Ökaryotlarda Gen İfadesinin

Düzenlenmesi

Dr. Öğr. Üyesi Özlem Cesur Günay

Tıbbi Biyoloji ABD

1
 Öğrenim Hedefleri
1.2.38.13-0 Ökaryotlarda gen ifadesinin düzenlenmesi
1.2.38.13-1 Prokaryotlardaki gen ifade düzenlenmesinden farklarını maddeler şeklinde yazar
1.2.38.13-2 Çekirdekteki kromozom formmasyonların gen ifadesini düzenlediğini bilir ve açıklar
1.2.38.13-3 Transkripsiyonun başlangıcının gen ifadesinin regülasyon şekillerinden biri oluğunu bilir
1.2.38.13-4 Promotor ve enhancer yapılarının ifadenin düzenlenmesindeki rollerini çizerek açıklar
1.2.38.13-5 Kromatinin yeniden düzenlenmesinin gen ifade regülasyonu ile bağlantısını açıklar
1.2.38.13-6 Histon modifikasyonu ile kromatin ağının yeniden modellenmesi arasındaki ilişkiyi açıklar
1.2.38.13-7 Maynın gal genlerini pozitif uyarılma ve katabolik baskılama yönünden açıklar
1.2.38.13-8 DNA metilasyonun gen ifadesinin regülasyonundaki rolünü maddeler şeklinde yazar
1.2.38.13-9 Gen ifadesinde transkripsiyon sonraki regülasyonu anlatır
1.2.38.13-11 mRNA kararlılığının gen fiadesinin regülasyonundaki rollerini anlatır

2
Sunum Ana Hatları
• Ökaryotlarda gen regülasyonu
• Gen ifadesinde kromozomların organizasyonu
• Promotor ve kuvvetlendiriciler
• Kromatinin yeniden şekillendirilmesi
• Histon modifikasyonu
• Bazal transkripsiyon kompleksi oluşumu
• Transkripsiyon faktörleri ve özellikleri
• DNA metillenmesi
• Seçenekli sıplays
• RNA sessizleştirme
• mRNA kararlılığının kontrolü

3
• Aynı genetik materyale sahip olmasına rağmen
pankreas hücreleri retinal pigment, retinal hücreler
de insülin yapamazlar
• O halde organizma, belirli bir hücre tipinde belirli
bir gen takımını, farklı hücre tiplerinde ise diğer
farklı gen takımını nasıl çalıştırmaktadır?
• Genomun özgül kısımlarını etkin hale getiren ve
diğer genleri baskılayan mekanizmalar bulunmalıdır

4
• Gen ifadesinin regulasyonu

pozitif (transkripsiyonun aktivasyonu)

negatif (transkripsiyonun baskılanması)
mekanizmalarla gerçekleşir

5
• Seçilen özgül bir gen bölgesinin, etkinleştirilmesi
(aktivasyonu) ve baskılanması (represyonu)
organizmada hassas bir denge olduğunu gösterir
• Bir genin kendisi yapısal olarak normal olsa bile,
• yanlış zamanda
• yanlış hücre tipinde ya da
• anormal miktarlarda ifade olması
sağlıksız bir fenotipe, kanser ya da hücre ölümüne neden
olabilir

6
Ökaryotlardaki gen regülasyonu’nun
Prokaryotlardakinden farkları

1. Ökaryotik hücreler daha fazla genetik bilgi içerir

2. Ökaryotik DNA kromatin yapısını oluşturmak
üzere histonlarla ve diğer proteinlerle kompleks
oluşturur ve genetik bilgi birçok kromozomda
olacak şekilde çekirdekte yer alır
3. Ökaryotlarda transkripsiyon çekirdekte,
translasyon sitoplazmadadır. Prokaryotlarda her
ikisi de sitoplazmada eş zamanlı gerçekleşir
4. Ökaryotik transkriptler sitoplazmaya geçmeden
moleküler bir işlemden geçirilirler (post-
transkripsiyonal modifikasyon)
7
5. Ökaryotik mRNA’nın yarı ömrü çok daha
uzundur
6. Ökaryotik mRNA daha kararlıdır dolayısıyla
da translasyonel seviyedeki kontrol çok
yaygındır
7. Ökaryotların çoğu, farklılaşmış hücre
tiplerine sahip çok hücreli organizmalardır.
Farklı genler farklı hücre tiplerinde aktiftir

8
Ökaryotlardaki gen ifadesi regulasyonu birçok
aşamada gerçekleşir:

1. Transkripsiyonel kontrol *
2. Transkripsiyon sonrası kontrol (örneğin, öncül-
mRNA’nın işlenmesi)
3. Sitoplazmaya aktarım
4. mRNA kararlılığı
5. Translasyonel kontrol (örneğin, hangi mRNA’
nın translasyona uğrayacağının seçimi)
6. Protein ürünlerinin translasyon sonrası
değişikliği

9
Şekil: Genetik DNA
materyalin
ifadesinin
regülasyonu Transkripsiyon
1- Transkripsiyonun
regülasyonu
çeşitli
Öncül mRNA transkript
aşamalarda
gerçekleştirilir 2- Sıplaysın ve
işlenmenin
regülasyonu

Şapka (kep) mRNA

AAA
Çekirdek 3- Aktarımın regülasyonu

Çekirdek kanalı Çekirdek zarı

Ribozom
4- mRNA’nın yıkımı
Translasyon
5- Translasyonel regülasyon
6- Modifikasyon ve
Sitoplazma protein aktivitesi
Protein ürünü 10
Gen İfadesinde Kromozomların
Organizasyonu
• İnterfaz kromozomları açılmıştır, ışık mikroskobu ile
görülemez
• Kromozom boyandığında interfaz çekirdeğinde
kromozomlar organize bir yapıdadır
• Kromozomların çekirdek içindeki (nükleer)
organizasyonu ve kromozom yapısındaki dinamik
değişiklikler ökaryotik gen ifadesinin kontrolünde
önemlidir

11
• Interfaz çekirdeğindeki her kromozom, kromozom
sahası denilen ve onu diğer kromozomlardan ayıran
belirli bir yerdedir
• Kromozomlar çekirdekte büyüklüklerine ve
içerdikleri gen yoğunluklarına göre organize olurlar;
 daha az sayıda gen içeren kromozomlar dış çevrede
yerleşirken
 gen bakımından yoğun olan kromozomlar daha
içerdedir

12
 Erken
replikasyon

Geç
replikasyon

Kromozom
Kromozomlar arası
sahaları
bölge

Şekil: Çekirdekte her kromozom belirli bir alanı kaplar ve mRNA işlenmesinin olduğu
düşünülen bir kromozomlar arası bölge ile diğer kromozomlardan ayrılır

13
• Kromozomlar arasındaki kanallara kromozomlar
arası bölmeler adı verilir
• Her bölmelerde DNA ya çok az ya da hiç yoktur
• Transkripsiyona uğrayan aktif genler kromozom
sahasının kenarlarına kromozomlar arası bölme
kanallarının sınırlarına döngüsel olarak götürülürler
• Bir çok genin transkripsiyonu, ilgili genlerin
kromozom ve kromozomlar arası bölmenin sınırıyla
temasta olduğu zaman meydana gelir

14
Bir gen kromozom sahasının kenarına
geldiğinde, gen ifadesinin başlaması için iki
adım gerekir:

1- Nükleozom yapısını değiştiren enzimler yardımıyla

 kromatinin tekrar şekillenmesi ve
aktivasyonunun sağlanması
 böylece promotor bölgelerinin transkripsiyon
mekanizmasında kullanılabilir duruma getirilmesi
2- Genel transkripsiyon faktörleri ve RNA polimeraz Il
gibi transkripsiyon için gerekli olan proteinleri bir
araya getirecek diğer uyarıcıların (koaktivatörler)
bulunması
15
Transkripsiyonun başlaması

DNA'nın mRNA molekülüne transkripsiyonu;

• çeşitli DNA dizileri
• protein etkileşimleri
• kromatinin yeniden şekillenmesi
• DNA dizilerinin bükülmesi ve ilmek yapıları
oluşturması gerektiren
işlemlerdir

16
Ökaryotik genlerde transkripsiyonu düzenleyen üç
adet cis-regülasyon dizileri bulunur:
1- promotorlar
2- Sessizleştiriciler (saylınsırlar)
3- Kuvvetlendiriciler (enhensırlar)
Promotor Promotor

Sessizleştirici Kuvvetlendirici Gen 1 Sessizleştirici Gen 2

...

