Kapitulli 16- Sinteza e ARN-ve dhe proteinave

Transkiptim- kopjim i materialit gjenetik nga nje ADN ne nje mARN. Translatim-
perkthim i mARN ne proteine. Tek eukariotet, keto dy procese jane te ndara ne kohe
dhe ne hapesire, transkiptimi ne berthame, translatimi ne citoplazem; tek prokariotet
jo.
Informacioni gjenetik percakton vetem strukturen primare te proteines! 1 cistron-1
varg polipep.
mARN (mesazhere)- kopjon informacionin gjenetik nga AND
tARN (e transportit)- nje per cdo aminoacid. Transporton aminoacidin ne vargun
polipeptidik ne formim.
rARN(ribozomike)- bashkon aminoacidet ne zinxhirin polipeptidik. (PROVE PER VETI
KATALITIKE TE ARN)

Kodi gjenetik ka 2 veti:

1. I degjeneruar shumica e aminoacideve kodohen nga me teper se nje triplet
(kodone sinonime), pervec triptofanit dhe metionines.
2. Universal- i njejti triplet kodon te njejtin aminoacid tek cdo gjallese. Prove e
evolucionit.
Kodoni nismetar- AUG (metionina). Nga 64 kodone, 3 jane kodone stop- UAG, UGA,
UAA (stopojne translatimin).

ARN polimeraza eshte proteina qe katalizon procesin e transkiptimit. Zinxhiri i ARN

rritet ne drejtimin 53 keshtu qe vetem njeri nga zinxhiret e ADN mund te sherbeje si
shabllon (ai 35)

Inicimi i translatimit tek prokariotet

Prokariotet kane vetem nje lloj ARN polimeraze 2 (apoenzime) qe kur i shtohet
edhe nennjesia formon holoenzimen. Ka disa lloje te njesive , por 70 eshte ajo qe
lexon shumicen e gjeneve. Kjo nennjesi lidhet me promotorin.
Zona e inicimit te transkiptimit shenohet +1. Zonat e tjera ne drejtimin e transkiptimit
(downstream) shenohen me +, upstream me -. Prokariotet kane 2 sekuenca
promotore:
1) Ne zonen -35: renditje TTGACA (sekuenca e konsensusit)
2) Ne zonen -10: renditje TATAAT (quhet edhe Kutia Pribnow)
Pasi lidhet me promotorin, holoenzima prish lidhjet hidrogjenore, dhe sintetizon 10
nukleotidet e pare. Me tej, shkeputet nga holoenzima dhe apoenzima vazhdon te
lexoje vargun.
Sekuenca e terminimit- jane sekuenca qe nderpresin transkiptimin.
1) Terminatore te brendshem- nderpresin transkiptimin pa faktore shtese. Kane nje
zone ne forme karfice me shume lidhje G-C, qe vetem sa ngadaleson procesin,
dhe nje tjeter te pasur me U, qe e nderpret perfundimisht procesin.
2) Terminatore te varur nga faktori Rho- nje enzime qe shkeput skajin 3 te ARN
prej ADN.

Inicimi i translatimit tek eukariotet

Eukariotet kane 3 lloje ADN polimerazash, qe dallohen prej ndjeshmerise ndaj -
amanites (helm kerpudhe). Ne rast helmimi me kete kerpudhe, funksioni i melcise
zbehet, pasi nuk prodhohen mARN te reja, si pasoje as proteina (te nevojshme per
melcine). Zgjidhja transplant.
ADN polimeraza I- e pandjeshme ndaj amanites. Gjendet ne nukleol. Lexon vetem
nje gjen te amplifikuar, i cili mban informacionin per 5.8s, 18s dhe 28sARN.
ADN polimeraza II- shume e ndjeshme ndaj amanites. Lexon gjenet qe kodojne per
proteina, pra prodhon mARN. Sintetizon shumicen e snARN, si dhe siARN, miARN.
ADN polimeraza III- ndjeshmeri mesatare. Transkipton gjenet qe mbajne info per tARN,
dhe gjenin qe mbart informacionin per 5sARN. Lexon vetem nje snARN (U3).

