Professional Documents
Culture Documents
Prof.Dr.Berrin ERDAĞ
Biyolojik kalıtımın temeli
olan DNA replikasyonu,
tüm canlı organizmalarda
DNA'larını kopyalamak
için meydana gelen temel
bir süreçtir
DNA REPLİKASYONU
DNA molekülünün eşini oluşturarak çoğalmasına replikasyon denir.
Ökaryotik hücrelerde
DNA replikasyonu
mitoz veya mayoz
bölünmeye hazırlanan
hücrelerin S fazında
gerçekleşir.
DNA REPLİKASYON MODELLERİ
Intermediate molecule
Bugün kabul gören görüşe göre DNA’nın replikasyonu
semikonservatifdir; bir DNA molekülünün iki kolundan
her biri yeni bir DNA kolu sentezi için bir kalıp olarak
görev görür ve sonuçta meydana gelen iki yeni DNA
molekülü yeni ve eski kollar içerirler
• DNA zincir sentezi komplementerlik ilkesine
dayanır.Baz içeriği doğru bir şekilde yeni
ipliklere aktarılır
• sentez DNA polimeraz tarafından (tek bir
yönde) 5---3 yönde gerçekleştirir
• Replikasyon,başlama,uzama ve sonlanma
aşamalarından oluşur.
• Primer olarak sentezlenen molekül genellikle
modifiye edilir.(Metilasyon)
DNA sentezinin 3 ana basamağı:
3. Sentez yönü 5’ 3’
tanımlar
• Replikasyon orijini: Replikasyonun başlangıç noktası
• Replikasyon çatalı: Kromozom üzerinde replikasyonun olduğu
noktada sarmala ait zincirlerin açılmasıyla ortaya çıkan
bölgedir. Önce sentezin orijin noktasında meydana gelir ve
replikasyon devam ettikçe ilerler.Replikasyon çift yönlü ise,
orijinden itibaren zıt yöne doğru ilerleyen iki replikasyon
çatalı oluşur.
• Replikon: bir orijinden bir replikasyon başladıktan sonra
replike olan DNA’nın uzunluğunun bir birim olduğunu
belirtmek için kullanılan terimdir.
Replikasyon orijini (prokaryotik):
~245 bp in E. coli
Replikasyon orijini (prokaryotik):
• E. coli’de replikasyon 245 bç uzunluğunda olan
ve oriC olarak adlandırılan tek bir orijinden
başlamaktadır.
1. Ökaryotlarda birden çok replikasyon orijini (yeast 250-400, memelilerde 25,000’den fazla
replikon) bulunur.
* Daha fazla DNA içerirler (maya e.coli’den 4 kat drosophiladan ise 100 kat fazla DNA içerir)
* Ökaryotik DNA pol’ın sn’de 50 nt olan sentez hızı bakteriyal polimerazlardan 20 kat daha
yavaştır.
• ARSs (autonymously replicating sequences-özel replike olan diziler): 11 bç. Uzunluğundaki maya
replikasyon orijinidir. Sentezin etkin başlamasını sağlayan kısa dizileri içerir. 20-80 replikon kümesi
sıra ile aktive olur.
• Polimeraz çok büyük DNA dizilimi içinde ARS dizilerini, hücre döngüsünün S fazında başlayan bir
mekanizma ile bulur.
• Hücre döngüsünün G1 fazında tüm ARS dizilerine bazı proteinler bağlanır (mayada 6 tane) ve orijin
tanıma kompleksi(Origin Recognition Complex, ORC) oluşur.
• Kinazlar sentez aşamasında fosforilasyonda görev alan enzimlerdir. ORC’ye bağlanırlar ve DNA pol
bağlanması için ön replikasyon kompleksi (pre-RC) oluştururlar.Kinazlar aktive olduklarında DNA
sentezini tetiklerler ve her replikonda DNA sentezi tamamlanana kadar tekrar pre_RC oluşumunu
engelleyerek kopyalanan ve kopyalanmamış DNA’ları birbirinden ayırırlar.
Prokaryotlardaki ve ökaryotlardaki replikasyon orijinleri (bakteri-maya)
DNA Polimeraz enzimleri
Bakterilerde DNA sentezinde 3 polimeraz ve diğer enzimler görev alır
Uzayan DNA zincirine her bir nükleotidin katılım şekli DNA pol I’in
özgüllüğüne bağlıdır.
•DNA pol III’ün polinükleotid zincirini uzatması için 3’ OH grubuna ihtiyacı vardır.
•Kalıp DNA üzeirnde DNA’ya komplementer olan RNA parçası (5-15 nt) PRİMAZ enzimi
( RNA pol) tarafndan sentezlenir.
