DNA REPLKASYONU

evik GREL Berrak EROLU Zehra HALBLR

Canlln devam iin en nemli sre remedir. remenin en temel biyolojik sreci ise ata bireylerden, yeni nesile genetik bilginin tam ve doru ekilde aktarlmasdr.

Canlnn en temel birimi olan hcrelerin blnmesi srasnda genomik DNAnn yeni hcrelere doru ve eksiksiz olarak aktarlmas organizmalarn yaamnn devam iin arttr. Genomik DNAnn yeni hcrelere aktarlmas iin DNAnn kendini elemesi gerekir.

REPLKASYONUN TANIMI

Hcre blnmesi ncesinde DNAnn kendi elemesi olayna replikasyon veya DNA sentezi denir. Replikasyon karmak enzimatik aktivite gerektiren bir sretir. Bunun yannda replikasyonun temel 3 aamas vardr:
1) DNA ift sarmalnn almas. 2) RNA primerinin kalp DNA fragmentine balanmas. 3) Primerin uzatlmas ve sentezin devam etmesi.

Replikasyon prokaryot ve karyotlarda benzer ekilde gereklemesine ramen karyotlardaki replikasyon daha karmaktr. Bu nedenle prokaryot ve karyot replikasyonunu ayr ayr deerlendirmek daha dorudur.

PROKARYOTLARDA REPLKASYON

DNA FT SARMALININ AILMASI

DNA SARMALININ AILMASI

Bakteriler, halkasal ve ift zincirli DNAya sahiptir. Bu halkasal DNA zerinde replikasyonun balamas iin gerekli zel dizileri tayan bir orjin blgesi (oriC) vardr. Orjin blgesindeki zel dizileri tanyan ve bu blgelere balanarak ift sarmal arasndaki hidrojen balarn kopartabilen ve enzimatik aktiviteye sahip proteinlere (DnaA, DnaB, DnaC) helikazlar denir.

DNA SARMALININ AILMASI

Helikazlarn DNA sarmaln amasyla bir replikasyon atal meydana gelir. Replikasyon atalnn olumas, replikasyonun balamas iin yeterli deildir. Replikasyonun devam etmesi iin helikazlarn orjin blgesinden uzaklamas ve iplikleri ayrmaya devam etmesi gerekir. Helikazlarn ayrlmas sonrasnda alan blgelerin kapanmas riski vardr. Bu risk tek zincire balanan proteinler (SSBP) denen proteinler ile giderilir.

DNA SARMALININ AILMASI

SSBPler helikazlarn at iplikiklerden birine balanarak alan blgenin tekrar kapanmas engeller. DNA replikasyonunun nndeki bir engelde DNAnn negatif sper kvrmlar iermesidir. Bu engel DNA iplikiklerinde geici krklar oluturarak kvrmlar geveten DNA *topoizomerazlar ailesine ait DNA giraz enzimi tarafndan alr.

RNA PRMERNN BALANMASI

RNA PRMERNN BALANMASI

DNA sentezinde primer olarak neden RNA moleklleri kullanlr?

RNA PRMERNN BALANMASI

DNA sentezinde RNA primerinin kullanlmasnn ana nedeni;

DNA sentezini gerekletiren esas enzimler olan DNA polimerazlarn de novo (sfrdan) DNA sentezini balatamamasdr. Yani DNA polimerazlar sadece var olan nkleotit zincirinin 3-OH (serbest u) grubuna deoksinkleotitleri ekleyerek DNA zincirini uzatr!

RNA PRMERNN BALANMASI

RNA polimeraz enzimleri ise de novo olarak RNA sentezini balatabilir. Bu nedenle DNA sentezini balatan asl enzim bir RNA polimeraz olan primaz enzimidir. Primaz enzimi 10-15 bazlk bir oligonkleotidi kalp DNAya balar.

RNA PRMERNN BALANMASI

RNA primerinin balanmas ile DNA polimerazlarn ihtiya duyduu serbest u oluturulmu olur.

