http://biotek.ankara.edu.

tr/

400100710011-Bitki Hücre
Biyolojisi

Prof. Dr. Ali ERGÜL

Ankara Üniversitesi, Biyoteknoloji Enstitüsü
HAFTA-1 Bitki Hücre Biyolojisine Giriş-Bitki Hücre Biyolojisinde Temel Kimya Prensipleri
HAFTA-2 Biyomoleküller
HAFTA-3 Hücresel Membranların Yapısı ve Fonksiyonları, Subcellular (Hücre içi)
Organellerin Yapısı ve Fonksiyonları
HAFTA-4 Biyomoleküllerin Membranlar Arası Hareketi-I
HAFTA-5 Biyomoleküllerin Membranlar Arası Hareketi-II
HAFTA-6 Bitkilerde Mitoz-Mayoz Bölünme
HAFTA-7 Mendel Genetiği-I
HAFTA-8 Mendel Genetiği-II
HAFTA-9 Protein Sentezi-I
HAFTA-10 Protein Sentezi-II
HAFTA-11 Kloroplast, Mitokondriyal Protein Sentezi
HAFTA-12 Fotosentez
HAFTA-13 Bitki Hormonları
HAFTA-14 Sinyal İletimi
HAFTA 11: KLOROPLAST,
MİTOKONDRİYAL PROTEİN
SENTEZİ
 Bitki Organelleri Genomlarının
Ekspresyonu
• Bitkilerde kloroplast ve mitokondri kendi genomlarını içermekte olup
genomları ile ilişkili polipeptidleri kodlamaktadırlar.
• Her iki genom da yarı bağımsız olup nüklear genom tarafından
kodlanan polipeptidlerin birçoğu organellerin yapısı için gereklidir.
 Kloroplast Genom Ekspresyonu
• Yüksek bitkilerde kloroplast genomu halkasal yapıda 120-160 kbp
büyüklüğünde olup yaklaşık 130 gen içermektedir. Bu genlerin
ürünlerinin yaklaşık yarısı kloroplast genom ekspresyonu
(transkripsiyon/translasyon) ile ilişkili iken 30’u 5 fotosentez alt ünite
kompleksleri (fotosistem I, fotosistem II, sitokrom b6F kompleks,
ATP sintaz ve ribüloz bifosfat karboksilaz/oksijenaz kompleksi) ile
ilişkilidir.
• Kloroplast genomunda büyük intergenik bölgeler bulunmakta ve 20-
21 ORF tarafından kodlanan polipeptidlerin fonksiyonu
bilinmemektedir. Parazitik bitki olan ‘Epifagus virginiana’ en küçük
kloroplast genomuna (71kbp) sahip olup fotosentez ile ilşkili genleri
içermemektedir.
• Kloroplastın transkripsiyon ve translasyon makinesi prokaryotlara
benzer birçok özellik taşımaktadır.
 Kloroplast Genom Ekspresyonu