Ndertimi i ADN polimerazave:

2 nennjesi te medha L (te ngjashme me tek prokariotet); 2 nennjesi te ngjashme me
; disa nennjesi te perbashketa dhe 5-7 nennjesi specifike. Nennjesia e madhe L ne
skajin karboksilik ka nje domen karboksilik terminal (CTD), qe fosforilohet sapo fillon
transkiptimi. Ky fosforilim ben te mundur shkeputjen e ARN polimerazes nga promotori
dhe nga proteinat qe e shoqerojne (GTF)

Zona start tek eukariotet eshte vete sekuenca e ADN qe kodon skajin 5 te mARN.

TATA box- eshte zone e pasur me A/T qe sherben si promotor. Ndodhet 25-30
nukleotide para zones start. ARN polimeraza II nuk e njeh dot vete TATA boxin, keshtu
qe TATA box lidhet me nje sere faktoresh te pergjithshem te transkiptimit (GTF) e me
pas me ARN polimerazen, duke formuar kompleksin bazal te inicimit te
transkiptimit. E para proteine qe lidhet eshte:
1. TFIId- shkakton nje perkulje 80 grade. Kjo proteine ka 2 nennjesi, TAF (tata
associated factor) dhe TBP (Tata binding protein). Eshte pikerisht nennjesia TBP
qe lidhet me TATAbox.
2. Me tej lidhet TFIIA, TFIIB, TFIIF, dhe cifti TFIIE-TFIIH. TFIIH eshte enzime bimodale
funksionon si helikaze dhe si kineaze (fosforilon domenin karboksilik terminal
te ARN polimerazes-CTD)

Gjene te tjere, kane si promotor jo TATA box por nje sekuence inisiatore qe
permban nje C ne pozicionin -1 dhe nje A ne pozicionin +1.
Gjene te tjere, kane si promotor ishujt CpG sekuenca CG qe ndodhen 25-50 cifte
nukleotidesh larg zones start.
Zona te tjera kontrollit te transkiptimit quhen:
Elementet proksimale promotore 100-200 cifte perpara promotorit.
Elemente distale promotore - midis elementeve proksimale dhe enhancer.
Zona enhancer (amplifikatore) me mijera cifte larg promotorit, para ose prapa tij, ne
introne etj. Jane promotore te fuqishem.

Maturimi i mARN konsiston ne:

