Prokaryotlarda

transkripsiyon ve
kontrolü

Doç. Dr. Meral URHAN KÜÇÜK

Tıbbi Biyoloji AD
Gen ifadesinin düzenlenmesine genel bakış
 Çokhücreli organizmalarda değişik hücre tiplerinin
birbirinden farklı hale gelmesinin nedeni?
 Birçok işlem, tüm hücrleri için ortaktır. Bu nedenle
aynı organizmada bulunan herhangi iki hücre ortak bir
çok protein vardır.
 Yapısalkromozom proteinleri, -
 RNA polimerazlar,
 DNA onarım enzimleri,
 Ribozomal proteinler,
 Metabolizmanın temel tepkimelerinde görev alan enzimler
 Hücre iskeletini oluşturan proteinler bu grupta yer alır

 Bazıproteinler görev yaptıkları özelleşmiş hücrelerde

çok miktarda bulunurken başka hücrelerde hiç
bulunmaz. Örneğin eritrositlerdeki hemoglobin.
 Aynı organizmada farklılaşmış hücreler arasındaki
fark o kadar büyüktür ki bir nöron ile bir
lenfositin aynı genoma sahip olduğunu düşünmek
zordur.

 Bu nedenle hücre farklılaşması çoğunlukla geri

dönüşümsüz olduğu düşünülmüştür.

 Önceleri bunun gen kaybıyla ilgili olduğu

düşünülmüş , ancak sonraları bunun gen ifadesinin
denetimi ile ilgili olduğu ortaya konmuştur.
 Çokhücreli organizmalardaki değişik
hücre tipleri gerek yapı gerekse işlev
bakımından birbirlerinden çok farklıdır.

 Farklı
tipteki hücreler (nöron, kas,
lenfosit, kemik yağ hücreleri) aynı
genomu içeren DNA’yı içerir.

 Çok hücreli organizmalarda değişik hücre

tiplerinin birbirinden farklı hale
gelmesinin nedeni?
 Çokhücreli canlılarda tek bir hücreden binlerce farklı
hücreye dönüşmesinin nedeni;

 Hücrelerin
farklı RNA ve protein gruplarını
sentezlemeleri ve biriktirmeleridir.

 Farklı
mRNAların sayısı üzerindeki çalışmalar, belli bir
zaman kesitinde tipik bir insan hücresinde yaklaşık
30.000 genden sadece 10.000-20.000 kadarının
ifade edildiği gösterilmiştir.
 Bazıproteinler görev yaptıkları özelleşmiş hücrelerde
çok miktarda bulunurken başka hücrelerde hiç
bulunmaz.

 Nerdeyse her etkin genin ifadesi hücreden hücreye

değişiklik göstermektedir.

 Genelde bunu kendi DNA dizilerini değiştirmeden

yapıyorlar.

 Bunu nasıl yapıyorlar?

 Gendeki bazı mekanizmaların açılıp kapanması ile
yani denetlenmesi ile.
 Gen ifadesinin düzenlenmesi ile
Gen İfadesi Nedir?
Transkripsiyon ve translasyon olaylarının toplamı,
gen ifadesi (gen ekspresyonu) olarak tanımlanır

gen ifadesi
Transkripsiyon
Transkripsiyon, DNA’da saklanan genetik bilgilerin bir
RNA molekülü (mRNA, tRNA, rRNA) şeklinde
kopyalanması veya yazılması olayıdır
Transkripsiyonla RNA’ya kopyalanan, bir protein
molekülüne ait genetik bilgilerin okunması veya bir
protein molekülü haline çevrilmesine translasyon adı
verilir
Bir organizmada genetik yapı DNA da bulunan dNTP
dizileri ile belirlenir.
Bu dizilerin ifade edilmesi ise (Translasyon-Protein
sentezi) RNA’lar ile sağlanır.

15
 Gen ifadesinin düzenlenmesi sadece transkripsiyon
sırasında değil,
 Transkripsiyon sonrasında da bir çok aşama vardır.
Gen ifadesi, alternatif splayzing ile de düzenlenebilir.

mRNA işlenmesi- splicing

17
Alternatif splaysing sayesinde tek bir genden tüm bir protein ailesi üretilebilir.

mRNA işlenmesi- alternatif splicing

 Ayrıcabir hücre dış sinyallere yanıt olarak genlerin
ifadesini değiştirebilir. Çok hücreli organizmalardaki
gen ifadesi ağını değiştirebilme özelliğine sahiptir.

