DNA NEDİR?

DNA yani açık adıyla Deoksiribo Nükleik Asit bütün canlı organizmaların hücresinde bulunan ve
canlının tüm genetik bilgisini içeren uzun bir moleküldür. Canlının genetik bilgisini de, bazların dizilişi
ve sırasına göre belirler. Örneğin bir insanın gözünün hangi renk olacağı, bir bakterinin akciğer
hücresine hangi yollarla bulaşacağı veya gülün hangi renkte açacağı DNA’nın taşıdığı genetik koda
bağlıdır.

DNA’NIN GENEL YAPISI:

DNA'nın kendine özgü çift burgulu bir yapısı vardır. Bu çifte sarmal yapı, bükülmüş bir merdivene
benzer. İkili sarmal yapı, Rosalind Franklin ve Maurice Wilkins'in yardımları ile Francis Crick ve James
Watson tarafından keşfedilmiştir.

DNA'nın ikili sarmal yapısındaki her bir zincir nükleotid birimlerinden oluşur. Nükleotidlerin
yapısında beş tane karbon içeren şeker (deoksiriboz), fosfat grubu ve azotlu organik bazlar bulunur.
Her bir iplikçik, 4 bazın uzun dizilimlerinden oluşur. DNA molekülünün iplikçiklerinden birindeki
bazlar, diğer iplikçikteki bütünleyici baz ile çift oluşturarak, DNA merdiveninin basamaklarını
meydana getirir.

DNA'yı oluşturan nükleotidler şeker ve fosfat grupları arasındaki kimyasal bağlar ile birbirine
bağlanır. 4 çeşit organik baz vardır; adenin, timin, guanin ve sitozin. Bazlar hep aynı şekilde çift
oluşturur: Adenin ile Timin bağlanır; Sitozin ile Guanin bağlanır. Adenin ve guanin iki halkaya sahip
pürin sınıfı azotlu bazlardır. Timin ve sitozin tek halkaya sahip pirimidin sınıfı azotlu bazlardır.
DNA'nın yapısındaki iki zincir, bazlar arasındaki hidrojen bağları ile birbirine tutunur. Adenin ve timin
arasında iki hidrojen bağı vardır. Guanin ve sitozin arasında üç hidrojen bağı vardır.

Her bir DNA ipliğinin bir başlangıcı ve bir bitimi vardır. Baş kısma 5’ (beş üssü), son kısma 3’ (üç üssü)
denir. İki iplikçik birbirlerine ters tönlü (antiparalel) uzanır. Dolayısıyla birbirlerinin baş kısımları ile uç
kısımları karşılıklıdır. Bunlara sens iplik (beş üssüden üç üssüye uzanan) ile antisens iplik (üç üssüden
beş üssüye uzanan) adı verilir.

İnsan genomu 3,2 milyar tane DNA bazından oluşmuştur ve iplikçikler DNA eşlenmesi (replikasyonu)
sırasında ayrılır.

DNA’NIN MOLEKÜLER YAPISI:

Deoksiribonükleik asit (DNA), canlı organizmaların çoğunun genetik bilgisini taşıyan moleküldür; söz
konusu çoğunluğun dışında kalanlarda ise genetik bilgi ribonükleik asit (RNA) molekülü tarafından
taşınır. DNA, hücrelerde nesilden nesile kopyalanabilir (DNA eşlenmesi); proteinlere çevrilebilir
(DNA'nın RNA'ya yazımı ve sonra proteinlere çevrimi); gerektiğinde onarılabilir (DNA onarımı).

DNA, nükleotid (veya mono-nükleotid) adı verilen birimlerden oluşan bir polimerdir. Nükleotidlerin
başka işlevleri de vardır: Enerji taşımada ATP, GTP; hücresel solunumda NAD, FAD; sinyal aktarımında
çevrimsel AMP; koenzim olarak CoA, UDP; vitamin olarak nikotinamid mononükleotid, B2.