Şekil: Ökaryotik genlerin ifadesi promotor gibi gene yakın düzenleyici elementler ve
kuvvetlendiriciler ve sessizleştiriciler gibi transkripsiyon biriminden uzakta olan diziler
tarafından kontrol edilir

17
Promotorlar

• Transkripsiyon işlemi için tanıma noktası olan

nükleotit dizileri
• Kontrol ettikleri genlerin başında yer alır
• Yüzlerce nükleotit uzunluğunda
• Transkripsiyonun başlayacağı bölgeyi ve DNA
üzerinde transkripsiyonun ilerleyeceği yönü
belirler

18
• Genlerin çoğunun promotor bölgesi TATA, CAAT ve GC
kutuları gibi çok sayıda element içerir
TATA kutusu:
• RNA polimeraz’ın bağlanacağı bölge TATA kutusudur ve
öz promotor (core promotor) olarak da adlandırılır
• TATA kutusu transkripsiyonun başladığı ilk noktadan 25
ya da 30 baz yukarda (-25 ila -30) yer alır ve iki yanında
GC bakımından zengin diziler bulundurur
• TATA kutusu 7-8 baz çifti uzunluğunda konsensus bir
dizidir

19
 Proksimal kontrol
elementleri Öz promotor

5’ Untranslated 3’ Untranslated
region (UTR)- lider region (UTR)-kuyruk

Şekil: Ökaryotik promotor bölgesi

TATA kutusundaki mutasyonlar:

Transkripsiyon etkinliğini düşürür

Bazı delesyonları transkripsiyon başlama noktasını değiştirir

20
Promotor bölgesi ayrıca CAAT kutuları içerir:

• Bu elementler CAAT ya da CCAAT konsensus

dizisine sahip
• Bu diziler başlama noktasının (+1) 70-80 baz çifti
yukarısındadır
• CAAT kutusu proteinlerin DNA’ya bağlandıkları
bölge olup transkripsiyon için kritiktir
• CAAT dizisi içindeki mutasyonlar transkripsiyon
hızını önemli oranda azaltır

21
Şekil: Beta-globin geninin promotor bölgesindeki nokta mutasyonlarının
genin transkripsiyonu üzerine etkisi.
1- Her çizgi farklı deneylerdeki tek nükleotit mutasyonu sonucu ortaya
çıkan transkripsiyon seviyesini (yabanil tipe göre) gösterir
2- Noktalar mutasyon saptanmamış nükleotitleri göstermektedir
3- Promotordaki özgül elementler üzerinde yer alan mutasyonlar
transkripsiyonu önemli oranda azaltmaktadır
22
GGGCGG konsensus dizisi

• -110 bölgesinde yerleşim gösterir

• CAAT ve GC elementleri transkripsiyon faktörlerini
kendilerine bağlarlar ve kuvvetlendirici (enhensır)
rolü oynarlar
• Genler promotor elementlerinin:
Tipi
Sayısı
Yerleşimi
Yerleşim yönü açısından farklıdır

23
Kuvvetlendiriciler (Enhensırlar)

• Transkripsiyon oranını kontrol eder

• Ökaryotik genlerin transkripsiyonu sadece
promotor bölgesi ile kontrol edilmez
• Kuvvetlendiriciler (enhensır, enhancers) adı verilen
DNA dizileri de bu sistemde rol oynamaktadır
• Bunlar:
genin her iki tarafında
genden biraz uzakta veya
genin içinde
bulunabilirler
24
• Ensensırlar kontrol ettikleri genin yakınında
bulundukları için cis-regülatör olarakta
adlandırılırlar
• Herhangi bir geni kontrol eden DNA’ya bağlanan
regülatör proteinler trans-regülatör olarak
adlandırılır

25
Prokaryotların operatör ve aktivatör bölgeleri ile
enhensırlar arasında bir çeşit benzerlik (analoji)
vardır
• Enhensırlar, birçok düzenleyici proteinlerle ve
transkripsiyon faktörleri ile etkileşip
transkripsiyonun başlama kapasitesini artırır ya da
promotoru aktifleştirir
• Enhensır dizileri içinde negatif regülatörlerin
bağlanma bölgesi olabildiği gibi, daha çok olmak
üzere, pozitif regülatörlerin de bağlanma bölgeleri
bulunur

26
• Enhensırlar daha çok bir promotorun transkripsiyonel
aktivitesini artırırlar (pozitif mi negatif mi?)
• Promotorlardan ayırt edici özellikleri:
1. Enhensırın yeri bir bölgeye sabitlenmemiştir: kontrol
ettikleri genin aşağısında, yukarısında ya da genin içinde
bulunabilir
2. İşlevi üzerinde herhangi bir etki olmaksızın ters yönlü
yerleşim gösterebilirler
3. Deneysel olarak, enhensır genomun başka bir bölgesine
taşınırsa ya da ilgisi olmayan bir gen bir ehensırın yanına
getirilirse, her iki durumda da enhensıra komşu olan genin
transkripsiyonu artar

27
• Genin içinde bulunan ve bulunduğu geni regüle eden
enhensıra örnek olarak, immünoglobilinin ağır zincir
geni verilebilir
• Burada enhensır, kodlayıcı iki bölge arasındaki bir
intronun içine yerleşmiştir
• Bu enhensırın sadece immünoglobilin genlerinin ifade
olduğu hücrelerde aktif olması, dokuya özgü gen
ifadesinin enhensırlar yardımıyla ayarlandığını
göstermektedir
• Bu tür gen içi enhensırlar, immünoglobilinin hafif zincir
geni de dahil, diğer ökaryotik genlerde de ortaya
çıkarılmıştır
28
• Genin aşağısında bulunan enhensırların varlığı
(downstream enhancers) insan β-globin geninde ve
tavuk timidin kinaz geninde gösterilmiştir
(ters yönde çalışır)

29
 Şekil: Ökaryotik hücrede ifade edilen çeşitli genlerdeki promotor
bölgelerin organizasyonu, kontrol elementlerinin değişken doğası, sayısı
ve düzeni gösterilmektedir

30
Yukarı aktivatör diziler (upstream activator
sequences, UAS)
• Mayalarda, bu diziler enhensırlar gibi çeşitli
uzaklıktaki yukarı DNA bölgelerinde bulunabilirler
ve iki yöne doğru da işlev görebilirler
• UAS ların enhensırlardan farkı, transkripsiyonun
başlama noktasının aşağısında işlev görmemesidir

