Prof. Dr. E.

Sümer ARAS

DNA’nın Yapısı
DNA’nın Yapısı

• Kimyasal anlamda DNA, nükleotit

denilen yapı taşlarından oluşan bir
zincirdir.
• Her nükleotit bir şeker, bir fosfat ve bir
bazdan adenin (A), guanin (G), sitozin
(C) veya timin (T) oluşur.
Primer Yapı: Nükleik
Asitlerin Bileşenleri
• Nükleik asitler için günümüzde kullanılan standart kısaltmalar,
DNA ve RNA'dır.
• Fakat bu kısaltmalar evrensel kabul görmeden önce söz
konusu moleküller için birçok farklı isim kullanıldı.
• Örneğin, DNA ilk olarak sığır timus bezinden izole edildiği için,
timus nükleik asiti, RNA ise maya'dan izole edildiği için, maya
nükleik asiti olarak isimlendirilmiştir.
• Nükleik asitler, nükleotitler denilen alt birimlerin oluşturduğu
polimerler veya uzun zincirlerdir.
• Her bir nükleotit alt birimi 1 adet 5 karbonlu şeker, 1 adet
fosfat grubu, 1 adet azotlu baz olmak üzere üç kısımdan
oluşur.
Primer Yapı: Nükleik Asitlerin Bileşenleri
Primer Yapı: Nükleik Asitlerin Bileşenleri

Beş karbonlu şekerler

• DNA'nın nükleotit alt birimleri, deoksiriboz şekeri içerirken, RNA'nın nükleotit alt birimleri riboz olarak isimlendirilen pentoz
(5 karbonlu) şekeri içerir.
• Bu şekerler, sadece halkanın ikinci karbonundaki oksijenin varlığı veya yokluğu (deoksi) ile birbirlerinden farklıdır.
• RNA ve DNA arasındaki bu küçük fark görevlerini önemli ölçüde etkiler. RNA'nın kayda değer değişkenliği kritik bir şekilde bu
ek hidroksil grubuna bağlıdır.
• Karışıklığa sebep olmamak için, her bir pentoz şekerindeki beş karbon atomu, 1' (üssün)'nden 5' (üssü)'ne kadar numaralarla
işaretlenir.
• Üsler, şeker halkalarındaki numaralandırmayı baz halkalarındaki numaralandırmadan ayırmak için kullanılır.
• Beş üyeli halkanın bir üyesi olarak, her iki şekerde de birer oksijen vardır, yani oksijen halkanın bir üyesidir; 5' karbon halkanın
dışındadır.
Azotlu bazlar
• İsimlerinden de anlaşılacağı gibi, azotlu bazlar, bir bazın kimyasal özelliklerine sahip olan, azot içeren moleküllerdir (baz,
çözeltide bir H+ iyonu veya proton alan madde).
• Bazların ikisi [adenin (A) ve guanin (G) pürinler olarak isimlendirilir ve çift karbon azot halka yapısına sahiptir.
• Diğer 3 baz [timin (T), sitozin (C) ve urasil (U)-ise tek halkalıdır ve pirimidinler olarak isimlendirilir.
• Timin, sadece DNA'da bulunurken, urasil RNA'ya özeldir.
• Watson ve Crick'in, 3 boyutlu DNA yapısını önermelerinden birkaç yıl önce Erwin Chargaff DNA'daki her bir bazın miktarını
belirlemek için, kağıt kromotografisi yöntemini geliştirdi.
• Chargaff farklı bazların molar konsantrasyonları arasında belirli düzenli ilişkiler gözlemledi.
• Bu ilişkiler günümüzde Chargaff kuralları olarak isimlendirilir.
• Chargaff tüm DNA örneklerinde A bazlarının sayısının T bazlarının sayısına eşit olduğunu gösterdi; yani [A] = [T] bazın molar
konsantrasyonu, köşeli parantez içinde bazın sembolü ile gösterilmiştir.
• Bundan dolayı, G bazlarının sayısı da C'ninkine eşittir: [G] = [C]
• Sonuç olarak pürin bazlarının miktarı pirimidin bazlarınınkine eşittir: [A] + [G] = [T] + [C]
• Chargaff, aynı zamanda "yüzde G+ C" olarak tanımladığı DNA'nın baz kompozisyonunun türler arasında değiştiğini fakat tür
içindeki bir organizmanın tüm hücrelerinde sabit olduğunu keşfetti.
• Yüzde GC içeriği organizmaya bağlı olarak % 22 ile % 73 arasında değişebilir.
Azotlu
bazlar
Fonksiyonel fosfat grubu
Fonksiyonel fosfat grubu (PO), DNA ve
RNA'ya, fizyolojik pH'da asit (bir
çözeltide bir H+ veya proton salıveren
madde) özelliği verir.
Dahası, fosfodiester bağları oluştuktan
sonra fosfat grubunun bir oksijen atomu
hala negatif olarak iyonizedir.
Bundan dolayı "nükleik asit" denir.
Bir nükleotit DNA veya RNA zincirinden
Fosfatlardan oluşan bağlar kararlı
ayrıldığında nükleotit süreç içinde yok
olmalarına rağmen yine de enzimatik
edilmez.
hidroliz ile kolayca kırılan esterlerdir.
Yağlarda zor çözünme neden önemlidir?
Ökaryötik hücrelerin çekirdeğini veya
bir hücreyi çevreleyen zarın içeriğini bir
Negatif yüklü fosfatların yağlardaki an düşünün. Bütün canlılarda
çözünürlüğü son derece düşüktür. fosfolipidler hücre zarlarının önemli
bileşenleridir. Bu nedenle nükleik
asitlerin yağlarda çözünmezliği, onların
hücre içinde tutulmasını garanti eder.
 5' ve 3'nün önemi
Nükleotitin asimetrik yapısı sebebiyle, bir DNA veya RNA zincirini oluşturmak için birbirine bağlanan
nükleotitler, belli bir polarite oluştururlar.

Nükleotit zincirinin uçlarından biri 5', diğeri 3' sembolü ile belirtilir. 5' sembolü, fonksiyonel fosfat
(PO) gru- bunun bağlı olduğu şekerdeki karbonu ifade eder.

3' sembolü, fonksiyonel hidroksil (OH) grubunun bağlı olduğu şeker halkasındaki karbonu ifade eder.

DNA veya RNA zincirinin uçlarının asimetrisi, her bir zincirin 5' fosfat ve 3' hidroksil grubu taşıyan uçları
tarafından belirlenen bir yönlenme gösterdiğini ortaya koyar.

Bir nükleik asit zincirinin bu 5’ 3' polaritesi, molekülün oldukça önemli bir niteliğidir.

Bu polaritenin anlaşılması, replikasyonun ve transkripsiyonun yönünün anlaşılması, DNA zincirinin

okunması ve laboratuvardaki çalışmaların gerçekleştirilmesi için kritiktir.

Genel kabule göre, bir DNA veya RNA zinciri 5' ucu solda, 3' ucu sağda olacak şekilde yazılır. Bu, 5' →3'
hem DNA'nın hem de RNA'nın sentez yönü olduğu için de anlamlıdır.

