You are on page 1of 159

(Kaynak: Genetik Kavramlar,

Prof. Dr. Bekta TEPE


Klug, Cummings & Reece)

DNA YAPISI ve ANALZ

1
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Blm kavramlar

Baz virslerin dnda, yeryzndeki btn organizmalarn


genetik materyali DNA'dr.

Watson-Crick modeline gre, DNA sa-el ikili sarmal


biiminde bulunur.

kili sarmaln zincirleri, tamamlayc (komplementer,


elenik) azotlu baz iftleri arasndaki hidrojen balar ile
birbirine tutunur.

2
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Blm kavramlar

Genetik bilginin depolanmasn ve ifade edilmesinin


temelini salayan olgu DNA'nn yapsdr.

RNAnn DNA ile ok fazla benzerlii bulunur, ancak RNA


tek zincir halindedir.

Baz virslerin genetik materyali RNA'dr.

3
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Genetik bilgi

Mantksal olarak dnldnde, genlerde, bir sonraki


kuaa aktarldnda soyun biimini ve zelliklerini
etkileyen bir eit bilgi bulunmaldr.

Buna genetik bilgi denir.

4
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

DNA canllarda genetiin temelini


nasl oluturur ?

1944'e kadar, kromozomlardaki hangi kimyasal bileenin


genleri ve genetik materyali oluturduu ak deildi.

Kromozomlarn nkleik asit ve protein bileenlerine sahip


olduu bilindiinden, her ikisi de genetik materyal
olabilirdi.

1944'de DNA'nn kaltma ait bilgiyi nkleik asidin tad,


deneysel olarak kantlanmtr.

5
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

DNA canllarda genetiin temelini


nasl oluturur ?

James Watson ve Francis Crick'in DNA moleklnn


ilevinin daha kolay anlalmas iin, nce yapsnn
aydnlatlmas gerektii ngrsnn doruluu ortaya
kmtr.

Bu blmde, nce DNA'nn genetik materyal olduuna


dair bulgular gzden geirilecek ve sonra yapsnn
aydnlatlmas tartlacaktr.

6
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Genetik materyal drt zellie sahiptir

Bir molekln genetik materyal olarak


davranmas iin drt zellii bulunmaldr:
Kendini eleme (replikasyon)
Bilgi depolama
Bu bilgiyi ifade etme
Mutasyonla eitlenme (varyasyon)

7
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Replikasyon

Genetik materyalin replikasyonu, btn canl


organizmalarn temel bir zelliidir ve hcre dngsnde
yer alr.

Genetik materyal replike olduktan sonra yavru hcrelere


eit olarak dalr ve her bir hcreye, orijinal genetik
materyal miktarnn yarsna sahip olacak ekilde
paylatrma yaplr.

Mitoz ve mayozun rnleri farkl olmasna ramen, her iki


ilem de, hcresel reme (reprodksiyon) ad altnda
toplanr.

8
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Bilgi depolama

Tm kaltsal zellikler genetik bilgi ierisinde depolanr.

Hcrelerin ou DNA'nn tamamna sahip olduu halde,


belirli bir noktada bu genetik potansiyelin bir blmn
ifade ederler.

rnein, bakteriler belirli evre koullar karsnda birok


geni faaliyete geirir, durum deiince bu genleri kapatr.

9
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Bilgi depolama

Genetik materyalin kimyasal dili, bilgi depolarken, bilgiyi


yavru hcrelere ve organizmalara aktarrken bu grevi
yerine getirebilecek yetenekte olmaldr.

10
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Genetik bilginin ifadesi

Genetik bilginin ifadesi


hcrede bilgi aknn
temelini oluturur.

Her bir mRNA zgl bir


genin rndr ve deiik
bir proteinin sentezine yol
aar.

11
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Genetik bilginin ifadesi

Translasyon, rRNA ieren


ribozomlarda, tRNA'nn da
katlmyla gerekleir.

tRNA, mRNA'daki kimyasal


bilgiyi, proteinleri
oluturan amino asitlere
evirerek adaptr rol
oynar.

Bu ilemler, molekler
genetiin santral
dogmasn oluturur.

12
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Genetik materyalin mutasyonla


eitlenmesi (varyasyon)

Mutasyonlar organizmalar arasnda ortaya kan yeni


eitliliin de kaynadr.

Mutasyonla meydana gelen deiiklik, transkripsiyon ve


translasyona yansr ve ilgili proteini etkiler.

13
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Genetik materyalin mutasyonla


eitlenmesi (varyasyon)

Mutasyon eey hcrelerinde olursa, gelecek kuaklara


aktarlr ve zamanla populasyon ierisinde yaylr.

Kromozomlarn iinde ve kromozomlar arasnda yer alan


yeniden dzenlenmeleri de kapsayan genetik eitlilik
evrimin ham maddesidir.

14
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Genetik materyale ilikin gzlemler

Genetik materyalin rol iin hem proteinler hem de


nkleik asitler balca adaylar olduu halde, genetikilerin
ou 1940'lara kadar proteinlere ans tanmtr.

Bu inan, faktrden kaynaklanmtr.

15
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

1. faktr

Proteinler hcrede bol bulunmaktadr.

Protein miktar farkl olmakla birlikte, hcrelerin kuru


arlnn %50'sini oluturur.

Hcrelerde fazla miktarda ve eitte protein bulunduu


iin bu proteinlerin bazlarnn genetik materyal olarak
ilev grebilecei dnld.

16
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

2. faktr

Bu faktr, nkleik asitlerin kimyasal yaplar ile ilgili olarak


kabul edilmi olan bir ngrdr.

DNA ilk olarak 1868 ylnda, svireli kimyac Friedrick


Miescher tarafndan allmtr.

17
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

2. faktr

Miescher, hcrelerin sitoplazmasndan ekirdekleri


ayrtrmay baarm ve bu ekirdeklerden nklein olarak
adlandrd, asidik bir madde elde etmitir.

Nkleinin fazla miktarda fosfor ierdiini fakat hi kkrt


iermediini gstermitir.

Bu zellik nkleini proteinlerden ayrmaktadr.

18
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Tetrankleotid Hipotezi

Nkleik asitlerin, nkleotidler


denilen drt benzer yap tandan
olutuu gsterilmitir.

1910'larda, Phoebus A. Levene,


nkleotidlerin nkleik asitlerdeki
kimyasal yerleimini aklamak iin
tetrankleotid hipotezini
nermitir.

