Professional Documents
Culture Documents
Ismail Bezirganoglu
Mutasyonlar ve DNA hasarı
• Mutasyon, DNA’nın nükleotit dizisindeki
değişikliklerin veya delesyonların, insersiyonların
yada genomdaki DNA dizilerinin yeniden
düzenlenmleri sonucunda oluşurlar.
• Spontan bir mutasyon, DNA replikasyon hatalarında
olduğu gibi hücrelerdeki doğal süreçlerin bir sonucu
olarak ortaya çıkar.
• Spontan mutasyonlar, DNA hasarına neden olan dış
kaynaklı bir ajan veya mutajen ile DNA’nın
etkileşiminin bir sonucu olarak indüklenmiş
mutasyonlardan ayrılabilirler.
Mutasyonların moleküler biyoloji için
önemi
• Mutasyonlar, evrimsel değişimi yönlendiren genetik
varyasyonun ana kaynağı olduğu için önemlidir.
• Mutasyonlar zararlı olabilirler yada bir organizmaya
veya onun sonraki nesillerine avantaj sağlayabilirler.
Eşey hücrelerinde meydana gelen mutasyonlar
kalıtsal genetik bozukluklara yol açarken, somatik
hücrelerde oluşan mutasyon ise kanser veya
nörodejeneratif bozukluklar gibi hastalıklara yol
açabilirler.
• Mutant organizmalar, hücresel proseslerde rol alan
genlerin karakterize edilmesi açısından moleküler
biyologlar için önemli araçlardır.
• Moleküler seviyede, mutasyonun en basit tipi nükleotit
değişimidir ya da nokta mutasyonu olarak adlandırılır.
DNA dubleksindeki bir nükleotit çiftinin yerine, farklı bir
nükleotit çiftinin geçmesidir.
• Diğer mutasyon tipleri DNA’da daha güçlü değişimlere
neden olurlar. Örneğin, trinükleotit tekrarların sayısının
artması, geniş insersiyonlar ve delesyonlar ve büyük
kromozomal yeniden düzenlemeler. Böylesi değişimler,
transposable DNA elementlerinin insersiyonuyla yada
hücresel rekombinasyon sürecindeki hatalarla meydana
gelebilir.
• Araştırmacıların belirttiği tuhaf bir durum vardır ki,
kromozom üzerinde ‘sıcak nokta’ adı verilen bazı
bölgeler vardır ve bu bölgeler üzerinde mutasyonların
oluşma frekansı DNA’nın diğer bölgelerine oranla daha
yüksektir.
• Transisyonlar ve transversiyonlar sessiz, yanlış
anlamlı veya anlamsız mutasyonlara yol
açarlar.
• Transisyon mutasyonları bir primidin bazının
başka bir primidin bazı ile yada bir pürin
bazının başka bir pürin bazı ile yer değiştirmesi
sonucu oluşurlar.
• Bunun aksine, transversiyon mutasyonlar ise
bir primidin bazının bir pürin bazı ile veya tam
tersi olarak bir pürin bazının bir primidin
bazıyla yer değiştirmesi şeklinde gerçekleşirler.
Transisyon mutasyonu,
• Primidin primidin T C veya C T
• Pürin pürin A G veya G A
Transversiyon mutasyonu,
• Primidin pürin T A, T G, C A veya
C G
• Pürin pirimidin A T, A C, G T veya
G C
• Sessiz mutasyonlar protein kodlayan bir
gendeki nükleotit değişimi, kodlanan
proteindeki aminoasit değiştirilebilir de
değiştirmeyebilir de. Aminoasit dizisinin
değiştirmeksizin nükleotit dizisini değiştiren
mutasyonlar sinonim mutasyonlar yada sessiz
mutasyonlar olarak adlandırlırlar.
• Kodlama yapan bölgelerin dışındaki
nükleotitlerde meydana gelen mutasyonel
değişiklikler de sessiz olabilirler. Bu nedenle bu
tip dizilerdeki mutasyonlar fenotipik etkilere
sahip olabilirler.
