GENET K B LG AKI I

Prof. Dr. Engin Y lmaz H T p Fakltesi T bbi Biyoloji Anabilim Dal

Kaynaklar: 1. Bruce Albert, Alexander Jonson et.al. Molecular Biology of the Cell Garland Science, 2007. 2. Krebs J.E, Goldstein E.S Kilpatrick S.T. Lewins Genes X .Jones and Bartlett Publisher,2010. 3. Ricki Levis, Human Genetics McGraw-Hill, 2001.

GENET K B LG AKI I

KAVRAMLAR
Genom: Bir bireyin sahipoldu u tm genetik materyal Transkriptom: Tramskribe olan dizilerin tm Proteom: Genom taraf ndan kodlanan proteinlerin tm

GENET K B LG AKI I
*Genomik DNA protein sentezini kendisi ynlendiremez. *Arac RNA moleklleri (Transkripsiyon :Yaz l m)

*RNA moleklleri protein sentezini ynlendirmek iin kal p olarak Kullan l r (Translasyon : evirim)

SANTRAL DO MA

RNA Merkezli Ya am
Reverstranskriptaz ba ml replikasyon

RNA Viruslar , Ebola, rabies, influenza, polio

RNA
Translasyon

DNA
Transkripsiyon snRNAlar, ribozimler, tRNA, rRNA

DNA Polimeraz ile replikasyon

PROTE N SENTEZ

SANTRAL DO MA basit
PROKARYOT

karma k

KARYOT

GEN YAPISI

5 Promotor

Ekzon 1 ntron 1

Ekzon 2 ntron 2

Ekzon 3 3 ntron 3

PROMOTOR BLGE
Oktamer GC CAAT GC TATA Transkripsiyon

-120

-100

-80

-40

-20

+1

GEN EKSPRESYONU

Her genin ifadesi ayn de ildir !

DNA ve RNAn n Yap s ndaki Bazlar

RNA ve DNA

DNA ve RNA zincirlerinin yap sal molekllerinde farkl l klar bulunmaktad r.

BAZ E LE MES

RNA ve DNA Z NC RLER

RNA YAPISI

RNA molekl tek zincirli bir yap olmas na ra men, birbirine komplementer bazlar n hidrojen ba yapmas ile baz blgeleri ift iplikli yap gsterir. Bu durum RNA moleklnn buyutlu yap s n n olu mas n sa lar.

karyotik Gen Ekspresyonu

HCREDEK RNA T PLER

RNA Tipi
mRNA rRNA

levi
Haberci RNA, protein iin genetik bilgi ta r. Ribozomal RNA, ribozomun temel yap s n olu turur ve protein sentezini katalizler. Transfer RNA, protein sentezinde amino asitler ve mRNA aras nda adaptr. Kk ekirdek RNA, ncl mRNAlar n i lenmesi. Kk ekirdekcik RNA, rRNAlar n i lenmesi Trankripsiyonunun kontrol Telomer sentezi, X-kromozomun inaktivasyonu gen ifadesinin susturulmas .

tRNA snRNA snoRNA MikroRNA Di er RNA

HCREDEK RNA T PLER

mRNA
Kal ba komplementer, Toplam RNAn n %3-5, Kolay h zl sentez, kolay degredasyon, k sa mr, Non-stabildir, * Bakteride hcre dngs : 30-40 dakika mRNAn n yar mr : 2 dakika * nsanda hcre dngs : 48-72 saat mRNAn n yar mr : 3-4 saat

mRNAlar; Prokaryotlarda polisistronik, karyotlarda monosistroniktir. mRNA, DNAdaki genetik bilgiyi ribozomlara ta r

rRNA
Yap sal bir RNA molekldr, ribozomun yap s na kat l r, Total RNAn n %80 nini olu turu, Prokaryotik ribozom 70S: 30S + 50S karyotik ribozom 80S: 40S + 60S Ribozomun %65 ni olu turur, Sekonder yap ortak de il, tr ve RNA boyutuna gre de i ir, Trev baz bulundurmaz, NOR (nucleolar organizer region): rRNA genlerini ta yan DNA blgesi ekirdekcikte bulunur