Pajisjen ne skajin 5 me nje kapuc 7-metil-guanizine-trifosfat
Si fillim enzima fosfohidrolaze shkeput nje nga fosfatet e nukleozid trifosfatit te
pare. Pasi keputen 2 fosfat nga GTP qe shnderrohet ne GMP, enzima
guaniltransferaze bashkon fosfatin e GMP me 2 fosfatet e tjere me nje ure te
pazakonte 55. Ne fund, enzima metil transferaze shton nje grup metil guanizinen
ne pozicionin 7 dhe ribozen ne pozicionin 2 te nukleotidit te pare. Sapo formohet,
kesula vishet nga CBC (cap binding complex)
Funksionet e cap:
Mbron mARN nga tretja prej ekzonukleazave.
Ndikon ne transportin e mARN permes kompleksit porik, por nuk ka rol kryesor
Ka rol ne inicimin e translatimit
Pajisjen ne skajin 3 me nje bisht poli A (100-250 nukleotide)
Prane zones ku do bashkohet poli A, ka nje renditje AAUAA qe sherben si sinjal per
vendosjen e polit A, dhe nje sekuence te pasur me G-U. Perpara sinjalit, vendoset nje
kompleks proteinik: faktori i keputjes dhe poliadenilimit specifik (CPSF) dhe pas
tij shtohen 3 proteina: CStF (cleavage stimulatory factor), CF1, dhe CF2 (cleavage
factors). Kompleksit i bashkohet Poli A polimeraza (PAP). Ndodh keputja, pastaj
poliadenilimi (PAP shton A nukleotidet) ne 2 faza: nje reaksion i ngadalte qe shton 12A,
dhe nje i shpejte qe shton 200-250A. Sapo bishti poli A formohet, ai paketohet me
PABP (poli A binding proteins)
Splicing (shkeputje) e introneve. Kryhet nga snARN, te pasura me U nukleotide,
ndaj quhen U1-U6.
snARN lexohen nga ARN polimeraza II, pervec U3 qe lexohet nga ARN polimeraza III
dhe nuk merr pjese ne splicingun e mARN, por bashke me snoARN merr pjese ne
keputjen e preARN ne nukleole. U1, U2, U4, U5 formohen si preARN qe ne skajin 5
kane nje m7G cap si ajo e mARN. Me pas ato transportohen ne citoplazem, vishen me
proteina, cap metilirohet akoma ne m7,2,2G dhe rikthehen ne berthame. Tani ato
quhen nuk jane thjesht ARN, por te paketuara me proteina, ndaj quhen snRNP. U6 nuk
transportohet ne citoplazem pasi nuk permban m7G cap.
Splicing spliceosomal- 2 faza
1. Faza prekatalitike - Pre-mARN ka disa site te splicingut: 1) Siti i splicingut 5
sekuenca G/GU. 2)Siti
i splicingut 3 sekuenca G/AG. 3) Branch point A/segmenti i polipirimidines.
Ne fillim, U1 lidhet me sitin 5 dhe U2 me branch point. Keto ndihmohen nga U1AF dhe
U2AF (auxiliary factors). U4 lidh U6 dhe e mban te maskuar qe te mos veproje para
kohe. Me pas kompleksit U4-U6 i bashkohet U5, dhe kompleksi U4-U5-U6 bashkohet
me U1-U2-pre mARN duke formuar nje kompleks te madh qe quhet spliceosome. Me
pas, U4 shkeputet, U1 largohet dhe i le vendin U5. U2-U6 tashme quhet kompleks i
sulmit.
2. Faza katalitike 2 reaksione transesterifikimi (shkembim i lidhjeve fosfoesterike)
Reaksioni 1: Kompleksi i sulmit vepron ne sitin e splicingut 5. Keputet lidhja esterike
midis ekzonit te pare dhe intronit. Skaji 5 i lire i intronit qepet tek branch point me nje
lidhje te pazakonte 52.
Reaksioni 2: Sulmi ne sitin 3. Pas shkeputjes se intronit, ekzonet lidhen dhe shkeputen
nga splicesoma, ndersa kompleksi intron-snRNP shperbehet dhe snRNP futen ne nje
cikel te ri. Laku intronik degradohet nga ARN-azat.
Trans-splicing tek disa njeqelizore (tripanozoma, euglena) Gjate ketij procesi,
lexohen disa zona te ndryshme, qe con ne prodhimin e disa ARN-ve te vecanta. Me pas
keto ARN lidhen per te formuar nje mARN te vetme. Ekzoni 1 bashkohet me 4, dhe 2
me 3.
Autosplicing- intronet presin veten e tyre. Intronet autosplicing jane gjetur tek
gjenet e organeleve si mitrokondrite apo kloroplastet e kerpudhave, bimeve. Jane te 2
grupeve.
Grupi I- jane ribozima (ARN me aktivitet katalitik). Keputja e intronit behet permes
kofaktorit guanizine ne perberje te intronit. Me pas 2 ekzonet lidhen.
Grupi II- strukture komplekse me shume leqe. Autosplicingu ketu ngjason me
splicingun spliceosomal. Pas keputjes ne sitin 5 te intronit, ky sit ben nje lidhje me
adenozinen prane skajit 3. Pasi keputet dhe skaji 3, laku intronik clirohet dhe ekzonet
lidhen mes tyre.
Intronet e grupit II, pervec sekuences katalitike kane edhe nje sekuence qe mban info
per transkiptazen e kundert, e cila fillimisht stabilizon sekuencen katalitike, por kur
ndodh keputja ajo mbetet e lidhur me intronin dhe i jep atij mundesine te
shumefishohet e te levize pergjate gjenomit (si transpozonet)

Provat qe ARN ka veti katalitike:

1) Peptidil transferaza 23s dhe 28s (rARN qe formon lidhjet peptidike midis
aminoacideve)
2) Autosplicing

