Protein Katlanması ve Modelleme

Dr. Behice ZEREN

Moleküler Biyolog
ORCID ID: 0000-0003-1163-9793
Proteinlerde primer,sekonder, tersiyer ve kuarterner yapı görülür.
*Proteinlerin primer yapısı protein zincirindeki aminoasit diziliş sırasını ifade eder.

Doğal proteinlerin yapısına 20 amino asit katılır.Bunlar birbirine kovalent olarak peptid

bağlarıyla bağlanır.Ayrıca primer yapının oluşumunda peptid bağlarındaki mezomeri ve C=O

grubu oksijeni ile NH-grubu hidrojeni arasında meydana gelen hidrojen köprü bağları önemli bir

yer tutar.
*Proteinlerin sekonder yapısı bir protein zincirindeki amino asitlerin R- grupları

dikkate alınmaksızın zincirin uzaydaki konformasyonunu ifade eder. Sekonder

yapının oluşumu büyük ölçüde protein zincirinin primer yapısı tarafından belirlenir.

Bir proteinin sekonder yapısı α-heliks ve β-katlanmış yaprak yapısı olmak üzere iki

ana gruptan oluşabilmektedir.

Sekonder yapının oluşumunda özellikle hidrojen bağları görev alır.

α-heliks yapı oluşumunda hidrojen bağları görev alır.

β-katlanmış yaprak yapısının oluşumunda hidrojen ve peptid bağları görev alır.

Proteinlerde a-heliks ve B-pili gibi periyodik olarak tekrarlanan düzenli yapıların

görülmesinin yanında tesadüfi kırılmalar sonucunda oluşan düzensiz yapılarda

görülür.

Random coil
*Proteinlerin tersiyer yapısı üç boyutlu yapısının oluşumunda son derece etkilidir.

Bir proteinin tersiyer yapısı, o proteinin protein zincirinde yer alan aminoasitlerin R-

gruplarının da dikkate alınarak uzaydaki konumunun belirlenmesidir.

Bu konumu protein zincirindeki hidrojen köprü bağları, disülfit köprüleri, iyonik

ilişkiler ve hidrofobik etkileşimler belirlemektedir.

*Birden fazla alt birimden oluşan proteinlerde kuarterner yapı görülür.

Bilindiği gibi pek çok protein alt birim olarak ifade edilen birden çok

polipeptid zincirinden meydana gelir. Bu polipeptid zincirleri arasındaki ilişki

ve toplam molekülün uzaydaki konformasyonu proteinin kuarterner yapısını

oluşturur.
Proteinlerin katalitik aktiviteleri, doğal protein konformasyonlarının

bütünlüğüne bağlıdır; bir protein denatüre edilirse veya alt ünitelerine

ayrıştırılırsa katalitik aktivitesi genellikle kaybolur; bir protein amino asit

komponentlerine yıkılırsa katalitik aktivitesi daima bozulur. Bu nedenle;

proteinlerinin primer, sekonder, tersiyer ve kuarterner yapıları, katalitik

aktiviteleri için esastır.

 Prokaryotlarda katlanma post-translasyoneldir.
Hücrede üretilen proteinlerin doğru şekilde
katlanmasına yardımcı olan maddelere moleküler
Ökaryotlarda katlanma translasyoneldir.
şaperon denir.
Yani moleküler şaperonlar yeni üretilen proteinlerin yanlış katlanmasını ve dolayısıyla çökmesini engeller.

Katlanma hataları en çok ısı artışı ile olduğundan moleküler şaperonların çoğu HSP’dir.

Bu moleküllerin bir araya gelerek oluşturdukları yapıya moleküler şaperonin denir.

Bunlar genellikle 6-9 proteinden oluşur ve 400-1000 kDA ağırlığındadır.

Bu moleküller, enzimler gibi katıldıkları reaksiyondan değişmeden çıkar.

Not:Hsp ve şaperon isimleri genelde aynı anlamda kullanılsa da şaperon aktivitesi göstermeyen bazı Hsp’ler ve tam tersi

olarak Hsp ailesi üyesi olmayan bazı şaperonlar vardır.

Yeni sentezlenen proteinlerin üçüncül yapılarını kazanmasını sağlarlar.

Proteinlerin çökmesini önlerler.

Yanlış katlanmış ve çökmüş proteinleri birbirinden ayırıp, doğru katlanmasını sağlarlar.