Protein terimlerini kullanarak, molekülün birincil, ikincil, üçüncül ve dördüncül yapılarından söz
edebiliriz:
1. Molekülün Birincil Yapısı: Kovalent Omurga ve Yanlarda Bazlar:

Bir nükleozid, bir şeker + bir azotlu bazdan oluşur.Bir nükleotid, bir fosfat + bir şeker + bir azotlu
bazdan oluşur.DNA'da nükleotid bir deoksiribonükleotiddir (RNA'da nükleotid ise bir
ribonükleotiddir.)

1.1. Fosforik Asit

Bir fosfat grubu verir.

1.2. Şeker

Halkasal bir pentoz (5 karbonlu şeker) olan deoksiriboz. (RNA'daki şeker ribozdur.) Şekerdeki
karbonlar 1' den 5' ye kaydedilir. Azotlu bazlardan bir azot atomu C1' ye tutunarak (glikozidik bağ),
fosfat ise C5' ye tutunarak (ester bağ) nükleotidi oluşturur. Dolayısıyla nükleotid şöyledir: fosfat - C5'
şeker C1' - baz.

1.3. Azotlu Bazlar

Aromatik hetero-halkalılar (bir bileşiğin aromatik olması için halkalı yapıda olması, halkanın
düzlemsel olması, halkada konjuge çift bağların bulunması ve halkanın, (4n+2) sayıda π-elektronu
taşıması (Hückel Kuralı) gerekir.); pürinler (adenin & guanin) ve primidinler (sitozin & timin; RNA'da
timin yerine urasil bulunur) vardır.

Başka azotlu bazlar da mevcuttur; özellikle belirtmek gerekirse, yukarıda söz edilenlerden türeyen
metillenmiş bazlar vardır. Bazların metillenmesinin işlevsel bir rolü bulunur.
2. Molekülün İkincil ve Üçüncül Yapıları: DNA'nın Üç Boyutlu Şekli (Konformasyonu):

2.1. Dinükleotidler

Dinükleotidler, iki mononükleotid arasındaki fosfodiester bağıyla oluşur. Bir mononükleotidin fosfatı
(şekerinin C5´ sünde), bir önceki mononükleotidin şekerinin C3´ süyle bağlantılı olur. O hâlde bir
fosfatla başlıyoruz, bir 5' şeker (+baz) ve o şekerin 3' sü var ki o da ikinci bir fosfat-5' şekere bağlı.
Dolayısıyla bağ ve molekülün yönlenimi 5' --> 3' olur. Polinükleotidler, monomerlerin genel bir 5' -->
3' konfigürasyonuyla ardışık eklenmelerinden meydana gelir. Molekülün omurgası, fosfat-şekerlerin
kovalent bağlanarak arka arkaya gelmesiyle ve yanlarda bazların yer almasıyla oluşur.

2.2. DNA Molekülü

DNA, iki tane saat yönünde kıvrılan helezonik zincirden (iplikçikten) oluşur. Bu iplikçikler, çapı 20A°
olan bir ikili helezon (ikili sarmal) meydana getirecek şekilde bir eksen etrafında bukleleşir. İplikçikler
antiparaleldir (yani bunların 5' --> 3' yönlenimleri karşıt yönlüdür). Polimerin genel görünümü, iki baz
arası uzaklığa karşılık gelen 3.4 A° lük bir periyodiklik sergiler. Ayrıca 34 A° lük bir periyodiklik daha
vardır ki o da bir helezon bükümüne (ve ayrıca 10 baz ikilisine) karşılık gelir.
2.2.1. Hidrojen Bağları: Bazlar Eşleşmesi

Bazlar (hidrofobik) iç kısımda bulunur; düzlemleri ikili sarmalın eksenine diktir. Dış kısım (fosfat ve
şeker) hidrofiliktir. Bir iplikçiğin bazları ile diğerininkiler arasındaki hidrojen bağları, iki iplikçiği
birarada tutar (çizimde kesikli çizgi). Bir iplikçikteki bir pürin, diğer iplikçikteki bir primidine
bağlanmalıdır. Sonuç olarak, pürin artıklarının sayısı, primidin artıklarının sayısına eşittir.