Sonuçta, DNA ve RNA'nın primer yapıları birbirine oldukça benzerdir.

Nükleik asit
terminolojisi
 • DNA ve RNA'nın sekonder yapıları birbirlerinden oldukça farklıdır.
• Bu yapısal farklılık iki nükleik asit tipinin farklı fonksiyonları için
önemlidir. RNA genellikle bir tek nükleotit zinciri da ipliği olarak
bulunur.
• İkincil yapısı, çift sarmallı kısa bölgeler ve firkete (hair-pin) olarak
isimlendirilen katlanmış yapılar içerir.

DNA’nın • RNA molekülleri kimyasal reaksiyonları katalizlemenin yanı sıra bilgi

de taşıyabilir.

Sekonder • Watson ve Crick'in ortaya çıkardığı gibi DNA genellikle hücrede

birbirine sarılan çift zincir olarak yer alır.

Yapısı • Çift zincirli DNA (dsDNA) veya dubleks DNA olarak da ifade edilen
DNA çift sarmalı, bazı virüslerde bulunan tek zincirli DNA
(ssDNA)'dan farklıdır.
• DNA'nın yapısı, organizmaların üreme ve gelişmesi için gerekli olan
genetik bilgiyi çoğaltmalarına ve muhafaza etmelerine izin verir.
• Çeşitli zayıf kimyasal kuvvetler, DNA çift sarmalının oluşumunu sağlar.
Bunlar bazlar arasındaki hidrojen bağları ile bazların kümeleşmesine
yol açan hidrofobik etkileşimleri içerir.
Bazlar arasında hidrojen bağları oluşur
• Termodinamik olarak kararlı hidrojen bağları, birbirine sarılan DNA zincirlerinin karşılıklı
zincirlerindeki azotlu bazlar arasında oluşur.
• Hidrojen bağları, bir hidrojen atomunun, oksijen ve azot gibi iki elektronegatif atom
arasında paylaşılmasını gerektiren çok zayıf bağlardır.
• Hidrojen bağları, zincirleri bir arada tutan bir tür güç sağlar. Hidrojen bağları tek tek çok
zayıf olmalarına rağmen çok sayıda bulunduklarında moleküle yapısal bir kararlılık
verirler.
• Çift zincirli DNA, çok sayıda bu zayıf bağlardan içerir. Termal hareket daima her bir zincirin
uçlarına yakın baz çiftlerini birbirinden ayırsa bile, diğer hidrojen bağları hala sağlam
olduğundan, iki zincir genellikle birbirinden ayrılmaz.
• Bir bağ kırılır kırılmaz, fizyolojik şartlar altındaki en muhtemel olay ek bağların
kırılmasından ziyade aynı hidrojen bağlarının yeniden oluşmasıdır.
 Bazlar
arasında
hidrojen
bağları oluşur
 • Bazlar arasındaki hidrojen bağları "Watson-Crick" veya
"tamamlayıcı-komplementer" baz eşleşmesi olarak ifade edilir.
• Adenin (A) normal olarak timin (T) ile iki hidrojen bağı, guanin
(G) ise sitozin (C) ile üç hidrojen bağı aracılığıyla eşleştirilir.
• Watson-Crick baz eşleşmesi, iki zincirdeki 1’ karbonların

Bazlar
birbirlerine olan uzaklığının tam olarak aynı (1.08 nm) olmasını
sağlar.
• Bu da, DNA çift sarmalının düzenli, simetrik iskeletli olmasını
arasında sağlar. Eşleşmiş komplementer zincirlerin Watson-Crick yapısında
olması, farklı bazların molar konsantrasyonları arasındaki ilişkileri

hidrojen açıklayan Chargaff kurallarını destekler.

• DNA'da neden G ile A veya C ile T gibi diğer kararlı baz eşleşmeleri

bağları
yoktur? Bunlardan bazıları iki veya daha fazla hidrojen bağı
yapmada ortaya çıkacak zorluktan dolayı gerçekleşemeyebilir. G ile
T arasındaki hidrojen bağı Watson-Crick baz eşleşmesine benzer

oluşur şekilde bir çift oluşturur.

• Aynı şekilde, GU baz eşleşmesi, RNA'da kararlıdır. GU baz eşleşmesi
RNA yapısı ve RNA-protein etkileşimleri için önemlidir. Bununla
birlikte DNA'da GC ve GT değişimleri bir şekilde gerçekleşirse,
DNA'daki baz sıraları her bir replikasyon sonrası ciddi biçimde
değişebilir.
• Aslında Watson-Crick modeline uymayan baz eşleşmelerini
tanıyan, çoğu hataları düzelten ve böylece kalıtsal bilginin hatasız
aktarımını devam ettiren, DNA tamir ve düzeltme mekanizmaları
vardır.
Bazlar arasında
hidrojen bağları
oluşur
 Baz istiflenmesi, DNA çift sarmalına
kimyasal kararlılık sağlar.
• Hücresel yaşamın moleküler süreçleri genellikle sulu çözeltilerde gerçekleşmektedir ve
hücre içi bileşenler suda kolayca çözülebilen oldukça büyük moleküllerdir.
• Azotlu bazlar kutupsuz (apolar) ve bu nedenle hidrofobik "su sevmez" oldukları için bir
istisnadır.
• Kendi başlarına, pratikte, hücrelerin sulu ortamında çözünmezler.
• Polar su molekülü üzerindeki yüklerin asimetrik dağılımı, DNA'nın yapısı için önemlidir.
Bazlar, nükleotit oluşturmak üzere, bir şekere ve bir fosfata kovalent olarak bağlandığında,
suda çözünebilir hale gelirler fakat yine de çözünmezlikleri hala çözeltideki DNA'nın tam
konformasyonu üzerinde büyük sınırlamalara sebep olur.
• Eşleşmiş, nispeten yassı bazlar sarmal dönüş sebebiyle birbirlerinin üzerine istiflenme,
raflaşma, yığılma eğilimindedirler.
• Çift zincirli DNA'nın bu özelliği "baz istiflenmesi" olarak bilinir. Bu istiflenme, bazlar
arasındaki herhangi bir boşluğu ortadan kaldırır ve çift sarmalın içerisinden büyük
miktarda suyu dışarı çıkartır.
Baz istiflenmesi, DNA çift sarmalına kimyasal kararlılık sağlar.
Baz istiflenmesi, DNA çift sarmalına kimyasal
kararlılık sağlar.

