EKSTRA NÜKLEAR GENOMLAR

İLERİ MOLEKÜLER BİYOLOJİ

1
Ekstra Nüklear (Çekirdek Dışı) Genomlar

• Genom Nedir?
➢Genom biyolojik bilginin deposudur
➢Organizmadaki gen bilgisinin de tamamıdır.

• Çekirdek Dışı Kalıtım

➢Nucleus dışındaki tüm genetik faktörler ’ekstra nüklear genom’ olarak adlandırılır.
➢1908-1909 yıllarında Erwin Bour ve Carl Correns isimli araştırmacılar kalıtımın
sadece çekirdek genleri ile aktarılmadığını
➢Kalıtımda anasal etkilerin olduğunu söylemişlerdir.

2
Kloroplast Genomu

➢ Kloroplast DNA yada cpDNA

➢ Daireseldir, 22 ila 1500 MDa ağırlıkları arasındadır.
➢ 1,3x105 ile 1,5x106 arasında baz çiftine sahiptirler

➢ Diğer DNA türlerinde olduğu gibi burada da DNA-

protein kompleksleri ile düzenleme sağlanır
➢ Bu kompleksler ‘nucleoid’ olarak adlandırılır.
➢ DNA’nın kompleks oluşturduğu proteinler arasında
histone proteini yer almaz.

➢ Aynı tür içerisinde; cpDNA nDNA’dan farklıdır.

➢ Bir bitki hücresinde total DNA’nın %15’i cpDNA’dır.

3
Kloroplast Genomu

➢ Daha az gelişmiş bitkilerde, cpDNA ‘yarı korunumlu’ (semi-

conservative) model ile replike olurlar.
➢ Yüksek yapılı bitkilerde ise, cpDNA ‘Rolling Circle’ modeli
(halkasal DNA replike modeli) ile replike olurlar.

➢ Kloroplast genomundan fotosentezde görevli olan

proteinler sentezlenir; rRNA (16S-23S-5S), tRNA, thylakoid
zar proteinleri, ATP sentaz, cytochrome b oxidase,
cytochrome c oxidase I II III, Rubisco, RNA polymerase,
NADH dehydrogenase, etc.

4
Kloroplast Genomu

➢cpDNA ;

• Hücre içerisinde düzenleyici role sahiptir. cpDNA tarafından kodlanan proteinlerin

tamamı, nDNA tarafından kodlanan protein komplekslerinin parçalarıdır.
• E. Coli’de olduğu gibi ilişkili genlerin birlikte transkribe olması ve kümelenmesi vardır.
• Prokaryotik özelliklerden biri olan çakışan genler (overlapping genes) görülmektedir.
• Pribnow box bulunur.
• Trans-splicing (trans-ekleme) vardır. Ribozomal protein olan S12, farklı iplikçiklerde
birbirinden uzakta bulunan exonlara sahiptir. Bu da bu mekanizmanın var olduğunun
kanıtıdır.
• Akış yukarı transkripsiyon sonlandırma dizileri de görülür.

5
Kloroplast Genomu

❖Maternal (anasal) olarak kalıtılır

➢ Maternal kalıtımda, yavruların fenotipi kloroplast veya mitokondrideki DNA
tarafından belirlenir.
➢ Organizmanın maternal olarak kalıtım sağladığını anlamak için, bir özellik
üzerinden yavruları üretmek üzere belirli çaprazlamaları yapmak gerekir.

➢ Örnek olay (Palmer and Zamir, 1982); Lycopersicon esculentum, ekilebilir

domates yabanıl tipleri ile bir çok kez çaprazlanır.
➢ Bu çaprazlamalardan F1 dölündeki dişi bitkilerden birinden cpDNA izole edilir.
➢ F1 dölündeki dişi bitkiden alınan cpDNA ile L. Esculentum atasal patterni aynıdır.
➢ Bu çalışma; cpDNA’nın anasal olarak kalıtıldığını destekler.

6
Mitokondriyal Genom

➢ Bakteriler, mavi-yeşil algler ve memeli olgun etirrositler dışında

yaşayan tüm hücrelerde mitokondri bulunur.
➢ Nüklear DNA’dan bağımsız olarak replike olabilen bu genom; çeşitli
büyüklük, şekil ve moleküler ağırlıkta olabilir.
➢ Az gelişmiş eukaryotlarda ‘linear’, daha çok gelişmiş eukaryotlarda
‘dairesel’dir.

➢ İnsan ve maya (Saccharomyces cerevisiae) mtDNA’sı diğer organizmlara

göre daha iyi bilinir.
➢ 1981 yılında Anderson ve arkadaşları tarafından ilk defa insan mtDNA’sı
dizilendi.
➢ 16,569 bp’lik bu mtDNA, 70,000 bp’lik maya mtDNA’sının sahip olduğu
hemen hemen tüm genlere sahiptir.