Basit drt nkleotid birimi, DNA'da


devaml tekrarlanmaktadr.

Drt nkleotidin orannn 1:1:1:1


olduu varsaylmtr.

19
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Tetrankleotid Hipotezi

Tek kovalent bala bal


tetrankieotid yaps olduka
basittir.

Bu nedenle genetikiler,
genetik materyalden
beklenen byk miktarda
kimyasal farkll bu yapnn
salayamayaca
grndeydi.

Genetik materyale ait


speklasyonlarda proteinler
arlk kazanm ve nkleik
asitler geri planda kalmtr.

20
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

3. faktr

nc faktr, genetiin en aktif aratrma alanlar ile


ilgilidir.

Bu alanda elde edilen bulgulara gre proteinler, genetik


materyal olarak pasif bir biimde kabul grmtr.

Ancak 1940'lardan sonra Chargaff, birok organizma iin


1:1:1:1 orannn doru olmadn gstererek Levene'in
hipotezini rtmtr.

21
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Transformasyon ile ilgili ilk almalar

Frederick, Diplococcus pneumoniaenin deiik birok


suunu kullanarak deneyler yapmtr.

Bunlarn bir ksm, baz omurgallarda (zellikle insan,


san) zatrre'ye neden olan virlant (hastalk oluturan)
sulard, bir ksm da avirlant (hastalk oluturmayan)
sulard.

Virlans, bakterilerin sahip olduklar polisakkarit kapsl


yaplar ile ilgilidir.

Virlant sularda kapsl bulunurken, avirlant sular


kapslszdr.

22
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Griffithin transformasyon deneyi

Kapsll veya kapslsz olma


durumu, virlant ve avirlant sular
arasnda temel bir fark daha
yaratr.

ekilde grld gibi, agarl


kltr kabnda retildiinde
kapsll bakteri parlak-dz
koloniler, kapslsz bakteri sular
ise przl koloniler oluturur.

Bu durum sayesinde, standart


mikrobiyolojik kltr teknikleri ile
virlant ve avirlant sular kolayca
tanmlanabilir.

23
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Serotipler

Diplococcusun her bir suu, serotipler olarak adlandrlan


dzinelerce deiik tipten biri olabilir.

Serotipin zellii, kaln ve yapkan kapsln polisakkarit


ieriinden kaynaklanr.

Serotipler immnolojik tekniklerle tanmlanr ve ounlukla


Romen rakamlar ile gsterilir.

24
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Serotipler

Tip I ve II, Amerika'da zatrreye neden olan en yaygn


tiplerdir.

Griffith, genetik materyalle ilgili yeni kavramlara yol aan


deneylerinde tip II ve III' kullanmtr.

Griffith'in iki suunun zellikleri aada verilmitir.

25
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Griffith deneyinin ayrntlar

Griffith, yalnz canl virlant


hcrelerin sanda zatrre
oluturabileceini yaplan dier
almalardan biliyordu.

Isyla etkisiz hale getirilen virlant


bakteriler sana enjekte
edildiinde zatrre
oluturmuyordu.

Griffith, bu kritik deneyinde canl


IIR (avirlant) hcrelerle, s ile
etkisiz hale getirilen IIIS (virlant)
hcreleri kartrarak sana
enjekte etti.

26
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Griffith deneyinin ayrntlar

ki hcre tipi, tek bana


verildiinde san ldrmediine
gre, Griffith her iki hcrenin
birlikte verilmesinin (iftli
enjeksiyonun) san ldrmesini
beklemiyordu.

Ancak, be gn sonra, ift


enjeksiyon yaplan btn
sanlar ld.

27
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Griffith deneyinin ayrntlar

l sanlarn kan analizleri, fazla


miktarda canl IIIS tipi (virlant)
bakterilerin bulunduunu
gstermitir.

len sanlarn kannda bulunan


IIIS bakteriler, polisakkarit kapsl
asndan, s ile ldrlm
hcrelerden elde edilen IIIS
suuna benziyordu.

Canl avirlant IIR bakterilerin


enjekte edildii kontrol sanlar
salklyd ve zatrre olmamt.

28
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Griffithin bulgular

Griffith, s ile ldrlm IIIS bakterilerinin bir biimde, canl


avirlant IIR hcrelerinin virlant IlIS'lere dnmnden
sorumlu olduu sonucuna ulat.

29
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Griffithin transformasyon prensibi

Griffith bu olay transformasyon olarak adlandrd.

Her ne kadar kapsl tek bana zatrreye neden


olmuyorsa da;

Transformasyonu gerekletiren ana maddenin


polisakkarit kapsln bir ksm ya da kapsl sentezinde rol
alan bir bileik olabileceini nerdi (transformasyon
prensibi).

30
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Hangi molekl ?

Hangi molekln transformasyonda grev ald phesiz


kritik bir soruydu ?

31
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Peki bu sonuca nasl varld !!!

Avery, MacLeod ve McCarty adl aratrmaclar,


transformasyon yapan maddeyi saf olarak elde ettiklerini
ve transformasyondan sorumlu molekln phesiz bir
biimde DNA olduunu bildirdiler.

Peki bu sonuca nasl vardlar ?

32
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

zolasyon (ayrtrma) deneyi

Avery, MacLeod ve McCarty , IIIS tipi virlant hcrelerin


byk lekteki (50-75 litre) sv kltrlerini balattlar.

Hcreler santrifj edildi, topland ve syla ldrld.

33
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

zolasyon (ayrtrma) deneyi

Homojenizasyondan
ve deoksi-kolat
deterjan (DOC) ile
birka ztleme
ileminden sonra,
transformasyon
potansiyeline sahip
olduu dnlen
znr sznty
elde ettiler.

Birka kloroform
ztlemesi ile protein
bu aktif ztten
uzaklatrld.

34
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

zolasyon (ayrtrma) deneyi

Polisakkaritler
enzimatik olarak
paralanp
uzaklatrld.

Son olarak, etanol


ktrmesiyle, tip
IIR avirlant
hcreleri
transforme
edebilecek ipliksi
bir kelek elde
ettiler.

35
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

zolasyon deneyi (sodyum


deoksiribonkleat)

Transformasyon kaynann DNA olduu aka kesinlik


kazand.

pliksi kelekte nce, "sodyum deoksiribonkleat" orann


yanstan azot/fosfor oranna bakld.