• Bu etkileşimler gerçekte zayıf van der Waals etkin bir örneği olmasına rağmen, suyun güçlü bir şekilde polar olmayan grupları dışarda
tutma eğilimi sıklıkla "hidrofobik bağ" olarak ifade edilir.
• Hidrofobik bazlar birbirbirlerine yakınlaştıklarında, atomlar arasındaki spesifik olmayan elektriksel çekimler sayesinde kararlı hale
gelirler. Bu zayıf çekimler oluşur, çünkü elektronların sürekli hareketi, atomlarda yük açısından zamanla değişen küçük bir asimetriye
sebep olur.
• Bazlar birbirine çok yaklaşınca, bir bazdaki küçük kısmi yük yanındaki diğer bazdaki zıt kısmi yükü uyarır ve bir çekime neden olur.
Çekim, kovalent bağlara hatta hidrojen bağlarına göre zayıf olmakla birlikte, çok sayıdaki van der Waals etkileşimleri, DNA çift sarmalı
gibi yapıların kararlılığını önemli derecede artırabilir.
• Bu hidrofobik etkileşimlerin sonucu olarak, çift zincirli DNA molekülü basamak basamak istiflenmiş bazlardan oluşan hidrofobik bir
çekirdeğe sahip olur.
• Şeker ve fosfatlar suda çözünebildiği için polar fosfat gruplarının polar ortamla etkileşebildiği sarmalın dışındadırlar.
• Bazların suda çözünebilirliği, çift sarmal oluşumu için, DNA'ya itici güç sağlar ve çift sarmalın kimyasal kararlılığının büyük bir kısmını baz
istiflenmesinin gücü sağlar. Bazların istiflenmesi genellikle tüm baz çiftlerinin serbest enerjilerinin yarısı kadar hatta daha fazla katkı
sağlar.
Baz istiflenmesi, DNA çift sarmalına kimyasal
kararlılık sağlar.
 • Birbirini takip eden deoksiriboz şeker ve fosfat grupları DNA'nın omurgasını
oluşturmaktadır.
• Bazlar şekerlere bağlıdır ve zincirin uzun ekseni boyunca dikey uzanan DNA
zincirlerinin omurgası arasına yerleşmiştir.
• İki zincirin omurgaları birbiri etrafında döndüğü için bir çift sarmal şeklindedir.

Watson-Crick
• DNA yapısını tanımlamak için sık sık kullanılan merdiven terimi, baz çiftlerinin
ardışık "basamakları" arasında boşluklar olduğuna işaret etmektedir.
• Bazlar birbirinin üstüne sağ yönlü istiflendiği için daha iyi bir benzetme, madeni
DNA çift para yığını ifadesidir.
• DNA molekülünün sabit şeker-fosfat omurgası muhtemelen bir organizmayı
sarmalının yapısı diğerinden ayıran genetik planı kodlamaz.
• Fakat dört bazın dizileri bir DNA molekülünden diğerine değişebilir ve farklı
genetik bilgi kodlar. DNA çift sarmalının bir ucu 5' fosfata, diğer ucu 3' hidroksil
grubuna sahip olan her bir zincirindeki (5’ 3’) polariteyi hatırlayın.
• Watson-Crick, sadece iki zincirin polaritesi zit yönde ise, komplementer baz
çiftleri arasındaki hidrojen bağlarının oluşabildiğini keşfetti.
• Bu nedenle DNA çift sarmalının iki zinciri anti paraleldir (5' 3' ve 3’ 5').
 Watson-Crick
DNA çift
sarmalının yapısı
Büyük ve küçük oluklar
• Bir baz çiftini, kendi deoksiriboz şeker halkalarına bağlayan iki bağ doğrudan birbirine zıt yönde değildir. Dolayısıyla şeker-fosfat omurgası eşit
aralıklı değildir.
• Bu, molekülün merkezi ekseninin etrafında dönen DNA'da ve küçük olukların oluşmasına neden olmuştur.
• Büyük oluk diziye spesifik DNA-protein etkileşimlerinde önemli bir role sahiptir. DNA'ya bağlanarak fonksiyonlarını icra eden proteinler,
zincirde açığa çıkmış baz dizisini "okur".
• Eşleşmiş pürin ve pirimidinlerin yakınına çözücüler erişebilir.
• Özellikle, DNA'nın büyük oluğunda sıralanmış bazların azot ve oksijen atomları çözücüye maruz kaldığında, bir proteindeki amino asitlerin
yan zincirleri ile hidrojen bağları yapabilir.
• Bu hidrojen bağı oluşturabilen grupların yerleşimi, AT, TA, GC ve CG baz çiftleri için farklıdır.
• Bu nedenle büyük oluk, DNA'ya bağlanan proteinler tarafından okunabilen formda bir mesaj taşır. DNA'nın küçük oluğunun proteinler
tarafından “okunmasının" büyük oluğa nazaran daha zor olduğu düşünülür.
• Küçük olukta, hidrojen bağı oluşturabilen grupların yerleşimi, baz çiftlerinin döndüğü yön hariç aynıdır ve AT ve GC baz çiftlerinin
yerleşiminde sadece bir fark vardır.
• Bununla birlikte son zamanlarda moleküler biyologlar küçük oluğun şeklinin DNA'ya bağlanan bazı proteinler tarafından tanınabildiğini
öğrenmişlerdir.
• Küçük oluğun genişliği, çevreleyen DNA'da bulunan nükleotitlerin varlığına bağlı olarak değişir. Örneğin adenin nükleotitlerinden oluşmuş
kısa bir bölge (A dizisi), DNA'ya bağlanan bir proteinin spesifik olarak bağlanmasına hizmet eden dar bir küçük oluk oluşturma eğilimindedir.
Gen ekspresyonunun düzenlenmesiyle ilgili
çoğu protein, DNA'ya büyük oluktan bağlanır.
İyi bilinen istisna, TATA'ya bağlanan protein
(TBP)'dir. TBP, TATA kutusu olarak bilinen özel
bir DNA dizisinin küçük oluğuna bağlanır ve
ökaryotlarda transkripsiyonun başlatılmasında
rol oynar.
Alternatif çift sarmal yapıların farklı özellikleri
• DNA, dinamik bir moleküldür ve şekli biyolojik fonksiyonu için önemlidir.
• Bu düşünce ile araştırmacılar, DNA'nın farklı sarmal biçimleri oluşturup oluşturamayacağını merak
ettiler.
• Bu soruyu yanıtlamak için X-ışını kırınımı analizi yaptılar.
• Rosalind Franklin tarafından gerçekleştirilen X-ışını kırınımı analizi Watson ve Crick'e DNA çift sarmal
modellerini tamamlamak için anahtar bir ipucu sağlamıştır.
• İstenilen herhangi bir nükleotit dizisine sahip oligonükleotitler, istenilen miktar ve saflıkta
sentezlenerek, tek kristal X ışını kırınımı ile incelenebilir.
• Bununla birlikte son derece saf materyal ile bile X ışını kristalografisi hala zor bir tekniktir.
• Bilim insanları kristali başarılı bir şekilde üretmeyi genellikle bahçıvanlığa benzetirler, bazı
araştırmacılar "çiçek yetiştirme yeteneğine" sahiptir, diğerleri ise değildir.
• Yapılar, çeşitli şartlar altında genellikle bir çift sarmal şeklinde katlanabilen 4-24 adet kendine
komplementer bazlara sahip, belli sayıda sentetik oligonükleotit için belirlenir. Bu çalışmalar üç esas
çift sarmal tipinin (Watson-Crick veya B-DNA A-DNA ve Z-DNA) temel yapısını ortaya çıkarmıştır.
 Alternatif çift
sarmal yapıların
farklı özellikleri
 • B-DNA Watson ve Crick'in önerdiği çift sarmal tipidir.
• B-DNA sağa dönümlüdür; Yani ekseninin tepesinden
ekseni boyunca aşağıya doğru bakıldığında, DNA
saat yönünde döner.
B-DNA • Bazlar, ana eksene hemen hemen tam dik olarak
(Watson- yerleşmiştir ve her dönüşte 10,5 baz bulunur.

