Professional Documents
Culture Documents
ABSTRACT
BMPR-1B gene closely related to the rate of ovulation and follicular maturation. In poultry, BMPR-1B gene is located on
chromosome 14th consists of 13 exons. BMPR-1B was expressed in the granulosa cells of the ovary and teca interna poultry.
BMPR-1B was able to accelerate the maturation of the follicles so that the ova produced increasingly. BMPR-1B gene
diversity was associated with poultry production. DNA isolation was performed using GeneJET Genomic DNA Purification
Kit from blood samples derived from 28 native chickens, 20 layer chickens and 10 arab layer chickens. A total of 58 DNA
were used as a template in the process of BMPR-IB gene amplification using Polymerase Chain Reaction method. Primers
used in this study according to Zhang et al. (2008), Forward primer 5 'ATG GCT GGG AAG TCT GGA TG 3'dan Reverse
primer 5' TGC CTT CTG TGT TAA CCG C 3 'with a length of 581 bp. This primary amplify BMPR-1B gene segment from
exon 6 to exon 7 including the entire intron 6 with an annealing temperature of 580C. BMPR-IB gene diversity was detected
using restriction enzymes HindIII were incubated for 2 hours. The results of the study was showed that Hind III restriction
enzymes do not cut the BMPR-1B gene segments in the population of native chickens, arab layer chickens and layer chickens,
they were monomorphic.
Keywords : BMPR-1B gene, PCR-RFLP, native chicken, arab layer chicken,layer chicken
____________________________________________________________________________________________________
1
HIDAYATI, dkk Jurnal Peternakan
Salah satu upaya yang dapat dilakukan Gen BMPR-1B berkaitan erat dengan laju
untuk meningkatkan kembali produktivitas ovulasi dan pematangan folikel (Zhang
dari ayam-ayam petelur adalah dengan et al., 2008; Maskur dan Arman, 2010). Gen
menyeleksi tetua unggul, baik jantan atau BMPR-1B pada domba disebut juga gen
betina melalui seleksi yang ketat. Salah FecB yang bersifat dominan untuk
satunya menggunakan Marker Assisted mempercepat laju ovulasi dan meningkat-
Selection (MAS) yang berkaitan dengan kan jumlah litter size sehingga dikenal juga
produksi telur. Identifikasi keragaman sebagai marker untuk sifat prolifikasi
genetik dilakukan pada taraf Deoxyribo (Souza et al., 2001; Wilson et al. 2001). Pada
Nuclei Acid (DNA) melalui penggandaan unggas gen BMPR-1B terletak pada
sekuens DNA dengan proses Polymerase kromoson ke 4 dengan 13 ekson. BMPR-1B
Chain Reaction (PCR). DNA berperan dalam diekspresikan pada sel-sel granulosa dan
semua aktivitas sel. DNA menyimpan dan teca interna pada ovarium unggas sehingga
mengeskpresikan informasi genetik yang mempercepat pematangan folikel sehingga
dapat diwariskan ke generasi berikutnya. jumlah ovum yang diovulasikan akan
Identifikasi keragaman genetik pada tingkat semakin banyak. Zhang et al. (2008)
molekuler memberikan keuntungan dilihat menemukan satu titik mutasi (T35C) pada
dari sisi waktu dan biaya terutama untuk daerah ekson 6 merupakan silent mutation
sifat-sifat dengan nilai heritabilitas rendah, tidak merubah asam amino glysine dan
sifat-sifat yang muncul setelah ternak 4 titik mutasi pada daerah intron 6 yaitu
dewasa atau untuk sifat-sifat yang baru C166T, G224C, A287G dan G303A.
dapat diamati setelah ternak dipotong atau Dijelaskan lebih lanjut mutasi pada posisi
disembelih. A287G berhubungan erat dengan produksi
telur pada umur 47²56 minggu. Tujuan
Keragaman diantara individu dalam
penelitian ini adalah mengeksplorasi
spesies yang sama atau antar spesies
keragaman gen BMPR-1B pada populasi
berbeda merupakan potensi sumber daya
ayam arab, ayam kampung dan ayam
genetik yang dapat dimanfaatkan dalam
petelur.