NŞA’da
Polipeptidleri ribozomdan görev alacağı yerlere taşırlar. HSP’lerin
Hücre farklılaşmasında rol alırlar. görevi

Bazı Hsp’ler normal hücresel fonksiyonlarda (örn;hücre döngüsünün devamlılığı) önemlidir.

İmmün sisteme yardımcı olmak için hücre yüzeyindeki proteinlerin yapısına katılırlar.

Bunlar hastalıklı hücrelerin tanır.

oHücre içinde [sitoplazma ve organellerde (mitokondri, endoplazmik retikulum) ] HSP’ler

oHücre dışında
bulunabilir.
oHücre membranlarında
Ribozomun yapısı dar olduğu için translasyonu yapılan polipeptid zinciri ribozomun içinde

katlanamaz. Ancak 50-300 aminoasitlik zincir ribozomdan tamamen çıktıktan sonra

katlanabilir .

Sitozol içindeki katlanma 2 şekilde olur.

1) Zincirlerin salınımı sırasında ısı şok proteinleri ile olur.

2) Sentezlenen proteinlerin şaperoninlere transferiyle olur.

Büyük silindirik kompleks yapıdadırlar.

İçinde zincirin düzgünce katlanmasını sağlayacak merkezi bir kompartman bulunur.

In –vitro ortamda;

Küçük proteinler kendiliğinden katlanır.

Büyük proteinler genelde yanlış katlanır ve çökelme eğilimindedir.

Hatalı katlanan proteinler, diğer doğal proteinlerin katlanmasını engeller/geciktirir.

Böylece sıkı yapıda, doğal olmayan katlanmalar olur.

Sitozolün yoğun yapısı bu doğal olmayan zincirin çökelmesini arttırarak makromoleküler yığılma adlı
durumu oluşturur.

Makromole Katlanma sırasında zincirin büzüşmesine sebep olur.

küler
yığılma Doğal olmayan zincir-şaperon etkileşimine sebep olur.
 *Katlanırken
kümeleşmesini
*Çözülürken
Hsp’ler proteinlerin engeller.
*Yüksek ateş gibi stres
durumlarında
Birçok Hsp stres durumlarında sentezlenip sitozole salınır.

Bu Hsp’ler substratlardaki hidrofobik segmentleri ve yapısı

bozulmuş bölgeleri tanır .

Normal katlanmanın sağlanması için bunların üzerini örter.

Böylece hidrofobik etkileşimden ortaya çıkan çökelmeler engellenir.

Katlanmada şaperonlar 2 mekanizmayla yer alırlar.

1)Bazı şaperonlar (örn;Hsp70) ribozomların çıkış noktasında tutunup, katlanmaya yardımcı olur.

Çoğu küçük proteine bu bölgedeki şaperonlama yeterlidir.

2) Şaperoninler (büyük silindirik şaperonlar) içinde bir proteini alacak kompartman içerir.

Bu şaperonlar direkt ribozoma bağlanmazlar.

Uzun polipeptid zincirleri bu şaperonlara gereksinim duyar.

 protein yapı tahmini

Protein Sekansı +

Protein yapısı
Proteinlerin büyük çoğunluğunun işlevi bu makromoleküllerin üç boyutlu yapılarına bağlıdır.

Proteinlerin moleküler yapısı hiyerarşik olarak analiz edilebilir. Fakat bu konudaki en önemli

zorluk algoritmaların birden fazla çeşit katlanmayı ortaya atmasıdır. Yani sonucun birden fazla

katlanmaya uygun olabilmesidir.

Algoritma=Belirli bir problemi çözmek/belirli bir amaca

ulaşmak için çizilen yola  denir.
Biyolojik makromoleküllerin üç-boyutlu yapılarının deneysel yöntemlerle belirlenmesi çok

pahalı ve yavaştır. Çünkü her biri ayrı özelliğe sahip ortalama 100-1000 adet, 20 değişik amino

asitin ardarda sıralanıp daha sonra da birbirleri ile ana zincir ve yan dalları ile ilişki içinde olan

bu üç boyutlu yapı oldukça karmaşıktır.

Ancak bu yönde yapılan araştırmalar hızla ilerlemektedir ve çeşitli matematiksel modeller

kullanılarak olumlu sonuçlar elde edilmektedir. Örneğin; şuanda matematiksel modellerle

proteinlerin ikincil yapıları olan a-heliks, B-pili ve serbest katlanmaları % 70’lerin üstünde bir

doğruluk ile tahmin edilmektedir.

