APOPTOSS

Kaspazlar (Hcresel
Giyotinler)
Kaspaz enzimleri byk bir proteaz enzim
ailesidir.
Aktif merkezlerinde sistein amino asidi tarlar
ve hedefledikleri proteinleri aspartik asit
birimlerinden kestikleri iin bu ismi almlardr
(C-Asp-ase; C: sistein amino asiti simgesi, Asp:
Aspartik asit, -ase: kesici enzim eki).
ki tane heterodimerin bir araya gelerek
tetramer yapda aktif kaspaz enzimini oluturur.
Her enzim iki tane aktif merkeze sahiptir.
 Apoptozis srasnda kaspazlardan ilk grev
alanlar (upstream caspases) balatc (initator)
ya da nc kaspazlardr.
Apoptotik yolan sonraki aamalarnda grev
alan kaspaz enzim zincirinin dier yeleri ise
effektr (downstream caspases) kaspazlar
olarak adlandrrlar.
Effektr kaspazlar balatc bir kaspazla aktive
edilirler.
Kaspaz 2,8, ve 10 balatc kaspazlardr.
3,6 ve 7 ise effektr kaspazlardr.
Kaspazlar hcrelerde yzden farkl proteini
substrat olarak kullanrlar.
 Kaspaz Aktivitesinin
Dzenlenmesi
Apoptozisin dzenlenmesinde grev alan
bir dier hcre ii protein ailesi IAP
(inhibition of apoptosis)lardr. ki yolla
apoptozisi inhibe ederler.
A) Prokaspazlara balanarak
aktivasyonlarn nlerler
B) Aktif kaspazlara balanarak aktivite
gstermelerini engellerler.
 Apoptozis Srasnda ekirdekte
Grlen Deiimler

Apoptozisin en belirgin zellii kromozomal

DNAnn nkleozomal birimlere
paralanmasdr.
Apoptotik hcrelerde ekirdek DNAsnn
paralanmas kaspaz aktivasyonu sonras
birka yolla gerekleir;
1. DNA onarmnda grevli enzimlerin
inaktivasyonu
2. DNA replikasyonunda grev alan enzimlerin
inaktivasyonu
3. Yapsal ekirdek proteinlerinin yklmas
4. DNA fargmentasyonu
 1. DNA onarmnda grevli enzimlerin
inaktivasyonu
Poly (ADP-riboz) polimeraz enzimi (PARP)
kaspazlarn ilk tanmlanan substratdr.
PARP DNA onarmnda grevli bir enzimdir.
DNA hasar srasnda krk DNA zincirlerine
balanarak poly(ADP-riboz) sentezini katalizler.
Kaspaz-3 apoptozis srasnda PARPa balanarak
hasarl DNAnn onarlmasn nler.
2. DNA replikasyonunda grev
alan enzimlerin inaktivasyonu

DNA topoizomeraz enzimi;

ekirdekte bulunan
DNA replikasyonu ve onarmnda grev alan
enzimlerden biridir.
Kaspazlar bu enzimi inaktive ederek
DNA hasarna neden olurlar.
 3. Yapsal ekirdek
proteinlerinin yklmas