rRNA Sentezi

E. coli 23S ve 5S RNAlar n sekonder yap s

50S Ribozomal alt nitede protein ve rRNAlar n da l m (Gri blgeler rRNAlar)

tRNA
Total RNAn n %15, Bilinen 20 aa iin en az 1 (1-4) zgl tRNA vard r, Metillenmi veya hidroksillenmi trev bazlar ta r, Prokaryotta %2, karyotta %25 metillenmi baz bulunur,

tRNA

tRNA
Yonca yapra ekilli sekonder yap k vr larak tersiyer yap y olu turur. Allosterik molekl. Ortam artlar na gre 3-D yap s de i ir. Protein sentezine kat lm yorsa antikodon ite kal r. Bu zellik 2 antikodonun dimerini nler. Kompleks yap s yla nkleazlardan korunur. Hcrede kal c molekldr. Denatre ve renatre olabilir.

snRNAlar

snoRNAs = kk nkleolar RNAs

miRNA ve siRNA
miRNA miRNA (mikro-RNA) 20-25 nkleotid uzunlu unda tek zincir bir RNAd r. Hcredeki birok genin ekspresyonunu dzenler. siRNA Kk (k sa) interfering (bask lay c ) RNA 20-25 nkleotid uzunlu unda Hcredeki ilgili genlerin ifadesinin bask lanmas n dzeler Hcrede do al olarak Dicer enzimi sayesinde olu turulur

miRNAlar n ve siRNAlar n Biyogenezi

miRNAlar ve Fonksiyonlar
miR-1 miR-19a miR-23a BDNF G6PD PTEN SDF-1 BRN-3b POU-TF SMAD-1 Nronal Geli im Oksidatif stres direnci Tmr bask lay c gen Hematopoietik kk hcrelerin bymesi ve lokalizsyonu Nronal geli im TGF ba l gen ifadesinin dzenlenmesi Notch gen aktivasyonu Geli im s ras nda hcre bymesinin dzenlenmesi Proto-onkogen Mononuklear fagozitenin dzenlenmesi Hematopoiesis

miR26a

miR34

Delta1 TM protein Notch1

miR-101 miR-130

N-MYC MCSF

miR-181

Bartel, Cell 116: 281-297, 2004

Di er RNAlar

KARYOT K RNA POL MERAZLAR

RNA polimeraz I RNA polimeraz II rRNA genleri mRNA, snoRNA genleri, baz snRNA genleri ve mikroRNAlar tRNA genleri, 5S rRNA genleri baz snRNA genleri,

RNA polimeraz III

Mitokondriyal RNA Polimeraz

ekirdekteki DNAdan kodlan r ve mitokondri matriksine transfer edilir. Yanl zca iki alt nite ierir. Bir alt nitesi, bakteiyofaj T7 RNA polimeraz na benzer. Di er alt nitesi, bakteriyal faktre benzer.

PROKARYOT K RNA POL MERAZ

E E
[

F F +

E W F E F
[

Kor enzim
zgl bir promotora ba lanmaz; non-specific DNAya ok s k ba lan r (Kd ~5 x 10-12 M)

Holo Enzim
zgl promotora ok s k ba lan r; non-specific DNAya zay f ba lan r (Kd ~10-7 M)

E.coli RNA Polimeraz

Alt nite

Holoenzimdeki say s 2 1 1 1 1

levi Promotor diziye ba lan r Fosfodiester ba kurar ?? Promotor diziyi tan r Alt nitelerin bir arada olmas n sa lar

Sigma Faktr

Sigma Faktr

Sigma Faktr Promoter blgesi

70 32 28 Birok gen Heat shock ile uyar lan genler Kemotaksiz ve hareket genleri 38 Duraklama faz ndaki ve strese cevap genleri

Promoter Dizisi -35

TTGACAT TCTCNCCCTTGAA CTAAA

-10
TATAAT CCCCATNTA CCGATAT

? -24
CTGGNA

? -12
TTGCA

54

Nitrojen metabolizmas ndaki genler

RNA POL MERAZIN YAPISI

RNA POL MERAZLAR

RNA POL MERAZLAR

1. Bakteriyal RNA Polimeraz ba ka bir proteinin yard m olmadan sadece alt nitesi ile transkripsiyonu ba lat rken, karyotik polimerazlar TF yard m olmadan bir transkripsiyon ba latamazlar. karyotlarda transkripsiyonun ba layabilmesi iin kromatindeki paketlenmenin a lmas gerekmektedir.

