Docents Kalvis Brangulis

Bioķīmija izskaidro dzīvības procesus molekulārā līmenī

 Makromolekulu klases

Proteīni Ogļhidrāti Lipīdi Nukleīnskābes

Monomēri Aminoskābes Monosaharīdi Tauki – Nukleotīdi

taukskābes+
glicerīns

Docents Kalvis Brangulis

Kāpēc proteīni ir visplašāk sastopamās makromolekulas?

Proteīni ir molekulārie instrumenti ar kuriem tiek izteikta

ģenētiskā informācija (DNS).

Gēns ir DNS fragments, kas atbilst vienam proteīnam,

bet ja galaprodukts nav proteīns, tad katalītiskam vai
strukturālam RNS.
Cilvēka genomā ir aptuveni 20 000-25 000 proteīnus
kodējošu gēnu.
Proteīni un aminoskābes

Docents Kalvis Brangulis

Proteīni – aminoskābes, peptīdi, struktūra

Docents Kalvis Brangulis

 Proteīni un aminoskābes




Docents Kalvis Brangulis

 Aminoskābes
α
α

Docents Kalvis Brangulis

►

►
α-
 Nepolāras Polāras

Nelādētas + lādētas - lādētas

Glicīns Alanīns
Prolīns

Cisteīns Serīns

Asparagīnskābe
Valīns
Leicīns
Lizīns

Asparagīns
Glutamīns

Glutamīnskābe
Izoleicīns
Metionīns

Treonīns

Histidīns Arginīns

Fenilalanīns Docents Kalvis Brangulis

Tirozīns Triptofāns
 Aminoskābju skābju-bāzu īpašības
•

•
Aminoskābju skābju-bāzu īpašības

Docents Kalvis Brangulis

► ►

○
 ►

*elektronegativitāte – atoma tendence piesaistīt elektronus Docents Kalvis Brangulis

►

►
►

►
►
Proteīnu struktūru stabilizējošās mijiedarbības

Docents Kalvis Brangulis

 Proteīnu struktūra

Trešējā struktūra ir polipeptīda

ķēdes 3-dimensionālais izkārtojums Otrējā struktūra; polipetīds nepaliek
(salocīšanās) nestrukturētas formas veidā, bet
vērpjoties un locoties veido
Ceturtējā struktūra;
sakārtotus, organizētus strukturālus
strukturālo –vienību
vediojumus α-spirāles un β-plāksnes
izvietojums telpā, ja vairāk
kā viena proteīna bvienība
veido savstarpēju
mijiedarbību

Pirmējā struktūra – aminoskābju

secība polipeptīda ķēdē

Docents Kalvis Brangulis





 α α

α α

α α

http://bioinformatics.org/molvis/phipsi/
 α β

► ►β

► β

► β
► α

► α
α β

α
►

►
►

http://www.rcsb.org/
►
http://scop.mrc-
lmb.cam.ac.uk/scop/ http://www.cathdb.info/

Docents Kalvis Brangulis

►

Triose phosphate isomerase

•

•
Fibrilārie proteīni
► Proteīni ar pavedienveida struktūru.

► Parasti mehāniski izturīgi un ķīmiski stabili.

► α-keratīns – galvenā zīdītāju matu, nagu, ragu sastāvdaļa. Veidota no divām α-

spirālēm, kas savijas viena ap otru.

► Kolagēns – galvenā zīdītāju saistaudu, zobu, ādas, asinsvadu sastāvdaļa.

○ Trīskārša spirāle. Tās aminoskābju sastāvs ir unikāls un svarīgs pavedienveida

struktūras izveidei un proteīna fizikālajām īpašībām.

○ sastāvā ir modificētas aminoskābes – 4-hydroksiprolīns (Hyp), 3-hydroksiprolīns

un 5-hydroksilizīns (Hyl) – prolil hidroksilāze and lizil hidroksilāze; nepieciešams C
vitamīns.
Deficīts –
skorbuts/cinga.
►

α β αβ α β
►

•
•
•
•
•
•

►
• •
•
•
•
•

•
•

•
•

•
•

•
•
•
•
•
 Vienkārši un salikti proteīni (enzīmi)

Alkohola dehidrogenāze – enzīms, kas iesaistīts alkohola metabolismā. Rauga

šūnās enzīms veic pretēju reakciju, nodrošinot pastāvīgu ATP veidošanos glikolīzes
rezultātā (fermentācija).
CH3CH2OH + NAD+ → CH3CHO + NADH + H+

ZN2+

Etanols (substrāts)
ZN2+

NAD+

PDB ID: 1ADC

Docents Kalvis Brangulis

 Vienkārši un salikti proteīni (enzīmi)
Globīni – proteīni, kas nodrošina Hēma grupa sastāv no
skābekļa transportu vai uzglabāšanu organisku ciklu struktūras,
protoporfirīna, ar saistītu
dzelzs atomu (Fe2 ). Hēma
+

grupas dzelzs atomam ir 6

koordinācijas saites: 4 atrodas
plaknē ar porfirīna ciklu; 1
saistīta ar His atlikumu; 1
kalpo kā saistīšanas vieta
skābeklim.

