ENDOPLAZMİK

RETİKULUM İÇİNE
PROTEİN TRANSPORTU
Hazırlayan:
Doç. Dr. Buket KOSOVA
E.Ü.T.F. Tıbbi Biyoloji ABD
Yeni Sentezlenen Proteinlerin
Hücre İçindeki Dağılımları
 Serbest ribozomlar
‘öncü’ proteinleri
sentez ederler
 Bu proteinler sonra,
ait oldukları değişik
organellere doğru
yönelirler
 Organellerde bir dizi
olgunlaşma
aşamalarından
geçerler
 ER
Salgı Yolu

 Proteinlerin dağılımları
Golgi
ER’ da başlar ve
veziküler transport
ile ER’ dan → Golgi →
Plazma membranına
doğru devam eder

Plazma
membranı
Veziküler Transport & Salgı Yolu
 Salgı Yolu Çok
Karmaşıktır
 ER, Golgi ve Plazma
membranları arasında
muazzam bir vezikül
trafiği yaşanır:

 Devamlı salgılananlar
 Düzenlenerek salgılananlar
 Lizozomal olanlar
 ER
 Golgi
 Serbest ve ER Membranına bağlı
Ribozomlar
 Sitoplazmik proteinleri ve
başka organellerin
proteinlerini sentezleyen
ribozomlar serbest
halde bulunurlar
 Buna karşılık ER, Golgi,
Lizozom, Plazma
membranı ve salgı
proteinlerini sentezleyen
ribozomlar ER
Membranına bağlı
“İki (farklı) tür ribozom???” olarak bulunurlar
Serbest ve ER Membranına bağlı
Ribozomlar
Ribozomun sentezlediği protein onun
ER’ a yönlenmesini sağlar
 Ribozomun ER membranına yönlenmesini
sağlayan bilgi salgı proteininin dizisinde
bulunmalıdır!
ÇÜNKÜ,....
 Ribozom -salgı proteinini sentezlemeye
başladığı anda- sitoplazmadadır
 Salgı proteininin sentezi devam ettiği ve protein
uzamaya başladığı sırada, bir sinyal dizisi
açığa çıkar (?) ve ribozom-salgı protein -
Kompleksi ER membranına doğru yönlenir
 Endoplazmik Retikulum

 Granüllü ER: her birinin lüminal aralık genişliği 20-30 nm

olan, üst üste dizilmiş yassı sarnıçlardan meydana gelir

 Granülsüz ER: sarnıçlara bağlı bulunmaktadır, 30-60 nm

çaplarında olan ince bir tübüler ağı oluşturmaktadır
Granüllü ve granülsüz
ER’ ın izolasyonu
 Doku veya hücreler
parçalandığında, ER’ da
parçalanır ve birçok küçük
(~100 nm çapında) kapalı
veziküller meydana getirir
 Mikrozom adını alan bu
veziküller rahatlıkla izole
edilebilir:
– Granülsüz ER =
düz/granülsüz mikrozom
– Ganüllü ER=
pürtüklü/granüllü mikrozom
 Mikrozomlar
 Mikrozomun dış yüzeyi,
aynı ER’ ın dış yüzeyi
gibi, granüllü veya
granülsüz olabilir
 Mikrozomun içi de
ER Membranları biyokimyasal olarak aynı
ER lümeninin özelliklerini
taşır
 Granüllü mikrozom
ER’ da gerçekleşen
translokasyon olaylarının
araştırılması için yaygın
olarak kullanılır
Mikrozomlar
 Cell-free Sistem
 1999 Tıp Nobel
Ödülünün sahibi
Günter Blobel cell-free
sistemini geliştirmiştir
 Proteinlerin ER
membranı üzerindeki
translokasyonlarını
inceleyerek
‘Sinyal hipotezini’
ortaya atmıştır
Proteinler Salgı Yoluna Nasıl Katılırlar?
 Posta Kodu-Prensibi ile
 Salgı proteinleri bir ER’ a yönlenme Sinyaline 
yani, Sinyal Dizisine sahiptirler
– Blobel & Dobberstein (1975)  Sinyal Hipotezi