Nese cap vishet nga CBC, poliA nga PABP, edhe vete zinxhiri eshte i paketuar ne
proteina:
1. HN-rnp (proteina heterogjene) nga tipi A-U. Funksionet: pengojne formimin e
palosjeve te gabuara (si proteinat SSB), pra sigurojne stabilitet te gjenomit;
rimodelojne kromatinen; inicim transkiptimi, splicing alternativ; procesim 3
(poliA); inicim translatimi (gjenden edhe ne berthame edhe ne citoplazem);
transport permes kompleksit porik
2. SR- te pasura me serine dhe arginine. Rrethojne kufirin ekzon/intron dhe
favorizojne rekrutimin e snARN ne sitin e splicingut. Ka te njejtat funksione si
HN.
HN dhe SR jane antagoniste. Pse ekzonet ndonjehere trajtohen si introne?
Ne zona te caktuara ka sekuenca enhancer dhe sekuenca silenciatore. SR lidhen me
zonat ESE (exon splicing enhancer) dhe aktivizojne gjithe kompleksin spliceosomik
duke krijuar site alternative te keputjes qe perfshijne edhe ekzonet. HN lidhen me ESS
(exon splicing silenciator) dhe nuk lejojne qe makineria ti trajtoje ekzonet si introne.

Transporti i mARN nga berthama ne citoplazem aktiv. Kerkon ATP

Tek tharmet: permes proteinave transportuese Mex67
Tek gjitaret: NxF1/NxT1 heterodimer. Keto veprojne me proteina adaptore (kane
sinjalin NES) duke formuar nje kompleks qe ankorohet te unaza terminale. Ky
kompleks bashkevepron me FG nubs dhe kanali hapet. Ndonjehere HN dhe SR mund te
marrin rolin e proteinave adaptore. Gjate kohes qe transportohet mARN, disa proteina
shkeputen prej saj, disa jo. Ne citoplazem, ajo vesh nje petk te ri proteinik.

Roli i introneve dhe splicingut ne evolucion

Skenari evolutiv: fillimisht kane qene ribozimat (ARN katalitike) qe sherbenin edhe si
material gjenetik, edhe si katalizues te reaksioneve kimike. Me pas, u shfaqen
proteinat. Ne fund, u shfaq ADN (nga aktiviteti i enzimes ribonukleotidreduktaze qe
konverton ribonukleotidet ne dezoksiribonukleotide dhe transkiptazes inverse qe
sintetizon ADN nga ARN)
Intronet autosplicing i kane dhene origjinen introneve te mARN. Ato jane gjetur ne
bakteret e cianobakteret prej te cilave jane origjinuar kloroplastet e mitokondrite. Kur
keto organele jane gelltitur nga qelizat eukariote, intronet jane transferuar nga
gjenomi i organeleve ne gjenomin berthamor. Me tej, ato jane spostuar pergjate
gjenomit berthamor ne gjene qe kodojne proteina. ARN e koduara nga keto gjene, jane
transformuar ne snARN.
Nga ana tjeter, sno-ARN kodohen me shpesh nga intronet se sa nga ekzonet. Kur gjeni
maturohet, intronet transkiptohen ne sno-ARN, ekzonet degradohen.
Rendesia e introneve: mundesojne splicingun alternativ, i kane dhene origjinen snARN-
ve, snoARN-ve, mundesojne exon-shuffing (riperzierje/fuzim i ekzoneve) keputjet
duke ndodhur ne zonen e introneve, shmangin shfaqjen e mutacioneve.

Maturimi i rARN (80% e ARN se gjitareve)

Ribozomet eukariote permbajne 4 lloje rARN: 18s (nennjesia vogel), 5s, 5.8s, 28.s
(nennjesia e madhe). Transkiptimi i gjeneve per 5,8s, 18s dhe 28s katalizohet prej ARN
polimerazes I. Ne fillim formohet nje pre-rARN 45s. Pas keputjes formohet nje
transkript i ndermjetem 41s, i cili keputet ne 18s dhe 32s qe zberthehet ne 28s dhe
5.8s. Maturimi i rARN katalizohet prej sno-ARN, te cilat quhen edhe snoARN antisens,
sepse jane komplementare me rARN. SnoARN, ashtu si snARN, vishen me proteina dhe
quhen snoRNP. snoARN ndahen ne 2 grupe, qe bejne:
1. Metilirimin e ribozave ne pozicinin 2
2. Konvertimin e uridinave ne pseudouridina
Gjenet per 5sARN ndodhen jashte nukleolit dhe transkiptohen prej ARN polimerazes III
dhe nuk i nenshtrohen nje procesimi ekstensiv.