A ile T bağlanır (2 hidrojen bağıyla).G ile C bağlanır (3 hidrojen bağıyla: daha kararlı bağ: 5.5 kcal X 3.5
kcal).

Not: DNA'daki A miktarı T miktarına, G miktarı da C miktarına eşittir. Bu kaşılıklılık (A<->T ve G<->C)
iki iplikçiği bütünleyici yapar. Birbirlerinin şablonudurlar ve bu özellik birebir eşlenmeyi sağlar (yarı-
korunumlu eşlenme: şablon görevi gören bir iplikçik korunur; onun karşısına uygun yenisini
sentezlenir.)

Not: Baz eşleşmesindeki hidrojen bağları bazen yukarıda tanımlanan Watson&Crick modelinden
farklı olur; pürinin N1 atomu yerine N7 atomu kullanılır (Hoogsteen modeli).
2.2.2. Büyük Oluk ve Küçük Oluk

İkili sarmal kaskatı ve akmaz bir molekül olup, muazzam uzunlukta ve küçük genişliktedir. Bir büyük
oluğu, bir de küçük oluğu bulunur. Büyük oluk derin ve geniştir; küçük oluk ise dar ve sığdır.

DNA-protein etkileşimleri, hücre yaşamında temel süreçlerdir (yazım etkinleştirilmesi ve

baskılanması, DNA eşlenmesi ve onarımı). Proteinler, spesifik bağlarla (hidrojen bağları) ve spesifik
olmayan bağlarla (van der Waals etkileşimler, genelleştirilmiş elektrostatik etkileşimler) DNA
oluklarının tabanına bağlanır. Proteinler H-bağı vericilerini, H-bağı alıcılarını, metil gruplarını
(hidrofobik) tanır; sonuncusu özel olarak büyük oluktadır. Büyük oluk için 4 olası tanıma şablonu
varken, küçük oluk için 2 tane vardır. Bazı proteinler DNA'ya büyük oluğundan, bazıları küçük
oluğundan bağlanır; bazılarının ise ikisine birden bağlanması gerekir.
Not: İki iplikçiğe "artı" ve "eksi" iplikçikler veya "doğrudan" ve "ters" iplikçikler denir. İki iplikçikten
birinin kodlayıcı dizilimi taşıdığı belirli bir konumda, diğer iplikçiğin de kodlayıcı dizilimler taşıması
(olanaksız olmasa da) pek muhtemel değildir.- DNA in vivo (canlı içinde) iyonlaştırılır ve bir poli-anyon
gibi davranır.

Yukarıda tanımlanan şekildeki ikili sarmal, DNA'nın "B" formudur; in vivo en sık rastlanan formdur
ama in vivo ve in vitro (deney tüpü içinde, yani canlı dışında) başka formlar da mevcuttur. "A" formu
B-DNA'ya benzer ama ondan daha az hidratlıdır ve in vivo bulunmaz.

2.3. B-olmayan DNA

DNA hareket eden, kımıldanan, jimnastik yapıp dans eden bir moleküldür. Aşağıda sözü edilen
yapıların işlevsel rollerinin olduğu kanıtlanmıştır; öte yandan, DNA kırılmalarına ve silinmelerine,
güçlendirmeye, rekombinasyona ve mutasyonlara çanak tutabilirler.

Terimler:Palindrom: Tersten okunduğunda, düz okunuşuyla aynı olan sözcüklerdir (örn. "DNA
LAND"). DNA sık sık palindromlarla oynar.