31
SV40 Enhensırı

• SV40 virüsünün enhensırı transkripsiyonun başlama

noktasından yaklaşık 200 baz yukarda ve birbirine
bitişik 72 bç'lik iki diziden oluşan kompleks bir
yapıdadır
• 72-bç'lik bölgenin her biri transkripsiyonun
maksimum oranda olmasına katkıda bulunan beş
dizi içerir
• Bu 72-bç'lik iki bölgeden biri ortadan kalktığında
transkripsiyon üzerinde etki olmamaktadır; ancak
ikisi birden ortadan kalkarsa, in vivo koşullarda
transkripsiyon etkinliği büyük oranda azalmaktadır

32
Enhensırlar, promotorlardan birçok önemli noktada
farklılık gösterir:

Promotor dizileri bazal seviyede transkripsiyon için

gerekli iken enhensırlar en üst seviyede transkripsiyonun
olması için gerekli

Ayrıca enhensırlar zamana bağlı ve dokuya özgül gen

ifadesinden sorumlu

33
Enhensır iki şekilde işlev gösterir:
 Trankripsiyon faktörleri enhensırlara bağlanır ve
kromatinin konfigurasyonunu değiştirir
 DNA’yı bükerek ya da halka yapısı oluşturarak,
uzaktaki enhensırları ve promotorları,
transkripsiyon faktörleri ve polimerazlar ile
kompleks oluşturmasını sağlayacak kadar
yaklaştırırlar

34
Translasyon’un başlaması..

• Ökaryotik translasyonda ilk basamak DNA’yı açmak

ve transkripsiyona hazır duruma getirmek için
kromatinin yeniden şekillenmesidir
• DNA açıldıktan sonra transkripsiyon faktörleri, RNA
polimeraz ile birlikte DNA'daki promotor
bölgelerine bağlanır ve bir transkripsiyon başlama
kompleksi oluşur

35
Kromatinin yeniden şekillenmesi

• Ökaryotlarda kromatin yapısını oluşturmak üzere

DNA, histon ve histon olmayan proteinlerle
birleşmiştir
• İnterfaz çekirdeğinde kromozomların yoğunlaşıp
oluşturduğu transkripsiyon açısından hareketsiz
olan heterokromatin bölgeleri vardır

36
• Genomun transkripsiyon açısından hareketsiz
bölgelerindeki genler in vitro koşullarda DNAaz adı
verilen enzimle parçalanmaya dirençli
• Ökromatin bölgeler açık kromatin yapısındadır ve
DNAaz ile parçalanmaya duyarlıdır
• Kromozom organizasyonundaki değişiklikler kromatinin
yeniden şekillenmesi (chromatin remodelling) olarak
adlandırılır
• Polimerazın bağlanması ve transkripsiyonun başlaması
için gerekli olduğu kadar, DNA replikasyonu, tamiri ve
rekombinasyonu için de gerekli bir işlemdir

37
Şekil: Nükleozomlar genin
transkripsiyonu için gerekli olan birçok
aşamayı engeller. Enhensır
transkripsiyon faktörlerinin
bağlanabilmesi için nükleozomal DNA
yapısının açılması gerekir. Benzer
şekilde, TATA kutusunda bazal
transkripsiyon kompleksinin oluşumu,
diğer yukarı bölge elementleri
(USEler) ve promotor çekirdek bölgesi
de nükleozomlar tarafından
engellenir. Son olarak, RNA polimeraz
II’nin hareketi de nükleozomlar
tarafından yavaşlatılır.

38
• Kromatinin yeniden şekillenmesiyle,
nükleozomda, DNA ve histonlar arasındaki
etkileşim değişir
• Bu olayla, promotor dizileri histonlardan
arınır ve transkripsiyonu başlatacak
proteinlere açık hale gelir
• Kromatinin yeniden şekillenmesi hepsi ATPaz
aktivitesine sahip olan (SWI/SNF kompleksi
gibi) çeşitli protein kompleks grupları ile
gerçekleştirilir
39
• Alt birimlerinden biri DNA’ya bağlanmayı sağlar,
diğeri bir ATPaz’dır
• Bu kompleksteki proteinler promotoru aktive eder
ve transkripsiyon uyarıcıları olarak da tanımlanır
• Nükleozom yeniden şekillendirme kompleksleri
özgül bölgelere çeşitli yollarla yönlendirilebilir

40
SWI/SNF kompleksinin DNA’ya
yönlendirilmesi
1- Lösin fermuarı içeren transkripsiyon
faktörlerinin DNA’ya bağlanmasıyla
2- Asetillenmiş histon bileşenleri varlığıyla
3- Metillenmiş DNA bölgeleri ile

41
Şekil: SWI/SNF nükleozom yeniden
şekillendirme kompleksi çeşitli yollarla
özgül DNA bölgesine yönlendirilir

a) Lösin fermuarı içeren transkripsiyon

faktörleri bağlanmayı yönlendirebilir

b) Asetilasyonla değişikliğe uğratılan

nükleozomun histon bileşenleri SWI/SNF
hedefi olabilir

c) Metillenmiş DNA bölgeleri de nükleozom

yeniden şekillendirme kompleksi için hedef
bölgeler olabilir

42
Nükleozom yapısının yeniden
şekillenmesi:

1. DNA ile nükleozom histon proteinleri

arasındaki temasın değiştirilmesi
2. Nükleozom çekirdek partikülü etrafındaki
DNA'nın sarılma yolu değiştirilerek DNA’nın
nükleozomdan ayrılması
3. Bir nükleozom dimeri oluşturacak şekilde
nükleozom çekirdek yapısının kendisini
değiştirilmesi

43
 Şekil: Nükleozom yapısının değiştirilmesi için yeniden-şekillendirme kompleksi
SWI/SNF tarafından ATP hidrolizine dayanan üç mekanizma kullanılabilir. a) DNA-
histon gevşetilebilir. b) Nükleozom çekirdek yapısının etrafında sarılan DNA’nın
sarılma şekli değişebilir. c) Nükleozom çekirdek yapısının konformasyonunu
değiştirebilir. 44
Histon modifikasyonu

• Histon modifikasyonu, kromatin yapısını yeniden

şekillendirir
• Histondaki kimyasal değişiklikler histon asetiltransferaz
enzimleri (HAT) tarafından katalizlenir
• Bu enzim, histon kuyruğundaki bazik amino asitlere
asetat grubu ekler, histon proteini ve asidik DNA
arasındaki etkileşim gevşer
• HAT'lar da özgül transkripsiyon faktörlerinin yardımıyla
hedef genlere yönlendirilir
• Gen içeren kromatin bölgesinin yeniden şekillenmesi
için, bir HAT ile yeniden şekillendirme kompleksinin
birlikte etkileşimi gereklidir

45
• Bir bölge açılabiliyorsa doğal olarak tekrar
kapanabilmelidir
• Bu durumda deasetilazlar (HDAC) asetat gruplarını
histon kuyruklarından kaldırır

46
Şekil: HAT ve HDAC
komplekslerinin etkisi ile
ilgili olarak ileri sürülen
model.
Transkripsiyon faktörleri,
kompleksi gene bağlar
ve asetil grupları ya ilave
edilerek ya da
uzaklaştırılarak kromatin
yapısının açılması ya da
kapanması sağlanır.