Crick DNA) • Büyük oluk geniş ve orta derinlikte iken, küçük oluk
orta derinlikte ve çok daha dardır. Önemli bir not B-
DNA, yüksek nemlilik (%95) ve nispeten düşük
tuzluluk şartları altında oluşur.
• Bir hücrenin içerisi, genellikle nispeten düşük tuz
konsantrasyonlu su olduğu için, in vivo'daki baskın
DNA formu B-DNA’dır.
A-DNA
A-DNA B-DNA'nın fizyolojik şartlar altında oluştuğu gösterildikten sonra, X-ışını kristalografikerleri,
kristal büyütme şartları altında deneylere başladı.
Eğer kristal oluşumu süresince su içeriği azalır ve tuz konsantrasyonu artarsa, DNA'nın A formu (A-
DNA) meydana gelecektir.
Bu sağa doğru sarmalda, bazlar eksene göre eğilirler ve her dönüşte 11 baz vardır. A-DNA'nın küçük
oluğu sığ ve geniş iken büyük oluğu derin ve dardır.
In vitro'da sarmalın bu tipini yapmak mümkün olduğu halde, A-DNA'nın hücrenin herhangi bir
yerinde bulunmasının muhtemel olmadığı düşünülmektedir.
Bununla beraber, A tipi sarmal, RNA'nın önemli bir yapısal özelliğidir.

RNA çift zincirli bölgeler oluşturduğunda, A formunda sarmalı benimserBunun nedeni, riboz'un 2'-
hidroksil grubunun, RNA'nın B-formunun oluşumunu engellemesidir.
Z-DNA
Z-DNA 1979'da Alexander
Rich ve Massachusetts
Institute of Technology
(MIT)'deki meslektaşları
sıradışı bir şey keşfettiler.
Z-DNA'da her dönüşte 12
baz çifti vardır.
Bir zincirdeki ardışık GC Sola doğru sarmal, eksenin
bölgenin, komplementeri tepesinden eksen boyunca
Omurga zikzak yapısı
olan diğer zincirdeki CG aşağı doğru bakıldığında,
gösterdiği için, bu yapıyı Z-
dizileri ile birlikte sola DNA zincirleri birbirlerinin
DNA olarak isimlendirdiler.
sarımlı bir sarmal üzerine saatin aksi yönünde
oluşturduğunu buldular. sarılır.
Daha sonraları sitozin'lere
Küçük oluk çok derin ve metil grupları eklenirse,
Z-DNA, öncelikle yüksek
dardır. Aksine büyük oluk normal fizyolojik şartlarda
tuzluluk şartlarında veya
neredeyse yok denecek da çift sarmalın bu
alkol varlığında oluşturuldu.
kadar sığdır. formunun oluştuğu tespit
edildi.
Sitozin metilasyonu,
ökaryotik DNA'nın genel bir
özelliğidir.
 Z-DNA
• Uzun yıllardır Z-DNA'nın biyolojik bir fonksiyonunun olup olmadığı tartışmalıdır. Ancak bazı protein ailelerinin, yüksek ilgi ve spesifiklikle Z-DNA'ya
bağlandığının keşfedilmesi, Z-DNA'nın in vivo'daki rolü için delil oldu.
• Bu günlerde Z-DNA'nın geçici ve kısa sürelerle hücrelerde bulunduğu ve gen ekspresyonun düzenlenmesinde rol oynadığı düşünülmektedir.
• Son zamanlardaki veriler, Z-DNA'ya bağlanan bazı proteinlerin vaccinia ve variola virüsleri de dahil çiçek hastalığı ajanı poxvirüslerin patolojisine
katıldığını göstermektedir.
• Ayrıca, Z-DNA bazı Alzheimer hastalarının beyinlerinde de bulunmuştur.
• Bu şaşırtıcı bulgu uygun olmayan Z-DNA oluşumunun bu nörodejeneratif hastalığın ilerlemesinde bir rol oynayabileceği konusunda araştırmacıların
tezler ileri sürmelerine sebep olmuştur.
• B-Z birleşme noktasının kristal yapısı 2005 yılında çözümlendiğinde bilimsel camiada büyük bir heyecan yaratmıştır.
• Araştırmacılar, bu noktada çift sarmalın yapısında büyük bir bozulma bulunacağını varsaymakta idi. Sürpriz olan şey B-Z birleşme noktasının bu
tahmini bozukluğu nasıl azalttığı idi.
• Bu durum beklenmeyen bir işlemle her birleşme noktasında bir baz çiftinin dışarı döndürülmesiyle başarılır.
• Çift sarmalın enerjitiği çift sarmalın iki zinciri arasında baz çiftlerinin oluşumunu destekler, dolayısıyla bazların sarmal dışına çevrilmesi "baz
döndürme" oldukça dikkate değer bir işlemdir.
• B-Z birleşme noktasındaki bazların dışarı doğru döndürülmesi şeker fosfat köprüsünde keskin bir dönüşle ve 11 derecelik küçük bir eğilme ile
birlikte meydana gelir. Bir hücre içindeki kısa Z-DNA bölgelerinin oluşumu bu yüzde enerjetik olarak daha avantajlı ve daha önce düşünülenden
daha kararlıdır.
• Kristal yapı analizleri ile elde edilen ayrıntılı bilgiler düzenleyici Z-DNA elementlerinin olası fonksiyonel rolünün daha iyi anlaşılmasını sağlayacaktır
Ek olarak baz döndürmenin başka durumlarda da önemli olduğu anlaşılmaktadır. Baz döndür- menin hasarlı DNA'nın onarımı sürecindeki
Z-DNA
 • Watson ve Crick'in de farkettiği gibi biyolojik
fonksiyonun anahtarı DNA’dır.
• Sarmaldaki her bir DNA zincirinin
DNA zincirleri komplementeri diğer zincirdir.
• Bu yüzden DNA'nın bir zinciri varsa diğeri
geri dönüşümlü yapılabilir.

olarak • Molekülün bu önemli özelliği

• DNA replikasyonunu transkripsiyonu (DNA'nın
birbirlerinden RNA kopyasının yapılması) ve translasyonu
(RNA mesajının proteine dönüştürülmesi)

ayrılabilir garanti altına alır.

• DNA replikasyonu ve transkripsiyonu süresince
sarmalın zincirlerinin birbirlerinden geçici ve
geri dönüşümlü şekilde ayrılmaları gereklidir.
DNA'nin denatürasyonu
DNA'nın biyolojik rollerini yerine getirmesini sağlayan bu özellik in vitro'da DNA üzerinde
değişiklik yapılabilmesini sağlar.