menghasilkan ternak hibrida. Adanya
kemajuan teknologi molekuler dapat Penelitian ini diharapkan memberikan
mempersingkat dan mempercepat waktu informasi mengenai keragaman gen BMPR-
seleksi dengan penemuan MAS untuk sifat- 1B dijadikan sebagai informasi dasar bagi
sifat yang dijadikan sebagai kriteria dalam pemulia (breeder) dalam menemukan MAS
seleksi. Salah satu metode identifikasi pada populasi ayam kampung, ayam arab
keragaman genetik yang dapat digunakan dan ayam petelur sebagai langkah awal
adalah menggunakan metode Polymerase seleksi tetua dalam peningkatan
Chain Reaction-Restricted Fragment Length produktivitas ayam lokal petelur unggul.
Polymorphism (PCR-RFLP). PCR-RFLP pada Hipotesis penelitian ini adalah ditemukan-
prinsipnya adalah suatu metode penentuan nya keragaman gen BMPR-1B pada ruas
mutasi pada sekuens DNA atau gen target ekson 6-7, pada populasi ayam arab, ayam
menggunakan bantuan enzim restriksi kampung dan ayam petelur menggunakan
tertentu. Enzim restriksi merupakan enzim metode PCR-RFLP.
yang mampu memotong sekuen DNA pada
titik tertentu, atau dikenal dengan istilah MATERI DAN METODE
titik rekognisi, dimana keragaman yang
muncul ditampilkan melalui pita-pita yang Waktu dan Tempat
terbentuk hasil elektroforesis. Salah satu Penelitian telah dilaksanakan pada Bulan
gen penentu produksi telur adalah gen Juli sampai dengan Desember 2015 di
BMPR-1B (Bone Morphogenetic Protein Laboratorium Pemuliaan dan Genetika
Receptor IB). Fakultas Pertanian dan Peternakan UIN
Suska Riau. Laboratorium Patologi,
2
Vol 13 No 1 IDENTIFIKASI KERAGAMAN
Amplifikasi gen BMPR-1B menggunakan kan PCR (4) visualisasi hasil PCR
metode PCR menggunakan, DNA genom menggunakan elektroforesis gel agarose 2%
dan PCR kit Dream Tag Green PCR Master (5) identifikasi keragaman menggunakan
Mix dari thermo scientific. Alat-alat yang metode RFLP (6) visualisasi pola pita
digunakan tabung Eppendorf 0,2 mL, pipet, menggunakan elektroforesis gel agarose 2%
tip, sentrifuge, timbangan analitik, vortex (7) analisis data
dan mesin PCR thermal cycler.
1. Pengambilan Sampel Darah
Prosedur Penelitian Pengambilan sampel darah sebanyak
0,5-1 ml, melalui pembuluh vena sayap
Penelitian dilakukan melalui beberapa
menggunakan spuit dan tabung
tahapan yaitu (1) pengambilan sampel
vacutainer yang mengandung EDTA
darah di lapangan, (2) ekstraksi DNA total
untuk penyimpanan Untuk sampel
dan visualisasi DNA hasil isolasi (3)
darah ayam arab disimpan dalam tabung
amplifikasi ruas gen BMPR-1B mengguna-
3
HIDAYATI, dkk Jurnal Peternakan
4
Vol 13 No 1 IDENTIFIKASI KERAGAMAN
Buang tabung kolek, letakkan column pada tabung eppendrof 1.5 mL steril.
Tambahkan 200 µL Elution Buffer, Inkubasi selama 2 menit.