47
• Yalıtım elementleri (insülatör) denilen ve
özgül proteinleri bağlayan kısa DNA dizileri
yeniden şekillenmenin komşu genlere
yayılmasını önlemek için barikat görevi görür
• Histonlar, asetilasyona ilaveten, metilasyon
ve fosforilasyon ile de değişikliğe uğrarlar
(özgül amino asit rezidülerinde)
• Histon modifikasyonu sonucu gen
aktivasyonu ya da gen sessizleştirilmesi
gerçekleşir

48
Promotorda bazal transkripsiyon
kompleksinin oluşumu
• Ökaryotlarda transkripsiyonun kontrolü için, DNA'ya
bağlanan proteinler ile promotor bölgelerinin yakınındaki
DNA dizilerinin etkileşimi gerekir
• Çok fazla sayıdaki genin yakın bölgelerinde regülatör diziler
tanımlanmış, haritalanmış ve nükleotit dizileri belirlenmiştir
• Transkripsiyon faktörlerinin DNA dizileri ile etkileşimleri,
diğer regülatör faktörlerin katılımı ve RNA polimeraz
tarafından transkripsiyonun başlatılması nasıl gerçekleşir?

49
RNA Polimerazlar ve Transkripsiyon

• Ökaryotik genler transkripsiyon için üç farklı RNA

polimeraz kullanırlar
Tip I (ribozomal RNA'lar), tip II (mRNA'lar ve snRNA'lar)
ve tip III (tRNA'lar, 5S rRNA ve diğer küçük hücresel
RNA'lar)
• Her bir tip polimerazın bağlandığı promotorlar farklı
nükleotit dizilerine sahiptir ve farklı transkripsiyon
faktörlerini bağlar

50
Transkripsiyon Başlama Kompleksinin
Oluşumu
• Bazal ya da genel transkripsiyon faktörleri adı
verilen bir seri protein, transkripsiyonun
başlamasının kontrolü için trans olarak etki
ederler
• Bu proteinler, promotor üzerinde son derece
özgül bir biçimde ve sırayla bir araya gelerek
transkripsiyon ön-başlama kompleksi (pre-
initiation complex,PIC) oluştururlar
• Böylece, RNA polimeraz promotoru tanır ve
bağlanır
51
• TFIID adı verilen kompleks, kendi alt birimi olan TBP
(TATA Bağlanma Proteini) aracılığı ile TATA kutusuna
bağlanır ve başlama kompleksi oluşur
• TFIID kompleksi, TBP'ye ilaveten, TAFlar (TATA
Asosiye Faktörleri: TATA-Katılım Faktörleri) adı
verilen yaklaşık 13 proteinden meydana gelmiştir
• TBP ve TFIID transkripsiyon faktöründeki diğer alt
birimler, yaklaşık 20 baz çiftlik bir DNA bölgesine
bağlanır

52
• Aktivatör proteinlerin bağlanması ile TFIID'de
meydana gelen konformasyonel değişiklikler, TFIIB
gibi ilave faktörlerin bağlanmasını sağlar
• TFIIB, TBP ve TATA kutusunun yukarısındaki DNA
dizileri ile etkileşime giren bir proteindir
• Daha sonra, TFIIA, RNA polimeraz II ve TFIIF gibi
ilave faktörler yapıya bağlanır ve bunu TFIIE, TFIIH
ve TFIIJ faktörlerinin bağlanması takip eder
• Son basamakta, RNA polimeraz TATA kutusunu terk
eder ve genin transkripsiyonu bazal seviyede
sürdürülür
53
Şekil: RNA polimeraz II
tarafından
transkripsiyonun
başlatılması için gerekli
olan transkripsiyon
faktörlerinin biraraya
gelmesi

54
• Başka transkripsiyon faktörleri de kuvvetlendirici
(enhensır) bölgelerine bağlanarak transkripsiyon
oranını etkiler
• Transkripsiyonun etkinliğini artırarak pozitif
faktörler (etkinleştirici, aktivatörler) olarak ya da
transkripsiyonun aktivitesini azaltarak negatif
faktörler (baskılayıcı, represörler) olarak rol
oynayabilirler

55
• Bu proteinler, genlerin ne zaman ve nerede ifade
olacağını ve transkripsiyon oranını kontrol ederler
• Aktivatörler, kuvvetlendirici bölgeye (enhensır)
bağlanır ve promotordaki transkripsiyon kompleksi
ile etkileşerek transkripsiyonun başlama oranını yüz
kat artırabilirler

56
Aktivatörler kuvvetlendirici (enhensır)
bölgelere bağlanır ve transkripsiyonun
başlama oranını değiştirirler
• Aktivatörler, enhensır DNA dizilerine bağlanarak
enhensozom (enhanceosome) denilen kompleksleri
oluşturur
• Enhensozom oluştuktan sonra, buradaki proteinler,
transkripsiyon kompleksindeki proteinlerle etkileşirler
• Aktivatörlerde bu etkileşimi yapmak için iki işlevsel
bölge (domain) bulunur
1. Biri enhensırda bulunan DNA dizilerine bağlanır (DNA-
bağlanma bölgesi, DNA-binding domain)
2. Diğeri, protein-protein etkileşimi ile transkripsiyonu aktive
eder (karşı aktivasyon bölgesi, trans-activating domain)
• Karşı-aktivasyon bölgesi, RNA polimeraza ya da
promotordaki transkripsiyon faktörlerine bağlanır

57
 Şekil: DNA’nın bükülmesi, promotorun uzağındaki
enhensırlara bağlanan faktörlerin transkripsiyon
kompleksindeki düzenleyici proteinlerle temasa geçmesini ve
transkripsiyonun en üst düzeye çıkmasını sağlar.

58
Transkripsiyon faktörlerinin DNA bağlanma
domaini
• Transkripsiyon faktörlerinin DNA bağlanma
domainlerinde üç boyutlu özgün yapısal şekiller,
motifler vardır
• Bu motiflerin:
sarmal-dönüş- sarmal (helix-turn-helix, HTH)
çinko parmak (zinc finger)
bazik lösin fermuarı (basic leucine zipper bZIP) gibi
birçok çeşitleri vardır

59
HTH motifleri

• Prokaryotlarda da rastlanan HTH motifin

özelliği, belirgin bir amino asit dizisinden
ötürü değil daha çok geometrik yapısından
ileri gelmektedir
• Birkaç amino asitlik bir "dönüş" ile
birbirinden ayrlımış olan iki komşu α-heliks
sarmalı proteinin DNA'ya bağlanmasını sağlar

60
Şekil: Bir sarmal-dönüş-sarmal ya da homeodomain’in
yapısı. a) proteinin α-sarmal yapılarının oluşturduğu üç
düzlem b) bu bölgeler DNA molekülünün oyuklarına
bağlanır

61
• Gelişimin düzenlenmesinde görev aldığı bilinen çok
sayıdaki ökaryotik gende, HTH geometrisini
oluşturabilecek özgün bölgelere rastlanmıştır
• Tüm ökaryotik organizmalarda hemen hemen
evrensel olarak bulunan ve 180 bç uzunluğundaki
bir bölgeyi kapsayan homeokutusu (homeobox),
HTH yapısı oluşturabilen 60-amino asitlik
homeodomain dizisini belirler
• Bu 60 amino asitin çoğu baziktir (arjinin ve lizin)

62
• Çinko parmak motifi şimdiye kadar
• proto-onkogenlerde
• Drosophila gelişiminin kontrolünde rol alan
genlerde
• sentezi büyüme faktörleri ve farklılaşma
sinyalleri tarafından uyarılan proteinlerde ve
transkripsiyon faktörlerinde tanımlanmış

63
• Tipik bir çinko parmak motifinde, iki sistein ve iki
histidin amino asiti’nin belirli aralıklarla
tekrarlandığı bir bölge vardır
• Bu yapıda histidin ve sistein amino asitleri çinko
atomu ile kovalent bağ yaparak, amino asitleri çinko
parmak olarak adlandırılan bir ilmik veya parmak
şeklinde büker
• İlmikte yer alan amino asitler özgül G ce zengin DNA
dizileri ile etkileşip ona bağlanırlar

64
 Şekil: a) Sistein ve histidin amino asitlerine Zn++
atomunun bağlı olduğu bir çinko parmak yapısı. b) Bu
bağlanma, amino asit zincirinin parmağa benzer bir
şekilde dışa doğru halka (ilmik) oluşturmasına neden olur.