• Örneğin kloroplast ribozomları 70S büyüklüğünde olup, kloroplast

rRNA ve tRNA sekansları E.coli deki yapılarla benzerdir. Kloroplast
mRNA’sı 5’ ucunda trifosfatları içerirken poli (A) kuyruğu
içermemektedir.
• Kloroplast transkripsiyon ve translasyon komponentlerinin çoğu
nüklear genom tarafından kodlanmaktadır. Kloroplastın genetik
sistemi ile ilgili bilgiler nüklear genom ve kloroplastik genlerin
koordinasyonunu gerektirmektedir.
 Kloroplast Genom Ekspresyonu
• Kloroplast DNA daki ifade arttırıcı bölgelerin sekansları E.coli’ deki ‘-
10’ ve ‘-35’ bölgesindeki korunmuş sekanslar ile benzerdir. Bu
promotor sekanslar plastid kodlayan plastid (plastid encoded plastid
=PEP) tarafından tanınmakta ve korunmuş 2 hekzamerik sekanstan
(TTGACA ve TATAAT) oluşmaktadır.
• In vitro transkripsiyon sistemlerinde promotorlarında delesyon ya da
mutasyona tabi tutulmuş örneklerle yapılan çalışmada ‘-10’ ve ‘-35’ in
birçok genin transkripsiyonu için gerekli olduğunu doğrulamıştır.
Kloroplast genlerinin transkripsiyonu DNA bağımlı RNA polimeraz
tarafından katalizlenmektedir.
• Kloroplastta çoklu RNA polimeraz aktiviteleri saptanmıştır. Öte yandan
tRNA ları da içeren bazı genler transkripsiyon başlama bölgelerinde
genel prokaryotik promotor sekanslarından yoksundur. Örneğin rps16
geninde ‘-10’ daki motif bulunurken ‘-35’ teki motif bulunmamaktadır.
 Kloroplast Genom Ekspresyonu
• Ayrıca ‘-10’ ve ‘-35’ ten başka promotor sekansları NEP promotorları
(nüclear encoded chloroplastic RNA polymerases) da belirtilmektedir.
Bu promotorlar transkripsiyon başlama bölgeleri çevresinde kısa
korunmuş sekanslara sahiptir.Çoklu transkripsiyon başlama bölgeleri
özellikle kloroplast genleri psbD, atpB’da bilinmektedir.
• PEP faktörleri çekirdek tarafından kodlanmakta ve PEP in yanısıra
kloroplast çekirdek tarafından kodlanan RNA polimeraz (nuclear
encoded RNA polymerases =NEP) içermektedir.
• Arabidospsis kloroplastında en az 2 NEP bulunmaktadır. NEP’ ler
mitokondriyal RNA polimerazlar ile ilişkilidir.
• Genellikle çekirdek tarafından kodlanan RNA polimerazlar plastid
gelişiminin erken döneminde bulunurken, fotosentez ile ilişkili genlerin
transkripsiyonunda ise kloroplast tarafından kodlanan RNA
polimerazlar bulunmaktadır.
 Kloroplast Genom Ekspresyonu
• Birkaç kloroplast geni monositronik olarak transkripsiyona uğrasa
da, polisitronik olan pre-RNA lar fotosentez, transkripsiyon ve
translasyon gibi fonksiyonlarla ilişkili proteinler ya da tRNA ile ilgili
mesajları içermektedir. Kloroplast polisitronik pre-RNA ları üst üste
çakışan kısa RNA lar içerisinde işlenmiştir.
• Kloroplasttaki transkripsiyon seteri çoklu 5’ sonlarını
içerebilmektedir. Aynı mRNA üzerinde farklı 5’ sonlanmalar mRNA’
nın farklı stabilizasyonunu ve translasyon kontrolünün
sağlamaktadır. Arpada 5’ ucunda 35 ek nükleotid içeren rbcl’ye
alternatif transkript birikmektedir.
• Bu ilave sekans 16S RNA’nın 3’ ucundaki komplementer sekansa
homoloji göstermektedir. rbcl ve 16S RNA arasındaki intramoleküler
kompleksin farklı formları ile rbcl’nin translasyonu
engellenebilmektedir.
 Kloroplast Genom Ekspresyonu