Bu kimyasal isim daha sonra DNA'y tanmlamak iin


kullanlmtr.

36
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Enzim muamelesi (RNase)

Sonucun gvenilir olmas asndan rn; tripsin,


kimotripsin ve ardndan ribonkleaz (RNase) ile muamele
edildi.

Bylelikle muhtemel protein ve RNA kalntlar ortamdan


uzaklatrlm oldu.

Ancak, transformasyon aktivitesi hala vard.

37
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Enzim muamelesi (DNase)

Deoksiribonkleazn (DNase) kullanlmas ile rnn


transformasyon aktivitesini kaybettii gsterildi.

Artk, aktif ve transformasyondan sorumlu olan maddenin


DNA olduuna karar verildi.

38
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Deneysel dayanak ?

Transformasyon maddesinin RNA ya da protein deil de


DNA olduu sonucuna varlmasnn deneysel dayana
nedir ?

39
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Hershey-Chase deneyi

DNAnn genetik materyal olduunu destekleyen ikinci


nemli bulgudur.

Bu bulgu, Escherichia coli bakterisinin, konaks olan T2


bakteriyofaj ile enfeksiyonu almalarndan elde
edilmitir

40
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Litik dng

Faj, bakteri hcresinin


yzeyine yapr ve fajn
baz bileenleri bakteri
hcresine girer.

Bu enfeksiyon
basamandan sonra, viral
bilgi konaknn hcresel
ileyiini "komuta eder'' ve
faj remeye balar.

41
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Litik dng

Ksa srede birok yeni faj


ortaya kar ve bakteri
hcresi paralanarak (lizis)
yeni oluan virsier ortama
salnr.

Bu ileme litik dng denir.

42
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Deneysel veriler

1952'de Aifred Hershey ve Martha Chase, faj remesini


aydnlatmak iin bir deney gerekletirmilerdir.

Deneyde, faj proteini ve nkleik asidinin reme ileminde


birbirlerinden bamsz ilevleri olduunu aka ortaya
koymutur.

Hershey ve Chase u verilere sahipti:

43
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Deneysel veriler

T2 fajlar yaklak %50 protein ve %50 DNA iermektedir.

Enfeksiyon, fajn kuyruk liflerinin bakteri hcresine


yapmas ile balamaktadr.

Yeni virsler, bakteri hcresinin iinde grlmektedir.

44
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

32P ve 33S

Hershey ve Chase,
enfeksiyon srasnda
fajn molekler
bileenlerini izlemek
iin radyoaktif
izotop olarak 32P ve
33S'i kullanmlardr.

Yeni oluan fajlarda


32P bulunmu,35S ise

bulunamamtr.

45
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Sonular yorumlayalm

Fajn protein klf


konak hcrenin
dnda kalmakta ve
yeni fajlarn
oluumunu
ynlendirememekte
dir.

Bunun aksine, faj


DNA's konak
hcreye girer ve
fajn remesini
ynlendirir.

46
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Sonular yorumlayalm

Hershey ve Chase bu ekilde, T2 fajnda genetik


materyalin protein deil, DNA olduunu gstermilerdir.

47
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Protoplastlar (sferoplastlar)

Enzim ile muamele edilen hcreler, deyim yerindeyse,


plak kalyordu ve dta snrlayc olarak sadece hcre
zar bulunuyordu.

Bu yaplara protoplastlar (ya da sferoplastlar) ad


verilmektedir.

48
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Protoplastlar (sferoplastlar)

Hcre duvar yokken, virsn enfeksiyonu balatmas iin


yapsal btnle gereksinim duyulmamaktadr.

Virsn d protein klf, salam hcre duvarndan DNAnn


hcreye girii iin gereklidir.

Fakat sferoplastlar kullanldnda enfeksiyon iin bu klf


nemsizdir.

49
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Transfenksiyon deneyi

George Guthrie ve Robert Sinsheimer, 1960'da yapt


deneylerde X174 bakteriyofajndan DNA saflatrdlar.

Kk bir faj olan X174'n, 5386 nkleotit ieren tek iplikli


halkasal DNA's vardr.

Saflatrlan faj DNA's E. coli protoplastlarna ilave


edildiinde, tam bir yapsal btnle sahip olan X174
bakteriyofajlar elde edilmitir.

50
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Transfenksiyon deneyi

Bu deneyle, olgun virs retimi iin X174 DNA'snn tek


bana btn gerekli bilgiyi tad kesin olarak
gsterilmitir.

Sadece viral nkleik asit kullanlarak balatlan bu


enfeksiyon ilemine transfeksiyon denir.

Bu verilerle DNAnn genetik materyal olduu sonucu


bylece daha da glenmitir.

51
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

karyotlarda DNA

Yaplan almalarda DNAnn karyotlarda genetik


materyal olduu kavram, dorudan ve dolayl kantlarla
desteklemektedir.
Dolayl kant: DNAnn dalm
Dolayl kant: Mutasyon oluturma (mutagenez)
Dorudan kant: Rekombinant DNA almalar

52
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

DNAnn dalm

Genetik materyal, ilev grd yerde, yani ekirdekte,


kromozomun bir paras olarak bulunmaldr.

Bu kritere hem DNA hem de protein uymaktadr.

Ancak, protein sitoplazmada da yksek oranda


bulunurken, DNA bulunmamaktadr.

53
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

DNAnn dalm

DNA, sadece genetik ilev gsteren yerlerde bulunur.

Proteinlere ise hcrede her yerde rastlanr.

Bu gzlemlere gre, genetik materyal proteinden ziyade


DNAdr.

54
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

DNAnn dalm

DNA miktar ile kromozom takmnn says arasnda yakn


bir balant vardr.

Proteinler iin, eey hcrelerinde ve diploid hcrelerde


byle bir tutarl balant gzlenmez.

Bylece, bu bulgular, karyotlarda proteinlerin deil


DNAnn genetik materyal olduunu daha da ayrntl
olarak kantlamaktadr.

55
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Mutasyon oluturma (Mutagenez)

Mor tesi k (UV), genetik


materyalde mutasyonlar uyaran
eitli etkenlerden biridir.

Her bir dalga boyunun etkinlii,


meydana gelen mutasyon says
ile llr.

Mutasyon sklna kar dalga


boyu grafie aktarldnda, UV
nn mutajenik ajan olarak
aksiyon spektrumu elde edilir.