Computational methods=Bilgisayarlı/Bilgisayımsal/işlemsel/hesaba dayalı metodlar
Deneysel metodlardan olan X ışını kromotografisi (X-ray crystallography) ve nükleer manyetik

rezonans spekroskopisi (Nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy) yöntemleri

genellikle çok etkilidir.

Protein Data Bank adlı veritabanındaki protein yapılarının yaklaşık %90'ı X-ışını kritalografisi ile belirlenmiştir. Bu yöntem,

kristalleşmiş bir proteindeki elektron dağılımının 3 boyutlu yoğunluğunu ölçmeyi sağlar ve dolayısıyla tüm atomların 3 boyutlu

koordinatları belirleniyor.

Yapısı bilinen proteinlerin yaklaşık %9'u Nükleer Manyetik Rezonans ile elde edilmiştir.

 Kriyo-elektron mikroskopisi de protein yapısının yüksek çözünürlükle belirlenmesi için kullanılan bir yöntemdir. Bu yöntem

özellikle çok büyük protein komplekslerinin (virüs kılıf proteinleri gibi) yapısının anlaşılması için hâlen mevcut olan tek yoldur.
Fakat bu yöntemlerin dezavantajları vardır. Örneğin; bu metodlar çok pahalı, zaman alıcıdır.

Ayrıca bazı durumlarda yeterince kuvvetli değillerdir mesela bazı proteinler bu işlemler

sırasında kristalize olabilir.

Ayrıca NMR spektroskopisi proteinlerin dinamik özelliklerini ve yapısını gözlemlemeye olanak

sağlasa da sistemin başarılı olup olamaması proteinin boyutuna bağladır. Yani proteinin boyutu

sistemin çalışmasını sınırlandırır.

Fakat yine de bilgisayarlı/bilgisayımsal/işlemsel/hesaba dayalı metodlar bu noktada deneysel

metodlara oranla daha belirsiz sonuçlar vermektedir.

Proteinler arası homolojiden yararlanılarak benzer proteinlerin üç boyutlu yapıları tahmin

edilebilir. Bu sistem işlemsel metodlar kullanılarak yapılan yapı tahminin en başarılı tekniğidir.

Amino asit dizilerinde ortalama % 25’in üstünde birebir eşleme gösteren proteinlerden

birinin yapısı daha önce deneysel yöntemler ile belirlenmiş ise diğerinin yapısı in sliko

homolojiye dayalı yapı tahmini (homology based modelling) ile belirlenebilir.

Homoloji tahmininde incelenen proteinin sekansı protein data bankalarındaki (PDB) mevcut

protein sekansları ile karşılaştırarak tahmin yapılır.

Burada 3 boyutlu yapısı bilinen proteinler sayesinde ilgili proteinin evrimsel, yapısal ve

fonksiyonel değişimleri de belirlenebilir.

Ab initio yapı tahmini proteinin sekansına dayalı tahmin yapar. Bu sistem proteinlerin

katlanmasındaki temel prensipleri kullanır.

molekülün geometrik, kinematik ve enerji gibi özellikleri

Fakat bu metod günümüze kadar pek fazla başarılı olmamıştır. Şu anda en başarılı ab initio

metodu Rosetta'dır.

Rosetta şu prensipte çalışır. Katlanmaları daha alt katmanlara parçalar. Daha sonra

yapısal motif kütüphanelerinde/databankasında bunlarla eşleşebilen motiflerin varlığını

araştırır.
molekülün geometrik, kinematik ve
enerji gibi özellikleri
Threading (İz sürme)

Protein yapısının tahminin de kullanılan deneysel metodlardan biri de threading'dir. Bu

yöntem makromoleküllerin genelde benzer yapısal katlanma kurallarına uyarak üç boyutlu

yapılarını kazandıklarını kabul eder.

Bu metod homoloji karşılaştırması ve moleküler modellemeyi birleştirir.

Threading’ in homoloji modellemesinden farkı şudur;

Threading’de sekans hizalanması sırasında enerji fonksiyonu hesabı da yapılır.

Enerji fonksiyonu=Tercih edilebilirliğinin fazlalığıdır. Örneğin; ilgili yapının sekonder yapı tahminine ne kadar uyduğu, rezidülün
ilgili kalıba ne kadar iyi oturduğu , ne sıklıkla ilgili rezidüller kalıptaki rezidülleri değiştirdiği vb. incelenir.
Threading’de öncelikle hedef sekans belirlenip-alır.

Daha sonra protein kütüphanelerinden bilinen şablon/kalıp yapılar alınır. Bu protein data

bankasının (PDB) ideal olarak bütün protein katlanmalarını içerdiği kabul edilmektedir.