65
• Üçüncü tip DNA-bağlanma domaini, bazik lösin
fermuarı’ dır
• Bu DNA-bağlanma domaini, protein-protein
dimerinin oluşumuna izin verir
• Lösin fermuarında dört lösin amino asiti
birbirlerinden 7 amino asitle ayrılmıştır ve bu
bölgenin iki yanında bazik amino asitler
bulunmaktadır
• Lösin amino asitlerinin bulunduğu bölge bir sarmal
yapı oluşturur
66
 Şekil: a) Karşılıklı gelen iki polipeptit zincirinin α-sarmal
uzantılarının, her bir dönüşte birbirleri ile karşılaşan lösin amino
asitlerinin oluşturduğu lösin fermuar yapısı. b) α-sarmal bölge
lösin fermuarı oluşturduğu zaman fermuarın dışında kalan kısım
‘Y’ şeklini kazanır ve DNA’ yı makas gibi kavrar

67
• Bu şekilde iki molekül bir araya gelince
(dimer), lösinler bir fermuar gibi birleşir
• Dimer yapsında, fermuar kısma komşu olan
iki bazik α-sarmal bölgesi bulunur
• Bu bölge, DNA'daki fosfat gruplarına ve özgül
bazlara bağlanarak dimerin DNA üzerinde bir
makas gibi görünmesine neden olur

68
Transkripsiyon faktörlerinin trans-aktive edici
domainleri
• Transkripsiyon faktörleri bazal transkripsiyon
kompleksindeki proteinlerle etkileşen ve
transkripsiyonun başlama seviyesini kontrol eden
domainler de içerir
• DNA bağlanma domainlerinden farklı olan bu trans-
active edici bölgeler, 30-100 amino asitten oluşur
• Bu bölgeler diğer transkripsiyon faktörleri ile
(örneğin promotora bağlananlar ile) ya da
doğrudan RNA polimeraz ile temas kurarlar

69
Ökaryotlarda transkripsiyon seviyesindeki
regülasyon basamaklarında üç önemli nokta
vardır:
1- Kromatinin yapısal organizasyonu ve kromatinin
yapısında transkripsiyon faktörlerinin bağlanmalarına
izin veren değişimler
2- Transkripsiyon baskılayıcılarının aksine,
transkripsiyon faktörleri tarafından gerçekleştirilen
regülasyon çoğunlukla pozitif
3- Transkripsiyon faktörünün konsantrasyonu ve
faktörün DNA'ya bağlanma kuvveti hangi faktorün
bağlanacağanı tayin eder

70
Mayanın gal genlerindeki pozitif
uyarılma ve katabolit baskılama
• Maya hücrelerinde galaktozun yıkımı için gereken
enzimleri şifreleyen genlerdir
• Gal genlerinin ifadesi uyarılabilir (inducible) (Lac
gibi); Galaktoz -, genler transkripsiyona uğramaz
• Galaktoz +, genlerin transkripsiyonu gerçekleşir
• Transkripsiyon, glukoz çok az ise aktive olur
• Gal genleri de, aynı lac gibi ikinci bir kontrol
sisteminin, yani katabolit represyonun kontrolü
altındadır

71
• Gal genlerinin regülatörü olan GAL4’ deki bir
mutasyon, aktivasyonu önler
• Bu durum, transkripsiyonun pozitif kontrol’ün
etkisinde olduğunu, yani, regülatörün varlığının
genin transkripsiyonunu sağladığını göstermektedir
• Mayadaki katabolit baskılama bakterilerdekinden
farklıdır. Mayalarda bu olaya bir enzim (protein
kinaz) katılır ama bakterilerde olduğu gibi cAMP yer
almaz

72
GAL1 ve GAL10 adı verilen gal genleri
regülasyonu nasıl gerçekleştirir?

• Bu iki genin transkripsiyonu UASG (upstream

activating sequence, yukarı bölge aktive edici dizi)
adı verilen, 170 bç uzunluğundaki bir bölgeden
denetlenir
• Yüksek yapılı ökaryotlardaki UAS, enhensırlara
benzer
• UAS’nin kromatin yapısı açıktır, ya da DNaz'a karşı
aşırı duyarlıdır (DNase hipersensitive) yani
nükleozomlardan arındırılmıştır
• Bu açık kromatin yapısı, SWI/SNF şekillendirme
kompleksinin faaliyetine gereksinim duyar
73
• UAS içinde Gal4 proteini (Gal4p) için dört bağlanma
bölgesi vardır
• Gal genleri aktivite olsun ya da olmasın, Gal4p diğer bir
gal geni regülatörü olan Gal80p tarafından negatif
olarak kontrol edilir
• Gal80p daima Gal4p'ye aktif bölgesini içine alacak
şekilde bağlanır
• Uyarıcı molekül, yani fosforlanmış galaktoz, Gal80p'ye
ya da Gal4p'ye (ya da ikisine) bağlandığı zaman, Gal4p
nin aktif bölgesini açığa çıkaracak şekilde yapısal
değişikliğe neden olur ve böylece uyarılma meydana
gelir
74
Şekil: GAL1 ve GAL10 UAS
yapılarının, pozitif düzenleyici
Gal4p ile bağlanma noktalarını ve
negatif düzenleyici Gal80p ile
olan etkileşimini gösteren model.
Uyarılma, Gal80p’nin yapısını
değiştirerek Gal4p’nin aktif
bölgesinin açığa çıkmasına neden
olur

75
• Bu genler glukoz varlığında inaktif
• Bu durumda katabolit, cAMP aracılığı ile değil
protein kinazın ile etki gösterir
• Tam aktivasyon için, iki promotorun TATA
kutusunun TBP'ye açık hale gelmesini sağlayacak
şekilde kromatinin daha ileri şekil değiştirmesini
sağlayan başka faktörlere de gereksinim
duyulmaktadır

76
• Gal4p 881 amino asit içeren bir proteindir
• Proteinin UASG’ deki dizileri tanıyan ve buraya bağlanan
bir DNA bağlanma bölgesi ve transkripsiyonu harekete
geçiren bir trans-aktive edici (trans-activating) bölgesi
vardir
• Proteinin iki işlevsel bölgesi olduğu için, bölgelerden
birinin ortadan kaldırılması diğerinin sağlam ve işlevsel
kalmasına olanak vermektedir
• Mutasyon analizleri DNA-bağlanma domaininin
proteinin N-ucundaki bir bölge ve transkripsiyonal
aktivite için ise C-ucunda bölgelerin olduğunu
göstermiştir.
77
Şekil: Gal4p’nin, Gal1 ve
Gal10 gen bölgelerinin
aktivasyonuna katılan üç
bölgesi vardır.