• Yanlış anlamlı mutasyonlar protein kodlayan
dizilerde, amoniasit dizisinin değişmesine yol açan
nükleotit değişimleri ise ‘sinonim olamayan
mutasyonlar’ veya yanlış anlamlı mutasyonlar olarak
adlandırılır.
• Bir proteinin aminoasit dizisinde meydana gelen bir
değişiklik ise, o proteinin biyolojik aktivitesini
değiştirebilir. Tek amioasit değişikliğinin fenotipik
etkisine verilen klasik bir örnek ise, kalıtsal olarak
aktarılan insan orak hücre anemisine neden olan
subtitisyondur.
• Orak hücre anemisinin moleküler temeli, A T
transversiyonu mutasyonu olup, bu mutasyon
hemoglobinin β-globin zincirinin yaban tip glutamik
asit kodonunu mutant tip olan valin kodonuna
çevirmektedir.
• Anlamsız mutasyonlar yeni bir stop kodonu
oluşturan nükleotit değişimlerine anlamsız
mutasyonlar adı verilir. Anlamsız
mutasyonlar, protein sentezi esnasında
erken zincir sonlanmasına neden
olduklarından, oluşan polipeptit parçası
çoğu zaman fonksiyonel olamaz.
• İnsersiyonlar ve delesyonlar, frameshift (çerçeve
kayması) mutasyonlarına neden olurlar.
• DNA’da nükleotit insersiyonları yada delesyonları da
olabilmektedir fakat bu tip mutasyonların meydana
gelme oranları, nükleotit değişimlerine oranla daha
azdır. Küçük bir delesyonun fenotipik etkisine klasik bir
örnek, insan kalıtsal hastalığı olan kistik fibrozdur.
• Şayet bir delesyonun yada insersiyonun uzunluğu, tam
olarak üç nükleotit yada katları şeklinde değilse,
ribozumun üçlü kodonları okuma özelliğinden dolayı
okuma çerçevesi kayar ve sonuç olarak mutasyon
bölgesinden sonraki bütün aminoasitler değişir. Bu tip
mutasyonlar ise mRNA’daki kodonların okuma
çerçevesinin ‘kaymasına’ neden olduklarından çerçeve
kayması mutasyonları olarak adlandırılırlar.
• Trinükleotit tekrar sayılarının artışı, genetik
kararsızlığa sebep olur.
• DNA’nın bazı bölgeleri, trinükleotit tekrarlar
nedeniyle olağanüstü bir genetik kararsızlığa
sahiptirler. Trinükleotit tekrar artışlarının, üçlü
heliks konformasyonuna uyum sağlayabildiği ve
müstesna DNA ikincil yapılarını oluşturuduğunun
varsayıldığını 2. bölümden hatırlayın. Bu ikincil
yapılar, transkripsiyonu ve DNA replikasyonunu
engelleyebilmektedirler.
• Bunun sonucu olarak da trinükleotit tekrarların aktif
olarak sayısının artması, Fragile X sendromu,
Huntigton hastalığı, Kennedy hastalığı, Friedreich
ataksisi, spinoserebellar ataksi tip 1 ve miyotonik
distrofi gibi belirli genetik nörolojik bozukluklara
yol açmaktadırlar.
• Tekrarların sayısının artması iki farklı mekanizma
ile ortaya çıkar. dengesiz krossing over yada DNA
replikasyonu esnasındaki kayma (patinaj) ile.
• Dengesiz krossing over, mayozdaki rekombinasyon
sırasında bir kromozomdaki trinükleotit tekrar
kopyasının yerine farklı bir trinükleotit tekrar
kopyası ile yanlış hizalanması sonucu ortaya çıkar.
• Rekombinasyon bir kromoozmdaki tekrar kopya
sayısını artırır. bu da dublikasyonla sonuçlanır.
• Diğer bir kromozomda ise tekrar sayısındaki
mutabık bir azalmadan dolayı delesyon oluşur.
DNA Hasarının Genel Sınıfları
• Hermann Muller, ilk olarak 1927 yılında X ışınlarının
Drosophila’ da mutajenik olduğunu göstermiştir. O
zamandan beri, mutajenler çok sayıdaki fiziksel
ajanın ve kimyasalların DNA’da hasara yol açarak
mutasyon oranını arttırıldıkları gösterilmiştir.