 Bilinen salgı proteinlerinin NH2-terminal amino

asit dizileri karşılaştırıldığında
 Sinyal dizileri arasında benzerlikler görülür!
  ~16-30 amino asit
uzunluğunda
Sinyal Dizilerin  NH2-terminal ucunda 1-2 tane
Benzerlikleri (+) yüklü amino asit
 Yaklaşık 10-12 amino asit
uzunluğunda merkezi,
hidrofobik -sarmal yapısı
 COO-terminal ucuna doğru
sinyal peptidazın tanıdığı
bir kesim yeri  -3/-1 Kuralı
 ER-Sinyal dizileri, bakteriyel
sinyal dizileri ile benzerlik
gösterirler (Sitoplazmadan
periplazmik bölgeye eksport)
 Bakteriyel ve ER-lümenindeki
sinyal peptidazlar da
benzerdirler  ikisi evrimsel
olarak korunmuşlardır!
 Farklı Salgı Proteinlerinin Sinyal Dizileri
(örn.: Bakteri için)

Kısa bazik dizi -Helikal hidrofobik dizi -3/-1 dizisi

-3 -2 -1  +1 +2

 -3/-1 Kuralı
-3 (Phe, Ile, Leu, Met, Val, Ala, Ser/Threo)
-1 (Ala, Ser, Threo, Gly, Cys)
 Post-Translasyonel Transport = Ø
 Salgı Proteinleri için in-vitro ER-Translokasyon sistemi

Mikrozomlar, protein sentezi tamamlandıktan sonra

ortama verildiklerinde, protein translokasyonu gerçekleşmez!
 Co-Translasyonel Transport = 
 Salgı Proteinleri için in-vitro ER-Translokasyon sistemi

 Mikrozom varlığında salgı protein  Transloke olmuş protein dışarıdan

sentezi gerçekleşir (“cell-free”) verilen proteaza karşı korunur ve...
+ Ribozomlar, + tRNA’lar, ...lümende glikolize edilir 
+ Amino asitler, + ATP/GTP glikolize edici enzimler daima
lümen içerisindedirler!!!
 Serbest Ribozom →
Post-Translasyonel Transport
(örn.: nukleus, mitokondri vs. de olduğu gibi)

Serbest Ribozom → Post-Translasyonel Transport

 Mikrozom →
Co-Translasyonel Transport
(örn.: endoplazmik retikulum da olduğu gibi)

Mikrozom → Co-Translasyonel Transport

ER’ a Yönlenme Dizisi Hangi
Protein Tarafından Tanınır?
SRP – Signal Recognition Particle
türkçe: Sinyal Tanıyan Partikül
SRP – Signal Recognition
Particle
 ER’ daki protein transport-
unda kilit rolü bulunur
 80’li yılların başında
P. Walter & G. Blobel
tarafından tanımlanmıştır
 6 Protein ve 1 7S RNA
tarafından meydana gelir 
Ribonukleoprotein (RNP)
 SRP Nasıl Çalışır?

 SRP bir multifonksiyonel Protein / RNA – Kompleksidir

 Sinyal dizisine bağlanır (p54 aracılığıyla)
 Proteinin uzamasına (70-100 aa sonrası) engel olur
(p9/p14 aracılığıyla)
 Protein translokasyonunu başlatır (p68/p72 aracılığıyla)
 SRP-Reseptörüne bağlanır (p19/p54 aracılığıyla)
Salgı proteinini sentezleyen
ribozom ER membranına
nasıl ulaşır?
 SRP’ ye bağımlı ER Membranına
Yönlenme Mekanizması

 SRP’ nin fonksiyonu, daha tam olarak sentezlenmemiş olan

(ama:ribozomdan açığa çıkan ve bir ER’a yönlenme dizisine sahip)
salgı proteinini ER membranına yönlendirmektir.
 bu esnada Translasyon (polipeptid sentezi), Translokasyon (ER
membranı üzerinden transport) ile birleştirilir  co-translasyonel
Transport
 ER Membranındaki SRP Reseptörü