A- 1-98 ya da 1-147
arasındaki amino asitler,
UASG’ deki DNA tanıma
bölgesine bağlanır

B- 148-196 ve 768-881
arasındaki amino asitler,
transkripsiyonel aktivite
için gereklidir

C- Gal80p’nin
bağlanması 851-881
arasındaki amino
asitlerin bulunduğu
kısımdan olur.
78
• Bölge I’ deki nokta mutasyonlar (GAL4 1-238)
aktivasyonun artmasına sebep olmuş
• Bu mutasyonların çoğu, bölge I’ deki negatif yükü
artıran amino asit değişiklikleridir ve
transkripsiyonun üç kat artmasına neden
olmaktadır
• Ancak negatif yükler aktivasyondan sorumlu tek
faktör değildir
• Transkripsiyon faktörünün aktive edici bölgesi ile
diğer proteinlerin temas kurması da önemli
79
Bu protein-protein ilişkisi transkripsiyonu
nasıl aktive edebilmektedir?

• Kromatinin yeniden şekillendirilmesi

• DNA ile RNA polimeraz arasındaki bağlanmanın kararlı
kılınması
• Transkripsiyon bölgesinde çift sarmal DNA'nın
çözülmesinin hızlandırılması
• Promotordan RNA polimerazın ayrılmasının
kolaylaştırılması
• Promotora ya da RNA polimeraza bağlanan diğer bazı
faktörlerin kararlılığının sağlanması ve bu bölgeye
çekilmesi

80
DNA Metillenmesi ve Gen ifadesinin
Düzenlenmesi
• DNA bazlarına metil grubunun eklenmesi ya da bu
bazlarda metil grubunun çıkarılması
• Replikasyondan sonra birçok ökaryotik DNA’ya
(genellikle sitozinlere), metil grupları enzimatik
olarak eklenir
• Herhangi bir ökaryotik genomda sitozinlerin ̴%5'i
metillenmiştir
• Ancak, metillenme derecesi dokuya özgüdür
• Baz metillenmesi gen ifadesini değiştirir: E. coli lac
operonu ile yapılan çalışmalar

81
• Operatör bölgedeki DNA metilasyonu, tek bir sitozinde
olsa bile, represörün operatöre olan ilgisini değiştirir
• Metillenme sitozin bazının 5. pozisyonundan olur
• Böylece, metil grubu DNA sarmalının büyük oluğunda
çıkıntı yapar ve proteinlerin DNA'ya bağlanmasını
değiştirir
• Metillenme, genellikle CG çiftleri halinde bulunan
sitozinlerden ve genellikle de her iki zincirde birden olur
5’ – mCpG – 3’
3’ – GpCm – 5’
82
DNA'nın metilli olup olmadığı restriksiyon
enzim analizi ile saptanabilir

• Restriksiyon enzimi Hpall:

DNA’yı tanıma ve kesme dizisi CCGG’dir
 2. sitozin metillenmişse enzim DNA’yı kesmez
• MspI enzimi:
Aynı CCGG dizisini tanır ve keser
2. sitozin metilli ya da metilsiz olması enzimin
kesme özelliğini değiştirmez

83
• Eğer DNA parçası metilli değilse, iki enzim de
aynı restriksiyon bantlarını oluşturacaktır
• CCGG dizilerinden biri metilli ise, Hpall ile
kesim yapıldığında farklı bantlar oluşacaktır
• Bu tip çalışmalar, ökaryotik ifade olan
genlerin metilli olmadığını ya da
metillenmenin çok az oranda olduğunu
ortaya çıkarmıştır

84
 Şekil: HpaII ve MspI restriksiyon enzimleri CCGG dizisini tanır ve keser
a) Eğer ikinci sitozin metilli ise (yıldızla gösterilmiş) HpaII kesmeyecektir
b) MspI ise ikinci sitozin metilli olsun yada olmasın tüm CCGG bölgelerinden DNA’yı keser.
Bu nedenle belirli bir dokuda, belirli bir genin metillenme durumu, o dokudan izole edilen
DNA’yı HpaII ve MspI ile keserek saptanabilir
Marker DNA Enzim ile kesilmemiş HpaII MspI

85
Metillenmenin ökaryotik gen ifadesinin
regulasyonundaki rolünü gösteren bulgular:

1- Bir genin metillenme derecesi ile ifade edilme

derecesi arasında ters bir ilişki vardır
 Yani, düşük derecedeki metillenme yüksek
oranda gen ifadesi ile
 Yüksek oranda metillenme ise düşük seviyede
gen ifadesi ile bağlantılıdır
 İnaktif olan X kromozomu, aktif olandan daha
yüksek oranda metillenmiş

86
 Aktif olmayan X kromozomu içinde de;

o inaktivasyondan kaçan bölgelerin metillenme

dereceleri, onların yakınındaki aktif olmayan
bölgelerin metillenme derecelerinden daha
düşüktür.

87
2- Metillenme dokuya özgüdür ve bir kere
gerçekleşince o dokunun bütün hücrelerine
aktarılır

Metillenmenin gen ifadesinin regulasyonundaki rolü

baz analogları ile (baz benzeri kimyasallar) yapılan
çalışmalarla gösterilmiş:

88
Şekil: 5. konumda bulunan 5-azasitozin DNA sentezi sırasında
deoksisitidin’in yerine DNA’ya girebilir. 5-azasitozin bazı
metillenemez ve bu nedenle, DNA’ya katıldığı CpG bölgelerinin
metillenmesini engeller

89
• 5-azasitidin nükleotiti metillenemediği için, yapıya
girdiği bölgelerde DNA'nın metillenme derecesi
düşer
• 5-azasitidin’in DNA'ya katılması gen ifadesini
değiştirir ve inaktif X kromozomu üzerindeki
allellerin ifadesini uyarabilir
• Orak hücre anemisinin tedavisi için klinik
denemelerde 5-azasitidin kullanılmaktadır

90
• Metillenme ökaryotlarda görülen genel
bir olgu değildir
• Örneğin, Drosophila'da DNA
metillenmesi yoktur
• Metillenme gen ifadesi regülasyon
mekanizmalarından sadece bir tanesidir

91
• Metillenme gen ifadesini nasıl etkilemektedir?
• DNA dizisine bakmaksızın 5-metil sitozinlere
bağlanan belirli proteinlerin varlığı:
korepresörler ya da histon deasetilazları (ya da her
ikisini beraber) bu bölgeye çeker ve
kromatinin açık yapıdan kapalı yapıya geçirilmesi
suretiyle yeniden şekillenmesini sağlar ya da
nükleozom yeniden şekillenme kompleksini
oluşturur

92
Gen ifadesinin transkripsiyon sonrası
regülasyonu
• Transkripsiyonel kontrol, ökaryotlardaki
regulasyonun belki de en önemli yolu fakat
transkripsiyon sonrası (posttranskripsiyonal)
regülasyon da görülür
• Ökaryotik RNA molekülleri, translasyon öncesinde
bazı değişikliğe uğrar
• Kodlayıcı olmayan (amino asitler için şifre
oluşturmayan) intronlar çıkarılır, kalan ekzonlar
doğru bir şekilde birleştirilir, mRNA'nın 5' ucuna bir
kep (şapka) ve 3' ucuna poli-A kuyruğu takılır

93
Seçenekli Sıplays

• Seçenekli kesilme-yeniden birleştirilme

(seçenekli sıplays; alternatif sıplays), tek bir
öncül-mRNA molekülünden farklı formlarda
mRNA'ların oluşmasını sağlar
• Böylece tek bir genin ifadesi ile benzer ya da
farklı işlevleri olan bir protein ailesi yaratılmış
olur
• Sıplays kalıplarındaki farklılıklar; proteinin
enzimatik aktivitesini reseptör bağlama
kapasitesini ya da hücre içinde proteinin
yerleşimini değiştirir