DNA SENTEZ

DNA SENTEZ N GERKL ENZMLER

RNA primerinin balanmasyla serbest ucun olumas DNA sentezini devam ettiren DNA polimerazlar harekete geirir. Prokaryotlarda DNAnn replikasyonunda grevli balca 5 farkl DNA polimeraz enzimi vardr:

DNA POLMERAZLAR

DNA Polimeraz I: Prokaryot hcrelerde en bol bulunan ve en dayankl polimerazdr. Hcredeki asl ilevleri; DNA zincirinin uzatlmas ve hatal baz elemelerinin dzeltilmesidir. DNA polimeraz I, DNAy uzatamann yannda DNAy paralayabilir. Yani nkleaz enzim aktivitesine de sahiptir.

DNA POLMERAZLAR

DNA Polimeraz II, IV ve V: Ultraviyole, scaklk vs. nedenler ile zarar gren DNAnn onarmnda grevlidir. Bu enzimler DNA sentezini durduran genler tarafndan kodlanrlar. Yani herhangi bir hata meydana geldiinde hatann devam etmemesi ve tamirin balamasnda nemlidirler. Bu enzimlerden Polimeraz II de tpk Polimeraz I gibi nkleaz aktivitesine sahiptir.

DNA POLMERAZLAR

DNA Polimeraz III: DNA sentezinde nkleotitlerin eklenmesi ve yeni sentezlenen DNAnn uzatlmasnda asl sorumlu enzimdir. DNA sentezi srasnda nkleotitlerin 3OH grubuna eklenmesini katalizleyen dolaysyla sentezin 5-3 ynnde devam etmesinden (sentez polimerizasyonu) sorumlu enzimdir. Polimeraz I ve II gibi nkleaz aktivitesine sahiptir.

DNA POLMERAZLAR

DNA Polimeraz III, 10 protein alt birim ieren dimer (ikili yap) bir enzimdir. Enzimin aktif haline holoenzim denir Dimerin bir monomerinde , , , ve protein alt gruplar vardr.

, , alt grublar; Enzimin ekirdei olarak isimlendirilir. Nkleotit zincirinin uzatlmasndan sorumludur. alt grubu; Enzimin kalp DNAya balanmasndan sorumludur. Kska ykleyen protein olarak isimlendirilir. alt grubu: Enzimin kalp DNAda hareket etmesini salar. Kayan kska proteini olarak adlandrlr.

DNA POLMERAZLAR

DNA Polimeraz I, II ve III, 3-5 ynndeki hatal baz elemelerini dzeltmek iin nkeotitler arasndaki fosfodiester balarn kopartabilir. Yani bu enzim 3-5 ekzonkleaz aktivitesine sahiptir. Bunun yannda sadece DNA Polimeraz I, 5-3 ynndeki fosfodiester balarnda kopartabilir. Yani prokaryot polimerazlarndan sadece polimeraz I 5-3 ekzonkleaz aktivitesine sahiptir.

DNA POLMERAZLAR

DNA polimerazlar deoksinkleotitleri sadece 5-3 ynnde ekleyebilir. Yani yeni sentezlenen DNAlarn sentez yn daima 5-3dr.

DNA POLMERAZLAR
DNA Polimeraz III ve sentezde grevli dier enzimler replikasyon atal zerinde neredeyse ribozom byklnde bir kompleks meydana getirirler. Bu komplekse replizom ad verilir.

DNA SENTEZ

DNA sentezi birbirine zt ynde uzanan zincirlerde farkl ekilde gerekleir;

Kalp DNAnn 3-5 ynnde uzanan ipliine lider iplik denir. Lider iplie balanan replizom ierisindeki DNA polimeraz III deoksinkleotitleri 5-3 ynnde ekler. Bu sentez srasnda herhangi bir kesinti olmaz. Replikasyonun daha ileriki bir evresinde, kalp DNAya bal RNA primerinin uzaklatrlmas gerekir. Bu ilemi ise 5-3 ekzonkleaz aktivitesine sahip DNA polimeraz I gerekletirir.

DNA SENTEZ

Kalp DNAnn 5-3 ynnde uzanan ipliine ise kesintili iplik ad verilir. Bu iplikte sentez srasnda birden fazla RNA primerine ihtiya duyulur. Bu RNA primerleri belirli aralklarla DNAya tutunur. Daha sonra bu RNAlarn bulunduu noktalarda zincir ilmekler oluturur.