56
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Mutasyon oluturma (Mutagenez)

Bu aksiyon spektrumu, genetik


materyal olduundan phe
edilen molekln absorpsiyon
(emilim) spektrumu ile karlatrlr.

57
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Mutasyon oluturma (Mutagenez)

UV nn en mutajenik olduu
dalga boyu () 260nmdir
(nanometre).

Hem DNA hem de RNA, UV


bu dalga boyunda emer.

58
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Mutasyon oluturma (Mutagenez)

Proteinin ise en kuvvetli


absorbsiyonu 280 nmde gsterir.

DNA iin bu dalga boyunda


nemli bir mutajenik etki
grlmez.

Bu dolayl kant da, genetik


materyalin nkleik asit olduunu
destekler.

59
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Rekombinant DNA almalar

En gl kant, molekler analizlerin uyguland


rekombinant DNA teknolojisinden elde edilmitir.

Bu yntemde karyotik organizmalarn zel gen


blgelerine ait DNA segmentleri ayrtrlarak, bakteri
DNA's ile birletirilmitir.

60
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Rekombinant DNA almalar

Byle bir kompleks bakteri hcresine yerletirilip, genetik


ifadesi izlenebilir.

Bu tr bir karyotik DNA'nn rn olan karyotik proteinin


bakteri hcresindeki varl, bu DNA'nn bakteri hcresinde
sadece var olmadn, ayrca ilevsel olduunu da
gsterir.

61
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

RNA baz virslerde genetik materyal


olarak grev yapmaktadr

Baz virslerde DNA yerine RNA bulunur.

1956'da, ttn mozaik virsnden (TMV) saflatrlan RNA,


ttn yapraklarna bulatrldnda, virsn neden olduu
karakteristik lezyonlar olumutur.

Birazdan anlatlacak olan deney ile, bu virsn genetik


materyalinin RNA olduu sonucuna varlmtr.

62
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Conrat-Singer deneyi

Heinz Fraenkel-Conrat ve B.Singer, TMV ve Holmes ribgrass


(HR) viral sularndan RNA ve klf proteinlerini izole
etmilerdir.

63
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Conrat-Singer deneyi

Daha sonra, bir suun RNA's ile dier suun protein klfn
kartrarak "melez" (hibrit) virsler elde etmilerdir.

64
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Conrat-Singer deneyi

Bu melez virsler ttn yapraklarna bulatnda,


lezyonlar, yeniden yaplanm olan virsn RNA'sna gre
olumutur.

65
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Conrat-Singer deneyi

Bylece, bu virslerde RNAnn genetik materyal olduu


sonucu ortaya kmtr.

66
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Norman R. Pace ve Sol Spiegelman

1965 ve 1966'da, bu aratrmaclar, Q fajndan RNAnn


ayrtrlp, in vitro replike edilebileceini gstermilerdir.

Replikasyon, RNA replikaz denilen bir enzime baldr.

67
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Norman R. Pace ve Sol Spiegelman

RNA, virsn replikasyonu iin gerekli olan btn


bileenlerin sentezini ynlendirerir.

Dolaysyla RNA, bu fajlarda genetik materyal olarak


fazlasyla yeterlidir.

68
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Retrovirsler

RNA tayan bir grup virs tipidir.

Bunlarda replikasyon olaan ddr.

69
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Retrovirsler

Konak hcreyi enfekte ettikten sonra DNA sentezine kalp


grevi grmesi iin kendi RNAlarn kullanrlar.

RNAdan DNA sentezini salayan bu srete grev alan


enzim revers transkriptazdr.

Oluan bu cDNA, konak genomuna katlabilir ve konak


genleri ifade edildiinde cDNA da ifade edilir.

AIDS hastalna neden olan virsler RNA virsleridir.

70
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Nkleik asit kimyas

DNAnn yapsn kavramak iin nkleik asit kimyasn


bilmek gerekir.

71
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Nkleotidler

DNA nkleik asittir ve nkleotidler, btn nkleik asit


molekllerinin yap talardr.

Bazen mono-nkleotid olarak adlandrlan bu yapsal


birimler, bileeni ierir:
Azotlu baz,
Pentoz ekeri
Fosfat grubu

72
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Nkleotidler

Azotlu bazlar iki eittir:


Prinler
Pirimidinler

Prinler: adenin ve guanin

Pirimidinler: sitozin timin ve urasil

73
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Riboz / Deoksiriboz

Nkleik aside adn veren, tad pentoz ekerdir.

Ribonkleik asitlerde (RNA) riboz, deoksiribonkleik


asitlerde (DNA) deoksiriboz bulunur.

74
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Riboz / Deoksiriboz

Her karbon atomu sl numaralarla gsterilir (C-l', C-2' gibi)

Riboz ile karlatrldnda, deoksiribozda C-2' pozisyonunda


hidroksil grubu yerine hidrojen atomu bulunur.

Bu ekilde C-2' pozisyonundaki hidroksil grubunun varl, RNA'y


DNA'dan ayrr.

75
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Nkleozid / Nkleotid

Bir molekl eer prin ya da pirimidin baz ve riboz ya da


deoksiriboz ekeri ieriyorsa, bu kimyasal birime nkleozit
denir.

Nkleozite fosfat grubu taklrsa, nkleotit olarak adlandrlan


molekl oluur.

76
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Di-fosfatlar ve tri-fosfatlar

Nkleotidler, nkleozid monofosfat (NMP) olarak da


tanmlanrlar.

Bir ya da iki fosfat ilavesi ile, srasyla, nkleozid difosfatlar


(NDP) ve nkleozid trifosfatlar (NTP) oluur.

77
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

ATP / GTP

Terminal fosfat grubunun karlmas ya da ilavesiyle


byk miktarda enerji oluumu sz konusu olduu iin
adenozin trifosfat (ATP) ve guanozin trifosfat (GTP) hcre
biyoenerjitiinde ok nemlidir.

ATP ve GTP genetik ilemler de dahil birok hcre


faaliyetinde kullanlr.

78
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Polinkleotidler

ki mononkleotid arasnda kurulan ba yapsnda, iki ekere


bal fosfat grubu yer alr.

Oluan ba, fosfodiester badr.

ki nkleotid birletiinde bir dinkleotid; nkleotid


birletiinde bir trinkleotid oluturur.

Yaklak 20 nkleotid ieren ksa zincirlere oligonkleotid


denir.