Maturimi i tARN (15% e ARN gjitareve)

Transkiptohen nga ADN polimeraza III. E vecante eshte qe sekuenca promotore
ndodhet ne brendesi te gjenit. Gjenet e tyre ndodhin te shperndare ne gjenom, por
procesimi i tyre ndodh vetem ne berthame, ndaj ne citosol kemi vetem tARN te
maturuara. Splicingu ketu kerkon energji ne formen e GTP/ATP.

Modifikimet perfshijne:
1. Largimin e zones lidere ne skajin 5 (nga ribonukleaza P)
2. Zevendesim i U ne skajin 3 me CCA.
3. Modifikim i bazave shtim i grupeve metil dhe izoprenil ne bazat e purines dhe
ne ribozen 2. Shnderrim i uridines ne pseudouridine/dihidrouridine/ribotimine
4. Shkeputje e intronit- jo me splicing, por me enzima te tjera (kinaza/transferaza)
Edhe keto, si ARN e tjera jane te lidhura me proteina dhe transportohen permes
komplekseve porike.
Struktura sekondare ne formen e gjethes se terfilit paloset me tej ne strukturen
terciale ne forme L.

Kodi gjenetik translatohet me anen e dy adaptoreve qe veprojne njeri pas

tjetrit:
1. 20 lloje aminoacil-tARN sintetazat katalizojne aktivizimin e aminoacidit, pra
procesin e lidhjes se tij me tARN, me anen e gjenerimit te nje lidhjeje me
energji te larte)
2. Vete tARN antikodoni i te ciles lidhet me kodonin e mARN
Procesi i aktivizimit, qe eshte edhe faza e pare e translatimit, perfshin 2 faza:
1. Aminoacidi lidhet me nje ATP-> aminoacil. Cliron nje P dhe ne kete menyre
aktivizohet
 2. Aminoacidi tashme i aktivizuar lidhet tek tARN. Per procesin e aktivizimit
perdoret energjia e lidhjeve makroenergjitike tARN-aminoacid, jo ATP/GTP.
Lidhja peptidike- formohet midis skajit karboksilik te zinxhirit ne zgjatje dhe skajit
aminik te aminoacidit te ri. Pra, zinxhiri formohet shkalle shkalle nga skaji aminik drejt
atij karboksilik. Skaji karboksilik i zinxhirit ne rritje aktivizohet nga lidhja aminoacid-
tARN. Kjo lidhje makroenergjitike shkaterrohet ne cdo cikel, por rivendoset me anen e
nje lidhjeje tjeter te aminoacidit pasardhes. Pra, cdo aminoacid mbart energjine e
aktivizimit per lidhjen e aminoacidit tjeter, jo te vetvetes.
Translatimi
Ribozomi tek prokariotet nennjesia e madhe (2 lloje rARN; 31 lloj proteinash) dhe
nennjesia vogel (1 lloj rARN, 21 lloje proteinash).
-tek eukariotet nennjesia e madhe (3 lloj rARN; 50 lloj proteinash) e vogla (1 rARN;
33 lloje proteinash)
Ribozomi ka nje zone A (mban aminoacid-tARN qe sapo futet); zone P (zona e zgjatjes
se zinxhirit polipeptidik), nje zone E (ku rri tARN para se te largohet)
Metionina AUG (formilmetionina tek prokariotet) eshte i vetmi aminoacid, tARN e se
cilit grackohet direkt ne zonen P, ndaj quhet tARN iniciatore.
Inicimi te prokariotet
5-10 nukleotide para kodonit AUG (zones start te translatimit) ndodhet nje sekuence 6
nukleotidesh me emrin sekuenca Shine-Dalgarno. Kur kjo sekuence lidhet me rARN 16s
te ribozomit, ky eshte sinjali per fillimin e translatimit. Keto sekuenca mund te hasen
ne disa vende pergjate nje ARN, prandaj mARN prokariote paraqitet policistronike.
Faktoret e inicimit te transkiptimit ketu jane 3:
1. IF1- vendoset ne zonen A, pengon formilmetioninen te vendoset aty dhe ajo
vendoset ne zonen P.
2. IF2- proteine qe lidh GTP. Kerkohet per lidhjen e aminoacidit te pare me tARN.
3. IF3- pengon lidhjen e dy nennjesive te ribozomit para kohe
Fillimisht ne nenjesine e vogel lidhen IF3 dhe IF1, me pas lidhet tARN e
formimetionines e shoqeruar nga IF2-GTP. IF3 dhe IF1 largohen. Nennjesia e madhe i
bashkohet kompleksit. GTP hidrolizohet dhe IF2-GDP shkeputen nga kompleksi.