"Denatürasyon veya "erime" olarak adlandırılan DNA zincirlerinin çözülmesi (dönerek

birbirlerinden kopması) ve ayrılması laboratuvarda gerçekleştirilebilir.

DNA molekülünün ısıtılmasıyla baz çiftleri arasındaki hidrojen bağları kırılabilir fakat kovalent
fosfodiester bağları bozulmadan aynen kalır.

Termal gücün hidrojen bağlarını hidrofobik interaksiyonları ve DNA'nın iki zincirini bir arada tutan
diğer güçleri yendiği bir noktaya ulaşılır ve molekül erir.

DNA zincirlerinin birbirinden ayrılması 260 nm'de ultraviyole (UV) ışığını absorpsiyonunu
değiştirir.
 DNA'nin
denatürasyonu
DNA'nin
denatürasyonu
• Doğal çift zincirli DNA 260 nm'de tek zincirli DNA'dan
yaklaşık %40 daha az ışık absorplar.
• Bu dubleks DNA'daki baz kümelenmesinin UV ışığının
absorplama kapasitesini sınırlamasından kaynaklanır.
• Bu yüzden DNA denatüre olurken UV absorpsiyonu
artar ve bu durum "hiperkromiklik" olarak bilinir.
• Çift zincirli bir DNA örneğindeki baz çiftlerinin yarısını
denatüre eden sıcaklık erime sıcaklığı (T) olarak bilinir.
• Denatürasyon sıcaklığına yaklaşıldığında sıcaklıktaki
küçük bir artış, iki zinciri bir arada tutan birçok zayıf
etkileşimin aniden kaybolmasına sebep olur böylece
DNA'nın tamamı hızla denatüre olur.
 DNA’nın
denatürasyonu
• Bir DNA'nın G+ C içeriği onun TM'si üzerinde önemli bir etkiye sahiptir.
• GC baz çifti üç AT baz çifti iki hidrojen bağına sahip olduğundan GC içeriği
daha yüksek DNA, daha yüksek sıcaklıkta denatüre olur.
• Daha da önemlisi GC baz çiftlerinin komşu baz çiftleri ile olan baz
istifleştirici hidrofobik etkileşimleri AT baz çiftlerinin komşu baz çiftleri ile
olan etkileşimlerinden enerjetik açıdan daha avantajlıdır.
• DNA'yı denatüre etmek için ısıtmadan başka yöntemler de kullanılabilir.
• Bir DNA çözeltisinin bulunduğu ortamın tuz konsantrasyonunun
düşürülmesi iki zincirdeki negatif yükleri kaplayan pozitif yüklü iyonların
uzaklaştırılmasına sebep olarak denatürasyonu teşvik eder.
• Düşük iyonik kuvvette, omurgadaki fosforil gruplarından kaynaklanan
negatif yüklerin bu karşılıklı itici kuvvetleri, düşük sıcaklıkta bile DNA'yı
denatüre etmek için yeterlidir.
• Ek olarak, yüksek pH veya formamid gibi organik çözücüler de, DNA
zincirleri arasındaki hidrojen bağlarını kırar ve denatürasyonu teşvik eder.
DNA'nın renatürasyonu
Denatüre olmuş ısıtılmış DNA
çözeltileri, yavaşça soğutulduğunda
DNA hızlı bir şekilde soğutulursa, tek
ise, komplementer diziler birbirini
zincirli kalır.
bulacak ve yeni bir çift zincirli DNA
oluşturacaklardır.
Denatüre olmuş DNA zincirleri, hangi
Ek olarak, DNA renatürasyonu
hızla tekrar bir araya gelir? DNA
çalışmaları, moleküler biyologların
zincirlerinin tekrar bir araya gelme
çeşitli organizmalardaki DNA dizi
hızı, örnekteki DNA zincir uzunluğu ile
tiplerinin anlaşılmasına katkıda
başlangıç konsantrasyonunun bir
bulunmaktadır.
fonksiyonudur.
Denatüre olmuş DNA'ların
renatürasyon kapasitesi, iki farklı
Bu olaya “renatürasyon" veya kaynaktan gelen zincirlerin
"annealing" adı verilir. komplementer baz eşleşmesi
yapmalarına, yani hibridizasyona
imkan sağlar.
İlk çarpışma olasılığı konsantrasyona
Denatüre olmuş DNA zincirleri bir
bağımlı olduğundan, DNA
çözeltide bir arada bulunduğunda,
konsantrasyonu arttıkça birleşme hızı
birbirinin komplementeri olan tek
artar. Renatürasyonun başlangıcından
zincir çiftleri arasındaki ilk çarpışma
sonra geçen t zamanda denatüre
(karşılaşma), renatürasyonun hızını
halde kalan tek zincirlerin oranı
sınırlayan bir aşamadır.
aşağıdaki denklemle ifade edilir:
DNA'nın renatürasyonu
• C, tek zincirli DNA konsantrasyonunu litre başına mol nükleotit olarak ifade eder.
• C, başlangıç konsantrasyonunu ifade eder. K ise bir sabittir. Ct ifadesi genellikle
"Cot" olarak isimlendirilir ve Cor'ye karşı C/C, grafiğine "Cot eğrisi" denir.
• Renatürasyonun yarısı tamamlandığında (tt), C/C = ½ olur. Bu değere, Cot 2 denilir.
• Y ekseni, tek zincirli halde kalan DNA miktarıdır. Bu, tek zincirli DNA
konsantrasyonunun, başlangıçtaki toplam DNA konsantrasyonuna oranı (C/C)
şeklinde ifade edilir.
• X ekseni, reaksiyonun saniye cinsinden süresi (t) ile DNA'nın başlangıç
konsantrasyonu- nun (C) çarpımı sonucu elde edilen değerlerin log ölçeğinde
ifadesidir.
• Şekilde gösterilen ideal eğri düzgündür. Bu düzgün eğri, yeniden birleşmenin
zaman içinde yavaş fakat kademeli olarak meydana geldiğini ifade etmektedir.
Uygulamada, DNA'nın elde edildiği kaynağa bağlı olarak, Cot eğrileri bu idealden
sapacaktır.
• Böyle bir eğriden, farklı organizmaların genomları hakkında ne öğrenebiliriz?
 DNA'nın renatürasyonu
• Yandaki şekilde bir dananın timüs bezinden ve E. coli 'den izole eden DNA'ların klasik
Cot eğrileri karşılaştırılmaktadır. Analizi kolaylaştırmak için, her bir organizmanın
DNA'ları yaklaşık 500 baz çiftlik fragmentlere ayrılmıştır.
• Eğriler arasında şekil olarak dikkate değer bir farklılık vardır. Farklardan biri, dana
DNA'sının Cot ½’ sinin E. coli DNA'sının Cot½' sinden daha büyük olmasıdır. Bu dana
genomunun bakteri genomundan daha büyük olması ile açıklanabilir.
• Çünkü genom ne kadar büyük ise, herhangi bir dizinin çözelti içindeki
komplementerini bulması o kadar uzun sürecektir. Diğer çarpıcı fark ise iki eğrinin
şeklidir. E. coli DNA eğrisi, ideal Cot eğrisi gibi görünürken dana DNA eğrisi düzgün
değildir.
• Bu nasıl açıklanabilir? 1960'lı yılların sonlarına doğru, bu bilim dalında öncü
çalışmalar gerçekleştiren Roy Britten ve David Kohne bu sorunun cevabını buldular.
• Dana DNA'sındaki daha hızlı bağlanma, tekrarlı DNA dizilerinin (türün genomunda
birden fazla kez bulunan DNA dizilerinin) varlığını ifade eder. Daha yavaş bağlanma
ise, türün genomunda tekrarsız (tek kopyalı) dizilerin varlığını işaret eder. Bu bir
örnekteki tek zincirli DNA moleküllerinin komplementer dizileri bulma ihtimalini
düşündüğünüzde bir anlam ifade eder.
• Örneğin, spesifik bir diziden bir genomda iki tane var ise, çözeltide bu dizinin
eşleşebileceği iki dizi vardır ve dolayısıyla genomda sadece tek kopyası bulunan bir
dizinin sahip olduğu Cot değerinin yarısı kadar Cot değerine sahip olacaktır.
DNA'nın
renatürasyonu