Laminler ekirdek ii proteinlerdir

kromatin ve ekirdek membran arasnda
etkileime araclk ederek ekirdein eklini
belirlerler.
Kaspaz-6 apoptotik hcrelerde laminleri
paralayarak kromatin kondensasyonuna ve
ekirdein fragmantasyonuna neden olur.
4. DNA fargmentasyonu
Apoptotik hcrelerin DNAs agaroz jel
elektroforezinde merdiven basamana benzer (ladder
formasyonu) bir yap biiminde grlr.
Bu fragmentasyon apoptotik hcrelerde CAD (caspase
activated DNaz) enzimi tarafndan DNAnn
nukleozom birimlerine kesilmesiyle salanr.
CAD normal hcrelerde ICADa (inhibitor of CAD,
DNA fragmentasyon faktr 45) bal inaktif formda
bulunur,
apoptozis sinyali alan hcrelerde kaspazlar tarafndan
(kaspaz-3) kesilir ve CADi serbest brakr,
Bu enzim DNaz olduu iin ekirdek DNAsnn hzl
biimde 50-200 baz iftlik nkleozomal fragmanlara
kesilmesini salar.
 Apoptozisin Dzenlenmesinde Grev
Alan Genler
ok sayda gen apoptoziste grev alr.
Bu genlerin bir blm hcre yzeyinde bir blm ise hcre ii
sinyal iletim yollarnda grev alrlar.
Bu genlerden apoptoziste grev alan en nemli gen grubu Bcl-2
ailesidir.
Bcl-2 ailesi proteinleri programl hcre lmnn kontrol
noktalarnda grev alr.
Bcl-2 kurucu yedir ve B-hcre lenfomasnda tanmlandndan bu
ad almtr (B cell lenfoma).
1988 ylnda Bcl-2 proteininin apoptozisi inhibe ettii ve kanser
geliimine neden olduu belirlenmitir.
 Bcl-2 mitokondride bulunur ve apoptoziste grlen
ekirdek kondensasyonu ve hacim daralmasn
engeller.
Memeli hcreleri Bcl-2 ailesinin tm yelerine
sahiptir.
Bu ailede bulunan proteinlerin bazlar apoptozisi
hzlandrrken (proapoptotikler) dierleri apoptozisi
inhibe ederler (antiapoptotikler).
 Bcl-2 apoptozis srasnda birok ilev grr;
proapoptotik aile yelerine balanarak onlar inhibe eder,
mitokondri membrannda iyon akn dzenler,
Sitokrom c salnmn dzenler, apoptotik proteaz
aktivasyon faktrleri-1 (Apaf-1) e balanarak
inhibisyonunu salarlar.
Proapoptatik yeleri Bad ve Baxtr.
Bunlar mitokondri membrannda dorudan etkileerek ya
da antiapoptotik yelere balanarak heterodimerik
moleklleri olutururlar ve hcreyi lme srklerler.
TUNEL
. Mantarlarda Apoptoz
Saccharomyces cerevisiaede molekler apoptotik
mekanizmalarn ilk kant da ortaya karlmtr.
Aspergillus fumigatusda byyen kltrlere stres
uygulamasndan sonra tipik apoptotik DNA sznts
bildirilmitir.
Farkl fungal sistemlerde DNA iplik krklarn
grselletirmek iin TUNEL deneyi baarl ekilde
uygulanmtr.
Duraan faza giren misellerden elde edilen A. fumigatus
protoplastlar TUNEL-pozitif olarak test edilmitir ve
TUNEL deneyi Colletotrichum trifolli hiflerinde de baaryla
uygulanmtr.
 Memeli hcrelerinin dier apoptotik zellii olan
fosfatidilserinin (PS) plazma zarnn i yznden d
yzne yeniden yerleimi S. cerevisiaede (1997) ve
birka filamentli mantarda daha (2007) anneksin V
boyama ile gsterilmitir.
Ortak apoptotik zelliklerden biri memeli
apoptozunda nemli rol oynayan kaspazlarn
aktivasyonunu tetiklemek iin mitokondriden
sitokrom c salnmdr.
imdiye kadar sitokrom cnin sitozole geii asetik
asit uygulamas ile sadece maya hcrelerinde
kantlanabilmitir fakat filamentli mantarlarda
kantlanamamtr.
 Silva ve ark., 2005 ylnda sitokrom cnin delesyonlu
rkalarnn hiperosmotik strese kar yabani tiplerden
daha direnli olduunu sitokrom cnin fungal
apoptozda bir rol oynad dncesini destekleyerek
rapor etmilerdir.
Filamentli mantarlarda sitokrom c salnm nemli
lde henz kantlanamam olmasna ramen;
birka rapor uygun memeli kaspaz substratlarnn
kullanmyla farkl mantarlardan elde edilen total
protein ekstraktlarnda kaspaz benzeri aktiviteleri ne
srer.
lgin ekilde, yksek kaspaz benzeri aktivite ieren
fungal protein ekstraktlar varlnda PARPn e
zamanl ykm gzlenmitir.
 Metakaspazlar olarak adlandrlan ve memeli kaspazlar ile