Daha uzunlar polinkleotid olarak adlandrlr.

79
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Levenenin yanll

Yaplan aratrmalar sonucunda, Levene'nin


tetrankleotid hipotezinin yanl olduu ortaya konmutur.

DNA'da drt bazn mutlaka e molar miktarlarda


bulunmas gerekmedii gsterilmitir.

80
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Levenenin yanll

DNAnn molekl arlnn I06-I09 dalton arasnda olduu


bulunmutur.

Bu deer, tetrankleotid olamayacak kadar byktr.

Bugn gerek olan, DNAnn ok uzun bir polinkleotid


zincirine sahip olduudur.

81
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

DNAnn olaanst eitlilii

Uzun polinkleotid zincir yaps, DNAnn bir genetik bilgiyi


depolayabilme kapasitesini aklamaktadr.

Bu uzun zincirdeki her bir nkleotid pozisyonu, drt


nkleotidden herhangi biri tarafndan igal edilirse,
olaanst eitlilik ortaya kar.

rnein, sadece 1000 nkleotid ieren bir polinkleotid


iin, her birinin dizilimi dierinden farkl olan 41000 deiik
yap oluturulabilir.

82
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

DNAnn ilevini kavramann anahtar

Polinkleotit zincirleri, genetik materyal olarak rol oynayan


DNA'y oluturmak zere nasl dzenlenmilerdir ?

83
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Watson ve Crick'in nerileri

Watson ve Crick'in, DNAnn yaps ile ilgili nermede


bulunurken balca iki kaynaktan gelen bilgileri
kullanmlardr:
Hidroliz edilmi DNA rneinin baz kompozisyon analizi
DNA'nn X-n krnm almalar

84
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Erwin Chargaffn almalar

Herhangi bir trde, DNA'daki adenin bazlarnn miktar,


timin bazlarnn miktar ile orantldr.

Guanin bazlarnn miktar ise sitozin bazlarnn miktar ile


orantldr.

Ayrntl bilgi iin bir sonraki slaytta yer alan tabloya


baknz.

85
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

86
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Erwin Chargaffn almalar

Tablodaki oranlara gre, prinlerin (A+G) toplam


pirimidinlerin (C+T) toplamna eittir.

C + G yzdesinin, A + T yzdesine eit olmas gerekmez.

ki deer arasndaki oran trlere gre byk deiiklikler


gsterir.

87
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Chargaffn ulat sonular

Veriler "bilmece" iin ilk ipularn salamtr.

Ayrca, drt bazn eit miktarda bulunduunu savunan


tetrankleotid hipotezi de rtlmtr.

88
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

X- n krnm analizi

DNA zincirleri X-n bombardmanna tutulduunda,


molekln atomik yapsna gre nlar salr.

Salm profili (difraksiyon), fotoraf filmi zerinde lekeler


halinde belirir.

Bylelikle molekldeki dzenli yaplar ve genel grnm


dikkatle incelenir.

Bu olay X-nm krnm olarak bilinir.

89
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

X- n krnm analizi

Wiliam Astbury, DNA'da 3.4


angstrom () aralklarla
tekrarlayan dzenli bir yap
saptamtr.

Rosalind Franklin DNAnn bir


eit sarmal yapda olduunu
ileri srmtr.

Ancak, aratrc kesin bir


model nerememitir.

Pauling, DNAnn l sarmal


yapda olduu eklinde yanl
bir neri getirmitir.

90
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Watson-Crick modeli

ki uzun polinkleotit zinciri,


bir merkez eksen etrafnda
kvrlarak, sa-el ikili sarmal
yapsn oluturur.

ki zincir birbirine anti-


paraleldir.

Yani, zincirlerin C-5' C-3'


ynelimi birbirine gre
terstir.

91
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Watson-Crick modeli

Her iki zincirin bazlar


dzlemsel yapdadr ve
dzlemleri eksene diktir.

Bazlar, aralarnda 3.4 (0.34


nm) mesafe olacak ekilde
birbiri ardna "istiflenir" ve
sarmaln iinde yer alr.

Kar zincirlerdeki azotlu


bazlarla, hidrojen balar ile
balanarak eleirler.

DNA'da sadece, A = T ve G
= C elemesi mmkndr.

92
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Watson-Crick modeli

Sarmaln her bir tam bir


dn 34 (3.4 nm)'dir.

Her bir zincirde bir dnte


10 baz yer alr.

Ana eksen zerinde daha


geni olan byk (majr)
oluklar ve daha dar olan
kk (minr) oluklar yer
alr.

Sarmaln ap 20 (2
nm)'dur.

93
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Baz elemesi

Baz-elemesi, modelin genetik adan en nemli


zelliidir.

ki zincirin anti-paralel doas ikili sarmal modelinin kilit


noktasdr.

Zincirin biri 5' ucundan 3' ynne uzanrken dieri 3'


ucundan 5' ynne uzanr.

94
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Baz elemesi

Sa-el sarmalnn doasn


anlamann en iyi yolu, ayna
grnts olan sol-el sarmal ile
karlatrmaktr.

Sa el sarmalnn uzaydaki
konformasyonu, Watson ve
Crick'in elindeki verilere en iyi
uyan yapdr.

95
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Spiral merdiven basama

Bu yapda yer alan her prinin (A ya da G) karsna bir


pirimidin (T ya da C) gelirse,

Sarmaln ap, X-n krnm almalar sonucu ne


srld gibi 20 (2nm) olmaktadr.

96
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Tamamlayclk

zgl A = T ve G = C baz elemesi, tamamlayclk


(complementarity) kavramnn temelidir.

Bu terim, bazlar arasnda hidrojen balar ile salanan


kimyasal ilikiyi tanmlar.

97
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Neden hesaba katlmad?

Neden baka baz elemeleri olas deildir ?

Watson ve Crick, A = G ve C = T baz elemesini hesaba


katmamlardr.

98
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

nk !!!

Watson ve Crickin ne srd elemeler, prin-prin ve


pirimidin-pirimidin arasndaki elemelerdir.

Bu elemede prin ve pirimidin halkalarnn byklne


bal olarak sarmaln ap baz ksmlarda 20 'dan byk
ve baz ksmlarda 20 'dan kk olacaktr.

99
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

nk !!!

Ayrca bu ekildeki baz elemesi ile oluan boyutlu


konfigrasyonda, yeterli sayda hidrojen ba oluturacak
uygun bir sralanma gereklemez.