Sung Ryul Lee, Jin Han, 2017

7
Mitokondriyal Genom

➢ İnsanlarda, mtDNA’nın %99,99’u anneden kalıtılır.

➢ Total mtDNA büyüklüğü, nuclear genomun %3’ünden azdır.

➢ mtDNA’da 37 gen bulunur, bunlar; rRNA (12S ve 16S), 22 tane tRNA, cytochrome c oxidase alt üniteleri I
II III, ATPase alt ünite 6, etc. (Anderson et al., 1981)
➢ Bu kadar az bp ile bu kadar çok gene sahip olması, genomun yoğun olduğunu gösterse de, az miktarda
non-coding regionlar bulunmaktadır.
➢ mtDNA, intron içermez, tekrarlayan (repetitive) diziler yoktur.
➢ mtDNA termination codonlarda bulunmaz. Bu sebeple, her farklı durumda post-transcription
safhasında, mRNA tarafından PolyA kuyruğu takılıyor.

➢ Genel hatlarıyla baktığımızda; mitokondri kendi DNA’sına sahiptir. Kendi proteinlerinin büyük kısmını
kendisi üretir. Ve bu genom evrensel olarak ortak değildir. Kişiye özgü dizi içerir.

8
Mitokondriyal Genom

➢ mtDNA, mitokondrinin iç zar içerisinde, matrix’inde nucleoid yapı

halinde bulunur.

• Nucleoid Nedir?
➢ Zarla çevrili olmayan, çeşitli proteinler ile kompleks oluşturmuş mtDNA
fragmanlarıdır.
➢ Binlerce mtDNA molekülü, nucleoid yapı oluşturarak bu sayıyı birkaç
yüze düşürebilir.
➢ Genel itibariyle nuclear kromatine benzer ama bazı farklılıklar vardır.
➢ mtDNA’nın ilişkili olduğu proteinler arasında ‘histon’ proteini yoktur.
➢ İntron bölgeleri ve repetitive sekansları yoktur.
➢ Her bir nucleoid birden fazla mtDNA kopyası içerir.
➢ Tek bir hücre 1000 civarında mt içerir. Dolaylı olarak her bir hücre
1000’den fazla mtDNA içerir.
➢ Nucleoidler, mt genomların kontrollü düzenlenmesi ve hücresel
sinyalleşmeye verimli entegrasyonu için bir platform görevi görür. Kaynakça 2

9
Mitokondriyal Genom

➢ mtDNA bir çok protein kodlar. İnsan mtDNA’sıda aynı

şekilde. Bu sebeple, gerçekleşecek en ufak bir mutasyon,
hastalıklara ya da fonksiyon bozukluklarına yol açacaktır.

➢ Birçok hastalığın alt mekanizmasını nuclear DNA’da oluşan

veya kaynaklanan mutasyonlar ile açıklayamayız.
➢ Bu nedenle; mtDNA’yı da hesaba katmalıyız.

➢ Bu hastalıklardan bazıları; kardiomyopati, bir çok

neurodegenerative hastalıklar, kanser ..
➢ Burada neurodegenerative hastalıklar daha çok öne
çıkmakta. Bu konuda OXPHOS (oxidative phosphorylation)
ve ROS önemli bir etken. Kaynakça 1

10
Mitokondriyal Genom

➢ mtDNA maternal olarak kalıtılır.

• Tıpkı cpDNA’in maternal olarak kalıtıldığı gibi mtDNA’de aynı şekilde kalıtılır.
• 1985 yılında Gyllenstein’ın yaptığı çalışmada, fareler model organizma olarak
kullanılmış.
• Mus domesticus (genel bilinen fare türü) ile yabanıl tip olan Mus spretus
türleri karşılıklı olarak çaprazlanmış.
• Çaprazlama sonucu elde edilen yavruların mtDNA’ları HindIII ile kesime
uğratılarak analiz edimiş.

• Yandaki şekilde; 1. kuyucuk M. Spretus’un mtDNA genomu vardır.

