενζύµου-υποστρώµατος
P = προϊόν
 2

Ενεργό κέντρο ενζύµων: Το ενεργό κέντρο αντιπροσωπεύει εσοχή στο ένζυµο όπου προσδένεται το
υπόστρωµα και οι συναγωνιστικοί αναστολείς. Η σύνδεση είναι αντιστρεπτή. Η πρόσδεση και η εξειδίκευση
του ενζύµου γίνεται µε δεσµούς υδρογόνου, ιονικούς δεσµούς και υδρόφοβες αλληλεπιδράσεις, µεταξύ
ενζύµου και υποστρώµατος. Τους δεσµούς αυτούς τους έχουµε δει µε κρυσταλλογραφία.
Το ενεργό κέντρο δηµιουργείται από αµινοξέα που συνήθως προέρχονται από διάφορες περιοχές της
πρωτοταγούς δοµής. Η πρόσδεση του υποστρώµατος συνοδεύεται συνήθως από µεταβολές της
στερεοδιάταξης του ενζύµου που προσανατολίζει τους δεσµούς που θα σπάσουν ή θα δηµιουργηθούν σε
σχέση µε τα καταλυτικά αµινοξέα του ενζύµου.
Για να εξηγήσει το σχηµατισµό συµπλέγµατος ενζύµου υποστρώµατος, ο καθηγητής Koshland πρότεινε
το µοντέλο επαγώµενης προσαρµογής ενώ προηγούµενα ο καθηγητής Emil Fisher είχε προτείνει το µοντέλο
κλειδί- κλειδαριά.
Χαρακτηριστικά ενζύµων:
1. Μεγάλη καταλυτική ισχύς (πχ CO2 + H2O H+ + HCO3-, µε τη βοήθεια ενζύµου επιτυγχάνεται
αύξηση της ταχύτητας 0,6 x 106 φορές).
2. Εξειδίκευση (π.χ. Χυµοθρυψίνη, Θρυψίνη, διασπούν πεπτιδικούς δεσµούς που περιέχουν αρωµατικά ή
θετικά φορτισµένα αµινοξέα αντίστοιχα).
3. Κινητική συµπεριφορά : Τα µη-αλλοστερικά ένζυµα ακολουθούν κινητική κατά Michaelis- Menten:
υ= Vmax S / Km + S, όπου Vmax = k3 Ετ και Κm = k2+k3/ k1 (Ετ= ολικό ένζυµο)
Η καµπύλη υ συναρτήσει του S είναι υπερβολή. Τα ένζυµα επίσης µπορεί να έχουν αλλοστερικές
ιδιότητες. Για αλλοστερικά ένζυµα, η καµπύλη του υ συναρτήσει του S είναι σιγµοειδής και δίνεται
από τον τύπο: υ= Vmax Sn / Sn + K’ όπου n ο συντελεστής αλληλεπίδρασης και Κ’ = [S]50n (S50 είναι η
συγκέντρωση του υποστρώµατος για την οποία έχουµε V = Vmax/2)
4. Xρήση συνενζύµων (πχ NADH), µετάλλων (πχ Mg++) ή προσθετικών οµάδων (πχ βιοτίνης για
καρβοξυλιώσεις, θειαµίνης για την πυροσταφυλική αφυδρογονάση).
5. Υπόκεινται σε ρύθµιση µε αναστολείς. Οι αναστολείς µπορεί να είναι:
α) Συναγωνιστικοί αναστολείς που αυξάνουν το KM. Κmapp = KM 1+(I / KI). Tο KI ορίζεται από την
εξίσωση : ΕI Ε+ Ι. ∆ηλαδή το: KI = [Ε] [Ι] / [ΕΙ] είναι η σταθερά διάστασης του συµπλόκου ΕΙ
