Genetik Materyalin Yapısı

Dr. Öğr. Üyesi Ömer Faruk KARASAKAL

• ABD’li zooloji ve genetik bilim adamı Thomas H. Morgan, Drosophila
cinsi sirke sinekleri ile yaptığı deneyler doğrultusunda kromozomların
kalıtım birimleri olduğu bilgisine ulaşmıştır.

• Morgan bu çalışmasıyla 1933 yılında Nobel Fizyoloji veya tıp ödülünü

kazanmıştır.

• Morgan’ın bu çalışması doğrultusunda nükleik asitlerin keşfi konusunda

önemli bir yol alınmış olundu.

• Bu deney ile birlikte proteinlerin ve nükleik asitlerin kalıtımın

sağlamasında en önemli iki faktör olduğu bilgisi ön plana

çıkmaya başladı.
• 1940 yıllarında biyoloji bilim dünyası proteinleri kalıtsal materyal olarak görmekteydi.

• Bunu nedeni ise;

• Proteinlerin büyük çeşitlilik göstermesi ve özgül işlevlere sahip olması ve biyoloji bilim
dünyasının o dönemlerde nükleik asitler hakkında çok az bilgiye sahip olmasıdır.

• Bunlara ek olarak nükleik asitlerin canlılardaki bu denli büyük çeşitliliği açıklamayacak kadar
homojen bir yapı sergiliyor olmasıdır.
• 1869 yıllarında İsviçreli Biyolog Johannes Friedrich Miescher, akyuvar hücrelerinde ve som
balıklarının sperminde fosforca zengin, karbon, azot ve hidrojen içeren organik bileşikleri buldu.

• F. Miescher bu yapıları çekirdeklerin içerisinde bulduğu için bunlara ‘çekirdek asitleri’ ismini
vermiştir.

• Ancak bugün biyoloji biliminin gelişmesiyle nükleik asitlerin sadece çekirdeklerde değil hücrenin
diğer kısımlarında da olduğu biliyoruz.
• F. Miescher tarafından ilk kez bulunan nükleik asitler, DNA (deoksiribo nükleik
asit) ve RNA (ribo nükleik asit) olmak üzere iki tipe ayrılmaktadır.

• Daha sonraki yıllarda DNA’nın (deoksiribo nükleik asit) genetik’deki rolü hakkında
keşifler Frederick Griffith tarafından yapılan deneyle başlamıştır.
• Griffith deneyi, bizlere hücre içerisinde kalıtsal bilgiyi taşıyan bir molekülün
varlığından söz etmektedir.

• Ancak Griffith deneyi bize genetik materyalin DNA olduğu bilgisini vermemektedir.
• Oswald Avery ve arkadaşları,
• Griffith deneyinde kullanılan patojen S tipi ile bakterileri ısıtarak öldürmüş ve daha sonra bakterilerin yapısı
içerisinde yer alan kimyasal madde gruplarını saflaştırmayı denemiştir.
• Isıtılarak öldürülen patojenik S tipi bakterilerin saflaştırılan kimyasal madde grupları ayrı ayrı R tipi bakterilere
enjekte edilmiştir.

• Yapılan bu deneyle transformasyonu sağlayan madde tespit edilmeye çalışılmıştır.

• S tipi bakterilerin DNA’sı R tipi bakterilerden elde edilen karışım fareye enjekte edilmiş fare zatürre
hastalığından ölmüş.

• Oswald Avery ve arkadaşları 14 yıl boyunca devam ettirdikleri deneylerin ve

çalışmalarının sonucunu 1944 yılında genetik bilgiyi taşıyan molekülün DNA
(deoksiribo nükleik asit)olduğunu açıklamışlardır.
• Oswald Avery ve arkadaşlarının yapmış oldukları deney o tarihe kadar kabul görülmüş
sonuçlara ters düştüğü içim bilim adamları tarafından şüpheyle karşılanmış.

• Ancak genetik bilginin proteinler değil DNA olduğunu ispatlayan en önemli deney ise
• Bakteri virüsleri ile yani fajlarla yapılmış olan deneydir.
• 1952 yılında Alfred Hershey ve Martha Chase tarafından
yapılan bir dizi faj deneyleri doğrultusunda genetik materyalin
DNA olduğu ispatlanmıştır.

• Chase ve Hershey T2 fajı olarak bilinen virüsü

ve Escherichia coli (bağırsak bakterisi) bakterilerini
kullanarak bu deneyi gerçekleştirmiş.
• Protein molekülleri yapılarında kükürt içermesine rağmen DNA molekülleri kükürt içermemektedir.