2.

karyotik Transkripsiyon
Hcrenin genlerindeki genetik bilgiyi okuma veya ifade etme transkripsiyon olarak tarif edilir. mRNAn n transkripsiyonunun ba layabilmesi iin trankripsiyon faktrlerine ihtiya vard r. Transkripsiyon faktrler, genlerin nndeki promotor blgeye ba lanan, RNA polimeraz n promotor blgeye ba lanmas n ve transkripsiyonun ba lamas n sa layan proteinlerdir. Bu faktrlerin bir DNA ba lama blgeleri, bir de aktivasyon blgeleri vard r. Transkripsiyon faktrleri farkl motiflerde bulunurlar.

PROMOTOR BLGE
Oktamer GC CAAT GC TATA Transkripsiyon

-120

-100

-80

-40

-20

+1

Promoter Elementler
CpG adas
approx. -100 to -1

Promoter Elementler
Initiator (Inr): Y-Y-A+1-N-T/A-Y-Y-Y. Baz promoterlar hem initiator hem de TATA box ierirler. Baz lar da bunlardan yanl zca birini ierir. CpG Adalar : Ba lang noktas ndan ~100 baz yukar da, 20-50 nkleotidten olu an CG zengin dizi. BRE (TFIIB recognition element) Dizisi: Baz promotorlar n TATA dizisinin st k sm nda korunmu G/C-G/C-G/A-C-G-C-C, dizisi. Downstream promoter element (DPE): Baz genlerde ba lang noktas ndan sonra 30 nkleotid a a da bulunan G-A/T-C-G dizisi.

Genel Transkripsiyon Faktrleri

Genel transkripsiyon faktrleri (GTF) karyotlardaki tm genlerin transkripsiyonu iin gereklidir. GTFleri transkripsiyonun ba lamas nda RNA Pol IIye yard m eder. GTFler, TFIIA, TFIIB,... olarak adland r lan multimerik proteinlerdir. GTFler, karyotlarda evrimsel srete korunmu olan proteinledir. Prokaryotlarda, faktr olarak bilinen yanl zca bir genel transkripsiyon faktr vard r.

TATA Dizisi

TRANSKR PS YON FAKTRLER PROTE N MOT FLER

Helix-turn helix modeli Helix-loop helix modeli Zinc finger modeli Leucine zipper modeli

TRANSKR PS YON FAKTRLER

TRANSKR PS YON FAKTRLER

Transkripsiyon faktrleri DNAn n majr olu una ba lan r.

TRANSKR PS YON FAKTRLER

TFlerin DNAya ba lanmas , DNAdaki bazlar ile proteideki asparajin amino asidi aras nda hidrojen ba n n kurulmas ile sa lan r.

Enhancer
 Birok karyotik promotor enhancer olarak adland r lan baz kontrol dizilerine ba lanan proteinler taraf ndan uyar l r.  Bu diziler, genin 5 ucunda, genin iinde veya genden binlerce baz uzakta olabilir.  Enhancer diziler dokuya zgl aktivite gsterirler, bu zellikleri ile gen reglasyonunda nemli rol oynarlar.

Enhancer

TRANSKR PS YON

TRANSKR PS YON
Transkripsiyonun ba layabilmesi iin ncelikle DNA zerinde transkripsiyon faktrlerinin ve RNA polimeraz n ba lanabilece i, a kl n olu mas gerekmektedir. Bu a kl a transkripsiyon balonu denilmektedir. Transkripsiyon s ras nda DNA saniyede 50 nkleotid a larak bu blgedeki genin transkribe olmas n sa lar. Transkripsiyon balonu:
RNA polimeraz DNA kal b Byyen RNA transkriptinden olu ur.