A = G ve C = T baz elemeleri ise, her ne kadar prin-


pirimidin elemesi olsa da, ayn nedenden dolay kabul
edilmemitir.

100
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Hidrojen ba

Hidrojen ba, kovelent ba ile bal bir hidrojen atomu ile


ortaklanmam bir elektron ieren dier bir atom
arasndaki zayf bir elektrostatik ekimdir.

101
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Hidrojen ba

kili sarmaldaki bazlarn


konumuna gre;
Adenin timinle iki hidrojen ba
Guanin sitozinle hidrojen ba
yapar

Daha uzun sarmallardaki (iki


uzun polinkleotid zinciri)
binlerce ba, DNA ikili
sarmalndaki kimyasal kararll
arttrr.

102
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Kimyasal dayankllk

Dayankllk salayan dier bir faktr de eksen boyunca


uzanan ekerler ve bazlarn dzenidir.

Watson-Crick modelinde, hidrofilik eker-fosfat iskeleti


eksenin dndadr ve her iki ksm da su ile iliki kurar.

103
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Kimyasal dayankllk

Olduka hidrofobik azotlu bazlar sarmaln (eksenin) iinde


yatay biimde "istiflenmitir" ve bylece su ile temastan
korunmutur.

Bu molekler dzenlemeler sarmala nemli bir kimyasal


dayankllk salar.

104
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

DNAnn formlar

Deiik izolasyon koullarna


gre, DNAnn farkl
konformasyonel formlar
tanmlanmtr.

Watson ve Crick'in incelemelerini


yaptklar dnemde, DNA'nn iki
formu A-DNA ve B-DNA
bilinmekteydi.

Watson ve Crick'in analizleri,


Rosalind Franklin'in X-n krnm
almalar yapt DNA'nn B
formuna dayanmaktayd.

105
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Tek-kristal X-n analizi

1950Ierde DNA almalar X-n krnm deneylerine


dayanmasna ramen, son yllarda yaplan
aratrmalarda tek-kristal X-n analizi kullanlmaktadr.

Eski almalarda znrlk 5 iken, tek-kristal X-n


krnmnda ise yaklak 1 'dur ve neredeyse atomik
znrle yakndr.

106
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

A-DNA / B-DNA

A-DNA imdi ayrntl olarak incelenebilmektedir.

A-DNA yksek-tuz ya da dehidrasyon koullarnda baskn


olan yapdr.

B-DNA ile karlatrldnda A-DNA daha sk bir yapdadr.

107
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

A-DNA / B-DNA

ap 23 olan sarmaln tam bir dnnde 9 baz ifti yer


alr.

A-DNA da sa-el sarmaldr ancak bazlarn ynelileri bir


miktar farkldr.

108
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

A-DNA / B-DNA

Bazlar sarmaln eksenine gre eik ve yatay olarak yer


deitirmitir.

Bu farklardan dolay, byk ve kk oluun grnm B-


DNA'dakine gre farkldr.

109
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

C-DNA

C-DNA, A-DNA ve B-DNAya gre daha yksek


dehidrasyon koullarnda izolasyon yapldnda grlr.

Sarmaln tam bir dnnde 9.3 baz yer alr.

Sarmaln ap 19 'dur.

110
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

D-DNA / E-DNA

Dier iki form olan D-DNA ve E-DNA, ieriinde guanin


bulunmayan DNA formlardr.

Sarmaln tam bir dnnde daha az baz ifti


bulunmakta olup bunlar srasyla 8 ve 7 bazdr.

111
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Z-DNA

Z-DNA, DNA'nn bir baka


formudur.

Z-DNAnn ilgi ekici


konfigrasyonu sol el sarmal
olmasdr.

Sol el sarmaln ap 18 (1.8


nm)'dur.

112
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Z-DNA

Her bir dnte 12 baz ifti yer alr


ve zikzak konfigrasyona sahiptir
(ad buradan kaynaklanr).

B-DNA'da bulunan byk oluk Z-


DNA!da neredeyse kaybolmutur.

113
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

P-DNA nedir ?

DNA yapay bir ekilde uzatlrsa, P-DNA denilen yeni ilgin


bir form daha alabilmektedir.

114
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

P-DNA / B-DNA karlatrmas

P-DNA modeli B formu ile karlatrldnda, daha uzun,


daha incedir ve B-DNA'da yzeyde bulunan fosfat
gruplar i ksmda yer ald iin olduka ilgin bir yapdr.

B-DNA'da sarmaln iinde yer alan azotlu bazlar, P-


DNA'da sarmaln d yzeyine daha yakndr.

B-DNA'da her bir dnte 10.4 baz bulunurken, P-DNA'da


bunun aksine 2.62 baz yer alr.

115
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Replikasyonda ve transkripsiyonda
DNA formlar

Replikasyonda ve transkripsiyonda sarmaln zincirleri


almal ve DNA bu ilemlerde rol alan byk yapdaki
enzimlerle ve dier eitli proteinlerle ilikiye ak olmaldr.

DNAnn biimindeki deiikliklerin bu ilemleri


kolaylatrmas olasdr.

116
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Deiik formlarn biyolojik nemi

zgn konformasyonlar, proteinler iin molekler tanma


noktalar oluturabilir.

Ancak deiik formlarn biyolojik nemi, bu formlarn canl


iinde varlnn aka gsterilmesiyle gerekleecektir.

117
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

RNAnn kimyasal yaps

Nkleik asitlerin ikinci eidi ribonkleik asit ya da RNA'dr.

RNA'da da nkleotid yap talar polinkleotid zincirlerini


meydana getirir.

RNA'da deoksiriboz yerine riboz ekeri, azotlu baz timin


yerine urasil bulunur.

118
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

RNAnn DNAdan en nemli fark !

RNAnn DNAdan en nemli bir fark, RNA'nn ounlukla


tek zincirli olmasdr.

119
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

RNAnn ift sarmal istisnas

Birincisi, RNA moleklleri, tamamlayc baz iftlerinin ikili


sarmal blgelerini oluturmak iin bazen kendi stlerine
katlanrlar.

kincisi, genetik materyali RNA olan baz hayvan


virslerinde RNA ikili sarmal olarak bulunur.

120
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

RNA eitleri

Genetik bilginin ifadesinde hcresel RNA molekl


ilevseldir: ribozomal RNA (rRNA), haberci RNA (mRNA) ve
tayc RNA (tRNA).