• Bir mutajen, spontan mutasyon oranının üzerinde
mutasyon oranını arttıran, herhangi bir kimyasal
yada fiziksel ajandır.
• DNA hasarı, olağan ikili sarmal yapıda bozulmaya
sebep olacak herhangi bir değişikliktir. Üç büyük
DNA hasarı sınıfı vardır. Tek baz değişiklikleri,
yapısal bozukluklar ve DNA omurgasının hasarı.
Tek Baz Değişiklikleri
• Tek baz değişimi yada konversiyon, DNA dizisini etkiler
fakat DNA’nın tüm yapısı üzerine olan etkisi düşüktür.
Örneğin, sitozinin amino grubunun oksijenle yer
değiştirmesi, sitozini sadece RNA zincirlerinde bulunabilen
bir baz olan urasile dönüştürür. Bu tipteki dönüştürme
prosesleri ise deaminasyon olarak adlandırılır.
• Deaminasyon, hidrolitik hasarın en önemlisi ve en sık
görüleni, suyun faaliyeti sebebiyle yada kimyasal bir
mutajen sebebiyle spontan olarak ortaya çıkabilir. Bir CG
baz çifti, UG baz çifti yerine geçerse, bu değişiklik DNA çift
sarmalında sadece küçük bir yapısal bozulmaya neden olur.
Bu yüzden bu tipteki hasar, replikasyonu yada
transkripsiyonu tamamen bloke etmez. Fakat nokta
mutasyonu, mutant bir RNA yada proteinin üretilmesine
yol açabilir.
• Omurgalı DNA sında sitozin yerine çoğunlukla 5-
metilsitozin bulunur. 5-metilsitozinin deaminasyonu
timin oluşturduğundan omurgalı DNA sındaki
metillenmiş sitozinler spontan mutasyonlar için sıcak
noktalardır.
• Bu durum hasarlı DNA replike olduğunda GC baz
çiftinin AT baz çiftine değişmesine sebep olur.
• Alkilasyon, oksidasyon ve radyasyonda DNA ya hasar
verir. Nitrozamin gibi alkilleyici ajanlar O6-metilguanin
oluşmasına yol açar. Değişikliğe uğramış bu baz
sıklıkla timin ile yanlış eşleşir ve hasarlı DNA replike
olduğu zaman GC baz çiftinin AT baz çiftine
dönüşmesine sebep olur.
Yapısal Bozulma
• Ultraviyole (UV) ışığı, UV ışınlarının seçilerek absorbsiyonundan dolayı,
hücreler üzerinde zararlı etkilere sahiptir. Yaklaşık 260 nm dalga boyuna
sahip radyasyon, bazlar tarafından güçlü bir şekilde absorblanır.
• En sık görülen UV uyarımlı DNA lezyonlarından olan komşu timinlerin 5. ve
6.karbon atomları arasındaki bağlarla bir siklobütan halkası oluşur. Bu
halkalara aynı zamanda siklobütan primidin dimerleri de denilmektedir.
• DNA hasarına interkalasyon ajanları ve baz analogları da neden olabilir.
Etidyum bromür gibi interkalasyon ajanları birkaç polisiklik halka içerirler.
Bu yasssı halkalar DNA bazları arasına yerleşir. Tıpkı çift sarmal yapıdaki
bazlar gibi, bazlar arasına istiflenirler. Çift sarmal yapısının bozulmasından
dolayı, interkalasyon ajanları DNA replikasyonu esnasında bir veya daha
fazla baz çiftinin insersiyonuna yada delesyonuna neden olabilirler.
• Baz analogları ise normal bazlar yerine geçebilen bileşiklerdir. Örmeğin, 5-
bromourasil, timin bazının analoğudur.
DNA Omurgasının Hasarı
• Omurga hasarı, (bir nükleotitteki azotlu bazın kaybolması
sonucu oluşan) abazik bölgeleri ve çift zincir DNA kırıkları
ifade eder.
• Abazik bölgeleri, kararsız baz eklentilerinin oluşması
nedeniyle spontan olarak oluştururlar. Örneğin, pürin
nükleotitlerinde, şeker pürin bağları nispeten kararsızlardır.