 Örneğin bir kc hücresi glukokortikoid hormon ile

karşılaşırsa birçok özel proteinin üretimi büyük ölçüde
artar. Glukokortikoidler vücutte açlık veya yoğun
egzersiz sırasında salınır ve kc hücreleri küçük
moleküllerden ve aminoasitlerden glukoz üretimini
arttırması için sinyal verir.
Dış sinyal ile gen ifadesinin
değişimi
 Bir
hücre içerdiği binlerce genden
hangilerinin yazılacağına nasıl karar verir.
 Her genin transkripsiyonu, transkripsiyonun
başlayacağı noktaya yakın bir düzenleyici DNA bölgesi
tarafından kontrol edilir.
 Bazı düzenleme bölgeleri basittir ve tek bir sinyal ile
açılan anahtar gibidir.
 Birçok düzenleme bölgesi ise çeşitli sinyaller ile
komşu genleri açar yada kapatır.
 Bu anahtar sistemleri iki bölümden oluşur
 DNA üzerindeki tanımlanmış kısa diziler
 Bu dizilere bağlanan gen düzenleyici proteinler.
 Gen düzenleyici proteinler, DNA çift sarmal yapısının
içindeki özel nükleotid dizilerini tanımak zorundadır.

 Buözel gen düzenleyici proteinlerin bağlanmaları için

her biri 20 nükleotidtten kısa belirli nükleotid
dizilerinden binlercesi tanımlanmıştır.

 Budiziler her biri farklı bir gen düzenleyici protein

(veya birbiriyle ilişkili bir gen düzenleyici protein
grubu) tarafından tanınır.
Bazı Gen Düzenleyici proteinler ve tanıdıkları DNA Dizileri
 RNA polimerazlar transkripsiyona baslayacagı gen
bölgesini nasıl tanır ?

• RNA polimerazın, DNA da tanıma dizileri vardır.

Promotor, RNA polimerazın transkripsiyonu başlatmak

üzere DNA’ya bağlandıgı özel bölgelerdir.

RNA polimerazın promotöre bağlanmasıyla

transkripsiyon başlar.
 Bakterilerde promotorlarda korunmuş iki dizi
bulunmuştur. Birincisi transkripsiyonun başlangıç
noktasının 10 nükleotid yukarısında yer alan TATAAT
dizisidir (-10 bölgesi yada Pribnow kutusu).

Diğeri transkripsiyonun başlangıç noktasının 35

nükleotid yukarısında bulunan TTGACA dizisidir (-35
bölgesi).
 Promotorlardaki, konsensüs diziler türler arasında
korunmustur (tamamen aynı degildir)
 Promotor dizileri Transkripsiyonun başlama etkinliğini
düzenlerler.
 Promotor ve RNA polimeraz arasındaki ilişki
transkripsiyonu yönetmektedir.
 Gen ifadesi düzeyinde önemli değişikliklere neden
olan asıl durum; RNA polimerazın farklı
promotorlara bağlanmasındaki farklılıklardır.

Promotor dizisindeki farklılığa bağlı olan bu bağlanma

farklılığı promotor gücü olarak tanımlanır.
Ökaryotik genlerin çoğunda prokaryotlardaki – 10
bölgesindeki benzer konsensus dizileri tanımlanmıştır.
Bu diziler; ökaryotik promotorda, transkripsiyon
baslangıcından sonraki, ~-25 bç; örn “TATA Box ve ~-
50 -200 bç ilerideki “Cat Box” = CAAT ve “GC Box”
GGGCGG dizilimlerdir.
RNA polimerazın transkripsiyonu başlatmasını
etkileyen bir diğer nokta ise sigma alt biriminin ana
formu olan 70i bakteriyel genlerin çoğunun
promotorları tanır.
Ancak E.coli de bulunan RNA polimerazın özgün  alt
birimlerini içeren çeşitli formları vardır. Bu formlar
değişik promotor bölgelerini tanır ve transkripsiyonun
başlama özgünlüğünü sağlarlar.
Sigma faktör için korunmuş diziler
 Gen düzenlemesinde görevli, gen
düzenleyici proteinler, DNA’da nereye
nasıl bağlanıyor?
 Gendüzenleyici proteinler, DNA’da nereye nasıl
bağlanıyor
  Gen düzenleyici proteinler DNA’ nın büyük oluğuna
bağlanır.