DNA SENTEZ

lmek oluumunun nedeni DNA sentez polimerizasyonunun olmasdr. lmek oluumuyla aslnda 5-3 ynnde uzanan zincir sanki 3-5 uzanyormu gibi bir ekil alr ve DNA polimerazn sentez ynnde uzanm olur. Bylece bir RNA primeri yaklak 1000-2000 nkleotit uzatldktan sonra DNA polimeraz III baka bir RNA primerine rastlar.

DNA SENTEZ

DNA polimeraz IIIn sadece 3-5 ekzonkleaz aktivitesi olduundan rastlad RNA primerini paralayamaz. Bu nedenle bu RNA parasnn serbest 3-OH grubuna gelene kadar iplii terk eder. 3-OH grubuna tekrar balanarak bu RNAy da uzatr ve sentezi bu ekilde kesintili olarak devam ettirir.

DNA SENTEZ

Daha sonra kesintili zincirdeki RNA primerleri DNA polimeraz I enzimi ile uzaklatrlr. RNA primerinin uzaklatrlmasyla geriye kalan ksa DNA fragmentlerine Okazaki fragmentleri denir. RNAlarn uzaklatrlmas nedeniyle Okazaki fragmentleri arasnda boluklar oluur. Okazaki fragmentleri arasndaki boluklar DNA ligaz enzimi ile doldurulur bylece kesintili ipliin sentezi tamamlanm olur.

KARYOTLAR DA REPLKASYON

KARYOTK REPLKASYON

karyotlar ile prokaryotlarn replikasyon mekanizmalar benzemekle birlikte baz farkllklar vardr. rnein;

karyotlarda DNA miktarnn daha fazla olmas karyotlarn DNAlarnn halkasal deil, lineer olmas karyotlarn DNAlar plak olmayp, proteinler ile kompleks yapm halde olmas,

gibi farkllklar replikasyon mekanizmasnda da farkllklar olumasna neden olur.

KARYOTK REPLKASYON

Her ne kadar karyotlarn replikasyonu farkllklar iersede temel mekanizma ayndr yani karyotlarda da;

DNA ift sarmal almal RNA primeri balanmal DNA sentezi gereklemelidir.

DNA FT ZNCRNN AILMASI

DNA FT ZNCRNN AILMASI

karyot ve prokaryotlarn replikasyonunun ilk farkll, karyotlarda replikasyonun birden fazla noktada balamasdr. (Prokaryotlarda orjin denilen tek noktadan balar.) Bunun iki nedeni vardr; 1) karyotlarda DNA miktar daha fazladr, 2) karyotik polimerazlarn hz prokaryotik polimerazlara gre daha yavatr.

DNA FT ZNCRNN AILMASI

karyotlarda replikasyonun balad noktalara zerk replike olan diziler (Autonomously Replicating Sequences, ARS) denir. Hcre G1 fazna getiinde ARS blgelerine zgl proteinler eklenir ve orjin tanma kompleksi (Origin recognition complex, ORC) meydana gelir.

DNA FT ZNCRNN AILMASI

karyotlarda replikasyon S faznda gerekleir. Hcreler S fazna getiinde ORClere protein kinazlar balanr. Protein kinazlarn balanmasyla DNA, ARS blgelerinden almaya balar ve DNA replikasyonunun balamas iin sinyal grevi grr.

DNA FT ZNCRNN AILMASI

Ayn zamanda protein kinazlar DNAnn kapanmasn engelleyerek replikasyonun devam etmesine katkda bulunur. Protein kinazlar bu zellikleri ile prokaryotlardaki tek zincire balanan proteinlerin grevini stlenir. Helikazlar alan blgelerden ieriye girerek DNAnn daha da fazla almasn ve DNA polimerazlarn zincire balanmasn salar.

DNA FT ZNCRNN AILMASI

DNA polimerazlarn sentezi balatmasndan nce DNA ile kompleks yapan histon kompleksleri, metilasyon gibi ilemler ile modifiye edilerek DNAdan uzaklatrlr. S safhasnda hcrede bir yandan histon proteinlerinin sentezi de yaplr. Sentezlenen histon proteinler yeni oluan DNA ift sarmallar ile bir araya gelerek kromozom yapsn oluturur.