Transkripsiyon Balonu

Lid, Rudder, Zipper RNAdan DNAn n ayr lmas n sa lar. Fork loops Transkribe olacak DNA zincirini ay r r Wall DNA ve RNA hibridlerin olu umunu sa lar Pore 1 Nkleotidlerin yap ya kat lmas n sa lar Bridge helix Transkripsiyon balonunun a lmas n sa lar

Transkripsiyon iin;
Kal p DNA Serbest nkleotidler: ATP,GTP,CTP,UTP 2 de erli metal iyonlar RNA Polimeraz enzimine ihtiya vard r.

RNA Polimeraz II ile bir transkripsiyonun ba lama basamaklar

TATA box Binding Protein (TBP),TFIIDnin 14 alt nitesinden birisidir. Fonksiyonu: promoter blgeyi tan ma ve TFIIBnin ba lanmas n sa lamak

Fonksiyonu: -Pol II iin ba lang n blgesinin seimi. - Baz promotorlarda, Pol II, TFIID ve TFIIB birlikte minimal ba lang kompleksini olu turu ama birok promotor iin TFIIE, F ve H a da ihtiya vard r.

Fonksiyonu: - DNA-TFIID-B kompleksinin olu umu iin Pol II nin komplekse kat lmas n sa lar. - Pol II n ba land noktas zerinde olmas n sa lar. - Pol IInin kal p olmayan DNA zincirine ba lanmas n sa lar - RNA pol IInin DNAya non spesifik ba lanmas n engeller.

TFIIE heterotetramerik bir protein ( 2 2)

Fonksiyonu: - Bir sonraki TF olan TFIIH n ba lanmas iin docking blgesini olu turu. - TFIIHnin enzimatik aktivitesini dzenler.

TFIIH multimerik bir protein, 9 alt niteden olu uyor, baz lar enzimatik aktiviteye sahip.

Fonksiyonu: - TFIIH helikaz aktivitesine sahip, Pol IInin ba lanmas iin DNA ift sarmal n aar. - TFIIH ayn zamanda kinaz aktivitesine de sahip, uzaman n ba lamas iin Pol IIyi fosforlar.

RNA Pol IInin CTD blgesinin fosforlanmas , Genel TK faktrlerin ayr lmas ve RNA transkripsiyonunun ba lamas ,

TRANSKR PS YON

TRANSKR PS YONUN SONLANMASI

Figure 12.19 Genomes 3 ( Garland Science 2007)

Figure 12.8 Genomes 3 ( Garland Science 2007)

Transkripsiyonun Yn

RNA polimeraz n transkripsiyon yn, transkribe olacak genin DNA zerindeki konumuna gre de i iklik gsterir

RNA Polimeraz II ile bir genin transkripsiyonunun ba lamas ; TFler, nkleozom, enhancer, histonlar n asetilasyonu kromatinin a lmas gibi birok faktrn birlikte hareket etti i kompleks bir olayd r.

RNA Pol II ve Mediatrler

RNA LENMES (PROCESSING)

RNA

LENMES

5 cap : 5 uca 7 metilguanozin grubu eklenmesi. Ribozoma ba lanma ve mRNA stabilitesinden sorumludur. Sitopazmaya transfer. 3 poliA : 3uca 100-200 Adenin nkleotidinden olu an kuyruk tak lmas . Ribozoma ba lanma, mRNA stabilizasyonu, sitoplazmaya transfer grevleri vard r. Splicing : mRNA zerindeki intronlar n kart lmas . ntron: Olgun mRNAda bulunmayan DNA dizisi Ekzon: Olgun mRNAda bulunan ve proteine evrilen DNA dizisi

RNAn n

LENMES

Figure 1.13 Genomes 3 ( Garland Science 2007)

5 CAPPING
Fosfotazlar bir fostat kart r

guanil transferaz bir guanin grubu transfer eder

metil transferaz guanin baz na bir metil grubu transfer eder

5 CAPPING

5 CAPPING

RNAn n 3 ucunun i lenmesi

1. AAUAAA: CPSF (cleavage and polyadenylation specificity factor) 2. GU-rich sequence: CstF (cleavage stimulation factor F)

3 Poli Adenilasyon

SPLICING
RNAdaki intronlar n aradan kesilip kart lmas ,

splicesosome kopleksi ile gerekle en dinamik bir i lemdir.

splicesosome kopleksi : snRNAlar = U1, U2, U4, U5, U6 ve bu RNAlara ba lanan yakla k 7 farkl small nuclear ribonuceloprotein (snRNP) den olu ur.

