GEN VE GENOM YAPISI Canl organizmalarn evrensel bir zellii fonksiyonlarnn srdrlmesi iin gerekli olan tm genetik bilgiyi

depolamak , kullanmak ve sonraki kuaklara aktarmaktr. Biyolojik bilgi aknn temel depolar genlerdir , baz RNA virsleri hari genler daima DNA moleklleridir. Genetik materyal olarak DNA , tm hcresel aktiviteleri yneten ve ok hcreli organizmalarda geliimsel plan belirleyen bir taslak oluturur. DNA niteden oluan polimerik bir nkleik asit makromolekldr. Deoksiriboz Fosfat grubu Baz (A T G C) DNA genetik bilginin bir hcreden yavru hcrelere ve bir nesilden dierine hatasz olarak aktarmn salayan kimyasal bir molekldr. nsan genomunda polinkleotid zincirler yzmilyonlarca nkleotid uzunluundadr. Boyutlar yaklak olarak 50 milyon baz ifti ile 250 milyon baz ifti arasnda deimektedir. Gen; bir RNA veya bir polipeptid olabilen ilevsel bir rn oluturabilecek ekilde eksprese olan bir DNA blgesidir. Fonksiyonel bir rn oluturmak iin gerekli olan kromozomal DNA dizisi olarak da tanmlanabilir karyotlarn genomlar ,her biri bir dorusal DNA molekl kapsayan ok sayda kromozomdan oluur. Deiik trler arasnda kromozomlarn say ve bykl ok farkl olsada temel yaplar tm karyotlarda ayndr. karyot DNA ve proteinlerden oluan komplekslere kromatin denir. Kromatinin temel proteinleri , negatif ykl DNA moleklne balanmay kolaylatran bazik aminoasitleri(arjinin ve lizin) yksek oranda bulunduran kk proteinler olan histonlardr Be temel tip histon vardr ; H1 , H2A , H2B , H3 ve H4 Genlerin ou bir veya daha fazla kodlanmayan blge tarafndan kesintiye urar. Araya giren bu diziye intron denir. Tm genin uzun bir RNA molekl oluturacak ekilde transkripsiyonu yaplr , intronlar daha sonra kesilerek ayrlr vebylece mRNAda sadece eksonlar bulunur. nsan genomunun dizisi , ortalama bir insan geninde yaklak 9 ekson bulunduunu , bunlarn 8 intron tarafndan ayrlm olduunu ve yaklak 30.000 baz ifti genomik DNA zerine daldn gstermitir.

Eksonlarn genel toplam sadece 2 kb kadardr , yani ortalama insan geninin %90ndan fazlas intronlardan oluur. Histon genlerinin ounda intron yoktur. Yani intronlar karyot hcrelerde gen ilevi iin art deildir. Peki nemi ne? ou intron , hcresel bir rnn sentezini salamaz , ama bazlar ilevsel RNA veya protein kodlarlar Gen ifadesinin kontrol edilmesinde rol oynarlar Bir genin eksonlarnn farkl kombinasyonlarda birlemesini ve bylece ayn genden farkl proteinler sentezlenmesini salarlar (altenatif kesip ekleme). Buda insan genomunun 30.000 geninin ilevsel repertuvarnn geniletilmesinde nemli olduu dnlmektedir. Gen sadece gerekten kodlayan dizileri deil ,doru gen ekspresyonu iin gerekli komu nkleotid dizilerini de kapsar. Bu diziler , geliim ve hcre dngs srasnda , normal mRNA moleklnn doru zamanda ve miktarda olumas iin gereklidir. Komu nkleotid dizileri genden transkribe edilen mRNA sentezi iin bala ve dur sinyallerini salamaktadr. Balang kodonu ATGdir. Genin 5ucunda bulunur. Genin 5ucunda transkripsiyonun doru balamasndan sorumlu olan dizileri ieren blgeye promoter denir. Genin 5ucunda transkripsiyonun doru balamasndan sorumlu olan dizileri ieren blgeye promoter denir. Promotorlar