• Britten ve Kohen'in çalışmaları, DNA

dizilerinin binlerce kopyasının
(tekrarının) ökaryot genomlarına entegre
olduğunu göstermiştir.
• Tekrarlanan dizilerin DNA üzerinde
dağılmış olarak bulunduğunun ortaya
çıkarılması bazı sıradışı sekonder DNA
yapılarının keşfedilmesini sağladı. Bu
yapılar, spesifik tekrar dizilerinden oluşan
Dana genomu daha büyük oldu DNA
bölgelerini oluşturabilir.
Sıradışı DNA sekonder yapıları

İlk önceleri genetik bilgiyi taşıyan DNA'nın statik, lineer (doğrusal) bir zincir olduğu düşünülürdü.

1960'ların ortalarından itibaren, yapısının esnek olduğu bilgisi hızla yaygınlaştı.

Kısa DNA bölgeleri tarafından oluşturulan sıradışı sekonder yapılar kalıtsal nörolojik hastalıklarda oynadıkları rol
nedeniyle, yakın geçmişte ilgi çekmeye başlamıştır.

Sıradışı sekonder yapılardan bazılarının oluşumu DNA'nın süpersarmal olmasına bağlıdır. Süpersarmallaşma,
burulma geriliminin ortaya çıkışından dolayı bu tip yapıların oluşumu için gerekli itici enerjiyi sağlar.
 Kaymış yapılar
• Sıradışı sekonder yapıların yaygın olanlarından biri kaymış yapılardır.
• Bu yapı DNA'da tek zincirli ilmiklerin oluşumuna neden olan, tekrarların hatalı hizalandığı ardışık tekrarlarda oluşabilir.
• DNA'daki ardışık tekrar (bazen direkt tekrar da denilir) iki veya daha fazla komşu tekrar dizisinin baş-kuyruk tarzında
birbirine eklenmiş halidir. Örneğin 5'-TACGTACGTACGTACG-3 dizisi, 4 TACG ardışık tekrarı içerir.
• Yapıdaki ilmiklerin varlığı ilk olarak tek zincirli DNA'daki fosfodiester bağlarını kesen (çift zincirdekileri kesmez) enzimler
kullanılarak karakterize edildi. Fakat araştırmacıların gerçekten bilmek istedikleri şey, bu kaymış yapıların biyolojik
fonksiyonunun olup olmadığı idi.
• Birkaç bulgu, bunların fonksiyonları olabileceğini göstermektedir. Kaymış yapılar in vitro'da regülatör dizilerin (örneğin gen
transkripsiyonu için) upstream bölgesinde bulunur.
• Bu yüzden belki de DNA'ya bağlanan proteinler için bir tanıma bölgesi olarak görev yaparlar. Ek olarak, kodlama yapan ya
da yapmayan bölgelerdeki basit üçlü tekrar dizilerinin artmasından kaynaklanan çok sayıda kalıtsal nörolojik hastalık
vardır. Bu üçlü tekrarlar, DNA'nın sıradışı sekonder yapılar oluşturmasına sebep olarak ve replikasyon çatalını engelleyerek
ve onarımı teşvik ederek transkripsiyon ve replikasyonu etkileyebilir.
• Komplementer zincirleri ile karşılaştırıldığında, uzun CTG, GGC ve GAA tekrarlı zincirler içindeki kaymış DNA yapısının
oluşumu, bu tekrarların çoğalmasında önemli rol oynar.
Haç şekli yapılar
• Çok sayıda AT baz çifti içeren (AT'ce zengin) DNA bölgelerinde DNA zinciri açılmaya meyillidir.
• AT'ce zengin bölgeler zıt yönlü tekrarlar ise, açıldıklarında eşleşmiş sap-ilmikten oluşan "haç şekli" bir yapı oluşturur.
• Ters tekrarlar, komplementer zincirlerde özdeş içerikli baz dizileridir. Her bir zincirde 5'- 3' yönünde tam olarak aynı
okunurlar.
• Başka bir deyişle, diziler sağdan sola ve soldan sağa aynı okunur. Bazı ters tekrarlar "palindrom" olarak ifade edilir çünkü
ileriye veya geriye doğru aynı okunurlar; "rotor" veya "nurses run" ifadelerinde olduğu gibi tersten de aynı okunurlar.
• Haç şekli yapılarda, DNA'daki her bir ters tekrar, diğer zincirdeki komplementeri ile değil, aynı zincirdeki komplementeri ile
eşleşir.
• Haç şekli yapı peçetenin arkasındaki teorik bir karalama değildir; önerilen eşleşmiş sap-ilmik yapısı, elektron mikroskobu
yardımıyla görüntülenebilir. In vitro'da haç şeklindeki yapılara, çok sayıda ters tekrar içeren plazmitlerde (bakterilerde
bulunan küçük dairesel DNA) ve bakteriyofajlarda rastlanmıştır.
• Deneysel verilerhaç şekli yapıların çeşitli ökaryotik ve prokaryotik sistemlerdegen ekspresyonu ve DNA replikasyonunda
regülatör eleman olarak görev yaptığını göstermektedir. Yakın zamanda haç şekli yapıların sakıncalı rolleri de rapor
edilmiştir.
• AT'ce zengin tekrarlı dizilerin birbirlerinden ayrılmaya ve haç şekli yapilar oluşturmaya olan eğilimlerinin insanlarda
kromozonial translokasyonlara neden olan genetik kararsızlığa yol açtığı öne sürülmektedir.
Üçlü sarmal DNA
• Kaymış ve haç şekli yapılar, DNA sarmalında baz eşleşmelerinde küçük kaymaların
meydana geldiği durumlardır. Bu üçüncü örnek, DNA sarmal yapısında daha
dramatik bir değişim, üçlü sarmal oluşumu ile sonuçlanır.
• Burada üçüncü bir DNA zinciri ilk iki zincirden birine sarılarak üçlü DNA sarmalı
oluşturur. Üçlü DNA sarmalı, DNA'da pürin-pirimidinlerin bolca bulunduğu
yerlerde meydana gelir ve ayna simetrisi içeren diziler tarafından tercih edilir. Bu
tip tekrarlarda, simetri ekseninin iki tarafındaki diziler birbirlerinin ayna
görüntüsüdür. Üçüncü zincir, mevcut DNA içindeki pürin-primidince zengin bir
bölgenin katılmasıyla (intramoleküler tripleks) veya ayrı bir dizinin (intermoleküler
tripleks) katılımı ile oluşur.
• Tripleks ilginç bir soru ortaya koyar. Mevcut DNA sarmalındaki baz çiftleri arasında
zaten hidrojen bağları var iken, üçüncü zincir çift sarmala nasıl dahil olur?
Üçlü sarmal DNA
• Bu sorunun cevabı Hoogsteen AT ve GC baz çiftlerindedir. Bu adlandırma, 1963 yılında ilk defa bazların
farklı bir şekilde diğer bir baz ile iki hidrojen bağı oluşturma potansiyelleri olduğunu farkeden Karst
Hoogsteen'e ithafen yapılmıştır.
• Watson-Crick baz eşleşmesi ile karşılaştırıldığında, Hoogsteen AT ve GC baz eşleşmesinde hidrojen bağı
modelleri değişmiştir. Hoogsteen AT çiftinde, adenin bazı, şekere doğru 180°'lik bir dönüş yapar ve
Hoogsteen GC çifti sadece iki hidrojen bağı yaparken Watson-Crick eşleşmesinde GC bazları arasında üç
hidrojen bağı bulunur.
• Hoogsteen geometrisi, çözeltideki AT baz çiftleri için en çok tercih edilen geometri iken, çift sarmalda
böyle değildir. Hoogsteen GC baz çiftleri, hücrenin nötral pH'ında (pH 7-8) kararlı değildir.
• Bu tipte bir baz çiftinin oluşması için, sitozindeki azotlardan birine bir hidrojen eklenmesi gerekir; bu
protonlanma daha düşük bir pH (pH 4-5) gerektirir. Bir üçlü sarmal oluştuğunda, Watson-Crick dubleksinin
pürin zinciri, üçüncü bir zincirle büyük oluktaki Hoogsteen hidrojen bağları vasıtası ile ilişki kurar. Orijinal
dubleks yapı, B formuna benzer konformasyonda tutulur.
• Hoogsteen baz çiftleri, son zamanlarda moleküler biyologların ilgisini çekmiştir, çünkü bunlar bazen
antikanser ilaçlarla kompleks yapan DNA'larda bulunmuş ve genetik hastalıkla (Hastalık kutusu 2.1) ilişkili
üçlü sarmallarda ortaya çıkmışlardır.
 • Watson-Crick çift sarmalında her iki zincir merkezi eksen etrafında
sağa sarımlıdır ve dönüş başına 10,5 baz çifti vardır.
• Uzun DNA moleküllerinin birkaç dönüş veya "kıvrım" kazanması veya
kaybetmesi nispeten kolaydır. Bu durum DNA replikasyonu veya bazı
proteinlerin DNA'ya bağlanması sırasında DNA'nın yer yer açılmasıyla
meydana gelebilir.