Moleküler tanıma, genellikle iki molekül arasındaki tam uyuma dayanır.

Çoğu zaman protein DNA ile hidrojen iyonik bağlar ve hidrofobik etkileşimler
aracılığıyla bir çok sayıda bağ kurar . Her bağ kendi başına zayıf olsa da kurulan
20 kadar bağın birleşmesiyle kendine özgü çok güçlü bağlar protein DNA
etkileşimi görülür.
 E.coli gen düzenleyici proteini katabolit etkinleştirici
proteinin( catabolite activator protein /CAP)
bağlanmasıyla ortaya çıkan DNA bükülmesi. CAP
yokluğunda DNA düzdür.
 DNA bağlanma protein motifleri

 Proteinlerin
işlevlerini yerine getirebilmesi için yapısal
olarak uyum önemlidir.

 Gendizilerine bağlanan proteinler, çeşitli motiflerde

bulunurlar.
1-Sarmal kıvrım sarmal (Helix-Turn-Helix) Motif
DNA bağlanma helix-turn-helix motifi, beyaz yuvarlaklar karbon,
kırmızı bölge asıl tanıma bölgesi, mavi bölge ise tanıma bölgesinin
yerleşmesine yardımcı bölgedir.
2. Çinko parmak motif (Zinc Finger Motifs)
3- β tabaka modeli (β sheets)

Bakteri met repressor proteini

4-Lösin fermuar motif

 Maya Gcn4 proteini

Prokaryotlarda Gen İfadesinin düzenlenmesi
Proteinlerin aktivitesi çok değişik mekanizmalarla
düzenlenir.

 Bakteriler, yalnızca çevre koşullarındaki

değişikliklere cevap vermezler, aynı zaman da,
replikasyon, rekombinasyon , DNA hasar tamiri,
hücre bölünmesi ve gelişimi gibi normal hücresel
olaylarda yer alan gen aktivitelerini de regüle
ederler/düzenlerler.

 Gen ifadesinin regülasyonu, özellikle de E.coli 'de

yoğun olarak çalışılmıştır.
 E. coli genomunun 4000 kadar olan polipeptit
zincirinin derişimleri oldukça farklılık
göstermektedir.

 Bazı proteinler hücre başına 5-10 molekül gibi

düşük miktarlarda bulunurken, bazıları
(ribozomal proteinler, glikolitik yolla ilgili
proteinler) 100.000 molekül gibi yüksek
miktarlarda bulunduğu gözlemlenmiştir.
Bir genin değişmeyen ekspresyonuna konstitütif
“constitutive” gen ekspresyonu denir.

Housekeeping genler: Bir tür veya organizmanın

her hücresi için her zaman sabit düzeylerde
eksprese olan genlerdir. Örn. sitrik asid döngüsü
genleri
Prokaryotlar, çevre koşullarına cevap veren etkin
genetik mekanizmalara sahiptir.

Gen ekspresyon sistemleri pozitif ya da negatif

yönde düzenlenebilir.

 Bunagöre gen ifadesi , genelde indüklenebilir ya

da baskılanabilir sistemlerle kontrol edilir.
İndüklenebilir Sistemler

 Hücre içinde normalde çok az miktarda bulunan

herhangi bir genin ürünü olan enzim, hücre bu
ürüne ihtiyaç duyduğunda, o enzimin miktarı hızla
artar. Örn. DNA hasar enzimlerini kodlayan
genlerin DNA hasarında miktarlarının artması gibi.

 Buolaya indüksiyon, miktarı arttıran enzimlere

indüklenebilir (uyarılabilir ) enzimler, bu sisteme
de indüklenebilir sistemler denir.
Baskılanabilir Sistemler

Hücrede var olan bir ürün, normal koşullarda

üretilirken, ihtiyaç duyulmadığı zaman, o gen
ürününün üretimi durur.