• Bu bilgilerden faydalanan Chase ve Hershey fajın protein kılıfını radyoaktif kükürt izotopu ile işaretlemişlerdir.
• T2 fajı; yapısında radyoaktif kükürt taşıyan Escherichia coli (bağırsak bakterisi) hücrelerini içerisinde, çoğaltarak protein kılıfları işaretlemiştir.

• T2 fajları; radyoaktif fosfor taşıyan Escherichia coli (bağırsak bakterisi) hücreleri içinde, çoğaltılarak faj DNA’ları işaretlenmiştir.

• Daha sonra radyoaktif fosfor ile işaretlenen fajların Escherichia coli (bağırsak bakterisi) hücrelerini enfekte etmesi sağlanmış ve fajlar ile
bakteriler birbirinden ayrılmıştır.

• Bakterilerde radyoaktif kükürte değilde, radyoaktif fosfora rastlanması bakterinin yapısı içerisine giren yapının
DNA olduğu resmen kanıtlanmıştır.
• Yine 1953 yılında Watson ve Crick DNA materyalinin çift sarmallı bir yapıya sahip olduğunu ortaya
koymuş ve yine yapılan araştırmalar sonunda, nükleik asitlerin yapısına ilişkin çok değerli bilgiler elde
edilmiştir.

• Canlılarda iki türlü nükleik asit bulunmaktadır. Bunlar;

• Deoksiribonukleik asit [DNA]

• Ribonukleik asit [RNA]

• Nükleik asitlerin ilk türü olan Deoksiribonükleik asit çift dallı bir yapıya
sahip olup bu molekülde üç temel yapı taşı bulunmaktadır. Bunlar;

• Organik bazlar

• 5 karbonlu şeker olan pentoz

• Fosforik asit molekülüdür.

 Organik Bazlar
• DNA’da iki çeşit organik baz bulunmaktadır. Bunlar;
• Pürin bazları
• Primidin bazları
• Pürin bazları:

• DNA’da iki tür pürin bazı bulunur.

• Bunlardan biri adenin, diğeri guanindir.

• Bu bazlar primidin türevi olarak kabul edilirler.

• Pürin bazlarında biri primidin, diğeri ise buna birleşmiş olarak 5 atomlu bir
imidazol halkası bulunur.

• Primidin Bazları:

• DNA’da iki tip primidin bazı bulunmaktadır.

• Bunlar sitozin ve timindir.

• Bu bazlar 4 karbon ve iki nitrojenden oluşmuş tek halkalı temel bir yapı özelliği
gösterir.

• Bu yapının serbest uçlarına kimi atom ve atom grupları bağlanarak pirimidinler

oluşur.
 5 Karbonlu Pentoz Şekeri
• DNA’nın yapısında bulunan önemli bir moleküldür. Bu şekerin ikinci pozisyonunda bulunan
karbon atomuna bağlı oksijen olmadığından 2-deoksi-D-riboz olarak adlandırılır.

• Bu nedenle de, bu nükleik asit türüne deoksiribonukleik asit denmektedir.

 Fosfat Molekülü
• Nükleik asitlerin yapısında bulunan üçüncü yapı taşı fosfat molekülü (H3PO4) olup, hem DNA ve hem de RNA’da bulunmaktadır.

• Pürin ya da primidin bazlarından birinin deoksiribozla birleşmesinden oluşan bileşiğe deoxyribonucleoside(kısaca nukleozid), bu
oluşuma bir de fosforik asit eklenirse o zaman deoxyribonucleotide(kısaca nükleotid) adı verilir.

• Onun için DNA molekülü virüs gibi en basit organizmalarda bile binlerce nükleotid çiftinden oluşan bir polimerdir.

• Bilindiği gibi bir polimer, birbirine çok benzeyen ya da özdeş olan pek çok sayıda monomerin, kovalent bağlarla bağlanarak
meydana getirdikleri bir makromoleküldür.

• Bir DNA sarmalında bulunan pirimidin bazları karşı sarmaldaki pürin bazları ile birleştiğine göre bir DNA molekülünde ne
kadar pirimidin varsa o kadar pürin bazı bulunacak demektir.

• Diğer bir deyişle sayısal olarak A=T ve G=C olur. Aynı zamanda A+G=T+C ve A/T=1 ve G/C=1 ‘ dir.

• Ancak A+T/G+C oranı farklı bir durum gösterir.