• 2. 3. ve 4. kuyucuklarda female M. spretus ile male M. domesticus’un
çaprazlanması sonucu 8 nesil sonra elde edilen mtDNA’lar.
• 5. kuyucuk M. domesticus’un mtDNA genomu .
Figure 4.4: maternally
• 6. ve 7. kuyucuklarda; female M. domesticus ile male M. spretus’un
inherited mtDNA
çaprazlanması sonucu 6 nesil sonra elde edilen mtDNA.
❖ Bu deney sonucunda; mtDNA genomunun anasal olarak kalıtıldığını görmüş
oluyoruz. 11
Kinetoplast DNA

➢ Kinetoplast, flagellalı protist grubu olan Kinoplastea sınıfındaki canlılarda

bulunan stoplazmik bir organeldir.
➢ 1986 yılında Hajduk ve arkadaşları tarafından bulunmuştur.
➢ Protozoa’nın bölünmesi, kamçı oluşumu, hereket ve enerji sağlamasında
rol oynar.
➢ Mitokondriden faklılaşmış olarak bulunur.
➢ Kamçıya yakın bir bölgededir.
➢ Her bir organizmada bir tane bulunur.
➢ Kinetoplast’a ait olan genom, bir çok minik halkasal yapıdan oluşur.
➢ Bu küçük halkasal yapılar, bakterilerdeki plasmidlere benzerlik gösterir.
➢ kDNA, binlerce birbirine geçmiş zincir gibi durur.

12
Sentriol DNA

➢ Hücre bölünmesi sırasında iğ iplikçiklerinin oluşumunu sağlayan, varil

biçimli organelin içeriğinde bulunan DNA’ya denir.
➢ Sentriyol bir çok ökaryotda bulunsa da, bitkilerin büyük kısmında,
mantarlarda, alglerde, neuronlarda, çizgili kas hücrelerinde
bulunmazlar.
➢ Sentriyol DNA, dsDNA, çift zincirlidir.
➢ Mikrotübüller sentriolleri, sentriollerde sentrozomu oluşturur.
➢ Sentrioller, G1 ve S fazlarında kopyalanır.

➢ Organelin ve DNA’nın replike olma limiti sınırlıdır.

➢ Fakat tümör hücrelerinde ki sentriollerin replike olma limiti saptırılmış
olduğu için kanser tedavilerinde ki terapilerden bazılarının amacı da
sentriol genomunu hedef alarak replikasyonu sınırlandırmaktır.

13
Cyanelle DNA

➢ Çift zarlı, fotosentetik olarak aktif bir organel.

➢ Bir tür primitive plastid.
➢ Siyanobakterilere benzetilir.
➢ Cyanophora paradoxa gibi bazı eukaryotlarda bulunur.
➢ Hem cpDNA’e hem de cyanobacterium DNA’sına benziyor.
➢ Cyanelle, kloroplast ve siyanobakteriler arasında köprü
görevi görür.
➢ Genel itibariyle 127 kbp kadardır.
➢ 2 tane ters tekrar bölgesi ile karakterize olmuştur.
➢ Ve bu DNA halkasaldır.

14
Kawano et al., 2009
Promiscuous DNA

➢ Promiscuous DNA yada düzensiz DNA; ökaryotik hücrelerin

membran bağlı organellerin genetik sisteminden, birden fazlasında
meydana gelen ve çok çeşitli prokaryotik hücrelerden ayırt
edilmesi gereken bir nükleotid dizisi olarak tanımlanır.
➢ Bu DNA transferinin olayı, hücre içi düzensizlik olarak bilinir ve her
genom ayrı kimliğini azaltır.
➢ DNA’nın çeşitli genomlar arasında hareket ettiğini kanıtlayan çeşitli
örnekler vardır.
➢ Mesela; bitki hücrelerinde hem mt hem de cp bulunur.
Araştırıldığında, aynı organizma içerisinde cp sekansının mt
dizisinde rastgeliniyor.

15
Kaynakça

1. Lee S.R., Han J. (2017) Mitochondrial Mutations in Cardiac Disorders. In: Santulli G. (eds)
Mitochondrial Dynamics in Cardiovascular Medicine. Advances in Experimental Medicine and
Biology, vol 982. Springer, Cham. https://doi.org/10.1007/978-3-319-55330-6_5
2. Sung Ryul Lee, Jin Han, "Mitochondrial Nucleoid: Shield and Switch of the Mitochondrial
Genome", Oxidative Medicine and Cellular Longevity, vol. 2017, Article
ID 8060949, 15 pages, 2017. https://doi.org/10.1155/2017/8060949
3. Miglani, Gurbachan S.. Essentials of Molecular Genetics, Alpha Science International, 2015.
ProQuest Ebook Central,
http://ebookcentral.proquest.com/lib/itup/detail.action?docID=5311543. Created from itup on
2021-02-01 03:47:14.
4. Sato, M., Mogi, Y., Nishikawa, T. et al. The dynamic surface of dividing cyanelles and
ultrastructure of the region directly below the surface in Cyanophora
paradoxa . Planta 229, 781 (2009). https://doi.org/10.1007/s00425-008-0872-4

16
17