2.3.1. Z-DNA

• Z formu, omurganın zigzag koformasyonlu olduğu (B-DNA'dan daha pürüzlüdür), solak bir
ikili helezondur. Sadece bir oluk gözlemlenmiştir ve küçük oluğu anımsatır; baz çiftleri
yanlarda, eksenden uzaktadır. Bazlar (B-DNA'da eksene yakın büyük oluğu oluştururlar)
burada dış yüzeydedir. Fosfatlar birbirlerine B-DNA'da olduğundan daha yakınlardır. Z-DNA
nükleozom oluşturamaz.
• Yüksek bir G-C içeriği Z konformasyonuna çanak tutar. Sitozin metillenmesi ve in vivo
bulunabilen spermin ve spermidin gibi moleküller Z konformasyonunu dengeleyebilir.
• DNA dizilimleri B formu ile Z formu arasında değişebilir: Z-DNA in vivo bir geçiş formudur.
• Z-DNA oluşumu genlerin yazımı sırasında, aktif olarak yazımı yapılan genlerin başlatıcılarına
yakın olan yazım balatma bölgelerinde gerçekleşir. Yazım sırasında, RNA polimerazın
hareketi, yazım bölgesinin aşağısına pozitif süper-sarım ve yukarısına negatif süper-sarım
tetikler. Yukarıya negatif süper-sarım Z-DNA oluşumuna çanak tutar; Z-DNA işlevlerinden biri
negatif süper-sarımı soğurmak olabilir. Yazımın sonunda, topoizomeraz DNA'yı B
konformasyonuna geri salar.
• Bazı proteinler Z-DNA'ya bağlanır; özellikle belirtmek gerekirse, çift-iplikli RNA adenozin
deaminaz (ADAR1) adlı Z-DNA'ya bağlanan çekirdeksel-DNA-düzenleyici enzim bağlanır. Bu
enzim pre-mRNA'da adenini inozine dönüştürür. Ardından, ribozomlar inozini guanin olarak
yorumlar ve bu epigenetik modifikasyonla kodlanan protein farklı olur.

Notlar:

• Z-DNA antikorlar, lupus eritematozus hastalığı ve diğer otoimmün hastalıklarda bulunur.

• Çift iplikli RNA (dsRNA), bir Z-konformasyonuna girebilir.
2.3.2. Haç DNA ve Firkete DNA

• Holliday bağlantıları (rekombinasyon sırasında oluşur), haç biçimli yapılardır.

Polipürin/poliprimidin DNA ipliklerinin ters dönmüş (veya ayna) yinelemeleri (palindromları)
de, iplik-içi çiftlenme yoluyla haç biçimli veya firkete biçimli yapılar oluşturabilir.
• Translokasyon t(11;22)(q23;q11) kesim noktalarında palindromik AT zengini yinelemeler
bulunur; bu bilinen tek yinelenen yapısal karşılıklı translokasyondur.
• Rekombinasyondan sonra nükleazlar Holliday bağlantılarına bağlanır ve yarar. HMG
proteinleri ve MLL gibi başka iyi bilinen proteinler de haç DNA'ya bağlanabilir.

2.3.3. H-DNA veya üç-katlı DNA

• Polipürin/poliprimidin DNA ipliklerinin ters dönmüş yinelemeleri (palindromları), üç katlı

yapılar (üçlü helezon) oluşturabilir. Bir üç-iplikli artı bir tek iplikli DNA oluşur.
• H-DNA gen ifadelenmesinin düzenlenmesinde ve RNA'lar üzerinde işlevsel bir rol alabilir
(örn. yazım baskılanması).
2.3.4. G4-DNA

• G4-DNA veya dört-katlı DNA: Çift iplikli GC zengini dizilimin kendi üzerine katlanması, 4
guanin arasında ("G4") Hoogsteen baz çiftlenmesi oluşturur; oldukça kararlı bir yapıdır.
Sıklıkla genlerin başlatıcılarının yakınında ve telomerlerde bulunurlar.
• Mayoz ve rekonbinasyondaki rolü, düzenleyicilik olabilir.- RecQ ailesi helikazları G4-DNA'yı
çözebilir (örn. BLM, Bloom sendromundaki mutant gen).