• DNA’daki 4 temel bazın (adenin, guanin, sitozin ve timin) değişik sırada, yan yana ve karşılıklı olarak
birleşmesinden oluşan DNA sarmalı hücreler ve canlılar için çok önemli olan genetik bilgiyi
taşımaktadır.
 Glikozid bağı

Ester bağı
 DNA TÜRLERİ
• DNA çift sarmalı için öne sürülen orijinal model sağ el heliks yapısı göstermektedir.

• DNA’daki bu sağ el heliks yapısı stereokimyasal konfigürasyon bakımından sol el heliks yapısından
daha kararlı bir yapı şekli olup, DNA’ların büyük bir kısmının sağ el heliks yapısı göstermesi buna
bir kanıt olarak gösterebilir.
• DNA çift sarmalının dikkate değer ve önemli bir özelliği, molekülü oluşturan zincirlerin birbirlerinden kolaylıkla ayrılabilmesi ve
yeniden birleşebilmesidir.
• Protein sentezi ve DNA replikasyonu (kendi kopyasını oluşturması) bu özellik sayesinde meydana gelebilir.

• DNA’nın iki zinciri, birbirine sadece H bağları ve hidrofobik etkileşimlerle bağlı olmaları nedeni ile;
• Nükleotidleri arasındaki kovalent bağlardaki herhangi bir kopma olmaksızın çözülebilir (denatürasyon).

• Aynı şekilde çözülmüş molekülün zincirleri tamamlayıcı bazları arasında H bağlarının oluşumu ile birleşip sarmal yapıyı yeniden oluşturabilir
(renatürasyon).
• Klasik Watson-Crick çift sarmal modeli sağ heliks yapısı göstermekte ve çift sarmalın bir tam dönüşünde

yapıya 10 baz (10 nükleotid çifti) isabet etmekte ve baz çiftleri çift sarmalın eksenine dikey olarak yer almış

bulunmaktadır. Bu yapıdaki DNA’ya B-DNA adı verilmektedir.

• B-DNA tipinde bir bazın kalınlığı 0.34 nm olup eksene göre iki bitişik baz arasında 36°’lik bir açı

bulunmaktadır.

• Eğer sağ el çift sarmal yapı gösteren DNA molekülünün bir tam döngü yapması için yapıya 11 baz girer ve

baz çiftleri çift sarmal eksenine 20°’ lik bir açıyla yerleşirse ve DNA molekülü de su kaybetmişse, bu yapıdaki

DNA’ya A-DNA adı verilir.

• A-DNA tipinde bazların kalınlığı 0.26 nm ve orta eksene göre bazlar arasındaki açı 32.7° ve tam dönüş ise 2.8

nm kadardır. A-DNA tipinde baz çiftleri yassı olmayıp heliksin çapı 2.3 nm kadardır.

• A yapısı, sadece su kaybetmiş (dehidrate) DNA örneklerinde ve belki DNA-RNA ipliklerinin hibrit

eşleşmelerinde görülebildiği muhtemel sayılmaktadır.

• Z-DNA türü çift sarmallı bir yapı göstermesine karşın omurgasının yönü sola dönüşlü ve zigzaglıdır.

Bu DNA tipi, B-DNA tipinden daha uzun tam bir dönüşe sahip olup her döngüde 12 baz çifti bulunur.

• Ardışık olarak …….GCGCGC….. bazlarını içerir ve yapay olarak sentezlenir.

• Z-DNA türünde bazların kalınlığı 0.37 nm ve heliksin çapı da 1.8 nm dolayındadır. Yine bu DNA türünde bazlar arasında 30°
‘lik bir açı bulunmaktadır.

• Hücrelerde DNA'nın metilasyona uğramış kısımları Z-DNA geometrisini sahip olabilir. Ayrıca bazı
protein-DNA komplekslerinin Z-DNA yapıları oluşturduğuna dair deliller vardır.

• Süper sarmal DNA ise tersiyer bir yapı özelliği olup, bu DNA örneğine özellikle bakteri, virüs,

plazmid ve fajlarda rastlanır.

• Süper sarmal DNA, sirküler ve linear çift sarmal DNA’nın tekrar kendi üzerine helezonik olarak bükülmesi
sonucu meydana gelir. Bu ikinci sarmalın bükümleri sola dönüşlü (pozitif süper sarmal) olabildiği gibi sağa
dönüşlü (negatif süper sarmal) da olabilmektedir.

• Hücrelerdeki DNA tipik olarak negatif süpersarımlıdır, onun böyle olması ikili sarmalın
çözülüp (eriyip) transkripsiyonun olmasını sağlar.
 RNA (Ribonukleik Asit) ve Türleri
• Canlılarda bulunan ikinci nükleik asit türü,
RNA’dır.