Sentrifuge 3 x 8000 rpm, ulangi sekali lagi
5
HIDAYATI, dkk Jurnal Peternakan
rantai polipeptida dalam komponen sel molekul DNA di larutan aquoeus. Muatan
(Brown, 2010). dipole positif dari air berinteraksi dengan
muatan negatif pada gugus fosfodiester
Pada tahapan ekstraksi DNA, seringkali
DNA. Interaksi ini meningkatkan kelarutan
digunakan chelating agent seperti ethylene
DNA dalam air. Isopropanol dapat
diamine tetraacetic acid (EDTA) yang
bercampur dengan air, namun kurang polar
berperan menginaktivasi enzim DNase
dibandingkan air. Molekul isopropanol
yang dapat mendenaturasi DNA yang
tidak dapat berinteraksi dengan gugus
diisolasi. EDTA menginaktivasi enzim
polar dari asam nukleat sehingga
nuklease dengan cara mengikat ion
isopropanol adalah pelarut yang lemah bagi
magnesium dan kalsium yang dibutuhkan
asam nukleat; kedua, penambahan
sebagai kofaktor enzim DNAse. DNA yang
isopropanol akan menghilangkan molekul
telah diekstraksi dari dalam sel selanjutnya
air dalam larutan DNA sehingga DNA akan
perlu dipisahkan dari kontaminan
terpresipitasi; ketiga, penggunaan
komponen penyusun sel lainnya seperti
isopropanol dingin akan menurunkan
polisakarida dan protein agar DNA yang
aktivitas molekul air sehingga memudah-
didapatkan memiliki kemurnian yang
kan presipitasi DNA.
tinggi. Fenol seringkali digunakan sebagai
pendenaturasi protein, ekstraksi mengguna-
Hasil Uji Kualitatif DNA
kan fenol menyebabkan protein kehilangan
kelarutannya dan mengalami presipitasi Keberhasilan isolasi DNA diuji secara
yang selanjutnya dapat dipisahkan dari kualitatif menggunakan elektroforesis gel
DNA melalui sentrifugasi. Setelah sentri- agarose 1% dalam larutan TAE 1X. Hasil uji
fugasi akan terbentuk 2 fase yang terpisah kualitatif DNA disajikan pada Gambar
yakni fase organik pada lapisan bawah dan 2 dan 3. Metode standar yang dapat
fase aquoeus (air) pada lapisan atas digunakan untuk identifikasi, pemisahan
sedangkan DNA dan RNA akan berada dan purifikasi fragmen DNA adalah
pada fase aquoeus setelah sentrifugasi menggunakan elektroforesis gel agarose
sedangkan protein yang terdenaturasi akan (Fachtiyah, dkk., 2011).Pewarnaan ethidium
berada pada interfase dan lipid akan berada bromide (EtBr) digunakan untuk alat
pada fase organik. Selain fenol, dapat pula identifikasi dan mengukur semi kualitatif
digunakan campuran fenol dan kloroform fragmen DNA yang terpisah dalam gel
atau campuran fenol, kloroform, dan agarose. EtBr akan terikat diantara dua
isoamil alkohol untuk mendenaturasi untai ganda DNA, sehingga pita DNA
protein. Ekstrak DNA yang didapat dalam gel agarose akan berpendar karena
seringkali juga terkontaminasi oleh RNA EtBr mengandung zat fluoresen. Ikatan
sehingga RNA dapat dipisahkan dari DNA DNA-EtBr akan terekspos pada sinar UV
ekstrak dengan cara pemberian RNAse. dengan panjang gelombang 300 nm
(Fachtiyak, dkk.,2011). Keberhasilan isolasi
Selanjutnya DNA yang telah diekstraksi,
DNA dapat diketahui melalui munculnya
dipresipitasi mengunakan etanol atau
pita DNA.
isopropanol. Kedua senyawa tersebut akan
mempresipitasi DNA pada fase aquoeus Migrasi DNA pada elektroforesis gel
sehingga DNA menggumpal membentuk agarose dipengaruhi oleh beberapa faktor
struktur fiber dan terbentuk pellet setelah yaitu ukuran dan konformasi molekul
dilakukan sentrifugasi. Presipitasi juga DNA, konsentrasi agarose, arus listrik dan
berfungsi untuk menghilangkan residu- suhu. Total genom utuh dielektroforesis
residu kloroform yang berasal dari tahapan dengan agarose 0,8% sedangkan hasil
ekstraksi. Prinsip-prinsip presipitasi antara amplifikasi DNA dielektroforesis dengan
lain pertama, menurunkan kelarutan asam konsentrasi yang lebih tinggi 1,5²2%
nukleat dalam air. Hal ini dikarenakan (Fachtiyah, dkk., 2011).