DNA FT ZNCRNN AILMASI

Histon proteinlerin modifikasyonu ve topoizomerazlarn sarmal gevetmesiyle DNA polimerazlar DNA sentezini balatr. karyotlarda replikasyon ile grevli 6 eit polimeraz enzimi vardr:

DNA SENTEZ

KARYOTK POLMERAZLAR

DNA Polimeraz , , : karyotik hcrelerin ekirdek DNAsnn replikasyonunda grevlidir. Bu polimerazlardan ve ; sentezin balatlmas ve polinkleotit dizinin uzatlmasnda grevli ana enzimlerdir. Polimeraz , RNA primerinin sentezlenmesinde ve DNA kalbna balanmasnda grevlidir.

KARYOTK POLMERAZLAR

Polimeraz ; kesintili ve kesintisiz zincirde RNA primerlerinin uzatlmasnda grevlidir. Ayrca 3-5 ekzonkleaz aktivitesi ile yanl baz elemelerini dzeltir.

KARYOTK POLMERAZLAR

Polimeraz ; Polimeraz ile ayn aktiviteye sahiptir fakat sadece kesintili zincirde grevli olduu dnlmektedir. Yokluunda DNA replikasyonunun gereklememesi Polimeraz ile birlikte bulunmas gerekliliini ortaya koyar. Polimeraz da tpk Polimeraz gibi RNA primerlerinin uzaklatrlmasnda da grevlidir.

KARYOTK POLMERAZLAR

Polimeraz ve : DNA hasarlarnn tamirinde grevli polimerazlardr. Polimeraz : Mitokondri DNAsnn sentezinde grevlidir. Mitokondride etkili olan bir enzim olduu halde ekirdekte sentezlenir.

DNA SENTEZ

DNA ift zincirinin almas ve histonlarn modifiye edilerek uzaklatrlmasyla DNA replikasyonu iin gerekli enzimlerin bulunduu replikasyon kompleksi (replizom) DNA polimeraz tarafndan kesintili ve kesintisiz iplie balanr. Balanmann hemen akabinde DNA polimeraz ile bal halde bulunan primaz RNA primerlerini sentezlemeye balar.

DNA SENTEZ

Primer, kalp DNAya balandnda polimeraz kompleksten ayrlr ve yerine polimeraz geer. Bu olaya polimeraz deiimi denir. Polimeraz kesintisiz ve kesintili zincirde primeri uzatarak DNA sentezini balatr. Kesintili zincirde polimeraz ile ayn grevi stlendiine inanlan polimeraz da grev alr.

KARYOTK REPLKASYON

Kesintili ve kesintisiz ipliklerde DNA zincirinin uzatlmasn takip eden evrede RNA primerleri polimeraz ve enzimlerince uzaklatrlr.

KARYOTK REPLKASYON

karyotik replikasyonun, prokaryotik replikasyondan bir farkllkta kesintili zincirde meydana gelen Okazaki fragmentlerinin uzunluudur. Prokaryotlarda 1000-2000 nkleotit uzunluunda olan Okazaki fragmentleri karyotlarda 100-150 nkleotit uzunluundadr.

DNA SENTEZ

Kesintili iplikteki Okazaki fragmentleri arasndaki boluk DNA ligaz enzimince birletirilir. Bylece karyotlarda DNA sentezi gerekletirilir. karyotlarda replikasyon bu noktada sona ermez.

DNA SENTEZ

Prokaryotik ve karyotik DNA replikasyonunun son fark; karyotik DNAnn lineer olmasdr. Bu yap karyotlarda replikasyonun bir engelle karlamasna neden olur. Bu engel kesintili zincirin ucundaki RNA primerinin uzaklatrlmas sonucu bir 3-OH grubunun kalmamasdr.

DNA SENTEZ

Bu sorun telomeraz denilen bir enzimin aktivitesi ile alr;

Telomeraz enzimi RNA primerinin uzaklamasyla u ksmda oluan bolua ksa tekrarlar ieren nkleotit dizilerinden ok miktarda ekler. Bylece kromozomun ksalmasn engeller. Uzun tekrarlar ierisindeki guaninler anortodoks hidrojen balar ile karlkl olarak eleir. Bu durumda tekrar dizileri sa tokas eklinde kvrlr. Sa tokas yaps krlr lineer DNA yaps korunur ve kromozom uzunluu sabit kalr.

DNA SENTEZ

Telomeraz enziminin aktivitesi ou karyotik organizmann somatik hcrelerinde grlmez. Bu nedenle kromozomlarn u ksmlar anr ve kromozomlar ksalr. Kromozomlardaki bu anma yalanmann nedeni olarak kabul edilir. Dier yandan kanser hcrelerinde telomeraz aktivitesi korunur. Yani bu hcreler devaml olarak blnme yeteneini bir nevi bu mekanizma ile korurlar.