O2

Hēma grupa
 Vienkārši un salikti proteīni (enzīmi)
Mitochondrial respiratory complex II from Sus scrofa (pig)

FAD (prosthetic group)

PDB ID: 1ZOY

Docents Kalvis Brangulis
Vienkārši un salikti proteīni (enzīmi)

Docents Kalvis Brangulis

Proteīni un aminoskābes

Docents Kalvis Brangulis

Enzīmi: klasifikācija, aktivitāte, darbības mehānisms

Docents Kalvis Brangulis

 Vispārīgs enzīmu raksturojums
•

•
•

•
 Vispārīgs enzīmu raksturojums

*A transition state – an extreme distortion of a bond, and thus the lifetime of a typical transition state is viewed as being on the order of the lifetime of a
bond vibration, typically 10-13 sec
 Enzīmi, entalpija, H
►

○
○
Δ

○
Δ

Docents Kalvis Brangulis

 Enzīmi, entropija, S
►

Docents Kalvis Brangulis

 Enzīmi, Gibsa brīvā enerģija, G
►

►
○
○
○

► Δ
Δ Δ Δ

○ Δ

○ Δ

Docents Kalvis Brangulis

 Enzīmi, aktivācijas enerģija un pārejas stāvoklis
►

Transition state

*
 Enzīmi, pārejas stāvoklis

*The energy derived from enzyme-substrate interaction is called binding energy

 Atslēgas un slēdzenes hipotēze Pielāgošanās hipotēze

► ►

►
►

Docents Kalvis Brangulis

Enzīmu klase Katalizētā reakcija
1. Oksidoreduktāzes Oks-red reakcijas; parasti NAD vai FAD izmanto
kā kofaktorus.

2. Transferāzes Funkcionālās grupas pārnešana; katalizē

molekulārās grupas pārnešanu, piem.
karbonilgrupa, metilgrupa vai fosfāts no vienas
molekulas uz citu.
3. Hidrolāzes Hidrolītiskās reakcijas; katalizē saišu šķelšanu
pievienojot ūdens molekulu. Proteāzes,
glikozidāzes, esterāzes.
4. Liāzes Grupas atšķelšana; katalizē ķīmisko saišu
šķelšanos ar citiem līdzekļiem, nevis hidrolīzi.
Dekarboksilāzes, deamināzes, aldolāzes.
5. Izomerāzes Izomerizācijas reakcija; katalizē reakcijas, kas
ietver intramolekulāras mijiedarbības.
Izomerāzes, epimerāzes, mutāzes, racemāzes.
6. Ligāzes Saišu veidošanās ar trifosfāta šķelšanos;
savienojumu veidošanās vai sadalīšanās ar
trifosfāta (ATP) hidrolīzi. Sintetāzes.

Docents Kalvis Brangulis

1. 3.

2. 4.

Docents Kalvis Brangulis

5.
6.

Docents Kalvis Brangulis

 Enzīmu aktivitāte



Enzīmu darbības mehānisms - amilāze

Docents Kalvis Brangulis

Enzīmu darbības mehānisms - himotripsīns

Docents Kalvis Brangulis

Docents Kalvis Brangulis
Enzīmu darbības mehānisms - aminotransferāze

Docents Kalvis Brangulis

 Enzīmu specifiskums

α α
β β

Docents Kalvis Brangulis

Enzīmi: aktivatori un inhibitori

Docents Kalvis Brangulis

 Enzīmu aktivitāte – regulācijas veidi
Kvalitatīva reg. Kvantitatīva reg.

Specifiska Ne-specifiska
Inhibitori
 Konkurējošie  pH  Gēnu ekspresijas
(atgriezeniski, ne-atgriezeniski)
 Temperatūra regulācija
 Ne-konkurējošie  Transkripcijas kontrole
 Metāli
 Bez-konkurējošie  RNS apstrādes kontrole
 Spiediens
 Allostēriskais efekts  RNS transporta un
 Deterģenti
 Kovalentā modifikācija lokalizācijas kontrole
 mRNS degradācijas ......
Aktivatori ...... kontrole
 Allostēriskais efekts  Translācijas kontrole
 Kovalentā modifikācija
 Proteolītiskā šķelšana
Docents Kalvis Brangulis
Konkurējošie inhibitori (atgriezeniski)


Konkurējošie inhibitori (atgriezeniski)

Docents Kalvis Brangulis

Konkurējošie inhibitori (ne-atgriezeniski)

Docents Kalvis Brangulis

Ne-konkurējošie inhibitori





Docents Kalvis Brangulis

Ne-konkurējošie inhibitori

Docents Kalvis Brangulis

Bez-konkurējošie inhibitori



↓

Docents Kalvis Brangulis

Bez-konkurējošie inhibitori

Docents Kalvis Brangulis

Allostēriskais efekts

Docents Kalvis Brangulis

Atgriezeniskā inhibīcija

Docents Kalvis Brangulis

Kovalentā modifikācija


Docents Kalvis Brangulis

Kovalentā modifikācija

Docents Kalvis Brangulis

Proteolītiskā šķelšana

Docents Kalvis Brangulis

Proteolītiskā šķelšana

Priekšlaicīga tripsinogēna un himotripsinogēna aktivācija aizkuņģa dziedzerī izraisa pankreatītu, kas

ir potenciāli letāla slimība.
Docents Kalvis Brangulis
Gremošana
ciete; glikogēns

maltotrioze maltoze izomaltoze

laktoze cellobioze
sukrāze

galaktolipīds
trehalāze

fosfolipīds
Tauku gremošana





Tauku gremošana






Tauku gremošana