3. Molekülün Dördüncül Yapısı: Kromatin:

DNA proteinlerle (histonlar ve histon olmayan proteinler) birlikte kromatini oluşturur. DNA, bir bütün
olarak asidik (negatif yüklü) olup, histon adı verilen bazik (pozitif yüklü) proteinlere bağlanır. İnsan
haploid genomunda 3 x 10 9 nükleotid çifti vardır; bunlar, 23 kromozoma dağılmış durumdaki 30.000
civarında geni temsil eder.
4. Diğer Konular:

4.1. DNA ve Mitokondriler

• DNA hücrelerin çekirdeğinde bulunur ama mitokondrilerde de küçük bir miktar DNA vardır.-
• Mitokondrilerin, ökaryotik hücrelerle içten-ortakyaşam (endo-simbiyoz) ilişkisine giren
arkeobakterilerden türediği düşünülmektedir.- Mitokondrilerin genetik kodu, "evrensel"
denilen koddan biraz farklıdır (evrensel kodda UGA, AUA, AGA, AGG sırasıyla DUR, Ile, Arg,
Arg anlamında iken, memeli mitokondrilerinde yine sırasıyla Trp, Met, DUR, DUR anlamına
gelir; başka türlerin mitokondrilerinde ise daha başka anlamlara gelebildiği görülmüştür).-
Belli bir mitokondrideki DNA kopyalarının sayısı değişkendir.
• Mitokondriyal DNA daireseldir, bir ağır bir de hafif zinciri olur; intronları yoktur ve
kodlamayan herhangi bir dizilimi yoktur.

• Mitokondrilerdeki genler elektron taşınımı, ribozomik RNA'lar (rRNA) ve aktarım RNA'ları

(tRNA) ile ilgilidir.
• Her bir DNA ipliğinin yazımı yapılır, sonra mRNA'lara ayrılır fakat ayrıca rRNA'lara ve
tRNA'lara da ayrılır.

Not: Mitokondriler, hücrenin sitoplazmasından alınan (ve çekirdek tarafından kodlanan) proteinleri
de kullanır; şimdiye dek, apoptoz vakası dışında mitokondriden proteinlerin sitoplazmaya
salınmasına rastlanmamıştır.

4.2. DNA Denatürasyonu

İkili sarmal, in vitro ısı, aşırı ph ve başka koşullarla (üre,...) çözülüş geçirebilir. Bir erime noktası
hesaplanabilir; bu, A/T'de 2 hidrojen bağı varken G/C'de 3 olup daha kararlı bağlandığı gerçeğine
bağlı olarak, incelenen örneğin A/T'ye karşı G/C oranının karakteristiğidir.

Denaturasyondan sonra DNA'nın fiziksel özellikleri değişir; örn. hiperkromik etki: 260 nm'de ışık
emilimi denature DNA'da ikili helezon DNA'dan yüksektir. Işık emilimi A/T'ye karşı G/C oranına göre
de değişir: A/T zengini örneklerde daha yüksektir.

DNA denaturasyonu,1- A/T'ye karşı G/C içeriğinin ölçülmesine olanak tanır;2- in situ (hücre içinde)
hibritleştirme tekniklerinin temelini oluşturur.

4.3. DNA Replikasyonu

DNA molekülünün replikasyonunda, sarmalın kollarnı birbirine bağlayan zayıf hidrojen bağları
fermuar gibi açılır; her iki kolda, eşlerinden ayrılan pürin ve pirimidin uçlarını açıkta bırakır. Hücrenin
sitoplazmasında bulunan çeşitli nükleotitlerin iki kol açıldıkça, kollarda bulunan uygun bazların
karşılarına gelmeleriyle kendini eşleme başlamış olur. DNA'nın ikili sarmalı birbirinden ayrıldığı
zaman, kural olarak Adenin grubu Timin grubuyla, Guanin grubuysa Sitozin grubuyla birleşerek
yerlerini alırlar. Diğerleri uymadıkları için geri çevrilirler. Yine aynı şekilde, eski zincirdeki Adeninler
Timinlerle, Sitozinler Guanin gruplarıyla ikili sırayı tamamlamak için birleşirler. Bütün nükleotitler
eşlendiğinde ise, yeni zincir oluşturulmuş, DNA kendini eşlemiştir. Kopyalanan yeni DNA iplikleri
tamamen aynıdır, ancak nadiren çoğalmadaki hatalar nedeniyle kopyalama mükemmel olmaz.