REPLKASYONUN DORULUU

Replikasyonun temel amac, genomik DNAnn yeni hcrelere tam ve doru ekilde aktarlmasdr. DNAda meydana gelecek herhangi bir bozulma nesilden nesile aktarlr ve canlln devamn tehlikeye atabilir. Bu nedenle replikasyon srasnda ve sonrasnda replikasyonun doruluunun kontrol nemlidir.

REPLKASYONUN DORULUU

Yaplan almalar DNA polimerazlarn yaklak 10 bazda bir yanl baz eklediini ortaya koymutur. Bu oran beklenenden ok ok dk bir orandr. Bunun nedenleri;

DNA polimerazn doru baz elemesi iin konformasyon deiikliine gitmesi, Doru ve yanl eleen bazlar arasndaki hidrojen balarndan salanan enerjinin farkl olmas, DNA polimerazlarn ekzonkleaz aktiviteleri ile replikasyon srasnda hata okumas ve hatal eleme olan blgeleri ykmas eklinde sralanabilir.

REPLKASYONUN DORULUU

Replikasyon srasnda yaplan hata okuma ve dzeltme bazen doru ekilde ilemeyebilir. Bu nedenle baz durumlarda replikasyon sonras DNA onarm yaplr. Bu onarmn yaplmamas durumunda;

RNA transkiripsiyonunda genetik bilginin yanl kodlanmas, Protein sentezinde, yanl ve ilevsiz protein sentezi ve ya hi protein sentezi olmamas gibi olaylar gerekleebilir.

REPLKASYON SONRASI ONARIM SSTEM

Hasarl DNA onarmdan katnda ve ya DNA tam olarak replike edilemediinde devreye girer. Replikasyon sonras onarm sistemlerinden en fazla kullanlan eksizyon onarmdr. Eksizyon onarmda yanl eleen bir baz ve ya nkleotidin tamam kesip kartlr.

BAZ KESP IKARMA ONARIMI

Azotlu bazlarda;

Ani gelien ykm (spontan hidroliz) veya kimyasal yollar ile meydana gelen deiiklikler sonucu oluan yanl baz elemelerinin ortadan kaldrlmasnda kullanlan onarm mekanizmasdr.

Kimyasal deiiklie urayan baz DNA glikozilazlar tarafndan tannr. Enzimatik olarak aktifleen DNA glikozilazlar baz ile eker arasndaki glikozidik ba krar.

BAZ KESP IKARMA ONARIMI

eker ve baz arasndaki ban krlmasyla aprinik veya apirimidinik (AP) hale gelen ekerler AP endonkleazlar ile tannr. Endonkleazlar fosfodiester omurgay AP blgesinden keser. Bunun sonucunda DNAnn bu blgesinde bir bklme olur.

BAZ KESP IKARMA ONARIMI

DNA polimeraz ve DNA ligaz bklen blgeden kartlan bazn yerine uygun baz ekler ve bylece hasar onarlm olur.

NKELOTT KESP IKARMA ONARIMI

DNAnn herhangi bir blgesinde bir ve ya birka nkleotitte meydana gelen hata sonras aktifleen mekanizmadr. E.Colide uvr proteinleri (uvrA, uvrB,uvrC) olarak isimlendirilen proteinler hata olan blgeyi tanr. Proteinlerin eksinkleaz enzim aktivitesi de vardr ve bu proteinler deiiklik olan nkleotitin de iinde bulunduu 13 nkleotiti keser.

NKLEOTT KESP IKARMA ONARIMI

Alan blgeye gelen DNA polimeraz I doru nkleotitleri kalp DNAya gre ekler. Aradaki boluklar DNA ligaz enzimi tarafndan doldurulur. Bylece hasar onarlm olur.

DNA HASAR ONARIM MEKANZMALARI

Baz ve nkleotit kesip karma onarmndan hari;

Hata eilimli onarm Rekombinasyonel onarm Fotoreaktivasyon onarm gibi mekanizmalarda DNA hasarnda kullanlr. (Kaynak: Hcre Molekler Yaklam, Genetik Kavramlar)