94
Siplayslar; gelişim ve apopitozis (programlanmış hücre
ölümü)’da önemli. Ayrıca birçok süreçte sıplaysın doğru
yapılmasını etkileyen mutasyonlar birçok genetik hastalığın
temelini teşkil etmektedir

Şekil: Ökaryotik mRNA’da seçenekli sıplays şekilleri. Ekzonlar silindir

şeklinde gösterilmiştir. Normal sıplays şekli ekzonalrın üstünde,
seçenekli sıplays şekilleri ekzonların altında gösterilmiştir. Seçenekli
sıplays ile yeni poli (A) bölgesi ve ekzonlar eklenebilir. Seçenekli
sıplays bölgeleri sıkılıkla tek bir kopyadan pek çok farklı mRNA’ların
oluşmasına neden olacak şekilde çoklu kombinasyonlar halinde
95
kullanılır
• Seçenekli sıplays ile protein çeşitliliği gen sayısına
göre önemli oranda artırılır
• Insan genomundaki genlerin yaklaşık yüzde 30 ile
60 kadarının seçenekli sıplays yolunu kullandığı
tahmin edilmektedir
• Böylece, insan haploid genomundaki 25.000-
300.000 kadar genden yüzbinlerce farklı protein
(belki daha da fazla) oluşabilmektedir
• sıplays işlemi bir moleküler kompleks olan
sıplaysozomda gerçekleşir
96
Seçenekli Sıplays ve Hücre işlevi

• Seçenekli sıplaysın önemini anlamak için kohlea tüy

hücreleri ve işitme işlevinde oynadığı rol
• Kulaklarımız binlerce frekans aralığındaki ses
dalgalarını algılar.
• SLO geninin farklı transkriptlerinden ( ̴500) ifade
edilen proteinler farklı bir frekans aralığındaki
seslere yanıt verir

97
Seçenekli sıplays bir genomdan üretilen
proteinlerin sayısını artırır
• Belirli bir seçenekli sıplays durumunda aynı
öncül mRNA'dan kaç tane farklı polipeptit
türeyebilir?
• Drosophila'daki Dscam geni ile yapılan
çalışmalar:
• Nöronlarda aksonlar, nöronal bağlantılar için
önemli
• Dscam geni akzon gelişimini yönlendiren,
nöronların birbirleri ile doğru olarak
bağlanmasını sağlayan bir proteini şifreler

98
 Şekil: (Üstte) Drosophila melanogaster’deki Dscam geninin organizasyonu ve
transkripsiyon sonucunda öncül mRNA. Her bir mRNA; ekzon 4 (kırmızı) için 12 olası
ekzondan birini, ekzon 6 (mavi) için 48 olası ekzondan birini, ekzon 9 (yeşil) için 33 olası
ekzondan birini ve ekzon 17 (sarı) için 2 ekzondan birini içerir. Eğer bu ekzonların olası
tüm kombinasyonları kullanılılırsa Dscam geni, DSCAM proteininin 38016 tane farklı
versiyonunu şifreleyebilir

99
Gen ifadesinde RNA Sessizleştirilmesi

• Gen ifadesi kontrolünde RNA molekülleri

• Kısa RNA molekülleri, mRNA'nın translasyonunu
baskılayarak ve mRNA moleküllerini yıkarak gen
ifadesini düzenler
• Kromatin yapısını değiştirerek de gen sessizleştirir
• Hayvanlarda RNA müdahalesi (RNAi, RNA
interference) ve bitkilerde transkripsiyon sonrası
gen sessizleştirilmesi (post-transcriptional gene
silencing, PTGS) olarak bilinir

100
• Bu işlem çift zincirli RNAaz aktivitesi olan bir
protein (Dicer) tarafından işlenen çift zincirli
bir RNA (yaklaşık 70 nükleotit uzunluğunda)
ile başlar
• Dicer, (-21 nükleotit) kısa müdahaleci RNA
(short interfering RNA, siRNA) oluşturacak
şekilde RNA’ yı parçalar
• Oluşan siRNAlar açılarak anlamlı (sense) ve
anlamsız (antisense) tek zincirlerine ayrılır
101
• Anlamsız zincir, RISC (RNA ile uyarılan
sessizleştirme kompleksi, RNA-induced
silensing complex) denilen protein kompleksi
ile birleşir
• Bu kompleks siRNA'nın anlamsız zincirine
komplementer dizileri içeren mRNA’yı tanır,
bağlanır ve onu keser
• RNAi, virüslerin istilasına karşı hücresel
savunmada ve transpozonların
sessizleştirilmesinde önemli rol oynar.
102
Şekil: a) Dicer ve RISC’in (RNA
tarafından uyarılan sessizleştirici
kompleks) işleyişi. Dicer çift zincirli
RNA moleküllerine bağlanır ve
onları küçük bozucu RNA’lar
(siRNAlar) adı verilen yaklaşık 21
nükleotitlik moleküllere parçalar.
Bu moleküller çoklu protein
kompleksi RISC’ye bağlanır ve
açılarak tek zincirli duruma geçer.
Bu tek zincirli yapılar mRNA’daki
komplementer dizilere bağlanarak
onun parçalanmak üzere hedef
haline gelmesini sağlar.
b) Dicer monomerlerinin katalitik
bölgelerinin RNA’ya bağlanması.
Yıldız ile işaretli bölgeler aktif
olmayan bölgelerdir. Aktif bölgeler
tarafından kesim sonucu yaklaşık
21 nükleotit uzunluğunda parçalar
oluşur.

103
• Bu diziler gelişimin kontrolünde de rol oynar
• RNA sessizleştirmesi, (miRNAs)’lar adı verilen kısa RNA
molekülleri ile de yapılır
• miRNA, 70-130 nükleotitlik ve mükemmel olmayan bir
baz eşleşmesi sonucu oluşmuş saç tokası şeklindeki bir
öncül yapının Dicer tarafından kesilmesi ile ortaya çıkar
• Hayvan hücrelerinde, oluşan bu 19-24 nükleotit RNA
parçaları olgun mRNA'nın 3'translasyona uğramayan
bölgeleri (UTR) ile eşleşir ve translasyonu durdurur

104
105
• siRNA’lar ve miRNA'ların temeli RNA-RNA dizisini tanıma ve
bağlanmadır
• Ancak RNA, DNA ile de baz çifti oluşturabilir ve kısa RNA'lar
gen ifadesini regüle eden çeşitli genom modifikasyonu
olaylarına katılır
• Bunlar arasında RNA-yönlendirmeli DNA-metillemesi (RNA-
directed DNA methylation, RdDM) ile sitozinin metillenmesi
de vardır
• RdDM son derece özgül bir işlemdir ve RNA-DNA
eşleşmesinin olduğu bölge ile sınırlıdır
• RdDM’de CG ikili nükleotitleri ve promotor bölgesindeki
diğer C nükleotitleri metillenerek gen sessizleştirilir

106
• Kısa RNA molekülleri gen ifadesini
Sitoplazmada: mRNA yıkımı ve translasyonun
durdurulması ile
Çekirdekte: DNA'daki sitozinleri metilleyerek genin
sessizleştirilmesi
ile engeller