DNA'nın
• DNA'nın iki ucu dönmek için serbest değilse, dönüş sayısındaki küçük
bir değişiklik, DNA'nın düz bir yol izlemektense aşırı sarmallaşmasına
neden olur.
tersiyer • Örneğin, çoğu doğal DNA serbest 5 ya da 3 uçları olmaksızın dairesel
yapıdadır. DNA çift sarmalındaki zincirlerin polaritesinden dolayı, bir
yapısı zincirin 5 ucu sadece kendi 3 ucuna bağlanabilir ve kovalent olarak
kapalı bir halka oluşturur. Bu yüzden dairesel çift zincirli DNA, birbiri
etrafında dönen tek zincirli iki halkadan oluşur.
• Bunun gibi dairesel DNA molekülleri DNA çift sarmalındaki tam
dönüşünün sayısına göre çoğu kez aşırı sarmallıdır. Bu DNA, daha
sonra (burulma stresi altında) süper sarmal haline gelebilir
• Süpersarmal burulmuş, enerjetik olarak daha avantajlı üç boyutlu bir
yapıdır.
 • DNA'nın süpersarmallaşması ile 10 tam dönüş (veya kıvrım, "twist", T = 10)
bulunan ve her dönüşte 10,5 bp olan kısa çift zincirli bir DNA düşünelim.
• Bu DNA'nın uçları birbiriyle birleştirilirse, sonuçta oluşan molekül, düzgün,
enerjetik açıdan rahatlamış bir halkadır. Her bir zincir diğerini tam 10 kez
kestiğinden, bu gevşek halkanın bağlantı sayısı (L, "linking number") 10’dur.
• Bu çift sarmal lineer iken saatin aksi yönünde tam bir tur kendi etrafında
çevrilir ve tekrar uçları yapıştırılırsa oluşan ürün gergin 11.67 bp/ dönüşlü bir
halkadır.
• Bu halkada L = 9 ve T = 9'dur. İki uç birbirine kovalent olarak bağlandıktan
DNA'nın sonra, bağlantı sayısı değişemez. Çift sarmalın her bir dönüşündeki ortalama
baz çifti sayısındaki bir değişme, genellikle, aksi yönde uygun sayıda
Süpersarmallaşması süpersarmal oluşumuyla giderilecektir.
• Bu örnekte, kendiliğinden bir negatif (sola doğru) süpersarmal oluştuğunda
sarmaldaki toplam orijinal "dönüş" sayısı yeniden düzenlenecektir (T10, L= 9).
• Çift sarmalın saat yönünde aşırı burulması genellikle pozitif (sağa doğru)
süpersarmallığa neden olur. Örneğin, eğer çift sarmal sağa doğru bir tam dönüş
yaptırıldıktan sonra uçları yapıştırılırsa, sonuçta L = 11,
T= 11 ve dönüş başına 9,5 baz çifti olan gergin bir halka oluşur.
• Pozitif (sağa doğru) bir süpersarmalın meydana gelmesi sarmalın orijinal
toplam dönüş sayısını geri kazandırır (T 10L= 11).
• Süpersarmal, doğal olarak gevşek DNA'dan daha az
kararlıdır.
• Süpersarmal DNA moleküllerindeki mevcut gerilim,
bazen komplementer zincirin kısa bir bölümünün sınırlı
denatürasyonuna sebep olur.
• Negatif süpersarmal bir DNA'nın baz eşleşmesi
yapmamış tek zincirli bölgelerinde oluşan kısa
kabarcıklar, haç şeklindeki yapılar ile kararlı hale getirilir.
• İlaveten arttırılmış negatif süpersarmallaşmalar, B-DNA-
Z-DNA transisyonlarını tetikleyebilir.
Bu
• DNA'nın bir parçasının sağa sarmallı halden sola sarmallı sarmallaşmanın
hale geçirilmesi, negatif süpersarmalların oluşturduğu
gerilmeyi ortadan kaldırmakta, böylece DNA'nın bir
anlamı nedir?
parçasındaki kıvrım (baz çifti başına dönüş) tersine
çevrilmektedir.
• Topoizomerazlar, DNA zincirinde geçici kırıklar
oluşturabilir ve bu tip olaylar zinciri gevşetir. Bununla
birlikte, sonraki bölümde de ifade edileceği gibi,
DNA'nın süpersarmallaşması, hücrelerde negatif
süpersarmallı bir sarmalın gevşemesine bağlı temel
fonksiyonlara katılır.
in vivo'da supersarmallaşmanın
önemi nedir?
• Gerçektehem prokaryotik hem de ökaryotik hücrelerde, DNA
süpersarmal durumda bulunur
• "Architectural-mimari" proteinler grubunun üyeleri, her organizmada
bulunmaktadır. Bu proteinlerin çoğu, bağlandıklarında DNA negatif
supersarmallığını teşvik etme yeteneğindedirler.
• Örneğin; ökaryotik hücre çekirdeklerindeki DNA, nükleozom denilen
kompleksler içinde, mimari proteinlerle birlikte paketlenmiştir.
• Buradaki tartışmayı önemli kılan şey, çift sarmalın negatif
süpersarmallara eşdeğer şekilde yaklaşık iki kez nükleozomun
etrafindan saatin aksi yönünde (sola doğru) sarılmasıdır.
• DNA, DNA'ya bağlanan proteinlerin etrafında süpersarmal yaptığında,
"alıkonuldu" diye ifade edilir.
• Proteinler tarafından alıkonulan süpersarmallar, DNA ve protein
arasındaki enerji etkileşimi sayesinde kararlı hale getirilir.
• Süpersarmal domainler serbest bırakıldığında, sarmalın
süpersarmallığının açılması ve gerilmesi arasında bir denge oluşur.
• Deneysel kanıtlar, DNA süpersarmallığının, replikasyon,
transkripsiyon ve rekombinasyon gibi birçok genetik süreçte önemli
rol oynadığını göstermektedir.
• Hem DNA'nın hem de RNA'nın sentezinde, yeni oluşacak komplementer zincire tek zincirli bir kalıp sağlamak için, çift
sarmalın lokal olarak açılması gerekir.
• Negatif süper sarmallık, DNA'ya enerjiyi yükler. Saatin aksi yönündeki aşırı sarılma, (negatif sarmallık), çift sarmalın iki
zincirinin birbirinden ayrılmasını kolaylaştırır.
• Buna dayanarak, mantık yürüttüğümüzde, negatif süpersarmallık gen promotorlarının ve replikasyon orijinlerinin
açılmasını kolaylaştırır.
• Aksine, pozitif süpersarmallık, transkripsiyon kompleksi ve replikasyon çatalının önünde oluşur. Pozitif süpersarmal çift
sarmalın açılmasını zorlaştırır ve buna bağlı olarak temel DNA süreçlerini engeller. Bakteri ve ökaryotlardan saflaştırılan
halkasal DNA'nın genellikle negatif süpersarmal yapıda olması şaşırtıcı değildir.
• Örneğin süpersarmal DNA, bakteriyofaj PM2 halkasal genomunun iyi tanımlanmış bir özelliğidir. Genom, elektron
mikroskobuyla incelendiğinde, gevşek veya süpersarmal çember halinde görünür.
• Bakteriyofajlarda, negatif süpersarmallığın, yüksek transkripsiyon ve replikasyon aktivitesiyle, gevşek dairesel DNA
yapısının ise düşük replikasyon ve transkripsiyon aktivitesiyle ilişkili olduğu gösterilmiştir. Benzer olarak, bakterilerin
büyük halkasal genomları üzerinde, bağımsız DNA ilmik domainleri oluşabilir.
• Bir protein kompleksi, her bir domaini yerinde tutarak, ortalama 40 kb büyüklüğünde "alt halkalar" oluşturabilir.
• Bu domainler, replikasyon ve transkripsiyon için önemli süpersarmal yapılar oluştururlar.
• Mimari proteinleri çevreleyen negatif süpersarmallar, bakterilerde kromozom yoğunlaşmasını oldukça büyük oranda
kolaylaştırırlar.
• Araştırmacıların son günlerde yaptıkları ilginç bir keşifte, siyanobakterilerin günlük ("circadian") ritimleri sonrası
süpersarmallıklarını değiştirdikleri bulundu. Gün içerisinde DNA'daki süpersarmallık çok yüksek iken, gece çok azdır.
• Süpersarmallaşma ritminin, gen ekspresyonunun global regülasyonu ile bağlantılı olduğu bulunmuştur.
in vivo'da supersarmallaşmanın önemi nedir?
Ökaryotların kromozomları genellikle dairesel olmadığından, süpersarmallar kromatin ile ilişkili protein örgüsü içine
gömülen doğrusal DNA bölümlerinde ortaya çıkar.