ve dier reglator elemanlar genetik hastalklarda mutasyon blgesi olabilirler ve normal gen ekspresyonunu engelleyebilirler. TATA kutusu ; nemli bir promoter dizisidir. Transkripsiyon balang dizisinin yaklak 25-30 baz ifti ncesinde bulunur. A ve T ynnden zengin blgedir. nemli enzimleri transkripsiyon iin doru blgelere ynlendirmeye yardm ettii dnlmektedir rnein ;B-globin geninde TATA dizisi translasyon balang blgesinin yaklak olarak 50 baz ifti ncesinde yer alan transkripsiyon balang pozisyonunu belirlemede nemli grlmektedir. Promoter iindeki bir dier blge CAT dizisi (CCAAT) birka dzine baz ifti daha nde yer alr. Tbbi ynden nemli olan insan gen rnei gsterilmitir. B-Globin geninde grlen deiik tipteki mutasyonlar nemli hemoglobinopatilere neden olmaktadr. Faktr VIII genindeki mutasyonlar hemofili Aya, hipoksantin fosforiboziltranferaz (HPRT) genindeki mutasyonlar Lesch-Nyhan sendromuna neden olmaktadr. Tbbi ynden nemli olan insan gen rnei gsterilmitir. B-Globin geninde grlen deiik tipteki mutasyonlar nemli hemoglobinopatilere neden olmaktadr. Faktr VIII genindeki mutasyonlar hemofili Aya, hipoksantin fosforiboziltranferaz (HPRT) genindeki mutasyonlar Lesch-Nyhan sendromuna neden olmaktadr. Her genin promoternde bu 2 zgl eleman bulunmaz. zellikle housekeeping genlerde CAT ve TATA dizileri yoktur. Birok housekeeping gen promoternda evredeki DNAya gre daha yksek oranda C ve G bulunduu grlr

Bu C ve Gden zengin promoterler genomda CpG adacklar olarak adlandrlr. CpG adacklar; zgl transkripsiyon faktrlerinin balanma blgesi olarak grev yapar. Promoter oluturan bu dizilere ek olarak transkripsiyon etkinliini deitirebilen baka dizi elemanlarda vardr. Enhancerlar ; promoterlerden farkl olarak hem yerleim hemde yn asndan bamszdrlar. Transkripsiyon balang blgesinin 5 ve 3 ucunda veya iinde yer alabilirler. Bir genin yksek dzeyde eksprese olabilmesi iin genin 5 ucunda yer alan lokus kontrol blgeleri (LCR) denilen dizilere ihtiyac vardr Genin 3 ucunda , olgun mRNAnn sonuna adenozin (poli A kuyruu)dizisi eklenmesi iin sinyal tayan ve translasyonu olmayan bir blge daha vardr. Sonlandrc kodon ;3ucunda bulunur. Bu kodon TAA , TAG , TGAdr. Transkripsiyon burada biter. Bir organizmann kaltsal moleklndeki nukleotid dizilerinin tmne denir. Genlerden bahsederken; Bir organizmann kaltsal moleklndeki nukleotid dizilerinin tmne denir. Genlerden bahsederken; genom , transkriptom , proteom ve protein-protein etkileimini gz nnde bulundurmalyz Bir organizmada bulunan tm genetik bilginin tamamn ieren DNA dizisi olarak tanmlanr. Oysa DNA dizisi cinsinden yaplacak bu tr bir tanmlama , RNA virslerinin yapsndan dolay tm genler iin genellenemez. zel koullar altnda ifadesi yaplan tm genleri tanmlamakla birlikte baz hcrelerde baz durumlarda , tek bir genden ok sayda farkl mRNA oluabilmesi (alternatif splizing) veya olgun mRNAya dnmeyen kodlanmam RNAlar da kapsayan bir tanmlamadr Transkriptom , genom iinde tanmlanm genlerden daha fazla sayda RNA bulunduunu da ifade eder. zel koullar altnda ifadesi yaplan tm genleri tanmlamakla birlikte baz hcrelerde baz durumlarda , tek bir genden ok