Bu molekller DNA'nn bir zincirinin tamamlayc kopyas


olarak transkripsiyon sonucunda sentezlenir.

121
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

RNAnn kalb

RNAnn nkleotid dizisi, sentezlendii kalp DNA'nn


deoksiribonkleotid dizisinin komplementeridir.

RNA'da timin yerine urasil bulunduu iin, transkripsiyonda


ve RNA baz elemesi srasnda, urasil adeninin eleniidir.

122
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

RNA karakterizasyonu

Aadaki tabloda, prokaryotik ve karyotik hcrelerde


bulunan RNA'nn balca formlarnn zellikleri verilmitir.

Deiik RNA'lar, merkezka alandaki kelmelerine ve


ierdikleri nkleotid says ile llen byklklerine gre
ayrt edilir.

123
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

RNA karakterizasyonu

kelme zellii molekln; younluu, ktlesi ve biimine


baldr.

Svedberg katsays(S) adl birimle llr.

Byk S deeri ounlukla molekln byk olduunu


gsterse de, balant dorudan deildir.

124
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

RNA karakterizasyonu

rnein, molekl arlndaki iki kat art S deerini iki kat


ykseltmez.

Bunun nedeni, molekln ktlesinin yan sra, byklnn


ve biiminin de kelme (S) hzn etkilemesidir.

Grdnz gibi, snf RNA'nn byklkleri ok farkldr.

125
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

DNA ve RNA aratrmalarnda birok


analitik yntem yararl olmutur

DNAnn genetik materyal olarak rol ve RNA'nn


transkripsiyon ve translasyondaki grevleri aydnlatlmtr.

Bu blmde, bu molekllerin incelenmesinde kullanlan


eitli yntemleri greceiz.

126
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Ultraviyole nn sourulmas (UV)

Azotlu baz ieren herhangi bir molekl (rnein,


nkleozidler, nkleotidler ve polinkleotidler) UV
kullanlarak incelenebilir.

zellikle nkleik asitlerin yerleimi, ayrtrlmas ve


tanmlanmasnda nemlidir.

127
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

kelme Davran

Nkleik asit karmlar, eitli gradiyent santrifgasyon


ilemlerinden biri ile ayrtrlabilir.

Bu ekilde, nkleik asidin, gradiyentin hangi ksmnda yer


ald belirlenir ve bu fraksiyon ayrtrlarak daha ayrntl
incelenir.

128
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Gradiyent santrifgasyon

Gradiyent fraksiyonlarn
ayr ayr alabilmek iin
tpn dibi delinerek
fraksiyonlar tek tek
tplerde toplanr.

Her birinin 260 nm'de


ultraviyole absorbans
llr ve rneklerin grafik
eklindeki profilleri
oluturulur.

129
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Gradiyent santrifgasyon

Gradiyent santrifgasyonlar, molekllerin zeltideki


kelme davranlarna dayanr.

Nkleik asitlerin incelenmesinde iki tip gradiyent


santrifgasyon teknii uygulanr:
kelme (sedimentasyon) dengesi
kelme hz

130
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

kelme dengesi santrifgasyonu

kelme dengesi santrifgasyonuna bazen younluk


gradiyent santrifgasyonu da denir.

Karmdaki her bir bileenin younluu ile akan


younluk, o bileenin gradiyentini oluturulur.

Gradiyent fraksiyonlara ayrlabilir ve bileenleri ayrtrlr.

Uygun bir biimde kullanldnda, bu yntemle


younluklar ok az farkl DNA'lar yksek znrlkle
ayrtrlabilir.

131
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

kelme dengesi santrifgasyonu

Bu yntem, DNA'nn baz


kompozisyonuna ait bulgu
elde etmek iin
kullanlabilir.

Bu yntemi kullanarak,
deiik kaynaklardan elde
edilen DNA'larn molekler
tanmlamasn yapabiliriz.

132
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

kelme hz santrifgasyonu

kinci yntem olan kelme hz santrifgasyonu bir


analitik santrifjdr.

Molekllerin santrifgasyon srasndaki hareketleri, mor


tesi sourma optikleri ile izlenir.

Bylece "kelme hz" saptanabilir.

133
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

kelme hz santrifgasyonu

Bu yntemde kilit deikenler, incelenen molekllerin


ktlesi ve biimidir.

Genelde, ktle ne kadar fazla ise kelme hz o kadar


yksektir.

Ancak molekln biimi, srtnme direncini etkiler.

Bu nedenle, eit ktleli fakat deiik biimdeki iki molekl,


deiik hzlarda ker.

134
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

kelme hz ile molekl arl tayini

kelme yntemi molekl arlnn (MW) tayininde


kullanlabilmektedir.

allan molekln baz fiziksel ve kimyasal zellikleri


biliniyorsa, kelme hzndan molekl arl
hesaplanabilir.

135
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Nkleik asitlerin denatrasyonu ve


renatrasyonu

kili sarmal DNA'nn denatrasyonu sonucu hidrojen


balar kopar.

Zincirlerin ayrlmas srasnda DNA'nn akkanl azalr, UV


absorpsiyonu ve denge younluu artar.

Is sonucu oluan denatrasyona bazen erime (melting)


denir.

136
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Hiperkromik kayma

Istlan DNA zeltisinin UV absorpsiyonundaki art,


hiperkromik kayma olarak adlandrlr ve lm ok
kolaydr.

137
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Erime profili

Erime srasnda, DNA'nn 260


nm'deki absorpsiyonu
(OD260) izlenir ve scakla
kar grafie geirilse,
DNA'nn erime profili elde
edilir.

Bu profilin ya da erinin orta


noktasna erime scakl (Tm)
denir ve DNA zincirinin
%50'sinin alm ya da
denature olduu noktay
gsterir.

138
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Renatrasyon

Is ile denatre edilen DNA yavaa soutulursa,


tamamlayc zincirler arasndaki rastgele arpmalar
sonucu zincirler tekrar bir araya gelir.

Uygun scaklkta, zincirlerin ikili yapsn kazanmasn


salayacak ekilde hidrojen balar tekrar kurulur.

Souma zamanyla birlikte oluan dublekslerin (ikili sarmal)


says artacaktr.