Bu düzenleme/regulasyon, represyon/baskılanabilir
sistemleri ile gerçekleşir.
 47
İndüklenebilir Genler
Operon Modeli

Gen ifadesinin transkripsiyon düzeyinde

düzenlenmesini prokaryotlarda açıklamak için operon
modeli tanımlanmıştır.

Operon, tek bir promotorun kontrolü altında bulunan

ve çok sayıda genin (cluster) ifadesini düzenleyen bir
sistemdir.
Bir polisistronik mRNA ve onun düzenleyici
elementlerinden meydana gelir (bu nedenle sadece
prokaryotlarda operon var).

Operonda yer alan genler tipik olarak ortak bir

metabolik yolda fonksiyon görürler.
Bir operonun bileşenleri
Promotor; üzerinde RNA polimeraz bağlanma bölgesi ve cAMP+
reseptör protein bağlanma bölgesi olmak üzere iki bölge
içerirler
Repressor; operatöre bağlanarak transkripsiyonu baskılayan
protein
Operatör (kontrol bölgesi); yapısal genlerin fonksiyonunu
denetlerler
Kodlayıcı sekanslar (yapısal genler); transkribe edilecek
mRNA’ya kalıp oluştururlar
Terminatör
İNDÜKLENEBİLİR SİSTEM

LAKTOZ (Lac) OPERONU

İNDÜKLENEBİLİR SİSTEM-LAKTOZ
OPERONU

E coli karbon kaynağı olarak kullanacağı glikoz

ortamda yoksa laktozun parçalanması sonucu
açığa çıkan glukozu kullanmaktadır.
Lac operonunda bulunan genlerle E.coli,
ortamda glukoz olmadığında laktozdan enerji
elde etmek için 3 enzim sentezlenir.
 beta galaktosidaz
 beta galaktosid permeaz
 beta galaktosid asetil transferaz
Lac Operonun bileşenleri;

A-YAPISAL GENLER

1. beta galaktosidaz- “z geni”: laktozu glukoz ve

galaktoza ya da allolaktoza katabolize eder.
2. beta galaktosid permeaz-“y geni”: laktozun hücreye
alınmasını sağlar.
3. beta galaktosid asetil transferaz-“a geni”:
hücrede bulunabilecek diğer galaktosid şekerleri
asetiller (laktoz metabolizması sonucu açığa çıkan
atıkların uzaklaştırılması)

Hepsi aynı promotorun kontrolündedir.

B- REGÜLATOR GEN ; lac operonunun yukarısında
bağımsız gen vardır (“i” olarak gösterilir), özgül
baskılayıcı (repressör) proteini kodlar, bu protein lac
operonunun operatorüne bağlanabilir.

C-OPERATÖR- repressör proteinin bağlandığı bölge

D-INDUCER; E.coli lac operonunda, indukleyici
laktozun izomeri olan ALLOLAKTOZ’dır.

Laktoz (ALLOLAKTOZ) lac operonundaki bu farklı

3 enzimin (beta galaktosidaz,beta galaktosid
permeaz, beta galaktosid asetil transferaz)-
1000 kat fazla oranda sentezlenmesini (ifade)
edilmesini uyarır.
 lacI geninin kodladığı protein (lac repressör), lac
operonunun promotorundaki operatör bölgeye bağlanır.
 Repressör protein, allosterik (şekil değiştirebilen) bir
proteindir ve inducer (induktör) olarak bilinen bir
molekül için bağlanma bölgesine sahiptir.
 Repressör proteinininin Ecoli DNAsındaki operatör için
çok yüksek bir bağlanma affinitesi vardır.
 Lac operonunda induktör laktozdur. Laktoz repressöre
bağlandığında repressör şekil değiştirir ve operatorün
serbest kalmasına neden olur.
 Operatöre hehangi bir protein bağlanmayıp serbest
kaldığında promotore bağlanan RNA polimerazın önündeki
engel kalkmış olur. Ve yapısal genlerin transkripsiyonu
gerçekleşir.
 Ortamda laktoz olmadığı zaman sistem kapatılır: Lac
operonunun negatif kontrolü
 Ortamda laktoz varsa; sistem açılır
Yani; eğer Ecoli hücreleri, laktoz olmadığı ancak
glukozun bulunduğu bir ortama konulacak olursa,
regülatör gen tarafından sentezlenen repressör
proteini operatör bölgeye bağlanır.