Sinyal dizisi Reseptörü = = SRP Reseptörü

(Sec61 Kompleksi)

 SRP’nin SRP reseptörüne bağlanması ile Sinyal dizisi-

Ribozom kompleksi onlardan ayrılır ve Sec61
kompleksine (yani, Sinyal dizisi Reseptörüne) geçer
 ER membranı üzerindeki translokasyon işlemi asıl bu
olaydan sonra başlar
 Sec61 Kompleksi
 Sec61 Kompleksi = Sinyal dizisi reseptörü =
ing. signal sequence receptor (SSR) =
protein translocator

 Bir protein tünelini oluşturur

 Sinyal dizisini bağlar
 , β ve j’ den oluşur
 Sinyal dizisinin → sinyal dizisi reseptörüne
geçişi GTP’ ye bağımlıdır (!!!)
 Sec61-Kompleksinin Tanımı

 İntegral ER membran proteinlerinden

oluşan ve içlerinde uzayıp – gelişen bir
polipeptid zincirinin geçtiği, bir tür
hidrofobik kanal (por)
 Sec61-Kompleksi ER Membranındaki
Translokasyon kanalını oluşturur

 Sec61, Sec61β ve Sec61j →

uzayıp - gelişen salgı proteinin ER
membranındaki translokasyonu esnasında
doğrudan temas ettiği proteinlerdir
ER İçine Protein Transportu
 TRAM
 Sec61-Kompleksi üyelerinin yanında, 24 kDa
ağırlığında TRAM adındaki bir başka protein de
bulunmaktadır
 TRAM Proteini, aynı Sec61-Kompleksi gibi,
transloke olan salgı proteinin sinyal dizisi ile
doğrudan etkileşir
 Sec61 proteini sinyal dizisinin hidrofobik
kısmıyla etkileşirken, TRAM Proteini daha çok
sinyal dizisinin hidrofilik NH2-terminal kısmına
bağlanır
 Sinyal Dizisine Ne Olur?
 Salgı proteinin sinyal dizisi -3/-1 bölgesinden,
ER-membranında bulunan bir sinyal peptidaz
tarafından kesilir ve uzaklaştırılır
Co-translasyonel Transport
 Translokasyon Sisteminin Tekrardan
Oluşturulması

 Saflaştırılmış SRP, SRP-Reseptör, ve Sec61-

Kompleks (,β,j) proteinleri çözelti halinde ve
deterjan ile birlikte lipozomlara verildiklerinde,
lipozomların lipid membranından geçerler

 Bir salgı
proteinini
sentezleyen
ribozom
eklenildiğinde...
 Translokasyon Sisteminin Tekrardan
Oluşturulması...devam

 lipozomun lümenine protein translokasyonu gerçekleşir

 Salgı ve Membran Proteinlerinin
Co-translasyonel transportları - ÖZET
 İmport yolları arasındaki farklılıklar
Çekirdek Mitokondri Endoplazmik
retikulum
Sinyal dizisi Kısa, (+) yüklü, ve NH2-terminal NH2-terminal ucunda
proteinin herhangi ucunda 1-2 (+) yüklü amino
bir bölgesine amphipathic - asit, ardından
lokalize (cNLS) sarmal hidrofobik bir -
sarmal bölgesi ve
-3/-1 kuralına uyan
bir sinyal peptidaz
kesim yeri
Sinyal dizisinin Transport sonrası Sinyal peptidaz Sinyal peptidaz
akıbeti değişikliğe uğramaz tarafından tarafından
uzaklaştırılır uzaklaştırılır
Enerji GTP hidrolizi ATP hidrolizi ve ?
elektrokimyasal
H+ gradiyantı
Taşınan Katlanmış Katlanmamış Katlanmamış
proteinin (şaperon)
konformasyonu Post-translasyonel Post-translasyonel Co-translasyonel
transport transport transport
Tipik Bazı Sinyal Dizileri
DİKKAT (!) → İstisnalar Çıkabilir