Inicimi te eukariotet
Nenjesia e vogel 40S lidhet me faktoret eIF1, eIF1A dhe eIF3, dhe me eIF2-GTP qe sjell
edhe tARN iniciatore (metionine). Nga ana tjeter, vete mARN lidhet me faktoret eIF4F
(eIF4G, eIF4A helikazen dhe eIF4E), eIF4B. Me pas, nenjesia e vogel e ribozomit lidhet
me skajin 5 te mARN dhe spostohet pergjate saj duke skanuar per kodonin AUG
(ndihmohet nga eIF1, eIF2). Pasi e ka gjetur AUG, asnje prej AUG te tjere nuk mund te
sherbeje si kodon start. Kur e gjen AUG, eIF2-GTP hidrolizohet, si pasoje faktoret eIF
clirohen te gjithe. Ne fund, eshte eIF5B ajo qe lidh nennjesine e madhe.

Elongimi (1 cikel tek bakteri kerkon 1/20 sekonda)

1. Lidhja kodon-antikodon tARN-aminoacil lidhet me faktoret e elongimit EF-Tu te

prokariotet dhe eIF-1 te eukariotet) qe e drejtojne ne zonen A, perkrah tARN
iniciatore qe eshte vendosur paraprakisht ne zonen P. Krijohet lidhja kodon-
antikodon. Tu-GTP hidrolizohet dhe Tu-GDP clirohet per tu ricikluar. Rigjenerimi
i Tu-GTP nga GDP behet nga EF-Ts.
 2. Lidhja peptidike Per nje moment te shkurter, tARN e pare ja pason aminoacidin
tARN qe ndodhet ne zonen A. Midis 2 aminoacideve formohet nje lidhje
peptidike (peptidiltransferaza- nje zone e rARN 23s qe ndodhet ne nennjesine e
madhe te ribozomit). Energjia per kete reaksion sigurohet nga lidhja
makroenergjitike e tARN paraardhese (ne kete rast metionina)
3. Translokimi tARN me 2 aminoacidet translokohet nga zona A ne P per shkak te
levizjes se ribozomit. Kerkohen faktore elongimi EF-G ose eEF2 dhe hidrolize e
nje GTP. Nderkohe, tARN iniciatore spostohet ne zonen E, dhe shkeputet nga
ribozomi per tu ricikluar.
Pra elongimi kerkon shperberjen e 4 lidhjeve makroenergjitike 2 per te lidhur tARN
me aminoacidin perkates, 1 per lidhjen kodon-antikodon dhe 1 per translokimin.

Terminimi Kur ribozomi has nje nga kodonet STOP (per te cilin nuk ka antikodon).
Tek kodoni stop lidhen faktoret e clirimit RF. Peptidiltransferaza shton nje H2O ne vend
te tARN. Skaji karboksilik i zinxhirit polipeptidik shkeputet prej tARN se fundit.
Ribozomet clirojne mARN dhe ndahen ne 2 njesite perberese per te rifilluar nje cikel
tjeter.
Poliribozomet- kur qeliza ka nevoje per sasi te madhe proteinash, e njejta mARN
mund te lexohet nga shume ribozome, te distancuar me nga 80 nukleotide pergjate
mARN. Polisomet gjenden te lira ne citoplazem ose ne membranat e REP. Levizin ne
drejtim 5 3.
Inhibitoret e sintezes se proteinave
Antibiotiket jane prodhime te kerpudhave qe inhibojne sintezen e proteinave
bakteriale, duke mos prekur ribozomet eukariotike. Ndaj ne kete raste mund te merren
ne doza te medha, pa shkaktuar helmim. Ato inhibojne shkalle te ndryshme te sintezes
se proteinave. Tetraciklina, streptomicina, eritromicina.