Çünkü ortamda bulunan laktoz repressördeki bağlanma

yerlerine bağlanıp repressörde şekil değişikliğine
neden olarak operatöre bağlanmasını engeller.
Ortamda laktoz olmadığı zaman bu şekil değişikliği
olmayacak ve repressör operatöre bağlanacaktır.
RNA polimeraz promotora bağlanırken repressör
operatöre bağlanması RNA polimerazın yapısal genlere
ulaşmasını engeller. Ve dolayısıyla transkripsyon
engellenmiş olur.
BASKILANABİLİR SİSTEM:
TRİPTOFAN OPERONU
BASKILANABİLİR GENLER-TRİPTOFAN
OPERONU

E. coli Trp operonu; ilk kez Charles Yanofsky ve

ark. tarafından çalışılmıştır.
Trp operonu ~7kb uzunluğunda bir bölgeye
yayılmıştır ve trp amino asitinin sentezi için
gerekli olan 5 geni içerir (trpA-E).
Normal şartlar altında, hücre sürekli triptofana
ihtiyaç duyar, birçok hücresel ürünün önemli bir
öncülüdür. Buna göre normal koşullarda trp
operatorü serbesttir ve RNA polimeraz için
devamlı olarak uygundur.
Triptofan Operonun bileşenleri;

A-YAPISAL GENLER
 trpA-E (A,B,C,D, E) kodlayıcı genleridir. Bu
genlerden;
 A-B: triptofan sentezlenir
 C: indolgliserol sentetaz
 E-D: antranilat sentetaz

B- REGÜLATOR GEN
 TrpR (repressor protein geni) promotorun
upstream bölgesindedir.
 Lider bölge (trpL); trpA-E kodlayıcı genleri
ve operatör bölge arasında yerleşmiştir.
 trpL geni içinde ise attenuator bölge (att) yer
alır.
C-OPERATÖR; repressör proteinin bağlandığı
bölge

D- Co-Repressor; triptofandır. Hücrede trp

fazla olduğunda, bir kısmı serbest olan
REGÜLATOR PROTEİN’e (R) bağlanır ve onu
aktive eder.
Regülatör genden sentezlenen repressör proteini
inaktiftir. Buna aporepressör adı verilir.

Aporepressörün (inaktif repressör) iki bağlanma

bölgesi vardır. Bunlardan birine korepressör
(triptofan) bağlanır. Diğer bağlanma bölgesi ise
operatör bölgeye bağlanmayı sağlar.

Ortamda yeterinden fazla triptofan biriktiği zaman

aporepressör bu triptofan molekülleri ile birleşip
aktif repressör haline gelir. Ve promotor bölgeye
bağlanır.
Böylelikle RNA polimeraz enziminin transkripsiyon
yapması engellenir dolayısıyla yapısal genlerden
kodlanacak enzimler sentezlenemez.
Repressör/operatör ilişkisi

Hücrede Trp varsa, trp’nın bir kısmı serbest olan trpR geni ürünü regülatör proteine
(Repressöre) bağlanır ve onu aktive eder

Repressör-trp kompleksi trp operatorüne karşı yüksek affiniteye sahiptir. İlişki kurduklarında,
RNA polimerazın etkileşimini bloke ederler ve transkripsiyonu durdururlar. Operon “kapatılır”

Operonun ürününün (trp) üretimin baskılanmasında sorumlu olması sebebiyle triptofan bir
korepressor’dür.
 Hücrede Trp konsantrasyonu çok azaldığında;
 Trp, regulator proteinden (repressör) ayrılır, “naked” R proteini (inaktif repressör) operatore
karşı olan affinitesini kaybeder ve operatörden ayrılır.
 Promotore bağlı olan RNA polimeraz önünde bir engel kalmaz ve yeniden operonla ilişki
kurarak 5 genin kodladığı enzimleri transkribe eder.