β) Μη συναγωνιστικοί αναστολείς που ελαττώνουν το Vmax. Vmaxapp = Vmax / (1+ I / KI)
Στη συναγωνιστική αναστολή ο αναστολέας προσδένεται στο ενεργό κέντρο και αυξάνει το ΚM, όπως
εξηγείται ανωτέρω. Η συναγωνιστική αναστολή µπορεί να αρθεί µε την αύξηση της συγκέντρωσης
του υποστρώµατος. Συναγωνιστικοί αναστολείς που µοιάζουν µε µεταβατική κατάσταση είναι πολύ
ισχυροί (Kd= 10-7 έως 10-8 Μ) και ονοµάζονται ανάλογα µεταβατικής κατάστασης. Στη µη
 3
συναγωνιστική αναστολή ο αναστολέας προσδένεται σε περιοχή εκτός του ενεργού κέντρου και
ελαττώνει το Vmax, όπως εξηγείται ανωτέρω.
γ) Οµοιοπολικοί αναστολείς. Αδρανοποιούν το ένζυµο. (πχ DFΡ, TPCK, LPCK, πενικιλίνη)
6. Μερικά ένζυµα αποτελούνται από υποµονάδες και υπόκεινται σε αλλοστερική ρύθµιση µε
αλλοστερικές τροποποιήσεις από µικρά µόρια, άλλες πρωτεΐνες, ή µε οµοιοπολικές τροποποιήσεις (πχ
φωσφορυλίωση). Άλλα ενεργοποιούνται ή απενεργοποιούνται µε αντίδραση µε άλλες πρωτεΐνες (πχ ο
παράγων ΙΧ πήξης του αίµατος ενεργοποιείται από τον παράγονται VIIIa , η έλλειψη του παράγοντα
VIII συνδέεται µε αιµοφιλία).
7. Μερικά ένζυµα έχουν ισοένζυµα µε διαφορετικές ιδιότητες (Vmax, KM), όπως στην περίπτωση της
γαλακτικής αφυδρογονάσης στους ιστούς των µυών (Μ) ή της καρδιάς (Η).
8. Τα ένζυµα µπορεί να εντοπίζονται στο κυτταρόπλασµα, µέσα σε οργανίδια (πχ λυσοσώµατα,
µιτοχόνδρια), ή σε κυτταρικές µεµβράνες (διαµερισµατοποίηση).
9. Μερικά ένζυµα συντίθενται σαν προένζυµα όπως πχ τα ζυµογόνα του παγκρέατος, οι παράγοντες
πήξης του αίµατος κ.α.. Αυτά τα ένζυµα ενεργοποιούνται µε πρωτεόλυση.
ΟΝΟΜΑΤΟΛΟΓΙΑ ΕΝΖΥΜΩΝ
1. Οξειδοαναγωγάσες (π.χ. αφυδρογονάση της 6-φωσφορικής γλυκόζης (ή G6PD), γαλακτική
αφυδρογονάση)
2. Μεταφοράσες (πχ αµινοµεταφοράσες, γλυκοζυλοµεταφοράσες, κινάσες)
3. Υδρολάσες (πχ εστεράσες, φωσφατάσες)
4. Λυάσες που διασπούν τους δεσµούς C-O, C-S, C-N, C-C (πχ δεκαρβοξυλάσες, δεαµινάσες)
5. Ισοµεράσες (πχ ρακεµοποίηση οπτικών η γεωµετρικών ισοµερών όπως κατά την µετατροπή D- σε L-
αµινοξέα ή σάκχαρα, µεταφορά φωσφόρου από ένα υδροξύλιο σε άλλο στην ίδια ένωση. Οι ισοµεράσες
αυτές ονοµάζονται µουτάσες)
6. Λιγκάσες ή συνθετάσες (δηµιουργία C-O, C-S, C-N, C-C δεσµών µε υδρόλυση ΑΤΡ πχ ακυλο CoA
συνθετάση)