Bu ilişki yukarıda bakteriler için tarif edildiği gibi, iki taraftaki ucu da proteinlere gömülü bağımsız ilmek domainleri
oluşturabilir.

Ökaryotlardaki süpersarmal yapının önemi, bakteriyofaj veya bakterilerdeki gibi kolayca anlaşılamaz.

Negatif süpersarmallığın transkripsiyonu artırdığına dair bazı örnekler vardır, fakat ökaryotların büyük ve kompleks
genomlara sahip olmaları nedeniyle kesin olarak anlaşılması zordur.

Buna ek olarak; replikasyon ve transkripsiyon işlemlerinin kendilerinin süpersarmallıklar ortaya çıkarması nedeniyle,
DNA süpersarmallığının hangi genetik süreçleri etkilediğini anlamak, hala daha önümüzde duran bir sorundur.
Negatif süpersarmallaşmanın bu etkilerini öğrendikten sonra,
pozitif süpersarmallı genoma sahip hiçbir organizma olmadığı
sonucuna varmak kolaydır. Fakat bunun böyle olmadığı ortaya
çıkmıştır.
Arkelere dâhil olan, sıcak kaynaklarda yaşayan hipertermofilik
mikroorganizmalar aşırı derecede yüksek sıcaklıklarda yaşamlarını
sürdürmektedirler.
Bunlar DNA'larını bozulmadan nasıl muhafaza ediyorlar? Pozitif
süpersarmal yapı ile.

Pozitif süpersarmallığın, denatüre olmasın diye çift sarmalı kararlı

hale getirerek, yüksek sıcaklığa adaptasyonda anahtar bir rol
oynadığı düşünülmektedir. in vivo'da
supersarmallaşmanın
önemi nedir?