Şablon koleksiyonu arama alanı olarak kullanılır. Bu alanda tüm proteinlerin olası sıralaması

(hizalanması) olduğu kabul edilir.

Büyük protein ailelerinde meydana gelen ideal eşleşmelerin yarattığı istatiksel çarpıklığı

önlemek için SCOP, CATH ve FSSP gibi veritabanları aşırı benzer olan olan yapılardaki protein

çiftlerini yapıdan çıkarmaktadır.

Böylece her hedef için standartlara uygun sayıda eşlenme görülür.

Veri tabanı=Database=Birbirleriyle ilişkili bilgilerin depolandığı alanlardır.

Daha sonra biz ilgili sekansı alır ve kütüphanemizdeki her kalıba thread (ipe dizmek) ederiz.

Böylece biz ACDEFG sekansını şablonda ilgili yere sürüklemiş oluruz.

Burada ilgili sekansın en iyi bileşim gösterdiği yapıyı arıyoruz bu aramayı da enerji fonksiyonu ölçümü ile

yapıyoruz. Şekilde gösterilen hizalamada protein sekansı kalıbın dışına çıkmıştır.

Aminoasit rezidüllerinin en iyi diziliş şeklini belirlemede ortaya çıkan bu gibi

ekleme ve boşluklar yapıyı puanlamada önemlidir. İlk olarak bütün aday yapıların

puanları hesaplanır. En düşük enerjiye sahip olan yapı o proteinin tahmini yapısı

olarak kabul edilir.

Şu anda bilinen en iyi threading programı RAPTOR’dur.

Diğer threading programlarına örnek olarak Branch&Bound , CAFASP3 verilebilir.

Özelleşmiş tahmin metodları

Motif tahmini

Bazı tahmin algoritmaları proteinlerin içindeki yapısal motifleri belirleyerek tahmin yapar. Örneğin; coiled

coil (sarılmış sarmal) sağ ve sol taraftan aynıdır.Bu sebeple bilgisayımsal olarak tanımlanması kolaydır.

Coiled coil, her dönüşte 3,6 amino asit yerine 3,5 aminoasit içerir.

Bu da heliksin (sarmal) kendi etrafında 1 tur daha dönmesine sebep olur .

Bu sebeple ona aslında doubly twisted helix (çift dönüşlü heliks) de denir. Bu yapı çok güçlüdür. Örneğin;

virüsler bu yapısı hücre duvarına penetrasyonda kullanır.

Diğer eşsiz motiflere örnek olarak da zinc finger motifi verilebilir.
Diğer eşsiz motiflere örnek olarak da heliks loop heliks motifi verilebilir.
NewCoil algoritması bir aminoasitin ilgili pozisyona oturma isteği ve oturduğu yere yaptığı ağırlığı hesaplar.

Benzer olarak PairCoils algoritması bir aminoasiti ve onun komşusu pozisyonunda olan aminoasiti dikkate

alarak hesaplama yapar. Bu sistemde her rezidüle yani aminoasite bir skor verilir.

Benzer bir kalıp metodu da BetaWrap metodudur. BetaWrap B-heliks yapılarını tahmin edebilir.Bu

program sekansı sağ el heliks beta heliks katlanmasına uygunluğu açısından skorlar.

Full yapıyı tanımlamada motif tanımlamanın yeri çok önemlidir. Çünkü yapısı çok karmaşık olan sekansların

analizinde proteinlerin fonksiyonu hakkında yararlı bilgiler sunduğu için çok kolaylık sağlar.
Sekonder yapının tahmini

Sekonder yapının tahmini genellikle motifleri tahmin etmekten daha zordur. Bu konuda en fazla kullanılan ve

en iyi algoritma Neural Networks'tur.

Örneğin; PSIPRED verilen sekansa bağlı olarak bir profil meydana getirse de daha sonra bu Neural

Network'a pas edilir. Neural Network'ta da sekansın a-heliks mi / B-pili mi/ loop yapısı mı yaptığı

anlaşılmaya çalışılır. Bu program %76 doğruluk payı ile çalışır.

Bilişimsel biyolojinin 3-boyutlu yapı tahmini çalışma alanı altında ayrıca proteinler arası veya

protein bir başka molekül arası ilişkilerin tahmin edilmesini amaçlayan protein demirleme

(Protein docking) alt çalışma alanı da bulunmaktadır.

Teşekkürler
…