Suyun etkisiyle pürin bazındaki N-glikozil bağının hidrolizi,
DNA’daki pürinsiz kalan yerde bir hidroksil (OH) bırakır.
• Çift zincir kırıkları, iyonize radyasyon ve birçok kimyasal
bileşik tarafından indüklenirler. İyonize radyasyon, DNA
omurgasındaki deoksriboz şekere doğrudan yada reaktif
oksijen türevleri oluşturarak dolaylı olarak saldırabilir.
DNA’nın her iki zinciri de bozulduğundan, çift zincir kırıkları
en ağır DNA hassar tipi olarak değerlendirilir.
Lezyon Bypassı
• Ökaryoktik hücrelerde, normal replikasyon
yüksek doğruluklu DNA polimerazları
kullandığını bilmekteyiz. Bu yüksek doğruluklu
polimerazlar, hasar görmemiş kalıp DNA’yı
kusursuzca kopyalar fakat DNA sarmalının
yapısal bozulmasına neden olan DNA
lezyonlarını bypass etme (atlama) yetenekleri
yoktur. Özelleşmiş düşük doğruluklu hataya
meyilli DNA polimerazlar, kısa süreliğine geçici
olarak replikatif polimerazların yerine geçerler
ve translezyon sentezi adı verilen bir işlemle
hasarlı olan bölgeyi replike ederler.
• En basit modellerde, DNA’daki bir lezyonu bypass
edemeyen bir replikatif polimeraz, ya DNA’dan
ayrılır yada replikasyona devam edebilmek için
lezyonun daha ilerisine kayarak replikasyonu
sürdürür. Bu durum, PCNA aracılığıyla lezyonu
replike etme yeteneğinde olan başka bir DNA
polimerazın ortama ilavesini sağlar. DNA
replikasyonunun fabrika modeline uygun olarak,
hata meyilli polimerazlar ve bunların yardımcı
faktörleri, hızlı bir şekilde müdahale için subnükleer
bölümlerde depolanırlar. Nihayetinde, replikatif
polimeraz replikasyon tamamlanana kadar ya
replikasyon engelleyici bir DNA lezyonuyla tekrar
karşılana kadar kalıbın kontrolünü tekrar ele alır.
• Çoğu lezyonun önceden var olan bazların eşleşme
özelliklerini tamamen değiştirdiğini hatırlayınız. hataya
meyilli polimerazlar bu tip lezyonların hakkında nasıl
gelebiliyorlar: bu durumda polimerazlar lezyonların
karşısına yanlış nükleotitler sokarlar ve nükleotit
değişikliği (substitusyon) mutantları oluştururlar.
Alternatif olarak polimerazlar kalıp olarak kullanıdıkları
lezyonlu zinciri bırakmadan lezyon bölgesini atlayarak
lezyonun ilerisindeki karşı baza doğru baz eklemeye
devam ederler fakat frameshift mutasyonu oluştururlar.
• Hataya meyilli polimerazlarının hataya meyili açısından
genel eğilimlerinin önemli bir istisnasını DNA polimeraz η
oluşturmaktadır. DNA polimeraz η bir timin dimerinin
karşısına iki adet adenin ekleyerek, timin-timin dimerini
bypass eder bu durum ise lezyonun hatasız olarak
bypassını sağlar.
• Hataya meyilli DNA polimerazlar, hasarlı DNA
kalıplarını müsamahalı ve verimli bir şekilde
kopyalayabilirler. Bununla birlikte bu polimerazlar
hataya meyilli olduklarından mutasyon üretebilirler.
Tipik hata oranı, hasar görmemiş DNA üzerinde baz
çifti başına 10-1 ile 10-3 ‘dür. Yapısal çalışmalar bu
polimerazların nasıl fonksiyon gösterdiklerinin
detaylarının anlaşılmasını sağlamışlardır. Diğer
polimerazlar gibi hataya meyilli DNA polimerazlar
da el benzeri bir yapıya sahiptirler. Fakat bunların
aktif bölgeleri daha geniştir. Halbuki, yüksek
doğruluklu polimerazlarda ise parmaklar, yanlış
eşleşmeleri kontrol etmek amacıyla yeni oluşmuş
baz çiftlerini sıkıca sararlar.