139
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Molekler hibridizasyon (melezleme)

Tekrar bir araya gelen tek zincirler, ayn nkleik asitten


kaynaklanmak zorunda deildir.

rnein, DNA zincirleri iki farkl organizmaya ait ise ve


aralarnda bir miktar baz tamamlaycl bulunuyorsa,
renatrasyon srasnda ift zincirli molekler hibritler oluur.

140
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Molekler hibridizasyon (melezleme)

Bir sonraki slaytta, DNA ve bu DNA'dan sentezlenmi


RNA'nn birlikte bulunduu durum verilmitir.

RNA, tamamlaycs olduu tek zincirli DNA'y bulup onunla


birleecektir.

Bylelikle DNA:RNA ikilisi oluacak ekilde molekler


hibridizasyon gerekleir.

141
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

142
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

DNA blotlama

Hibridizasyon, zelti iinde ya da DNA'nn bir jele veya


bir eit zel filtreye bal olduu durumda gerekleebilir.

Bu tip filtreler eitli DNA blotlama ilemlerinde kullanlr ve


bu ekilde hibridizasyon, tamamlayc nkleik asit dizileri
iin prob grevi yapar.

143
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Mikroarray analizi

Belirli bir DNA dizisi iin klonlanm binlerce genin tek bir
analizde btnyle taranmasn salar.

144
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Floresan in situ hibridizasyon (FISH)

Sitolojik preparatlarda bulunan DNA'nn, hibrit oluumu


iin hedef olarak kullanlmasdr.

Bu yaklam, hibridizasyonu izlemek iin floresan problar


ile birlikte kullanldnda, floresan in situ (hcre ii)
hibridizasyon yntemi ya da ksaca ba harflerinden
oluan FISH adn alr.

145
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Floresan in situ hibridizasyon (FISH)

Floresan teknii (FISH)


kullanarak, insan metafaz
kromozomlarnn in situ
hibridizasyonu yandaki ekilde
verilmitir.

Sentromerik DNA'ya zgl olan


prob, hibridizasyonun varln
sar floresan sinyali eklinde
ma ile gstermektedir.

Kromozomal DNA'nn propidium


iyodr ile zt boyanmas, krmz
floresans (may)
salamaktadr.

146
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Floresan in situ hibridizasyon (FISH)

nsan kromozomlarnn
sentromerlerine zgl
DNAnn tanmlanmasnda
FISH'in kullanm
gsterilmektedir.

FISH tm kromozom setinin


iinde tek bir geni
saptayacak kadar hassastr.

zgl genetik bilgilere ev


sahiplii yapan kromozomal
blgelerin tanmlanmasnda
kullanlr.

147
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Reasosiyasyon Kinetii ve Tekrarlayan


DNA

Tek bir kaynaktan elde edilen tamamlayc DNA


ipliklerinin, tekrar bir araya gelme (reasosiyasyon) hznn
lm, molekler hibridizasyon ynteminin bir uzantsdr.

Reasosiasyon kinetii olarak bilinir.

148
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Reasosiyasyon Kinetii ve Tekrarlayan


DNA

Birleme srasnda, tek iplikli DNA'lar rastgele birbirlerine


arparlar.

Eer DNAlar birbirinin tamamlaycs ise, kararl ikili sarmal


zincir oluur.

Tamamlayc deilse, tek iplikli DNA'lar baka DNA


fragmanlaryla karlamak zere serbest kalr.

Btn elemeler tamamlanana kadar ilem devam


eder.

149
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Reasosiyasyon Kinetii ve Tekrarlayan


DNA

DNA paralarnn reasosiasyon yzdesi, logaritmik


skalada, rnlerin C0larna ve t'ye kar grafie geirilir.

C0: Tek zincirli DNA'nn balangtaki konsantrasyonunun


bir litre nkleotiddeki mol cinsinden deeridir.

t: Genelde dakika olarak verilen zamandr.

150
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Artan reasiasyon zaman

Her biri farkl genom byklne sahip, iki bakteriyofaj ya


da tek bakteriyel kaynaa ait DNA'lar karlatrlmaktadr.

Grlebildii gibi, genom bykl arttka, elde edilen


eriler gittike saa kaymaktadr.

Bu da, artan reasosiyasyon zaman demektir.

151
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Byk genomda reasiasyon


karlatrmas

Daha byk genomlarda, reasosiyasyon dk hzda


meydana gelir, nk zgn DNA dizilerinin says fazla ise,
ilk elemeler daha uzun zaman alr.

152
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Tekrarlanan DNA dizileri

Dana genomunda grlen hzl birleen ksmlar,


tekrarlanan DNA dizileri iermektedir.

Bu yorum, bu DNA ksmlarnn neden hzl birletiini


aklamaktadr.

153
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Tekrarlanan DNA dizileri

Ayn dizinin oklu kopyalarnn elemeler yapmas ok


daha olasdr, bylece tek kopyas bulunan dizilere gre
bunlar daha hzl reasosiye olur.

zgn DNA dizilerinin says daha fazla olduu iin, dana


timus DNA's, E. coli'ye gre daha komplekstir ve tekrar
birlemesi daha uzun zaman alr.

154
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Nkleik asitlerin elektroforezi

Bu blm, nkleik asitlerin incelenmesinde yetkin bir


teknik olan elektroforez ile bitireceiz.

Bu teknikle, farkl uzunluklardaki DNA ve RNA zincirlerine


ait paralar birbirinden ayrlabilir.

155
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Nkleik asitlerin elektroforezi

Elektroforez teknolojisi zellikle, ayn yk:ktle oranna


sahip, ancak farkl boyutlardaki molekl karmlarnn
ayrtrlmasnda ie yaramtr.

Poliakrilamit ya da agaroz jel gibi eitli gzenek


boyutlarnda hazrlanan ortamlarn kullanm ile bu iki
molekl birbirinden ayrlabilir.

156
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

Nkleik asitlerin elektroforezi

Kk molekller byk molekllere gre jelde daha hzl


yol alr.

Ayrmn kilit noktas jel matriksine (gzeneklere)


dayanmaktadr.

Ayrntlar iin bir sonraki slayta baknz.

157
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

158
(Kaynak: Genetik Kavramlar,
Prof. Dr. Bekta TEPE
Klug, Cummings & Reece)

TEEKKRLER

Bu sunumun hazrlanmasndaki katklarndan dolay aada


isimleri verilen rencilerime teekkr ederim.

NUREN KARDELER

DERYA AKEK

RUKEN ERTRK

ZLEM GEN

BAHAR KARTAL

159

You might also like