• Birkaç kloroplast geni intronlarla bölünmektedir. Tütün kloroplast

genomunda 18 gen intron içeriyor olup (503-2526 bp uzunluğunda)
bu genlerin 6’sı tRNA, 12’si ise protein kodlama ile ilişkili genlerdir.
• Çoğu intron karakteristik olarak grupII intron sınıfına benzer
evrimsel olarak korunmuş ikincil yapıya sahiptir. Kloroplast grupII
intronları korunmuş 5’ GTGYGRY....... RYCNAYYYYTAY-3’
sekanslarını içermekte ve kısmen çekirdek pre-RNA intronlarına
benzemektedirler.
• GrupII intronlarında kendi siplayzing (self-splyzing) gözlenmemiştir.
Bu durum kloroplastik transkritlerin splayzing mekanizması için
nüklear transkriptlerde olduğu gibi RNA-protein interaksiyonlarının
varlığının gerektiğini göstermektedir.
 Kloroplast Genom Ekspresyonu
• Yüksek bitki organellerinin mRNA ları RNA düzenlemesi (RNA editing)
olarak bilinen başka bir posttranskripsiyonel prosese tabi tutulurlar.
Kloroplastta bu durum ilk olarak mısır rpl2 transkriptinde tanımlanmıştır.
Rpl2 transkriptinde AUG (Met) başlama kodu ACG(Thr) kodonundan
oluşturulmaktadır (C den U ya geçiş ile). Plastidlerde RNA düzenleme
pre-mRNA proseslerinin erken bir evresinde gerçekleşmektedir.
• Bir türde RNA düzenlemesi yapılan transkript farklı bir türdeki doğru
DNA nükleotidini içerebilmektedir. Örneğin; psbF mRNA sı ıspanak
plastidlerinde serin kodonunun fenilalanine değiştirilmesiyle
düzenlenirken tütünde ise DNA düzeyinde fenilalanin kodunu
bulunmaktadır.
• Düzenleme mekanizmasında düzenlenecek bazların nasıl özelleştirildiği
henüz tam olarak bilinmemekle birlikte düzenleme yapılacak bölgedeki
sınır sekanslarının oldukça önemli olduğu belirtilmektedir.
 Kloroplast Genom Ekspresyonu

• Kloroplast RNA larının kararlı durumu büyüme dönemlerinde,

çevresel uyarıcılar ve sirkadiyan ritimlerle dalgalanarak değişir.
Genel olarak fotosentez ile ilişkili proteinler yeşil dokularda
depolanmakta iken plastidlerde ve fotosentetik olmayan dokularda
(aminoplast–kromoplast) depolanma oranları düşüktür. Kloroplast
transkriptlerinin kararlı durumu transkripsiyonel aktivite ve ya belirli
transkriptlerin stabilizasyonuyla düzenlenmekte ve büyük ölçüde
ışıktan etkilenmektedir.
• Kloroplastta degredasyon için transkriptlerin poliadenilasyon ile
işaretlendiği gösterilmektedir. Poliadenilasyon transkriptleri kararsız
kılmaktadır. Bunun sonucunda belirli transkriptlerin kararlı durumları
kloroplasttaki transkripsiyon oranından ziyade stabiliteyi sağlayan
transkripsiyon faktörleriyle düzenlenmektedir.
 Kloroplast Genom Ekspresyonu