• DNA polimeraz bunu nasıl yapmaktadır. son
çalışmalar göstermektedirlerki, DNA polimeraz
ηetanın aktif bölgesi diğer hataya meyilli
polimerazlara göre daha da geniştir. Çok geniş olan
aktif bölge aynı anda bir yerine iki nükleotiti
barındırabilmektedir. Timin- timin dimerlerini
özellikle van der Walls kuvvetleri ve hidrojen bağı
etkileşimleri tutar. Böylece iki timin her birisi birer
adeninle eşleşebilir.
• Bu sayede DNA polimeraz etanın varlığı hücreleri UV
hasarından korur.
• Translezyon sentezi daha yüksek bir mutasyon riskine
rağmen replikasyonun engellenmesiyle ölümcül
olabilecek bir durumu ortadan kaldırarak hücrenin
hayatta kalmasını mümkün kılmaktadır.
• Bu sebepten ötürü translezyon polimerazları olan
DNA pol IV ve V E colide normal şartlar altında
mevcut değildir. Bunların sentezi duruma uygun bir
biçimde adlandırılmış olan SOS yanıtı olarak bilinen
bir yolağının parçası olarak sadece DNA hasarı
oluştuğunda indüklenmektedir.
Hata-eğilimli DNA pol
duran replikasyon
makinesine bağlanır
Bağlanma şekil
değişimini artırır ve
replikasyon başlar ve pol
eta nt ekler
Pol eta ayrılır ve pol iota yanlış bazları
hasarlı DNA’nın karşısındaki zincire
eklemeye devam eder
DNA Hasarının Doğrudan Geriye
Döndürülmesi
• DNA hasarını geriye döndürme kabiliyetleri
olan DNA tamir enzimleri, bu süreci
şaşılacak derecede verimli olan işlemlerle
başarırlar. Bunu iki örnek ile açıklayabiliriz.
• DNA fotoliyazlaz ve DNA metiltransferaz
Timin-Timin Dimerlerinin DNA
Fotoliyazla Tamiri
• Çoğu organizmada, DNA’da primidin
dimerlerinin oluşumuyla sonuçlanan UV
radyasyonunun verdiği hasarlar
fotoreaktivasyon yada ışık tamiri adı verilen
bir işlemle doğrudan tamir edilebilir.
Fotoreaktivasyon esnasında ise DNA
fotoliyaz enzimi, primidin dimerini bir arada
tutan kovalent bağları kırmak için yakın
UV’den mavi ışığa kadar olan ışık
spektrumunun enerjisini kullanırlar.
• Yapısal çalışmalar DNA fotoliyazların gömülü iki kofaktöre sahip
globüler proteinler olduğunu göstermiştir. Bu kofaktörlerden
birisi bir pigment olup mavi/yakın –UV ışığı absorblarken; diğeri
ise tamamen indirgenmiş durumdaki flavin adenin dinükleotittir.
enzimin bağlı olduğu timin-timin dimerindeki timinlerin birbirinden
ayrılması ise ışıkla uyarılmış FADH den transfer edilen bir elektron
ile başlatılır.
Timin timin dimerinin enzimin subsrat bağlama cebine girmesi ve
timin timin dimerinin kırılması olağanüstü bir olaydır. timin timin
dimeri DNA çift sarmalının dışına doğru çevrilir. Böylece FAD
kofaktörüne çok fazla yaklaşması sağlanır.
Çok kısa sürede FADH- den bir elektron transfer edilir ve dimer
ayrılır.
Elektron ise daha sonra geçici olarak oluşan flavin radikaline döner;
tüm işlem nanosaniyeden daha az bir sürede gerçekleşir.
Fotoliyazlar UV nin neden olduğu DNA hasarlarının tamirinde
kullanılan en antik ve etkili araçlardan birisi olarak görülürken, insan
dahil olmak üzere plasentalı memelilerde fotoreaktivasyon tamir
yolağı yoktur.
DNA Metiltransferazla Hasarın Tamiri