ksmi dizi homolojisi tayan zgl proteazlarn fungal hcre
ekstraktlarnda tanmlanan kaspaz benzeri aktiviteden
sorumlu olabilecekleri dnlmtr
fakat gnmzde memeli kaspazlar ve metakaspazlarda
blnme blgelerinde farkllklara ait gl kantlar vardr.
Kaspazlar aspartat ieren peptid blgelerinden blnrken
baz metakaspazlarn optimal blnme aktivitesi peptid
substratn P1 pozisyonundaki bir arjinin bakiyesi olarak
saptanmtr.
 Metakaspaz baml yola ek olarak bir kaspaz
bamsz yolakla ileyen apoptoz da mantarlarda aktif
gzkmektedir.
Genel olarak AIF ve endoG homologlar mayalarda
tanmlanm ve karakterize edilmitir ve proteinlerin
insanlarda da ayn fonksiyonu stlendiklerine dikkat
ekilmitir.
Son olarak PTPC (mitokondrinin i ve d yzeyine
bakan geii salayan por kompleksi, d duvara
bakan voltaja baml anyon kanal (VDAC); AIF ve
sitokrom-c salnm) komponentlerinin karyotlarda
iyi korunduu bulunmutur.
 S. cerevisiaede delesyonlar yksek stres direnci ile
sonulanan ANT (adenin nkleotid gerigeni) geninin
aksine mayada siklofilin D kodlayan genin delesyonu asetik
asit ile tetiklenen apoptozda hibir etki sergilememektedir.
Memelilerde ANT ve siklofilin D mitokondri i zar ve matrikse bakan
yzeyde bulunan 18 kDA luk benzodiazemin reseptr ve
hekzokinazdan oluan PTPC dir.
Fakat maya siklofilin D homolou bakr ile tetiklenen
apoptotik programa arac gzkmektedir.
mantarlarn BCL-2 ailesinden dizi homologlarndan yoksun
olduu gereine ramen memeli proteinlerini kodlayan
genlerin mayadaki heterolog ekspresyonu srasyla pro ve anti-
apoptatik etkilere yol aar.
Bu sebeple mantarlarn BCL-2 sper ailesinin fonksiyonel
homologlarn tad muhtemeldir.
 Memeli ve Fungal Apoptoz
Arasndaki Farklar
Memeliler ve mantarlar, programl hcre lmn
kantlayan birka apoptotik faktr paylar.
Buna ramen dk karyotlardaki sinyal yolaklar
memelilerdeki sinyal yolaklarndan daha basittir.
memeli apoptozunun d yolan tetikleyen lm
reseptrlerinin zellikleri mantarlarda tanmlanmamtr.
En ok eleme feromonlar, normal olarak iyi
tanmlanm bir MAP kinaz sinyal kaskadn aktive eden
spesifik G protein eli reseptrler tarafndan tannan d
sinyaller olarak dnlebilir.
Yksek feromon konsantrasyonlar apoptotik hcre
lmne yol aar.
 Mantarlarda apoptozun i yolaklar aka aktifken,
memelilerle kyaslandnda bu yolaklar daha
basitlemi versiyondadr.
En azndan sitokrom c salnm mayalarda kantlanm
olmasna ramen apoptozom oluumu
saptanamamtr.
Memelilerdeki kaspazlardan blnen protein blgeleri
ile farkl olan fungal metakaspazlar, kaspaz baml i
apoptoz yolann bir parasdrlar.
lgin ekilde imdiye kadar fungal genomlar iinde
ikiden fazla metakaspaz geni tanmlanamamken
insan genomu apoptotik srelere katlan farkl
grevlerle kaspaz setleri iermektedir.
 Memelilere benzer ekilde maya BIR1 (Baculovirus
IAP tekrarlar) olarak adlandrlan bir IAP homolou
ierir ki bu protein NMA111 (homolou Omi/Htr2A,
mitokondrinin membranlar arasnda bulunan
proteindir ve IAPye balanma motifi tar) ile
etkileir.
Fakat memeli Omi/Htr2A proteini normal olarak
mitokondride lokalizedir; NMA111 ise bir nklear
proteindir.
Bu durum fungal ve memeli apoptozlarnn
mekanizmal detaylarnda da ak ekilde farkl
olduunu vurgular.
 Mantarlarda kaspaz bamsz apoptoz yolaklar az
aratrlmtr.
Sadece mayada AIF ve endoG baml hcre lm
iin kant gsterilmitir.
Fungal alemde, pro ve anti-apoptotik srete nemli
rol oynayan insan BCL-2 proteinlerinin hibir yapsal
homolou saptanamam olmasna ramen bu insan
protein snf mayada ve dier mantarlarda aktiftir.
Bu bilgiler birlikte ele alndnda, ilkel fungal
apoptotik sinyal yolaklarnn memeli apoptozunun
evrimsel ncs olduu ile ilgili yaplan tahminler
olduka caziptir.
Fakat evrimin erken evrelerinde hangi durumlarda ve
niin bir apoptotik program evrimletii
bilinmemektedir.
 TEEKKRLER