Hcreler mRNA zerindeki splice olacak blgeleri nas l biliyorlar?

1. Ekzon ve intronlar birle ti i noktalardaki korunmu diziler

R: A veya G Y: C veya U

2.Ekzon ve intronlara ba lanan protein komplekleri 1. CBC: Cappinge ba lanan proteinler 2. ntronlara ba lanan (hnRNP) heterogeneous nuclear ribonucleoprotein, 3. SR: Exonlara ba lanan serin ve arjininden zengin proteinler,

Splicing i lemi basamakta gerekle ir

1. ntronun 3 ucundaki Adenin, intronun 5 splice blgesine atak yap yor

2. Ekzonun upstream 3-OH grubu Di er ekzonun downstream ucuna atak ediyor

3. Ekzonlar biraraya getiriliyor ve lariat serbest kal yor

BBP : branchpoint binding protein Proteinlerin yer de i tirmesi

Splicesosome kompleksinin olu mas

Splicesosome Proteinleri

RNAlardaki intron tipleri

Table 12.2 Genomes 3 ( Garland Science 2007)

GU-AG ve AU-AC ntronlar

Grup I ntronlar

Grup II ntronlar

RNA Polimeraz I, preRNA

RNA polimeraz I ile sentezlenen ncl rRNAn n i lenmesi:

S- Adenozilmetionin Ribonklez III Endonkleaz

17S ve 25S rRNAlar

RNA Polimeraz III, tRNA ve 5SrRNA

tRNA Sentezi ve i lenmesi

tRNA nkleotidil Transferaz

Alternatif Splicing

Figure 12.32a Genomes 3 ( Garland Science 2007)

Figure 12.32b Genomes 3 ( Garland Science 2007)

RNA EDITING

Figure 12.42 Genomes 3 ( Garland Science 2007)

RNA Editing of apo-B Pre-mRNA

RNA DEGREDASYONU

mRNA aktivitesi birok faktr taraf ndan dzenlenmektedir

Aktif mRNA naktif mRNA

Translasyon

Ykm

karyotik mRNA degradasyonu 3 farkl yolak ile gerekle mektedir

mRNA YIKIMI

mRNA DECAY

NMD
Nonsense-mediated mRNA Decay

mRNA DECAY
m7Gppp AAAAAAAAAAAAAAAA

poly A azalt lmas

m7Gppp

Deadenilaz kompleksi
AAA

Decapitasyon

Decapping enzimi (DCP1 kompleks)

AAA

5-3 ekzonkleolitik kesim

Xrn1 kompleks

Nonsense Mediated Decay

Erken STOP kodonun saptanmas ve splicing in sonlanmas
m7Gppp AAAAAAAAAAAAAAAA

Decapitasyon

Decapping enzimi (DCP1 kompleks)

AAAAAAAAAAAAAAAA

5-3 ekzonkleolitik kesim

Xrn1 kompleks

Nonsense-mediated mRNA Decay (NMD)

mRNAn n yar mrnnn belirlenmesinde: AUUUA dizileri

A.

B.
Casein mRNA

+ -

30,000 mRNA/cell
prolaktin

300 mRNA/cell

TRANSKR PS YONUN KONTROL

Metilasyon

Gen ekspresyonunun kontrol DNA veya histon proteinleri ile ili kilidir. Sitozin nkleotidlerinin metillenmesi aktivatr proteinlerin DNAya ba lanmas n engeller. Histon proteinerinin metillenmesi ile kromatinin o blgesi inaktif halde tutulur.

Histon Asetilasyonu

Histon Asetilasyonu

Figure 11.23b Genomes 3 ( Garland Science 2007)