•RNA primeri DNA pol I tarafından uzaklaştırılır ve zincir tamamlanır.
•evrensel (virusler->prok->euks)
Fig. 12.11
Proofreading Aktivite
5’ SSB Proteins
Okazaki Fragments
1 ATP
Polymerase III 2
Helicase
Lagging strand 3 +
Initiator Proteins
3’
primase base pairs
Polymerase III 5’
Leading strand
RNA Primer
3’
Priming discovery: Tuneko Okazaki: 1985
5’ T
G
3’ A ACA T T G C T C A
C
UG U A A C G A G 5’
•DNA pol III’ün polinükleotid zincirini uzatması için 3’ OH grubuna ihtiyacı vardır.
•Kalıp DNA üzeirnde DNA’ya komplementer olan RNA parçası (5-15 nt) PRİMAZ enzimi
•( RNA pol) tarafndan sentezlenir.
•RNA primeri DNA pol I tarafından uzaklaştırılır ve zincir tamamlanır.
•evrensel (virusler->prok->euks)
Fig. 12.11
DNA Sentezi 5′ 3′ Yönünde İlerler
•Kesintisiz (leading)
•Kesintili (lagging)
•(Okazaki fragments)
1000-2000 nt
uzunluğunda
•DNA pol I RNA
primerinin uzaklaştırılması
ve nt tatmamlanmasını
yapar.
•DNA ligaz fragmentleri
birleştirir. Fig. 12.12
DNA ligase seals the gaps between Okazaki fragments with a
phosphodiester bond (Fig. 3.7)
Sentez kesintili ve kesintisiz zincirlerde aynı anda yapılır
Fig. 12.13
Proofreading (Hata Okuma) ve Düzeltme DNA
Replikasyonunun Ayrılmaz Parçasıdır
Fig. 12.14
DNA replikasyonunda birçok enzim ve protein faktör rol oynar
• ARSs (autonymously replicating sequences-özel replike olan diziler): 11 bç. Uzunluğundaki maya
replikasyon orijinidir. Sentezin etkin başlamasını sağlayan kısa dizileri içerir. 20-80 replikon
kümesi sıra ile aktive olur.
• Polimeraz çok büyük DNA dizilimi içinde ARS dizilerini, hücre döngüsünün S fazında başlayan bir
mekanizma ile bulur.
• Hücre döngüsünün G1 fazında tüm ARS dizilerine bazı proteinler bağlanır (mayada 6 tane) ve
orijin tanıma kompleksi(Origin Recognition Complex, ORC) oluşur.
• Kinazlar sentez aşamasında fosforilasyonda görev alan enzimlerdir. ORC’ye bağlanırlar ve DNA
pol bağlanması için ön replikasyon kompleksi (pre-RC) oluştururlar.Kinazlar aktive olduklarında
DNA sentezini tetiklerler ve her replikonda DNA sentezi tamamlanana kadar tekrar pre_RC
oluşumunu engelleyerek kopyalanan ve kopyalanmamış DNA’ları birbirinden ayırırlar.
6 farklı ökaryotik DNA polimeraz vardır
•Kesintili zincirde
RNA primeri
uzaklaştırıldığında
kromozomun
ucunda serbest 3’-
OH grubunu
sağlayacak kalıp
zincir olmadığı için
sentez yapılamaz.
•Kromozom RNA
primerini boyu
kadar kısalır.
Çözüm: Telomer ve Telomeraz
•Tetrahymena’da
Telemorlerin çoğu 5’-TTGGG-3’
dizisi ile sonlanmaktadır.
• Telomerler ökaryotik
kromozomların
uçlarında bulunan,
gen bilgisi taşımayan,
özelleşmiş
heterokromatin
yapılarıdır.
• Kısa tekrar
dizilerinden oluşur.
Telomerin Yapısı
Step 1 = Bağlanma
Step 3 = Translokasyon
The complementary
strand is made by primase,
DNA polymerase and ligase
Step 4 = Primerin
bağlanması ve 5’ ucunun
Primaz
uzatılması
RNA primeri
DNA polimeraz + DNA ligaz
Telomeraz
• Hücrelerin telomeraz aktivitesi farklılıklar gösterir.
• Normal koşullarda her hücre bölünmesiyle
telomeraz fonksiyonu azalır ve telomerler kısalır ve
hücre bölünmesi durur.
• Kanser hücreleri ise telomeraz aktivitelerini
sürdürerek çoğalma kapasitelerini devam ettirirler.
Fig. 3.19 Synthesis of telomeric DNA by telomerase
Peter J. Russell, iGenetics: Copyright © Pearson Education, Inc., publishing as Benjamin Cummings.