107
mRNA Kararlılığının Kontrolü

• Tüm mRNA moleküllerinin yaşam süreleri (yarı

ömrü) karakteristiktir ve sentezden bir süre sonra
parçalanırlar
• Farklı mRNA moleküllerinin ömrü de birkaç
dakikadan saate aya ve yıla kadar değişiklik gösterir
• Örn: oositlerde mRNA molekülleri yıllarca saklanır
• mRNA molekülünün kararlılığı buna bağlı olarak
yıkım hızı (turnover rate) mRNA’nın nükleotit
dizisine özgüdür

108
• Bu tür regülasyonun en iyi çalışılmış örneği, ökaryotik
mikrorübüllerin alt bileşenleri olan α- ve β-tübülinlerin
sentezidir
• Eğer bir hücre kolçisin adı verilen kimyasal ile muamele
edilirse, mikrotübüller hızla bozunur ve ortamdaki α -
ve β- altbirimlerinin konsantrasyonu artar
• Bu durumda α- ve β-tübülinlerin sentezi belirgin oranda
düşer
• Ancak, hücreler yine mikrotübül bozunmasına neden
olan diğer bir kimyasal olan vinblastin ile muamele
edilirse, tübülinlerin sentezi artar

109
• İki kimyasal da mikrotübül bozunmasına
neden olmasına rağmen,

vinblastin, altbirimlerin çökmesine ve dolayısı ile

ortamdaki serbest α - ve β- altbirimlerinin
konsantrasyonunun azalmasına neden olur

110
• Düşük konsantrasyonda, tübülinlerin sentezi
hızlanırken, yüksek konsantrasyonda tübülin sentezi
engellenir
• Bu tip translasyonal regülasyon otoregülasyon
olarak bilinir.

111
• Tübülin mRNA’sının kararlılığının kontrolü:
Tübülin geninde transkripsiyonun başladığı noktadan
sonraki ilk 13 nükleotit (proteinin amino ucunu
kodlayan kısım) -Met-Arg-Glu-lle (simgesel olarak,
MREI)- önemli
• Bu bölgedeki genetik değişiklikler regulasyonu
bozmaktadır
• Bu ilaçlar ile sadece ribozomlara bağlı tübülin
mRNA’sının tükendiğini gösterilmiş, serbest mRNA
değişmemiş
112
Şekil: Tübilin sentezinde translasyon sonrası
regülasyon modeli

113
• Regülasyonun sağlanabilmesi için, translasyonun en az
41. kodona kadar ilerlemiş olması gerekmektedir
• Tübülin gen ürününün (bu örnekte, β-tübülin) ilk dört
amino asiti (MREI) regülatör faktörlerinin bağlandığı
tanıma elementini oluşturur
• Sitoplazmadaki α- ve β-tübulin altbirimlerinin
konsantrasyonları bu düzenleyici görevi yapıyor olabilir
• Bu protein-protein etkileşimi, ribozomal bir RNaz’ın ya
da özgül olmayan bir sitoplazmik RNaz’ın etkili olmasına
neden olur
• RNaz aktivitesi ile translasyonda yer alan tübülin
mRNA’sı parçalanır ve tübulin biyosentezi durur

114
Kaynak
Genetik Kavramlar, Klug

115
116
Seçenekli Sıplays Gen ifadesini
Düzenleyebilir
• Seçenekli sıplays ile oluşturulan protein çeşitlerinin
hepsi işlevsel midir?
• Belki de sadece belirli sıplays ürünlerinden işlevsel
proteinler ortaya çıkmaktadır
• Sıplays gelişigüzel bir işlem mi yoksa yönlendirilen
ve bir şekilde kontrol edilen bir işlem midir?
• Eğer sıplays kontrol edilen bir sistemse belki de
yaşam döngüsünün özgül basamaklarında ya da
özgül işlevi olan hücrelerde önemlidir

117
• Seçenekli sıplaysın birçok örnekleri olmasına
rağmen sadece çok azının kontrol edildiği ve işlevsel
önemi olduğu gösterilmiştir
• Bunlardan en iyi bilineni Drosophila da cinsiyet
tayininde, embriyonun dişi ya da erkek gelişimi
yolunda rol oynayan beş gen setinin seçenekli
sıplaysıdır

118
Drosophila'da Cinsiyet Tayini: Seçenekli
Sıplaysın Regulasyonu için bir Model
• Drosophila’da cinsiyeti, X kromozomların otozomal
kromozomlara oranı (X:A) belirler:
Oran 0.5 (1X:2A) ise erkek bireyler meydana gelir
(hatta Y kromozomu olmasa bile)
Eğer oran 1.0 (2X:2A) ise dişi bireyler oluşur
Ara değerlerde (2X:3A) ara-cinsiyetli (intersex)
bireyler oluşmaktadır

119
• Kromozomon oranları için gerekli sıplays olaylarında rol alan üç
temel gen: Sex-lethal (Sxl), transformer (tra) ve doublesex (dsx)
genleridir
• Bu sürecin başlangıcında yer alan düzenleyici gen bir RNA
bağlanma proteini şifreleyen Sex-lethal (Sxl) genidir
• SXL proteini sadece dişi embriyolarda ifade olmaktadır
• SXL varsa dişi sıplays yolları ifade olur, erkek sıplays yolları
baskılanır
• SXL'nin hedeflerinden biri transformer (tra) geninden sentezlenen
bir dizi transkriptdir
• SXL'nin varlığında tra öncül-mRNA ları işlevsel bir proteini
oluşturmak üzere sıplays olur
• SXL olmadığı zaman tra işlevsel olmayan bir proteinin oluşumuna
neden olur

120
• Tra öncül mRNA’sı, ekzon 2'de bir "dur kodonu"
taşmaktadır
• Dişilerde SXL, tra öncül mRNA sına bağlanır ve ekzon
2'yi mRNA dan uzaklaştıracak şekilde sıplays gerçekleşir
• Erkeklerde, (SXL ortamda yok), sıplays islemi dur
kodonu olgun mRNA'da kalacak şekilde gerçekleşir
• Dişilerde translasyon sonucunda, seksüel farklılaşmanın
sonraki basamaklarını kontrol eden dişiye özgü işlevsel
bir protein ortaya çıkar, fakat erkeklerde, dur
kodonundan ötürü translasyon erken sonlanarak
işlevsiz bir gen ürünü oluşur

121
• Süreçteki ikinci gen (dsx) cinsiyet fenotipinin oluşumunda kritik bir kontrol
noktasıdır
• Dişilerde ve erkeklerde işlevsel bir mRNA ve protein oluşturur
• Ancak, öncül-mRNA cinsiyete özgü bir şekilde farklı mRNA ürünleri meydana
getirmek üzere işlenir
• Dişilerde, işlevsel TRA proteini dsx öncül-mRNA’sına bağlanan bir sıplays
faktörüdür ve sıplaysın dişiye-özgü şekilde gerçekleşmesini sağlar
• Erkeklerde, TRA proteini yoktur ve dar sıplays sonucunda erkeklere özgü mRNA
ve protein meydana gelir
• Dişi DSX proteini (DSX-F) ve erkek proteininin (DSX-M) ikisi de transkripsiyon
faktörüdür,
• Fakat zıt etkiye sahiptir
• DSX-F erkek cinsiyet gelişimine neden olan genleri baskılamak için intersex (ix)
tarafından şifrelenen proteinle koordineli bir şekilde çalışır.
• DSX-M ise, erkek gelişim yolundaki genleri ifade etmek ve dişi gelişim yolundaki
genleri baskılamak için IX proteininden bağımsız olarak çalışır

122
123