molekul air yang polar mengelilingi
6
Vol 13 No 1 IDENTIFIKASI KERAGAMAN
PITA
DNA
KODE
01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15
SUMUR
Gambar 2. Hasil isolasi DNA ayam kampung, ayam petelur dan ayam arab
Keterangan:
01, 08 = DNA Sapi Kuantan (pembanding)
02, 03, 05, 06, 09, 10, 11, 12 = DNA Ayam Kampung
04, 07, 14 = DNA Ayam Petelur
13, 15 = DNA Ayam Arab
Pada penelitian ini konsentrasi gel kecepatan migrasi DNA pada gel agarose
agarose yang digunakan adalah 1% karena DNA merupakan molekul
menggunakan larutan TAE 1X. Selain faktor bermuatan negatif. Dalam penelitian ini
konsentrasi agarose migrasi DNA pada saat voltase yang digunakan adalah 100 Volt.
elektroforesis ditentukan pula oleh ukuran Selain voltase, suhu juga mempengaruhi
molekul DNA dimana DNA berbentuk kecepatan migrasi DNA pada saat
sirkuler akan lebih cepat bermigrasi elektroforesis, suhu tinggi mengakibatkan
dibandingkan linear dan fragmen DNA DNA akan terurai dan akan kembali
utuh akan lebih cepat bermigrasi menyatu pada suhu dingin. Pada penelitian
dibandingkan genom utuh. Voltase dari ini suhu yang digunakan pada saat
alat elektroforesis juga mempengaruhi elektroforesis adalah suhu kamar.
PITA
DNA
KODE
SUMUR
M 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14
7
HIDAYATI, dkk Jurnal Peternakan
Hasil isolasi DNA menunjukkan DNA Amplifikasi Fragment Gen BMPR-1B pada
dapat diisolasi dengan baik yang Ayam Kampung, Ayam Arab dan Ayam
ditunjukkan dengan munculnya pita yang Ras Petelur
jelas dan terang dan berada di atas marker Hasil penelitian menunjukkan ruas gen
pada semua sumur. Pita tebal dan terang BMPR-1B pada ayam kampung, ayam arab
secara kualitatif mengindikasikan dana yam ras petelur berhasil diamplifikasi
konsentrasi hasil isolasi DNA yang menggunakan metode PCR dengan suhu
dihasilkan tinggi sedangkan pita yang tipis annealing 580C sesuai dengan rekomendasi
mengindikasikan konsentrasi DNA yang Zhang et al. (2008) dengan panjang produk
dihasilkan kecil. Kemurnian DNA secara 581 bp. Keberhasilan hasil amplifikasi
kualitatif dapat diketahui melalui ada ditunjukkan oleh munculnya satu pita yang
tidaknya smear yang terbentuk dan dalam jelas dan tegas pada gel agarose 2% dengan
penelitian ini menunjukkan hasil yang baik. panjang 581 bp (Gambar 4 dan 5). Hasil
Secara kuantitatif, keberhasilan isolasi BLAST primer dengan sequence gen BMPR-
DNA dapat diketahui salah satunya 1B, gen bank nomor akses NM_205132,
menggunakan alat spektrofotometri. Prinsip primer yang digunakan mengamplifikasi
dari kuantifikasi DNA menggunakan alat ruas gen BMPR-1B dari ekson 6 hingga
spektrofotometer adalah iradiasi sinar ekson 7 termasuk seluruh intron 6.