• RNA, ribonükleotidlerin birbirine

bağlanması ile oluşan tek dallı bir yapıya
sahiptir.

• RNA moleküllerinin boyları DNA

moleküllerine oranla daha kısa olup,
hemen hemen bütün hücrelerde bol olarak
bulunurlar.

• Ökaryotik ve prokaryotik hücrelerde genel

olarak üç tür RNA bulunurken bunlara ek
olarak ökaryotik hücrelerde iki çeşit RNA
daha bulunur.
 Messenger RNA (elçi RNA, ulak RNA, mRNA)
• DNA’ da saklı bulunan kalıtsal bilginin protein yapısına
aktarılmasında kalıplık görevi yapan RNA türüdür.

• mRNA, Rna polimeraz enzimi yardımıyla çift dallı

DNA’nın yalnızca bir dalından hücre çekirdeği
içinde sentezlenir ve hücre çekirdeğinden ayrılarak
ribozomlara tutunur.

• DNA’dan aldığı genetik bilgiye göre sentezlenecek

proteinin amino asit sırasını tayin eder.

• Her RNA molekülü DNA üzerinde yer alan ve gen adı

verilen belirli bir bölge ile komplementerlik gösterir.
 Taşıyıcı RNA ( transfer RNA, tRNA )
• Çeviri işleminde görev alan RNA türüdür. mRNA gibi tek dallıdır fakat molekül

olarak mRNA’dan daha küçüktür.

• Bu RNA türü, seçme ve taşıma işlerini yerine getirir. 20 aminoasidin her biri için

en az bir tRNA molekülü vardır.

• Hücrede sentezlenen ve enzimler tarafından aktive edilen amino asit molekülleri,

kendilerine özgül olan tRNA moleküllerince aranıp bulunur ve tRNA moleküllerinin

serbest ucu özgül amino asitlerle birleşir.

• tRNA’lar adaptörlük görevi yaparak bir uçlarına bağladıkları amino asidi, ribozoma

tutunmuş mRNA’nın taşıdığı kodona göre polipeptid zincirine dizerler.

• tRNA’lar üç bazdan oluşan ve antikodon adı verilen uçları ile yine mRNA

üzerinde bulunan ve yine üçlü bazdan oluşan ve kodon adı verilen bölgeye

geçici bağlanarak amino asitlerin mRNA üzerindeki şifreye

göre doğru bir şekilde dizilmelerini sağlar.

 Ribozomal RNA (rRNA)
• rRNA ribozomların bir parçasıdır.

• rRNA özgül değildir.

• Ribozomların yapısını oluşturan RNA’lar iki tiptir.

• 16S rRNA ve 23S rRNA (Prokaryotlarda)

• 18S rRNA- 28S rRNA (Ökaryotlarda)

• rRNA’lar ribozom ağırlığının %65’ini oluştururlar.

• rRNA’lar ribozomların yapı ve işlevlerinde önemli rol

oynarlar.
 Ökaryotik Hücrelerde Bulunan Diğer RNA Türleri
• Yukarıda verilen 3 RNA türü dışında, ökaryotik hücrelerde 2 tür RNA daha bulunur.

• Bunlardan ilki heterojen nuklear RNA(hnRNA) olup bunlar ökaryotik hücrede sentezlenen ve prosese uğramamış öncül mRNA
molekülleridir.

• İkinci tür RNA ise küçük nüklear RNA(snRNA)’lar olup bunlarda yine öncül mRNA moleküllerinin prosese uğraması esnasında
ortaya çıkan RNA türleridir.
DNA ve RNA Arasındaki Farklar
 Gen
• Gen, kalıtımın temel fiziksel ve işlevsel birimidir.

• Her gen, protein veya RNA molekülü gibi özel bir işlev taşıyan kromozomların
belli bir noktasındaki nükleotid dizilerinden oluşur.

DNA’nın
bölümleri
genleri
oluşturur
Kromozom
NükleotitlerDNA, DNA+proteinNükleozomKromatin Kromozom

Kromozom, DNA'nın DNA’ya özgü proteinleri etrafına sarılmasıyla,

yoğunlaşarak oluşturduğu, canlılarda kalıtımı sağlayan genetik birimlerdir.

http://www.youtube.com/watch?v=LcPqT5HgHjw
Genom
• Genom= Genlerin toplamı (mitokondriyal genom+nükleer genom)

• Bir hücrede yer alan kromozomların toplamına (toplam DNA) genom

adı verilir.
• Nükleotitler DNA,  DNA+protein Nükleozom Kromatin Kromozom Genom
• Nükleer genom (30 000 gen)

• Mitokondriyal genom (37 gen)