Βιοενεργητική ενζύµων: Η ελεύθερη ενέργεια ∆G είναι δείκτης της ικανότητας ενός συστήµατος να παράγει
χρήσιµο έργο (σε σταθερή θερµοκρασία Τ και πίεση Ρ)
Για να γίνει µια αντίδραση πρέπει το ∆G να είναι (-)
Για την αντίδραση Α+Β Æ Γ+∆ έχουµε:
Σταθερά ισορροπίας Κeq= (Γ) (∆) / (Α) (Β)
Μεταβολή της ελεύθερης ενέργειας:
∆G = ∆G΄ο +2,3 RTlogKeq όπου ∆G η πραγµατική και ∆G΄ο η πρότυπη µεταβολή της ελεύθερης ενέργειας.
 4
ο (-∆Go/2.3RT) (-∆Go/1.36) o
Σε κατάσταση ισορροπίας ∆G=0 και ∆G΄ =-2,3 RTlogKeq ή Keq = 10 = 10 σε 25 C
Μπορούµε αν ξέρουµε το ∆G’o να βρούµε το Keq και αντίστροφα.

Μεταβατική κατάσταση: για να πραγµατοποιηθεί η αντίδραση S Æ Ρ πρέπει το S να περάσει από µία

ενεργειακή κατάσταση S‡ όπου η ελεύθερη του ενέργεια είναι υψηλότερη από αυτήν του S ή του Ρ. Η
διαφορά ενέργειας κατά Gibbs = ∆G‡ = Gs‡ - Gs. Η ταχύτητα της αντίδρασης εξαρτάται από το ∆G‡

V = (KT/h) [S] e -∆G‡ /RT

Όπου V = η ταχύτητα της αντίδρασης, K = σταθερά Boltzmann, h = σταθερά Planck.
Από την παραπάνω σχέση φαίνεται ότι η ταχύτητα µιας αντίδρασης µπορεί να αυξηθεί ή µε ελάττωση του
∆G‡ ή µε αύξηση του Τ.
∆εδοµένου ότι η θερµοκρασία µέσα στα κύτταρα δεν µεταβάλλεται, τα ένζυµα αυξάνουν την ταχύτητα της
αντίδρασης µε το να ελαττώνουν το ∆G‡ (ενέργεια ενεργοποίησης) χωρίς να µετατοπίζουν την ισορροπία της
αντίδρασης.

Κινητική συµπεριφορά ενζύµων:

1) Έννοια της αρχικής ταχύτητος, έννοια της σταθερής κατάστασης

Vmax S
2) Κινητική Michaelis Menten υ=
KM+ S
k1 k3 (Κcat)
E+S ES E+P Vmax = k3 ET Moles/lit x min
k2

KM = k2 + k3/ k1

Vmax S KMapp = KM (1 + I/ΚΙ)

Σε συναγωνιστική αναστολή υi =
KMapp+ S
Vmax app x S Vmax
Μη συναγωνιστική αναστολή υi = Vmax app =
KΜ+ S Ι
1+
KI

3) Κινητική πρώτης τάξης:

Απουσία αναστολέως όταν KM >> S → έχουµε κινητική 1ης Τάξης ισχύει 2,3log So/St = K . t
όπου: Κ είναι η σταθερά 1ης τάξης και ισούται µε Vmax/KM.
t = χρόνος, So = η συγκέντρωση υποστρώµατος σε χρόνο = 0 και St = η συγκέντρωση σε χρόνο t
 5
4) Για ένζυµα µε δύο υποστρώµατα S1 και S2 έχουµε ΚΜ1 για S1 και KM2 για S2. Όταν το S1 βρίσκεται σε
συγκέντρωση κορεσµού και το S2 δεν βρίσκεται σε συγκέντρωση κορεσµού υπολογίζουµε το KM2 και
αντίστροφα από τα κινητικά δεδοµένα και τις εξισώσεις Michaelis-Menten για κάθε υπόστρωµα.
5) Παρουσία αναστολέα υπολογίζουµε το ΚΙ το I και το υi,

υi υ S
βαθµός αναστολής : απουσία αναστολέα ισχύει =
υ Vmax KM+S
υi S υi KΜ + S
α) παρουσία συναγωνιστικού αναστολέα ισχύει : = =
Vmax KΜapp+S υ KΜapp+S

υi S υi ΚI
β) παρουσία µη συναγωνιστική αναστολή ισχύει : = =
Vmaxapp KM+S υ Ι + KI

υ Sn
6) Για ένζυµα µε σιγµοειδή κινητική ισχύει : =
Vmax K΄+Sn

Κ’ = [S]50n (S50 είναι η συγκέντρωση του υποστρώµατος για την οποία έχουµε V = Vmax/2)

3. Ερωτήσεις εµπέδωσης
1. Τι είναι ενεργό κέντρο ενός ενζύµου και τι καταλυτικά αµινοξέα;
2. Πως έχει αποδειχθεί πειραµατικά η δηµιουργία του συµπλόκου ES;
3. Ποιά είναι η διαφορά µεταξύ της ελεύθερης ενέργειας µια αντίδρασης και της ενέργειας
ενεργοποίησης; Ποια είναι η σχέση µεταξύ της ταχύτητας µιας αντίδρασης και της ενέρεγειας
ενεργοποίησης;
4. Πως εκφράζεται η εξίσωση Michaelis Menten χωρίς αναστολέα και παρουσία συναγωνιστικού και µη
συναγωνιστικού αναστολέα;