ultraviolet dapat diserap oleh nukleotida Keberhasilan amplifikasi PCR ditentukan
dan protein dalam larutan karena adanya oleh variasi komponen rekasi PCR seperti
basa purin dan pirimidin. Penyerapan konsentrasi primer, tempat DNa, dNTP,
iradiasi sinar UV oleh DNA secara garam-garam dalm buffer, unit DNA
maksimal dicapai pada panjang gelombang polymerase, temperatur siklus PCR dan
260 nm sedangkan penyerapan maksimal MXPODK VLNOXV \DQJ GLJXQDNDQ $V\·DUL GDQ
protein pada panjang gelombang 280 nm. Noer, 2005). Suhu annealing adalah suhu
Pada panjang gelombang 260 nm kepadatan dimana primer akan menempel pada DNA
optic (optical density (OD) sama dengan template. Suhu annealing dapat dihitung
satu, maka konsentrasi molekul DNA heliks berdasarkan nilai melting temperature (Tm)
ganda setara dengan 50 µg/mL atau dari masing-masing primer. Pencarian
40 µg/mL DNA single heliks atau setara kondisi optimal dari shu annealing sangat
dengan 20 µg/mLoligonukleotida untai penting, karena berkaitan dengan spesifitas
tunggal. Nilai OD juga dapat digunakan produk PCR yang dikenal dengan istilah
untuk mengetahui tingkat kemurnian DNA optimasi. Suhu annealing yang biasa
hasil isolasi melalui nilai rasio antara nilai digunakan adalah 50C di bawah suhu
OD260 dan OD280. Hasil isolasi DNA berhasil melting, karena jika suhu annealing terlalu
jika nilai rasio OD berkisar antara 1,8²2,05. tinggi maka penempelan primer pada DNA
Namun dalam penelitian ini uji kuantitatif template akan lepas sehingga produk PCR
tidak dilakukan hanya uji kualitatif. tidak terbentuk, sebaliknya jika suhu
annealing terlalu rendah maka akan terjadi
penempelan primer pada DNA template
tidak spesifik sehingga bisa terjadi produk
PCR yang tidak spesifik.
8
Vol 13 No 1 IDENTIFIKASI KERAGAMAN
PCR Product,
500 bp 581 bp
200 bp
PCR Product,
581 bp
500 bp
100 bp
Gambar 5. Hasil Amplifikasi Gen BMPR-1B dengan panjang produk 581 bp pada sumur
10, 11, 12, dan 13
9
HIDAYATI, dkk Jurnal Peternakan
logaritma beratnya. Dalam jangka waktu atas. Posisi dari setiap pita tersebut
yang diberikan setelah aliran listrik pertama menunjukkan ukuran setiap fragmen.
kali dinyalakan, terdapat banyak pita
Hasil penelitian ini menunjukkan tidak
fragmen DNA yang berbeda di dalam gel
ditemukan keragaman gen BMPR-1B pada
sebanyak terdapatnya fragmen berbeda
sampel yang dianalisis dalam penelitian ini
ukuran di dalam campuran asli tersebut di
(Gambar 6).
500 bp 581 bp
100 bp
Gambar 6. Hasil elektroforesis gen BMPR-1B pada ayam kampung, ayam arab dan ayam
ras petelur menggunakan enzim HindIII.
Hal ini disebabkan relatif sedikitnya namun tidak berpengaruh terhadap 11 sifat
sampel yang dianalisis dalam penelitian ini yang diamati yaitu berat tetas, bobot badan
dan jumlah sampel yang digunakan dalam 8 dan 12 minggu, bobot dewasa kelamin,
penelitian hanya berasal dari kelompok umur bertelur pertama, jumlah telur yang
ternak yang sama. Jumlah sampel yang dihasilkan, berat telur pertama yang
besar memungkinkan ditemukannya dihasilkan, rata-rata berat telur pada umur
keragaman pada populasi yang diuji. 28, 30 dan 32 minggu, intensitas produksi
dan egg mass (Niknafs et al., 2014).