sayda farkl mRNA oluabilmesi (alternatif splizing) veya olgun mRNAya dnmeyen kodlanmam RNAlar da kapsayan bir tanmlamadr Transkriptom , genom iinde tanmlanm genlerden daha fazla sayda RNA bulunduunu da ifade eder. zel koullar altnda ifadesi yaplan tm genleri tanmlamakla birlikte baz hcrelerde baz durumlarda , tek bir genden ok sayda farkl mRNA oluabilmesi (alternatif splizing) veya olgun mRNAya dnmeyen kodlanmam RNAlar da kapsayan bir tanmlamadr Transkriptom , genom iinde tanmlanm genlerden daha fazla sayda RNA bulunduunu da ifade eder. Proteinlerin tmn ifade eder Proteom tm genom tarafndan kodlanan proteinleri tanmlamakla birlikte zel bir hcre veya dokudaki tm proteinleri tanmlamak iinde kullanlmaktadr

ou proteinler eitli alt birimlerden oluur;bunlarn herbiri birer bamsz polipeptid zinciridir. Baz proteinlerde altbirimler ayn , bazlarnda ise iki ya da daha fazla polipeptid eidi vardr Her iki durumdada protein aktivitesinin kontrolnde polipeptidler arasndaki etkileim rol oynar Genomun toplam uzunluunun %50-75i tek kopya veya benzersiz DNA denilen yani nkleotid dizisi genom boyunca sadece bir kez bulunan dizilerden oluur Genomun toplam uzunluunun %50-75i tek kopya veya benzersiz DNA denilen yani nkleotid dizisi genom boyunca sadece bir kez bulunan dizilerden oluur Saylar 35000-40000 olduu tahmin edilmekte Hemen hepsi tek kopya DNA olarak enzimleri , reseptrleri , yapsal proteinleri ve reglator proteinleri kodladklarndan ayn zamanda yapsal genler olarak da tanmlanabilirler Saylar 35000-40000 olduu tahmin edilmekte Hemen hepsi tek kopya DNA olarak enzimleri , reseptrleri , yapsal proteinleri ve reglator proteinleri kodladklarndan ayn zamanda yapsal genler olarak da tanmlanabilirler Saylar 35000-40000 olduu tahmin edilmekte Hemen hepsi tek kopya DNA olarak enzimleri , reseptrleri , yapsal proteinleri ve reglator proteinleri kodladklarndan ayn zamanda yapsal genler olarak da tanmlanabilirler Saylar 35000-40000 olduu tahmin edilmekte Hemen hepsi tek kopya DNA olarak enzimleri , reseptrleri , yapsal proteinleri ve reglator proteinleri kodladklarndan ayn zamanda yapsal genler olarak da tanmlanabilirler Ribozomal genler ve histon genleri gibi rnlerine fazla miktarda gereksinim duyulan baz genler ok sayda zde kopyalar halinde bulunurlar. Bu zde kopyalar ard arda kmeler halinde tekrarlanabilcei gibi genomda dalm vaziyette de olabilirler. Bu zde kopyalar yannda birde birbiriyle ilikili ama tamamen zde olmayan genler bulunur bunlara multigen aileleri denir Bunlarn hepsinin spesifik fonksiyonlar vardr ve rnleri izoformlar veya izoenzimleri olutururlar Multigen aileleri eer yksek oranda dizi homolojisi ve fonksiyon benzerlii gsteriyorsa klasik gen aileleri olarak tanmlanrken Dizi homolojisi az fakat fonksiyon benzerlii varsa sper gen aileleri olarak tanmlanr karyot genomlarn byk boyutuna katkda bulunan bir faktrde birok genin , bir ksm genellikle ilevsel olmayan ok sayda kopya olarak bulunmasdr levsel olmayan gen kopyalarna denir karyot genomlarn byk boyutuna katkda bulunan bir faktrde birok genin , bir ksm genellikle ilevsel olmayan ok sayda kopya olarak bulunmasdr levsel olmayan gen kopyalarna denir 2 farkl mekanizmayla oluabilir; DNAnn bir parasnn duplikasyonu ve bir DNA dizisi blounun genomda yeni bir yere transferiyle sonulanr Alternatif olarak genler mRNAnn ters transkripsiyonu ve daha sonra cDNA kopyasnn yeni bir kromozomal blgeye entegrasyonu ile duplike olabilir nsan genomunun byk bir ksm gen d tekrar dizilerinden olumutur ve bu diziler ard arda tekrarlar ve genoma dalm tekrarlar olarak bulunur