• Kloroplast RNA larının kararlılığı türden türe değişmekle birlikte

kloroplast gelişimi ve çevresel koşullara bağlıdır. Kloroplast mRNA’
larının çoğu 3’ UTR bölgelerinde katlanıp ilmek şekli verebilen ters
tekrar bölgeleri içermektedir.
• Bu ters çevrilmiş tekrar bölgelerinin prokaryotlarda transkripsiyonu
durdurucu fonksiyonları bilinmektedir.
• Fakat bu sekansların transkripsiyonu durdurucu özelliğinden öte
işleme sinyalleri olarak görev yaptıkları gösterilmiştir.
• Ters çevrilmiş tekrar bölgesi içeren pre-RNA 3’ ekzonükleazlar ile
3’5’ yönünde işlenmektedir.
• Çekirdek tarafından kodlanan farklı polipeptidlere bağlanabilen 3’
uçtaki ilmek yapısının işlenmesi transkripte kararlılık sağlamaktadır.
 Kloroplast Genom Ekspresyonu
• Bu çekirdek faktörleri RNA bağlanma proteinleri (RNA bindig
proteins=RNPs) olup pre-RNA nın siplayzing ve/veya işlenmesini
içermektedir.
• Tütünde bu şekilde 5 protein izole edilmiş ve bu proteinlerin ilmeğe
bağlanması için 4 domaini olduğu belirlenmiştir. Bu domainler, transit
peptid, asidik amino terminal domain ve korunmuş 2 RNA bağlanma
domainidir. RNA bağlanma domainin 80 aminoasidi RNA bağlanma
domaini korunmuş sekans tipi (consensus sequence type RNA binding
domain=CS-RBD) ailesine ait olup RNA bağlayıcı özelliktedir.
• Çekirdek tarafından kodlanan RNA bağlayıcı proteinler farklı birçok
bitkiden izole edilmiş 5’ veya 3’ UTR ye olan bağlayıcı özellikleri
belirlenmiştir. Bu polipeptidler sadece transkriptin dayanıklılığını
sağlamayıp 5’ UTR ye bağlandıktan sonra translasyon aktivatörü
olarak görev yapmaktadırlar.
 Mitokondriyal Genom Ekspresyonu
• Bitki mitokondriyal genomu insan ve maya mitokondriyal genomu ile
karşılaştırıldığında oldukça büyük ve ve çok çeşitli büyüklüklerde
olabilmektedir. Büyüklüğü 200 kbp (Solanum tuberosum)’den 2400 kbp
(Cucumis melo) ya kadar değişebilmektedir. Bu büyüklükte olan genom
da çok yerde bulunan kodlanmayan sekansların varlığı fazladır.
• Kloroplast genomuna kıyasla mitokondriyal genom oldukça komplekstir.
Mitokondriyal genomun kompleksliği kısaca ‘ana daire (master circle’
olarak ifade edilmektedir.
• Ana daire rekombinasyonda aktif olan tekrar bölgeleri içermektedir. Direk
tekrarlar arasındaki rekombinasyonlar delesyonlarla sonuçlanmaktadır.
• Bu delesyonlar sonucunda da ‘subgenomic’ moleküller üretilmektedir. Bu
moleküllerin bolluğu ise değişkenlik göstermektedir. Çoğu düşük kopya
sayısı içermekte ve ‘sublimon’ olarak adlandırılmaktadırlar.
 Mitokondriyal Genom Ekspresyonu
• Çeşitli mitokondriyal DNA ların konfigürasyonlarının çeşitliliğinde nüklear
genlerin rollerinin olabileceği belirtilmektedir. Mısır rekombinasyonda
etkili olan 5 farklı tekrar bölgesi içermektedir. Bu da mısır genomunda
çok sayıda ve birbirinden farklı subgenomic ürüne neden olmaktadır.
Eğer bu moleküller aktif tekrar bölgelerini de içeriyorsa intra ve inter
moleküler rekombinasyona uğrayacaklarıdır. Bu özelliklerden dolayı
farklı farklı bitki türleri mitokondriyal genomlarında çok az sayıda
korunmuş bölge bulunacaktır.Hatta türlerin içerisinde bile az
korunmuşluk veya korunmama durumu mevcuttur.
• Arabidopsiste mt-genomunda 366924 nükleotid sadece 57 tanımlanmış
geni kodlamaktadır. Bunlar solunum kompleksi komponentleri olup çoğu
bitkinin mitokondriyal genomunda ortak olarak bulunmaktadır.
• Marchantia polymorpha (kızıl yapraklı-vasküler olmayan bitki) da
kodlanan peptidler özellikle ribozomal proteinleri içeriyor olup
Arabidopsisten daha fazladır.
 Mitokondriyal Genom Ekspresyonu