Beberapa hasil penelitian sebelumnya
menunjukkan ditemukan keragaman gen
KESIMPULAN
BMPR-1B pada unggas yaitu pada populasi
ayam Jining Bari dan Zang yaitu pada posisi
DNA berhasil diisolasi dari darah ayam
basa 35 T>C, 166 C>T, 224 G>C, 287 A>G
kampung, ayam petelur dan ayam baik
dan 303 G>A. Satu SNP pada posisi basa
yang disimpan pada tabung dengan EDTA
287 A>G berhubungan dengan produksi
atau dengan penambahan ethanol absolut
telur pada umur 47²56 minggu (Zhang et al.,
(ethanol 96%) yang ditunjukkan dengan
2008); ditemukan 4 SNPs Gen BMPR-1B
munculnya pita yang jelas dan tegas pada
pada puyuh yaitu pada posisi basa 165
gel agarose 1%. Primer gen BMPR-IB
A>G, 211 C>T, 290 A>T dan 430 A>G (El
berhasil menempel pada DNA template
Tarabany et al. 2014.); SNP pada posisi basa
pada suhu annealing 580C dengan panjang
A287G gen BMPR-1B, terdeteksi pada ayam
produk PCR 581 bp. Namun hasil
fayoumi (ayam lokal di arab) dan ayam
pemotongan enzim restriksi Hind III pada
Rhode Island Red (RIR) berhubungan erat
produk PCR menunjukkan tidak
dengan berat badan umur 2, 3, 4, 5, 6, 7, dan
ditemukannya keragaman gen BMPR-1B
8 minggu (Awad dan El Tarabany., 2015)
pada populasi ayam kampung, ayam arab
dan ditemukan keragaman gen BMPR-1B
dan ayam petelur yang digunakan dalam
A287G pada ayam lokal mandazaran,
penelitian ini berarti monomorfik. Hal ini
10
Vol 13 No 1 IDENTIFIKASI KERAGAMAN
Ucapan terima kasih ditujukan kepada Souza, C.J., B.K. Cambell, A.S. McNeilly dan D.
Dekan Fakultas Pertanian dan Peternakan T. Baird. 2001. The Booroola (FecB)
yang telah mendanai penelitian melalui phenotype is associated with mutation in the
DIPA BLU dengan nomor SK Rektor UIN bone morphogenetic receptor type iB
Suska Riau Nomor : 1262/R/2015 (BMPR1B) gene. J.Endocrinol. 169: R1-R6.
Awad, A dan M.S. El-Tarabany. 2015. Wilson, T., X.Y.Wu, J.L. Juengel, I.K. Ross, J.M.
Association of Single Nucleotide Lumsden, E. A. Lord, K.G. Dodds,G.A.
Polymorphisms in Bone Morphogenetic :DOOLQJ - & 0F(ZDQ $ 5 2·&RQQHO . 3
Protein receptor1B (BMPR-1B). McNatty dan G.W. Montgomery. 2001. ighly
profile Booroola sheep have a mutation in the
Brown, T. A. 2010. Genomes 3. Garland Sci. intracellular kinase domain of bone
New York & London. morphogenetic protein IB receptor (ALK-6)
that is expresses in both oocytes and
Fachtiyah, ELA Rumingtyas, S Widyarti, S granulosa cells. Biol. Reprod. 64: 1225-1235.
Rahayu. 2011. Biologi Molekular. Jakarta:
Erlangga. Zhang, N.B. H. tang, L.Kang, Y.H. Ma., D.G.
Cao, Y.Lu, M. Hou dan Y.L. Jiang. 2008.
Hidayati. 2008a. Nilai heritabilitas sifat-sifat Associations of single nucloetide
produksi persilangan ayam kampung x ayam polymorphisms in BMPR-IB gene with egg
arab (Brakel Kriel silver) di UPTD ayam arab production in a synthetic broiler line. AAJAS.
Dinas Peternakan Kabupaten Kampar. 21(5): 628-632.
Laporan Hasil Penelitian. Fakultas Pertanian
dan Peternakan UIN Suska Riau. Pekanbaru.
11