Bu tekrar dizileri 5-200 nkleotidlik ksa dna dizilerinin ard arda yerlemi binlerce kopyasndan oluur Tekrarlanan bu dizilerde tekrar says deiken olduu iin genellikle polimorfiktir Byle ard arda tekrarlanan dna dizilerinin hepsine birden satellit dna denir nsan genomunun %10-15ini oluturur ksmen translokasyon yapmayan basit veya kompleks yapl ksa DNA tekrarlarndan oluan ok byk seriler halinde bulunur A T bakmndan zengin olduu iin genomun dier ksmlarna gre daha az youndur bu nedenle dier ksmlardan ayr bantlar oluturur Tekrar niteleri 9-64 b arasnda ve tekrar bloklar 0.1-20 kb arasnda deiir. Genomda 1000 kadar blok bulunur(VNTR dizileri) Bu tekrar niteleri zellikle kromozomlarn subtelomerik blgelerinde bulunur Fonksiyonlarnn rekombinasyonlarla ilikili olduu dnlen bu diziler , polimorfik yapda olduklarndan babalk testi ve adli tp gibi vakalarda marker olarak kullanlrlar Tekrar niteleri 1-4 b olup , tekrar bloklarnn uzunluu 150 b civarndadr Genom zerinde tek dze olarak dalm 100.000den fazla blge vardr Bunlar ileri derecede polimorfik olduklarndan genetik marker olarak kullanlrlar nsan genomunun yaklak 1/3 genomda dalm vaziyette bulunan ve hareketli elementlerin dejenere kopyalar olan DNA tekrarlardr Bu diziler kararsz olup genomun deiik blgelerine g edebilirler( transpozisyon) Kmeler halinde bulunmazlar genomun eitli blgelerine dalm vaziyettedirler Hareketli elemanlar 2 grup halinde incelenebilir ; Transpozonlar Retrotranspozonlar Genom iinde kopyalanarak ve tekrar DNAya katlarak hareket ederler nsan genomunda yaklak 300.000 kopya DNA transpozonu vardr ve bunlar 80-3000 baz ifti uzunluunda olup insan DNAsnn yaklak %3n olutururlar Yer deitirmeleri ters transkripsiyon araclla olur Alu tekrarlar ailesi en tipik rneidir Alu dizileri retrotranspozondur ve RNA pol III aracl ile oluan DNA kopyalar olduu sanlmaktadr. (Retrotranspozonlar kendilerini RNAya ardndan reverse transkriptaz ile DNAya dntrebilen yapsal bileenlerdir nsan genomunda en yaygn olarak bulunan dizilerdir. GCden zengin blgelerle ilikili olup intronik blgelerde yerleiktir Fonksiyonlar bilinmemektedir ancak snelerde RNA polimeraz III iin promoter blgeler bulunabilir ancak kendileri herhangi bir protein kodlamazlar Bunlar ATden zengin blgelerle ilikilidir RNA polimeraz III iin internal promoter bulundururlar 6500 baz ifti uzunluunda olabilen bu dizilerin , tm genom boyunca 50.000-100.000 kadar kopyas bulunmaktadr Line iin rnek;lne1 (L1) ve lne2 (L2) aileleridir Bunlar 1.5-10 kb uzunluunda ve 300-1000 blik LTRlerle evrelenmi revers transkriptaz kodlayan dizilerdir. Direk insersiyonel mutagenesiz asndan bu dizilerin genoma etkileri ok nemlidir MNE ERC