• Mitokondriyal genomun sadece 3’te 1’inde stabil transkriptler

görülmektedir. Geri kalanı ise gerekli olmayan, kloroplasttan köken
alani kısmen çekirdek ve mitokondriyal sekansların
duplikasyonunun bir parçası olarak gösterilmektedir.
• Geniş ölçüde yapılan rekombinasyonlarla mitokondri genomunda
intergenik bölgelerde birçok varyasyon olabilmektedir. Mitokondri
için gerekli olan birçok gen bağımsız promotorlardan monositronik
olarak ifade olmaktadır (atp6, atp9, cytb, cox1, cox2 ve cox3).
• Mitokondriyal transkriptlerin çoğu geni asıl kodlayan bölgenin
uzunluğundan daha fazladır. Transkriptlerin çoğu 3’ ve 5’ uçlarında
yüzlerce nükleotitten oluşan kodlanmayan bölgeler içermektedir.
Mitokondriyal Genom Ekspresyonu
• Transkripsiyon başlama bölgelerinde yapılan çalışmalarla yazılan ilk
nükleotid çevresinde korunmuş sekansların varlığı gösterilmiştir. Bitki
mitokondriyal promotoru (yaklaşık 18 nükleotid uzunluğunda) kısa ve
korunmuş sekans göstremekte (CRTA) ve transkripsiyonun başlama
bölgesi üzerine çakışmaktadır.
• Birçok çalışmada bitki mitokondri yapısında farklı promotorların
olduğunu göstermiştir. Bazı protein kodlayan genlerin promotorları
korunmuş CRTA motifinden farklıdır. Örneğin; monokotil ve
dikotillerdeki rRNA genlerinin transkripsiyonunun farklı tipteki tanıma
bölgeleri sekansları ile başlatılmaktadır.
• Mitokondriyal genom RNA polimeraz için herhangi bir gen
içermemekte çekirdek genomu tarafından kodlanan polimeraz ihtiyaç
duyulmaktadır. Son zamanlarda yapılan çalışmalarda mitokondriyal
hedefleri kodlayan genlerden faj T7 tip polimerazın mitokondriye
yönlendirildiği gösterilmiştir.
 Mitokondriyal Genom Ekspresyonu
• RNA düzenlenmesi (RNA editing) bitki mitokondriyal genleri için
karakteristik bir özelliktir. RNA düzenlenmesi ile doğru ORF’ler için gerekli
olan C’den U’ya ve U’dan C’ye değişimi içeren motifler
düzenlenmektedir.Bu sebeple RNA editing aşaması gen ekspresyonunun
düzenlenmesinde önemli bir basamaktır. Buğday mitokondrisinde 19
mRNA'nın 364 pozisyonda RNA editing’e tabi tutulduğu belirlenmiştir.
• Bu zamana kadar en az düzenlenen transkript nad5 (1000 nükleotit
başına 5.5 düzenleme bölgesi) iken c-tip sitokrom biyogenezinde görevli
orf206 ise en çok düzenlenen (1000 nükleotit başına 67.9 düzenleme
bölgesi) transkripttir. Rekombinasyon çalışmaları doğru düzenleme için 5’
uçtan düzenleme bölgesine kadar olan sekansın çok önemli olduğunu
göstermiştir.
• Örneğin; mısır rps12 geninde spesifik düzenleme için 5’uçtan düzenleme
bölgesine kadar en az 20 nükleotidin bulunması gerekmektedir. Genel
olarak bakıldığında ise bu bölgede en az 25 nükleotidin bulunması
gerekmektedir.
 Mitokondriyal Genom Ekspresyonu
• Kısmen düzenlenmiş trasnkriptler bitki mitokondrisinde bazen transle
olabilmekte fakat uygun proteinler birikememekte ya da birikse bile bu
proteinler uygun protein komplekslerine girememektedir.
• Özet olarak; bitki genlerinin transkripsiyonu, aktiviteleri farklı cis-akting
elementlerle düzenlenen 3 farklı RNA polimeraz ile yürütülmektedir.
RNA polimeraz II pre-mRNA nın transkripsiyonunda görevlidir. Genel
transkripsiyon faktörleri başlama kompleksinin içine monte olur (TATA
kutusu). Pre-mRNA transkriptleri siplayzing, şapka takılması, poli (A)
kuyruğunun eklenmesi işlemlerine tabi tutulmalı, olgun transkriptler
çekirdekten çıkarak sitozolde translasyonu başlatmalıdır.
• Kloroplast ve mitokondri gen ifadesi çekirdekteki gen ifadesinden farklı
olup farklı transkripsiyonel ve translasyonel mekanizmalara ihtiyaç
duymaktadır.
 Ders Kapsamında Yararlanılan
Kaynaklar
1. Hücrenin Moleküler Biyolojisi, 2008, Alberts ve ark. ISBN:
9789944252225.
2. Plant Biology (Editors: A.J. Lack and D.E. Evans) 2001. School of
Biological and Molecular Sciences, Oxford Brookes University,
Oxford, UK.)
3. Plant Cell Biology (Editors: William V. Dashek, Marcia Harrison)
2006.
4. Regulation of Gene Expression in Plants The Role of Transcript
Structure and Processing (Editors:Carole L.Bassett).